--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdUjpEFG/inputs/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdUjpEFG/out/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-10-26 23:51:52.000000 debian-binary
│ -rw-r--r-- 0 0 0 2756 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r-- 0 0 0 129360 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r-- 0 0 0 129336 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -73,15 +73,15 @@
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23047 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 92630 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 96209 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 49285 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18528 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.version.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 107327 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 16436 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html
│ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73837 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73840 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32438 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 20584 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24310 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html
│ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/
│ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd-doc.python-gsd
│ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/doctools.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/doctools.js
│ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/language_data.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/language_data.js
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html
│ │ │ @@ -346,23 +346,23 @@
│ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │
│ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │
│ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ Out[18]:
│ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833],
│ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907],
│ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516],
│ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ],
│ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935],
│ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ],
│ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ],
│ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138],
│ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.7460145 , 0.01949085, 0.79546684],
│ │ │ + [0.00293216, 0.05436913, 0.28657073],
│ │ │ + [0.7091649 , 0.54380965, 0.31255132],
│ │ │ + [0.9225869 , 0.43124694, 0.9616603 ],
│ │ │ + [0.5161492 , 0.18298338, 0.79265034],
│ │ │ + [0.652933 , 0.212961 , 0.7089793 ],
│ │ │ + [0.58716846, 0.45744005, 0.29252532],
│ │ │ + [0.07475188, 0.620091 , 0.31947407],
│ │ │ + [0.20941712, 0.6998233 , 0.60867786]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │
gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.
│ │ │
│ │ │
│ │ │ Slicing and selection
│ │ │ @@ -389,21 +389,21 @@
│ │ │ Pure python reader
│ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │
│ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │
│ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ Out[25]:
│ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293],
│ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ],
│ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.8831944 , 0.13777146, 0.00762587],
│ │ │ + [0.9305178 , 0.2865845 , 0.7311255 ],
│ │ │ + [0.8197681 , 0.11240514, 0.25198367],
│ │ │ + [0.0432348 , 0.99501115, 0.9535214 ],
│ │ │ + [0.25940055, 0.17049667, 0.16320878],
│ │ │ + [0.25636712, 0.08535201, 0.6188634 ],
│ │ │ + [0.10218039, 0.19605845, 0.36981246]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │ You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files
│ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It
│ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C
│ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with
│ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ @@ -85,23 +85,23 @@
│ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ │ Out[18]:
│ │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833],
│ │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907],
│ │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516],
│ │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ],
│ │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935],
│ │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ],
│ │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ],
│ │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138],
│ │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.7460145 , 0.01949085, 0.79546684],
│ │ │ │ + [0.00293216, 0.05436913, 0.28657073],
│ │ │ │ + [0.7091649 , 0.54380965, 0.31255132],
│ │ │ │ + [0.9225869 , 0.43124694, 0.9616603 ],
│ │ │ │ + [0.5161492 , 0.18298338, 0.79265034],
│ │ │ │ + [0.652933 , 0.212961 , 0.7089793 ],
│ │ │ │ + [0.58716846, 0.45744005, 0.29252532],
│ │ │ │ + [0.07475188, 0.620091 , 0.31947407],
│ │ │ │ + [0.20941712, 0.6998233 , 0.60867786]], dtype=float32)
│ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e.
│ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ **********
│ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a
│ │ │ │ trajectory.
│ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r')
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -120,21 +120,21 @@
│ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ **********
│ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │ │
│ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │ │
│ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ │ Out[25]:
│ │ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293],
│ │ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ],
│ │ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.8831944 , 0.13777146, 0.00762587],
│ │ │ │ + [0.9305178 , 0.2865845 , 0.7311255 ],
│ │ │ │ + [0.8197681 , 0.11240514, 0.25198367],
│ │ │ │ + [0.0432348 , 0.99501115, 0.9535214 ],
│ │ │ │ + [0.25940055, 0.17049667, 0.16320878],
│ │ │ │ + [0.25636712, 0.08535201, 0.6188634 ],
│ │ │ │ + [0.10218039, 0.19605845, 0.36981246]], dtype=float32)
│ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only
│ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation.
│ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO
│ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ │ Warning
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible.
