--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5BOIV6/inputs/r-bioc-biocio_1.22.0+dfsg-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5BOIV6/out/r-bioc-biocio_1.22.0+dfsg-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│  -rw-r--r--   0        0        0        4 2026-08-04 10:39:55.000000 debian-binary
│ --rw-r--r--   0        0        0     1700 2026-08-04 10:39:55.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r--   0        0        0   211168 2026-08-04 10:39:55.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0     1668 2026-08-04 10:39:55.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0   211284 2026-08-04 10:39:55.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1237 2026-08-04 10:39:55.000000 ./control
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1161 2026-08-04 10:39:55.000000 ./control
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2097 2026-08-04 10:39:55.000000 ./md5sums
│ │ ├── ./control
│ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@
│ │ │  Package: r-bioc-biocio
│ │ │  Version: 1.22.0+dfsg-1
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net>
│ │ │  Installed-Size: 292
│ │ │  Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics, r-bioc-s4vectors, r-pkg-team-core-architecture
│ │ │ -Suggests: r-cran-testthat, r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown, r-bioc-biocstyle
│ │ │  Section: gnu-r
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Homepage: https://bioconductor.org/packages/BiocIO/
│ │ │  Description: standard input and output for Bioconductor packages
│ │ │   Implements `import()` and `export()` standard generics
│ │ │   for importing and exporting biological data formats. `import()`
│ │ │   supports whole-file as well as chunk-wise iterative import. The
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -14,27 +14,27 @@
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      449 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/Meta/nsInfo.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1644 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/Meta/package.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      192 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/Meta/vignette.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      894 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/NAMESPACE
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      370 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/NEWS.md
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1058 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   215577 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   215588 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO.rdb
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1488 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      246 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/README.md
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/doc/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1802 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/doc/BiocIO.R
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     5246 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/doc/BiocIO.Rmd
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1348 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/doc/index.html
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1366 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/AnIndex
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    13476 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdb
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      213 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdx
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    13567 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      216 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      409 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/aliases.rds
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      152 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/paths.rds
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      170 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/paths.rds
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/html/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     4095 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/html/00Index.html
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2133 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/html/R.css
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/share/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/share/doc/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-biocio/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      845 2026-08-04 10:39:55.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-biocio/changelog.Debian.gz
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -2303,15 +2303,15 @@
│ │ │ │      "imports" = "    S4Vectors = c(isSingleString = "isSingleString"), methods = c(findMethods = "findMethods"), "
│ │ │ │      "imports" = "    methods = c(getClass = "getClass"), methods = c(getClassDef = "getClassDef"), "
│ │ │ │      "imports" = "    methods = c(is = "is"), methods = c(new = "new"), methods = c(packageSlot = "packageSlot"), "
│ │ │ │      "imports" = "    methods = c(show = "show"), tools = c(file_ext = "file_ext"), "
│ │ │ │      "imports" = "    tools = c(file_path_as_absolute = "file_path_as_absolute"), "
│ │ │ │      "imports" = "    tools = c(file_path_sans_ext = "file_path_sans_ext"))"
│ │ │ │      "lazydata" = "<environment>"
│ │ │ │ -    "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/debian/r-bioc-biocio/usr/lib/R/site-library/BiocIO""
│ │ │ │ +    "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/debian/r-bioc-biocio/usr/lib/R/site-library/BiocIO""
│ │ │ │      "spec" = "c(name = "BiocIO", version = "1.22.0")"
│ │ │ │  }
│ │ │ │  
│ │ │ │  .__S3MethodsTable__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │  }
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/R/BiocIO.rdx
│ │ │ ├── BiocIO.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -38,129 +38,129 @@
│ │ │ │ │  $variables$.__C__XZFile
│ │ │ │ │  [1] 135482   1351
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__C__list_OR_List
│ │ │ │ │  [1] 136833   3967
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__NAMESPACE__.
│ │ │ │ │ -[1] 141603     53
│ │ │ │ │ +[1] 141614     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__S3MethodsTable__.
