--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdQQHJ0V/inputs/r-bioc-annotationdbi_1.74.0-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdQQHJ0V/out/r-bioc-annotationdbi_1.74.0-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-04 11:11:24.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 4160 2026-08-04 11:11:24.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 4479796 2026-08-04 11:11:24.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4120 2026-08-04 11:11:24.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4479524 2026-08-04 11:11:24.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 11:11:24.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 754 2026-08-04 11:11:24.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 650 2026-08-04 11:11:24.000000 ./control │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18149 2026-08-04 11:11:24.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@ │ │ │ Package: r-bioc-annotationdbi │ │ │ Version: 1.74.0-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 8418 │ │ │ +Installed-Size: 8419 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics (>= 0.29.2), r-bioc-biobase (>= 1.17.0), r-bioc-iranges, r-cran-dbi, r-cran-rsqlite, r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25), r-bioc-keggrest │ │ │ -Suggests: r-bioc-go.db, r-cran-runit, r-bioc-org.hs.eg.db, r-bioc-graph, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/AnnotationDbi/ │ │ │ Description: GNU R Annotation Database Interface for BioConductor │ │ │ This BioConductor module provides user interface and database │ │ │ connection code for annotation data packages using SQLite data │ │ │ storage. │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -144,16 +144,16 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1730 2026-08-04 11:11:24.000000 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(environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/AnnotationDbi/R/AnnotationDbi.rdx │ │ │ ├── AnnotationDbi.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -137,2468 +137,2468 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__ProbeIpiAnnDbMap │ │ │ │ │ [1] 319597 2810 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__ReactomeDb │ │ │ │ │ [1] 322407 2668 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 338728 53 │ │ │ │ │ +[1] 338738 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 338912 53 │ │ │ │ │ +[1] 338922 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__$:base` │ │ │ │ │ -[1] 343210 53 │ │ │ │ │ +[1] 343220 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__Definition:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 345316 53 │ │ │ │ │ +[1] 345326 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__GOAllFrame:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 347959 53 │ │ │ │ │ +[1] 347969 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__GOFrame:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 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│ │ │ │ @@ -161,15 +161,15 @@ │ │ │ │ structure(" WHERE a.go_id = g.go_id LIMIT 10;'\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data <- dbGetQuery(hgu95av2_dbconn(), sql)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## For illustration purposes, the internal id \"_id\" and the \"go_id\"\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## from both tables is included in the output. This makes it clear\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## that the \"go_ids\" can be used to join these tables but the internal\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## ids can NOT. The internal IDs (which are always shown as _id) are\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## suitable for joins within a single database, but cannot be used\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" ## across databases.\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/AnnDbObj-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" ## across databases.\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/AnnDbObj-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ AnnDbPkg-checker (list) = structure(list(structure(list(structure("Check the SQL data contained in an SQLite-based annotation package", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnDbPkg-checker", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnDbPkg-checker", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("checkMAPCOUNTS", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("utilities", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -180,15 +180,15 @@ │ │ │ │ list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" The name of the SQLite-based annotation package to check.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ structure(list(structure("H. Pagès", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("AnnDbPkg-maker", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("AnnotationForge:AnnDbPkg-maker", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" checkMAPCOUNTS(\"org.Sc.sgd.db\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/AnnDbPkg-checker.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" checkMAPCOUNTS(\"org.Sc.sgd.db\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/AnnDbPkg-checker.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ AnnotationDb-class (list) = structure(list(structure(list(structure("AnnotationDb objects and their progeny, methods etc.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnotationDb-objects", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnotationDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:AnnotationDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnotationDb-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -505,15 +505,15 @@ │ │ │ │ structure("last <- function(x){x[[length(x)]]}\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("mapIds(hgu95av2.db, keys=keys, column='ALIAS', keytype='ENTREZID', \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" multiVals=last)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## For other ways to access the DB, you can use dbfile() or dbconn() to extract\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("dbconn(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("dbfile(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Try to retrieve an associated taxonomyId \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("taxonomyId(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/AnnotationDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("taxonomyId(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/AnnotationDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ AnnotationDbi-internals (list) = structure(list(structure(list(structure("AnnotationDbi internals", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("AnnotationDbi internals", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("debugSQL", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:FlatBimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("FlatBimap-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -541,15 +541,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("resort_base", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("testForValidKeytype", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("testSelectArgs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("internal", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("classes", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" AnnotationDbi objects, classes and methods that are not intended to\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ - structure(" be used directly.