--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdv6M2uY/inputs/gromacs-data_2025.2-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdv6M2uY/out/gromacs-data_2025.2-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-05-14 01:00:25.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 461116 2025-05-14 01:00:25.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 45605620 2025-05-14 01:00:25.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 461252 2025-05-14 01:00:25.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 45603504 2025-05-14 01:00:25.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,13 +1,13 @@ │ │ │ Package: gromacs-data │ │ │ Source: gromacs │ │ │ Version: 2025.2-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debichem Team │ │ │ -Installed-Size: 329463 │ │ │ +Installed-Size: 329461 │ │ │ Depends: libjs-mathjax │ │ │ Recommends: gromacs │ │ │ Section: science │ │ │ Priority: optional │ │ │ Multi-Arch: foreign │ │ │ Homepage: https://www.gromacs.org/ │ │ │ Description: GROMACS molecular dynamics sim, data and documentation │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -4907,15 +4907,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 57841 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/domdechelper_8h__incl.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4939 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_1.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9044 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_2.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3109 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_3.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9571 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_4.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9642 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_5.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7608 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_inline_dotgraph_6.svg │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 167881 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_module-deps.svg │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 164682 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_module-deps.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 45631 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/doxygen.css │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 15461 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/doxygen.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6490 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dssp_8h.xhtml │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3968 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dssp_8h__dep__incl.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 22066 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dssp_8h__incl.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7704 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dynsections.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 21946 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/edsam_8h.xhtml │ │ │ @@ -8975,34 +8975,34 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8164 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/scope__guard_8cpp.xhtml │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3361 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/scope__guard_8cpp__incl.svg │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 152 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_0.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 148 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 115224 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_10.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 110568 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 101091 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 101175 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 181888 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7829 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_14.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 119157 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 293624 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_16.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 293583 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_16.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 103425 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32889 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 30659 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_19.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 29292 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1a.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18491 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1b.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1912 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1c.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1847 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1d.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11233 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_1e.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 209 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_2.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 40617 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_3.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 148504 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_4.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 74886 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 276667 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 139070 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 138182 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 74852 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 276622 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 139114 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 138222 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 128931 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_9.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 272465 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_a.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 43175 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 153214 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_c.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2423 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_d.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11123 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_e.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 58582 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_f.js │ │ │ @@ -14653,21 +14653,21 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4671 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/requirements_8h__dep__incl.svg │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 17054 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/resall_8h.xhtml │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7814 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/restraintpotential_8h.xhtml │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 158 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_0.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 154 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_1.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28008 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_10.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 35125 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_11.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 35056 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_11.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 36704 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_12.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 351 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_13.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 30036 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_14.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 74024 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_15.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 21176 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_16.js │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7128 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7088 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8573 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_18.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5070 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_19.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2337 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_1a.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 954 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_1b.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2677 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_1d.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1269 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_2.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 47150 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_3.js │ │ │ @@ -17311,15 +17311,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1697 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/impl__reference__simd4__float_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2009 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/impl__reference__simd__double_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1837 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/impl__reference__simd__float_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1886 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/impl__reference__util__double_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1690 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/impl__reference__util__float_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4657 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3225 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xml.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 994607 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 993593 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2648 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xsd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4777 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index_8cpp.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3525 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1786 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/indexpage.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9086 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/indexutil_8cpp.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 12250 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/indexutil_8h.xml.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 943 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/init_8cpp.xml.gz │ │ │ @@ -20411,15 +20411,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 76159 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/2025/major/portability.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 74771 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/2025/major/removed-functionality.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 80075 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/2025/major/tools.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 96451 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/index.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/older/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73904 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/release-notes/older/index.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 70847 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1292988 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1294753 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 156475 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/cmdline.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 74858 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/deprecation-policy.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 115109 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/environment-variables.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 93054 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/faq.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 75791 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/floating-point.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 82144 2025-05-14 01:00:25.000000 ./usr/share/doc/gromacs/html/user-guide/flow.html │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/dot_module-deps.svg │ │ │ @@ -10,10484 +10,10284 @@ │ │ │ 00000090: 7667 3131 2e64 7464 223e 0a3c 212d 2d20 vg11.dtd">.....< │ │ │ +000001d0: 6528 3420 3132 3137 2e35 3329 223e 0a3c e(4 1217.53)">.< │ │ │ 000001e0: 7469 746c 653e 696e 636c 7564 6564 6570 title>includedep │ │ │ 000001f0: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6f6c 7967 s...cluster_libgro │ │ │ 00000290: 6d61 6373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 706f macs..libgromacs.... │ │ │ -000003b0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -000003c0: 635f 7072 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e c_programs_mdrun │ │ │ -000003d0: 5f74 6573 7473 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _tests.< │ │ │ -000003e0: 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3122 3e3c g id="a_node1">< │ │ │ -000003f0: 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 3d22 6772 a xlink:href="gr │ │ │ -00000400: 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f 5f6d 6472 oup__module__mdr │ │ │ -00000410: 756e 5f5f 696e 7465 6772 6174 696f 6e5f un__integration_ │ │ │ -00000420: 5f74 6573 7473 2e78 6874 6d6c 2220 7461 _tests.xhtml" ta │ │ │ -00000430: 7267 6574 3d22 5f74 6f70 2220 786c 696e rget="_top" xlin │ │ │ -00000440: 6b3a 7469 746c 653d 226d 6472 756e 5f69 k:title="mdrun_i │ │ │ -00000450: 6e74 6567 7261 7469 6f6e 5f74 6573 7473 ntegration_tests │ │ │ -00000460: 223e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c ">.. │ │ │ -00000510: 6d64 7275 6e5f 696e 7465 6772 6174 696f mdrun_integratio │ │ │ -00000520: 6e5f 7465 7374 733c 2f74 6578 743e 0a3c n_tests.< │ │ │ -00000530: 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 /a>.... │ │ │ -00000560: 3c67 2069 643d 226e 6f64 6539 2220 636c .module_src_gr │ │ │ -00000590: 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 733c 2f74 6974 omacs_tools..tools.< │ │ │ -00000660: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...module_src_pr │ │ │ -000006e0: 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 ograms_mdrun_tes │ │ │ -000006f0: 7473 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ts->modul │ │ │ -00000700: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f e_src_gromacs_to │ │ │ -00000710: 6f6c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ols.. │ │ │ -00000910: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module_src_grom │ │ │ -00000970: 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 3c2f acs_trajectory..trajectory....mod │ │ │ -00000ac0: 756c 655f 7372 635f 7072 6f67 7261 6d73 ule_src_programs │ │ │ -00000ad0: 5f6d 6472 756e 5f74 6573 7473 2623 3435 _mdrun_tests- │ │ │ -00000ae0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00000af0: 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f gromacs_trajecto │ │ │ -00000b00: 7279 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ry. │ │ │ -00000be0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ..< │ │ │ -00000c50: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mod │ │ │ -00000ca0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00000cb0: 6861 7264 7761 7265 3c2f 7469 746c 653e hardware │ │ │ -00000cc0: 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 ..hardware │ │ │ -00000d80: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -00001090: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000010a0: 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c fileio.< │ │ │ -000010b0: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2362 ellipse fill="#b │ │ │ -000010c0: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 fbfbf" stroke="b │ │ │ -000010d0: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3934 3922 2063 lack" cx="949" c │ │ │ -000010e0: 793d 222d 3533 322e 3422 2072 783d 2232 y="-532.4" rx="2 │ │ │ -000010f0: 3722 2072 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 7" ry="13.37"/>. │ │ │ -00001100: 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f fileio....module │ │ │ -000011e0: 5f73 7263 5f70 726f 6772 616d 735f 6d64 _src_programs_md │ │ │ -000011f0: 7275 6e5f 7465 7374 7326 2334 353b 2667 run_tests-&g │ │ │ -00001200: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00001210: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 macs_fileio</tit │ │ │ -00001220: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00001230: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ -00001240: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 652d 6461 ccc28" stroke-da │ │ │ -00001250: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -00001260: 224d 3237 3538 2e30 382c 2d31 3035 2e38 "M2758.08,-105.8 │ │ │ -00001270: 3943 3237 3336 2e36 352c 2d31 3236 2e37 9C2736.65,-126.7 │ │ │ -00001280: 3420 3236 3938 2c2d 3137 302e 3734 2032 4 2698,-170.74 2 │ │ │ -00001290: 3639 382c 2d32 3137 2e30 3520 3236 3938 698,-217.05 2698 │ │ │ -000012a0: 2c2d 3430 372e 3636 2032 3639 382c 2d34 ,-407.66 2698,-4 │ │ │ -000012b0: 3037 2e36 3620 3236 3938 2c2d 3430 372e 07.66 2698,-407. │ │ │ -000012c0: 3636 2032 3639 382c 2d34 3936 2e36 3120 66 2698,-496.61 │ │ │ -000012d0: 3132 3339 2e36 2c2d 3532 362e 3239 2039 1239.6,-526.29 9 │ │ │ -000012e0: 3836 2e32 382c 2d35 3330 2e37 3722 2f3e 86.28,-530.77"/> │ │ │ -000012f0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ -00001300: 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d #2ccc28" stroke= │ │ │ -00001310: 2223 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 "#2ccc28" points │ │ │ -00001320: 3d22 3938 362e 3036 2c2d 3532 372e 3237 ="986.06,-527.27 │ │ │ -00001330: 2039 3736 2e31 322c 2d35 3330 2e39 3520 976.12,-530.95 │ │ │ -00001340: 3938 362e 3138 2c2d 3533 342e 3237 2039 986.18,-534.27 9 │ │ │ -00001350: 3836 2e30 362c 2d35 3237 2e32 3722 2f3e 86.06,-527.27"/> │ │ │ -00001360: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ -00001370: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e e_src_gromacs_on │ │ │ -00001380: 6c69 6e65 6865 6c70 202d 2d3e 0a3c 6720 linehelp -->.<g │ │ │ -00001390: 6964 3d22 6e6f 6465 3236 2220 636c 6173 id="node26" clas │ │ │ -000013a0: 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="node">.<title │ │ │ -000013b0: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ -000013c0: 6163 735f 6f6e 6c69 6e65 6865 6c70 3c2f acs_onlinehelp</ │ │ │ -000013d0: 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f title>.<g id="a_ │ │ │ -000013e0: 6e6f 6465 3236 223e 3c61 2078 6c69 6e6b node26"><a xlink │ │ │ -000013f0: 3a68 7265 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f :href="group__mo │ │ │ -00001400: 6475 6c65 5f5f 6f6e 6c69 6e65 6865 6c70 dule__onlinehelp │ │ │ -00001410: 2e78 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 .xhtml" target=" │ │ │ -00001420: 5f74 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c _top" xlink:titl │ │ │ -00001430: 653d 226f 6e6c 696e 6568 656c 7022 3e0a e="onlinehelp">. │ │ │ -00001440: 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d 2223 <ellipse fill="# │ │ │ -00001450: 6666 6534 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 ffe4cc" stroke=" │ │ │ -00001460: 626c 6163 6b22 2063 783d 2231 3938 3822 black" cx="1988" │ │ │ -00001470: 2063 793d 222d 3533 322e 3422 2072 783d cy="-532.4" rx= │ │ │ -00001480: 2234 322e 3335 2220 7279 3d22 3133 2e33 "42.35" ry="13.3 │ │ │ -00001490: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.<text text- │ │ │ -000014a0: 616e 6368 6f72 3d22 6d69 6464 6c65 2220 anchor="middle" │ │ │ -000014b0: 783d 2231 3938 3822 2079 3d22 2d35 3239 x="1988" y="-529 │ │ │ -000014c0: 2e39 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 793d .9" font-family= │ │ │ -000014d0: 2246 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e 742d "FreeSans" font- │ │ │ -000014e0: 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e6f 6e6c size="10.00">onl │ │ │ -000014f0: 696e 6568 656c 703c 2f74 6578 743e 0a3c inehelp</text>.< │ │ │ -00001500: 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 /a>.</g>.</g>.<! │ │ │ -00001510: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 7072 -- module_src_pr │ │ │ -00001520: 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 ograms_mdrun_tes │ │ │ -00001530: 7473 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ts->modul │ │ │ -00001540: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e e_src_gromacs_on │ │ │ -00001550: 6c69 6e65 6865 6c70 202d 2d3e 0a3c 6720 linehelp -->.<g │ │ │ -00001560: 6964 3d22 6564 6765 3238 3122 2063 6c61 id="edge281" cla │ │ │ -00001570: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -00001580: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f e>module_src_pro │ │ │ -00001590: 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 grams_mdrun_test │ │ │ -000015a0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -000015b0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f 6e6c _src_gromacs_onl │ │ │ -000015c0: 696e 6568 656c 703c 2f74 6974 6c65 3e0a inehelp. │ │ │ -000015d0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .. │ │ │ -00001740: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .. │ │ │ -00001780: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -00001790: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e rc_gromacs_gmxan │ │ │ -000017a0: 613c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 a. │ │ │ -00001800: 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 .gmxan │ │ │ -00001860: 613c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 a....mo │ │ │ -000018e0: 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f 6772 616d dule_src_program │ │ │ -000018f0: 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 7326 2334 s_mdrun_tests │ │ │ -00001900: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00001910: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 613c _gromacs_gmxana< │ │ │ -00001920: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00001930: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00001940: 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b ="#2ccc28" strok │ │ │ -00001950: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ -00001960: 2220 643d 224d 3237 3836 2e36 372c 2d31 " d="M2786.67,-1 │ │ │ -00001970: 3035 2e37 3443 3238 3039 2e32 372c 2d31 05.74C2809.27,-1 │ │ │ -00001980: 3236 2e33 3720 3238 3530 2c2d 3137 302e 26.37 2850,-170. │ │ │ -00001990: 3037 2032 3835 302c 2d32 3137 2e30 3520 07 2850,-217.05 │ │ │ -000019a0: 3238 3530 2c2d 3430 372e 3636 2032 3835 2850,-407.66 285 │ │ │ -000019b0: 302c 2d34 3037 2e36 3620 3238 3530 2c2d 0,-407.66 2850,- │ │ │ -000019c0: 3430 372e 3636 2032 3835 302c 2d34 3630 407.66 2850,-460 │ │ │ -000019d0: 2e38 3520 3238 3233 2e39 312c 2d34 3638 .85 2823.91,-468 │ │ │ -000019e0: 2e38 3720 3238 3036 2c2d 3531 382e 3936 .87 2806,-518.96 │ │ │ -000019f0: 2032 3735 392e 3434 2c2d 3634 392e 3220 2759.44,-649.2 │ │ │ -00001a00: 3237 3139 2e36 322c 2d31 3032 302e 3034 2719.62,-1020.04 │ │ │ -00001a10: 2032 3631 362c 2d31 3131 312e 3636 2032 2616,-1111.66 2 │ │ │ -00001a20: 3339 312e 3331 2c2d 3133 3130 2e33 3220 391.31,-1310.32 │ │ │ -00001a30: 3232 3530 2e37 392c 2d31 3230 312e 3639 2250.79,-1201.69 │ │ │ -00001a40: 2031 3935 332c 2d31 3233 372e 3420 3136 1953,-1237.4 16 │ │ │ -00001a50: 3039 2e32 2c2d 3132 3738 2e36 3320 3131 09.2,-1278.63 11 │ │ │ -00001a60: 3930 2e38 332c 2d31 3238 342e 3820 3130 90.83,-1284.8 10 │ │ │ -00001a70: 3534 2e33 382c 2d31 3238 352e 3639 222f 54.38,-1285.69"/ │ │ │ -00001a80: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ -00001a90: 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 "#2ccc28" stroke │ │ │ -00001aa0: 3d22 2332 6363 6332 3822 2070 6f69 6e74 ="#2ccc28" point │ │ │ -00001ab0: 733d 2231 3035 342e 3237 2c2d 3132 3832 s="1054.27,-1282 │ │ │ -00001ac0: 2e31 3920 3130 3434 2e32 392c 2d31 3238 .19 1044.29,-128 │ │ │ -00001ad0: 352e 3735 2031 3035 342e 3331 2c2d 3132 5.75 1054.31,-12 │ │ │ -00001ae0: 3839 2e31 3920 3130 3534 2e32 372c 2d31 89.19 1054.27,-1 │ │ │ -00001af0: 3238 322e 3139 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 282.19"/>.</g>.< │ │ │ -00001b00: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00001b10: 726f 6d61 6373 5f6d 6473 7061 6e20 2d2d romacs_mdspan -- │ │ │ -00001b20: 3e0a 3c67 2069 643d 226e 6f64 6533 3322 >.<g id="node33" │ │ │ -00001b30: 2063 6c61 7373 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c class="node">.< │ │ │ -00001b40: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00001b50: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6473 7061 6e3c _gromacs_mdspan< │ │ │ -00001b60: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 /title>.<ellipse │ │ │ -00001b70: 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 fill="#bfbfbf" │ │ │ -00001b80: 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 stroke="black" c │ │ │ -00001b90: 783d 2234 3830 2220 6379 3d22 2d32 392e x="480" cy="-29. │ │ │ -00001ba0: 3434 2220 7278 3d22 3336 2e31 3222 2072 44" rx="36.12" r │ │ │ -00001bb0: 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 y="13.37"/>.<tex │ │ │ -00001bc0: 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d t text-anchor="m │ │ │ -00001bd0: 6964 646c 6522 2078 3d22 3438 3022 2079 iddle" x="480" y │ │ │ -00001be0: 3d22 2d32 362e 3934 2220 666f 6e74 2d66 ="-26.94" font-f │ │ │ -00001bf0: 616d 696c 793d 2246 7265 6553 616e 7322 amily="FreeSans" │ │ │ -00001c00: 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 font-size="10.0 │ │ │ -00001c10: 3022 3e6d 6473 7061 6e3c 2f74 6578 743e 0">mdspan</text> │ │ │ -00001c20: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ -00001c30: 655f 7372 635f 7072 6f67 7261 6d73 5f6d e_src_programs_m │ │ │ -00001c40: 6472 756e 5f74 6573 7473 2623 3435 3b26 drun_tests-& │ │ │ -00001c50: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00001c60: 6f6d 6163 735f 6d64 7370 616e 202d 2d3e omacs_mdspan --> │ │ │ -00001c70: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3238 3322 .<g id="edge283" │ │ │ -00001c80: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ -00001c90: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00001ca0: 5f70 726f 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f _programs_mdrun_ │ │ │ -00001cb0: 7465 7374 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f tests->mo │ │ │ -00001cc0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00001cd0: 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a _mdspan. │ │ │ -00001ce0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .... │ │ │ -00001e10: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -00001e20: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 rc_gromacs_ewald │ │ │ -00001e30: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 ...ewald... │ │ │ -00001f60: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ... │ │ │ -00001fd0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f 6772 module_src_progr │ │ │ -00001fe0: 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 7326 ams_mdrun_tests& │ │ │ -00001ff0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00002000: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 rc_gromacs_ewald │ │ │ -00002010: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......module_ │ │ │ -00002160: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 src_gromacs_gmxp │ │ │ -00002170: 7265 7072 6f63 6573 733c 2f74 6974 6c65 reprocess..gmxpreprocess │ │ │ -00002240: 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d ...< │ │ │ -000022a0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3237 3922 2063 g id="edge279" c │ │ │ -000022b0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_p │ │ │ -000022d0: 726f 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 rograms_mdrun_te │ │ │ -000022e0: 7374 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sts->modu │ │ │ -000022f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -00002300: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 3c2f 7469 mxpreprocess....< │ │ │ -000024f0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00002500: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ -00002510: 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f ne -->..modul │ │ │ -00002540: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ -00002550: 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 mmandline...comm │ │ │ -00002680: 616e 646c 696e 653c 2f74 6578 743e 0a3c andline.< │ │ │ -00002690: 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 /a>.....module_src_pr │ │ │ -00002720: 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 ograms_mdrun_tes │ │ │ -00002730: 7473 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ts->modul │ │ │ -00002740: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ -00002750: 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 mmandline..

│ │ │ -000028d0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module │ │ │ -00002930: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f72 _src_gromacs_cor │ │ │ -00002940: 7265 6c61 7469 6f6e 6675 6e63 7469 6f6e relationfunction │ │ │ -00002950: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d s...correlation │ │ │ -00002a90: 6675 6e63 7469 6f6e 733c 2f74 6578 743e functions │ │ │ -00002aa0: 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a .... │ │ │ -00002ab0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f . │ │ │ -00002ad0: 3c67 2069 643d 226e 6f64 6536 2220 636c .module_src_gr │ │ │ -00002b00: 6f6d 6163 735f 6666 743c 2f74 6974 6c65 omacs_fft..ff │ │ │ -00002bc0: 743c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 t....module_src_grom │ │ │ -00002c50: 6163 735f 636f 7272 656c 6174 696f 6e66 acs_correlationf │ │ │ -00002c60: 756e 6374 696f 6e73 2623 3435 3b26 6774 unctions-> │ │ │ -00002c70: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00002c80: 6163 735f 6666 743c 2f74 6974 6c65 3e0a acs_fft. │ │ │ -00002c90: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .

....module_src_grom │ │ │ -00002e00: 6163 735f 636f 7272 656c 6174 696f 6e66 acs_correlationf │ │ │ -00002e10: 756e 6374 696f 6e73 2623 3435 3b26 6774 unctions-> │ │ │ -00002e20: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00002e30: 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c acs_fileio</titl │ │ │ -00002e40: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00002e50: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 one" stroke="#bf │ │ │ -00002e60: 6266 6266 2220 643d 224d 3932 382e 3032 bfbf" d="M928.02 │ │ │ -00002e70: 2c2d 3132 3130 2e38 3643 3837 382e 3038 ,-1210.86C878.08 │ │ │ -00002e80: 2c2d 3131 3739 2e36 3520 3734 362e 3435 ,-1179.65 746.45 │ │ │ -00002e90: 2c2d 3130 3931 2e34 3720 3637 322c 2d39 ,-1091.47 672,-9 │ │ │ -00002ea0: 3835 2e39 3220 3537 392e 3235 2c2d 3835 85.92 579.25,-85 │ │ │ -00002eb0: 342e 3433 2035 3331 2c2d 3830 342e 3336 4.43 531,-804.36 │ │ │ -00002ec0: 2035 3531 2c2d 3634 342e 3720 3535 342e 551,-644.7 554. │ │ │ -00002ed0: 3538 2c2d 3631 362e 3039 2035 3435 2e34 58,-616.09 545.4 │ │ │ -00002ee0: 2c2d 3630 302e 3933 2035 3637 2c2d 3538 ,-600.93 567,-58 │ │ │ -00002ef0: 312e 3833 2036 3137 2e35 352c 2d35 3337 1.83 617.55,-537 │ │ │ -00002f00: 2e31 3520 3832 352e 3834 2c2d 3533 322e .15 825.84,-532. │ │ │ -00002f10: 3832 2039 3131 2e37 322c 2d35 3332 2e39 82 911.72,-532.9 │ │ │ -00002f20: 3822 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 8"/>.<polygon fi │ │ │ -00002f30: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ -00002f40: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ -00002f50: 696e 7473 3d22 3931 312e 3739 2c2d 3533 ints="911.79,-53 │ │ │ -00002f60: 362e 3438 2039 3231 2e38 312c 2d35 3333 6.48 921.81,-533 │ │ │ -00002f70: 2e30 3220 3931 312e 3832 2c2d 3532 392e .02 911.82,-529. │ │ │ -00002f80: 3438 2039 3131 2e37 392c 2d35 3336 2e34 48 911.79,-536.4 │ │ │ -00002f90: 3822 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 8"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -00002fa0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00002fb0: 735f 636f 7272 656c 6174 696f 6e66 756e s_correlationfun │ │ │ -00002fc0: 6374 696f 6e73 2623 3435 3b26 6774 3b6d ctions->m │ │ │ -00002fd0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00002fe0: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d s_commandline -- │ │ │ -00002ff0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 2220 >.<g id="edge2" │ │ │ -00003000: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00003010: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00003020: 6772 6f6d 6163 735f 636f 7272 656c 6174 gromacs_correlat │ │ │ -00003030: 696f 6e66 756e 6374 696f 6e73 2623 3435 ionfunctions- │ │ │ -00003040: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00003050: 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c gromacs_commandl │ │ │ -00003060: 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ine...< │ │ │ -000031c0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>... │ │ │ -00003200: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -00003210: 635f 6772 6f6d 6163 735f 696d 643c 2f74 c_gromacs_imd</t │ │ │ -00003220: 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e itle>.<g id="a_n │ │ │ -00003230: 6f64 6533 223e 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 ode3"><a xlink:h │ │ │ -00003240: 7265 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f 6475 ref="group__modu │ │ │ -00003250: 6c65 5f5f 696d 642e 7868 746d 6c22 2074 le__imd.xhtml" t │ │ │ -00003260: 6172 6765 743d 225f 746f 7022 2078 6c69 arget="_top" xli │ │ │ -00003270: 6e6b 3a74 6974 6c65 3d22 696d 6422 3e0a nk:title="imd">. │ │ │ -00003280: 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d 2223 <ellipse fill="# │ │ │ -00003290: 6535 6363 6666 2220 7374 726f 6b65 3d22 e5ccff" stroke=" │ │ │ -000032a0: 626c 6163 6b22 2063 783d 2231 3232 3522 black" cx="1225" │ │ │ -000032b0: 2063 793d 222d 3732 312e 3031 2220 7278 cy="-721.01" rx │ │ │ -000032c0: 3d22 3237 2220 7279 3d22 3133 2e33 3722 ="27" ry="13.37" │ │ │ -000032d0: 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e />.<text text-an │ │ │ -000032e0: 6368 6f72 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d chor="middle" x= │ │ │ -000032f0: 2231 3232 3522 2079 3d22 2d37 3138 2e35 "1225" y="-718.5 │ │ │ -00003300: 3122 2066 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 1" font-family=" │ │ │ -00003310: 4672 6565 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 FreeSans" font-s │ │ │ -00003320: 697a 653d 2231 302e 3030 223e 696d 643c ize="10.00">imd< │ │ │ -00003330: 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e /text>.</a>.</g> │ │ │ -00003340: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ -00003350: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -00003360: 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 xlib -->.<g id=" │ │ │ -00003370: 6e6f 6465 3822 2063 6c61 7373 3d22 6e6f node8" class="no │ │ │ -00003380: 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 de">.<title>modu │ │ │ -00003390: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -000033a0: 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 mxlib..gmx │ │ │ -00003460: 6c69 623c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a lib.. │ │ │ -00003470: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00003670: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ -00003680: 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 b.. │ │ │ -000036e0: 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f mdlib....m │ │ │ -000037b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000037c0: 735f 696d 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f s_imd->mo │ │ │ -000037d0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000037e0: 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdlib.< │ │ │ -000037f0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00003800: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -00003810: 2220 643d 224d 3132 3334 2e31 342c 2d37 " d="M1234.14,-7 │ │ │ -00003820: 3333 2e37 3843 3132 3337 2e36 392c 2d37 33.78C1237.69,-7 │ │ │ -00003830: 3431 2e33 3120 3132 3431 2e31 382c 2d37 41.31 1241.18,-7 │ │ │ -00003840: 3531 2e33 3220 3132 3433 2e35 312c 2d37 51.32 1243.51,-7 │ │ │ -00003850: 3630 2e33 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 60.34"/>..... │ │ │ -00003930: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -00003940: 635f 6772 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 c_gromacs_imd │ │ │ -00003950: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00003960: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c _gromacs_fileio< │ │ │ -00003970: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00003980: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00003990: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 ="#bfbfbf" d="M1 │ │ │ -000039a0: 3230 392e 342c 2d37 3039 2e36 3243 3131 209.4,-709.62C11 │ │ │ -000039b0: 3739 2e39 352c 2d36 3839 2e39 3920 3131 79.95,-689.99 11 │ │ │ -000039c0: 3134 2e31 352c 2d36 3436 2e30 3720 3130 14.15,-646.07 10 │ │ │ -000039d0: 3539 2c2d 3630 382e 3720 3130 3239 2e30 59,-608.7 1029.0 │ │ │ -000039e0: 322c 2d35 3838 2e33 3920 3939 342e 3631 2,-588.39 994.61 │ │ │ -000039f0: 2c2d 3536 342e 3738 2039 3732 2e33 372c ,-564.78 972.37, │ │ │ -00003a00: 2d35 3439 2e34 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 -549.49"/>.<poly │ │ │ -00003a10: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 gon fill="#bfbfb │ │ │ -00003a20: 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 f" stroke="#bfbf │ │ │ -00003a30: 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 3937 342e bf" points="974. │ │ │ -00003a40: 3134 2c2d 3534 362e 3436 2039 3633 2e39 14,-546.46 963.9 │ │ │ -00003a50: 312c 2d35 3433 2e36 3720 3937 302e 3137 1,-543.67 970.17 │ │ │ -00003a60: 2c2d 3535 322e 3232 2039 3734 2e31 342c ,-552.22 974.14, │ │ │ -00003a70: 2d35 3436 2e34 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -546.46"/>.</g>. │ │ │ -00003a80: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ -00003a90: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 7320 gromacs_mdtypes │ │ │ -00003aa0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 226e 6f64 6532 -->.<g id="node2 │ │ │ -00003ab0: 3522 2063 6c61 7373 3d22 6e6f 6465 223e 5" class="node"> │ │ │ -00003ac0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ -00003ad0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ -00003ae0: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 es. │ │ │ -00003b40: 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 .mdtype │ │ │ -00003ba0: 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 s.. │ │ │ -00003bf0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3130 2220 ..module_src_ │ │ │ -00003c20: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 353b gromacs_imd- │ │ │ -00003c30: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00003c40: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f romacs_mdtypes. │ │ │ -00003cc0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module_src_grom │ │ │ -00003d90: 6163 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c acs_domdec</titl │ │ │ -00003da0: 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 e>.<g id="a_node │ │ │ -00003db0: 3237 223e 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 7265 27"><a xlink:hre │ │ │ -00003dc0: 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f 6475 6c65 f="group__module │ │ │ -00003dd0: 5f5f 646f 6d64 6563 2e78 6874 6d6c 2220 __domdec.xhtml" │ │ │ -00003de0: 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 2220 786c target="_top" xl │ │ │ -00003df0: 696e 6b3a 7469 746c 653d 2264 6f6d 6465 ink:title="domde │ │ │ -00003e00: 6322 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c c">.<ellipse fil │ │ │ -00003e10: 6c3d 2223 6535 6363 6666 2220 7374 726f l="#e5ccff" stro │ │ │ -00003e20: 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d 2231 ke="black" cx="1 │ │ │ -00003e30: 3732 3722 2063 793d 222d 3238 302e 3932 727" cy="-280.92 │ │ │ -00003e40: 2220 7278 3d22 3336 2e31 3222 2072 793d " rx="36.12" ry= │ │ │ -00003e50: 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 7420 "13.37"/>.<text │ │ │ -00003e60: 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d 6964 text-anchor="mid │ │ │ -00003e70: 646c 6522 2078 3d22 3137 3237 2220 793d dle" x="1727" y= │ │ │ -00003e80: 222d 3237 382e 3432 2220 666f 6e74 2d66 "-278.42" font-f │ │ │ -00003e90: 616d 696c 793d 2246 7265 6553 616e 7322 amily="FreeSans" │ │ │ -00003ea0: 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 font-size="10.0 │ │ │ -00003eb0: 3022 3e64 6f6d 6465 633c 2f74 6578 743e 0">domdec</text> │ │ │ -00003ec0: 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a .</a>.</g>.</g>. │ │ │ -00003ed0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ -00003ee0: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 353b gromacs_imd- │ │ │ -00003ef0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00003f00: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6320 2d2d romacs_domdec -- │ │ │ -00003f10: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6535 2220 >.<g id="edge5" │ │ │ -00003f20: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00003f30: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00003f40: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 353b gromacs_imd- │ │ │ -00003f50: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00003f60: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 romacs_domdec</t │ │ │ -00003f70: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00003f80: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00003f90: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ -00003fa0: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -00003fb0: 643d 224d 3132 3530 2e35 392c 2d37 3136 d="M1250.59,-716 │ │ │ -00003fc0: 2e34 4331 3332 312e 3639 2c2d 3730 352e .4C1321.69,-705. │ │ │ -00003fd0: 3633 2031 3532 312e 3739 2c2d 3636 362e 63 1521.79,-666. │ │ │ -00003fe0: 3539 2031 3632 332c 2d35 3435 2e38 3320 59 1623,-545.83 │ │ │ -00003ff0: 3136 3835 2e32 332c 2d34 3731 2e35 3820 1685.23,-471.58 │ │ │ -00004000: 3137 3038 2e31 312c 2d33 3533 2e33 3420 1708.11,-353.34 │ │ │ -00004010: 3137 3139 2e34 352c 2d33 3034 2e33 3322 1719.45,-304.33" │ │ │ -00004020: 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c />.<polygon fill │ │ │ -00004030: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ -00004040: 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f 696e e="#282fcc" poin │ │ │ -00004050: 7473 3d22 3137 3232 2e38 392c 2d33 3034 ts="1722.89,-304 │ │ │ -00004060: 2e39 3920 3137 3231 2e38 332c 2d32 3934 .99 1721.83,-294 │ │ │ -00004070: 2e34 3520 3137 3136 2e30 382c 2d33 3033 .45 1716.08,-303 │ │ │ -00004080: 2e33 3520 3137 3232 2e38 392c 2d33 3034 .35 1722.89,-304 │ │ │ -00004090: 2e39 3922 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .99"/>.</g>.<!-- │ │ │ -000040a0: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ -000040b0: 6163 735f 696d 6426 2334 353b 2667 743b acs_imd-> │ │ │ -000040c0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000040d0: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 202d cs_commandline - │ │ │ -000040e0: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3422 ->.<g id="edge4" │ │ │ -000040f0: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ -00004100: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00004110: 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 _gromacs_imd- │ │ │ -00004120: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00004130: 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c gromacs_commandl │ │ │ -00004140: 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ine..... │ │ │ -00004260: 3c67 2069 643d 226e 6f64 6534 3822 2063 .module_src_g │ │ │ -00004290: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c romacs_mdrunutil │ │ │ -000042a0: 6974 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 ity...< │ │ │ -00004370: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ -00004380: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3335 ="middle" x="135 │ │ │ -00004390: 3722 2079 3d22 2d36 3535 2e36 3422 2066 7" y="-655.64" f │ │ │ -000043a0: 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 ont-family="Free │ │ │ -000043b0: 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d Sans" font-size= │ │ │ -000043c0: 2231 302e 3030 223e 6d64 7275 6e75 7469 "10.00">mdrunuti │ │ │ -000043d0: 6c69 7479 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e lity. │ │ │ -000043e0: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 ....< │ │ │ +00000390: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3122 2063 6c61 g id="node1" cla │ │ │ +000003a0: 7373 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c ss="node">.module_src_gro │ │ │ +000003c0: 6d61 6373 5f75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 macs_utility...utility< │ │ │ +000004f0: 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e /text>.. │ │ │ +00000500: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....modu │ │ │ +00000550: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 le_src_gromacs_c │ │ │ +00000560: 6f6d 7061 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 ompat..comp │ │ │ +00000620: 6174 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c at..< │ │ │ +00000630: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00000640: 726f 6d61 6373 5f75 7469 6c69 7479 2623 romacs_utility&# │ │ │ +00000650: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00000660: 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d70 6174 c_gromacs_compat │ │ │ +00000670: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->. │ │ │ +00000690: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +000006a0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f75 7469 6c69 rc_gromacs_utili │ │ │ +000006b0: 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ty->modul │ │ │ +000006c0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +000006d0: 6d70 6174 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 mpat.... │ │ │ +00000860: 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3430 2220 ..module_src_ │ │ │ +00000890: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ +000008a0: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 s.. │ │ │ +00000900: 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f gpu_ut │ │ │ +00000960: 696c 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a ils.. │ │ │ +00000970: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..modu │ │ │ +000009e0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f75 le_src_gromacs_u │ │ │ +000009f0: 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d tility->m │ │ │ +00000a00: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00000a10: 735f 6770 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 s_gpu_utils</tit │ │ │ +00000a20: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +00000a30: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ +00000a40: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3932 392e fbfbf" d="M1929. │ │ │ +00000a50: 3433 2c2d 3130 3930 2e36 4331 3839 382e 43,-1090.6C1898. │ │ │ +00000a60: 3639 2c2d 3130 3830 2e38 3620 3138 3435 69,-1080.86 1845 │ │ │ +00000a70: 2e31 352c 2d31 3036 322e 3520 3138 3130 .15,-1062.5 1810 │ │ │ +00000a80: 2e33 322c 2d31 3034 392e 3836 222f 3e0a .32,-1049.86"/>. │ │ │ +00000a90: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ +00000aa0: 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 bfbfbf" stroke=" │ │ │ +00000ab0: 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d #bfbfbf" points= │ │ │ +00000ac0: 2231 3831 312e 3138 2c2d 3130 3436 2e34 "1811.18,-1046.4 │ │ │ +00000ad0: 3520 3138 3030 2e35 392c 2d31 3034 362e 5 1800.59,-1046. │ │ │ +00000ae0: 3239 2031 3830 382e 3737 2c2d 3130 3533 29 1808.77,-1053 │ │ │ +00000af0: 2e30 3220 3138 3131 2e31 382c 2d31 3034 .02 1811.18,-104 │ │ │ +00000b00: 362e 3435 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 6.45"/>.</g>.<!- │ │ │ +00000b10: 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f - module_src_gro │ │ │ +00000b20: 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6120 2d2d 3e0a macs_gmxana -->. │ │ │ +00000b30: 3c67 2069 643d 226e 6f64 6532 2220 636c <g id="node2" cl │ │ │ +00000b40: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.<tit │ │ │ +00000b50: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ +00000b60: 6f6d 6163 735f 676d 7861 6e61 3c2f 7469 omacs_gmxana</ti │ │ │ +00000b70: 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 tle>.<ellipse fi │ │ │ +00000b80: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ +00000b90: 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 oke="black" cx=" │ │ │ +00000ba0: 3530 3322 2063 793d 222d 3130 3335 2e33 503" cy="-1035.3 │ │ │ +00000bb0: 3622 2072 783d 2233 352e 3231 2220 7279 6" rx="35.21" ry │ │ │ +00000bc0: 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 ="13.37"/>.<text │ │ │ +00000bd0: 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 text-anchor="mi │ │ │ +00000be0: 6464 6c65 2220 783d 2235 3033 2220 793d ddle" x="503" y= │ │ │ +00000bf0: 222d 3130 3332 2e38 3622 2066 6f6e 742d "-1032.86" font- │ │ │ +00000c00: 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 family="FreeSans │ │ │ +00000c10: 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e " font-size="10. │ │ │ +00000c20: 3030 223e 676d 7861 6e61 3c2f 7465 7874 00">gmxana</text │ │ │ +00000c30: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ +00000c40: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00000c50: 6474 7970 6573 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 dtypes -->.<g id │ │ │ +00000c60: 3d22 6e6f 6465 3322 2063 6c61 7373 3d22 ="node3" class=" │ │ │ +00000c70: 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f node">.<title>mo │ │ │ +00000c80: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00000c90: 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e _mdtypes │ │ │ +00000ca0: 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 .. │ │ │ +00000d50: 6d64 7479 7065 733c 2f74 6578 743e 0a3c mdtypes.< │ │ │ +00000d60: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mo │ │ │ +00000dd0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00000de0: 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b 2667 743b _gmxana-> │ │ │ +00000df0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00000e00: 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c cs_mdtypes</titl │ │ │ +00000e10: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00000e20: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 one" stroke="#bf │ │ │ +00000e30: 6266 6266 2220 643d 224d 3533 372e 3134 bfbf" d="M537.14 │ │ │ +00000e40: 2c2d 3130 3331 2e33 3843 3635 312e 3733 ,-1031.38C651.73 │ │ │ +00000e50: 2c2d 3130 3231 2e33 3920 3130 3232 2e38 ,-1021.39 1022.8 │ │ │ +00000e60: 2c2d 3938 392e 3033 2031 3135 342e 3238 ,-989.03 1154.28 │ │ │ +00000e70: 2c2d 3937 372e 3536 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-977.56"/>.<pol │ │ │ +00000e80: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 ygon fill="#bfbf │ │ │ +00000e90: 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 bf" stroke="#bfb │ │ │ +00000ea0: 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3135 fbf" points="115 │ │ │ +00000eb0: 342e 3737 2c2d 3938 312e 3033 2031 3136 4.77,-981.03 116 │ │ │ +00000ec0: 342e 3433 2c2d 3937 362e 3638 2031 3135 4.43,-976.68 115 │ │ │ +00000ed0: 342e 3136 2c2d 3937 342e 3036 2031 3135 4.16,-974.06 115 │ │ │ +00000ee0: 342e 3737 2c2d 3938 312e 3033 222f 3e0a 4.77,-981.03"/>. │ │ │ +00000ef0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00000f00: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c _src_gromacs_fil │ │ │ +00000f10: 6569 6f20 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 226e eio -->.<g id="n │ │ │ +00000f20: 6f64 6537 2220 636c 6173 733d 226e 6f64 ode7" class="nod │ │ │ +00000f30: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ +00000f40: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ +00000f50: 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c leio..< │ │ │ +00000fb0: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +00000fc0: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2237 3535 ="middle" x="755 │ │ │ +00000fd0: 2220 793d 222d 3834 342e 3235 2220 666f " y="-844.25" fo │ │ │ +00000fe0: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ +00000ff0: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ +00001000: 3130 2e30 3022 3e66 696c 6569 6f3c 2f74 10.00">fileio...< │ │ │ +00001060: 6720 6964 3d22 6564 6765 3322 2063 6c61 g id="edge3" cla │ │ │ +00001070: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.module_src_gro │ │ │ +00001090: 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b macs_gmxana- │ │ │ +000010a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +000010b0: 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 romacs_fileio......modul │ │ │ +00001210: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6666 e_src_gromacs_ff │ │ │ +00001220: 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 t..fft │ │ │ +000012e0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....modul │ │ │ +00001350: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00001360: 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 xana->mod │ │ │ +00001370: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00001380: 6666 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 fft......module_src_gro │ │ │ +00001520: 6d61 6373 5f63 6f72 7265 6c61 7469 6f6e macs_correlation │ │ │ +00001530: 6675 6e63 7469 6f6e 733c 2f74 6974 6c65 functions..< │ │ │ +000015c0: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 ellipse fill="#f │ │ │ +000015d0: 6663 6363 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 fcccc" stroke="b │ │ │ +000015e0: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3939 3922 2063 lack" cx="999" c │ │ │ +000015f0: 793d 222d 3930 392e 3632 2220 7278 3d22 y="-909.62" rx=" │ │ │ +00001600: 3731 2e33 3422 2072 793d 2231 332e 3337 71.34" ry="13.37 │ │ │ +00001610: 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 "/>.corr │ │ │ +00001670: 656c 6174 696f 6e66 756e 6374 696f 6e73 elationfunctions │ │ │ +00001680: 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 ......mod │ │ │ +00001710: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00001720: 676d 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d gmxana->m │ │ │ +00001730: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00001740: 735f 636f 7272 656c 6174 696f 6e66 756e s_correlationfun │ │ │ +00001750: 6374 696f 6e73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ctions.< │ │ │ +00001760: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00001770: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00001780: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00001790: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d35 3338 ay="5,2" d="M538 │ │ │ +000017a0: 2e33 372c 2d31 3033 342e 3543 3630 352e .37,-1034.5C605. │ │ │ +000017b0: 3636 2c2d 3130 3333 2e37 3620 3735 352e 66,-1033.76 755. │ │ │ +000017c0: 3935 2c2d 3130 3237 2e31 3520 3837 342c 95,-1027.15 874, │ │ │ +000017d0: 2d39 3835 2e39 3220 3931 322e 3133 2c2d -985.92 912.13,- │ │ │ +000017e0: 3937 322e 3620 3935 312e 3235 2c2d 3934 972.6 951.25,-94 │ │ │ +000017f0: 362e 3637 2039 3735 2e33 332c 2d39 3239 6.67 975.33,-929 │ │ │ +00001800: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.....mo │ │ │ +000018c0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000018d0: 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a _mdspan. │ │ │ +000018e0: 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d 2223 .mds │ │ │ +00001990: 7061 6e3c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a pan.. │ │ │ +000019a0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ +00001a10: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 src_gromacs_gmxa │ │ │ +00001a20: 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c na->modul │ │ │ +00001a30: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00001a40: 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 span. │ │ │ +00001b60: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ..< │ │ │ +00001bd0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>... │ │ │ +00001c20: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00001c30: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f cs_commandline</ │ │ │ +00001c40: 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f title>.<g id="a_ │ │ │ +00001c50: 6e6f 6465 3331 223e 3c61 2078 6c69 6e6b node31"><a xlink │ │ │ +00001c60: 3a68 7265 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f :href="group__mo │ │ │ +00001c70: 6475 6c65 5f5f 636f 6d6d 616e 646c 696e dule__commandlin │ │ │ +00001c80: 652e 7868 746d 6c22 2074 6172 6765 743d e.xhtml" target= │ │ │ +00001c90: 225f 746f 7022 2078 6c69 6e6b 3a74 6974 "_top" xlink:tit │ │ │ +00001ca0: 6c65 3d22 636f 6d6d 616e 646c 696e 6522 le="commandline" │ │ │ +00001cb0: 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d >.<ellipse fill= │ │ │ +00001cc0: 2223 6666 6534 6363 2220 7374 726f 6b65 "#ffe4cc" stroke │ │ │ +00001cd0: 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d 2231 3632 ="black" cx="162 │ │ │ +00001ce0: 3222 2063 793d 222d 3932 2e33 3122 2072 2" cy="-92.31" r │ │ │ +00001cf0: 783d 2235 322e 3135 2220 7279 3d22 3133 x="52.15" ry="13 │ │ │ +00001d00: 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 .37"/>.<text tex │ │ │ +00001d10: 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 6464 6c65 t-anchor="middle │ │ │ +00001d20: 2220 783d 2231 3632 3222 2079 3d22 2d38 " x="1622" y="-8 │ │ │ +00001d30: 392e 3831 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 9.81" font-famil │ │ │ +00001d40: 793d 2246 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e y="FreeSans" fon │ │ │ +00001d50: 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e63 t-size="10.00">c │ │ │ +00001d60: 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7465 7874 ommandline</text │ │ │ +00001d70: 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e >.</a>.</g>.</g> │ │ │ +00001d80: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ +00001d90: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 _gromacs_gmxana& │ │ │ +00001da0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00001db0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 rc_gromacs_comma │ │ │ +00001dc0: 6e64 6c69 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 ndline -->.<g id │ │ │ +00001dd0: 3d22 6564 6765 3522 2063 6c61 7373 3d22 ="edge5" class=" │ │ │ +00001de0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +00001df0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00001e00: 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b 2667 743b _gmxana-> │ │ │ +00001e10: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00001e20: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f cs_commandline</ │ │ │ +00001e30: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00001e40: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00001e50: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 "black" stroke-d │ │ │ +00001e60: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00001e70: 3d22 4d34 3637 2e35 2c2d 3130 3334 2e38 ="M467.5,-1034.8 │ │ │ +00001e80: 4333 3833 2e38 342c 2d31 3033 352e 3038 C383.84,-1035.08 │ │ │ +00001e90: 2031 3737 2e36 362c 2d31 3033 312e 3036 177.66,-1031.06 │ │ │ +00001ea0: 2031 3239 2c2d 3938 352e 3932 2032 312e 129,-985.92 21. │ │ │ +00001eb0: 3538 2c2d 3838 362e 3239 2034 302e 3632 58,-886.29 40.62 │ │ │ +00001ec0: 2c2d 3437 352e 3720 3539 2c2d 3333 302e ,-475.7 59,-330. │ │ │ +00001ed0: 3335 2036 362e 3737 2c2d 3236 382e 3932 35 66.77,-268.92 │ │ │ +00001ee0: 2036 362e 3337 2c2d 3233 372e 3233 2031 66.37,-237.23 1 │ │ │ +00001ef0: 3139 2c2d 3230 342e 3631 2032 3531 2e31 19,-204.61 251.1 │ │ │ +00001f00: 312c 2d31 3232 2e37 3420 3330 382e 3534 1,-122.74 308.54 │ │ │ +00001f10: 2c2d 3135 3920 3436 332c 2d31 3431 2e37 ,-159 463,-141.7 │ │ │ +00001f20: 3420 3837 392e 3736 2c2d 3935 2e31 3820 4 879.76,-95.18 │ │ │ +00001f30: 3133 3835 2e33 342c 2d39 322e 3332 2031 1385.34,-92.32 1 │ │ │ +00001f40: 3535 392e 3532 2c2d 3932 2e38 3722 2f3e 559.52,-92.87"/> │ │ │ +00001f50: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ +00001f60: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 653d 2262 black" stroke="b │ │ │ +00001f70: 6c61 636b 2220 706f 696e 7473 3d22 3135 lack" points="15 │ │ │ +00001f80: 3539 2e35 322c 2d39 362e 3337 2031 3536 59.52,-96.37 156 │ │ │ +00001f90: 392e 3533 2c2d 3932 2e39 3120 3135 3539 9.53,-92.91 1559 │ │ │ +00001fa0: 2e35 342c 2d38 392e 3337 2031 3535 392e .54,-89.37 1559. │ │ │ +00001fb0: 3532 2c2d 3936 2e33 3722 2f3e 0a3c 2f67 52,-96.37"/>.</g │ │ │ +00001fc0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +00001fd0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 c_gromacs_mdlib │ │ │ +00001fe0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 226e 6f64 6533 -->.<g id="node3 │ │ │ +00001ff0: 3422 2063 6c61 7373 3d22 6e6f 6465 223e 4" class="node"> │ │ │ +00002000: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +00002010: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 rc_gromacs_mdlib │ │ │ +00002020: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 ..< │ │ │ +00002080: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +00002090: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3031 ="middle" x="101 │ │ │ +000020a0: 3422 2079 3d22 2d32 3738 2e34 3222 2066 4" y="-278.42" f │ │ │ +000020b0: 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 ont-family="Free │ │ │ +000020c0: 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d Sans" font-size= │ │ │ +000020d0: 2231 302e 3030 223e 6d64 6c69 623c 2f74 "10.00">mdlib....module_src_grom │ │ │ +00002160: 6163 735f 676d 7861 6e61 2623 3435 3b26 acs_gmxana-& │ │ │ +00002170: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00002180: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 omacs_mdlib</tit │ │ │ +00002190: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +000021a0: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ +000021b0: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d34 3639 2e35 fbfbf" d="M469.5 │ │ │ +000021c0: 312c 2d31 3033 302e 3939 4334 3138 2e39 1,-1030.99C418.9 │ │ │ +000021d0: 332c 2d31 3032 352e 3135 2033 3236 2e38 3,-1025.15 326.8 │ │ │ +000021e0: 332c 2d31 3031 312e 3234 2033 3037 2c2d 3,-1011.24 307,- │ │ │ +000021f0: 3938 352e 3932 2032 3736 2e39 382c 2d39 985.92 276.98,-9 │ │ │ +00002200: 3437 2e35 3720 3331 302e 3133 2c2d 3830 47.57 310.13,-80 │ │ │ +00002210: 322e 3237 2033 3437 2c2d 3737 302e 3434 2.27 347,-770.44 │ │ │ +00002220: 2034 3232 2e33 332c 2d37 3035 2e34 3120 422.33,-705.41 │ │ │ +00002230: 3438 342e 3931 2c2d 3738 392e 3231 2035 484.91,-789.21 5 │ │ │ +00002240: 3638 2c2d 3733 342e 3434 2035 3935 2e36 68,-734.44 595.6 │ │ │ +00002250: 352c 2d37 3136 2e32 3120 3539 312e 3139 5,-716.21 591.19 │ │ │ +00002260: 2c2d 3730 302e 3131 2036 3038 2c2d 3637 ,-700.11 608,-67 │ │ │ +00002270: 312e 3537 2036 3437 2e31 392c 2d36 3035 1.57 647.19,-605 │ │ │ +00002280: 2e30 3520 3634 392e 3936 2c2d 3538 342e .05 649.96,-584. │ │ │ +00002290: 3336 2036 3931 2c2d 3531 382e 3936 2037 36 691,-518.96 7 │ │ │ +000022a0: 3139 2e37 362c 2d34 3733 2e31 3420 3733 19.76,-473.14 73 │ │ │ +000022b0: 312e 3031 2c2d 3436 342e 3434 2037 3632 1.01,-464.44 762 │ │ │ +000022c0: 2c2d 3432 302e 3039 2037 3839 2e36 322c ,-420.09 789.62, │ │ │ +000022d0: 2d33 3830 2e35 3620 3738 332e 352c 2d33 -380.56 783.5,-3 │ │ │ +000022e0: 3538 2e30 3220 3832 332c 2d33 3330 2e33 58.02 823,-330.3 │ │ │ +000022f0: 3520 3836 392e 3031 2c2d 3239 382e 3132 5 869.01,-298.12 │ │ │ +00002300: 2039 3334 2e35 382c 2d32 3837 2e33 3120 934.58,-287.31 │ │ │ +00002310: 3937 352e 3639 2c2d 3238 332e 3722 2f3e 975.69,-283.7"/> │ │ │ +00002320: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ +00002330: 2362 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d #bfbfbf" stroke= │ │ │ +00002340: 2223 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 "#bfbfbf" points │ │ │ +00002350: 3d22 3937 362e 3134 2c2d 3238 372e 3138 ="976.14,-287.18 │ │ │ +00002360: 2039 3835 2e38 342c 2d32 3832 2e39 3120 985.84,-282.91 │ │ │ +00002370: 3937 352e 3539 2c2d 3238 302e 3220 3937 975.59,-280.2 97 │ │ │ +00002380: 362e 3134 2c2d 3238 372e 3138 222f 3e0a 6.14,-287.18"/>. │ │ │ +00002390: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +000023a0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ +000023b0: 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 226e lib -->.<g id="n │ │ │ +000023c0: 6f64 6533 3622 2063 6c61 7373 3d22 6e6f ode36" class="no │ │ │ +000023d0: 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 de">.<title>modu │ │ │ +000023e0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +000023f0: 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 mxlib..gmx │ │ │ +000024b0: 6c69 623c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a lib.. │ │ │ +000024c0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ +00002530: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 src_gromacs_gmxa │ │ │ +00002540: 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c na->modul │ │ │ +00002550: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00002560: 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xlib...... │ │ │ +00002770: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00002780: 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 6573 cs_listed_forces │ │ │ +00002790: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 ...< │ │ │ +00002860: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +00002870: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3136 ="middle" x="116 │ │ │ +00002880: 3422 2079 3d22 2d33 3431 2e32 3922 2066 4" y="-341.29" f │ │ │ +00002890: 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 ont-family="Free │ │ │ +000028a0: 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d Sans" font-size= │ │ │ +000028b0: 2231 302e 3030 223e 6c69 7374 6564 5f66 "10.00">listed_f │ │ │ +000028c0: 6f72 6365 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 orces......modul │ │ │ +00002950: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00002960: 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 xana->mod │ │ │ +00002970: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00002980: 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 733c 2f74 listed_forces</t │ │ │ +00002990: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +000029a0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +000029b0: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ +000029c0: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ +000029d0: 643d 224d 3533 382e 3136 2c2d 3130 3333 d="M538.16,-1033 │ │ │ +000029e0: 2e36 4336 3533 2e34 372c 2d31 3033 302e .6C653.47,-1030. │ │ │ +000029f0: 3236 2031 3031 362e 3333 2c2d 3130 3132 26 1016.33,-1012 │ │ │ +00002a00: 2e36 3820 3130 3739 2c2d 3932 332e 3035 .68 1079,-923.05 │ │ │ +00002a10: 2031 3038 352e 3834 2c2d 3931 332e 3236 1085.84,-913.26 │ │ │ +00002a20: 2031 3038 362e 3433 2c2d 3930 352e 3533 1086.43,-905.53 │ │ │ +00002a30: 2031 3037 392c 2d38 3936 2e31 3820 3130 1079,-896.18 10 │ │ │ +00002a40: 3335 2e30 312c 2d38 3430 2e38 2039 3831 35.01,-840.8 981 │ │ │ +00002a50: 2e34 382c 2d39 3031 2e33 3820 3932 342c .48,-901.38 924, │ │ │ +00002a60: 2d38 3630 2e31 3820 3835 382e 3433 2c2d -860.18 858.43,- │ │ │ +00002a70: 3831 332e 3138 2037 3538 2e34 322c 2d35 813.18 758.42,-5 │ │ │ +00002a80: 3838 2e31 2038 3030 2c2d 3531 382e 3936 88.1 800,-518.96 │ │ │ +00002a90: 2038 3033 2e38 342c 2d35 3132 2e35 3720 803.84,-512.57 │ │ │ +00002aa0: 3130 3330 2e32 312c 2d33 3936 2e33 2031 1030.21,-396.3 1 │ │ │ +00002ab0: 3033 372c 2d33 3933 2e32 3220 3130 3635 037,-393.22 1065 │ │ │ +00002ac0: 2e39 332c 2d33 3830 2e30 3920 3130 3939 .93,-380.09 1099 │ │ │ +00002ad0: 2e35 352c 2d33 3637 2e33 3720 3131 3234 .55,-367.37 1124 │ │ │ +00002ae0: 2e39 342c 2d33 3538 2e32 3722 2f3e 0a3c .94,-358.27"/>.< │ │ │ +00002af0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00002b00: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +00002b10: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +00002b20: 3131 3236 2e33 332c 2d33 3631 2e34 3920 1126.33,-361.49 │ │ │ +00002b30: 3131 3334 2e35 382c 2d33 3534 2e38 3420 1134.58,-354.84 │ │ │ +00002b40: 3131 3233 2e39 382c 2d33 3534 2e38 3920 1123.98,-354.89 │ │ │ +00002b50: 3131 3236 2e33 332c 2d33 3631 2e34 3922 1126.33,-361.49" │ │ │ +00002b60: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00002b70: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00002b80: 7261 6e64 6f6d 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 random -->.<g id │ │ │ +00002b90: 3d22 6e6f 6465 3338 2220 636c 6173 733d ="node38" class= │ │ │ +00002ba0: 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "node">.<title>m │ │ │ +00002bb0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00002bc0: 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 746c 653e s_random │ │ │ +00002bd0: 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3338 ...ra │ │ │ +00002ce0: 6e64 6f6d 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e ndom. │ │ │ +00002cf0: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 .... │ │ │ +00002d40: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3222 2063 .module_src_g │ │ │ +00002d70: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 romacs_gmxana │ │ │ +00002d80: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00002d90: 5f67 726f 6d61 6373 5f72 616e 646f 6d3c _gromacs_random< │ │ │ +00002da0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.....< │ │ │ +00002f30: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3433 2220 636c g id="node43" cl │ │ │ +00002f40: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.module_src_gr │ │ │ +00002f60: 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 omacs_trajectory │ │ │ +00002f70: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 ..trajectory │ │ │ +00003030: 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d ....module_ │ │ │ +000030b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 src_gromacs_gmxa │ │ │ +000030c0: 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c na->modul │ │ │ +000030d0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 e_src_gromacs_tr │ │ │ +000030e0: 616a 6563 746f 7279 3c2f 7469 746c 653e ajectory │ │ │ +000030f0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .... │ │ │ +000032e0: 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3434 2220 ..module_src_ │ │ │ +00003310: 6772 6f6d 6163 735f 7374 6174 6973 7469 gromacs_statisti │ │ │ +00003320: 6373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 cs..< │ │ │ +00003380: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +00003390: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2234 3932 ="middle" x="492 │ │ │ +000033a0: 2220 793d 222d 3930 372e 3132 2220 666f " y="-907.12" fo │ │ │ +000033b0: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ +000033c0: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ +000033d0: 3130 2e30 3022 3e73 7461 7469 7374 6963 10.00">statistic │ │ │ +000033e0: 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 s....modul │ │ │ +00003460: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00003470: 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 xana->mod │ │ │ +00003480: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00003490: 7374 6174 6973 7469 6373 3c2f 7469 746c statistics</titl │ │ │ +000034a0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +000034b0: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +000034c0: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ +000034d0: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +000034e0: 4d34 3933 2e34 312c 2d31 3032 322e 3032 M493.41,-1022.02 │ │ │ +000034f0: 4334 3836 2e38 2c2d 3130 3132 2e36 3920 C486.8,-1012.69 │ │ │ +00003500: 3437 382e 3537 2c2d 3939 392e 3234 2034 478.57,-999.24 4 │ │ │ +00003510: 3735 2c2d 3938 352e 3932 2034 3730 2e32 75,-985.92 470.2 │ │ │ +00003520: 2c2d 3936 382e 3034 2034 3735 2e35 332c ,-968.04 475.53, │ │ │ +00003530: 2d39 3437 2e35 3320 3438 312e 3436 2c2d -947.53 481.46,- │ │ │ +00003540: 3933 322e 3434 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 932.44"/>.<polyg │ │ │ +00003550: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 on fill="#282fcc │ │ │ +00003560: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 " stroke="#282fc │ │ │ +00003570: 6322 2070 6f69 6e74 733d 2234 3834 2e38 c" points="484.8 │ │ │ +00003580: 2c2d 3933 332e 3532 2034 3835 2e35 332c ,-933.52 485.53, │ │ │ +00003590: 2d39 3232 2e39 3520 3437 382e 3337 2c2d -922.95 478.37,- │ │ │ +000035a0: 3933 302e 3735 2034 3834 2e38 2c2d 3933 930.75 484.8,-93 │ │ │ +000035b0: 332e 3532 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 3.52"/>.</g>.<!- │ │ │ +000035c0: 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f - module_src_gro │ │ │ +000035d0: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ +000035e0: 6365 735f 6177 6820 2d2d 3e0a 3c67 2069 ces_awh -->.<g i │ │ │ +000035f0: 643d 226e 6f64 6534 3822 2063 6c61 7373 d="node48" class │ │ │ +00003600: 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e ="node">.<title> │ │ │ +00003610: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00003620: 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 cs_applied_force │ │ │ +00003630: 735f 6177 683c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 s_awh.< │ │ │ +00003650: 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 3d22 6772 a xlink:href="gr │ │ │ +00003660: 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f 5f61 7768 oup__module__awh │ │ │ +00003670: 2e78 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 .xhtml" target=" │ │ │ +00003680: 5f74 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c _top" xlink:titl │ │ │ +00003690: 653d 2261 7768 223e 0a3c 656c 6c69 7073 e="awh">.. │ │ │ +00003740: 6177 683c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a awh.. │ │ │ +00003750: 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d ....m │ │ │ +000037d0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000037e0: 735f 676d 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 s_gmxana-> │ │ │ +000037f0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00003800: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ +00003810: 6573 5f61 7768 3c2f 7469 746c 653e 0a3c es_awh.< │ │ │ +00003820: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00003830: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00003840: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00003850: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d35 3334 ay="5,2" d="M534 │ │ │ +00003860: 2e34 352c 2d31 3032 392e 3034 4335 3538 .45,-1029.04C558 │ │ │ +00003870: 2e38 372c 2d31 3032 332e 3038 2035 3931 .87,-1023.08 591 │ │ │ +00003880: 2e31 362c 2d31 3031 302e 3738 2036 3037 .16,-1010.78 607 │ │ │ +00003890: 2c2d 3938 352e 3932 2036 3133 2e34 322c ,-985.92 613.42, │ │ │ +000038a0: 2d39 3735 2e38 3520 3631 302e 3939 2c2d -975.85 610.99,- │ │ │ +000038b0: 3937 302e 3331 2036 3037 2c2d 3935 392e 970.31 607,-959. │ │ │ +000038c0: 3035 2036 3030 2e39 392c 2d39 3432 2e31 05 600.99,-942.1 │ │ │ +000038d0: 2035 3639 2e34 2c2d 3930 382e 3138 2035 569.4,-908.18 5 │ │ │ +000038e0: 3536 2c2d 3839 362e 3138 2035 3039 2e33 56,-896.18 509.3 │ │ │ +000038f0: 362c 2d38 3534 2e34 2034 3435 2e34 362c 6,-854.4 445.46, │ │ │ +00003900: 2d38 3137 2e36 3420 3430 392e 3831 2c2d -817.64 409.81,- │ │ │ +00003910: 3739 382e 3632 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 798.62"/>...< │ │ │ +00003990: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +000039a0: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 romacs_mdtypes&# │ │ │ +000039b0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000039c0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ +000039d0: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->..module_ │ │ │ +00003a00: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ +00003a10: 7065 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 pes->modu │ │ │ +00003a20: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ +00003a30: 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ileio.

.

....module │ │ │ +00003bd0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d _src_gromacs_dom │ │ │ +00003be0: 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 dec...domd │ │ │ +00003d00: 6563 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c ec..< │ │ │ +00003d10: 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f /g>...< │ │ │ +00003d60: 6720 6964 3d22 6564 6765 3137 2220 636c g id="edge17" cl │ │ │ +00003d70: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ +00003d90: 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 7326 2334 omacs_mdtypes │ │ │ +00003da0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00003db0: 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c _gromacs_domdec< │ │ │ +00003dc0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>..

..< │ │ │ +00003ea0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00003eb0: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 romacs_mdtypes&# │ │ │ +00003ec0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00003ed0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 c_gromacs_mdlib │ │ │ +00003ee0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 -->. │ │ │ +00003f00: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +00003f10: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ +00003f20: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ +00003f30: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00003f40: 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 lib.. │ │ │ +00004100: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 .... │ │ │ +000041e0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000041f0: 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 3435 3b26 cs_mdtypes-& │ │ │ +00004200: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00004210: 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c 733c omacs_gpu_utils< │ │ │ +00004220: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00004230: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00004240: 3d22 2332 3832 6663 6322 2064 3d22 4d31 ="#282fcc" d="M1 │ │ │ +00004250: 3233 372e 3039 2c2d 3937 362e 3935 4331 237.09,-976.95C1 │ │ │ +00004260: 3333 372e 3238 2c2d 3938 372e 3038 2031 337.28,-987.08 1 │ │ │ +00004270: 3631 382e 3232 2c2d 3130 3136 2e37 3420 618.22,-1016.74 │ │ │ +00004280: 3137 3330 2e31 382c 2d31 3032 382e 3938 1730.18,-1028.98 │ │ │ +00004290: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ +000042a0: 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f l="#282fcc" stro │ │ │ +000042b0: 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 ke="#282fcc" poi │ │ │ +000042c0: 6e74 733d 2231 3732 392e 3834 2c2d 3130 nts="1729.84,-10 │ │ │ +000042d0: 3332 2e34 3720 3137 3430 2e31 362c 2d31 32.47 1740.16,-1 │ │ │ +000042e0: 3033 302e 3038 2031 3733 302e 3631 2c2d 030.08 1730.61,- │ │ │ +000042f0: 3130 3235 2e35 3120 3137 3239 2e38 342c 1025.51 1729.84, │ │ │ +00004300: 2d31 3033 322e 3437 222f 3e0a 3c2f 673e -1032.47"/>.</g> │ │ │ +00004310: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ +00004320: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 202d _gromacs_ewald - │ │ │ +00004330: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3436 ->.<g id="node46 │ │ │ +00004340: 2220 636c 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a " class="node">. │ │ │ +00004350: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +00004360: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c c_gromacs_ewald< │ │ │ +00004370: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 /title>.<g id="a │ │ │ +00004380: 5f6e 6f64 6534 3622 3e3c 6120 786c 696e _node46"><a xlin │ │ │ +00004390: 6b3a 6872 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d k:href="group__m │ │ │ +000043a0: 6f64 756c 655f 5f65 7761 6c64 2e78 6874 odule__ewald.xht │ │ │ +000043b0: 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 ml" target="_top │ │ │ +000043c0: 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d 2265 " xlink:title="e │ │ │ +000043d0: 7761 6c64 223e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 wald">.<ellipse │ │ │ +000043e0: 6669 6c6c 3d22 2365 3563 6366 6622 2073 fill="#e5ccff" s │ │ │ +000043f0: 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 troke="black" cx │ │ │ +00004400: 3d22 3139 3436 2220 6379 3d22 2d34 3639 ="1946" cy="-469 │ │ │ +00004410: 2e35 3322 2072 783d 2232 382e 3938 2220 .53" rx="28.98" │ │ │ +00004420: 7279 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 ry="13.37"/>.<te │ │ │ +00004430: 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 xt text-anchor=" │ │ │ +00004440: 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3934 3622 middle" x="1946" │ │ │ +00004450: 2079 3d22 2d34 3637 2e30 3322 2066 6f6e y="-467.03" fon │ │ │ +00004460: 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 5361 t-family="FreeSa │ │ │ +00004470: 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d 2231 ns" font-size="1 │ │ │ +00004480: 302e 3030 223e 6577 616c 643c 2f74 6578 0.00">ewald</tex │ │ │ +00004490: 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 t>.</a>.</g>.</g │ │ │ +000044a0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +000044b0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 c_gromacs_mdtype │ │ │ +000044c0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +000044d0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 _src_gromacs_ewa │ │ │ +000044e0: 6c64 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ld -->.<g id="ed │ │ │ +000044f0: 6765 3230 2220 636c 6173 733d 2265 6467 ge20" class="edg │ │ │ +00004500: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ +00004510: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00004520: 7479 7065 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f types->mo │ │ │ +00004530: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00004540: 5f65 7761 6c64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _ewald.< │ │ │ +00004550: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00004560: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00004570: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00004580: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3233 ay="5,2" d="M123 │ │ │ +00004590: 382e 3333 2c2d 3936 392e 3343 3133 3931 8.33,-969.3C1391 │ │ │ +000045a0: 2e34 2c2d 3936 302e 3220 3139 3632 2c2d .4,-960.2 1962,- │ │ │ +000045b0: 3932 322e 3334 2031 3936 322c 2d38 3437 922.34 1962,-847 │ │ │ +000045c0: 2e37 3520 3139 3632 2c2d 3834 372e 3735 .75 1962,-847.75 │ │ │ +000045d0: 2031 3936 322c 2d38 3437 2e37 3520 3139 1962,-847.75 19 │ │ │ +000045e0: 3632 2c2d 3738 322e 3838 2031 3936 322c 62,-782.88 1962, │ │ │ +000045f0: 2d37 3337 2e37 2032 3030 382e 3939 2c2d -737.7 2008.99,- │ │ │ +00004600: 3632 332e 3638 2031 3939 322c 2d35 3831 623.68 1992,-581 │ │ │ +00004610: 2e38 3320 3139 3833 2e36 312c 2d35 3631 .83 1983.61,-561 │ │ │ +00004620: 2e31 3520 3139 3638 2c2d 3536 352e 3235 .15 1968,-565.25 │ │ │ +00004630: 2031 3935 372c 2d35 3435 2e38 3320 3139 1957,-545.83 19 │ │ │ +00004640: 3437 2e37 372c 2d35 3239 2e35 3420 3139 47.77,-529.54 19 │ │ │ +00004650: 3432 2e36 382c 2d35 3038 2e38 3520 3139 42.68,-508.85 19 │ │ │ +00004660: 3431 2e33 362c 2d34 3933 2e32 3822 2f3e 41.36,-493.28"/> │ │ │ +00004670: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .... │ │ │ -00004730: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3422 2063 .module_src_g │ │ │ -00004760: 726f 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 616c romacs_essential │ │ │ -00004770: 6479 6e61 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 dynamics-> │ │ │ -00004780: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00004790: 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c acs_gmxlib.. │ │ │ -00004930: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module_ │ │ │ -000049b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 7365 src_gromacs_esse │ │ │ -000049c0: 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 7326 2334 ntialdynamics │ │ │ -000049d0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -000049e0: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f _gromacs_mdlib</ │ │ │ -000049f0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00004a00: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00004a10: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3133 "#bfbfbf" d="M13 │ │ │ -00004a20: 3631 2e39 322c 2d33 3537 2e34 3843 3133 61.92,-357.48C13 │ │ │ -00004a30: 3631 2e38 372c 2d33 3831 2e39 3720 3133 61.87,-381.97 13 │ │ │ -00004a40: 3534 2e39 342c 2d34 3337 2e33 3420 3133 54.94,-437.34 13 │ │ │ -00004a50: 3633 2c2d 3438 322e 3936 2031 3337 362e 63,-482.96 1376. │ │ │ -00004a60: 3331 2c2d 3535 382e 3331 2031 3430 382e 31,-558.31 1408. │ │ │ -00004a70: 3639 2c2d 3536 392e 3335 2031 3432 322c 69,-569.35 1422, │ │ │ -00004a80: 2d36 3434 2e37 2031 3432 342e 3038 2c2d -644.7 1424.08,- │ │ │ -00004a90: 3635 362e 3436 2031 3432 372e 3238 2c2d 656.46 1427.28,- │ │ │ -00004aa0: 3636 302e 3836 2031 3432 322c 2d36 3731 660.86 1422,-671 │ │ │ -00004ab0: 2e35 3720 3133 3934 2e30 322c 2d37 3238 .57 1394.02,-728 │ │ │ -00004ac0: 2e32 3820 3133 3231 2e38 352c 2d37 3630 .28 1321.85,-760 │ │ │ -00004ad0: 2e32 3620 3132 3738 2e33 332c 2d37 3734 .26 1278.33,-774 │ │ │ -00004ae0: 2e32 3622 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .26"/>.<polygon │ │ │ -00004af0: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ -00004b00: 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 troke="#bfbfbf" │ │ │ -00004b10: 706f 696e 7473 3d22 3132 3737 2e32 352c points="1277.25, │ │ │ -00004b20: 2d37 3730 2e39 3320 3132 3638 2e37 312c -770.93 1268.71, │ │ │ -00004b30: 2d37 3737 2e32 3120 3132 3739 2e33 2c2d -777.21 1279.3,- │ │ │ -00004b40: 3737 372e 3632 2031 3237 372e 3235 2c2d 777.62 1277.25,- │ │ │ -00004b50: 3737 302e 3933 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 770.93"/>.</g>.< │ │ │ -00004b60: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00004b70: 726f 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 616c romacs_essential │ │ │ -00004b80: 6479 6e61 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 dynamics-> │ │ │ -00004b90: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00004ba0: 6163 735f 6669 6c65 696f 202d 2d3e 0a3c acs_fileio -->.< │ │ │ -00004bb0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3133 2220 636c g id="edge13" cl │ │ │ -00004bc0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -00004bd0: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -00004be0: 6f6d 6163 735f 6573 7365 6e74 6961 6c64 omacs_essentiald │ │ │ -00004bf0: 796e 616d 6963 7326 2334 353b 2667 743b ynamics-> │ │ │ -00004c00: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00004c10: 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 cs_fileio......mod │ │ │ -00004da0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00004db0: 6573 7365 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 essentialdynamic │ │ │ -00004dc0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -00004dd0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 _src_gromacs_mdt │ │ │ -00004de0: 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ypes......module_src_gro │ │ │ -00004fd0: 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 macs_essentialdy │ │ │ -00004fe0: 6e61 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 3b6d namics->m │ │ │ -00004ff0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00005000: 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e s_domdec │ │ │ -00005010: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .. │ │ │ -00005090: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....module_src_grom │ │ │ -00005190: 6163 735f 6573 7365 6e74 6961 6c64 796e acs_essentialdyn │ │ │ -000051a0: 616d 6963 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f amics->mo │ │ │ -000051b0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000051c0: 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 _commandline</ti │ │ │ -000051d0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -000051e0: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2262 "none" stroke="b │ │ │ -000051f0: 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 lack" stroke-das │ │ │ -00005200: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00005210: 4d31 3334 372e 3038 2c2d 3335 372e 3233 M1347.08,-357.23 │ │ │ -00005220: 4331 3330 382e 3433 2c2d 3339 372e 3537 C1308.43,-397.57 │ │ │ -00005230: 2031 3138 362e 3339 2c2d 3532 342e 3937 1186.39,-524.97 │ │ │ -00005240: 2031 3133 392e 3034 2c2d 3537 342e 3339 1139.04,-574.39 │ │ │ -00005250: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00005260: 6c3d 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 l="black" stroke │ │ │ -00005270: 3d22 626c 6163 6b22 2070 6f69 6e74 733d ="black" points= │ │ │ -00005280: 2231 3133 362e 3234 2c2d 3537 322e 3235 "1136.24,-572.25 │ │ │ -00005290: 2031 3133 312e 3835 2c2d 3538 312e 3839 1131.85,-581.89 │ │ │ -000052a0: 2031 3134 312e 332c 2d35 3737 2e30 3920 1141.3,-577.09 │ │ │ -000052b0: 3131 3336 2e32 342c 2d35 3732 2e32 3522 1136.24,-572.25" │ │ │ -000052c0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ -000052d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000052e0: 6573 7365 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 essentialdynamic │ │ │ -000052f0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -00005300: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -00005310: 756e 7574 696c 6974 7920 2d2d 3e0a 3c67 unutility -->.<g │ │ │ -00005320: 2069 643d 2265 6467 6531 3622 2063 6c61 id="edge16" cla │ │ │ -00005330: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -00005340: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -00005350: 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 macs_essentialdy │ │ │ -00005360: 6e61 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 3b6d namics->m │ │ │ -00005370: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00005380: 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f s_mdrunutility</ │ │ │ -00005390: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -000053a0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -000053b0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -000053c0: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -000053d0: 2064 3d22 4d31 3335 302e 3433 2c2d 3335 d="M1350.43,-35 │ │ │ -000053e0: 372e 3238 4331 3334 342e 3532 2c2d 3336 7.28C1344.52,-36 │ │ │ -000053f0: 362e 3639 2031 3333 372e 3137 2c2d 3338 6.69 1337.17,-38 │ │ │ -00005400: 302e 3136 2031 3333 342c 2d33 3933 2e32 0.16 1334,-393.2 │ │ │ -00005410: 3220 3133 3234 2e35 392c 2d34 3331 2e39 2 1324.59,-431.9 │ │ │ -00005420: 3820 3133 3236 2e30 342c 2d34 3433 2e38 8 1326.04,-443.8 │ │ │ -00005430: 3820 3133 3334 2c2d 3438 322e 3936 2031 8 1334,-482.96 1 │ │ │ -00005440: 3333 382e 3736 2c2d 3530 362e 3335 2031 338.76,-506.35 1 │ │ │ -00005450: 3337 312e 3234 2c2d 3535 382e 3434 2031 371.24,-558.44 1 │ │ │ -00005460: 3337 362c 2d35 3831 2e38 3320 3133 3738 376,-581.83 1378 │ │ │ -00005470: 2e33 382c 2d35 3933 2e35 3320 3133 3738 .38,-593.53 1378 │ │ │ -00005480: 2e32 322c 2d35 3936 2e39 3720 3133 3736 .22,-596.97 1376 │ │ │ -00005490: 2c2d 3630 382e 3720 3133 3734 2e32 382c ,-608.7 1374.28, │ │ │ -000054a0: 2d36 3137 2e37 3920 3133 3730 2e39 2c2d -617.79 1370.9,- │ │ │ -000054b0: 3632 372e 3335 2031 3336 372e 3436 2c2d 627.35 1367.46,- │ │ │ -000054c0: 3633 352e 3536 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 635.56"/>.<polyg │ │ │ -000054d0: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 on fill="#282fcc │ │ │ -000054e0: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 " stroke="#282fc │ │ │ -000054f0: 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 3336 342e c" points="1364. │ │ │ -00005500: 3232 2c2d 3633 342e 3232 2031 3336 332e 22,-634.22 1363. │ │ │ -00005510: 3334 2c2d 3634 342e 3737 2031 3337 302e 34,-644.77 1370. │ │ │ -00005520: 3632 2c2d 3633 372e 3037 2031 3336 342e 62,-637.07 1364. │ │ │ -00005530: 3232 2c2d 3633 342e 3232 222f 3e0a 3c2f 22,-634.22"/>.</ │ │ │ -00005540: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -00005550: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f70 6f6c rc_gromacs_topol │ │ │ -00005560: 6f67 7920 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 226e ogy -->.<g id="n │ │ │ -00005570: 6f64 6535 2220 636c 6173 733d 226e 6f64 ode5" class="nod │ │ │ -00005580: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -00005590: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f e_src_gromacs_to │ │ │ -000055a0: 706f 6c6f 6779 3c2f 7469 746c 653e 0a3c pology.< │ │ │ -000055b0: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2362 ellipse fill="#b │ │ │ -000055c0: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 fbfbf" stroke="b │ │ │ -000055d0: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3231 3037 2220 lack" cx="2107" │ │ │ -000055e0: 6379 3d22 2d39 3039 2e36 3222 2072 783d cy="-909.62" rx= │ │ │ -000055f0: 2233 372e 3435 2220 7279 3d22 3133 2e33 "37.45" ry="13.3 │ │ │ -00005600: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.to │ │ │ -00005660: 706f 6c6f 6779 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f pology....m │ │ │ -000056e0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000056f0: 735f 746f 706f 6c6f 6779 2623 3435 3b26 s_topology-& │ │ │ -00005700: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00005710: 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 omacs_mdtypes</t │ │ │ -00005720: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00005730: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00005740: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ -00005750: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -00005760: 643d 224d 3230 3731 2e36 312c 2d39 3035 d="M2071.61,-905 │ │ │ -00005770: 2e31 3243 3139 3636 2e32 322c 2d38 3934 .12C1966.22,-894 │ │ │ -00005780: 2e37 3320 3136 3534 2e34 332c 2d38 3633 .73 1654.43,-863 │ │ │ -00005790: 2e39 3720 3135 3336 2e31 382c 2d38 3532 .97 1536.18,-852 │ │ │ -000057a0: 2e33 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 .3"/>.<polygon f │ │ │ -000057b0: 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 ill="#282fcc" st │ │ │ -000057c0: 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 roke="#282fcc" p │ │ │ -000057d0: 6f69 6e74 733d 2231 3533 362e 3331 2c2d oints="1536.31,- │ │ │ -000057e0: 3834 382e 3820 3135 3236 2e30 322c 2d38 848.8 1526.02,-8 │ │ │ -000057f0: 3531 2e33 2031 3533 352e 3632 2c2d 3835 51.3 1535.62,-85 │ │ │ -00005800: 352e 3736 2031 3533 362e 3331 2c2d 3834 5.76 1536.31,-84 │ │ │ -00005810: 382e 3822 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 8.8"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00005820: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 7465 7374 module_src_test │ │ │ -00005830: 7574 696c 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d utils -->.<g id= │ │ │ -00005840: 226e 6f64 6535 3022 2063 6c61 7373 3d22 "node50" class=" │ │ │ -00005850: 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f node">.<title>mo │ │ │ -00005860: 6475 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 dule_src_testuti │ │ │ -00005870: 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 ls...testutils......module_ │ │ │ -00005a20: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f 706f src_gromacs_topo │ │ │ -00005a30: 6c6f 6779 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 logy->mod │ │ │ -00005a40: 756c 655f 7372 635f 7465 7374 7574 696c ule_src_testutil │ │ │ -00005a50: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s......m │ │ │ -00005ba0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00005bb0: 735f 6666 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f s_fft->mo │ │ │ -00005bc0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00005bd0: 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 _hardware.... │ │ │ -00005cc0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module │ │ │ -00005d10: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 _src_gromacs_gpu │ │ │ -00005d20: 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _utils.< │ │ │ -00005d30: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2362 ellipse fill="#b │ │ │ -00005d40: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 fbfbf" stroke="b │ │ │ -00005d50: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3136 3733 2220 lack" cx="1673" │ │ │ -00005d60: 6379 3d22 2d31 3033 352e 3336 2220 7278 cy="-1035.36" rx │ │ │ -00005d70: 3d22 3339 2e37 2220 7279 3d22 3133 2e33 ="39.7" ry="13.3 │ │ │ -00005d80: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.g │ │ │ -00005de0: 7075 5f75 7469 6c73 3c2f 7465 7874 3e0a pu_utils. │ │ │ -00005df0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mo │ │ │ -00005e60: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00005e70: 5f66 6674 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 _fft->mod │ │ │ -00005e80: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00005e90: 6770 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 gpu_utils... │ │ │ -00005fd0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_gro │ │ │ -000061d0: 6d61 6373 5f73 7761 7026 2334 353b 2667 macs_swap-&g │ │ │ -000061e0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -000061f0: 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 macs_gmxlib......module_src_gro │ │ │ -00006430: 6d61 6373 5f73 7761 7026 2334 353b 2667 macs_swap-&g │ │ │ -00006440: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00006450: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c macs_mdlib.... │ │ │ -00006650: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3233 2220 ..module_src_ │ │ │ -00006680: 6772 6f6d 6163 735f 7377 6170 2623 3435 gromacs_swap- │ │ │ -00006690: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -000066a0: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f gromacs_fileio.. │ │ │ -000067d0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 . │ │ │ -00006840: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mod │ │ │ -000068b0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000068c0: 7377 6170 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 swap->mod │ │ │ -000068d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000068e0: 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a mdtypes. │ │ │ -000068f0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 . │ │ │ -000069b0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 .... │ │ │ -00006a90: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00006aa0: 6373 5f73 7761 7026 2334 353b 2667 743b cs_swap-> │ │ │ -00006ab0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00006ac0: 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 cs_domdec..< │ │ │ -00006b80: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ -00006b90: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ -00006ba0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ -00006bb0: 3137 3731 2e33 362c 2d32 3732 2e35 3220 1771.36,-272.52 │ │ │ -00006bc0: 3137 3631 2e37 342c 2d32 3736 2e39 3820 1761.74,-276.98 │ │ │ -00006bd0: 3137 3732 2e30 342c 2d32 3739 2e34 3920 1772.04,-279.49 │ │ │ -00006be0: 3137 3731 2e33 362c 2d32 3732 2e35 3222 1771.36,-272.52" │ │ │ -00006bf0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.. │ │ │ -00006c40: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 2220 ..module_src_ │ │ │ -00006c70: 6772 6f6d 6163 735f 7377 6170 2623 3435 gromacs_swap- │ │ │ -00006c80: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00006c90: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ -00006ca0: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity... │ │ │ -00006e80: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...modu │ │ │ -00006ed0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -00006ee0: 6162 6c65 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 ables.< │ │ │ -00006f00: 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 3d22 6772 a xlink:href="gr │ │ │ -00006f10: 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f 5f74 6162 oup__module__tab │ │ │ -00006f20: 6c65 732e 7868 746d 6c22 2074 6172 6765 les.xhtml" targe │ │ │ -00006f30: 743d 225f 746f 7022 2078 6c69 6e6b 3a74 t="_top" xlink:t │ │ │ -00006f40: 6974 6c65 3d22 7461 626c 6573 223e 0a3c itle="tables">.< │ │ │ -00006f50: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 ellipse fill="#f │ │ │ -00006f60: 6665 3463 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 fe4cc" stroke="b │ │ │ -00006f70: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3139 3439 2220 lack" cx="1949" │ │ │ -00006f80: 6379 3d22 2d39 322e 3331 2220 7278 3d22 cy="-92.31" rx=" │ │ │ -00006f90: 3330 2e33 3122 2072 793d 2231 332e 3337 30.31" ry="13.37 │ │ │ -00006fa0: 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 "/>.tabl │ │ │ -00007000: 6573 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c es..< │ │ │ -00007010: 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f /g>....module_src_gro │ │ │ -00007090: 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 6226 2334 353b macs_gmxlib- │ │ │ -000070a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000070b0: 726f 6d61 6373 5f74 6162 6c65 733c 2f74 romacs_tables...... │ │ │ -00007330: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00007340: 6373 5f67 6d78 6c69 6226 2334 353b 2667 cs_gmxlib-&g │ │ │ -00007350: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00007360: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c macs_mdlib</titl │ │ │ -00007370: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00007380: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 one" stroke="#2c │ │ │ -00007390: 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 cc28" stroke-das │ │ │ -000073a0: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -000073b0: 4d31 3239 382e 3539 2c2d 3839 362e 3735 M1298.59,-896.75 │ │ │ -000073c0: 4331 3238 342e 3737 2c2d 3837 362e 3134 C1284.77,-876.14 │ │ │ -000073d0: 2031 3236 312e 3934 2c2d 3833 332e 3431 1261.94,-833.41 │ │ │ -000073e0: 2031 3235 302e 3336 2c2d 3830 372e 3133 1250.36,-807.13 │ │ │ -000073f0: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00007400: 6c3d 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f l="#2ccc28" stro │ │ │ -00007410: 6b65 3d22 2332 6363 6332 3822 2070 6f69 ke="#2ccc28" poi │ │ │ -00007420: 6e74 733d 2231 3235 332e 3438 2c2d 3830 nts="1253.48,-80 │ │ │ -00007430: 352e 3520 3132 3436 2e33 392c 2d37 3937 5.5 1246.39,-797 │ │ │ -00007440: 2e36 3220 3132 3437 2e30 322c 2d38 3038 .62 1247.02,-808 │ │ │ -00007450: 2e32 2031 3235 332e 3438 2c2d 3830 352e .2 1253.48,-805. │ │ │ -00007460: 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 5"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -00007470: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00007480: 735f 676d 786c 6962 2623 3435 3b26 6774 s_gmxlib-> │ │ │ -00007490: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -000074a0: 6163 735f 6d64 7479 7065 7320 2d2d 3e0a acs_mdtypes -->. │ │ │ -000074b0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3922 2063 <g id="edge29" c │ │ │ -000074c0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -000074d0: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -000074e0: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 6226 2334 romacs_gmxlib │ │ │ -000074f0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00007500: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 _gromacs_mdtypes │ │ │ -00007510: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 .....< │ │ │ -00007640: 6720 6964 3d22 6564 6765 3330 2220 636c g id="edge30" cl │ │ │ -00007650: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -00007670: 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 2623 3435 omacs_gmxlib- │ │ │ -00007680: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00007690: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c 2f74 gromacs_ewald......module_src_grom │ │ │ -000078c0: 6163 735f 676d 786c 6962 2623 3435 3b26 acs_gmxlib-& │ │ │ -000078d0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -000078e0: 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e omacs_commandlin │ │ │ -000078f0: 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 e..... │ │ │ -00007c30: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -00007c40: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 rc_gromacs_tools │ │ │ -00007c50: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00007c60: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c src_gromacs_gmxl │ │ │ -00007c70: 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ib....< │ │ │ -00007dc0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00007dd0: 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 romacs_tools- │ │ │ -00007de0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00007df0: 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f gromacs_trajecto │ │ │ -00007e00: 7279 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ry -->..modul │ │ │ -00007e30: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f e_src_gromacs_to │ │ │ -00007e40: 6f6c 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ols->modu │ │ │ -00007e50: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -00007e60: 7261 6a65 6374 6f72 793c 2f74 6974 6c65 rajectory... │ │ │ -00008010: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...modul │ │ │ -00008060: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00008070: 7275 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 run.. │ │ │ -00008130: 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 .mdrun< │ │ │ -00008190: 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e /text>.. │ │ │ -000081a0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -00008210: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00008220: 746f 6f6c 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f tools->mo │ │ │ -00008230: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00008240: 5f6d 6472 756e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdrun.< │ │ │ -00008250: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00008260: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -00008270: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -00008280: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3334 ay="5,2" d="M134 │ │ │ -00008290: 362e 3038 2c2d 3134 3131 2e30 3543 3135 6.08,-1411.05C15 │ │ │ -000082a0: 3131 2e31 322c 2d31 3430 372e 3534 2032 11.12,-1407.54 2 │ │ │ -000082b0: 3337 372e 3033 2c2d 3133 3835 2e31 3620 377.03,-1385.16 │ │ │ -000082c0: 3234 3534 2c2d 3133 3030 2e32 3720 3234 2454,-1300.27 24 │ │ │ -000082d0: 3836 2e39 332c 2d31 3236 332e 3935 2032 86.93,-1263.95 2 │ │ │ -000082e0: 3634 322e 3239 2c2d 3132 3339 2e37 2032 642.29,-1239.7 2 │ │ │ -000082f0: 3135 332c 2d38 3936 2e31 3820 3230 3631 153,-896.18 2061 │ │ │ -00008300: 2e33 392c 2d38 3331 2e38 3720 3137 3535 .39,-831.87 1755 │ │ │ -00008310: 2e32 2c2d 3831 332e 3533 2031 3637 362c .2,-813.53 1676, │ │ │ -00008320: 2d37 3334 2e34 3420 3136 3734 2e34 322c -734.44 1674.42, │ │ │ -00008330: 2d37 3332 2e38 3620 3136 3234 2e37 332c -732.86 1624.73, │ │ │ -00008340: 2d35 3833 2e39 3520 3136 3234 2c2d 3538 -583.95 1624,-58 │ │ │ -00008350: 312e 3833 2031 3537 342e 3433 2c2d 3433 1.83 1574.43,-43 │ │ │ -00008360: 382e 3237 2031 3630 312e 3732 2c2d 3337 8.27 1601.72,-37 │ │ │ -00008370: 302e 3336 2031 3439 302c 2d32 3637 2e34 0.36 1490,-267.4 │ │ │ -00008380: 3820 3134 3634 2e34 322c 2d32 3433 2e39 8 1464.42,-243.9 │ │ │ -00008390: 3320 3134 3236 2e34 2c2d 3233 312e 3536 3 1426.4,-231.56 │ │ │ -000083a0: 2031 3339 372e 392c 2d32 3235 2e32 3422 1397.9,-225.24" │ │ │ -000083b0: 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c />....< │ │ │ -00008470: 6720 6964 3d22 6564 6765 3339 2220 636c g id="edge39" cl │ │ │ -00008480: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -000084a0: 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b omacs_tools- │ │ │ -000084b0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000084c0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 romacs_mdlib......module │ │ │ -000086d0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f _src_gromacs_too │ │ │ -000086e0: 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ls->modul │ │ │ -000086f0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ -00008700: 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 leio....< │ │ │ -00008840: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00008850: 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 romacs_tools- │ │ │ -00008860: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00008870: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 7320 gromacs_mdtypes │ │ │ -00008880: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6534 -->. │ │ │ -000088a0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -000088b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 rc_gromacs_tools │ │ │ -000088c0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -000088d0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ -000088e0: 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 pes....< │ │ │ -00008a80: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00008a90: 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 romacs_tools- │ │ │ -00008aa0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00008ab0: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 6420 2d2d gromacs_ewald -- │ │ │ -00008ac0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6533 3722 >..< │ │ │ -00008ae0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00008af0: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 _gromacs_tools&# │ │ │ -00008b00: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00008b10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c c_gromacs_ewald< │ │ │ -00008b20: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>......module_src_gro │ │ │ -00008f50: 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 3b26 macs_tools-& │ │ │ -00008f60: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00008f70: 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 omacs_listed_for │ │ │ -00008f80: 6365 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ces.... │ │ │ -00009160: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00009360: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f 6f6c src_gromacs_tool │ │ │ -00009370: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -00009380: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 616e _src_gromacs_ran │ │ │ -00009390: 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 dom.... │ │ │ -00009780: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3333 2220 ..module_src_ │ │ │ -000097b0: 6772 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 7326 2334 gromacs_tools │ │ │ -000097c0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -000097d0: 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 _gromacs_command │ │ │ -000097e0: 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 line.....< │ │ │ -000099a0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3435 2220 636c g id="edge45" cl │ │ │ -000099b0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -000099d0: 6f6d 6163 735f 7461 626c 6573 2623 3435 omacs_tables- │ │ │ -000099e0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -000099f0: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f gromacs_fileio...... │ │ │ -00009ba0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -00009bb0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 626c 6573 c_gromacs_tables │ │ │ -00009bc0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00009bd0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ -00009be0: 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 pes.... │ │ │ -00009d50: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00009dc0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 626c src_gromacs_tabl │ │ │ -00009dd0: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ -00009de0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00009df0: 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 span......module_src_grom │ │ │ -00009f40: 6163 735f 7365 6c65 6374 696f 6e3c 2f74 acs_selection</t │ │ │ -00009f50: 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e itle>.<g id="a_n │ │ │ -00009f60: 6f64 6531 3122 3e3c 6120 786c 696e 6b3a ode11"><a xlink: │ │ │ -00009f70: 6872 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 href="group__mod │ │ │ -00009f80: 756c 655f 5f73 656c 6563 7469 6f6e 2e78 ule__selection.x │ │ │ -00009f90: 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 html" target="_t │ │ │ -00009fa0: 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d op" xlink:title= │ │ │ -00009fb0: 2273 656c 6563 7469 6f6e 223e 0a3c 656c "selection">.<el │ │ │ -00009fc0: 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 6663 lipse fill="#ffc │ │ │ -00009fd0: 6363 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 ccc" stroke="bla │ │ │ -00009fe0: 636b 2220 6378 3d22 3230 3730 2220 6379 ck" cx="2070" cy │ │ │ -00009ff0: 3d22 2d35 3935 2e32 3722 2072 783d 2233 ="-595.27" rx="3 │ │ │ -0000a000: 392e 3722 2072 793d 2231 332e 3337 222f 9.7" ry="13.37"/ │ │ │ -0000a010: 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 >.<text text-anc │ │ │ -0000a020: 686f 723d 226d 6964 646c 6522 2078 3d22 hor="middle" x=" │ │ │ -0000a030: 3230 3730 2220 793d 222d 3539 322e 3737 2070" y="-592.77 │ │ │ -0000a040: 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 " font-family="F │ │ │ -0000a050: 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 reeSans" font-si │ │ │ -0000a060: 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e73 656c 6563 ze="10.00">selec │ │ │ -0000a070: 7469 6f6e 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e tion</text>.</a> │ │ │ -0000a080: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 .</g>.</g>.<!-- │ │ │ -0000a090: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000a0a0: 6373 5f6f 7074 696f 6e73 202d 2d3e 0a3c cs_options -->.< │ │ │ -0000a0b0: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3230 2220 636c g id="node20" cl │ │ │ -0000a0c0: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.<tit │ │ │ -0000a0d0: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -0000a0e0: 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 omacs_options</t │ │ │ -0000a0f0: 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e itle>.<g id="a_n │ │ │ -0000a100: 6f64 6532 3022 3e3c 6120 786c 696e 6b3a ode20"><a xlink: │ │ │ -0000a110: 6872 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 href="group__mod │ │ │ -0000a120: 756c 655f 5f6f 7074 696f 6e73 2e78 6874 ule__options.xht │ │ │ -0000a130: 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 ml" target="_top │ │ │ -0000a140: 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d 226f " xlink:title="o │ │ │ -0000a150: 7074 696f 6e73 223e 0a3c 656c 6c69 7073 ptions">.<ellips │ │ │ -0000a160: 6520 6669 6c6c 3d22 2366 6665 3463 6322 e fill="#ffe4cc" │ │ │ -0000a170: 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 stroke="black" │ │ │ -0000a180: 6378 3d22 3837 3922 2063 793d 222d 3932 cx="879" cy="-92 │ │ │ -0000a190: 2e33 3122 2072 783d 2233 332e 3838 2220 .31" rx="33.88" │ │ │ -0000a1a0: 7279 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 ry="13.37"/>.<te │ │ │ -0000a1b0: 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 xt text-anchor=" │ │ │ -0000a1c0: 6d69 6464 6c65 2220 783d 2238 3739 2220 middle" x="879" │ │ │ -0000a1d0: 793d 222d 3839 2e38 3122 2066 6f6e 742d y="-89.81" font- │ │ │ -0000a1e0: 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 family="FreeSans │ │ │ -0000a1f0: 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e " font-size="10. │ │ │ -0000a200: 3030 223e 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 6578 00">options</tex │ │ │ -0000a210: 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 t>.</a>.</g>.</g │ │ │ -0000a220: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ -0000a230: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7365 6c65 6374 c_gromacs_select │ │ │ -0000a240: 696f 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ion->modu │ │ │ -0000a250: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f le_src_gromacs_o │ │ │ -0000a260: 7074 696f 6e73 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 ptions -->.<g id │ │ │ -0000a270: 3d22 6564 6765 3439 2220 636c 6173 733d ="edge49" class= │ │ │ -0000a280: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -0000a290: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000a2a0: 735f 7365 6c65 6374 696f 6e26 2334 353b s_selection- │ │ │ -0000a2b0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0000a2c0: 726f 6d61 6373 5f6f 7074 696f 6e73 3c2f romacs_options</ │ │ │ -0000a2d0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0000a2e0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0000a2f0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -0000a300: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -0000a310: 2064 3d22 4d32 3037 332e 3636 2c2d 3538 d="M2073.66,-58 │ │ │ -0000a320: 312e 3739 4332 3037 372e 352c 2d35 3636 1.79C2077.5,-566 │ │ │ -0000a330: 2e34 3620 3230 3831 2e39 362c 2d35 3339 .46 2081.96,-539 │ │ │ -0000a340: 2e38 3920 3230 3734 2c2d 3531 382e 3936 .89 2074,-518.96 │ │ │ -0000a350: 2032 3036 362e 3339 2c2d 3439 382e 3935 2066.39,-498.95 │ │ │ -0000a360: 2032 3035 342e 3339 2c2d 3530 302e 3431 2054.39,-500.41 │ │ │ -0000a370: 2032 3034 322c 2d34 3832 2e39 3620 3230 2042,-482.96 20 │ │ │ -0000a380: 3135 2e35 362c 2d34 3435 2e37 3320 3230 15.56,-445.73 20 │ │ │ -0000a390: 3135 2e32 332c 2d34 3332 2e35 3320 3139 15.23,-432.53 19 │ │ │ -0000a3a0: 3932 2c2d 3339 332e 3232 2031 3934 312e 92,-393.22 1941. │ │ │ -0000a3b0: 372c 2d33 3038 2e30 3920 3139 3438 2e37 7,-308.09 1948.7 │ │ │ -0000a3c0: 392c 2d32 3639 2e32 3920 3138 3734 2c2d 9,-269.29 1874,- │ │ │ -0000a3d0: 3230 342e 3631 2031 3832 312e 3438 2c2d 204.61 1821.48,- │ │ │ -0000a3e0: 3135 392e 3220 3137 3938 2e35 312c 2d31 159.2 1798.51,-1 │ │ │ -0000a3f0: 3537 2e39 3420 3137 3331 2c2d 3134 312e 57.94 1731,-141. │ │ │ -0000a400: 3734 2031 3537 352e 3336 2c2d 3130 342e 74 1575.36,-104. │ │ │ -0000a410: 3339 2031 3037 352e 3533 2c2d 3935 2e35 39 1075.53,-95.5 │ │ │ -0000a420: 3920 3932 332e 3337 2c2d 3933 2e37 3522 9 923.37,-93.75" │ │ │ -0000a430: 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c />.<polygon fill │ │ │ -0000a440: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ -0000a450: 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f 696e e="#282fcc" poin │ │ │ -0000a460: 7473 3d22 3932 332e 3037 2c2d 3930 2e32 ts="923.07,-90.2 │ │ │ -0000a470: 3420 3931 332e 3032 2c2d 3933 2e36 3320 4 913.02,-93.63 │ │ │ -0000a480: 3932 322e 3938 2c2d 3937 2e32 3420 3932 922.98,-97.24 92 │ │ │ -0000a490: 332e 3037 2c2d 3930 2e32 3422 2f3e 0a3c 3.07,-90.24"/>.< │ │ │ -0000a4a0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ -0000a4b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7365 6c65 src_gromacs_sele │ │ │ -0000a4c0: 6374 696f 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f ction->mo │ │ │ -0000a4d0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000a4e0: 5f6f 6e6c 696e 6568 656c 7020 2d2d 3e0a _onlinehelp -->. │ │ │ -0000a4f0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6534 3822 2063 <g id="edge48" c │ │ │ -0000a500: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -0000a510: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -0000a520: 726f 6d61 6373 5f73 656c 6563 7469 6f6e romacs_selection │ │ │ -0000a530: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -0000a540: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e 6c69 src_gromacs_onli │ │ │ -0000a550: 6e65 6865 6c70 3c2f 7469 746c 653e 0a3c nehelp.< │ │ │ -0000a560: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0000a570: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -0000a580: 2220 643d 224d 3230 3534 2e35 382c 2d35 " d="M2054.58,-5 │ │ │ -0000a590: 3832 2e38 3243 3230 3432 2e35 312c 2d35 82.82C2042.51,-5 │ │ │ -0000a5a0: 3733 2e38 3620 3230 3235 2e35 332c 2d35 73.86 2025.53,-5 │ │ │ -0000a5b0: 3631 2e32 3520 3230 3131 2e37 342c 2d35 61.25 2011.74,-5 │ │ │ -0000a5c0: 3531 2e30 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 51.02"/>...< │ │ │ -0000a640: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000a650: 726f 6d61 6373 5f73 656c 6563 7469 6f6e romacs_selection │ │ │ -0000a660: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -0000a670: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7261 6e64 src_gromacs_rand │ │ │ -0000a680: 6f6d 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 om -->..modul │ │ │ -0000a6b0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7365 e_src_gromacs_se │ │ │ -0000a6c0: 6c65 6374 696f 6e26 2334 353b 2667 743b lection-> │ │ │ -0000a6d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000a6e0: 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 cs_random...< │ │ │ -0000a830: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...modu │ │ │ -0000a880: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f75 le_src_gromacs_u │ │ │ -0000a890: 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tility.< │ │ │ -0000a8a0: 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3132 223e g id="a_node12"> │ │ │ -0000a8b0: 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 7265 663d 2267 ..utility... │ │ │ -0000a9d0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .. │ │ │ -0000aa10: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -0000aa20: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 rc_gromacs_compa │ │ │ -0000aa30: 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 t..compat....module_src_grom │ │ │ -0000ab70: 6163 735f 7574 696c 6974 7926 2334 353b acs_utility- │ │ │ -0000ab80: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0000ab90: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 743c 2f74 romacs_compat</t │ │ │ -0000aba0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -0000abb0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -0000abc0: 2332 3832 6663 6322 2064 3d22 4d31 3132 #282fcc" d="M112 │ │ │ -0000abd0: 382e 3536 2c2d 3130 3933 2e34 3243 3130 8.56,-1093.42C10 │ │ │ -0000abe0: 3235 2e38 372c 2d31 3037 382e 3235 2036 25.87,-1078.25 6 │ │ │ -0000abf0: 3434 2e32 312c 2d31 3031 382e 3235 2033 44.21,-1018.25 3 │ │ │ -0000ac00: 3432 2c2d 3932 332e 3035 2032 3733 2e34 42,-923.05 273.4 │ │ │ -0000ac10: 342c 2d39 3031 2e34 3620 3233 382e 3738 4,-901.46 238.78 │ │ │ -0000ac20: 2c2d 3931 352e 3539 2031 3933 2c2d 3836 ,-915.59 193,-86 │ │ │ -0000ac30: 302e 3138 2031 3731 2e32 312c 2d38 3333 0.18 171.21,-833 │ │ │ -0000ac40: 2e38 2031 3737 2c2d 3831 392e 3039 2031 .8 177,-819.09 1 │ │ │ -0000ac50: 3737 2c2d 3738 342e 3838 2031 3737 2c2d 77,-784.88 177,- │ │ │ -0000ac60: 3738 342e 3838 2031 3737 2c2d 3738 342e 784.88 177,-784. │ │ │ -0000ac70: 3838 2031 3737 2c2d 3436 382e 3533 2031 88 177,-468.53 1 │ │ │ -0000ac80: 3737 2c2d 3433 382e 3934 2031 3936 2e39 77,-438.94 196.9 │ │ │ -0000ac90: 2c2d 3233 302e 3035 2032 3132 2c2d 3230 ,-230.05 212,-20 │ │ │ -0000aca0: 342e 3631 2032 3234 2e30 382c 2d31 3834 4.61 224.08,-184 │ │ │ -0000acb0: 2e32 3520 3237 362c 2d31 3530 2e34 3920 .25 276,-150.49 │ │ │ -0000acc0: 3239 382c 2d31 3431 2e37 3420 3335 382e 298,-141.74 358. │ │ │ -0000acd0: 3636 2c2d 3131 372e 3620 3534 392e 3131 66,-117.6 549.11 │ │ │ -0000ace0: 2c2d 3130 322e 3120 3633 362c 2d39 362e ,-102.1 636,-96. │ │ │ -0000acf0: 3131 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 11"/>.<polygon f │ │ │ -0000ad00: 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 ill="#282fcc" st │ │ │ -0000ad10: 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 roke="#282fcc" p │ │ │ -0000ad20: 6f69 6e74 733d 2236 3336 2e33 332c 2d39 oints="636.33,-9 │ │ │ -0000ad30: 392e 3620 3634 362e 3037 2c2d 3935 2e34 9.6 646.07,-95.4 │ │ │ -0000ad40: 3320 3633 352e 3835 2c2d 3932 2e36 3120 3 635.85,-92.61 │ │ │ -0000ad50: 3633 362e 3333 2c2d 3939 2e36 222f 3e0a 636.33,-99.6"/>. │ │ │ -0000ad60: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -0000ad70: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f75 7469 _src_gromacs_uti │ │ │ -0000ad80: 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 lity->mod │ │ │ -0000ad90: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000ada0: 6770 755f 7574 696c 7320 2d2d 3e0a 3c67 gpu_utils -->.<g │ │ │ -0000adb0: 2069 643d 2265 6467 6535 3122 2063 6c61 id="edge51" cla │ │ │ -0000adc0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -0000add0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -0000ade0: 6d61 6373 5f75 7469 6c69 7479 2623 3435 macs_utility- │ │ │ -0000adf0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000ae00: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ -0000ae10: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s...< │ │ │ -0000af00: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...module_ │ │ │ -0000af70: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ -0000af80: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ -0000af90: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 _src_gromacs_imd │ │ │ -0000afa0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ... │ │ │ -0000b150: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 .. │ │ │ -0000b1c0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -0000b1d0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e rc_gromacs_mdrun │ │ │ -0000b1e0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -0000b1f0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 7365 src_gromacs_esse │ │ │ -0000b200: 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 733c 2f74 ntialdynamics</t │ │ │ -0000b210: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -0000b220: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -0000b230: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ -0000b240: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -0000b250: 643d 224d 3133 3539 2c2d 3233 312e 3537 d="M1359,-231.57 │ │ │ -0000b260: 4331 3335 392c 2d32 3532 2e32 3520 3133 C1359,-252.25 13 │ │ │ -0000b270: 3539 2c2d 3239 332e 3836 2031 3335 392c 59,-293.86 1359, │ │ │ -0000b280: 2d33 3139 2e39 3122 2f3e 0a3c 706f 6c79 -319.91"/>.<poly │ │ │ -0000b290: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 3832 6663 gon fill="#282fc │ │ │ -0000b2a0: 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 c" stroke="#282f │ │ │ -0000b2b0: 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 3133 3535 cc" points="1355 │ │ │ -0000b2c0: 2e35 2c2d 3332 302e 3031 2031 3335 392c .5,-320.01 1359, │ │ │ -0000b2d0: 2d33 3330 2e30 3120 3133 3632 2e35 2c2d -330.01 1362.5,- │ │ │ -0000b2e0: 3332 302e 3031 2031 3335 352e 352c 2d33 320.01 1355.5,-3 │ │ │ -0000b2f0: 3230 2e30 3122 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 20.01"/>.</g>.<! │ │ │ -0000b300: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -0000b310: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b omacs_mdrun- │ │ │ -0000b320: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0000b330: 726f 6d61 6373 5f73 7761 7020 2d2d 3e0a romacs_swap -->. │ │ │ -0000b340: 3c67 2069 643d 2265 6467 6537 3122 2063 <g id="edge71" c │ │ │ -0000b350: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -0000b360: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -0000b370: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000b380: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000b390: 6772 6f6d 6163 735f 7377 6170 3c2f 7469 gromacs_swap</ti │ │ │ -0000b3a0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -0000b3b0: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ -0000b3c0: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 282fcc" stroke-d │ │ │ -0000b3d0: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ -0000b3e0: 3d22 4d31 3338 392e 3035 2c2d 3231 342e ="M1389.05,-214. │ │ │ -0000b3f0: 3233 4331 3439 352e 3538 2c2d 3230 342e 23C1495.58,-204. │ │ │ -0000b400: 3236 2031 3835 352e 312c 2d31 3730 2e35 26 1855.1,-170.5 │ │ │ -0000b410: 3920 3139 3731 2e39 372c 2d31 3539 2e36 9 1971.97,-159.6 │ │ │ -0000b420: 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 4"/>.<polygon fi │ │ │ -0000b430: 6c6c 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 ll="#282fcc" str │ │ │ -0000b440: 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f oke="#282fcc" po │ │ │ -0000b450: 696e 7473 3d22 3139 3732 2e35 362c 2d31 ints="1972.56,-1 │ │ │ -0000b460: 3633 2e31 2031 3938 322e 3139 2c2d 3135 63.1 1982.19,-15 │ │ │ -0000b470: 382e 3639 2031 3937 312e 392c 2d31 3536 8.69 1971.9,-156 │ │ │ -0000b480: 2e31 3320 3139 3732 2e35 362c 2d31 3633 .13 1972.56,-163 │ │ │ -0000b490: 2e31 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 .1"/>.</g>.<!-- │ │ │ +00004720: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ +00004730: 6365 735f 6177 6820 2d2d 3e0a 3c67 2069 ces_awh -->.<g i │ │ │ +00004740: 643d 2265 6467 6531 3822 2063 6c61 7373 d="edge18" class │ │ │ +00004750: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ +00004760: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00004770: 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 3435 3b26 cs_mdtypes-& │ │ │ +00004780: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00004790: 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f omacs_applied_fo │ │ │ +000047a0: 7263 6573 5f61 7768 3c2f 7469 746c 653e rces_awh │ │ │ +000047b0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_ │ │ │ +00004970: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 656e 6572 src_gromacs_ener │ │ │ +00004980: 6779 616e 616c 7973 6973 3c2f 7469 746c gyanalysis</titl │ │ │ +00004990: 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 e>.<g id="a_node │ │ │ +000049a0: 3522 3e3c 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 5"><a xlink:href │ │ │ +000049b0: 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f ="group__module_ │ │ │ +000049c0: 5f65 6e65 7267 7961 6e61 6c79 7369 732e _energyanalysis. │ │ │ +000049d0: 7868 746d 6c22 2074 6172 6765 743d 225f xhtml" target="_ │ │ │ +000049e0: 746f 7022 2078 6c69 6e6b 3a74 6974 6c65 top" xlink:title │ │ │ +000049f0: 3d22 656e 6572 6779 616e 616c 7973 6973 ="energyanalysis │ │ │ +00004a00: 223e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c ">.<ellipse fill │ │ │ +00004a10: 3d22 2366 6663 6363 6322 2073 7472 6f6b ="#ffcccc" strok │ │ │ +00004a20: 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 3534 e="black" cx="54 │ │ │ +00004a30: 3122 2063 793d 222d 3937 322e 3439 2220 1" cy="-972.49" │ │ │ +00004a40: 7278 3d22 3536 2e36 3422 2072 793d 2231 rx="56.64" ry="1 │ │ │ +00004a50: 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 3.37"/>.<text te │ │ │ +00004a60: 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d 6964 646c xt-anchor="middl │ │ │ +00004a70: 6522 2078 3d22 3534 3122 2079 3d22 2d39 e" x="541" y="-9 │ │ │ +00004a80: 3639 2e39 3922 2066 6f6e 742d 6661 6d69 69.99" font-fami │ │ │ +00004a90: 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 2220 666f ly="FreeSans" fo │ │ │ +00004aa0: 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e 3030 223e nt-size="10.00"> │ │ │ +00004ab0: 656e 6572 6779 616e 616c 7973 6973 3c2f energyanalysis</ │ │ │ +00004ac0: 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a text>.</a>.</g>. │ │ │ +00004ad0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00004ae0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 6e65 _src_gromacs_ene │ │ │ +00004af0: 7267 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b rgyanalysis- │ │ │ +00004b00: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00004b10: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6120 2d2d romacs_gmxana -- │ │ │ +00004b20: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3522 >.<g id="edge25" │ │ │ +00004b30: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +00004b40: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00004b50: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 6e65 7267 7961 _gromacs_energya │ │ │ +00004b60: 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b 2667 743b nalysis-> │ │ │ +00004b70: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00004b80: 6373 5f67 6d78 616e 613c 2f74 6974 6c65 cs_gmxana..< │ │ │ +00004c10: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00004c20: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 ccc28" stroke="# │ │ │ +00004c30: 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 2ccc28" points=" │ │ │ +00004c40: 3531 332e 3032 2c2d 3130 3131 2e37 2035 513.02,-1011.7 5 │ │ │ +00004c50: 3130 2e36 392c 2d31 3032 322e 3034 2035 10.69,-1022.04 5 │ │ │ +00004c60: 3138 2e39 352c 2d31 3031 352e 3431 2035 18.95,-1015.41 5 │ │ │ +00004c70: 3133 2e30 322c 2d31 3031 312e 3722 2f3e 13.02,-1011.7"/> │ │ │ +00004c80: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ +00004ec0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00004ed0: 656e 6572 6779 616e 616c 7973 6973 2623 energyanalysis&# │ │ │ +00004ee0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00004ef0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e c_gromacs_comman │ │ │ +00004f00: 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 dline.

