--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdIMBlBV/inputs/r-bioc-altcdfenvs_2.74.0-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdIMBlBV/out/r-bioc-altcdfenvs_2.74.0-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
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├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./
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│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     3423 2026-08-04 10:51:46.000000 ./md5sums
│ │ ├── ./control
│ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@
│ │ │  Package: r-bioc-altcdfenvs
│ │ │  Version: 1:2.74.0-1
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net>
│ │ │ -Installed-Size: 1403
│ │ │ +Installed-Size: 1404
│ │ │  Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics (>= 0.1.0), r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25), r-bioc-biobase (>= 2.15.1), r-bioc-affy, r-bioc-makecdfenv, r-bioc-biostrings, r-bioc-hypergraph, r-pkg-team-core-architecture
│ │ │ -Suggests: r-cran-rcolorbrewer
│ │ │  Section: gnu-r
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Homepage: https://bioconductor.org/packages/altcdfenvs/
│ │ │  Description: BioConductor alternative CDF environments
│ │ │   This BioConductor module provides alternative CDF environments (aka
│ │ │   probeset mappings) which are Convenience data structures and functions
│ │ │   to handle cdfenvs.
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -15,16 +15,16 @@
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      681 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/Meta/links.rds
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│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1058 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/R/altcdfenvs
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│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1926 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/R/altcdfenvs.rdx
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│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1934 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/R/altcdfenvs.rdx
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│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1922 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/UnitTests/AffyProbesMatch_test.R
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/data/
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│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/doc/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     5289 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/doc/altcdfenvs.R
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    11056 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/doc/altcdfenvs.Rnw
│ │ │ @@ -39,17 +39,17 @@
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/exampleData/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    98349 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/exampleData/Plasmodium-Probeset-IDs.txt
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    10506 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/exampleData/sample.fasta
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     4011 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/exampleData/slamf_targets.RData
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1776 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/AnIndex
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      601 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/aliases.rds
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    45876 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdb
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      635 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdx
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      342 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/paths.rds
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    46296 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      637 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdx
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      345 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/paths.rds
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/html/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     7521 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/html/00Index.html
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2133 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/html/R.css
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/internalData/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      139 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/internalData/chipspecs.tab
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/share/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:51:46.000000 ./usr/share/doc/
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/R/altcdfenvs.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -295,15 +295,15 @@
│ │ │ │      "imports" = "    ".__T__window:stats" = ".__T__window:stats", ".__T__<:base" = ".__T__<:base", "
│ │ │ │      "imports" = "    "first<-" = "first<-", head.LLint = "head.LLint", ".__T__decode:S4Vectors" = ".__T__decode:S4Vectors", "
│ │ │ │      "imports" = "    recycleIntegerArg = "recycleIntegerArg", ".__T__setListElement:S4Vectors" = ".__T__setListElement:S4Vectors", "
│ │ │ │      "imports" = "    unique = "unique", ".__T__xtfrm:base" = ".__T__xtfrm:base", "
│ │ │ │      "imports" = "    sd = "sd", setValidity2 = "setValidity2", "elementMetadata<-" = "elementMetadata<-", "
│ │ │ │      "imports" = "    sort.List = "sort.List", fold = "fold", nrow = "nrow"), affy = c(indexProbes = "indexProbes"))"
│ │ │ │      "lazydata" = "<environment>"
│ │ │ │ -    "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/debian/r-bioc-altcdfenvs/usr/lib/R/site-library/altcdfenvs""
│ │ │ │ +    "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/debian/r-bioc-altcdfenvs/usr/lib/R/site-library/altcdfenvs""
│ │ │ │      "spec" = "c(name = "altcdfenvs", version = "2.74.0")"
│ │ │ │  }
│ │ │ │  
│ │ │ │  .__S3MethodsTable__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │  }
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/R/altcdfenvs.rdx
│ │ │ ├── altcdfenvs.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -2,263 +2,263 @@
│ │ │ │ │  $variables$.__C__AffyProbesMatch
│ │ │ │ │  [1]    0 1493
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__C__CdfEnvAffy
│ │ │ │ │  [1] 155100   1000
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__NAMESPACE__.
│ │ │ │ │ -[1] 160400     53
│ │ │ │ │ +[1] 160409     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__S3MethodsTable__.