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/AnnotationDbi-internals.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" be used directly.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/AnnotationDbi-internals.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Bimap (list) = structure(list(structure(list(structure("Bimap objects and the Bimap interface", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:Bimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -765,15 +765,15 @@ │ │ │ │ structure(",\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-envirAPI", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ls(2)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" hgu95av2GO # calls the \"show\" method\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" summary(hgu95av2GO)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" hgu95av2GO2PROBE # calls the \"show\" method\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" summary(hgu95av2GO2PROBE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/Bimap.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" summary(hgu95av2GO2PROBE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/Bimap.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Bimap-direction (list) = structure(list(structure(list(structure("Methods for getting/setting the direction of a Bimap object,\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" and undirected methods for getting/counting/setting its keys", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-direction", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-direction", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("direction", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1093,15 +1093,15 @@ │ │ │ │ structure(" length(y)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" Llength(y)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" Rlength(y)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keys(y)[1:4]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" Lkeys(y)[1:4]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" Rkeys(y)[1:4]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## etc...\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Get rid of all unmapped keys (left and right)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" z <- subset(y, Lkeys=mappedLkeys(y), Rkeys=mappedRkeys(y))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/Bimap-direction.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/Bimap-direction.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Bimap-envirAPI (list) = structure(list(structure(list(structure("Environment-like API for Bimap objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-envirAPI", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-envirAPI", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("ls", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("ls,Bimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1258,15 +1258,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ls(x)[1:3]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" exists(ls(x)[1], x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" exists(\"titi\", x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" get(ls(x)[1], x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" x[[ls(x)[1]]]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" x$titi # NULL\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" mget(ls(x)[1:3], x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" eapply(x, length)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" sample(x, 3)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/Bimap-envirAPI.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" sample(x, 3)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/Bimap-envirAPI.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Bimap-keys (list) = structure(list(structure(list(structure("Methods for manipulating the keys of a Bimap object", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-keys", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-keys", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("keys,Bimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("length,Bimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1447,15 +1447,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## The above subsetting can also be achieved with\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" x <- hgu95av2GO[mappedkeys(hgu95av2GO)]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## mappedkeys() and count.mappedkeys() also work with an environment\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## or a list\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" z <- list(k1=NA, k2=letters[1:4], k3=\"x\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" mappedkeys(z)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" count.mappedkeys(z)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## retrieve the set of primary keys for the ChipDb object named 'hgu95av2.db'\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keys <- keys(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" head(keys)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/Bimap-keys.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" head(keys)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/Bimap-keys.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Bimap-toTable (list) = structure(list(structure(list(structure("Methods for manipulating a Bimap object in a data-frame style", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-toTable", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-toTable", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("toTable", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("toTable,FlatBimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1709,15 +1709,15 @@ │ │ │ │ structure(" sum(nhy) == count.links(y) # TRUE\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Changing the right attributes of the GOSYNONYM map (advanced\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## users only)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" class(x) # GOTermsAnnDbBimap\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" as.list(x)[1:3]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" colnames(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" colmetanames(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" tagname(x) # untagged map\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" Rattribnames(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" Rattribnames(x) <- Rattribnames(x)[3:1]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" colnames(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" class(x) # AnnDbBimap\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" as.list(x)[1:3]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/Bimap-toTable.