..... │ │ │ +000052c0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +000052d0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 c_gromacs_trajec │ │ │ +000052e0: 746f 7279 616e 616c 7973 6973 3c2f 7469 toryanalysis</ti │ │ │ +000052f0: 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f tle>.<g id="a_no │ │ │ +00005300: 6465 3622 3e3c 6120 786c 696e 6b3a 6872 de6"><a xlink:hr │ │ │ +00005310: 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 756c ef="group__modul │ │ │ +00005320: 655f 5f74 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 e__trajectoryana │ │ │ +00005330: 6c79 7369 732e 7868 746d 6c22 2074 6172 lysis.xhtml" tar │ │ │ +00005340: 6765 743d 225f 746f 7022 2078 6c69 6e6b get="_top" xlink │ │ │ +00005350: 3a74 6974 6c65 3d22 7472 616a 6563 746f :title="trajecto │ │ │ +00005360: 7279 616e 616c 7973 6973 223e 0a3c 656c ryanalysis">.<el │ │ │ +00005370: 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 6663 lipse fill="#ffc │ │ │ +00005380: 6363 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 ccc" stroke="bla │ │ │ +00005390: 636b 2220 6378 3d22 3338 3122 2063 793d ck" cx="381" cy= │ │ │ +000053a0: 222d 3937 322e 3439 2220 7278 3d22 3635 "-972.49" rx="65 │ │ │ +000053b0: 2e31 3122 2072 793d 2231 332e 3337 222f .11" ry="13.37"/ │ │ │ +000053c0: 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 >.<text text-anc │ │ │ +000053d0: 686f 723d 226d 6964 646c 6522 2078 3d22 hor="middle" x=" │ │ │ +000053e0: 3338 3122 2079 3d22 2d39 3639 2e39 3922 381" y="-969.99" │ │ │ +000053f0: 2066 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 font-family="Fr │ │ │ +00005400: 6565 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a eeSans" font-siz │ │ │ +00005410: 653d 2231 302e 3030 223e 7472 616a 6563 e="10.00">trajec │ │ │ +00005420: 746f 7279 616e 616c 7973 6973 3c2f 7465 toryanalysis</te │ │ │ +00005430: 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f xt>.</a>.</g>.</ │ │ │ +00005440: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +00005450: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 rc_gromacs_traje │ │ │ +00005460: 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 ctoryanalysis │ │ │ +00005470: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00005480: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6120 _gromacs_gmxana │ │ │ +00005490: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6533 -->.<g id="edge3 │ │ │ +000054a0: 3322 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 3" class="edge"> │ │ │ +000054b0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +000054c0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 rc_gromacs_traje │ │ │ +000054d0: 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 ctoryanalysis │ │ │ +000054e0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +000054f0: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 613c _gromacs_gmxana< │ │ │ +00005500: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00005510: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00005520: 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b ="#2ccc28" strok │ │ │ +00005530: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ +00005540: 2220 643d 224d 3430 342e 3532 2c2d 3938 " d="M404.52,-98 │ │ │ +00005550: 352e 3232 4334 3234 2e32 332c 2d39 3935 5.22C424.23,-995 │ │ │ +00005560: 2e30 3620 3435 322e 3438 2c2d 3130 3039 .06 452.48,-1009 │ │ │ +00005570: 2e31 3520 3437 332e 3637 2c2d 3130 3139 .15 473.67,-1019 │ │ │ +00005580: 2e37 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .72"/>.<polygon │ │ │ +00005590: 6669 6c6c 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 fill="#2ccc28" s │ │ │ +000055a0: 7472 6f6b 653d 2223 3263 6363 3238 2220 troke="#2ccc28" │ │ │ +000055b0: 706f 696e 7473 3d22 3437 322e 3334 2c2d points="472.34,- │ │ │ +000055c0: 3130 3232 2e39 3720 3438 322e 3835 2c2d 1022.97 482.85,- │ │ │ +000055d0: 3130 3234 2e33 2034 3735 2e34 372c 2d31 1024.3 475.47,-1 │ │ │ +000055e0: 3031 362e 3731 2034 3732 2e33 342c 2d31 016.71 472.34,-1 │ │ │ +000055f0: 3032 322e 3937 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 022.97"/>.</g>.< │ │ │ +00005600: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00005610: 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 romacs_trajector │ │ │ +00005620: 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b 2667 yanalysis-&g │ │ │ +00005630: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00005640: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d 3e0a macs_fileio -->. │ │ │ +00005650: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3722 2063 <g id="edge27" c │ │ │ +00005660: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ +00005670: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ +00005680: 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 romacs_trajector │ │ │ +00005690: 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b 2667 yanalysis-&g │ │ │ +000056a0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +000056b0: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 macs_fileio</tit │ │ │ +000056c0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +000056d0: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ +000056e0: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d34 3333 2e31 fbfbf" d="M433.1 │ │ │ +000056f0: 372c 2d39 3634 2e33 3343 3434 362e 3738 7,-964.33C446.78 │ │ │ +00005700: 2c2d 3936 322e 3533 2034 3631 2e34 332c ,-962.53 461.43, │ │ │ +00005710: 2d39 3630 2e36 3620 3437 352c 2d39 3539 -960.66 475,-959 │ │ │ +00005720: 2e30 3520 3531 332e 3136 2c2d 3935 342e .05 513.16,-954. │ │ │ +00005730: 3533 2037 3933 2e32 382c 2d39 3531 2e36 53 793.28,-951.6 │ │ │ +00005740: 2038 3139 2c2d 3932 332e 3035 2038 3337 819,-923.05 837 │ │ │ +00005750: 2e37 322c 2d39 3032 2e32 3720 3830 362e .72,-902.27 806. │ │ │ +00005760: 3636 2c2d 3837 372e 3433 2037 3831 2e36 66,-877.43 781.6 │ │ │ +00005770: 322c 2d38 3632 2e31 3222 2f3e 0a3c 706f 2,-862.12"/>.<po │ │ │ +00005780: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 lygon fill="#bfb │ │ │ +00005790: 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 fbf" stroke="#bf │ │ │ +000057a0: 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 3738 bfbf" points="78 │ │ │ +000057b0: 332e 3137 2c2d 3835 382e 3937 2037 3732 3.17,-858.97 772 │ │ │ +000057c0: 2e37 372c 2d38 3536 2e39 3320 3737 392e .77,-856.93 779. │ │ │ +000057d0: 3633 2c2d 3836 352e 3031 2037 3833 2e31 63,-865.01 783.1 │ │ │ +000057e0: 372c 2d38 3538 2e39 3722 2f3e 0a3c 2f67 7,-858.97"/>.</g │ │ │ +000057f0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +00005800: 635f 6772 6f6d 6163 735f 616e 616c 7973 c_gromacs_analys │ │ │ +00005810: 6973 6461 7461 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 isdata -->.<g id │ │ │ +00005820: 3d22 6e6f 6465 3131 2220 636c 6173 733d ="node11" class= │ │ │ +00005830: 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "node">.<title>m │ │ │ +00005840: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00005850: 735f 616e 616c 7973 6973 6461 7461 3c2f s_analysisdata</ │ │ │ +00005860: 7469 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f title>.<g id="a_ │ │ │ +00005870: 6e6f 6465 3131 223e 3c61 2078 6c69 6e6b node11"><a xlink │ │ │ +00005880: 3a68 7265 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f :href="group__mo │ │ │ +00005890: 6475 6c65 5f5f 616e 616c 7973 6973 6461 dule__analysisda │ │ │ +000058a0: 7461 2e78 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 ta.xhtml" target │ │ │ +000058b0: 3d22 5f74 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 ="_top" xlink:ti │ │ │ +000058c0: 746c 653d 2261 6e61 6c79 7369 7364 6174 tle="analysisdat │ │ │ +000058d0: 6122 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c a">.<ellipse fil │ │ │ +000058e0: 6c3d 2223 6666 6363 6363 2220 7374 726f l="#ffcccc" stro │ │ │ +000058f0: 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d 2237 ke="black" cx="7 │ │ │ +00005900: 3630 2220 6379 3d22 2d39 3039 2e36 3222 60" cy="-909.62" │ │ │ +00005910: 2072 783d 2235 302e 3431 2220 7279 3d22 rx="50.41" ry=" │ │ │ +00005920: 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 13.37"/>.<text t │ │ │ +00005930: 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 6464 ext-anchor="midd │ │ │ +00005940: 6c65 2220 783d 2237 3630 2220 793d 222d le" x="760" y="- │ │ │ +00005950: 3930 372e 3132 2220 666f 6e74 2d66 616d 907.12" font-fam │ │ │ +00005960: 696c 793d 2246 7265 6553 616e 7322 2066 ily="FreeSans" f │ │ │ +00005970: 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 ont-size="10.00" │ │ │ +00005980: 3e61 6e61 6c79 7369 7364 6174 613c 2f74 >analysisdata</t │ │ │ +00005990: 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c ext>.</a>.</g>.< │ │ │ +000059a0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ +000059b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a src_gromacs_traj │ │ │ +000059c0: 6563 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 ectoryanalysis&# │ │ │ +000059d0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000059e0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 616e 616c 7973 c_gromacs_analys │ │ │ +000059f0: 6973 6461 7461 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 isdata -->.<g id │ │ │ +00005a00: 3d22 6564 6765 3238 2220 636c 6173 733d ="edge28" class= │ │ │ +00005a10: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ +00005a20: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00005a30: 735f 7472 616a 6563 746f 7279 616e 616c s_trajectoryanal │ │ │ +00005a40: 7973 6973 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 ysis->mod │ │ │ +00005a50: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00005a60: 616e 616c 7973 6973 6461 7461 3c2f 7469 analysisdata</ti │ │ │ +00005a70: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00005a80: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00005a90: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 282fcc" stroke-d │ │ │ +00005aa0: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00005ab0: 3d22 4d34 3332 2e33 392c 2d39 3634 2e32 ="M432.39,-964.2 │ │ │ +00005ac0: 3243 3439 342e 3833 2c2d 3935 352e 3234 2C494.83,-955.24 │ │ │ +00005ad0: 2036 3033 2e33 332c 2d39 3339 2e31 3720 603.33,-939.17 │ │ │ +00005ae0: 3639 362c 2d39 3233 2e30 3520 3730 312e 696,-923.05 701. │ │ │ +00005af0: 3033 2c2d 3932 322e 3138 2037 3036 2e32 03,-922.18 706.2 │ │ │ +00005b00: 372c 2d39 3231 2e32 3220 3731 312e 352c 7,-921.22 711.5, │ │ │ +00005b10: 2d39 3230 2e32 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 -920.25"/>.<poly │ │ │ +00005b20: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 3832 6663 gon fill="#282fc │ │ │ +00005b30: 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 c" stroke="#282f │ │ │ +00005b40: 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 3731 322e cc" points="712. │ │ │ +00005b50: 3239 2c2d 3932 332e 3636 2037 3231 2e34 29,-923.66 721.4 │ │ │ +00005b60: 362c 2d39 3138 2e33 3620 3731 302e 3939 6,-918.36 710.99 │ │ │ +00005b70: 2c2d 3931 362e 3738 2037 3132 2e32 392c ,-916.78 712.29, │ │ │ +00005b80: 2d39 3233 2e36 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -923.66"/>.</g>. │ │ │ +00005b90: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ +00005ba0: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 gromacs_gmxprepr │ │ │ +00005bb0: 6f63 6573 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d ocess -->.<g id= │ │ │ +00005bc0: 226e 6f64 6532 3222 2063 6c61 7373 3d22 "node22" class=" │ │ │ +00005bd0: 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f node">.<title>mo │ │ │ +00005be0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00005bf0: 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 3c2f _gmxpreprocess</ │ │ │ +00005c00: 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 title>.<ellipse │ │ │ +00005c10: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ +00005c20: 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 troke="black" cx │ │ │ +00005c30: 3d22 3133 3336 2220 6379 3d22 2d31 3039 ="1336" cy="-109 │ │ │ +00005c40: 382e 3233 2220 7278 3d22 3538 2e38 3822 8.23" rx="58.88" │ │ │ +00005c50: 2072 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 ry="13.37"/>.<t │ │ │ +00005c60: 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d ext text-anchor= │ │ │ +00005c70: 226d 6964 646c 6522 2078 3d22 3133 3336 "middle" x="1336 │ │ │ +00005c80: 2220 793d 222d 3130 3935 2e37 3322 2066 " y="-1095.73" f │ │ │ +00005c90: 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 ont-family="Free │ │ │ +00005ca0: 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d Sans" font-size= │ │ │ +00005cb0: 2231 302e 3030 223e 676d 7870 7265 7072 "10.00">gmxprepr │ │ │ +00005cc0: 6f63 6573 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 ocess</text>.</g │ │ │ +00005cd0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +00005ce0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 c_gromacs_trajec │ │ │ +00005cf0: 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 3435 toryanalysis- │ │ │ +00005d00: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00005d10: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 gromacs_gmxprepr │ │ │ +00005d20: 6f63 6573 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d ocess -->.<g id= │ │ │ +00005d30: 2265 6467 6533 3222 2063 6c61 7373 3d22 "edge32" class=" │ │ │ +00005d40: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +00005d50: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00005d60: 5f74 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 _trajectoryanaly │ │ │ +00005d70: 7369 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sis->modu │ │ │ +00005d80: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00005d90: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 3c2f 7469 mxpreprocess</ti │ │ │ +00005da0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00005db0: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00005dc0: 3263 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 2d64 2ccc28" stroke-d │ │ │ +00005dd0: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00005de0: 3d22 4d33 3839 2e33 332c 2d39 3835 2e38 ="M389.33,-985.8 │ │ │ +00005df0: 3743 3430 322c 2d31 3030 332e 3531 2034 7C402,-1003.51 4 │ │ │ +00005e00: 3237 2e39 352c 2d31 3033 352e 3234 2034 27.95,-1035.24 4 │ │ │ +00005e10: 3539 2c2d 3130 3438 2e37 3920 3533 322e 59,-1048.79 532. │ │ │ +00005e20: 3239 2c2d 3130 3830 2e37 3720 3130 3734 29,-1080.77 1074 │ │ │ +00005e30: 2e32 312c 2d31 3039 322e 3836 2031 3236 .21,-1092.86 126 │ │ │ +00005e40: 372e 3634 2c2d 3130 3936 2e31 3922 2f3e 7.64,-1096.19"/> │ │ │ +00005e50: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ +00005e60: 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d #2ccc28" stroke= │ │ │ +00005e70: 2223 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 "#2ccc28" points │ │ │ +00005e80: 3d22 3132 3637 2e36 322c 2d31 3039 392e ="1267.62,-1099. │ │ │ +00005e90: 3639 2031 3237 372e 3638 2c2d 3130 3936 69 1277.68,-1096 │ │ │ +00005ea0: 2e33 3620 3132 3637 2e37 342c 2d31 3039 .36 1267.74,-109 │ │ │ +00005eb0: 322e 3639 2031 3236 372e 3632 2c2d 3130 2.69 1267.62,-10 │ │ │ +00005ec0: 3939 2e36 3922 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 99.69"/>.</g>.<! │ │ │ +00005ed0: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +00005ee0: 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 omacs_trajectory │ │ │ +00005ef0: 616e 616c 7973 6973 2623 3435 3b26 6774 analysis-> │ │ │ +00005f00: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00005f10: 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 6520 acs_commandline │ │ │ +00005f20: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->.<g id="edge2 │ │ │ +00005f30: 3622 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 6" class="edge"> │ │ │ +00005f40: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +00005f50: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 rc_gromacs_traje │ │ │ +00005f60: 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 ctoryanalysis │ │ │ +00005f70: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00005f80: 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 _gromacs_command │ │ │ +00005f90: 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 line......modu │ │ │ +00006200: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +00006210: 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 rajectoryanalysi │ │ │ +00006220: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00006230: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 616e _src_gromacs_ran │ │ │ +00006240: 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 dom... │ │ │ +000063d0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module │ │ │ +00006450: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 _src_gromacs_tra │ │ │ +00006460: 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 jectoryanalysis& │ │ │ +00006470: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00006480: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f73 7461 7469 rc_gromacs_stati │ │ │ +00006490: 7374 6963 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 stics.

.....module │ │ │ +000065e0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6f _src_gromacs_coo │ │ │ +000065f0: 7264 696e 6174 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 rdinateio..< │ │ │ +00006670: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 ellipse fill="#f │ │ │ +00006680: 6663 6363 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 fcccc" stroke="b │ │ │ +00006690: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3336 3522 2063 lack" cx="365" c │ │ │ +000066a0: 793d 222d 3930 392e 3632 2220 7278 3d22 y="-909.62" rx=" │ │ │ +000066b0: 3438 2e35 3822 2072 793d 2231 332e 3337 48.58" ry="13.37 │ │ │ +000066c0: 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 "/>.coor │ │ │ +00006720: 6469 6e61 7465 696f 3c2f 7465 7874 3e0a dinateio. │ │ │ +00006730: 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c ...< │ │ │ +00006740: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00006750: 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 romacs_trajector │ │ │ +00006760: 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b 2667 yanalysis-&g │ │ │ +00006770: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00006780: 6d61 6373 5f63 6f6f 7264 696e 6174 6569 macs_coordinatei │ │ │ +00006790: 6f20 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 o -->..module │ │ │ +000067c0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 _src_gromacs_tra │ │ │ +000067d0: 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 jectoryanalysis& │ │ │ +000067e0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +000067f0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6f 7264 rc_gromacs_coord │ │ │ +00006800: 696e 6174 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a inateio. │ │ │ +00006810: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....modu │ │ │ +00006970: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ +00006980: 696c 6569 6f26 2334 353b 2667 743b 6d6f ileio->mo │ │ │ +00006990: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000069a0: 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e _mdtypes │ │ │ +000069b0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_src_gro │ │ │ +00006b50: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f26 2334 353b macs_fileio- │ │ │ +00006b60: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00006b70: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 743c 2f74 romacs_compat.....< │ │ │ +00006d00: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3132 2220 636c g id="node12" cl │ │ │ +00006d10: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.module_src_gr │ │ │ +00006d30: 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d omacs_modularsim │ │ │ +00006d40: 756c 6174 6f72 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ulator.< │ │ │ +00006d50: 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3132 223e g id="a_node12"> │ │ │ +00006d60: 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 7265 663d 2267 ..modularsimulato │ │ │ +00006e80: 723c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f r......modul │ │ │ +00006f10: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ +00006f20: 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 leio->mod │ │ │ +00006f30: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00006f40: 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 modularsimulator │ │ │ +00006f50: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ... │ │ │ +00007020: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_src_gro │ │ │ +00007080: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 macs_mdrunutilit │ │ │ +00007090: 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d y...mdrunutili │ │ │ +000071c0: 7479 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c ty..< │ │ │ +000071d0: 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f /g>... │ │ │ +00007240: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +00007250: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 rc_gromacs_filei │ │ │ +00007260: 6f26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 o->module │ │ │ +00007270: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +00007280: 756e 7574 696c 6974 793c 2f74 6974 6c65 unutility.. │ │ │ +000073b0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....m │ │ │ +00007420: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00007430: 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 s_fileio-> │ │ │ +00007440: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00007450: 6163 735f 6d64 7370 616e 3c2f 7469 746c acs_mdspan</titl │ │ │ +00007460: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00007470: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 one" stroke="red │ │ │ +00007480: 2220 643d 224d 3732 392e 3638 2c2d 3834 " d="M729.68,-84 │ │ │ +00007490: 312e 3532 4336 3637 2e37 312c 2d38 3331 1.52C667.71,-831 │ │ │ +000074a0: 2e31 2035 3132 2e37 392c 2d38 3034 2e34 .1 512.79,-804.4 │ │ │ +000074b0: 3920 3530 342c 2d37 3937 2e33 3120 3438 9 504,-797.31 48 │ │ │ +000074c0: 302e 3538 2c2d 3737 382e 3139 2034 3838 0.58,-778.19 488 │ │ │ +000074d0: 2e39 372c 2d37 3632 2e36 3220 3437 382c .97,-762.62 478, │ │ │ +000074e0: 2d37 3334 2e34 3420 3435 362e 342c 2d36 -734.44 456.4,-6 │ │ │ +000074f0: 3738 2e39 3920 3434 322e 3338 2c2d 3636 78.99 442.38,-66 │ │ │ +00007500: 372e 3239 2034 3332 2c2d 3630 382e 3720 7.29 432,-608.7 │ │ │ +00007510: 3432 392e 3932 2c2d 3539 362e 3934 2034 429.92,-596.94 4 │ │ │ +00007520: 3331 2e38 372c 2d35 3933 2e37 3720 3433 31.87,-593.77 43 │ │ │ +00007530: 322c 2d35 3831 2e38 3320 3433 332e 3131 2,-581.83 433.11 │ │ │ +00007540: 2c2d 3437 362e 3436 2034 3337 2c2d 3435 ,-476.46 437,-45 │ │ │ +00007550: 302e 3136 2034 3337 2c2d 3334 342e 3739 0.16 437,-344.79 │ │ │ +00007560: 2034 3337 2c2d 3334 342e 3739 2034 3337 437,-344.79 437 │ │ │ +00007570: 2c2d 3334 342e 3739 2034 3337 2c2d 3237 ,-344.79 437,-27 │ │ │ +00007580: 392e 3932 2034 3337 2c2d 3234 332e 3839 9.92 437,-243.89 │ │ │ +00007590: 2034 3339 2e35 352c 2d32 3237 2e39 3520 439.55,-227.95 │ │ │ +000075a0: 3436 372c 2d32 3034 2e36 3120 3439 322e 467,-204.61 492. │ │ │ +000075b0: 3937 2c2d 3138 322e 3533 2035 3835 2e38 97,-182.53 585.8 │ │ │ +000075c0: 372c 2d31 3637 2e39 3920 3634 312e 3939 7,-167.99 641.99 │ │ │ +000075d0: 2c2d 3136 312e 3031 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-161.01"/>.<pol │ │ │ +000075e0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 6564 2220 ygon fill="red" │ │ │ +000075f0: 7374 726f 6b65 3d22 7265 6422 2070 6f69 stroke="red" poi │ │ │ +00007600: 6e74 733d 2236 3432 2e35 312c 2d31 3634 nts="642.51,-164 │ │ │ +00007610: 2e34 3820 3635 322e 3032 2c2d 3135 392e .48 652.02,-159. │ │ │ +00007620: 3820 3634 312e 3637 2c2d 3135 372e 3533 8 641.67,-157.53 │ │ │ +00007630: 2036 3432 2e35 312c 2d31 3634 2e34 3822 642.51,-164.48" │ │ │ +00007640: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00007650: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00007660: 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 3b6d fileio->m │ │ │ +00007670: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00007680: 735f 676d 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 s_gmxlib -->.<g │ │ │ +00007690: 6964 3d22 6564 6765 3339 2220 636c 6173 id="edge39" clas │ │ │ +000076a0: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +000076b0: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +000076c0: 6163 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 acs_fileio-& │ │ │ +000076d0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +000076e0: 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 omacs_gmxlib</ti │ │ │ +000076f0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00007700: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00007710: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3732 392e bfbfbf" d="M729. │ │ │ +00007720: 3631 2c2d 3834 322e 3036 4337 3030 2e34 61,-842.06C700.4 │ │ │ +00007730: 372c 2d38 3336 2e36 3820 3635 322e 3636 7,-836.68 652.66 │ │ │ +00007740: 2c2d 3832 342e 3234 2036 3231 2c2d 3739 ,-824.24 621,-79 │ │ │ +00007750: 372e 3331 2035 3936 2e36 342c 2d37 3736 7.31 596.64,-776 │ │ │ +00007760: 2e35 3920 3539 352e 3236 2c2d 3736 352e .59 595.26,-765. │ │ │ +00007770: 3035 2035 3836 2c2d 3733 342e 3434 2035 05 586,-734.44 5 │ │ │ +00007780: 3531 2e35 392c 2d36 3230 2e36 3620 3534 51.59,-620.66 54 │ │ │ +00007790: 362e 3637 2c2d 3431 332e 3732 2035 3932 6.67,-413.72 592 │ │ │ +000077a0: 2c2d 3333 302e 3335 2036 3033 2e36 352c ,-330.35 603.65, │ │ │ +000077b0: 2d33 3038 2e39 3220 3635 392e 3336 2c2d -308.92 659.36,- │ │ │ +000077c0: 3237 362e 3538 2036 3832 2c2d 3236 372e 276.58 682,-267. │ │ │ +000077d0: 3438 2037 3738 2e34 312c 2d32 3238 2e37 48 778.41,-228.7 │ │ │ +000077e0: 3320 3832 312e 3232 2c2d 3238 302e 3220 3 821.22,-280.2 │ │ │ +000077f0: 3931 332c 2d32 3331 2e34 3820 3932 372e 913,-231.48 927. │ │ │ +00007800: 3431 2c2d 3232 332e 3833 2039 3233 2e33 41,-223.83 923.3 │ │ │ +00007810: 392c 2d32 3131 2e38 3620 3933 382c 2d32 9,-211.86 938,-2 │ │ │ +00007820: 3034 2e36 3120 3130 3135 2e35 372c 2d31 04.61 1015.57,-1 │ │ │ +00007830: 3636 2e31 3420 3132 3738 2e37 2c2d 3135 66.14 1278.7,-15 │ │ │ +00007840: 382e 3232 2031 3338 312e 3934 2c2d 3135 8.22 1381.94,-15 │ │ │ +00007850: 362e 3622 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6.6"/>.<polygon │ │ │ +00007860: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ +00007870: 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 troke="#bfbfbf" │ │ │ +00007880: 706f 696e 7473 3d22 3133 3832 2e30 352c points="1382.05, │ │ │ +00007890: 2d31 3630 2e31 2031 3339 322c 2d31 3536 -160.1 1392,-156 │ │ │ +000078a0: 2e34 3520 3133 3831 2e39 352c 2d31 3533 .45 1381.95,-153 │ │ │ +000078b0: 2e31 2031 3338 322e 3035 2c2d 3136 302e .1 1382.05,-160. │ │ │ +000078c0: 3122 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 1"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +000078d0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000078e0: 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 s_fileio-> │ │ │ +000078f0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00007900: 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 202d acs_trajectory - │ │ │ +00007910: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3335 ->.<g id="edge35 │ │ │ +00007920: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ +00007930: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +00007940: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ +00007950: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00007960: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a src_gromacs_traj │ │ │ +00007970: 6563 746f 7279 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ectory.< │ │ │ +00007980: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00007990: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +000079a0: 2220 643d 224d 3733 302e 3032 2c2d 3834 " d="M730.02,-84 │ │ │ +000079b0: 312e 3631 4336 3633 2e38 372c 2d38 3330 1.61C663.87,-830 │ │ │ +000079c0: 2e36 2034 3838 2e38 332c 2d38 3031 2e32 .6 488.83,-801.2 │ │ │ +000079d0: 2034 3834 2c2d 3739 372e 3331 2033 3538 484,-797.31 358 │ │ │ +000079e0: 2e35 342c 2d36 3936 2e33 3220 3432 392e .54,-696.32 429. │ │ │ +000079f0: 3535 2c2d 3630 322e 3320 3336 322c 2d34 55,-602.3 362,-4 │ │ │ +00007a00: 3536 2e30 3920 3332 322e 3837 2c2d 3337 56.09 322.87,-37 │ │ │ +00007a10: 312e 3420 3236 302e 3132 2c2d 3237 392e 1.4 260.12,-279. │ │ │ +00007a20: 3420 3233 312e 3736 2c2d 3233 392e 3436 4 231.76,-239.46 │ │ │ +00007a30: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.....modu │ │ │ +00007b20: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ +00007b30: 696c 6569 6f26 2334 353b 2667 743b 6d6f ileio->mo │ │ │ +00007b40: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00007b50: 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f _applied_forces_ │ │ │ +00007b60: 6177 683c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 awh......m │ │ │ +00007ca0: 6f64 756c 655f 7372 635f 7465 7374 7574 odule_src_testut │ │ │ +00007cb0: 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 ils...testutils......modu │ │ │ +00008000: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00008010: 6472 756e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 drun.. │ │ │ +000080d0: 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 .mdrun< │ │ │ +00008130: 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e /text>.. │ │ │ +00008140: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....m │ │ │ +000081b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000081c0: 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b s_mdrun-> │ │ │ +000081d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000081e0: 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c cs_mdtypes</titl │ │ │ +000081f0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00008200: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 one" stroke="red │ │ │ +00008210: 2220 643d 224d 3134 3939 2e38 2c2d 3637 " d="M1499.8,-67 │ │ │ +00008220: 312e 3734 4331 3530 382e 3336 2c2d 3731 1.74C1508.36,-71 │ │ │ +00008230: 332e 3834 2031 3532 392e 3537 2c2d 3835 3.84 1529.57,-85 │ │ │ +00008240: 312e 3036 2031 3436 312c 2d39 3233 2e30 1.06 1461,-923.0 │ │ │ +00008250: 3520 3134 3332 2e35 322c 2d39 3532 2e39 5 1432.52,-952.9 │ │ │ +00008260: 3520 3133 3135 2e37 2c2d 3936 342e 3735 5 1315.7,-964.75 │ │ │ +00008270: 2031 3234 382e 3734 2c2d 3936 392e 3132 1248.74,-969.12 │ │ │ +00008280: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ +00008290: 6c3d 2272 6564 2220 7374 726f 6b65 3d22 l="red" stroke=" │ │ │ +000082a0: 7265 6422 2070 6f69 6e74 733d 2231 3234 red" points="124 │ │ │ +000082b0: 382e 3231 2c2d 3936 352e 3634 2031 3233 8.21,-965.64 123 │ │ │ +000082c0: 382e 3434 2c2d 3936 392e 3736 2031 3234 8.44,-969.76 124 │ │ │ +000082d0: 382e 3634 2c2d 3937 322e 3633 2031 3234 8.64,-972.63 124 │ │ │ +000082e0: 382e 3231 2c2d 3936 352e 3634 222f 3e0a 8.21,-965.64"/>. │ │ │ +000082f0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00008300: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +00008310: 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c un->modul │ │ │ +00008320: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +00008330: 6d70 6174 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 mpat -->.<g id=" │ │ │ +00008340: 6564 6765 3533 2220 636c 6173 733d 2265 edge53" class="e │ │ │ +00008350: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +00008360: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00008370: 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f mdrun->mo │ │ │ +00008380: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00008390: 5f63 6f6d 7061 743c 2f74 6974 6c65 3e0a _compat. │ │ │ +000083a0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ...< │ │ │ +00008520: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00008530: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ +00008540: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00008550: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 202d gromacs_fileio - │ │ │ +00008560: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3536 ->.. │ │ │ +00008580: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +00008590: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 c_gromacs_mdrun& │ │ │ +000085a0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +000085b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 rc_gromacs_filei │ │ │ +000085c0: 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 o.. │ │ │ +00008630: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 . │ │ │ +000086a0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mo │ │ │ +000086f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00008700: 5f72 6573 7472 6169 6e74 3c2f 7469 746c _restraint</titl │ │ │ +00008710: 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 e>.<g id="a_node │ │ │ +00008720: 3922 3e3c 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 9"><a xlink:href │ │ │ +00008730: 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f ="group__module_ │ │ │ +00008740: 5f72 6573 7472 6169 6e74 2e78 6874 6d6c _restraint.xhtml │ │ │ +00008750: 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 2220 " target="_top" │ │ │ +00008760: 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d 2272 6573 xlink:title="res │ │ │ +00008770: 7472 6169 6e74 223e 0a3c 656c 6c69 7073 traint">.<ellips │ │ │ +00008780: 6520 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 e fill="none" st │ │ │ +00008790: 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d roke="black" cx= │ │ │ +000087a0: 2231 3935 3522 2063 793d 222d 3539 352e "1955" cy="-595. │ │ │ +000087b0: 3237 2220 7278 3d22 3336 2e35 3422 2072 27" rx="36.54" r │ │ │ +000087c0: 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 y="13.37"/>.<tex │ │ │ +000087d0: 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d t text-anchor="m │ │ │ +000087e0: 6964 646c 6522 2078 3d22 3139 3535 2220 iddle" x="1955" │ │ │ +000087f0: 793d 222d 3539 322e 3737 2220 666f 6e74 y="-592.77" font │ │ │ +00008800: 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 616e -family="FreeSan │ │ │ +00008810: 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 s" font-size="10 │ │ │ +00008820: 2e30 3022 3e72 6573 7472 6169 6e74 3c2f .00">restraint</ │ │ │ +00008830: 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a text>.</a>.</g>. │ │ │ +00008840: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00008850: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +00008860: 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c un->modul │ │ │ +00008870: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7265 e_src_gromacs_re │ │ │ +00008880: 7374 7261 696e 7420 2d2d 3e0a 3c67 2069 straint -->.<g i │ │ │ +00008890: 643d 2265 6467 6536 3722 2063 6c61 7373 d="edge67" class │ │ │ +000088a0: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ +000088b0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000088c0: 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 cs_mdrun-> │ │ │ +000088d0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +000088e0: 6163 735f 7265 7374 7261 696e 743c 2f74 acs_restraint</t │ │ │ +000088f0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +00008900: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +00008910: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ +00008920: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ +00008930: 643d 224d 3135 3237 2e33 312c 2d36 3534 d="M1527.31,-654 │ │ │ +00008940: 2e37 3943 3135 3935 2e31 362c 2d36 3439 .79C1595.16,-649 │ │ │ +00008950: 2e32 3620 3137 3634 2e33 2c2d 3633 332e .26 1764.3,-633. │ │ │ +00008960: 3935 2031 3930 342c 2d36 3038 2e37 2031 95 1904,-608.7 1 │ │ │ +00008970: 3930 382e 3134 2c2d 3630 372e 3935 2031 908.14,-607.95 1 │ │ │ +00008980: 3931 322e 3434 2c2d 3630 372e 3037 2031 912.44,-607.07 1 │ │ │ +00008990: 3931 362e 3731 2c2d 3630 362e 3133 222f 916.71,-606.13"/ │ │ │ +000089a0: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ +000089b0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ +000089c0: 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 ="#282fcc" point │ │ │ +000089d0: 733d 2231 3931 372e 3539 2c2d 3630 392e s="1917.59,-609. │ │ │ +000089e0: 3532 2031 3932 362e 3534 2c2d 3630 332e 52 1926.54,-603. │ │ │ +000089f0: 3835 2031 3931 362e 3031 2c2d 3630 322e 85 1916.01,-602. │ │ │ +00008a00: 3720 3139 3137 2e35 392c 2d36 3039 2e35 7 1917.59,-609.5 │ │ │ +00008a10: 3222 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 2"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +00008a20: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00008a30: 735f 6d69 6d69 6320 2d2d 3e0a 3c67 2069 s_mimic -->.<g i │ │ │ +00008a40: 643d 226e 6f64 6531 3022 2063 6c61 7373 d="node10" class │ │ │ +00008a50: 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e ="node">.<title> │ │ │ +00008a60: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00008a70: 6373 5f6d 696d 6963 3c2f 7469 746c 653e cs_mimic │ │ │ +00008a80: 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 .. │ │ │ +00008b30: 6d69 6d69 633c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 mimic....module_ │ │ │ +00008bb0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ +00008bc0: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ +00008bd0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 696d _src_gromacs_mim │ │ │ +00008be0: 6963 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ic.. │ │ │ +00008c80: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....modul │ │ │ +00008d70: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00008d80: 7275 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 run->modu │ │ │ +00008d90: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00008da0: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 723c odularsimulator< │ │ │ +00008db0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00008dc0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00008dd0: 3d22 7265 6422 2064 3d22 4d31 3436 362e ="red" d="M1466. │ │ │ +00008de0: 3637 2c2d 3635 342e 3843 3133 3839 2e33 67,-654.8C1389.3 │ │ │ +00008df0: 362c 2d36 3438 2e32 3620 3131 3739 2e37 6,-648.26 1179.7 │ │ │ +00008e00: 362c 2d36 3238 2e39 3220 3130 3036 2c2d 6,-628.92 1006,- │ │ │ +00008e10: 3630 382e 3720 3939 372e 3534 2c2d 3630 608.7 997.54,-60 │ │ │ +00008e20: 372e 3732 2039 3838 2e36 362c 2d36 3036 7.72 988.66,-606 │ │ │ +00008e30: 2e36 3220 3937 392e 3934 2c2d 3630 352e .62 979.94,-605. │ │ │ +00008e40: 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 5"/>.<polygon fi │ │ │ +00008e50: 6c6c 3d22 7265 6422 2073 7472 6f6b 653d ll="red" stroke= │ │ │ +00008e60: 2272 6564 2220 706f 696e 7473 3d22 3938 "red" points="98 │ │ │ +00008e70: 302e 322c 2d36 3032 2039 3639 2e38 332c 0.2,-602 969.83, │ │ │ +00008e80: 2d36 3034 2e31 3820 3937 392e 3239 2c2d -604.18 979.29,- │ │ │ +00008e90: 3630 382e 3935 2039 3830 2e32 2c2d 3630 608.95 980.2,-60 │ │ │ +00008ea0: 3222 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 2"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +00008eb0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00008ec0: 735f 7075 6c6c 696e 6720 2d2d 3e0a 3c67 s_pulling -->.<g │ │ │ +00008ed0: 2069 643d 226e 6f64 6531 3322 2063 6c61 id="node13" cla │ │ │ +00008ee0: 7373 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c ss="node">.<titl │ │ │ +00008ef0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ +00008f00: 6d61 6373 5f70 756c 6c69 6e67 3c2f 7469 macs_pulling</ti │ │ │ +00008f10: 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 tle>.<ellipse fi │ │ │ +00008f20: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ +00008f30: 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 oke="black" cx=" │ │ │ +00008f40: 3834 3722 2063 793d 222d 3533 322e 3422 847" cy="-532.4" │ │ │ +00008f50: 2072 783d 2233 312e 3233 2220 7279 3d22 rx="31.23" ry=" │ │ │ +00008f60: 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 13.37"/>.<text t │ │ │ +00008f70: 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 6464 ext-anchor="midd │ │ │ +00008f80: 6c65 2220 783d 2238 3437 2220 793d 222d le" x="847" y="- │ │ │ +00008f90: 3532 392e 3922 2066 6f6e 742d 6661 6d69 529.9" font-fami │ │ │ +00008fa0: 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 2220 666f ly="FreeSans" fo │ │ │ +00008fb0: 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e 3030 223e nt-size="10.00"> │ │ │ +00008fc0: 7075 6c6c 696e 673c 2f74 6578 743e 0a3c pulling</text>.< │ │ │ +00008fd0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ +00008fe0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ +00008ff0: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ +00009000: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 756c _src_gromacs_pul │ │ │ +00009010: 6c69 6e67 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 ling -->.<g id=" │ │ │ +00009020: 6564 6765 3636 2220 636c 6173 733d 2265 edge66" class="e │ │ │ +00009030: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +00009040: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00009050: 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f mdrun->mo │ │ │ +00009060: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00009070: 5f70 756c 6c69 6e67 3c2f 7469 746c 653e _pulling │ │ │ +00009080: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_src_grom │ │ │ +000091f0: 6163 735f 7377 6170 3c2f 7469 746c 653e acs_swap │ │ │ +00009200: 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3139 ...swa │ │ │ +00009310: 703c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f p......mo │ │ │ +00009390: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000093a0: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ +000093b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000093c0: 735f 7377 6170 3c2f 7469 746c 653e 0a3c s_swap.< │ │ │ +000093d0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +000093e0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +000093f0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00009400: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3436 ay="5,2" d="M146 │ │ │ +00009410: 372e 382c 2d36 3533 2e31 3443 3133 3839 7.8,-653.14C1389 │ │ │ +00009420: 2e33 382c 2d36 3432 2e34 3120 3131 3734 .38,-642.41 1174 │ │ │ +00009430: 2e32 382c 2d36 3132 2e39 3920 3130 3838 .28,-612.99 1088 │ │ │ +00009440: 2e32 362c 2d36 3031 2e32 3322 2f3e 0a3c .26,-601.23"/>.< │ │ │ +00009450: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00009460: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +00009470: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +00009480: 3130 3838 2e35 372c 2d35 3937 2e37 3420 1088.57,-597.74 │ │ │ +00009490: 3130 3738 2e31 392c 2d35 3939 2e38 3520 1078.19,-599.85 │ │ │ +000094a0: 3130 3837 2e36 322c 2d36 3034 2e36 3720 1087.62,-604.67 │ │ │ +000094b0: 3130 3838 2e35 372c 2d35 3937 2e37 3422 1088.57,-597.74" │ │ │ +000094c0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.... │ │ │ +00009530: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00009540: 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 cs_mdrun-> │ │ │ +00009550: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00009560: 6163 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c acs_domdec</titl │ │ │ +00009570: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00009580: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +00009590: 3266 6363 2220 643d 224d 3134 3935 2e35 2fcc" d="M1495.5 │ │ │ +000095a0: 322c 2d36 3731 2e35 3843 3134 3835 2e31 2,-671.58C1485.1 │ │ │ +000095b0: 352c 2d37 3131 2e34 3320 3134 3338 2e39 5,-711.43 1438.9 │ │ │ +000095c0: 332c 2d38 3336 2e31 3820 3134 3136 2e31 3,-836.18 1416.1 │ │ │ +000095d0: 322c 2d38 3836 2e38 3722 2f3e 0a3c 706f 2,-886.87"/>.<po │ │ │ +000095e0: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 3832 lygon fill="#282 │ │ │ +000095f0: 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 fcc" stroke="#28 │ │ │ +00009600: 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 3134 2fcc" points="14 │ │ │ +00009610: 3132 2e38 312c 2d38 3835 2e37 2031 3431 12.81,-885.7 141 │ │ │ +00009620: 312e 3736 2c2d 3839 362e 3234 2031 3431 1.76,-896.24 141 │ │ │ +00009630: 392e 3135 2c2d 3838 382e 3635 2031 3431 9.15,-888.65 141 │ │ │ +00009640: 322e 3831 2c2d 3838 352e 3722 2f3e 0a3c 2.81,-885.7"/>.< │ │ │ +00009650: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ +00009660: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ +00009670: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ +00009680: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +00009690: 756e 7574 696c 6974 7920 2d2d 3e0a 3c67 unutility -->.<g │ │ │ +000096a0: 2069 643d 2265 6467 6534 3422 2063 6c61 id="edge44" cla │ │ │ +000096b0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ +000096c0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ +000096d0: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 macs_mdrun-& │ │ │ +000096e0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +000096f0: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 omacs_mdrunutili │ │ │ +00009700: 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ty......modu │ │ │ +00009840: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ +00009850: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 733c 2f74 pplied_forces</t │ │ │ +00009860: 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 2066 itle>.<ellipse f │ │ │ +00009870: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ +00009880: 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d roke="black" cx= │ │ │ +00009890: 2231 3731 3522 2063 793d 222d 3533 322e "1715" cy="-532. │ │ │ +000098a0: 3422 2072 783d 2235 362e 3634 2220 7279 4" rx="56.64" ry │ │ │ +000098b0: 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 ="13.37"/>.<text │ │ │ +000098c0: 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 text-anchor="mi │ │ │ +000098d0: 6464 6c65 2220 783d 2231 3731 3522 2079 ddle" x="1715" y │ │ │ +000098e0: 3d22 2d35 3239 2e39 2220 666f 6e74 2d66 ="-529.9" font-f │ │ │ +000098f0: 616d 696c 793d 2246 7265 6553 616e 7322 amily="FreeSans" │ │ │ +00009900: 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 font-size="10.0 │ │ │ +00009910: 3022 3e61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 0">applied_force │ │ │ +00009920: 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 s</text>.</g>.<! │ │ │ +00009930: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +00009940: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b omacs_mdrun- │ │ │ +00009950: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00009960: 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 romacs_applied_f │ │ │ +00009970: 6f72 6365 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d orces -->.<g id= │ │ │ +00009980: 2265 6467 6535 3922 2063 6c61 7373 3d22 "edge59" class=" │ │ │ +00009990: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +000099a0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000099b0: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ +000099c0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000099d0: 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 s_applied_forces │ │ │ +000099e0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......m │ │ │ +00009b30: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00009b40: 735f 6e62 6e78 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a s_nbnxm. │ │ │ +00009b50: 3c67 2069 643d 2261 5f6e 6f64 6532 3522 .< │ │ │ +00009bb0: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2365 ellipse fill="#e │ │ │ +00009bc0: 3563 6366 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 5ccff" stroke="b │ │ │ +00009bd0: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3132 3436 2220 lack" cx="1246" │ │ │ +00009be0: 6379 3d22 2d34 3036 2e36 3622 2072 783d cy="-406.66" rx= │ │ │ +00009bf0: 2233 322e 3535 2220 7279 3d22 3133 2e33 "32.55" ry="13.3 │ │ │ +00009c00: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.nb │ │ │ +00009c60: 6e78 6d3c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a nxm.. │ │ │ +00009c70: 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d ....module_src_grom │ │ │ +00009cf0: 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 acs_mdrun-&g │ │ │ +00009d00: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00009d10: 6d61 6373 5f6e 626e 786d 3c2f 7469 746c macs_nbnxm</titl │ │ │ +00009d20: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00009d30: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +00009d40: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ +00009d50: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +00009d60: 4d31 3436 382e 3838 2c2d 3635 322e 3032 M1468.88,-652.02 │ │ │ +00009d70: 4331 3432 302e 332c 2d36 3431 2e35 3620 C1420.3,-641.56 │ │ │ +00009d80: 3133 3231 2e34 312c 2d36 3132 2e38 3120 1321.41,-612.81 │ │ │ +00009d90: 3132 3735 2c2d 3534 352e 3833 2031 3235 1275,-545.83 125 │ │ │ +00009da0: 302e 3734 2c2d 3531 302e 3831 2031 3234 0.74,-510.81 124 │ │ │ +00009db0: 362e 3035 2c2d 3435 392e 3636 2031 3234 6.05,-459.66 124 │ │ │ +00009dc0: 352e 3535 2c2d 3433 302e 3432 222f 3e0a 5.55,-430.42"/>. │ │ │ +00009dd0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ +00009de0: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 282fcc" stroke=" │ │ │ +00009df0: 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d #282fcc" points= │ │ │ +00009e00: 2231 3234 392e 3035 2c2d 3433 302e 3335 "1249.05,-430.35 │ │ │ +00009e10: 2031 3234 352e 3532 2c2d 3432 302e 3336 1245.52,-420.36 │ │ │ +00009e20: 2031 3234 322e 3035 2c2d 3433 302e 3337 1242.05,-430.37 │ │ │ +00009e30: 2031 3234 392e 3035 2c2d 3433 302e 3335 1249.05,-430.35 │ │ │ +00009e40: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +00009e50: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00009e60: 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 6d69 _essentialdynami │ │ │ +00009e70: 6373 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f cs -->.<g id="no │ │ │ +00009e80: 6465 3237 2220 636c 6173 733d 226e 6f64 de27" class="nod │ │ │ +00009e90: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ +00009ea0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 e_src_gromacs_es │ │ │ +00009eb0: 7365 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 733c sentialdynamics< │ │ │ +00009ec0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 /title>.<ellipse │ │ │ +00009ed0: 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 fill="#bfbfbf" │ │ │ +00009ee0: 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 stroke="black" c │ │ │ +00009ef0: 783d 2235 3435 2220 6379 3d22 2d32 3138 x="545" cy="-218 │ │ │ +00009f00: 2e30 3522 2072 783d 2236 392e 3039 2220 .05" rx="69.09" │ │ │ +00009f10: 7279 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 ry="13.37"/>.<te │ │ │ +00009f20: 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 3d22 xt text-anchor=" │ │ │ +00009f30: 6d69 6464 6c65 2220 783d 2235 3435 2220 middle" x="545" │ │ │ +00009f40: 793d 222d 3231 352e 3535 2220 666f 6e74 y="-215.55" font │ │ │ +00009f50: 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 616e -family="FreeSan │ │ │ +00009f60: 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 3130 s" font-size="10 │ │ │ +00009f70: 2e30 3022 3e65 7373 656e 7469 616c 6479 .00">essentialdy │ │ │ +00009f80: 6e61 6d69 6373 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f namics</text>.</ │ │ │ +00009f90: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +00009fa0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e rc_gromacs_mdrun │ │ │ +00009fb0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00009fc0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 7365 src_gromacs_esse │ │ │ +00009fd0: 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 7320 2d2d ntialdynamics -- │ │ │ +00009fe0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6535 3422 >.<g id="edge54" │ │ │ +00009ff0: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +0000a000: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0000a010: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 _gromacs_mdrun&# │ │ │ +0000a020: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0000a030: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 7365 6e74 c_gromacs_essent │ │ │ +0000a040: 6961 6c64 796e 616d 6963 733c 2f74 6974 ialdynamics</tit │ │ │ +0000a050: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +0000a060: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ +0000a070: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ +0000a080: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ +0000a090: 224d 3134 3931 2e34 372c 2d36 3434 2e35 "M1491.47,-644.5 │ │ │ +0000a0a0: 3743 3134 3830 2e37 312c 2d36 3139 2e38 7C1480.71,-619.8 │ │ │ +0000a0b0: 3720 3134 3537 2e37 2c2d 3536 352e 3639 7 1457.7,-565.69 │ │ │ +0000a0c0: 2031 3435 342c 2d35 3435 2e38 3320 3134 1454,-545.83 14 │ │ │ +0000a0d0: 3531 2e38 312c 2d35 3334 2e30 3920 3134 51.81,-534.09 14 │ │ │ +0000a0e0: 3530 2e30 332c 2d35 3330 2e32 3220 3134 50.03,-530.22 14 │ │ │ +0000a0f0: 3534 2c2d 3531 382e 3936 2031 3436 302e 54,-518.96 1460. │ │ │ +0000a100: 3833 2c2d 3439 392e 3538 2031 3437 362e 83,-499.58 1476. │ │ │ +0000a110: 3137 2c2d 3530 322e 3334 2031 3438 332c 17,-502.34 1483, │ │ │ +0000a120: 2d34 3832 2e39 3620 3134 3836 2e39 372c -482.96 1486.97, │ │ │ +0000a130: 2d34 3731 2e37 2031 3438 342e 3833 2c2d -471.7 1484.83,- │ │ │ +0000a140: 3436 372e 3839 2031 3438 332c 2d34 3536 467.89 1483,-456 │ │ │ +0000a150: 2e30 3920 3134 3734 2c2d 3339 382e 3134 .09 1474,-398.14 │ │ │ +0000a160: 2031 3437 322e 392c 2d33 3830 2e38 2031 1472.9,-380.8 1 │ │ │ +0000a170: 3434 332c 2d33 3330 2e33 3520 3134 3233 443,-330.35 1423 │ │ │ +0000a180: 2e33 312c 2d32 3937 2e31 3220 3134 3138 .31,-297.12 1418 │ │ │ +0000a190: 2e31 342c 2d32 3833 2e35 3220 3133 3833 .14,-283.52 1383 │ │ │ +0000a1a0: 2c2d 3236 372e 3438 2031 3330 362e 362c ,-267.48 1306.6, │ │ │ +0000a1b0: 2d32 3332 2e36 3120 3731 312e 3538 2c2d -232.61 711.58,- │ │ │ +0000a1c0: 3233 392e 3731 2036 3238 2c2d 3233 312e 239.71 628,-231. │ │ │ +0000a1d0: 3438 2036 3230 2e35 342c 2d32 3330 2e37 48 620.54,-230.7 │ │ │ +0000a1e0: 3520 3631 322e 3732 2c2d 3232 392e 3820 5 612.72,-229.8 │ │ │ +0000a1f0: 3630 352c 2d32 3238 2e37 3722 2f3e 0a3c 605,-228.77"/>.< │ │ │ +0000a200: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +0000a210: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +0000a220: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +0000a230: 3630 352e 3332 2c2d 3232 352e 3238 2035 605.32,-225.28 5 │ │ │ +0000a240: 3934 2e39 332c 2d32 3237 2e33 3620 3630 94.93,-227.36 60 │ │ │ +0000a250: 342e 3335 2c2d 3233 322e 3231 2036 3035 4.35,-232.21 605 │ │ │ +0000a260: 2e33 322c 2d32 3235 2e32 3822 2f3e 0a3c .32,-225.28"/>.< │ │ │ +0000a270: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ +0000a280: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ +0000a290: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ +0000a2a0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d _src_gromacs_com │ │ │ +0000a2b0: 6d61 6e64 6c69 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 mandline -->.<g │ │ │ +0000a2c0: 6964 3d22 6564 6765 3532 2220 636c 6173 id="edge52" clas │ │ │ +0000a2d0: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +0000a2e0: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +0000a2f0: 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 acs_mdrun-&g │ │ │ +0000a300: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +0000a310: 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 macs_commandline │ │ │ +0000a320: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 .. │ │ │ +0000a490: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 . │ │ │ +0000a500: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_ │ │ │ +0000a550: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 696d 643c src_gromacs_imd< │ │ │ +0000a560: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 /title>.<g id="a │ │ │ +0000a570: 5f6e 6f64 6533 3322 3e3c 6120 786c 696e _node33"><a xlin │ │ │ +0000a580: 6b3a 6872 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d k:href="group__m │ │ │ +0000a590: 6f64 756c 655f 5f69 6d64 2e78 6874 6d6c odule__imd.xhtml │ │ │ +0000a5a0: 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 2220 " target="_top" │ │ │ +0000a5b0: 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d 2269 6d64 xlink:title="imd │ │ │ +0000a5c0: 223e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c ">.<ellipse fill │ │ │ +0000a5d0: 3d22 2365 3563 6366 6622 2073 7472 6f6b ="#e5ccff" strok │ │ │ +0000a5e0: 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 3232 e="black" cx="22 │ │ │ +0000a5f0: 3531 2220 6379 3d22 2d32 3138 2e30 3522 51" cy="-218.05" │ │ │ +0000a600: 2072 783d 2232 3722 2072 793d 2231 332e rx="27" ry="13. │ │ │ +0000a610: 3337 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 37"/>.<text text │ │ │ +0000a620: 2d61 6e63 686f 723d 226d 6964 646c 6522 -anchor="middle" │ │ │ +0000a630: 2078 3d22 3232 3531 2220 793d 222d 3231 x="2251" y="-21 │ │ │ +0000a640: 352e 3535 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 5.55" font-famil │ │ │ +0000a650: 793d 2246 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e y="FreeSans" fon │ │ │ +0000a660: 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e69 t-size="10.00">i │ │ │ +0000a670: 6d64 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c md</text>.</a>.< │ │ │ +0000a680: 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f /g>.</g>.<!-- mo │ │ │ +0000a690: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000a6a0: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ +0000a6b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000a6c0: 735f 696d 6420 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d s_imd -->.<g id= │ │ │ +0000a6d0: 2265 6467 6536 3022 2063 6c61 7373 3d22 "edge60" class=" │ │ │ +0000a6e0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +0000a6f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000a700: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ +0000a710: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000a720: 735f 696d 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 s_imd.

.. │ │ │ +0000a870: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .. │ │ │ +0000a8d0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +0000a8e0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e rc_gromacs_mdrun │ │ │ +0000a8f0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0000a900: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ +0000a910: 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 b......module │ │ │ +0000aae0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +0000aaf0: 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c un->modul │ │ │ +0000ab00: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +0000ab10: 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xlib.... │ │ │ +0000ac80: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..m │ │ │ +0000acf0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000ad00: 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b s_mdrun-> │ │ │ +0000ad10: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000ad20: 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 6573 cs_listed_forces │ │ │ +0000ad30: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 .. │ │ │ +0000aeb0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mo │ │ │ +0000af20: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000af30: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ +0000af40: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000af50: 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 746c 653e s_random │ │ │ +0000af60: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .....< │ │ │ +0000b170: 6720 6964 3d22 6564 6765 3439 2220 636c g id="edge49" cl │ │ │ +0000b180: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ +0000b1a0: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b omacs_mdrun- │ │ │ +0000b1b0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000b1c0: 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 6c73 romacs_gpu_utils │ │ │ +0000b1d0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ...< │ │ │ +0000b300: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...modu │ │ │ +0000b350: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f le_src_gromacs_o │ │ │ +0000b360: 7074 696f 6e73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ptions.< │ │ │ +0000b370: 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3431 223e g id="a_node41"> │ │ │ +0000b380: 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 7265 663d 2267 ..opt │ │ │ +0000b480: 696f 6e73 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e ions. │ │ │ +0000b490: 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 ....< │ │ │ -0000b4e0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3536 2220 636c g id="edge56" cl │ │ │ -0000b4f0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -0000b510: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b omacs_mdrun- │ │ │ -0000b520: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0000b530: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 romacs_gmxlib..< │ │ │ -0000b690: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ -0000b6a0: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ -0000b6b0: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ -0000b6c0: 3133 3037 2e33 322c 2d38 3835 2e38 3520 1307.32,-885.85 │ │ │ -0000b6d0: 3133 3130 2e31 332c 2d38 3936 2e30 3720 1310.13,-896.07 │ │ │ -0000b6e0: 3133 3134 2e33 312c 2d38 3836 2e33 3320 1314.31,-886.33 │ │ │ -0000b6f0: 3133 3037 2e33 322c 2d38 3835 2e38 3522 1307.32,-885.85" │ │ │ -0000b700: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />....mo │ │ │ -0000b750: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000b760: 5f6d 696d 6963 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mimic.< │ │ │ -0000b770: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2362 ellipse fill="#b │ │ │ -0000b780: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 fbfbf" stroke="b │ │ │ -0000b790: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3131 3237 2220 lack" cx="1127" │ │ │ -0000b7a0: 6379 3d22 2d31 3535 2e31 3822 2072 783d cy="-155.18" rx= │ │ │ -0000b7b0: 2233 302e 3331 2220 7279 3d22 3133 2e33 "30.31" ry="13.3 │ │ │ -0000b7c0: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.mi │ │ │ -0000b820: 6d69 633c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a mic.. │ │ │ -0000b830: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f │ │ │ -0000ba00: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3638 2220 ..module_src_ │ │ │ -0000ba30: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 gromacs_mdrun │ │ │ -0000ba40: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0000ba50: 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 _gromacs_hardwar │ │ │ -0000ba60: 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 e..... │ │ │ -0000bc50: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -0000bc60: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c rc_gromacs_modul │ │ │ -0000bc70: 6172 7369 6d75 6c61 746f 723c 2f74 6974 arsimulator</tit │ │ │ -0000bc80: 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e 6f64 le>.<g id="a_nod │ │ │ -0000bc90: 6531 3822 3e3c 6120 786c 696e 6b3a 6872 e18"><a xlink:hr │ │ │ -0000bca0: 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 756c ef="group__modul │ │ │ -0000bcb0: 655f 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 e__modularsimula │ │ │ -0000bcc0: 746f 722e 7868 746d 6c22 2074 6172 6765 tor.xhtml" targe │ │ │ -0000bcd0: 743d 225f 746f 7022 2078 6c69 6e6b 3a74 t="_top" xlink:t │ │ │ -0000bce0: 6974 6c65 3d22 6d6f 6475 6c61 7273 696d itle="modularsim │ │ │ -0000bcf0: 756c 6174 6f72 223e 0a3c 656c 6c69 7073 ulator">.<ellips │ │ │ -0000bd00: 6520 6669 6c6c 3d22 2365 3563 6366 6622 e fill="#e5ccff" │ │ │ -0000bd10: 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 stroke="black" │ │ │ -0000bd20: 6378 3d22 3134 3833 2220 6379 3d22 2d34 cx="1483" cy="-4 │ │ │ -0000bd30: 3639 2e35 3322 2072 783d 2236 352e 3131 69.53" rx="65.11 │ │ │ -0000bd40: 2220 7279 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c " ry="13.37"/>.< │ │ │ -0000bd50: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ -0000bd60: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3438 ="middle" x="148 │ │ │ -0000bd70: 3322 2079 3d22 2d34 3637 2e30 3322 2066 3" y="-467.03" f │ │ │ -0000bd80: 6f6e 742d 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 ont-family="Free │ │ │ -0000bd90: 5361 6e73 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d Sans" font-size= │ │ │ -0000bda0: 2231 302e 3030 223e 6d6f 6475 6c61 7273 "10.00">modulars │ │ │ -0000bdb0: 696d 756c 6174 6f72 3c2f 7465 7874 3e0a imulator</text>. │ │ │ -0000bdc0: 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c </a>.</g>.</g>.< │ │ │ -0000bdd0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000bde0: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000bdf0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000be00: 6772 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 gromacs_modulars │ │ │ -0000be10: 696d 756c 6174 6f72 202d 2d3e 0a3c 6720 imulator -->.<g │ │ │ -0000be20: 6964 3d22 6564 6765 3635 2220 636c 6173 id="edge65" clas │ │ │ -0000be30: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ -0000be40: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ -0000be50: 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 acs_mdrun-&g │ │ │ -0000be60: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -0000be70: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ -0000be80: 6c61 746f 723c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 lator.

│ │ │ -0000bf20: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ...< │ │ │ -0000bf90: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000bfa0: 726f 6d61 6373 5f70 756c 6c69 6e67 202d romacs_pulling - │ │ │ -0000bfb0: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3139 ->.. │ │ │ -0000bfd0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -0000bfe0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c 696e c_gromacs_pullin │ │ │ -0000bff0: 673c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 g..< │ │ │ -0000c050: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ -0000c060: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2239 3939 ="middle" x="999 │ │ │ -0000c070: 2220 793d 222d 3135 322e 3638 2220 666f " y="-152.68" fo │ │ │ -0000c080: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ -0000c090: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ -0000c0a0: 3130 2e30 3022 3e70 756c 6c69 6e67 3c2f 10.00">pulling... │ │ │ -0000c100: 3c67 2069 643d 2265 6467 6536 3922 2063 .module_src_g │ │ │ -0000c130: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000c140: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000c150: 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c 696e 673c gromacs_pulling< │ │ │ -0000c160: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>......modul │ │ │ -0000c2d0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -0000c2e0: 7275 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 run->modu │ │ │ -0000c2f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f le_src_gromacs_o │ │ │ -0000c300: 7074 696f 6e73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ptions.< │ │ │ -0000c310: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0000c320: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -0000c330: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -0000c340: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3336 ay="5,2" d="M136 │ │ │ -0000c350: 342e 3639 2c2d 3230 342e 3539 4331 3337 4.69,-204.59C137 │ │ │ -0000c360: 312e 3331 2c2d 3138 382e 3032 2031 3337 1.31,-188.02 137 │ │ │ -0000c370: 392e 3437 2c2d 3135 382e 3834 2031 3336 9.47,-158.84 136 │ │ │ -0000c380: 342c 2d31 3431 2e37 3420 3133 3334 2e36 4,-141.74 1334.6 │ │ │ -0000c390: 382c 2d31 3039 2e33 3420 3130 3336 2e39 8,-109.34 1036.9 │ │ │ -0000c3a0: 342c 2d39 372e 3639 2039 3233 2e30 312c 4,-97.69 923.01, │ │ │ -0000c3b0: 2d39 342e 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f -94.4"/>.....mo │ │ │ -0000c490: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000c4a0: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ -0000c4b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000c4c0: 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a s_mdlib. │ │ │ -0000c4d0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module_src_grom │ │ │ -0000c750: 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 acs_mdrun-&g │ │ │ -0000c760: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -0000c770: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 macs_fileio</tit │ │ │ -0000c780: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -0000c790: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ -0000c7a0: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3332 382e fbfbf" d="M1328. │ │ │ -0000c7b0: 3236 2c2d 3232 302e 3332 4331 3235 392e 26,-220.32C1259. │ │ │ -0000c7c0: 3639 2c2d 3232 332e 3733 2031 3039 362e 69,-223.73 1096. │ │ │ -0000c7d0: 392c 2d32 3335 2e31 2031 3035 342c 2d32 9,-235.1 1054,-2 │ │ │ -0000c7e0: 3637 2e34 3820 3130 3234 2e35 342c 2d32 67.48 1024.54,-2 │ │ │ -0000c7f0: 3839 2e37 3220 3130 3139 2c2d 3330 352e 89.72 1019,-305. │ │ │ -0000c800: 3838 2031 3031 392c 2d33 3432 2e37 3920 88 1019,-342.79 │ │ │ -0000c810: 3130 3139 2c2d 3430 372e 3636 2031 3031 1019,-407.66 101 │ │ │ -0000c820: 392c 2d34 3037 2e36 3620 3130 3139 2c2d 9,-407.66 1019,- │ │ │ -0000c830: 3430 372e 3636 2031 3031 392c 2d34 3439 407.66 1019,-449 │ │ │ -0000c840: 2e32 2039 3838 2e37 342c 2d34 3839 2e36 .2 988.74,-489.6 │ │ │ -0000c850: 3120 3936 382e 3031 2c2d 3531 322e 3432 1 968.01,-512.42 │ │ │ -0000c860: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -0000c870: 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 726f l="#bfbfbf" stro │ │ │ -0000c880: 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 ke="#bfbfbf" poi │ │ │ -0000c890: 6e74 733d 2239 3635 2e31 382c 2d35 3130 nts="965.18,-510 │ │ │ -0000c8a0: 2e33 3120 3936 302e 3837 2c2d 3531 392e .31 960.87,-519. │ │ │ -0000c8b0: 3939 2039 3730 2e32 382c 2d35 3135 2e31 99 970.28,-515.1 │ │ │ -0000c8c0: 3120 3936 352e 3138 2c2d 3531 302e 3331 1 965.18,-510.31 │ │ │ -0000c8d0: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ -0000c8e0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000c8f0: 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdrun->m │ │ │ -0000c900: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000c910: 735f 6d64 7479 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 s_mdtypes -->.<g │ │ │ -0000c920: 2069 643d 2265 6467 6535 3722 2063 6c61 id="edge57" cla │ │ │ -0000c930: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -0000c940: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -0000c950: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 macs_mdrun-& │ │ │ -0000c960: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -0000c970: 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 omacs_mdtypes</t │ │ │ -0000c980: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -0000c990: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -0000c9a0: 7265 6422 2064 3d22 4d31 3333 392e 3835 red" d="M1339.85 │ │ │ -0000c9b0: 2c2d 3232 382e 3837 4331 3332 352e 3239 ,-228.87C1325.29 │ │ │ -0000c9c0: 2c2d 3233 372e 3237 2031 3330 352e 382c ,-237.27 1305.8, │ │ │ -0000c9d0: 2d32 3530 2e36 3620 3132 3934 2c2d 3236 -250.66 1294,-26 │ │ │ -0000c9e0: 372e 3438 2031 3237 372e 3233 2c2d 3239 7.48 1277.23,-29 │ │ │ -0000c9f0: 312e 3337 2031 3237 392e 3237 2c2d 3330 1.37 1279.27,-30 │ │ │ -0000ca00: 312e 3437 2031 3237 352c 2d33 3330 2e33 1.47 1275,-330.3 │ │ │ -0000ca10: 3520 3132 3633 2e38 382c 2d34 3035 2e35 5 1263.88,-405.5 │ │ │ -0000ca20: 3820 3132 3637 2e36 322c 2d36 3033 2e32 8 1267.62,-603.2 │ │ │ -0000ca30: 3420 3133 3031 2c2d 3637 312e 3537 2031 4 1301,-671.57 1 │ │ │ -0000ca40: 3333 372e 3131 2c2d 3734 352e 3520 3134 337.11,-745.5 14 │ │ │ -0000ca50: 3139 2e32 352c 2d38 3033 2e32 3920 3134 19.25,-803.29 14 │ │ │ -0000ca60: 3632 2e33 382c 2d38 3239 2e38 3422 2f3e 62.38,-829.84"/> │ │ │ -0000ca70: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ -0000ca80: 7265 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 red" stroke="red │ │ │ -0000ca90: 2220 706f 696e 7473 3d22 3134 3630 2e35 " points="1460.5 │ │ │ -0000caa0: 392c 2d38 3332 2e38 3520 3134 3730 2e39 9,-832.85 1470.9 │ │ │ -0000cab0: 362c 2d38 3335 2e30 3220 3134 3634 2e32 6,-835.02 1464.2 │ │ │ -0000cac0: 312c 2d38 3236 2e38 3520 3134 3630 2e35 1,-826.85 1460.5 │ │ │ -0000cad0: 392c 2d38 3332 2e38 3522 2f3e 0a3c 2f67 9,-832.85"/>.</g │ │ │ -0000cae0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ -0000caf0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 c_gromacs_mdrun& │ │ │ -0000cb00: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -0000cb10: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 rc_gromacs_domde │ │ │ -0000cb20: 6320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 c -->.<g id="edg │ │ │ -0000cb30: 6535 3522 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 e55" class="edge │ │ │ -0000cb40: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ -0000cb50: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -0000cb60: 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c un->modul │ │ │ -0000cb70: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f e_src_gromacs_do │ │ │ -0000cb80: 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 mdec......mod │ │ │ -0000ccc0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000ccd0: 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 3c2f applied_forces</ │ │ │ -0000cce0: 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 title>.<ellipse │ │ │ -0000ccf0: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ -0000cd00: 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 troke="black" cx │ │ │ -0000cd10: 3d22 3830 3322 2063 793d 222d 3135 352e ="803" cy="-155. │ │ │ -0000cd20: 3138 2220 7278 3d22 3536 2e36 3422 2072 18" rx="56.64" r │ │ │ -0000cd30: 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 y="13.37"/>.<tex │ │ │ -0000cd40: 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d t text-anchor="m │ │ │ -0000cd50: 6964 646c 6522 2078 3d22 3830 3322 2079 iddle" x="803" y │ │ │ -0000cd60: 3d22 2d31 3532 2e36 3822 2066 6f6e 742d ="-152.68" font- │ │ │ -0000cd70: 6661 6d69 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 family="FreeSans │ │ │ -0000cd80: 2220 666f 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e " font-size="10. │ │ │ -0000cd90: 3030 223e 6170 706c 6965 645f 666f 7263 00">applied_forc │ │ │ -0000cda0: 6573 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c es</text>.</g>.< │ │ │ -0000cdb0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000cdc0: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000cdd0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000cde0: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ -0000cdf0: 666f 7263 6573 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 forces -->.<g id │ │ │ -0000ce00: 3d22 6564 6765 3736 2220 636c 6173 733d ="edge76" class= │ │ │ -0000ce10: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -0000ce20: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000ce30: 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b s_mdrun-> │ │ │ -0000ce40: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000ce50: 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 cs_applied_force │ │ │ -0000ce60: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s......mod │ │ │ -0000cf80: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000cf90: 6e62 6e78 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 nbnxm.< │ │ │ -0000cfb0: 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 3d22 6772 a xlink:href="gr │ │ │ -0000cfc0: 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f 5f6e 626e oup__module__nbn │ │ │ -0000cfd0: 786d 2e78 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 xm.xhtml" target │ │ │ -0000cfe0: 3d22 5f74 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 ="_top" xlink:ti │ │ │ -0000cff0: 746c 653d 226e 626e 786d 223e 0a3c 656c tle="nbnxm">..nbnx │ │ │ -0000d0b0: 6d3c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f m......m │ │ │ -0000d130: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000d140: 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b s_mdrun-> │ │ │ -0000d150: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000d160: 6373 5f6e 626e 786d 3c2f 7469 746c 653e cs_nbnxm │ │ │ -0000d170: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .... │ │ │ -0000d300: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3539 2220 ..module_src_ │ │ │ -0000d330: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 gromacs_mdrun │ │ │ -0000d340: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0000d350: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 3c2f _gromacs_ewald......module_ │ │ │ -0000d4e0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ -0000d4f0: 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 n->module │ │ │ -0000d500: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 _src_gromacs_lis │ │ │ -0000d510: 7465 645f 666f 7263 6573 3c2f 7469 746c ted_forces</titl │ │ │ -0000d520: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -0000d530: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -0000d540: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -0000d550: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -0000d560: 4d31 3338 392e 3439 2c2d 3231 352e 3037 M1389.49,-215.07 │ │ │ -0000d570: 4331 3438 352e 3834 2c2d 3230 382e 3831 C1485.84,-208.81 │ │ │ -0000d580: 2031 3739 322e 3431 2c2d 3138 382e 3537 1792.41,-188.57 │ │ │ -0000d590: 2032 3034 362c 2d31 3638 2e36 3120 3230 2046,-168.61 20 │ │ │ -0000d5a0: 3734 2e32 392c 2d31 3636 2e33 3820 3231 74.29,-166.38 21 │ │ │ -0000d5b0: 3035 2e37 312c 2d31 3633 2e36 3820 3231 05.71,-163.68 21 │ │ │ -0000d5c0: 3331 2e38 382c 2d31 3631 2e33 3622 2f3e 31.88,-161.36"/> │ │ │ -0000d5d0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ -0000d5e0: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d #282fcc" stroke= │ │ │ -0000d5f0: 2223 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 "#282fcc" points │ │ │ -0000d600: 3d22 3231 3332 2e33 352c 2d31 3634 2e38 ="2132.35,-164.8 │ │ │ -0000d610: 3320 3231 3432 2c2d 3136 302e 3436 2032 3 2142,-160.46 2 │ │ │ -0000d620: 3133 312e 3733 2c2d 3135 372e 3836 2032 131.73,-157.86 2 │ │ │ -0000d630: 3133 322e 3335 2c2d 3136 342e 3833 222f 132.35,-164.83"/ │ │ │ -0000d640: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -0000d650: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -0000d660: 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 drun->mod │ │ │ -0000d670: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000d680: 7261 6e64 6f6d 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 random -->.<g id │ │ │ -0000d690: 3d22 6564 6765 3538 2220 636c 6173 733d ="edge58" class= │ │ │ -0000d6a0: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -0000d6b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000d6c0: 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b s_mdrun-> │ │ │ -0000d6d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000d6e0: 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 cs_random...< │ │ │ -0000d800: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...modu │ │ │ -0000d870: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -0000d880: 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 drun->mod │ │ │ -0000d890: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000d8a0: 636f 6d70 6174 3c2f 7469 746c 653e 0a3c compat.< │ │ │ -0000d8b0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0000d8c0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -0000d8d0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -0000d8e0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3335 ay="5,2" d="M135 │ │ │ -0000d8f0: 302e 3132 2c2d 3230 352e 3035 4331 3333 0.12,-205.05C133 │ │ │ -0000d900: 362e 3432 2c2d 3138 372e 3539 2031 3330 6.42,-187.59 130 │ │ │ -0000d910: 382e 3331 2c2d 3135 352e 3734 2031 3237 8.31,-155.74 127 │ │ │ -0000d920: 362c 2d31 3431 2e37 3420 3132 3734 2e34 6,-141.74 1274.4 │ │ │ -0000d930: 312c 2d31 3431 2e30 3520 3836 312e 3137 1,-141.05 861.17 │ │ │ -0000d940: 2c2d 3130 372e 3834 2037 3233 2e38 312c ,-107.84 723.81, │ │ │ -0000d950: 2d39 362e 3832 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 -96.82"/>.... │ │ │ -0000da10: 3c67 2069 643d 2265 6467 6535 3422 2063 .module_src_g │ │ │ -0000da40: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000da50: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000da60: 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c gromacs_commandl │ │ │ -0000da70: 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ine.. │ │ │ -0000db40: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ... │ │ │ -0000dc00: 3c67 2069 643d 2265 6467 6536 3622 2063 .module_src_g │ │ │ -0000dc30: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000dc40: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000dc50: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ -0000dc60: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s...< │ │ │ -0000de60: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>..< │ │ │ -0000de90: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3436 2220 636c g id="node46" cl │ │ │ -0000dea0: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.module_src_gr │ │ │ -0000dec0: 6f6d 6163 735f 7461 736b 6173 7369 676e omacs_taskassign │ │ │ -0000ded0: 6d65 6e74 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 ment...tas │ │ │ -0000e000: 6b61 7373 6967 6e6d 656e 743c 2f74 6578 kassignment......module_src_gro │ │ │ -0000e0a0: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 macs_mdrun-& │ │ │ -0000e0b0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -0000e0c0: 6f6d 6163 735f 7461 736b 6173 7369 676e omacs_taskassign │ │ │ -0000e0d0: 6d65 6e74 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ment...... │ │ │ -0000e250: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ -0000e260: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7265 7374 7261 c_gromacs_restra │ │ │ -0000e270: 696e 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 int...r │ │ │ -0000e390: 6573 7472 6169 6e74 3c2f 7465 7874 3e0a estraint. │ │ │ -0000e3a0: 3c2f 613e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 673e 0a3c ...< │ │ │ -0000e3b0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000e3c0: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000e3d0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000e3e0: 6772 6f6d 6163 735f 7265 7374 7261 696e gromacs_restrain │ │ │ -0000e3f0: 7420 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 t -->..module │ │ │ -0000e420: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -0000e430: 756e 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c un->modul │ │ │ -0000e440: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7265 e_src_gromacs_re │ │ │ -0000e450: 7374 7261 696e 743c 2f74 6974 6c65 3e0a straint. │ │ │ -0000e460: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 . │ │ │ -0000e550: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ... │ │ │ -0000e5a0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6535 3322 2063 .module_src_g │ │ │ -0000e5d0: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ -0000e5e0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0000e5f0: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ -0000e600: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity...< │ │ │ -0000e770: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>. │ │ │ -0000e960: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3732 2220 ..module_src_ │ │ │ -0000e990: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 gromacs_mdrun │ │ │ -0000e9a0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0000e9b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ -0000e9c0: 5f66 6f72 6365 735f 6177 683c 2f74 6974 _forces_awh.. │ │ │ -0000eac0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -0000eb30: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000eb40: 6d69 6d69 6326 2334 353b 2667 743b 6d6f mimic->mo │ │ │ -0000eb50: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000eb60: 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdlib.< │ │ │ -0000eb70: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0000eb80: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -0000eb90: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -0000eba0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3131 ay="5,2" d="M111 │ │ │ -0000ebb0: 342e 3235 2c2d 3136 372e 3739 4331 3039 4.25,-167.79C109 │ │ │ -0000ebc0: 312c 2d31 3930 2e34 3420 3130 3434 2e38 1,-190.44 1044.8 │ │ │ -0000ebd0: 362c 2d32 3432 2e37 3920 3130 3534 2c2d 6,-242.79 1054,- │ │ │ -0000ebe0: 3239 342e 3335 2031 3037 342e 3736 2c2d 294.35 1074.76,- │ │ │ -0000ebf0: 3431 312e 3534 2031 3038 322e 3638 2c2d 411.54 1082.68,- │ │ │ -0000ec00: 3434 352e 3036 2031 3134 362c 2d35 3435 445.06 1146,-545 │ │ │ -0000ec10: 2e38 3320 3131 3537 2e38 372c 2d35 3634 .83 1157.87,-564 │ │ │ -0000ec20: 2e37 3320 3131 3732 2e34 372c 2d35 3631 .73 1172.47,-561 │ │ │ -0000ec30: 2e32 3120 3131 3831 2c2d 3538 312e 3833 .21 1181,-581.83 │ │ │ -0000ec40: 2031 3230 362e 3933 2c2d 3634 342e 3531 1206.93,-644.51 │ │ │ -0000ec50: 2031 3135 332e 312c 2d36 3733 2e35 3520 1153.1,-673.55 │ │ │ -0000ec60: 3131 3833 2c2d 3733 342e 3434 2031 3139 1183,-734.44 119 │ │ │ -0000ec70: 302e 3035 2c2d 3734 382e 3820 3132 3033 0.05,-748.8 1203 │ │ │ -0000ec80: 2e36 312c 2d37 3630 2e32 3320 3132 3136 .61,-760.23 1216 │ │ │ -0000ec90: 2e31 362c 2d37 3638 2e33 3722 2f3e 0a3c .16,-768.37"/>.< │ │ │ -0000eca0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ -0000ecb0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ -0000ecc0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ -0000ecd0: 3132 3134 2e36 342c 2d37 3731 2e35 3420 1214.64,-771.54 │ │ │ -0000ece0: 3132 3235 2e30 312c 2d37 3733 2e37 3220 1225.01,-773.72 │ │ │ -0000ecf0: 3132 3138 2e32 352c 2d37 3635 2e35 3520 1218.25,-765.55 │ │ │ -0000ed00: 3132 3134 2e36 342c 2d37 3731 2e35 3422 1214.64,-771.54" │ │ │ -0000ed10: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />....mod │ │ │ -0000ed60: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000ed70: 6d61 7468 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c math..math │ │ │ -0000ee30: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -0000eea0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000eeb0: 6d61 7468 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 math->mod │ │ │ -0000eec0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0000eed0: 6d64 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c mdspan.< │ │ │ -0000eee0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0000eef0: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 643d stroke="red" d= │ │ │ -0000ef00: 224d 3335 312e 3039 2c2d 3833 2e31 4333 "M351.09,-83.1C3 │ │ │ -0000ef10: 3735 2e38 362c 2d37 322e 3938 2034 3138 75.86,-72.98 418 │ │ │ -0000ef20: 2e32 362c 2d35 352e 3636 2034 3437 2e36 .26,-55.66 447.6 │ │ │ -0000ef30: 342c 2d34 332e 3636 222f 3e0a 3c70 6f6c 4,-43.66"/>.. │ │ │ -0000efa0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ..< │ │ │ -0000eff0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3830 2220 636c g id="edge80" cl │ │ │ -0000f000: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -0000f020: 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 2623 omacs_hardware&# │ │ │ -0000f030: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0000f040: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 c_gromacs_gpu_ut │ │ │ -0000f050: 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ils......module │ │ │ -0000f1c0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 _src_gromacs_mod │ │ │ -0000f1d0: 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 2334 ularsimulator │ │ │ -0000f1e0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0000f1f0: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c _gromacs_gmxlib< │ │ │ -0000f200: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -0000f210: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -0000f220: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 ="#bfbfbf" d="M1 │ │ │ -0000f230: 3438 352e 3731 2c2d 3438 322e 3935 4331 485.71,-482.95C1 │ │ │ -0000f240: 3438 392e 3132 2c2d 3439 382e 3032 2031 489.12,-498.02 1 │ │ │ -0000f250: 3439 352e 3438 2c2d 3532 342e 3120 3135 495.48,-524.1 15 │ │ │ -0000f260: 3033 2c2d 3534 352e 3833 2031 3532 302e 03,-545.83 1520. │ │ │ -0000f270: 3633 2c2d 3539 362e 3734 2031 3535 312c 63,-596.74 1551, │ │ │ -0000f280: 2d36 3033 2e32 3620 3135 3531 2c2d 3635 -603.26 1551,-65 │ │ │ -0000f290: 372e 3134 2031 3535 312c 2d37 3232 2e30 7.14 1551,-722.0 │ │ │ -0000f2a0: 3120 3135 3531 2c2d 3732 322e 3031 2031 1 1551,-722.01 1 │ │ │ -0000f2b0: 3535 312c 2d37 3232 2e30 3120 3135 3531 551,-722.01 1551 │ │ │ -0000f2c0: 2c2d 3737 352e 3337 2031 3430 312e 3536 ,-775.37 1401.56 │ │ │ -0000f2d0: 2c2d 3836 302e 3120 3133 3337 2e35 352c ,-860.1 1337.55, │ │ │ -0000f2e0: 2d38 3933 2e39 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 -893.95"/>.<poly │ │ │ -0000f2f0: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 gon fill="#bfbfb │ │ │ -0000f300: 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 f" stroke="#bfbf │ │ │ -0000f310: 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 3133 3335 bf" points="1335 │ │ │ -0000f320: 2e36 332c 2d38 3931 2031 3332 382e 3339 .63,-891 1328.39 │ │ │ -0000f330: 2c2d 3839 382e 3735 2031 3333 382e 3838 ,-898.75 1338.88 │ │ │ -0000f340: 2c2d 3839 372e 3220 3133 3335 2e36 332c ,-897.2 1335.63, │ │ │ -0000f350: 2d38 3931 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d -891"/>.</g>.<!- │ │ │ -0000f360: 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f - module_src_gro │ │ │ -0000f370: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ -0000f380: 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f lator->mo │ │ │ -0000f390: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0000f3a0: 5f6d 6472 756e 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 _mdrun -->.<g id │ │ │ -0000f3b0: 3d22 6564 6765 3833 2220 636c 6173 733d ="edge83" class= │ │ │ -0000f3c0: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -0000f3d0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000f3e0: 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 s_modularsimulat │ │ │ -0000f3f0: 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c or->modul │ │ │ -0000f400: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -0000f410: 7275 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 run.. │ │ │ -0000f510: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module │ │ │ -0000f590: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 _src_gromacs_mod │ │ │ -0000f5a0: 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 2334 ularsimulator │ │ │ -0000f5b0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0000f5c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f70 756c 6c69 6e67 _gromacs_pulling │ │ │ -0000f5d0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ...... │ │ │ -0000f7c0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000f7d0: 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 cs_modularsimula │ │ │ -0000f7e0: 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 tor->modu │ │ │ -0000f7f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -0000f800: 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 dlib.. │ │ │ -0000f8a0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 .. │ │ │ -0000f910: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f .< │ │ │ -0000f960: 6720 6964 3d22 6564 6765 3930 2220 636c g id="edge90" cl │ │ │ -0000f970: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -0000f990: 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d omacs_modularsim │ │ │ -0000f9a0: 756c 6174 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulator->m │ │ │ -0000f9b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000f9c0: 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e s_fileio │ │ │ -0000f9d0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ....< │ │ │ -0000fab0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0000fac0: 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 romacs_modularsi │ │ │ -0000fad0: 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b mulator-> │ │ │ -0000fae0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0000faf0: 6373 5f6d 6474 7970 6573 202d 2d3e 0a3c cs_mdtypes -->.< │ │ │ -0000fb00: 6720 6964 3d22 6564 6765 3834 2220 636c g id="edge84" cl │ │ │ -0000fb10: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ -0000fb30: 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d omacs_modularsim │ │ │ -0000fb40: 756c 6174 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulator->m │ │ │ -0000fb50: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0000fb60: 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 s_mdtypes......modul │ │ │ -0000fd90: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f e_src_gromacs_mo │ │ │ -0000fda0: 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 dularsimulator&# │ │ │ -0000fdb0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0000fdc0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 c_gromacs_domdec │ │ │ -0000fdd0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......modu │ │ │ -0000ff50: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -0000ff60: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 odularsimulator& │ │ │ -0000ff70: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -0000ff80: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d rc_gromacs_nbnxm │ │ │ -0000ff90: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......modul │ │ │ -00010130: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f e_src_gromacs_mo │ │ │ -00010140: 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 dularsimulator&# │ │ │ -00010150: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00010160: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c c_gromacs_ewald< │ │ │ -00010170: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00010180: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00010190: 3d22 7265 6422 2064 3d22 4d31 3534 352e ="red" d="M1545. │ │ │ -000101a0: 3035 2c2d 3436 352e 3243 3136 3533 2e31 05,-465.2C1653.1 │ │ │ -000101b0: 332c 2d34 3538 2e38 3720 3138 3731 2e33 3,-458.87 1871.3 │ │ │ -000101c0: 362c 2d34 3433 2e36 2031 3934 342c 2d34 6,-443.6 1944,-4 │ │ │ -000101d0: 3230 2e30 3920 3231 3735 2e30 332c 2d33 20.09 2175.03,-3 │ │ │ -000101e0: 3435 2e33 3420 3234 3135 2e31 372c 2d31 45.34 2415.17,-1 │ │ │ -000101f0: 3636 2e37 3620 3234 3837 2e32 392c 2d31 66.76 2487.29,-1 │ │ │ -00010200: 3130 2e35 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 10.55"/>.<polygo │ │ │ -00010210: 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 2073 7472 n fill="red" str │ │ │ -00010220: 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f 696e 7473 oke="red" points │ │ │ -00010230: 3d22 3234 3839 2e35 332c 2d31 3133 2e32 ="2489.53,-113.2 │ │ │ -00010240: 3420 3234 3935 2e32 342c 2d31 3034 2e33 4 2495.24,-104.3 │ │ │ -00010250: 3220 3234 3835 2e32 312c 2d31 3037 2e37 2 2485.21,-107.7 │ │ │ -00010260: 3320 3234 3839 2e35 332c 2d31 3133 2e32 3 2489.53,-113.2 │ │ │ -00010270: 3422 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 4"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -00010280: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00010290: 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 s_modularsimulat │ │ │ -000102a0: 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c or->modul │ │ │ -000102b0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6c69 e_src_gromacs_li │ │ │ -000102c0: 7374 6564 5f66 6f72 6365 7320 2d2d 3e0a sted_forces -->. │ │ │ -000102d0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6539 3222 2063 <g id="edge92" c │ │ │ -000102e0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -000102f0: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -00010300: 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 romacs_modularsi │ │ │ -00010310: 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b mulator-> │ │ │ -00010320: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00010330: 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 6573 cs_listed_forces │ │ │ -00010340: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ....< │ │ │ -00010470: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00010480: 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 romacs_modularsi │ │ │ -00010490: 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b mulator-> │ │ │ -000104a0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000104b0: 6373 5f72 616e 646f 6d20 2d2d 3e0a 3c67 cs_random -->..module_src_gro │ │ │ -000104f0: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ -00010500: 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f lator->mo │ │ │ -00010510: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00010520: 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a _random. │ │ │ -00010530: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 │ │ │ -00010650: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....m │ │ │ -00010730: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00010740: 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 s_modularsimulat │ │ │ -00010750: 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c or->modul │ │ │ -00010760: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ -00010770: 6d70 6174 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 mpat......module_src_gro │ │ │ -00010970: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ -00010980: 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f lator->mo │ │ │ -00010990: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000109a0: 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 _commandline. │ │ │ -00010a60: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 . │ │ │ -00010ad0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....modu │ │ │ -00010b50: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00010b60: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 odularsimulator& │ │ │ -00010b70: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00010b80: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ -00010b90: 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tils. │ │ │ -00010cf0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ... │ │ │ -00010dc0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3936 2220 ..module_src_ │ │ │ -00010df0: 6772 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 gromacs_modulars │ │ │ -00010e00: 696d 756c 6174 6f72 2623 3435 3b26 6774 imulator-> │ │ │ -00010e10: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00010e20: 6163 735f 7461 736b 6173 7369 676e 6d65 acs_taskassignme │ │ │ -00010e30: 6e74 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 nt. │ │ │ -00010ea0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....modul │ │ │ -00010f90: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f e_src_gromacs_mo │ │ │ -00010fa0: 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 dularsimulator&# │ │ │ -00010fb0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00010fc0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ -00010fd0: 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tility.< │ │ │ -00010fe0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00010ff0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -00011000: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -00011010: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3437 ay="5,2" d="M147 │ │ │ -00011020: 352e 3738 2c2d 3438 332e 3034 4331 3436 5.78,-483.04C146 │ │ │ -00011030: 312e 3434 2c2d 3530 372e 3637 2031 3432 1.44,-507.67 142 │ │ │ -00011040: 372e 3935 2c2d 3536 332e 3934 2031 3339 7.95,-563.94 139 │ │ │ -00011050: 362c 2d36 3038 2e37 2031 3338 392e 3233 6,-608.7 1389.23 │ │ │ -00011060: 2c2d 3631 382e 3139 2031 3338 312e 3233 ,-618.19 1381.23 │ │ │ -00011070: 2c2d 3632 382e 3239 2031 3337 342e 3234 ,-628.29 1374.24 │ │ │ -00011080: 2c2d 3633 362e 3822 2f3e 0a3c 706f 6c79 ,-636.8"/>.....mo │ │ │ -00011170: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00011180: 5f70 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 _pulling-> │ │ │ -00011190: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -000111a0: 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c acs_gmxlib</titl │ │ │ -000111b0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -000111c0: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 one" stroke="#bf │ │ │ -000111d0: 6266 6266 2220 643d 224d 3937 382e 3438 bfbf" d="M978.48 │ │ │ -000111e0: 2c2d 3136 352e 3343 3835 322e 3434 2c2d ,-165.3C852.44,- │ │ │ -000111f0: 3232 312e 3933 2031 3931 2e39 372c 2d35 221.93 191.97,-5 │ │ │ -00011200: 3237 2e36 3420 3239 332c 2d36 3731 2e35 27.64 293,-671.5 │ │ │ -00011210: 3720 3430 382e 3837 2c2d 3833 362e 3635 7 408.87,-836.65 │ │ │ -00011220: 2031 3039 322e 3032 2c2d 3839 332e 3920 1092.02,-893.9 │ │ │ -00011230: 3132 3637 2e37 382c 2d39 3036 2e30 3122 1267.78,-906.01" │ │ │ -00011240: 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c />.<polygon fill │ │ │ -00011250: 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b ="#bfbfbf" strok │ │ │ -00011260: 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f 696e e="#bfbfbf" poin │ │ │ -00011270: 7473 3d22 3132 3637 2e37 2c2d 3930 392e ts="1267.7,-909. │ │ │ -00011280: 3531 2031 3237 372e 3931 2c2d 3930 362e 51 1277.91,-906. │ │ │ -00011290: 3639 2031 3236 382e 3137 2c2d 3930 322e 69 1268.17,-902. │ │ │ -000112a0: 3532 2031 3236 372e 372c 2d39 3039 2e35 52 1267.7,-909.5 │ │ │ -000112b0: 3122 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 1"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -000112c0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000112d0: 735f 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b 2667 s_pulling-&g │ │ │ -000112e0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -000112f0: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 202d 2d3e 0a3c macs_mdlib -->.< │ │ │ -00011300: 6720 6964 3d22 6564 6765 3130 3322 2063 g id="edge103" c │ │ │ -00011310: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -00011320: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -00011330: 726f 6d61 6373 5f70 756c 6c69 6e67 2623 romacs_pulling&# │ │ │ -00011340: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00011350: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c c_gromacs_mdlib< │ │ │ -00011360: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00011370: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00011380: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d39 ="#bfbfbf" d="M9 │ │ │ -00011390: 3837 2e36 392c 2d31 3637 2e39 3343 3937 87.69,-167.93C97 │ │ │ -000113a0: 382e 3436 2c2d 3137 372e 3632 2039 3635 8.46,-177.62 965 │ │ │ -000113b0: 2e31 372c 2d31 3931 2e38 3120 3935 342c .17,-191.81 954, │ │ │ -000113c0: 2d32 3034 2e36 3120 3839 362e 3336 2c2d -204.61 896.36,- │ │ │ -000113d0: 3237 302e 3637 2038 3930 2e33 2c2d 3239 270.67 890.3,-29 │ │ │ -000113e0: 342e 3533 2038 3239 2c2d 3335 372e 3232 4.53 829,-357.22 │ │ │ -000113f0: 2036 3036 2e38 342c 2d35 3834 2e34 3320 606.84,-584.43 │ │ │ -00011400: 3434 322e 3335 2c2d 3534 372e 3233 2035 442.35,-547.23 5 │ │ │ -00011410: 3531 2c2d 3637 312e 3537 2035 3930 2e32 51,-671.57 590.2 │ │ │ -00011420: 352c 2d37 3136 2e34 3920 3736 302e 392c 5,-716.49 760.9, │ │ │ -00011430: 2d36 3837 2e33 3120 3831 372c 2d37 3037 -687.31 817,-707 │ │ │ -00011440: 2e35 3720 3833 382e 322c 2d37 3135 2e32 .57 838.2,-715.2 │ │ │ -00011450: 3220 3833 382e 3737 2c2d 3732 362e 3838 2 838.77,-726.88 │ │ │ -00011460: 2038 3630 2c2d 3733 342e 3434 2039 3830 860,-734.44 980 │ │ │ -00011470: 2e37 332c 2d37 3737 2e34 3220 3131 3334 .73,-777.42 1134 │ │ │ -00011480: 2e36 392c 2d37 3833 2e32 3420 3132 3035 .69,-783.24 1205 │ │ │ -00011490: 2e33 372c 2d37 3833 2e34 3222 2f3e 0a3c .37,-783.42"/>.< │ │ │ -000114a0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ -000114b0: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ -000114c0: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ -000114d0: 3132 3035 2e35 382c 2d37 3836 2e39 3220 1205.58,-786.92 │ │ │ -000114e0: 3132 3135 2e35 382c 2d37 3833 2e34 2031 1215.58,-783.4 1 │ │ │ -000114f0: 3230 352e 3537 2c2d 3737 392e 3932 2031 205.57,-779.92 1 │ │ │ -00011500: 3230 352e 3538 2c2d 3738 362e 3932 222f 205.58,-786.92"/ │ │ │ -00011510: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -00011520: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 le_src_gromacs_p │ │ │ -00011530: 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulling->m │ │ │ -00011540: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00011550: 735f 6669 6c65 696f 202d 2d3e 0a3c 6720 s_fileio -->.<g │ │ │ -00011560: 6964 3d22 6564 6765 3938 2220 636c 6173 id="edge98" clas │ │ │ -00011570: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ -00011580: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ -00011590: 6163 735f 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b acs_pulling- │ │ │ -000115a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000115b0: 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 romacs_fileio</t │ │ │ -000115c0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -000115d0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -000115e0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d39 3937 #bfbfbf" d="M997 │ │ │ -000115f0: 2e33 332c 2d31 3638 2e37 3143 3939 302e .33,-168.71C990. │ │ │ -00011600: 312c 2d32 3233 2039 3631 2e34 2c2d 3433 1,-223 961.4,-43 │ │ │ -00011610: 382e 3332 2039 3532 2c2d 3530 382e 3838 8.32 952,-508.88 │ │ │ -00011620: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00011630: 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 726f l="#bfbfbf" stro │ │ │ -00011640: 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 ke="#bfbfbf" poi │ │ │ -00011650: 6e74 733d 2239 3438 2e35 322c 2d35 3038 nts="948.52,-508 │ │ │ -00011660: 2e35 3420 3935 302e 3636 2c2d 3531 382e .54 950.66,-518. │ │ │ -00011670: 3931 2039 3535 2e34 352c 2d35 3039 2e34 91 955.45,-509.4 │ │ │ -00011680: 3620 3934 382e 3532 2c2d 3530 382e 3534 6 948.52,-508.54 │ │ │ -00011690: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ -000116a0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000116b0: 5f70 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 _pulling-> │ │ │ -000116c0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -000116d0: 6163 735f 6d64 7479 7065 7320 2d2d 3e0a acs_mdtypes -->. │ │ │ -000116e0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3030 2220 <g id="edge100" │ │ │ -000116f0: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00011700: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00011710: 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c 696e 6726 gromacs_pulling& │ │ │ -00011720: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00011730: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ -00011740: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es......modu │ │ │ -00011bc0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 le_src_gromacs_p │ │ │ -00011bd0: 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulling->m │ │ │ -00011be0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00011bf0: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 s_commandline</t │ │ │ -00011c00: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00011c10: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00011c20: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 652d 6461 black" stroke-da │ │ │ -00011c30: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -00011c40: 224d 3939 392c 2d31 3638 2e38 3243 3939 "M999,-168.82C99 │ │ │ -00011c50: 392c 2d31 3931 2e32 3220 3939 392c 2d32 9,-191.22 999,-2 │ │ │ -00011c60: 3339 2e33 3120 3939 392c 2d32 3739 2e39 39.31 999,-279.9 │ │ │ -00011c70: 3220 3939 392c 2d34 3037 2e36 3620 3939 2 999,-407.66 99 │ │ │ -00011c80: 392c 2d34 3037 2e36 3620 3939 392c 2d34 9,-407.66 999,-4 │ │ │ -00011c90: 3037 2e36 3620 3939 392c 2d34 3738 2e37 07.66 999,-478.7 │ │ │ -00011ca0: 3920 3130 3631 2e36 372c 2d35 3434 2e31 9 1061.67,-544.1 │ │ │ -00011cb0: 3920 3130 3936 2e38 2c2d 3537 352e 3236 9 1096.8,-575.26 │ │ │ -00011cc0: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00011cd0: 6c3d 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 l="black" stroke │ │ │ -00011ce0: 3d22 626c 6163 6b22 2070 6f69 6e74 733d ="black" points= │ │ │ -00011cf0: 2231 3039 342e 3832 2c2d 3537 382e 3137 "1094.82,-578.17 │ │ │ -00011d00: 2031 3130 342e 3638 2c2d 3538 322e 3036 1104.68,-582.06 │ │ │ -00011d10: 2031 3039 392e 3339 2c2d 3537 322e 3837 1099.39,-572.87 │ │ │ -00011d20: 2031 3039 342e 3832 2c2d 3537 382e 3137 1094.82,-578.17 │ │ │ -00011d30: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ -00011d40: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00011d50: 5f70 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 _pulling-> │ │ │ -00011d60: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00011d70: 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 acs_mdrunutility │ │ │ -00011d80: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ -00011d90: 3939 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 99" class="edge" │ │ │ -00011da0: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ -00011db0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c src_gromacs_pull │ │ │ -00011dc0: 696e 6726 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ing->modu │ │ │ -00011dd0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00011de0: 6472 756e 7574 696c 6974 793c 2f74 6974 drunutility</tit │ │ │ -00011df0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00011e00: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ -00011e10: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ -00011e20: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -00011e30: 224d 3130 3130 2e38 332c 2d31 3637 2e37 "M1010.83,-167.7 │ │ │ -00011e40: 3743 3130 3330 2e38 2c2d 3138 372e 3534 7C1030.8,-187.54 │ │ │ -00011e50: 2031 3037 322e 3135 2c2d 3232 392e 3336 1072.15,-229.36 │ │ │ -00011e60: 2031 3130 342c 2d32 3637 2e34 3820 3132 1104,-267.48 12 │ │ │ -00011e70: 3135 2e33 332c 2d34 3030 2e37 3320 3132 15.33,-400.73 12 │ │ │ -00011e80: 3539 2e38 372c 2d34 3235 2e37 3720 3133 59.87,-425.77 13 │ │ │ -00011e90: 3336 2c2d 3538 312e 3833 2031 3334 342e 36,-581.83 1344. │ │ │ -00011ea0: 3139 2c2d 3539 382e 3632 2031 3334 392e 19,-598.62 1349. │ │ │ -00011eb0: 3634 2c2d 3631 392e 3131 2031 3335 322e 64,-619.11 1352. │ │ │ -00011ec0: 3933 2c2d 3633 342e 3438 222f 3e0a 3c70 93,-634.48"/>.<p │ │ │ -00011ed0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 olygon fill="#28 │ │ │ -00011ee0: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 2fcc" stroke="#2 │ │ │ -00011ef0: 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 82fcc" points="1 │ │ │ -00011f00: 3334 392e 3537 2c2d 3633 352e 3532 2031 349.57,-635.52 1 │ │ │ -00011f10: 3335 342e 3936 2c2d 3634 342e 3634 2031 354.96,-644.64 1 │ │ │ -00011f20: 3335 362e 3434 2c2d 3633 342e 3135 2031 356.44,-634.15 1 │ │ │ -00011f30: 3334 392e 3537 2c2d 3633 352e 3532 222f 349.57,-635.52"/ │ │ │ -00011f40: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -00011f50: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -00011f60: 696d 696e 6720 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d iming -->.<g id= │ │ │ -00011f70: 226e 6f64 6532 3122 2063 6c61 7373 3d22 "node21" class=" │ │ │ -00011f80: 6e6f 6465 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f node">.<title>mo │ │ │ -00011f90: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00011fa0: 5f74 696d 696e 673c 2f74 6974 6c65 3e0a _timing. │ │ │ -00011fb0: 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d 2223 .t │ │ │ -00012060: 696d 696e 673c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 iming....mod │ │ │ -000120e0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000120f0: 7469 6d69 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d timing->m │ │ │ -00012100: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00012110: 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 s_mdtypes......module_ │ │ │ -00012270: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ -00012280: 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 b->module │ │ │ -00012290: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 _src_gromacs_imd │ │ │ -000122a0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......mod │ │ │ -00012650: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00012660: 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f mdlib->mo │ │ │ -00012670: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00012680: 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a _gmxlib. │ │ │ -00012690: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....modul │ │ │ -000127e0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -000127f0: 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 lib->modu │ │ │ -00012800: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -00012810: 6162 6c65 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ables.

