--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd1r4A1C/inputs/r-bioc-annotate_1.90.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd1r4A1C/out/r-bioc-annotate_1.90.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-04 13:35:27.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2324 2026-08-04 13:35:27.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 1858772 2026-08-04 13:35:27.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2288 2026-08-04 13:35:27.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1862024 2026-08-04 13:35:27.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 13:35:27.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 945 2026-08-04 13:35:27.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 845 2026-08-04 13:35:27.000000 ./control │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4713 2026-08-04 13:35:27.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-annotate │ │ │ Version: 1.90.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 3245 │ │ │ +Installed-Size: 3247 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.5), r-cran-xml, r-bioc-biobase, r-cran-dbi, r-cran-xtable, r-bioc-biocgenerics (>= 0.13.8), r-cran-httr, r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-bioc-genefilter, r-bioc-biostrings (>= 2.25.10), r-bioc-iranges, r-bioc-go.db, r-bioc-org.hs.eg.db, r-cran-runit, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr │ │ │ +Suggests: r-bioc-biostrings (>= 2.25.10), r-bioc-iranges │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/annotate/ │ │ │ Description: BioConductor annotation for microarrays │ │ │ This BioConductor module provides methods for annotation for microarrays. │ │ │ . │ │ │ In its current state the basic purpose of annotate is to │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -15,16 +15,16 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1561 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1601 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/Meta/package.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 583 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4425 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/NAMESPACE │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1030 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/NEWS.Rd │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1058 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 422351 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3929 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 422363 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3925 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdx │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/data/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 51948 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/data/hgByChroms.rda │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 290 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/data/hgCLengths.rda │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 113816 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/data/hgu95AProbLocs.rda │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 93792 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/data/hgu95Achroloc.rda │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 53048 2026-08-04 13:35:27.000000 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./usr/lib/R/site-library/annotate/html/00Index.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2133 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/html/R.css │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/misc/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24761 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/misc/demowrite.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9213 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/misc/pmLinkGen.Rnw │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 70288 2026-08-04 13:35:27.000000 ./usr/lib/R/site-library/annotate/misc/pmLinkGen.pdf │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -406,15 +406,15 @@ │ │ │ │ "imports" = " nrow = "nrow", ".__T__revmap:AnnotationDbi" = ".__T__revmap:AnnotationDbi", " │ │ │ │ "imports" = " revmap = "revmap"), Biobase = c(annotation = "annotation", " │ │ │ │ "imports" = " ".__T__contents:Biobase" = ".__T__contents:Biobase", contents = "contents", " │ │ │ │ "imports" = " ".__T__exprs:Biobase" = ".__T__exprs:Biobase", exprs = "exprs", " │ │ │ │ "imports" = " ".__T__featureNames:Biobase" = ".__T__featureNames:Biobase", " │ │ │ │ "imports" = " featureNames = "featureNames"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/debian/r-bioc-annotate/usr/lib/R/site-library/annotate"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/debian/r-bioc-annotate/usr/lib/R/site-library/annotate"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "annotate", version = "1.90.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/annotate/R/annotate.rdx │ │ │ ├── annotate.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -11,1044 +11,1044 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__homoData │ │ │ │ │ [1] 2780 363 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__pubMedAbst │ │ │ │ │ [1] 3143 358 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 9108 52 │ │ │ │ │ +[1] 9120 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 9291 52 │ │ │ │ │ +[1] 9303 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__KEGG2heatmap:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 14067 52 │ │ │ │ │ +[1] 14079 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__KEGGmnplot:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 21631 52 │ │ │ │ │ +[1] 21643 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__abstText:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 23039 53 │ │ │ │ │ +[1] 23051 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__allValidKeys:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 27448 53 │ │ │ │ │ +[1] 27460 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__articleTitle:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 28870 53 │ │ │ │ │ +[1] 28882 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__authors:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 30282 53 │ │ │ │ │ +[1] 30294 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__chromInfo:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 31700 53 │ │ │ │ │ +[1] 31712 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__chromLengths:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 33809 53 │ │ │ │ │ +[1] 33821 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__chromLocs:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 35221 53 │ │ │ │ │ +[1] 35233 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__chromNames:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 36753 53 │ │ │ │ │ +[1] 36765 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__dataSource:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 38173 53 │ │ │ │ │ +[1] 38185 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__fileName:BiocGenerics` │ │ │ │ │ -[1] 39630 53 │ │ │ │ │ +[1] 39642 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__geneSymbols:annotate` │ │ │ │ │ -[1] 41060 53 │ │ │ │ │ +[1] 41072 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 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----\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/HTMLPage-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##---- Should be DIRECTLY executable !! ----\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/HTMLPage-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ LL2homology (list) = structure(list(structure(list(structure("DEFUNCT Functions that find the homology data for a given set of\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" LocusLink ids or HomoloGeneIDs", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("LL2homology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("LL2homology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("HGID2homology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -319,15 +319,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?=homologene", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list( │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure(" ## hsahomology is a defunct package!