--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdYumS62/inputs/r-bioc-ihw_1.40.0+dfsg-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdYumS62/out/r-bioc-ihw_1.40.0+dfsg-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│  -rw-r--r--   0        0        0        4 2026-08-04 17:11:18.000000 debian-binary
│ --rw-r--r--   0        0        0     1660 2026-08-04 17:11:18.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r--   0        0        0   247100 2026-08-04 17:11:18.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0     1588 2026-08-04 17:11:18.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0   247460 2026-08-04 17:11:18.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1106 2026-08-04 17:11:18.000000 ./control
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      920 2026-08-04 17:11:18.000000 ./control
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2028 2026-08-04 17:11:18.000000 ./md5sums
│ │ ├── ./control
│ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@
│ │ │  Package: r-bioc-ihw
│ │ │  Version: 1.40.0+dfsg-1
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net>
│ │ │  Installed-Size: 348
│ │ │  Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-cran-slam, r-bioc-lpsymphony, r-cran-fdrtool, r-bioc-biocgenerics, r-pkg-team-core-architecture
│ │ │ -Suggests: r-cran-ggplot2, r-cran-dplyr, r-cran-gridextra, r-cran-scales, r-bioc-deseq2, r-cran-testthat, r-cran-matrix, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown, r-cran-devtools
│ │ │  Section: gnu-r
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Homepage: https://bioconductor.org/packages/IHW/
│ │ │  Description: GNU R independent hypothesis weighting
│ │ │   Independent hypothesis weighting (IHW) is a multiple testing procedure
│ │ │   that increases power compared to the method of Benjamini and Hochberg by
│ │ │   assigning data-driven weights to each hypothesis. The input to IHW is a
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -14,27 +14,27 @@
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      461 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/Meta/links.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      510 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/Meta/nsInfo.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1409 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/Meta/package.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      217 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/Meta/vignette.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      901 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/NAMESPACE
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1058 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   239925 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdb
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2364 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdx
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   239937 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2366 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1390 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/README.md
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/doc/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1422 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/doc/index.html
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     6353 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/doc/introduction_to_ihw.R
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    21687 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/doc/introduction_to_ihw.Rmd
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1492 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/AnIndex
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    20178 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdb
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      317 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdx
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    20338 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      324 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      426 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/aliases.rds
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      202 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/paths.rds
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      217 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/paths.rds
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/html/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     6967 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/html/00Index.html
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2133 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/lib/R/site-library/IHW/html/R.css
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/share/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/share/doc/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-ihw/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      913 2026-08-04 17:11:18.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-ihw/changelog.Debian.gz
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -186,15 +186,15 @@
│ │ │ │      "imports" = "".__T__[:base" = ".__T__[:base", .__C__SClassExtension = ".__C__SClassExtension", "
│ │ │ │      "imports" = "existsMethod = "existsMethod", getFunction = "getFunction", getMethodsMetaData = "getMethodsMetaData""
│ │ │ │      "imports" = "), BiocGenerics = c(as.data.frame = "as.data.frame"), fdrtool = c(gcmlcm = "gcmlcm"), "
│ │ │ │      "imports" = "    lpsymphony = c(lpsymphony_solve_LP = "lpsymphony_solve_LP"), "
│ │ │ │      "imports" = "    methods = c(show = "show"), slam = c(simple_triplet_matrix = "simple_triplet_matrix"), "
│ │ │ │      "imports" = "    slam = c(simple_triplet_zero_matrix = "simple_triplet_zero_matrix"))"
│ │ │ │      "lazydata" = "<environment>"
│ │ │ │ -    "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/debian/r-bioc-ihw/usr/lib/R/site-library/IHW""
│ │ │ │ +    "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/debian/r-bioc-ihw/usr/lib/R/site-library/IHW""
│ │ │ │      "spec" = "c(name = "IHW", version = "1.40.0")"
│ │ │ │  }
│ │ │ │  
│ │ │ │  .__S3MethodsTable__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │  }
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/IHW/R/IHW.rdx
│ │ │ ├── IHW.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,634 +1,634 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$.__C__ihwResult
│ │ │ │ │  [1]   0 643
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__NAMESPACE__.
│ │ │ │ │ -[1] 4077   52
│ │ │ │ │ +[1] 4089   52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__S3MethodsTable__.