..... │ │ │ -00012a30: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00012a40: 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 cs_mdlib-> │ │ │ -00012a50: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00012a60: 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 3c2f acs_trajectory</ │ │ │ -00012a70: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00012a80: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00012a90: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3132 "#bfbfbf" d="M12 │ │ │ -00012aa0: 3136 2e30 392c 2d37 3831 2e35 3643 3131 16.09,-781.56C11 │ │ │ -00012ab0: 3338 2e32 372c 2d37 3737 2e36 3220 3931 38.27,-777.62 91 │ │ │ -00012ac0: 322e 3335 2c2d 3736 342e 3237 2037 3237 2.35,-764.27 727 │ │ │ -00012ad0: 2c2d 3733 342e 3434 2036 3734 2e33 322c ,-734.44 674.32, │ │ │ -00012ae0: 2d37 3235 2e39 3620 3636 322e 3437 2c2d -725.96 662.47,- │ │ │ -00012af0: 3731 372e 3234 2036 3130 2c2d 3730 372e 717.24 610,-707. │ │ │ -00012b00: 3537 2035 3533 2e30 372c 2d36 3937 2e30 57 553.07,-697.0 │ │ │ -00012b10: 3820 3339 342e 312c 2d37 3131 2e33 2033 8 394.1,-711.3 3 │ │ │ -00012b20: 3532 2c2d 3637 312e 3537 2033 3237 2e31 52,-671.57 327.1 │ │ │ -00012b30: 382c 2d36 3438 2e31 3520 3333 372c 2d36 8,-648.15 337,-6 │ │ │ -00012b40: 3330 2e33 3920 3333 372c 2d35 3936 2e32 30.39 337,-596.2 │ │ │ -00012b50: 3720 3333 372c 2d35 3936 2e32 3720 3333 7 337,-596.27 33 │ │ │ -00012b60: 372c 2d35 3936 2e32 3720 3333 372c 2d34 7,-596.27 337,-4 │ │ │ -00012b70: 3035 2e36 3620 3333 372c 2d33 3731 2e34 05.66 337,-371.4 │ │ │ -00012b80: 3720 3139 392e 3935 2c2d 3137 372e 3937 7 199.95,-177.97 │ │ │ -00012b90: 2031 3533 2e38 392c 2d31 3133 2e39 222f 153.89,-113.9"/ │ │ │ -00012ba0: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ -00012bb0: 2223 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 "#bfbfbf" stroke │ │ │ -00012bc0: 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 ="#bfbfbf" point │ │ │ -00012bd0: 733d 2231 3536 2e37 312c 2d31 3131 2e38 s="156.71,-111.8 │ │ │ -00012be0: 3220 3134 382e 3032 2c2d 3130 352e 3735 2 148.02,-105.75 │ │ │ -00012bf0: 2031 3531 2e30 332c 2d31 3135 2e39 3120 151.03,-115.91 │ │ │ -00012c00: 3135 362e 3731 2c2d 3131 312e 3832 222f 156.71,-111.82"/ │ │ │ -00012c10: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -00012c20: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00012c30: 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 dlib->mod │ │ │ -00012c40: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00012c50: 6861 7264 7761 7265 202d 2d3e 0a3c 6720 hardware -->.<g │ │ │ -00012c60: 6964 3d22 6564 6765 3132 3222 2063 6c61 id="edge122" cla │ │ │ -00012c70: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -00012c80: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -00012c90: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 macs_mdlib-& │ │ │ -00012ca0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00012cb0: 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f omacs_hardware</ │ │ │ -00012cc0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00012cd0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00012ce0: 2272 6564 2220 643d 224d 3132 3336 2e34 "red" d="M1236.4 │ │ │ -00012cf0: 352c 2d37 3937 2e32 3643 3132 3136 2e37 5,-797.26C1216.7 │ │ │ -00012d00: 392c 2d38 3331 2e32 3720 3131 3638 2e35 9,-831.27 1168.5 │ │ │ -00012d10: 342c 2d39 3237 2e34 3420 3132 3133 2c2d 4,-927.44 1213,- │ │ │ -00012d20: 3938 352e 3932 2031 3233 352e 3132 2c2d 985.92 1235.12,- │ │ │ -00012d30: 3130 3135 2e30 3220 3134 3732 2e37 382c 1015.02 1472.78, │ │ │ -00012d40: 2d31 3036 372e 3635 2031 3537 312e 3435 -1067.65 1571.45 │ │ │ -00012d50: 2c2d 3130 3838 2e34 3422 2f3e 0a3c 706f ,-1088.44"/>.<po │ │ │ -00012d60: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 lygon fill="red" │ │ │ -00012d70: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f stroke="red" po │ │ │ -00012d80: 696e 7473 3d22 3135 3730 2e38 382c 2d31 ints="1570.88,-1 │ │ │ -00012d90: 3039 312e 3920 3135 3831 2e33 382c 2d31 091.9 1581.38,-1 │ │ │ -00012da0: 3039 302e 3532 2031 3537 322e 3331 2c2d 090.52 1572.31,- │ │ │ -00012db0: 3130 3835 2e30 3520 3135 3730 2e38 382c 1085.05 1570.88, │ │ │ -00012dc0: 2d31 3039 312e 3922 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -1091.9"/>.</g>. │ │ │ -00012dd0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ -00012de0: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 gromacs_mdlib │ │ │ -00012df0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00012e00: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 _gromacs_fileio │ │ │ -00012e10: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 -->.<g id="edge1 │ │ │ -00012e20: 3137 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 17" class="edge" │ │ │ -00012e30: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ -00012e40: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ -00012e50: 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 b->module │ │ │ -00012e60: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c _src_gromacs_fil │ │ │ -00012e70: 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 eio.... │ │ │ -00012fd0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module │ │ │ -00013040: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c _src_gromacs_mdl │ │ │ -00013050: 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ib->modul │ │ │ -00013060: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00013070: 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 types.

..< │ │ │ -00013150: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mod │ │ │ -000131c0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000131d0: 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f mdlib->mo │ │ │ -000131e0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000131f0: 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a _domdec. │ │ │ -00013200: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module_src_gro │ │ │ -000133d0: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 macs_mdlib-& │ │ │ -000133e0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -000133f0: 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d3c 2f74 6974 omacs_nbnxm... │ │ │ -00013500: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mo │ │ │ -00013570: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00013580: 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdlib->m │ │ │ -00013590: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000135a0: 735f 6d64 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e s_mdspan │ │ │ -000135b0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......modul │ │ │ -000137d0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -000137e0: 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 lib->modu │ │ │ -000137f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 le_src_gromacs_e │ │ │ -00013800: 7761 6c64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 wald... │ │ │ -00013990: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_grom │ │ │ -00013a10: 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 acs_mdlib-&g │ │ │ -00013a20: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00013a30: 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 macs_listed_forc │ │ │ -00013a40: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es.....< │ │ │ -00013c90: 6720 6964 3d22 6564 6765 3132 3122 2063 g id="edge121" c │ │ │ -00013ca0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00013cc0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ -00013cd0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00013ce0: 6772 6f6d 6163 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f gromacs_random......modu │ │ │ -00013f10: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00013f20: 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 dlib->mod │ │ │ -00013f30: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00013f40: 636f 6d70 6174 3c2f 7469 746c 653e 0a3c compat.< │ │ │ -00013f50: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00013f60: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -00013f70: 2220 643d 224d 3132 3135 2e36 2c2d 3738 " d="M1215.6,-78 │ │ │ -00013f80: 322e 3732 4331 3132 382e 3835 2c2d 3738 2.72C1128.85,-78 │ │ │ -00013f90: 312e 3739 2038 3638 2e39 312c 2d37 3735 1.79 868.91,-775 │ │ │ -00013fa0: 2e35 3620 3739 372c 2d37 3334 2e34 3420 .56 797,-734.44 │ │ │ -00013fb0: 3738 342e 3038 2c2d 3732 372e 3035 2037 784.08,-727.05 7 │ │ │ -00013fc0: 3839 2e39 312c 2d37 3134 2e39 3920 3737 89.91,-714.99 77 │ │ │ -00013fd0: 372c 2d37 3037 2e35 3720 3635 332e 3639 7,-707.57 653.69 │ │ │ -00013fe0: 2c2d 3633 362e 3637 2035 3737 2e34 2c2d ,-636.67 577.4,- │ │ │ -00013ff0: 3735 302e 3420 3435 392c 2d36 3731 2e35 750.4 459,-671.5 │ │ │ -00014000: 3720 3432 372e 312c 2d36 3530 2e33 3320 7 427.1,-650.33 │ │ │ -00014010: 3431 372c 2d36 3334 2e35 3920 3431 372c 417,-634.59 417, │ │ │ -00014020: 2d35 3936 2e32 3720 3431 372c 2d35 3936 -596.27 417,-596 │ │ │ -00014030: 2e32 3720 3431 372c 2d35 3936 2e32 3720 .27 417,-596.27 │ │ │ -00014040: 3431 372c 2d32 3739 2e39 3220 3431 372c 417,-279.92 417, │ │ │ -00014050: 2d31 3731 2e35 2035 3637 2e34 382c 2d31 -171.5 567.48,-1 │ │ │ -00014060: 3230 2e33 3320 3634 302e 3739 2c2d 3130 20.33 640.79,-10 │ │ │ -00014070: 312e 3833 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 1.83"/>.....mod │ │ │ -00014330: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00014340: 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f mdlib->mo │ │ │ -00014350: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00014360: 5f67 7075 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c _gpu_utils</titl │ │ │ -00014370: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00014380: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 one" stroke="red │ │ │ -00014390: 2220 643d 224d 3132 3339 2e36 2c2d 3739 " d="M1239.6,-79 │ │ │ -000143a0: 372e 3431 4331 3233 312e 3131 2c2d 3832 7.41C1231.11,-82 │ │ │ -000143b0: 342e 3132 2031 3231 352e 392c 2d38 3837 4.12 1215.9,-887 │ │ │ -000143c0: 2e31 3420 3132 3437 2c2d 3932 332e 3035 .14 1247,-923.05 │ │ │ -000143d0: 2031 3239 362e 3739 2c2d 3938 302e 3533 1296.79,-980.53 │ │ │ -000143e0: 2031 3532 362e 352c 2d31 3031 352e 3920 1526.5,-1015.9 │ │ │ -000143f0: 3136 3236 2e33 392c 2d31 3032 382e 3822 1626.39,-1028.8" │ │ │ -00014400: 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c />.<polygon fill │ │ │ -00014410: 3d22 7265 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 ="red" stroke="r │ │ │ -00014420: 6564 2220 706f 696e 7473 3d22 3136 3236 ed" points="1626 │ │ │ -00014430: 2e31 332c 2d31 3033 322e 3320 3136 3336 .13,-1032.3 1636 │ │ │ -00014440: 2e35 2c2d 3130 3330 2e30 3920 3136 3237 .5,-1030.09 1627 │ │ │ -00014450: 2e30 322c 2d31 3032 352e 3335 2031 3632 .02,-1025.35 162 │ │ │ -00014460: 362e 3133 2c2d 3130 3332 2e33 222f 3e0a 6.13,-1032.3"/>. │ │ │ -00014470: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -00014480: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c _src_gromacs_mdl │ │ │ -00014490: 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ib->modul │ │ │ -000144a0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -000144b0: 7275 6e75 7469 6c69 7479 202d 2d3e 0a3c runutility -->.< │ │ │ -000144c0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3131 3522 2063 g id="edge115" c │ │ │ -000144d0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -000144e0: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -000144f0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ -00014500: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00014510: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ -00014520: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity.... │ │ │ -00014650: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f . │ │ │ -000146a0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3039 2220 .module_src_ │ │ │ -000146d0: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 gromacs_mdlib │ │ │ -000146e0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -000146f0: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ -00014700: 5f66 6f72 6365 735f 6177 683c 2f74 6974 _forces_awh......module_src_grom │ │ │ -00014940: 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 acs_mdlib-&g │ │ │ -00014950: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f74 6573 t;module_src_tes │ │ │ -00014960: 7475 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tutils.< │ │ │ -00014970: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00014980: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 643d stroke="red" d= │ │ │ -00014990: 224d 3132 3732 2e31 392c 2d37 3835 2e36 "M1272.19,-785.6 │ │ │ -000149a0: 4331 3438 322c 2d37 3931 2e31 3920 3237 C1482,-791.19 27 │ │ │ -000149b0: 3932 2c2d 3832 392e 3235 2032 3739 322c 92,-829.25 2792, │ │ │ -000149c0: 2d39 3038 2e36 3220 3237 3932 2c2d 3937 -908.62 2792,-97 │ │ │ -000149d0: 332e 3439 2032 3739 322c 2d39 3733 2e34 3.49 2792,-973.4 │ │ │ -000149e0: 3920 3237 3932 2c2d 3937 332e 3439 2032 9 2792,-973.49 2 │ │ │ -000149f0: 3739 322c 2d31 3031 302e 3635 2032 3737 792,-1010.65 277 │ │ │ -00014a00: 362e 3134 2c2d 3130 3531 2e34 3420 3237 6.14,-1051.44 27 │ │ │ -00014a10: 3634 2e39 312c 2d31 3037 352e 3636 222f 64.91,-1075.66"/ │ │ │ -00014a20: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.....module_src_grom │ │ │ -00014b10: 6163 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 acs_fileio-& │ │ │ -00014b20: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00014b30: 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 omacs_gmxlib</ti │ │ │ -00014b40: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -00014b50: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ -00014b60: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3935 322e bfbfbf" d="M952. │ │ │ -00014b70: 3235 2c2d 3534 352e 3737 4339 3631 2e37 25,-545.77C961.7 │ │ │ -00014b80: 312c 2d35 3739 2e37 3520 3939 322e 3138 1,-579.75 992.18 │ │ │ -00014b90: 2c2d 3637 352e 3835 2031 3034 382c 2d37 ,-675.85 1048,-7 │ │ │ -00014ba0: 3334 2e34 3420 3131 3131 2e38 342c 2d38 34.44 1111.84,-8 │ │ │ -00014bb0: 3031 2e34 3520 3131 3335 2e35 382c 2d38 01.45 1135.58,-8 │ │ │ -00014bc0: 3131 2e30 3320 3132 3134 2c2d 3836 302e 11.03 1214,-860. │ │ │ -00014bd0: 3138 2031 3233 342e 3933 2c2d 3837 332e 18 1234.93,-873. │ │ │ -00014be0: 3320 3132 3539 2e38 362c 2d38 3835 2e39 3 1259.86,-885.9 │ │ │ -00014bf0: 3120 3132 3738 2e39 322c 2d38 3934 2e39 1 1278.92,-894.9 │ │ │ -00014c00: 3722 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 7"/>.<polygon fi │ │ │ -00014c10: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ -00014c20: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ -00014c30: 696e 7473 3d22 3132 3737 2e35 2c2d 3839 ints="1277.5,-89 │ │ │ -00014c40: 382e 3136 2031 3238 382e 3034 2c2d 3839 8.16 1288.04,-89 │ │ │ -00014c50: 392e 3234 2031 3238 302e 3437 2c2d 3839 9.24 1280.47,-89 │ │ │ -00014c60: 312e 3832 2031 3237 372e 352c 2d38 3938 1.82 1277.5,-898 │ │ │ -00014c70: 2e31 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .16"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00014c80: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ -00014c90: 6163 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 acs_fileio-& │ │ │ -00014ca0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00014cb0: 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 omacs_trajectory │ │ │ -00014cc0: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ -00014cd0: 3132 3822 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 128" class="edge │ │ │ -00014ce0: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ -00014cf0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c _src_gromacs_fil │ │ │ -00014d00: 6569 6f26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 eio->modu │ │ │ -00014d10: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -00014d20: 7261 6a65 6374 6f72 793c 2f74 6974 6c65 rajectory...... │ │ │ -00014ef0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00014f00: 6373 5f66 696c 6569 6f26 2334 353b 2667 cs_fileio-&g │ │ │ -00014f10: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00014f20: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ -00014f30: 6c61 746f 723c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 lator.

.....mo │ │ │ -00015080: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00015090: 5f66 696c 6569 6f26 2334 353b 2667 743b _fileio-> │ │ │ -000150a0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000150b0: 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c cs_mdtypes</titl │ │ │ -000150c0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -000150d0: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 one" stroke="red │ │ │ -000150e0: 2220 643d 224d 3936 372e 3132 2c2d 3534 " d="M967.12,-54 │ │ │ -000150f0: 322e 3638 4339 3739 2e33 332c 2d35 3531 2.68C979.33,-551 │ │ │ -00015100: 2e37 3120 3939 342e 312c 2d35 3636 2e33 .71 994.1,-566.3 │ │ │ -00015110: 2031 3030 332c 2d35 3831 2e38 3320 3130 1003,-581.83 10 │ │ │ -00015120: 3233 2e37 312c 2d36 3137 2e39 3720 3130 23.71,-617.97 10 │ │ │ -00015130: 3035 2e33 322c 2d36 3338 2e30 3220 3130 05.32,-638.02 10 │ │ │ -00015140: 3330 2c2d 3637 312e 3537 2031 3038 392e 30,-671.57 1089. │ │ │ -00015150: 3133 2c2d 3735 312e 3935 2031 3132 332e 13,-751.95 1123. │ │ │ -00015160: 3431 2c2d 3736 302e 3132 2031 3231 362c 41,-760.12 1216, │ │ │ -00015170: 2d37 3937 2e33 3120 3132 3931 2e37 372c -797.31 1291.77, │ │ │ -00015180: 2d38 3237 2e37 3520 3133 3836 2e34 342c -827.75 1386.44, │ │ │ -00015190: 2d38 3339 2e30 3620 3134 3432 2e34 352c -839.06 1442.45, │ │ │ -000151a0: 2d38 3433 2e32 3722 2f3e 0a3c 706f 6c79 -843.27"/>.<poly │ │ │ -000151b0: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 2073 gon fill="red" s │ │ │ -000151c0: 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f 696e troke="red" poin │ │ │ -000151d0: 7473 3d22 3134 3432 2e32 322c 2d38 3436 ts="1442.22,-846 │ │ │ -000151e0: 2e37 3620 3134 3532 2e34 342c 2d38 3433 .76 1452.44,-843 │ │ │ -000151f0: 2e39 3720 3134 3432 2e37 312c 2d38 3339 .97 1442.71,-839 │ │ │ -00015200: 2e37 3820 3134 3432 2e32 322c 2d38 3436 .78 1442.22,-846 │ │ │ -00015210: 2e37 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .76"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00015220: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ -00015230: 6163 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 acs_fileio-& │ │ │ -00015240: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00015250: 6f6d 6163 735f 6d64 7370 616e 202d 2d3e omacs_mdspan --> │ │ │ -00015260: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3132 3722 .<g id="edge127" │ │ │ -00015270: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ -00015280: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00015290: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f26 _gromacs_fileio& │ │ │ -000152a0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -000152b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6473 7061 rc_gromacs_mdspa │ │ │ -000152c0: 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 n... │ │ │ -00015400: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...modul │ │ │ -00015470: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ -00015480: 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 leio->mod │ │ │ -00015490: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000154a0: 636f 6d70 6174 3c2f 7469 746c 653e 0a3c compat.< │ │ │ -000154b0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -000154c0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -000154d0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -000154e0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d39 3233 ay="5,2" d="M923 │ │ │ -000154f0: 2e31 342c 2d35 3238 2e34 3943 3833 382e .14,-528.49C838. │ │ │ -00015500: 3738 2c2d 3531 382e 3238 2035 3737 2c2d 78,-518.28 577,- │ │ │ -00015510: 3438 302e 3734 2035 3737 2c2d 3430 372e 480.74 577,-407. │ │ │ -00015520: 3636 2035 3737 2c2d 3430 372e 3636 2035 66 577,-407.66 5 │ │ │ -00015530: 3737 2c2d 3430 372e 3636 2035 3737 2c2d 77,-407.66 577,- │ │ │ -00015540: 3231 372e 3035 2035 3737 2c2d 3136 392e 217.05 577,-169. │ │ │ -00015550: 3437 2036 3232 2e35 332c 2d31 3330 2e34 47 622.53,-130.4 │ │ │ -00015560: 3620 3635 332e 3035 2c2d 3130 392e 3636 6 653.05,-109.66 │ │ │ -00015570: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.... │ │ │ +0000b4e0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6536 3122 2063 .module_src_g │ │ │ +0000b510: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 romacs_mdrun- │ │ │ +0000b520: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0000b530: 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e 733c gromacs_options< │ │ │ +0000b540: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>... │ │ │ +0000b730: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 .. │ │ │ +0000b760: 3c67 2069 643d 226e 6f64 6534 3222 2063 .module_src_g │ │ │ +0000b790: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ +0000b7a0: 6e6d 656e 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 nment.< │ │ │ +0000b7c0: 6120 786c 696e 6b3a 6872 6566 3d22 6772 a xlink:href="gr │ │ │ +0000b7d0: 6f75 705f 5f6d 6f64 756c 655f 5f74 6173 oup__module__tas │ │ │ +0000b7e0: 6b61 7373 6967 6e6d 656e 742e 7868 746d kassignment.xhtm │ │ │ +0000b7f0: 6c22 2074 6172 6765 743d 225f 746f 7022 l" target="_top" │ │ │ +0000b800: 2078 6c69 6e6b 3a74 6974 6c65 3d22 7461 xlink:title="ta │ │ │ +0000b810: 736b 6173 7369 676e 6d65 6e74 223e 0a3c skassignment">.< │ │ │ +0000b820: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2365 ellipse fill="#e │ │ │ +0000b830: 3563 6366 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 5ccff" stroke="b │ │ │ +0000b840: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3135 3539 2220 lack" cx="1559" │ │ │ +0000b850: 6379 3d22 2d35 3332 2e34 2220 7278 3d22 cy="-532.4" rx=" │ │ │ +0000b860: 3630 2e36 3222 2072 793d 2231 332e 3337 60.62" ry="13.37 │ │ │ +0000b870: 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 2d61 "/>.task │ │ │ +0000b8d0: 6173 7369 676e 6d65 6e74 3c2f 7465 7874 assignment... │ │ │ +0000b8f0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_grom │ │ │ +0000b970: 6163 735f 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 acs_mdrun-&g │ │ │ +0000b980: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +0000b990: 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 6e6d macs_taskassignm │ │ │ +0000b9a0: 656e 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ent..

....module_src_gro │ │ │ +0000bb20: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 macs_mdrun-& │ │ │ +0000bb30: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0000bb40: 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c 2f74 6974 omacs_ewald......modu │ │ │ +0000bca0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f68 le_src_gromacs_h │ │ │ +0000bcb0: 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 3e0a ardware. │ │ │ +0000bcc0: 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d 2223 .ha │ │ │ +0000bd70: 7264 7761 7265 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f rdware....mod │ │ │ +0000bdf0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000be00: 6d64 7275 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f mdrun->mo │ │ │ +0000be10: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000be20: 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 _hardware...... │ │ │ +0000c000: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000c010: 6373 5f6d 6472 756e 2623 3435 3b26 6774 cs_mdrun-> │ │ │ +0000c020: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0000c030: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ +0000c040: 6573 5f61 7768 3c2f 7469 746c 653e 0a3c es_awh.< │ │ │ +0000c050: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +0000c060: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +0000c070: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +0000c080: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3436 ay="5,2" d="M146 │ │ │ +0000c090: 372e 3436 2c2d 3636 322e 3432 4331 3331 7.46,-662.42C131 │ │ │ +0000c0a0: 322e 3031 2c2d 3637 392e 3638 2035 3839 2.01,-679.68 589 │ │ │ +0000c0b0: 2e35 322c 2d37 3539 2e39 3420 3431 392e .52,-759.94 419. │ │ │ +0000c0c0: 3039 2c2d 3737 382e 3837 222f 3e0a 3c70 09,-778.87"/>.

..< │ │ │ +0000c140: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0000c150: 726f 6d61 6373 5f72 6573 7472 6169 6e74 romacs_restraint │ │ │ +0000c160: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0000c170: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ +0000c180: 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 pes -->..modu │ │ │ +0000c1b0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 le_src_gromacs_r │ │ │ +0000c1c0: 6573 7472 6169 6e74 2623 3435 3b26 6774 estraint-> │ │ │ +0000c1d0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0000c1e0: 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 acs_mdtypes</tit │ │ │ +0000c1f0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +0000c200: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ +0000c210: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3934 372e fbfbf" d="M1947. │ │ │ +0000c220: 3039 2c2d 3630 382e 3643 3139 3134 2e33 09,-608.6C1914.3 │ │ │ +0000c230: 352c 2d36 3538 2e34 3320 3137 3833 2e35 5,-658.43 1783.5 │ │ │ +0000c240: 362c 2d38 3435 2e39 3520 3136 3232 2c2d 6,-845.95 1622,- │ │ │ +0000c250: 3932 332e 3035 2031 3535 362e 3839 2c2d 923.05 1556.89,- │ │ │ +0000c260: 3935 342e 3132 2031 3334 342e 3439 2c2d 954.12 1344.49,- │ │ │ +0000c270: 3936 362e 3031 2031 3234 382e 3636 2c2d 966.01 1248.66,- │ │ │ +0000c280: 3936 392e 3837 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 969.87"/>.<polyg │ │ │ +0000c290: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 on fill="#bfbfbf │ │ │ +0000c2a0: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 " stroke="#bfbfb │ │ │ +0000c2b0: 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3234 382e f" points="1248. │ │ │ +0000c2c0: 3532 2c2d 3936 362e 3338 2031 3233 382e 52,-966.38 1238. │ │ │ +0000c2d0: 3636 2c2d 3937 302e 3237 2031 3234 382e 66,-970.27 1248. │ │ │ +0000c2e0: 3739 2c2d 3937 332e 3337 2031 3234 382e 79,-973.37 1248. │ │ │ +0000c2f0: 3532 2c2d 3936 362e 3338 222f 3e0a 3c2f 52,-966.38"/>.</ │ │ │ +0000c300: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +0000c310: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 6573 7472 rc_gromacs_restr │ │ │ +0000c320: 6169 6e74 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 aint->mod │ │ │ +0000c330: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000c340: 646f 6d64 6563 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 domdec -->.<g id │ │ │ +0000c350: 3d22 6564 6765 3638 2220 636c 6173 733d ="edge68" class= │ │ │ +0000c360: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ +0000c370: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000c380: 735f 7265 7374 7261 696e 7426 2334 353b s_restraint- │ │ │ +0000c390: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000c3a0: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 romacs_domdec</t │ │ │ +0000c3b0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +0000c3c0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +0000c3d0: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ +0000c3e0: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ +0000c3f0: 643d 224d 3139 3235 2e32 342c 2d36 3033 d="M1925.24,-603 │ │ │ +0000c400: 2e33 3343 3138 3937 2e35 342c 2d36 3130 .33C1897.54,-610 │ │ │ +0000c410: 2e37 3920 3138 3535 2e38 372c 2d36 3234 .79 1855.87,-624 │ │ │ +0000c420: 2e33 3220 3138 3234 2c2d 3634 342e 3720 .32 1824,-644.7 │ │ │ +0000c430: 3138 3132 2e31 2c2d 3635 322e 3331 2031 1812.1,-652.31 1 │ │ │ +0000c440: 3734 342e 3131 2c2d 3732 342e 3538 2031 744.11,-724.58 1 │ │ │ +0000c450: 3733 342c 2d37 3334 2e34 3420 3136 3735 734,-734.44 1675 │ │ │ +0000c460: 2e39 382c 2d37 3930 2e39 3920 3136 3733 .98,-790.99 1673 │ │ │ +0000c470: 2e30 392c 2d38 3231 2e33 2031 3630 322c .09,-821.3 1602, │ │ │ +0000c480: 2d38 3630 2e31 3820 3135 3533 2e34 392c -860.18 1553.49, │ │ │ +0000c490: 2d38 3836 2e37 3220 3134 3930 2e34 332c -886.72 1490.43, │ │ │ +0000c4a0: 2d38 3938 2e39 2031 3434 382e 3636 2c2d -898.9 1448.66,- │ │ │ +0000c4b0: 3930 342e 3337 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 904.37"/>.<polyg │ │ │ +0000c4c0: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 on fill="#282fcc │ │ │ +0000c4d0: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 " stroke="#282fc │ │ │ +0000c4e0: 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 3434 382e c" points="1448. │ │ │ +0000c4f0: 3031 2c2d 3930 302e 3932 2031 3433 382e 01,-900.92 1438. │ │ │ +0000c500: 3532 2c2d 3930 352e 3632 2031 3434 382e 52,-905.62 1448. │ │ │ +0000c510: 3837 2c2d 3930 372e 3837 2031 3434 382e 87,-907.87 1448. │ │ │ +0000c520: 3031 2c2d 3930 302e 3932 222f 3e0a 3c2f 01,-900.92"/>.</ │ │ │ +0000c530: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +0000c540: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 6573 7472 rc_gromacs_restr │ │ │ +0000c550: 6169 6e74 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 aint->mod │ │ │ +0000c560: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000c570: 676d 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 gmxlib -->.<g id │ │ │ +0000c580: 3d22 6564 6765 3639 2220 636c 6173 733d ="edge69" class= │ │ │ +0000c590: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ +0000c5a0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000c5b0: 735f 7265 7374 7261 696e 7426 2334 353b s_restraint- │ │ │ +0000c5c0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000c5d0: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 romacs_gmxlib</t │ │ │ +0000c5e0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +0000c5f0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +0000c600: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3936 #bfbfbf" d="M196 │ │ │ +0000c610: 312e 3637 2c2d 3538 312e 3839 4331 3937 1.67,-581.89C197 │ │ │ +0000c620: 332e 3934 2c2d 3535 372e 3531 2031 3939 3.94,-557.51 199 │ │ │ +0000c630: 372e 3631 2c2d 3530 312e 3635 2031 3938 7.61,-501.65 198 │ │ │ +0000c640: 342c 2d34 3536 2e30 3920 3139 3435 2e37 4,-456.09 1945.7 │ │ │ +0000c650: 332c 2d33 3238 2e30 3120 3139 3332 2e35 3,-328.01 1932.5 │ │ │ +0000c660: 342c 2d32 3735 2e31 3720 3138 3139 2c2d 4,-275.17 1819,- │ │ │ +0000c670: 3230 342e 3631 2031 3736 302e 3732 2c2d 204.61 1760.72,- │ │ │ +0000c680: 3136 382e 3339 2031 3535 352e 3037 2c2d 168.39 1555.07,- │ │ │ +0000c690: 3135 392e 3232 2031 3436 352e 3833 2c2d 159.22 1465.83,- │ │ │ +0000c6a0: 3135 362e 3933 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 156.93"/>.<polyg │ │ │ +0000c6b0: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 on fill="#bfbfbf │ │ │ +0000c6c0: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 " stroke="#bfbfb │ │ │ +0000c6d0: 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3436 352e f" points="1465. │ │ │ +0000c6e0: 3838 2c2d 3135 332e 3433 2031 3435 352e 88,-153.43 1455. │ │ │ +0000c6f0: 382c 2d31 3536 2e36 3820 3134 3635 2e37 8,-156.68 1465.7 │ │ │ +0000c700: 312c 2d31 3630 2e34 3220 3134 3635 2e38 1,-160.42 1465.8 │ │ │ +0000c710: 382c 2d31 3533 2e34 3322 2f3e 0a3c 2f67 8,-153.43"/>.</g │ │ │ +0000c720: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +0000c730: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d69 6d69 6326 c_gromacs_mimic& │ │ │ +0000c740: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0000c750: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 rc_gromacs_mdlib │ │ │ +0000c760: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ +0000c770: 3731 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 71" class="edge" │ │ │ +0000c780: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ +0000c790: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d69 6d69 src_gromacs_mimi │ │ │ +0000c7a0: 6326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 c->module │ │ │ +0000c7b0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c _src_gromacs_mdl │ │ │ +0000c7c0: 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ib......module_src_grom │ │ │ +0000c970: 6163 735f 616e 616c 7973 6973 6461 7461 acs_analysisdata │ │ │ +0000c980: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0000c990: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 src_gromacs_file │ │ │ +0000c9a0: 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 io..

....modu │ │ │ +0000cd10: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +0000cd20: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 odularsimulator& │ │ │ +0000cd30: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0000cd40: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 rc_gromacs_compa │ │ │ +0000cd50: 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 t....< │ │ │ +0000ced0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0000cee0: 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 romacs_modularsi │ │ │ +0000cef0: 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b mulator-> │ │ │ +0000cf00: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000cf10: 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d 3e0a 3c67 cs_fileio -->..module_src_gro │ │ │ +0000cf50: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ +0000cf60: 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f lator->mo │ │ │ +0000cf70: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000cf80: 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a _fileio. │ │ │ +0000cf90: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....modu │ │ │ +0000d0e0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +0000d0f0: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 odularsimulator& │ │ │ +0000d100: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0000d110: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e rc_gromacs_mdrun │ │ │ +0000d120: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......mod │ │ │ +0000d2a0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000d2b0: 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 modularsimulator │ │ │ +0000d2c0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0000d2d0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c src_gromacs_pull │ │ │ +0000d2e0: 696e 673c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ing......m │ │ │ +0000d450: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000d460: 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 s_modularsimulat │ │ │ +0000d470: 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c or->modul │ │ │ +0000d480: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f e_src_gromacs_do │ │ │ +0000d490: 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 mdec......modul │ │ │ +0000d640: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f e_src_gromacs_mo │ │ │ +0000d650: 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 dularsimulator&# │ │ │ +0000d660: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0000d670: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ +0000d680: 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tility.< │ │ │ +0000d690: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +0000d6a0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +0000d6b0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +0000d6c0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d39 3437 ay="5,2" d="M947 │ │ │ +0000d6d0: 2e35 382c 2d36 3037 2e35 3543 3938 362e .58,-607.55C986. │ │ │ +0000d6e0: 3832 2c2d 3632 332e 3831 2031 3036 322e 82,-623.81 1062. │ │ │ +0000d6f0: 3838 2c2d 3635 332e 3834 2031 3133 302c 88,-653.84 1130, │ │ │ +0000d700: 2d36 3731 2e35 3720 3132 3038 2e31 382c -671.57 1208.18, │ │ │ +0000d710: 2d36 3932 2e32 3220 3133 3030 2e39 382c -692.22 1300.98, │ │ │ +0000d720: 2d37 3036 2e32 3420 3133 3537 2e39 332c -706.24 1357.93, │ │ │ +0000d730: 2d37 3133 2e36 3822 2f3e 0a3c 706f 6c79 -713.68"/>..< │ │ │ +0000d7b0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>..< │ │ │ +0000d9c0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3738 2220 636c g id="edge78" cl │ │ │ +0000d9d0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ +0000d9f0: 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 7273 696d omacs_modularsim │ │ │ +0000da00: 756c 6174 6f72 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulator->m │ │ │ +0000da10: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000da20: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 s_commandline......module │ │ │ +0000dc50: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 _src_gromacs_mod │ │ │ +0000dc60: 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 2334 ularsimulator │ │ │ +0000dc70: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +0000dc80: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f _gromacs_mdlib</ │ │ │ +0000dc90: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +0000dca0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +0000dcb0: 2272 6564 2220 643d 224d 3932 372e 3534 "red" d="M927.54 │ │ │ +0000dcc0: 2c2d 3538 312e 3838 4339 3332 2e33 312c ,-581.88C932.31, │ │ │ +0000dcd0: 2d35 3732 2e33 2039 3338 2e35 322c 2d35 -572.3 938.52,-5 │ │ │ +0000dce0: 3538 2e35 3620 3934 322c 2d35 3435 2e38 58.56 942,-545.8 │ │ │ +0000dcf0: 3320 3936 372e 3435 2c2d 3435 322e 3733 3 967.45,-452.73 │ │ │ +0000dd00: 2039 3238 2e31 382c 2d34 3137 2e38 3120 928.18,-417.81 │ │ │ +0000dd10: 3936 392c 2d33 3330 2e33 3520 3937 342e 969,-330.35 974. │ │ │ +0000dd20: 3438 2c2d 3331 382e 3631 2039 3833 2e38 48,-318.61 983.8 │ │ │ +0000dd30: 382c 2d33 3037 2e38 2039 3932 2e36 382c 8,-307.8 992.68, │ │ │ +0000dd40: 2d32 3939 2e33 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 -299.39"/>.<poly │ │ │ +0000dd50: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 2073 gon fill="red" s │ │ │ +0000dd60: 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f 696e troke="red" poin │ │ │ +0000dd70: 7473 3d22 3939 352e 3037 2c2d 3330 312e ts="995.07,-301. │ │ │ +0000dd80: 3935 2031 3030 302e 3134 2c2d 3239 322e 95 1000.14,-292. │ │ │ +0000dd90: 3635 2039 3930 2e33 372c 2d32 3936 2e37 65 990.37,-296.7 │ │ │ +0000dda0: 3520 3939 352e 3037 2c2d 3330 312e 3935 5 995.07,-301.95 │ │ │ +0000ddb0: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +0000ddc0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000ddd0: 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f _modularsimulato │ │ │ +0000dde0: 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 r->module │ │ │ +0000ddf0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ +0000de00: 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 lib -->.<g id="e │ │ │ +0000de10: 6467 6537 3722 2063 6c61 7373 3d22 6564 dge77" class="ed │ │ │ +0000de20: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +0000de30: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +0000de40: 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 odularsimulator& │ │ │ +0000de50: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0000de60: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 rc_gromacs_gmxli │ │ │ +0000de70: 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 b...... │ │ │ +0000e020: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +0000e030: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f 6475 6c61 c_gromacs_modula │ │ │ +0000e040: 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 3435 3b26 rsimulator-& │ │ │ +0000e050: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0000e060: 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 omacs_listed_for │ │ │ +0000e070: 6365 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ces....< │ │ │ +0000e1a0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0000e1b0: 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 romacs_modularsi │ │ │ +0000e1c0: 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b mulator-> │ │ │ +0000e1d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000e1e0: 6373 5f72 616e 646f 6d20 2d2d 3e0a 3c67 cs_random -->..module_src_gro │ │ │ +0000e220: 6d61 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 macs_modularsimu │ │ │ +0000e230: 6c61 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f lator->mo │ │ │ +0000e240: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000e250: 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a _random. │ │ │ +0000e260: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .< │ │ │ +0000e350: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 626c polygon fill="bl │ │ │ +0000e360: 6163 6b22 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 ack" stroke="bla │ │ │ +0000e370: 636b 2220 706f 696e 7473 3d22 3334 392e ck" points="349. │ │ │ +0000e380: 3936 2c2d 3232 392e 3031 2033 3339 2e33 96,-229.01 339.3 │ │ │ +0000e390: 382c 2d32 3238 2e33 3420 3334 372e 3234 8,-228.34 347.24 │ │ │ +0000e3a0: 2c2d 3233 352e 3436 2033 3439 2e39 362c ,-235.46 349.96, │ │ │ +0000e3b0: 2d32 3239 2e30 3122 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -229.01"/>.. │ │ │ +0000e3c0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f .. │ │ │ +0000e650: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000e660: 6373 5f6d 6f64 756c 6172 7369 6d75 6c61 cs_modularsimula │ │ │ +0000e670: 746f 7226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 tor->modu │ │ │ +0000e680: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +0000e690: 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e 743c 2f74 askassignment</t │ │ │ +0000e6a0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +0000e6b0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +0000e6c0: 7265 6422 2064 3d22 4d39 3732 2e36 372c red" d="M972.67, │ │ │ +0000e6d0: 2d35 3837 2e30 3343 3938 362e 3431 2c2d -587.03C986.41,- │ │ │ +0000e6e0: 3538 352e 3231 2031 3030 312e 3236 2c2d 585.21 1001.26,- │ │ │ +0000e6f0: 3538 332e 3335 2031 3031 352c 2d35 3831 583.35 1015,-581 │ │ │ +0000e700: 2e38 3320 3131 3836 2e37 352c 2d35 3632 .83 1186.75,-562 │ │ │ +0000e710: 2e38 3320 3133 3839 2e36 352c 2d35 3436 .83 1389.65,-546 │ │ │ +0000e720: 2e33 3420 3134 3932 2e33 322c 2d35 3338 .34 1492.32,-538 │ │ │ +0000e730: 2e34 3122 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .41"/>.<polygon │ │ │ +0000e740: 6669 6c6c 3d22 7265 6422 2073 7472 6f6b fill="red" strok │ │ │ +0000e750: 653d 2272 6564 2220 706f 696e 7473 3d22 e="red" points=" │ │ │ +0000e760: 3134 3932 2e38 332c 2d35 3431 2e38 3820 1492.83,-541.88 │ │ │ +0000e770: 3135 3032 2e35 332c 2d35 3337 2e36 3220 1502.53,-537.62 │ │ │ +0000e780: 3134 3932 2e33 2c2d 3533 342e 3920 3134 1492.3,-534.9 14 │ │ │ +0000e790: 3932 2e38 332c 2d35 3431 2e38 3822 2f3e 92.83,-541.88"/> │ │ │ +0000e7a0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ +0000e7b0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d6f e_src_gromacs_mo │ │ │ +0000e7c0: 6475 6c61 7273 696d 756c 6174 6f72 2623 dularsimulator&# │ │ │ +0000e7d0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0000e7e0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 6420 c_gromacs_ewald │ │ │ +0000e7f0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6537 -->.<g id="edge7 │ │ │ +0000e800: 3922 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 9" class="edge"> │ │ │ +0000e810: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +0000e820: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6f64 756c rc_gromacs_modul │ │ │ +0000e830: 6172 7369 6d75 6c61 746f 7226 2334 353b arsimulator- │ │ │ +0000e840: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000e850: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 3c2f 7469 romacs_ewald</ti │ │ │ +0000e860: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +0000e870: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 "none" stroke="r │ │ │ +0000e880: 6564 2220 643d 224d 3937 312e 3634 2c2d ed" d="M971.64,- │ │ │ +0000e890: 3538 362e 3733 4339 3835 2e36 362c 2d35 586.73C985.66,-5 │ │ │ +0000e8a0: 3834 2e38 3720 3130 3030 2e39 2c2d 3538 84.87 1000.9,-58 │ │ │ +0000e8b0: 332e 3036 2031 3031 352c 2d35 3831 2e38 3.06 1015,-581.8 │ │ │ +0000e8c0: 3320 3131 3038 2e31 382c 2d35 3733 2e36 3 1108.18,-573.6 │ │ │ +0000e8d0: 3920 3137 3638 2e37 392c 2d35 3739 2e36 9 1768.79,-579.6 │ │ │ +0000e8e0: 3320 3138 3536 2c2d 3534 352e 3833 2031 3 1856,-545.83 1 │ │ │ +0000e8f0: 3838 352e 3938 2c2d 3533 342e 3231 2031 885.98,-534.21 1 │ │ │ +0000e900: 3931 332e 322c 2d35 3038 2e33 2031 3932 913.2,-508.3 192 │ │ │ +0000e910: 392e 3637 2c2d 3439 302e 3133 222f 3e0a 9.67,-490.13"/>. │ │ │ +0000e920: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 <polygon fill="r │ │ │ +0000e930: 6564 2220 7374 726f 6b65 3d22 7265 6422 ed" stroke="red" │ │ │ +0000e940: 2070 6f69 6e74 733d 2231 3933 322e 3439 points="1932.49 │ │ │ +0000e950: 2c2d 3439 322e 3233 2031 3933 362e 3435 ,-492.23 1936.45 │ │ │ +0000e960: 2c2d 3438 322e 3431 2031 3932 372e 3233 ,-482.41 1927.23 │ │ │ +0000e970: 2c2d 3438 372e 3631 2031 3933 322e 3439 ,-487.61 1932.49 │ │ │ +0000e980: 2c2d 3439 322e 3233 222f 3e0a 3c2f 673e ,-492.23"/>.</g> │ │ │ +0000e990: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ +0000e9a0: 5f67 726f 6d61 6373 5f70 756c 6c69 6e67 _gromacs_pulling │ │ │ +0000e9b0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0000e9c0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ +0000e9d0: 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 pes -->.<g id="e │ │ │ +0000e9e0: 6467 6539 3522 2063 6c61 7373 3d22 6564 dge95" class="ed │ │ │ +0000e9f0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +0000ea00: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 le_src_gromacs_p │ │ │ +0000ea10: 756c 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d ulling->m │ │ │ +0000ea20: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000ea30: 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 s_mdtypes...... │ │ │ +0000ec00: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +0000ec10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7075 6c6c 696e c_gromacs_pullin │ │ │ +0000ec20: 6726 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 g->module │ │ │ +0000ec30: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c _src_gromacs_fil │ │ │ +0000ec40: 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 eio.... │ │ │ +0000ed50: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module │ │ │ +0000edc0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 756c _src_gromacs_pul │ │ │ +0000edd0: 6c69 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 ling->mod │ │ │ +0000ede0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000edf0: 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e 0a3c domdec.< │ │ │ +0000ee00: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +0000ee10: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +0000ee20: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +0000ee30: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d38 3433 ay="5,2" d="M843 │ │ │ +0000ee40: 2e39 332c 2d35 3435 2e38 3243 3834 302e .93,-545.82C840. │ │ │ +0000ee50: 3736 2c2d 3536 312e 3334 2038 3337 2e34 76,-561.34 837.4 │ │ │ +0000ee60: 392c 2d35 3838 2e33 3320 3834 372c 2d36 9,-588.33 847,-6 │ │ │ +0000ee70: 3038 2e37 2038 3537 2e35 352c 2d36 3331 08.7 857.55,-631 │ │ │ +0000ee80: 2e32 3820 3837 332e 3239 2c2d 3632 362e .28 873.29,-626. │ │ │ +0000ee90: 3220 3839 302c 2d36 3434 2e37 2039 3238 2 890,-644.7 928 │ │ │ +0000eea0: 2e37 372c 2d36 3837 2e36 3220 3938 362e .77,-687.62 986. │ │ │ +0000eeb0: 3738 2c2d 3832 392e 3820 3130 3336 2c2d 78,-829.8 1036,- │ │ │ +0000eec0: 3836 302e 3138 2031 3036 332e 3036 2c2d 860.18 1063.06,- │ │ │ +0000eed0: 3837 362e 3839 2031 3236 372e 3138 2c2d 876.89 1267.18,- │ │ │ +0000eee0: 3839 362e 3633 2031 3335 392e 3232 2c2d 896.63 1359.22,- │ │ │ +0000eef0: 3930 342e 3739 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 904.79"/>....< │ │ │ +0000efc0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3934 2220 636c g id="edge94" cl │ │ │ +0000efd0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.module_src_gr │ │ │ +0000eff0: 6f6d 6163 735f 7075 6c6c 696e 6726 2334 omacs_pulling │ │ │ +0000f000: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +0000f010: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 _gromacs_mdrunut │ │ │ +0000f020: 696c 6974 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ility.

.....mod │ │ │ +0000f1f0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000f200: 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b 2667 743b pulling-> │ │ │ +0000f210: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000f220: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f cs_commandline</ │ │ │ +0000f230: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +0000f240: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +0000f250: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 "black" stroke-d │ │ │ +0000f260: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +0000f270: 3d22 4d38 3232 2e34 2c2d 3532 332e 3932 ="M822.4,-523.92 │ │ │ +0000f280: 4337 3938 2e32 312c 2d35 3135 2e39 3320 C798.21,-515.93 │ │ │ +0000f290: 3736 302e 3833 2c2d 3530 312e 3831 2037 760.83,-501.81 7 │ │ │ +0000f2a0: 3332 2c2d 3438 322e 3936 2035 3936 2e30 32,-482.96 596.0 │ │ │ +0000f2b0: 392c 2d33 3934 2e31 3220 3533 312e 3039 9,-394.12 531.09 │ │ │ +0000f2c0: 2c2d 3338 302e 3636 2034 3637 2c2d 3233 ,-380.66 467,-23 │ │ │ +0000f2d0: 312e 3438 2034 3632 2e32 392c 2d32 3230 1.48 462.29,-220 │ │ │ +0000f2e0: 2e35 3120 3436 302e 3733 2c2d 3231 342e .51 460.73,-214. │ │ │ +0000f2f0: 3738 2034 3637 2c2d 3230 342e 3631 2034 78 467,-204.61 4 │ │ │ +0000f300: 3939 2e36 332c 2d31 3531 2e36 3720 3533 99.63,-151.67 53 │ │ │ +0000f310: 312e 3835 2c2d 3135 372e 3532 2035 3932 1.85,-157.52 592 │ │ │ +0000f320: 2c2d 3134 312e 3734 2037 3736 2e32 362c ,-141.74 776.26, │ │ │ +0000f330: 2d39 332e 3431 2031 3336 352e 3938 2c2d -93.41 1365.98,- │ │ │ +0000f340: 3931 2e39 3620 3135 3539 2e36 392c 2d39 91.96 1559.69,-9 │ │ │ +0000f350: 322e 3835 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2.85"/>.<polygon │ │ │ +0000f360: 2066 696c 6c3d 2262 6c61 636b 2220 7374 fill="black" st │ │ │ +0000f370: 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2070 6f69 roke="black" poi │ │ │ +0000f380: 6e74 733d 2231 3535 392e 3639 2c2d 3936 nts="1559.69,-96 │ │ │ +0000f390: 2e33 3520 3135 3639 2e37 312c 2d39 322e .35 1569.71,-92. │ │ │ +0000f3a0: 3920 3135 3539 2e37 322c 2d38 392e 3335 9 1559.72,-89.35 │ │ │ +0000f3b0: 2031 3535 392e 3639 2c2d 3936 2e33 3522 1559.69,-96.35" │ │ │ +0000f3c0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +0000f3d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000f3e0: 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b 2667 743b pulling-> │ │ │ +0000f3f0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000f400: 6373 5f6d 646c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 cs_mdlib -->.<g │ │ │ +0000f410: 6964 3d22 6564 6765 3933 2220 636c 6173 id="edge93" clas │ │ │ +0000f420: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +0000f430: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +0000f440: 6163 735f 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b acs_pulling- │ │ │ +0000f450: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000f460: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 romacs_mdlib</ti │ │ │ +0000f470: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +0000f480: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +0000f490: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3835 332e bfbfbf" d="M853. │ │ │ +0000f4a0: 3834 2c2d 3531 382e 3937 4338 3634 2e38 84,-518.97C864.8 │ │ │ +0000f4b0: 352c 2d34 3938 2e36 3720 3838 362e 3831 5,-498.67 886.81 │ │ │ +0000f4c0: 2c2d 3435 362e 3936 2039 3032 2c2d 3432 ,-456.96 902,-42 │ │ │ +0000f4d0: 302e 3039 2039 3138 2e30 322c 2d33 3831 0.09 918.02,-381 │ │ │ +0000f4e0: 2e32 3120 3930 352e 3536 2c2d 3336 332e .21 905.56,-363. │ │ │ +0000f4f0: 3035 2039 3332 2c2d 3333 302e 3335 2039 05 932,-330.35 9 │ │ │ +0000f500: 3435 2e32 312c 2d33 3134 2e30 3120 3936 45.21,-314.01 96 │ │ │ +0000f510: 352e 3531 2c2d 3330 312e 3936 2039 3832 5.51,-301.96 982 │ │ │ +0000f520: 2e36 2c2d 3239 332e 3937 222f 3e0a 3c70 .6,-293.97"/>.<p │ │ │ +0000f530: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 olygon fill="#bf │ │ │ +0000f540: 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 bfbf" stroke="#b │ │ │ +0000f550: 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2239 fbfbf" points="9 │ │ │ +0000f560: 3834 2e34 382c 2d32 3936 2e39 3620 3939 84.48,-296.96 99 │ │ │ +0000f570: 322e 3232 2c2d 3238 392e 3733 2039 3831 2.22,-289.73 981 │ │ │ +0000f580: 2e36 362c 2d32 3930 2e35 3620 3938 342e .66,-290.56 984. │ │ │ +0000f590: 3438 2c2d 3239 362e 3936 222f 3e0a 3c2f 48,-296.96"/>.</ │ │ │ +0000f5a0: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +0000f5b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 756c 6c69 rc_gromacs_pulli │ │ │ +0000f5c0: 6e67 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ng->modul │ │ │ +0000f5d0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +0000f5e0: 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 xlib -->.<g id=" │ │ │ +0000f5f0: 6564 6765 3932 2220 636c 6173 733d 2265 edge92" class="e │ │ │ +0000f600: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +0000f610: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0000f620: 7075 6c6c 696e 6726 2334 353b 2667 743b pulling-> │ │ │ +0000f630: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000f640: 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 cs_gmxlib..< │ │ │ +0000f780: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ +0000f790: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ +0000f7a0: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ +0000f7b0: 3133 3832 2e33 392c 2d31 3630 2e39 3620 1382.39,-160.96 │ │ │ +0000f7c0: 3133 3932 2e32 362c 2d31 3537 2e31 3120 1392.26,-157.11 │ │ │ +0000f7d0: 3133 3832 2e31 342c 2d31 3533 2e39 3620 1382.14,-153.96 │ │ │ +0000f7e0: 3133 3832 2e33 392c 2d31 3630 2e39 3622 1382.39,-160.96" │ │ │ +0000f7f0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />....m │ │ │ +0000f840: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0000f850: 735f 7461 626c 6573 3c2f 7469 746c 653e s_tables │ │ │ +0000f860: 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3134 ...t │ │ │ +0000f970: 6162 6c65 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 ables......mo │ │ │ +0000fcd0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0000fce0: 5f74 6162 6c65 7326 2334 353b 2667 743b _tables-> │ │ │ +0000fcf0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0000fd00: 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 cs_fileio......module_src_gro │ │ │ +0000ff30: 6d61 6373 5f74 6162 6c65 7326 2334 353b macs_tables- │ │ │ +0000ff40: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0000ff50: 726f 6d61 6373 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 romacs_mdspan..< │ │ │ +0000ffe0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +0000fff0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +00010000: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +00010010: 3732 322e 3734 2c2d 3136 342e 3339 2037 722.74,-164.39 7 │ │ │ +00010020: 3132 2e31 352c 2d31 3634 2e36 3420 3732 12.15,-164.64 72 │ │ │ +00010030: 302e 3538 2c2d 3137 312e 3035 2037 3232 0.58,-171.05 722 │ │ │ +00010040: 2e37 342c 2d31 3634 2e33 3922 2f3e 0a3c .74,-164.39"/>.< │ │ │ +00010050: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...module │ │ │ +000100a0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f _src_gromacs_too │ │ │ +000100b0: 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 ls..tools....module_src_gr │ │ │ +000101f0: 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b omacs_tools- │ │ │ +00010200: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00010210: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f romacs_mdtypes.... │ │ │ +00010380: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3130 3122 ..< │ │ │ +000103a0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +000103b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 _gromacs_tools&# │ │ │ +000103c0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000103d0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ +000103e0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ... │ │ │ +000104f0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_ │ │ │ +00010560: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f 6f6c src_gromacs_tool │ │ │ +00010570: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00010580: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ +00010590: 756e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 un..

│ │ │ +000106e0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....modu │ │ │ +00010750: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +00010760: 6f6f 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 ools->mod │ │ │ +00010770: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00010780: 6666 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 fft......mo │ │ │ +00010960: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00010970: 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d _tools->m │ │ │ +00010980: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00010990: 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 733c s_gmxpreprocess< │ │ │ +000109a0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +000109b0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +000109c0: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 ="#bfbfbf" d="M1 │ │ │ +000109d0: 3231 382e 3334 2c2d 3131 3531 2e35 4331 218.34,-1151.5C1 │ │ │ +000109e0: 3233 392e 3838 2c2d 3131 3431 2e39 3320 239.88,-1141.93 │ │ │ +000109f0: 3132 3735 2e31 352c 2d31 3132 362e 3236 1275.15,-1126.26 │ │ │ +00010a00: 2031 3330 312e 3436 2c2d 3131 3134 2e35 1301.46,-1114.5 │ │ │ +00010a10: 3722 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 7"/>.<polygon fi │ │ │ +00010a20: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ +00010a30: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ +00010a40: 696e 7473 3d22 3133 3032 2e39 392c 2d31 ints="1302.99,-1 │ │ │ +00010a50: 3131 372e 3732 2031 3331 302e 3731 2c2d 117.72 1310.71,- │ │ │ +00010a60: 3131 3130 2e34 3620 3133 3030 2e31 352c 1110.46 1300.15, │ │ │ +00010a70: 2d31 3131 312e 3333 2031 3330 322e 3939 -1111.33 1302.99 │ │ │ +00010a80: 2c2d 3131 3137 2e37 3222 2f3e 0a3c 2f67 ,-1117.72"/>.</g │ │ │ +00010a90: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +00010aa0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 7326 c_gromacs_tools& │ │ │ +00010ab0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00010ac0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 rc_gromacs_comma │ │ │ +00010ad0: 6e64 6c69 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 ndline -->.<g id │ │ │ +00010ae0: 3d22 6564 6765 3939 2220 636c 6173 733d ="edge99" class= │ │ │ +00010af0: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ +00010b00: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00010b10: 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b 2667 743b s_tools-> │ │ │ +00010b20: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00010b30: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f cs_commandline</ │ │ │ +00010b40: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00010b50: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00010b60: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 "black" stroke-d │ │ │ +00010b70: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00010b80: 3d22 4d31 3232 362e 3137 2c2d 3131 3630 ="M1226.17,-1160 │ │ │ +00010b90: 2e33 3143 3134 3037 2e31 342c 2d31 3136 .31C1407.14,-116 │ │ │ +00010ba0: 312e 3336 2032 3433 312c 2d31 3136 312e 1.36 2431,-1161. │ │ │ +00010bb0: 3737 2032 3433 312c 2d31 3033 362e 3336 77 2431,-1036.36 │ │ │ +00010bc0: 2032 3433 312c 2d31 3033 362e 3336 2032 2431,-1036.36 2 │ │ │ +00010bd0: 3433 312c 2d31 3033 362e 3336 2032 3433 431,-1036.36 243 │ │ │ +00010be0: 312c 2d32 3137 2e30 3520 3234 3331 2c2d 1,-217.05 2431,- │ │ │ +00010bf0: 3230 392e 3132 2032 3432 322e 3338 2c2d 209.12 2422.38,- │ │ │ +00010c00: 3137 342e 3420 3233 3336 2c2d 3134 312e 174.4 2336,-141. │ │ │ +00010c10: 3734 2032 3230 342e 3231 2c2d 3931 2e39 74 2204.21,-91.9 │ │ │ +00010c20: 3220 3138 3433 2e31 322c 2d31 3230 2e34 2 1843.12,-120.4 │ │ │ +00010c30: 3520 3137 3033 2c2d 3130 352e 3734 2031 5 1703,-105.74 1 │ │ │ +00010c40: 3639 332e 3535 2c2d 3130 342e 3735 2031 693.55,-104.75 1 │ │ │ +00010c50: 3638 332e 3531 2c2d 3130 332e 3433 2031 683.51,-103.43 1 │ │ │ +00010c60: 3637 332e 3835 2c2d 3130 322e 3032 222f 673.85,-102.02"/ │ │ │ +00010c70: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ +00010c80: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 3d22 "black" stroke=" │ │ │ +00010c90: 626c 6163 6b22 2070 6f69 6e74 733d 2231 black" points="1 │ │ │ +00010ca0: 3637 342e 3335 2c2d 3938 2e35 3520 3136 674.35,-98.55 16 │ │ │ +00010cb0: 3633 2e39 342c 2d31 3030 2e35 3220 3136 63.94,-100.52 16 │ │ │ +00010cc0: 3733 2e33 312c 2d31 3035 2e34 3820 3136 73.31,-105.48 16 │ │ │ +00010cd0: 3734 2e33 352c 2d39 382e 3535 222f 3e0a 74.35,-98.55"/>. │ │ │ +00010ce0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00010cf0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6f6f _src_gromacs_too │ │ │ +00010d00: 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ls->modul │ │ │ +00010d10: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00010d20: 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 lib -->.<g id="e │ │ │ +00010d30: 6467 6531 3038 2220 636c 6173 733d 2265 dge108" class="e │ │ │ +00010d40: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +00010d50: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00010d60: 746f 6f6c 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f tools->mo │ │ │ +00010d70: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00010d80: 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdlib.< │ │ │ +00010d90: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00010da0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +00010db0: 2220 643d 224d 3131 3732 2e31 332c 2d31 " d="M1172.13,-1 │ │ │ +00010dc0: 3135 392e 3039 4331 3032 322e 3532 2c2d 159.09C1022.52,- │ │ │ +00010dd0: 3131 3533 2e32 3320 3239 362e 3532 2c2d 1153.23 296.52,- │ │ │ +00010de0: 3131 3231 2e31 3620 3233 322c 2d31 3034 1121.16 232,-104 │ │ │ +00010df0: 382e 3739 2032 3036 2e33 362c 2d31 3032 8.79 206.36,-102 │ │ │ +00010e00: 302e 3032 2031 3236 2e30 382c 2d31 3232 0.02 126.08,-122 │ │ │ +00010e10: 352e 3637 2032 3634 2c2d 3833 332e 3331 5.67 264,-833.31 │ │ │ +00010e20: 2033 3235 2e33 352c 2d36 3538 2e37 3920 325.35,-658.79 │ │ │ +00010e30: 3433 312e 3335 2c2d 3637 332e 3734 2035 431.35,-673.74 5 │ │ │ +00010e40: 3635 2c2d 3534 352e 3833 2035 3932 2e34 65,-545.83 592.4 │ │ │ +00010e50: 372c 2d35 3139 2e35 3520 3539 372e 3738 7,-519.55 597.78 │ │ │ +00010e60: 2c2d 3531 312e 3431 2036 3233 2c2d 3438 ,-511.41 623,-48 │ │ │ +00010e70: 322e 3936 2036 3832 2e31 312c 2d34 3136 2.96 682.11,-416 │ │ │ +00010e80: 2e32 3920 3637 352e 3837 2c2d 3337 342e .29 675.87,-374. │ │ │ +00010e90: 3936 2037 3533 2c2d 3333 302e 3335 2038 96 753,-330.35 8 │ │ │ +00010ea0: 3233 2e38 372c 2d32 3839 2e33 3620 3932 23.87,-289.36 92 │ │ │ +00010eb0: 322e 3038 2c2d 3238 312e 3934 2039 3735 2.08,-281.94 975 │ │ │ +00010ec0: 2e35 342c 2d32 3831 2e32 3322 2f3e 0a3c .54,-281.23"/>.< │ │ │ +00010ed0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ +00010ee0: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ +00010ef0: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ +00010f00: 3937 352e 3634 2c2d 3238 342e 3733 2039 975.64,-284.73 9 │ │ │ +00010f10: 3835 2e36 322c 2d32 3831 2e31 3720 3937 85.62,-281.17 97 │ │ │ +00010f20: 352e 362c 2d32 3737 2e37 3320 3937 352e 5.6,-277.73 975. │ │ │ +00010f30: 3634 2c2d 3238 342e 3733 222f 3e0a 3c2f 64,-284.73"/>....modu │ │ │ +00010fb0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +00010fc0: 6f6f 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 ools->mod │ │ │ +00010fd0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00010fe0: 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c gmxlib.< │ │ │ +00010ff0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00011000: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +00011010: 2220 643d 224d 3131 3732 2e33 342c 2d31 " d="M1172.34,-1 │ │ │ +00011020: 3135 382e 3943 3130 3330 2e31 372c 2d31 158.9C1030.17,-1 │ │ │ +00011030: 3135 322e 3531 2033 3636 2e31 372c 2d31 152.51 366.17,-1 │ │ │ +00011040: 3132 322e 3137 2033 3234 2c2d 3131 3131 122.17 324,-1111 │ │ │ +00011050: 2e36 3620 3235 392e 3338 2c2d 3130 3935 .66 259.38,-1095 │ │ │ +00011060: 2e35 3620 3232 352e 3339 2c2d 3131 3033 .56 225.39,-1103 │ │ │ +00011070: 2e38 3920 3138 382c 2d31 3034 382e 3739 .89 188,-1048.79 │ │ │ +00011080: 2031 3337 2e37 352c 2d39 3734 2e37 3420 137.75,-974.74 │ │ │ +00011090: 3137 372c 2d39 3337 2e32 3320 3137 372c 177,-937.23 177, │ │ │ +000110a0: 2d38 3437 2e37 3520 3137 372c 2d38 3437 -847.75 177,-847 │ │ │ +000110b0: 2e37 3520 3137 372c 2d38 3437 2e37 3520 .75 177,-847.75 │ │ │ +000110c0: 3137 372c 2d36 3537 2e31 3420 3137 372c 177,-657.14 177, │ │ │ +000110d0: 2d34 3333 2e33 3220 3330 302e 3833 2c2d -433.32 300.83,- │ │ │ +000110e0: 3337 372e 3032 2034 3936 2c2d 3236 372e 377.02 496,-267. │ │ │ +000110f0: 3438 2035 3937 2e33 352c 2d32 3130 2e36 48 597.35,-210.6 │ │ │ +00011100: 2036 3539 2e30 372c 2d32 3937 2e30 3920 659.07,-297.09 │ │ │ +00011110: 3735 352c 2d32 3331 2e34 3820 3736 362e 755,-231.48 766. │ │ │ +00011120: 3239 2c2d 3232 332e 3736 2037 3538 2e34 29,-223.76 758.4 │ │ │ +00011130: 372c 2d32 3131 2e39 3720 3737 302c 2d32 7,-211.97 770,-2 │ │ │ +00011140: 3034 2e36 3120 3832 312e 3531 2c2d 3137 04.61 821.51,-17 │ │ │ +00011150: 312e 3735 2031 3234 362e 3436 2c2d 3135 1.75 1246.46,-15 │ │ │ +00011160: 392e 3934 2031 3338 322e 3337 2c2d 3135 9.94 1382.37,-15 │ │ │ +00011170: 362e 3939 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 6.99"/>.. │ │ │ +000111f0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_grom │ │ │ +00011270: 6163 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b 2667 acs_tools-&g │ │ │ +00011280: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00011290: 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 macs_listed_forc │ │ │ +000112a0: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es.....< │ │ │ +000114a0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3130 3922 2063 g id="edge109" c │ │ │ +000114b0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +000114d0: 726f 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 2623 3435 romacs_tools- │ │ │ +000114e0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +000114f0: 6772 6f6d 6163 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f gromacs_random.. │ │ │ +00011730: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module_src_gr │ │ │ +000117b0: 6f6d 6163 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b omacs_tools- │ │ │ +000117c0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +000117d0: 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 romacs_trajector │ │ │ +000117e0: 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 y......m │ │ │ +00011a10: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00011a20: 735f 746f 6f6c 7326 2334 353b 2667 743b s_tools-> │ │ │ +00011a30: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00011a40: 6373 5f65 7761 6c64 3c2f 7469 746c 653e cs_ewald │ │ │ +00011a50: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ..

. │ │ │ +00011bf0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module │ │ │ +00011c40: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f73 696d _src_gromacs_sim │ │ │ +00011c50: 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d d...simd.... │ │ │ +00011dc0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3131 3122 ..< │ │ │ +00011de0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00011df0: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 6674 2623 3435 _gromacs_fft- │ │ │ +00011e00: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00011e10: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ +00011e20: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s. │ │ │ +00011f80: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ..... │ │ │ +00012060: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +00012070: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6666 7426 2334 c_gromacs_fft │ │ │ +00012080: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00012090: 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 _gromacs_hardwar │ │ │ +000120a0: 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 e......module │ │ │ +00012200: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 696e _src_gromacs_lin │ │ │ +00012210: 6561 7261 6c67 6562 7261 3c2f 7469 746c earalgebra</titl │ │ │ +00012220: 653e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c e>.<ellipse fill │ │ │ +00012230: 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b ="#bfbfbf" strok │ │ │ +00012240: 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 3236 e="black" cx="26 │ │ │ +00012250: 3922 2063 793d 222d 3131 3631 2e31 2220 9" cy="-1161.1" │ │ │ +00012260: 7278 3d22 3530 2e34 3122 2072 793d 2231 rx="50.41" ry="1 │ │ │ +00012270: 332e 3337 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 3.37"/>.<text te │ │ │ +00012280: 7874 2d61 6e63 686f 723d 226d 6964 646c xt-anchor="middl │ │ │ +00012290: 6522 2078 3d22 3236 3922 2079 3d22 2d31 e" x="269" y="-1 │ │ │ +000122a0: 3135 382e 3622 2066 6f6e 742d 6661 6d69 158.6" font-fami │ │ │ +000122b0: 6c79 3d22 4672 6565 5361 6e73 2220 666f ly="FreeSans" fo │ │ │ +000122c0: 6e74 2d73 697a 653d 2231 302e 3030 223e nt-size="10.00"> │ │ │ +000122d0: 6c69 6e65 6172 616c 6765 6272 613c 2f74 linearalgebra</t │ │ │ +000122e0: 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d ext>.</g>.<!-- m │ │ │ +000122f0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00012300: 735f 7377 6170 2623 3435 3b26 6774 3b6d s_swap->m │ │ │ +00012310: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00012320: 735f 6d64 7479 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 s_mdtypes -->.<g │ │ │ +00012330: 2069 643d 2265 6467 6531 3138 2220 636c id="edge118" cl │ │ │ +00012340: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ +00012350: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ +00012360: 6f6d 6163 735f 7377 6170 2623 3435 3b26 omacs_swap-& │ │ │ +00012370: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00012380: 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 omacs_mdtypes</t │ │ │ +00012390: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +000123a0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +000123b0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3034 #bfbfbf" d="M104 │ │ │ +000123c0: 362e 3039 2c2d 3630 382e 3533 4331 3032 6.09,-608.53C102 │ │ │ +000123d0: 372e 3237 2c2d 3634 392e 3536 2039 3733 7.27,-649.56 973 │ │ │ +000123e0: 2e35 312c 2d37 3833 2e37 3920 3130 3336 .51,-783.79 1036 │ │ │ +000123f0: 2c2d 3836 302e 3138 2031 3038 372e 312c ,-860.18 1087.1, │ │ │ +00012400: 2d39 3232 2e36 3520 3131 3632 2e39 2c2d -922.65 1162.9,- │ │ │ +00012410: 3833 332e 3731 2031 3231 342c 2d38 3936 833.71 1214,-896 │ │ │ +00012420: 2e31 3820 3132 3236 2e31 372c 2d39 3131 .18 1226.17,-911 │ │ │ +00012430: 2e30 3620 3132 3230 2e34 2c2d 3933 332e .06 1220.4,-933. │ │ │ +00012440: 3233 2031 3231 332e 3039 2c2d 3934 392e 23 1213.09,-949. │ │ │ +00012450: 3636 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 66"/>.<polygon f │ │ │ +00012460: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ +00012470: 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 roke="#bfbfbf" p │ │ │ +00012480: 6f69 6e74 733d 2231 3230 392e 3736 2c2d oints="1209.76,- │ │ │ +00012490: 3934 382e 3532 2031 3230 382e 352c 2d39 948.52 1208.5,-9 │ │ │ +000124a0: 3539 2e30 3420 3132 3136 2e30 342c 2d39 59.04 1216.04,-9 │ │ │ +000124b0: 3531 2e36 2031 3230 392e 3736 2c2d 3934 51.6 1209.76,-94 │ │ │ +000124c0: 382e 3532 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 8.52"/>.</g>.<!- │ │ │ +000124d0: 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f - module_src_gro │ │ │ +000124e0: 6d61 6373 5f73 7761 7026 2334 353b 2667 macs_swap-&g │ │ │ +000124f0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00012500: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d 3e0a macs_fileio -->. │ │ │ +00012510: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3134 2220 <g id="edge114" │ │ │ +00012520: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ +00012530: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ +00012540: 6772 6f6d 6163 735f 7377 6170 2623 3435 gromacs_swap- │ │ │ +00012550: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00012560: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f gromacs_fileio</ │ │ │ +00012570: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00012580: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00012590: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3130 "#bfbfbf" d="M10 │ │ │ +000125a0: 3339 2e30 312c 2d36 3037 2e31 3843 3939 39.01,-607.18C99 │ │ │ +000125b0: 322e 3338 2c2d 3634 362e 3334 2038 3333 2.38,-646.34 833 │ │ │ +000125c0: 2e32 342c 2d37 3830 2e30 3220 3737 352e .24,-780.02 775. │ │ │ +000125d0: 3835 2c2d 3832 382e 3233 222f 3e0a 3c70 85,-828.23"/>.<p │ │ │ +000125e0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 olygon fill="#bf │ │ │ +000125f0: 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 bfbf" stroke="#b │ │ │ +00012600: 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2237 fbfbf" points="7 │ │ │ +00012610: 3733 2e35 352c 2d38 3235 2e35 3920 3736 73.55,-825.59 76 │ │ │ +00012620: 382e 3134 2c2d 3833 342e 3720 3737 382e 8.14,-834.7 778. │ │ │ +00012630: 3035 2c2d 3833 302e 3935 2037 3733 2e35 05,-830.95 773.5 │ │ │ +00012640: 352c 2d38 3235 2e35 3922 2f3e 0a3c 2f67 5,-825.59"/>.</g │ │ │ +00012650: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +00012660: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7377 6170 2623 c_gromacs_swap&# │ │ │ +00012670: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00012680: 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 c_gromacs_domdec │ │ │ +00012690: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ +000126a0: 3131 3322 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 113" class="edge │ │ │ +000126b0: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ +000126c0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f73 7761 _src_gromacs_swa │ │ │ +000126d0: 7026 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 p->module │ │ │ +000126e0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d _src_gromacs_dom │ │ │ +000126f0: 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 dec...... │ │ │ +00012890: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000128a0: 6373 5f73 7761 7026 2334 353b 2667 743b cs_swap-> │ │ │ +000128b0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000128c0: 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 793c cs_mdrunutility< │ │ │ +000128d0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +000128e0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +000128f0: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ +00012900: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ +00012910: 2220 643d 224d 3130 3639 2e33 2c2d 3630 " d="M1069.3,-60 │ │ │ +00012920: 352e 3834 4331 3038 352e 3439 2c2d 3631 5.84C1085.49,-61 │ │ │ +00012930: 352e 3037 2031 3131 302e 312c 2d36 3239 5.07 1110.1,-629 │ │ │ +00012940: 2e37 3920 3131 3330 2c2d 3634 342e 3720 .79 1130,-644.7 │ │ │ +00012950: 3131 3434 2e33 322c 2d36 3535 2e34 3320 1144.32,-655.43 │ │ │ +00012960: 3131 3433 2e39 372c 2d36 3633 2e36 3220 1143.97,-663.62 │ │ │ +00012970: 3131 3630 2c2d 3637 312e 3537 2031 3232 1160,-671.57 122 │ │ │ +00012980: 312e 3837 2c2d 3730 322e 3236 2031 3330 1.87,-702.26 130 │ │ │ +00012990: 312e 3238 2c2d 3731 332e 3534 2031 3335 1.28,-713.54 135 │ │ │ +000129a0: 342e 3033 2c2d 3731 372e 3636 222f 3e0a 4.03,-717.66"/>. │ │ │ +000129b0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ +000129c0: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 282fcc" stroke=" │ │ │ +000129d0: 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d #282fcc" points= │ │ │ +000129e0: 2231 3335 332e 3939 2c2d 3732 312e 3137 "1353.99,-721.17 │ │ │ +000129f0: 2031 3336 342e 3232 2c2d 3731 382e 3420 1364.22,-718.4 │ │ │ +00012a00: 3133 3534 2e34 392c 2d37 3134 2e31 3920 1354.49,-714.19 │ │ │ +00012a10: 3133 3533 2e39 392c 2d37 3231 2e31 3722 1353.99,-721.17" │ │ │ +00012a20: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00012a30: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00012a40: 7377 6170 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 swap->mod │ │ │ +00012a50: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00012a60: 6d64 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d mdlib -->.<g id= │ │ │ +00012a70: 2265 6467 6531 3136 2220 636c 6173 733d "edge116" class= │ │ │ +00012a80: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ +00012a90: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00012aa0: 735f 7377 6170 2623 3435 3b26 6774 3b6d s_swap->m │ │ │ +00012ab0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00012ac0: 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a s_mdlib. │ │ │ +00012ad0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .

. │ │ │ +00012bf0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mod │ │ │ +00012c60: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00012c70: 7377 6170 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 swap->mod │ │ │ +00012c80: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00012c90: 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c gmxlib.< │ │ │ +00012ca0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00012cb0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +00012cc0: 2220 643d 224d 3130 3531 2e31 2c2d 3538 " d="M1051.1,-58 │ │ │ +00012cd0: 312e 3743 3130 3438 2e35 2c2d 3534 332e 1.7C1048.5,-543. │ │ │ +00012ce0: 3535 2031 3034 312e 3535 2c2d 3432 392e 55 1041.55,-429. │ │ │ +00012cf0: 3436 2031 3034 392c 2d33 3933 2e32 3220 46 1049,-393.22 │ │ │ +00012d00: 3130 3535 2e31 332c 2d33 3633 2e34 3320 1055.13,-363.43 │ │ │ +00012d10: 3130 3535 2e31 332c 2d33 3532 2e34 3720 1055.13,-352.47 │ │ │ +00012d20: 3130 3736 2c2d 3333 302e 3335 2031 3132 1076,-330.35 112 │ │ │ +00012d30: 332e 3134 2c2d 3238 302e 3337 2031 3331 3.14,-280.37 131 │ │ │ +00012d40: 352c 2d31 3939 2e38 3820 3133 3931 2e39 5,-199.88 1391.9 │ │ │ +00012d50: 2c2d 3136 382e 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 ,-168.9"/>.... │ │ │ +00012e30: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +00012e40: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 rc_gromacs_domde │ │ │ +00012e50: 6326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 c->module │ │ │ +00012e60: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 _src_gromacs_mdt │ │ │ +00012e70: 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ypes....< │ │ │ +00012f60: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00012f70: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 romacs_domdec │ │ │ +00012f80: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00012f90: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 _gromacs_fileio │ │ │ +00012fa0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 -->..module_ │ │ │ +00012fd0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 src_gromacs_domd │ │ │ +00012fe0: 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ec->modul │ │ │ +00012ff0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ +00013000: 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 leio.. │ │ │ +000130e0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....m │ │ │ +00013150: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00013160: 735f 646f 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 s_domdec-> │ │ │ +00013170: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00013180: 6163 735f 6d64 7275 6e3c 2f74 6974 6c65 acs_mdrun......modul │ │ │ +00013300: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f e_src_gromacs_do │ │ │ +00013310: 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 mdec->mod │ │ │ +00013320: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00013330: 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 mdrunutility</ti │ │ │ +00013340: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00013350: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00013360: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 282fcc" stroke-d │ │ │ +00013370: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00013380: 3d22 4d31 3430 342e 3437 2c2d 3839 362e ="M1404.47,-896. │ │ │ +00013390: 3038 4331 3430 352e 3634 2c2d 3836 352e 08C1405.64,-865. │ │ │ +000133a0: 3031 2031 3430 382e 3637 2c2d 3738 342e 01 1408.67,-784. │ │ │ +000133b0: 3038 2031 3431 302e 3136 2c2d 3734 342e 08 1410.16,-744. │ │ │ +000133c0: 3438 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 48"/>.<polygon f │ │ │ +000133d0: 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 ill="#282fcc" st │ │ │ +000133e0: 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 roke="#282fcc" p │ │ │ +000133f0: 6f69 6e74 733d 2231 3431 332e 3635 2c2d oints="1413.65,- │ │ │ +00013400: 3734 342e 3631 2031 3431 302e 3533 2c2d 744.61 1410.53,- │ │ │ +00013410: 3733 342e 3438 2031 3430 362e 3636 2c2d 734.48 1406.66,- │ │ │ +00013420: 3734 342e 3335 2031 3431 332e 3635 2c2d 744.35 1413.65,- │ │ │ +00013430: 3734 342e 3631 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 744.61"/>.</g>.< │ │ │ +00013440: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00013450: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 romacs_domdec │ │ │ +00013460: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00013470: 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 202d _gromacs_nbnxm - │ │ │ +00013480: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3132 ->.<g id="edge12 │ │ │ +00013490: 3422 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 4" class="edge"> │ │ │ +000134a0: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +000134b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 rc_gromacs_domde │ │ │ +000134c0: 6326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 c->module │ │ │ +000134d0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e _src_gromacs_nbn │ │ │ +000134e0: 786d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 xm......mo │ │ │ +00013680: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00013690: 5f64 6f6d 6465 6326 2334 353b 2667 743b _domdec-> │ │ │ +000136a0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000136b0: 6373 5f69 6d64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c cs_imd.< │ │ │ +000136c0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +000136d0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +000136e0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +000136f0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3433 ay="5,2" d="M143 │ │ │ +00013700: 372e 3731 2c2d 3930 342e 3735 4331 3630 7.71,-904.75C160 │ │ │ +00013710: 352e 3538 2c2d 3838 352e 3334 2032 3334 5.58,-885.34 234 │ │ │ +00013720: 322c 2d37 3931 2e36 3820 3233 3432 2c2d 2,-791.68 2342,- │ │ │ +00013730: 3539 362e 3237 2032 3334 322c 2d35 3936 596.27 2342,-596 │ │ │ +00013740: 2e32 3720 3233 3432 2c2d 3539 362e 3237 .27 2342,-596.27 │ │ │ +00013750: 2032 3334 322c 2d34 3638 2e35 3320 3233 2342,-468.53 23 │ │ │ +00013760: 3432 2c2d 3337 342e 3334 2032 3331 362e 42,-374.34 2316. │ │ │ +00013770: 382c 2d33 3531 2e38 3820 3232 3735 2c2d 8,-351.88 2275,- │ │ │ +00013780: 3236 372e 3438 2032 3237 302e 3334 2c2d 267.48 2270.34,- │ │ │ +00013790: 3235 382e 3037 2032 3236 342e 3038 2c2d 258.07 2264.08,- │ │ │ +000137a0: 3234 382e 3338 2032 3235 382e 3835 2c2d 248.38 2258.85,- │ │ │ +000137b0: 3234 302e 3136 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 240.16"/>.....modul │ │ │ +000138a0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f e_src_gromacs_do │ │ │ +000138b0: 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 mdec->mod │ │ │ +000138c0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000138d0: 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 mdlib.

.....module_src_gr │ │ │ +00013a60: 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 2623 3435 omacs_domdec- │ │ │ +00013a70: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00013a80: 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f gromacs_gmxlib......m │ │ │ +00013c70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00013c80: 735f 646f 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 s_domdec-> │ │ │ +00013c90: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00013ca0: 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 acs_listed_force │ │ │ +00013cb0: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s. │ │ │ +00013dc0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ... │ │ │ +00013e80: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3132 3022 ..< │ │ │ +00013ea0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00013eb0: 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 _gromacs_domdec& │ │ │ +00013ec0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00013ed0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ +00013ee0: 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tils.... │ │ │ +00014000: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ +00014070: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 src_gromacs_domd │ │ │ +00014080: 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ec->modul │ │ │ +00014090: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 e_src_gromacs_ew │ │ │ +000140a0: 616c 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ald...< │ │ │ +00014200: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>... │ │ │ +00014270: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00014280: 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 353b 2667 cs_domdec-&g │ │ │ +00014290: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +000142a0: 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 macs_hardware</t │ │ │ +000142b0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +000142c0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +000142d0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3433 #bfbfbf" d="M143 │ │ │ +000142e0: 392e 3439 2c2d 3930 372e 3033 4331 3534 9.49,-907.03C154 │ │ │ +000142f0: 362e 3133 2c2d 3930 302e 3133 2031 3836 6.13,-900.13 186 │ │ │ +00014300: 342e 3839 2c2d 3836 332e 3631 2032 3030 4.89,-863.61 200 │ │ │ +00014310: 332c 2d36 3731 2e35 3720 3230 3932 2e30 3,-671.57 2092.0 │ │ │ +00014320: 342c 2d35 3437 2e37 3720 3230 3436 2e32 4,-547.77 2046.2 │ │ │ +00014330: 352c 2d34 3832 2e36 3720 3230 3339 2c2d 5,-482.67 2039,- │ │ │ +00014340: 3333 302e 3335 2032 3033 372e 3637 2c2d 330.35 2037.67,- │ │ │ +00014350: 3330 322e 3331 2032 3033 392e 3532 2c2d 302.31 2039.52,- │ │ │ +00014360: 3239 342e 3738 2032 3033 332c 2d32 3637 294.78 2033,-267 │ │ │ +00014370: 2e34 3820 3230 3330 2e38 352c 2d32 3538 .48 2030.85,-258 │ │ │ +00014380: 2e34 3920 3230 3237 2e33 382c 2d32 3438 .49 2027.38,-248 │ │ │ +00014390: 2e39 3420 3230 3233 2e39 392c 2d32 3430 .94 2023.99,-240 │ │ │ +000143a0: 2e37 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .72"/>.<polygon │ │ │ +000143b0: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ +000143c0: 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 troke="#bfbfbf" │ │ │ +000143d0: 706f 696e 7473 3d22 3230 3237 2e31 382c points="2027.18, │ │ │ +000143e0: 2d32 3339 2e32 3720 3230 3139 2e39 392c -239.27 2019.99, │ │ │ +000143f0: 2d32 3331 2e34 3820 3230 3230 2e37 352c -231.48 2020.75, │ │ │ +00014400: 2d32 3432 2e30 3520 3230 3237 2e31 382c -242.05 2027.18, │ │ │ +00014410: 2d32 3339 2e32 3722 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -239.27"/>.</g>. │ │ │ +00014420: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ +00014430: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ +00014440: 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 lity->mod │ │ │ +00014450: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00014460: 6d64 7479 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 mdtypes -->.<g i │ │ │ +00014470: 643d 2265 6467 6531 3333 2220 636c 6173 d="edge133" clas │ │ │ +00014480: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +00014490: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +000144a0: 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 acs_mdrunutility │ │ │ +000144b0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +000144c0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ +000144d0: 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 pes......modu │ │ │ +00014660: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00014670: 6472 756e 7574 696c 6974 7926 2334 353b drunutility- │ │ │ +00014680: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00014690: 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 romacs_fileio</t │ │ │ +000146a0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +000146b0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +000146c0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3431 #bfbfbf" d="M141 │ │ │ +000146d0: 342e 3037 2c2d 3733 342e 3743 3134 3132 4.07,-734.7C1412 │ │ │ +000146e0: 2e33 372c 2d37 3532 2e31 3220 3134 3031 .37,-752.12 1401 │ │ │ +000146f0: 2e32 332c 2d37 3832 2e38 3920 3133 3739 .23,-782.89 1379 │ │ │ +00014700: 2c2d 3739 372e 3331 2031 3333 302e 3036 ,-797.31 1330.06 │ │ │ +00014710: 2c2d 3832 392e 3036 2039 3138 2e39 362c ,-829.06 918.96, │ │ │ +00014720: 2d38 3431 2e38 3520 3739 322e 3035 2c2d -841.85 792.05,- │ │ │ +00014730: 3834 342e 3936 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 844.96"/>.<polyg │ │ │ +00014740: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 on fill="#bfbfbf │ │ │ +00014750: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 " stroke="#bfbfb │ │ │ +00014760: 6622 2070 6f69 6e74 733d 2237 3931 2e39 f" points="791.9 │ │ │ +00014770: 352c 2d38 3431 2e34 3620 3738 322e 3034 5,-841.46 782.04 │ │ │ +00014780: 2c2d 3834 352e 3139 2037 3932 2e31 322c ,-845.19 792.12, │ │ │ +00014790: 2d38 3438 2e34 3520 3739 312e 3935 2c2d -848.45 791.95,- │ │ │ +000147a0: 3834 312e 3436 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 841.46"/>.</g>.< │ │ │ +000147b0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +000147c0: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c romacs_mdrunutil │ │ │ +000147d0: 6974 7926 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ity->modu │ │ │ +000147e0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +000147f0: 6472 756e 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 drun -->.<g id=" │ │ │ +00014800: 6564 6765 3133 3622 2063 6c61 7373 3d22 edge136" class=" │ │ │ +00014810: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +00014820: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00014830: 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 7926 2334 _mdrunutility │ │ │ +00014840: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00014850: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 3c2f _gromacs_mdrun</ │ │ │ +00014860: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00014870: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00014880: 2272 6564 2220 643d 224d 3134 3232 2e38 "red" d="M1422.8 │ │ │ +00014890: 352c 2d37 3037 2e36 3943 3134 3334 2e38 5,-707.69C1434.8 │ │ │ +000148a0: 372c 2d36 3938 2e31 3620 3134 3533 2e34 7,-698.16 1453.4 │ │ │ +000148b0: 342c 2d36 3834 2e39 3220 3134 3639 2e30 4,-684.92 1469.0 │ │ │ +000148c0: 392c 2d36 3734 2e36 3622 2f3e 0a3c 706f 9,-674.66"/>.<po │ │ │ +000148d0: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 lygon fill="red" │ │ │ +000148e0: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f stroke="red" po │ │ │ +000148f0: 696e 7473 3d22 3134 3731 2e33 362c 2d36 ints="1471.36,-6 │ │ │ +00014900: 3737 2e33 3720 3134 3737 2e38 392c 2d36 77.37 1477.89,-6 │ │ │ +00014910: 3639 2e30 3320 3134 3637 2e35 382c 2d36 69.03 1467.58,-6 │ │ │ +00014920: 3731 2e34 3720 3134 3731 2e33 362c 2d36 71.47 1471.36,-6 │ │ │ +00014930: 3737 2e33 3722 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 77.37"/>.</g>.<! │ │ │ +00014940: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +00014950: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 omacs_mdrunutili │ │ │ +00014960: 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ty->modul │ │ │ +00014970: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +00014980: 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d 3e0a 3c67 mmandline -->.<g │ │ │ +00014990: 2069 643d 2265 6467 6531 3335 2220 636c id="edge135" cl │ │ │ +000149a0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ +000149b0: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ +000149c0: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 omacs_mdrunutili │ │ │ +000149d0: 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ty->modul │ │ │ +000149e0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +000149f0: 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 mmandline...... │ │ │ +00014e50: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00014e60: 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 7926 cs_mdrunutility& │ │ │ +00014e70: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00014e80: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 rc_gromacs_hardw │ │ │ +00014e90: 6172 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 are...< │ │ │ +00015000: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.. │ │ │ +00015050: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3532 2220 .module_src_ │ │ │ +00015080: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 gromacs_gmxprepr │ │ │ +00015090: 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f ocess->mo │ │ │ +000150a0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000150b0: 5f67 6d78 616e 613c 2f74 6974 6c65 3e0a _gmxana. │ │ │ +000150c0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .. │ │ │ +000151d0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_gr │ │ │ +00015250: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ +00015260: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ +00015270: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00015280: 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c dtypes.< │ │ │ +00015290: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +000152a0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +000152b0: 2220 643d 224d 3132 3839 2e35 362c 2d31 " d="M1289.56,-1 │ │ │ +000152c0: 3039 302e 3031 4331 3234 352e 3635 2c2d 090.01C1245.65,- │ │ │ +000152d0: 3130 3832 2e31 3220 3131 3834 2e34 312c 1082.12 1184.41, │ │ │ +000152e0: 2d31 3036 382e 3031 2031 3137 302c 2d31 -1068.01 1170,-1 │ │ │ +000152f0: 3034 382e 3739 2031 3135 372e 3336 2c2d 048.79 1157.36,- │ │ │ +00015300: 3130 3331 2e39 3320 3131 3639 2e39 342c 1031.93 1169.94, │ │ │ +00015310: 2d31 3030 392e 3139 2031 3138 322e 3636 -1009.19 1182.66 │ │ │ +00015320: 2c2d 3939 332e 3132 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-993.12"/>..< │ │ │ +000153a0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.. │ │ │ +000153f0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3338 2220 .module_src_ │ │ │ +00015420: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 gromacs_gmxprepr │ │ │ +00015430: 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f ocess->mo │ │ │ +00015440: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00015450: 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a _fileio. │ │ │ +00015460: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ... │ │ │ +000155c0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00015660: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 src_gromacs_file │ │ │ -00015670: 696f 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c io->modul │ │ │ -00015680: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00015690: 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c runutility</titl │ │ │ -000156a0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -000156b0: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -000156c0: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -000156d0: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -000156e0: 4d39 3734 2e39 322c 2d35 3336 2e33 3243 M974.92,-536.32C │ │ │ -000156f0: 3130 3139 2e38 392c 2d35 3432 2e34 2031 1019.89,-542.4 1 │ │ │ -00015700: 3131 332e 3836 2c2d 3535 372e 3836 2031 113.86,-557.86 1 │ │ │ -00015710: 3139 302c 2d35 3831 2e38 3320 3132 3431 190,-581.83 1241 │ │ │ -00015720: 2e35 2c2d 3539 382e 3035 2031 3239 382e .5,-598.05 1298. │ │ │ -00015730: 3532 2c2d 3632 342e 3031 2031 3333 312e 52,-624.01 1331. │ │ │ -00015740: 3031 2c2d 3634 302e 3832 222f 3e0a 3c70 01,-640.82"/>.<p │ │ │ -00015750: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 olygon fill="#28 │ │ │ -00015760: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 2fcc" stroke="#2 │ │ │ -00015770: 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 82fcc" points="1 │ │ │ -00015780: 3332 392e 3431 2c2d 3634 332e 3933 2031 329.41,-643.93 1 │ │ │ -00015790: 3333 392e 3838 2c2d 3634 352e 3531 2031 339.88,-645.51 1 │ │ │ -000157a0: 3333 322e 3638 2c2d 3633 372e 3734 2031 332.68,-637.74 1 │ │ │ -000157b0: 3332 392e 3431 2c2d 3634 332e 3933 222f 329.41,-643.93"/ │ │ │ -000157c0: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -000157d0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ -000157e0: 696c 6569 6f26 2334 353b 2667 743b 6d6f ileio->mo │ │ │ -000157f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00015800: 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f _applied_forces_ │ │ │ -00015810: 6177 6820 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 awh -->.<g id="e │ │ │ -00015820: 6467 6531 3235 2220 636c 6173 733d 2265 dge125" class="e │ │ │ -00015830: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ -00015840: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00015850: 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 3b6d fileio->m │ │ │ -00015860: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00015870: 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 s_applied_forces │ │ │ -00015880: 5f61 7768 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 _awh......m │ │ │ -00015a80: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00015a90: 735f 6669 6c65 696f 2623 3435 3b26 6774 s_fileio-> │ │ │ -00015aa0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 7465 7374 ;module_src_test │ │ │ -00015ab0: 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 utils.