\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" if(require(\"hsahomology\")){\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" llids <- ls(env = hsahomologyLL2HGID)[2:5]\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" LL2homology(\"hsahomology\", llids)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" }\n", Rd_tag = "VERB"), structure("\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/LL2homology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/LL2homology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ PMIDAmat (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to compute the probe to PubMed id incidence matrix.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("PMIDAmat", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("PMIDAmat", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" For a given chip or a given set of genes, it computes the mapping from\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -351,15 +351,15 @@ │ │ │ │ structure(" process could finish soon. \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A matrix containing zero or one, depending on whether the probe\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" (column) is associated with a PubMed id (row).\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("R. Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" probe <- names(as.list(hgu95av2ACCNUM))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" Amat <- PMIDAmat(\"hgu95av2\", gene=sample(probe, 10))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/PMIDAmat.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" Amat <- PMIDAmat(\"hgu95av2\", gene=sample(probe, 10))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/PMIDAmat.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ PWAmat (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to compute the probe to KEGG pathway incidence matrix.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("PWAmat", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("PWAmat", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" For a given chip we compute the mapping from probes to KEGG pathways.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -378,15 +378,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A matrix containing zero or one, depending on whether the probe\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" (row) is in a pathway (column).\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("R. Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("KEGG2heatmap", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list( │ │ │ │ structure("GOmnplot", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" Am1 <- PWAmat(\"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/PWAmat.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" Am1 <- PWAmat(\"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/PWAmat.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ UniGeneQuery (list) = structure(list(structure(list(structure("Create a Query String for a UniGene Identifier ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("UniGeneQuery", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("UniGeneQuery", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("interface", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Given a set of UniGene identifiers this function creates a set of URLs\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -412,15 +412,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("Robert Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("NCBI, ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("https://www.ncbi.nih.gov/", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" q1<-UniGeneQuery(c(\"Hs.293970\", \"Hs.155650\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" q1\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" if( interactive())\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" browseURL(q1[1])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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structure("annPkgName(\"hgu133plus2\", type=\"env\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/annPkgName.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("annPkgName(\"hgu133plus2\", type=\"env\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/annPkgName.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ aqListGOIDs (list) = structure(list(structure(list(structure("List GO Identifiers by GO Ontology", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("aqListGOIDs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("aqListGOIDs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This function returns a character vector of all GO identifiers in the\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -514,15 +514,15 @@ │ │ │ │ structure(" argument.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Seth Falcon", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## all GO IDs in BP\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("bp_ids = aqListGOIDs(\"BP\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("length(bp_ids)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## all GO IDs in BP or CC\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("bp_or_cc_ids = aqListGOIDs(c(\"BP\", \"CC\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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It will just try to get that many.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" blastSequences(x = \"GGCCTTCATTTACCCAAAATG\", hitListSize=\"20\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/blastSequences.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/blastSequences.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ buildChromLocation (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to generate an instantiation of a chromLocation class", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("buildChromLocation", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("buildChromLocation", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("utilities", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This function will take the name of a data package and build a\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -648,15 +648,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("chromLocation", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" object will\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" be created.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("chromLocation", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" object representing the specified data set.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Jeff Gentry", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" z <- buildChromLocation(\"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/buildChromLocation.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" z <- buildChromLocation(\"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/buildChromLocation.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ buildPubMedAbst (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to generate an instantiation of a pubMedAbst class ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("buildPubMedAbst", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("buildPubMedAbst", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure(" utilities ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This function will take in a XML tree object and will create an\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -674,15 +674,15 @@ │ │ │ │ structure("genbank", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" x <- pubmed(\"9695952\",\"8325638\",\"8422497\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" a <- xmlRoot(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" numAbst <- length(xmlChildren(a))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" absts <- list()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" for (i in 1:numAbst) {\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" absts[[i]] <- buildPubMedAbst(a[[i]])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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Otherwise, the function returns FALSE\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This function returns TRUE or FALSE depending on whether the packages\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" have the same version number\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Jianhua Zhang", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("packageDescription", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" library(\"GO.