│ │ │ │ │ -[1] 160584     53
│ │ │ │ │ +[1] 160593     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__[:base`
│ │ │ │ │ -[1] 189410     53
│ │ │ │ │ +[1] 189419     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__coerce:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 359399     53
│ │ │ │ │ +[1] 359408     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__combine:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 390514     53
│ │ │ │ │ +[1] 390523     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__geneNames:affy`
│ │ │ │ │ -[1] 392660     54
│ │ │ │ │ +[1] 392669     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__index2xy:altcdfenvs`
│ │ │ │ │ -[1] 394304     54
│ │ │ │ │ +[1] 394313     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__indexProbes:affy`
│ │ │ │ │ -[1] 400706     54
│ │ │ │ │ +[1] 400715     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__plot:base`
│ │ │ │ │ -[1] 415123     54
│ │ │ │ │ +[1] 415132     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__show:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 490230     54
│ │ │ │ │ +[1] 490239     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__toHypergraph:altcdfenvs`
│ │ │ │ │ -[1] 497804     54
│ │ │ │ │ +[1] 497813     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__xy2index:altcdfenvs`
│ │ │ │ │ -[1] 499451     54
│ │ │ │ │ +[1] 499460     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.packageName
│ │ │ │ │ -[1] 499505     55
│ │ │ │ │ +[1] 499514     55
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$appendCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 499560   1383
│ │ │ │ │ +[1] 499569   1383
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$buildCdfEnv.biostrings
│ │ │ │ │ -[1] 500943   2416
│ │ │ │ │ +[1] 500952   2416
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$buildCdfEnv.matchprobes
│ │ │ │ │ -[1] 503359   3057
│ │ │ │ │ +[1] 503368   3057
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$copyCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 506416    401
│ │ │ │ │ +[1] 506425    401
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$countduplicated
│ │ │ │ │ -[1] 506817   1676
│ │ │ │ │ +[1] 506826   1676
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$countskip.FASTA.entries
│ │ │ │ │ -[1] 508493    752
│ │ │ │ │ +[1] 508502    752
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$geneNames.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 509245    276
│ │ │ │ │ +[1] 509254    276
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$getCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 509521    566
│ │ │ │ │ +[1] 509530    566
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$getxy.probeseq
│ │ │ │ │ -[1] 510087   1443
│ │ │ │ │ +[1] 510096   1443
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$grep.FASTA.entry
│ │ │ │ │ -[1] 511530    832
│ │ │ │ │ +[1] 511539    832
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$index2xy
│ │ │ │ │ -[1] 512362    417
│ │ │ │ │ +[1] 512371    417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$index2xy.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 512779    405
│ │ │ │ │ +[1] 512788    405
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$indexProbes.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 513184   1707
│ │ │ │ │ +[1] 513193   1707
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$matchAffyProbes
│ │ │ │ │ -[1] 514891   2434
│ │ │ │ │ +[1] 514900   2434
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$mmProbes
│ │ │ │ │ -[1] 517325   1643
│ │ │ │ │ +[1] 517334   1643
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plot.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 518968    478
│ │ │ │ │ +[1] 518977    478
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$print.FASTA
│ │ │ │ │ -[1] 519446    607
│ │ │ │ │ +[1] 519455    607
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$printValidCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 520053   1356
│ │ │ │ │ +[1] 520062   1356
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$read.FASTA.entry
│ │ │ │ │ -[1] 521409   1840
│ │ │ │ │ +[1] 521418   1840
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$read.n.FASTA.entries
│ │ │ │ │ -[1] 523249    560
│ │ │ │ │ +[1] 523258    560
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$read.n.FASTA.entries.split
│ │ │ │ │ -[1] 523809    807
│ │ │ │ │ +[1] 523818    807
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$read.n.FASTA.headers
│ │ │ │ │ -[1] 524616    595
│ │ │ │ │ +[1] 524625    595
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$read.n.FASTA.sequences
│ │ │ │ │ -[1] 525211    595
│ │ │ │ │ +[1] 525220    595
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$removeIndex
│ │ │ │ │ -[1] 525806   2021
│ │ │ │ │ +[1] 525815   2021
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$skip.FASTA.entry
│ │ │ │ │ -[1] 527827    349
│ │ │ │ │ +[1] 527836    349
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$toHypergraph
│ │ │ │ │ -[1] 528176    496
│ │ │ │ │ +[1] 528185    496
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$unique.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 528672   1818
│ │ │ │ │ +[1] 528681   1818
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$validAffyBatch
│ │ │ │ │ -[1] 530490    597
│ │ │ │ │ +[1] 530499    597
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$validCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 531087   2608
│ │ │ │ │ +[1] 531096   2608
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$wrapCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 533695    810
│ │ │ │ │ +[1] 533704    810
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$write.FASTA
│ │ │ │ │ -[1] 534505    435
│ │ │ │ │ +[1] 534514    435
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$xy2index
│ │ │ │ │ -[1] 534940    416
│ │ │ │ │ +[1] 534949    416
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$xy2index.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 535356    467
│ │ │ │ │ +[1] 535365    467
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │  [1] 154960    140
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │  [1] 12974  7000
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::100`
│ │ │ │ │ -[1] 389064    255
│ │ │ │ │ +[1] 389073    255
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::101`