.....module │ │ │ -00015c50: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f70 6263 _src_gromacs_pbc │ │ │ -00015c60: 7574 696c 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c util..pb │ │ │ -00015d20: 6375 7469 6c3c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 cutil.... │ │ │ -00015da0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00015db0: 6373 5f70 6263 7574 696c 2623 3435 3b26 cs_pbcutil-& │ │ │ -00015dc0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00015dd0: 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c 733c omacs_gpu_utils< │ │ │ -00015de0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00015df0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00015e00: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 ="#bfbfbf" d="M1 │ │ │ -00015e10: 3731 332e 3932 2c2d 3130 3835 2e32 4331 713.92,-1085.2C1 │ │ │ -00015e20: 3730 372e 3031 2c2d 3130 3736 2e39 3520 707.01,-1076.95 │ │ │ -00015e30: 3136 3937 2e36 372c 2d31 3036 352e 3820 1697.67,-1065.8 │ │ │ -00015e40: 3136 3839 2e36 362c 2d31 3035 362e 3234 1689.66,-1056.24 │ │ │ -00015e50: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00015e60: 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 726f l="#bfbfbf" stro │ │ │ -00015e70: 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 ke="#bfbfbf" poi │ │ │ -00015e80: 6e74 733d 2231 3639 322e 3136 2c2d 3130 nts="1692.16,-10 │ │ │ -00015e90: 3533 2e37 3720 3136 3833 2e30 362c 2d31 53.77 1683.06,-1 │ │ │ -00015ea0: 3034 382e 3336 2031 3638 362e 3739 2c2d 048.36 1686.79,- │ │ │ -00015eb0: 3130 3538 2e32 3720 3136 3932 2e31 362c 1058.27 1692.16, │ │ │ -00015ec0: 2d31 3035 332e 3737 222f 3e0a 3c2f 673e -1053.77"/>.</g> │ │ │ -00015ed0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -00015ee0: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 _gromacs_mdtypes │ │ │ -00015ef0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00015f00: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ -00015f10: 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 b -->.<g id="edg │ │ │ -00015f20: 6531 3337 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e137" class="edg │ │ │ -00015f30: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -00015f40: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00015f50: 7479 7065 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f types->mo │ │ │ -00015f60: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00015f70: 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdlib.< │ │ │ -00015f80: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00015f90: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -00015fa0: 2220 643d 224d 3134 3538 2e35 352c 2d38 " d="M1458.55,-8 │ │ │ -00015fb0: 3339 2e30 3643 3134 3131 2e38 332c 2d38 39.06C1411.83,-8 │ │ │ -00015fc0: 3238 2e32 3120 3133 3234 2e38 382c 2d38 28.21 1324.88,-8 │ │ │ -00015fd0: 3036 2e37 3520 3132 3737 2e31 392c 2d37 06.75 1277.19,-7 │ │ │ -00015fe0: 3934 2e33 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 94.34"/>.....mod │ │ │ -000160d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -000160e0: 6d64 7479 7065 7326 2334 353b 2667 743b mdtypes-> │ │ │ -000160f0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00016100: 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 cs_fileio.....< │ │ │ -000162d0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3133 3922 2063 g id="edge139" c │ │ │ -000162e0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00016300: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 romacs_mdtypes&# │ │ │ -00016310: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00016320: 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 c_gromacs_domdec │ │ │ -00016330: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......module_src_gro │ │ │ -000164e0: 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 2623 3435 macs_mdtypes- │ │ │ -000164f0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00016500: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c 2f74 gromacs_ewald. │ │ │ -00016610: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ... │ │ │ -000166d0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3133 3522 ..< │ │ │ -000166f0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00016700: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 _gromacs_mdtypes │ │ │ -00016710: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00016720: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f src_gromacs_gpu_ │ │ │ -00016730: 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 utils.

.....module_ │ │ │ -000168d0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 src_gromacs_mdty │ │ │ -000168e0: 7065 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 pes->modu │ │ │ -000168f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ -00016900: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f 6177 pplied_forces_aw │ │ │ -00016910: 683c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 h.. │ │ │ -00016af0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -00016b60: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00016b70: 646f 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d domdec->m │ │ │ -00016b80: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00016b90: 735f 696d 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 s_imd.

.....mod │ │ │ -00016d30: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00016d40: 646f 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d domdec->m │ │ │ -00016d50: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00016d60: 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e s_gmxlib │ │ │ -00016d70: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ... │ │ │ -00016f20: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mo │ │ │ -00016f90: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00016fa0: 5f64 6f6d 6465 6326 2334 353b 2667 743b _domdec-> │ │ │ -00016fb0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00016fc0: 6373 5f6d 6472 756e 3c2f 7469 746c 653e cs_mdrun │ │ │ -00016fd0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .....< │ │ │ -00017110: 6720 6964 3d22 6564 6765 3134 3822 2063 g id="edge148" c │ │ │ -00017120: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00017140: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 romacs_domdec │ │ │ -00017150: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00017160: 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 _gromacs_hardwar │ │ │ -00017170: 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 e......module_src_gro │ │ │ -00017380: 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 353b macs_domdec- │ │ │ -00017390: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000173a0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 romacs_mdlib..... │ │ │ -00017560: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3532 2220 .module_src_ │ │ │ -00017590: 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 2623 gromacs_domdec&# │ │ │ -000175a0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -000175b0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ -000175c0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......module_src_gro │ │ │ -00017990: 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 6326 2334 353b macs_domdec- │ │ │ -000179a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000179b0: 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 3c2f 7469 romacs_nbnxm..< │ │ │ -00017b00: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ -00017b10: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ -00017b20: 706f 696e 7473 3d22 3136 3837 2e31 342c points="1687.14, │ │ │ -00017b30: 2d39 3634 2e36 3520 3136 3737 2e35 312c -964.65 1677.51, │ │ │ -00017b40: 2d39 3639 2e30 3620 3136 3837 2e37 392c -969.06 1687.79, │ │ │ -00017b50: 2d39 3731 2e36 3220 3136 3837 2e31 342c -971.62 1687.14, │ │ │ -00017b60: 2d39 3634 2e36 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -964.65"/>.. │ │ │ -00017b70: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00017be0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 src_gromacs_domd │ │ │ -00017bf0: 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ec->modul │ │ │ -00017c00: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 e_src_gromacs_ew │ │ │ -00017c10: 616c 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ald..< │ │ │ -00017cb0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ -00017cc0: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ -00017cd0: 706f 696e 7473 3d22 3234 3738 2e33 352c points="2478.35, │ │ │ -00017ce0: 2d31 3037 2e36 2032 3438 362e 3434 2c2d -107.6 2486.44,- │ │ │ -00017cf0: 3130 302e 3736 2032 3437 352e 3835 2c2d 100.76 2475.85,- │ │ │ -00017d00: 3130 312e 3036 2032 3437 382e 3335 2c2d 101.06 2478.35,- │ │ │ -00017d10: 3130 372e 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 107.6"/>....m │ │ │ -00017d90: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00017da0: 735f 646f 6d64 6563 2623 3435 3b26 6774 s_domdec-> │ │ │ -00017db0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00017dc0: 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 acs_listed_force │ │ │ -00017dd0: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s......module_ │ │ │ -00017f70: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 src_gromacs_domd │ │ │ -00017f80: 6563 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ec->modul │ │ │ -00017f90: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 e_src_gromacs_gp │ │ │ -00017fa0: 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a u_utils. │ │ │ -00017fb0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....mo │ │ │ -000183d0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000183e0: 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b 2667 743b _gmxana-> │ │ │ -000183f0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00018400: 6373 5f63 6f72 7265 6c61 7469 6f6e 6675 cs_correlationfu │ │ │ -00018410: 6e63 7469 6f6e 733c 2f74 6974 6c65 3e0a nctions. │ │ │ -00018420: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .

│ │ │ -00018510: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mod │ │ │ -00018580: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00018590: 676d 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d gmxana->m │ │ │ -000185a0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000185b0: 735f 6666 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 s_fft.

.< │ │ │ -00018670: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 626c polygon fill="bl │ │ │ -00018680: 6163 6b22 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 ack" stroke="bla │ │ │ -00018690: 636b 2220 706f 696e 7473 3d22 3134 3536 ck" points="1456 │ │ │ -000186a0: 2e32 392c 2d31 3137 362e 3134 2031 3436 .29,-1176.14 146 │ │ │ -000186b0: 342e 3631 2c2d 3131 3639 2e35 3820 3134 4.61,-1169.58 14 │ │ │ -000186c0: 3534 2e30 312c 2d31 3136 392e 3532 2031 54.01,-1169.52 1 │ │ │ -000186d0: 3435 362e 3239 2c2d 3131 3736 2e31 3422 456.29,-1176.14" │ │ │ -000186e0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />....module_src_gro │ │ │ -00018760: 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b macs_gmxana- │ │ │ -00018770: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00018780: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 romacs_gmxlib..

.< │ │ │ -000188a0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...module_src_gro │ │ │ -00018920: 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 353b macs_gmxana- │ │ │ -00018930: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00018940: 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 romacs_trajector │ │ │ -00018950: 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 y.... │ │ │ -00018ad0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ -00018b40: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 src_gromacs_gmxa │ │ │ -00018b50: 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c na->modul │ │ │ -00018b60: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00018b70: 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 lib.....< │ │ │ -00018d00: 6720 6964 3d22 6564 6765 3135 3422 2063 g id="edge154" c │ │ │ -00018d10: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00018d30: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 romacs_gmxana │ │ │ -00018d40: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00018d50: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c _gromacs_fileio< │ │ │ -00018d60: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>......module_src_gr │ │ │ -00018f30: 6f6d 6163 735f 676d 7861 6e61 2623 3435 omacs_gmxana- │ │ │ -00018f40: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00018f50: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 733c gromacs_mdtypes< │ │ │ -00018f60: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>... │ │ │ -000190a0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...m │ │ │ -00019110: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00019120: 735f 676d 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 s_gmxana-> │ │ │ -00019130: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00019140: 6163 735f 6d64 7370 616e 3c2f 7469 746c acs_mdspan</titl │ │ │ -00019150: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00019160: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -00019170: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -00019180: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00019190: 4d39 3733 2e36 332c 2d31 3238 352e 3539 M973.63,-1285.59 │ │ │ -000191a0: 4338 3236 2e37 312c 2d31 3238 342e 3332 C826.71,-1284.32 │ │ │ -000191b0: 2032 3639 2e31 332c 2d31 3237 362e 3932 269.13,-1276.92 │ │ │ -000191c0: 2032 3032 2c2d 3132 3337 2e34 2031 3133 202,-1237.4 113 │ │ │ -000191d0: 2e30 342c 2d31 3138 352e 3033 2039 372c .04,-1185.03 97, │ │ │ -000191e0: 2d38 3838 2e31 3120 3937 2c2d 3738 342e -888.11 97,-784. │ │ │ -000191f0: 3838 2039 372c 2d37 3834 2e38 3820 3937 88 97,-784.88 97 │ │ │ -00019200: 2c2d 3738 342e 3838 2039 372c 2d34 3638 ,-784.88 97,-468 │ │ │ -00019210: 2e35 3320 3937 2c2d 3335 372e 3239 2037 .53 97,-357.29 7 │ │ │ -00019220: 372c 2d33 3330 2e32 3820 3737 2c2d 3231 7,-330.28 77,-21 │ │ │ -00019230: 392e 3035 2037 372c 2d32 3139 2e30 3520 9.05 77,-219.05 │ │ │ -00019240: 3737 2c2d 3231 392e 3035 2037 372c 2d31 77,-219.05 77,-1 │ │ │ -00019250: 3534 2e31 3820 3737 2c2d 3132 302e 3238 54.18 77,-120.28 │ │ │ -00019260: 2036 342e 3632 2c2d 3130 322e 3431 2038 64.62,-102.41 8 │ │ │ -00019270: 392c 2d37 382e 3837 2031 3133 2e35 312c 9,-78.87 113.51, │ │ │ -00019280: 2d35 352e 3220 3333 362e 372c 2d33 392e -55.2 336.7,-39. │ │ │ -00019290: 3034 2034 3334 2e34 372c 2d33 332e 3033 04 434.47,-33.03 │ │ │ -000192a0: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -000192b0: 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f l="#282fcc" stro │ │ │ -000192c0: 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 ke="#282fcc" poi │ │ │ -000192d0: 6e74 733d 2234 3334 2e38 382c 2d33 362e nts="434.88,-36. │ │ │ -000192e0: 3531 2034 3434 2e36 352c 2d33 322e 3432 51 444.65,-32.42 │ │ │ -000192f0: 2034 3334 2e34 352c 2d32 392e 3533 2034 434.45,-29.53 4 │ │ │ -00019300: 3334 2e38 382c 2d33 362e 3531 222f 3e0a 34.88,-36.51"/>. │ │ │ -00019310: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -00019320: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ -00019330: 616e 6126 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ana->modu │ │ │ -00019340: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c le_src_gromacs_l │ │ │ -00019350: 6973 7465 645f 666f 7263 6573 202d 2d3e isted_forces --> │ │ │ -00019360: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3135 3622 .<g id="edge156" │ │ │ -00019370: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ -00019380: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00019390: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 _gromacs_gmxana& │ │ │ -000193a0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -000193b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 rc_gromacs_liste │ │ │ -000193c0: 645f 666f 7263 6573 3c2f 7469 746c 653e d_forces │ │ │ -000193d0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ... │ │ │ -000195b0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...modul │ │ │ -00019620: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -00019630: 7861 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 xana->mod │ │ │ -00019640: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00019650: 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c random.< │ │ │ -00019660: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00019670: 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 stroke="black" │ │ │ -00019680: 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 6179 stroke-dasharray │ │ │ -00019690: 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d39 3734 2e36 ="5,2" d="M974.6 │ │ │ -000196a0: 362c 2d31 3238 332e 3535 4338 3332 2e34 6,-1283.55C832.4 │ │ │ -000196b0: 332c 2d31 3237 332e 3635 2032 3937 2c2d 3,-1273.65 297,- │ │ │ -000196c0: 3132 3331 2e37 3320 3239 372c 2d31 3136 1231.73 297,-116 │ │ │ -000196d0: 322e 3120 3239 372c 2d31 3136 322e 3120 2.1 297,-1162.1 │ │ │ -000196e0: 3239 372c 2d31 3136 322e 3120 3239 372c 297,-1162.1 297, │ │ │ -000196f0: 2d31 3039 372e 3233 2032 3937 2c2d 3934 -1097.23 297,-94 │ │ │ -00019700: 352e 3120 3135 372c 2d39 3337 2031 3537 5.1 157,-937 157 │ │ │ -00019710: 2c2d 3738 342e 3838 2031 3537 2c2d 3738 ,-784.88 157,-78 │ │ │ -00019720: 342e 3838 2031 3537 2c2d 3738 342e 3838 4.88 157,-784.88 │ │ │ -00019730: 2031 3537 2c2d 3436 382e 3533 2031 3537 157,-468.53 157 │ │ │ -00019740: 2c2d 3430 392e 3037 2031 3737 2e33 372c ,-409.07 177.37, │ │ │ -00019750: 2d32 3539 2e31 3720 3230 312c 2d32 3034 -259.17 201,-204 │ │ │ -00019760: 2e36 3120 3230 342e 3439 2c2d 3139 362e .61 204.49,-196. │ │ │ -00019770: 3535 2032 3431 2e36 392c 2d31 3436 2e36 55 241.69,-146.6 │ │ │ -00019780: 3320 3234 392c 2d31 3431 2e37 3420 3237 3 249,-141.74 27 │ │ │ -00019790: 322e 3036 2c2d 3132 362e 3332 2033 3434 2.06,-126.32 344 │ │ │ -000197a0: 2e35 2c2d 3131 302e 3037 2033 3930 2e37 .5,-110.07 390.7 │ │ │ -000197b0: 332c 2d31 3030 2e38 3522 2f3e 0a3c 706f 3,-100.85"/>... │ │ │ -00019850: 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3433 2220 ..module_src_ │ │ │ -00019880: 6772 6f6d 6163 735f 7374 6174 6973 7469 gromacs_statisti │ │ │ -00019890: 6373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 cs..< │ │ │ -000198f0: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ -00019900: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2238 3730 ="middle" x="870 │ │ │ -00019910: 2220 793d 222d 3539 322e 3737 2220 666f " y="-592.77" fo │ │ │ -00019920: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ -00019930: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ -00019940: 3130 2e30 3022 3e73 7461 7469 7374 6963 10.00">statistic │ │ │ -00019950: 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 s....modu │ │ │ -000199d0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -000199e0: 6d78 616e 6126 2334 353b 2667 743b 6d6f mxana->mo │ │ │ -000199f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00019a00: 5f73 7461 7469 7374 6963 733c 2f74 6974 _statistics</tit │ │ │ -00019a10: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00019a20: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ -00019a30: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ -00019a40: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -00019a50: 224d 3937 382e 3431 2c2d 3132 3830 4339 "M978.41,-1280C9 │ │ │ -00019a60: 3438 2e34 332c 2d31 3237 332e 3234 2039 48.43,-1273.24 9 │ │ │ -00019a70: 3032 2e33 372c 2d31 3236 302e 3034 2038 02.37,-1260.04 8 │ │ │ -00019a80: 3638 2c2d 3132 3337 2e34 2037 3135 2e38 68,-1237.4 715.8 │ │ │ -00019a90: 392c 2d31 3133 372e 3138 2036 3630 2e36 9,-1137.18 660.6 │ │ │ -00019aa0: 382c 2d31 3039 362e 3439 2036 3035 2c2d 8,-1096.49 605,- │ │ │ -00019ab0: 3932 332e 3035 2035 3632 2e35 352c 2d37 923.05 562.55,-7 │ │ │ -00019ac0: 3930 2e38 3220 3633 362e 3339 2c2d 3732 90.82 636.39,-72 │ │ │ -00019ad0: 382e 3639 2037 3437 2c2d 3634 342e 3720 8.69 747,-644.7 │ │ │ -00019ae0: 3737 312e 3238 2c2d 3632 362e 3236 2038 771.28,-626.26 8 │ │ │ -00019af0: 3033 2e34 392c 2d36 3133 2e39 3120 3832 03.49,-613.91 82 │ │ │ -00019b00: 382e 3836 2c2d 3630 362e 3322 2f3e 0a3c 8.86,-606.3"/>.< │ │ │ -00019b10: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ -00019b20: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ -00019b30: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ -00019b40: 3832 392e 3932 2c2d 3630 392e 3634 2038 829.92,-609.64 8 │ │ │ -00019b50: 3338 2e35 362c 2d36 3033 2e35 3220 3832 38.56,-603.52 82 │ │ │ -00019b60: 372e 3939 2c2d 3630 322e 3931 2038 3239 7.99,-602.91 829 │ │ │ -00019b70: 2e39 322c 2d36 3039 2e36 3422 2f3e 0a3c .92,-609.64"/>.< │ │ │ -00019b80: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ -00019b90: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 src_gromacs_gmxa │ │ │ -00019ba0: 6e61 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c na->modul │ │ │ -00019bb0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ -00019bc0: 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d 3e0a 3c67 mmandline -->.<g │ │ │ -00019bd0: 2069 643d 2265 6467 6531 3535 2220 636c id="edge155" cl │ │ │ -00019be0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -00019bf0: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -00019c00: 6f6d 6163 735f 676d 7861 6e61 2623 3435 omacs_gmxana- │ │ │ -00019c10: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00019c20: 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c gromacs_commandl │ │ │ -00019c30: 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ine.....< │ │ │ -00019e00: 6720 6964 3d22 6564 6765 3136 3222 2063 g id="edge162" c │ │ │ -00019e10: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00019e30: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e 6126 2334 romacs_gmxana │ │ │ -00019e40: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00019e50: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ -00019e60: 5f66 6f72 6365 735f 6177 683c 2f74 6974 _forces_awh..... │ │ │ -0001a080: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3733 2220 .module_src_ │ │ │ -0001a0b0: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ -0001a0c0: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ -0001a0d0: 6f64 756c 655f 7372 635f 7072 6f67 7261 odule_src_progra │ │ │ -0001a0e0: 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 7473 3c2f ms_mdrun_tests..< │ │ │ -0001a1b0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ -0001a1c0: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ -0001a1d0: 706f 696e 7473 3d22 3237 3035 2c2d 3130 points="2705,-10 │ │ │ -0001a1e0: 362e 3936 2032 3731 342e 3439 2c2d 3130 6.96 2714.49,-10 │ │ │ -0001a1f0: 322e 3237 2032 3730 342e 3134 2c2d 3130 2.27 2704.14,-10 │ │ │ -0001a200: 302e 3031 2032 3730 352c 2d31 3036 2e39 0.01 2705,-106.9 │ │ │ -0001a210: 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6"/>....modu │ │ │ -0001a290: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ -0001a2a0: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 pplied_forces │ │ │ -0001a2b0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0001a2c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c _gromacs_gmxlib< │ │ │ -0001a2d0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -0001a2e0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -0001a2f0: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d37 ="#bfbfbf" d="M7 │ │ │ -0001a300: 3534 2e34 322c 2d31 3632 2e30 3943 3731 54.42,-162.09C71 │ │ │ -0001a310: 332e 3633 2c2d 3136 382e 3436 2036 3534 3.63,-168.46 654 │ │ │ -0001a320: 2e37 312c 2d31 3831 2e30 3420 3630 382c .71,-181.04 608, │ │ │ -0001a330: 2d32 3034 2e36 3120 3530 312e 3236 2c2d -204.61 501.26,- │ │ │ -0001a340: 3235 382e 3437 2032 3337 2c2d 3437 342e 258.47 237,-474. │ │ │ -0001a350: 3720 3233 372c 2d35 3934 2e32 3720 3233 7 237,-594.27 23 │ │ │ -0001a360: 372c 2d37 3834 2e38 3820 3233 372c 2d37 7,-784.88 237,-7 │ │ │ -0001a370: 3834 2e38 3820 3233 372c 2d37 3834 2e38 84.88 237,-784.8 │ │ │ -0001a380: 3820 3233 372c 2d38 3139 2032 3236 2e31 8 237,-819 226.1 │ │ │ -0001a390: 322c 2d38 3337 2e39 3420 3235 322c 2d38 2,-837.94 252,-8 │ │ │ -0001a3a0: 3630 2e31 3820 3239 312e 3132 2c2d 3839 60.18 291.12,-89 │ │ │ -0001a3b0: 332e 3820 3130 3735 2e34 2c2d 3930 352e 3.8 1075.4,-905. │ │ │ -0001a3c0: 3731 2031 3236 372e 3033 2c2d 3930 382e 71 1267.03,-908. │ │ │ -0001a3d0: 3133 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 13"/>.<polygon f │ │ │ -0001a3e0: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ -0001a3f0: 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 roke="#bfbfbf" p │ │ │ -0001a400: 6f69 6e74 733d 2231 3236 372e 3231 2c2d oints="1267.21,- │ │ │ -0001a410: 3931 312e 3633 2031 3237 372e 3236 2c2d 911.63 1277.26,- │ │ │ -0001a420: 3930 382e 3235 2031 3236 372e 332c 2d39 908.25 1267.3,-9 │ │ │ -0001a430: 3034 2e36 3320 3132 3637 2e32 312c 2d39 04.63 1267.21,-9 │ │ │ -0001a440: 3131 2e36 3322 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 11.63"/>.</g>.<! │ │ │ -0001a450: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -0001a460: 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f omacs_applied_fo │ │ │ -0001a470: 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 rces->mod │ │ │ -0001a480: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001a490: 6861 7264 7761 7265 202d 2d3e 0a3c 6720 hardware -->.<g │ │ │ -0001a4a0: 6964 3d22 6564 6765 3137 3522 2063 6c61 id="edge175" cla │ │ │ -0001a4b0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -0001a4c0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -0001a4d0: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ -0001a4e0: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ -0001a4f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f68 le_src_gromacs_h │ │ │ -0001a500: 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 3e0a ardware. │ │ │ -0001a510: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ... │ │ │ -0001a6b0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_src_gr │ │ │ -0001a730: 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f omacs_applied_fo │ │ │ -0001a740: 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 rces->mod │ │ │ -0001a750: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001a760: 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 6974 6c65 3e0a options. │ │ │ -0001a770: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....mod │ │ │ -0001a8d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001a8e0: 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 2623 applied_forces&# │ │ │ -0001a8f0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0001a900: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c c_gromacs_mdlib< │ │ │ -0001a910: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -0001a920: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -0001a930: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ -0001a940: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ -0001a950: 2220 643d 224d 3737 372e 3236 2c2d 3136 " d="M777.26,-16 │ │ │ -0001a960: 372e 3137 4336 3933 2e39 352c 2d32 3034 7.17C693.95,-204 │ │ │ -0001a970: 2e36 3820 3433 372c 2d33 3336 2e32 2034 .68 437,-336.2 4 │ │ │ -0001a980: 3337 2c2d 3533 312e 3420 3433 372c 2d35 37,-531.4 437,-5 │ │ │ -0001a990: 3936 2e32 3720 3433 372c 2d35 3936 2e32 96.27 437,-596.2 │ │ │ -0001a9a0: 3720 3433 372c 2d35 3936 2e32 3720 3433 7 437,-596.27 43 │ │ │ -0001a9b0: 372c 2d36 3438 2e34 3220 3437 392e 3236 7,-648.42 479.26 │ │ │ -0001a9c0: 2c2d 3635 302e 3536 2035 3237 2c2d 3637 ,-650.56 527,-67 │ │ │ -0001a9d0: 312e 3537 2036 3337 2e38 2c2d 3732 302e 1.57 637.8,-720. │ │ │ -0001a9e0: 3334 2036 3932 2e36 352c 2d36 3436 2e31 34 692.65,-646.1 │ │ │ -0001a9f0: 3920 3739 372c 2d37 3037 2e35 3720 3830 9 797,-707.57 80 │ │ │ -0001aa00: 392e 3833 2c2d 3731 352e 3132 2038 3034 9.83,-715.12 804 │ │ │ -0001aa10: 2e30 392c 2d37 3237 2e30 3220 3831 372c .09,-727.02 817, │ │ │ -0001aa20: 2d37 3334 2e34 3420 3838 322e 3738 2c2d -734.44 882.78,- │ │ │ -0001aa30: 3737 322e 3237 2031 3131 332e 3631 2c2d 772.27 1113.61,- │ │ │ -0001aa40: 3738 302e 3536 2031 3230 352e 3637 2c2d 780.56 1205.67,- │ │ │ -0001aa50: 3738 322e 3337 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 782.37"/>.<polyg │ │ │ -0001aa60: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 on fill="#282fcc │ │ │ -0001aa70: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 " stroke="#282fc │ │ │ -0001aa80: 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 3230 352e c" points="1205. │ │ │ -0001aa90: 3632 2c2d 3738 352e 3837 2031 3231 352e 62,-785.87 1215. │ │ │ -0001aaa0: 3638 2c2d 3738 322e 3535 2031 3230 352e 68,-782.55 1205. │ │ │ -0001aab0: 3735 2c2d 3737 382e 3837 2031 3230 352e 75,-778.87 1205. │ │ │ -0001aac0: 3632 2c2d 3738 352e 3837 222f 3e0a 3c2f 62,-785.87"/>.</ │ │ │ -0001aad0: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -0001aae0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 rc_gromacs_appli │ │ │ -0001aaf0: 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 ed_forces-&g │ │ │ -0001ab00: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -0001ab10: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d 3e0a macs_fileio -->. │ │ │ -0001ab20: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3637 2220 <g id="edge167" │ │ │ -0001ab30: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -0001ab40: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -0001ab50: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ -0001ab60: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ -0001ab70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001ab80: 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e s_fileio │ │ │ -0001ab90: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_src_grom │ │ │ -0001ad30: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ -0001ad40: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ -0001ad50: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -0001ad60: 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 types.

.... │ │ │ -0001afb0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3731 2220 .module_src_ │ │ │ -0001afe0: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ -0001aff0: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ -0001b000: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001b010: 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e s_domdec │ │ │ -0001b020: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ...< │ │ │ -0001b140: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>. │ │ │ -0001b190: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3137 3922 ..< │ │ │ -0001b1b0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -0001b1c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ -0001b1d0: 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b _forces-> │ │ │ -0001b1e0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001b1f0: 6373 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 6974 6c65 cs_mdspan... │ │ │ -0001b2f0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_src_gro │ │ │ -0001b370: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ -0001b380: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ -0001b390: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 le_src_gromacs_e │ │ │ -0001b3a0: 7761 6c64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 wald......module │ │ │ -0001b540: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ -0001b550: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b lied_forces- │ │ │ -0001b560: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0001b570: 726f 6d61 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 romacs_random</t │ │ │ -0001b580: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -0001b590: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -0001b5a0: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 652d 6461 black" stroke-da │ │ │ -0001b5b0: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -0001b5c0: 224d 3735 382e 3133 2c2d 3134 362e 3833 "M758.13,-146.83 │ │ │ -0001b5d0: 4336 3835 2e33 342c 2d31 3334 2e39 3220 C685.34,-134.92 │ │ │ -0001b5e0: 3534 322e 362c 2d31 3131 2e35 3720 3437 542.6,-111.57 47 │ │ │ -0001b5f0: 322e 3233 2c2d 3130 302e 3035 222f 3e0a 2.23,-100.05"/>. │ │ │ -0001b600: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2262 <polygon fill="b │ │ │ -0001b610: 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 3d22 626c lack" stroke="bl │ │ │ -0001b620: 6163 6b22 2070 6f69 6e74 733d 2234 3732 ack" points="472 │ │ │ -0001b630: 2e34 322c 2d39 362e 3534 2034 3631 2e39 .42,-96.54 461.9 │ │ │ -0001b640: 382c 2d39 382e 3337 2034 3731 2e32 392c 8,-98.37 471.29, │ │ │ -0001b650: 2d31 3033 2e34 3420 3437 322e 3432 2c2d -103.44 472.42,- │ │ │ -0001b660: 3936 2e35 3422 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 96.54"/>.</g>.<! │ │ │ -0001b670: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -0001b680: 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f omacs_applied_fo │ │ │ -0001b690: 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 rces->mod │ │ │ -0001b6a0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001b6b0: 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7320 2d2d gmxpreprocess -- │ │ │ -0001b6c0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3732 >.<g id="edge172 │ │ │ -0001b6d0: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ -0001b6e0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ -0001b6f0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 c_gromacs_applie │ │ │ -0001b700: 645f 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 d_forces-> │ │ │ -0001b710: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001b720: 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 acs_gmxpreproces │ │ │ -0001b730: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s... │ │ │ -0001b9c0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...modu │ │ │ -0001bbf0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ -0001bc00: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 pplied_forces │ │ │ -0001bc10: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0001bc20: 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 _gromacs_command │ │ │ -0001bc30: 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 line......module_src_gro │ │ │ -0001bde0: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ -0001bdf0: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ -0001be00: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -0001be10: 6472 756e 7574 696c 6974 793c 2f74 6974 drunutility.. │ │ │ -0001bf70: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....m │ │ │ -0001bfe0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001bff0: 735f 6e62 6e78 6d26 2334 353b 2667 743b s_nbnxm-> │ │ │ -0001c000: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001c010: 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 cs_gmxlib.... │ │ │ -0001c100: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..modul │ │ │ -0001c170: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6e62 e_src_gromacs_nb │ │ │ -0001c180: 6e78 6d26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 nxm->modu │ │ │ -0001c190: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f68 le_src_gromacs_h │ │ │ -0001c1a0: 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 3e0a ardware. │ │ │ -0001c1b0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .... │ │ │ -0001c300: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3837 2220 .module_src_ │ │ │ -0001c330: 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d26 2334 gromacs_nbnxm │ │ │ -0001c340: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0001c350: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f _gromacs_mdlib.. │ │ │ -0001c470: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .... │ │ │ -0001c4e0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001c4f0: 6373 5f6e 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 cs_nbnxm-> │ │ │ -0001c500: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001c510: 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 acs_mdtypes</tit │ │ │ -0001c520: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -0001c530: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 7265 none" stroke="re │ │ │ -0001c540: 6422 2064 3d22 4d31 3633 312e 3838 2c2d d" d="M1631.88,- │ │ │ -0001c550: 3936 302e 3239 4331 3630 342e 3735 2c2d 960.29C1604.75,- │ │ │ -0001c560: 3933 382e 3737 2031 3534 352e 3135 2c2d 938.77 1545.15,- │ │ │ -0001c570: 3839 312e 3439 2031 3531 322e 3439 2c2d 891.49 1512.49,- │ │ │ -0001c580: 3836 352e 3539 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 865.59"/>.<polyg │ │ │ -0001c590: 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 6564 2220 7374 on fill="red" st │ │ │ -0001c5a0: 726f 6b65 3d22 7265 6422 2070 6f69 6e74 roke="red" point │ │ │ -0001c5b0: 733d 2231 3531 342e 3434 2c2d 3836 322e s="1514.44,-862. │ │ │ -0001c5c0: 3636 2031 3530 342e 3433 2c2d 3835 392e 66 1504.43,-859. │ │ │ -0001c5d0: 3139 2031 3531 302e 3039 2c2d 3836 382e 19 1510.09,-868. │ │ │ -0001c5e0: 3135 2031 3531 342e 3434 2c2d 3836 322e 15 1514.44,-862. │ │ │ -0001c5f0: 3636 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 66"/>.</g>.<!-- │ │ │ -0001c600: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001c610: 6373 5f6e 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 cs_nbnxm-> │ │ │ -0001c620: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001c630: 6163 735f 646f 6d64 6563 202d 2d3e 0a3c acs_domdec -->.< │ │ │ -0001c640: 6720 6964 3d22 6564 6765 3138 3522 2063 g id="edge185" c │ │ │ -0001c650: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -0001c660: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -0001c670: 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 2623 3435 romacs_nbnxm- │ │ │ -0001c680: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001c690: 6772 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 3c2f gromacs_domdec</ │ │ │ -0001c6a0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0001c6b0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0001c6c0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -0001c6d0: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -0001c6e0: 2064 3d22 4d31 3637 372e 3137 2c2d 3936 d="M1677.17,-96 │ │ │ -0001c6f0: 382e 3334 4331 3737 302e 3737 2c2d 3935 8.34C1770.77,-95 │ │ │ -0001c700: 382e 3539 2032 3034 322c 2d39 3234 2e37 8.59 2042,-924.7 │ │ │ -0001c710: 3620 3230 3432 2c2d 3834 372e 3735 2032 6 2042,-847.75 2 │ │ │ -0001c720: 3034 322c 2d38 3437 2e37 3520 3230 3432 042,-847.75 2042 │ │ │ -0001c730: 2c2d 3834 372e 3735 2032 3034 322c 2d37 ,-847.75 2042,-7 │ │ │ -0001c740: 3832 2e38 3820 3230 3432 2c2d 3638 372e 82.88 2042,-687. │ │ │ -0001c750: 3531 2032 3032 302e 3136 2c2d 3636 312e 51 2020.16,-661. │ │ │ -0001c760: 3031 2031 3936 372c 2d35 3831 2e38 3320 01 1967,-581.83 │ │ │ -0001c770: 3139 3533 2e38 352c 2d35 3632 2e32 3520 1953.85,-562.25 │ │ │ -0001c780: 3139 3338 2e33 2c2d 3536 372e 3035 2031 1938.3,-567.05 1 │ │ │ -0001c790: 3932 382c 2d35 3435 2e38 3320 3138 3938 928,-545.83 1898 │ │ │ -0001c7a0: 2e32 392c 2d34 3834 2e36 3220 3139 3435 .29,-484.62 1945 │ │ │ -0001c7b0: 2e36 392c 2d34 3534 2e34 3420 3139 3136 .69,-454.44 1916 │ │ │ -0001c7c0: 2c2d 3339 332e 3232 2031 3838 372e 3339 ,-393.22 1887.39 │ │ │ -0001c7d0: 2c2d 3333 342e 3231 2031 3831 322e 3339 ,-334.21 1812.39 │ │ │ -0001c7e0: 2c2d 3330 342e 3920 3137 3635 2e38 322c ,-304.9 1765.82, │ │ │ -0001c7f0: 2d32 3931 2e36 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 -291.6"/>.<polyg │ │ │ -0001c800: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 on fill="#282fcc │ │ │ -0001c810: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 " stroke="#282fc │ │ │ -0001c820: 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 3736 362e c" points="1766. │ │ │ -0001c830: 3633 2c2d 3238 382e 3139 2031 3735 362e 63,-288.19 1756. │ │ │ -0001c840: 3036 2c2d 3238 382e 3933 2031 3736 342e 06,-288.93 1764. │ │ │ -0001c850: 3738 2c2d 3239 342e 3935 2031 3736 362e 78,-294.95 1766. │ │ │ -0001c860: 3633 2c2d 3238 382e 3139 222f 3e0a 3c2f 63,-288.19"/>.</ │ │ │ -0001c870: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -0001c880: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d rc_gromacs_nbnxm │ │ │ -0001c890: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -0001c8a0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c src_gromacs_ewal │ │ │ -0001c8b0: 6420 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 d -->.<g id="edg │ │ │ -0001c8c0: 6531 3838 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e188" class="edg │ │ │ -0001c8d0: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -0001c8e0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6e62 e_src_gromacs_nb │ │ │ -0001c8f0: 6e78 6d26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 nxm->modu │ │ │ -0001c900: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 le_src_gromacs_e │ │ │ -0001c910: 7761 6c64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 wald.... │ │ │ -0001ca90: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f .. │ │ │ -0001cb00: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001cb10: 6373 5f6e 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 cs_nbnxm-> │ │ │ -0001cb20: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001cb30: 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 acs_listed_force │ │ │ -0001cb40: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s..

....module_src_gr │ │ │ -0001cd40: 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d26 2334 353b omacs_nbnxm- │ │ │ -0001cd50: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0001cd60: 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 6c73 romacs_gpu_utils │ │ │ -0001cd70: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 . │ │ │ -0001cde0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module_ │ │ │ -0001d0a0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a src_gromacs_traj │ │ │ -0001d0b0: 6563 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 ectoryanalysis&# │ │ │ -0001d0c0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0001d0d0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ -0001d0e0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......mod │ │ │ -0001d290: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001d2a0: 7472 616a 6563 746f 7279 616e 616c 7973 trajectoryanalys │ │ │ -0001d2b0: 6973 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c is->modul │ │ │ -0001d2c0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -0001d2d0: 7861 6e61 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xana..

... │ │ │ -0001d500: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -0001d510: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 6e61 6c79 rc_gromacs_analy │ │ │ -0001d520: 7369 7364 6174 613c 2f74 6974 6c65 3e0a sisdata. │ │ │ -0001d530: 3c67 2069 643d 2261 5f6e 6f64 6533 3522 ..analys │ │ │ -0001d650: 6973 6461 7461 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f isdata......module_ │ │ │ -0001d6f0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a src_gromacs_traj │ │ │ -0001d700: 6563 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 ectoryanalysis&# │ │ │ -0001d710: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0001d720: 635f 6772 6f6d 6163 735f 616e 616c 7973 c_gromacs_analys │ │ │ -0001d730: 6973 6461 7461 3c2f 7469 746c 653e 0a3c isdata.< │ │ │ -0001d740: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0001d750: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -0001d760: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -0001d770: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d36 3530 ay="5,2" d="M650 │ │ │ -0001d780: 2e37 372c 2d36 3435 2e36 3943 3637 322e .77,-645.69C672. │ │ │ -0001d790: 372c 2d36 3335 2e39 3420 3730 342e 3338 7,-635.94 704.38 │ │ │ -0001d7a0: 2c2d 3632 312e 3837 2037 3238 2e33 322c ,-621.87 728.32, │ │ │ -0001d7b0: 2d36 3131 2e32 3322 2f3e 0a3c 706f 6c79 -611.23"/>... │ │ │ -0001d830: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f │ │ │ -0001d880: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3139 3322 ..< │ │ │ -0001d8a0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -0001d8b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 _gromacs_traject │ │ │ -0001d8c0: 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b oryanalysis- │ │ │ -0001d8d0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0001d8e0: 726f 6d61 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 romacs_random.... │ │ │ -0001da50: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..mod │ │ │ -0001daa0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001dab0: 636f 6f72 6469 6e61 7465 696f 3c2f 7469 coordinateio</ti │ │ │ -0001dac0: 746c 653e 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f tle>.<g id="a_no │ │ │ -0001dad0: 6465 3430 223e 3c61 2078 6c69 6e6b 3a68 de40"><a xlink:h │ │ │ -0001dae0: 7265 663d 2267 726f 7570 5f5f 6d6f 6475 ref="group__modu │ │ │ -0001daf0: 6c65 5f5f 636f 6f72 6469 6e61 7465 696f le__coordinateio │ │ │ -0001db00: 2e78 6874 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 .xhtml" target=" │ │ │ -0001db10: 5f74 6f70 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c _top" xlink:titl │ │ │ -0001db20: 653d 2263 6f6f 7264 696e 6174 6569 6f22 e="coordinateio" │ │ │ -0001db30: 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 2066 696c 6c3d >.<ellipse fill= │ │ │ -0001db40: 2223 6666 6363 6363 2220 7374 726f 6b65 "#ffcccc" stroke │ │ │ -0001db50: 3d22 626c 6163 6b22 2063 783d 2236 3235 ="black" cx="625 │ │ │ -0001db60: 2220 6379 3d22 2d35 3935 2e32 3722 2072 " cy="-595.27" r │ │ │ -0001db70: 783d 2234 382e 3538 2220 7279 3d22 3133 x="48.58" ry="13 │ │ │ -0001db80: 2e33 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 .37"/>.<text tex │ │ │ -0001db90: 742d 616e 6368 6f72 3d22 6d69 6464 6c65 t-anchor="middle │ │ │ -0001dba0: 2220 783d 2236 3235 2220 793d 222d 3539 " x="625" y="-59 │ │ │ -0001dbb0: 322e 3737 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 2.77" font-famil │ │ │ -0001dbc0: 793d 2246 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e y="FreeSans" fon │ │ │ -0001dbd0: 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e63 t-size="10.00">c │ │ │ -0001dbe0: 6f6f 7264 696e 6174 6569 6f3c 2f74 6578 oordinateio</tex │ │ │ -0001dbf0: 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 t>.</a>.</g>.</g │ │ │ -0001dc00: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ -0001dc10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 c_gromacs_trajec │ │ │ -0001dc20: 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 3435 toryanalysis- │ │ │ -0001dc30: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001dc40: 6772 6f6d 6163 735f 636f 6f72 6469 6e61 gromacs_coordina │ │ │ -0001dc50: 7465 696f 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 teio -->.<g id=" │ │ │ -0001dc60: 6564 6765 3139 3222 2063 6c61 7373 3d22 edge192" class=" │ │ │ -0001dc70: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ -0001dc80: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001dc90: 5f74 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 _trajectoryanaly │ │ │ -0001dca0: 7369 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sis->modu │ │ │ -0001dcb0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 le_src_gromacs_c │ │ │ -0001dcc0: 6f6f 7264 696e 6174 6569 6f3c 2f74 6974 oordinateio</tit │ │ │ -0001dcd0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -0001dce0: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ -0001dcf0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ -0001dd00: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -0001dd10: 224d 3632 352c 2d36 3434 2e35 3243 3632 "M625,-644.52C62 │ │ │ -0001dd20: 352c 2d36 3337 2e31 3820 3632 352c 2d36 5,-637.18 625,-6 │ │ │ -0001dd30: 3237 2e36 3920 3632 352c 2d36 3139 2e30 27.69 625,-619.0 │ │ │ -0001dd40: 3822 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 8"/>.<polygon fi │ │ │ -0001dd50: 6c6c 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 ll="#282fcc" str │ │ │ -0001dd60: 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f oke="#282fcc" po │ │ │ -0001dd70: 696e 7473 3d22 3632 382e 352c 2d36 3138 ints="628.5,-618 │ │ │ -0001dd80: 2e38 3620 3632 352c 2d36 3038 2e38 3620 .86 625,-608.86 │ │ │ -0001dd90: 3632 312e 352c 2d36 3138 2e38 3620 3632 621.5,-618.86 62 │ │ │ -0001dda0: 382e 352c 2d36 3138 2e38 3622 2f3e 0a3c 8.5,-618.86"/>.< │ │ │ -0001ddb0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.<!-- module_ │ │ │ -0001ddc0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a src_gromacs_traj │ │ │ -0001ddd0: 6563 746f 7279 616e 616c 7973 6973 2623 ectoryanalysis&# │ │ │ -0001dde0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0001ddf0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 c_gromacs_gmxpre │ │ │ -0001de00: 7072 6f63 6573 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 process -->.<g i │ │ │ -0001de10: 643d 2265 6467 6531 3936 2220 636c 6173 d="edge196" clas │ │ │ -0001de20: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ -0001de30: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ -0001de40: 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 616e acs_trajectoryan │ │ │ -0001de50: 616c 7973 6973 2623 3435 3b26 6774 3b6d alysis->m │ │ │ -0001de60: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001de70: 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 733c s_gmxpreprocess< │ │ │ -0001de80: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -0001de90: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -0001dea0: 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b ="#2ccc28" strok │ │ │ -0001deb0: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ -0001dec0: 2220 643d 224d 3638 352e 3039 2c2d 3636 " d="M685.09,-66 │ │ │ -0001ded0: 332e 3432 4338 3338 2e31 392c 2d36 3734 3.42C838.19,-674 │ │ │ -0001dee0: 2e33 3720 3132 3332 2e38 382c 2d37 3032 .37 1232.88,-702 │ │ │ -0001def0: 2e38 3720 3132 3631 2c2d 3730 372e 3537 .87 1261,-707.57 │ │ │ -0001df00: 2031 3437 392e 3336 2c2d 3734 342e 3037 1479.36,-744.07 │ │ │ -0001df10: 2031 3630 372e 3635 2c2d 3635 382e 3132 1607.65,-658.12 │ │ │ -0001df20: 2031 3734 332c 2d38 3333 2e33 3120 3138 1743,-833.31 18 │ │ │ -0001df30: 3334 2e35 332c 2d39 3531 2e37 3820 3132 34.53,-951.78 12 │ │ │ -0001df40: 3535 2e35 372c 2d31 3032 352e 3733 2031 55.57,-1025.73 1 │ │ │ -0001df50: 3131 382c 2d31 3038 342e 3739 2031 3030 118,-1084.79 100 │ │ │ -0001df60: 332e 3731 2c2d 3131 3333 2e38 3520 3933 3.71,-1133.85 93 │ │ │ -0001df70: 332e 3236 2c2d 3131 3034 2e36 3620 3836 3.26,-1104.66 86 │ │ │ -0001df80: 382c 2d31 3231 302e 3533 2038 3138 2e34 8,-1210.53 818.4 │ │ │ -0001df90: 342c 2d31 3239 302e 3933 2039 3738 2e37 4,-1290.93 978.7 │ │ │ -0001dfa0: 342c 2d31 3235 332e 3139 2031 3037 312c 4,-1253.19 1071, │ │ │ -0001dfb0: 2d31 3237 332e 3420 3131 3538 2e31 352c -1273.4 1158.15, │ │ │ -0001dfc0: 2d31 3239 322e 3439 2031 3235 382e 3733 -1292.49 1258.73 │ │ │ -0001dfd0: 2c2d 3133 3230 2e30 3820 3133 3134 2e39 ,-1320.08 1314.9 │ │ │ -0001dfe0: 392c 2d31 3333 362e 3032 222f 3e0a 3c70 9,-1336.02"/>.<p │ │ │ -0001dff0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3263 olygon fill="#2c │ │ │ -0001e000: 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 cc28" stroke="#2 │ │ │ -0001e010: 6363 6332 3822 2070 6f69 6e74 733d 2231 ccc28" points="1 │ │ │ -0001e020: 3331 342e 3036 2c2d 3133 3339 2e34 2031 314.06,-1339.4 1 │ │ │ -0001e030: 3332 342e 3634 2c2d 3133 3338 2e37 3620 324.64,-1338.76 │ │ │ -0001e040: 3133 3135 2e39 382c 2d31 3333 322e 3636 1315.98,-1332.66 │ │ │ -0001e050: 2031 3331 342e 3036 2c2d 3133 3339 2e34 1314.06,-1339.4 │ │ │ -0001e060: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ -0001e070: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001e080: 5f74 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 _trajectoryanaly │ │ │ -0001e090: 7369 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sis->modu │ │ │ -0001e0a0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f73 le_src_gromacs_s │ │ │ -0001e0b0: 7461 7469 7374 6963 7320 2d2d 3e0a 3c67 tatistics -->.<g │ │ │ -0001e0c0: 2069 643d 2265 6467 6531 3934 2220 636c id="edge194" cl │ │ │ -0001e0d0: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -0001e0e0: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -0001e0f0: 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 746f 7279 omacs_trajectory │ │ │ -0001e100: 616e 616c 7973 6973 2623 3435 3b26 6774 analysis-> │ │ │ -0001e110: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001e120: 6163 735f 7374 6174 6973 7469 6373 3c2f acs_statistics</ │ │ │ -0001e130: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0001e140: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0001e150: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -0001e160: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -0001e170: 2064 3d22 4d36 3634 2e38 312c 2d36 3437 d="M664.81,-647 │ │ │ -0001e180: 2e33 3843 3730 342e 3432 2c2d 3633 372e .38C704.42,-637. │ │ │ -0001e190: 3635 2037 3636 2e39 342c 2d36 3232 2e32 65 766.94,-622.2 │ │ │ -0001e1a0: 3420 3832 312c 2d36 3038 2e37 2038 3233 4 821,-608.7 823 │ │ │ -0001e1b0: 2e38 332c 2d36 3037 2e39 3920 3832 362e .83,-607.99 826. │ │ │ -0001e1c0: 3736 2c2d 3630 372e 3236 2038 3239 2e37 76,-607.26 829.7 │ │ │ -0001e1d0: 2c2d 3630 362e 3531 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-606.51"/>.<pol │ │ │ -0001e1e0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 ygon fill="#282f │ │ │ -0001e1f0: 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 cc" stroke="#282 │ │ │ -0001e200: 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2238 3330 fcc" points="830 │ │ │ -0001e210: 2e38 352c 2d36 3039 2e38 3320 3833 392e .85,-609.83 839. │ │ │ -0001e220: 3639 2c2d 3630 332e 3939 2038 3239 2e31 69,-603.99 829.1 │ │ │ -0001e230: 332c 2d36 3033 2e30 3520 3833 302e 3835 3,-603.05 830.85 │ │ │ -0001e240: 2c2d 3630 392e 3833 222f 3e0a 3c2f 673e ,-609.83"/>.</g> │ │ │ -0001e250: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -0001e260: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 _gromacs_traject │ │ │ -0001e270: 6f72 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b oryanalysis- │ │ │ -0001e280: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -0001e290: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ -0001e2a0: 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ne -->.<g id="ed │ │ │ -0001e2b0: 6765 3139 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge191" class="ed │ │ │ -0001e2c0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ -0001e2d0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ -0001e2e0: 7261 6a65 6374 6f72 7961 6e61 6c79 7369 rajectoryanalysi │ │ │ -0001e2f0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -0001e300: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d _src_gromacs_com │ │ │ -0001e310: 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e mandline │ │ │ -0001e320: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ..< │ │ │ -0001e3a0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ -0001e3b0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ -0001e3c0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ -0001e3d0: 3130 3634 2e36 362c 2d36 3036 2e36 2031 1064.66,-606.6 1 │ │ │ -0001e3e0: 3037 342e 3135 2c2d 3630 312e 3920 3130 074.15,-601.9 10 │ │ │ -0001e3f0: 3633 2e38 2c2d 3539 392e 3635 2031 3036 63.8,-599.65 106 │ │ │ -0001e400: 342e 3636 2c2d 3630 362e 3622 2f3e 0a3c 4.66,-606.6"/>.< │ │ │ -0001e410: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>..< │ │ │ -0001e440: 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3332 2220 636c g id="node32" cl │ │ │ -0001e450: 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a 3c74 6974 ass="node">.module_src_gr │ │ │ -0001e470: 6f6d 6163 735f 656e 6572 6779 616e 616c omacs_energyanal │ │ │ -0001e480: 7973 6973 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 6720 ysis...energ │ │ │ -0001e5b0: 7961 6e61 6c79 7369 733c 2f74 6578 743e yanalysis │ │ │ -0001e5c0: 0a3c 2f61 3e0a 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a .... │ │ │ -0001e5d0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_src_gro │ │ │ -0001e650: 6d61 6373 5f65 6e65 7267 7961 6e61 6c79 macs_energyanaly │ │ │ -0001e660: 7369 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sis->modu │ │ │ -0001e670: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ -0001e680: 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ileio.

.....modul │ │ │ -0001e800: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 656e e_src_gromacs_en │ │ │ -0001e810: 6572 6779 616e 616c 7973 6973 2623 3435 ergyanalysis- │ │ │ -0001e820: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001e830: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7861 6e61 3c2f gromacs_gmxana</ │ │ │ -0001e840: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0001e850: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0001e860: 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 "#2ccc28" stroke │ │ │ -0001e870: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -0001e880: 2064 3d22 4d39 3235 2e36 312c 2d36 3630 d="M925.61,-660 │ │ │ -0001e890: 2e37 3443 3132 3132 2e36 322c 2d36 3639 .74C1212.62,-669 │ │ │ -0001e8a0: 2e30 3320 3235 3133 2e31 322c 2d37 3036 .03 2513.12,-706 │ │ │ -0001e8b0: 2e36 3620 3235 3134 2c2d 3730 372e 3537 .66 2514,-707.57 │ │ │ -0001e8c0: 2032 3636 322e 3737 2c2d 3836 302e 3739 2662.77,-860.79 │ │ │ -0001e8d0: 2032 3434 342e 3131 2c2d 3130 3134 2e33 2444.11,-1014.3 │ │ │ -0001e8e0: 3720 3232 3534 2c2d 3131 3131 2e36 3620 7 2254,-1111.66 │ │ │ -0001e8f0: 3230 3139 2e39 372c 2d31 3233 312e 3433 2019.97,-1231.43 │ │ │ -0001e900: 2031 3933 362e 322c 2d31 3139 392e 3834 1936.2,-1199.84 │ │ │ -0001e910: 2031 3637 362c 2d31 3233 372e 3420 3134 1676,-1237.4 14 │ │ │ -0001e920: 3433 2e38 352c 2d31 3237 302e 3931 2031 43.85,-1270.91 1 │ │ │ -0001e930: 3136 322e 3732 2c2d 3132 3831 2e36 3920 162.72,-1281.69 │ │ │ -0001e940: 3130 3534 2e34 392c 2d31 3238 342e 3735 1054.49,-1284.75 │ │ │ -0001e950: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -0001e960: 6c3d 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f l="#2ccc28" stro │ │ │ -0001e970: 6b65 3d22 2332 6363 6332 3822 2070 6f69 ke="#2ccc28" poi │ │ │ -0001e980: 6e74 733d 2231 3035 342e 3136 2c2d 3132 nts="1054.16,-12 │ │ │ -0001e990: 3831 2e32 3620 3130 3434 2e32 362c 2d31 81.26 1044.26,-1 │ │ │ -0001e9a0: 3238 352e 3033 2031 3035 342e 3336 2c2d 285.03 1054.36,- │ │ │ -0001e9b0: 3132 3838 2e32 3620 3130 3534 2e31 362c 1288.26 1054.16, │ │ │ -0001e9c0: 2d31 3238 312e 3236 222f 3e0a 3c2f 673e -1281.26"/>.</g> │ │ │ -0001e9d0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -0001e9e0: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 6e65 7267 7961 _gromacs_energya │ │ │ -0001e9f0: 6e61 6c79 7369 7326 2334 353b 2667 743b nalysis-> │ │ │ -0001ea00: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001ea10: 6373 5f73 7461 7469 7374 6963 7320 2d2d cs_statistics -- │ │ │ -0001ea20: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3939 >.<g id="edge199 │ │ │ -0001ea30: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ -0001ea40: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ -0001ea50: 635f 6772 6f6d 6163 735f 656e 6572 6779 c_gromacs_energy │ │ │ -0001ea60: 616e 616c 7973 6973 2623 3435 3b26 6774 analysis-> │ │ │ -0001ea70: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001ea80: 6163 735f 7374 6174 6973 7469 6373 3c2f acs_statistics</ │ │ │ -0001ea90: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0001eaa0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0001eab0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -0001eac0: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -0001ead0: 2064 3d22 4d38 3730 2c2d 3634 342e 3532 d="M870,-644.52 │ │ │ -0001eae0: 4338 3730 2c2d 3633 372e 3138 2038 3730 C870,-637.18 870 │ │ │ -0001eaf0: 2c2d 3632 372e 3639 2038 3730 2c2d 3631 ,-627.69 870,-61 │ │ │ -0001eb00: 392e 3038 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 9.08"/>.<polygon │ │ │ -0001eb10: 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 fill="#282fcc" │ │ │ -0001eb20: 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 stroke="#282fcc" │ │ │ -0001eb30: 2070 6f69 6e74 733d 2238 3733 2e35 2c2d points="873.5,- │ │ │ -0001eb40: 3631 382e 3836 2038 3730 2c2d 3630 382e 618.86 870,-608. │ │ │ -0001eb50: 3836 2038 3636 2e35 2c2d 3631 382e 3836 86 866.5,-618.86 │ │ │ -0001eb60: 2038 3733 2e35 2c2d 3631 382e 3836 222f 873.5,-618.86"/ │ │ │ -0001eb70: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -0001eb80: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 le_src_gromacs_e │ │ │ -0001eb90: 6e65 7267 7961 6e61 6c79 7369 7326 2334 nergyanalysis │ │ │ -0001eba0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0001ebb0: 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 _gromacs_command │ │ │ -0001ebc0: 6c69 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 line -->.<g id=" │ │ │ -0001ebd0: 6564 6765 3139 3722 2063 6c61 7373 3d22 edge197" class=" │ │ │ -0001ebe0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ -0001ebf0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001ec00: 5f65 6e65 7267 7961 6e61 6c79 7369 7326 _energyanalysis& │ │ │ -0001ec10: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -0001ec20: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 rc_gromacs_comma │ │ │ -0001ec30: 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c ndline.< │ │ │ -0001ec40: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -0001ec50: 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 stroke="black" │ │ │ -0001ec60: 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 6179 stroke-dasharray │ │ │ -0001ec70: 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d39 3037 2e34 ="5,2" d="M907.4 │ │ │ -0001ec80: 332c 2d36 3438 2e30 3243 3935 312e 3934 3,-648.02C951.94 │ │ │ -0001ec90: 2c2d 3633 372e 3139 2031 3032 362e 3231 ,-637.19 1026.21 │ │ │ -0001eca0: 2c2d 3631 392e 3120 3130 3734 2e31 342c ,-619.1 1074.14, │ │ │ -0001ecb0: 2d36 3037 2e34 3322 2f3e 0a3c 706f 6c79 -607.43"/>...< │ │ │ -0001ed30: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0001ed40: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 3435 romacs_ewald- │ │ │ -0001ed50: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001ed60: 6772 6f6d 6163 735f 6666 7420 2d2d 3e0a gromacs_fft -->. │ │ │ -0001ed70: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3032 2220 .module_src_ │ │ │ -0001eda0: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 6426 2334 gromacs_ewald │ │ │ -0001edb0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -0001edc0: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 6674 3c2f 7469 _gromacs_fft.... │ │ │ -0001ef70: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3230 3522 ..< │ │ │ -0001ef90: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -0001efa0: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 _gromacs_ewald&# │ │ │ -0001efb0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -0001efc0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 c_gromacs_gmxlib │ │ │ -0001efd0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......mod │ │ │ -0001f1d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001f1e0: 6577 616c 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f ewald->mo │ │ │ -0001f1f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001f200: 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 _hardware...... │ │ │ -0001f430: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -0001f440: 6373 5f65 7761 6c64 2623 3435 3b26 6774 cs_ewald-> │ │ │ -0001f450: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -0001f460: 6163 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 acs_mdlib...< │ │ │ -0001f600: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mo │ │ │ -0001f670: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001f680: 5f65 7761 6c64 2623 3435 3b26 6774 3b6d _ewald->m │ │ │ -0001f690: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001f6a0: 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 s_mdtypes...< │ │ │ -0001f800: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mod │ │ │ -0001f870: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001f880: 6577 616c 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f ewald->mo │ │ │ -0001f890: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -0001f8a0: 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a _domdec. │ │ │ +00015600: 5f6d 6472 756e 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 _mdrun -->.. │ │ │ +00015630: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00015640: 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 cs_gmxpreprocess │ │ │ +00015650: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00015660: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ +00015670: 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 n...... │ │ │ +00015830: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00015840: 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 cs_gmxpreprocess │ │ │ +00015850: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00015860: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6666 743c src_gromacs_fft< │ │ │ +00015870: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00015880: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00015890: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 ="#bfbfbf" d="M1 │ │ │ +000158a0: 3339 322e 3936 2c2d 3130 3934 2e37 3743 392.96,-1094.77C │ │ │ +000158b0: 3135 3338 2e39 342c 2d31 3038 382e 3232 1538.94,-1088.22 │ │ │ +000158c0: 2031 3931 382e 3739 2c2d 3130 3639 2e34 1918.79,-1069.4 │ │ │ +000158d0: 2031 3937 322c 2d31 3034 382e 3739 2032 1972,-1048.79 2 │ │ │ +000158e0: 3035 362e 3636 2c2d 3130 3136 2032 3038 056.66,-1016 208 │ │ │ +000158f0: 372e 3939 2c2d 3130 3031 2e39 2032 3133 7.99,-1001.9 213 │ │ │ +00015900: 332c 2d39 3233 2e30 3520 3231 3633 2e37 3,-923.05 2163.7 │ │ │ +00015910: 2c2d 3836 392e 3237 2032 3135 312c 2d38 ,-869.27 2151,-8 │ │ │ +00015920: 3436 2e38 3120 3231 3531 2c2d 3738 342e 46.81 2151,-784. │ │ │ +00015930: 3838 2032 3135 312c 2d37 3834 2e38 3820 88 2151,-784.88 │ │ │ +00015940: 3231 3531 2c2d 3738 342e 3838 2032 3135 2151,-784.88 215 │ │ │ +00015950: 312c 2d35 3331 2e34 2032 3135 312c 2d34 1,-531.4 2151,-4 │ │ │ +00015960: 3935 2e35 3720 3231 3432 2e37 332c 2d34 95.57 2142.73,-4 │ │ │ +00015970: 3534 2e36 3420 3231 3336 2e38 322c 2d34 54.64 2136.82,-4 │ │ │ +00015980: 3330 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 30"/>.<polygon f │ │ │ +00015990: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ +000159a0: 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 roke="#bfbfbf" p │ │ │ +000159b0: 6f69 6e74 733d 2232 3134 302e 322c 2d34 oints="2140.2,-4 │ │ │ +000159c0: 3239 2e30 3620 3231 3334 2e33 392c 2d34 29.06 2134.39,-4 │ │ │ +000159d0: 3230 2e31 3920 3231 3333 2e34 2c2d 3433 20.19 2133.4,-43 │ │ │ +000159e0: 302e 3734 2032 3134 302e 322c 2d34 3239 0.74 2140.2,-429 │ │ │ +000159f0: 2e30 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .06"/>.</g>.<!-- │ │ │ +00015a00: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ +00015a10: 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 acs_gmxpreproces │ │ │ +00015a20: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00015a30: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d _src_gromacs_dom │ │ │ +00015a40: 6465 6320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 dec -->.<g id="e │ │ │ +00015a50: 6467 6531 3431 2220 636c 6173 733d 2265 dge141" class="e │ │ │ +00015a60: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +00015a70: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00015a80: 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 gmxpreprocess │ │ │ +00015a90: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00015aa0: 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c _gromacs_domdec< │ │ │ +00015ab0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00015ac0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00015ad0: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ +00015ae0: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ +00015af0: 2220 643d 224d 3133 3430 2e35 372c 2d31 " d="M1340.57,-1 │ │ │ +00015b00: 3038 342e 3639 4331 3335 312e 3934 2c2d 084.69C1351.94,- │ │ │ +00015b10: 3130 3533 2e34 3920 3133 3831 2e36 332c 1053.49 1381.63, │ │ │ +00015b20: 2d39 3731 2e39 3920 3133 3935 2e39 392c -971.99 1395.99, │ │ │ +00015b30: 2d39 3332 2e35 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 -932.59"/>.<poly │ │ │ +00015b40: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 3832 6663 gon fill="#282fc │ │ │ +00015b50: 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 c" stroke="#282f │ │ │ +00015b60: 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 3133 3939 cc" points="1399 │ │ │ +00015b70: 2e33 322c 2d39 3333 2e36 3920 3133 3939 .32,-933.69 1399 │ │ │ +00015b80: 2e34 352c 2d39 3233 2e31 2031 3339 322e .45,-923.1 1392. │ │ │ +00015b90: 3734 2c2d 3933 312e 3239 2031 3339 392e 74,-931.29 1399. │ │ │ +00015ba0: 3332 2c2d 3933 332e 3639 222f 3e0a 3c2f 32,-933.69"/>.</ │ │ │ +00015bb0: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +00015bc0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 rc_gromacs_gmxpr │ │ │ +00015bd0: 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 eprocess-> │ │ │ +00015be0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00015bf0: 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 7479 acs_mdrunutility │ │ │ +00015c00: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ +00015c10: 3134 3922 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 149" class="edge │ │ │ +00015c20: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ +00015c30: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ +00015c40: 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 preprocess-& │ │ │ +00015c50: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00015c60: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 omacs_mdrunutili │ │ │ +00015c70: 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ty......mod │ │ │ +00015e40: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00015e50: 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 gmxpreprocess │ │ │ +00015e60: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00015e70: 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 3c2f _gromacs_nbnxm</ │ │ │ +00015e80: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00015e90: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00015ea0: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ +00015eb0: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ +00015ec0: 2064 3d22 4d31 3333 362e 3234 2c2d 3130 d="M1336.24,-10 │ │ │ +00015ed0: 3834 2e36 3643 3133 3336 2e35 312c 2d31 84.66C1336.51,-1 │ │ │ +00015ee0: 3035 322e 3532 2031 3333 352e 3039 2c2d 052.52 1335.09,- │ │ │ +00015ef0: 3936 3520 3133 3134 2c2d 3839 362e 3138 965 1314,-896.18 │ │ │ +00015f00: 2031 3330 382e 372c 2d38 3738 2e38 3820 1308.7,-878.88 │ │ │ +00015f10: 3133 3030 2e38 332c 2d38 3737 2e33 3120 1300.83,-877.31 │ │ │ +00015f20: 3132 3935 2c2d 3836 302e 3138 2031 3234 1295,-860.18 124 │ │ │ +00015f30: 392e 3335 2c2d 3732 352e 3937 2031 3235 9.35,-725.97 125 │ │ │ +00015f40: 342e 3137 2c2d 3638 362e 3938 2031 3234 4.17,-686.98 124 │ │ │ +00015f50: 312c 2d35 3435 2e38 3320 3132 3337 2e33 1,-545.83 1237.3 │ │ │ +00015f60: 2c2d 3530 362e 3132 2031 3233 372e 3534 ,-506.12 1237.54 │ │ │ +00015f70: 2c2d 3439 352e 3920 3132 3430 2c2d 3435 ,-495.9 1240,-45 │ │ │ +00015f80: 362e 3039 2031 3234 302e 3532 2c2d 3434 6.09 1240.52,-44 │ │ │ +00015f90: 372e 3732 2031 3234 312e 3533 2c2d 3433 7.72 1241.53,-43 │ │ │ +00015fa0: 382e 3538 2031 3234 322e 3538 2c2d 3433 8.58 1242.58,-43 │ │ │ +00015fb0: 302e 3532 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 0.52"/>.<polygon │ │ │ +00015fc0: 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 fill="#282fcc" │ │ │ +00015fd0: 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 stroke="#282fcc" │ │ │ +00015fe0: 2070 6f69 6e74 733d 2231 3234 362e 3038 points="1246.08 │ │ │ +00015ff0: 2c2d 3433 302e 3735 2031 3234 332e 3939 ,-430.75 1243.99 │ │ │ +00016000: 2c2d 3432 302e 3336 2031 3233 392e 3135 ,-420.36 1239.15 │ │ │ +00016010: 2c2d 3432 392e 3739 2031 3234 362e 3038 ,-429.79 1246.08 │ │ │ +00016020: 2c2d 3433 302e 3735 222f 3e0a 3c2f 673e ,-430.75"/>.</g> │ │ │ +00016030: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ +00016040: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 _gromacs_gmxprep │ │ │ +00016050: 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d rocess->m │ │ │ +00016060: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00016070: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d s_commandline -- │ │ │ +00016080: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3337 >.<g id="edge137 │ │ │ +00016090: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ +000160a0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +000160b0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 c_gromacs_gmxpre │ │ │ +000160c0: 7072 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b process-> │ │ │ +000160d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000160e0: 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f cs_commandline</ │ │ │ +000160f0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00016100: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00016110: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 "black" stroke-d │ │ │ +00016120: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00016130: 3d22 4d31 3339 342e 352c 2d31 3039 362e ="M1394.5,-1096. │ │ │ +00016140: 3239 4331 3531 382e 3735 2c2d 3130 3933 29C1518.75,-1093 │ │ │ +00016150: 2e36 3620 3138 3137 2e39 332c 2d31 3038 .66 1817.93,-108 │ │ │ +00016160: 332e 3920 3230 3636 2c2d 3130 3438 2e37 3.9 2066,-1048.7 │ │ │ +00016170: 3920 3232 3231 2e34 2c2d 3130 3236 2e38 9 2221.4,-1026.8 │ │ │ +00016180: 2032 3431 312c 2d31 3133 302e 3433 2032 2411,-1130.43 2 │ │ │ +00016190: 3431 312c 2d39 3733 2e34 3920 3234 3131 411,-973.49 2411 │ │ │ +000161a0: 2c2d 3937 332e 3439 2032 3431 312c 2d39 ,-973.49 2411,-9 │ │ │ +000161b0: 3733 2e34 3920 3234 3131 2c2d 3231 372e 73.49 2411,-217. │ │ │ +000161c0: 3035 2032 3431 312c 2d32 3035 2e36 3420 05 2411,-205.64 │ │ │ +000161d0: 3234 3037 2e38 312c 2d31 3737 2e35 3720 2407.81,-177.57 │ │ │ +000161e0: 3232 3938 2c2d 3134 312e 3734 2032 3137 2298,-141.74 217 │ │ │ +000161f0: 322e 3037 2c2d 3130 302e 3635 2031 3833 2.07,-100.65 183 │ │ │ +00016200: 342e 3732 2c2d 3131 392e 3831 2031 3730 4.72,-119.81 170 │ │ │ +00016210: 332c 2d31 3035 2e37 3420 3136 3933 2e35 3,-105.74 1693.5 │ │ │ +00016220: 352c 2d31 3034 2e37 3320 3136 3833 2e35 5,-104.73 1683.5 │ │ │ +00016230: 322c 2d31 3033 2e34 2031 3637 332e 3835 2,-103.4 1673.85 │ │ │ +00016240: 2c2d 3130 312e 3939 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-101.99"/>.<pol │ │ │ +00016250: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2262 6c61 636b ygon fill="black │ │ │ +00016260: 2220 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 " stroke="black" │ │ │ +00016270: 2070 6f69 6e74 733d 2231 3637 342e 3335 points="1674.35 │ │ │ +00016280: 2c2d 3938 2e35 3320 3136 3633 2e39 342c ,-98.53 1663.94, │ │ │ +00016290: 2d31 3030 2e35 2031 3637 332e 3331 2c2d -100.5 1673.31,- │ │ │ +000162a0: 3130 352e 3435 2031 3637 342e 3335 2c2d 105.45 1674.35,- │ │ │ +000162b0: 3938 2e35 3322 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 98.53"/>.</g>.<! │ │ │ +000162c0: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +000162d0: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ +000162e0: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ +000162f0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 le_src_gromacs_i │ │ │ +00016300: 6d64 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 md -->.<g id="ed │ │ │ +00016310: 6765 3134 3722 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge147" class="ed │ │ │ +00016320: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +00016330: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00016340: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 mxpreprocess- │ │ │ +00016350: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00016360: 6772 6f6d 6163 735f 696d 643c 2f74 6974 gromacs_imd</tit │ │ │ +00016370: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +00016380: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ +00016390: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ +000163a0: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ +000163b0: 224d 3133 3933 2e33 342c 2d31 3039 352e "M1393.34,-1095. │ │ │ +000163c0: 3331 4331 3533 332e 3835 2c2d 3130 3930 31C1533.85,-1090 │ │ │ +000163d0: 2e32 3620 3138 3932 2e33 382c 2d31 3037 .26 1892.38,-107 │ │ │ +000163e0: 352e 3132 2032 3030 392c 2d31 3034 382e 5.12 2009,-1048. │ │ │ +000163f0: 3739 2032 3038 332e 3933 2c2d 3130 3331 79 2083.93,-1031 │ │ │ +00016400: 2e38 3720 3231 3039 2e39 392c 2d31 3033 .87 2109.99,-103 │ │ │ +00016410: 332e 3838 2032 3137 302c 2d39 3835 2e39 3.88 2170,-985.9 │ │ │ +00016420: 3220 3233 3036 2e39 372c 2d38 3736 2e34 2 2306.97,-876.4 │ │ │ +00016430: 3620 3233 3931 2c2d 3833 342e 3437 2032 6 2391,-834.47 2 │ │ │ +00016440: 3339 312c 2d36 3539 2e31 3420 3233 3931 391,-659.14 2391 │ │ │ +00016450: 2c2d 3635 392e 3134 2032 3339 312c 2d36 ,-659.14 2391,-6 │ │ │ +00016460: 3539 2e31 3420 3233 3931 2c2d 3436 382e 59.14 2391,-468. │ │ │ +00016470: 3533 2032 3339 312c 2d33 3732 2e33 3620 53 2391,-372.36 │ │ │ +00016480: 3233 3734 2e36 362c 2d33 3339 2e35 3620 2374.66,-339.56 │ │ │ +00016490: 3233 3131 2c2d 3236 372e 3438 2032 3330 2311,-267.48 230 │ │ │ +000164a0: 302e 3233 2c2d 3235 352e 3239 2032 3238 0.23,-255.29 228 │ │ │ +000164b0: 362e 3137 2c2d 3234 332e 3736 2032 3237 6.17,-243.76 227 │ │ │ +000164c0: 342e 3336 2c2d 3233 352e 3031 222f 3e0a 4.36,-235.01"/>. │ │ │ +000164d0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ +000164e0: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 282fcc" stroke=" │ │ │ +000164f0: 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d #282fcc" points= │ │ │ +00016500: 2232 3237 362e 3431 2c2d 3233 322e 3137 "2276.41,-232.17 │ │ │ +00016510: 2032 3236 362e 3235 2c2d 3232 392e 3136 2266.25,-229.16 │ │ │ +00016520: 2032 3237 322e 3331 2c2d 3233 372e 3834 2272.31,-237.84 │ │ │ +00016530: 2032 3237 362e 3431 2c2d 3233 322e 3137 2276.41,-232.17 │ │ │ +00016540: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +00016550: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00016560: 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 _gmxpreprocess&# │ │ │ +00016570: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00016580: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 c_gromacs_mdlib │ │ │ +00016590: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 -->.<g id="edge1 │ │ │ +000165a0: 3432 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 42" class="edge" │ │ │ +000165b0: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ +000165c0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 src_gromacs_gmxp │ │ │ +000165d0: 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 reprocess-&g │ │ │ +000165e0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +000165f0: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c macs_mdlib</titl │ │ │ +00016600: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00016610: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 one" stroke="#bf │ │ │ +00016620: 6266 6266 2220 643d 224d 3132 3737 2e36 bfbf" d="M1277.6 │ │ │ +00016630: 312c 2d31 3039 362e 3334 4331 3130 372e 1,-1096.34C1107. │ │ │ +00016640: 3736 2c2d 3130 3933 2e34 3120 3631 352e 76,-1093.41 615. │ │ │ +00016650: 3938 2c2d 3130 3832 2e31 3920 3435 392c 98,-1082.19 459, │ │ │ +00016660: 2d31 3034 382e 3739 2033 3832 2e32 342c -1048.79 382.24, │ │ │ +00016670: 2d31 3033 322e 3436 2033 3339 2e35 352c -1032.46 339.55, │ │ │ +00016680: 2d31 3034 392e 3832 2032 3934 2c2d 3938 -1049.82 294,-98 │ │ │ +00016690: 352e 3932 2032 3337 2e38 342c 2d39 3037 5.92 237.84,-907 │ │ │ +000166a0: 2e31 3320 3235 382e 392c 2d38 3431 2e31 .13 258.9,-841.1 │ │ │ +000166b0: 2033 3235 2c2d 3737 302e 3434 2033 3632 325,-770.44 362 │ │ │ +000166c0: 2e30 332c 2d37 3330 2e38 3520 3530 352e .03,-730.85 505. │ │ │ +000166d0: 3937 2c2d 3730 352e 3831 2035 3438 2c2d 97,-705.81 548,- │ │ │ +000166e0: 3637 312e 3537 2036 3932 2e35 342c 2d35 671.57 692.54,-5 │ │ │ +000166f0: 3533 2e38 3120 3633 362e 332c 2d34 3332 53.81 636.3,-432 │ │ │ +00016700: 2e39 2037 3932 2c2d 3333 302e 3335 2038 .9 792,-330.35 8 │ │ │ +00016710: 3438 2e33 362c 2d32 3933 2e32 3320 3932 48.36,-293.23 92 │ │ │ +00016720: 382e 3532 2c2d 3238 342e 3039 2039 3735 8.52,-284.09 975 │ │ │ +00016730: 2e35 312c 2d32 3832 2e31 3122 2f3e 0a3c .51,-282.11"/>.< │ │ │ +00016740: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ +00016750: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ +00016760: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ +00016770: 3937 352e 372c 2d32 3835 2e36 3120 3938 975.7,-285.61 98 │ │ │ +00016780: 352e 3538 2c2d 3238 312e 3738 2039 3735 5.58,-281.78 975 │ │ │ +00016790: 2e34 372c 2d32 3738 2e36 3120 3937 352e .47,-278.61 975. │ │ │ +000167a0: 372c 2d32 3835 2e36 3122 2f3e 0a3c 2f67 7,-285.61"/>.</g │ │ │ +000167b0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +000167c0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 c_gromacs_gmxpre │ │ │ +000167d0: 7072 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b process-> │ │ │ +000167e0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000167f0: 6373 5f67 6d78 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 cs_gmxlib -->.<g │ │ │ +00016800: 2069 643d 2265 6467 6531 3339 2220 636c id="edge139" cl │ │ │ +00016810: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ +00016820: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ +00016830: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ +00016840: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ +00016850: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00016860: 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 mxlib.

....< │ │ │ +00016ac0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3135 3322 2063 g id="edge153" c │ │ │ +00016ad0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +00016af0: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f romacs_gmxprepro │ │ │ +00016b00: 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 cess->mod │ │ │ +00016b10: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00016b20: 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 733c 2f74 listed_forces......modu │ │ │ +00016d00: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00016d10: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 mxpreprocess- │ │ │ +00016d20: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00016d30: 6772 6f6d 6163 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f gromacs_random</ │ │ │ +00016d40: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00016d50: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00016d60: 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 "black" stroke-d │ │ │ +00016d70: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00016d80: 3d22 4d31 3237 372e 332c 2d31 3039 372e ="M1277.3,-1097. │ │ │ +00016d90: 3536 4331 3037 382e 3731 2c2d 3130 3938 56C1078.71,-1098 │ │ │ +00016da0: 2e32 3220 3433 332e 3235 2c2d 3130 3936 .22 433.25,-1096 │ │ │ +00016db0: 2e35 3420 3233 322c 2d31 3034 382e 3739 .54 232,-1048.79 │ │ │ +00016dc0: 2031 3635 2e36 332c 2d31 3033 332e 3034 165.63,-1033.04 │ │ │ +00016dd0: 2031 3239 2e30 362c 2d31 3034 332e 3138 129.06,-1043.18 │ │ │ +00016de0: 2039 322c 2d39 3835 2e39 3220 3835 2e35 92,-985.92 85.5 │ │ │ +00016df0: 312c 2d39 3735 2e38 3920 3930 2e38 382c 1,-975.89 90.88, │ │ │ +00016e00: 2d39 3730 2e39 3420 3932 2c2d 3935 392e -970.94 92,-959. │ │ │ +00016e10: 3035 2031 3032 2e30 342c 2d38 3532 2e32 05 102.04,-852.2 │ │ │ +00016e20: 3920 3133 372c 2d38 3239 2e32 3420 3133 9 137,-829.24 13 │ │ │ +00016e30: 372c 2d37 3232 2e30 3120 3133 372c 2d37 7,-722.01 137,-7 │ │ │ +00016e40: 3232 2e30 3120 3133 372c 2d37 3232 2e30 22.01 137,-722.0 │ │ │ +00016e50: 3120 3133 372c 2d36 3537 2e31 3420 3133 1 137,-657.14 13 │ │ │ +00016e60: 372c 2d35 3035 2e35 3120 3136 392e 382c 7,-505.51 169.8, │ │ │ +00016e70: 2d34 3637 2e32 3420 3233 352c 2d33 3330 -467.24 235,-330 │ │ │ +00016e80: 2e33 3520 3234 382e 3537 2c2d 3330 312e .35 248.57,-301. │ │ │ +00016e90: 3836 2032 3439 2e32 322c 2d32 3932 2e38 86 249.22,-292.8 │ │ │ +00016ea0: 3420 3236 382c 2d32 3637 2e34 3820 3237 4 268,-267.48 27 │ │ │ +00016eb0: 362e 3034 2c2d 3235 362e 3632 2032 3836 6.04,-256.62 286 │ │ │ +00016ec0: 2e35 322c 2d32 3435 2e39 3220 3239 352e .52,-245.92 295. │ │ │ +00016ed0: 3732 2c2d 3233 372e 3335 222f 3e0a 3c70 72,-237.35"/>.<p │ │ │ +00016ee0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2262 6c61 olygon fill="bla │ │ │ +00016ef0: 636b 2220 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 ck" stroke="blac │ │ │ +00016f00: 6b22 2070 6f69 6e74 733d 2232 3938 2e33 k" points="298.3 │ │ │ +00016f10: 322c 2d32 3339 2e37 3220 3330 332e 3339 2,-239.72 303.39 │ │ │ +00016f20: 2c2d 3233 302e 3431 2032 3933 2e36 332c ,-230.41 293.63, │ │ │ +00016f30: 2d32 3334 2e35 3320 3239 382e 3332 2c2d -234.53 298.32,- │ │ │ +00016f40: 3233 392e 3732 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 239.72"/>.</g>.< │ │ │ +00016f50: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00016f60: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f romacs_gmxprepro │ │ │ +00016f70: 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 cess->mod │ │ │ +00016f80: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00016f90: 6f70 7469 6f6e 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 options -->.<g i │ │ │ +00016fa0: 643d 2265 6467 6531 3531 2220 636c 6173 d="edge151" clas │ │ │ +00016fb0: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +00016fc0: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +00016fd0: 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 acs_gmxpreproces │ │ │ +00016fe0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00016ff0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f 7074 _src_gromacs_opt │ │ │ +00017000: 696f 6e73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ions.....< │ │ │ +00017600: 6720 6964 3d22 6564 6765 3135 3422 2063 g id="edge154" c │ │ │ +00017610: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +00017630: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f romacs_gmxprepro │ │ │ +00017640: 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 cess->mod │ │ │ +00017650: 756c 655f 7372 635f 7465 7374 7574 696c ule_src_testutil │ │ │ +00017660: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s. │ │ │ +00017700: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module_ │ │ │ +000177c0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7469 6d69 src_gromacs_timi │ │ │ +000177d0: 6e67 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 ng..timi │ │ │ +00017890: 6e67 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c ng..< │ │ │ +000178a0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +000178b0: 726f 6d61 6373 5f74 696d 696e 6726 2334 romacs_timing │ │ │ +000178c0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +000178d0: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 _gromacs_mdtypes │ │ │ +000178e0: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->..module │ │ │ +00017910: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 696d _src_gromacs_tim │ │ │ +00017920: 696e 6726 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ing->modu │ │ │ +00017930: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00017940: 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c dtypes.< │ │ │ +00017950: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00017960: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +00017970: 2220 643d 224d 3132 3037 2e33 342c 2d31 " d="M1207.34,-1 │ │ │ +00017980: 3032 312e 3734 4331 3230 362e 3337 2c2d 021.74C1206.37,- │ │ │ +00017990: 3130 3134 2e33 3220 3132 3035 2e31 2c2d 1014.32 1205.1,- │ │ │ +000179a0: 3130 3034 2e37 2031 3230 332e 3936 2c2d 1004.7 1203.96,- │ │ │ +000179b0: 3939 362e 3031 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 996.01"/>... │ │ │ +00017a80: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3135 3822 ..< │ │ │ +00017aa0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00017ab0: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ +00017ac0: 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b _forces-> │ │ │ +00017ad0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00017ae0: 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c cs_mdtypes......mo │ │ │ +00017ca0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00017cb0: 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 _applied_forces& │ │ │ +00017cc0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00017cd0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 rc_gromacs_compa │ │ │ +00017ce0: 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 t.... │ │ │ +00017e10: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_src_gro │ │ │ +00017e90: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ +00017ea0: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ +00017eb0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 le_src_gromacs_f │ │ │ +00017ec0: 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ileio.

.

... │ │ │ +00018050: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3630 2220 .module_src_ │ │ │ +00018080: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ +00018090: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ +000180a0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000180b0: 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e s_domdec │ │ │ +000180c0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ..

....modul │ │ │ +00018260: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 e_src_gromacs_ap │ │ │ +00018270: 706c 6965 645f 666f 7263 6573 2623 3435 plied_forces- │ │ │ +00018280: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00018290: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ +000182a0: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity.... │ │ │ +000183d0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ +00018450: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c src_gromacs_appl │ │ │ +00018460: 6965 645f 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 ied_forces-& │ │ │ +00018470: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00018480: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ +00018490: 6573 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ess....< │ │ │ +00018650: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00018660: 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 romacs_applied_f │ │ │ +00018670: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ +00018680: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00018690: 5f6d 6473 7061 6e20 2d2d 3e0a 3c67 2069 _mdspan -->..module_src_grom │ │ │ +000186d0: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ +000186e0: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ +000186f0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +00018700: 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 span......module │ │ │ +000188d0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ +000188e0: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b lied_forces- │ │ │ +000188f0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00018900: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ +00018910: 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ne......module │ │ │ +00018b30: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ +00018b40: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b lied_forces- │ │ │ +00018b50: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00018b60: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 romacs_mdlib</ti │ │ │ +00018b70: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00018b80: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00018b90: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 282fcc" stroke-d │ │ │ +00018ba0: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ +00018bb0: 3d22 4d31 3638 322e 3136 2c2d 3532 312e ="M1682.16,-521. │ │ │ +00018bc0: 3339 4331 3635 362e 3836 2c2d 3531 322e 39C1656.86,-512. │ │ │ +00018bd0: 3938 2031 3632 312e 3531 2c2d 3439 392e 98 1621.51,-499. │ │ │ +00018be0: 3636 2031 3539 332c 2d34 3832 2e39 3620 66 1593,-482.96 │ │ │ +00018bf0: 3135 3030 2e31 342c 2d34 3238 2e35 3620 1500.14,-428.56 │ │ │ +00018c00: 3135 3034 2e30 322c 2d33 3732 2e35 3120 1504.02,-372.51 │ │ │ +00018c10: 3134 3035 2c2d 3333 302e 3335 2031 3334 1405,-330.35 134 │ │ │ +00018c20: 312e 3837 2c2d 3330 332e 3437 2031 3133 1.87,-303.47 113 │ │ │ +00018c30: 372e 3533 2c2d 3238 382e 3937 2031 3035 7.53,-288.97 105 │ │ │ +00018c40: 322e 312c 2d32 3833 2e39 3622 2f3e 0a3c 2.1,-283.96"/>.< │ │ │ +00018c50: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00018c60: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +00018c70: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +00018c80: 3130 3532 2e32 332c 2d32 3830 2e34 3620 1052.23,-280.46 │ │ │ +00018c90: 3130 3432 2e30 352c 2d32 3833 2e33 3820 1042.05,-283.38 │ │ │ +00018ca0: 3130 3531 2e38 332c 2d32 3837 2e34 3520 1051.83,-287.45 │ │ │ +00018cb0: 3130 3532 2e32 332c 2d32 3830 2e34 3622 1052.23,-280.46" │ │ │ +00018cc0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00018cd0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00018ce0: 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 2623 applied_forces&# │ │ │ +00018cf0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00018d00: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 c_gromacs_gmxlib │ │ │ +00018d10: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ +00018d20: 3136 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 161" class="edge │ │ │ +00018d30: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ +00018d40: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ +00018d50: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b lied_forces- │ │ │ +00018d60: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00018d70: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 romacs_gmxlib</t │ │ │ +00018d80: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +00018d90: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +00018da0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3732 #bfbfbf" d="M172 │ │ │ +00018db0: 332e 3732 2c2d 3531 382e 3834 4331 3735 3.72,-518.84C175 │ │ │ +00018dc0: 362e 3734 2c2d 3436 392e 3732 2031 3836 6.74,-469.72 186 │ │ │ +00018dd0: 372e 3438 2c2d 3238 392e 3132 2031 3737 7.48,-289.12 177 │ │ │ +00018de0: 332c 2d32 3034 2e36 3120 3137 3238 2e34 3,-204.61 1728.4 │ │ │ +00018df0: 362c 2d31 3634 2e37 3720 3135 3438 2e36 6,-164.77 1548.6 │ │ │ +00018e00: 2c2d 3135 372e 3533 2031 3436 352e 3933 ,-157.53 1465.93 │ │ │ +00018e10: 2c2d 3135 362e 3333 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-156.33"/>.<pol │ │ │ +00018e20: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 ygon fill="#bfbf │ │ │ +00018e30: 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 bf" stroke="#bfb │ │ │ +00018e40: 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3436 fbf" points="146 │ │ │ +00018e50: 352e 3932 2c2d 3135 322e 3833 2031 3435 5.92,-152.83 145 │ │ │ +00018e60: 352e 3838 2c2d 3135 362e 3231 2031 3436 5.88,-156.21 146 │ │ │ +00018e70: 352e 3833 2c2d 3135 392e 3833 2031 3436 5.83,-159.83 146 │ │ │ +00018e80: 352e 3932 2c2d 3135 322e 3833 222f 3e0a 5.92,-152.83"/>. │ │ │ +00018e90: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00018ea0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ +00018eb0: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 353b lied_forces- │ │ │ +00018ec0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00018ed0: 726f 6d61 6373 5f72 616e 646f 6d20 2d2d romacs_random -- │ │ │ +00018ee0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3639 >.<g id="edge169 │ │ │ +00018ef0: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ +00018f00: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +00018f10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 c_gromacs_applie │ │ │ +00018f20: 645f 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 d_forces-> │ │ │ +00018f30: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00018f40: 6163 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 746c acs_random</titl │ │ │ +00018f50: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00018f60: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 one" stroke="bla │ │ │ +00018f70: 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 ck" stroke-dasha │ │ │ +00018f80: 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 rray="5,2" d="M1 │ │ │ +00018f90: 3638 372e 3035 2c2d 3532 302e 3631 4331 687.05,-520.61C1 │ │ │ +00018fa0: 3636 352e 392c 2d35 3131 2e38 3720 3136 665.9,-511.87 16 │ │ │ +00018fb0: 3336 2e35 372c 2d34 3938 2e34 3920 3136 36.57,-498.49 16 │ │ │ +00018fc0: 3133 2c2d 3438 322e 3936 2031 3630 302e 13,-482.96 1600. │ │ │ +00018fd0: 3339 2c2d 3437 342e 3636 2031 3532 322e 39,-474.66 1522. │ │ │ +00018fe0: 3438 2c2d 3430 332e 3032 2031 3531 312c 48,-403.02 1511, │ │ │ +00018ff0: 2d33 3933 2e32 3220 3134 3737 2e36 352c -393.22 1477.65, │ │ │ +00019000: 2d33 3634 2e37 3720 3134 3730 2e30 322c -364.77 1470.02, │ │ │ +00019010: 2d33 3536 2e37 3220 3134 3335 2c2d 3333 -356.72 1435,-33 │ │ │ +00019020: 302e 3335 2031 3339 352e 3433 2c2d 3330 0.35 1395.43,-30 │ │ │ +00019030: 302e 3536 2031 3339 302e 3031 2c2d 3238 0.56 1390.01,-28 │ │ │ +00019040: 332e 3037 2031 3334 332c 2d32 3637 2e34 3.07 1343,-267.4 │ │ │ +00019050: 3820 3132 3530 2e35 342c 2d32 3336 2e38 8 1250.54,-236.8 │ │ │ +00019060: 3120 3536 342e 3233 2c2d 3233 372e 3531 1 564.23,-237.51 │ │ │ +00019070: 2034 3637 2c2d 3233 312e 3438 2034 3330 467,-231.48 430 │ │ │ +00019080: 2e39 352c 2d32 3239 2e32 3520 3339 302e .95,-229.25 390. │ │ │ +00019090: 3131 2c2d 3232 352e 3820 3336 302e 3135 11,-225.8 360.15 │ │ │ +000190a0: 2c2d 3232 332e 3122 2f3e 0a3c 706f 6c79 ,-223.1"/>.<poly │ │ │ +000190b0: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 626c 6163 6b22 gon fill="black" │ │ │ +000190c0: 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b 2220 stroke="black" │ │ │ +000190d0: 706f 696e 7473 3d22 3336 302e 3331 2c2d points="360.31,- │ │ │ +000190e0: 3231 392e 3620 3335 302e 3034 2c2d 3232 219.6 350.04,-22 │ │ │ +000190f0: 322e 3138 2033 3539 2e36 382c 2d32 3236 2.18 359.68,-226 │ │ │ +00019100: 2e35 3720 3336 302e 3331 2c2d 3231 392e .57 360.31,-219. │ │ │ +00019110: 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +00019120: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00019130: 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 s_applied_forces │ │ │ +00019140: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00019150: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 src_gromacs_opti │ │ │ +00019160: 6f6e 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 ons -->.<g id="e │ │ │ +00019170: 6467 6531 3539 2220 636c 6173 733d 2265 dge159" class="e │ │ │ +00019180: 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 dge">.<title>mod │ │ │ +00019190: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000191a0: 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 2623 applied_forces&# │ │ │ +000191b0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000191c0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e c_gromacs_option │ │ │ +000191d0: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s...< │ │ │ +00019340: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.. │ │ │ +00019390: 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3633 2220 .module_src_ │ │ │ +000193c0: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ +000193d0: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ +000193e0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000193f0: 735f 6577 616c 643c 2f74 6974 6c65 3e0a s_ewald. │ │ │ +00019400: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 . │ │ │ +00019480: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....modu │ │ │ +00019570: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ +00019580: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 pplied_forces │ │ │ +00019590: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +000195a0: 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 _gromacs_hardwar │ │ │ +000195b0: 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 e... │ │ │ +00019710: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_src_pro │ │ │ +00019770: 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 grams_mdrun_test │ │ │ +00019780: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d s..< │ │ │ +00019810: 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2365 ellipse fill="#e │ │ │ +00019820: 3563 6366 6622 2073 7472 6f6b 653d 2262 5ccff" stroke="b │ │ │ +00019830: 6c61 636b 2220 6378 3d22 3235 3336 2220 lack" cx="2536" │ │ │ +00019840: 6379 3d22 2d32 3138 2e30 3522 2072 783d cy="-218.05" rx= │ │ │ +00019850: 2238 352e 3632 2220 7279 3d22 3133 2e33 "85.62" ry="13.3 │ │ │ +00019860: 3722 2f3e 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 7"/>.md │ │ │ +000198c0: 7275 6e5f 696e 7465 6772 6174 696f 6e5f run_integration_ │ │ │ +000198d0: 7465 7374 733c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 tests.....< │ │ │ +00019940: 6720 6964 3d22 6564 6765 3137 3022 2063 g id="edge170" c │ │ │ +00019950: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +00019970: 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 romacs_applied_f │ │ │ +00019980: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ +00019990: 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f 6772 616d dule_src_program │ │ │ +000199a0: 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 733c 2f74 s_mdrun_tests...< │ │ │ +00019ae0: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...mo │ │ │ +00019b50: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00019b60: 5f6e 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 3b6d _nbnxm->m │ │ │ +00019b70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00019b80: 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 s_mdtypes..< │ │ │ +00019cd0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ +00019ce0: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ +00019cf0: 706f 696e 7473 3d22 3132 3039 2e38 342c points="1209.84, │ │ │ +00019d00: 2d39 3438 2e37 3620 3132 3038 2e33 332c -948.76 1208.33, │ │ │ +00019d10: 2d39 3539 2e32 3520 3132 3136 2e30 352c -959.25 1216.05, │ │ │ +00019d20: 2d39 3531 2e39 3920 3132 3039 2e38 342c -951.99 1209.84, │ │ │ +00019d30: 2d39 3438 2e37 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -948.76"/>.. │ │ │ +00019d40: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_ │ │ │ +00019db0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 src_gromacs_nbnx │ │ │ +00019dc0: 6d26 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 m->module │ │ │ +00019dd0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d _src_gromacs_dom │ │ │ +00019de0: 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 dec....< │ │ │ +00019f40: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00019f50: 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 2623 3435 romacs_nbnxm- │ │ │ +00019f60: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00019f70: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 2d2d gromacs_mdlib -- │ │ │ +00019f80: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6531 3735 >.. │ │ │ +00019fa0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +00019fb0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d26 c_gromacs_nbnxm& │ │ │ +00019fc0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00019fd0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 rc_gromacs_mdlib │ │ │ +00019fe0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ..

