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A primary goal of all the conferences and user groups that refer to this Code of Conduct is to be inclusive to the largest number of contributors, with the most varied and diverse backgrounds possible. As such, we are committed to providing a friendly, safe and welcoming environment for all, regardless of gender, sexual orientation, ability, ethnicity, socioeconomic status and religion (or lack thereof).

│ │ │ │ │ │
│ │ │

A supplemental goal of this Code of Conduct is to increase open [source/culture/tech] citizenship by encouraging participants to recognize and strengthen the relationships between our actions and their effects on our community.

│ │ │
│ │ │

Please have a look at the full text here: https://berlincodeofconduct.org/

│ │ │

Many SeqAn core team members and contributors are employees and/or (PhD) students of Freie Universität Berlin and are thus also bound by the Academic Honour Code.

│ │ │ -

│ │ │ +

│ │ │ Scope

│ │ │

This Code of Conduct applies both within project spaces and in public spaces when an individual is representing the project or its community. In particular, it applies to:

│ │ │
    │ │ │
  • Communication on GitHub, including issues, pull-requests and commit messages;
    • │ │ │
  • the seqan-dev and seqan-team mailing lists;
    • │ │ │
  • the Gitter chat rooms;
    • │ │ │
  • social media accounts of SeqAn;
    • │ │ │
  • SeqAn-related meetings in real life.
    • │ │ │
│ │ │ -

│ │ │ +

│ │ │ Enforcement

│ │ │

If you observe a violation of this Code of Conduct, you can do one of the following, depending on the severity of the violation and your own capacity to deal with the offending person:

│ │ │
    │ │ │
  • Try to resolve the matter immediately with the person by referring to this Code of Conduct.
    • │ │ │
  • Raise the issue at a weekly meeting of the core team or by contacting a member of the core team. The core team is obligated to maintain confidentiality with regard to the reporter of an incident.
    • │ │ │
  • If the problem is with a person on the core team, you can contact Lutz Prechelt. He is a professor at Freie Universität Berlin and not directly involved with the SeqAn project. He has agreed to help find solutions or redirect to other helpful entities if cases are brought to him.
    • │ │ │
  • Employees and students of Freie Universität Berlin can also contact one of the bodies representing specific interests.
    • │ │ ├── ./usr/share/doc/libseqan3-dev/html/about_contributing.html │ │ │ @@ -118,31 +118,31 @@ │ │ │
    │ │ │
    Contributing
    │ │ │
    │ │ │
    │ │ │

    │ │ │

    First of all, thanks for wanting to contribute to SeqAn! Community is important to us and we strive to maintain a great culture and atmosphere. Please have a look at our Code of Conduct.

    │ │ │

    The following is a guide that helps stream-line the process of adding changes. If you haven't contributed to SeqAn before, don't worry about getting something wrong, that's absolutely OK. However, following this guide closely will reduce work for all of us and increases the chance of your changes being merged quickly.

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Pull request workflow

    │ │ │

    The overall workflow of contributing changes to this repository is:

    │ │ │
      │ │ │
    1. Create an issue with bug report or feature request.
      2. │ │ │
    2. Wait for comments from the team and then collectively decide on the best way to solve the issue.
      3. │ │ │
    3. Fork the repository and create a branch on your fork.
      4. │ │ │
    4. Commit the solution to your local branch.
      5. │ │ │
    5. Create a pull-request to our main branch from your branch.
      6. │ │ │
    6. Wait for reviews and resolve reviewer comments.
      7. │ │ │
    7. Wait for the PR to be merged.
      8. │ │ │
    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Creating an issue

    │ │ │

    Go to https://github.com/seqan/seqan3/issues and check if someone else has already reported the same issue. If not, create a new issue and follow the template.

    │ │ │

    We usually reply quickly to issues; if there is no reply within a week (and it's not prime vacation season in Europe) feel free to reply to the issue and explicitly mention @seqan/core.

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Creating commits

    │ │ │

    If you have never used the Fork & Pull Model, have a look at this guide.