│ │ │ │ │ -[1] 359452  14806
│ │ │ │ │ +[1] 359461  14806
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::102`
│ │ │ │ │ -[1] 374258  14806
│ │ │ │ │ +[1] 374267  14806
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::103`
│ │ │ │ │ -[1] 392178    482
│ │ │ │ │ +[1] 392187    482
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::104`
│ │ │ │ │ -[1] 391917    261
│ │ │ │ │ +[1] 391926    261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::105`
│ │ │ │ │ -[1] 390567    675
│ │ │ │ │ +[1] 390576    675
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::106`
│ │ │ │ │ -[1] 391242    675
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::107`
│ │ │ │ │ -[1] 393861    443
│ │ │ │ │ +[1] 393870    443
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::108`
│ │ │ │ │ -[1] 393600    261
│ │ │ │ │ +[1] 393609    261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::109`
│ │ │ │ │ -[1] 392714    443
│ │ │ │ │ +[1] 392723    443
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::11`
│ │ │ │ │  [1] 11883  1091
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::110`
│ │ │ │ │ -[1] 393157    443
│ │ │ │ │ +[1] 393166    443
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::111`
│ │ │ │ │ -[1] 399561   1145
│ │ │ │ │ +[1] 399570   1145
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::112`
│ │ │ │ │ -[1] 399296    265
│ │ │ │ │ +[1] 399305    265
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::113`
│ │ │ │ │ -[1] 394358   2469
│ │ │ │ │ +[1] 394367   2469
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::114`
│ │ │ │ │ -[1] 396827   2469
│ │ │ │ │ +[1] 396836   2469
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::115`
│ │ │ │ │ -[1] 414446    677
│ │ │ │ │ +[1] 414455    677
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::116`
│ │ │ │ │ -[1] 414036    410
│ │ │ │ │ +[1] 414045    410
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::117`
│ │ │ │ │ -[1] 400760   6638
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::118`
│ │ │ │ │ -[1] 407398   6638
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::12`
│ │ │ │ │  [1] 20310  2269
│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::121`
│ │ │ │ │ -[1] 415347  36636
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::122`
│ │ │ │ │ -[1] 415177    170
│ │ │ │ │ +[1] 415186    170
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::123`
│ │ │ │ │ -[1] 451983  36636
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::124`
│ │ │ │ │ -[1] 495468   2336
│ │ │ │ │ +[1] 495477   2336
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::125`
│ │ │ │ │ -[1] 494956    512
│ │ │ │ │ +[1] 494965    512
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::126`
│ │ │ │ │ -[1] 490284   2336
│ │ │ │ │ +[1] 490293   2336
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::127`
│ │ │ │ │ -[1] 492620   2336
│ │ │ │ │ +[1] 492629   2336
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::128`
│ │ │ │ │ -[1] 499007    444
│ │ │ │ │ +[1] 499016    444
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::129`
│ │ │ │ │ -[1] 498746    261
│ │ │ │ │ +[1] 498755    261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::13`
│ │ │ │ │  [1] 42883  2475
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::130`
│ │ │ │ │ -[1] 497858    444
│ │ │ │ │ +[1] 497867    444
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::131`
│ │ │ │ │ -[1] 498302    444
│ │ │ │ │ +[1] 498311    444
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::14`
│ │ │ │ │  [1] 28436   143
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::15`
│ │ │ │ │  [1] 23303  5133
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │ @@ -292,253 +292,253 @@
│ │ │ │ │  $references$`env::24`
│ │ │ │ │  [1] 50203   308
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::25`
│ │ │ │ │  [1] 108814  35497
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::26`
│ │ │ │ │ -[1] 156391   4009
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::27`
│ │ │ │ │  [1] 156100    131
│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │  [1] 1493 1513
│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::31`
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::32`
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::34`
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::35`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::37`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::39`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  [1] 149069    744
│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  [1] 11743   140
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::50`
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│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │  [1] 3006 8737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::60`
│ │ │ │ │ -[1] 212423   1613
│ │ │ │ │ +[1] 212432   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::61`
│ │ │ │ │ -[1] 214036   1613
│ │ │ │ │ +[1] 214045   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::62`
│ │ │ │ │ -[1] 215649   1613
│ │ │ │ │ +[1] 215658   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::63`
│ │ │ │ │ -[1] 217262   1613
│ │ │ │ │ +[1] 217271   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::64`
│ │ │ │ │ -[1] 218875   1613
│ │ │ │ │ +[1] 218884   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::65`
│ │ │ │ │ -[1] 220488   1316
│ │ │ │ │ +[1] 220497   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::66`
│ │ │ │ │ -[1] 221804   1317
│ │ │ │ │ +[1] 221813   1317
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::67`
│ │ │ │ │ -[1] 223121   1316
│ │ │ │ │ +[1] 223130   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::68`
│ │ │ │ │ -[1] 224437   1316
│ │ │ │ │ +[1] 224446   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::69`
│ │ │ │ │ -[1] 225753   1316
│ │ │ │ │ +[1] 225762   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::7`
│ │ │ │ │  [1] 144311   4758
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::70`
│ │ │ │ │ -[1] 227069   1317
│ │ │ │ │ +[1] 227078   1317
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::71`
│ │ │ │ │ -[1] 228386   1317
│ │ │ │ │ +[1] 228395   1317
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::72`
│ │ │ │ │ -[1] 229703   1316
│ │ │ │ │ +[1] 229712   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::73`