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" compatibleVersions(\"hgu95av2.db\", \"GO.db\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/compatibleVersions.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" compatibleVersions(\"hgu95av2.db\", \"GO.db\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/compatibleVersions.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ dropECode (list) = structure(list(structure(list(structure("Drop GO labels for specified Evidence Codes", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("dropECode", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("dropECode", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Genes are mapped to GO terms on the basis of evidence codes. In some\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1035,15 +1035,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("getEvidence", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list( │ │ │ │ structure("getOntology", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bb <- hgu95av2GO[[\"39613_at\"]]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" getEvidence(bb[1:3])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" cc <- dropECode(bb[1:3])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" if (length(cc))\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" getEvidence(cc)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/dropECode.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" if (length(cc))\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" getEvidence(cc)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/dropECode.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ entrezGeneByID (list) = structure(list(structure(list(structure("Create a Query String for an Entrez Gene Identifier", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("entrezGeneByID", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("entrezGeneByID", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("interface", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Given a set of UniGene identifiers this function creates a set of URLs\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1062,15 +1062,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("Marc Carlson", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("NCBI, ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("https://www.ncbi.nih.gov/", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" q1<-entrezGeneByID(c(\"100\", \"1002\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" q1\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" if( interactive())\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" browseURL(q1[1])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/entrezGeneByID.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/entrezGeneByID.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ entrezGeneQuery (list) = structure(list(structure(list(structure("Create a Query String for Entrez Genes", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("entrezGeneQuery", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("entrezGeneQuery", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("interface", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Given a set of search terms this function creates a set of URLs\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1089,15 +1089,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("Marc Carlson", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("NCBI, ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("https://www.ncbi.nih.gov/", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" q1<-entrezGeneQuery(c(\"leukemia\", \"Homo sapiens\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" q1\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" if( interactive())\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" browseURL(q1[1])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/entrezGeneQuery.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/entrezGeneQuery.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ filterGOByOntology (list) = structure(list(structure(list(structure("Filter GO terms by a specified GO ontology", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("filterGOByOntology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("filterGOByOntology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Given a character vector containing GO identifiers, return a logical\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1121,15 +1121,15 @@ │ │ │ │ structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Seth Falcon", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("haveGO <- suppressWarnings(require(\"GO.db\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("if (haveGO) {\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ids <- c(\"GO:0001838\", \"GO:0001839\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" stopifnot(all(filterGOByOntology(ids, \"BP\")))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" stopifnot(!any(filterGOByOntology(ids, \"MF\")))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("} else cat(\"Sorry, this example requires the GO package\\n\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/filterGOByOntology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/filterGOByOntology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ findNeighbors (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to locate neighboring genes within a defined range\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" around a target gene represented by a Entrez Gene ID ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("findNeighbors", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("findNeighbors", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("checkArgs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1245,15 +1245,15 @@ │ │ │ │ structure(" \"Unconfident\" when a gene can be placed on a chromosome but its exact\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" location can not be determined with great confidence.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Jianhua Zhang", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("http://www.genome.ucsc.edu/goldenPath/", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("if(require(\"humanCHRLOC\")){\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" findNeighbors(\"humanCHRLOC\", \"51806\", 10, upBase = 600000, downBase = 600000)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("}else{\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" print(\"Can not find neighbors without the required data package\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/findNeighbors.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/findNeighbors.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ genbank (list) = structure(list(structure(list(structure("A function to open the browser to Genbank with the selected gene. ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("genbank", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("genbank", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("interface ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Given a vector of Genbank accession numbers or NCBI UIDs, the user can\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1300,15 +1300,15 @@ │ │ │ │ structure(" disp <- c(\"data\",\"browser\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" } else {\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" disp <- \"data\"\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" }\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" for (dp in disp)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" genbank(\"12345\",\"9997\",disp=dp,type=\"uid\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Use accession numbers to retrieve browser info\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" if ( interactive() )\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" genbank(\"U03397\",\"AF030427\",disp=\"browser\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/genbank.