--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdcitKqk/inputs/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdcitKqk/out/python-gsd-doc_4.2.0-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-10-26 23:51:52.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 2756 2025-10-26 23:51:52.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 129360 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 129356 2025-10-26 23:51:52.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -73,15 +73,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23047 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 92630 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 96209 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 49285 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18528 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.version.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 107327 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 16436 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73837 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 73840 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32438 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 20584 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24310 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd-doc.python-gsd │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/doctools.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/doctools.js │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-10-26 23:51:52.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/language_data.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/language_data.js │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -346,23 +346,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833], │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907], │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516], │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ], │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935], │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ], │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ], │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138], │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.92909455, 0.12727866, 0.15757334], │ │ │ + [0.5967352 , 0.60090417, 0.03226651], │ │ │ + [0.99681985, 0.2977355 , 0.04805205], │ │ │ + [0.43311095, 0.05083498, 0.80212516], │ │ │ + [0.8343741 , 0.9134698 , 0.39806294], │ │ │ + [0.67953694, 0.11065616, 0.0476785 ], │ │ │ + [0.26615945, 0.263193 , 0.5206772 ], │ │ │ + [0.77848345, 0.76350766, 0.77517134], │ │ │ + [0.25906447, 0.6277083 , 0.7483815 ]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -389,21 +389,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │ 
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525],
│ │ │ -       [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043],
│ │ │ -       [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168],
│ │ │ -       [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ],
│ │ │ -       [0.96442294, 0.514408  , 0.70998293],
│ │ │ -       [0.7849402 , 0.80341   , 0.326302  ],
│ │ │ -       [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.87824816, 0.49815676, 0.03326847],
│ │ │ +       [0.35963434, 0.87292993, 0.85963666],
│ │ │ +       [0.75527674, 0.37372917, 0.709152  ],
│ │ │ +       [0.6045079 , 0.28081062, 0.4027108 ],
│ │ │ +       [0.97377414, 0.09895706, 0.4377233 ],
│ │ │ +       [0.6594162 , 0.9326844 , 0.467357  ],