│ │ │ │ │ -[1] 231019   1316
│ │ │ │ │ +[1] 231028   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::74`
│ │ │ │ │ -[1] 232335    202
│ │ │ │ │ +[1] 232344    202
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::75`
│ │ │ │ │ -[1] 232537    199
│ │ │ │ │ +[1] 232546    199
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::76`
│ │ │ │ │ -[1] 232736    202
│ │ │ │ │ +[1] 232745    202
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::77`
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│ │ │ │ │ +[1] 232947    203
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│ │ │ │ │ +[1] 233150    195
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│ │ │ │ │ +[1] 233345   1316
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│ │ │ │ │ -[1] 254398   1316
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│ │ │ │ │ -[1] 255714   1316
│ │ │ │ │ +[1] 255723   1316
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│ │ │ │ │ +[1] 307113  50074
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│ │ │ │ │ +[1] 357187    622
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│ │ │ │ │  $references$`env::99`
│ │ │ │ │ -[1] 389319   1195
│ │ │ │ │ +[1] 389328   1195
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -65,15 +65,15 @@
│ │ │ │                  structure(list(list(structure("toHypergraph", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │                    list(structure(list(structure("signature(object = \"AffyProbesMatch\")", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │                      structure(":\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("    build an ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                      structure(list(structure(list(structure("Hypergraph", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("hypergraph", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │                      structure(" from the matches.", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │                  structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\describe"), 
│ │ │ │              structure("\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("showClass(\"AffyProbesMatch\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/AffyProbesMatch-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("showClass(\"AffyProbesMatch\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/AffyProbesMatch-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  CdfEnvAffy-class (list) = structure(list(structure(list(structure("Class \"CdfEnvAffy\"", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("geneNames,CdfEnvAffy-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("index2xy,CdfEnvAffy-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -243,15 +243,15 @@
│ │ │ │          structure("xy <- index2xy(cdfenv.hgu95a, ip)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## plot the chip\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("plot(cdfenv.hgu95a)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## plot the coordinates\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("plotLocation(xy)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## subset the environment\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("cdfenv.hgu95a.mini <- cdfenv.hgu95a[\"1000_at\"]\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/CdfEnvAffy-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/CdfEnvAffy-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  appendCdfEnvAffy (list) = structure(list(structure(list(structure(" append probe sets to a CdfEnvAffy", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("appendCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("appendCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  append probe sets to a CdfEnvAffy\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -298,15 +298,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("indexProbes(cdfenvEx, c(\"pm\", \"mm\"), \"blabla\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## pm only probe set\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("m <- matrix(6:9, ncol = 1)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("colnames(m) <- c(\"pm\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("appendCdfEnvAffy(cdfenvEx, \"blabla2\", m)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## note that the unspecified \"mm\" were set to NA\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("indexProbes(cdfenvEx, c(\"pm\", \"mm\"), \"blabla2\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/appendCdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/appendCdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  buildCdfEnv.biostrings (list) = structure(list(structure(list(structure(" Build CDF environments", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("buildCdfEnv.biostrings", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("buildCdfEnv.biostrings", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  Build CDF environment from Biostrings matchPDict results\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -359,15 +359,15 @@
│ │ │ │          structure(list(structure("AffyBatch", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  in ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("abatch", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" is the easiest way to specify information about the\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  geometry of a chip type.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  An instance of class ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("CdfEnvAffy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/buildCdfEnv.biostrings.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/buildCdfEnv.biostrings.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  cdfenv (list) = structure(list(structure(list(structure(" functions related to cdfenvs ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("cdfenvs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("wrapCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("getCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("buildCdfEnv.matchprobes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -429,15 +429,15 @@