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ @@ -1886,201 +1886,201 @@
│ │ │ │ "12": "py:property",
│ │ │ │ "13": "std:chunk",
│ │ │ │ "14": "std:cmdoption"
│ │ │ │ },
│ │ │ │ "terms": {
│ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21],
│ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ - "01815471": 8,
│ │ │ │ - "04390213": 8,
│ │ │ │ - "06973168": 8,
│ │ │ │ - "07903907": 8,
│ │ │ │ - "08409271": 8,
│ │ │ │ + "00293216": 8,
│ │ │ │ + "00762587": 8,
│ │ │ │ + "01949085": 8,
│ │ │ │ + "0432348": 8,
│ │ │ │ + "05436913": 8,
│ │ │ │ + "07475188": 8,
│ │ │ │ + "08535201": 8,
│ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6,
│ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6,
│ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15],
│ │ │ │ "100": [8, 15, 21],
│ │ │ │ + "10218039": 8,
│ │ │ │ "11": [7, 8, 11, 14],
│ │ │ │ + "11240514": 8,
│ │ │ │ "12": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "127": 1,
│ │ │ │ "13": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "13852833": 8,
│ │ │ │ + "13777146": 8,
│ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14],
│ │ │ │ "15": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14],
│ │ │ │ - "16884954": 8,
│ │ │ │ + "16320878": 8,
│ │ │ │ "17": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "17427872": 8,
│ │ │ │ + "17049667": 8,
│ │ │ │ "18": [7, 8, 11],
│ │ │ │ + "18298338": 8,
│ │ │ │ "19": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "19465043": 8,
│ │ │ │ - "19797507": 8,
│ │ │ │ + "19605845": 8,
│ │ │ │ "1d": [14, 16],
│ │ │ │ "1x1": [18, 19],
│ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "20": [7, 8],
│ │ │ │ "200": [8, 15],
│ │ │ │ "2016": 12,
│ │ │ │ "2019": 11,
│ │ │ │ "2022": 11,
│ │ │ │ "2025": 12,
│ │ │ │ + "20941712": 8,
│ │ │ │ "21": [7, 8],
│ │ │ │ + "212961": 8,
│ │ │ │ "22": [7, 8],
│ │ │ │ "23": [7, 8],
│ │ │ │ "235": 1,
│ │ │ │ "237": 1,
│ │ │ │ "238": 1,
│ │ │ │ "24": [7, 8],
│ │ │ │ "249": 1,
│ │ │ │ "25": [7, 8],
│ │ │ │ - "2524138": 8,
│ │ │ │ + "25198367": 8,
│ │ │ │ "255": 1,
│ │ │ │ "256": [0, 6],
│ │ │ │ + "25636712": 8,
│ │ │ │ "257": 1,
│ │ │ │ + "25940055": 8,
│ │ │ │ "26": [7, 8],
│ │ │ │ - "26418573": 8,
│ │ │ │ "266": 1,
│ │ │ │ "267": 1,
│ │ │ │ "27": [7, 8],
│ │ │ │ "270": 1,
│ │ │ │ - "2707347": 8,
│ │ │ │ "28": [7, 8],
│ │ │ │ "283": 1,
│ │ │ │ + "28657073": 8,
│ │ │ │ + "2865845": 8,
│ │ │ │ "29": [7, 8],
│ │ │ │ + "29252532": 8,
│ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "2gib": 1,
│ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "30": [7, 8],
│ │ │ │ "300": [8, 15],
│ │ │ │ - "3000647": 8,
│ │ │ │ "308": 1,
│ │ │ │ "31": [7, 8],
│ │ │ │ + "31255132": 8,
│ │ │ │ "317": 1,
│ │ │ │ "319": 1,
│ │ │ │ + "31947407": 8,
│ │ │ │ "32": [0, 6, 7, 18],
│ │ │ │ "322": 1,
│ │ │ │ "323": 1,
│ │ │ │ "324": 1,
│ │ │ │ "325": 1,
│ │ │ │ - "326302": 8,
│ │ │ │ "33": 7,
│ │ │ │ - "33428138": 8,
│ │ │ │ - "3375851": 8,
│ │ │ │ "34": 7,
│ │ │ │ - "3424758": 8,
│ │ │ │ - "34757152": 8,
│ │ │ │ "35": 7,
│ │ │ │ "36": 7,
│ │ │ │ "365": 1,
