--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdg3hPfk/inputs/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdg3hPfk/out/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-10-26 23:51:52.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2756 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 129360 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2752 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 129344 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -73,15 +73,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23047 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 92630 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 96209 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 49285 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18528 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.version.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 107327 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 16436 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73837 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73833 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32438 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 20584 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24310 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd-doc.python-gsd │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/doctools.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/doctools.js │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/language_data.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/language_data.js │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -346,23 +346,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833], │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907], │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516], │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ], │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935], │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ], │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ], │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138], │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.37026337, 0.97072333, 0.12655939], │ │ │ + [0.5928746 , 0.45707807, 0.71631396], │ │ │ + [0.7096046 , 0.3191432 , 0.2252793 ], │ │ │ + [0.5354029 , 0.8589649 , 0.25171447], │ │ │ + [0.44695252, 0.20432578, 0.3588918 ], │ │ │ + [0.9722105 , 0.90967363, 0.23321009], │ │ │ + [0.19971766, 0.716788 , 0.75119495], │ │ │ + [0.19052969, 0.7263388 , 0.04923521], │ │ │ + [0.5406648 , 0.2247338 , 0.5253122 ]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -389,21 +389,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │ 
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ -       [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ -       [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ -       [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ -       [0.96442294, 0.514408  , 0.70998293],
│ │ │ -       [0.7849402 , 0.80341   , 0.326302  ],
│ │ │ -       [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.1337185 , 0.41337147, 0.9002872 ],
│ │ │ +       [0.9330942 , 0.8115008 , 0.14087422],
│ │ │ +       [0.7360471 , 0.56529963, 0.5567896 ],
│ │ │ +       [0.578049  , 0.7851177 , 0.7034495 ],
│ │ │ +       [0.14638644, 0.23625427, 0.7274194 ],
│ │ │ +       [0.30360413, 0.8012017 , 0.20891294],
│ │ │ +       [0.1952621 , 0.58926225, 0.8071913 ]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -85,23 +85,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833], │ │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907], │ │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516], │ │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ], │ │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935], │ │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ], │ │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ], │ │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138], │ │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.37026337, 0.97072333, 0.12655939], │ │ │ │ + [0.5928746 , 0.45707807, 0.71631396], │ │ │ │ + [0.7096046 , 0.3191432 , 0.2252793 ], │ │ │ │ + [0.5354029 , 0.8589649 , 0.25171447], │ │ │ │ + [0.44695252, 0.20432578, 0.3588918 ], │ │ │ │ + [0.9722105 , 0.90967363, 0.23321009], │ │ │ │ + [0.19971766, 0.716788 , 0.75119495], │ │ │ │ + [0.19052969, 0.7263388 , 0.04923521], │ │ │ │ + [0.5406648 , 0.2247338 , 0.5253122 ]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -120,21 +120,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525], │ │ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043], │ │ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168], │ │ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ], │ │ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293], │ │ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ], │ │ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.1337185 , 0.41337147, 0.9002872 ], │ │ │ │ + [0.9330942 , 0.8115008 , 0.14087422], │ │ │ │ + [0.7360471 , 0.56529963, 0.5567896 ], │ │ │ │ + [0.578049 , 0.7851177 , 0.7034495 ], │ │ │ │ + [0.14638644, 0.23625427, 0.7274194 ], │ │ │ │ + [0.30360413, 0.8012017 , 0.20891294], │ │ │ │ + [0.1952621 , 0.58926225, 0.8071913 ]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1886,201 +1886,201 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "01815471": 8, │ │ │ │ - "04390213": 8, │ │ │ │ - "06973168": 8, │ │ │ │ - "07903907": 8, │ │ │ │ - "08409271": 8, │ │ │ │ + "04923521": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ "11": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "12655939": 8, │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "13852833": 8, │ │ │ │ + "1337185": 8, │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ + "14087422": 8, │ │ │ │ + "14638644": 8, │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ - 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