│ │ │ │                  structure(" or ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │                    structure("FALSE", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │                  structure(")", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  An instance of class ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("CdfEnvAffy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## See the main vignette\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/cdfenv.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## See the main vignette\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/cdfenv.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  cdfenvEx (list) = structure(list(structure(list(structure(" CdfEnvAffy", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("cdfenvEx", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("cdfenvEx", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("An example of ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │ @@ -451,15 +451,15 @@
│ │ │ │          structure("  ..@ envir     :length 2 <environment>\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  ..@ envName   : chr \"ZG-DU33\"\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  ..@ nrow      : int 100\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  ..@ ncol      : int 100\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  ..@ probeTypes: chr [1:2] \"pm\" \"mm\"\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  ..@ chipType  : chr \"ZG-DU33\"\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(cdfenvEx)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("print(cdfenvEx)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/cdfenvEx.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("print(cdfenvEx)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/cdfenvEx.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "data", generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  copyCdfEnvAffy (list) = structure(list(structure(list(structure(" make a copy of a CdfEnvAffy ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("copyCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("copyCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  make a copy of a CdfEnvAffy\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -476,15 +476,15 @@
│ │ │ │              structure("environment", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  A ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("CdfEnvAffy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(list(structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list(
│ │ │ │ -            structure("copyEnv", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("Biobase", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/copyCdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +            structure("copyEnv", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("Biobase", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/copyCdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  countduplicated (list) = structure(list(structure(list(structure(" Count the number of times probes are used ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("countduplicated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("countduplicated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  This function counts the number of times the probes in a CdfEnvAffy\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │ @@ -512,15 +512,15 @@
│ │ │ │          structure(" and contains the number of\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  times a probe is in use in the environment (instead of an index number\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  in the ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │              structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(").\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" Laurent ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │ -        structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/countduplicated.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/countduplicated.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  geneNames (list) = structure(list(structure(list(structure(" get the names of the known probe sets ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("geneNames.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("geneNames.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  get the names of the probe sets known to the CdfEnv\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -530,15 +530,15 @@
│ │ │ │          structure(list(list(structure("object", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("  ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │                  structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure("%\\code{AltAffyBatch-class} or", Rd_tag = "COMMENT"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  a vector of mode ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("character", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/geneNames.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/geneNames.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  getxy.probeseq (list) = structure(list(structure(list(structure(" A function to get the XY coordinates from a probes sequences\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │      structure("  data frame", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("getxy.probeseq", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("getxy.probeseq", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │ @@ -609,15 +609,15 @@
│ │ │ │              structure("  The methods ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │                  structure("index2xy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │              structure(" are meant to interact with instances of\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │              structure("  class ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │                  structure("AffyBatch", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │              structure(".\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" Laurent ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##---- Should be DIRECTLY executable !! ----\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/getxy.probeseq.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##---- Should be DIRECTLY executable !! ----\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/getxy.probeseq.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  hideOutput (NULL) = NULL
