--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5PandS/inputs/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5PandS/out/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-02-13 09:32:12.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2700 2025-02-13 09:32:12.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 127672 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2696 2025-02-13 09:32:12.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 127680 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -355,23 +355,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682], │ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236], │ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407], │ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914], │ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ], │ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925], │ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254], │ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ], │ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.49811813, 0.77333504, 0.3918707 ], │ │ │ + [0.88778794, 0.38584435, 0.71222526], │ │ │ + [0.5046548 , 0.68993276, 0.20716292], │ │ │ + [0.39724657, 0.50825983, 0.4450619 ], │ │ │ + [0.5343637 , 0.4870684 , 0.6983767 ], │ │ │ + [0.8611024 , 0.122634 , 0.73971367], │ │ │ + [0.08312906, 0.08464192, 0.7884244 ], │ │ │ + [0.20577946, 0.17046674, 0.7205874 ], │ │ │ + [0.7987937 , 0.919157 , 0.5016902 ]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -398,21 +398,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567],
│ │ │ -       [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886  ],
│ │ │ -       [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ],
│ │ │ -       [0.320547  , 0.3694673 , 0.6615769 ],
│ │ │ -       [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602],
│ │ │ -       [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264],
│ │ │ -       [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.8347553 , 0.5883077 , 0.26445037],
│ │ │ +       [0.46301872, 0.25404158, 0.6047777 ],
│ │ │ +       [0.9960846 , 0.2861946 , 0.0584895 ],
│ │ │ +       [0.03596423, 0.24305233, 0.4597775 ],
│ │ │ +       [0.9075677 , 0.74021983, 0.32522872],
│ │ │ +       [0.8123912 , 0.6311799 , 0.80637664],
│ │ │ +       [0.8292755 , 0.46400148, 0.34048772]], dtype=float32)
│ │ │  
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -95,23 +95,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682], │ │ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236], │ │ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407], │ │ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914], │ │ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ], │ │ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925], │ │ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254], │ │ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ], │ │ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.49811813, 0.77333504, 0.3918707 ], │ │ │ │ + [0.88778794, 0.38584435, 0.71222526], │ │ │ │ + [0.5046548 , 0.68993276, 0.20716292], │ │ │ │ + [0.39724657, 0.50825983, 0.4450619 ], │ │ │ │ + [0.5343637 , 0.4870684 , 0.6983767 ], │ │ │ │ + [0.8611024 , 0.122634 , 0.73971367], │ │ │ │ + [0.08312906, 0.08464192, 0.7884244 ], │ │ │ │ + [0.20577946, 0.17046674, 0.7205874 ], │ │ │ │ + [0.7987937 , 0.919157 , 0.5016902 ]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -130,21 +130,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567], │ │ │ │ - [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886 ], │ │ │ │ - [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ], │ │ │ │ - [0.320547 , 0.3694673 , 0.6615769 ], │ │ │ │ - [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602], │ │ │ │ - [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264], │ │ │ │ - [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.8347553 , 0.5883077 , 0.26445037], │ │ │ │ + [0.46301872, 0.25404158, 0.6047777 ], │ │ │ │ + [0.9960846 , 0.2861946 , 0.0584895 ], │ │ │ │ + [0.03596423, 0.24305233, 0.4597775 ], │ │ │ │ + [0.9075677 , 0.74021983, 0.32522872], │ │ │ │ + [0.8123912 , 0.6311799 , 0.80637664], │ │ │ │ + [0.8292755 , 0.46400148, 0.34048772]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1893,177 +1893,177 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "00522655": 8, │ │ │ │ - "01878567": 8, │ │ │ │ - "06319436": 8, │ │ │ │ - "06677499": 8, │ │ │ │ - "06822602": 8, │ │ │ │ - "07599264": 8, │ │ │ │ + "03596423": 8, │ │ │ │ + "0584895": 8, │ │ │ │ + "08312906": 8, │ │ │ │ + "08464192": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ "11": [7, 8, 14, 21], │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "122634": 8, │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ - 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"45437682": 8, │ │ │ │ + "4597775": 8, │ │ │ │ "46": 7, │ │ │ │ + "46301872": 8, │ │ │ │ + "46400148": 8, │ │ │ │ "47": 7, │ │ │ │ "48": 7, │ │ │ │ - "48215282": 8, │ │ │ │ + "4870684": 8, │ │ │ │ "49": 7, │ │ │ │ - "49433905": 8, │ │ │ │ + "49811813": 8, │ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "50": 7, │ │ │ │ "500": [8, 15], │ │ │ │ + "5016902": 8, │ │ │ │ + "5046548": 8, │ │ │ │ + "50825983": 8, │ │ │ │ "51": 7, │ │ │ │ - "5168271": 8, │ │ │ │ "52": 7, │ │ │ │ - "5291095": 8, │ │ │ │ "53": [0, 7], │ │ │ │ + "5343637": 8, │ │ │ │ "54": 7, │ │ │ │ - "5421847": 8, │ │ │ │ "55": 7, │ │ │ │ - "55669236": 8, │ │ │ │ - "57416064": 8, │ │ │ │ + "5883077": 8, │ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15], │ │ │ │ "600": [8, 15], │ │ │ │ - "62514925": 8, │ │ │ │ + "6047777": 8, │ │ │ │ "627": 8, │ │ │ │ "63": [0, 6], │ │ │ │ + "6311799": 8, │ │ │ │ "64": [0, 6, 11], │ │ │ │ "645": 7, │ │ │ │ "65535": 6, │ │ │ │ - "6583053": 8, │ │ │ │ - "6615769": 8, │ │ │ │ - "68803304": 8, │ │ │ │ + "68993276": 8, │ │ │ │ + "6983767": 8, │ │ │ │ "6x1": 18, │ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "70": 14, │ │ │ │ "700": [8, 15], │ │ │ │ - "7392848": 8, │ │ │ │ + "71222526": 8, │ │ │ │ + "7205874": 8, │ │ │ │ + "73971367": 8, │ │ │ │ + "74021983": 8, │ │ │ │ "758": 14, │ │ │ │ "771": 14, │ │ │ │ + "77333504": 8, │ │ │ │ "785": 8, │ │ │ │ "786": 8, │ │ │ │ "787": 8, │ │ │ │ + "7884244": 8, │ │ │ │ "789": 8, │ │ │ │ - "789886": 8, │ │ │ │ - "7904513": 8, │ │ │ │ + "7987937": 8, │ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19], │ │ │ │ "80": [6, 14, 21], │ │ │ │ "800": [8, 15], │ │ │ │ - "8103824": 8, │ │ │ │ - "81734914": 8, │ │ │ │ - "849248": 8, │ │ │ │ - "8652938": 8, │ │ │ │ - "8655987": 8, │ │ │ │ - "8891233": 8, │ │ │ │ + "80637664": 8, │ │ │ │ + "8123912": 8, │ │ │ │ + "8292755": 8, │ │ │ │ + "8347553": 8, │ │ │ │ + "8611024": 8, │ │ │ │ + "88778794": 8, │ │ │ │ "9": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "90": 14, │ │ │ │ "900": [8, 15], │ │ │ │ - "9567719": 8, │ │ │ │ - "95721215": 8, │ │ │ │ - "9870687": 8, │ │ │ │ - "9994395": 8, │ │ │ │ + "9075677": 8, │ │ │ │ + "919157": 8, │ │ │ │ + "9960846": 8, │ │ │ │ "A": [0, 5, 6, 8, 9, 12, 18, 19], │ │ │ │ "AND": 12, │ │ │ │ "AS": 12, │ │ │ │ "As": 15, │ │ │ │ "BE": 12, │ │ │ │ "BUT": 12, │ │ │ │ "BY": 12,