│ │ │ +0001a0f0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....m │ │ │ +0001a160: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001a170: 735f 6e62 6e78 6d26 2334 353b 2667 743b s_nbnxm-> │ │ │ +0001a180: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001a190: 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 cs_gmxlib......mo │ │ │ +0001a350: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001a360: 5f6e 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 3b6d _nbnxm->m │ │ │ +0001a370: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001a380: 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 733c s_listed_forces< │ │ │ +0001a390: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +0001a3a0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +0001a3b0: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ +0001a3c0: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ +0001a3d0: 2220 643d 224d 3132 3237 2e32 392c 2d33 " d="M1227.29,-3 │ │ │ +0001a3e0: 3935 2e36 4331 3231 332e 3935 2c2d 3338 95.6C1213.95,-38 │ │ │ +0001a3f0: 362e 3931 2031 3139 362e 3332 2c2d 3337 6.91 1196.32,-37 │ │ │ +0001a400: 342e 3120 3131 3832 2e39 352c 2d33 3633 4.1 1182.95,-363 │ │ │ +0001a410: 2e35 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .52"/>.<polygon │ │ │ +0001a420: 6669 6c6c 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 fill="#282fcc" s │ │ │ +0001a430: 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 2220 troke="#282fcc" │ │ │ +0001a440: 706f 696e 7473 3d22 3131 3834 2e38 332c points="1184.83, │ │ │ +0001a450: 2d33 3630 2e35 3420 3131 3734 2e38 362c -360.54 1174.86, │ │ │ +0001a460: 2d33 3536 2e39 3520 3131 3830 2e34 322c -356.95 1180.42, │ │ │ +0001a470: 2d33 3635 2e39 3720 3131 3834 2e38 332c -365.97 1184.83, │ │ │ +0001a480: 2d33 3630 2e35 3422 2f3e 0a3c 2f67 3e0a -360.54"/>.</g>. │ │ │ +0001a490: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f <!-- module_src_ │ │ │ +0001a4a0: 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d26 2334 gromacs_nbnxm │ │ │ +0001a4b0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +0001a4c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 _gromacs_gpu_uti │ │ │ +0001a4d0: 6c73 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ls -->.<g id="ed │ │ │ +0001a4e0: 6765 3137 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge171" class="ed │ │ │ +0001a4f0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +0001a500: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e le_src_gromacs_n │ │ │ +0001a510: 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 bnxm->mod │ │ │ +0001a520: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001a530: 6770 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 gpu_utils..< │ │ │ +0001a600: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ +0001a610: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ +0001a620: 706f 696e 7473 3d22 3137 3739 2e30 352c points="1779.05, │ │ │ +0001a630: 2d31 3031 312e 3631 2031 3738 312e 3439 -1011.61 1781.49 │ │ │ +0001a640: 2c2d 3130 3231 2e39 3220 3137 3836 2e30 ,-1021.92 1786.0 │ │ │ +0001a650: 322c 2d31 3031 322e 3334 2031 3737 392e 2,-1012.34 1779. │ │ │ +0001a660: 3035 2c2d 3130 3131 2e36 3122 2f3e 0a3c 05,-1011.61"/>.< │ │ │ +0001a670: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...modu │ │ │ +0001a6e0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e le_src_gromacs_n │ │ │ +0001a6f0: 626e 786d 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 bnxm->mod │ │ │ +0001a700: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001a710: 6577 616c 643c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ewald.

.< │ │ │ +0001a7a0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +0001a7b0: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 ccc28" stroke="# │ │ │ +0001a7c0: 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 2ccc28" points=" │ │ │ +0001a7d0: 3139 3037 2e37 342c 2d34 3638 2e34 3220 1907.74,-468.42 │ │ │ +0001a7e0: 3139 3138 2e30 312c 2d34 3635 2e38 3320 1918.01,-465.83 │ │ │ +0001a7f0: 3139 3038 2e33 372c 2d34 3631 2e34 3420 1908.37,-461.44 │ │ │ +0001a800: 3139 3037 2e37 342c 2d34 3638 2e34 3222 1907.74,-468.42" │ │ │ +0001a810: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />....module_src_gr │ │ │ +0001a890: 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d26 2334 353b omacs_nbnxm- │ │ │ +0001a8a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0001a8b0: 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 653c romacs_hardware< │ │ │ +0001a8c0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>...... │ │ │ +0001aa40: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001aa50: 6373 5f63 6f72 7265 6c61 7469 6f6e 6675 cs_correlationfu │ │ │ +0001aa60: 6e63 7469 6f6e 7326 2334 353b 2667 743b nctions-> │ │ │ +0001aa70: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001aa80: 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 cs_fileio..< │ │ │ +0001ab20: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ +0001ab30: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ +0001ab40: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ +0001ab50: 3738 372e 3634 2c2d 3835 342e 3139 2037 787.64,-854.19 7 │ │ │ +0001ab60: 3737 2e30 362c 2d38 3534 2e37 2037 3835 77.06,-854.7 785 │ │ │ +0001ab70: 2e36 352c 2d38 3630 2e39 2037 3837 2e36 .65,-860.9 787.6 │ │ │ +0001ab80: 342c 2d38 3534 2e31 3922 2f3e 0a3c 2f67 4,-854.19"/>....modul │ │ │ +0001ae40: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +0001ae50: 7272 656c 6174 696f 6e66 756e 6374 696f rrelationfunctio │ │ │ +0001ae60: 6e73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ns->modul │ │ │ +0001ae70: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ +0001ae80: 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 mmandline.....< │ │ │ +0001b090: 6720 6964 3d22 6564 6765 3138 3822 2063 g id="edge188" c │ │ │ +0001b0a0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +0001b0c0: 726f 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 616c romacs_essential │ │ │ +0001b0d0: 6479 6e61 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 dynamics-> │ │ │ +0001b0e0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0001b0f0: 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 acs_mdtypes..< │ │ │ +0001b210: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 polygon fill="#b │ │ │ +0001b220: 6662 6662 6622 2073 7472 6f6b 653d 2223 fbfbf" stroke="# │ │ │ +0001b230: 6266 6266 6266 2220 706f 696e 7473 3d22 bfbfbf" points=" │ │ │ +0001b240: 3131 3532 2e36 332c 2d39 3735 2e34 3420 1152.63,-975.44 │ │ │ +0001b250: 3131 3632 2e36 312c 2d39 3731 2e39 2031 1162.61,-971.9 1 │ │ │ +0001b260: 3135 322e 362c 2d39 3638 2e34 3420 3131 152.6,-968.44 11 │ │ │ +0001b270: 3532 2e36 332c 2d39 3735 2e34 3422 2f3e 52.63,-975.44"/> │ │ │ +0001b280: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....modul │ │ │ +0001b300: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6573 e_src_gromacs_es │ │ │ +0001b310: 7365 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 7326 sentialdynamics& │ │ │ +0001b320: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0001b330: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 rc_gromacs_filei │ │ │ +0001b340: 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 o......module_src_gr │ │ │ +0001b520: 6f6d 6163 735f 6573 7365 6e74 6961 6c64 omacs_essentiald │ │ │ +0001b530: 796e 616d 6963 7326 2334 353b 2667 743b ynamics-> │ │ │ +0001b540: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001b550: 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 cs_domdec..... │ │ │ +0001b740: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +0001b750: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7373 656e rc_gromacs_essen │ │ │ +0001b760: 7469 616c 6479 6e61 6d69 6373 2623 3435 tialdynamics- │ │ │ +0001b770: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001b780: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ +0001b790: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity......mod │ │ │ +0001b9c0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001b9d0: 6573 7365 6e74 6961 6c64 796e 616d 6963 essentialdynamic │ │ │ +0001b9e0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +0001b9f0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d _src_gromacs_com │ │ │ +0001ba00: 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 746c 653e mandline │ │ │ +0001ba10: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .. │ │ │ +0001bb20: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....module │ │ │ +0001bba0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7373 _src_gromacs_ess │ │ │ +0001bbb0: 656e 7469 616c 6479 6e61 6d69 6373 2623 entialdynamics&# │ │ │ +0001bbc0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001bbd0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c c_gromacs_mdlib< │ │ │ +0001bbe0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +0001bbf0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +0001bc00: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d36 ="#bfbfbf" d="M6 │ │ │ +0001bc10: 3030 2e32 312c 2d32 3236 2e32 3143 3631 00.21,-226.21C61 │ │ │ +0001bc20: 322e 3339 2c2d 3232 372e 3939 2036 3235 2.39,-227.99 625 │ │ │ +0001bc30: 2e31 362c 2d32 3239 2e38 3520 3633 372c .16,-229.85 637, │ │ │ +0001bc40: 2d32 3331 2e34 3820 3736 312e 382c 2d32 -231.48 761.8,-2 │ │ │ +0001bc50: 3438 2e36 3620 3930 392e 3635 2c2d 3236 48.66 909.65,-26 │ │ │ +0001bc60: 362e 3532 2039 3737 2e32 332c 2d32 3734 6.52 977.23,-274 │ │ │ +0001bc70: 2e39 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .94"/>.<polygon │ │ │ +0001bc80: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ +0001bc90: 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 troke="#bfbfbf" │ │ │ +0001bca0: 706f 696e 7473 3d22 3937 372e 3032 2c2d points="977.02,- │ │ │ +0001bcb0: 3237 382e 3434 2039 3837 2e33 372c 2d32 278.44 987.37,-2 │ │ │ +0001bcc0: 3736 2e32 3120 3937 372e 3839 2c2d 3237 76.21 977.89,-27 │ │ │ +0001bcd0: 312e 3520 3937 372e 3032 2c2d 3237 382e 1.5 977.02,-278. │ │ │ +0001bce0: 3434 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 44"/>.</g>.<!-- │ │ │ +0001bcf0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001bd00: 6373 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 cs_essentialdyna │ │ │ +0001bd10: 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 mics->mod │ │ │ +0001bd20: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001bd30: 676d 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 gmxlib -->.<g id │ │ │ +0001bd40: 3d22 6564 6765 3138 3522 2063 6c61 7373 ="edge185" class │ │ │ +0001bd50: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ +0001bd60: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001bd70: 6373 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 cs_essentialdyna │ │ │ +0001bd80: 6d69 6373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 mics->mod │ │ │ +0001bd90: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001bda0: 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c gmxlib.< │ │ │ +0001bdb0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +0001bdc0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +0001bdd0: 2220 643d 224d 3630 352e 3039 2c2d 3231 " d="M605.09,-21 │ │ │ +0001bde0: 312e 3331 4336 3239 2e32 382c 2d32 3039 1.31C629.28,-209 │ │ │ +0001bdf0: 2e30 3820 3635 372e 3436 2c2d 3230 362e .08 657.46,-206. │ │ │ +0001be00: 3620 3638 332c 2d32 3034 2e36 3120 3934 6 683,-204.61 94 │ │ │ +0001be10: 392e 3135 2c2d 3138 332e 3932 2031 3236 9.15,-183.92 126 │ │ │ +0001be20: 392e 3535 2c2d 3136 352e 3031 2031 3338 9.55,-165.01 138 │ │ │ +0001be30: 322e 3331 2c2d 3135 382e 3534 222f 3e0a 2.31,-158.54"/>. │ │ │ +0001be40: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....module_src_gro │ │ │ +0001bf10: 6d61 6373 5f74 6f70 6f6c 6f67 793c 2f74 macs_topology..topology< │ │ │ +0001bfe0: 2f74 6578 743e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d /text>....module_ │ │ │ +0001c060: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 746f 706f src_gromacs_topo │ │ │ +0001c070: 6c6f 6779 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 logy->mod │ │ │ +0001c080: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001c090: 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a mdtypes. │ │ │ +0001c0a0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module_src_gro │ │ │ +0001c240: 6d61 6373 5f74 6f70 6f6c 6f67 7926 2334 macs_topology │ │ │ +0001c250: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +0001c260: 5f74 6573 7475 7469 6c73 3c2f 7469 746c _testutils... │ │ │ +0001c370: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...m │ │ │ +0001c3c0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001c3d0: 735f 7365 6c65 6374 696f 6e3c 2f74 6974 s_selection</tit │ │ │ +0001c3e0: 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e 6f64 le>.<g id="a_nod │ │ │ +0001c3f0: 6532 3922 3e3c 6120 786c 696e 6b3a 6872 e29"><a xlink:hr │ │ │ +0001c400: 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 756c ef="group__modul │ │ │ +0001c410: 655f 5f73 656c 6563 7469 6f6e 2e78 6874 e__selection.xht │ │ │ +0001c420: 6d6c 2220 7461 7267 6574 3d22 5f74 6f70 ml" target="_top │ │ │ +0001c430: 2220 786c 696e 6b3a 7469 746c 653d 2273 " xlink:title="s │ │ │ +0001c440: 656c 6563 7469 6f6e 223e 0a3c 656c 6c69 election">.<elli │ │ │ +0001c450: 7073 6520 6669 6c6c 3d22 2366 6663 6363 pse fill="#ffccc │ │ │ +0001c460: 6322 2073 7472 6f6b 653d 2262 6c61 636b c" stroke="black │ │ │ +0001c470: 2220 6378 3d22 3137 3532 2220 6379 3d22 " cx="1752" cy=" │ │ │ +0001c480: 2d39 322e 3331 2220 7278 3d22 3339 2e37 -92.31" rx="39.7 │ │ │ +0001c490: 2220 7279 3d22 3133 2e33 3722 2f3e 0a3c " ry="13.37"/>.< │ │ │ +0001c4a0: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +0001c4b0: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3735 ="middle" x="175 │ │ │ +0001c4c0: 3222 2079 3d22 2d38 392e 3831 2220 666f 2" y="-89.81" fo │ │ │ +0001c4d0: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ +0001c4e0: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ +0001c4f0: 3130 2e30 3022 3e73 656c 6563 7469 6f6e 10.00">selection │ │ │ +0001c500: 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 613e 0a3c 2f67 </text>.</a>.</g │ │ │ +0001c510: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ +0001c520: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f73 le_src_gromacs_s │ │ │ +0001c530: 656c 6563 7469 6f6e 2623 3435 3b26 6774 election-> │ │ │ +0001c540: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0001c550: 6163 735f 7261 6e64 6f6d 202d 2d3e 0a3c acs_random -->.< │ │ │ +0001c560: 6720 6964 3d22 6564 6765 3139 3322 2063 g id="edge193" c │ │ │ +0001c570: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ +0001c580: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ +0001c590: 726f 6d61 6373 5f73 656c 6563 7469 6f6e romacs_selection │ │ │ +0001c5a0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0001c5b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7261 6e64 src_gromacs_rand │ │ │ +0001c5c0: 6f6d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 om.... │ │ │ +0001c710: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..modul │ │ │ +0001c760: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e e_src_gromacs_on │ │ │ +0001c770: 6c69 6e65 6865 6c70 3c2f 7469 746c 653e linehelp │ │ │ +0001c780: 0a3c 6720 6964 3d22 615f 6e6f 6465 3339 ...< │ │ │ +0001c840: 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 6f72 text text-anchor │ │ │ +0001c850: 3d22 6d69 6464 6c65 2220 783d 2231 3735 ="middle" x="175 │ │ │ +0001c860: 3222 2079 3d22 2d32 362e 3934 2220 666f 2" y="-26.94" fo │ │ │ +0001c870: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ +0001c880: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ +0001c890: 3130 2e30 3022 3e6f 6e6c 696e 6568 656c 10.00">onlinehel │ │ │ +0001c8a0: 703c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a 3c2f p......module_ │ │ │ +0001c930: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7365 6c65 src_gromacs_sele │ │ │ +0001c940: 6374 696f 6e26 2334 353b 2667 743b 6d6f ction->mo │ │ │ +0001c950: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001c960: 5f6f 6e6c 696e 6568 656c 703c 2f74 6974 _onlinehelp</tit │ │ │ +0001c970: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +0001c980: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ +0001c990: 3832 6663 6322 2064 3d22 4d31 3735 322c 82fcc" d="M1752, │ │ │ +0001c9a0: 2d37 382e 3639 4331 3735 322c 2d37 312e -78.69C1752,-71. │ │ │ +0001c9b0: 3335 2031 3735 322c 2d36 312e 3836 2031 35 1752,-61.86 1 │ │ │ +0001c9c0: 3735 322c 2d35 332e 3235 222f 3e0a 3c70 752,-53.25"/>.<p │ │ │ +0001c9d0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 olygon fill="#28 │ │ │ +0001c9e0: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 2fcc" stroke="#2 │ │ │ +0001c9f0: 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 82fcc" points="1 │ │ │ +0001ca00: 3735 352e 352c 2d35 332e 3033 2031 3735 755.5,-53.03 175 │ │ │ +0001ca10: 322c 2d34 332e 3033 2031 3734 382e 352c 2,-43.03 1748.5, │ │ │ +0001ca20: 2d35 332e 3033 2031 3735 352e 352c 2d35 -53.03 1755.5,-5 │ │ │ +0001ca30: 332e 3033 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 3.03"/>.</g>.<!- │ │ │ +0001ca40: 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f - module_src_gro │ │ │ +0001ca50: 6d61 6373 5f73 656c 6563 7469 6f6e 2623 macs_selection&# │ │ │ +0001ca60: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001ca70: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e c_gromacs_option │ │ │ +0001ca80: 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 s -->.<g id="edg │ │ │ +0001ca90: 6531 3932 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e192" class="edg │ │ │ +0001caa0: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ +0001cab0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7365 e_src_gromacs_se │ │ │ +0001cac0: 6c65 6374 696f 6e26 2334 353b 2667 743b lection-> │ │ │ +0001cad0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001cae0: 6373 5f6f 7074 696f 6e73 3c2f 7469 746c cs_options</titl │ │ │ +0001caf0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +0001cb00: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +0001cb10: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ +0001cb20: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +0001cb30: 4d31 3732 322e 3139 2c2d 3833 2e33 3843 M1722.19,-83.38C │ │ │ +0001cb40: 3137 3134 2e33 382c 2d38 312e 3539 2031 1714.38,-81.59 1 │ │ │ +0001cb50: 3730 352e 3932 2c2d 3739 2e39 3220 3136 705.92,-79.92 16 │ │ │ +0001cb60: 3938 2c2d 3738 2e38 3720 3134 3435 2e35 98,-78.87 1445.5 │ │ │ +0001cb70: 372c 2d34 352e 3434 2036 3332 2e36 352c 7,-45.44 632.65, │ │ │ +0001cb80: 2d33 332e 3432 2034 3334 2e30 372c 2d33 -33.42 434.07,-3 │ │ │ +0001cb90: 302e 3935 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 0.95"/>.<polygon │ │ │ +0001cba0: 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 fill="#282fcc" │ │ │ +0001cbb0: 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 stroke="#282fcc" │ │ │ +0001cbc0: 2070 6f69 6e74 733d 2234 3334 2e30 352c points="434.05, │ │ │ +0001cbd0: 2d32 372e 3435 2034 3234 2e30 312c 2d33 -27.45 424.01,-3 │ │ │ +0001cbe0: 302e 3832 2034 3333 2e39 362c 2d33 342e 0.82 433.96,-34. │ │ │ +0001cbf0: 3435 2034 3334 2e30 352c 2d32 372e 3435 45 434.05,-27.45 │ │ │ +0001cc00: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +0001cc10: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001cc20: 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 2623 3435 _commandline- │ │ │ +0001cc30: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001cc40: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 202d gromacs_fileio - │ │ │ +0001cc50: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3139 ->.<g id="edge19 │ │ │ +0001cc60: 3622 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 6" class="edge"> │ │ │ +0001cc70: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +0001cc80: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 rc_gromacs_comma │ │ │ +0001cc90: 6e64 6c69 6e65 2623 3435 3b26 6774 3b6d ndline->m │ │ │ +0001cca0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001ccb0: 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e s_fileio │ │ │ +0001ccc0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .... │ │ │ +0001ce10: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module_src_gr │ │ │ +0001ce90: 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e omacs_commandlin │ │ │ +0001cea0: 6526 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 e->module │ │ │ +0001ceb0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f 6e6c _src_gromacs_onl │ │ │ +0001cec0: 696e 6568 656c 703c 2f74 6974 6c65 3e0a inehelp. │ │ │ +0001ced0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module │ │ │ +0001d020: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d _src_gromacs_com │ │ │ +0001d030: 6d61 6e64 6c69 6e65 2623 3435 3b26 6774 mandline-> │ │ │ +0001d040: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0001d050: 6163 735f 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 6974 acs_options</tit │ │ │ +0001d060: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +0001d070: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ +0001d080: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d 6461 82fcc" stroke-da │ │ │ +0001d090: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ +0001d0a0: 224d 3135 3731 2e34 312c 2d38 382e 3831 "M1571.41,-88.81 │ │ │ +0001d0b0: 4331 3336 392e 3332 2c2d 3738 2e38 3220 C1369.32,-78.82 │ │ │ +0001d0c0: 3632 312e 3834 2c2d 3431 2e38 3920 3433 621.84,-41.89 43 │ │ │ +0001d0d0: 332e 3337 2c2d 3332 2e35 3822 2f3e 0a3c 3.37,-32.58"/>.< │ │ │ +0001d0e0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +0001d0f0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +0001d100: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +0001d110: 3433 332e 3435 2c2d 3239 2e30 3820 3432 433.45,-29.08 42 │ │ │ +0001d120: 332e 3239 2c2d 3332 2e30 3820 3433 332e 3.29,-32.08 433. │ │ │ +0001d130: 312c 2d33 362e 3037 2034 3333 2e34 352c 1,-36.07 433.45, │ │ │ +0001d140: 2d32 392e 3038 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c -29.08"/>.</g>.< │ │ │ +0001d150: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001d160: 726f 6d61 6373 5f70 6263 7574 696c 202d romacs_pbcutil - │ │ │ +0001d170: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6e6f 6465 3332 ->.<g id="node32 │ │ │ +0001d180: 2220 636c 6173 733d 226e 6f64 6522 3e0a " class="node">. │ │ │ +0001d190: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +0001d1a0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7062 6375 7469 c_gromacs_pbcuti │ │ │ +0001d1b0: 6c3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 l. │ │ │ +0001d210: 0a3c 7465 7874 2074 6578 742d 616e 6368 .pbcut │ │ │ +0001d270: 696c 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e 0a3c il..< │ │ │ +0001d280: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001d290: 726f 6d61 6373 5f70 6263 7574 696c 2623 romacs_pbcutil&# │ │ │ +0001d2a0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001d2b0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 c_gromacs_gpu_ut │ │ │ +0001d2c0: 696c 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 ils -->..mod │ │ │ +0001d2f0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001d300: 7062 6375 7469 6c26 2334 353b 2667 743b pbcutil-> │ │ │ +0001d310: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001d320: 6373 5f67 7075 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 cs_gpu_utils</ti │ │ │ +0001d330: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +0001d340: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +0001d350: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3137 3737 bfbfbf" d="M1777 │ │ │ +0001d360: 2c2d 3130 3834 2e36 3143 3137 3737 2c2d ,-1084.61C1777,- │ │ │ +0001d370: 3130 3737 2e32 3720 3137 3737 2c2d 3130 1077.27 1777,-10 │ │ │ +0001d380: 3637 2e37 3820 3137 3737 2c2d 3130 3539 67.78 1777,-1059 │ │ │ +0001d390: 2e31 3722 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 .17"/>.<polygon │ │ │ +0001d3a0: 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 fill="#bfbfbf" s │ │ │ +0001d3b0: 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 troke="#bfbfbf" │ │ │ +0001d3c0: 706f 696e 7473 3d22 3137 3830 2e35 2c2d points="1780.5,- │ │ │ +0001d3d0: 3130 3538 2e39 3520 3137 3737 2c2d 3130 1058.95 1777,-10 │ │ │ +0001d3e0: 3438 2e39 3520 3137 3733 2e35 2c2d 3130 48.95 1773.5,-10 │ │ │ +0001d3f0: 3538 2e39 3520 3137 3830 2e35 2c2d 3130 58.95 1780.5,-10 │ │ │ +0001d400: 3538 2e39 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 58.95"/>.</g>.<! │ │ │ +0001d410: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +0001d420: 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 353b 2667 omacs_imd-&g │ │ │ +0001d430: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +0001d440: 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 202d 2d3e macs_mdtypes --> │ │ │ +0001d450: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3230 3422 .<g id="edge204" │ │ │ +0001d460: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +0001d470: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001d480: 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 _gromacs_imd- │ │ │ +0001d490: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001d4a0: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 733c gromacs_mdtypes< │ │ │ +0001d4b0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +0001d4c0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +0001d4d0: 3d22 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d32 ="#bfbfbf" d="M2 │ │ │ +0001d4e0: 3236 332e 3033 2c2d 3233 302e 3233 4332 263.03,-230.23C2 │ │ │ +0001d4f0: 3237 322e 3638 2c2d 3233 392e 3539 2032 272.68,-239.59 2 │ │ │ +0001d500: 3238 362e 3139 2c2d 3235 332e 3632 2032 286.19,-253.62 2 │ │ │ +0001d510: 3239 362c 2d32 3637 2e34 3820 3233 3531 296,-267.48 2351 │ │ │ +0001d520: 2e31 2c2d 3334 352e 3332 2032 3337 312c .1,-345.32 2371, │ │ │ +0001d530: 2d33 3733 2e31 3620 3233 3731 2c2d 3436 -373.16 2371,-46 │ │ │ +0001d540: 382e 3533 2032 3337 312c 2d36 3539 2e31 8.53 2371,-659.1 │ │ │ +0001d550: 3420 3233 3731 2c2d 3635 392e 3134 2032 4 2371,-659.14 2 │ │ │ +0001d560: 3337 312c 2d36 3539 2e31 3420 3233 3731 371,-659.14 2371 │ │ │ +0001d570: 2c2d 3732 342e 3736 2032 3330 322e 3336 ,-724.76 2302.36 │ │ │ +0001d580: 2c2d 3730 342e 3435 2032 3234 342c 2d37 ,-704.45 2244,-7 │ │ │ +0001d590: 3334 2e34 3420 3230 3538 2e37 352c 2d38 34.44 2058.75,-8 │ │ │ +0001d5a0: 3239 2e36 3420 3230 3136 2e39 392c 2d38 29.64 2016.99,-8 │ │ │ +0001d5b0: 3732 2e32 3320 3138 3135 2c2d 3932 332e 72.23 1815,-923. │ │ │ +0001d5c0: 3035 2031 3730 372e 3833 2c2d 3935 302e 05 1707.83,-950. │ │ │ +0001d5d0: 3031 2031 3337 332e 3437 2c2d 3936 352e 01 1373.47,-965. │ │ │ +0001d5e0: 3031 2031 3234 382e 3634 2c2d 3936 392e 01 1248.64,-969. │ │ │ +0001d5f0: 3739 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 79"/>.<polygon f │ │ │ +0001d600: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ +0001d610: 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 roke="#bfbfbf" p │ │ │ +0001d620: 6f69 6e74 733d 2231 3234 382e 3438 2c2d oints="1248.48,- │ │ │ +0001d630: 3936 362e 3239 2031 3233 382e 3632 2c2d 966.29 1238.62,- │ │ │ +0001d640: 3937 302e 3137 2031 3234 382e 3734 2c2d 970.17 1248.74,- │ │ │ +0001d650: 3937 332e 3239 2031 3234 382e 3438 2c2d 973.29 1248.48,- │ │ │ +0001d660: 3936 362e 3239 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 966.29"/>.</g>.< │ │ │ +0001d670: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001d680: 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 3b26 romacs_imd-& │ │ │ +0001d690: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0001d6a0: 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 202d 2d3e omacs_fileio --> │ │ │ +0001d6b0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3230 3022 .<g id="edge200" │ │ │ +0001d6c0: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +0001d6d0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001d6e0: 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 _gromacs_imd- │ │ │ +0001d6f0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001d700: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f gromacs_fileio</ │ │ │ +0001d710: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +0001d720: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +0001d730: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3232 "#bfbfbf" d="M22 │ │ │ +0001d740: 3531 2c2d 3233 312e 3639 4332 3235 312c 51,-231.69C2251, │ │ │ +0001d750: 2d32 3534 2e30 3920 3232 3531 2c2d 3330 -254.09 2251,-30 │ │ │ +0001d760: 322e 3138 2032 3235 312c 2d33 3432 2e37 2.18 2251,-342.7 │ │ │ +0001d770: 3920 3232 3531 2c2d 3533 332e 3420 3232 9 2251,-533.4 22 │ │ │ +0001d780: 3531 2c2d 3533 332e 3420 3232 3531 2c2d 51,-533.4 2251,- │ │ │ +0001d790: 3533 332e 3420 3232 3531 2c2d 3834 302e 533.4 2251,-840. │ │ │ +0001d7a0: 3933 2031 3032 342e 3235 2c2d 3834 372e 93 1024.25,-847. │ │ │ +0001d7b0: 3632 2037 3932 2e35 322c 2d38 3436 2e31 62 792.52,-846.1 │ │ │ +0001d7c0: 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 4"/>.<polygon fi │ │ │ +0001d7d0: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ +0001d7e0: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ +0001d7f0: 696e 7473 3d22 3739 322e 3237 2c2d 3834 ints="792.27,-84 │ │ │ +0001d800: 322e 3634 2037 3832 2e32 342c 2d38 3436 2.64 782.24,-846 │ │ │ +0001d810: 2e30 3720 3739 322e 3232 2c2d 3834 392e .07 792.22,-849. │ │ │ +0001d820: 3634 2037 3932 2e32 372c 2d38 3432 2e36 64 792.27,-842.6 │ │ │ +0001d830: 3422 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 4"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +0001d840: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001d850: 735f 696d 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f s_imd->mo │ │ │ +0001d860: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001d870: 5f64 6f6d 6465 6320 2d2d 3e0a 3c67 2069 _domdec -->.<g i │ │ │ +0001d880: 643d 2265 6467 6531 3939 2220 636c 6173 d="edge199" clas │ │ │ +0001d890: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +0001d8a0: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +0001d8b0: 6163 735f 696d 6426 2334 353b 2667 743b acs_imd-> │ │ │ +0001d8c0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001d8d0: 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 cs_domdec....< │ │ │ +0001da50: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001da60: 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 3b26 romacs_imd-& │ │ │ +0001da70: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0001da80: 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 6c69 omacs_mdrunutili │ │ │ +0001da90: 7479 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ty -->..modu │ │ │ +0001dac0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 le_src_gromacs_i │ │ │ +0001dad0: 6d64 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c md->modul │ │ │ +0001dae0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ +0001daf0: 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c runutility</titl │ │ │ +0001db00: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +0001db10: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +0001db20: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ +0001db30: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +0001db40: 4d32 3234 372e 3631 2c2d 3233 312e 3538 M2247.61,-231.58 │ │ │ +0001db50: 4332 3234 312e 392c 2d32 3533 2e38 3120 C2241.9,-253.81 │ │ │ +0001db60: 3232 3331 2c2d 3330 312e 3636 2032 3233 2231,-301.66 223 │ │ │ +0001db70: 312c 2d33 3432 2e37 3920 3232 3331 2c2d 1,-342.79 2231,- │ │ │ +0001db80: 3533 332e 3420 3232 3331 2c2d 3533 332e 533.4 2231,-533. │ │ │ +0001db90: 3420 3232 3331 2c2d 3533 332e 3420 3232 4 2231,-533.4 22 │ │ │ +0001dba0: 3331 2c2d 3639 302e 3033 2031 3635 342e 31,-690.03 1654. │ │ │ +0001dbb0: 3934 2c2d 3731 352e 3139 2031 3436 382e 94,-715.19 1468. │ │ │ +0001dbc0: 3438 2c2d 3731 392e 3233 222f 3e0a 3c70 48,-719.23"/>.<p │ │ │ +0001dbd0: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 olygon fill="#28 │ │ │ +0001dbe0: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 2fcc" stroke="#2 │ │ │ +0001dbf0: 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 82fcc" points="1 │ │ │ +0001dc00: 3436 382e 3236 2c2d 3731 352e 3734 2031 468.26,-715.74 1 │ │ │ +0001dc10: 3435 382e 3333 2c2d 3731 392e 3434 2031 458.33,-719.44 1 │ │ │ +0001dc20: 3436 382e 342c 2d37 3232 2e37 3320 3134 468.4,-722.73 14 │ │ │ +0001dc30: 3638 2e32 362c 2d37 3135 2e37 3422 2f3e 68.26,-715.74"/> │ │ │ +0001dc40: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ +0001dc50: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 696d e_src_gromacs_im │ │ │ +0001dc60: 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 d->module │ │ │ +0001dc70: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d _src_gromacs_com │ │ │ +0001dc80: 6d61 6e64 6c69 6e65 202d 2d3e 0a3c 6720 mandline -->.<g │ │ │ +0001dc90: 6964 3d22 6564 6765 3139 3822 2063 6c61 id="edge198" cla │ │ │ +0001dca0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ +0001dcb0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ +0001dcc0: 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 3b26 6774 macs_imd-> │ │ │ +0001dcd0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +0001dce0: 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 653c acs_commandline< │ │ │ +0001dcf0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +0001dd00: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +0001dd10: 3d22 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 652d ="black" stroke- │ │ │ +0001dd20: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ +0001dd30: 643d 224d 3232 3339 2e30 362c 2d32 3035 d="M2239.06,-205 │ │ │ +0001dd40: 2e39 3143 3232 3139 2e37 352c 2d31 3838 .91C2219.75,-188 │ │ │ +0001dd50: 2e36 3720 3231 3739 2e36 392c 2d31 3536 .67 2179.69,-156 │ │ │ +0001dd60: 2032 3133 392c 2d31 3431 2e37 3420 3139 2139,-141.74 19 │ │ │ +0001dd70: 3535 2e35 312c 2d37 372e 3432 2031 3839 55.51,-77.42 189 │ │ │ +0001dd80: 362e 312c 2d31 3238 2e35 3120 3137 3033 6.1,-128.51 1703 │ │ │ +0001dd90: 2c2d 3130 352e 3734 2031 3639 332e 3737 ,-105.74 1693.77 │ │ │ +0001dda0: 2c2d 3130 342e 3635 2031 3638 332e 3937 ,-104.65 1683.97 │ │ │ +0001ddb0: 2c2d 3130 332e 3331 2031 3637 342e 3439 ,-103.31 1674.49 │ │ │ +0001ddc0: 2c2d 3130 312e 3931 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-101.91"/>.<pol │ │ │ +0001ddd0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2262 6c61 636b ygon fill="black │ │ │ +0001dde0: 2220 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 " stroke="black" │ │ │ +0001ddf0: 2070 6f69 6e74 733d 2231 3637 342e 3739 points="1674.79 │ │ │ +0001de00: 2c2d 3938 2e34 3220 3136 3634 2e33 382c ,-98.42 1664.38, │ │ │ +0001de10: 2d31 3030 2e33 3820 3136 3733 2e37 352c -100.38 1673.75, │ │ │ +0001de20: 2d31 3035 2e33 3420 3136 3734 2e37 392c -105.34 1674.79, │ │ │ +0001de30: 2d39 382e 3432 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c -98.42"/>.</g>.< │ │ │ +0001de40: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001de50: 726f 6d61 6373 5f69 6d64 2623 3435 3b26 romacs_imd-& │ │ │ +0001de60: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0001de70: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 2d2d 3e0a omacs_mdlib -->. │ │ │ +0001de80: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3032 2220 <g id="edge202" │ │ │ +0001de90: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ +0001dea0: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ +0001deb0: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6426 2334 353b gromacs_imd- │ │ │ +0001dec0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0001ded0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 romacs_mdlib</ti │ │ │ +0001dee0: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +0001def0: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +0001df00: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3232 3234 bfbfbf" d="M2224 │ │ │ +0001df10: 2e35 392c 2d32 3231 2e34 3243 3231 3839 .59,-221.42C2189 │ │ │ +0001df20: 2e35 352c 2d32 3234 2e30 3920 3231 3236 .55,-224.09 2126 │ │ │ +0001df30: 2e33 382c 2d32 3238 2e34 3320 3230 3732 .38,-228.43 2072 │ │ │ +0001df40: 2c2d 3233 312e 3438 2031 3637 332e 3733 ,-231.48 1673.73 │ │ │ +0001df50: 2c2d 3235 332e 3834 2031 3138 392e 3937 ,-253.84 1189.97 │ │ │ +0001df60: 2c2d 3237 332e 3336 2031 3035 322e 3137 ,-273.36 1052.17 │ │ │ +0001df70: 2c2d 3237 382e 3536 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-278.56"/>.<pol │ │ │ +0001df80: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 ygon fill="#bfbf │ │ │ +0001df90: 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 bf" stroke="#bfb │ │ │ +0001dfa0: 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3035 fbf" points="105 │ │ │ +0001dfb0: 312e 3937 2c2d 3237 352e 3037 2031 3034 1.97,-275.07 104 │ │ │ +0001dfc0: 322e 3131 2c2d 3237 382e 3934 2031 3035 2.11,-278.94 105 │ │ │ +0001dfd0: 322e 3233 2c2d 3238 322e 3036 2031 3035 2.23,-282.06 105 │ │ │ +0001dfe0: 312e 3937 2c2d 3237 352e 3037 222f 3e0a 1.97,-275.07"/>. │ │ │ +0001dff0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +0001e000: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 _src_gromacs_imd │ │ │ +0001e010: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +0001e020: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c src_gromacs_gmxl │ │ │ +0001e030: 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ib -->.<g id="ed │ │ │ +0001e040: 6765 3230 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge201" class="ed │ │ │ +0001e050: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +0001e060: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f69 le_src_gromacs_i │ │ │ +0001e070: 6d64 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c md->modul │ │ │ +0001e080: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +0001e090: 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xlib....< │ │ │ +0001e180: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001e190: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ +0001e1a0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001e1b0: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 7320 gromacs_mdtypes │ │ │ +0001e1c0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->..module_ │ │ │ +0001e1f0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 src_gromacs_mdli │ │ │ +0001e200: 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 b->module │ │ │ +0001e210: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 _src_gromacs_mdt │ │ │ +0001e220: 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ypes.. │ │ │ +0001e3e0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 .... │ │ │ +0001e4b0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +0001e4c0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 c_gromacs_mdlib& │ │ │ +0001e4d0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0001e4e0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 7061 rc_gromacs_compa │ │ │ +0001e4f0: 743c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 t......module_src_gr │ │ │ +0001e650: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b omacs_mdlib- │ │ │ +0001e660: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0001e670: 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 romacs_fileio.... │ │ │ +0001e890: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3231 3922 ..< │ │ │ +0001e8b0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001e8c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 _gromacs_mdlib&# │ │ │ +0001e8d0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001e8e0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 626c 6573 c_gromacs_tables │ │ │ +0001e8f0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......module_src_gro │ │ │ +0001ea60: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 macs_mdlib-& │ │ │ +0001ea70: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +0001ea80: 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 omacs_domdec... │ │ │ +0001eb90: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ..< │ │ │ +0001ebe0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3230 3922 2063 g id="edge209" c │ │ │ +0001ebf0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +0001ec10: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ +0001ec20: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001ec30: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 7469 gromacs_mdrunuti │ │ │ +0001ec40: 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 lity....< │ │ │ +0001eda0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001edb0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ +0001edc0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001edd0: 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d20 2d2d gromacs_nbnxm -- │ │ │ +0001ede0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3131 >.. │ │ │ +0001ee00: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +0001ee10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 c_gromacs_mdlib& │ │ │ +0001ee20: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0001ee30: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d rc_gromacs_nbnxm │ │ │ +0001ee40: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......mod │ │ │ +0001efc0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001efd0: 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f mdlib->mo │ │ │ +0001efe0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001eff0: 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 6d69 _essentialdynami │ │ │ +0001f000: 6373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 cs..< │ │ │ +0001f0b0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +0001f0c0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +0001f0d0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +0001f0e0: 3630 332e 3633 2c2d 3232 352e 3737 2035 603.63,-225.77 5 │ │ │ +0001f0f0: 3933 2e32 332c 2d32 3237 2e37 3920 3630 93.23,-227.79 60 │ │ │ +0001f100: 322e 3632 2c2d 3233 322e 3720 3630 332e 2.62,-232.7 603. │ │ │ +0001f110: 3633 2c2d 3232 352e 3737 222f 3e0a 3c2f 63,-225.77"/>....modu │ │ │ +0001f190: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +0001f1a0: 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 dlib->mod │ │ │ +0001f1b0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +0001f1c0: 6d64 7370 616e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c mdspan.< │ │ │ +0001f1d0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +0001f1e0: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 643d stroke="red" d= │ │ │ +0001f1f0: 224d 3938 352e 3533 2c2d 3238 302e 3237 "M985.53,-280.27 │ │ │ +0001f200: 4339 3132 2e36 312c 2d32 3830 2e35 3220 C912.61,-280.52 │ │ │ +0001f210: 3732 322e 3132 2c2d 3237 362e 3734 2036 722.12,-276.74 6 │ │ │ +0001f220: 3833 2c2d 3233 312e 3438 2036 3730 2e36 83,-231.48 670.6 │ │ │ +0001f230: 352c 2d32 3137 2e31 3920 3637 332e 3138 5,-217.19 673.18 │ │ │ +0001f240: 2c2d 3139 352e 3037 2036 3737 2e37 342c ,-195.07 677.74, │ │ │ +0001f250: 2d31 3738 2e34 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 -178.49"/>... │ │ │ +0001f310: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3231 3322 ..< │ │ │ +0001f330: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001f340: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 _gromacs_mdlib&# │ │ │ +0001f350: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001f360: 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e c_gromacs_comman │ │ │ +0001f370: 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 dline.

...< │ │ │ +0001f4a0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +0001f4b0: 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 romacs_mdlib- │ │ │ +0001f4c0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +0001f4d0: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6420 2d2d 3e0a gromacs_imd -->. │ │ │ +0001f4e0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3233 2220 .module_src_ │ │ │ +0001f510: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 gromacs_mdlib │ │ │ +0001f520: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +0001f530: 5f67 726f 6d61 6373 5f69 6d64 3c2f 7469 _gromacs_imd. │ │ │ +0001f5f0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module_src_gr │ │ │ +0001f6e0: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b omacs_mdlib- │ │ │ +0001f6f0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0001f700: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 romacs_gmxlib.. │ │ │ +0001f780: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 │ │ │ +0001f7f0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .. │ │ │ +0001f840: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3231 3722 ..< │ │ │ +0001f860: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001f870: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 _gromacs_mdlib&# │ │ │ +0001f880: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001f890: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 c_gromacs_listed │ │ │ +0001f8a0: 5f66 6f72 6365 733c 2f74 6974 6c65 3e0a _forces. │ │ │ 0001f8b0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module │ │ │ -0001fa40: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 _src_gromacs_ewa │ │ │ -0001fa50: 6c64 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ld->modul │ │ │ -0001fa60: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6e62 e_src_gromacs_nb │ │ │ -0001fa70: 6e78 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 nxm....< │ │ │ -0001fbf0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -0001fc00: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 3435 romacs_ewald- │ │ │ -0001fc10: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001fc20: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ -0001fc30: 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 s -->..modul │ │ │ -0001fc60: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 e_src_gromacs_ew │ │ │ -0001fc70: 616c 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ald->modu │ │ │ -0001fc80: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -0001fc90: 7075 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e pu_utils │ │ │ -0001fca0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......mod │ │ │ -0001fe40: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -0001fe50: 616e 616c 7973 6973 6461 7461 2623 3435 analysisdata- │ │ │ -0001fe60: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -0001fe70: 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f gromacs_fileio</ │ │ │ -0001fe80: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -0001fe90: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -0001fea0: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3739 "#bfbfbf" d="M79 │ │ │ -0001feb0: 322e 3034 2c2d 3538 342e 3439 4338 3236 2.04,-584.49C826 │ │ │ -0001fec0: 2e34 342c 2d35 3733 2e32 3920 3838 322e .44,-573.29 882. │ │ │ -0001fed0: 3532 2c2d 3535 352e 3034 2039 3137 2e35 52,-555.04 917.5 │ │ │ -0001fee0: 2c2d 3534 332e 3635 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-543.65"/>.<pol │ │ │ -0001fef0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 ygon fill="#bfbf │ │ │ -0001ff00: 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 bf" stroke="#bfb │ │ │ -0001ff10: 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2239 3138 fbf" points="918 │ │ │ -0001ff20: 2e37 382c 2d35 3436 2e39 3120 3932 372e .78,-546.91 927. │ │ │ -0001ff30: 3231 2c2d 3534 302e 3439 2039 3136 2e36 21,-540.49 916.6 │ │ │ -0001ff40: 322c 2d35 3430 2e32 3620 3931 382e 3738 2,-540.26 918.78 │ │ │ -0001ff50: 2c2d 3534 362e 3931 222f 3e0a 3c2f 673e ,-546.91"/>.</g> │ │ │ -0001ff60: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -0001ff70: 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f _gromacs_listed_ │ │ │ -0001ff80: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ -0001ff90: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -0001ffa0: 735f 676d 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 s_gmxlib -->.<g │ │ │ -0001ffb0: 6964 3d22 6564 6765 3231 3022 2063 6c61 id="edge210" cla │ │ │ -0001ffc0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -0001ffd0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -0001ffe0: 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 macs_listed_forc │ │ │ -0001fff0: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ -00020000: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -00020010: 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xlib...< │ │ │ -00020180: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>.. │ │ │ -000201d0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3138 2220 .module_src_ │ │ │ -00020200: 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 gromacs_listed_f │ │ │ -00020210: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ -00020220: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00020230: 5f74 6162 6c65 733c 2f74 6974 6c65 3e0a _tables. │ │ │ -00020240: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .< │ │ │ -000202c0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ -000202d0: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ -000202e0: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ -000202f0: 3139 3834 2e39 332c 2d39 382e 3831 2031 1984.93,-98.81 1 │ │ │ -00020300: 3937 342e 3338 2c2d 3939 2e37 3420 3139 974.38,-99.74 19 │ │ │ -00020310: 3833 2e32 312c 2d31 3035 2e35 3920 3139 83.21,-105.59 19 │ │ │ -00020320: 3834 2e39 332c 2d39 382e 3831 222f 3e0a 84.93,-98.81"/>. │ │ │ -00020330: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 . │ │ │ -00020640: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3231 3522 ..< │ │ │ -00020660: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00020670: 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f _gromacs_listed_ │ │ │ -00020680: 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d forces->m │ │ │ -00020690: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000206a0: 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a s_mdlib. │ │ │ -000206b0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....mod │ │ │ -00020910: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00020920: 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 7326 2334 listed_forces │ │ │ -00020930: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00020940: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 _gromacs_mdtypes │ │ │ -00020950: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 . │ │ │ -00020a90: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module_src_gr │ │ │ -00020b80: 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 omacs_listed_for │ │ │ -00020b90: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ -00020ba0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 le_src_gromacs_d │ │ │ -00020bb0: 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 omdec.

.. │ │ │ -00020ce0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 .. │ │ │ -00020d30: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3136 2220 .module_src_ │ │ │ -00020d60: 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 gromacs_listed_f │ │ │ -00020d70: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ -00020d80: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00020d90: 5f6e 626e 786d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _nbnxm.< │ │ │ -00020da0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00020db0: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 643d stroke="red" d= │ │ │ -00020dc0: 224d 3232 3130 2e34 322c 2d31 3637 2e34 "M2210.42,-167.4 │ │ │ -00020dd0: 3243 3232 3232 2e36 322c 2d31 3736 2e35 2C2222.62,-176.5 │ │ │ -00020de0: 3120 3232 3336 2e38 2c2d 3139 302e 3132 1 2236.8,-190.12 │ │ │ -00020df0: 2032 3234 362c 2d32 3034 2e36 3120 3232 2246,-204.61 22 │ │ │ -00020e00: 3933 2e33 382c 2d32 3739 2e32 3220 3232 93.38,-279.22 22 │ │ │ -00020e10: 3931 2e37 312c 2d33 3036 2e35 3520 3233 91.71,-306.55 23 │ │ │ -00020e20: 3039 2c2d 3339 332e 3232 2032 3335 362e 09,-393.22 2356. │ │ │ -00020e30: 3832 2c2d 3633 322e 3837 2032 3336 392e 82,-632.87 2369. │ │ │ -00020e40: 3038 2c2d 3739 332e 3320 3231 3632 2c2d 08,-793.3 2162,- │ │ │ -00020e50: 3932 332e 3035 2032 3038 342e 3036 2c2d 923.05 2084.06,- │ │ │ -00020e60: 3937 312e 3839 2031 3739 372e 3937 2c2d 971.89 1797.97,- │ │ │ -00020e70: 3937 332e 3334 2031 3638 382e 3638 2c2d 973.34 1688.68,- │ │ │ -00020e80: 3937 322e 3137 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 972.17"/>.....m │ │ │ -00020f70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00020f80: 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 7326 s_listed_forces& │ │ │ -00020f90: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00020fa0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ -00020fb0: 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tils......module_src_grom │ │ │ -000211d0: 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 acs_listed_force │ │ │ -000211e0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -000211f0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -00021200: 756e 7574 696c 6974 793c 2f74 6974 6c65 unutility... │ │ │ -00021360: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...m │ │ │ -000213b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000213c0: 735f 6c69 6e65 6172 616c 6765 6272 613c s_linearalgebra< │ │ │ -000213d0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c65 6c6c 6970 7365 /title>.<ellipse │ │ │ -000213e0: 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 fill="#bfbfbf" │ │ │ -000213f0: 7374 726f 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2063 stroke="black" c │ │ │ -00021400: 783d 2239 3631 2220 6379 3d22 2d31 3431 x="961" cy="-141 │ │ │ -00021410: 322e 3538 2220 7278 3d22 3530 2e34 3122 2.58" rx="50.41" │ │ │ -00021420: 2072 793d 2231 332e 3337 222f 3e0a 3c74 ry="13.37"/>.<t │ │ │ -00021430: 6578 7420 7465 7874 2d61 6e63 686f 723d ext text-anchor= │ │ │ -00021440: 226d 6964 646c 6522 2078 3d22 3936 3122 "middle" x="961" │ │ │ -00021450: 2079 3d22 2d31 3431 302e 3038 2220 666f y="-1410.08" fo │ │ │ -00021460: 6e74 2d66 616d 696c 793d 2246 7265 6553 nt-family="FreeS │ │ │ -00021470: 616e 7322 2066 6f6e 742d 7369 7a65 3d22 ans" font-size=" │ │ │ -00021480: 3130 2e30 3022 3e6c 696e 6561 7261 6c67 10.00">linearalg │ │ │ -00021490: 6562 7261 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f 673e ebra</text>.</g> │ │ │ -000214a0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -000214b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f73 696d 6420 2d2d _gromacs_simd -- │ │ │ -000214c0: 3e0a 3c67 2069 643d 226e 6f64 6533 3922 >.<g id="node39" │ │ │ -000214d0: 2063 6c61 7373 3d22 6e6f 6465 223e 0a3c class="node">.< │ │ │ -000214e0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -000214f0: 5f67 726f 6d61 6373 5f73 696d 643c 2f74 _gromacs_simd</t │ │ │ -00021500: 6974 6c65 3e0a 3c67 2069 643d 2261 5f6e itle>.<g id="a_n │ │ │ -00021510: 6f64 6533 3922 3e3c 6120 786c 696e 6b3a ode39"><a xlink: │ │ │ -00021520: 6872 6566 3d22 6772 6f75 705f 5f6d 6f64 href="group__mod │ │ │ -00021530: 756c 655f 5f73 696d 642e 7868 746d 6c22 ule__simd.xhtml" │ │ │ -00021540: 2074 6172 6765 743d 225f 746f 7022 2078 target="_top" x │ │ │ -00021550: 6c69 6e6b 3a74 6974 6c65 3d22 7369 6d64 link:title="simd │ │ │ -00021560: 223e 0a3c 656c 6c69 7073 6520 6669 6c6c ">.<ellipse fill │ │ │ -00021570: 3d22 2366 6665 3463 6322 2073 7472 6f6b ="#ffe4cc" strok │ │ │ -00021580: 653d 2262 6c61 636b 2220 6378 3d22 3334 e="black" cx="34 │ │ │ -00021590: 3022 2063 793d 222d 3134 3132 2e35 3822 0" cy="-1412.58" │ │ │ -000215a0: 2072 783d 2232 3722 2072 793d 2231 332e rx="27" ry="13. │ │ │ -000215b0: 3337 222f 3e0a 3c74 6578 7420 7465 7874 37"/>.<text text │ │ │ -000215c0: 2d61 6e63 686f 723d 226d 6964 646c 6522 -anchor="middle" │ │ │ -000215d0: 2078 3d22 3334 3022 2079 3d22 2d31 3431 x="340" y="-141 │ │ │ -000215e0: 302e 3038 2220 666f 6e74 2d66 616d 696c 0.08" font-famil │ │ │ -000215f0: 793d 2246 7265 6553 616e 7322 2066 6f6e y="FreeSans" fon │ │ │ -00021600: 742d 7369 7a65 3d22 3130 2e30 3022 3e73 t-size="10.00">s │ │ │ -00021610: 696d 643c 2f74 6578 743e 0a3c 2f61 3e0a imd</text>.</a>. │ │ │ -00021620: 3c2f 673e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d </g>.</g>.<!-- m │ │ │ -00021630: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00021640: 735f 636f 6f72 6469 6e61 7465 696f 2623 s_coordinateio&# │ │ │ -00021650: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00021660: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e c_gromacs_option │ │ │ -00021670: 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 s -->.<g id="edg │ │ │ -00021680: 6532 3139 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e219" class="edg │ │ │ -00021690: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -000216a0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f e_src_gromacs_co │ │ │ -000216b0: 6f72 6469 6e61 7465 696f 2623 3435 3b26 ordinateio-& │ │ │ -000216c0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -000216d0: 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 omacs_options</t │ │ │ -000216e0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -000216f0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00021700: 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 652d #2ccc28" stroke- │ │ │ -00021710: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -00021720: 643d 224d 3636 332e 3735 2c2d 3538 372e d="M663.75,-587. │ │ │ -00021730: 3036 4336 3736 2e32 342c 2d35 3835 2e30 06C676.24,-585.0 │ │ │ -00021740: 3120 3639 302e 3137 2c2d 3538 332e 3032 1 690.17,-583.02 │ │ │ -00021750: 2037 3033 2c2d 3538 312e 3833 2039 3938 703,-581.83 998 │ │ │ -00021760: 2e37 332c 2d35 3534 2e33 3920 3137 3437 .73,-554.39 1747 │ │ │ -00021770: 2c2d 3630 302e 3038 2032 3033 392c 2d35 ,-600.08 2039,-5 │ │ │ -00021780: 3435 2e38 3320 3232 3033 2e35 372c 2d35 45.83 2203.57,-5 │ │ │ -00021790: 3135 2e32 3620 3232 3833 2e36 372c 2d35 15.26 2283.67,-5 │ │ │ -000217a0: 3435 2e39 3620 3233 3934 2c2d 3432 302e 45.96 2394,-420. │ │ │ -000217b0: 3039 2032 3435 302e 3438 2c2d 3335 352e 09 2450.48,-355. │ │ │ -000217c0: 3635 2032 3432 352e 3036 2c2d 3331 362e 65 2425.06,-316. │ │ │ -000217d0: 3720 3234 3334 2c2d 3233 312e 3438 2032 7 2434,-231.48 2 │ │ │ -000217e0: 3433 382e 3236 2c2d 3139 302e 3834 2032 438.26,-190.84 2 │ │ │ -000217f0: 3434 362e 362c 2d31 3636 2e33 3820 3234 446.6,-166.38 24 │ │ │ -00021800: 3134 2c2d 3134 312e 3734 2032 3338 332e 14,-141.74 2383. │ │ │ -00021810: 3435 2c2d 3131 382e 3635 2031 3137 302e 45,-118.65 1170. │ │ │ -00021820: 3631 2c2d 3937 2e39 3820 3932 322e 3931 61,-97.98 922.91 │ │ │ -00021830: 2c2d 3934 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e ,-94"/>.<polygon │ │ │ -00021840: 2066 696c 6c3d 2223 3263 6363 3238 2220 fill="#2ccc28" │ │ │ -00021850: 7374 726f 6b65 3d22 2332 6363 6332 3822 stroke="#2ccc28" │ │ │ -00021860: 2070 6f69 6e74 733d 2239 3232 2e38 392c points="922.89, │ │ │ -00021870: 2d39 302e 3520 3931 322e 3834 2c2d 3933 -90.5 912.84,-93 │ │ │ -00021880: 2e38 3420 3932 322e 3738 2c2d 3937 2e34 .84 922.78,-97.4 │ │ │ -00021890: 3920 3932 322e 3839 2c2d 3930 2e35 222f 9 922.89,-90.5"/ │ │ │ -000218a0: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -000218b0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -000218c0: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 mxpreprocess- │ │ │ -000218d0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -000218e0: 6772 6f6d 6163 735f 696d 6420 2d2d 3e0a gromacs_imd -->. │ │ │ -000218f0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3332 2220 <g id="edge232" │ │ │ -00021900: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00021910: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00021920: 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 gromacs_gmxprepr │ │ │ -00021930: 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f ocess->mo │ │ │ -00021940: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00021950: 5f69 6d64 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 _imd....< │ │ │ -00021ab0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -00021ac0: 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f romacs_gmxprepro │ │ │ -00021ad0: 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 cess->mod │ │ │ -00021ae0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00021af0: 6666 7420 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 fft -->..mod │ │ │ -00021b20: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00021b30: 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 gmxpreprocess │ │ │ -00021b40: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00021b50: 5f67 726f 6d61 6373 5f66 6674 3c2f 7469 _gromacs_fft</ti │ │ │ -00021b60: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -00021b70: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ -00021b80: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3133 3830 bfbfbf" d="M1380 │ │ │ -00021b90: 2e33 312c 2d31 3333 372e 3037 4331 3339 .31,-1337.07C139 │ │ │ -00021ba0: 342e 352c 2d31 3332 382e 3434 2031 3431 4.5,-1328.44 141 │ │ │ -00021bb0: 322e 3732 2c2d 3133 3135 2e35 3620 3134 2.72,-1315.56 14 │ │ │ -00021bc0: 3235 2c2d 3133 3030 2e32 3720 3134 3533 25,-1300.27 1453 │ │ │ -00021bd0: 2e35 342c 2d31 3236 342e 3734 2031 3437 .54,-1264.74 147 │ │ │ -00021be0: 312e 3434 2c2d 3132 3133 2e37 3720 3134 1.44,-1213.77 14 │ │ │ -00021bf0: 3830 2c2d 3131 3834 2e37 222f 3e0a 3c70 80,-1184.7"/>.<p │ │ │ -00021c00: 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 olygon fill="#bf │ │ │ -00021c10: 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 bfbf" stroke="#b │ │ │ -00021c20: 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 fbfbf" points="1 │ │ │ -00021c30: 3438 332e 3437 2c2d 3131 3835 2e32 3820 483.47,-1185.28 │ │ │ -00021c40: 3134 3832 2e38 322c 2d31 3137 342e 3731 1482.82,-1174.71 │ │ │ -00021c50: 2031 3437 362e 3733 2c2d 3131 3833 2e33 1476.73,-1183.3 │ │ │ -00021c60: 3820 3134 3833 2e34 372c 2d31 3138 352e 8 1483.47,-1185. │ │ │ -00021c70: 3238 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 28"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00021c80: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00021c90: 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 cs_gmxpreprocess │ │ │ -00021ca0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00021cb0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c src_gromacs_gmxl │ │ │ -00021cc0: 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ib -->.<g id="ed │ │ │ -00021cd0: 6765 3232 3522 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge225" class="ed │ │ │ -00021ce0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ -00021cf0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -00021d00: 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 mxpreprocess- │ │ │ -00021d10: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00021d20: 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f gromacs_gmxlib</ │ │ │ -00021d30: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00021d40: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00021d50: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3133 "#bfbfbf" d="M13 │ │ │ -00021d60: 3535 2e37 382c 2d31 3333 362e 3136 4331 55.78,-1336.16C1 │ │ │ -00021d70: 3335 302e 3336 2c2d 3133 3133 2e39 3120 350.36,-1313.91 │ │ │ -00021d80: 3133 3430 2c2d 3132 3636 2e30 3420 3133 1340,-1266.04 13 │ │ │ -00021d90: 3430 2c2d 3132 3234 2e39 3720 3133 3430 40,-1224.97 1340 │ │ │ -00021da0: 2c2d 3132 3234 2e39 3720 3133 3430 2c2d ,-1224.97 1340,- │ │ │ -00021db0: 3132 3234 2e39 3720 3133 3430 2c2d 3130 1224.97 1340,-10 │ │ │ -00021dc0: 3334 2e33 3620 3133 3430 2c2d 3939 372e 34.36 1340,-997. │ │ │ -00021dd0: 3733 2031 3332 372e 3036 2c2d 3935 362e 73 1327.06,-956. │ │ │ -00021de0: 3739 2031 3331 372e 392c 2d39 3332 2e33 79 1317.9,-932.3 │ │ │ -00021df0: 3922 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 9"/>.<polygon fi │ │ │ -00021e00: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ -00021e10: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ -00021e20: 696e 7473 3d22 3133 3231 2e31 342c 2d39 ints="1321.14,-9 │ │ │ -00021e30: 3331 2e30 3620 3133 3134 2e32 362c 2d39 31.06 1314.26,-9 │ │ │ -00021e40: 3233 2e30 3120 3133 3134 2e36 322c 2d39 23.01 1314.62,-9 │ │ │ -00021e50: 3333 2e35 3920 3133 3231 2e31 342c 2d39 33.59 1321.14,-9 │ │ │ -00021e60: 3331 2e30 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 31.06"/>.</g>.<! │ │ │ -00021e70: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -00021e80: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ -00021e90: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ -00021ea0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00021eb0: 6472 756e 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 drun -->.<g id=" │ │ │ -00021ec0: 6564 6765 3233 3322 2063 6c61 7373 3d22 edge233" class=" │ │ │ -00021ed0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ -00021ee0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00021ef0: 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 _gmxpreprocess&# │ │ │ -00021f00: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00021f10: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e3c c_gromacs_mdrun< │ │ │ -00021f20: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -00021f30: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -00021f40: 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b ="#282fcc" strok │ │ │ -00021f50: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ -00021f60: 2220 643d 224d 3134 3136 2e34 322c 2d31 " d="M1416.42,-1 │ │ │ -00021f70: 3334 362e 3631 4331 3631 302e 3335 2c2d 346.61C1610.35,- │ │ │ -00021f80: 3133 3338 2e37 3720 3232 3239 2c2d 3133 1338.77 2229,-13 │ │ │ -00021f90: 3037 2e33 2032 3232 392c 2d31 3232 342e 07.3 2229,-1224. │ │ │ -00021fa0: 3937 2032 3232 392c 2d31 3232 342e 3937 97 2229,-1224.97 │ │ │ -00021fb0: 2032 3232 392c 2d31 3232 342e 3937 2032 2229,-1224.97 2 │ │ │ -00021fc0: 3232 392c 2d31 3039 372e 3233 2032 3232 229,-1097.23 222 │ │ │ -00021fd0: 392c 2d39 3731 2e30 3420 3137 3938 2e39 9,-971.04 1798.9 │ │ │ -00021fe0: 322c 2d39 3532 2e36 2031 3731 332c 2d38 2,-952.6 1713,-8 │ │ │ -00021ff0: 3630 2e31 3820 3136 3732 2e33 382c 2d38 60.18 1672.38,-8 │ │ │ -00022000: 3136 2e34 3820 3136 3836 2e34 342c 2d37 16.48 1686.44,-7 │ │ │ -00022010: 3930 2e34 3920 3136 3636 2c2d 3733 342e 90.49 1666,-734. │ │ │ -00022020: 3434 2031 3636 302e 3338 2c2d 3731 392e 44 1660.38,-719. │ │ │ -00022030: 3032 2031 3537 362e 3532 2c2d 3436 392e 02 1576.52,-469. │ │ │ -00022040: 3436 2031 3536 372c 2d34 3536 2e30 3920 46 1567,-456.09 │ │ │ -00022050: 3135 3532 2e31 342c 2d34 3335 2e32 3320 1552.14,-435.23 │ │ │ -00022060: 3135 3336 2e33 342c 2d34 3431 2e33 3120 1536.34,-441.31 │ │ │ -00022070: 3135 3232 2c2d 3432 302e 3039 2031 3438 1522,-420.09 148 │ │ │ -00022080: 322e 3333 2c2d 3336 312e 3420 3135 3233 2.33,-361.4 1523 │ │ │ -00022090: 2e35 332c 2d33 3230 2e30 3120 3134 3736 .53,-320.01 1476 │ │ │ -000220a0: 2c2d 3236 372e 3438 2031 3435 352e 3439 ,-267.48 1455.49 │ │ │ -000220b0: 2c2d 3234 342e 3832 2031 3432 322e 3734 ,-244.82 1422.74 │ │ │ -000220c0: 2c2d 3233 322e 3438 2031 3339 372e 3131 ,-232.48 1397.11 │ │ │ -000220d0: 2c2d 3232 352e 3934 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-225.94"/>.<pol │ │ │ -000220e0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 ygon fill="#282f │ │ │ -000220f0: 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 cc" stroke="#282 │ │ │ -00022100: 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2231 3339 fcc" points="139 │ │ │ -00022110: 372e 3835 2c2d 3232 322e 3532 2031 3338 7.85,-222.52 138 │ │ │ -00022120: 372e 3332 2c2d 3232 332e 3634 2031 3339 7.32,-223.64 139 │ │ │ -00022130: 362e 3235 2c2d 3232 392e 3334 2031 3339 6.25,-229.34 139 │ │ │ -00022140: 372e 3835 2c2d 3232 322e 3532 222f 3e0a 7.85,-222.52"/>. │ │ │ -00022150: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -00022160: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ -00022170: 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 preprocess-& │ │ │ -00022180: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00022190: 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e 7320 2d2d omacs_options -- │ │ │ -000221a0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3336 >.<g id="edge236 │ │ │ -000221b0: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ -000221c0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ -000221d0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 c_gromacs_gmxpre │ │ │ -000221e0: 7072 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 743b process-> │ │ │ -000221f0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00022200: 6373 5f6f 7074 696f 6e73 3c2f 7469 746c cs_options</titl │ │ │ -00022210: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00022220: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -00022230: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -00022240: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00022250: 4d31 3330 302e 3434 2c2d 3133 3438 2e32 M1300.44,-1348.2 │ │ │ -00022260: 3243 3130 3735 2e31 382c 2d31 3334 352e 2C1075.18,-1345. │ │ │ -00022270: 3538 2032 3737 2c2d 3133 3238 2e39 2032 58 277,-1328.9 2 │ │ │ -00022280: 3737 2c2d 3132 3234 2e39 3720 3237 372c 77,-1224.97 277, │ │ │ -00022290: 2d31 3232 342e 3937 2032 3737 2c2d 3132 -1224.97 277,-12 │ │ │ -000222a0: 3234 2e39 3720 3237 372c 2d39 3038 2e36 24.97 277,-908.6 │ │ │ -000222b0: 3220 3237 372c 2d37 3639 2e35 3120 3235 2 277,-769.51 25 │ │ │ -000222c0: 372c 2d37 3335 2e33 3720 3235 372c 2d35 7,-735.37 257,-5 │ │ │ -000222d0: 3936 2e32 3720 3235 372c 2d35 3936 2e32 96.27 257,-596.2 │ │ │ -000222e0: 3720 3235 372c 2d35 3936 2e32 3720 3235 7 257,-596.27 25 │ │ │ -000222f0: 372c 2d34 3035 2e36 3620 3235 372c 2d32 7,-405.66 257,-2 │ │ │ -00022300: 3835 2e35 3620 3232 342e 3732 2c2d 3232 85.56 224.72,-22 │ │ │ -00022310: 302e 3933 2033 3135 2c2d 3134 312e 3734 0.93 315,-141.74 │ │ │ -00022320: 2033 3137 2e34 352c 2d31 3339 2e35 3920 317.45,-139.59 │ │ │ -00022330: 3730 342e 3433 2c2d 3130 372e 3634 2038 704.43,-107.64 8 │ │ │ -00022340: 3335 2e38 382c 2d39 362e 3834 222f 3e0a 35.88,-96.84"/>. │ │ │ -00022350: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ -00022360: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 282fcc" stroke=" │ │ │ -00022370: 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d #282fcc" points= │ │ │ -00022380: 2238 3336 2e33 312c 2d31 3030 2e33 3220 "836.31,-100.32 │ │ │ -00022390: 3834 352e 3939 2c2d 3936 2e30 3120 3833 845.99,-96.01 83 │ │ │ -000223a0: 352e 3734 2c2d 3933 2e33 3420 3833 362e 5.74,-93.34 836. │ │ │ -000223b0: 3331 2c2d 3130 302e 3332 222f 3e0a 3c2f 31,-100.32"/>.</ │ │ │ -000223c0: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -000223d0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 rc_gromacs_gmxpr │ │ │ -000223e0: 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 6774 eprocess-> │ │ │ -000223f0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00022400: 6163 735f 6d64 6c69 6220 2d2d 3e0a 3c67 acs_mdlib -->.<g │ │ │ -00022410: 2069 643d 2265 6467 6532 3237 2220 636c id="edge227" cl │ │ │ -00022420: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -00022430: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -00022440: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ -00022450: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ -00022460: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00022470: 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 dlib......mo │ │ │ -00022630: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00022640: 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 _gmxpreprocess&# │ │ │ -00022650: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00022660: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f c_gromacs_fileio │ │ │ -00022670: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......m │ │ │ -00022840: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00022850: 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 s_gmxpreprocess& │ │ │ -00022860: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00022870: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ -00022880: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es......modul │ │ │ -00022a90: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -00022aa0: 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 353b xpreprocess- │ │ │ -00022ab0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00022ac0: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 romacs_domdec</t │ │ │ -00022ad0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00022ae0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00022af0: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ -00022b00: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -00022b10: 643d 224d 3134 3137 2e34 342c 2d31 3334 d="M1417.44,-134 │ │ │ -00022b20: 382e 3335 4331 3630 312e 3732 2c2d 3133 8.35C1601.72,-13 │ │ │ -00022b30: 3436 2e38 3320 3231 3632 2e36 342c 2d31 46.83 2162.64,-1 │ │ │ -00022b40: 3333 392e 3034 2032 3233 342c 2d31 3330 339.04 2234,-130 │ │ │ -00022b50: 302e 3237 2032 3237 302e 3432 2c2d 3132 0.27 2270.42,-12 │ │ │ -00022b60: 3830 2e34 3920 3232 3839 2c2d 3132 3636 80.49 2289,-1266 │ │ │ -00022b70: 2e34 3120 3232 3839 2c2d 3132 3234 2e39 .41 2289,-1224.9 │ │ │ -00022b80: 3720 3232 3839 2c2d 3132 3234 2e39 3720 7 2289,-1224.97 │ │ │ -00022b90: 3232 3839 2c2d 3132 3234 2e39 3720 3232 2289,-1224.97 22 │ │ │ -00022ba0: 3839 2c2d 3834 352e 3735 2032 3238 392c 89,-845.75 2289, │ │ │ -00022bb0: 2d37 3036 2e32 3220 3232 3034 2e35 322c -706.22 2204.52, │ │ │ -00022bc0: 2d36 3932 2e30 3720 3231 3139 2c2d 3538 -692.07 2119,-58 │ │ │ -00022bd0: 312e 3833 2032 3032 352e 3631 2c2d 3436 1.83 2025.61,-46 │ │ │ -00022be0: 312e 3434 2032 3031 352e 3133 2c2d 3431 1.44 2015.13,-41 │ │ │ -00022bf0: 312e 3234 2031 3838 362c 2d33 3330 2e33 1.24 1886,-330.3 │ │ │ -00022c00: 3520 3138 3530 2e32 312c 2d33 3037 2e39 5 1850.21,-307.9 │ │ │ -00022c10: 3320 3138 3033 2e33 372c 2d32 3935 2e33 3 1803.37,-295.3 │ │ │ -00022c20: 3120 3137 3639 2e38 322c 2d32 3838 2e36 1 1769.82,-288.6 │ │ │ -00022c30: 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 2"/>.<polygon fi │ │ │ -00022c40: 6c6c 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 ll="#282fcc" str │ │ │ -00022c50: 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f oke="#282fcc" po │ │ │ -00022c60: 696e 7473 3d22 3137 3730 2e33 332c 2d32 ints="1770.33,-2 │ │ │ -00022c70: 3835 2e31 3620 3137 3539 2e38 362c 2d32 85.16 1759.86,-2 │ │ │ -00022c80: 3836 2e37 3320 3137 3639 2e30 332c 2d32 86.73 1769.03,-2 │ │ │ -00022c90: 3932 2e30 3320 3137 3730 2e33 332c 2d32 92.03 1770.33,-2 │ │ │ -00022ca0: 3835 2e31 3622 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 85.16"/>.</g>.<! │ │ │ -00022cb0: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -00022cc0: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ -00022cd0: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ -00022ce0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ -00022cf0: 6d78 616e 6120 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d mxana -->.<g id= │ │ │ -00022d00: 2265 6467 6532 3234 2220 636c 6173 733d "edge224" class= │ │ │ -00022d10: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -00022d20: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00022d30: 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 s_gmxpreprocess& │ │ │ -00022d40: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00022d50: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 616e rc_gromacs_gmxan │ │ │ -00022d60: 613c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 a......module_src_gr │ │ │ -00022f00: 6f6d 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 omacs_gmxpreproc │ │ │ -00022f10: 6573 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ess->modu │ │ │ -00022f20: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e le_src_gromacs_n │ │ │ -00022f30: 626e 786d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 bnxm.. │ │ │ -00023020: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....module_ │ │ │ -00023110: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 7870 src_gromacs_gmxp │ │ │ -00023120: 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 353b 2667 reprocess-&g │ │ │ -00023130: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00023140: 6d61 6373 5f65 7761 6c64 3c2f 7469 746c macs_ewald</titl │ │ │ -00023150: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00023160: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -00023170: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -00023180: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00023190: 4d31 3431 372e 3034 2c2d 3133 3437 2e35 M1417.04,-1347.5 │ │ │ -000231a0: 3143 3136 3135 2e34 312c 2d31 3334 332e 1C1615.41,-1343. │ │ │ -000231b0: 3138 2032 3235 392e 3131 2c2d 3133 3237 18 2259.11,-1327 │ │ │ -000231c0: 2e32 3120 3233 3438 2c2d 3133 3030 2e32 .21 2348,-1300.2 │ │ │ -000231d0: 3720 3234 3030 2e30 362c 2d31 3238 342e 7 2400.06,-1284. │ │ │ -000231e0: 3520 3234 3137 2e32 342c 2d31 3237 382e 5 2417.24,-1278. │ │ │ -000231f0: 3339 2032 3435 332c 2d31 3233 372e 3420 39 2453,-1237.4 │ │ │ -00023200: 3235 3333 2e35 352c 2d31 3134 352e 3036 2533.55,-1145.06 │ │ │ -00023210: 2032 3634 392c 2d38 3434 2e35 3420 3236 2649,-844.54 26 │ │ │ -00023220: 3439 2c2d 3732 322e 3031 2032 3634 392c 49,-722.01 2649, │ │ │ -00023230: 2d37 3232 2e30 3120 3236 3439 2c2d 3732 -722.01 2649,-72 │ │ │ -00023240: 322e 3031 2032 3634 392c 2d32 3137 2e30 2.01 2649,-217.0 │ │ │ -00023250: 3520 3236 3439 2c2d 3135 392e 3534 2032 5 2649,-159.54 2 │ │ │ -00023260: 3538 312e 3836 2c2d 3132 322e 3333 2032 581.86,-122.33 2 │ │ │ -00023270: 3534 302e 3537 2c2d 3130 342e 3922 2f3e 540.57,-104.9"/> │ │ │ -00023280: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ -00023290: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d #282fcc" stroke= │ │ │ -000232a0: 2223 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 "#282fcc" points │ │ │ -000232b0: 3d22 3235 3431 2e37 372c 2d31 3031 2e36 ="2541.77,-101.6 │ │ │ -000232c0: 2032 3533 312e 3138 2c2d 3130 312e 3038 2531.18,-101.08 │ │ │ -000232d0: 2032 3533 392e 3133 2c2d 3130 382e 3039 2539.13,-108.09 │ │ │ -000232e0: 2032 3534 312e 3737 2c2d 3130 312e 3622 2541.77,-101.6" │ │ │ -000232f0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ -00023300: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00023310: 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 gmxpreprocess │ │ │ -00023320: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00023330: 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f _gromacs_listed_ │ │ │ -00023340: 666f 7263 6573 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 forces -->.<g id │ │ │ -00023350: 3d22 6564 6765 3232 3222 2063 6c61 7373 ="edge222" class │ │ │ -00023360: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ -00023370: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00023380: 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 cs_gmxpreprocess │ │ │ -00023390: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -000233a0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 src_gromacs_list │ │ │ -000233b0: 6564 5f66 6f72 6365 733c 2f74 6974 6c65 ed_forces. │ │ │ -00023520: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .....module │ │ │ -00023610: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ -00023620: 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 preprocess-& │ │ │ -00023630: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00023640: 6f6d 6163 735f 7261 6e64 6f6d 3c2f 7469 omacs_random</ti │ │ │ -00023650: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -00023660: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2262 "none" stroke="b │ │ │ -00023670: 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 lack" stroke-das │ │ │ -00023680: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00023690: 4d31 3330 302e 3533 2c2d 3133 3438 2e31 M1300.53,-1348.1 │ │ │ -000236a0: 3543 3131 3133 2e36 352c 2d31 3334 362e 5C1113.65,-1346. │ │ │ -000236b0: 3032 2035 3332 2e32 362c 2d31 3333 362e 02 532.26,-1336. │ │ │ -000236c0: 3538 2033 3438 2c2d 3133 3030 2e32 3720 58 348,-1300.27 │ │ │ -000236d0: 3236 362e 3039 2c2d 3132 3834 2e31 3320 266.09,-1284.13 │ │ │ -000236e0: 3233 332e 3032 2c2d 3132 3933 2e32 3920 233.02,-1293.29 │ │ │ -000236f0: 3137 312c 2d31 3233 372e 3420 3138 2e34 171,-1237.4 18.4 │ │ │ -00023700: 2c2d 3130 3939 2e38 3920 3737 2c2d 3939 ,-1099.89 77,-99 │ │ │ -00023710: 302e 3239 2037 372c 2d37 3834 2e38 3820 0.29 77,-784.88 │ │ │ -00023720: 3737 2c2d 3738 342e 3838 2037 372c 2d37 77,-784.88 77,-7 │ │ │ -00023730: 3834 2e38 3820 3737 2c2d 3533 312e 3420 84.88 77,-531.4 │ │ │ -00023740: 3737 2c2d 3434 382e 3737 2031 3135 2e36 77,-448.77 115.6 │ │ │ -00023750: 322c 2d34 3335 2e35 3220 3134 322c 2d33 2,-435.52 142,-3 │ │ │ -00023760: 3537 2e32 3220 3136 342e 3632 2c2d 3239 57.22 164.62,-29 │ │ │ -00023770: 302e 3039 2031 3630 2c2d 3236 392e 3638 0.09 160,-269.68 │ │ │ -00023780: 2031 3838 2c2d 3230 342e 3631 2032 3030 188,-204.61 200 │ │ │ -00023790: 2e37 332c 2d31 3735 2e30 3320 3139 382e .73,-175.03 198. │ │ │ -000237a0: 3138 2c2d 3136 302e 3938 2032 3234 2c2d 18,-160.98 224,- │ │ │ -000237b0: 3134 312e 3734 2032 3330 2e37 372c 2d31 141.74 230.77,-1 │ │ │ -000237c0: 3336 2e37 2033 3333 2e36 352c 2d31 3134 36.7 333.65,-114 │ │ │ -000237d0: 2e31 3120 3339 312e 3737 2c2d 3130 312e .11 391.77,-101. │ │ │ -000237e0: 3634 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 64"/>.<polygon f │ │ │ -000237f0: 696c 6c3d 2262 6c61 636b 2220 7374 726f ill="black" stro │ │ │ -00023800: 6b65 3d22 626c 6163 6b22 2070 6f69 6e74 ke="black" point │ │ │ -00023810: 733d 2233 3932 2e36 372c 2d31 3035 2e30 s="392.67,-105.0 │ │ │ -00023820: 3320 3430 312e 3732 2c2d 3939 2e35 3120 3 401.72,-99.51 │ │ │ -00023830: 3339 312e 3231 2c2d 3938 2e31 3820 3339 391.21,-98.18 39 │ │ │ -00023840: 322e 3637 2c2d 3130 352e 3033 222f 3e0a 2.67,-105.03"/>. │ │ │ -00023850: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -00023860: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ -00023870: 7072 6570 726f 6365 7373 2623 3435 3b26 preprocess-& │ │ │ -00023880: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00023890: 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e omacs_commandlin │ │ │ -000238a0: 6520 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 e -->.<g id="edg │ │ │ -000238b0: 6532 3230 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e220" class="edg │ │ │ -000238c0: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -000238d0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -000238e0: 7870 7265 7072 6f63 6573 7326 2334 353b xpreprocess- │ │ │ -000238f0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00023900: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ -00023910: 6e65 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ne......mo │ │ │ -00023b00: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00023b10: 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 2623 _gmxpreprocess&# │ │ │ -00023b20: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ -00023b30: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ -00023b40: 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tility.< │ │ │ -00023b50: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00023b60: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -00023b70: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ -00023b80: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3335 ay="5,2" d="M135 │ │ │ -00023b90: 392e 3137 2c2d 3133 3336 2e30 3643 3133 9.17,-1336.06C13 │ │ │ -00023ba0: 3539 2e34 352c 2d31 3331 332e 3637 2031 59.45,-1313.67 1 │ │ │ -00023bb0: 3336 302c 2d31 3236 352e 3537 2031 3336 360,-1265.57 136 │ │ │ -00023bc0: 302c 2d31 3232 342e 3937 2031 3336 302c 0,-1224.97 1360, │ │ │ -00023bd0: 2d31 3232 342e 3937 2031 3336 302c 2d31 -1224.97 1360,-1 │ │ │ -00023be0: 3232 342e 3937 2031 3336 302c 2d39 3731 224.97 1360,-971 │ │ │ -00023bf0: 2e34 3920 3133 3630 2c2d 3836 362e 3039 .49 1360,-866.09 │ │ │ -00023c00: 2031 3336 352e 3434 2c2d 3833 392e 3833 1365.44,-839.83 │ │ │ -00023c10: 2031 3336 372c 2d37 3334 2e34 3420 3133 1367,-734.44 13 │ │ │ -00023c20: 3637 2e31 382c 2d37 3232 2e35 2031 3336 67.18,-722.5 136 │ │ │ -00023c30: 382e 3231 2c2d 3731 392e 3435 2031 3336 8.21,-719.45 136 │ │ │ -00023c40: 372c 2d37 3037 2e35 3720 3133 3636 2e31 7,-707.57 1366.1 │ │ │ -00023c50: 332c 2d36 3939 2e30 3220 3133 3634 2e34 3,-699.02 1364.4 │ │ │ -00023c60: 312c 2d36 3839 2e37 3520 3133 3632 2e36 1,-689.75 1362.6 │ │ │ -00023c70: 342c 2d36 3831 2e36 3322 2f3e 0a3c 706f 4,-681.63"/>.. │ │ │ -00023cf0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_src_gro │ │ │ -00023d80: 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 macs_gmxpreproce │ │ │ -00023d90: 7373 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ss->modul │ │ │ -00023da0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 e_src_gromacs_ap │ │ │ -00023db0: 706c 6965 645f 666f 7263 6573 5f61 7768 plied_forces_awh │ │ │ -00023dc0: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 . │ │ │ -00023ee0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .. │ │ │ -00023f50: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_src_grom │ │ │ -00023fd0: 6163 735f 676d 7870 7265 7072 6f63 6573 acs_gmxpreproces │ │ │ -00023fe0: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -00023ff0: 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 6c73 3c2f _src_testutils</ │ │ │ -00024000: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00024010: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00024020: 2272 6564 2220 643d 224d 3134 3137 2e37 "red" d="M1417.7 │ │ │ -00024030: 342c 2d31 3334 382e 3734 4331 3637 332e 4,-1348.74C1673. │ │ │ -00024040: 372c 2d31 3334 382e 3632 2032 3638 312e 7,-1348.62 2681. │ │ │ -00024050: 3035 2c2d 3133 3435 2e32 3920 3237 3330 05,-1345.29 2730 │ │ │ -00024060: 2c2d 3133 3030 2e32 3720 3237 3739 2e38 ,-1300.27 2779.8 │ │ │ -00024070: 362c 2d31 3235 342e 3431 2032 3736 382e 6,-1254.41 2768. │ │ │ -00024080: 3235 2c2d 3131 3633 2e36 3620 3237 3539 25,-1163.66 2759 │ │ │ -00024090: 2e34 362c 2d31 3132 312e 3622 2f3e 0a3c .46,-1121.6"/>.< │ │ │ -000240a0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ -000240b0: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ -000240c0: 706f 696e 7473 3d22 3237 3632 2e38 372c points="2762.87, │ │ │ -000240d0: 2d31 3132 302e 3738 2032 3735 372e 3238 -1120.78 2757.28 │ │ │ -000240e0: 2c2d 3131 3131 2e37 3820 3237 3536 2e30 ,-1111.78 2756.0 │ │ │ -000240f0: 342c 2d31 3132 322e 3320 3237 3632 2e38 4,-1122.3 2762.8 │ │ │ -00024100: 372c 2d31 3132 302e 3738 222f 3e0a 3c2f 7,-1120.78"/>.</ │ │ │ -00024110: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -00024120: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 rc_gromacs_comma │ │ │ -00024130: 6e64 6c69 6e65 2623 3435 3b26 6774 3b6d ndline->m │ │ │ -00024140: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00024150: 735f 6f70 7469 6f6e 7320 2d2d 3e0a 3c67 s_options -->.<g │ │ │ -00024160: 2069 643d 2265 6467 6532 3339 2220 636c id="edge239" cl │ │ │ -00024170: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -00024180: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -00024190: 6f6d 6163 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e omacs_commandlin │ │ │ -000241a0: 6526 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 e->module │ │ │ -000241b0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f 7074 _src_gromacs_opt │ │ │ -000241c0: 696f 6e73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ions......module_ │ │ │ -00024390: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d src_gromacs_comm │ │ │ -000243a0: 616e 646c 696e 6526 2334 353b 2667 743b andline-> │ │ │ -000243b0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000243c0: 6373 5f66 696c 6569 6f3c 2f74 6974 6c65 cs_fileio....< │ │ │ -000244b0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -000244c0: 726f 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 romacs_commandli │ │ │ -000244d0: 6e65 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ne->modul │ │ │ -000244e0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e e_src_gromacs_on │ │ │ -000244f0: 6c69 6e65 6865 6c70 202d 2d3e 0a3c 6720 linehelp -->..module_src_gro │ │ │ -00024530: 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 macs_commandline │ │ │ -00024540: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00024550: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6f6e 6c69 src_gromacs_onli │ │ │ -00024560: 6e65 6865 6c70 3c2f 7469 746c 653e 0a3c nehelp.< │ │ │ -00024570: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00024580: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ -00024590: 2220 643d 224d 3131 3639 2e34 372c 2d35 " d="M1169.47,-5 │ │ │ -000245a0: 3930 2e38 4331 3332 312e 3738 2c2d 3538 90.8C1321.78,-58 │ │ │ -000245b0: 302e 3132 2031 3738 322e 3638 2c2d 3534 0.12 1782.68,-54 │ │ │ -000245c0: 372e 3739 2031 3933 372e 3032 2c2d 3533 7.79 1937.02,-53 │ │ │ -000245d0: 362e 3937 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 6.97"/>.. │ │ │ -00024650: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...m │ │ │ -000246c0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000246d0: 735f 6770 755f 7574 696c 7326 2334 353b s_gpu_utils- │ │ │ -000246e0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000246f0: 726f 6d61 6373 5f75 7469 6c69 7479 3c2f romacs_utility</ │ │ │ -00024700: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00024710: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00024720: 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 "#2ccc28" stroke │ │ │ -00024730: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ -00024740: 2064 3d22 4d31 3633 372e 3039 2c2d 3130 d="M1637.09,-10 │ │ │ -00024750: 3431 2e30 3243 3135 3432 2e36 372c 2d31 41.02C1542.67,-1 │ │ │ -00024760: 3035 322e 3539 2031 3238 382e 3638 2c2d 052.59 1288.68,- │ │ │ -00024770: 3130 3832 2e34 3320 3131 3932 2e35 2c2d 1082.43 1192.5,- │ │ │ -00024780: 3130 3933 2e32 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 1093.24"/>.<poly │ │ │ -00024790: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 6363 6332 gon fill="#2ccc2 │ │ │ -000247a0: 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 6363 8" stroke="#2ccc │ │ │ -000247b0: 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 3131 3931 28" points="1191 │ │ │ -000247c0: 2e39 312c 2d31 3038 392e 3738 2031 3138 .91,-1089.78 118 │ │ │ -000247d0: 322e 3336 2c2d 3130 3934 2e33 3720 3131 2.36,-1094.37 11 │ │ │ -000247e0: 3932 2e36 392c 2d31 3039 362e 3734 2031 92.69,-1096.74 1 │ │ │ -000247f0: 3139 312e 3931 2c2d 3130 3839 2e37 3822 191.91,-1089.78" │ │ │ -00024800: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ -00024810: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00024820: 6770 755f 7574 696c 7326 2334 353b 2667 gpu_utils-&g │ │ │ -00024830: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00024840: 6d61 6373 5f6d 6174 6820 2d2d 3e0a 3c67 macs_math -->.<g │ │ │ -00024850: 2069 643d 2265 6467 6532 3434 2220 636c id="edge244" cl │ │ │ -00024860: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ -00024870: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ -00024880: 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c 7326 omacs_gpu_utils& │ │ │ -00024890: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -000248a0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6174 683c rc_gromacs_math< │ │ │ -000248b0: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ -000248c0: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ -000248d0: 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b ="#2ccc28" strok │ │ │ -000248e0: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ -000248f0: 2220 643d 224d 3136 3333 2e32 352c 2d31 " d="M1633.25,-1 │ │ │ -00024900: 3033 352e 3235 4331 3531 352e 3635 2c2d 035.25C1515.65,- │ │ │ -00024910: 3130 3336 2e34 3420 3131 3832 2e38 332c 1036.44 1182.83, │ │ │ -00024920: 2d31 3032 382e 3434 2031 3236 382c 2d38 -1028.44 1268,-8 │ │ │ -00024930: 3936 2e31 3820 3134 3731 2e37 392c 2d35 96.18 1471.79,-5 │ │ │ -00024940: 3739 2e37 3420 3137 3632 2e32 342c 2d38 79.74 1762.24,-8 │ │ │ -00024950: 3030 2e39 3220 3230 3339 2c2d 3534 352e 00.92 2039,-545. │ │ │ -00024960: 3833 2032 3131 332e 3431 2c2d 3437 372e 83 2113.41,-477. │ │ │ -00024970: 3234 2032 3331 392e 3836 2c2d 3231 332e 24 2319.86,-213. │ │ │ -00024980: 3939 2032 3234 392c 2d31 3431 2e37 3420 99 2249,-141.74 │ │ │ -00024990: 3232 3132 2e37 382c 2d31 3034 2e38 3120 2212.78,-104.81 │ │ │ -000249a0: 3433 382e 3337 2c2d 3131 312e 3838 2033 438.37,-111.88 3 │ │ │ -000249b0: 3837 2c2d 3130 352e 3734 2033 3739 2e34 87,-105.74 379.4 │ │ │ -000249c0: 352c 2d31 3034 2e38 3420 3337 312e 3433 5,-104.84 371.43 │ │ │ -000249d0: 2c2d 3130 332e 3337 2033 3633 2e38 382c ,-103.37 363.88, │ │ │ -000249e0: 2d31 3031 2e37 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 -101.75"/>.<poly │ │ │ -000249f0: 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 6363 6332 gon fill="#2ccc2 │ │ │ -00024a00: 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 6363 8" stroke="#2ccc │ │ │ -00024a10: 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 3336 342e 28" points="364. │ │ │ -00024a20: 3531 2c2d 3938 2e33 2033 3533 2e39 382c 51,-98.3 353.98, │ │ │ -00024a30: 2d39 392e 3439 2033 3632 2e39 352c 2d31 -99.49 362.95,-1 │ │ │ -00024a40: 3035 2e31 3320 3336 342e 3531 2c2d 3938 05.13 364.51,-98 │ │ │ -00024a50: 2e33 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 .3"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00024a60: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00024a70: 6373 5f67 7075 5f75 7469 6c73 2623 3435 cs_gpu_utils- │ │ │ -00024a80: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00024a90: 6772 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 gromacs_hardware │ │ │ -00024aa0: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ -00024ab0: 3234 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 241" class="edge │ │ │ -00024ac0: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ -00024ad0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 _src_gromacs_gpu │ │ │ -00024ae0: 5f75 7469 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d _utils->m │ │ │ -00024af0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00024b00: 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f 7469 746c s_hardware</titl │ │ │ -00024b10: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00024b20: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 one" stroke="red │ │ │ -00024b30: 2220 643d 224d 3136 3636 2e33 332c 2d31 " d="M1666.33,-1 │ │ │ -00024b40: 3034 392e 3031 4331 3635 392e 3233 2c2d 049.01C1659.23,- │ │ │ -00024b50: 3130 3537 2e36 3520 3136 3438 2e32 342c 1057.65 1648.24, │ │ │ -00024b60: 2d31 3036 392e 3232 2031 3633 382e 3036 -1069.22 1638.06 │ │ │ -00024b70: 2c2d 3130 3738 2e38 3622 2f3e 0a3c 706f ,-1078.86"/>.<po │ │ │ -00024b80: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 6422 lygon fill="red" │ │ │ -00024b90: 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 706f stroke="red" po │ │ │ -00024ba0: 696e 7473 3d22 3136 3335 2e35 322c 2d31 ints="1635.52,-1 │ │ │ -00024bb0: 3037 362e 3434 2031 3633 302e 3531 2c2d 076.44 1630.51,- │ │ │ -00024bc0: 3130 3835 2e37 3820 3136 3430 2e32 352c 1085.78 1640.25, │ │ │ -00024bd0: 2d31 3038 312e 3620 3136 3335 2e35 322c -1081.6 1635.52, │ │ │ -00024be0: 2d31 3037 362e 3434 222f 3e0a 3c2f 673e -1076.44"/>.</g> │ │ │ -00024bf0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 .<!-- module_src │ │ │ -00024c00: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 _gromacs_gpu_uti │ │ │ -00024c10: 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ls->modul │ │ │ -00024c20: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00024c30: 7479 7065 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d types -->.<g id= │ │ │ -00024c40: 2265 6467 6532 3432 2220 636c 6173 733d "edge242" class= │ │ │ -00024c50: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -00024c60: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00024c70: 735f 6770 755f 7574 696c 7326 2334 353b s_gpu_utils- │ │ │ -00024c80: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00024c90: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f romacs_mdtypes</ │ │ │ -00024ca0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00024cb0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00024cc0: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3136 "#bfbfbf" d="M16 │ │ │ -00024cd0: 3334 2e36 332c 2d31 3033 312e 3633 4331 34.63,-1031.63C1 │ │ │ -00024ce0: 3537 322e 372c 2d31 3032 342e 3835 2031 572.7,-1024.85 1 │ │ │ -00024cf0: 3435 332e 3034 2c2d 3130 3031 2e35 3820 453.04,-1001.58 │ │ │ -00024d00: 3134 3031 2c2d 3932 332e 3035 2031 3338 1401,-923.05 138 │ │ │ -00024d10: 332e 3736 2c2d 3839 372e 3034 2031 3432 3.76,-897.04 142 │ │ │ -00024d20: 312e 3232 2c2d 3837 332e 3532 2031 3435 1.22,-873.52 145 │ │ │ -00024d30: 322e 3836 2c2d 3835 392e 3933 222f 3e0a 2.86,-859.93"/>. │ │ │ -00024d40: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ -00024d50: 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 bfbfbf" stroke=" │ │ │ -00024d60: 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d #bfbfbf" points= │ │ │ -00024d70: 2231 3435 342e 3438 2c2d 3836 332e 3035 "1454.48,-863.05 │ │ │ -00024d80: 2031 3436 322e 3432 2c2d 3835 362e 3034 1462.42,-856.04 │ │ │ -00024d90: 2031 3435 312e 3834 2c2d 3835 362e 3537 1451.84,-856.57 │ │ │ -00024da0: 2031 3435 342e 3438 2c2d 3836 332e 3035 1454.48,-863.05 │ │ │ -00024db0: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ -00024dc0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00024dd0: 5f67 7075 5f75 7469 6c73 2623 3435 3b26 _gpu_utils-& │ │ │ -00024de0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00024df0: 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d20 2d2d 3e0a omacs_nbnxm -->. │ │ │ -00024e00: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3433 2220 <g id="edge243" │ │ │ -00024e10: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00024e20: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00024e30: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ -00024e40: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ -00024e50: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e _src_gromacs_nbn │ │ │ -00024e60: 786d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 xm..

...< │ │ │ -00024fc0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3234 3622 2063 g id="edge246" c │ │ │ -00024fd0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ -00024ff0: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ -00025000: 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f nment->mo │ │ │ -00025010: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00025020: 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 6d69 _essentialdynami │ │ │ -00025030: 6373 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 cs...< │ │ │ -00025130: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>. │ │ │ -00025180: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3235 3222 ..< │ │ │ -000251a0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -000251b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 _gromacs_taskass │ │ │ -000251c0: 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b ignment-> │ │ │ -000251d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000251e0: 6373 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 cs_gmxlib..

. │ │ │ -00025380: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_ │ │ │ -00025400: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 736b src_gromacs_task │ │ │ -00025410: 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 3435 3b26 assignment-& │ │ │ -00025420: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00025430: 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f omacs_hardware</ │ │ │ -00025440: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ -00025450: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ -00025460: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3138 "#bfbfbf" d="M18 │ │ │ -00025470: 3534 2e39 382c 2d34 3230 2e32 3143 3138 54.98,-420.21C18 │ │ │ -00025480: 3631 2e30 312c 2d34 3239 2e38 3720 3138 61.01,-429.87 18 │ │ │ -00025490: 3639 2e33 352c 2d34 3433 2e36 3420 3138 69.35,-443.64 18 │ │ │ -000254a0: 3736 2c2d 3435 362e 3039 2031 3838 372e 76,-456.09 1887. │ │ │ -000254b0: 3634 2c2d 3437 372e 3838 2031 3937 312c 64,-477.88 1971, │ │ │ -000254c0: 2d36 3332 2e34 3320 3139 3731 2c2d 3635 -632.43 1971,-65 │ │ │ -000254d0: 372e 3134 2031 3937 312c 2d37 3232 2e30 7.14 1971,-722.0 │ │ │ -000254e0: 3120 3139 3731 2c2d 3732 322e 3031 2031 1 1971,-722.01 1 │ │ │ -000254f0: 3937 312c 2d37 3232 2e30 3120 3139 3731 971,-722.01 1971 │ │ │ -00025500: 2c2d 3833 332e 3937 2032 3130 392e 3032 ,-833.97 2109.02 │ │ │ -00025510: 2c2d 3739 332e 3232 2032 3135 332c 2d38 ,-793.22 2153,-8 │ │ │ -00025520: 3936 2e31 3820 3231 3537 2e36 392c 2d39 96.18 2157.69,-9 │ │ │ -00025530: 3037 2e31 3620 3231 3539 2e37 382c 2d39 07.16 2159.78,-9 │ │ │ -00025540: 3133 2e32 3220 3231 3533 2c2d 3932 332e 13.22 2153,-923. │ │ │ -00025550: 3035 2032 3036 332e 3934 2c2d 3130 3532 05 2063.94,-1052 │ │ │ -00025560: 2e32 3920 3139 3733 2e31 332c 2d31 3030 .29 1973.13,-100 │ │ │ -00025570: 332e 3033 2031 3832 332c 2d31 3034 382e 3.03 1823,-1048. │ │ │ -00025580: 3739 2031 3736 362e 3732 2c2d 3130 3635 79 1766.72,-1065 │ │ │ -00025590: 2e39 3520 3137 3030 2e33 312c 2d31 3038 .95 1700.31,-108 │ │ │ -000255a0: 302e 3337 2031 3635 372e 3731 2c2d 3130 0.37 1657.71,-10 │ │ │ -000255b0: 3838 2e39 3122 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 88.91"/>.<polygo │ │ │ -000255c0: 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 n fill="#bfbfbf" │ │ │ -000255d0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -000255e0: 2220 706f 696e 7473 3d22 3136 3536 2e38 " points="1656.8 │ │ │ -000255f0: 2c2d 3130 3835 2e35 3220 3136 3437 2e36 ,-1085.52 1647.6 │ │ │ -00025600: 372c 2d31 3039 302e 3920 3136 3538 2e31 7,-1090.9 1658.1 │ │ │ -00025610: 362c 2d31 3039 322e 3338 2031 3635 362e 6,-1092.38 1656. │ │ │ -00025620: 382c 2d31 3038 352e 3532 222f 3e0a 3c2f 8,-1085.52"/>.</ │ │ │ -00025630: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -00025640: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 rc_gromacs_taska │ │ │ -00025650: 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 ssignment-&g │ │ │ -00025660: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00025670: 6d61 6373 5f6d 646c 6962 202d 2d3e 0a3c macs_mdlib -->.< │ │ │ -00025680: 6720 6964 3d22 6564 6765 3234 3922 2063 g id="edge249" c │ │ │ -00025690: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.<ti │ │ │ -000256a0: 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 tle>module_src_g │ │ │ -000256b0: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ -000256c0: 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f nment->mo │ │ │ -000256d0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -000256e0: 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _mdlib.< │ │ │ -000256f0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ -00025700: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -00025710: 2220 643d 224d 3138 3338 2e34 332c 2d34 " d="M1838.43,-4 │ │ │ -00025720: 3230 2e31 3543 3138 3332 2e35 322c 2d34 20.15C1832.52,-4 │ │ │ -00025730: 3239 2e35 3620 3138 3235 2e31 372c 2d34 29.56 1825.17,-4 │ │ │ -00025740: 3433 2e30 3320 3138 3232 2c2d 3435 362e 43.03 1822,-456. │ │ │ -00025750: 3039 2031 3831 322e 3539 2c2d 3439 342e 09 1812.59,-494. │ │ │ -00025760: 3835 2031 3831 312e 3539 2c2d 3530 372e 85 1811.59,-507. │ │ │ -00025770: 3333 2031 3832 322c 2d35 3435 2e38 3320 33 1822,-545.83 │ │ │ -00025780: 3138 3236 2e38 332c 2d35 3633 2e37 3120 1826.83,-563.71 │ │ │ -00025790: 3138 3338 2e31 372c 2d35 3633 2e39 3520 1838.17,-563.95 │ │ │ -000257a0: 3138 3433 2c2d 3538 312e 3833 2031 3834 1843,-581.83 184 │ │ │ -000257b0: 362e 3132 2c2d 3539 332e 3336 2031 3834 6.12,-593.36 184 │ │ │ -000257c0: 372e 362c 2d35 3937 2e36 3820 3138 3433 7.6,-597.68 1843 │ │ │ -000257d0: 2c2d 3630 382e 3720 3138 3132 2e34 322c ,-608.7 1812.42, │ │ │ -000257e0: 2d36 3832 2e30 3120 3137 3837 2e38 322c -682.01 1787.82, │ │ │ -000257f0: 2d37 3030 2e35 3120 3137 3136 2c2d 3733 -700.51 1716,-73 │ │ │ -00025800: 342e 3434 2031 3633 392e 3239 2c2d 3737 4.44 1639.29,-77 │ │ │ -00025810: 302e 3638 2031 3338 302e 3432 2c2d 3737 0.68 1380.42,-77 │ │ │ -00025820: 392e 3936 2031 3238 322e 3231 2c2d 3738 9.96 1282.21,-78 │ │ │ -00025830: 322e 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 2.2"/>..... │ │ │ -00025920: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00025930: 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e cs_taskassignmen │ │ │ -00025940: 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 t->module │ │ │ -00025950: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 _src_gromacs_mdt │ │ │ -00025960: 7970 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 ypes..