│ │ │ +       [0.88773817, 0.7743127 , 0.7693325 ]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -85,23 +85,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.9329659 , 0.47384313, 0.13852833], │ │ │ │ - [0.8265358 , 0.01815471, 0.07903907], │ │ │ │ - [0.3375851 , 0.2524138 , 0.39234516], │ │ │ │ - [0.9842364 , 0.7464482 , 0.9131632 ], │ │ │ │ - [0.8107527 , 0.51697326, 0.75219935], │ │ │ │ - [0.17427872, 0.2707347 , 0.4460157 ], │ │ │ │ - [0.3424758 , 0.43586197, 0.7860725 ], │ │ │ │ - [0.3000647 , 0.42982736, 0.33428138], │ │ │ │ - [0.64990264, 0.60713637, 0.04390213]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.92909455, 0.12727866, 0.15757334], │ │ │ │ + [0.5967352 , 0.60090417, 0.03226651], │ │ │ │ + [0.99681985, 0.2977355 , 0.04805205], │ │ │ │ + [0.43311095, 0.05083498, 0.80212516], │ │ │ │ + [0.8343741 , 0.9134698 , 0.39806294], │ │ │ │ + [0.67953694, 0.11065616, 0.0476785 ], │ │ │ │ + [0.26615945, 0.263193 , 0.5206772 ], │ │ │ │ + [0.77848345, 0.76350766, 0.77517134], │ │ │ │ + [0.25906447, 0.6277083 , 0.7483815 ]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -120,21 +120,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.8589576 , 0.78513753, 0.80702525], │ │ │ │ - [0.62274706, 0.19797507, 0.19465043], │ │ │ │ - [0.08409271, 0.16884954, 0.06973168], │ │ │ │ - [0.88450336, 0.26418573, 0.5766223 ], │ │ │ │ - [0.96442294, 0.514408 , 0.70998293], │ │ │ │ - [0.7849402 , 0.80341 , 0.326302 ], │ │ │ │ - [0.36787483, 0.8283008 , 0.34757152]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.87824816, 0.49815676, 0.03326847], │ │ │ │ + [0.35963434, 0.87292993, 0.85963666], │ │ │ │ + [0.75527674, 0.37372917, 0.709152 ], │ │ │ │ + [0.6045079 , 0.28081062, 0.4027108 ], │ │ │ │ + [0.97377414, 0.09895706, 0.4377233 ], │ │ │ │ + [0.6594162 , 0.9326844 , 0.467357 ], │ │ │ │ + [0.88773817, 0.7743127 , 0.7693325 ]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1886,40 +1886,39 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "01815471": 8, │ │ │ │ - "04390213": 8, │ │ │ │ - "06973168": 8, │ │ │ │ - "07903907": 8, │ │ │ │ - "08409271": 8, │ │ │ │ + "03226651": 8, │ │ │ │ + "03326847": 8, │ │ │ │ + "0476785": 8, │ │ │ │ + "04805205": 8, │ │ │ │ + "05083498": 8, │ │ │ │ + "09895706": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ "11": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ + "11065616": 8, │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ + "12727866": 8, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "13852833": 8, │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "15757334": 8, │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ - "16884954": 8, │ │ │ │ "17": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "17427872": 8, │ │ │ │ "18": [7, 8, 11], │ │ │ │ "19": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "19465043": 8, │ │ │ │ - "19797507": 8, │ │ │ │ "1d": [14, 16], │ │ │ │ "1x1": [18, 19], │ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "20": [7, 8], │ │ │ │ "200": [8, 15], │ │ │ │ "2016": 12, │ │ │ │ "2019": 11, │ │ │ │ @@ -1930,157 +1929,158 @@ │ │ │ │ "23": [7, 8], │ │ │ │ "235": 1, │ │ │ │ "237": 1, │ │ │ │ "238": 1, │ │ │ │ "24": [7, 8], │ │ │ │ "249": 1, │ │ │ │ "25": [7, 8], │ │ │ │ - "2524138": 8, │ │ │ │ "255": 1, │ │ │ │ "256": [0, 6], │ │ │ │ "257": 1, │ │ │ │ + "25906447": 8, │ │ │ │ "26": [7, 8], │ │ │ │ - "26418573": 8, │ │ │ │ + "263193": 8, │ │ │ │ "266": 1, │ │ │ │ + "26615945": 8, │ │ │ │ "267": 1, │ │ │ │ "27": [7, 8], │ │ │ │ "270": 1, │ │ │ │ - "2707347": 8, │ │ │ │ "28": [7, 8], │ │ │ │ + "28081062": 8, │ │ │ │ "283": 1, │ │ │ │ "29": [7, 8], │ │ │ │ + "2977355": 8, │ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19], │ │ │ │ "2gib": 1, │ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ "30": [7, 8], │ │ │ │ "300": [8, 15], │ │ │ │ - "3000647": 