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" genbank(\"U03397\",\"AF030427\",disp=\"browser\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/genbank.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getAnnMap (list) = structure(list(structure(list(structure("Get annotation map", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getAnnMap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getAnnMap", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This function retrieves a map object from an annotation data\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1383,15 +1383,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("type", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" is ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure("\"env\"", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", an R\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("environment", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" object representing the requested map.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Seth Falcon", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("map <- getAnnMap(\"ENTREZID\", \"hgu95av2\", load=TRUE, type=c(\"env\", \"db\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("class(map)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getAnnMap.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("class(map)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getAnnMap.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getEvidence (list) = structure(list(structure(list(structure("Get the Evidence codes for a set of GO terms.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getEvidence", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getEvidence", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" For each mapping of a gene to a GO term there are a set of evidence\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1409,15 +1409,15 @@ │ │ │ │ structure(" vector of evidence codes.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("R. Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("getOntology", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list( │ │ │ │ structure("dropECode", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bb <- hgu95av2GO[[\"39613_at\"]]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" getEvidence(bb)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getEvidence.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" getEvidence(bb)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getEvidence.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getGOTerm (list) = structure(list(structure(list(structure("Functions to Access GO data.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGOTerm", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGOTerm", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGOParents", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGOChildren", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1467,15 +1467,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("The Gene Ontology Consortium", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"GO.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" sG <- sample(keys(GO.db, \"GOID\"), 8)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" gT <- getGOTerm(sG)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" gP <- getGOParents(sG)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" gC <- getGOChildren(sG)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" gcat <- getGOOntology(sG)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getGOTerm.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getGOTerm.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getOntology (list) = structure(list(structure(list(structure("Get GO terms for a specified ontology", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getOntology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getOntology", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Find the subset of GO terms for the specified ontology, for each element \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1505,15 +1505,15 @@ │ │ │ │ structure(" the requested ontology.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("R. Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("getEvidence", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list( │ │ │ │ structure("dropECode", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"hgu95av2.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bb <- hgu95av2GO[[\"39613_at\"]]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" getOntology(bb)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" sapply(bb, function(x) x$Ontology)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getOntology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" getOntology(bb)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" sapply(bb, function(x) x$Ontology)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getOntology.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getPMInfo (list) = structure(list(structure(list(structure("extract publication details and abstract from annotate::pubmed function output ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getPMInfo", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getPMInfo", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure(" models ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("extract publication details and abstract from annotate::pubmed function output \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -1528,15 +1528,15 @@ │ │ │ │ structure("the list is in turn a list with elements for author list, title, journal\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("info, and abstract text.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("this should be turned into a method returning an instance of\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("a formal class representing articles. ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\note"), │ │ │ │ structure(list(structure("Vince Carey ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("demo <- pubmed(\"11780146\", \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"11886385\", \"11884611\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("getPMInfo(demo)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getPMInfo.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("getPMInfo(demo)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getPMInfo.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getSYMBOL (list) = structure(list(structure(list(structure("Functions to deal with Data Packages", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSYMBOL", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSYMBOL", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGO", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGOdesc", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1624,15 +1624,15 @@ │ │ │ │ structure(" gg <- getGO(gN, \"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" lookUp(gg[[2]][[1]][[\"GOID\"]], \"GO\", \"TERM\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" # Same as lookUp for TERM\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" getGOdesc(gg[[2]][[1]][[\"GOID\"]], \"ANY\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" # For BP only\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" getGOdesc(gg[[2]][[1]][[\"GOID\"]], \"BP\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" getEG(gN, \"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" getPMID(gN, \"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getSYMBOL.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" getPMID(gN, \"hgu95av2\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getSYMBOL.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getSeq4Acc (list) = structure(list(structure(list(structure("Queries the NCBI database to obtain the sequence for a given\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" GenBank Accession number", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSEQ", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGI", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSEQ", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1659,15 +1659,15 @@ │ │ │ │ structure(" identification line of the sequence data is then dropped to return only\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" the nucleotide sequence. \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" getGI returns the gi number corresponding to a given GenBank accession\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" number.