....module_ │ │ │ -00025c00: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 736b src_gromacs_task │ │ │ -00025c10: 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 3435 3b26 assignment-& │ │ │ -00025c20: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00025c30: 6f6d 6163 735f 646f 6d64 6563 3c2f 7469 omacs_domdec</ti │ │ │ -00025c40: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -00025c50: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ -00025c60: 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 282fcc" stroke-d │ │ │ -00025c70: 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 asharray="5,2" d │ │ │ -00025c80: 3d22 4d31 3833 392e 3632 2c2d 3339 332e ="M1839.62,-393. │ │ │ -00025c90: 3332 4331 3832 392e 392c 2d33 3737 2e36 32C1829.9,-377.6 │ │ │ -00025ca0: 3420 3138 3131 2e37 312c 2d33 3530 2e32 4 1811.71,-350.2 │ │ │ -00025cb0: 3520 3137 3932 2c2d 3333 302e 3335 2031 5 1792,-330.35 1 │ │ │ -00025cc0: 3738 302e 3239 2c2d 3331 382e 3532 2031 780.29,-318.52 1 │ │ │ -00025cd0: 3736 352e 3532 2c2d 3330 372e 3238 2031 765.52,-307.28 1 │ │ │ -00025ce0: 3735 332e 3032 2c2d 3239 382e 3632 222f 753.02,-298.62"/ │ │ │ -00025cf0: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ -00025d00: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ -00025d10: 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 6e74 ="#282fcc" point │ │ │ -00025d20: 733d 2231 3735 342e 3634 2c2d 3239 352e s="1754.64,-295. │ │ │ -00025d30: 3439 2031 3734 342e 342c 2d32 3932 2e37 49 1744.4,-292.7 │ │ │ -00025d40: 3920 3137 3530 2e37 322c 2d33 3031 2e32 9 1750.72,-301.2 │ │ │ -00025d50: 3920 3137 3534 2e36 342c 2d32 3935 2e34 9 1754.64,-295.4 │ │ │ -00025d60: 3922 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 9"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -00025d70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00025d80: 735f 7461 736b 6173 7369 676e 6d65 6e74 s_taskassignment │ │ │ -00025d90: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -00025da0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c src_gromacs_ewal │ │ │ -00025db0: 6420 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 d -->.<g id="edg │ │ │ -00025dc0: 6532 3437 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e247" class="edg │ │ │ -00025dd0: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -00025de0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 e_src_gromacs_ta │ │ │ -00025df0: 736b 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 3435 skassignment- │ │ │ -00025e00: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ -00025e10: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 643c 2f74 gromacs_ewald</t │ │ │ -00025e20: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00025e30: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00025e40: 2332 3832 6663 6322 2064 3d22 4d31 3837 #282fcc" d="M187 │ │ │ -00025e50: 312e 3335 2c2d 3339 342e 3243 3139 3434 1.35,-394.2C1944 │ │ │ -00025e60: 2e30 372c 2d33 3539 2e39 3920 3231 3636 .07,-359.99 2166 │ │ │ -00025e70: 2e30 342c 2d32 3535 2e35 3220 3233 3530 .04,-255.52 2350 │ │ │ -00025e80: 2c2d 3136 382e 3631 2032 3339 352e 3535 ,-168.61 2395.55 │ │ │ -00025e90: 2c2d 3134 372e 3039 2032 3434 382e 3431 ,-147.09 2448.41 │ │ │ -00025ea0: 2c2d 3132 322e 3034 2032 3438 302e 3235 ,-122.04 2480.25 │ │ │ -00025eb0: 2c2d 3130 362e 3934 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-106.94"/>.<pol │ │ │ -00025ec0: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3238 3266 ygon fill="#282f │ │ │ -00025ed0: 6363 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 3832 cc" stroke="#282 │ │ │ -00025ee0: 6663 6322 2070 6f69 6e74 733d 2232 3438 fcc" points="248 │ │ │ -00025ef0: 312e 3839 2c2d 3131 302e 3034 2032 3438 1.89,-110.04 248 │ │ │ -00025f00: 392e 3432 2c2d 3130 322e 3539 2032 3437 9.42,-102.59 247 │ │ │ -00025f10: 382e 3839 2c2d 3130 332e 3731 2032 3438 8.89,-103.71 248 │ │ │ -00025f20: 312e 3839 2c2d 3131 302e 3034 222f 3e0a 1.89,-110.04"/>. │ │ │ -00025f30: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ -00025f40: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 _src_gromacs_tas │ │ │ -00025f50: 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b kassignment- │ │ │ -00025f60: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00025f70: 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f romacs_listed_fo │ │ │ -00025f80: 7263 6573 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 rces -->.<g id=" │ │ │ -00025f90: 6564 6765 3234 3822 2063 6c61 7373 3d22 edge248" class=" │ │ │ -00025fa0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ -00025fb0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00025fc0: 5f74 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 _taskassignment& │ │ │ -00025fd0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00025fe0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 rc_gromacs_liste │ │ │ -00025ff0: 645f 666f 7263 6573 3c2f 7469 746c 653e d_forces │ │ │ -00026000: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .. │ │ │ -00026080: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....mo │ │ │ -00026170: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00026180: 5f74 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 _taskassignment& │ │ │ -00026190: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -000261a0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ -000261b0: 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tils......module_src_grom │ │ │ -000263c0: 6163 735f 7461 736b 6173 7369 676e 6d65 acs_taskassignme │ │ │ -000263d0: 6e74 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c nt->modul │ │ │ -000263e0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -000263f0: 7275 6e75 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c runutility</titl │ │ │ -00026400: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00026410: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ -00026420: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ -00026430: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ -00026440: 4d31 3833 302e 3832 2c2d 3431 392e 3634 M1830.82,-419.64 │ │ │ -00026450: 4331 3832 302e 3432 2c2d 3432 382e 3432 C1820.42,-428.42 │ │ │ -00026460: 2031 3830 372e 3739 2c2d 3434 312e 3335 1807.79,-441.35 │ │ │ -00026470: 2031 3830 322c 2d34 3536 2e30 3920 3137 1802,-456.09 17 │ │ │ -00026480: 3837 2e34 322c 2d34 3933 2e32 3120 3137 87.42,-493.21 17 │ │ │ -00026490: 3837 2e32 362c 2d35 3038 2e37 3720 3138 87.26,-508.77 18 │ │ │ -000264a0: 3032 2c2d 3534 352e 3833 2031 3831 302e 02,-545.83 1810. │ │ │ -000264b0: 3133 2c2d 3536 362e 3238 2031 3832 372e 13,-566.28 1827. │ │ │ -000264c0: 3837 2c2d 3536 312e 3338 2031 3833 362c 87,-561.38 1836, │ │ │ -000264d0: 2d35 3831 2e38 3320 3138 3430 2e34 312c -581.83 1840.41, │ │ │ -000264e0: 2d35 3932 2e39 3320 3138 3434 2e30 312c -592.93 1844.01, │ │ │ -000264f0: 2d35 3939 2e38 3420 3138 3336 2c2d 3630 -599.84 1836,-60 │ │ │ -00026500: 382e 3720 3138 3038 2e31 362c 2d36 3339 8.7 1808.16,-639 │ │ │ -00026510: 2e35 2031 3533 342e 3934 2c2d 3635 312e .5 1534.94,-651. │ │ │ -00026520: 3637 2031 3431 342e 3035 2c2d 3635 352e 67 1414.05,-655. │ │ │ -00026530: 3537 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 57"/>.<polygon f │ │ │ -00026540: 696c 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 ill="#282fcc" st │ │ │ -00026550: 726f 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 roke="#282fcc" p │ │ │ -00026560: 6f69 6e74 733d 2231 3431 332e 3736 2c2d oints="1413.76,- │ │ │ -00026570: 3635 322e 3038 2031 3430 332e 3838 2c2d 652.08 1403.88,- │ │ │ -00026580: 3635 352e 3839 2031 3431 332e 3938 2c2d 655.89 1413.98,- │ │ │ -00026590: 3635 392e 3038 2031 3431 332e 3736 2c2d 659.08 1413.76,- │ │ │ -000265a0: 3635 322e 3038 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 652.08"/>.</g>.< │ │ │ -000265b0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ -000265c0: 726f 6d61 6373 5f72 6573 7472 6169 6e74 romacs_restraint │ │ │ -000265d0: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ -000265e0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c src_gromacs_gmxl │ │ │ -000265f0: 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ib -->.<g id="ed │ │ │ -00026600: 6765 3235 3822 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge258" class="ed │ │ │ -00026610: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ -00026620: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 le_src_gromacs_r │ │ │ -00026630: 6573 7472 6169 6e74 2623 3435 3b26 6774 estraint-> │ │ │ -00026640: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00026650: 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c acs_gmxlib</titl │ │ │ -00026660: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ -00026670: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 one" stroke="#bf │ │ │ -00026680: 6266 6266 2220 643d 224d 3136 3738 2e38 bfbf" d="M1678.8 │ │ │ -00026690: 372c 2d31 3638 2e34 3443 3136 3635 2e33 7,-168.44C1665.3 │ │ │ -000266a0: 312c 2d31 3936 2e33 3320 3136 3333 2e31 1,-196.33 1633.1 │ │ │ -000266b0: 2c2d 3236 3720 3136 3232 2c2d 3333 302e ,-267 1622,-330. │ │ │ -000266c0: 3335 2031 3631 352e 3131 2c2d 3336 392e 35 1615.11,-369. │ │ │ -000266d0: 3634 2031 3631 382e 3836 2c2d 3338 302e 64 1618.86,-380. │ │ │ -000266e0: 3333 2031 3632 322c 2d34 3230 2e30 3920 33 1622,-420.09 │ │ │ -000266f0: 3136 3236 2e34 362c 2d34 3736 2e35 2031 1626.46,-476.5 1 │ │ │ -00026700: 3631 372e 3032 2c2d 3439 352e 3036 2031 617.02,-495.06 1 │ │ │ -00026710: 3634 322c 2d35 3435 2e38 3320 3136 3531 642,-545.83 1651 │ │ │ -00026720: 2e37 322c 2d35 3635 2e35 3820 3136 3637 .72,-565.58 1667 │ │ │ -00026730: 2e38 372c 2d35 3631 2e33 3820 3136 3736 .87,-561.38 1676 │ │ │ -00026740: 2c2d 3538 312e 3833 2031 3730 312e 3036 ,-581.83 1701.06 │ │ │ -00026750: 2c2d 3634 342e 3836 2031 3730 332e 3532 ,-644.86 1703.52 │ │ │ -00026760: 2c2d 3637 322e 3435 2031 3637 362c 2d37 ,-672.45 1676,-7 │ │ │ -00026770: 3334 2e34 3420 3136 3432 2e32 312c 2d38 34.44 1642.21,-8 │ │ │ -00026780: 3130 2e35 3820 3136 3131 2e31 382c 2d38 10.58 1611.18,-8 │ │ │ -00026790: 3232 2e32 3820 3135 3337 2c2d 3836 302e 22.28 1537,-860. │ │ │ -000267a0: 3138 2031 3530 342e 3532 2c2d 3837 362e 18 1504.52,-876. │ │ │ -000267b0: 3738 2031 3430 342e 3731 2c2d 3839 342e 78 1404.71,-894. │ │ │ -000267c0: 3032 2031 3334 382e 3532 2c2d 3930 322e 02 1348.52,-902. │ │ │ -000267d0: 3737 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 77"/>.<polygon f │ │ │ -000267e0: 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 2220 7374 ill="#bfbfbf" st │ │ │ -000267f0: 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 roke="#bfbfbf" p │ │ │ -00026800: 6f69 6e74 733d 2231 3334 372e 3931 2c2d oints="1347.91,- │ │ │ -00026810: 3839 392e 3332 2031 3333 382e 3536 2c2d 899.32 1338.56,- │ │ │ -00026820: 3930 342e 3320 3133 3438 2e39 372c 2d39 904.3 1348.97,-9 │ │ │ -00026830: 3036 2e32 3420 3133 3437 2e39 312c 2d38 06.24 1347.91,-8 │ │ │ -00026840: 3939 2e33 3222 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 99.32"/>.</g>.<! │ │ │ -00026850: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ -00026860: 6f6d 6163 735f 7265 7374 7261 696e 7426 omacs_restraint& │ │ │ -00026870: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00026880: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ -00026890: 6573 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 es -->.<g id="ed │ │ │ -000268a0: 6765 3235 3622 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge256" class="ed │ │ │ -000268b0: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ -000268c0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f72 le_src_gromacs_r │ │ │ -000268d0: 6573 7472 6169 6e74 2623 3435 3b26 6774 estraint-> │ │ │ -000268e0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -000268f0: 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 acs_mdtypes</tit │ │ │ -00026900: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00026910: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ -00026920: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3639 392e fbfbf" d="M1699. │ │ │ -00026930: 3931 2c2d 3136 372e 3631 4331 3733 342e 91,-167.61C1734. │ │ │ -00026940: 3335 2c2d 3139 342e 3332 2031 3832 312e 35,-194.32 1821. │ │ │ -00026950: 3435 2c2d 3236 332e 3637 2031 3838 362c 45,-263.67 1886, │ │ │ -00026960: 2d33 3330 2e33 3520 3139 3233 2e35 342c -330.35 1923.54, │ │ │ -00026970: 2d33 3639 2e31 3320 3230 3230 2e39 362c -369.13 2020.96, │ │ │ -00026980: 2d34 3638 2e30 3920 3230 3339 2c2d 3531 -468.09 2039,-51 │ │ │ -00026990: 382e 3936 2032 3034 322e 3939 2c2d 3533 8.96 2042.99,-53 │ │ │ -000269a0: 302e 3232 2032 3034 312e 3735 2c2d 3533 0.22 2041.75,-53 │ │ │ -000269b0: 342e 3231 2032 3033 392c 2d35 3435 2e38 4.21 2039,-545.8 │ │ │ -000269c0: 3320 3230 3338 2e39 342c 2d35 3436 2e30 3 2038.94,-546.0 │ │ │ -000269d0: 3720 3139 3736 2e31 382c 2d36 3731 2e34 7 1976.18,-671.4 │ │ │ -000269e0: 2031 3937 362c 2d36 3731 2e35 3720 3138 1976,-671.57 18 │ │ │ -000269f0: 3830 2e37 312c 2d37 3634 2e30 3420 3138 80.71,-764.04 18 │ │ │ -00026a00: 3330 2e37 2c2d 3735 342e 3534 2031 3730 30.7,-754.54 170 │ │ │ -00026a10: 352c 2d37 3937 2e33 3120 3136 3437 2e31 5,-797.31 1647.1 │ │ │ -00026a20: 352c 2d38 3137 2031 3537 372e 3831 2c2d 5,-817 1577.81,- │ │ │ -00026a30: 3833 302e 3937 2031 3533 332e 3833 2c2d 830.97 1533.83,- │ │ │ -00026a40: 3833 382e 3722 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 838.7"/>.<polygo │ │ │ -00026a50: 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 n fill="#bfbfbf" │ │ │ -00026a60: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -00026a70: 2220 706f 696e 7473 3d22 3135 3333 2e30 " points="1533.0 │ │ │ -00026a80: 322c 2d38 3335 2e32 3920 3135 3233 2e37 2,-835.29 1523.7 │ │ │ -00026a90: 362c 2d38 3430 2e34 3320 3135 3334 2e32 6,-840.43 1534.2 │ │ │ -00026aa0: 312c 2d38 3432 2e31 3820 3135 3333 2e30 1,-842.18 1533.0 │ │ │ -00026ab0: 322c 2d38 3335 2e32 3922 2f3e 0a3c 2f67 2,-835.29"/>.</g │ │ │ -00026ac0: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ -00026ad0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7265 7374 7261 c_gromacs_restra │ │ │ -00026ae0: 696e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 int->modu │ │ │ -00026af0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 le_src_gromacs_d │ │ │ -00026b00: 6f6d 6465 6320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d omdec -->.<g id= │ │ │ -00026b10: 2265 6467 6532 3537 2220 636c 6173 733d "edge257" class= │ │ │ -00026b20: 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d "edge">.<title>m │ │ │ -00026b30: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00026b40: 735f 7265 7374 7261 696e 7426 2334 353b s_restraint- │ │ │ -00026b50: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00026b60: 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 romacs_domdec</t │ │ │ -00026b70: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00026b80: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00026b90: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 652d #282fcc" stroke- │ │ │ -00026ba0: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ -00026bb0: 643d 224d 3136 3931 2e33 382c 2d31 3638 d="M1691.38,-168 │ │ │ -00026bc0: 2e36 3843 3136 3936 2e31 332c 2d31 3738 .68C1696.13,-178 │ │ │ -00026bd0: 2e33 3320 3137 3032 2e35 332c 2d31 3932 .33 1702.53,-192 │ │ │ -00026be0: 2e30 3920 3137 3037 2c2d 3230 342e 3631 .09 1707,-204.61 │ │ │ -00026bf0: 2031 3731 332e 3232 2c2d 3232 322e 3034 1713.22,-222.04 │ │ │ -00026c00: 2031 3731 382e 3531 2c2d 3234 322e 3334 1718.51,-242.34 │ │ │ -00026c10: 2031 3732 322e 3038 2c2d 3235 372e 3437 1722.08,-257.47 │ │ │ -00026c20: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ -00026c30: 6c3d 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f l="#282fcc" stro │ │ │ -00026c40: 6b65 3d22 2332 3832 6663 6322 2070 6f69 ke="#282fcc" poi │ │ │ -00026c50: 6e74 733d 2231 3731 382e 3732 2c2d 3235 nts="1718.72,-25 │ │ │ -00026c60: 382e 3520 3137 3234 2e33 362c 2d32 3637 8.5 1724.36,-267 │ │ │ -00026c70: 2e34 3620 3137 3235 2e35 342c 2d32 3536 .46 1725.54,-256 │ │ │ -00026c80: 2e39 3320 3137 3138 2e37 322c 2d32 3538 .93 1718.72,-258 │ │ │ -00026c90: 2e35 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 .5"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00026ca0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00026cb0: 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 7926 cs_mdrunutility& │ │ │ -00026cc0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00026cd0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 rc_gromacs_gmxli │ │ │ -00026ce0: 6220 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 b -->.<g id="edg │ │ │ -00026cf0: 6532 3632 2220 636c 6173 733d 2265 6467 e262" class="edg │ │ │ -00026d00: 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c e">.<title>modul │ │ │ -00026d10: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 e_src_gromacs_md │ │ │ -00026d20: 7275 6e75 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 runutility-& │ │ │ -00026d30: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ -00026d40: 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 omacs_gmxlib</ti │ │ │ -00026d50: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ -00026d60: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ -00026d70: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3133 3538 bfbfbf" d="M1358 │ │ │ -00026d80: 2e35 342c 2d36 3731 2e38 3943 3133 3631 .54,-671.89C1361 │ │ │ -00026d90: 2e39 382c 2d37 3034 2e34 3920 3133 3638 .98,-704.49 1368 │ │ │ -00026da0: 2e31 2c2d 3739 322e 3939 2031 3334 332c .1,-792.99 1343, │ │ │ -00026db0: 2d38 3630 2e31 3820 3133 3339 2e31 362c -860.18 1339.16, │ │ │ -00026dc0: 2d38 3730 2e34 3720 3133 3332 2e36 2c2d -870.47 1332.6,- │ │ │ -00026dd0: 3838 302e 3631 2031 3332 362e 3236 2c2d 880.61 1326.26,- │ │ │ -00026de0: 3838 382e 3933 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 888.93"/>.<polyg │ │ │ -00026df0: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 on fill="#bfbfbf │ │ │ -00026e00: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 " stroke="#bfbfb │ │ │ -00026e10: 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3332 332e f" points="1323. │ │ │ -00026e20: 3431 2c2d 3838 362e 3839 2031 3331 392e 41,-886.89 1319. │ │ │ -00026e30: 3836 2c2d 3839 362e 3837 2031 3332 382e 86,-896.87 1328. │ │ │ -00026e40: 3836 2c2d 3839 312e 3238 2031 3332 332e 86,-891.28 1323. │ │ │ -00026e50: 3431 2c2d 3838 362e 3839 222f 3e0a 3c2f 41,-886.89"/>.</ │ │ │ -00026e60: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ -00026e70: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e rc_gromacs_mdrun │ │ │ -00026e80: 7574 696c 6974 7926 2334 353b 2667 743b utility-> │ │ │ -00026e90: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00026ea0: 6373 5f6d 6472 756e 202d 2d3e 0a3c 6720 cs_mdrun -->.<g │ │ │ -00026eb0: 6964 3d22 6564 6765 3236 3422 2063 6c61 id="edge264" cla │ │ │ -00026ec0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ -00026ed0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ -00026ee0: 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 macs_mdrunutilit │ │ │ -00026ef0: 7926 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 y->module │ │ │ -00026f00: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -00026f10: 756e 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 un......module │ │ │ -000270f0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6472 _src_gromacs_mdr │ │ │ -00027100: 756e 7574 696c 6974 7926 2334 353b 2667 unutility-&g │ │ │ -00027110: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00027120: 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 macs_hardware</t │ │ │ -00027130: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -00027140: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -00027150: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3335 #bfbfbf" d="M135 │ │ │ -00027160: 322e 3832 2c2d 3637 312e 3731 4331 3334 2.82,-671.71C134 │ │ │ -00027170: 372e 3831 2c2d 3638 362e 3731 2031 3333 7.81,-686.71 133 │ │ │ -00027180: 392e 3036 2c2d 3731 322e 3520 3133 3331 9.06,-712.5 1331 │ │ │ -00027190: 2c2d 3733 342e 3434 2031 3234 382e 3235 ,-734.44 1248.25 │ │ │ -000271a0: 2c2d 3935 392e 3738 2031 3234 312e 3532 ,-959.78 1241.52 │ │ │ -000271b0: 2c2d 3838 302e 3037 2031 3236 382c 2d39 ,-880.07 1268,-9 │ │ │ -000271c0: 3233 2e30 3520 3133 3334 2e36 382c 2d31 23.05 1334.68,-1 │ │ │ -000271d0: 3033 312e 3237 2031 3439 312e 3531 2c2d 031.27 1491.51,- │ │ │ -000271e0: 3130 3734 2e36 3420 3135 3639 2e30 322c 1074.64 1569.02, │ │ │ -000271f0: 2d31 3038 392e 3932 222f 3e0a 3c70 6f6c -1089.92"/>.<pol │ │ │ -00027200: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 ygon fill="#bfbf │ │ │ -00027210: 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 bf" stroke="#bfb │ │ │ -00027220: 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3536 fbf" points="156 │ │ │ -00027230: 382e 3439 2c2d 3130 3933 2e33 3820 3135 8.49,-1093.38 15 │ │ │ -00027240: 3738 2e39 372c 2d31 3039 312e 3831 2031 78.97,-1091.81 1 │ │ │ -00027250: 3536 392e 382c 2d31 3038 362e 3520 3135 569.8,-1086.5 15 │ │ │ -00027260: 3638 2e34 392c 2d31 3039 332e 3338 222f 68.49,-1093.38"/ │ │ │ -00027270: 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 >.</g>.<!-- modu │ │ │ -00027280: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ -00027290: 6472 756e 7574 696c 6974 7926 2334 353b drunutility- │ │ │ -000272a0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -000272b0: 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d romacs_fileio -- │ │ │ -000272c0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3630 >.<g id="edge260 │ │ │ -000272d0: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ -000272e0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ -000272f0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ -00027300: 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d tility->m │ │ │ -00027310: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00027320: 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e s_fileio │ │ │ -00027330: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_ │ │ │ -000274b0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 src_gromacs_mdru │ │ │ -000274c0: 6e75 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 nutility-> │ │ │ -000274d0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -000274e0: 6163 735f 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 acs_mdtypes</tit │ │ │ -000274f0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00027500: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ -00027510: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3336 372e fbfbf" d="M1367. │ │ │ -00027520: 3232 2c2d 3637 312e 3236 4331 3337 352e 22,-671.26C1375. │ │ │ -00027530: 3235 2c2d 3638 302e 3933 2031 3338 362e 25,-680.93 1386. │ │ │ -00027540: 3632 2c2d 3639 342e 3931 2031 3339 362c 62,-694.91 1396, │ │ │ -00027550: 2d37 3037 2e35 3720 3134 3236 2e31 2c2d -707.57 1426.1,- │ │ │ -00027560: 3734 382e 3220 3134 3538 2e37 392c 2d37 748.2 1458.79,-7 │ │ │ -00027570: 3937 2e35 3620 3134 3736 2e35 392c 2d38 97.56 1476.59,-8 │ │ │ -00027580: 3234 2e39 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 24.92"/>.<polygo │ │ │ -00027590: 6e20 6669 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 n fill="#bfbfbf" │ │ │ -000275a0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ -000275b0: 2220 706f 696e 7473 3d22 3134 3733 2e36 " points="1473.6 │ │ │ -000275c0: 352c 2d38 3236 2e38 3320 3134 3832 2e30 5,-826.83 1482.0 │ │ │ -000275d0: 332c 2d38 3333 2e33 3220 3134 3739 2e35 3,-833.32 1479.5 │ │ │ -000275e0: 322c 2d38 3233 2e30 3220 3134 3733 2e36 2,-823.02 1473.6 │ │ │ -000275f0: 352c 2d38 3236 2e38 3322 2f3e 0a3c 2f67 5,-826.83"/>.</g │ │ │ -00027600: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ -00027610: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ -00027620: 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d tility->m │ │ │ -00027630: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -00027640: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d s_commandline -- │ │ │ -00027650: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3539 >.<g id="edge259 │ │ │ -00027660: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ -00027670: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ -00027680: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ -00027690: 7469 6c69 7479 2623 3435 3b26 6774 3b6d tility->m │ │ │ -000276a0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000276b0: 735f 636f 6d6d 616e 646c 696e 653c 2f74 s_commandline</t │ │ │ -000276c0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ -000276d0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ -000276e0: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 652d 6461 black" stroke-da │ │ │ -000276f0: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ -00027700: 224d 3133 3233 2e35 352c 2d36 3438 2e35 "M1323.55,-648.5 │ │ │ -00027710: 3443 3132 3832 2e30 362c 2d36 3337 2e38 4C1282.06,-637.8 │ │ │ -00027720: 3920 3132 3131 2e31 382c 2d36 3139 2e36 9 1211.18,-619.6 │ │ │ -00027730: 3820 3131 3634 2e39 372c 2d36 3037 2e38 8 1164.97,-607.8 │ │ │ -00027740: 3122 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 1"/>.<polygon fi │ │ │ -00027750: 6c6c 3d22 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b ll="black" strok │ │ │ -00027760: 653d 2262 6c61 636b 2220 706f 696e 7473 e="black" points │ │ │ -00027770: 3d22 3131 3635 2e37 372c 2d36 3034 2e34 ="1165.77,-604.4 │ │ │ -00027780: 3120 3131 3535 2e32 312c 2d36 3035 2e33 1 1155.21,-605.3 │ │ │ -00027790: 3120 3131 3634 2e30 332c 2d36 3131 2e31 1 1164.03,-611.1 │ │ │ -000277a0: 3920 3131 3635 2e37 372c 2d36 3034 2e34 9 1165.77,-604.4 │ │ │ -000277b0: 3122 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 1"/>.</g>.<!-- m │ │ │ -000277c0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ -000277d0: 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 6573 s_applied_forces │ │ │ -000277e0: 5f61 7768 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 _awh->mod │ │ │ -000277f0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00027800: 676d 786c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 gmxlib -->.<g id │ │ │ -00027810: 3d22 6564 6765 3237 3122 2063 6c61 7373 ="edge271" class │ │ │ -00027820: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ -00027830: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -00027840: 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 cs_applied_force │ │ │ -00027850: 735f 6177 6826 2334 353b 2667 743b 6d6f s_awh->mo │ │ │ +0001f8e0: 7261 793d 2235 2c32 2220 643d 224d 3130 ray="5,2" d="M10 │ │ │ +0001f8f0: 3336 2e34 392c 2d32 3839 2e31 3943 3130 36.49,-289.19C10 │ │ │ +0001f900: 3632 2e31 342c 2d32 3938 2e36 3420 3131 62.14,-298.64 11 │ │ │ +0001f910: 3033 2e38 352c 2d33 3135 2e33 3920 3131 03.85,-315.39 11 │ │ │ +0001f920: 3332 2e36 332c 2d33 3237 2e36 3522 2f3e 32.63,-327.65"/> │ │ │ +0001f930: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ +0001f940: 2332 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d #282fcc" stroke= │ │ │ +0001f950: 2223 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 "#282fcc" points │ │ │ +0001f960: 3d22 3131 3331 2e32 382c 2d33 3330 2e38 ="1131.28,-330.8 │ │ │ +0001f970: 3820 3131 3431 2e38 352c 2d33 3331 2e36 8 1141.85,-331.6 │ │ │ +0001f980: 3220 3131 3334 2e30 352c 2d33 3234 2e34 2 1134.05,-324.4 │ │ │ +0001f990: 3520 3131 3331 2e32 382c 2d33 3330 2e38 5 1131.28,-330.8 │ │ │ +0001f9a0: 3822 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 8"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +0001f9b0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001f9c0: 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b 2667 743b s_mdlib-> │ │ │ +0001f9d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +0001f9e0: 6373 5f72 616e 646f 6d20 2d2d 3e0a 3c67 cs_random -->.<g │ │ │ +0001f9f0: 2069 643d 2265 6467 6532 3136 2220 636c id="edge216" cl │ │ │ +0001fa00: 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 ass="edge">.<tit │ │ │ +0001fa10: 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 le>module_src_gr │ │ │ +0001fa20: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 2334 353b omacs_mdlib- │ │ │ +0001fa30: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +0001fa40: 726f 6d61 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 romacs_random</t │ │ │ +0001fa50: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +0001fa60: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +0001fa70: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 652d 6461 black" stroke-da │ │ │ +0001fa80: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ +0001fa90: 224d 3938 362e 3235 2c2d 3237 372e 3439 "M986.25,-277.49 │ │ │ +0001faa0: 4338 3739 2e30 312c 2d32 3638 2e31 3320 C879.01,-268.13 │ │ │ +0001fab0: 3439 312e 3234 2c2d 3233 342e 3236 2033 491.24,-234.26 3 │ │ │ +0001fac0: 3630 2e34 342c 2d32 3232 2e38 3422 2f3e 60.44,-222.84"/> │ │ │ +0001fad0: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 .<polygon fill=" │ │ │ +0001fae0: 626c 6163 6b22 2073 7472 6f6b 653d 2262 black" stroke="b │ │ │ +0001faf0: 6c61 636b 2220 706f 696e 7473 3d22 3336 lack" points="36 │ │ │ +0001fb00: 302e 3635 2c2d 3231 392e 3334 2033 3530 0.65,-219.34 350 │ │ │ +0001fb10: 2e33 382c 2d32 3231 2e39 3620 3336 302e .38,-221.96 360. │ │ │ +0001fb20: 3034 2c2d 3232 362e 3332 2033 3630 2e36 04,-226.32 360.6 │ │ │ +0001fb30: 352c 2d32 3139 2e33 3422 2f3e 0a3c 2f67 5,-219.34"/>.</g │ │ │ +0001fb40: 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 >.<!-- module_sr │ │ │ +0001fb50: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6226 c_gromacs_mdlib& │ │ │ +0001fb60: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +0001fb70: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ +0001fb80: 7469 6c73 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 tils -->.<g id=" │ │ │ +0001fb90: 6564 6765 3230 3522 2063 6c61 7373 3d22 edge205" class=" │ │ │ +0001fba0: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +0001fbb0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001fbc0: 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdlib->m │ │ │ +0001fbd0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001fbe0: 735f 6770 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 s_gpu_utils</tit │ │ │ +0001fbf0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +0001fc00: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 7265 none" stroke="re │ │ │ +0001fc10: 6422 2064 3d22 4d39 3838 2e37 2c2d 3238 d" d="M988.7,-28 │ │ │ +0001fc20: 372e 3335 4339 3632 2e36 382c 2d32 3933 7.35C962.68,-293 │ │ │ +0001fc30: 2e39 3520 3932 322e 3038 2c2d 3330 372e .95 922.08,-307. │ │ │ +0001fc40: 3220 3839 342c 2d33 3330 2e33 3520 3833 2 894,-330.35 83 │ │ │ +0001fc50: 312e 3632 2c2d 3338 312e 3738 2038 3436 1.62,-381.78 846 │ │ │ +0001fc60: 2e32 392c 2d34 3230 2e34 3720 3739 352c .29,-420.47 795, │ │ │ +0001fc70: 2d34 3832 2e39 3620 3738 302e 3434 2c2d -482.96 780.44,- │ │ │ +0001fc80: 3530 302e 3720 3736 362e 3933 2c2d 3439 500.7 766.93,-49 │ │ │ +0001fc90: 372e 3832 2037 3538 2c2d 3531 382e 3936 7.82 758,-518.96 │ │ │ +0001fca0: 2036 3936 2e30 372c 2d36 3635 2e36 3220 696.07,-665.62 │ │ │ +0001fcb0: 3732 382e 3738 2c2d 3738 312e 3137 2038 728.78,-781.17 8 │ │ │ +0001fcc0: 3637 2c2d 3836 302e 3138 2039 3439 2e39 67,-860.18 949.9 │ │ │ +0001fcd0: 372c 2d39 3037 2e36 3120 3939 362e 3133 7,-907.61 996.13 │ │ │ +0001fce0: 2c2d 3834 382e 3538 2031 3037 392c 2d38 ,-848.58 1079,-8 │ │ │ +0001fcf0: 3936 2e31 3820 3131 3234 2e30 372c 2d39 96.18 1124.07,-9 │ │ │ +0001fd00: 3232 2e30 3720 3131 3037 2e38 2c2d 3936 22.07 1107.8,-96 │ │ │ +0001fd10: 322e 3120 3131 3534 2c2d 3938 352e 3932 2.1 1154,-985.92 │ │ │ +0001fd20: 2031 3230 342e 3435 2c2d 3130 3131 2e39 1204.45,-1011.9 │ │ │ +0001fd30: 3420 3135 3838 2e38 332c 2d31 3032 372e 4 1588.83,-1027. │ │ │ +0001fd40: 3739 2031 3732 372e 342c 2d31 3033 322e 79 1727.4,-1032. │ │ │ +0001fd50: 3731 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 71"/>.<polygon f │ │ │ +0001fd60: 696c 6c3d 2272 6564 2220 7374 726f 6b65 ill="red" stroke │ │ │ +0001fd70: 3d22 7265 6422 2070 6f69 6e74 733d 2231 ="red" points="1 │ │ │ +0001fd80: 3732 372e 362c 2d31 3033 362e 3231 2031 727.6,-1036.21 1 │ │ │ +0001fd90: 3733 372e 3732 2c2d 3130 3333 2e30 3720 737.72,-1033.07 │ │ │ +0001fda0: 3137 3237 2e38 352c 2d31 3032 392e 3232 1727.85,-1029.22 │ │ │ +0001fdb0: 2031 3732 372e 362c 2d31 3033 362e 3231 1727.6,-1036.21 │ │ │ +0001fdc0: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +0001fdd0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +0001fde0: 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d _mdlib->m │ │ │ +0001fdf0: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +0001fe00: 735f 7472 616a 6563 746f 7279 202d 2d3e s_trajectory --> │ │ │ +0001fe10: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3232 3022 .<g id="edge220" │ │ │ +0001fe20: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +0001fe30: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +0001fe40: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 _gromacs_mdlib&# │ │ │ +0001fe50: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +0001fe60: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 c_gromacs_trajec │ │ │ +0001fe70: 746f 7279 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tory.... │ │ │ +0001ff80: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f │ │ │ +000201a0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3231 3822 ..< │ │ │ +000201c0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +000201d0: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c 6962 2623 _gromacs_mdlib&# │ │ │ +000201e0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000201f0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 c_gromacs_hardwa │ │ │ +00020200: 7265 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 re...... │ │ │ +00020380: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00020390: 6373 5f6d 646c 6962 2623 3435 3b26 6774 cs_mdlib-> │ │ │ +000203a0: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +000203b0: 6163 735f 6170 706c 6965 645f 666f 7263 acs_applied_forc │ │ │ +000203c0: 6573 5f61 7768 3c2f 7469 746c 653e 0a3c es_awh.< │ │ │ +000203d0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +000203e0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +000203f0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00020400: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d39 3839 ay="5,2" d="M989 │ │ │ +00020410: 2e37 362c 2d32 3838 2e31 4339 3437 2e33 .76,-288.1C947.3 │ │ │ +00020420: 312c 2d32 3939 2e30 3820 3836 322e 3934 1,-299.08 862.94 │ │ │ +00020430: 2c2d 3332 312e 3635 2038 3532 2c2d 3333 ,-321.65 852,-33 │ │ │ +00020440: 302e 3335 2037 3930 2e38 382c 2d33 3738 0.35 790.88,-378 │ │ │ +00020450: 2e39 3320 3831 382c 2d34 3235 2e36 3320 .93 818,-425.63 │ │ │ +00020460: 3736 352c 2d34 3832 2e39 3620 3734 352e 765,-482.96 745. │ │ │ +00020470: 3637 2c2d 3530 332e 3837 2037 3239 2e37 67,-503.87 729.7 │ │ │ +00020480: 352c 2d34 3936 2e36 3920 3731 322c 2d35 5,-496.69 712,-5 │ │ │ +00020490: 3138 2e39 3620 3634 372e 3933 2c2d 3539 18.96 647.93,-59 │ │ │ +000204a0: 392e 3334 2037 3036 2e38 312c 2d36 3638 9.34 706.81,-668 │ │ │ +000204b0: 2e34 3520 3632 382c 2d37 3334 2e34 3420 .45 628,-734.44 │ │ │ +000204c0: 3539 362e 3838 2c2d 3736 302e 3520 3438 596.88,-760.5 48 │ │ │ +000204d0: 302e 322c 2d37 3734 2e33 3520 3431 392e 0.2,-774.35 419. │ │ │ +000204e0: 3738 2c2d 3737 392e 3931 222f 3e0a 3c70 78,-779.91"/>.

....modul │ │ │ +00020790: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d61 e_src_gromacs_ma │ │ │ +000207a0: 7468 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 656c 6c69 th..math │ │ │ +00020860: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mo │ │ │ +000208d0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000208e0: 5f6d 6174 6826 2334 353b 2667 743b 6d6f _math->mo │ │ │ +000208f0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00020900: 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a _mdspan. │ │ │ +00020910: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 . │ │ │ +00020970: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 .. │ │ │ +00020a20: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3232 3722 ..< │ │ │ +00020a40: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00020a50: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 6226 _gromacs_gmxlib& │ │ │ +00020a60: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +00020a70: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 rc_gromacs_mdtyp │ │ │ +00020a80: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es... │ │ │ +00020cb0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...modul │ │ │ +00020d20: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00020d30: 786c 6962 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 xlib->mod │ │ │ +00020d40: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00020d50: 7461 626c 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tables.< │ │ │ +00020d60: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00020d70: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 6363 3238 stroke="#2ccc28 │ │ │ +00020d80: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00020d90: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3339 ay="5,2" d="M139 │ │ │ +00020da0: 322e 3334 2c2d 3135 372e 3233 4331 3331 2.34,-157.23C131 │ │ │ +00020db0: 322e 3236 2c2d 3136 302e 3332 2031 3039 2.26,-160.32 109 │ │ │ +00020dc0: 352e 3337 2c2d 3137 312e 3334 2039 3138 5.37,-171.34 918 │ │ │ +00020dd0: 2c2d 3230 342e 3631 2039 3134 2e35 342c ,-204.61 914.54, │ │ │ +00020de0: 2d32 3035 2e32 3620 3931 302e 3936 2c2d -205.26 910.96,- │ │ │ +00020df0: 3230 362e 3036 2039 3037 2e34 2c2d 3230 206.06 907.4,-20 │ │ │ +00020e00: 362e 3933 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 6.93"/>.....modu │ │ │ +00020ef0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00020f00: 6d78 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f mxlib->mo │ │ │ +00020f10: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00020f20: 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 3c2f 7469 _commandline</ti │ │ │ +00020f30: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00020f40: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2262 "none" stroke="b │ │ │ +00020f50: 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 lack" stroke-das │ │ │ +00020f60: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +00020f70: 4d31 3434 382e 3638 2c2d 3134 362e 3539 M1448.68,-146.59 │ │ │ +00020f80: 4331 3438 312e 3635 2c2d 3133 362e 3435 C1481.65,-136.45 │ │ │ +00020f90: 2031 3534 302e 3534 2c2d 3131 382e 3335 1540.54,-118.35 │ │ │ +00020fa0: 2031 3538 302e 3432 2c2d 3130 362e 3039 1580.42,-106.09 │ │ │ +00020fb0: 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c "/>.<polygon fil │ │ │ +00020fc0: 6c3d 2262 6c61 636b 2220 7374 726f 6b65 l="black" stroke │ │ │ +00020fd0: 3d22 626c 6163 6b22 2070 6f69 6e74 733d ="black" points= │ │ │ +00020fe0: 2231 3538 312e 362c 2d31 3039 2e33 3920 "1581.6,-109.39 │ │ │ +00020ff0: 3135 3930 2e31 332c 2d31 3033 2e31 2031 1590.13,-103.1 1 │ │ │ +00021000: 3537 392e 3534 2c2d 3130 322e 3720 3135 579.54,-102.7 15 │ │ │ +00021010: 3831 2e36 2c2d 3130 392e 3339 222f 3e0a 81.6,-109.39"/>. │ │ │ +00021020: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00021030: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ +00021040: 6c69 6226 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 lib->modu │ │ │ +00021050: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d le_src_gromacs_m │ │ │ +00021060: 646c 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 dlib -->.<g id=" │ │ │ +00021070: 6564 6765 3232 3922 2063 6c61 7373 3d22 edge229" class=" │ │ │ +00021080: 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f edge">.<title>mo │ │ │ +00021090: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000210a0: 5f67 6d78 6c69 6226 2334 353b 2667 743b _gmxlib-> │ │ │ +000210b0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000210c0: 6373 5f6d 646c 6962 3c2f 7469 746c 653e cs_mdlib │ │ │ +000210d0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ......module_src_gro │ │ │ +00021240: 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 6226 2334 353b macs_gmxlib- │ │ │ +00021250: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00021260: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 3c2f 7469 romacs_ewald..< │ │ │ +00021350: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00021360: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 ccc28" stroke="# │ │ │ +00021370: 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 2ccc28" points=" │ │ │ +00021380: 3139 3237 2c2d 3435 312e 3932 2031 3933 1927,-451.92 193 │ │ │ +00021390: 362e 3537 2c2d 3435 362e 3438 2031 3933 6.57,-456.48 193 │ │ │ +000213a0: 312e 3933 2c2d 3434 362e 3935 2031 3932 1.93,-446.95 192 │ │ │ +000213b0: 372c 2d34 3531 2e39 3222 2f3e 0a3c 2f67 7,-451.92"/>...< │ │ │ +00021410: 6720 6964 3d22 6564 6765 3233 3222 2063 g id="edge232" c │ │ │ +00021420: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +00021440: 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f romacs_listed_fo │ │ │ +00021450: 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 rces->mod │ │ │ +00021460: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00021470: 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a mdtypes. │ │ │ +00021480: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 . │ │ │ +00021650: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ...< │ │ │ +00021880: 6720 6964 3d22 6564 6765 3233 3922 2063 g id="edge239" c │ │ │ +00021890: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +000218b0: 726f 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f romacs_listed_fo │ │ │ +000218c0: 7263 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 rces->mod │ │ │ +000218d0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000218e0: 646f 6d64 6563 3c2f 7469 746c 653e 0a3c domdec.< │ │ │ +000218f0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00021900: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00021910: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00021920: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3136 ay="5,2" d="M116 │ │ │ +00021930: 302e 3135 2c2d 3335 372e 3435 4331 3135 0.15,-357.45C115 │ │ │ +00021940: 332e 3836 2c2d 3336 362e 3733 2031 3134 3.86,-366.73 114 │ │ │ +00021950: 332e 3935 2c2d 3337 392e 3937 2031 3133 3.95,-379.97 113 │ │ │ +00021960: 382c 2d33 3933 2e32 3220 3131 3236 2e32 8,-393.22 1126.2 │ │ │ +00021970: 362c 2d34 3139 2e33 3320 3131 3237 2e31 6,-419.33 1127.1 │ │ │ +00021980: 332c 2d34 3237 2e36 3420 3131 3234 2c2d 3,-427.64 1124,- │ │ │ +00021990: 3435 362e 3039 2031 3131 342e 3138 2c2d 456.09 1114.18,- │ │ │ +000219a0: 3534 352e 3335 2031 3036 362e 392c 2d37 545.35 1066.9,-7 │ │ │ +000219b0: 3931 2e37 3120 3131 3235 2c2d 3836 302e 91.71 1125,-860. │ │ │ +000219c0: 3138 2031 3134 302e 3235 2c2d 3837 382e 18 1140.25,-878. │ │ │ +000219d0: 3136 2031 3238 352e 3338 2c2d 3839 352e 16 1285.38,-895. │ │ │ +000219e0: 3538 2031 3336 302e 3135 2c2d 3930 332e 58 1360.15,-903. │ │ │ +000219f0: 3736 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 76"/>.... │ │ │ +00021ac0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3338 2220 .module_src_ │ │ │ +00021af0: 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 gromacs_listed_f │ │ │ +00021b00: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ +00021b10: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00021b20: 5f6d 6472 756e 7574 696c 6974 793c 2f74 _mdrunutility......modu │ │ │ +00021cd0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c le_src_gromacs_l │ │ │ +00021ce0: 6973 7465 645f 666f 7263 6573 2623 3435 isted_forces- │ │ │ +00021cf0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00021d00: 6772 6f6d 6163 735f 6e62 6e78 6d3c 2f74 gromacs_nbnxm</t │ │ │ +00021d10: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +00021d20: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +00021d30: 7265 6422 2064 3d22 4d31 3138 342e 3734 red" d="M1184.74 │ │ │ +00021d40: 2c2d 3335 362e 3137 4331 3139 372e 3835 ,-356.17C1197.85 │ │ │ +00021d50: 2c2d 3336 342e 3834 2031 3231 342e 3438 ,-364.84 1214.48 │ │ │ +00021d60: 2c2d 3337 362e 3937 2031 3232 372e 3231 ,-376.97 1227.21 │ │ │ +00021d70: 2c2d 3338 372e 3035 222f 3e0a 3c70 6f6c ,-387.05"/>.<pol │ │ │ +00021d80: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2272 6564 2220 ygon fill="red" │ │ │ +00021d90: 7374 726f 6b65 3d22 7265 6422 2070 6f69 stroke="red" poi │ │ │ +00021da0: 6e74 733d 2231 3232 352e 3334 2c2d 3339 nts="1225.34,-39 │ │ │ +00021db0: 302e 3034 2031 3233 352e 332c 2d33 3933 0.04 1235.3,-393 │ │ │ +00021dc0: 2e36 3320 3132 3239 2e37 352c 2d33 3834 .63 1229.75,-384 │ │ │ +00021dd0: 2e36 3120 3132 3235 2e33 342c 2d33 3930 .61 1225.34,-390 │ │ │ +00021de0: 2e30 3422 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .04"/>.</g>.<!-- │ │ │ +00021df0: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ +00021e00: 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 6365 acs_listed_force │ │ │ +00021e10: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00021e20: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 646c _src_gromacs_mdl │ │ │ +00021e30: 6962 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 ib -->.<g id="ed │ │ │ +00021e40: 6765 3233 3522 2063 6c61 7373 3d22 6564 ge235" class="ed │ │ │ +00021e50: 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 ge">.<title>modu │ │ │ +00021e60: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c le_src_gromacs_l │ │ │ +00021e70: 6973 7465 645f 666f 7263 6573 2623 3435 isted_forces- │ │ │ +00021e80: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00021e90: 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c 2f74 gromacs_mdlib</t │ │ │ +00021ea0: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +00021eb0: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +00021ec0: 2362 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3133 #bfbfbf" d="M113 │ │ │ +00021ed0: 342e 3036 2c2d 3333 322e 3733 4331 3130 4.06,-332.73C110 │ │ │ +00021ee0: 372e 3037 2c2d 3332 322e 3535 2031 3036 7.07,-322.55 106 │ │ │ +00021ef0: 372e 3932 2c2d 3330 362e 3734 2031 3034 7.92,-306.74 104 │ │ │ +00021f00: 312e 3636 2c2d 3239 352e 3436 222f 3e0a 1.66,-295.46"/>. │ │ │ +00021f10: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ +00021f20: 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 bfbfbf" stroke=" │ │ │ +00021f30: 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d #bfbfbf" points= │ │ │ +00021f40: 2231 3034 322e 3834 2c2d 3239 322e 3136 "1042.84,-292.16 │ │ │ +00021f50: 2031 3033 322e 3237 2c2d 3239 312e 3338 1032.27,-291.38 │ │ │ +00021f60: 2031 3034 302e 3035 2c2d 3239 382e 3538 1040.05,-298.58 │ │ │ +00021f70: 2031 3034 322e 3834 2c2d 3239 322e 3136 1042.84,-292.16 │ │ │ +00021f80: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +00021f90: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00021fa0: 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 6573 2623 _listed_forces&# │ │ │ +00021fb0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00021fc0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 c_gromacs_gmxlib │ │ │ +00021fd0: 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 -->.<g id="edge │ │ │ +00021fe0: 3233 3322 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 233" class="edge │ │ │ +00021ff0: 223e 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 ">.<title>module │ │ │ +00022000: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6c 6973 _src_gromacs_lis │ │ │ +00022010: 7465 645f 666f 7263 6573 2623 3435 3b26 ted_forces-& │ │ │ +00022020: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00022030: 6f6d 6163 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 omacs_gmxlib</ti │ │ │ +00022040: 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d tle>.<path fill= │ │ │ +00022050: 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 "none" stroke="# │ │ │ +00022060: 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3132 3134 bfbfbf" d="M1214 │ │ │ +00022070: 2e38 392c 2d33 3432 2e37 3643 3132 3936 .89,-342.76C1296 │ │ │ +00022080: 2e30 332c 2d33 3431 2e35 3220 3134 3439 .03,-341.52 1449 │ │ │ +00022090: 2e30 342c 2d33 3333 2e38 3620 3134 3833 .04,-333.86 1483 │ │ │ +000220a0: 2c2d 3239 342e 3335 2031 3530 392c 2d32 ,-294.35 1509,-2 │ │ │ +000220b0: 3634 2e31 2031 3530 302e 3035 2c2d 3234 64.1 1500.05,-24 │ │ │ +000220c0: 302e 3637 2031 3438 332c 2d32 3034 2e36 0.67 1483,-204.6 │ │ │ +000220d0: 3120 3134 3736 2e34 342c 2d31 3930 2e37 1 1476.44,-190.7 │ │ │ +000220e0: 3320 3134 3633 2e37 332c 2d31 3739 2e34 3 1463.73,-179.4 │ │ │ +000220f0: 3920 3134 3531 2e37 382c 2d31 3731 2e33 9 1451.78,-171.3 │ │ │ +00022100: 3522 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 5"/>.<polygon fi │ │ │ +00022110: 6c6c 3d22 2362 6662 6662 6622 2073 7472 ll="#bfbfbf" str │ │ │ +00022120: 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 2220 706f oke="#bfbfbf" po │ │ │ +00022130: 696e 7473 3d22 3134 3533 2e36 332c 2d31 ints="1453.63,-1 │ │ │ +00022140: 3638 2e33 3820 3134 3433 2e33 312c 2d31 68.38 1443.31,-1 │ │ │ +00022150: 3635 2e39 3720 3134 3439 2e38 382c 2d31 65.97 1449.88,-1 │ │ │ +00022160: 3734 2e32 3820 3134 3533 2e36 332c 2d31 74.28 1453.63,-1 │ │ │ +00022170: 3638 2e33 3822 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 68.38"/>.</g>.<! │ │ │ +00022180: 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 -- module_src_gr │ │ │ +00022190: 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 6f72 omacs_listed_for │ │ │ +000221a0: 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ces->modu │ │ │ +000221b0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +000221c0: 7075 5f75 7469 6c73 202d 2d3e 0a3c 6720 pu_utils -->.<g │ │ │ +000221d0: 6964 3d22 6564 6765 3233 3122 2063 6c61 id="edge231" cla │ │ │ +000221e0: 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c ss="edge">.<titl │ │ │ +000221f0: 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f e>module_src_gro │ │ │ +00022200: 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 macs_listed_forc │ │ │ +00022210: 6573 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c es->modul │ │ │ +00022220: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 e_src_gromacs_gp │ │ │ +00022230: 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a u_utils. │ │ │ +00022240: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .

... │ │ │ +000223f0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3334 2220 .module_src_ │ │ │ +00022420: 6772 6f6d 6163 735f 6c69 7374 6564 5f66 gromacs_listed_f │ │ │ +00022430: 6f72 6365 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f orces->mo │ │ │ +00022440: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00022450: 5f68 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 _hardware...... │ │ │ +000225d0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +000225e0: 6373 5f67 7075 5f75 7469 6c73 2623 3435 cs_gpu_utils- │ │ │ +000225f0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00022600: 6772 6f6d 6163 735f 7574 696c 6974 793c gromacs_utility< │ │ │ +00022610: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>.<path fi │ │ │ +00022620: 6c6c 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 ll="none" stroke │ │ │ +00022630: 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b ="#2ccc28" strok │ │ │ +00022640: 652d 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 e-dasharray="5,2 │ │ │ +00022650: 2220 643d 224d 3138 3035 2e39 372c 2d31 " d="M1805.97,-1 │ │ │ +00022660: 3034 342e 3731 4331 3833 382e 3533 2c2d 044.71C1838.53,- │ │ │ +00022670: 3130 3535 2e31 3720 3138 3930 2e37 392c 1055.17 1890.79, │ │ │ +00022680: 2d31 3037 332e 3136 2031 3932 332e 3534 -1073.16 1923.54 │ │ │ +00022690: 2c2d 3130 3835 2e31 3322 2f3e 0a3c 706f ,-1085.13"/>.<po │ │ │ +000226a0: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 6363 lygon fill="#2cc │ │ │ +000226b0: 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 c28" stroke="#2c │ │ │ +000226c0: 6363 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 3139 cc28" points="19 │ │ │ +000226d0: 3232 2e34 342c 2d31 3038 382e 3435 2031 22.44,-1088.45 1 │ │ │ +000226e0: 3933 332e 3033 2c2d 3130 3838 2e36 3320 933.03,-1088.63 │ │ │ +000226f0: 3139 3234 2e38 362c 2d31 3038 312e 3839 1924.86,-1081.89 │ │ │ +00022700: 2031 3932 322e 3434 2c2d 3130 3838 2e34 1922.44,-1088.4 │ │ │ +00022710: 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 5"/>.</g>.<!-- m │ │ │ +00022720: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00022730: 735f 6770 755f 7574 696c 7326 2334 353b s_gpu_utils- │ │ │ +00022740: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +00022750: 726f 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 202d romacs_mdtypes - │ │ │ +00022760: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3234 ->.<g id="edge24 │ │ │ +00022770: 3122 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 1" class="edge"> │ │ │ +00022780: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .<title>module_s │ │ │ +00022790: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 rc_gromacs_gpu_u │ │ │ +000227a0: 7469 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 tils->mod │ │ │ +000227b0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000227c0: 6d64 7479 7065 733c 2f74 6974 6c65 3e0a mdtypes. │ │ │ +000227d0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .. │ │ │ +000228b0: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...module_src_grom │ │ │ +00022930: 6163 735f 6770 755f 7574 696c 7326 2334 acs_gpu_utils │ │ │ +00022940: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00022950: 5f67 726f 6d61 6373 5f6e 626e 786d 3c2f _gromacs_nbnxm</ │ │ │ +00022960: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00022970: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00022980: 2223 3238 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 "#282fcc" stroke │ │ │ +00022990: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ +000229a0: 2064 3d22 4d31 3737 332c 2d31 3032 312e d="M1773,-1021. │ │ │ +000229b0: 3932 4331 3736 382e 3333 2c2d 3938 382e 92C1768.33,-988. │ │ │ +000229c0: 3620 3137 3634 2e37 362c 2d38 3935 2e35 6 1764.76,-895.5 │ │ │ +000229d0: 3920 3137 3235 2c2d 3833 332e 3331 2031 9 1725,-833.31 1 │ │ │ +000229e0: 3638 332e 362c 2d37 3638 2e34 3620 3136 683.6,-768.46 16 │ │ │ +000229f0: 3632 2e34 322c 2d37 3539 2e38 3920 3136 62.42,-759.89 16 │ │ │ +00022a00: 3036 2c2d 3730 372e 3537 2031 3537 332e 06,-707.57 1573. │ │ │ +00022a10: 352c 2d36 3737 2e34 3320 3133 3335 2e38 5,-677.43 1335.8 │ │ │ +00022a20: 322c 2d34 3836 2e37 3720 3132 3635 2e34 2,-486.77 1265.4 │ │ │ +00022a30: 322c 2d34 3236 2e31 3422 2f3e 0a3c 706f 2,-426.14"/>.<po │ │ │ +00022a40: 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 3832 lygon fill="#282 │ │ │ +00022a50: 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 fcc" stroke="#28 │ │ │ +00022a60: 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 3132 2fcc" points="12 │ │ │ +00022a70: 3637 2e35 332c 2d34 3233 2e33 3420 3132 67.53,-423.34 12 │ │ │ +00022a80: 3537 2e36 392c 2d34 3139 2e34 3120 3132 57.69,-419.41 12 │ │ │ +00022a90: 3632 2e39 332c 2d34 3238 2e36 3220 3132 62.93,-428.62 12 │ │ │ +00022aa0: 3637 2e35 332c 2d34 3233 2e33 3422 2f3e 67.53,-423.34"/> │ │ │ +00022ab0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .</g>.<!-- modul │ │ │ +00022ac0: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 e_src_gromacs_gp │ │ │ +00022ad0: 755f 7574 696c 7326 2334 353b 2667 743b u_utils-> │ │ │ +00022ae0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00022af0: 6373 5f6d 6174 6820 2d2d 3e0a 3c67 2069 cs_math -->.<g i │ │ │ +00022b00: 643d 2265 6467 6532 3433 2220 636c 6173 d="edge243" clas │ │ │ +00022b10: 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 6974 6c65 s="edge">.<title │ │ │ +00022b20: 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d >module_src_grom │ │ │ +00022b30: 6163 735f 6770 755f 7574 696c 7326 2334 acs_gpu_utils │ │ │ +00022b40: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00022b50: 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6174 683c 2f74 _gromacs_math</t │ │ │ +00022b60: 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c itle>.<path fill │ │ │ +00022b70: 3d22 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 ="none" stroke=" │ │ │ +00022b80: 2332 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 652d #2ccc28" stroke- │ │ │ +00022b90: 6461 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 dasharray="5,2" │ │ │ +00022ba0: 643d 224d 3137 3337 2e36 372c 2d31 3033 d="M1737.67,-103 │ │ │ +00022bb0: 332e 3433 4331 3530 352e 3133 2c2d 3130 3.43C1505.13,-10 │ │ │ +00022bc0: 3237 2e39 3120 3331 392e 3831 2c2d 3939 27.91 319.81,-99 │ │ │ +00022bd0: 392e 3136 2033 3037 2c2d 3938 352e 3932 9.16 307,-985.92 │ │ │ +00022be0: 2032 3439 2e32 312c 2d39 3236 2e31 3920 249.21,-926.19 │ │ │ +00022bf0: 3139 332e 3639 2c2d 3939 332e 3238 2035 193.69,-993.28 5 │ │ │ +00022c00: 3431 2c2d 3932 332e 3035 2036 3533 2e33 41,-923.05 653.3 │ │ │ +00022c10: 2c2d 3930 302e 3334 2036 3830 2e39 2c2d ,-900.34 680.9,- │ │ │ +00022c20: 3839 312e 3837 2037 3931 2c2d 3836 302e 891.87 791,-860. │ │ │ +00022c30: 3138 2031 3130 322e 3037 2c2d 3737 302e 18 1102.07,-770. │ │ │ +00022c40: 3634 2031 3231 312e 3034 2c2d 3736 362e 64 1211.04,-766. │ │ │ +00022c50: 3336 2031 3434 382c 2d35 3435 2e38 3320 36 1448,-545.83 │ │ │ +00022c60: 3134 3832 2c2d 3531 342e 3139 2031 3539 1482,-514.19 159 │ │ │ +00022c70: 302e 3237 2c2d 3336 382e 3333 2031 3539 0.27,-368.33 159 │ │ │ +00022c80: 342c 2d33 3537 2e32 3220 3136 3535 2e33 4,-357.22 1655.3 │ │ │ +00022c90: 332c 2d31 3734 2e32 3920 3134 3439 2e34 3,-174.29 1449.4 │ │ │ +00022ca0: 332c 2d32 3739 2e39 3320 3833 352c 2d32 3,-279.93 835,-2 │ │ │ +00022cb0: 3331 2e34 3820 3830 382e 3033 2c2d 3232 31.48 808.03,-22 │ │ │ +00022cc0: 392e 3335 2037 3737 2e36 342c 2d32 3236 9.35 777.64,-226 │ │ │ +00022cd0: 2e30 3620 3735 342e 3732 2c2d 3232 332e .06 754.72,-223. │ │ │ +00022ce0: 3422 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 4"/>.<polygon fi │ │ │ +00022cf0: 6c6c 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 ll="#2ccc28" str │ │ │ +00022d00: 6f6b 653d 2223 3263 6363 3238 2220 706f oke="#2ccc28" po │ │ │ +00022d10: 696e 7473 3d22 3735 352e 312c 2d32 3139 ints="755.1,-219 │ │ │ +00022d20: 2e39 3220 3734 342e 3736 2c2d 3232 322e .92 744.76,-222. │ │ │ +00022d30: 3233 2037 3534 2e32 382c 2d32 3236 2e38 23 754.28,-226.8 │ │ │ +00022d40: 3720 3735 352e 312c 2d32 3139 2e39 3222 7 755.1,-219.92" │ │ │ +00022d50: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00022d60: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00022d70: 6770 755f 7574 696c 7326 2334 353b 2667 gpu_utils-&g │ │ │ +00022d80: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00022d90: 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 6520 2d2d macs_hardware -- │ │ │ +00022da0: 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3430 >.<g id="edge240 │ │ │ +00022db0: 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a " class="edge">. │ │ │ +00022dc0: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 <title>module_sr │ │ │ +00022dd0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 c_gromacs_gpu_ut │ │ │ +00022de0: 696c 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ils->modu │ │ │ +00022df0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f68 le_src_gromacs_h │ │ │ +00022e00: 6172 6477 6172 653c 2f74 6974 6c65 3e0a ardware. │ │ │ +00022e10: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ... │ │ │ +00022fc0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3234 3722 ..< │ │ │ +00022fe0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00022ff0: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 _gromacs_taskass │ │ │ +00023000: 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b ignment-> │ │ │ +00023010: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00023020: 6373 5f6d 6474 7970 6573 3c2f 7469 746c cs_mdtypes.....< │ │ │ +00023190: 6720 6964 3d22 6564 6765 3235 3122 2063 g id="edge251" c │ │ │ +000231a0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +000231c0: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ +000231d0: 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f nment->mo │ │ │ +000231e0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +000231f0: 5f64 6f6d 6465 633c 2f74 6974 6c65 3e0a _domdec. │ │ │ +00023200: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .. │ │ │ +00023320: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mod │ │ │ +000233a0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000233b0: 7461 736b 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 taskassignment&# │ │ │ +000233c0: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +000233d0: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7275 6e75 c_gromacs_mdrunu │ │ │ +000233e0: 7469 6c69 7479 3c2f 7469 746c 653e 0a3c tility.< │ │ │ +000233f0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00023400: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00023410: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00023420: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3534 ay="5,2" d="M154 │ │ │ +00023430: 362e 3231 2c2d 3534 352e 3731 4331 3532 6.21,-545.71C152 │ │ │ +00023440: 362c 2d35 3635 2e35 3220 3134 3836 2c2d 6,-565.52 1486,- │ │ │ +00023450: 3630 362e 3136 2031 3435 372c 2d36 3434 606.16 1457,-644 │ │ │ +00023460: 2e37 2031 3434 332e 3936 2c2d 3636 322e .7 1443.96,-662. │ │ │ +00023470: 3034 2031 3433 312e 3237 2c2d 3638 332e 04 1431.27,-683. │ │ │ +00023480: 3233 2031 3432 322e 3533 2c2d 3639 382e 23 1422.53,-698. │ │ │ +00023490: 3732 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 72"/>...< │ │ │ +00023510: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00023520: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ +00023530: 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f nment->mo │ │ │ +00023540: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00023550: 5f65 7373 656e 7469 616c 6479 6e61 6d69 _essentialdynami │ │ │ +00023560: 6373 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 cs -->..modu │ │ │ +00023590: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +000235a0: 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 askassignment │ │ │ +000235b0: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +000235c0: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7373 656e 7469 _gromacs_essenti │ │ │ +000235d0: 616c 6479 6e61 6d69 6373 3c2f 7469 746c aldynamics</titl │ │ │ +000235e0: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +000235f0: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 one" stroke="#28 │ │ │ +00023600: 3266 6363 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 2fcc" stroke-das │ │ │ +00023610: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +00023620: 4d31 3535 372e 3233 2c2d 3531 382e 3739 M1557.23,-518.79 │ │ │ +00023630: 4331 3535 302e 3231 2c2d 3437 342e 3138 C1550.21,-474.18 │ │ │ +00023640: 2031 3531 392e 382c 2d33 3233 2e35 3120 1519.8,-323.51 │ │ │ +00023650: 3134 3233 2c2d 3236 372e 3438 2031 3334 1423,-267.48 134 │ │ │ +00023660: 362e 3437 2c2d 3232 332e 3138 2037 3136 6.47,-223.18 716 │ │ │ +00023670: 2e30 312c 2d32 3430 2e30 3420 3632 382c .01,-240.04 628, │ │ │ +00023680: 2d32 3331 2e34 3820 3632 302e 3534 2c2d -231.48 620.54,- │ │ │ +00023690: 3233 302e 3735 2036 3132 2e37 322c 2d32 230.75 612.72,-2 │ │ │ +000236a0: 3239 2e38 3220 3630 352c 2d32 3238 2e37 29.82 605,-228.7 │ │ │ +000236b0: 3822 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 8"/>.<polygon fi │ │ │ +000236c0: 6c6c 3d22 2332 3832 6663 6322 2073 7472 ll="#282fcc" str │ │ │ +000236d0: 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 2220 706f oke="#282fcc" po │ │ │ +000236e0: 696e 7473 3d22 3630 352e 3332 2c2d 3232 ints="605.32,-22 │ │ │ +000236f0: 352e 3320 3539 342e 3933 2c2d 3232 372e 5.3 594.93,-227. │ │ │ +00023700: 3338 2036 3034 2e33 352c 2d32 3332 2e32 38 604.35,-232.2 │ │ │ +00023710: 3320 3630 352e 3332 2c2d 3232 352e 3322 3 605.32,-225.3" │ │ │ +00023720: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +00023730: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00023740: 7461 736b 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 taskassignment&# │ │ │ +00023750: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00023760: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 6220 c_gromacs_mdlib │ │ │ +00023770: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->.<g id="edge2 │ │ │ +00023780: 3439 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 49" class="edge" │ │ │ +00023790: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ +000237a0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 736b src_gromacs_task │ │ │ +000237b0: 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 3435 3b26 assignment-& │ │ │ +000237c0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +000237d0: 6f6d 6163 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 omacs_mdlib</tit │ │ │ +000237e0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +000237f0: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ +00023800: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d31 3535 322e fbfbf" d="M1552. │ │ │ +00023810: 3233 2c2d 3531 382e 3937 4331 3533 312e 23,-518.97C1531. │ │ │ +00023820: 3639 2c2d 3438 322e 3636 2031 3436 362e 69,-482.66 1466. │ │ │ +00023830: 3139 2c2d 3337 362e 3434 2031 3337 392c 19,-376.44 1379, │ │ │ +00023840: 2d33 3330 2e33 3520 3133 3232 2e38 392c -330.35 1322.89, │ │ │ +00023850: 2d33 3030 2e36 3920 3131 3334 2e31 392c -300.69 1134.19, │ │ │ +00023860: 2d32 3837 2e39 2031 3035 322e 3338 2c2d -287.9 1052.38,- │ │ │ +00023870: 3238 332e 3636 222f 3e0a 3c70 6f6c 7967 283.66"/>.<polyg │ │ │ +00023880: 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 6266 6266 6266 on fill="#bfbfbf │ │ │ +00023890: 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 6662 6662 " stroke="#bfbfb │ │ │ +000238a0: 6622 2070 6f69 6e74 733d 2231 3035 322e f" points="1052. │ │ │ +000238b0: 3139 2c2d 3238 302e 3134 2031 3034 322e 19,-280.14 1042. │ │ │ +000238c0: 3032 2c2d 3238 332e 3133 2031 3035 312e 02,-283.13 1051. │ │ │ +000238d0: 3834 2c2d 3238 372e 3133 2031 3035 322e 84,-287.13 1052. │ │ │ +000238e0: 3139 2c2d 3238 302e 3134 222f 3e0a 3c2f 19,-280.14"/>.</ │ │ │ +000238f0: 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 g>.<!-- module_s │ │ │ +00023900: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 rc_gromacs_taska │ │ │ +00023910: 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 ssignment-&g │ │ │ +00023920: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00023930: 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 6220 2d2d 3e0a macs_gmxlib -->. │ │ │ +00023940: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3532 2220 <g id="edge252" │ │ │ +00023950: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ +00023960: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ +00023970: 6772 6f6d 6163 735f 7461 736b 6173 7369 gromacs_taskassi │ │ │ +00023980: 676e 6d65 6e74 2623 3435 3b26 6774 3b6d gnment->m │ │ │ +00023990: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +000239a0: 735f 676d 786c 6962 3c2f 7469 746c 653e s_gmxlib │ │ │ +000239b0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e ....< │ │ │ +00023ac0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00023ad0: 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 romacs_taskassig │ │ │ +00023ae0: 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f nment->mo │ │ │ +00023af0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00023b00: 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 6573 202d _listed_forces - │ │ │ +00023b10: 2d3e 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3235 ->. │ │ │ +00023b30: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ +00023b40: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 6b61 rc_gromacs_taska │ │ │ +00023b50: 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b 2667 ssignment-&g │ │ │ +00023b60: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00023b70: 6d61 6373 5f6c 6973 7465 645f 666f 7263 macs_listed_forc │ │ │ +00023b80: 6573 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 es...... │ │ │ +00023d50: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00023d60: 6373 5f74 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e cs_taskassignmen │ │ │ +00023d70: 7426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 t->module │ │ │ +00023d80: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 _src_gromacs_gpu │ │ │ +00023d90: 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _utils.< │ │ │ +00023da0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00023db0: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00023dc0: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00023dd0: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3538 ay="5,2" d="M158 │ │ │ +00023de0: 302e 3131 2c2d 3534 352e 3243 3136 3431 0.11,-545.2C1641 │ │ │ +00023df0: 2e37 332c 2d35 3831 2e33 3820 3138 3137 .73,-581.38 1817 │ │ │ +00023e00: 2c2d 3639 372e 3334 2031 3831 372c 2d38 ,-697.34 1817,-8 │ │ │ +00023e10: 3435 2e37 3520 3138 3137 2c2d 3931 302e 45.75 1817,-910. │ │ │ +00023e20: 3632 2031 3831 372c 2d39 3130 2e36 3220 62 1817,-910.62 │ │ │ +00023e30: 3138 3137 2c2d 3931 302e 3632 2031 3831 1817,-910.62 181 │ │ │ +00023e40: 372c 2d39 3437 2e39 3220 3138 3030 2e33 7,-947.92 1800.3 │ │ │ +00023e50: 342c 2d39 3838 2e36 3220 3137 3838 2e35 4,-988.62 1788.5 │ │ │ +00023e60: 322c 2d31 3031 322e 3739 222f 3e0a 3c70 2,-1012.79"/>.

....modu │ │ │ +00023f60: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 le_src_gromacs_t │ │ │ +00023f70: 6173 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 askassignment │ │ │ +00023f80: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00023f90: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 3c2f _gromacs_ewald</ │ │ │ +00023fa0: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00023fb0: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00023fc0: 2223 3238 3266 6363 2220 643d 224d 3136 "#282fcc" d="M16 │ │ │ +00023fd0: 3036 2e34 352c 2d35 3233 2e39 3343 3136 06.45,-523.93C16 │ │ │ +00023fe0: 3834 2e34 2c2d 3531 312e 3637 2031 3833 84.4,-511.67 183 │ │ │ +00023ff0: 372e 3933 2c2d 3438 372e 3532 2031 3930 7.93,-487.52 190 │ │ │ +00024000: 382e 3638 2c2d 3437 362e 3422 2f3e 0a3c 8.68,-476.4"/>.< │ │ │ +00024010: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +00024020: 3832 6663 6322 2073 7472 6f6b 653d 2223 82fcc" stroke="# │ │ │ +00024030: 3238 3266 6363 2220 706f 696e 7473 3d22 282fcc" points=" │ │ │ +00024040: 3139 3039 2e35 372c 2d34 3739 2e38 2031 1909.57,-479.8 1 │ │ │ +00024050: 3931 382e 392c 2d34 3734 2e37 3920 3139 918.9,-474.79 19 │ │ │ +00024060: 3038 2e34 382c 2d34 3732 2e38 3820 3139 08.48,-472.88 19 │ │ │ +00024070: 3039 2e35 372c 2d34 3739 2e38 222f 3e0a 09.57,-479.8"/>. │ │ │ +00024080: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 </g>.<!-- module │ │ │ +00024090: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 6173 _src_gromacs_tas │ │ │ +000240a0: 6b61 7373 6967 6e6d 656e 7426 2334 353b kassignment- │ │ │ +000240b0: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ +000240c0: 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 6520 romacs_hardware │ │ │ +000240d0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->.<g id="edge2 │ │ │ +000240e0: 3438 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 48" class="edge" │ │ │ +000240f0: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ +00024100: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 7461 736b src_gromacs_task │ │ │ +00024110: 6173 7369 676e 6d65 6e74 2623 3435 3b26 assignment-& │ │ │ +00024120: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00024130: 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f omacs_hardware</ │ │ │ +00024140: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00024150: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00024160: 2223 6266 6266 6266 2220 643d 224d 3135 "#bfbfbf" d="M15 │ │ │ +00024170: 3939 2e36 2c2d 3532 322e 3331 4331 3632 99.6,-522.31C162 │ │ │ +00024180: 392e 3438 2c2d 3531 342e 3536 2031 3637 9.48,-514.56 167 │ │ │ +00024190: 302e 342c 2d35 3031 2e36 3720 3137 3033 0.4,-501.67 1703 │ │ │ +000241a0: 2c2d 3438 322e 3936 2031 3831 332e 3533 ,-482.96 1813.53 │ │ │ +000241b0: 2c2d 3431 392e 3531 2031 3832 332e 3533 ,-419.51 1823.53 │ │ │ +000241c0: 2c2d 3337 382e 3738 2031 3931 392c 2d32 ,-378.78 1919,-2 │ │ │ +000241d0: 3934 2e33 3520 3139 3332 2e34 312c 2d32 94.35 1932.41,-2 │ │ │ +000241e0: 3832 2e34 3920 3139 3335 2e31 342c 2d32 82.49 1935.14,-2 │ │ │ +000241f0: 3738 2e38 3120 3139 3439 2c2d 3236 372e 78.81 1949,-267. │ │ │ +00024200: 3438 2031 3936 322e 3036 2c2d 3235 362e 48 1962.06,-256. │ │ │ +00024210: 3820 3139 3737 2e31 352c 2d32 3435 2e35 8 1977.15,-245.5 │ │ │ +00024220: 2031 3938 392e 352c 2d32 3336 2e35 222f 1989.5,-236.5"/ │ │ │ +00024230: 3e0a 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d >.<polygon fill= │ │ │ +00024240: 2223 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 "#bfbfbf" stroke │ │ │ +00024250: 3d22 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 ="#bfbfbf" point │ │ │ +00024260: 733d 2231 3939 312e 3838 2c2d 3233 392e s="1991.88,-239. │ │ │ +00024270: 3120 3139 3937 2e39 332c 2d32 3330 2e34 1 1997.93,-230.4 │ │ │ +00024280: 2031 3938 372e 3738 2c2d 3233 332e 3432 1987.78,-233.42 │ │ │ +00024290: 2031 3939 312e 3838 2c2d 3233 392e 3122 1991.88,-239.1" │ │ │ +000242a0: 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 />.</g>.<!-- mod │ │ │ +000242b0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +000242c0: 636f 6f72 6469 6e61 7465 696f 2623 3435 coordinateio- │ │ │ +000242d0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +000242e0: 6772 6f6d 6163 735f 6f70 7469 6f6e 7320 gromacs_options │ │ │ +000242f0: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->.<g id="edge2 │ │ │ +00024300: 3535 2220 636c 6173 733d 2265 6467 6522 55" class="edge" │ │ │ +00024310: 3e0a 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f >.<title>module_ │ │ │ +00024320: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6f72 src_gromacs_coor │ │ │ +00024330: 6469 6e61 7465 696f 2623 3435 3b26 6774 dinateio-> │ │ │ +00024340: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00024350: 6163 735f 6f70 7469 6f6e 733c 2f74 6974 acs_options</tit │ │ │ +00024360: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ +00024370: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 none" stroke="#2 │ │ │ +00024380: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 652d 6461 ccc28" stroke-da │ │ │ +00024390: 7368 6172 7261 793d 2235 2c32 2220 643d sharray="5,2" d= │ │ │ +000243a0: 224d 3430 352e 3032 2c2d 3930 312e 3843 "M405.02,-901.8C │ │ │ +000243b0: 3431 372e 322c 2d38 3939 2e38 3520 3433 417.2,-899.85 43 │ │ │ +000243c0: 302e 3633 2c2d 3839 372e 3831 2034 3433 0.63,-897.81 443 │ │ │ +000243d0: 2c2d 3839 362e 3138 2035 3937 2e31 372c ,-896.18 597.17, │ │ │ +000243e0: 2d38 3735 2e39 3320 3633 362e 3335 2c2d -875.93 636.35,- │ │ │ +000243f0: 3837 362e 3334 2037 3931 2c2d 3836 302e 876.34 791,-860. │ │ │ +00024400: 3138 2031 3035 352e 3932 2c2d 3833 322e 18 1055.92,-832. │ │ │ +00024410: 3531 2031 3133 352e 3539 2c2d 3838 352e 51 1135.59,-885. │ │ │ +00024420: 3238 2031 3338 372c 2d37 3937 2e33 3120 28 1387,-797.31 │ │ │ +00024430: 3135 3833 2e30 382c 2d37 3238 2e37 2031 1583.08,-728.7 1 │ │ │ +00024440: 3637 322e 3631 2c2d 3732 332e 3035 2031 672.61,-723.05 1 │ │ │ +00024450: 3738 312c 2d35 3435 2e38 3320 3138 3630 781,-545.83 1860 │ │ │ +00024460: 2e33 312c 2d34 3136 2e31 3620 3138 3632 .31,-416.16 1862 │ │ │ +00024470: 2e39 312c 2d33 3434 2e37 3320 3138 3034 .91,-344.73 1804 │ │ │ +00024480: 2c2d 3230 342e 3631 2031 3737 392e 3635 ,-204.61 1779.65 │ │ │ +00024490: 2c2d 3134 362e 3720 3137 3434 2e33 322c ,-146.7 1744.32, │ │ │ +000244a0: 2d31 3533 2e30 3520 3137 3033 2c2d 3130 -153.05 1703,-10 │ │ │ +000244b0: 352e 3734 2031 3639 332e 3231 2c2d 3934 5.74 1693.21,-94 │ │ │ +000244c0: 2e35 3320 3136 3936 2e31 382c 2d38 352e .53 1696.18,-85. │ │ │ +000244d0: 3820 3136 3833 2c2d 3738 2e38 3720 3136 8 1683,-78.87 16 │ │ │ +000244e0: 3236 2e36 312c 2d34 392e 3231 2036 3534 26.61,-49.21 654 │ │ │ +000244f0: 2e33 352c 2d33 342e 3038 2034 3334 2e31 .35,-34.08 434.1 │ │ │ +00024500: 312c 2d33 312e 3032 222f 3e0a 3c70 6f6c 1,-31.02"/>.<pol │ │ │ +00024510: 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 3263 6363 ygon fill="#2ccc │ │ │ +00024520: 3238 2220 7374 726f 6b65 3d22 2332 6363 28" stroke="#2cc │ │ │ +00024530: 6332 3822 2070 6f69 6e74 733d 2234 3333 c28" points="433 │ │ │ +00024540: 2e39 352c 2d32 372e 3532 2034 3233 2e39 .95,-27.52 423.9 │ │ │ +00024550: 2c2d 3330 2e38 3820 3433 332e 3835 2c2d ,-30.88 433.85,- │ │ │ +00024560: 3334 2e35 3220 3433 332e 3935 2c2d 3237 34.52 433.95,-27 │ │ │ +00024570: 2e35 3222 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .52"/>.</g>.<!-- │ │ │ +00024580: 206d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d module_src_grom │ │ │ +00024590: 6163 735f 6577 616c 6426 2334 353b 2667 acs_ewald-&g │ │ │ +000245a0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +000245b0: 6d61 6373 5f6d 6474 7970 6573 202d 2d3e macs_mdtypes --> │ │ │ +000245c0: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 3122 .<g id="edge261" │ │ │ +000245d0: 2063 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c class="edge">.< │ │ │ +000245e0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +000245f0: 5f67 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 _gromacs_ewald&# │ │ │ +00024600: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00024610: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 c_gromacs_mdtype │ │ │ +00024620: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s......module_ │ │ │ +00024810: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c src_gromacs_ewal │ │ │ +00024820: 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 d->module │ │ │ +00024830: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 6674 _src_gromacs_fft │ │ │ +00024840: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ..< │ │ │ +000248b0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ +000248c0: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ +000248d0: 706f 696e 7473 3d22 3231 3030 2e38 372c points="2100.87, │ │ │ +000248e0: 2d34 3231 2e32 3520 3231 3039 2e32 382c -421.25 2109.28, │ │ │ +000248f0: 2d34 3134 2e38 2032 3039 382e 3639 2c2d -414.8 2098.69,- │ │ │ +00024900: 3431 342e 3620 3231 3030 2e38 372c 2d34 414.6 2100.87,-4 │ │ │ +00024910: 3231 2e32 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 21.25"/>.... │ │ │ +00024980: 3c74 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 module_sr │ │ │ +00024990: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 6426 c_gromacs_ewald& │ │ │ +000249a0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +000249b0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f64 6f6d 6465 rc_gromacs_domde │ │ │ +000249c0: 633c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 c... │ │ │ +00024b40: 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 ...mod │ │ │ +00024bb0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ +00024bc0: 6577 616c 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f ewald->mo │ │ │ +00024bd0: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00024be0: 5f6e 626e 786d 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _nbnxm.< │ │ │ +00024bf0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00024c00: 2073 7472 6f6b 653d 2223 3238 3266 6363 stroke="#282fcc │ │ │ +00024c10: 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 6861 7272 " stroke-dasharr │ │ │ +00024c20: 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 4d31 3931 ay="5,2" d="M191 │ │ │ +00024c30: 372e 352c 2d34 3636 2e32 3943 3138 3038 7.5,-466.29C1808 │ │ │ +00024c40: 2e32 2c2d 3435 372e 3232 2031 3431 362e .2,-457.22 1416. │ │ │ +00024c50: 342c 2d34 3233 2e31 3720 3132 3837 2e34 4,-423.17 1287.4 │ │ │ +00024c60: 312c 2d34 3131 2e35 3622 2f3e 0a3c 706f 1,-411.56"/>. │ │ │ +00024ce0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mo │ │ │ +00024d50: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00024d60: 5f65 7761 6c64 2623 3435 3b26 6774 3b6d _ewald->m │ │ │ +00024d70: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00024d80: 735f 6d64 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a s_mdlib. │ │ │ +00024d90: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .... │ │ │ +00024f10: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3539 2220 .module_src_ │ │ │ +00024f40: 6772 6f6d 6163 735f 6577 616c 6426 2334 gromacs_ewald │ │ │ +00024f50: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00024f60: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 6c69 623c _gromacs_gmxlib< │ │ │ +00024f70: 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 /title>....< │ │ │ +000250b0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +000250c0: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 3435 romacs_ewald- │ │ │ +000250d0: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +000250e0: 6772 6f6d 6163 735f 6770 755f 7574 696c gromacs_gpu_util │ │ │ +000250f0: 7320 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 s -->..modul │ │ │ +00025120: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6577 e_src_gromacs_ew │ │ │ +00025130: 616c 6426 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 ald->modu │ │ │ +00025140: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 le_src_gromacs_g │ │ │ +00025150: 7075 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e pu_utils │ │ │ +00025160: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .....< │ │ │ +000252d0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 3322 2063 g id="edge263" c │ │ │ +000252e0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_g │ │ │ +00025300: 726f 6d61 6373 5f65 7761 6c64 2623 3435 romacs_ewald- │ │ │ +00025310: 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f ;>module_src_ │ │ │ +00025320: 6772 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 gromacs_hardware │ │ │ +00025330: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 .... │ │ │ +00025480: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 3422 ..< │ │ │ +000254a0: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +000254b0: 5f67 726f 6d61 6373 5f68 6172 6477 6172 _gromacs_hardwar │ │ │ +000254c0: 6526 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 e->module │ │ │ +000254d0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 _src_gromacs_gpu │ │ │ +000254e0: 5f75 7469 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c _utils.< │ │ │ +000254f0: 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e 6522 path fill="none" │ │ │ +00025500: 2073 7472 6f6b 653d 2223 6266 6266 6266 stroke="#bfbfbf │ │ │ +00025510: 2220 643d 224d 3230 3333 2e37 312c 2d32 " d="M2033.71,-2 │ │ │ +00025520: 3239 2e37 3643 3230 3730 2e37 312c 2d32 29.76C2070.71,-2 │ │ │ +00025530: 3534 2e32 3320 3231 3437 2e39 362c 2d33 54.23 2147.96,-3 │ │ │ +00025540: 3137 2e39 3820 3231 3736 2c2d 3339 332e 17.98 2176,-393. │ │ │ +00025550: 3232 2032 3235 382e 3238 2c2d 3631 342e 22 2258.28,-614. │ │ │ +00025560: 3034 2032 3235 372e 3434 2c2d 3639 352e 04 2257.44,-695. │ │ │ +00025570: 3535 2032 3139 362c 2d39 3233 2e30 3520 55 2196,-923.05 │ │ │ +00025580: 3231 3534 2e39 372c 2d31 3037 342e 3938 2154.97,-1074.98 │ │ │ +00025590: 2032 3031 312e 3639 2c2d 3939 382e 3935 2011.69,-998.95 │ │ │ +000255a0: 2031 3835 362c 2d31 3032 312e 3932 2031 1856,-1021.92 1 │ │ │ +000255b0: 3834 352e 3136 2c2d 3130 3233 2e35 3220 845.16,-1023.52 │ │ │ +000255c0: 3138 3333 2e34 312c 2d31 3032 352e 3531 1833.41,-1025.51 │ │ │ +000255d0: 2031 3832 322e 3332 2c2d 3130 3237 2e34 1822.32,-1027.4 │ │ │ +000255e0: 3222 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 2"/>.....module_ │ │ │ +000256e0: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c src_gromacs_appl │ │ │ +000256f0: 6965 645f 666f 7263 6573 5f61 7768 2623 ied_forces_awh&# │ │ │ +00025700: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00025710: 635f 6772 6f6d 6163 735f 6d64 7479 7065 c_gromacs_mdtype │ │ │ +00025720: 733c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 s....< │ │ │ +00025880: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +00025890: 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 romacs_applied_f │ │ │ +000258a0: 6f72 6365 735f 6177 6826 2334 353b 2667 orces_awh-&g │ │ │ +000258b0: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +000258c0: 6d61 6373 5f66 696c 6569 6f20 2d2d 3e0a macs_fileio -->. │ │ │ +000258d0: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3732 2220 .module_src_ │ │ │ +00025900: 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c 6965 645f gromacs_applied_ │ │ │ +00025910: 666f 7263 6573 5f61 7768 2623 3435 3b26 forces_awh-& │ │ │ +00025920: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00025930: 6f6d 6163 735f 6669 6c65 696f 3c2f 7469 omacs_fileio......modu │ │ │ +00025ec0: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 le_src_gromacs_a │ │ │ +00025ed0: 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f 6177 pplied_forces_aw │ │ │ +00025ee0: 6826 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 h->module │ │ │ +00025ef0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 _src_gromacs_gmx │ │ │ +00025f00: 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 lib...... │ │ │ +00026130: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00026140: 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 6365 cs_applied_force │ │ │ +00026150: 735f 6177 6826 2334 353b 2667 743b 6d6f s_awh->mo │ │ │ +00026160: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ +00026170: 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 3e0a _random. │ │ │ +00026180: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ...< │ │ │ +000262d0: 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 !-- module_src_g │ │ │ +000262e0: 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 romacs_applied_f │ │ │ +000262f0: 6f72 6365 735f 6177 6826 2334 353b 2667 orces_awh-&g │ │ │ +00026300: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00026310: 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 6f72 7920 macs_trajectory │ │ │ +00026320: 2d2d 3e0a 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 -->..module_ │ │ │ +00026350: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6170 706c src_gromacs_appl │ │ │ +00026360: 6965 645f 666f 7263 6573 5f61 7768 2623 ied_forces_awh&# │ │ │ +00026370: 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 45;>module_sr │ │ │ +00026380: 635f 6772 6f6d 6163 735f 7472 616a 6563 c_gromacs_trajec │ │ │ +00026390: 746f 7279 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 tory......module_src_te │ │ │ +00026540: 7374 7574 696c 7326 2334 353b 2667 743b stutils-> │ │ │ +00026550: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ +00026560: 6373 5f67 6d78 7072 6570 726f 6365 7373 cs_gmxpreprocess │ │ │ +00026570: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ......modu │ │ │ +00026700: 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 6c73 le_src_testutils │ │ │ +00026710: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00026720: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d src_gromacs_comm │ │ │ +00026730: 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a andline. │ │ │ +00026740: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ... │ │ │ +00026920: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 3622 ..< │ │ │ +00026940: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00026950: 5f74 6573 7475 7469 6c73 2623 3435 3b26 _testutils-& │ │ │ +00026960: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00026970: 6f6d 6163 735f 6f6e 6c69 6e65 6865 6c70 omacs_onlinehelp │ │ │ +00026980: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 . │ │ │ +00026a80: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 . │ │ │ +00026af0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c ....mo │ │ │ +00026b60: 6475 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 dule_src_testuti │ │ │ +00026b70: 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ls->modul │ │ │ +00026b80: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6770 e_src_gromacs_gp │ │ │ +00026b90: 755f 7574 696c 733c 2f74 6974 6c65 3e0a u_utils. │ │ │ +00026ba0: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .

....module_src_tes │ │ │ +00026d70: 7475 7469 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d tutils->m │ │ │ +00026d80: 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 odule_src_gromac │ │ │ +00026d90: 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f 7469 746c s_hardware......module_src_pr │ │ │ +00026f40: 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 ograms_mdrun_tes │ │ │ +00026f50: 7473 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ts->modul │ │ │ +00026f60: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ +00026f70: 7861 6e61 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 xana......module_src_pr │ │ │ +00027120: 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 ograms_mdrun_tes │ │ │ +00027130: 7473 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ts->modul │ │ │ +00027140: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 6669 e_src_gromacs_fi │ │ │ +00027150: 6c65 696f 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 leio......module │ │ │ +00027340: 5f73 7263 5f70 726f 6772 616d 735f 6d64 _src_programs_md │ │ │ +00027350: 7275 6e5f 7465 7374 7326 2334 353b 2667 run_tests-&g │ │ │ +00027360: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ +00027370: 6d61 6373 5f74 6f6f 6c73 3c2f 7469 746c macs_tools</titl │ │ │ +00027380: 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e e>.<path fill="n │ │ │ +00027390: 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d 2223 3263 one" stroke="#2c │ │ │ +000273a0: 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 2d64 6173 cc28" stroke-das │ │ │ +000273b0: 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 2064 3d22 harray="5,2" d=" │ │ │ +000273c0: 4d32 3536 312e 3438 2c2d 3233 312e 3037 M2561.48,-231.07 │ │ │ +000273d0: 4332 3537 362e 3632 2c2d 3233 392e 3338 C2576.62,-239.38 │ │ │ +000273e0: 2032 3539 352e 3132 2c2d 3235 312e 3737 2595.12,-251.77 │ │ │ +000273f0: 2032 3630 372c 2d32 3637 2e34 3820 3236 2607,-267.48 26 │ │ │ +00027400: 3937 2e32 332c 2d33 3836 2e38 3520 3236 97.23,-386.85 26 │ │ │ +00027410: 3838 2c2d 3434 342e 3633 2032 3638 382c 88,-444.63 2688, │ │ │ +00027420: 2d35 3934 2e32 3720 3236 3838 2c2d 3732 -594.27 2688,-72 │ │ │ +00027430: 322e 3031 2032 3638 382c 2d37 3232 2e30 2.01 2688,-722.0 │ │ │ +00027440: 3120 3236 3838 2c2d 3732 322e 3031 2032 1 2688,-722.01 2 │ │ │ +00027450: 3638 382c 2d39 3238 2e32 3520 3236 3235 688,-928.25 2625 │ │ │ +00027460: 2e36 342c 2d31 3033 302e 3620 3234 3336 .64,-1030.6 2436 │ │ │ +00027470: 2c2d 3131 3131 2e36 3620 3233 3233 2e33 ,-1111.66 2323.3 │ │ │ +00027480: 382c 2d31 3135 392e 3820 3134 3330 2e36 8,-1159.8 1430.6 │ │ │ +00027490: 322c 2d31 3136 302e 3631 2031 3233 362e 2,-1160.61 1236. │ │ │ +000274a0: 3237 2c2d 3131 3630 2e32 3122 2f3e 0a3c 27,-1160.21"/>.< │ │ │ +000274b0: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 2332 polygon fill="#2 │ │ │ +000274c0: 6363 6332 3822 2073 7472 6f6b 653d 2223 ccc28" stroke="# │ │ │ +000274d0: 3263 6363 3238 2220 706f 696e 7473 3d22 2ccc28" points=" │ │ │ +000274e0: 3132 3336 2e30 312c 2d31 3135 362e 3731 1236.01,-1156.71 │ │ │ +000274f0: 2031 3232 362c 2d31 3136 302e 3139 2031 1226,-1160.19 1 │ │ │ +00027500: 3233 352e 3939 2c2d 3131 3633 2e37 3120 235.99,-1163.71 │ │ │ +00027510: 3132 3336 2e30 312c 2d31 3135 362e 3731 1236.01,-1156.71 │ │ │ +00027520: 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 6d6f "/>.</g>.<!-- mo │ │ │ +00027530: 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f 6772 616d dule_src_program │ │ │ +00027540: 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 7326 2334 s_mdrun_tests │ │ │ +00027550: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ +00027560: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 6570 _gromacs_gmxprep │ │ │ +00027570: 726f 6365 7373 202d 2d3e 0a3c 6720 6964 rocess -->.<g id │ │ │ +00027580: 3d22 6564 6765 3238 3222 2063 6c61 7373 ="edge282" class │ │ │ +00027590: 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 746c 653e ="edge">.<title> │ │ │ +000275a0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f70 726f 6772 module_src_progr │ │ │ +000275b0: 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 7326 ams_mdrun_tests& │ │ │ +000275c0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ +000275d0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f67 6d78 7072 rc_gromacs_gmxpr │ │ │ +000275e0: 6570 726f 6365 7373 3c2f 7469 746c 653e eprocess │ │ │ +000275f0: 0a3c 7061 7468 2066 696c 6c3d 226e 6f6e .. │ │ │ +000277c0: 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c .. │ │ │ +00027810: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3237 3822 ..< │ │ │ +00027830: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ +00027840: 5f70 726f 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f _programs_mdrun_ │ │ │ +00027850: 7465 7374 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f tests->mo │ │ │ 00027860: 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 dule_src_gromacs │ │ │ -00027870: 5f67 6d78 6c69 623c 2f74 6974 6c65 3e0a _gmxlib. │ │ │ +00027870: 5f6d 6473 7061 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a _mdspan. │ │ │ 00027880: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .... │ │ │ -00027a40: 0a3c 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 .module_s │ │ │ -00027a50: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 rc_gromacs_appli │ │ │ -00027a60: 6564 5f66 6f72 6365 735f 6177 6826 2334 ed_forces_awh │ │ │ -00027a70: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00027a80: 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 6a65 6374 _gromacs_traject │ │ │ -00027a90: 6f72 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ory. │ │ │ -00027b00: 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 ..< │ │ │ -00027b70: 2f67 3e0a 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f /g>...module │ │ │ -00027bf0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ -00027c00: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f 6177 6826 lied_forces_awh& │ │ │ -00027c10: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00027c20: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f66 696c 6569 rc_gromacs_filei │ │ │ -00027c30: 6f3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 o.... │ │ │ -00027db0: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f ..module │ │ │ -000280c0: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 _src_gromacs_app │ │ │ -000280d0: 6c69 6564 5f66 6f72 6365 735f 6177 6826 lied_forces_awh& │ │ │ -000280e0: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -000280f0: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6d 6473 7061 rc_gromacs_mdspa │ │ │ -00028100: 6e3c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 n......module_src_gro │ │ │ -000282a0: 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 5f66 6f72 macs_applied_for │ │ │ -000282b0: 6365 735f 6177 6826 2334 353b 2667 743b ces_awh-> │ │ │ -000282c0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 module_src_groma │ │ │ -000282d0: 6373 5f72 616e 646f 6d3c 2f74 6974 6c65 cs_random.... │ │ │ -00028420: 0a3c 6720 6964 3d22 6564 6765 3237 3222 ..< │ │ │ -00028440: 7469 746c 653e 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 title>module_src │ │ │ -00028450: 5f67 726f 6d61 6373 5f61 7070 6c69 6564 _gromacs_applied │ │ │ -00028460: 5f66 6f72 6365 735f 6177 6826 2334 353b _forces_awh- │ │ │ -00028470: 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 >module_src_g │ │ │ -00028480: 726f 6d61 6373 5f6d 6472 756e 7574 696c romacs_mdrunutil │ │ │ -00028490: 6974 793c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 6174 ity.....< │ │ │ -00028600: 6720 6964 3d22 6564 6765 3236 3822 2063 g id="edge268" c │ │ │ -00028610: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_t │ │ │ -00028630: 6573 7475 7469 6c73 2623 3435 3b26 6774 estutils-> │ │ │ -00028640: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ -00028650: 6163 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f 7469 acs_hardware......modul │ │ │ -00028810: 655f 7372 635f 7465 7374 7574 696c 7326 e_src_testutils& │ │ │ -00028820: 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 #45;>module_s │ │ │ -00028830: 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f 6e6c 696e rc_gromacs_onlin │ │ │ -00028840: 6568 656c 703c 2f74 6974 6c65 3e0a 3c70 ehelp.