│ │ │ │  
│ │ │ │  index2xy (list) = structure(list(structure(list(structure(" Functions to shuttle from indexes to XY coordinates ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("index2xy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("index2xy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -652,15 +652,15 @@
│ │ │ │          structure(list(structure("xy2index", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" methods), or a matrix of two\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  columns (for ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │              structure("index2xy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" methods).\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │          structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## To be done...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/index2xy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## To be done...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/index2xy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  indexProbes.CdfEnvAffy (list) = structure(list(structure(list(structure(" indexes for probes ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("indexProbes.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("indexProbes.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  A function to get the index for probes\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -701,15 +701,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("A ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure("list", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" of indexes.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(list(structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list(
│ │ │ │              structure("AffyBatch-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("affy", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │ -            structure(" ", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/indexProbes.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +            structure(" ", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/indexProbes.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  matchAffyProbes (list) = structure(list(structure(list(structure(" Match the probes on an Affymetrix array ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("matchAffyProbes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("matchAffyProbes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("mmProbes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │ @@ -778,15 +778,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("fasta.seq <- readDNAStringSet(filename)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("targets <- as.character(fasta.seq)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("names(targets) <- sub(\"^>.+\\\\|(NM[^ \\\\|]+|Hs[^ \\\\|]+)\\\\| ? .+$\", \"\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("                      names(targets))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("m <- matchAffyProbes(hgu133aprobe,\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("                     targets,\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("                     \"HG-U133A\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/matchAffyProbes.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/matchAffyProbes.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  plot.CdfEnvAffy (list) = structure(list(structure(list(structure(" A function to `plot' a CdfEnvAffy ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plot.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plot.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" hplot ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  A function to set the axis and plot the outline for a CdfEnvAffy\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -814,15 +814,15 @@
│ │ │ │                  structure(list(structure("plot", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  This function does not `plot' much, but sets the coordinates for\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("  further plotting (see the examples).\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" Laurent ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(list(structure(list(structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## See \"CdfEnvAffy-class\"\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/plot.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## See \"CdfEnvAffy-class\"\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/plot.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  removeIndex (list) = structure(list(structure(list(structure(" A function to remove probes in an environment ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("removeIndex", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("removeIndex", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  A function to remove probes in an environment, given their index.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -876,15 +876,15 @@
│ │ │ │          structure("  planocdfCustom <- removeIndex(planocdf, as.integer(10759))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("  ## let see what happened (we made this example knowing in which\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("  ## probe set the probe indexed '10759' is found).\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("  indexProbes(planocdf, \"pm\", \"200000_s_at\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("  indexProbes(planocdfCustom, \"pm\", \"200000_s_at\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("  ## The 'second' pm probe (indexed '10579') in the probe set is now set\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("  ## to NA.\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/removeIndex.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/removeIndex.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  safeDeparse (closure) = function (obj) 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      tryCatch({
│ │ │ │          deparse(obj)
│ │ │ │      }, error = function(e) {
│ │ │ │ @@ -905,15 +905,15 @@
