--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdozpx7Z/inputs/python-gsd-doc_4.0.0-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdozpx7Z/out/python-gsd-doc_4.0.0-1_all.deb ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -71,15 +71,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23394 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 88676 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 95445 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 49306 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18756 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.version.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 107555 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 16660 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 82345 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 82351 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32666 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 20931 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24985 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc-base/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd-doc.python-gsd │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/doctools.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/doctools.js │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/language_data.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/language_data.js │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -355,23 +355,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.9995006 , 0.27116033, 0.301457 ], │ │ │ - [0.074872 , 0.7017817 , 0.8633302 ], │ │ │ - [0.7015803 , 0.62021476, 0.36559087], │ │ │ - [0.05498488, 0.05410331, 0.00705095], │ │ │ - [0.6872499 , 0.42837462, 0.05755149], │ │ │ - [0.78806573, 0.10622922, 0.10205624], │ │ │ - [0.9162145 , 0.8896622 , 0.65884435], │ │ │ - [0.7538396 , 0.86917377, 0.67911917], │ │ │ - [0.06721185, 0.17374785, 0.72831434]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.705506 , 0.47152278, 0.11510959], │ │ │ + [0.94707173, 0.23415431, 0.07030054], │ │ │ + [0.3565155 , 0.59874004, 0.5887246 ], │ │ │ + [0.68758243, 0.53251004, 0.67009246], │ │ │ + [0.5167604 , 0.9632166 , 0.9964043 ], │ │ │ + [0.15325685, 0.23333925, 0.2056085 ], │ │ │ + [0.5247401 , 0.25851917, 0.42305315], │ │ │ + [0.5645556 , 0.08585405, 0.04295455], │ │ │ + [0.36533698, 0.8766564 , 0.19103278]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -398,21 +398,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.371474  , 0.84828615, 0.67842996],
│ │ │ -       [0.9887797 , 0.14134465, 0.8812869 ],
│ │ │ -       [0.25278306, 0.3059127 , 0.9323229 ],
│ │ │ -       [0.5601301 , 0.35387778, 0.01471177],
│ │ │ -       [0.20059368, 0.60116   , 0.61874515],
│ │ │ -       [0.1835654 , 0.7602302 , 0.5941693 ],
│ │ │ -       [0.12762524, 0.05923605, 0.66984576]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.9091052 , 0.06925549, 0.1297033 ],
│ │ │ +       [0.4529758 , 0.77762043, 0.4718769 ],
│ │ │ +       [0.8446388 , 0.52343524, 0.13535076],
│ │ │ +       [0.67782724, 0.88094443, 0.7487021 ],
│ │ │ +       [0.92919326, 0.9321708 , 0.91871667],
│ │ │ +       [0.35687587, 0.39343593, 0.63061374],
│ │ │ +       [0.1062084 , 0.36146972, 0.16778216]], dtype=float32)
│ │ │  
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -95,23 +95,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.9995006 , 0.27116033, 0.301457 ], │ │ │ │ - [0.074872 , 0.7017817 , 0.8633302 ], │ │ │ │ - [0.7015803 , 0.62021476, 0.36559087], │ │ │ │ - [0.05498488, 0.05410331, 0.00705095], │ │ │ │ - [0.6872499 , 0.42837462, 0.05755149], │ │ │ │ - [0.78806573, 0.10622922, 0.10205624], │ │ │ │ - [0.9162145 , 0.8896622 , 0.65884435], │ │ │ │ - [0.7538396 , 0.86917377, 0.67911917], │ │ │ │ - [0.06721185, 0.17374785, 0.72831434]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.705506 , 0.47152278, 0.11510959], │ │ │ │ + [0.94707173, 0.23415431, 0.07030054], │ │ │ │ + [0.3565155 , 0.59874004, 0.5887246 ], │ │ │ │ + [0.68758243, 0.53251004, 0.67009246], │ │ │ │ + [0.5167604 , 0.9632166 , 0.9964043 ], │ │ │ │ + [0.15325685, 0.23333925, 0.2056085 ], │ │ │ │ + [0.5247401 , 0.25851917, 0.42305315], │ │ │ │ + [0.5645556 , 0.08585405, 0.04295455], │ │ │ │ + [0.36533698, 0.8766564 , 0.19103278]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -130,21 +130,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.371474 , 0.84828615, 0.67842996], │ │ │ │ - [0.9887797 , 0.14134465, 0.8812869 ], │ │ │ │ - [0.25278306, 0.3059127 , 0.9323229 ], │ │ │ │ - [0.5601301 , 0.35387778, 0.01471177], │ │ │ │ - [0.20059368, 0.60116 , 0.61874515], │ │ │ │ - [0.1835654 , 0.7602302 , 0.5941693 ], │ │ │ │ - [0.12762524, 0.05923605, 0.66984576]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.9091052 , 0.06925549, 0.1297033 ], │ │ │ │ + [0.4529758 , 0.77762043, 0.4718769 ], │ │ │ │ + [0.8446388 , 0.52343524, 0.13535076], │ │ │ │ + [0.67782724, 0.88094443, 0.7487021 ], │ │ │ │ + [0.92919326, 0.9321708 , 0.91871667], │ │ │ │ + [0.35687587, 0.39343593, 0.63061374], │ │ │ │ + [0.1062084 , 0.36146972, 0.16778216]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1876,183 +1876,183 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "00705095": 8, │ │ │ │ - "01471177": 8, │ │ │ │ - "05410331": 8, │ │ │ │ - "05498488": 8, │ │ │ │ - "05755149": 8, │ │ │ │ - "05923605": 8, │ │ │ │ - "06721185": 8, │ │ │ │ - "074872": 8, │ │ │ │ + "04295455": 8, │ │ │ │ + "06925549": 8, │ │ │ │ + "07030054": 8, │ │ │ │ + "08585405": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ - "10205624": 8, │ │ │ │ - "10622922": 8, │ │ │ │ + "1062084": 8, │ │ │ │ "11": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "11510959": 8, │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ - "12762524": 8, │ │ │ │ + "1297033": 8, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "13535076": 8, │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ - "14134465": 8, │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "15325685": 8, │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ + "16778216": 8, │ │ │ │ "17": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "17374785": 8, │ │ │ │ "18": [7, 8, 11], │ │ │ │ - "1835654": 8, │ │ │ │ "19": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "19103278": 8, │ │ │ │ "1d": [14, 16], │ │ │ │ "1x1": [18, 19], │ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "20": [7, 8], │ │ │ │ "200": [8, 15], │ │ │ │ - "20059368": 8, │ │ │ │ "2016": 12, │ │ │ │ "2019": 11, │ │ │ │ "2022": 11, │ │ │ │ "2025": 12, │ │ │ │ + "2056085": 8, │ │ │ │ "21": [7, 8], │ │ │ │ "22": [7, 8, 11], │ │ │ │ "23": [7, 8], │ │ │ │ + "23333925": 8, │ │ │ │ + "23415431": 8, │ │ │ │ "235": 1, │ │ │ │ "237": 1, │ │ │ │ "238": 1, │ │ │ │ "24": [7, 8], │ │ │ │ "249": 1, │ │ │ │ "25": [7, 8], │ │ │ │ - "25278306": 8, │ │ │ │ "255": 1, │ │ │ │ "256": [0, 6], │ │ │ │ "257": 1, │ │ │ │ + "25851917": 8, │ │ │ │ "26": [7, 8], │ │ │ │ "266": 1, │ │ │ │ "267": 1, │ │ │ │ "27": [7, 8], │ │ │ │ "270": 1, │ │ │ │ - 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