│ │ │ │ │ -[1] 141787     53
│ │ │ │ │ +[1] 141798     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__as.character:base`
│ │ │ │ │ -[1] 144827     53
│ │ │ │ │ +[1] 144838     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__decompress:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 149009     53
│ │ │ │ │ +[1] 149020     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__export:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 153479     53
│ │ │ │ │ +[1] 153490     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__fileFormat:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 156149     53
│ │ │ │ │ +[1] 156160     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__import:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 160228     53
│ │ │ │ │ +[1] 160239     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__path:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 162329     53
│ │ │ │ │ +[1] 162340     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__resource:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 163716     53
│ │ │ │ │ +[1] 163727     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__resource<-:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 165647     53
│ │ │ │ │ +[1] 165658     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__show:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 199120     53
│ │ │ │ │ +[1] 199131     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__ungzip:BiocIO`
│ │ │ │ │ -[1] 201917     53
│ │ │ │ │ +[1] 201928     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__global__
│ │ │ │ │ -[1] 201970    177
│ │ │ │ │ +[1] 201981    177
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.packageName
│ │ │ │ │ -[1] 202147     51
│ │ │ │ │ +[1] 202158     51
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.parseURI
│ │ │ │ │ -[1] 202198   1453
│ │ │ │ │ +[1] 202209   1453
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.requireCachedGenerics
│ │ │ │ │ -[1] 203651     86
│ │ │ │ │ +[1] 203662     86
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$BGZFile
│ │ │ │ │ -[1] 203737    252
│ │ │ │ │ +[1] 203748    252
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$BZ2File
│ │ │ │ │ -[1] 203989    252
│ │ │ │ │ +[1] 204000    252
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$BiocFileList
│ │ │ │ │ -[1] 204241    246
│ │ │ │ │ +[1] 204252    246
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$FileForFormat
│ │ │ │ │ -[1] 204487   3107
│ │ │ │ │ +[1] 204498   3107
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$GZFile
│ │ │ │ │ -[1] 207594    251
│ │ │ │ │ +[1] 207605    251
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$XZFile
│ │ │ │ │ -[1] 207845    251
│ │ │ │ │ +[1] 207856    251
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$compress
│ │ │ │ │ -[1] 208096    427
│ │ │ │ │ +[1] 208107    427
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$connection
│ │ │ │ │ -[1] 208523    323
│ │ │ │ │ +[1] 208534    323
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$connectionForResource
│ │ │ │ │ -[1] 208846    964
│ │ │ │ │ +[1] 208857    964
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$decompress
│ │ │ │ │ -[1] 209810    427
│ │ │ │ │ +[1] 209821    427
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$export
│ │ │ │ │ -[1] 210237    447
│ │ │ │ │ +[1] 210248    447
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$fileFormat
│ │ │ │ │ -[1] 210684    414
│ │ │ │ │ +[1] 210695    414
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$import
│ │ │ │ │ -[1] 211098    445
│ │ │ │ │ +[1] 211109    445
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$isURL
│ │ │ │ │ -[1] 211543    601
│ │ │ │ │ +[1] 211554    601
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$manage
│ │ │ │ │ -[1] 212144    510
│ │ │ │ │ +[1] 212155    510
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$managed
│ │ │ │ │ -[1] 212654    288
│ │ │ │ │ +[1] 212665    288
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$manager
│ │ │ │ │ -[1] 212942    166
│ │ │ │ │ +[1] 212953    166
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$release
│ │ │ │ │ -[1] 213108    362
│ │ │ │ │ +[1] 213119    362
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$resource
│ │ │ │ │ -[1] 213470    397
│ │ │ │ │ +[1] 213481    397
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`resource<-`
│ │ │ │ │ -[1] 213867    420
│ │ │ │ │ +[1] 213878    420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$resourceDescription
│ │ │ │ │ -[1] 214287    387
│ │ │ │ │ +[1] 214298    387
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ungzip
│ │ │ │ │ -[1] 214674    425
│ │ │ │ │ +[1] 214685    425
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$unmanage
│ │ │ │ │ -[1] 215099    478
│ │ │ │ │ +[1] 215110    478
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │  [1] 97175  2684
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │ @@ -226,159 +226,159 @@
│ │ │ │ │  $references$`env::29`
│ │ │ │ │  [1] 128799    232
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │  [1]  237 4097
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::30`
│ │ │ │ │ -[1] 141090    513
│ │ │ │ │ +[1] 141090    524
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::31`
