--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5PandS/inputs/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5PandS/out/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-02-13 09:32:12.000000 debian-binary
│ --rw-r--r-- 0 0 0 2700 2025-02-13 09:32:12.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r-- 0 0 0 127672 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r-- 0 0 0 2696 2025-02-13 09:32:12.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r-- 0 0 0 127680 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html
│ │ │ @@ -355,23 +355,23 @@
│ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │
│ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │
│ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ Out[18]:
│ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682],
│ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236],
│ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407],
│ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914],
│ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ],
│ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925],
│ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254],
│ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ],
│ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.49811813, 0.77333504, 0.3918707 ],
│ │ │ + [0.88778794, 0.38584435, 0.71222526],
│ │ │ + [0.5046548 , 0.68993276, 0.20716292],
│ │ │ + [0.39724657, 0.50825983, 0.4450619 ],
│ │ │ + [0.5343637 , 0.4870684 , 0.6983767 ],
│ │ │ + [0.8611024 , 0.122634 , 0.73971367],
│ │ │ + [0.08312906, 0.08464192, 0.7884244 ],
│ │ │ + [0.20577946, 0.17046674, 0.7205874 ],
│ │ │ + [0.7987937 , 0.919157 , 0.5016902 ]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │
gsd.hoomd.HOOMDTrajectory
supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame
.
│ │ │
│ │ │
│ │ │ Slicing and selection
│ │ │ @@ -398,21 +398,21 @@
│ │ │ Pure python reader
│ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │
│ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │
│ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ Out[25]:
│ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567],
│ │ │ - [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886 ],
│ │ │ - [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ],
│ │ │ - [0.320547 , 0.3694673 , 0.6615769 ],
│ │ │ - [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602],
│ │ │ - [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264],
│ │ │ - [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.8347553 , 0.5883077 , 0.26445037],
│ │ │ + [0.46301872, 0.25404158, 0.6047777 ],
│ │ │ + [0.9960846 , 0.2861946 , 0.0584895 ],
│ │ │ + [0.03596423, 0.24305233, 0.4597775 ],
│ │ │ + [0.9075677 , 0.74021983, 0.32522872],
│ │ │ + [0.8123912 , 0.6311799 , 0.80637664],
│ │ │ + [0.8292755 , 0.46400148, 0.34048772]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │ You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files
│ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile
in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory
. It
│ │ │ only supports the rb
mode and does not read files as fast as the C
│ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with
│ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ @@ -95,23 +95,23 @@
│ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ │ Out[18]:
│ │ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682],
│ │ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236],
│ │ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407],
│ │ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914],
│ │ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ],
│ │ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925],
│ │ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254],
│ │ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ],
│ │ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.49811813, 0.77333504, 0.3918707 ],
│ │ │ │ + [0.88778794, 0.38584435, 0.71222526],
│ │ │ │ + [0.5046548 , 0.68993276, 0.20716292],
│ │ │ │ + [0.39724657, 0.50825983, 0.4450619 ],
│ │ │ │ + [0.5343637 , 0.4870684 , 0.6983767 ],
│ │ │ │ + [0.8611024 , 0.122634 , 0.73971367],
│ │ │ │ + [0.08312906, 0.08464192, 0.7884244 ],
│ │ │ │ + [0.20577946, 0.17046674, 0.7205874 ],
│ │ │ │ + [0.7987937 , 0.919157 , 0.5016902 ]], dtype=float32)
│ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e.
│ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ **********
│ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a
│ │ │ │ trajectory.
│ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r')
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -130,21 +130,21 @@
│ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ **********
│ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │ │
│ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │ │
│ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ │ Out[25]:
│ │ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567],
│ │ │ │ - [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886 ],
│ │ │ │ - [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ],
│ │ │ │ - [0.320547 , 0.3694673 , 0.6615769 ],
│ │ │ │ - [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602],
│ │ │ │ - [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264],
│ │ │ │ - [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.8347553 , 0.5883077 , 0.26445037],
│ │ │ │ + [0.46301872, 0.25404158, 0.6047777 ],
│ │ │ │ + [0.9960846 , 0.2861946 , 0.0584895 ],
│ │ │ │ + [0.03596423, 0.24305233, 0.4597775 ],
│ │ │ │ + [0.9075677 , 0.74021983, 0.32522872],
│ │ │ │ + [0.8123912 , 0.6311799 , 0.80637664],
│ │ │ │ + [0.8292755 , 0.46400148, 0.34048772]], dtype=float32)
│ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only
│ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation.
│ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO
│ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ │ Warning
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible.
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ @@ -1893,177 +1893,177 @@
│ │ │ │ "12": "py:property",
│ │ │ │ "13": "std:chunk",
│ │ │ │ "14": "std:cmdoption"
│ │ │ │ },
│ │ │ │ "terms": {
│ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21],
│ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ - "00522655": 8,
│ │ │ │ - "01878567": 8,
│ │ │ │ - "06319436": 8,
│ │ │ │ - "06677499": 8,
│ │ │ │ - "06822602": 8,
│ │ │ │ - "07599264": 8,
│ │ │ │ + "03596423": 8,
│ │ │ │ + "0584895": 8,
│ │ │ │ + "08312906": 8,
│ │ │ │ + "08464192": 8,
│ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6,
│ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6,
│ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15],
│ │ │ │ "100": [8, 15, 21],
│ │ │ │ "11": [7, 8, 14, 21],
│ │ │ │ "12": [7, 8, 14],
│ │ │ │ + "122634": 8,
│ │ │ │ "127": 1,
│ │ │ │ "13": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14],
│ │ │ │ "15": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14],
│ │ │ │ - "16801986": 8,
│ │ │ │ "17": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "17384876": 8,
│ │ │ │ + "17046674": 8,
│ │ │ │ "18": [7, 8, 11],
│ │ │ │ "19": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "1d": [14, 16],
│ │ │ │ "1x1": [18, 19],
│ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "20": [7, 8],
│ │ │ │ "200": [8, 15],
│ │ │ │ "2016": 12,
│ │ │ │ "2019": 11,
│ │ │ │ "2022": 11,
│ │ │ │ "2024": 12,
│ │ │ │ + "20577946": 8,
│ │ │ │ + "20716292": 8,
│ │ │ │ "21": [7, 8],
│ │ │ │ "22": [7, 8, 11],
│ │ │ │ "23": [7, 8],
│ │ │ │ "235": 1,
│ │ │ │ "237": 1,
│ │ │ │ "238": 1,
│ │ │ │ "24": [7, 8],
│ │ │ │ + "24305233": 8,
│ │ │ │ "249": 1,
│ │ │ │ "25": [7, 8],
│ │ │ │ + "25404158": 8,
│ │ │ │ "255": 1,
│ │ │ │ "256": [0, 6],
│ │ │ │ "257": 1,
│ │ │ │ - "2576391": 8,
│ │ │ │ "26": [7, 8],
│ │ │ │ - "26099545": 8,
│ │ │ │ + "26445037": 8,
│ │ │ │ "266": 1,
│ │ │ │ "267": 1,
│ │ │ │ "27": [7, 8],
│ │ │ │ "270": 1,
│ │ │ │ - "2743097": 8,
│ │ │ │ "28": [7, 8],
│ │ │ │ "283": 1,
│ │ │ │ + "2861946": 8,
│ │ │ │ "29": [7, 8],
│ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "2gib": 1,
│ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "30": [7, 8],
│ │ │ │ "300": [8, 15],
│ │ │ │ - "30534488": 8,
│ │ │ │ - "30638367": 8,
│ │ │ │ "308": 1,
│ │ │ │ "31": [7, 8],
│ │ │ │ "317": 1,
│ │ │ │ "319": 1,
│ │ │ │ "32": [0, 6, 7, 18],
│ │ │ │ - "320547": 8,
│ │ │ │ "322": 1,
│ │ │ │ "323": 1,
│ │ │ │ "324": 1,
│ │ │ │ "325": 1,
│ │ │ │ - "3265255": 8,