.....mo │ │ │ -00028a60: 6475 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 7469 dule_src_testuti │ │ │ -00028a70: 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c ls->modul │ │ │ -00028a80: 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 676d e_src_gromacs_gm │ │ │ -00028a90: 7870 7265 7072 6f63 6573 733c 2f74 6974 xpreprocess</tit │ │ │ -00028aa0: 6c65 3e0a 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 le>.<path fill=" │ │ │ -00028ab0: 6e6f 6e65 2220 7374 726f 6b65 3d22 2362 none" stroke="#b │ │ │ -00028ac0: 6662 6662 6622 2064 3d22 4d32 3735 332e fbfbf" d="M2753. │ │ │ -00028ad0: 3338 2c2d 3131 3131 2e37 3143 3237 3530 38,-1111.71C2750 │ │ │ -00028ae0: 2e38 312c 2d31 3134 382e 3136 2032 3733 .81,-1148.16 273 │ │ │ -00028af0: 372e 3832 2c2d 3132 3534 2e37 3420 3236 7.82,-1254.74 26 │ │ │ -00028b00: 3733 2c2d 3133 3030 2e32 3720 3236 3231 73,-1300.27 2621 │ │ │ -00028b10: 2e37 2c2d 3133 3336 2e33 2031 3639 302e .7,-1336.3 1690. │ │ │ -00028b20: 3736 2c2d 3133 3436 2e31 3620 3134 3237 76,-1346.16 1427 │ │ │ -00028b30: 2e37 312c 2d31 3334 382e 3233 222f 3e0a .71,-1348.23"/>. │ │ │ -00028b40: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 <polygon fill="# │ │ │ -00028b50: 6266 6266 6266 2220 7374 726f 6b65 3d22 bfbfbf" stroke=" │ │ │ -00028b60: 2362 6662 6662 6622 2070 6f69 6e74 733d #bfbfbf" points= │ │ │ -00028b70: 2231 3432 372e 352c 2d31 3334 342e 3734 "1427.5,-1344.74 │ │ │ -00028b80: 2031 3431 372e 3533 2c2d 3133 3438 2e33 1417.53,-1348.3 │ │ │ -00028b90: 3120 3134 3237 2e35 352c 2d31 3335 312e 1 1427.55,-1351. │ │ │ -00028ba0: 3734 2031 3432 372e 352c 2d31 3334 342e 74 1427.5,-1344. │ │ │ -00028bb0: 3734 222f 3e0a 3c2f 673e 0a3c 212d 2d20 74"/>.</g>.<!-- │ │ │ -00028bc0: 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f74 6573 7475 module_src_testu │ │ │ -00028bd0: 7469 6c73 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 tils->mod │ │ │ -00028be0: 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f ule_src_gromacs_ │ │ │ -00028bf0: 636f 6d6d 616e 646c 696e 6520 2d2d 3e0a commandline -->. │ │ │ -00028c00: 3c67 2069 643d 2265 6467 6532 3635 2220 <g id="edge265" │ │ │ -00028c10: 636c 6173 733d 2265 6467 6522 3e0a 3c74 class="edge">.<t │ │ │ -00028c20: 6974 6c65 3e6d 6f64 756c 655f 7372 635f itle>module_src_ │ │ │ -00028c30: 7465 7374 7574 696c 7326 2334 353b 2667 testutils-&g │ │ │ -00028c40: 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5f67 726f t;module_src_gro │ │ │ -00028c50: 6d61 6373 5f63 6f6d 6d61 6e64 6c69 6e65 macs_commandline │ │ │ -00028c60: 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 ... │ │ │ -00028de0: 0a3c 212d 2d20 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 ...module_ │ │ │ -00028e50: 7372 635f 7465 7374 7574 696c 7326 2334 src_testutils │ │ │ -00028e60: 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 5f73 7263 5;>module_src │ │ │ -00028e70: 5f67 726f 6d61 6373 5f67 7075 5f75 7469 _gromacs_gpu_uti │ │ │ -00028e80: 6c73 3c2f 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 ls.. │ │ │ -00028f40: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 .... │ │ │ +00027890: 2220 7374 726f 6b65 3d22 7265 6422 2064 " stroke="red" d │ │ │ +000278a0: 3d22 4d32 3437 372e 372c 2d32 3038 2e32 ="M2477.7,-208.2 │ │ │ +000278b0: 3143 3234 3636 2e35 342c 2d32 3036 2e37 1C2466.54,-206.7 │ │ │ +000278c0: 3920 3234 3534 2e39 322c 2d32 3035 2e35 9 2454.92,-205.5 │ │ │ +000278d0: 2032 3434 342c 2d32 3034 2e36 3120 3232 2444,-204.61 22 │ │ │ +000278e0: 3639 2e32 352c 2d31 3930 2e34 3320 3939 69.25,-190.43 99 │ │ │ +000278f0: 322e 3835 2c2d 3136 322e 3731 2037 3332 2.85,-162.71 732 │ │ │ +00027900: 2e33 352c 2d31 3537 2e31 3622 2f3e 0a3c .35,-157.16"/>.< │ │ │ +00027910: 706f 6c79 676f 6e20 6669 6c6c 3d22 7265 polygon fill="re │ │ │ +00027920: 6422 2073 7472 6f6b 653d 2272 6564 2220 d" stroke="red" │ │ │ +00027930: 706f 696e 7473 3d22 3733 322e 3138 2c2d points="732.18,- │ │ │ +00027940: 3135 332e 3635 2037 3232 2e31 312c 2d31 153.65 722.11,-1 │ │ │ +00027950: 3536 2e39 3420 3733 322e 3033 2c2d 3136 56.94 732.03,-16 │ │ │ +00027960: 302e 3635 2037 3332 2e31 382c 2d31 3533 0.65 732.18,-153 │ │ │ +00027970: 2e36 3522 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c21 2d2d .65"/>....module_src_prog │ │ │ +00027a00: 7261 6d73 5f6d 6472 756e 5f74 6573 7473 rams_mdrun_tests │ │ │ +00027a10: 2623 3435 3b26 6774 3b6d 6f64 756c 655f ->module_ │ │ │ +00027a20: 7372 635f 6772 6f6d 6163 735f 636f 6d6d src_gromacs_comm │ │ │ +00027a30: 616e 646c 696e 653c 2f74 6974 6c65 3e0a andline. │ │ │ +00027a40: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 ... │ │ │ +00027b90: 3c21 2d2d 206d 6f64 756c 655f 7372 635f .< │ │ │ +00027be0: 6720 6964 3d22 6564 6765 3238 3122 2063 g id="edge281" c │ │ │ +00027bf0: 6c61 7373 3d22 6564 6765 223e 0a3c 7469 lass="edge">.module_src_p │ │ │ +00027c10: 726f 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 rograms_mdrun_te │ │ │ +00027c20: 7374 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 sts->modu │ │ │ +00027c30: 6c65 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f6f le_src_gromacs_o │ │ │ +00027c40: 6e6c 696e 6568 656c 703c 2f74 6974 6c65 nlinehelp......module_src_pro │ │ │ +00027df0: 6772 616d 735f 6d64 7275 6e5f 7465 7374 grams_mdrun_test │ │ │ +00027e00: 7326 2334 353b 2667 743b 6d6f 6475 6c65 s->module │ │ │ +00027e10: 5f73 7263 5f67 726f 6d61 6373 5f74 7261 _src_gromacs_tra │ │ │ +00027e20: 6a65 6374 6f72 793c 2f74 6974 6c65 3e0a jectory. │ │ │ +00027e30: 3c70 6174 6820 6669 6c6c 3d22 6e6f 6e65 .....module_ │ │ │ +00027ff0: 7372 635f 7072 6f67 7261 6d73 5f6d 6472 src_programs_mdr │ │ │ +00028000: 756e 5f74 6573 7473 2623 3435 3b26 6774 un_tests-> │ │ │ +00028010: 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 6f6d ;module_src_grom │ │ │ +00028020: 6163 735f 6577 616c 643c 2f74 6974 6c65 acs_ewald.. │ │ │ +000280e0: 3c70 6f6c 7967 6f6e 2066 696c 6c3d 2223 ....modul │ │ │ +000281d0: 655f 7372 635f 7072 6f67 7261 6d73 5f6d e_src_programs_m │ │ │ +000281e0: 6472 756e 5f74 6573 7473 2623 3435 3b26 drun_tests-& │ │ │ +000281f0: 6774 3b6d 6f64 756c 655f 7372 635f 6772 gt;module_src_gr │ │ │ +00028200: 6f6d 6163 735f 6861 7264 7761 7265 3c2f omacs_hardware</ │ │ │ +00028210: 7469 746c 653e 0a3c 7061 7468 2066 696c title>.<path fil │ │ │ +00028220: 6c3d 226e 6f6e 6522 2073 7472 6f6b 653d l="none" stroke= │ │ │ +00028230: 2223 3263 6363 3238 2220 7374 726f 6b65 "#2ccc28" stroke │ │ │ +00028240: 2d64 6173 6861 7272 6179 3d22 352c 3222 -dasharray="5,2" │ │ │ +00028250: 2064 3d22 4d32 3530 342e 3239 2c2d 3233 d="M2504.29,-23 │ │ │ +00028260: 302e 3632 4332 3438 342e 3637 2c2d 3233 0.62C2484.67,-23 │ │ │ +00028270: 372e 3732 2032 3435 382e 3738 2c2d 3234 7.72 2458.78,-24 │ │ │ +00028280: 352e 3836 2032 3433 352c 2d32 3439 2e34 5.86 2435,-249.4 │ │ │ +00028290: 3820 3232 3937 2e39 372c 2d32 3730 2e33 8 2297.97,-270.3 │ │ │ +000282a0: 3120 3231 3333 2e36 362c 2d32 3433 2e32 1 2133.66,-243.2 │ │ │ +000282b0: 3120 3230 3537 2e31 352c 2d32 3237 2e36 1 2057.15,-227.6 │ │ │ +000282c0: 3322 2f3e 0a3c 706f 6c79 676f 6e20 6669 3"/>.<polygon fi │ │ │ +000282d0: 6c6c 3d22 2332 6363 6332 3822 2073 7472 ll="#2ccc28" str │ │ │ +000282e0: 6f6b 653d 2223 3263 6363 3238 2220 706f oke="#2ccc28" po │ │ │ +000282f0: 696e 7473 3d22 3230 3537 2e34 352c 2d32 ints="2057.45,-2 │ │ │ +00028300: 3234 2e31 3220 3230 3436 2e39 342c 2d32 24.12 2046.94,-2 │ │ │ +00028310: 3235 2e35 3120 3230 3536 2e30 332c 2d32 25.51 2056.03,-2 │ │ │ +00028320: 3330 2e39 3720 3230 3537 2e34 352c 2d32 30.97 2057.45,-2 │ │ │ +00028330: 3234 2e31 3222 2f3e 0a3c 2f67 3e0a 3c2f 24.12"/>.</g>.</ │ │ │ +00028340: 673e 0a3c 2f73 7667 3e0a g>.</svg>. │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/page_modulegraph.xhtml │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@ │ │ │ </div><!-- top --> │ │ │ <div><div class="header"> │ │ │ <div class="headertitle"><div class="title">Module dependency graph</div></div> │ │ │ </div><!--header--> │ │ │ <div class="contents"> │ │ │ <div class="textblock"><p>The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.</p> │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ -<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3936" height="1964"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ +<iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_module-deps.svg" width="3798" height="1630"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ <h1><a class="anchor" id="autotoc_md49"></a> │ │ │ Legend</h1> │ │ │ <p>The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.</p> │ │ │ <div class="dotgraph"> │ │ │ <iframe scrolling="no" frameborder="0" src="dot_inline_dotgraph_2.svg" width="440" height="407"><p><b>This browser is not able to show SVG: try Firefox, Chrome, Safari, or Opera instead.</b></p></iframe></div> │ │ │ <p>Node colors: </p><dl> │ │ │ <dt>gray background </dt> │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_11.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -335,19 +335,19 @@ │ │ │ │ ['newhistogramsize_222', ['newHistogramSize', ['../classgmx_1_1HistogramSize.xhtml#a0841126e946757a56510a5412548efa3', 1, 'gmx::HistogramSize']]], │ │ │ │ ['newsimulation_223', ['NewSimulation', ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3a346169ead23d39c22768fa2c3510aaea', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['newsystemcenter_224', ['NewSystemCenter', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8094e4520894dd8af304ba04684cd6b7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['newx_225', ['newx', ['../structMoleculePatch.xhtml#ab1a814fc2f62b8d5680f35c4d6ad1dd9', 1, 'MoleculePatch']]], │ │ │ │ ['nex_226', ['nex', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#ab5c0bdf0ec427dd6f3423b400d5dc4c4', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ ['nexchange_227', ['nexchange', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a446715d4e598142c737560359e6cf405', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ ['nexpsel_228', ['nexpsel', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a5695b1b723a0613de0aed182033788bf', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ - ['next_229', ['next', ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ + ['next_229', ['next', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a9af19753b4749ebb287aecd5141df0d1', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a1bad4b0bda364b2dc302abe4607512a0', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next'], │ │ │ │ ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a5f3be05793cf0ea48f549894f8fe6fa6', 1, 'gmx_ana_poscalc_t::next'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a9fdde6f3d324aebbb90c4e12e9645485', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::next'], │ │ │ │ + ['../structgmx__fft__fftpack.xhtml#a17ec9a27f31d3ba60a14e930f20ca280', 1, 'gmx_fft_fftpack::next'], │ │ │ │ ['../structt__symbuf.xhtml#ab0c492ccab37bb7c8315b7430b7aaa27', 1, 't_symbuf::next'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['next_5fextents_5fanalyse_230', ['next_extents_analyse', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a7e57e8e7bd9b182d5ff296e8fb9b7cf8', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::next_extents_analyse'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#ab70f7a0a4920340f3f09f9e8eb3d5c29', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::next_extents_analyse'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['next_5fgroup_5findex_231', ['next_group_index', ['../group__module__selection.xhtml#ga721068c6fc50538dc245b27a8c6cf958', 1, 'indexutil.cpp']]], │ │ │ │ ['next_5ftype_232', ['next_type', ['../structgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_01CurrentCallParameter_00_01CallParameter_8_8_8_01_4.xhtml#a0555d4d7fc3b4b54776a84f962bacef7', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier< CurrentCallParameter, CallParameter... >']]], │ │ │ │ @@ -365,40 +365,40 @@ │ │ │ │ ['nfile_244', ['NFILE', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8485f4e81de2537e6a0935626167a775', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ ['nfile_5f_245', ['nFile_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#aa52febb5287e6fc6e872816c13efbd3f', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ ['nforces_246', ['nforces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ab24e67665d5044ffe1cb14fbd9dcfb56', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['nfp_5fffn_247', ['nfp_ffn', ['../expfit_8cpp.xhtml#a0381a3f406e1b936be009fb50c833804', 1, 'expfit.cpp']]], │ │ │ │ ['ngrids_248', ['ngrids', ['../structPmeShared.xhtml#a7ec2b0b4a29f93f872dfc8744ebbcca5', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['ngroup_249', ['ngroup', ['../structt__pullcoord.xhtml#a833f7309760f611835ffa1e255bf82ec', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ ['ngrp_250', ['ngrp', ['../structt__swap.xhtml#a2d99dab548bfeee6abab00b39559a779', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ - ['ngtc_251', ['ngtc', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc'], │ │ │ │ + ['ngtc_251', ['ngtc', ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac07dd4af0bce2c2f18a936069fd8628e', 1, 'TpxFileHeader::ngtc'], │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#ade0c0efd154b1336530f2f049782f12b', 1, 't_state::ngtc'], │ │ │ │ - ['../structTpxFileHeader.xhtml#ac07dd4af0bce2c2f18a936069fd8628e', 1, 'TpxFileHeader::ngtc'] │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#af6ace003545922285e2a3384dd377cc2', 1, 'CheckpointHeaderContents::ngtc'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nhack_252', ['nhack', ['../structMoleculePatchDatabase.xhtml#a37eec684265604eb63c24e9cfa5bd2fb', 1, 'MoleculePatchDatabase']]], │ │ │ │ ['nhchainlength_253', ['nhchainlength', ['../classt__state.xhtml#a62aa2af58d908ef31d7c2cccfb481ee1', 1, 't_state::nhchainlength'], │ │ │ │ ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a088d5470c6f8108623a673b796c823d9', 1, 'CheckpointHeaderContents::nhchainlength'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nhcusage_254', ['NhcUsage', ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi'] │ │ │ │ + ['nhpres_5fvxi_255', ['nhpres_vxi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a0e8319265b9eb8226594a7bd6492a676', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_vxi'], │ │ │ │ + ['../classt__state.xhtml#aad9a0d825da2388a15eaef5addeba9ad', 1, 't_state::nhpres_vxi'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi'], │ │ │ │ - ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi'] │ │ │ │ + ['nhpres_5fxi_256', ['nhpres_xi', ['../classt__state.xhtml#aad70ff9fb16e28b424c2b817618409d0', 1, 't_state::nhpres_xi'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml#a62b4ab2b4bc6e4eb572ac6a9f3d9b48a', 1, 'gmx::PTCouplingArrays::nhpres_xi'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nhx_257', ['nhx', ['../structt__bb.xhtml#a21cae00a89fd32fdfbaf293490545373', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ ['nhydrogens_258', ['nHydrogens', ['../structVirtualSiteConfiguration.xhtml#a1bb9b56fb2933b0895d9e5c836434fe4', 1, 'VirtualSiteConfiguration']]], │ │ │ │ ['niceheader_259', ['niceHeader', ['../namespacegmx.xhtml#a7ffeb99198d2e37e902971b17a673a47', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_260', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['niceheader_2eh_261', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nicelevel_262', ['niceLevel', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ae401a78d576830753b20012c99eee3af', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['niter_263', ['nIter', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a824b37b2ef7e60c47c602b99401253cb', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['nk_264', ['nk', ['../structPmeShared.xhtml#ad46bca92a6c9fcfab1703a4a543c08ad', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ - ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structdf__history__t.xhtml#a4eb78866873d889cb92ac4c8ae4a9fc5', 1, 'df_history_t::nlambda'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda'], │ │ │ │ - ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda'] │ │ │ │ + ['nlambda_265', ['nlambda', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml#aa38e81dff96e60ddd2840caf586a25f8', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}::FreeEnergyParameterTestParameters::nLambda'], │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#ab66bef502f8f4264009a232ccb2784f2', 1, 'CheckpointHeaderContents::nlambda'], │ │ │ │ + ['../structdf__history__t.xhtml#a4eb78866873d889cb92ac4c8ae4a9fc5', 1, 'df_history_t::nlambda'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nlhelp_266', ['nlhelp', ['../structgmx__ana__selmethod__help__t.xhtml#a6c9953d18124d498c25625b5bbe93ca2', 1, 'gmx_ana_selmethod_help_t']]], │ │ │ │ ['nlocat_267', ['nlocat', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a680bd23340caa32d1487edebe29d9d73', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['nmax_268', ['nmax', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a8e5b2f9059d6f17693094a6a4b5128d2', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]], │ │ │ │ ['nmol_269', ['nmol', ['../structswap__compartment.xhtml#a2e94233e596a0f850f243f40ed3065ad', 1, 'swap_compartment::nMol'], │ │ │ │ ['../classIListProxy.xhtml#af03684eb1f6214d450b0eafe27f6656e', 1, 'IListProxy::nmol()'], │ │ │ │ ['../structgmx__molblock__t.xhtml#ad66167c805c7e81d2b03230107f6988e', 1, 'gmx_molblock_t::nmol'] │ │ │ │ @@ -411,61 +411,61 @@ │ │ │ │ ['nmtomrcunits_275', ['nmToMrcUnits', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a526bc78791409ce07ebfe4efc7623802', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['nn_276', ['nn', ['../structPmeShared.xhtml#af90553b49f49f598835c9681c8746a8d', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['nname_277', ['nname', ['../structMoleculePatch.xhtml#a242596f9e718d07894ab32198720544d', 1, 'MoleculePatch']]], │ │ │ │ ['nnext_278', ['Nnext', ['../structt__bb.xhtml#ad223cd6a59d5e077cc565766f6f237f5', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ ['nnhpres_279', ['nnhpres', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#adc4e78ec35c4403710adac94141a33fa', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnhpres'], │ │ │ │ ['../classt__state.xhtml#a554d8189a9b63e016efb91957509e623', 1, 't_state::nnhpres'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes'], │ │ │ │ - ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes'] │ │ │ │ + ['nnodes_280', ['nnodes', ['../structPmeShared.xhtml#a9a07e823867d654212cdf520e2538121', 1, 'PmeShared::nnodes'], │ │ │ │ + ['../structCheckpointHeaderContents.xhtml#a6b8fa08267c339a937cb223d6b59f22f', 1, 'CheckpointHeaderContents::nnodes'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnodesx_281', ['nnodesX', ['../structPmeShared.xhtml#a8452479239784ced7afff1e051830952', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['nnodesy_282', ['nnodesY', ['../structPmeShared.xhtml#a37add1a0f09eb17756daf2c246a87cb8', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ - ['nnpot_2ecpp_283', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpot_2ecpp_283', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpot_2eh_284', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_285', ['NNPotForceProvider', ['../classgmx_1_1NNPotForceProvider.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['nnpotforceprovider_2ecpp_286', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpotforceprovider_2ecpp_286', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_287', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_288', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotmdmodule_289', ['NNPotMDModule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}']]], │ │ │ │ ['nnpotmdptransformfromstring_290', ['NNPotMdpTransformFromString', ['../namespacegmx.xhtml#a965719fa61deaf0dcfcf8903463e243d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nnpotmodel_2eh_291', ['nnpotmodel.h', ['../nnpotmodel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotmoduleinfo_292', ['NNPotModuleInfo', ['../structgmx_1_1NNPotModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['nnpotoptions_2ecpp_293', ['nnpotoptions.cpp', ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpotoptions_2ecpp_293', ['nnpotoptions.cpp', ['../nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_294', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotparameters_295', ['NNPotParameters', ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_296', ['nnpottopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#afb131c39ea21535f2f145444d8dbfc5e', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::NNPotTopologyPreprocessor()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_298', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessortest_299', ['NNPotTopologyPreprocessorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1NNPotTopologyPreprocessorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['nnstl_300', ['NNSTL', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aa7bb25f96f0e989b4b7c45d407a1b63c', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ - ['no_301', ['no', ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ + ['no_301', ['no', ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'], │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['no_5fdelete_302', ['no_delete', ['../structgmx_1_1no__delete.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['no_5fvalue_303', ['NO_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca4d694119ce83b62d74ff06b5e017dca8', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ ['noappending_304', ['NoAppending', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a95924eff082d0bc6529c77794edce7c8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nocallparameter_305', ['NoCallParameter', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>']]], │ │ │ │ ['nocontentsmatch_306', ['NoContentsMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['nodeid_307', ['nodeid', ['../structPmeShared.xhtml#a3cb7f7f195edc383281687d9eb107973', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ @@ -477,51 +477,51 @@ │ │ │ │ ['non_20bonded_20algorithm_313', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['non_20bonded_20interaction_20module_314', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['non_20bonded_20pair_20interactions_315', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['non_20mdp_20option_20module_20parameters_316', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ ['nonbonded_317', ['nonbonded', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a661e23745453f323614a6316657bcbde', 1, 'gmx::Nonbonded'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_318', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_319', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nonbonded_5fverlet_5ft_320', ['nonbonded_verlet_t', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#ab52ad7395380f5bd86727743c6d916a5', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, std::unique_ptr< ExclusionChecker > exclusionChecker, NbnxmGpu *gpu_nbv, gmx_wallcycle *wcycle)'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a674a2426156a932ffe11dea93d5d70bf', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::nonbonded_verlet_t(std::unique_ptr< PairlistSets > pairlistSets, std::unique_ptr< PairSearch > pairSearch, std::unique_ptr< nbnxn_atomdata_t > nbat, const NbnxmKernelSetup &kernelSetup, NbnxmGpu *gpu_nbv)'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonbondedbenchmarkinfo_321', ['NonbondedBenchmarkInfo', ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nonbondedlocal_322', ['NonBondedLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a3ea7f7004c07ba95687a12c5fde296db', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nonbondedmtsfactor_323', ['nonbondedMtsFactor', ['../namespacegmx.xhtml#a8b1859c2d84c94adb221d405d7f26e54', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nonbondednonlocal_324', ['NonBondedNonLocal', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a514d9d9bc74e877370a078b25d966bc0', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nonbondedparameters_325', ['nonbondedparameters', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#ad4da57348255f1295f97f81d0837cb1b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::nonbondedParameters'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a57bbbdd0b8f33b25e420c00d03ee7c22', 1, 'gmx::test::TestSystem::nonbondedParameters'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonbondedresource_326', ['NonbondedResource', ['../namespacegmx.xhtml#a79c63f3fd301eadebd70b9067aa95b39', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['none_327', ['none', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'], │ │ │ │ + ['none_327', ['none', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aab37976982b986b87613d521381fcb6aa334c4a4c42fdb79d7ebc3e73b517e6f8', 1, 'gmx::none'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaaed6baed6b584b4f61ce887ea41ea3da6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::None'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#ab93a6e3b6536da328578b42a5cec1f53a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::None'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::None'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::HardwareTopology::None'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#a07f2b126c9ee81ac1577b49b18b0bed6a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::CpuInfo::None'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440ba6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::None'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'None: pme.h'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0ca6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5e92a2f6b08c68771eee6ce70555360aa6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a6adf97f83acf6453d4a6a4b1070f3754', 1, 'gmx::None'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonexistent_328', ['Nonexistent', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a4ae5e9809862b352a35922a5bcb1bdf3', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ ['nonfunctional_329', ['NonFunctional', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888a836c1376187303303ffb10b26f2a4422', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ - ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'] │ │ │ │ + ['nonlinear_330', ['nonlinear', ['../namespacegmx.xhtml#a63cf11bdf7c50436e7a754d50689f362a47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::NonLinear'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VirtualSitesHandler.xhtml#a9bc9f8f9c0f9558d09bf4b5ed0273e3ba47e3d35ab4249db25f1467971d8aba21', 1, 'gmx::VirtualSitesHandler::NonLinear'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonlocal_331', ['nonlocal', ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521aedf6f2af1e5ce85c8f9ff667192169d0', 1, 'gmx::NonLocal'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonlocal_5fdone_332', ['nonlocal_done', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a7f52cddc739847d1f0177e5200e8ab22', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ ['nooptionaloutput_333', ['NoOptionalOutput', ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['nopbcjumps_334', ['NoPBCJumps', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a3c9450d09d1b92477398f1a26bbb11bf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -548,16 +548,16 @@ │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440b', 1, 'gmx::Normalization'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['normalizationtype_5f_344', ['normalizationType_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#a13a7cdfa3b51a59d927b3a6dc101bb48', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ ['normalizationvalue_5f_345', ['normalizationValue_', ['../classgmx_1_1AwhEnergyBlock.xhtml#ad7c3727d885b1c8276f38bcb8d770dd4', 1, 'gmx::AwhEnergyBlock']]], │ │ │ │ ['normalize_5facf_346', ['normalize_acf', ['../autocorr_8cpp.xhtml#a415d5aa1ec90e0366c9754df28f3e180', 1, 'autocorr.cpp']]], │ │ │ │ ['normalizeblock_347', ['normalizeBlock', ['../namespacegmx.xhtml#a70bac9d01a06d35dc45d86a6bdba4f06', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['normalizedensities_5f_348', ['normalizeDensities_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a108b0f7f69ade1010f60a941430e1434', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ - ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ + ['normalizefreeenergyandpmfsum_349', ['normalizefreeenergyandpmfsum', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a9734176eb05174d67c84c4f6c1d44a6d', 1, 'gmx::PointState::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ac1a9213632dd1a11d0ad5eb64eb211cc', 1, 'gmx::normalizeFreeEnergyAndPmfSum()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['normalizeprobability_350', ['normalizeProbability', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abc1ff464523654b5de9dd88ee7c036b4', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ ['normalizereferencedensity_351', ['normalizeReferenceDensity', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#aba089e24c17d4a809955ccb7fbcadd74', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup']]], │ │ │ │ ['normalizesumpositivevaluestounity_352', ['normalizeSumPositiveValuesToUnity', ['../namespacegmx.xhtml#a327f10cbb6dad34a7a108b93d3f5d4e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['normalizevalue_353', ['normalizevalue', ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#a714ef64c0797beedd1ffe8193b7b35a8', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::normalizeValue()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a7b800b3a96308ce591b6ae34cf5817b6', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::normalizeValue()'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -413,62 +413,62 @@ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__cj__packed__t.xhtml#a9befbd81dc0c6814336361777c4a484b', 1, 'gmx::nbnxn_cj_packed_t::operator==()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#acedfd5c8e267cbe17c0f44a0c09b7f33', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aa8c58085db22f33906ea7610d629bc1e', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a861d380456f3de070590091bcfa9c450', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classAtomIterator.xhtml#a131019b7785b19c5441332d1db5b53c1', 1, 'AtomIterator::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a8c16fff1f566e551eed4c120796d1b4d', 1, 'gmx::GammaDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#adce250aa91a8e661eeb251cd870bc721', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8e84daaa940cc3848999e435e69a5c25', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aaa3b31154447ead4f82a4f703cbbb72e', 1, 'gmx::NormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8e84daaa940cc3848999e435e69a5c25', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a59e459feab609adf418f245fe3306fe3', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::operator==()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['operator_5b_5d_133', ['operator[]', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#ac8c1e5cf4bc31bc59fbe02e1e3e0020f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData::operator[]()'], │ │ │ │ + ['operator_5b_5d_133', ['operator[]', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ac695b3695422899aa106a748f2242166', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[]()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#acd74b039aaea684b78fc368d2b0bb289', 1, 'gmx::ListOfLists::operator[]()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a19f0ee284d558c5158a392189af41237', 1, 'gmx::EnumerationArray::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#ae5992e7e6c407d5f8fb0c08dd314b303', 1, 'gmx::ArrayRef::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#ad323be1b121601515ed9af457ec5ddcc', 1, 'StringTable::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1f32a1ba41548841b6696001d14ff278', 1, 'gmx::BasicVector::operator[](int i) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1c8a8588a9e93f68dba743c0cb9e18af', 1, 'gmx::BasicVector::operator[](int i)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeObjectBuilder.xhtml#afcfc3b3506eb1e6d13bfb6e689c27ea0', 1, 'gmx::KeyValueTreeObjectBuilder::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a62cf97a0ac5b6cbc7af9888ed59e0f85', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::operator[]()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a25ced2077a500cd5614846ad603a52a9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[](size_type n) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ac695b3695422899aa106a748f2242166', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[](size_type n) const noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a25ced2077a500cd5614846ad603a52a9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[]()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#ac8c1e5cf4bc31bc59fbe02e1e3e0020f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a9d827cc183213269fd50ded567b814c9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#abfb92b8c8080a27aa05100195f8cad65', 1, 'gmx::basic_mdspan::operator[](const IndexType index) const noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#adba2c0279184c7c51724dce1b5ba53f8', 1, 'gmx::basic_mdspan::operator[](const IndexType &i) const noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa4af8a957abb5d0c28a321c3b712a2c7', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#afdbd0a9199b2b06faf9039a172b7a76e', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#acd74b039aaea684b78fc368d2b0bb289', 1, 'gmx::ListOfLists::operator[]()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#afdbd0a9199b2b06faf9039a172b7a76e', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_5e_134', ['operator^', ['../group__module__simd.xhtml#ga8385ef4b8312eff3f715d2f817604e51', 1, 'gmx::operator^(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga37544015fbce9d2b11dce07e159e878b', 1, 'gmx::operator^(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad65f7d7aa6d2a6c4b697ac0be0f3a616', 1, 'gmx::operator^(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabb7e81f2ef83cfb9aaae088c8762c2b0', 1, 'gmx::operator^(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaba7ccd2477ecf6b07f5b7696d9490038', 1, 'gmx::operator^(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabb7e81f2ef83cfb9aaae088c8762c2b0', 1, 'gmx::operator^(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga37544015fbce9d2b11dce07e159e878b', 1, 'gmx::operator^(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad759e852213903c61d6d4b9053e794fc', 1, 'gmx::operator|(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga72cbfbcd5395b355e242f2ef4284f5c5', 1, 'gmx::operator|(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga65d3eb9cd43b33b4665dfe676c0e79d2', 1, 'gmx::operator|(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|(const FlagsTemplate< FlagType > &other) const'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|()'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_7c_3d_136', ['operator|=', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae042cf7992ac906cf26a15a08708b779', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ - ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ + ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ab4b4f3d3e7f6e9a012df64c1d9f3c', 1, 'gmx::operator||(Simd4FBool a, Simd4FBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad1da27c5bc4fd40afe78810c7b6e0730', 1, 'gmx::operator||(SimdDBool a, SimdDBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2382ca9a262a0503bb5dcfcec09df671', 1, 'gmx::operator||(SimdDIBool a, SimdDIBool b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_7e_138', ['operator~', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a38267207d85020c70e257cd26f526077', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ ['opt_139', ['opt', ['../structt__filenm.xhtml#ae5882b5fc5beeb495f11a2e9307c64aa', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ ['opt2bset_140', ['opt2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['opt2file_141', ['opt2FILE', ['../group__module__commandline.xhtml#gab26cf759c91577b19db7e87b2922d1b9', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ @@ -510,74 +510,74 @@ │ │ │ │ ['../tests_2optimization_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optimization_2eh_155', ['optimization.h', ['../optimization_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optimize_5farithmetic_5fexpressions_156', ['optimize_arithmetic_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aa22e901f96e3edaa72c2e222ed75bd01', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['optimize_5fboolean_5fexpressions_157', ['optimize_boolean_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aaf983339164e05e4e7319e88683ca6d6', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['optimize_5fsurface_5fpoints_158', ['optimize_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#aadef1b206fd479d83a526a388faa275e', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ ['optimizeddcells_159', ['optimizeDDCells', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a0116fb195a0ff21854f683c3d8676b5a', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ - ['option_160', ['option', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'], │ │ │ │ + ['option_160', ['option', ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'], │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['option_20module_20parameters_161', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ ['option_2ecpp_162', ['option.cpp', ['../option_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionfiletype_163', ['OptionFileType', ['../group__module__options.xhtml#ga322a6d38e527f46b273c08583a31665d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionfiletype_2eh_164', ['optionfiletype.h', ['../optionfiletype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionflag_165', ['OptionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#ad86fc7354045be1e1456c019b8f97c25', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionflags_166', ['OptionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a0b60cc84dcdf372e00a5084712630993', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionflags_2eh_167', ['optionflags.h', ['../optionflags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'], │ │ │ │ + ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a92005e65992f933cee89ac8e73364c26', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ae7e23ab9895809f8529112419a0d6868', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7d87e123198297afec33a2f9e047afea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a3b575c5b59217bd0f94ff8a44aa1c9b5', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#a51929f25babbe05a1b8829acd081702a', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'] │ │ │ │ + ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_170', ['OptionManagerContainer', ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_2eh_171', ['optionmanagercontainer.h', ['../optionmanagercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionmap_172', ['OptionMap', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aa8de9d9b14647ede508a45dfb7ebbd22', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['optionmap_5f_173', ['optionMap_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aec29c46247eccc69f7ffa3f5c9cebed4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['options_174', ['options', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#section_trajectoryanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#section_energyanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md83', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['options_20options_175', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['options_2ecpp_176', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['options_2eh_177', ['options.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['options_2eh_177', ['options.h', ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ + ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_179', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'] │ │ │ │ + ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'] │ │ │ │ + ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_183', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ @@ -592,74 +592,74 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsectionimpl_189', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsfilter_190', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ + ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsimpl_193', ['OptionsImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['optionsiterator_194', ['optionsiterator', ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsIterator'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a04e208ff7282fa44bcf65172bf5ec6bc', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const OptionSectionInfo &section)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a85a4bbdac8294e17f46c19b869ec18ad', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const Options &options)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'] │ │ │ │ + ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'], │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingiterator_196', ['optionsmodifyingiterator', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_198', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_199', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_200', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]], │ │ │ │ - ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'] │ │ │ │ + ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_2eh_202', ['optionstoragetemplate.h', ['../optionstoragetemplate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20bool_20_3e_203', ['OptionStorageTemplate< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20double_20_3e_204', ['OptionStorageTemplate< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20float_20_3e_205', ['OptionStorageTemplate< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int_20_3e_206', ['OptionStorageTemplate< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int64_5ft_20_3e_207', ['OptionStorageTemplate< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20selection_20_3e_208', ['OptionStorageTemplate< Selection >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20std_3a_3astring_20_3e_209', ['OptionStorageTemplate< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20t_20_3e_210', ['OptionStorageTemplate< T >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#ab80c7870f0ebd9ae3616c058e6dbbefb', 1, 'gmx::OptionTemplate']]], │ │ │ │ - ['optionstoragetemplatesimple_211', ['optionstoragetemplatesimple', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a6f7e8357206372a4b1ab3de686b4ee72', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::OptionStorageTemplateSimple()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple< T >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a2b67619b759d98066288d538f16c9dcf', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::OptionStorageTemplateSimple()'] │ │ │ │ + ['optionstoragetemplatesimple_211', ['optionstoragetemplatesimple', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a2b67619b759d98066288d538f16c9dcf', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::OptionStorageTemplateSimple(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml#a6f7e8357206372a4b1ab3de686b4ee72', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple::OptionStorageTemplateSimple(const AbstractOption &settings, typename OptionStorageTemplate< T >::StorePointer store)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplateSimple< T >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20bool_20_3e_212', ['OptionStorageTemplateSimple< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20double_20_3e_213', ['OptionStorageTemplateSimple< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20float_20_3e_214', ['OptionStorageTemplateSimple< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int_20_3e_215', ['OptionStorageTemplateSimple< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int64_5ft_20_3e_216', ['OptionStorageTemplateSimple< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_217', ['OptionStorageTemplateSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstypevisitor_218', ['OptionsTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_219', ['OptionsVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_2ecpp_220', ['optionsvisitor.cpp', ['../optionsvisitor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_2eh_221', ['optionsvisitor.h', ['../optionsvisitor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'] │ │ │ │ + ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20bool_2c_20booleanoption_20_3e_223', ['OptionTemplate< bool, BooleanOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20double_2c_20doubleoption_20_3e_224', ['OptionTemplate< double, DoubleOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20enumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_225', ['OptionTemplate< EnumType, EnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20legacyenumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_226', ['OptionTemplate< EnumType, LegacyEnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20float_2c_20floatoption_20_3e_227', ['OptionTemplate< float, FloatOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20int_2c_20integeroption_20_3e_228', ['OptionTemplate< int, IntegerOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -677,23 +677,23 @@ │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_240', ['OptionValueConverterSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20t_20_3e_241', ['OptionValueConverterSimple< T >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionvaluestorenull_242', ['OptionValueStoreNull', ['../classgmx_1_1OptionValueStoreNull.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['oracle_243', ['Oracle', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a30162ed78b6c10f731411f2fc440c24f', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ ['order_244', ['Order', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0aa240fa27925a635b08dc28c9e4f9216d', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['ordersquared_245', ['OrderSquared', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0a3d710f4169b9fe35b6d53ef728db2bf6', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['ordertensors_246', ['orderTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7bcf5d4b19c3f7dff0f62066056a76e0', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ - ['ordervector_247', ['ordervector', ['../partition_8cpp.xhtml#af81b8dd487eb827d0d44a3c08a6bd581', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > vectorToSort, const T &fillerValue, gmx::FastVector< T > *workVector): partition.cpp'], │ │ │ │ + ['ordervector_247', ['ordervector', ['../partition_8cpp.xhtml#a62dabb329c6aed5f62c3293a4482de77', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, const T fillerValue, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'], │ │ │ │ ['../partition_8cpp.xhtml#abbd68a7388ff560860dec6df7b128bb4', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'], │ │ │ │ - ['../partition_8cpp.xhtml#a62dabb329c6aed5f62c3293a4482de77', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, const T fillerValue, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'] │ │ │ │ + ['../partition_8cpp.xhtml#af81b8dd487eb827d0d44a3c08a6bd581', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > vectorToSort, const T &fillerValue, gmx::FastVector< T > *workVector): partition.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['organization_248', ['organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, 'File organization'], │ │ │ │ ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, 'Reference data organization'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ + ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['orgid_250', ['orgid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a480c734c65ad2a432690b7d27663fb40', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ ['orientations_251', ['orientations', ['../structt__oriresdata.xhtml#a12816bf0b47ebfe75ee47d8cc403e5f3', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationsensembleav_252', ['orientationsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#affb07a897c704f0b9c82c0c4013827aa', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationsensembleavbuffer_253', ['orientationsEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#aca3212ff4bdbddeae3982399f4e29c7d', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleav_254', ['orientationsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a128bef8adaf9af44543495daf25e12cf', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_255', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ @@ -702,107 +702,107 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac2cc23846a7de6ebea1e0fbce98b3833', 1, 'gmx::GridAxis::origin()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['orire_5fdtav_258', ['orire_Dtav', ['../classhistory__t.xhtml#a92a289ae075daedd89d6971c6ed38c1a', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['orire_5finitf_259', ['orire_initf', ['../classhistory__t.xhtml#a6047d3a9ba6318f77225bb5da2c92b40', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['orires_260', ['orires', ['../orires_8h.xhtml#ae3c8481da82a990b246b4ad54441b52f', 1, 'orires.h']]], │ │ │ │ ['orires_2ecpp_261', ['orires.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2orires_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['orires_2eh_262', ['orires.h', ['../orires_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ + ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#a839e7cf8430f20220c1bb0a04e29d4a6', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::osId'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['osidtopuid_264', ['osIdToPuId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e9f194ebef1a97eb7fa9f533b192449', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ ['other_265', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['other_20formats_266', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]], │ │ │ │ ['other_20older_20approaches_267', ['Other (older) approaches', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md44', 1, '']]], │ │ │ │ ['out_5fangles_268', ['out_angles', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a592a9fb71898d053bc1126cede0ecd17', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5frot_269', ['out_rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a2714985fe3702a12979dbc6a4143d895', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5fslabs_270', ['out_slabs', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a6d0ff8951b1f6e3e13cc92a2afe264cd', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5ftorque_271', ['out_torque', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a1b9f6d19f38a3ef925d4f7cc344a46d0', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['outerproductevaluator_272', ['OuterProductEvaluator', ['../classgmx_1_1OuterProductEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ + ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outf_274', ['outf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a418bdf83009d84dc28c7ccc0b9591bb1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['outinit_275', ['outinit', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab6f368546e7a0605669f6ffa9a4e1184', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ ['output_276', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md86', 1, 'Output'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_277', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['output_20data_20handling_278', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['output_2eh_279', ['output.h', ['../output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_282', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputadapterpointer_283', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_284', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputbuffer_286', ['outputbuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a844a4b89e2ec0a9150dd46960e998744', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread) const'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a6bde4c4dc88ba22650ae13cb977bfffd', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputbuffers_287', ['outputBuffers', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a13e67345005e7b132821c867340d881d', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['outputenv_5f_288', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ - ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ + ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputfiles_290', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]], │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_291', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputfilestestparams_292', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]], │ │ │ │ ['outputfiletype_293', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ ['outputforces_294', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['outputformat_295', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ ['outputparametergeneratorfunction_296', ['OutputParameterGeneratorFunction', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d3f74cfb6fe86190ac6944586d98cc2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['outputparameters_297', ['outputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af69e1aa96a402756bc085f8c0e4a6e3e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a6b9f0c069a221b101096f9f68f29c803', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ad55fe10b4200308446752ca7e9ff43c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a60708733d18b2a18c189f54be32b3d1f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8626e0c00a59d28fb747cd2fee362be1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputprovider_5f_299', ['outputProvider_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a189bb18d1e119b20ee50a8573240c1a6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ - ['outputquantities_300', ['outputquantities', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ + ['outputquantities_300', ['outputquantities', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::OutputQuantities'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03_1_1OutputQuantities.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::OutputQuantities'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputrequirementoptiondirector_301', ['OutputRequirementOptionDirector', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputrequirements_302', ['OutputRequirements', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'] │ │ │ │ + ['outputrootentry_5f_303', ['outputrootentry_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4e8eac53ae3b582467529619b38399a8', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl::outputRootEntry_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0a3b479f7489afaa61e604660a15ae19', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl::outputRootEntry_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ + ['outputselector_304', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputselector_2ecpp_305', ['outputselector.cpp', ['../outputselector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputselector_2eh_306', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputselectordeathtest_307', ['OutputSelectorDeathTest', ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['outputselectorpointer_308', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'] │ │ │ │ + ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputstartstructureifwanted_310', ['outputStartStructureIfWanted', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ae93792afe330e7d0b2d1114e97457986', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['outputstream_311', ['outputStream', ['../classgmx_1_1test_1_1InteractiveTestHelper.xhtml#a7082d6e0d7115bc79c50b156e4c6b228', 1, 'gmx::test::InteractiveTestHelper']]], │ │ │ │ ['outputtempdirectory_5f_312', ['outputTempDirectory_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#af15703efc579053739917cea5a5c6f9d', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ ['outputtypetonormalization_313', ['outputTypeToNormalization', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biaswriter_8cpp_03.xhtml#adf61ddefabe6083b47fb8a6bae0a631a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biaswriter.cpp}']]], │ │ │ │ ['over_20mpi_314', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['over_5falloc_5fdd_315', ['over_alloc_dd', ['../smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ @@ -812,11 +812,11 @@ │ │ │ │ ['overlaprecvcapacity_319', ['overlapRecvCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a4a086875e11a80eaf7cd650f4acbaf9d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlaprecvsize_320', ['overlapRecvSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a3c27ce0b2de4f256cce97fb59b8d3ec2', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlapsendcapacity_321', ['overlapSendCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#ae0505c080b50b552f979d6836715ee2d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlapsendsize_322', ['overlapSendSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a1a82f88b29e81fe40ad01e020bd77206', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['override_5fnsteps_5fcmdline_323', ['override_nsteps_cmdline', ['../runner_8cpp.xhtml#ae0621a7f7cf0f5acb28130cd789fa94d', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ ['overridesourceroot_324', ['overrideSourceRoot', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a8cefeebc77a92fe411e0d4beb9cbf053', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext']]], │ │ │ │ ['overview_325', ['Structural overview', ['../page_selections.xhtml#autotoc_md95', 1, '']]], │ │ │ │ - ['ow1_326', ['ow1', ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'] │ │ │ │ + ['ow1_326', ['ow1', ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'], │ │ │ │ + ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'] │ │ │ │ ]] │ │ │ │ ]; │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -26,41 +26,41 @@ │ │ │ │ ['paddedconstarrayref_16', ['paddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a3b87c53ddcde85eccd59b62fafc2fec3', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ ['paddedhostvector_17', ['paddedhostvector', ['../namespacegmx.xhtml#a5ec47a61b30ffcc249cc27ae5ea47da8', 1, 'gmx::PaddedHostVector'], │ │ │ │ ['../state_8h.xhtml#ac8c51716c19f5f58463e856c19b39acb', 1, 'PaddedHostVector: state.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['paddednumatomsincolumn_18', ['paddedNumAtomsInColumn', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a637b80833171b976e901a62e23fb80a2', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ ['paddedsize_19', ['paddedSize', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa3d1b552af6106d1bb61426b4605add3', 1, 'gmx::PaddedVector']]], │ │ │ │ ['paddedvector_20', ['paddedvector', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ac090f26229cc0e5ca4cf4f70d500dd9e', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, value_type const &v, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aae517037a7e2a04806a72deffe661437', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(std::initializer_list< value_type > const &il)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#af634e58ae15af112df64a6e9f42a5460', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o, const Allocator &alloc) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae8d292225db685d912d5be8f26d32d2d', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(size_type count, const allocator_type &allocator=Allocator())'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a8a5f5975b2207677f1e956060b02c1d2', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(allocator_type const &allocator)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a1455b09f0cb0dd2b5f6ff5b092ecea08', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector const &o)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#a99f036b6e7ea821ab24604474748c8f6', 1, 'gmx::PaddedVector::PaddedVector(PaddedVector &&o) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx::PaddedVector< T, Allocator >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['paddedvector_2ecpp_21', ['paddedvector.cpp', ['../paddedvector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['paddedvector_2eh_22', ['paddedvector.h', ['../paddedvector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20gmx_3a_3abasicvector_20_3e_23', ['PaddedVector< gmx::BasicVector >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20real_20_3e_24', ['PaddedVector< real >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_25', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['paddedvectortest_26', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['padding_27', ['padding', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a74a1c9cb3020fc75e8a7afe9c7047d7b', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner']]], │ │ │ │ ['paddingtraits_28', ['PaddingTraits', ['../structgmx_1_1detail_1_1PaddingTraits.xhtml', 1, 'gmx::detail']]], │ │ │ │ ['pagealignedallocationpolicy_29', ['PageAlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pagealignedallocator_30', ['PageAlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#af01c69345463ebb433d1fedfd356b74a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pagesize_31', ['pageSize', ['../namespacegmx.xhtml#a41f63c30185ee31c10a30e46b7d53f9d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pair_32', ['pair', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#a6a392653c71a1a8e133e2855d5cab556', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::pair'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#a6a392653c71a1a8e133e2855d5cab556', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::pair'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pair_20interactions_33', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['paircountwithincutoff_34', ['pairCountWithinCutoff', ['../namespacegmx.xhtml#a246c6fa4555b021df975ad1b7f7697c2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairdist_2eh_36', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairdistance_37', ['PairDistance', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistance.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ ['pairdistancemoduledata_38', ['pairdistancemoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#aee31955e41d398a1738d90c17b9448d7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::PairDistanceModuleData()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairdistancemoduletest_39', ['PairDistanceModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03.xhtml#a3af93fde09ff573ac749dad72cae4b39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -80,37 +80,37 @@ │ │ │ │ ['pairlistouterradius_51', ['pairlistOuterRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6d5f189da301555a408b19e4b782eb15', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_53', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_54', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_56', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_57', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'], │ │ │ │ + ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_59', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'] │ │ │ │ + ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlisttype_5f_61', ['pairlistType_', ['../structgmx_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8ded14d0f33cf006304ac9a707cbef4a', 1, 'gmx::Grid::Geometry']]], │ │ │ │ ['pairlistwork_2ecpp_62', ['pairlistwork.cpp', ['../pairlistwork_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistwork_2eh_63', ['pairlistwork.h', ['../pairlistwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairs_64', ['Pairs', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47aa07a589a90362b3346324844a3ad87ff', 1, 'ListedForces']]], │ │ │ │ ['pairs_2ecpp_65', ['pairs.cpp', ['../tests_2pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../pairs_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairs_2eh_66', ['pairs.h', ['../pairs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairsearch_67', ['pairsearch', ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml', 1, 'gmx::PairSearch'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#ac9f08e8fa6d40c6761e97e8b2839e23e', 1, 'gmx::PairSearch::PairSearch()'] │ │ │ │ + ['pairsearch_67', ['pairsearch', ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml#ac9f08e8fa6d40c6761e97e8b2839e23e', 1, 'gmx::PairSearch::PairSearch()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairSearch.xhtml', 1, 'gmx::PairSearch'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairsearch_2ecpp_68', ['pairsearch.cpp', ['../pairsearch_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairsearch_2eh_69', ['pairsearch.h', ['../pairsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairsearchcoordinates_70', ['pairSearchCoordinates', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#af18643a5c0d8729b32e688d45fd7f8ca', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ ['pairsearchwork_71', ['PairsearchWork', ['../structgmx_1_1PairsearchWork.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['paragraphbreak_72', ['paragraphBreak', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6c24ca1470b3addda69ae236a6ea66b2', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ ['parallel_5f3dfft_5fexecute_5fgpu_5fwrapper_73', ['parallel_3dfft_execute_gpu_wrapper', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a13b15b5d3a7003ff0dfdba02aadbc97e', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ @@ -127,34 +127,34 @@ │ │ │ │ ['parallelization_77', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_78', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelizationfactor_79', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_80', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelselection_81', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ ['parallelselections_82', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ - ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'], │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ + ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >::param_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['parameterizedmdruntestfixture_85', ['ParameterizedMdrunTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1ParameterizedMdrunTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['parameters_86', ['parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, 'Defining parameters'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03.xhtml#af94b35600673f3744fbf6caec27ac27c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}::Parameters'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a087e8b86cad35f25abf237869a360434', 1, 'gmx::QMMMOptions::parameters()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#adf8f8c60fbcbe9df7463a22e5180056e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::parameters'], │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, 'Storing non-mdp option module parameters'] │ │ │ │ @@ -531,16 +531,16 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrid_5findices_318', ['pme_gpu_free_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrids_319', ['pme_gpu_free_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrids_319', ['pme_gpu_free_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -552,31 +552,31 @@ │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernel_5fparams_5fbase_5fptr_329', ['pme_gpu_get_kernel_params_base_ptr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa2ad1e440d1af983cbfd439174464b49', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_331', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a83c4008ef73685e647a9339e7041f897', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *, gmx::IVec *, gmx::IVec *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_332', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ @@ -596,16 +596,16 @@ │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_2eh_336', ['pme_gpu_grid.h', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_5fsycl_2ecpp_337', ['pme_gpu_grid_sycl.cpp', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fhip_5fstubs_2ecpp_338', ['pme_gpu_hip_stubs.cpp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_339', ['pme_gpu_init', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aef5228578c02553a77c64e4c9158dd32', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_5finternal_340', ['pme_gpu_init_internal', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aed9a58810b26887c1710ecc3787b3e14', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2ecpp_341', ['pme_gpu_internal.cpp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2eh_342', ['pme_gpu_internal.h', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fgather_344', ['pme_gpu_launch_gather', ['../pme_8h.xhtml#a2a0db53484996329dcaf9b11adee65be', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fspread_345', ['pme_gpu_launch_spread', ['../pme_8h.xhtml#a01b11dfe5686b424b0593a42c5b89c57', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, real lambdaQ, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a946b49715f34db33df029618ccc0c158', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, const real lambdaQ, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ @@ -794,16 +794,16 @@ │ │ │ │ ['pmebsplinetest_2ecpp_438', ['pmebsplinetest.cpp', ['../pmebsplinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmecoordinatereceivergpu_439', ['pmeCoordinateReceiverGpu', ['../structgmx__pme__pp.xhtml#ab5fd71197d4208338fc3f0813b101a4b', 1, 'gmx_pme_pp']]], │ │ │ │ ['pmecorrderivative_440', ['pmeCorrDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#aa55c95a78da4580a45257fd774637fbb', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ ['pmecorrf_441', ['pmeCorrF', ['../namespacegmx.xhtml#ade0da866008a97de051378f480454eda', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pmecorrfunction_442', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ ['pmedata_443', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ ['pmefinalizetest_444', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'] │ │ │ │ + ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_446', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmeforcesready_448', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_14.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -48,16 +48,16 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmmqmmethod_29', ['QMMMQMMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ae35b2c8b377f35030a2b9dfb697e2ea3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['qmmmsimulationparametersetup_30', ['QMMMSimulationParameterSetup', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMMSimulationParameterSetup.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}']]], │ │ │ │ ['qmmmtopologyinfo_31', ['QMMMTopologyInfo', ['../structgmx_1_1QMMMTopologyInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_32', ['qmmmtopologypreprocessor', ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a9cbf3dfe9cc1e591acdb6bf5723d54a8', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::QMMMTopologyPreprocessor()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_33', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_34', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_35', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmultiplicity_5f_36', ['qmMultiplicity_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a7a6462874d94f1796438498baf316205', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ ['qmpdb_5f_37', ['qmPdb_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#aa744e90d045c43378c79f232ad5569df', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ │ │ ['qmtrans_38', ['qmTrans', ['../classgmx_1_1QMMMInputGenerator.xhtml#afe2a5eef7dcb5e0bb01b2cf091fb54b7', 1, 'gmx::QMMMInputGenerator']]], │ │ │ │ ['qmtrans_5f_39', ['qmTrans_', ['../structgmx_1_1QMMMParameters.xhtml#a8e2f8f012ba8f6d14a7acc0a6e7fa12a', 1, 'gmx::QMMMParameters']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_15.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -343,16 +343,16 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['refids_213', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ ['refindex_214', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ ['refpairlist_215', ['RefPairList', ['../namespaceanonymous__namespace_02nbsearch_8cpp_03.xhtml#ac1da2ff320001e88dcc42758f8a3c21e', 1, 'anonymous_namespace{nbsearch.cpp}']]], │ │ │ │ ['refproj_216', ['refproj', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__eigvec.xhtml#aa6c9c57d3dff85411b0faa930c3dcc71', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_eigvec']]], │ │ │ │ ['refreshmassesandcharges_217', ['refreshMassesAndCharges', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#ad86105740719b15fd3c97f7badc16b5c', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ ['refreshname_218', ['refreshName', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#aa9b2de19d441e2bbad3f0a3d9a6aa8dd', 1, 'gmx::internal::SelectionData']]], │ │ │ │ - ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['register_2ecpp_219', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['register_2eh_220', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['register_5fexternal_5fpull_5fpotential_221', ['register_external_pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a86dbe05b3e003570d0fa27706bebe5df', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_222', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerawhwithpull_223', ['registerAwhWithPull', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#af8957a0084804002508feb702f0e924a', 1, 'gmx::Awh']]], │ │ │ │ ['registerbasicdataset_224', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerclient_225', ['registerclient', ['../classgmx_1_1CheckpointHelperBuilder.xhtml#a1bdeec36162c0a061c2a2079406795c3', 1, 'gmx::CheckpointHelperBuilder::registerClient()'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_16.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -510,24 +510,24 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['sendinitdata_332', ['sendInitData', ['../classgmx_1_1MimicCommunicator.xhtml#a9c08a5c6effe79ce071a85ff228da148', 1, 'gmx::MimicCommunicator']]], │ │ │ │ ['sendxbuf_333', ['sendxbuf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a8406c909832be820f0ca7940cd86990b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['separatedhdlfile_334', ['SeparateDhdlFile', ['../md__enums_8h.xhtml#ae8d0187ba4608fb1f8713e7e9d78c8ba', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['separatepmerankspermitted_335', ['SeparatePmeRanksPermitted', ['../classgmx_1_1SeparatePmeRanksPermitted.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['seqindex_5f_336', ['seqIndex_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a5de7f1436e0bfefd57108e96072cf242', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ ['sequence_20diagrams_337', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]], │ │ │ │ - ['serialize_338', ['serialize', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a50048c80aa705da4cef888a46a967798', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#acf297bf2a7ec62dea44eb8b365d03ab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af13d6b0b5b25414cbe239ee68ee7d77b', 1, 'gmx::AwhParams::serialize()'], │ │ │ │ + ['serialize_338', ['serialize', ['../classStringTableEntry.xhtml#a247dac31349e22ce9fbd2d3bffc55391', 1, 'StringTableEntry::serialize()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#acf297bf2a7ec62dea44eb8b365d03ab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a7280a156bf095d56ba0dd6603f66695c', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::serialize()'], │ │ │ │ - ['../classStringTableEntry.xhtml#a247dac31349e22ce9fbd2d3bffc55391', 1, 'StringTableEntry::serialize()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af13d6b0b5b25414cbe239ee68ee7d77b', 1, 'gmx::AwhParams::serialize()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a50048c80aa705da4cef888a46a967798', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['serializeasint32_339', ['serializeAsInt32', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a21f390715ba1be46887d59e4d0857c5d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializecrystallographicskewdata_340', ['serializeCrystallographicSkewData', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a03ec44827db007bff7a4b464e6f60946', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ - ['serializedeviceinformations_341', ['serializedeviceinformations', ['../device__management_8h.xhtml#a0474af76f1cd285db14571db25ab25cb', 1, 'serializeDeviceInformations(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList, gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a0474af76f1cd285db14571db25ab25cb', 1, 'serializeDeviceInformations(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList, gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ + ['serializedeviceinformations_341', ['serializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a0474af76f1cd285db14571db25ab25cb', 1, 'serializeDeviceInformations(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList, gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#a0474af76f1cd285db14571db25ab25cb', 1, 'serializeDeviceInformations(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList, gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['serializedistance_342', ['serializeDistance', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#ad082c292293ec38f61e8e8d7099adfc1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializefepstatevalue_343', ['serializeFEPStateValue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#affc6d54d2995d645c93d6ce969d08b60', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializeindex_344', ['serializeIndex', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a9f8b9fdd59cb7ab0c3b02ba9049086ba', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializeindices_345', ['serializeIndices', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a54d8c4a0fd3adda2006c2e87469a9fbe', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializekeyvaluetree_346', ['serializeKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#gac492f6f7f07670658a028ddddaf2b2ab', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['serializemrcdensitymapheader_347', ['serializeMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx.xhtml#a5155703ab2ced2f51fb4533e20006061', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -981,37 +981,37 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_629', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settimestep_2eh_630', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settimesteppointer_631', ['SetTimeStepPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a5d563d919db266cb4cdd3cecedefec5d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['settimesteptest_632', ['SetTimeStepTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetTimeStepTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['settimeunit_633', ['settimeunit', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a393890269cb7a4cc6dc8bb97682f704d', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::setTimeUnit()'], │ │ │ │ + ['settimeunit_633', ['settimeunit', ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#ab3900746c3f558d239ee57403559500c', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::setTimeUnit()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitManager.xhtml#ad39df799df8c1dcbf6b0006f247aa11f', 1, 'gmx::TimeUnitManager::setTimeUnit()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#ab3900746c3f558d239ee57403559500c', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::setTimeUnit()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a393890269cb7a4cc6dc8bb97682f704d', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::setTimeUnit(TimeUnit unit)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settimeunitfromenvironment_634', ['setTimeUnitFromEnvironment', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a7bd052c00be067beea3063435aea20db', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior']]], │ │ │ │ ['settimeunitstore_635', ['setTimeUnitStore', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a032e33fbf24276352fb9b64ae5f91819', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior']]], │ │ │ │ - ['settings_636', ['settings', ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#acfebeecce32fc98e39ca40d97969a0bf', 1, 'gmx::TextLineWrapper::settings()'], │ │ │ │ + ['settings_636', ['settings', ['../structPmeGpu.xhtml#a7c8b55d63a1ecb7f87328e9ca45043bf', 1, 'PmeGpu::settings'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextLineWrapper.xhtml#acfebeecce32fc98e39ca40d97969a0bf', 1, 'gmx::TextLineWrapper::settings()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#acef8ba58c9f8792821ab926613064c28', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::settings()'], │ │ │ │ - ['../structPmeGpu.xhtml#a7c8b55d63a1ecb7f87328e9ca45043bf', 1, 'PmeGpu::settings'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1IWrapper.xhtml#a02aabaabc57e1ddeb2ade908afd27a56', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::IWrapper::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToString.xhtml#aff21af728c34749d579041620e0243bd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToString::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a92a80c952a145d56d9c7510769545b9d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a22a6d252253872975ab3ff9880707829', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aeb49b8f5f5882936cdd6dfb32380a198', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::settings()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a41f97b18a372d23968d487d60fd02fcf', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aeb49b8f5f5882936cdd6dfb32380a198', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::settings()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a22a6d252253872975ab3ff9880707829', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a92a80c952a145d56d9c7510769545b9d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToString.xhtml#aff21af728c34749d579041620e0243bd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToString::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1IWrapper.xhtml#a02aabaabc57e1ddeb2ade908afd27a56', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::IWrapper::settings()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settings_5f_637', ['settings_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a54026d5b9aeaa1cd702a34756a4c1ce9', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ ['settitle_638', ['settitle', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a942f8789698391ed24e252a950a1fa13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const char *title)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad8e6594e8a2a8864595cd2eacfd8840b', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const std::string &title)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_639', ['settle', ['../uniont__iparams.xhtml#a86fbf82763d3920959319b5ad05e1043', 1, 't_iparams']]], │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_640', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_640', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_2eh_641', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_642', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_643', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_644', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_645', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fproj_646', ['settle_proj', ['../namespacegmx.xhtml#a09c8c8b32e854edef0cc12bb5c87b9f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -1295,16 +1295,16 @@ │ │ │ │ ['simd_20coding_821', ['Single-instruction Multiple-data (SIMD) coding', ['../page_simd.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['simd_20datatypes_822', ['SIMD datatypes', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md59', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20instructions_823', ['Coding with SIMD instructions', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md56', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_824', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20math_20library_825', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20module_826', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_827', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ - ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4_20implementation_829', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4_2eh_830', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4bool_831', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd4dbool_832', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -29,22 +29,22 @@ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_16', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_17', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['unionfind_2eh_18', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['unionfinder_19', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_20', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_21', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ - ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ + ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ + ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unit_23', ['unit', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['unitcellinfo_24', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'], │ │ │ │ - ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'] │ │ │ │ + ['unitcellinfo_24', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'], │ │ │ │ + ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unitcelliscompact_25', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_26', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_27', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltype_28', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltypenames_29', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unittest_5fmain_2ecpp_30', ['unittest_main.cpp', ['../unittest__main_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -127,18 +127,18 @@ │ │ │ │ ['updatepositions_87', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_88', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['updateprobabilityweightsandconvolvedbias_89', ['updateProbabilityWeightsAndConvolvedBias', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9f7401159d5f59b63c09e34829643156', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ ['updatereferencetemperature_90', ['updatereferencetemperature', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1ReferenceTemperatureHelper.xhtml#af1c1de5aaf87c8f24affe49bde37603b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::ReferenceTemperatureHelper::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#aa3d71e0bea4cfdf3b6120a0cb1993acc', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aee30a9b7c159fb0a9bf500e79c5b36ad', 1, 'gmx::StatePropagatorData::updateReferenceTemperature()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['updatereferencetemperatureandintegral_91', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ + ['updatereferencetemperatureandintegral_91', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#ab4efc16ccfe24d5c4a080b6ef9027250', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#ad79e818a438bda7940ddf37e004c8a82', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#ad79e818a438bda7940ddf37e004c8a82', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updatesharedcorrelationtensortimeintegral_92', ['updateSharedCorrelationTensorTimeIntegral', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ab7dfefc2c90ee279effebe810c485dbc', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ ['updatetargetweight_93', ['updateTargetWeight', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a1d57397ae942af129a982a9f333fef51', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ ['updatevelocities_94', ['updatevelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx::updateVelocities()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTestParameters.xhtml#aaaeba6d14001c6c245e8af771389df3c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTestParameters::updateVelocities'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updateweight_95', ['updateWeight', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a0592d5d3d02e79af3d0cd4ee7346a981', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -65,50 +65,50 @@ │ │ │ │ ['baselatency_27', ['baseLatency', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#ae5953a3434aa195be6ec0af0c98461d0', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]], │ │ │ │ ['basenetwork_2eh_28', ['basenetwork.h', ['../basenetwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['baseversion_2eh_29', ['baseversion.h', ['../baseversion_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['baseversion_5fgen_2eh_30', ['baseversion_gen.h', ['../baseversion__gen_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'], │ │ │ │ + ['basic_5fmdspan_32', ['basic_mdspan', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a023bf1df41290714a1eb67ee9a952ef0', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan() noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aee5fbcbcd53cd39660f4a224aa28055b', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(basic_mdspan &&other) noexcept=default'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a3fb425dfe9f5d47d8575a3a5ffe15356', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan &other) noexcept=default'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx::basic_mdspan< ElementType, Extents, LayoutPolicy, AccessorPolicy >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_33', ['basic_mdspan< value_type, dynamic_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20extents_2c_20layout_5fright_20_3e_34', ['basic_mdspan< value_type, Extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_2c_20layout_5fright_20_3e_35', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_36', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< 4, 3 >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_37', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_38', ['basic_mdspan< value_type, static_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['basicaveragehistogrammodule_39', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a54f473e0e65a37bafd96e64187ff3737', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::BasicAverageHistogramModule()'] │ │ │ │ + ['basicaveragehistogrammodule_39', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a54f473e0e65a37bafd96e64187ff3737', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::BasicAverageHistogramModule()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicaveragehistogrammodulepointer_40', ['BasicAverageHistogramModulePointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a5339c7bb7559827e38bb63f8d824a276', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ ['basichistogramimpl_41', ['basichistogramimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#acd3fd16453a6ce448dc27f6be4d29c69', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::BasicHistogramImpl()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicmatrix3x3_42', ['BasicMatrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a6ec53a17a29b3d233fdfbdc4e273d08d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicoptions_2ecpp_43', ['basicoptions.cpp', ['../basicoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basicoptions_2eh_44', ['basicoptions.h', ['../basicoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basicoptionstorage_2eh_45', ['basicoptionstorage.h', ['../basicoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basictest_46', ['basicTest', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameWriterTest.xhtml#af60c02f3ca19494613898ebe603da1b0', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameWriterTest']]], │ │ │ │ - ['basicvector_47', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a69359bc6b4f977a9e8f4dc671850fa36', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ + ['basicvector_47', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a35f9473fbd9dbc5122c077913b768309', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a0770c51feab30c509deb6d9596222fb5', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a35f9473fbd9dbc5122c077913b768309', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a9fc3a859d4ec7431af1481d2b4f4dfe9', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const BasicVector &src)=default'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1e948305d75e44763895cb2798d8a8c1', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(BasicVector &&src) noexcept=default'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1e948305d75e44763895cb2798d8a8c1', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(BasicVector &&src) noexcept=default'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a69359bc6b4f977a9e8f4dc671850fa36', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a9fc3a859d4ec7431af1481d2b4f4dfe9', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20double_20_3e_48', ['BasicVector< double >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20int_20_3e_49', ['BasicVector< int >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20real_20_3e_50', ['BasicVector< real >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['bauto_51', ['bAuto', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a495f27b8e9cfb0ac6aa0c5a650eb54a6', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['bb_52', ['bb', ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork_1_1IClusterData.xhtml#a35b8fb203eeea712d485996bfd285185', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData']]], │ │ │ │ ['bboolno_53', ['bBoolNo', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a51c1565a9c7e67f715d28109b6a91489', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ @@ -128,27 +128,27 @@ │ │ │ │ ['bcycl_67', ['bCycl', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a1f8b14c587e7cce219441aac02aa5f66', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['bdataproperty_5f_68', ['bDataProperty_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a12b9fab82a72fdb6d521944c6fab4eab', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['bdebugmode_69', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]], │ │ │ │ ['bdiscrete_70', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ ['bdotime_71', ['bDoTime', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d617d678246cce64ceda64d6358cc0c', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ ['bdynamicbox_72', ['bDynamicBox', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#afaf048710cbf2887f36a734d8707078f', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['becool_73', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]], │ │ │ │ - ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ + ['begin_74', ['begin', ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ - ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['begin_5faction_75', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ ['beginiterator_76', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_77', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_78', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -161,16 +161,16 @@ │ │ │ │ ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bend_86', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ ['bequil_87', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_88', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['bestvertex_89', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ - ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'] │ │ │ │ + ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['betak_91', ['betak', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml#a33729f86621ae915c1feabad67ee696e', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams']]], │ │ │ │ ['between_20lists_20of_20particles_92', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['beval_93', ['bEval', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a4090eef654fcfde5434311a3521e485b', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ ['bexternalgroupsset_5f_94', ['bExternalGroupsSet_', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a4562f816e1e20718de1447763330eda2', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ ['bexternalpotentialproviderhasbeenregistered_95', ['bExternalPotentialProviderHasBeenRegistered', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#a8a4851069e32c36ebd1969fdef7dc14c', 1, 'pull_coord_work_t']]], │ │ │ │ ['bf_96', ['bF', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a4d7ed4d9047abe595d1f0a5d2a9a97bf', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ @@ -210,16 +210,16 @@ │ │ │ │ ['biasgrid_2ecpp_119', ['biasgrid.cpp', ['../biasgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasgrid_2eh_120', ['biasgrid.h', ['../biasgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasindex_121', ['biasIndex', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaa9ddb42d042542e30e4374487dd3198', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ ['biasindex_5f_122', ['biasIndex_', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4713cfcee75b921b834d234b3e775304', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['biasoutputsetup_123', ['biasoutputsetup', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a510f3876df7545def34fa6c6a1fe9856', 1, 'BiasOutputSetup::BiasOutputSetup()'], │ │ │ │ ['../structBiasOutputSetup.xhtml', 1, 'BiasOutputSetup'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'] │ │ │ │ + ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['biasparams_2ecpp_125', ['biasparams.cpp', ['../biasparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasparams_2eh_126', ['biasparams.h', ['../biasparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biassharing_2ecpp_127', ['biassharing.cpp', ['../biassharing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biassharing_2eh_128', ['biassharing.h', ['../biassharing_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()'] │ │ │ │ @@ -231,38 +231,38 @@ │ │ │ │ ['biastest_134', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['biastestparameters_135', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['biaswriter_136', ['biaswriter', ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml', 1, 'gmx::BiasWriter'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml#a4bb9304155a81113722a4c27e8c9e403', 1, 'gmx::BiasWriter::BiasWriter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_137', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bigendian_138', ['bigEndian', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a6888ef2c8d9143b3bd73b4d98b97fb37a166ce9f503b168215d0bd9548513f29a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ - ['bin_139', ['bin', ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'], │ │ │ │ - ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'] │ │ │ │ + ['bin_139', ['bin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'], │ │ │ │ + ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['binary_20implementation_140', ['Wrapper binary implementation', ['../page_wrapperbinary.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_141', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_142', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformationsettings_143', ['BinaryInformationSettings', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['binaryinfosettings_144', ['binaryInfoSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#abe5e48659711cf4d2136ad20a06941ea', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['binaryname_5f_145', ['binaryName_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a028a2d0df873e04a43d7c8fd2a31f527', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['binaveragemoduletest_146', ['BinAverageModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#af02c97d917ba01cd3fb4ec8da996bc0b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}']]], │ │ │ │ - ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'] │ │ │ │ + ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bind_148', ['bind', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionHandle.xhtml#a82c29b61d7fa7b9bacb6c644ddd1e439', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionHandle']]], │ │ │ │ ['bindsession_149', ['bindSession', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a259009e3075a7e486e434f799125877e', 1, 'gmx::IRestraintPotential']]], │ │ │ │ ['binit_5f_150', ['bInit_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a60024cd4d6d109f21d8c30665521fd5a', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ ['binitpotbyintegration_151', ['bInitPotByIntegration', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a300317da5dd0f69c7c01e47cc81e00d7', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_152', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ ['bins_153', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['binuse_5f_154', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ - ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'] │ │ │ │ + ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bir_156', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_158', ['BITMASK_CLASSNAME', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_5f_159', ['BITMASK_CLASSNAME_', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ @@ -296,16 +296,16 @@ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bllen_180', ['bllen', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a730d195d0cb333e53d6495f81e515127', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['bllen0_181', ['bllen0', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3ee9e49ac0a6313229d124226e2a4f94', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blmf_182', ['blmf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a25ca95bfe854044a505e3311622146b2', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blmf1_183', ['blmf1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a901a4826f9964e940971a90fe4309251', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blnr_184', ['blnr', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a9ed82f15cc64475ffe441bb1012a7cb6', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ - ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'] │ │ │ │ + ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['block_5fbc_186', ['block_bc', ['../broadcaststructs_8h.xhtml#a36c362559cdcf8bad6858762ff83ad83', 1, 'broadcaststructs.h']]], │ │ │ │ ['blocka_5f_187', ['blocka_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#a150f51127f9b87eee651581adf705ade', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ ['blockatoexclusionblocks_188', ['blockaToExclusionBlocks', ['../namespacegmx.xhtml#acf80d4b6d1ceda2954d2a866c1c87c4b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['blockconnect_189', ['blockConnect', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a33da580aa665c8be3bbe37a5c450d5fc', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['blockdatalist_190', ['blockDataList', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#ae6dce6182c0c27d2c67ba76983f5906c', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]], │ │ │ │ ['blockdatalistsize_191', ['blockDataListSize', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ac8d1562185b92edad82c3f75958cd19e', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_6.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -166,17 +166,17 @@ │ │ │ │ ['c_5fnumvdwtypes_131', ['c_numVdwTypes', ['../namespacegmx.xhtml#ada638ee301fadbf7bd44c8b107888b80', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5fnvshmemthreadsperblock_132', ['c_nvshmemThreadsPerBlock', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#a22e6540428666f369082aa85111f0114', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]], │ │ │ │ ['c_5foldestsupportedmagicnumber_133', ['c_oldestSupportedMagicNumber', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afb8f8255516cbf4c08e51ee7cface65b', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5foldestunsupportedmagicnumber_134', ['c_oldestUnsupportedMagicNumber', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a3d1dc11b4252282579382b89abd9d815', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5foptions_135', ['c_options', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a1555a48dc2e0847fe505724fda04fc66', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fpackx4_136', ['c_packX4', ['../namespacegmx.xhtml#ac45b5012104199741d668a224b136db1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5fpackx8_137', ['c_packX8', ['../namespacegmx.xhtml#aeed0b85513edbdaa3190b188faa6aede', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['c_5fpbcfortests_138', ['c_pbcfortests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a8716925dfcab1e34ee190aa91b188f0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_pbcForTests'], │ │ │ │ + ['c_5fpbcfortests_138', ['c_pbcfortests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3f98f7220875de5238f25cb8ef1a380e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}::c_pbcForTests'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03.xhtml#a4e60b5e4d9d4e96d420da062cdd7136f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::c_pbcForTests'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3f98f7220875de5238f25cb8ef1a380e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}::c_pbcForTests'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a8716925dfcab1e34ee190aa91b188f0a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}::c_pbcForTests'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['c_5fpbctypenames_139', ['c_pbcTypeNames', ['../pbc_8cpp.xhtml#a7be910db7d0fa30ca5568f9cbc332ee9', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['c_5fpdbatomstypenames_140', ['c_pdbAtomsTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#a04755ce557be547fa02a3bd3486e70f5', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fpmeatomdatablocksize_141', ['c_pmeAtomDataBlockSize', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9751dab48d98743b36ad4d6eee89aab6', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['c_5fpmegpuorder_142', ['c_pmeGpuOrder', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a8027cdc3ec057297fa567378562d892e', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['c_5fppstretchesnames_143', ['c_PPStretchesNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#acd7005765b5321aa2e84a1efa94e4804', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fprecisiontolerance_144', ['c_precisionTolerance', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a0f59870a0c42c6116a428c706af0d0e7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -188,16 +188,16 @@ │ │ │ │ ['c_5fpullgroupsmallgroupthreshold_150', ['c_pullGroupSmallGroupThreshold', ['../pull_8h.xhtml#ae5981861a54303677a7841cb8146ad1b', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['c_5fpullmaxnumlocalatomssinglethreaded_151', ['c_pullMaxNumLocalAtomsSingleThreaded', ['../pull__internal_8h.xhtml#ad00c367c39da602d9a06dae3e78e3906', 1, 'pull_internal.h']]], │ │ │ │ ['c_5fqmmmcp2kmodulename_152', ['c_qmmmCP2KModuleName', ['../namespacegmx.xhtml#a2dc5d75b30933ef685d2af785d491f84', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5fqmmmqmmethodnames_153', ['c_qmmmQMMethodNames', ['../namespacegmx.xhtml#afc6d6c1e63e76316db42e69f486d058f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5frefcoordscalingfortests_154', ['c_refCoordScalingForTests', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3420204ff48374d1304ea0440d3fb0b9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fregexstringstoskip_155', ['c_regexStringsToSkip', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pdb2gmx_8cpp_03.xhtml#ae31eabd72e6bdd29eb10117291c65c32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pdb2gmx.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fresiduenumberingtypenames_156', ['c_residueNumberingTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03.xhtml#aacce3e6b8a3d818ebca234f667803dd9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}']]], │ │ │ │ - ['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf'] │ │ │ │ + ['c_5frf_157', ['c_rf', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a3ba2156cdbb0c7d0358e8b1002780761', 1, 'gmx::NBParamGpu::c_rf'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aa54200c2e4ec6177f3a251edaeb0d353', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::c_rf'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['c_5frocffterrorstrings_158', ['c_rocfftErrorStrings', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02rocfft__common__utils_8cpp_03.xhtml#a6373b7862093ab913f235868db5ce4be', 1, 'gmx::anonymous_namespace{rocfft_common_utils.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5frootnodename_159', ['c_RootNodeName', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#af8fced14cf0f669ed507c1d04af58fe2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fsampleforcesfull_160', ['c_sampleForcesFull', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03.xhtml#a096c0d45afd6872145063fb37bfca485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fscihistogramsize_161', ['c_sciHistogramSize', ['../namespacegmx.xhtml#a101d7d798419e95938f1b02034f92af4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5fscisortingthreadsperblock_162', ['c_sciSortingThreadsPerBlock', ['../namespacegmx.xhtml#afbb6400bc4724a357e26564e35fa996b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['c_5fscopecutoff_163', ['c_scopeCutoff', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a2b80702808a1424d0200d74d20eec40d', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ @@ -226,16 +226,16 @@ │ │ │ │ ['c_5ftimeunitscalefactors_184', ['c_timeUnitScaleFactors', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02timeunitmanager_8cpp_03.xhtml#a2da99611f34b50289998efa9853ad393', 1, 'gmx::anonymous_namespace{timeunitmanager.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5ftrimsize_185', ['c_trimSize', ['../symtab_8cpp.xhtml#a74545f5cb6cc89f617f17fc2ec35485c', 1, 'symtab.cpp']]], │ │ │ │ ['c_5funknown_186', ['c_unknown', ['../namespaceanonymous__namespace_02sysinfo_8cpp_03.xhtml#ad4a20f207d75277ec8c8f9d8cef88fd3', 1, 'anonymous_namespace{sysinfo.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fusedelayedwait_187', ['c_useDelayedWait', ['../pme__pp_8cpp.xhtml#a2e369172045aa7262c8f217f3eb9c35a', 1, 'pme_pp.cpp']]], │ │ │ │ ['c_5fversiondeclarationstring_188', ['c_VersionDeclarationString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a1339168f3e2f4e9e7ef6d237af203de5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ ['c_5fvirialandenergycount_189', ['c_virialAndEnergyCount', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#ae4da821cb02bbd25f4258668abf9996c', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['c_5fwaterpositions_190', ['c_waterPositions', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a9329c087051c3222ed27a5029278ac90', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames'] │ │ │ │ + ['c_5fxvgformatnames_191', ['c_xvgformatnames', ['../namespacegmx.xhtml#ab9bc40c2a1ef7bbf8b7cd0671702f720', 1, 'gmx::c_xvgFormatNames'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03.xhtml#afe48c42da00d80d1811918be03801c87', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::c_xvgFormatNames'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ca_192', ['CA', ['../structt__bb.xhtml#aabd0ee2d5ea08bc62412d45cdf0f1861', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ ['cacceleration_5f_193', ['cAcceleration_', ['../classUpdate_1_1Impl.xhtml#a2ea432dff674fba9ed4e774ca65e65d6', 1, 'Update::Impl']]], │ │ │ │ ['cache_194', ['Cache', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ ['cachelinealignedflag_195', ['cachelinealignedflag', ['../namespacegmx.xhtml#a2646bbaac4cce11ceca6af4a76bf2754', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1CacheLineAlignedFlag.xhtml', 1, 'gmx::CacheLineAlignedFlag'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -843,74 +843,74 @@ │ │ │ │ ['clearforcebuffer_579', ['clearForceBuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#acc5555d90dbd4b2a4278c021e7440816', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['clearforcesandenergies_580', ['clearForcesAndEnergies', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a65135f9bec3493a91559e782add03f82', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ ['clearframe_581', ['clearFrame', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a48fe32216f9402146ba0a12097600e60', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData']]], │ │ │ │ ['cleargpufbufferearly_582', ['clearGpuFBufferEarly', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#ad36a110e9c4e372e01c7baf852c91c48', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ ['clearhist_583', ['clearHist', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#a56ae99df71bb6a2c58d38e2192a77a81', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ ['clearifneeded_584', ['clearIfNeeded', ['../classChainIdFiller.xhtml#a751d1d8479b26c11d20c4085a0981121', 1, 'ChainIdFiller']]], │ │ │ │ ['clearmodificationblock_585', ['clearModificationBlock', ['../hackblock_8h.xhtml#aebf7055bd2787b678b68cd10b985e280', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ - ['clearset_586', ['clearset', ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a3777ada9336d3fd52068a9929b6fb3b8', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::clearSet()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#aacee4c66708e962661689f08a462739a', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::clearSet()'] │ │ │ │ + ['clearset_586', ['clearset', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#aacee4c66708e962661689f08a462739a', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::clearSet()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a3777ada9336d3fd52068a9929b6fb3b8', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::clearSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['clearsymboltable_587', ['clearSymbolTable', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#ab674dda1a30837dcbacb7a043f339a19', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ ['cleartaskforcebufferusedelements_588', ['clearTaskForceBufferUsedElements', ['../namespacegmx.xhtml#a9c65d4e61132e4ba154b1b1e8d772483', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['clfftinitializer_589', ['clfftinitializer', ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml#a8e52d5eb9696dbfff76e6bdc9d56353b', 1, 'gmx::ClfftInitializer::ClfftInitializer()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml', 1, 'gmx::ClfftInitializer'] │ │ │ │ + ['clfftinitializer_589', ['clfftinitializer', ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml', 1, 'gmx::ClfftInitializer'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ClfftInitializer.xhtml#a8e52d5eb9696dbfff76e6bdc9d56353b', 1, 'gmx::ClfftInitializer::ClfftInitializer()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_590', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_590', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_591', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['clhandle_592', ['clhandle', ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml', 1, 'gmx::ClHandle< cl_type >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a506140fa32d43652bcffc0dc2f95c366', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(ClHandle &&) noexcept=default'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a2dce49849ee0051ee05990c651f0b56a', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(const ClHandle &)=delete'], │ │ │ │ + ['clhandle_592', ['clhandle', ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a506140fa32d43652bcffc0dc2f95c366', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml', 1, 'gmx::ClHandle< cl_type >'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a27f1a3d671ccf77c8c5c724d2c38d0db', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(cl_type handle)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#afa26827973b650e659cec6b3fdb90a1c', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle()=delete'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a27f1a3d671ccf77c8c5c724d2c38d0db', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(cl_type handle)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ClHandle.xhtml#a2dce49849ee0051ee05990c651f0b56a', 1, 'gmx::ClHandle::ClHandle(const ClHandle &)=delete'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['client_593', ['client', ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#afd9ce82ca570b65800e8847edde18bff', 1, 'gmx::LastStepSignaller::Client'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#aaf810ad2f5b09e596a9d2dbb29553125', 1, 'gmx::LoggingSignaller::Client'], │ │ │ │ + ['client_593', ['client', ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#aaf810ad2f5b09e596a9d2dbb29553125', 1, 'gmx::LoggingSignaller::Client'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a3252cb8f172a9adbc7ebe9823e354e92', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::Client'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#afd9ce82ca570b65800e8847edde18bff', 1, 'gmx::LastStepSignaller::Client'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#ae0de88b8aa35e7dbf3b17aade886baef', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::Client'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a94150f5b1e8c15af92db18487806c6bc', 1, 'gmx::EnergySignaller::Client'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['clientid_594', ['clientid', ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#ac841a4d173f4113f6a58f7fea81f7623', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::clientID()'], │ │ │ │ + ['clientid_594', ['clientid', ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a7bec0626f7b0334084b1de0d74f017ff', 1, 'gmx::EnergyData::Element::clientID()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#ae39efb9474aa97465e44bed1a0c1c262', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab5ccd5b17d1db7a544a278e22a18862d', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#adcc80949d852ec6d949e909661b4903b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a59eab0b7c64c240c5a3d40b0d0965d8a', 1, 'gmx::PullElement::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#ad8bd318c1b0d38e34c563a9724193353', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#a6231115c2e233938dbe9328cf91e73d2', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a025798d55223c429d122cfc0e4604d3a', 1, 'gmx::MttkData::clientID()'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gadab8128d65de85ab9a5be2da01cadfd3', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#ac841a4d173f4113f6a58f7fea81f7623', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::clientID()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#afae0a07cbf3e5a2e127b4cbf7b19822a', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::clientID()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a7bec0626f7b0334084b1de0d74f017ff', 1, 'gmx::EnergyData::Element::clientID()'] │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gadab8128d65de85ab9a5be2da01cadfd3', 1, 'gmx::ICheckpointHelperClient::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#a025798d55223c429d122cfc0e4604d3a', 1, 'gmx::MttkData::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsData.xhtml#a6231115c2e233938dbe9328cf91e73d2', 1, 'gmx::NoseHooverChainsData::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#ad8bd318c1b0d38e34c563a9724193353', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a59eab0b7c64c240c5a3d40b0d0965d8a', 1, 'gmx::PullElement::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#adcc80949d852ec6d949e909661b4903b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::clientID()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#ab5ccd5b17d1db7a544a278e22a18862d', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::clientID()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['clientsocket_595', ['clientsocket', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#adfd42d6e6976ab4573e70c798e685c23', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ - ['clone_596', ['clone', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#ae41c64629aa1fdbc6aa79f6e2c842c7f', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::clone()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml#acbaf7e69026d8eb4539b4d039f8ca4b2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct::clone()'], │ │ │ │ + ['clone_596', ['clone', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityInnerProduct.xhtml#acbaf7e69026d8eb4539b4d039f8ca4b2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityInnerProduct::clone()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml#a06da6c303c493beb97fc95f5d6265801', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy::clone()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml#a19b0f24b941e857b7d8bba44fdf880db', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation::clone()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityCrossCorrelation.xhtml#a19b0f24b941e857b7d8bba44fdf880db', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityCrossCorrelation::clone()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#ae41c64629aa1fdbc6aa79f6e2c842c7f', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::clone()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cloneonspawnedthread_597', ['cloneOnSpawnedThread', ['../classgmx_1_1Mdrunner.xhtml#a7c3f076c50e8a65e46c45964586ef0ac', 1, 'gmx::Mdrunner']]], │ │ │ │ - ['close_598', ['close', ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#ad47b5f004707624d1ba6963f4cf425d2', 1, 'gmx::StandardInputStream::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e112f234e5bc3c42d4d01087412af56', 1, 'gmx::TextOutputFile::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml#a72a9089f662d660616d6ed419d0efe93', 1, 'gmx::StringOutputStream::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a206e851131b014eaef22f56217092e27', 1, 'gmx::TextInputFile::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#abb10d95192f3e79d19764855bcbd1739', 1, 'gmx::StringInputStream::close()'], │ │ │ │ + ['close_598', ['close', ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml#a8c624ae9199c3bfd37bc35a1beb7852f', 1, 'gmx::TextOutputStream::close()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#aeb5664c1d354a35f621061f73888fb0d', 1, 'gmx::TextWriter::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml#a8c624ae9199c3bfd37bc35a1beb7852f', 1, 'gmx::TextOutputStream::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#ad8b5700fa45d4eb69105238d9fdfaca7', 1, 'gmx::TextInputStream::close()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a832ce4203c67ac5b86859954c8c96b8f', 1, 'gmx::TextReader::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextInputStream.xhtml#ad8b5700fa45d4eb69105238d9fdfaca7', 1, 'gmx::TextInputStream::close()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#abb10d95192f3e79d19764855bcbd1739', 1, 'gmx::StringInputStream::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e112f234e5bc3c42d4d01087412af56', 1, 'gmx::TextOutputFile::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a206e851131b014eaef22f56217092e27', 1, 'gmx::TextInputFile::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#ad47b5f004707624d1ba6963f4cf425d2', 1, 'gmx::StandardInputStream::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml#a72a9089f662d660616d6ed419d0efe93', 1, 'gmx::StringOutputStream::close()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['close_5fsymtab_599', ['close_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ac1312ed27b85821cdccb3980d81f8026', 1, 'symtab.h']]], │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationcpu_600', ['closeAfterForceComputationCpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#a9bc7829dd33672815fe2aedb19c9e694', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationgpu_601', ['closeAfterForceComputationGpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#abadc78a643b88af716117f0b46ba5473', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ ['closelogfile_602', ['closeLogFile', ['../namespacegmx.xhtml#a3f56998ae7a3341da06ae004304cf59a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['closestintegerpoint_603', ['closestIntegerPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gausstransform_8cpp_03.xhtml#ac925f65cbdb7cead0786b53978e1b525', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gausstransform.cpp}']]], │ │ │ │ - ['closetimingregion_604', ['closetimingregion', ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#aeb3038f3162054db1b0545b5a091bd08', 1, 'GpuRegionTimerImpl::closeTimingRegion()'], │ │ │ │ - ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#a5ca4467b5e552f30d68ab47a6b232a15', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::closeTimingRegion()'] │ │ │ │ + ['closetimingregion_604', ['closetimingregion', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#a5ca4467b5e552f30d68ab47a6b232a15', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::closeTimingRegion()'], │ │ │ │ + ['../classGpuRegionTimerImpl.xhtml#aeb3038f3162054db1b0545b5a091bd08', 1, 'GpuRegionTimerImpl::closeTimingRegion()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cluster_20non_20bonded_20algorithm_605', ['The NxM atom-cluster non-bonded algorithm', ['../page_nbnxm.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['clusterboundingboxdistance2_606', ['clusterBoundingBoxDistance2', ['../namespacegmx.xhtml#a2ccdf8ae57a26daaf6f5db537d6ea54e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_607', ['ClusterDistanceKernelType', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_608', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clusterflags_609', ['clusterFlags', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#ac63e6850975655ffc43ebd93d50dd318', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ ['clusterisperturbed_610', ['clusterIsPerturbed', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a4b81fbe012e27d59e6403066546e96f1', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ @@ -923,19 +923,19 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a68f43fb951aeecbeb60c81dd8701f921', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmake_20tt_20find_5fpackage_20gromacs_20tt_20details_615', ['CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmap_616', ['cmap', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a5f0efc5bc0b4fc4e1340124ba018be82', 1, 'InteractionsOfType::cmap'], │ │ │ │ ['../structgmx__cmapdata__t.xhtml#a84746eed9cc32f714ec10dbe675847d7', 1, 'gmx_cmapdata_t::cmap'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmap_5fcoeff_5fmatrix_617', ['cmap_coeff_matrix', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a190c75eabdb2aee14d27ec1e104e40b4', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ - ['cmap_5fdihs_618', ['cmap_dihs', ['../bonded_8h.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'], │ │ │ │ - ['../bonded_8cpp.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'] │ │ │ │ + ['cmap_5fdihs_618', ['cmap_dihs', ['../bonded_8cpp.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'], │ │ │ │ + ['../bonded_8h.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['cmap_5fgrid_619', ['cmap_grid', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#ac2e74e19f8bfd1f20b5bba03606e8784', 1, 'gmx_ffparams_t::cmap_grid'], │ │ │ │ - ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a7ee9453681c3fe520371511fd663b2cb', 1, 'InteractionDefinitions::cmap_grid'] │ │ │ │ + ['cmap_5fgrid_619', ['cmap_grid', ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a7ee9453681c3fe520371511fd663b2cb', 1, 'InteractionDefinitions::cmap_grid'], │ │ │ │ + ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#ac2e74e19f8bfd1f20b5bba03606e8784', 1, 'gmx_ffparams_t::cmap_grid'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmap_5fsetup_5fgrid_5findex_620', ['cmap_setup_grid_index', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#ab633656da7c571ef07545dc40d63e57c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ ['cmapatomtypes_621', ['cmapAtomTypes', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a6bded5f13e80427d245ffd81766e75b6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmapdata_622', ['cmapdata', ['../structgmx__cmap__t.xhtml#aa9e7f26ea95886d0fa833eed83cae1ca', 1, 'gmx_cmap_t']]], │ │ │ │ ['cmapgridspacing_5f_623', ['cmapGridSpacing_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#aa077cc69502b2f3f0faaa718059cc71c', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmaprestypes_5f_624', ['cmapResTypes_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a1d8c4755ad9aa601d01712f8497cffd6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_625', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -957,20 +957,20 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2eh_636', ['cmdlinemodulemanager.h', ['../cmdlinemodulemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_5fimpl_2eh_637', ['cmdlinemodulemanager_impl.h', ['../cmdlinemodulemanager__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2ecpp_638', ['cmdlinemodulemanagertest.cpp', ['../cmdlinemodulemanagertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2eh_639', ['cmdlinemodulemanagertest.h', ['../cmdlinemodulemanagertest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2ecpp_640', ['cmdlineoptionsmodule.cpp', ['../cmdlineoptionsmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2eh_641', ['cmdlineoptionsmodule.h', ['../cmdlineoptionsmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlineparser_2ecpp_642', ['cmdlineparser.cpp', ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlineparser_2ecpp_642', ['cmdlineparser.cpp', ['../tests_2cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlineparser_2eh_643', ['cmdlineparser.h', ['../cmdlineparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_644', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_644', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_645', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2ecpp_646', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2eh_647', ['cmdlinerunner.h', ['../cmdlinerunner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinetest_2ecpp_648', ['cmdlinetest.cpp', ['../cmdlinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -1018,37 +1018,37 @@ │ │ │ │ ['cogforatom_684', ['cogForAtom', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#aa5f5e75ffb0d70b59d7b76ac6d1bccda', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['cogindex_685', ['cogIndex', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a14b952a48a67984b2d1f9281c5aae11b', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['cogisfillerparticle_686', ['cogIsFillerParticle', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2782b7dcc5d546da1fb6732ba0f6307f', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['coll_687', ['coll', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ab52044417dbe424a3c5bd2b60b646732', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ ['collect_2eh_688', ['collect.h', ['../collect_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['collection_5f_689', ['collection_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#aa3ec842ccc6713ae73ca450fe8c27216', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ ['collectiveindex_690', ['collectiveIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#aeae3c1065fe5a7a7ea923da0c459e762', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ - ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ + ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a17311939de0c51ac706045ef66bcf954', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount(int dataSet) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a8313ad257a8ac9de2f8586ff0a383b73', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount() const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a4da78cf2fa943454a153d823615635d4', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::columnCount()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['columncounts_5f_692', ['columnCounts_', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#ae6b8d50e6399628ee75add19bb01fe4c', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl']]], │ │ │ │ ['columndata_693', ['columndata', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a721da3fad4f11f70d82b9662f97ac9bd', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index) const'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a1aadbc00bc88c073c7d4cbef976e7ec6', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::ColumnData()'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a1aadbc00bc88c073c7d4cbef976e7ec6', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::ColumnData()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['columninfo_694', ['ColumnInfo', ['../structgmx_1_1DomainCommBackward_1_1ColumnInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ ['columnlist_695', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_696', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_697', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ ['columns_5f_698', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ ['columnsreceived_699', ['columnsReceived', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a916effaa33e6231586c4b961b0b13dad', 1, 'gmx::DomainCommForward']]], │ │ │ │ ['columnstosend_700', ['columnsToSend', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a2f11af96a78e031f85db11e9baff4f66', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ ['colvarproxy_5fgromacs_5fversion_2eh_701', ['colvarproxy_gromacs_version.h', ['../colvarproxy__gromacs__version_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'] │ │ │ │ + ['colvarproxygromacs_702', ['colvarproxygromacs', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#a49f8b4229e2fce33c20747250e043610', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs::ColvarProxyGromacs()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2ecpp_703', ['colvarproxygromacs.cpp', ['../colvarproxygromacs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarproxygromacs_2eh_704', ['colvarproxygromacs.h', ['../colvarproxygromacs_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvars_2ecpp_705', ['colvars.cpp', ['../colvars_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_706', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_707', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsenstemp_708', ['colvarsEnsTemp', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acef601dd026f99cc9903101d4a55a063', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ @@ -1060,25 +1060,25 @@ │ │ │ │ ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_712', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsforceproviderstate_713', ['ColvarsForceProviderState', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarsinputfiles_714', ['colvarsInputFiles', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acfb0cbd2024f2402f55d5b24b4135f68', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_715', ['colvarsmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0fc853db647af0d2368102ecc62d15b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#abde6a2f4c59d909cf0bfccc9952c914f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_716', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_717', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_718', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdptransformfromstring_719', ['colvarsMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsoptions_8cpp_03.xhtml#a56fb5108ef86a957d566d6fb2c8a8aa5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsoptions.cpp}']]], │ │ │ │ ['colvarsmoduleinfo_720', ['ColvarsModuleInfo', ['../structgmx_1_1ColvarsModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarsoptions_721', ['ColvarsOptions', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_723', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsoutputprefix_724', ['colvarsOutputPrefix', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#ac6d002e2e7edd7ba5e1f4759a2d1a475', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_725', ['colvarspreprocessor', ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml#a3e7c8574d9391b004c07b4603dce6382', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor::ColvarsPreProcessor()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_726', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ @@ -1087,65 +1087,65 @@ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_727', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsseed_728', ['colvarsSeed', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a99f2e73ec955d68ec64e441312641f2b', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_729', ['ColvarsSimulationsParameters', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_730', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_731', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarstatefile_5f_732', ['colvarStateFile_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#ace27491b09373178d30d80551a550520', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ ['com_733', ['com', ['../structComSumContents.xhtml#a0064f23738b1bc9dccf726141f7cec49', 1, 'ComSumContents']]], │ │ │ │ - ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['com_2eh_735', ['com.h', ['../com_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['combinationrule_736', ['CombinationRule', ['../md__enums_8h.xhtml#a192a1e86909f2db31167de5dbc7df14b', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['combine_5fbounding_5fbox_5fpairs_737', ['combine_bounding_box_pairs', ['../namespacegmx.xhtml#a17ca08d83afe14a14dace318495a9702', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['combine_5fidef_738', ['combine_idef', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a8dd56c7215fef9dc267d50db942d81f6', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ ['combineljparams_739', ['combineLJParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a78b6c94d2cfb87ebc471c374d6984bb0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ ['combinemtsforces_740', ['combineMtsForces', ['../namespacegmx.xhtml#afcfd8574060f00e6f0c1478a909344f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['combinemtsforcesbeforehaloexchange_741', ['combineMtsForcesBeforeHaloExchange', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#aca5466bb9091d7aeb943d22f6aecb041', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ ['cominplacetest_742', ['COMInPlaceTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03_1_1COMInPlaceTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ ['comm_743', ['comm', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a1d3d022d33edbc2380cc837aaeb8ca33', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters']]], │ │ │ │ ['comm_5f_744', ['comm_', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a90b1846bc1595985aaca7ab49096395a', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator']]], │ │ │ │ - ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ + ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['comm_5fcost_5fest_746', ['comm_cost_est', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ae96afaac6a68e3a9bb9532b58ca5ebbc', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ ['comm_5fdd_5fns_5fcell_5fsizes_747', ['comm_dd_ns_cell_sizes', ['../partition_8cpp.xhtml#a208779ee480ab7e34e0fb18f7a7aa8e3', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ ['comm_5fpme_5fcost_5fvol_748', ['comm_pme_cost_vol', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a20163d5f7438af0d9178e5a056ad928d', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ ['command_20line_20help_749', ['Command line help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20manager_750', ['Command line manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20modules_751', ['Command line modules', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20program_20management_20commandline_752', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['commandevent_753', ['commandevent', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ - ['../gputraits_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits.h'], │ │ │ │ + ['commandevent_753', ['commandevent', ['../gputraits_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits.h'], │ │ │ │ ['../gputraits__hip_8h.xhtml#a558a6909581dbcf209aecbd3dc370060', 1, 'CommandEvent: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ - ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#ace79591edaabf76b14c7669b00b27c8c', 1, 'CommandEvent: gputraits_ocl.h'] │ │ │ │ + ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#ace79591edaabf76b14c7669b00b27c8c', 1, 'CommandEvent: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandline_754', ['commandline', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, 'Command Line Program Management (commandline)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#aa2a3f00e52e7ef163a122b71051c853d', 1, 'gmx::IProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a383399fda9d8cc26e9152abd935d94ee', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad84efc35ba3d2ec63a83cb8e59e353c4', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const char *const > &cmdline)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a22a93cd63c334aa73c33bc04dc553111', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine()'], │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaa102b867171888b43acb07b91c84ecb2', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a6a4690a0f5f9bca11ea361b1e536387a', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const CommandLine &other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad6b75c47633726d843527314031c3627', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const std::string > &cmdline)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinecommonoptionsholder_755', ['CommandLineCommonOptionsHolder', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['commandlineformdrun_5f_756', ['commandLineForMdrun_', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#abe7c342f1f88e7d465277c6f6507bbf0', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest']]], │ │ │ │ ['commandlinehelpcontext_757', ['commandlinehelpcontext', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a11a70b944da6e9349d44672830782d0d', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links, const std::string &programName)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(ShellCompletionWriter *writer)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a727823bb084a68767593e9640fd6f564', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const CommandLineHelpContext &other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#aed5e0742de34e9852b1756419533a084', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(CommandLineHelpContext &&other) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(ShellCompletionWriter *writer)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['commandlinehelpmodule_758', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'] │ │ │ │ + ['commandlinehelpmodule_758', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinehelpmoduletest_759', ['CommandLineHelpModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03.xhtml#a46b4e259ee92129c78447f5b751b2230', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}']]], │ │ │ │ ['commandlinehelpwriter_760', ['commandlinehelpwriter', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml#ac17d0cb5bda85d09dec3a4878e1780fe', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::CommandLineHelpWriter()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinemodulegroup_761', ['commandlinemodulegroup', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml#ae2a8a32699c5b6ae6ab3f3316cdc1117', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup::CommandLineModuleGroup()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup'] │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -453,28 +453,28 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_279', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_280', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudemethod_281', ['DensityFittingAmplitudeMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['densityfittingforce_282', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ + ['densityfittingforce_282', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a4515397cbc5ab594e8e9066302e02eca', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const DensityFittingForce &other)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_284', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_285', ['densityfittingforceprovider', ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml#a99f34ce28c7c4b269fe7b9cc0c61c255', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider::DensityFittingForceProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['densityfittingforceprovider_2ecpp_286', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_287', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforceproviderstate_288', ['DensityFittingForceProviderState', ['../structgmx_1_1DensityFittingForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['densityfittingmdptransformfromstring_289', ['densityfittingMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfittingoptions_8cpp_03.xhtml#ad01120df989f6892f2b3716de8220d89', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfittingoptions.cpp}']]], │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_290', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingmoduleinfo_291', ['DensityFittingModuleInfo', ['../structgmx_1_1DensityFittingModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['densityfittingoptions_292', ['DensityFittingOptions', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -266,28 +266,28 @@ │ │ │ │ ['enableexternalfepstatesetting_163', ['enableexternalfepstatesetting', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a8aab439423afb11beab47abb9201f6bc', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::enableExternalFepStateSetting()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a8d891ed09cdc529b8b91023c5fe54ac7', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::enableExternalFepStateSetting()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['enablefpexceptions_164', ['enableFPExceptions', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#afffd8e4835ea5a633d3a6ab2b9c62ae7', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['enablegpupmedecomposition_165', ['enableGpuPmeDecomposition', ['../structgmx_1_1DevelopmentFeatureFlags.xhtml#a04cfda43ef27edf7b7843ba78f183a81', 1, 'gmx::DevelopmentFeatureFlags']]], │ │ │ │ ['enablenvshmem_166', ['enableNvshmem', ['../structgmx_1_1DevelopmentFeatureFlags.xhtml#ae0c857b2cd89caa0d9c6b0da311083a7', 1, 'gmx::DevelopmentFeatureFlags']]], │ │ │ │ ['encodedvalue_167', ['encodedValue', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02haloexchange__mpi_8cpp_03.xhtml#a777c050279cadf1f42c3145b123bd13c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{haloexchange_mpi.cpp}']]], │ │ │ │ - ['end_168', ['end', ['../classWorkDivision.xhtml#a55b972ca8118361804f650ae4fd70f77', 1, 'WorkDivision::end()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a5f692bf991d88d90ed8e33cc29a1cc51', 1, 'gmx::Range::end()'], │ │ │ │ + ['end_168', ['end', ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a5f692bf991d88d90ed8e33cc29a1cc51', 1, 'gmx::Range::end()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#ad78963af3304f05b7afb61f3d2d3c682', 1, 'gmx::ArrayRef::end()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a0ce73444d0fb3143d0af6a5f8b3ab1c1', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::end() noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a1950a5a0fa86373664dd67fa2b7341f1', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::end() const noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a822dc495870d6ced6e1e3bf3dd12b001', 1, 'gmx::EnergyFrame::end()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adc38f264fbd12f7c458acaa006bafc23', 1, 'gmx::end(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a052781576fbbc1c6970be93d67899ed6', 1, 'gmx::end(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad27509079b48f39c3f4fab22fd1a7796', 1, 'gmx::end(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ ['../classIListRange.xhtml#af63fb2ced09ef9eccb0e88fbc7b26b09', 1, 'IListRange::end()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ac9ab5be006073499a3fc86511b7fb2da', 1, 'gmx::EnergyTerm::end()'], │ │ │ │ + ['../classWorkDivision.xhtml#a55b972ca8118361804f650ae4fd70f77', 1, 'WorkDivision::end()'], │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#a61e27abc7881206f14ae2dd2af0e97f3', 1, 'AtomRange::end()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa5d327c9a3459a9130dca36a084625c7', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::end()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a88b65fffe1dd2f10b4283ce6c7c0881f', 1, 'gmx::IntegerBox::end()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#ac9ab5be006073499a3fc86511b7fb2da', 1, 'gmx::EnergyTerm::end()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad27509079b48f39c3f4fab22fd1a7796', 1, 'gmx::end(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a052781576fbbc1c6970be93d67899ed6', 1, 'gmx::end(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adc38f264fbd12f7c458acaa006bafc23', 1, 'gmx::end(const BasicMdspan &basicMdspan)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa5d327c9a3459a9130dca36a084625c7', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::end()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['end_5f_169', ['end_', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator_1_1Impl.xhtml#adaad6e3477afb09f0ebce0ad91d3bd6d', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::Impl']]], │ │ │ │ ['end_5faction_170', ['END_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#a8cff21a873fa69df9a845af194a2bb38', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ ['end_5faction_5ftoplevel_171', ['END_ACTION_TOPLEVEL', ['../parser__internal_8h.xhtml#ac78a505847a3259da9fdc0ab88fd97f2', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ ['endianswapbehavior_172', ['EndianSwapBehavior', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['endindex_173', ['endIndex', ['../structgmx_1_1SelectionLocation.xhtml#a41e340847acbb630e084602422793e99', 1, 'gmx::SelectionLocation']]], │ │ │ │ ['enditerator_174', ['endIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#aa020bd1b932f67be6353e08f48d990da', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ @@ -336,16 +336,16 @@ │ │ │ │ ['energyanalysis_197', ['Framework for Energy Analysis (energyanalysis)', ['../group__module__energyanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyanalysisframe_198', ['energyanalysisframe', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a81020ccdbb438991874599c3d918ce6d', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::EnergyAnalysisFrame()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_199', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyanalysisframeiterator_200', ['EnergyAnalysisFrameIterator', ['../namespacegmx.xhtml#a8b00d593af8bea5c006bcefb9f4c1bad', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energyattime_201', ['energyAtTime', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a59d6f3fbf68ecbecc0f4f9dd461be282', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame']]], │ │ │ │ - ['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'] │ │ │ │ + ['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors(int64_t energyCalculationIntervalInSteps)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energycalculationintervalinsteps_203', ['energyCalculationIntervalInSteps', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#aef314fecdfd6fecc617d309358b9fb30', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors']]], │ │ │ │ ['energycomparison_204', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_205', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_206', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -356,29 +356,29 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydata_20tt_210', ['<tt>EnergyData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md36', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_211', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2eh_212', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_3a_3aelement_20tt_213', ['<tt>EnergyData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md32', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydrift_214', ['energyDrift', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#af7dcf448940396b29c3ffb9e935fee66', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ ['energydriftstring_215', ['energyDriftString', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ae353361ca2765e1c7655c1862fb49723', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ - ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'] │ │ │ │ + ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydrifttracker_2ecpp_217', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_218', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyevaluator_219', ['EnergyEvaluator', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ ['energyfile_5f_220', ['energyFile_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a977820643cf6286318747b49f78917c4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ ['energyframe_221', ['energyframe', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyFrame'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ad71eb828339b1360bc8460a038c27a9a', 1, 'gmx::EnergyFrame::EnergyFrame()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_222', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['energyframereader_223', ['energyframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac1150a09a747c3c269b037ccb4ffa6f7', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::EnergyFrameReader()'] │ │ │ │ + ['energyframereader_223', ['energyframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac1150a09a747c3c269b037ccb4ffa6f7', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::EnergyFrameReader()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyframereaderptr_224', ['EnergyFrameReaderPtr', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#adaf53810da1094987057767b0714fb27', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['energyfunctionproperties_225', ['EnergyFunctionProperties', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energygrouppair_226', ['energyGroupPair', ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a66115d383c9d9aeb4934800045821f03', 1, 't_nblist::IEntry']]], │ │ │ │ ['energygroupspercluster_227', ['energygroupspercluster', ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#a8efa8e61f98994bc8d1c6fd25c0477e1', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::energyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml#a8e8dfa2d7a46ad55fecf134b0cb1443c', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster::EnergyGroupsPerCluster()'] │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_9.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -863,16 +863,16 @@ │ │ │ │ ['freeenergy_2eh_456', ['freeenergy.h', ['../freeenergy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['freeenergycutoffinkt_457', ['freeEnergyCutoffInKT', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4baa0d2030d45f652466cc1359c51f19', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['freeenergydispatch_458', ['freeenergydispatch', ['../classgmx_1_1FreeEnergyDispatch.xhtml', 1, 'gmx::FreeEnergyDispatch'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FreeEnergyDispatch.xhtml#ae0a904d3a87f1515cc02a775d8bdcd16', 1, 'gmx::FreeEnergyDispatch::FreeEnergyDispatch()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['freeenergydispatch_2eh_459', ['freeenergydispatch.h', ['../freeenergydispatch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['freeenergyminimumvalue_460', ['freeEnergyMinimumValue', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biasstate_8cpp_03.xhtml#abd2052f08307e882b2324bbd4d4404fe', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biasstate.cpp}']]], │ │ │ │ - ['freeenergyparameters_2ecpp_461', ['freeenergyparameters.cpp', ['../tests_2freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['freeenergyparameters_2ecpp_461', ['freeenergyparameters.cpp', ['../freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2freeenergyparameters_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['freeenergyparameters_2eh_462', ['freeenergyparameters.h', ['../freeenergyparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['freeenergyparametersets_463', ['freeEnergyParameterSets', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03.xhtml#a358de1e0a5a9329dd38dfab1df457c37', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}']]], │ │ │ │ ['freeenergyparametertest_464', ['FreeEnergyParameterTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}']]], │ │ │ │ ['freeenergyparametertestparameters_465', ['FreeEnergyParameterTestParameters', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02freeenergyparameters_8cpp_03_1_1FreeEnergyParameterTestParameters.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{freeenergyparameters.cpp}']]], │ │ │ │ ['freeenergyperturbationcouplingtype_466', ['FreeEnergyPerturbationCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#a900e1c5b2fc4519b55b84ced03146ab6', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['freeenergyperturbationdata_467', ['freeenergyperturbationdata', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a4766869b3adad4916fcbfd6b1be8e4f9', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::FreeEnergyPerturbationData()'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_b.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -251,16 +251,16 @@ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_185', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helplinks_186', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpmanager_187', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_188', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_188', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_189', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helpmanagertest_190', ['HelpManagerTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02helpmanager_8cpp_03.xhtml#af3f158bf9b2db55ac1e2a2a60f6ee995', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{helpmanager.cpp}']]], │ │ │ │ ['helpmodule_5f_191', ['helpModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a8b5a1258815add1b14dca4d8ff8998c4', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['helpoutputformat_192', ['HelpOutputFormat', ['../namespacegmx.xhtml#adc6936f6090da8e4cf7801c8e71ee37f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['helptext_193', ['helptext', ['../classgmx_1_1AbstractSimpleHelpTopic.xhtml#ac8df9bdad0655b933a63d4fcb84c3c90', 1, 'gmx::AbstractSimpleHelpTopic::helpText()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ab94bb5f1964de89ddb4da358aae48116', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::helpText()'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_f.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -323,36 +323,36 @@ │ │ │ │ ['loadu_229', ['loadU', ['../namespacegmx.xhtml#a6109fa6f9e2a3ab52d681c1d65999049', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['loadu1dualhsimd_230', ['loadu1dualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga037b15ee8ff585453423ae4c8e061d7c', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const double *m)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab2f2cb5527d6f6dcdefbec1592207da5', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const float *m)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['loadu4noffset_231', ['loadu4noffset', ['../group__module__simd.xhtml#gab1a44fb0caec534f45b42611ca598b3a', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const double *m, int offset)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga5d2166ee15a19367373fdbe5ca180dc4', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const float *m, int offset)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'] │ │ │ │ + ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['local_233', ['local', ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'] │ │ │ │ + ['local_233', ['local', ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ + ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomordermatchesnbnxmorder_234', ['localatomordermatchesnbnxmorder', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9836c0e4b9182d580e946598f18f3c7f', 1, 'gmx::GridSet::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a83d8dac6f717c789f5810ef21cb0c176', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomset_235', ['localatomset', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSet'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a188c5386f2eb694db6cedf88359fa41d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::localAtomSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomset_2ecpp_236', ['localatomset.cpp', ['../localatomset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomset_2eh_237', ['localatomset.h', ['../localatomset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetdata_2ecpp_238', ['localatomsetdata.cpp', ['../localatomsetdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetdata_2eh_239', ['localatomsetdata.h', ['../localatomsetdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetmanager_240', ['localatomsetmanager', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a34afd04735705f6200b8ae831dd1d458', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::localAtomSetManager()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2eh_242', ['localatomsetmanager.h', ['../localatomsetmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localcomplexgridsize_243', ['localComplexGridSize', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#aa89412c89b24d489e7b1e2a7429372ee', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ ['localcomplexgridsizepadded_244', ['localComplexGridSizePadded', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a94db264056f3f813dd3c2400f2a01583', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ ['localforceptr_245', ['localForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a694fd2c44f7e429a3115a9269a64d5f7', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ ['localindex_246', ['localIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#a1a9f534d6e92a54e0e818d058d81f68d', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ ['locality_2eh_247', ['locality.h', ['../locality_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -15,30 +15,30 @@ │ │ │ │ ['refdata_5fcheckers_2eh_11', ['refdata_checkers.h', ['../refdata__checkers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['refdata_5fimpl_2eh_12', ['refdata_impl.h', ['../refdata__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['refdata_5ftests_2ecpp_13', ['refdata_tests.cpp', ['../refdata__tests_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2ecpp_14', ['refdata_xml.cpp', ['../refdata__xml_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['refdata_5fxml_2eh_15', ['refdata_xml.h', ['../refdata__xml_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2ecpp_16', ['referencetemperaturemanager.cpp', ['../referencetemperaturemanager_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['referencetemperaturemanager_2eh_17', ['referencetemperaturemanager.h', ['../referencetemperaturemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['register_2ecpp_18', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['register_2eh_19', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['repeatingsection_2ecpp_20', ['repeatingsection.cpp', ['../repeatingsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['repeatingsection_2eh_21', ['repeatingsection.h', ['../repeatingsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['replicaexchange_2ecpp_22', ['replicaexchange.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -67,20 +67,20 @@ │ │ │ │ ['setforces_2eh_53', ['setforces.h', ['../setforces_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['setprecision_2ecpp_54', ['setprecision.cpp', ['../setprecision_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['setprecision_2eh_55', ['setprecision.h', ['../setprecision_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['setstarttime_2ecpp_56', ['setstarttime.cpp', ['../tests_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_57', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['settimestep_2ecpp_58', ['settimestep.cpp', ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['settimestep_2ecpp_58', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settimestep_2eh_59', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_60', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_60', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_2eh_61', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_62', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_63', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_64', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_65', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settletestdata_2ecpp_66', ['settletestdata.cpp', ['../settletestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -92,16 +92,16 @@ │ │ │ │ ['setvelocities_2eh_72', ['setvelocities.h', ['../setvelocities_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shake_2ecpp_73', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shake_2eh_74', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_75', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_76', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['signallers_2ecpp_77', ['signallers.cpp', ['../signallers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['signallers_2eh_78', ['signallers.h', ['../signallers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['simd_2eh_79', ['simd.h', ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['simd_2eh_79', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4_2eh_80', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fenergy_5faccumulator_2ecpp_81', ['simd_energy_accumulator.cpp', ['../tests_2simd__energy__accumulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_82', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fload_5fstore_5ffunctions_2eh_83', ['simd_load_store_functions.h', ['../simd__load__store__functions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_84', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2ecpp_85', ['simd_memory.cpp', ['../simd__memory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -112,16 +112,16 @@ │ │ │ │ ['simple_5fmdrun_2ecpp_90', ['simple_mdrun.cpp', ['../simple__mdrun_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulation_5fworkload_2eh_91', ['simulation_workload.h', ['../simulation__workload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulationcontext_2eh_92', ['simulationcontext.h', ['../simulationcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulationdatabase_2ecpp_93', ['simulationdatabase.cpp', ['../simulationdatabase_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulationdatabase_2eh_94', ['simulationdatabase.h', ['../simulationdatabase_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulationinput_2eh_95', ['simulationinput.h', ['../simulationinput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulationinputhandle_2eh_96', ['simulationinputhandle.h', ['../simulationinputhandle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['simulationsignal_2ecpp_97', ['simulationsignal.cpp', ['../simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2simulationsignal_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simulationsignal_2eh_98', ['simulationsignal.h', ['../simulationsignal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulator_2ecpp_99', ['simulator.cpp', ['../simulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2ecpp_100', ['simulatoralgorithm.cpp', ['../simulatoralgorithm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulatoralgorithm_2eh_101', ['simulatoralgorithm.h', ['../simulatoralgorithm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulatorbuilder_2ecpp_102', ['simulatorbuilder.cpp', ['../simulatorbuilder_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simulatorcomparison_2ecpp_103', ['simulatorcomparison.cpp', ['../simulatorcomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_13.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -20,11 +20,11 @@ │ │ │ │ ['../usergpuids_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['usergpuids_2eh_18', ['usergpuids.h', ['../usergpuids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['utilities_2eh_19', ['utilities.h', ['../src_2gromacs_2mimic_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2listed__forces_2utilities_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['utility_2ecpp_20', ['utility.cpp', ['../utility_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['utility_2eh_21', ['utility.h', ['../utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../domdec_2utility_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]] │ │ │ │ ]; │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -10,28 +10,28 @@ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_6', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_7', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_8', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_9', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhelper_2ecpp_10', ['checkpointhelper.cpp', ['../checkpointhelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhelper_2eh_11', ['checkpointhelper.h', ['../checkpointhelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['classhelpers_2eh_12', ['classhelpers.h', ['../classhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_14', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_15', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_16', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_17', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_18', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_20', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_22', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_23', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_24', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_25', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_26', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_27', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ @@ -75,16 +75,16 @@ │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_57', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['com_2eh_59', ['com.h', ['../com_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['compare_2eh_60', ['compare.h', ['../compare_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['comparison_5fhelpers_2eh_61', ['comparison_helpers.h', ['../comparison__helpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['compiler_2ecpp_62', ['compiler.cpp', ['../compiler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['compiler_2eh_63', ['compiler.h', ['../compiler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['complex_2ecpp_64', ['complex.cpp', ['../complex_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -27,16 +27,16 @@ │ │ │ │ ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2eh_29', ['densityfittingforceprovider.h', ['../densityfittingforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingmodule_2ecpp_30', ['densityfittingmodule.cpp', ['../densityfittingmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_4.