│ │ │ │ │  [1] 140800    131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::32`
│ │ │ │ │  [1] 140931    159
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::33`
│ │ │ │ │ -[1] 141656    131
│ │ │ │ │ +[1] 141667    131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::34`
│ │ │ │ │ -[1] 144332    495
│ │ │ │ │ +[1] 144343    495
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::35`
│ │ │ │ │ -[1] 144072    260
│ │ │ │ │ +[1] 144083    260
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::36`
│ │ │ │ │ -[1] 141840   1116
│ │ │ │ │ +[1] 141851   1116
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::37`
│ │ │ │ │ -[1] 142956   1116
│ │ │ │ │ +[1] 142967   1116
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::38`
│ │ │ │ │ -[1] 147719   1290
│ │ │ │ │ +[1] 147730   1290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::39`
│ │ │ │ │ -[1] 147460    259
│ │ │ │ │ +[1] 147471    259
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │  [1] 17431   335
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::40`
│ │ │ │ │ -[1] 144880   1290
│ │ │ │ │ +[1] 144891   1290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::41`
│ │ │ │ │ -[1] 146170   1290
│ │ │ │ │ +[1] 146181   1290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::42`
│ │ │ │ │ -[1] 152095   1384
│ │ │ │ │ +[1] 152106   1384
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::43`
│ │ │ │ │ -[1] 151830    265
│ │ │ │ │ +[1] 151841    265
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::44`
│ │ │ │ │ -[1] 149062   1384
│ │ │ │ │ +[1] 149073   1384
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::45`
│ │ │ │ │ -[1] 150446   1384
│ │ │ │ │ +[1] 150457   1384
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::46`
│ │ │ │ │ -[1] 155412    737
│ │ │ │ │ +[1] 155423    737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::47`
│ │ │ │ │ -[1] 155006    406
│ │ │ │ │ +[1] 155017    406
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::48`
│ │ │ │ │ -[1] 153532    737
│ │ │ │ │ +[1] 153543    737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::49`
│ │ │ │ │ -[1] 154269    737
│ │ │ │ │ +[1] 154280    737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::5`
│ │ │ │ │  [1] 13984  3447
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::50`
│ │ │ │ │ -[1] 158974   1254
│ │ │ │ │ +[1] 158985   1254
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::51`
│ │ │ │ │ -[1] 158710    264
│ │ │ │ │ +[1] 158721    264
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::52`
│ │ │ │ │ -[1] 156202   1254
│ │ │ │ │ +[1] 156213   1254
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::53`
│ │ │ │ │ -[1] 157456   1254
│ │ │ │ │ +[1] 157467   1254
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::54`
│ │ │ │ │ -[1] 161732    597
│ │ │ │ │ +[1] 161743    597
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::55`
│ │ │ │ │ -[1] 161475    257
│ │ │ │ │ +[1] 161486    257
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::56`
│ │ │ │ │ -[1] 160281    597
│ │ │ │ │ +[1] 160292    597
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::57`
│ │ │ │ │ -[1] 160878    597
│ │ │ │ │ +[1] 160889    597
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::58`
│ │ │ │ │ -[1] 163357    359
│ │ │ │ │ +[1] 163368    359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::59`
│ │ │ │ │ -[1] 163100    257
│ │ │ │ │ +[1] 163111    257
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │  [1] 13071   140
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::60`
│ │ │ │ │ -[1] 162382    359
│ │ │ │ │ +[1] 162393    359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::61`
│ │ │ │ │ -[1] 162741    359
│ │ │ │ │ +[1] 162752    359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::62`
│ │ │ │ │ -[1] 165108    539
│ │ │ │ │ +[1] 165119    539
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::63`
│ │ │ │ │ -[1] 164847    261
│ │ │ │ │ +[1] 164858    261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::64`
│ │ │ │ │ -[1] 163769    539
│ │ │ │ │ +[1] 163780    539
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::65`
│ │ │ │ │ -[1] 164308    539
│ │ │ │ │ +[1] 164319    539
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::66`
│ │ │ │ │ -[1] 198406    714
│ │ │ │ │ +[1] 198417    714
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::67`
│ │ │ │ │ -[1] 197948    458
│ │ │ │ │ +[1] 197959    458
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::68`
│ │ │ │ │ -[1] 165870  16039
│ │ │ │ │ +[1] 165881  16039
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::69`
│ │ │ │ │ -[1] 165700    170
│ │ │ │ │ +[1] 165711    170
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::7`
│ │ │ │ │  [1] 4334 8737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::70`
│ │ │ │ │ -[1] 181909  16039
│ │ │ │ │ +[1] 181920  16039
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::71`
│ │ │ │ │ -[1] 201088    829
│ │ │ │ │ +[1] 201099    829
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::72`
│ │ │ │ │ -[1] 200831    257
│ │ │ │ │ +[1] 200842    257
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::73`
│ │ │ │ │ -[1] 199173    829
│ │ │ │ │ +[1] 199184    829
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::74`
│ │ │ │ │ -[1] 200002    829