│ │ │ │                  structure(".", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(list(structure("...", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("Unused.", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  An ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("Hypergraph-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("hypergraph", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure(" object. \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/toHypergraph.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure(" object. \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/toHypergraph.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  unique.CdfEnvAffy (list) = structure(list(structure(list(structure(" Remove duplicated elements from a CdfEnvAffy ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("unique.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("unique.CdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" manip ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("  Remove duplicated elements from a CdfEnvAffy\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -954,15 +954,15 @@
│ │ │ │          list(structure("The function differs slightly from the generic\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │              structure("  ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │                  structure("unique", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │              structure(". Here the elements found in several place a merely removed.", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" Laurent ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(list(structure(list(structure("countduplicated", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##not yet here...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/unique.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##not yet here...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/unique.CdfEnvAffy.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  utils.FASTA (list) = structure(list(structure(list(structure("Functions to work with FASTA files / connections", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("read.FASTA.entry", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("read.FASTA.entry", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("print.FASTA", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("write.FASTA", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -1064,15 +1064,15 @@
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" The value returned depends on the function. See above.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" Laurent Gautier ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("filename <- system.file(\"exampleData\", \"sample.fasta\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("                        package=\"altcdfenvs\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("con <- file(filename, open=\"r\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("fasta.seq <- grep.FASTA.entry(\"NM_001544\\\\.2\", con)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("close(con)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("print(fasta.seq)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/utils.FASTA.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("print(fasta.seq)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/utils.FASTA.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  validAffyBatch (list) = structure(list(structure(list(structure("Check validity of a CdfEnvAffy.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("validAffyBatch", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("validAffyBatch", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("validCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("printValidCdfEnvAffy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -1105,10 +1105,10 @@
│ │ │ │          structure(list(structure("validCdfEnvAffy", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │          structure(list(structure("AffyBatch-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("affy", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list(
│ │ │ │              structure("CdfEnvAffy-class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## To be done...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/validAffyBatch.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## To be done...\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/validAffyBatch.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/altcdfenvs.rdx
│ │ │ ├── altcdfenvs.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,121 +1,121 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$`AffyProbesMatch-class`
│ │ │ │ │ -[1]  285 2559
│ │ │ │ │ +[1]  295 2569
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`CdfEnvAffy-class`
│ │ │ │ │ -[1] 3126 5726
│ │ │ │ │ +[1] 3156 5735
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$appendCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 9135 2029
│ │ │ │ │ +[1] 9185 2042
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$buildCdfEnv.biostrings
│ │ │ │ │ -[1] 11450  2082
│ │ │ │ │ +[1] 11522  2093
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$cdfenv
│ │ │ │ │ -[1] 13802  2361
│ │ │ │ │ +[1] 13898  2372
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$cdfenvEx
│ │ │ │ │ -[1] 16436  1000
│ │ │ │ │ +[1] 16555  1014
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$copyCdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 17720  1120
│ │ │ │ │ +[1] 17862  1131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$countduplicated
│ │ │ │ │ -[1] 19120  1491
│ │ │ │ │ +[1] 19283  1502
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$geneNames
│ │ │ │ │ -[1] 20885   924
│ │ │ │ │ +[1] 21073   938
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$getxy.probeseq
│ │ │ │ │ -[1] 22091  2953
│ │ │ │ │ +[1] 22303  2965
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$index2xy
│ │ │ │ │ -[1] 25321  1520
│ │ │ │ │ +[1] 25556  1530
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$indexProbes.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 27129  2014
│ │ │ │ │ +[1] 27384  2026
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$matchAffyProbes
│ │ │ │ │ -[1] 29424  3001
│ │ │ │ │ +[1] 29703  3009
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plot.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 32708  1503