    │ │ │

    When creating commits to your branch and before requesting a pull, please ensure the following:

    │ │ │
      │ │ │
    • Proper naming of commits (see below).
      • │ │ │
    • Content other than the first line is irrelevant in the commit message.
      • │ │ │
    • The number of commits should be minimal and commits shouldn't revert/change previous ones.
        │ │ │ @@ -156,20 +156,20 @@ │ │ │
        [FIX] Whenever you fix some wrong code in the source
        │ │ │
        [DOC] Whenever you do something only(!) related to the documentation
        │ │ │
        [INFRA] Whenever you change something of the build system or CI related
        │ │ │
        [TEST] Whenever you do something related to the tests (unit or benchmark)
        │ │ │
        [MISC] Whenever it does not fit to any of the above
        │ │ │

    E.g. [FEATURE] add support for FOO or [FIX] divide by zero in Sequence Alignment.

    │ │ │

    Alternatively, if your changes are so small that they would fit into one commit, don't worry about any of the above, just state "Please squash commits" in the PR and we will take care of the rest.

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Opening a pull-request ("PR")

    │ │ │

    When you are done with committing changes to your branch and you have tested your changes, open a pull request. We have continuous integration in place that should inform you of test failures. Please try to resolve any breakage that your pull request introduces.

    │ │ │

    Here is a guide for setting up unit tests locally.

    │ │ │

    If there are test failures that you don't understand, clearly indicate that you have seen the errors, but cannot resolve them – then the first reviewer will have a look at them. Otherwise the PR will be treated as still being work-in-progress.

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ The review process

    │ │ │

    Request first review

    │ │ │

    After opening a PR it goes through the review process. This is a two-step process, first a regular member of the team needs to approve your changes, then one of the project owners (@h-2 or @rrahn) needs to approve and merge it. If you are a collaborator of the project and know the SeqAn team member best suitable for the review you can request a review yourself. Otherwise wait for a reviewer to be assigned to the PR. Do not request reviews from a project owner at this point. Always only request review from one person at a time.

    │ │ │

    Resolve comments

    │ │ │

    If you have not contributed to SeqAn before, you will likely receive a lot of comments on the style of your code. This is not a sign that we don't appreciate your contribution, but we have high code quality standards and everything must conform to our style guide. In the future we hope to automate this step. After you have received the first review, go through all comments and clarify any suggestions and requests. When you are confident that you know how to address all comments, implement the changes and update your PR.

    │ │ │

    Re-request review

    │ │ │

    Now re-request a review from the previous reviewer either by clicking "re-request review" or by writing "please review │ │ ├── ./usr/share/doc/libseqan3-dev/html/about_copyright.html │ │ │ @@ -138,15 +138,15 @@ │ │ │

    │ │ │ │ │ │ │ │ │ Dependencies

    │ │ │

    │ │ │ │ │ │ │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Source code license

    │ │ │

    The contents of this repository/directory, in particular the library source code of SeqAn3, are licensed under the following terms:

    │ │ │
    Copyright (c) 2006-2025, Knut Reinert & Freie Universität Berlin
    │ │ │
    Copyright (c) 2016-2025, Knut Reinert & MPI für molekulare Genetik
    │ │ │
    All rights reserved.
    │ │ │
    │ │ │
    Redistribution and use in source and binary forms, with or without
    │ │ │ @@ -168,26 +168,26 @@ │ │ │
    FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL
    │ │ │
    DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR
    │ │ │
    SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
    │ │ │
    CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
    │ │ │
    LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN ANY WAY
    │ │ │
    OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH
    │ │ │
    DAMAGE.
    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Documentation

    │ │ │

    The API documentation and manual are additionally provided under the terms of the Creative Commons Attribution 4.0 International License. This includes

      │ │ │
    • doxygen-style comments within the library source code;
      • │ │ │
    • Markdown files and images in the doc-subfolder;
      • │ │ │
    • HTML or other representation produced from the above.
      • │ │ │
    │ │ │

    The source code examples and snippets within the documentation are additionally provided under the terms of the Creative Commons Public Domain Dedication 1.0. This includes:

      │ │ │
    • source code files (*.cpp, *.hpp) in the doc-subfolder;
      • │ │ │
    • the contents of test/snippet.
      • │ │ │
    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Submodules

    │ │ │

    This repository/directory may contain other projects' content in the submodules-subfolder. We try to ensure that all dependencies are permissively licensed (BSD/MIT/X11/ISC/Boost…), but please verify the respective license files yourself.