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -7,22 +7,22 @@ │ │ │ │ ['electricfield_2eh_3', ['electricfield.h', ['../electricfield_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['enerdata_2ecpp_4', ['enerdata.cpp', ['../enerdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_5', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_6', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_7', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_8', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2eh_9', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['energydrifttracker_2ecpp_10', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_11', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_12', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyhistory_2eh_13', ['energyhistory.h', ['../energyhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['energyoutput_2ecpp_14', ['energyoutput.cpp', ['../energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2energyoutput_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyoutput_2eh_15', ['energyoutput.h', ['../energyoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyreader_2ecpp_16', ['energyreader.cpp', ['../energyreader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyreader_2eh_17', ['energyreader.h', ['../energyreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyterm_2ecpp_18', ['energyterm.cpp', ['../tests_2energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../energyterm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_7.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -23,16 +23,16 @@ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_15', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helpmanager_2ecpp_16', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_17', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helptopic_2ecpp_18', ['helptopic.cpp', ['../helptopic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helptopic_2eh_19', ['helptopic.h', ['../helptopic_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_21', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helpwriting_2ecpp_22', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['hip_5fkernel_5futils_2eh_23', ['hip_kernel_utils.h', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['hip_5fsycl_5fkernel_5futils_2eh_24', ['hip_sycl_kernel_utils.h', ['../hip__sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_c.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -59,16 +59,16 @@ │ │ │ │ ['nbsearch_2eh_55', ['nbsearch.h', ['../nbsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['neldermead_2ecpp_56', ['neldermead.cpp', ['../neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['neldermead_2eh_57', ['neldermead.h', ['../neldermead_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_58', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['niceheader_2eh_59', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpot_2eh_61', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_63', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_64', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -78,16 +78,16 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_67', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_68', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_69', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nodelete_2eh_70', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nonbonded_5fbench_2ecpp_71', ['nonbonded_bench.cpp', ['../tests_2nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../nonbonded__bench_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nonbonded_5fbench_2eh_72', ['nonbonded_bench.h', ['../nonbonded__bench_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['normaldistribution_2ecpp_73', ['normaldistribution.cpp', ['../normaldistribution_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['normaldistribution_2eh_74', ['normaldistribution.h', ['../normaldistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['normalmodes_2ecpp_75', ['normalmodes.cpp', ['../normalmodes_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nosehooverchains_2ecpp_76', ['nosehooverchains.cpp', ['../nosehooverchains_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nosehooverchains_2eh_77', ['nosehooverchains.h', ['../nosehooverchains_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_14.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -154,25 +154,25 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['reference_20data_91', ['Running tests that use reference data', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md54', 1, '']]], │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20c_20tests_92', ['Using reference data in C++ tests', ['../page_refdata.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['reference_20data_20in_20code_93', ['Using reference data in code', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md53', 1, '']]], │ │ │ │ ['reference_20data_20organization_94', ['Reference data organization', ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, '']]], │ │ │ │ ['reference_20temperature_20manager_95', ['Reference temperature manager', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md48', 1, '']]], │ │ │ │ ['referencecoordinates_96', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ - ['referencedatamode_97', ['referencedatamode', ['../group__module__testutils.xhtml#ga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8', 1, 'gmx::test::ReferenceDataMode'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae4e50192dc994af22124ac3b6fa162ab', 1, 'gmx::test::referenceDataMode()'] │ │ │ │ + ['referencedatamode_97', ['referencedatamode', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae4e50192dc994af22124ac3b6fa162ab', 1, 'gmx::test::referenceDataMode()'], │ │ │ │ + ['../group__module__testutils.xhtml#ga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8', 1, 'gmx::test::ReferenceDataMode'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['referencetemperaturecallback_98', ['ReferenceTemperatureCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga00d43387a13cded843d155f43add55f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['refid_99', ['refid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()'] │ │ │ │ + ['refid_99', ['refid', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()'], │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['refids_100', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ ['refindex_101', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ - ['register_2ecpp_102', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['register_2ecpp_102', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['register_2eh_103', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['register_5fexternal_5fpull_5fpotential_104', ['register_external_pull_potential', ['../pull_8h.xhtml#a86dbe05b3e003570d0fa27706bebe5df', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_105', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerawhwithpull_106', ['registerAwhWithPull', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#af8957a0084804002508feb702f0e924a', 1, 'gmx::Awh']]], │ │ │ │ ['registerbasicdataset_107', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerdomdeccallback_108', ['registerDomDecCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gafbccf39923b2a69b05bc61d185671e47', 1, 'gmx::IDomDecHelperClient']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -595,22 +595,22 @@ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_392', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20math_20library_393', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20module_394', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_395', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_2eh_396', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4_20implementation_397', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4bool_398', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ + ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ + ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ + ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4float_402', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_403', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4real_404', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd4setzerod_405', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -618,16 +618,16 @@ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_407', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_408', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_409', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fwidth_410', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdbitmask_411', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdbool_412', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdcheck_413', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'] │ │ │ │ + ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simddibool_415', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simddint32_416', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_11.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -231,17 +231,17 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsfinished_86', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsfinishing_87', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ + ['optionsfinishing_87', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optiontemplate_88', ['OptionTemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20bool_2c_20booleanoption_20_3e_89', ['OptionTemplate< bool, BooleanOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20double_2c_20doubleoption_20_3e_90', ['OptionTemplate< double, DoubleOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20enumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_91', ['OptionTemplate< EnumType, EnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20legacyenumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_92', ['OptionTemplate< EnumType, LegacyEnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20float_2c_20floatoption_20_3e_93', ['OptionTemplate< float, FloatOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -259,31 +259,31 @@ │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_105', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['other_106', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['output_107', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md26', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md11', 1, 'Output'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_108', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['output_20data_20handling_109', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ - ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md15', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ - ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md25', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ + ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md25', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ + ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md15', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_110', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputadapterpointer_111', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputadapters_2eh_112', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputenv_5f_113', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ - ['outputfile_114', ['outputfile', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'] │ │ │ │ + ['outputfile_114', ['outputfile', ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputrequirementoptiondirector_115', ['OutputRequirementOptionDirector', ['../classgmx_1_1OutputRequirementOptionDirector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputrequirements_116', ['OutputRequirements', ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outputselector_117', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(OutputSelector &&old) noexcept=default'] │ │ │ │ + ['outputselector_117', ['outputselector', ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#af79a9c1cb189a56a816f564b2ab506d6', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputselector_2eh_118', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputselectorpointer_119', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputsforces_120', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['over_20mpi_121', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_14.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -78,21 +78,21 @@ │ │ │ │ ['reductionrequirement_52', ['ReductionRequirement', ['../namespacegmx.xhtml#a25c6f46e04e2414063d903e5d3133186', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['refcoordscaling_53', ['RefCoordScaling', ['../md__enums_8h.xhtml#a2bfefe0d553ac6f45e03b95b1074958d', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['reference_54', ['reference', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aaa7f6ef205b5793ab33635f887e9f0bb', 1, 'gmx::ArrayRef::reference'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aebaea1dc74ea9709b20e3c796fb8bb7b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::reference'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['referencecoordinates_55', ['referenceCoordinates', ['../structt__oriresdata.xhtml#af77d3bc2cdec9b240c667f8075237a8a', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['referencetemperaturecallback_56', ['ReferenceTemperatureCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga00d43387a13cded843d155f43add55f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['refid_57', ['refid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()'] │ │ │ │ + ['refid_57', ['refid', ['../classgmx_1_1SelectionPosition.xhtml#a927c30a6001be41a8af890006c40bac0', 1, 'gmx::SelectionPosition::refId()'], │ │ │ │ + ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a36f6687375c680532b55396ac1d2dc5e', 1, 'gmx_ana_indexmap_t::refid'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['refids_58', ['refIds', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a14558d886a11842e39a1f93dfd1db358', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ ['refindex_59', ['refIndex', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#a713650494eafbd30a66902c2971f16fe', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ - ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['register_2ecpp_60', ['register.cpp', ['../tests_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../frameconverters_2register_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['register_2eh_61', ['register.h', ['../register_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['registeranalysisdataset_62', ['registerAnalysisDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#a86b3b5cd87518e988e8b5452b39a3ad1', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerbasicdataset_63', ['registerBasicDataset', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#ad946d2af4c8e284ef349f2cd816495bb', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule']]], │ │ │ │ ['registerdomdeccallback_64', ['registerDomDecCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gafbccf39923b2a69b05bc61d185671e47', 1, 'gmx::IDomDecHelperClient']]], │ │ │ │ ['registerenergycallback_65', ['registerEnergyCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaf0c4df1d5e6640192354e47e19d66021', 1, 'gmx::IEnergySignallerClient']]], │ │ │ │ ['registerlaststepcallback_66', ['registerLastStepCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gaa6daae642dd3763973e4581f0a9f820c', 1, 'gmx::ILastStepSignallerClient']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-user/search/all_17.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -2,29 +2,29 @@ │ │ │ │ ['u_0', ['u', ['../structt__pargs.xhtml#a9896c617087886506822e9a67795e651', 1, 't_pargs']]], │ │ │ │ ['uint8_1', ['uInt8', ['../namespacegmx.xhtml#a4355a7e0f393d42cbb5b2a47aefea966ab0cffa75aa037e628ccfdf46bcc086ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2', ['uniformintdistribution', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a09808fada94acf89dc12c30310afaeda', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a790697adc208c8ecf2e9164ea00cf24b', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::UniformIntDistribution(result_type a=0, result_type b=std::numeric_limits< result_type >::max())'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['uniformintdistribution_2eh_3', ['uniformintdistribution.h', ['../uniformintdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(const param_type &param)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution(result_type a=0.0, result_type b=1.0)'] │ │ │ │ + ['uniformrealdistribution_4', ['uniformrealdistribution', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8a58a25b5bc17882dfc3671530d1aad3', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf980964b1ce2f1fade69a0578b25e33', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::UniformRealDistribution()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_5', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_6', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_7', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_8', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['unitcelliscompact_9', ['UnitCellIsCompact', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_10', ['UnitCellIsRectangular', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_11', ['UnitCellIsTriclinic', ['../namespacegmx.xhtml#ae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltype_12', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltypenames_13', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['unitvector_14', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ + ['unitvector_14', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unity_15', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unknown_16', ['Unknown', ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_17', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_18', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_19', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ ['unset_20', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ @@ -76394,14 +76394,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="bias_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>bias.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2bias_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>bias.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="bias_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>bias.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="biasgrid_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>biasgrid.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2biasgrid_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76421,14 +76427,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2biassharing_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>biassharing.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="biassharing_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>biassharing.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="biasstate_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>biasstate.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2biasstate_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>biasstate.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="biasstate_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>biasstate.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="biaswriter_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>biaswriter.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="biaswriter_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76481,29 +76493,17 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh__setup_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh_setup.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh__setup_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh_setup.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="bias_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>bias.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2bias_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>bias.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="bias__fep__lambda__state_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>bias_fep_lambda_state.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="biasstate_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>biasstate.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2biasstate_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>biasstate.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="friction__metric_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>friction_metric.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarproxy__gromacs__version_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarproxy_gromacs_version.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="colvarproxy__gromacs__version_8h_1a5d48337da8454f2350b6a44fbc6db20c" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>COLVARPROXY_VERSION</name> │ │ │ │ │ @@ -76511,14 +76511,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarproxygromacs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarproxygromacs.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarproxygromacs_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarproxygromacs.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsforceprovider_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarsforceprovider.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarsMDModule.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsMDModule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76532,38 +76538,32 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2colvarsoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarsoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarsoptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarsoptions.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>colvarspreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>colvarspreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarspreprocessor_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarspreprocessor.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarssimulationsparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarssimulationsparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvarssimulationsparameters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvarssimulationsparameters.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="colvars_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>colvars.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2colvarsforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>colvarsforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>colvarspreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2colvarspreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>colvarspreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfitting_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfitting.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2densityfitting_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfitting.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfitting_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76574,14 +76574,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingamplitudelookup.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingamplitudelookup_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingamplitudelookup.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingforceprovider_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingforceprovider.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2densityfittingoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76598,29 +76604,29 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="densityfittingparameters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>densityfittingparameters.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2densityfittingforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>densityfittingforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="electricfield_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2electricfield_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>electricfield.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="electricfield_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>electricfield.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="nnpot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nnpot.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nnpot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nnpot.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nnpot_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpot.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotforceprovider_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpotforceprovider.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotforceprovider__stub_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76643,20 +76649,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpottopologypreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nnpottopologypreprocessor_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpottopologypreprocessor.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="nnpot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nnpot.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2nnpot_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nnpot.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nnpotforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpotforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2nnpotforceprovider_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nnpotforceprovider.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="torchmodel_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76781,26 +76781,26 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2qmmmoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>qmmmoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmoptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>qmmmoptions.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>qmmmtopologypreprocessor.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="qmmmtypes_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>qmmmtypes.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>qmmmtopologypreprocessor.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="qmmmtopologypreprocessor_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>qmmmtopologypreprocessor.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="qmmmtypes_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>qmmmtypes.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpcontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinehelpcontext.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpcontext_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinehelpcontext.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinehelpmodule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -76835,26 +76835,38 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodule.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodule.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="cmdlinemodulemanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cmdlinemodulemanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cmdlinemodulemanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodulemanager_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodulemanager.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodulemanager__impl_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodulemanager_impl.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlineoptionsmodule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlineoptionsmodule.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlineoptionsmodule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlineoptionsmodule.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="cmdlineparser_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cmdlineparser.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2cmdlineparser_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cmdlineparser.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlineparser_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlineparser.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlineprogramcontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlineprogramcontext.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -77129,32 +77141,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="shellcompletions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>shellcompletions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="shellcompletions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>shellcompletions.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="cmdlinemodulemanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cmdlinemodulemanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cmdlinemodulemanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodulemanagertest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodulemanagertest.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cmdlinemodulemanagertest_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cmdlinemodulemanagertest.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="cmdlineparser_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cmdlineparser.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2cmdlineparser_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cmdlineparser.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="viewit_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>viewit.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="viewit_8cpp_1a35dcced3082f4267c59916e2ca17eb9e" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>canViewFileType</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="viewit_8cpp_1a82e08ef780c3b24b30693b5285f3a0b5" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>numberOfPossibleFiles</name> │ │ │ │ │ @@ -77204,14 +77204,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="coordinatefileenums_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>coordinatefileenums.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="frameconverterenums_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>frameconverterenums.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="frameconverters_2register_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>register.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2register_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>register.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="register_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>register.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="iframeconverter_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>iframeconverter.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="ioutputadapter_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -77222,14 +77228,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2outputadaptercontainer_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>outputadaptercontainer.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="outputadaptercontainer_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>outputadaptercontainer.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="outputadapters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>outputadapters.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2outputadapters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>outputadapters.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="outputselector_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>outputselector.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="outputselector_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>outputselector.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="outputadapters_2setatoms_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -77300,26 +77312,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="frameconverter_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>frameconverter.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="outputadapters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>outputadapters.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="outputadapters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>outputadapters.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2outputadapters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>outputadapters.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="frameconverters_2register_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>register.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2register_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>register.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="setbothtime_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>setbothtime.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testmodule_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>testmodule.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testmodule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -77645,14 +77645,23 @@ │ │ │ │ │ <member refid="integrate_8h_1a6efd3fb6110b8a9030675e2190993233" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>print_and_integrate</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="integrate_8h_1a38e20dac9ec9e663be10d6c3668d1cbc" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>evaluate_integral</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="manyautocorrelation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>manyautocorrelation.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="manyautocorrelation_8cpp_1ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>many_auto_correl</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2manyautocorrelation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>manyautocorrelation.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="manyautocorrelation_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>manyautocorrelation.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="manyautocorrelation_8h_1ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>many_auto_correl</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="polynomials_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -77669,23 +77678,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="correlationdataset_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>correlationdataset.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="correlationdataset_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>correlationdataset.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="manyautocorrelation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>manyautocorrelation.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="manyautocorrelation_8cpp_1ad3b9966ff6279f6316c3c898e31f0dee" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>many_auto_correl</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2manyautocorrelation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>manyautocorrelation.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="atomdistribution_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>atomdistribution.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="atomdistribution_8cpp_1ad3c839e015f56c142bcf28b44b51f8c8" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>numRanks</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="atomdistribution_8cpp_1a6324027a460a49578da9eb57c56eff39" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>get_commbuffer_counts</name> │ │ │ │ │ @@ -78713,14 +78713,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="localatomsetdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>localatomsetdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="localatomsetdata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>localatomsetdata.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="localatomsetmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>localatomsetmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2localatomsetmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>localatomsetmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="localatomsetmanager_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>localatomsetmanager.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="localtopology_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>localtopology.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="localtopology_8cpp_1a1f902c679cbc7b7d2a72c24b0ad5c6c8" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>atomInMolblockFromGlobalAtomnr</name> │ │ │ │ │ @@ -79076,20 +79082,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="haloexchange__mpi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>haloexchange_mpi.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="hashedmap_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>hashedmap.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="localatomsetmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>localatomsetmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2localatomsetmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>localatomsetmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="utility_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>utility.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="utility_8cpp_1a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>dim2char</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="utility_8cpp_1a6f8a7f243efd91fe9555ab433ec54564" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>make_tric_corr_matrix</name> │ │ │ │ │ @@ -79097,35 +79097,71 @@ │ │ │ │ │ <member refid="utility_8cpp_1abf5bf826810f43d008e33df3fb2bdf1f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>check_screw_box</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="utility_8cpp_1a0863c8645b840ad39fd0f12a974e8b74" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>dd_resize_atominfo_and_state</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="domdec_2utility_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>utility.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1ad8be86df1243f4c4cf275e130ca8c6df" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>isDlbOn</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1ad57e700f3ebb0a127187ca3d1b0e8211" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>isDlbDisabled</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>dim2char</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a6f8a7f243efd91fe9555ab433ec54564" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>make_tric_corr_matrix</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1abf5bf826810f43d008e33df3fb2bdf1f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>check_screw_box</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a155480532c8a0a96130c1751c53cc868" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>ddGetAtomInfo</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1add55e8ee06aa3b942947af95265badec" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>dd_load_count</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1affcd5680a909d4f7e36a42b0c53c0a3b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>dd_resize_atominfo_and_state</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2utility_8h_1a5d94f58e6d190b2f9e30012f41cb65c2" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="utility_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>utility.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2trajectoryanalysis_2analysismodule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>analysismodule.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>analysismodule.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energyanalysisframe_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyanalysisframe.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="energyterm_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>energyterm.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="ienergyanalysis_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>ienergyanalysis.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energyterm_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyterm.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2energyterm_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyterm.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="energyterm_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>energyterm.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="ienergyanalysis_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>ienergyanalysis.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="legacyenergy_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>legacyenergy.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="edsam_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>edsam.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="edsam_8cpp_1acb231fba73f216d2ad019ca28ddc8d59" kind="typedef"> │ │ │ │ │ <name>t_edpar</name> │ │ │ │ │ @@ -81668,14 +81704,53 @@ │ │ │ │ │ <member refid="checkpoint_8h_1aab48cf6bc13c7b1b57c5792d39ce78d2" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>read_checkpoint_part_and_step</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="checkpoint_8h_1a06c41f89c137b533bf730a92a01ed125" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>read_checkpoint_simulation_part_and_filenames</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="confio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>confio.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1aac476a3de50b9646f7fe62c6cf7ed96d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>write_sto_conf_indexed</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a7af5536c7d5fc8a831b919afc2d064e7" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>write_sto_conf</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a920a16d74835775b1800e2c2a9458b57" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>write_sto_conf_mtop</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a062e8b9f2f49593f9a84547636b473ce" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>get_stx_coordnum</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1ac3885c367eaa210c468927343b83a659" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>makeChainIdentifiersAfterTprReading</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a522d75de1dd7057b02cdaf9f32901d8e" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>tpx_make_chain_identifiers</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a19c9a7ae4915e93fc391349ba718ac8d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>read_stx_conf</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1aa2155fe95dbdab17fa12fbcb3c89112b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>readConfAndAtoms</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a12484b0af15d7473585bd8da8bb0ebe6" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>readConfAndTopology</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="confio_8cpp_1a2d41e7216b997216fd5f763e6a340f53" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>read_tps_conf</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2confio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>confio.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2confio_8cpp_1ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>PrintTo</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="enxio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>enxio.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="enxio_8cpp_1a953aab07c9b7099add0ae48e9dfbd146" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>enx_version</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="enxio_8cpp_1ae1b62d388e3fae49802ef738c38ddfb8" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>enx_block_id_name</name> │ │ │ │ │ @@ -83510,53 +83585,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="readinp_8h_1aed9ece80d08d03f7fc13af95482d4c9d" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>setStringEntry</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="rgb_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>rgb.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="confio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>confio.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1aac476a3de50b9646f7fe62c6cf7ed96d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>write_sto_conf_indexed</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a7af5536c7d5fc8a831b919afc2d064e7" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>write_sto_conf</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a920a16d74835775b1800e2c2a9458b57" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>write_sto_conf_mtop</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a062e8b9f2f49593f9a84547636b473ce" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>get_stx_coordnum</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1ac3885c367eaa210c468927343b83a659" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>makeChainIdentifiersAfterTprReading</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a522d75de1dd7057b02cdaf9f32901d8e" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>tpx_make_chain_identifiers</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a19c9a7ae4915e93fc391349ba718ac8d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>read_stx_conf</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1aa2155fe95dbdab17fa12fbcb3c89112b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>readConfAndAtoms</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a12484b0af15d7473585bd8da8bb0ebe6" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>readConfAndTopology</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="confio_8cpp_1a2d41e7216b997216fd5f763e6a340f53" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>read_tps_conf</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2confio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>confio.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2confio_8cpp_1ae9ec9498ed69d6298c4cec343dbf6eea" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>PrintTo</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="fileioxdrserializer_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>fileioxdrserializer.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="filemd5_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>filemd5.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="xvgio_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -85991,14 +86027,80 @@ │ │ │ │ │ <member refid="gmx__bundle_8cpp_1a98289b67ef7d487f3b11a68063c2276c" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>dump_axes</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="gmx__bundle_8cpp_1ac095c401abfb1ada847de8b7c978d4af" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_bundle</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="gmx__chi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_chi.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a4262b659dd03f71a3fd04e97851302d1" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>INDEX</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a2b0493e4bfe7e2a3664e1c969df57d6c" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NKKKPHI</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a3b19d932c681980f6c24dad9e15569f9" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NKKKPSI</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a4ecb31f8bb6f8a286753b3aa648637b7" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NKKKCHI</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1af4639ca7110acc64ea12a61d6d7a9b9b" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NJC</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9fb1d82db119e585aeab609317f87f01" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NLEG</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NFILE</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1ac95c9851c079cc1a5a7ebdfecd04305f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bAllowed</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a60a1cfc1d9a2f310f8517db3c7b27db6" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>make_chi_ind</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a930d2aeec1674610bd32d616cb570051" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>do_dihcorr</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1acd19d44a0a79750a2b1fd82ba9b61621" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>copy_dih_data</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a3121412ce0ca63937f136cba9d4e516c" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>dump_em_all</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1ac1c84a6e2b99dd4ebc8af263d1905011" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>reset_one</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a793640d78cda35a9c6623db55e65fdfb" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>reset_em_all</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1aafd2c56f2dbf8c105e8b6882bec59cf4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>histogramming</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9249b3c0afa287de22da243318080bb1" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>rama_file</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9bf8d7913ca83c49c15ccaeb8afab9ed" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>do_rama</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9c33f66c5cd1072c828eeb41eb96f321" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>print_transitions</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1a1bb52bc2104e63d1b1e283f08e4eceec" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>order_params</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="gmx__chi_8cpp_1ad7fe7319f03eb4bb0dcbc068ed192ba3" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_chi</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2gmx__chi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_chi.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gmx__cluster_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>gmx_cluster.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="gmx__cluster_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>NFILE</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="gmx__cluster_8cpp_1ab1ebaceed7153838a68b0577434e8718" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>lo_ffprintf</name> │ │ │ │ │ @@ -88589,80 +88691,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="sfactor_8h_1a0ad710f8cbbce0f21987cb3a76fbb92c" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>compute_scattering_factor_table</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="entropy_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>entropy.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="gmx__chi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_chi.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a4262b659dd03f71a3fd04e97851302d1" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>INDEX</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a2b0493e4bfe7e2a3664e1c969df57d6c" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NKKKPHI</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a3b19d932c681980f6c24dad9e15569f9" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NKKKPSI</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a4ecb31f8bb6f8a286753b3aa648637b7" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NKKKCHI</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1af4639ca7110acc64ea12a61d6d7a9b9b" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NJC</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9fb1d82db119e585aeab609317f87f01" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NLEG</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NFILE</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1ac95c9851c079cc1a5a7ebdfecd04305f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bAllowed</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a60a1cfc1d9a2f310f8517db3c7b27db6" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>make_chi_ind</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a930d2aeec1674610bd32d616cb570051" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>do_dihcorr</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1acd19d44a0a79750a2b1fd82ba9b61621" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>copy_dih_data</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a3121412ce0ca63937f136cba9d4e516c" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>dump_em_all</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1ac1c84a6e2b99dd4ebc8af263d1905011" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>reset_one</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a793640d78cda35a9c6623db55e65fdfb" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>reset_em_all</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1aafd2c56f2dbf8c105e8b6882bec59cf4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>histogramming</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9249b3c0afa287de22da243318080bb1" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>rama_file</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9bf8d7913ca83c49c15ccaeb8afab9ed" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>do_rama</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a9c33f66c5cd1072c828eeb41eb96f321" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>print_transitions</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1a1bb52bc2104e63d1b1e283f08e4eceec" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>order_params</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="gmx__chi_8cpp_1ad7fe7319f03eb4bb0dcbc068ed192ba3" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_chi</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2gmx__chi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_chi.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="thermochemistry_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>thermochemistry.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="thermochemistry_8cpp_1afc7d98bd66f32ce4d86bd4036f675ae3" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>eigenvalueToFrequency</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="thermochemistry_8cpp_1a094b8991b247289b362ebac6cedd4d95" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>calcZeroPointEnergy</name> │ │ │ │ │ @@ -89963,14 +89999,47 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="genhydro_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>genhydro.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="genhydro_8h_1a7cdba946c8b2e43fff174dfc3756f479" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>add_h</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="genion_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>genion.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NFILE</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a34d5f00766619bdb7693dc6903c10a76" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>groupsCloserThanCutoffWithPbc</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a9620908c96f01a54de6801be59e81960" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>solventMoleculeIndices</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1ad0e4fca72d0601f69f79b1950ce02008" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>insert_ion</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a592b661f8e6a4fc3120cc7b459226a8f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>aname</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a9ebc45f9635d35efc7b1d2fb36642330" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>sort_ions</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a0c1156ade60e4ab57ba686e75364f09f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>update_topol</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a712596338c1cb9bbb5d950530125ed57" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>invertIndexGroup</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="genion_8cpp_1a0029a4995091766f1b6f8bc43a9545ae" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_genion</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2genion_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>genion.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="genion_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>genion.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="genion_8h_1a0029a4995091766f1b6f8bc43a9545ae" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_genion</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="genrestr_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -90125,14 +90194,23 @@ │ │ │ │ │ <member refid="gmxcpp_8h_1a9927ed498f6afa10dbb75b5dac721487" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>cpp_error</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="gmxcpp_8h_1aeae6c0574352a05649a344de5a38c911" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>checkAndWarnForUnusedDefines</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="gpp__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gpp_atomtype.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="gpp__atomtype_8cpp_1a2ab48fac86e5c852d32e3b9703002843" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>search_atomtypes</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2gpp__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gpp_atomtype.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gpp__atomtype_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>gpp_atomtype.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gpp__bond__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>gpp_bond_atomtype.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2gpp__bond__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -90428,14 +90506,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="makeexclusiondistances_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>makeexclusiondistances.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="makeexclusiondistances_8h_1ac6c1fd7ee9bb7cb224b1d7513b20c8d0" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>makeExclusionDistances</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="massrepartitioning_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>massrepartitioning.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2massrepartitioning_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>massrepartitioning.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="massrepartitioning_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>massrepartitioning.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nm2type_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nm2type.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="nm2type_8cpp_1a6b07e4871725dde4c716eb22b99d2231" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>prev</name> │ │ │ │ │ @@ -91163,65 +91247,38 @@ │ │ │ │ │ <member refid="ter__db_8h_1af169aeff76251c88472edfbd83e9a4fe" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>filter_ter</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="ter__db_8h_1a55ce9712e17d4916742f198a941739ba" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>choose_ter</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="genion_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>genion.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a8485f4e81de2537e6a0935626167a775" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NFILE</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a34d5f00766619bdb7693dc6903c10a76" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>groupsCloserThanCutoffWithPbc</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a9620908c96f01a54de6801be59e81960" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>solventMoleculeIndices</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1ad0e4fca72d0601f69f79b1950ce02008" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>insert_ion</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a592b661f8e6a4fc3120cc7b459226a8f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>aname</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a9ebc45f9635d35efc7b1d2fb36642330" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>sort_ions</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="grompp__directives_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>grompp_directives.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tomorse_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>tomorse.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a49f9ac0e0b195dafac44f351d83be82c" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>read_dissociation_energies</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a0c1156ade60e4ab57ba686e75364f09f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>update_topol</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a91e540f22f3a8a313122518d3f3b7410" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>nequal</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a712596338c1cb9bbb5d950530125ed57" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>invertIndexGroup</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1aaa0ec48841102f0ed7c10d8f4cdf2d06" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>search_e_diss</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ - <member refid="genion_8cpp_1a0029a4995091766f1b6f8bc43a9545ae" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_genion</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8cpp_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>convert_harmonics</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2genion_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>genion.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="gpp__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gpp_atomtype.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="gpp__atomtype_8cpp_1a2ab48fac86e5c852d32e3b9703002843" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>search_atomtypes</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="tomorse_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>tomorse.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tomorse_8h_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>convert_harmonics</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2gpp__atomtype_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gpp_atomtype.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="grompp__directives_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>grompp_directives.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="massrepartitioning_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>massrepartitioning.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2massrepartitioning_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>massrepartitioning.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2topdirs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topdirs.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="topdirs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topdirs.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1a71dd50e50b9b14886d041f466048841f" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name>DeprecatedDirectives</name> │ │ │ │ │ @@ -91274,35 +91331,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1ac7319c2107ed153afacfc2c707aa9a1b" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>DS_Search</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8cpp_1ad4c8fd4cc14cd62151bb6b149038cfb2" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>DS_Check_Order</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tomorse_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>tomorse.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a49f9ac0e0b195dafac44f351d83be82c" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>read_dissociation_energies</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a91e540f22f3a8a313122518d3f3b7410" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>nequal</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1aaa0ec48841102f0ed7c10d8f4cdf2d06" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>search_e_diss</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8cpp_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>convert_harmonics</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tomorse_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>tomorse.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="tomorse_8h_1a2ce5bfd86cd943ae5baa72962c79585a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>convert_harmonics</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="topdirs_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topdirs.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8h_1a742010a2348e265ddaa0b9ee879abd94" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name>Directive</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="topdirs_8h_1a742010a2348e265ddaa0b9ee879abd94a207894b5945342926a356d70c263bfe1" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>d_defaults</name> │ │ │ │ │ @@ -92804,14 +92840,20 @@ │ │ │ │ │ <member refid="architecture_8h_1a965bb789642e63d96bbba0c303109a68" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GMX_IS_X86_32</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="architecture_8h_1a5049871d3b2298b99b58e3663ee8cd49" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GMX_IS_X86_64</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="cpuinfo_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cpuinfo.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2cpuinfo_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>cpuinfo.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="cpuinfo_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>cpuinfo.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="detecthardware_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>detecthardware.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="detecthardware_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -93374,20 +93416,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="simd__support_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd_support.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="simd__support_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd_support.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="cpuinfo_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cpuinfo.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2cpuinfo_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>cpuinfo.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mockhardwaretopology_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mockhardwaretopology.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="imd_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>imd.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="imd_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -93749,14 +93785,41 @@ │ │ │ │ │ <member refid="orires_8h_1a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>print_orires_log</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="orires_8h_1ae3c8481da82a990b246b4ad54441b52f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>orires</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="pairs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pairs.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1a5d59a72498eb3a8759f974daa06fe37b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>warning_rlimit</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1a53338e7f9d3499aabdf8f25c6af5f238" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>evaluate_single</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1a704d0afde3f20144d8996c787fe86420" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>sixthRoot</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1ae1ff92c6c49709262e401f3498499f2d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>free_energy_evaluate_single</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1a593986c41a792f43a51528646a52f7af" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>do_pairs_general</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1addf0ef957e30aea59c4c50608f224e00" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>do_pairs_simple</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairs_8cpp_1a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>do_pairs</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2pairs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pairs.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pairs_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pairs.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="pairs_8h_1ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>do_pairs</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="position__restraints_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -93806,41 +93869,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="restcbt_8h_1ae1ede5f31d34b57fc752545a08939c37" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>compute_factors_restrdihs</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="restcbt_8h_1a96465d7ce23b11c49d9ae466eb68b179" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>compute_factors_cbtdihs</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="pairs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pairs.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1a5d59a72498eb3a8759f974daa06fe37b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>warning_rlimit</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1a53338e7f9d3499aabdf8f25c6af5f238" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>evaluate_single</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1a704d0afde3f20144d8996c787fe86420" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>sixthRoot</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1ae1ff92c6c49709262e401f3498499f2d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>free_energy_evaluate_single</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1a593986c41a792f43a51528646a52f7af" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>do_pairs_general</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1addf0ef957e30aea59c4c50608f224e00" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>do_pairs_simple</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairs_8cpp_1a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>do_pairs</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2pairs_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pairs.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>utilities.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name>MathOptimization</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="api_2legacy_2include_2gromacs_2math_2utilities_8h_1a1ec29a11264be6ff399bb9409b7e6e69ac6eea0560cd6f377e78dff2c85cc9122" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>Safe</name> │ │ │ │ │ @@ -93971,14 +94007,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="functions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>functions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2functions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>functions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="gausstransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gausstransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2gausstransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>gausstransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="3dtransforms_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>3dtransforms.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8h_1a7cd92fc1ac4aeb2dc1d8e50bf61e661e" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>WW</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="3dtransforms_8h_1a6a41fa5ed8bfdf8468a9554d6b1f450c" kind="typedef"> │ │ │ │ │ <name>vec4</name> │ │ │ │ │ @@ -94157,14 +94199,44 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="invertmatrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>invertmatrix.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2invertmatrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>invertmatrix.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="linearalgebra_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1acf3c0b0cb652c237d43ce39b2d3815a4" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>DEBUG_MATRIX</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1ac5f4dfe020d9a79c3306a3aab9ad95c2" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>alloc_matrix</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a396c68ee4563c130a29485fafe1bb42c" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>free_matrix</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a74da0358210d11c2e1d4b7e1f88ef2f4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>matrix_multiply</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a1537e55d2073c16c94b3f3447916946d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>dump_matrix</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1abcb389e19d7cf19cf151c6cfb9c5074b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>matrix_invert</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a19fead8409a29e230a379a06a6f39d7b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>multi_regression</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="math_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="math_2tests_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="neldermead_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>neldermead.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2neldermead_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>neldermead.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nrjac_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -94181,71 +94253,35 @@ │ │ │ │ │ <member refid="nrjac_8cpp_1a7df4ca6b4e4db74c4e58711242677763" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>jacobi</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="nrjac_8cpp_1a1e3a4070205deab90fbe44bdc6e741b6" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>m_inv_gen</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="optimization_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>optimization.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2optimization_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>optimization.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="arrayrefwithpadding_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>arrayrefwithpadding.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="boxmatrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>boxmatrix.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="complex_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>complex.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="dofit_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>dofit.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="gausstransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gausstransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2gausstransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>gausstransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="linearalgebra_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1acf3c0b0cb652c237d43ce39b2d3815a4" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>DEBUG_MATRIX</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1ac5f4dfe020d9a79c3306a3aab9ad95c2" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>alloc_matrix</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a396c68ee4563c130a29485fafe1bb42c" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>free_matrix</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a74da0358210d11c2e1d4b7e1f88ef2f4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>matrix_multiply</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a1537e55d2073c16c94b3f3447916946d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>dump_matrix</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1abcb389e19d7cf19cf151c6cfb9c5074b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>matrix_invert</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="linearalgebra_2matrix_8cpp_1a19fead8409a29e230a379a06a6f39d7b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>multi_regression</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="math_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="math_2tests_2matrix_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>matrix.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="multidimarray_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>multidimarray.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="optimization_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>optimization.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2optimization_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>optimization.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="paddedvector_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>paddedvector.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testarrayrefs_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>testarrayrefs.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="vectypes_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -94370,14 +94406,107 @@ │ │ │ │ │ <member refid="broadcaststructs_8h_1aefd2d9c9c9ad1cce4592e32e1f72b996" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>broadcastStateWithoutDynamics</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="broadcaststructs_8h_1a6beb7499688c2aa6ac815f444d38cb21" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>init_parallel</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="calc__verletbuf_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>calc_verletbuf.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ae37bfc87c8b62281650196096938c1c1" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>verletbufGetListSetup</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1aaced48d57de6edd8279b2365fea049b9" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>verletbufGetSafeListSetup</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a6bcdbe0120e201805439088057ea282e" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getMass</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a7562074483c004febb4e0f519144f148" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>get_vsite_masses</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a8ac98babc116242be4f1ca2773f07da2" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getResolutions</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a80fa8c036972a430e0d1c4a94f241c4f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getVerletBufferAtomtypes</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a61b371314f4c2d1e944c3b7ed70a4e93" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>constrained_atom_sigma2</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a8daf94767412f5525109e64aa6211743" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>get_atom_sigma2</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a82dd40cdde1d2abdefa7b3eed5927659" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>approx_2dof</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a49078497ab9aebe4da39991d85bedf4f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>energyDriftAtomPair</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4d60188eae5bdb1ccde380f93e532066" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>energyDrift</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a9ac48fa8c251b73fc69bde82d0d9a81f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>surface_frac</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ab0ecf002e55ccbe0049c0602ca230d0c" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>md3_force_switch</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a17ea0a4be1d43f8c61728b3ef6296cd8" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getVdwDerivatives</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ac88ec41d3ad19a8e1866d8da4279461e" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getElecDerivatives</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4a6f30aeac8df69a9e440e0ccb946204" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>displacementVariance</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a5039284f0b4844347d91e703dd2cba7e" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>maxSigma</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a7115995a0a681c6b01af57e4439c6a7d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>computeEffectiveAtomDensity</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a1217d3ce71cde843e4faef51d0d08700" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>computeEffectiveAtomDensity</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4624143f4e06669a7a956eeb38f8094f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getForceDerivatives</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ac6d056596f1f05ec04e1a674afece80b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>pressureError</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a2e110e015eba3d6d4e9ce3c53d67fe2c" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>calcVerletBufferSize</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a1a97c568437252f618967eaf4e12b4f7" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>verletBufferPressureError</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a19fb25325e02e2ca7fe68def3ff3d0b7" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>minCellSizeFromPairlistBuffer</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a914ae8d39693851dbe4fc01f592ff025" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>chanceOfAtomCrossingCell</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1afb5a347eacec4f2b978780acc5f1c4fb" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>getAtomConstraintProps</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a3653f50ffb4edc580a729786625c04d1" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a3e75a3574322fe4016e9ba9a43baf3d4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a9a05b6ec12bf1576a3d79072c3c06e0a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>minCellSizeForAtomDisplacement</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2calc__verletbuf_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>calc_verletbuf.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="calc__verletbuf_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>calc_verletbuf.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="calc__verletbuf_8h_1a9c18a7e4ee3a4b8abe9cbc1c7f07e482" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name>ChanceTarget</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="calc__verletbuf_8h_1a9c18a7e4ee3a4b8abe9cbc1c7f07e482a0d218a68afe0e679a14afc704d6e0fba" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>Atom</name> │ │ │ │ │ @@ -94436,14 +94565,32 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="calcmu_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>calcmu.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="calcmu_8h_1a85bd31e482a15daeab9ae1ed502be649" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>calc_mu</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="calcvir_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>calcvir.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="calcvir_8cpp_1a7fbc6150a900516fe08f3d1d78d10a3a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>upd_vir</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calcvir_8cpp_1ab782b5c8d1d54de0f2dc73816c34e69e" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>calc_x_times_f</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calcvir_8cpp_1a7c7262d953d3c0145dfc78bdfdcf0aaf" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>calc_vir</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="calcvir_8cpp_1ac0519370169f766a690921574527e1f8" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>f_calc_vir</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2calcvir_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>calcvir.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="calcvir_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>calcvir.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="calcvir_8h_1a7c7262d953d3c0145dfc78bdfdcf0aaf" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>calc_vir</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="calcvir_8h_1a2e11d2cac0050196151d3e5dea3d4e78" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>f_calc_vir</name> │ │ │ │ │ @@ -94769,14 +94916,44 @@ │ │ │ │ │ <member refid="dispersioncorrection_8cpp_1ad9d13cef20a7aff241e7f2bbd788b651" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>addCorrectionBeyondCutoff</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="dispersioncorrection_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>dispersioncorrection.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="ebin_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>ebin.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1ac12bac52fd1d34d837270bb685da4362" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>mk_ebin</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a34e4fcb6892846757e2d0696150b9868" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>done_ebin</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a8ce9fb2bc0ff647e46e27004f15d37d8" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>get_ebin_space</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a0d2f222119cf01dde362e73e8cab24cc" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>add_ebin</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1aabfff7a7974e7cd2510d218026ad7763" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>add_ebin_indexed</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a5a9a1c3a2803bfb618c59ba80a483eb8" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>ebin_increase_count</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a9dccf9e8847ae2b7c90f1757f181edd3" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>reset_ebin_sums</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="ebin_8cpp_1a0e53b24a8f43d4ca9afcee637a2bf66a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>pr_ebin</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2ebin_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>ebin.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="ebin_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>ebin.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="ebin_8h_1afa231099d07583c3ed0981e0bb665f55" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name/> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="ebin_8h_1afa231099d07583c3ed0981e0bb665f55a8da1c819aa64a4dbd298ee88c4d1a013" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>eprNORMAL</name> │ │ │ │ │ @@ -94853,17 +95030,68 @@ │ │ │ │ │ <member refid="enerdata__utils_8h_1ad0e7876c7fe21f32738a4d4b0674428f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>accumulatePotentialEnergies</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="enerdata__utils_8h_1a0ef9689c928727407b033c5ae1a1eea1" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>accumulateKineticLambdaComponents</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="energydrifttracker_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>energydrifttracker.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2energydrifttracker_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>energydrifttracker.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energydrifttracker_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energydrifttracker.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="energyoutput_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>energyoutput.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1ae702283029010214686db86ebefd064f" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>conrmsd_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1af9a5df1cc0f79e30cd549d9390190ae8" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>boxs_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a62e0f669df8dc1cf93e91fbc37a1bfeb" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>tricl_boxs_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a2166f10d02726fd0a42f9fd59a0793be" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>vol_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a8964edd4afb459c74952caa60a8238fe" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>dens_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a5e65bad54eeac1c4bb741f8a043fe660" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>pvEnergyFieldName</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1ab8763911144ae1e22fa0045dd683f03e" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>enthalpyEnergyFieldName</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a9744bcc5a76310585dcb685242d9eff7" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>virialEnergyFieldNames</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a8c0b194d50afc2be028ba4448a37e94d" kind="variable"> │ │ │ │ │ + <name>boxvel_nm</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a1ccde3afe654b06b708648ca0b291110" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>enumValueToString</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1a1999c5db464cb5509f0b5563578f2eb4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>haveFepLambdaMoves</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1afb0d8cdbcd5b9ac184414f53a40685ad" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>print_lambda_vector</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="energyoutput_8cpp_1ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>open_dhdl</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2energyoutput_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>energyoutput.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energyoutput_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyoutput.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8h_1a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5f" kind="enum"> │ │ │ │ │ <name/> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8h_1a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fa765fa2498c8448dc617646ed69caeff0" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>dhbtDH</name> │ │ │ │ │ @@ -94895,14 +95123,59 @@ │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8h_1a1ccde3afe654b06b708648ca0b291110" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>enumValueToString</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="energyoutput_8h_1ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>open_dhdl</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="expanded_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>expanded.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a154b944fb3c9edf1004333d008b54e58" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>init_df_history_weights</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a0d197df258daf4811be3cc8029d4dfc2" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>init_expanded_ensemble</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a1f6b76fb07e5eafd1b2d70f6b9bc5901" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>GenerateGibbsProbabilities</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a5c19f132496302c8e7f180c14360ef4f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>GenerateWeightedGibbsProbabilities</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a313dbd61cff8bda59e75a3687ad9f5e7" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>FindMinimum</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1ae9638b8d078fd82963238b1a86ea6200" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>CheckHistogramRatios</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a5786022b5442037dbe4154ffaf379e98" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>CheckIfDoneEquilibrating</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1adfa9d45cfe44f3e4d201c96d25988afc" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>UpdateWeights</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1ace10c6d27c8e0a4b1b99aeaa9c37631f" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>ChooseNewLambda</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a311fe13f556d5258e4076db21c3267ab" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>PrintFreeEnergyInfoToFile</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1a04c6b1274f381b3578419ef05b330fd8" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>expandedEnsembleUpdateLambdaState</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1ab33d688465e61058761b8792ba60e1a2" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>simulatedTemperingUpdateTemperature</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="expanded_8cpp_1af7d909f85ff9be38843ccf999091b9c3" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>ExpandedEnsembleDynamics</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2expanded_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>expanded.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="expanded_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>expanded.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="expanded_8h_1a55e927335fdca404de0c6042d083be56" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>init_expanded_ensemble</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="expanded_8h_1a6a2ae5061bf02f76f7e093d018801cea" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>ExpandedEnsembleDynamics</name> │ │ │ │ │ @@ -95015,14 +95288,62 @@ │ │ │ │ │ <member refid="forcerec_8cpp_1a002be99447184e86bd915e64b04990eb" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>cutoff_inf</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="forcerec_8cpp_1a09ac98a471c08df1d4924dd3badb8fb4" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>init_forcerec</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="mdlib_2forcerec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>forcerec.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1ad574743856f12c6c61adac4638616557" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>makeNonBondedParameterLists</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1adda2d38d66ca97ecf4b9a30da8430055" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>makeLJPmeC6GridCorrectionParameters</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a1e7606eaffdcf505126926cfe52933de" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>forcerec_set_ranges</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a2d02f546d7c44d487ce3fc6829d0bf1d" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>init_interaction_const_tables</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a09ac98a471c08df1d4924dd3badb8fb4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>init_forcerec</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="mdtypes_2forcerec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>forcerec.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1ae4d0152c2412406295210b2b6633a004" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>GMX_CUTOFF_INF</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a5063d5dcccfb8867ca5de35a52493304" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>C6</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1ae635fdf2791c00da8444ec339f789e23" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>C12</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1adf04f95ffc1466411b3ce28490b26aea" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BHAMC</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a918ce62f3b1ff5871fc8e1c319113861" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BHAMA</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a4d2d7382889f102ba1d95a1682f75743" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BHAMB</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a002be99447184e86bd915e64b04990eb" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>cutoff_inf</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="freeenergyparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>freeenergyparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2freeenergyparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>freeenergyparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="freeenergyparameters_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>freeenergyparameters.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gmx__omp__nthreads_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>gmx_omp_nthreads.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="gmx__omp__nthreads_8cpp_1a50e637fc24b5b017d7a0bff2128cfad4" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>modth</name> │ │ │ │ │ @@ -95735,14 +96056,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="rf__util_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>rf_util.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="rf__util_8h_1a7e4d9d918fa6980395ed408489a9134c" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>calc_rffac</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="settle_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>settle.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2settle_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>settle.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settle_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>settle.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settle__gpu_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>settle_gpu.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settle__gpu_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -95939,125 +96266,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="stophandler_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>stophandler.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="stophandler_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>stophandler.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="calc__verletbuf_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>calc_verletbuf.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ae37bfc87c8b62281650196096938c1c1" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>verletbufGetListSetup</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1aaced48d57de6edd8279b2365fea049b9" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>verletbufGetSafeListSetup</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a6bcdbe0120e201805439088057ea282e" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getMass</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a7562074483c004febb4e0f519144f148" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>get_vsite_masses</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a8ac98babc116242be4f1ca2773f07da2" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getResolutions</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a80fa8c036972a430e0d1c4a94f241c4f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getVerletBufferAtomtypes</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a61b371314f4c2d1e944c3b7ed70a4e93" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>constrained_atom_sigma2</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a8daf94767412f5525109e64aa6211743" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>get_atom_sigma2</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a82dd40cdde1d2abdefa7b3eed5927659" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>approx_2dof</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a49078497ab9aebe4da39991d85bedf4f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>energyDriftAtomPair</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4d60188eae5bdb1ccde380f93e532066" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>energyDrift</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a9ac48fa8c251b73fc69bde82d0d9a81f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>surface_frac</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ab0ecf002e55ccbe0049c0602ca230d0c" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>md3_force_switch</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a17ea0a4be1d43f8c61728b3ef6296cd8" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getVdwDerivatives</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ac88ec41d3ad19a8e1866d8da4279461e" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getElecDerivatives</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4a6f30aeac8df69a9e440e0ccb946204" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>displacementVariance</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a5039284f0b4844347d91e703dd2cba7e" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>maxSigma</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a7115995a0a681c6b01af57e4439c6a7d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>computeEffectiveAtomDensity</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a1217d3ce71cde843e4faef51d0d08700" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>computeEffectiveAtomDensity</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a4624143f4e06669a7a956eeb38f8094f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getForceDerivatives</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1ac6d056596f1f05ec04e1a674afece80b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>pressureError</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a2e110e015eba3d6d4e9ce3c53d67fe2c" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>calcVerletBufferSize</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a1a97c568437252f618967eaf4e12b4f7" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>verletBufferPressureError</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a19fb25325e02e2ca7fe68def3ff3d0b7" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>minCellSizeFromPairlistBuffer</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a914ae8d39693851dbe4fc01f592ff025" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>chanceOfAtomCrossingCell</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1afb5a347eacec4f2b978780acc5f1c4fb" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>getAtomConstraintProps</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a3653f50ffb4edc580a729786625c04d1" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a3e75a3574322fe4016e9ba9a43baf3d4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>chanceOfUpdateGroupCrossingCell</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calc__verletbuf_8cpp_1a9a05b6ec12bf1576a3d79072c3c06e0a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>minCellSizeForAtomDisplacement</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2calc__verletbuf_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>calc_verletbuf.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="calcvir_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>calcvir.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="calcvir_8cpp_1a7fbc6150a900516fe08f3d1d78d10a3a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>upd_vir</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calcvir_8cpp_1ab782b5c8d1d54de0f2dc73816c34e69e" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>calc_x_times_f</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calcvir_8cpp_1a7c7262d953d3c0145dfc78bdfdcf0aaf" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>calc_vir</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="calcvir_8cpp_1ac0519370169f766a690921574527e1f8" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>f_calc_vir</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2calcvir_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>calcvir.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="constrtestdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>constrtestdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="constrtestdata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>constrtestdata.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="constrtestrunners_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -96068,146 +96284,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="constrtestrunners_8h_1ae18dc737d962baeb9ec208574ff725a9" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="constrtestrunners__gpu_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>constrtestrunners_gpu.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="ebin_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>ebin.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1ac12bac52fd1d34d837270bb685da4362" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>mk_ebin</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a34e4fcb6892846757e2d0696150b9868" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>done_ebin</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a8ce9fb2bc0ff647e46e27004f15d37d8" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>get_ebin_space</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a0d2f222119cf01dde362e73e8cab24cc" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>add_ebin</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1aabfff7a7974e7cd2510d218026ad7763" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>add_ebin_indexed</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a5a9a1c3a2803bfb618c59ba80a483eb8" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>ebin_increase_count</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a9dccf9e8847ae2b7c90f1757f181edd3" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>reset_ebin_sums</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="ebin_8cpp_1a0e53b24a8f43d4ca9afcee637a2bf66a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>pr_ebin</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2ebin_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>ebin.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="energydrifttracker_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>energydrifttracker.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2energydrifttracker_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>energydrifttracker.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="energyoutput_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>energyoutput.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1ae702283029010214686db86ebefd064f" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>conrmsd_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1af9a5df1cc0f79e30cd549d9390190ae8" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>boxs_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a62e0f669df8dc1cf93e91fbc37a1bfeb" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>tricl_boxs_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a2166f10d02726fd0a42f9fd59a0793be" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>vol_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a8964edd4afb459c74952caa60a8238fe" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>dens_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a5e65bad54eeac1c4bb741f8a043fe660" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>pvEnergyFieldName</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1ab8763911144ae1e22fa0045dd683f03e" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>enthalpyEnergyFieldName</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a9744bcc5a76310585dcb685242d9eff7" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>virialEnergyFieldNames</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a8c0b194d50afc2be028ba4448a37e94d" kind="variable"> │ │ │ │ │ - <name>boxvel_nm</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a1ccde3afe654b06b708648ca0b291110" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>enumValueToString</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1a1999c5db464cb5509f0b5563578f2eb4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>haveFepLambdaMoves</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1afb0d8cdbcd5b9ac184414f53a40685ad" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>print_lambda_vector</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="energyoutput_8cpp_1ac18143d613e81608c3d21acefd4cd8f0" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>open_dhdl</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2energyoutput_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>energyoutput.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="expanded_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>expanded.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a154b944fb3c9edf1004333d008b54e58" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>init_df_history_weights</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a0d197df258daf4811be3cc8029d4dfc2" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>init_expanded_ensemble</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a1f6b76fb07e5eafd1b2d70f6b9bc5901" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>GenerateGibbsProbabilities</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a5c19f132496302c8e7f180c14360ef4f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>GenerateWeightedGibbsProbabilities</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a313dbd61cff8bda59e75a3687ad9f5e7" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>FindMinimum</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1ae9638b8d078fd82963238b1a86ea6200" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>CheckHistogramRatios</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a5786022b5442037dbe4154ffaf379e98" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>CheckIfDoneEquilibrating</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1adfa9d45cfe44f3e4d201c96d25988afc" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>UpdateWeights</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1ace10c6d27c8e0a4b1b99aeaa9c37631f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>ChooseNewLambda</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a311fe13f556d5258e4076db21c3267ab" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>PrintFreeEnergyInfoToFile</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1a04c6b1274f381b3578419ef05b330fd8" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>expandedEnsembleUpdateLambdaState</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1ab33d688465e61058761b8792ba60e1a2" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>simulatedTemperingUpdateTemperature</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="expanded_8cpp_1af7d909f85ff9be38843ccf999091b9c3" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>ExpandedEnsembleDynamics</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2expanded_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>expanded.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="freeenergyparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>freeenergyparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2freeenergyparameters_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>freeenergyparameters.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="langevin_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>langevin.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="langevintestdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>langevintestdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="langevintestdata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -96242,20 +96326,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mdgpugraph_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mdgpugraph.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="parrinellorahman_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>parrinellorahman.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="settle_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>settle.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2settle_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>settle.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settletestdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>settletestdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settletestdata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>settletestdata.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settletestrunners_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -96266,29 +96344,23 @@ │ │ │ │ │ <member refid="settletestrunners_8h_1a1c3e3e64bd28ea88fa2ca78148f17e38" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GPU_SETTLE_SUPPORTED</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="settletestrunners__gpu_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>settletestrunners_gpu.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2updategroups_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>updategroups.cpp</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2updategroupscog_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>updategroupscog.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="updategroups_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>updategroups.cpp</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="updategroupscog_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>updategroupscog.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="watersystem_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>watersystem.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2wholemoleculetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>wholemoleculetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="wholemoleculetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>wholemoleculetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tgroup_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>tgroup.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="tgroup_8cpp_1a929fa811913497707b0e6c26a9e5f90f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>sum_ekin</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tgroup_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -96497,22 +96569,22 @@ │ │ │ │ │ <member refid="update__vv_8h_1a0651e9a62ab3f26c47a449c665ebe23a" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>integrateVVFirstStep</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="update__vv_8h_1a73535f458b491a6e94ea3e7fec5146ff" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>integrateVVSecondStep</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="updategroups_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>updategroups.h</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2updategroups_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>updategroups.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2updategroupscog_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>updategroupscog.cpp</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="updategroups_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>updategroups.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="updategroupscog_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>updategroupscog.cpp</name> │ │ │ │ │ + <compound refid="updategroups_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>updategroups.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="updategroupscog_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>updategroupscog.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="vcm_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>vcm.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="vcm_8cpp_1ae28a47942148c5a7d3960cc7b88ce36d" kind="function"> │ │ │ │ │ @@ -96584,14 +96656,20 @@ │ │ │ │ │ <member refid="wall_8h_1a1115ad539d487137add026c12f41ec0d" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>make_wall_tables</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="wall_8h_1af022aa180f9fc027e9a76597dc6364b6" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>do_walls</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2wholemoleculetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>wholemoleculetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="wholemoleculetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>wholemoleculetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="wholemoleculetransform_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>wholemoleculetransform.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="isimulator_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>isimulator.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="legacymdrunoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -96833,14 +96911,23 @@ │ │ │ │ │ <member refid="printtime_8h_1a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>print_start</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mdmodulesnotifier_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mdmodulesnotifier.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="threadaffinity__mpi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>threadaffinity_mpi.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="threadaffinitytest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>threadaffinitytest.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="threadaffinitytest_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>threadaffinitytest.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2threadaffinity_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>threadaffinity.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="threadaffinity_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>threadaffinity.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="threadaffinity_8cpp_1a3a7780da7fe9739b2bbf05f8330df531" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>invalidWithinSimulation</name> │ │ │ │ │ @@ -96860,23 +96947,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="threadaffinity_8cpp_1ac83aaedb16aef9c0921c486ff3f3e44c" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>detectDefaultAffinityMask</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="threadaffinity_8cpp_1a90bf38d5ca5e91ca898dc21c9e8ca1f5" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_check_thread_affinity_set</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="threadaffinity__mpi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>threadaffinity_mpi.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="threadaffinitytest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>threadaffinitytest.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="threadaffinitytest_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>threadaffinitytest.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="threadaffinity_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>threadaffinity.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="threadaffinity_8h_1a1fea524114d0df616a63f3df1ff7363e" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>analyzeThreadsOnThisNode</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="threadaffinity_8h_1a149422c5d0f48e0ac95d5f0de32ba840" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_set_thread_affinity</name> │ │ │ │ │ @@ -96926,14 +97004,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh__history_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh_history.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="awh__params_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>awh_params.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="checkpointdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>checkpointdata.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2checkpointdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>checkpointdata.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="checkpointdata_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>checkpointdata.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="commrec_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>commrec.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="commrec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -97067,56 +97151,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="forcebuffers_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>forcebuffers.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="forceoutput_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>forceoutput.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="mdlib_2forcerec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>forcerec.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1ad574743856f12c6c61adac4638616557" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>makeNonBondedParameterLists</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1adda2d38d66ca97ecf4b9a30da8430055" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>makeLJPmeC6GridCorrectionParameters</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a1e7606eaffdcf505126926cfe52933de" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>forcerec_set_ranges</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a2d02f546d7c44d487ce3fc6829d0bf1d" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>init_interaction_const_tables</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdlib_2forcerec_8h_1a09ac98a471c08df1d4924dd3badb8fb4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>init_forcerec</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="mdtypes_2forcerec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>forcerec.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1ae4d0152c2412406295210b2b6633a004" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>GMX_CUTOFF_INF</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a5063d5dcccfb8867ca5de35a52493304" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>C6</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1ae635fdf2791c00da8444ec339f789e23" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>C12</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1adf04f95ffc1466411b3ce28490b26aea" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BHAMC</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a918ce62f3b1ff5871fc8e1c319113861" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BHAMA</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a4d2d7382889f102ba1d95a1682f75743" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BHAMB</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="mdtypes_2forcerec_8h_1a002be99447184e86bd915e64b04990eb" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>cutoff_inf</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="group_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>group.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="group_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>group.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="group_8h_1ac9e8d2b7485d668243fac31c7541b2b1" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GID</name> │ │ │ │ │ @@ -97538,14 +97580,20 @@ │ │ │ │ │ <member refid="mdatom_8h_1a501fde7d06a42c4b57d475b1afc41816" kind="typedef"> │ │ │ │ │ <name>t_mdatoms</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mdrunoptions_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mdrunoptions.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="multipletimestepping_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>multipletimestepping.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2multipletimestepping_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>multipletimestepping.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="multipletimestepping_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>multipletimestepping.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nblist_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nblist.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="observableshistory_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -97745,29 +97793,17 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="swaphistory_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>swaphistory.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="swaphistory_8h_1a9a3872a2803189eaef2cd341e21d7b49" kind="typedef"> │ │ │ │ │ <name>swaphistory_t</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="checkpointdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>checkpointdata.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2checkpointdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>checkpointdata.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="enerdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>enerdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="multipletimestepping_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>multipletimestepping.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2multipletimestepping_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>multipletimestepping.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="threaded__force__buffer_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>threaded_force_buffer.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="threaded__force__buffer_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>threaded_force_buffer.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="communicator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -99020,14 +99056,29 @@ │ │ │ │ │ <member refid="nbnxm__ocl__types_8h_1ac25d3305b20adbcba038d1b0c71c9787a2cae5392fcd51a798cd5acf13c7aaa04" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>epruneRolling</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="nbnxm__ocl__types_8h_1ac25d3305b20adbcba038d1b0c71c9787af63fe644ad195c8f8b61837b6426c701" kind="enumvalue"> │ │ │ │ │ <name>ePruneNR</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="pairlist_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pairlist.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="pairlist_8cpp_1ad2c916f0430c8d399b770b199b7f627d" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>PRUNE_LIST_CPU_ONE</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairlist_8cpp_1af0cdf2cec51c5eb2f62d3ce6cf515d14" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>PRUNE_LIST_CPU_ALL</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="pairlist_8cpp_1a41d2a4c723e728aa374bff96917a2a69" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>NBNXN_REFCODE</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2pairlist_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pairlist.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pairlist_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pairlist.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="pairlist_8h_1a5c5eb76c6c6759e6484311bad1f61cf4" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>NBNXN_CI_SHIFT</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="pairlist_8h_1a06e75dfd0236de1c43c4d40a52ddf7b5" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>NBNXN_CI_DO_LJ</name> │ │ │ │ │ @@ -99188,29 +99239,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="kernel__test_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>kernel_test.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="kernelsetup_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>kernelsetup.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="pairlist_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pairlist.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1ad2c916f0430c8d399b770b199b7f627d" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>PRUNE_LIST_CPU_ONE</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1af0cdf2cec51c5eb2f62d3ce6cf515d14" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>PRUNE_LIST_CPU_ALL</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="pairlist_8cpp_1a41d2a4c723e728aa374bff96917a2a69" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>NBNXN_REFCODE</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2pairlist_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pairlist.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="spc81__coords_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>spc81_coords.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="spc81__coords_8h_1aa7082491da8d1c18955560254fecd944" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>spc81Box</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="spc81__coords_8h_1af7e353acbc1bd24d0838c630396297b0" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>spc81Coordinates</name> │ │ │ │ │ @@ -99227,47 +99263,47 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2helpformat_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helpformat.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="helpformat_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helpformat.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="helpmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>helpmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2helpmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>helpmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="helpmanager_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helpmanager.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="helptopic_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helptopic.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="helptopic_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helptopic.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="helpwritercontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>helpwritercontext.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2helpwritercontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>helpwritercontext.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="helpwritercontext_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>helpwritercontext.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="ihelptopic_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>ihelptopic.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="rstparser_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>rstparser.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="rstparser_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>rstparser.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="helpmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>helpmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2helpmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>helpmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="helpwritercontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>helpwritercontext.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2helpwritercontext_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>helpwritercontext.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mock__helptopic_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mock_helptopic.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mock__helptopic_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mock_helptopic.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="onlinehelp__doc_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -99320,14 +99356,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="options_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>options.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="options__impl_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>options_impl.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="optionsassigner_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>optionsassigner.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2optionsassigner_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>optionsassigner.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="optionsassigner_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>optionsassigner.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="optionsection_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>optionsection.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="optionsection_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -99347,20 +99389,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="abstractoptionstorage_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>abstractoptionstorage.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="option_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>option.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="optionsassigner_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>optionsassigner.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2optionsassigner_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>optionsassigner.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="repeatingsection_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>repeatingsection.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2timeunitmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>timeunitmanager.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="timeunitmanager_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -99767,14 +99803,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pbc__simd_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pbc_simd.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="pbc__simd_8cpp_1aee24df3284f90cb78860cfdaab7089ab" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>set_pbc_simd</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="pbcenums_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pbcenums.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2pbcenums_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>pbcenums.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pbcmethods_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pbcmethods.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="pbcmethods_8cpp_1a52f8059b0986fb05e15fd0035fdc6a2b" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>calc_pbc_cluster</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="pbcmethods_8cpp_1a8ec2afb0ca5771a6cdf44732d633d96f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>put_molecule_com_in_box</name> │ │ │ │ │ @@ -99812,20 +99854,14 @@ │ │ │ │ │ <member refid="rmpbc_8cpp_1aea3141b86177903310331352c7d8610c" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_rmpbc_trxfr</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="rmpbc_8cpp_1a4e2e91b8082ca3ff1f0e855c1117fd03" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>rm_gropbc</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="pbcenums_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pbcenums.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2pbcenums_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>pbcenums.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pull_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pull.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="pull_8h_1a98f772136c45528b8d405dd8e13d00b0" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>c_pullGroupPbcMargin</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="pull_8h_1ae5981861a54303677a7841cb8146ad1b" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>c_pullGroupSmallGroupThreshold</name> │ │ │ │ │ @@ -100760,14 +100796,20 @@ │ │ │ │ │ <member refid="mempool_8h_1ab6d31a7e65ca3c3a9b7c60030e463f7e" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>_gmx_sel_mempool_alloc_group</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="mempool_8h_1a54bee0becd16f45c8fef086741f3c640" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>_gmx_sel_mempool_free_group</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="nbsearch_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nbsearch.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nbsearch_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nbsearch.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="params_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>params.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="params_8cpp_1a0b7a4287d249f2fc627a4ba6e2e6969b" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_ana_selparam_find</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="params_8cpp_1a19d2834cd3672d8cfb1456e0a2df8611" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>convert_value</name> │ │ │ │ │ @@ -102455,20 +102497,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="symrec_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>symrec.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="symrec_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>symrec.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="nbsearch_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nbsearch.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2nbsearch_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nbsearch.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="toputils_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>toputils.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="toputils_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>toputils.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="hsimd__declarations_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -102629,50 +102665,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="scalar__math_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>scalar_math.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="scalar__util_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>scalar_util.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="simd__math_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>simd_math.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="simd__memory_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>simd_memory.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="vector__operations_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>vector_operations.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="base_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>base.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="base_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>base.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="base_8h_1ac0824259807000bc715ae859f7d0bdff" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="bootstrap__loadstore_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>bootstrap_loadstore.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="data_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>data.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="scalar_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>scalar.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="scalar__math_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>scalar_math.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="scalar__util_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>scalar_util.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="simd_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>simd.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="include_2gromacs_2simd_2simd_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="group__module__simd_1ga1578fccdb327f36a2bea338457cbf883" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD_HAVE_REAL</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="group__module__simd_1ga586ccc19c21a1d5e9c97e15b70822fba" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD_REAL_WIDTH</name> │ │ │ │ │ @@ -102713,14 +102713,50 @@ │ │ │ │ │ <member refid="include_2gromacs_2simd_2simd_8h_1a189844f1c8b104833734513c2ae480a9" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2simd_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="simd__math_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>simd_math.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="simd__memory_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>simd_memory.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="vector__operations_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>vector_operations.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="base_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>base.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="base_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>base.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="base_8h_1ac0824259807000bc715ae859f7d0bdff" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="bootstrap__loadstore_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>bootstrap_loadstore.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="data_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>data.h</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="scalar_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>scalar.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="scalar__math_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>scalar_math.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="scalar__util_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>scalar_util.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="simd_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>simd.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="simd4_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd4.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="simd4_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>simd4.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="simd4__floatingpoint_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -103916,14 +103952,29 @@ │ │ │ │ │ <member refid="convert__tpr_8cpp_1a6a1dfd27250c05439e72e91d1dc621d9" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>print_runtime_info</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="convert__tpr_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>convert_tpr.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="domdec_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a24ad4a51109a28e8e9c62508b9e42647" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>write_dd_grid_pdb</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>write_dd_pdb</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tools_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tools_2tests_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="domdec_2dump_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>dump.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="domdec_2dump_8h_1a24ad4a51109a28e8e9c62508b9e42647" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>write_dd_grid_pdb</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="domdec_2dump_8h_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>write_dd_pdb</name> │ │ │ │ │ @@ -104192,47 +104243,32 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pme__error_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pme_error.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="pme__error_8h_1a42920a62354c32b1fb15a43415ae13c1" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_pme_error</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="report__methods_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>report_methods.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2report__methods_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>report_methods.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="report__methods_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>report_methods.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="convert-tpr-fixture_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>convert-tpr-fixture.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="convert-tpr-with-leaks_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>convert-tpr-with-leaks.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="convert-tpr_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>convert-tpr.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="domdec_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a24ad4a51109a28e8e9c62508b9e42647" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>write_dd_grid_pdb</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2dump_8cpp_1a1bd82c86c0d8c32a9ee429e70eaaa803" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>write_dd_pdb</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tools_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tools_2tests_2dump_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>dump.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="report__methods_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>report_methods.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2report__methods_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>report_methods.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="trjcat_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>trjcat.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="trjcat_8cpp_1a7f53bfa6bc1bc9e1f0669290d03dc823" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>TIME_EXPLICIT</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="trjcat_8cpp_1af23ab04b746a0b7cf50a63d4306f956f" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>TIME_CONTINUE</name> │ │ │ │ │ @@ -105167,32 +105203,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2symtab_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>symtab.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mtop_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mtop.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2topsort_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>topsort.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="topsort_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>topsort.cpp</name> │ │ │ │ │ - <member refid="topsort_8cpp_1a946b82bd3645f53a3ef0fc452cda3255" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>ip_pert</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="topsort_8cpp_1ac933a04078e4833e3bb7c2da644ea6a4" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>hasPerturbedCharge</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="topsort_8cpp_1ad591064a31a561507ca473b94858b513" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_mtop_bondeds_free_energy</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="topsort_8cpp_1ad0af318a722dc224c16f8ba0200915d0" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_sort_ilist_fe</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="topology_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topology.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="topology_8cpp_1adbbbc6066966865e09b44a0a55027dc6" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>shortName</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="topology_8cpp_1a607377e40e38c2265a65c02c34c38135" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_mtop_maxresnr</name> │ │ │ │ │ @@ -105281,14 +105299,32 @@ │ │ │ │ │ <member refid="topology_8cpp_1a85d05becca5c0679d34818b34cac059f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>getGroupType</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="topology_8cpp_1a6175a7c5cb4ba4a3b8e141f38e7085d1" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>copy_moltype</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2topsort_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>topsort.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="topsort_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>topsort.cpp</name> │ │ │ │ │ + <member refid="topsort_8cpp_1a946b82bd3645f53a3ef0fc452cda3255" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>ip_pert</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="topsort_8cpp_1ac933a04078e4833e3bb7c2da644ea6a4" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>hasPerturbedCharge</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="topsort_8cpp_1ad591064a31a561507ca473b94858b513" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_mtop_bondeds_free_energy</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="topsort_8cpp_1ad0af318a722dc224c16f8ba0200915d0" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_sort_ilist_fe</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energyframe_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyframe.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="energyframe_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>energyframe.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="trajectoryframe_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -105557,59 +105593,23 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="test__selection_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>test_selection.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="test__selection_8cpp_1a0ddf1224851353fc92bfbff6f499fa97" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>main</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="unionfind_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>unionfind.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2topologyinformation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topologyinformation.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="topologyinformation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>topologyinformation.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="unionfind_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>unionfind.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="domdec_2utility_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>utility.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1ad8be86df1243f4c4cf275e130ca8c6df" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>isDlbOn</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1ad57e700f3ebb0a127187ca3d1b0e8211" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>isDlbDisabled</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>dim2char</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1a6f8a7f243efd91fe9555ab433ec54564" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>make_tric_corr_matrix</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1abf5bf826810f43d008e33df3fb2bdf1f" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>check_screw_box</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1a155480532c8a0a96130c1751c53cc868" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>ddGetAtomInfo</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1add55e8ee06aa3b942947af95265badec" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>dd_load_count</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1affcd5680a909d4f7e36a42b0c53c0a3b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>dd_resize_atominfo_and_state</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1a348cc51cf67fa4a05a780abdf4643c69" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>atomToAtomIntoDomainToDomainCutoff</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="domdec_2utility_8h_1a5d94f58e6d190b2f9e30012f41cb65c2" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="utility_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>utility.h</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="alignedallocator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>alignedallocator.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2alignedallocator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>alignedallocator.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="any_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -106037,14 +106037,74 @@ │ │ │ │ │ <member refid="basenetwork_8h_1a856663c2fa6ff9a42b99facd16ecba7f" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>gmx_abort</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="binaryinformation_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>binaryinformation.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_SIZE</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a36d974770db6f000fa22d11ec2e703ae" kind="typedef"> │ │ │ │ │ + <name>gmx_bitmask_t</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_clear</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a5168231ad0b5853459cb773289746f17" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_set_bit</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_init_bit</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_init_low_bits</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a0393c9b4ae7479b8a94175ca824da638" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_set</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_disjoint</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1aaa9e0bc87b7c9a5c374df77c89c1a831" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_equal</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a401f50b66873e8949399a4a4a7e5a7e0" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_is_zero</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a493dcf3cd86ca6ae1bdb530c1e1da513" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask_union</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a205d4d90d896181906c7ee156f92d905" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc" kind="function"> │ │ │ │ │ + <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2bitmask_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>bitmask.h</name> │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_CLASSNAME_</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_CLASSNAME</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1ac9fd19466a21d6fe2ef034facd484683" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_TEST_P_</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + <member refid="tests_2bitmask_8h_1a11f46d475da3b27c761458a85876ed82" kind="define"> │ │ │ │ │ + <name>BITMASK_TEST_P</name> │ │ │ │ │ + </member> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="booltype_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>booltype.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="compare_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>compare.h</name> │ │ │ │ │ <member refid="compare_8h_1ad40ca9a553b3ccef4e8b0333186bab03" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>equal_real</name> │ │ │ │ │ @@ -106508,14 +106568,20 @@ │ │ │ │ │ <member refid="keyvaluetreeserializer_8cpp_1ad48ff27bd039835178a6bd8f572c831f" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>SERIALIZER</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2keyvaluetreeserializer_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>keyvaluetreeserializer.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>keyvaluetreetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>keyvaluetreetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="logger_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>logger.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2logger_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>logger.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="loggerbuilder_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -106538,14 +106604,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="path_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>path.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="tests_2path_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>path.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>physicalnodecommunicator.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>physicalnodecommunicator.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="pleasecite_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>pleasecite.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="pleasecite_8cpp_1a32d93b9a0ad6e541b08f40f64bda5f4b" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>NSTR</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ <member refid="pleasecite_8cpp_1a330fea445f643d2b44bd1c08022d1cb1" kind="variable"> │ │ │ │ │ <name>sc_lineWidth</name> │ │ │ │ │ @@ -106661,74 +106733,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="alignedallocator__impl_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>alignedallocator_impl.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="arrayref_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>arrayref.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_SIZE</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a36d974770db6f000fa22d11ec2e703ae" kind="typedef"> │ │ │ │ │ - <name>gmx_bitmask_t</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a18f53c59e5ef4fe3f1b1a649da01fd0a" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_clear</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a5168231ad0b5853459cb773289746f17" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_set_bit</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1ac5dd57fcf554ecadf7f009008e33be8b" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_init_bit</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a7ff662ac524c3f80cfa909c40e337eec" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_init_low_bits</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a0393c9b4ae7479b8a94175ca824da638" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_set</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a8f44d71faaedd70fca3d13deeb28e184" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_disjoint</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1aaa9e0bc87b7c9a5c374df77c89c1a831" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_equal</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a401f50b66873e8949399a4a4a7e5a7e0" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_is_zero</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a493dcf3cd86ca6ae1bdb530c1e1da513" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask_union</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a9779f1aa514f38cfb6c4fa651ab0cf85" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1a205d4d90d896181906c7ee156f92d905" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h_1abc49e90631d64a92cf4e3e3bc8961abc" kind="function"> │ │ │ │ │ - <name>to_hex_string</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2bitmask_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>bitmask.h</name> │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_CLASSNAME_</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_CLASSNAME</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1ac9fd19466a21d6fe2ef034facd484683" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_TEST_P_</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - <member refid="tests_2bitmask_8h_1a11f46d475da3b27c761458a85876ed82" kind="define"> │ │ │ │ │ - <name>BITMASK_TEST_P</name> │ │ │ │ │ - </member> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="bitmask128_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>bitmask128.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="bitmask128_8cpp_1ac010424c8bddcebd86a1b763e4b45b1e" kind="define"> │ │ │ │ │ <name>BITMASK_SIZE</name> │ │ │ │ │ </member> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="bitmask32_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -106748,29 +106760,17 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="enumerationhelpers_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>enumerationhelpers.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="fixedcapacityvector_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>fixedcapacityvector.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2keyvaluetreetransform_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>keyvaluetreetransform.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="listoflists_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>listoflists.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>physicalnodecommunicator.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2physicalnodecommunicator_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>physicalnodecommunicator.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="physicalnodecommunicator__mpi_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>physicalnodecommunicator_mpi.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="range_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>range.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="scope__guard_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -106865,14 +106865,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mdrun_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mdrun.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mdrun__main_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mdrun_main.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="nonbonded__bench_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nonbonded_bench.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2nonbonded__bench_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>nonbonded_bench.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="nonbonded__bench_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>nonbonded_bench.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gromacs_2mdlib_2boxdeformation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>boxdeformation.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="programs_2mdrun_2tests_2boxdeformation_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -107642,20 +107648,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="multisimtest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>multisimtest.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="multisimtest_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>multisimtest.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="nonbonded__bench_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nonbonded_bench.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2nonbonded__bench_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>nonbonded_bench.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="normalmodes_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>normalmodes.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="gromacs_2listed__forces_2orires_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>orires.cpp</name> │ │ │ │ │ <member refid="gromacs_2listed__forces_2orires_8cpp_1abe609db700113be61cf5c7c953d16e08" kind="function"> │ │ │ │ │ <name>extendStateWithOriresHistory</name> │ │ │ │ │ @@ -108476,14 +108476,20 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mpi__printer_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mpi_printer.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="mpi__printer_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>mpi_printer.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ + <compound refid="tests_2mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ + <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ + </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="refdata_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>refdata.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__checkers_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>refdata_checkers.h</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__impl_8h" kind="file"> │ │ │ │ │ @@ -108524,20 +108530,14 @@ │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testmatchers_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>testmatchers.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testoptions_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>testoptions.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ - <compound refid="tests_2mpitest_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ - <name>mpitest.cpp</name> │ │ │ │ │ - </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="naming_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>naming.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="refdata__tests_8cpp" kind="file"> │ │ │ │ │ <name>refdata_tests.cpp</name> │ │ │ │ │ </compound> │ │ │ │ │ <compound refid="testasserts__tests_8cpp" kind="file"> │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2025.2-Debian_2025.2_1.pdf │ │ │ ├── pdftotext {} - │ │ │ │ @@ -17659,15 +17659,15 @@ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons Sijbers, Balint Soproni, David │ │ │ │ van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten │ │ │ │ Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, │ │ │ │ The Netherlands. │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ +© 2001 – 2026: │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology and Uppsala University, │ │ │ │ Sweden. │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time of the contributors – our first │ │ │ │ priority is to improve the software. It is worked on continuously, which in some cases might mean the information │ │ │ │ is not entirely correct. │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the user discussion forum or the developer │ │ │ │ discussion forum (see our webpage or this section on how to contribute (page 596)), or open an issue on our issue │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/reference-manual/preface.html │ │ │ @@ -4466,15 +4466,15 @@ │ │ │ 00011710: 7273 6974 7920 6f66 2047 726f 6e69 6e67 rsity of Groning │ │ │ 00011720: 656e 2e0a 4e69 6a65 6e62 6f72 6768 2034 en..Nijenborgh 4 │ │ │ 00011730: 2c20 3937 3437 2041 4720 4772 6f6e 696e , 9747 AG Gronin │ │ │ 00011740: 6765 6e2c 2054 6865 204e 6574 6865 726c gen, The Netherl │ │ │ 00011750: 616e 6473 2e3c 2f70 3e0a 3c2f 6469 763e ands.</p>.</div> │ │ │ 00011760: 3c2f 626c 6f63 6b71 756f 7465 3e0a 3c70 </blockquote>.<p │ │ │ 00011770: 3ec2 a920 3230 3031 20e2 8093 2032 3032 >.. 2001 ... 202 │ │ │ -00011780: 353a 3c2f 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 5:</p>.<blockquo │ │ │ +00011780: 363a 3c2f 703e 0a3c 626c 6f63 6b71 756f 6:</p>.<blockquo │ │ │ 00011790: 7465 3e0a 3c64 6976 3e3c 703e 5468 6520 te>.<div><p>The │ │ │ 000117a0: 4752 4f4d 4143 5320 6465 7665 6c6f 706d GROMACS developm │ │ │ 000117b0: 656e 7420 7465 616d 7320 6174 2074 6865 ent teams at the │ │ │ 000117c0: 2052 6f79 616c 2049 6e73 7469 7475 7465 Royal Institute │ │ │ 000117d0: 206f 6620 5465 6368 6e6f 6c6f 6779 2061 of Technology a │ │ │ 000117e0: 6e64 0a55 7070 7361 6c61 2055 6e69 7665 nd.Uppsala Unive │ │ │ 000117f0: 7273 6974 792c 2053 7765 6465 6e2e 3c2f rsity, Sweden.</ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -458,15 +458,15 @@ │ │ │ │ Lindahl, Erik Marklund, Pieter Meulenhoff, Teemu Murtola, Sander Pronk, Alfons │ │ │ │ Sijbers, Balint Soproni, David van der Spoel, Peter Tieleman, Carsten Uphoff, │ │ │ │ Jon Vincent, Teemu Virolainen, Christian Wennberg, Maarten Wolf, Artem Zhmurov │ │ │ │ Project leaders: Berk Hess, Erik Lindahl │ │ │ │ © 1991 – 2000: │ │ │ │ Department of Biophysical Chemistry, University of Groningen. │ │ │ │ Nijenborgh 4, 9747 AG Groningen, The Netherlands. │ │ │ │ -© 2001 – 2025: │ │ │ │ +© 2001 – 2026: │ │ │ │ The GROMACS development teams at the Royal Institute of Technology │ │ │ │ and Uppsala University, Sweden. │ │ │ │ This manual is not complete and has no pretension to be so, due to lack of time │ │ │ │ of the contributors – our first priority is to improve the software. It is │ │ │ │ worked on continuously, which in some cases might mean the information is not │ │ │ │ entirely correct. │ │ │ │ Comments on form and content are welcome, please send them to the _u_s_e_r │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -11123,15 +11123,15 @@ │ │ │ │ "2019": [30, 38, 193, 204, 239, 240, 241, 242, 259, 265, 266, 267, 268, 269, 282, 294, 372], │ │ │ │ "2020": [4, 11, 15, 17, 28, 38, 180, 193, 255, 275, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 311, 337, 349, 372], │ │ │ │ "2021": [38, 193, 266, 269, 270, 291, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 311, 326, 372], │ │ │ │ "2022": [0, 17, 27, 28, 38, 271, 285, 286, 307, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 327, 372], │ │ │ │ "2023": [38, 122, 193, 287, 301, 302, 323, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 372], │ │ │ │ "2024": [37, 38, 80, 83, 122, 195, 242, 315, 316, 317, 318, 339, 345, 346, 353, 354, 367], │ │ │ │ "2025": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 347, 348, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376], │ │ │ │ - "2026": [249, 357], │ │ │ │ + "2026": [0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 137, 138, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 174, 175, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 274, 275, 276, 277, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 311, 312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 339, 340, 341, 342, 343, 344, 345, 346, 347, 348, 349, 350, 351, 352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361, 362, 363, 364, 365, 366, 367, 368, 369, 370, 371, 372, 373, 374, 375, 376], │ │ │ │ "2027": 249, │ │ │ │ "2028": 249, │ │ │ │ "2029": 223, │ │ │ │ "2031": 242, │ │ │ │ "2032": [49, 193, 242], │ │ │ │ "2033": 223, │ │ │ │ "2037": [223, 239, 250],