│ │ │ │ │ +[1] 200013    829
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::8`
│ │ │ │ │  [1] 13211   773
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::9`
│ │ │ │ │  [1] 94172   143
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -187,15 +187,15 @@
│ │ │ │          structure("temp <- tempfile(fileext = \".csv\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("FileForFormat(temp)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Create CSVFile\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("csv <- CSVFile(temp)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Display path of file\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("path(csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## Display resource of file\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("resource(csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/BiocFile-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("resource(csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/BiocFile-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  IO (list) = structure(list(structure(list(structure("Import and export", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("IO", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("IO", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("export", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("export,ANY,connection,character-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -318,15 +318,15 @@
│ │ │ │          structure("    function(object, con, format, ...) {\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("        write.csv(object, resource(con), ...)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    }\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Usage\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("temp <- tempfile(fileext = \".csv\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("csv <- CSVFile(temp)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("export(mtcars, csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("df <- import(csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/IO.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("df <- import(csv)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/IO.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  compression (list) = structure(list(structure(list(structure("File compression", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("compression", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("compression", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("decompress", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("decompress,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -388,15 +388,15 @@
│ │ │ │                  structure(":\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Determines the file type of ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                  structure(list(structure("path", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │                  structure(" and returns a high-level file object such\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                  structure("as BamFile, BEDFile, BigWigFile, etc.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\itemize"), 
│ │ │ │              structure("\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("file <- tempfile(fileext = \".gzip\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("decompress(con = file)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/compression.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/compression.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  hideOutput (NULL) = NULL
│ │ │ │  
│ │ │ │  safeDeparse (closure) = function (obj) 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      tryCatch({
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/BiocIO.rdx
│ │ │ ├── BiocIO.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,25 +1,25 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$`BiocFile-class`
│ │ │ │ │ -[1]  280 5961
│ │ │ │ │ +[1]  296 5974
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$IO
│ │ │ │ │ -[1] 6513 4116
│ │ │ │ │ +[1] 6560 4131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$compression
│ │ │ │ │ -[1] 10908  2568
│ │ │ │ │ +[1] 10984  2583
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]   0 280
│ │ │ │ │ +[1]   0 296
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │ -[1] 6241  272
│ │ │ │ │ +[1] 6270  290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │ -[1] 10629   279
│ │ │ │ │ +[1] 10691   293
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocIO/help/paths.rds
│ │ │ ├── paths.rds-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,5 +1,5 @@
│ │ │ │ │ -[1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/BiocFile-class.Rd"
│ │ │ │ │ -[2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/IO.Rd"            
│ │ │ │ │ -[3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biocio/man/compression.Rd"   
│ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/BiocFile-class.Rd"
│ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/IO.Rd"            
│ │ │ │ │ +[3] "/build/reproducible-path/r-bioc-biocio-1.22.0+dfsg/man/compression.Rd"   
│ │ │ │ │  attr(,"first")
│ │ │ │ │ -[1] 39
│ │ │ │ │ +[1] 56