    │ │ │
    │ │ │ │ │ │ │ │ │
    │ │ │
    │ │ ├── ./usr/share/doc/libseqan3-dev/html/about_customisation.html │ │ │ @@ -117,20 +117,20 @@ │ │ │ │ │ │
    │ │ │
    Customisation
    │ │ │
    │ │ │
    │ │ │

    │ │ │

    SeqAn clearly documents which of its interfaces are designed to be used with user-provided types and how this can be realised.

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Generic interfaces

    │ │ │

    Templates are a core part of generic programming in C++, because they allow instantiating the code with different types or constants. SeqAn's API consists mostly of templates for exactly this reason, although we try to make this less visible by having the template parameters deduced in many scenarios.

    │ │ │

    We strive to document the exact requirements for every template parameter in the API documentation; often these are also enforced via C++ concepts. Wherever other types meet the given requirements, you can use these types as arguments – independent of whether they are standard library types, your own types or types from another library. See C++ Concepts for more details on this.

    │ │ │

    Some requirements are more elaborate and depend on a specialisation or "overload" of another entity from the SeqAn library. We call these "customisation points" (also known as "extension points").

    │ │ │ -

    │ │ │ +

    │ │ │ Customisation points

    │ │ │

    One such customisation point is seqan3::to_rank. Instead of the seqan3::semialphabet concept looking directly for member functions or free functions in your namespace, it always checks for a valid definition of seqan3::to_rank which in turn resolves to different possible implementations.

    │ │ │

    To customise one of our customisation points, follow the instructions in its API documentation. Typically, you have the choice between the following options:

    │ │ │
      │ │ │
    1. Provide functionality as members.
      2. │ │ │
    2. Provide friends or free functions inside the namespace of your type (will be picked up via argument dependent lookup).
      3. │ │ │
    3. Specialise the respective template in seqan3::custom:: for that type and provide the needed functionality as static members of that specialisation (this is an "upload space" for specialisations).
      4. │ │ ├── ./usr/share/doc/libseqan3-dev/html/adaptor__base_8hpp__dep__incl.svg │ │ │ @@ -139,15 +139,15 @@ │ │ │ 000008a0: 6567 696e 3d22 7265 7365 742e 6d6f 7573 egin="reset.mous │ │ │ 000008b0: 656f 7665 7222 2065 6e64 3d22 7265 7365 eover" end="rese │ │ │ 000008c0: 742e 6d6f 7573 656f 7574 222f 3e3c 2f75 t.mouseout"/>      . ... │ │ │ 00000960: 3c73 6372 6970 7420 7479 7065 3d22 6170 .. │ │ │ +00000ad0: 6f69 6e74 733d 2234 3237 332e 3632 2c2d oints="4273.62,- │ │ │ +00000ae0: 3836 352e 3520 3431 3131 2e33 382c 2d38 865.5 4111.38,-8 │ │ │ +00000af0: 3635 2e35 2034 3131 312e 3338 2c2d 3834 65.5 4111.38,-84 │ │ │ +00000b00: 3720 3432 3733 2e36 322c 2d38 3437 2034 7 4273.62,-847 4 │ │ │ +00000b10: 3237 332e 3632 2c2d 3836 352e 3522 2f3e 273.62,-865.5"/> │ │ │ 00000b20: 0a3c 7465 7874 2078 6d6c 3a73 7061 6365 .add_enum │ │ │ -00000ba0: 5f62 6974 7769 7365 5f6f 7065 7261 746f _bitwise_operato │ │ │ -00000bb0: 7273 2e68 7070 3c2f 7465 7874 3e0a 3c2f rs.hpp......Node2..

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