│ │ │ │ + "32522872": 8,
│ │ │ │ "33": 7,
│ │ │ │ "34": 7,
│ │ │ │ - "3430085": 8,
│ │ │ │ + "34048772": 8,
│ │ │ │ "35": 7,
│ │ │ │ "36": 7,
│ │ │ │ "365": 1,
│ │ │ │ "367": 1,
│ │ │ │ - "3694673": 8,
│ │ │ │ "37": 7,
│ │ │ │ "376": 1,
│ │ │ │ "38": 7,
│ │ │ │ - "38219854": 8,
│ │ │ │ + "38584435": 8,
│ │ │ │ "388": 1,
│ │ │ │ "39": 7,
│ │ │ │ "391": 1,
│ │ │ │ - "3957108": 8,
│ │ │ │ + "3918707": 8,
│ │ │ │ + "39724657": 8,
│ │ │ │ "3d": 20,
│ │ │ │ "4": [7, 8, 14, 15, 18, 21],
│ │ │ │ "40": 7,
│ │ │ │ "400": [8, 15],
│ │ │ │ - "40377706": 8,
│ │ │ │ "405": 1,
│ │ │ │ - "40694407": 8,
│ │ │ │ "41": 7,
│ │ │ │ - "41962254": 8,
│ │ │ │ "43": 7,
│ │ │ │ "44": 7,
│ │ │ │ + "4450619": 8,
│ │ │ │ "45": 7,
│ │ │ │ - "45304516": 8,
│ │ │ │ - "45437682": 8,
│ │ │ │ + "4597775": 8,
│ │ │ │ "46": 7,
│ │ │ │ + "46301872": 8,
│ │ │ │ + "46400148": 8,
│ │ │ │ "47": 7,
│ │ │ │ "48": 7,
│ │ │ │ - "48215282": 8,
│ │ │ │ + "4870684": 8,
│ │ │ │ "49": 7,
│ │ │ │ - "49433905": 8,
│ │ │ │ + "49811813": 8,
│ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "50": 7,
│ │ │ │ "500": [8, 15],
│ │ │ │ + "5016902": 8,
│ │ │ │ + "5046548": 8,
│ │ │ │ + "50825983": 8,
│ │ │ │ "51": 7,
│ │ │ │ - "5168271": 8,
│ │ │ │ "52": 7,
│ │ │ │ - "5291095": 8,
│ │ │ │ "53": [0, 7],
│ │ │ │ + "5343637": 8,
│ │ │ │ "54": 7,
│ │ │ │ - "5421847": 8,
│ │ │ │ "55": 7,
│ │ │ │ - "55669236": 8,
│ │ │ │ - "57416064": 8,
│ │ │ │ + "5883077": 8,
│ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15],
│ │ │ │ "600": [8, 15],
│ │ │ │ - "62514925": 8,
│ │ │ │ + "6047777": 8,
│ │ │ │ "627": 8,
│ │ │ │ "63": [0, 6],
│ │ │ │ + "6311799": 8,
│ │ │ │ "64": [0, 6, 11],
│ │ │ │ "645": 7,
│ │ │ │ "65535": 6,
│ │ │ │ - "6583053": 8,
│ │ │ │ - "6615769": 8,
│ │ │ │ - "68803304": 8,
│ │ │ │ + "68993276": 8,
│ │ │ │ + "6983767": 8,
│ │ │ │ "6x1": 18,
│ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "70": 14,
│ │ │ │ "700": [8, 15],
│ │ │ │ - "7392848": 8,
│ │ │ │ + "71222526": 8,
│ │ │ │ + "7205874": 8,
│ │ │ │ + "73971367": 8,
│ │ │ │ + "74021983": 8,
│ │ │ │ "758": 14,
│ │ │ │ "771": 14,
│ │ │ │ + "77333504": 8,
│ │ │ │ "785": 8,
│ │ │ │ "786": 8,
│ │ │ │ "787": 8,
│ │ │ │ + "7884244": 8,
│ │ │ │ "789": 8,
│ │ │ │ - "789886": 8,
│ │ │ │ - "7904513": 8,
│ │ │ │ + "7987937": 8,
│ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19],
│ │ │ │ "80": [6, 14, 21],
│ │ │ │ "800": [8, 15],
│ │ │ │ - "8103824": 8,
│ │ │ │ - "81734914": 8,
│ │ │ │ - "849248": 8,
│ │ │ │ - "8652938": 8,
│ │ │ │ - "8655987": 8,
│ │ │ │ - "8891233": 8,
│ │ │ │ + "80637664": 8,
│ │ │ │ + "8123912": 8,
│ │ │ │ + "8292755": 8,
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