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" as.list(x)[1:3]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/Bimap-toTable.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ BimapFiltering (list) = structure(list(structure(list(structure("Methods for getting/setting the filters on a Bimap object", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("toggleProbes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("toggleProbes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("toggleProbes,ProbeAnnDbBimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("toggleProbes,ProbeAnnDbMap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1824,15 +1824,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Make it have Multi probes ONLY:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" OnlyMultiProbes = toggleProbes(mapWithMultiProbes, \"multiple\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" hasMultiProbes(OnlyMultiProbes)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" hasSingleProbes(OnlyMultiProbes)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Convert back to a default map with only single probes exposed\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" OnlySingleProbes = toggleProbes(OnlyMultiProbes, \"single\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" hasMultiProbes(OnlySingleProbes)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" hasSingleProbes(OnlySingleProbes)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/BimapFiltering.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" hasSingleProbes(OnlySingleProbes)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/BimapFiltering.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ BimapFormatting (list) = structure(list(structure(list(structure("Formatting a Bimap as a list or character vector", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("BimapFormatting", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("BimapFormatting", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("as.list", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("as.list,FlatBimap-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1866,15 +1866,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link"), │ │ │ │ structure(",\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("Bimap-envirAPI", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" as.list(hgu95av2CHRLOC)[1:9]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" as.list(hgu95av2ENTREZID)[1:9]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" as.character(hgu95av2ENTREZID)[1:9]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/BimapFormatting.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" as.character(hgu95av2ENTREZID)[1:9]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/BimapFormatting.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ GOColsAndKeytypes (list) = structure(list(structure(list(structure("Descriptions of available values for ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("columns", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" and\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("keytypes", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" for GO.db.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ @@ -1918,15 +1918,15 @@ │ │ │ │ structure(" ## List the possible values for columns\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" columns(GO.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## List the possible values for keytypes\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keytypes(GO.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## get some values back\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keys <- head(keys(GO.db))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keys\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" select(GO.db, keys=keys, columns=c(\"TERM\",\"ONTOLOGY\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" keytype=\"GOID\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## More infomation about the dates and original sources for these data:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" metadata(GO.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/GOColsAndKeytypes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" metadata(GO.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/GOColsAndKeytypes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ GOFrame (list) = structure(list(structure(list(structure("GOFrame and GOAllFrame objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:GOFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOFrame-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1957,15 +1957,15 @@ │ │ │ │ structure(" genes = c(1,10,100)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" evi = c(\"ND\",\"IEA\",\"IDA\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" GOIds = c(\"GO:0008150\",\"GO:0008152\",\"GO:0001666\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" frameData = data.frame(cbind(GOIds,evi,genes))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(AnnotationDbi)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" frame=GOFrame(frameData,organism=\"Homo sapiens\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" allFrame=GOAllFrame(frame)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" getGOFrameData(allFrame)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/GOFrame.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" getGOFrameData(allFrame)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/GOFrame.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ GOTerms-class (list) = structure(list(structure(list(structure("Class \"GOTerms\"", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOTerms-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:GOTerms", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOTerms-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("GOTerms", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -2095,15 +2095,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("##I want to show an ex., but don't want to require GO.db\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" require(GO.db)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" FirstTenGOBimap <- GOTERM[1:10] ##grab the 1st ten\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" Term(FirstTenGOBimap)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure(" ##Or you can just use GO IDs directly\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" ids = keys(FirstTenGOBimap)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" Term(ids)\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - 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structure(" metadata(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/colsAndKeytypes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" metadata(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/colsAndKeytypes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ createSimpleBimap (list) = structure(list(structure(list(structure("Creates a simple Bimap from a SQLite database in an situation that\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" is external to AnnotationDbi", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("createSimpleBimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("createSimpleBimap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("utilities", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -2400,15 +2400,15 @@ │ │ │ │ structure("library(hgu95av2.db)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("hgu95av2NAMESYMBOL <- createSimpleBimap(\"gene_info\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"gene_name\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"symbol\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" hgu95av2.db:::datacache,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"NAMESYMBOL\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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structure("sample(go2eg, 2)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/make_eg_to_go_map.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("sample(go2eg, 2)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/make_eg_to_go_map.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ orgPackageName (list) = structure(list(structure(list(structure("Org package contained in annotation object", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("orgPackageName", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("orgPackageName", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Get the name of the org package used by an annotation resource object.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" NOTE: This man page is for the ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -2637,28 +2637,28 @@ │ │ │ │ list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Additional arguments.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("character(1)", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" vector indicating the org package name. \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Specific methods defined in Bioconductor packages should\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ - structure(" behave as consistently as possible with the default method.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/orgPackageName.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" behave as consistently as possible with the default method.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/orgPackageName.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ organismKEGGFrame (list) = structure(list(structure(list(structure("A data frame that maps species names to KEGG organisms", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("organismKEGGFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("organismKEGGFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("organismKEGGFrame", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Create a data.frame that maps a species name (e.g. Homo sapeins) to the\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" KEGG organsim notation (e.g. hsa).\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("organismKEGGFrame()\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A data.frame with 2 columns, species and organsim.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Kayla Interdonato", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("query <- organismKEGGFrame()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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In some locales, ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("sQuote", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" will generate fancy quotes which will break your SQL.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\note"), │ │ │ │ structure(list(structure("Hervé Pagès", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("toSQLStringSet(letters[1:4])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("toSQLStringSet(c(\"'foo'\", \"ab'cd\", \"bar\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/toSQLStringSet.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/toSQLStringSet.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ unlist2 (list) = structure(list(structure(list(structure("A replacement for unlist() that does not mangle the names", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("unlist2", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("unlist2", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("utilities", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -2778,10 +2778,10 @@ │ │ │ │ structure(" egids <- c(\"10\", \"100\", \"1000\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" egids2pbids <- mget(egids, revmap(hgu95av2ENTREZID))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" egids2pbids\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" unlist(egids2pbids) # 1001, 1002, 10001 and 10002 are not real\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # Entrez ids but are the result of unlist()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # mangling the names!\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" unlist2(egids2pbids) # much cleaner! yes the names are not unique\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" # but at least they are correct...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotationdbi/man/unlist2.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" # but at least they are correct...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotationdbi-1.74.0/man/unlist2.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/AnnotationDbi/help/AnnotationDbi.rdx │ │ │ ├── AnnotationDbi.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,157 +1,157 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$`AnnDbObj-class` │ │ │ │ │ -[1] 289 5498 │ │ │ │ │ +[1] 296 5508 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`AnnDbPkg-checker` │ │ │ │ │ -[1] 6079 1052 │ │ │ │ │ +[1] 6103 1066 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`AnnotationDb-class` │ │ │ │ │ -[1] 7416 10253 │ │ │ │ │ +[1] 7463 10265 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`AnnotationDbi-internals` │ │ │ │ │ -[1] 17955 1403 │ │ │ │ │ +[1] 18026 1415 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`Bimap-direction` │ │ │ │ │ -[1] 19643 9744 │ │ │ │ │ +[1] 19737 9755 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`Bimap-envirAPI` │ │ │ │ │ -[1] 29678 5130 │ │ │ │ │ +[1] 29790 5142 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`Bimap-keys` │ │ │ │ │ -[1] 35091 6239 │ │ │ │ │ +[1] 35226 6249 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`Bimap-toTable` │ │ │ │ │ -[1] 41616 8234 │ │ │ │ │ +[1] 41770 8243 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$Bimap │ │ │ │ │ -[1] 50131 6768 │ │ │ │ │ +[1] 50302 6780 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$BimapFiltering │ │ │ │ │ -[1] 57185 3899 │ │ │ │ │ +[1] 57378 3910 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$BimapFormatting │ │ │ │ │ -[1] 61374 1615 │ │ │ │ │ +[1] 61586 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