--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdWADN5I/inputs/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdWADN5I/out/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-10-26 23:51:52.000000 debian-binary
│ --rw-r--r-- 0 0 0 2756 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r-- 0 0 0 129360 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r-- 0 0 0 2752 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r-- 0 0 0 129340 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html
│ │ │ @@ -346,23 +346,23 @@
│ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │
│ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │
│ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ Out[18]:
│ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833],
│ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907],
│ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516],
│ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ],
│ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935],
│ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ],
│ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ],
│ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138],
│ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.99530613, 0.5000911 , 0.20847401],
│ │ │ + [0.71787727, 0.9473399 , 0.59431624],
│ │ │ + [0.91333914, 0.13206366, 0.22817159],
│ │ │ + [0.8907448 , 0.05683813, 0.43761 ],
│ │ │ + [0.4178153 , 0.90364105, 0.61361384],
│ │ │ + [0.61732477, 0.98800015, 0.8684243 ],
│ │ │ + [0.5033589 , 0.98851883, 0.11296801],
│ │ │ + [0.5900938 , 0.4438062 , 0.23174107],
│ │ │ + [0.15872686, 0.28357223, 0.6852365 ]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │
gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.
│ │ │
│ │ │
│ │ │ Slicing and selection
│ │ │ @@ -389,21 +389,21 @@
│ │ │ Pure python reader
│ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │
│ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │
│ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ Out[25]:
│ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293],
│ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ],
│ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.11316807, 0.7187591 , 0.15156968],
│ │ │ + [0.3079818 , 0.84651804, 0.4445039 ],
│ │ │ + [0.773006 , 0.45808464, 0.04662025],
│ │ │ + [0.91911435, 0.618283 , 0.1578363 ],
│ │ │ + [0.02604732, 0.979157 , 0.39319816],
│ │ │ + [0.48547572, 0.3287064 , 0.10426712],
│ │ │ + [0.20607853, 0.7322682 , 0.44011548]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │ You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files
│ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It
│ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C
│ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with
│ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ ├── html2text {}
│ │ │ │ @@ -85,23 +85,23 @@
│ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [17]: frame.particles.N
│ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9)
│ │ │ │
│ │ │ │ In [18]: frame.particles.position
│ │ │ │ Out[18]:
│ │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833],
│ │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907],
│ │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516],
│ │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ],
│ │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935],
│ │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ],
│ │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ],
│ │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138],
│ │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.99530613, 0.5000911 , 0.20847401],
│ │ │ │ + [0.71787727, 0.9473399 , 0.59431624],
│ │ │ │ + [0.91333914, 0.13206366, 0.22817159],
│ │ │ │ + [0.8907448 , 0.05683813, 0.43761 ],
│ │ │ │ + [0.4178153 , 0.90364105, 0.61361384],
│ │ │ │ + [0.61732477, 0.98800015, 0.8684243 ],
│ │ │ │ + [0.5033589 , 0.98851883, 0.11296801],
│ │ │ │ + [0.5900938 , 0.4438062 , 0.23174107],
│ │ │ │ + [0.15872686, 0.28357223, 0.6852365 ]], dtype=float32)
│ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file.
│ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e.
│ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ **********
│ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a
│ │ │ │ trajectory.
│ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r')
│ │ │ │
│ │ │ │ @@ -120,21 +120,21 @@
│ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ **********
│ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │ │
│ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │ │
│ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │ │ Out[25]:
│ │ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293],
│ │ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ],
│ │ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ │ +array([[0.11316807, 0.7187591 , 0.15156968],
│ │ │ │ + [0.3079818 , 0.84651804, 0.4445039 ],
│ │ │ │ + [0.773006 , 0.45808464, 0.04662025],
│ │ │ │ + [0.91911435, 0.618283 , 0.1578363 ],
│ │ │ │ + [0.02604732, 0.979157 , 0.39319816],
│ │ │ │ + [0.48547572, 0.3287064 , 0.10426712],
│ │ │ │ + [0.20607853, 0.7322682 , 0.44011548]], dtype=float32)
│ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only
│ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation.
│ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO
│ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet.
│ │ │ │ Warning
│ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible.
│ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js
│ │ │ ├── js-beautify {}
│ │ │ │ @@ -1886,201 +1886,201 @@
│ │ │ │ "12": "py:property",
│ │ │ │ "13": "std:chunk",
│ │ │ │ "14": "std:cmdoption"
│ │ │ │ },
│ │ │ │ "terms": {
│ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21],
│ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ - "01815471": 8,
│ │ │ │ - "04390213": 8,
│ │ │ │ - "06973168": 8,
│ │ │ │ - "07903907": 8,
│ │ │ │ - "08409271": 8,
│ │ │ │ + "02604732": 8,
│ │ │ │ + "04662025": 8,
│ │ │ │ + "05683813": 8,
│ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6,
│ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6,
│ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15],
│ │ │ │ "100": [8, 15, 21],
│ │ │ │ + "10426712": 8,
│ │ │ │ "11": [7, 8, 11, 14],
│ │ │ │ + "11296801": 8,
│ │ │ │ + "11316807": 8,
│ │ │ │ "12": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "127": 1,
│ │ │ │ "13": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "13852833": 8,
│ │ │ │ + "13206366": 8,
│ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14],
│ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14],
│ │ │ │ "15": [7, 8, 14],
│ │ │ │ + "15156968": 8,
│ │ │ │ + "1578363": 8,
│ │ │ │ + "15872686": 8,
│ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14],
│ │ │ │ - "16884954": 8,
│ │ │ │ "17": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "17427872": 8,
│ │ │ │ "18": [7, 8, 11],
│ │ │ │ "19": [7, 8, 14],
│ │ │ │ - "19465043": 8,
│ │ │ │ - "19797507": 8,
│ │ │ │ "1d": [14, 16],
│ │ │ │ "1x1": [18, 19],
│ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20],
│ │ │ │ "20": [7, 8],
│ │ │ │ "200": [8, 15],
│ │ │ │ "2016": 12,
│ │ │ │ "2019": 11,
│ │ │ │ "2022": 11,
│ │ │ │ "2025": 12,
│ │ │ │ + "20607853": 8,
│ │ │ │ + "20847401": 8,
│ │ │ │ "21": [7, 8],
│ │ │ │ "22": [7, 8],
│ │ │ │ + "22817159": 8,
│ │ │ │ "23": [7, 8],
│ │ │ │ + "23174107": 8,
│ │ │ │ "235": 1,
│ │ │ │ "237": 1,
│ │ │ │ "238": 1,
│ │ │ │ "24": [7, 8],
│ │ │ │ "249": 1,
│ │ │ │ "25": [7, 8],
│ │ │ │ - "2524138": 8,
│ │ │ │ "255": 1,
│ │ │ │ "256": [0, 6],
│ │ │ │ "257": 1,
│ │ │ │ "26": [7, 8],
│ │ │ │ - "26418573": 8,
│ │ │ │ "266": 1,
│ │ │ │ "267": 1,
│ │ │ │ "27": [7, 8],
│ │ │ │ "270": 1,
│ │ │ │ - "2707347": 8,
│ │ │ │ "28": [7, 8],
│ │ │ │ "283": 1,
│ │ │ │ + "28357223": 8,
│ │ │ │ "29": [7, 8],
│ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "2gib": 1,
│ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19],
│ │ │ │ "30": [7, 8],
│ │ │ │ "300": [8, 15],
│ │ │ │ - "3000647": 8,
│ │ │ │ + "3079818": 8,
│ │ │ │ "308": 1,
│ │ │ │ "31": [7, 8],
│ │ │ │ "317": 1,
│ │ │ │ "319": 1,
│ │ │ │ "32": [0, 6, 7, 18],