8, │ │ │ │ "308": 1, │ │ │ │ "31": [7, 8], │ │ │ │ "317": 1, │ │ │ │ "319": 1, │ │ │ │ "32": [0, 6, 7, 18], │ │ │ │ "322": 1, │ │ │ │ "323": 1, │ │ │ │ "324": 1, │ │ │ │ "325": 1, │ │ │ │ - "326302": 8, │ │ │ │ "33": 7, │ │ │ │ - "33428138": 8, │ │ │ │ - "3375851": 8, │ │ │ │ "34": 7, │ │ │ │ - "3424758": 8, │ │ │ │ - "34757152": 8, │ │ │ │ "35": 7, │ │ │ │ + "35963434": 8, │ │ │ │ "36": 7, │ │ │ │ "365": 1, │ │ │ │ "367": 1, │ │ │ │ - "36787483": 8, │ │ │ │ "37": 7, │ │ │ │ + "37372917": 8, │ │ │ │ "376": 1, │ │ │ │ "38": 7, │ │ │ │ "388": 1, │ │ │ │ "39": 7, │ │ │ │ "391": 1, │ │ │ │ - "39234516": 8, │ │ │ │ + "39806294": 8, │ │ │ │ "3d": 20, │ │ │ │ "4": [0, 7, 8, 14, 15, 18, 21], │ │ │ │ "40": 7, │ │ │ │ "400": [8, 15], │ │ │ │ + "4027108": 8, │ │ │ │ "405": 1, │ │ │ │ "41": 7, │ │ │ │ "417": 1, │ │ │ │ "422": 1, │ │ │ │ "429": 1, │ │ │ │ - "42982736": 8, │ │ │ │ "43": 7, │ │ │ │ - "43586197": 8, │ │ │ │ + "43311095": 8, │ │ │ │ + "4377233": 8, │ │ │ │ "44": 7, │ │ │ │ - "4460157": 8, │ │ │ │ "45": 7, │ │ │ │ "454": 1, │ │ │ │ "459": 1, │ │ │ │ "46": 7, │ │ │ │ + "467357": 8, │ │ │ │ "47": 7, │ │ │ │ - "47384313": 8, │ │ │ │ "48": 7, │ │ │ │ "49": 7, │ │ │ │ + "49815676": 8, │ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "50": 7, │ │ │ │ "500": [8, 15], │ │ │ │ "51": 7, │ │ │ │ - "514408": 8, │ │ │ │ - "51697326": 8, │ │ │ │ "52": 7, │ │ │ │ + "5206772": 8, │ │ │ │ "53": [0, 7], │ │ │ │ "54": 7, │ │ │ │ "55": 7, │ │ │ │ "56": 7, │ │ │ │ "57": 7, │ │ │ │ - "5766223": 8, │ │ │ │ + "5967352": 8, │ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15], │ │ │ │ "600": [8, 15], │ │ │ │ - "60713637": 8, │ │ │ │ - "62274706": 8, │ │ │ │ + "60090417": 8, │ │ │ │ + "6045079": 8, │ │ │ │ + "6277083": 8, │ │ │ │ "63": [0, 6], │ │ │ │ "638": 8, │ │ │ │ "639": 8, │ │ │ │ "64": [0, 6, 11], │ │ │ │ "640": 8, │ │ │ │ "641": 8, │ │ │ │ "642": 8, │ │ │ │ - "64990264": 8, │ │ │ │ "65535": 6, │ │ │ │ "657": 7, │ │ │ │ "658": 7, │ │ │ │ "659": 7, │ │ │ │ + "6594162": 8, │ │ │ │ "660": 7, │ │ │ │ "661": 7, │ │ │ │ + "67953694": 8, │ │ │ │ "6x1": 18, │ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "70": 14, │ │ │ │ "700": [8, 15], │ │ │ │ - "70998293": 8, │ │ │ │ - "7464482": 8, │ │ │ │ - "75219935": 8, │ │ │ │ + "709152": 8, │ │ │ │ + "7483815": 8, │ │ │ │ + "75527674": 8, │ │ │ │ + "76350766": 8, │ │ │ │ "768": 14, │ │ │ │ "769": 14, │ │ │ │ + "7693325": 8, │ │ │ │ "770": 14, │ │ │ │ "771": 14, │ │ │ │ "772": 14, │ │ │ │ "774": 8, │ │ │ │ + "7743127": 8, │ │ │ │ "775": 8, │ │ │ │ + "77517134": 8, │ │ │ │ "776": 8, │ │ │ │ "778": 8, │ │ │ │ + "77848345": 8, │ │ │ │ "780": 8, │ │ │ │ "781": [8, 14], │ │ │ │ "782": 14, │ │ │ │ "783": 14, │ │ │ │ "784": 14, │ │ │ │ - "7849402": 8, │ │ │ │ "785": 14, │ │ │ │ - "78513753": 8, │ │ │ │ - "7860725": 8, │ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19], │ │ │ │ "80": [6, 14, 21], │ │ │ │ "800": [8, 15], │ │ │ │ - "80341": 8, │ │ │ │ - "80702525": 8, │ │ │ │ - "8107527": 8, │ │ │ │ - "8265358": 8, │ │ │ │ - "8283008": 8, │ │ │ │ - "8589576": 8, │ │ │ │ - "88450336": 8, │ │ │ │ + "80212516": 8, │ │ │ │ + "8343741": 8, │ │ │ │ + "85963666": 8, │ │ │ │ + "87292993": 8, │ │ │ │ + "87824816": 8, │ │ │ │ + "88773817": 8, │ │ │ │ "9": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "90": 14, │ │ │ │ "900": [8, 15], │ │ │ │ - "9131632": 8, │ │ │ │ - "9329659": 8, │ │ │ │ - "96442294": 8, │ │ │ │ - "9842364": 8, │ │ │ │ + "9134698": 8, │ │ │ │ + "92909455": 8, │ │ │ │ + "9326844": 8, │ │ │ │ + "97377414": 8, │ │ │ │ + "99681985": 8, │ │ │ │ "A": [0, 5, 6, 8, 9, 12, 18, 19], │ │ │ │ "AND": 12, │ │ │ │ "AS": 12, │ │ │ │ "As": 15, │ │ │ │ "BE": 12, │ │ │ │ "BUT": 12, │ │ │ │ "BY": 12,