│ │ │ │ │ +[1] 33006  1514
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$removeIndex
│ │ │ │ │ -[1] 34489  2358
│ │ │ │ │ +[1] 34809  2368
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$toHypergraph
│ │ │ │ │ -[1] 37128   950
│ │ │ │ │ +[1] 37468   962
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$unique.CdfEnvAffy
│ │ │ │ │ -[1] 38363  1866
│ │ │ │ │ +[1] 38726  1877
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$utils.FASTA
│ │ │ │ │ -[1] 40508  3500
│ │ │ │ │ +[1] 40893  3512
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$validAffyBatch
│ │ │ │ │ -[1] 44291  1585
│ │ │ │ │ +[1] 44698  1598
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]   0 285
│ │ │ │ │ +[1]   0 295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │ -[1] 21809   282
│ │ │ │ │ +[1] 22011   292
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::11`
│ │ │ │ │ -[1] 25044   277
│ │ │ │ │ +[1] 25268   288
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::12`
│ │ │ │ │ -[1] 26841   288
│ │ │ │ │ +[1] 27086   298
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::13`
│ │ │ │ │ -[1] 29143   281
│ │ │ │ │ +[1] 29410   293
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::14`
│ │ │ │ │ -[1] 32425   283
│ │ │ │ │ +[1] 32712   294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::15`
│ │ │ │ │ -[1] 34211   278
│ │ │ │ │ +[1] 34520   289
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::16`
│ │ │ │ │ -[1] 36847   281
│ │ │ │ │ +[1] 37177   291
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::17`
│ │ │ │ │ -[1] 38078   285
│ │ │ │ │ +[1] 38430   296
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::18`
│ │ │ │ │ -[1] 40229   279
│ │ │ │ │ +[1] 40603   290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::19`
│ │ │ │ │ -[1] 44008   283
│ │ │ │ │ +[1] 44405   293
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │ -[1] 2844  282
│ │ │ │ │ +[1] 2864  292
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │ -[1] 8852  283
│ │ │ │ │ +[1] 8891  294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │ -[1] 11164   286
│ │ │ │ │ +[1] 11227   295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::5`
│ │ │ │ │ -[1] 13532   270
│ │ │ │ │ +[1] 13615   283
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │ -[1] 16163   273
│ │ │ │ │ +[1] 16270   285
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::7`
│ │ │ │ │ -[1] 17436   284
│ │ │ │ │ +[1] 17569   293
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::8`
│ │ │ │ │ -[1] 18840   280
│ │ │ │ │ +[1] 18993   290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::9`
│ │ │ │ │ -[1] 20611   274
│ │ │ │ │ +[1] 20785   288
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/altcdfenvs/help/paths.rds
│ │ │ ├── paths.rds-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,21 +1,21 @@
│ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/AffyProbesMatch-class.Rd" 
│ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/CdfEnvAffy-class.Rd"      
│ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/appendCdfEnvAffy.Rd"      
│ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/buildCdfEnv.biostrings.Rd"
│ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/cdfenv.Rd"                
│ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/cdfenvEx.Rd"              
│ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/copyCdfEnvAffy.Rd"        
│ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/countduplicated.Rd"       
│ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/geneNames.Rd"             
│ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/getxy.probeseq.Rd"        
│ │ │ │ │ -[11] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/index2xy.Rd"              
│ │ │ │ │ -[12] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/indexProbes.CdfEnvAffy.Rd"
│ │ │ │ │ -[13] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/matchAffyProbes.Rd"       
│ │ │ │ │ -[14] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/plot.CdfEnvAffy.Rd"       
│ │ │ │ │ -[15] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/removeIndex.Rd"           
│ │ │ │ │ -[16] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/toHypergraph.Rd"          
│ │ │ │ │ -[17] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/unique.CdfEnvAffy.Rd"     
│ │ │ │ │ -[18] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/utils.FASTA.Rd"           
│ │ │ │ │ -[19] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-altcdfenvs/man/validAffyBatch.Rd"        
│ │ │ │ │ + [1] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/AffyProbesMatch-class.Rd" 
│ │ │ │ │ + [2] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/CdfEnvAffy-class.Rd"      
│ │ │ │ │ + [3] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/appendCdfEnvAffy.Rd"      
│ │ │ │ │ + [4] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/buildCdfEnv.biostrings.Rd"
│ │ │ │ │ + [5] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/cdfenv.Rd"                
│ │ │ │ │ + [6] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/cdfenvEx.Rd"              
│ │ │ │ │ + [7] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/copyCdfEnvAffy.Rd"        
│ │ │ │ │ + [8] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/countduplicated.Rd"       
│ │ │ │ │ + [9] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/geneNames.Rd"             
│ │ │ │ │ +[10] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/getxy.probeseq.Rd"        
│ │ │ │ │ +[11] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/index2xy.Rd"              
│ │ │ │ │ +[12] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/indexProbes.CdfEnvAffy.Rd"
│ │ │ │ │ +[13] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/matchAffyProbes.Rd"       
│ │ │ │ │ +[14] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/plot.CdfEnvAffy.Rd"       
│ │ │ │ │ +[15] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/removeIndex.Rd"           
│ │ │ │ │ +[16] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/toHypergraph.Rd"          
│ │ │ │ │ +[17] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/unique.CdfEnvAffy.Rd"     
│ │ │ │ │ +[18] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/utils.FASTA.Rd"           
│ │ │ │ │ +[19] "/build/reproducible-path/r-bioc-altcdfenvs-2.74.0/man/validAffyBatch.Rd"        
│ │ │ │ │  attr(,"first")
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