│ │ │ │ "322": 1,
│ │ │ │ "323": 1,
│ │ │ │ "324": 1,
│ │ │ │ "325": 1,
│ │ │ │ - "326302": 8,
│ │ │ │ + "3287064": 8,
│ │ │ │ "33": 7,
│ │ │ │ - "33428138": 8,
│ │ │ │ - "3375851": 8,
│ │ │ │ "34": 7,
│ │ │ │ - "3424758": 8,
│ │ │ │ - "34757152": 8,
│ │ │ │ "35": 7,
│ │ │ │ "36": 7,
│ │ │ │ "365": 1,
│ │ │ │ "367": 1,
│ │ │ │ - "36787483": 8,
│ │ │ │ "37": 7,
│ │ │ │ "376": 1,
│ │ │ │ "38": 7,
│ │ │ │ "388": 1,
│ │ │ │ "39": 7,
│ │ │ │ "391": 1,
│ │ │ │ - "39234516": 8,
│ │ │ │ + "39319816": 8,
│ │ │ │ "3d": 20,
│ │ │ │ "4": [0, 7, 8, 14, 15, 18, 21],
│ │ │ │ "40": 7,
│ │ │ │ "400": [8, 15],
│ │ │ │ "405": 1,
│ │ │ │ "41": 7,
│ │ │ │ "417": 1,
│ │ │ │ + "4178153": 8,
│ │ │ │ "422": 1,
│ │ │ │ "429": 1,
│ │ │ │ - "42982736": 8,
│ │ │ │ "43": 7,
│ │ │ │ - "43586197": 8,
│ │ │ │ + "43761": 8,
│ │ │ │ "44": 7,
│ │ │ │ - "4460157": 8,
│ │ │ │ + "44011548": 8,
│ │ │ │ + "4438062": 8,
│ │ │ │ + "4445039": 8,
│ │ │ │ "45": 7,
│ │ │ │ "454": 1,
│ │ │ │ + "45808464": 8,
│ │ │ │ "459": 1,
│ │ │ │ "46": 7,
│ │ │ │ "47": 7,
│ │ │ │ - "47384313": 8,
│ │ │ │ "48": 7,
│ │ │ │ + "48547572": 8,
│ │ │ │ "49": 7,
│ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "50": 7,
│ │ │ │ "500": [8, 15],
│ │ │ │ + "5000911": 8,
│ │ │ │ + "5033589": 8,
│ │ │ │ "51": 7,
│ │ │ │ - "514408": 8,
│ │ │ │ - "51697326": 8,
│ │ │ │ "52": 7,
│ │ │ │ "53": [0, 7],
│ │ │ │ "54": 7,
│ │ │ │ "55": 7,
│ │ │ │ "56": 7,
│ │ │ │ "57": 7,
│ │ │ │ - "5766223": 8,
│ │ │ │ + "5900938": 8,
│ │ │ │ + "59431624": 8,
│ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15],
│ │ │ │ "600": [8, 15],
│ │ │ │ - "60713637": 8,
│ │ │ │ - "62274706": 8,
│ │ │ │ + "61361384": 8,
│ │ │ │ + "61732477": 8,
│ │ │ │ + "618283": 8,
│ │ │ │ "63": [0, 6],
│ │ │ │ "638": 8,
│ │ │ │ "639": 8,
│ │ │ │ "64": [0, 6, 11],
│ │ │ │ "640": 8,
│ │ │ │ "641": 8,
│ │ │ │ "642": 8,
│ │ │ │ - "64990264": 8,
│ │ │ │ "65535": 6,
│ │ │ │ "657": 7,
│ │ │ │ "658": 7,
│ │ │ │ "659": 7,
│ │ │ │ "660": 7,
│ │ │ │ "661": 7,
│ │ │ │ + "6852365": 8,
│ │ │ │ "6x1": 18,
│ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19],
│ │ │ │ "70": 14,
│ │ │ │ "700": [8, 15],
│ │ │ │ - "70998293": 8,
│ │ │ │ - "7464482": 8,
│ │ │ │ - "75219935": 8,
│ │ │ │ + "71787727": 8,
│ │ │ │ + "7187591": 8,
│ │ │ │ + "7322682": 8,
│ │ │ │ "768": 14,
│ │ │ │ "769": 14,
│ │ │ │ "770": 14,
│ │ │ │ "771": 14,
│ │ │ │ "772": 14,
│ │ │ │ + "773006": 8,
│ │ │ │ "774": 8,
│ │ │ │ "775": 8,
│ │ │ │ "776": 8,
│ │ │ │ "778": 8,
│ │ │ │ "780": 8,
│ │ │ │ "781": [8, 14],
│ │ │ │ "782": 14,
│ │ │ │ "783": 14,
│ │ │ │ "784": 14,
│ │ │ │ - "7849402": 8,
│ │ │ │ "785": 14,
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