--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdWyUgr1/inputs/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdWyUgr1/out/python-gsd-doc_3.4.2-2_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-02-13 09:32:12.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 2700 2025-02-13 09:32:12.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 127672 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 127648 2025-02-13 09:32:12.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -355,23 +355,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682], │ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236], │ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407], │ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914], │ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ], │ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925], │ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254], │ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ], │ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.0862461 , 0.08627658, 0.52852076], │ │ │ + [0.4850207 , 0.5441909 , 0.05587274], │ │ │ + [0.04409264, 0.50853205, 0.25353664], │ │ │ + [0.33395615, 0.6879645 , 0.09775189], │ │ │ + [0.44629678, 0.5451562 , 0.47502664], │ │ │ + [0.74693644, 0.93751574, 0.18407927], │ │ │ + [0.19256511, 0.21029517, 0.2178189 ], │ │ │ + [0.8715752 , 0.488674 , 0.5600115 ], │ │ │ + [0.80232847, 0.8301814 , 0.80674607]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -398,21 +398,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567],
│ │ │ -       [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886  ],
│ │ │ -       [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ],
│ │ │ -       [0.320547  , 0.3694673 , 0.6615769 ],
│ │ │ -       [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602],
│ │ │ -       [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264],
│ │ │ -       [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.7816444 , 0.0150559 , 0.8379587 ],
│ │ │ +       [0.1987961 , 0.43813825, 0.11367866],
│ │ │ +       [0.13040403, 0.37023133, 0.29858008],
│ │ │ +       [0.1066242 , 0.8148632 , 0.5410391 ],
│ │ │ +       [0.9757132 , 0.49544984, 0.8707274 ],
│ │ │ +       [0.34010458, 0.525557  , 0.25639704],
│ │ │ +       [0.8696953 , 0.42087346, 0.77311   ]], dtype=float32)
│ │ │  
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -95,23 +95,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.8891233 , 0.8655987 , 0.45437682], │ │ │ │ - [0.95721215, 0.45304516, 0.55669236], │ │ │ │ - [0.5421847 , 0.3265255 , 0.40694407], │ │ │ │ - [0.00522655, 0.26099545, 0.81734914], │ │ │ │ - [0.30638367, 0.2576391 , 0.8103824 ], │ │ │ │ - [0.38219854, 0.48215282, 0.62514925], │ │ │ │ - [0.68803304, 0.06319436, 0.41962254], │ │ │ │ - [0.9870687 , 0.6583053 , 0.849248 ], │ │ │ │ - [0.16801986, 0.57416064, 0.17384876]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.0862461 , 0.08627658, 0.52852076], │ │ │ │ + [0.4850207 , 0.5441909 , 0.05587274], │ │ │ │ + [0.04409264, 0.50853205, 0.25353664], │ │ │ │ + [0.33395615, 0.6879645 , 0.09775189], │ │ │ │ + [0.44629678, 0.5451562 , 0.47502664], │ │ │ │ + [0.74693644, 0.93751574, 0.18407927], │ │ │ │ + [0.19256511, 0.21029517, 0.2178189 ], │ │ │ │ + [0.8715752 , 0.488674 , 0.5600115 ], │ │ │ │ + [0.80232847, 0.8301814 , 0.80674607]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -130,21 +130,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.06677499, 0.3430085 , 0.01878567], │ │ │ │ - [0.5291095 , 0.30534488, 0.789886 ], │ │ │ │ - [0.7392848 , 0.9994395 , 0.8652938 ], │ │ │ │ - [0.320547 , 0.3694673 , 0.6615769 ], │ │ │ │ - [0.49433905, 0.2743097 , 0.06822602], │ │ │ │ - [0.40377706, 0.7904513 , 0.07599264], │ │ │ │ - [0.5168271 , 0.3957108 , 0.9567719 ]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.7816444 , 0.0150559 , 0.8379587 ], │ │ │ │ + [0.1987961 , 0.43813825, 0.11367866], │ │ │ │ + [0.13040403, 0.37023133, 0.29858008], │ │ │ │ + [0.1066242 , 0.8148632 , 0.5410391 ], │ │ │ │ + [0.9757132 , 0.49544984, 0.8707274 ], │ │ │ │ + [0.34010458, 0.525557 , 0.25639704], │ │ │ │ + [0.8696953 , 0.42087346, 0.77311 ]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1893,177 +1893,177 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "00522655": 8, │ │ │ │ - "01878567": 8, │ │ │ │ - "06319436": 8, │ │ │ │ - "06677499": 8, │ │ │ │ - "06822602": 8, │ │ │ │ - "07599264": 8, │ │ │ │ + "0150559": 8, │ │ │ │ + "04409264": 8, │ │ │ │ + "05587274": 8, │ │ │ │ + "0862461": 8, │ │ │ │ + "08627658": 8, │ │ │ │ + "09775189": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ + "1066242": 8, │ │ │ │ "11": [7, 8, 14, 21], │ │ │ │ + "11367866": 8, │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "13040403": 8, │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ - "16801986": 8, │ │ │ │ "17": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "17384876": 8, │ │ │ │ "18": [7, 8, 11], │ │ │ │ + "18407927": 8, │ │ │ │ "19": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "19256511": 8, │ │ │ │ + "1987961": 8, │ │ │ │ "1d": [14, 16], │ │ │ │ "1x1": [18, 19], │ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "20": [7, 8], │ │ │ │ "200": [8, 15], │ │ │ │ "2016": 12, │ │ │ │ "2019": 11, │ │ │ │ "2022": 11, │ │ │ │ "2024": 12, │ │ │ │ "21": [7, 8], │ │ │ │ + "21029517": 8, │ │ │ │ + "2178189": 8, │ │ │ │ "22": [7, 8, 11], │ │ │ │ "23": [7, 8], │ │ │ │ "235": 1, │ │ │ │ "237": 1, │ │ │ │ "238": 1, │ │ │ │ "24": [7, 8], │ │ │ │ "249": 1, │ │ │ │ "25": [7, 8], │ │ │ │ + "25353664": 8, │ │ │ │ "255": 1, │ │ │ │ "256": [0, 6], │ │ │ │ + "25639704": 8, │ │ │ │ "257": 1, │ │ │ │ - "2576391": 8, │ │ │ │ "26": [7, 8], │ │ │ │ - "26099545": 8, │ │ │ │ "266": 1, │ │ │ │ "267": 1, │ │ │ │ "27": [7, 8], │ │ │ │ "270": 1, │ │ │ │ - "2743097": 8, │ │ │ │ "28": [7, 8], │ │ │ │ "283": 1, │ │ │ │ "29": [7, 8], │ │ │ │ + "29858008": 8, │ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19], │ │ │ │ "2gib": 1, │ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ "30": [7, 8], │ │ │ │ "300": [8, 15], │ │ │ │ - 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"7392848": 8, │ │ │ │ + "74693644": 8, │ │ │ │ "758": 14, │ │ │ │ "771": 14, │ │ │ │ + "77311": 8, │ │ │ │ + "7816444": 8, │ │ │ │ "785": 8, │ │ │ │ "786": 8, │ │ │ │ "787": 8, │ │ │ │ "789": 8, │ │ │ │ - "789886": 8, │ │ │ │ - "7904513": 8, │ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19], │ │ │ │ "80": [6, 14, 21], │ │ │ │ "800": [8, 15], │ │ │ │ - "8103824": 8, │ │ │ │ - "81734914": 8, │ │ │ │ - "849248": 8, │ │ │ │ - "8652938": 8, │ │ │ │ - "8655987": 8, │ │ │ │ - "8891233": 8, │ │ │ │ + "80232847": 8, │ │ │ │ + "80674607": 8, │ │ │ │ + "8148632": 8, │ │ │ │ + "8301814": 8, │ │ │ │ + "8379587": 8, │ │ │ │ + "8696953": 8, │ │ │ │ + "8707274": 8, │ │ │ │ + "8715752": 8, │ │ │ │ "9": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "90": 14, │ │ │ │ "900": [8, 15], │ │ │ │ - "9567719": 8, │ │ │ │ - "95721215": 8, │ │ │ │ - "9870687": 8, │ │ │ │ - "9994395": 8, │ │ │ │ + "93751574": 8, │ │ │ │ + "9757132": 8, │ │ │ │ "A": [0, 5, 6, 8, 9, 12, 18, 19], │ │ │ │ "AND": 12, │ │ │ │ "AS": 12, │ │ │ │ "As": 15, │ │ │ │ "BE": 12, │ │ │ │ "BUT": 12, │ │ │ │ "BY": 12,