│ │ │ │ "367": 1,
│ │ │ │ - "36787483": 8,
│ │ │ │ + "36981246": 8,
│ │ │ │ "37": 7,
│ │ │ │ "376": 1,
│ │ │ │ "38": 7,
│ │ │ │ "388": 1,
│ │ │ │ "39": 7,
│ │ │ │ "391": 1,
│ │ │ │ - "39234516": 8,
│ │ │ │ "3d": 20,
│ │ │ │ "4": [0, 7, 8, 14, 15, 18, 21],
│ │ │ │ "40": 7,
│ │ │ │ "400": [8, 15],
│ │ │ │ "405": 1,
│ │ │ │ "41": 7,
│ │ │ │ "417": 1,
│ │ │ │ "422": 1,
│ │ │ │ "429": 1,
│ │ │ │ - "42982736": 8,
│ │ │ │ "43": 7,
│ │ │ │ - "43586197": 8,
│ │ │ │ + "43124694": 8,
│ │ │ │ "44": 7,
│ │ │ │ - "4460157": 8,
│ │ │ │ "45": 7,
│ │ │ │ "454": 1,
│ │ │ │ + "45744005": 8,
│ │ │ │ "459": 1,
│ │ │ │ "46": 7,
│ │ │ │ "47": 7,
│ │ │ │ - "47384313": 8,
│ │ │ │ "48": 7,
│ │ │ │ "49": 7,
│ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "50": 7,
│ │ │ │ "500": [8, 15],
│ │ │ │ "51": 7,
│ │ │ │ - "514408": 8,
│ │ │ │ - "51697326": 8,
│ │ │ │ + "5161492": 8,
│ │ │ │ "52": 7,
│ │ │ │ "53": [0, 7],
│ │ │ │ "54": 7,
│ │ │ │ + "54380965": 8,
│ │ │ │ "55": 7,
│ │ │ │ "56": 7,
│ │ │ │ "57": 7,
│ │ │ │ - "5766223": 8,
│ │ │ │ + "58716846": 8,
│ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15],
│ │ │ │ "600": [8, 15],
│ │ │ │ - "60713637": 8,
│ │ │ │ - "62274706": 8,
│ │ │ │ + "60867786": 8,
│ │ │ │ + "6188634": 8,
│ │ │ │ + "620091": 8,
│ │ │ │ "63": [0, 6],
│ │ │ │ "638": 8,
│ │ │ │ "639": 8,
│ │ │ │ "64": [0, 6, 11],
│ │ │ │ "640": 8,
│ │ │ │ "641": 8,
│ │ │ │ "642": 8,
│ │ │ │ - "64990264": 8,
│ │ │ │ + "652933": 8,
│ │ │ │ "65535": 6,
│ │ │ │ "657": 7,
│ │ │ │ "658": 7,
│ │ │ │ "659": 7,
│ │ │ │ "660": 7,
│ │ │ │ "661": 7,
│ │ │ │ + "6998233": 8,
│ │ │ │ "6x1": 18,
│ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "70": 14,
│ │ │ │ "700": [8, 15],
│ │ │ │ - "70998293": 8,
│ │ │ │ - "7464482": 8,
│ │ │ │ - "75219935": 8,
│ │ │ │ + "7089793": 8,
│ │ │ │ + "7091649": 8,
│ │ │ │ + "7311255": 8,
│ │ │ │ + "7460145": 8,
│ │ │ │ "768": 14,
│ │ │ │ "769": 14,
│ │ │ │ "770": 14,
│ │ │ │ "771": 14,
│ │ │ │ "772": 14,
│ │ │ │ "774": 8,
│ │ │ │ "775": 8,
│ │ │ │ "776": 8,
│ │ │ │ "778": 8,
│ │ │ │ "780": 8,
│ │ │ │ "781": [8, 14],
│ │ │ │ "782": 14,
│ │ │ │ "783": 14,
│ │ │ │ "784": 14,
│ │ │ │ - "7849402": 8,
│ │ │ │ "785": 14,
│ │ │ │ - "78513753": 8,
│ │ │ │ - "7860725": 8,
│ │ │ │ + "79265034": 8,
│ │ │ │ + "79546684": 8,
│ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19],
│ │ │ │ "80": [6, 14, 21],
│ │ │ │ "800": [8, 15],
│ │ │ │ - "80341": 8,
│ │ │ │ - "80702525": 8,
│ │ │ │ - "8107527": 8,
│ │ │ │ - "8265358": 8,
│ │ │ │ - "8283008": 8,
│ │ │ │ - "8589576": 8,
│ │ │ │ - "88450336": 8,
│ │ │ │ + "8197681": 8,
│ │ │ │ + "8831944": 8,
│ │ │ │ "9": [7, 8, 11, 14, 15],
│ │ │ │ "90": 14,
│ │ │ │ "900": [8, 15],
│ │ │ │ - "9131632": 8,
│ │ │ │ - "9329659": 8,
│ │ │ │ - "96442294": 8,
│ │ │ │ - "9842364": 8,
│ │ │ │ + "9225869": 8,
│ │ │ │ + "9305178": 8,
│ │ │ │ + "9535214": 8,
│ │ │ │ + "9616603": 8,
│ │ │ │ + "99501115": 8,
│ │ │ │ "A": [0, 5, 6, 8, 9, 12, 18, 19],
│ │ │ │ "AND": 12,
│ │ │ │ "AS": 12,
│ │ │ │ "As": 15,
│ │ │ │ "BE": 12,
│ │ │ │ "BUT": 12,
│ │ │ │ "BY": 12,