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" getSEQ returns a character string of nucleotide sequence\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("Jianhua Zhang", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url")), Rd_tag = "\\references"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("getSEQ(\"M22490\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getSeq4Acc.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("getSEQ(\"M22490\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getSeq4Acc.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getTDRows (list) = structure(list(structure(list(structure("Functions to create hypertext links that can be placed in a table\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" cell of a HTML file ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getQueryLink", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getQueryLink", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getQuery4UG", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1783,15 +1783,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Also note that creating additional links is quite simple. First, define\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" a new 'getQuery4XX()' function modeled on the existing functions, then\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" add this function to the ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("getQueryLink", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" function.\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Returns a vector of character strings representing the hypertext links.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure(" Jianhua Zhang with further\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ - structure(" modifications by James W. MacDonald ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/getTDRows.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" modifications by James W. MacDonald ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/getTDRows.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hasGOannote (list) = structure(list(structure(list(structure("Check for GO annotation", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("hasGOannote", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("hasGOannote", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Given a GO term, or a vector of GO terms and an ontology this function\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1815,15 +1815,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A logical vector of the same length as ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("x", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("R. Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("get", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" library(\"GO.db\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" t1 <- \"GO:0003680\"\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" hasGOannote(t1)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" hasGOannote(t1, \"BP\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/hasGOannote.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" hasGOannote(t1)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" hasGOannote(t1, \"BP\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/hasGOannote.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hgByChroms (list) = structure(list(structure(list(structure(" A dataset to show the human genome base pair locations per\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" chromosome. ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("hgByChroms", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("hgByChroms", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -1831,28 +1831,28 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("data(hgByChroms)", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" A list, with the names consisting of the names of the chromosomes in\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" the human genome (thus 24 elements). Each element consists of a named\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" vector of +/- values - where each value represents the location of a\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" base pair (the numeric value is the location, while the +/- denotes\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" the strand value), with the name providing the name of the base pair.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Cheng Li of the Dana-Farber Cancer Institute.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\source"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" data(hgByChroms)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/hgByChroms.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" data(hgByChroms)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/hgByChroms.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hgCLengths (list) = structure(list(structure(list(structure(" A dataset which contains the lengths (in base pairs) of the\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" human chromosomes. 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", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("pubmed", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("pubmed", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure(" interface ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Given a vector of Pubmed identifiers or accession numbers, the user\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -2801,15 +2801,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure(list(structure("genbank", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(list( │ │ │ │ structure("xmlTreeParse", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("XML", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" if( interactive() )\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" opts 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the\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure("ExpressionSet", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" that are on the specified chromosome.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure(" Jeff Gentry", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" data(sample.ExpressionSet)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data(hgu95AProbLocs)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" usedChromGenes(sample.ExpressionSet, \"1\", hgu95AProbLocs)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-annotate/man/usedChromGenes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" usedChromGenes(sample.ExpressionSet, \"1\", hgu95AProbLocs)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-annotate-1.90.0+dfsg/man/usedChromGenes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/annotate/help/annotate.rdx │ │ │ ├── annotate.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,355 +1,355 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$ACCNUMStats │ │ │ │ │ -[1] 278 1728 │ │ │ │ │ +[1] 294 1744 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$GO2heatmap │ │ │ │ │ -[1] 2284 2113 │ │ │ │ │ +[1] 2329 2127 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$GOmnplot │ │ │ │ │ -[1] 4672 2102 │ │ │ │ │ +[1] 4745 2117 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`HTMLPage-class` │ │ │ │ │ -[1] 7055 3285 │ │ │ │ │ +[1] 7157 3301 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$LL2homology │ │ │ │ │ -[1] 10621 3068 │ │ │ │ │ +[1] 10752 3084 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$PMIDAmat │ │ │ │ │ -[1] 13966 1614 │ │ │ │ │ +[1] 14127 1628 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$PWAmat │ │ │ │ │ -[1] 15854 1447 │ │ │ │ │ +[1] 16043 1462 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$UniGeneQuery │ │ │ │ │ -[1] 17580 1720 │ │ │ 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