│ │ │ │ │ -[1] 4260   52
│ │ │ │ │ +[1] 4272   52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__adj_pvalues:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 5825   52
│ │ │ │ │ +[1] 5837   52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__adjustment_type:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 7262   52
│ │ │ │ │ +[1] 7274   52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__alpha:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 8663   53
│ │ │ │ │ +[1] 8675   53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__as.data.frame:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 11402    53
│ │ │ │ │ +[1] 11414    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__covariate_type:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 12891    53
│ │ │ │ │ +[1] 12903    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__covariates:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 14463    53
│ │ │ │ │ +[1] 14475    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__groups_factor:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 16037    53
│ │ │ │ │ +[1] 16049    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__m_groups:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 17447    53
│ │ │ │ │ +[1] 17459    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__nbins:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 18844    53
│ │ │ │ │ +[1] 18856    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__nfolds:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 20245    53
│ │ │ │ │ +[1] 20257    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__nrow:base`
│ │ │ │ │ -[1] 22432    53
│ │ │ │ │ +[1] 22444    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__plot:base`
│ │ │ │ │ -[1] 26635    53
│ │ │ │ │ +[1] 26647    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__plugin_fdr:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 28833    53
│ │ │ │ │ +[1] 28845    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__pvalues:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 30389    53
│ │ │ │ │ +[1] 30401    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__regularization_term:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 31834    53
│ │ │ │ │ +[1] 31846    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__rejected_hypotheses:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 33769    53
│ │ │ │ │ +[1] 33781    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__rejections:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 35670    53
│ │ │ │ │ +[1] 35682    53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__show:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 167098     53
│ │ │ │ │ +[1] 167110     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__stratification_breaks:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 169344     54
│ │ │ │ │ +[1] 169356     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__thresholds:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 171669     54
│ │ │ │ │ +[1] 171681     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__weighted_pvalues:IHW`
│ │ │ │ │ -[1] 173258     54
│ │ │ │ │ +[1] 173270     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__weights:stats`
│ │ │ │ │ -[1] 175787     54
│ │ │ │ │ +[1] 175799     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.packageName
│ │ │ │ │ -[1] 175841     47
│ │ │ │ │ +[1] 175853     47
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$adj_pvalues
│ │ │ │ │ -[1] 175888    398
│ │ │ │ │ +[1] 175900    398
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$adj_pvalues_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 176286    221
│ │ │ │ │ +[1] 176298    221
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$adjustment_type
│ │ │ │ │ -[1] 176507    404
│ │ │ │ │ +[1] 176519    404
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$adjustment_type_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 176911    180
│ │ │ │ │ +[1] 176923    180
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$alpha
│ │ │ │ │ -[1] 177091    396
│ │ │ │ │ +[1] 177103    396
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$alpha_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 177487    170
│ │ │ │ │ +[1] 177499    170
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$as.data.frame_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 177657    320
│ │ │ │ │ +[1] 177669    320
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$covariate_type
│ │ │ │ │ -[1] 177977    403
│ │ │ │ │ +[1] 177989    403
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$covariate_type_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 178380    195
│ │ │ │ │ +[1] 178392    195
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$covariates
│ │ │ │ │ -[1] 178575    399
│ │ │ │ │ +[1] 178587    399
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$covariates_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 178974    219
│ │ │ │ │ +[1] 178986    219
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$fill_nas_reorder
│ │ │ │ │ -[1] 179193    548
│ │ │ │ │ +[1] 179205    548
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$filter_pvals_for_optim
│ │ │ │ │ -[1] 179741    513
│ │ │ │ │ +[1] 179753    513
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$get_bh_threshold
│ │ │ │ │ -[1] 180254    683
│ │ │ │ │ +[1] 180266    683
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$get_bh_thresholds
│ │ │ │ │ -[1] 180937    668
│ │ │ │ │ +[1] 180949    668
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$get_wbh_weights
│ │ │ │ │ -[1] 181605   1001
│ │ │ │ │ +[1] 181617   1001
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$groups_by_filter
│ │ │ │ │ -[1] 182606    793
│ │ │ │ │ +[1] 182618    793
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$groups_factor
│ │ │ │ │ -[1] 183399    401
│ │ │ │ │ +[1] 183411    401
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$groups_factor_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 183800    216
│ │ │ │ │ +[1] 183812    216
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw
│ │ │ │ │ -[1] 184016    185
│ │ │ │ │ +[1] 184028    185
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw.DESeqResults
│ │ │ │ │ -[1] 184201   1914
│ │ │ │ │ +[1] 184213   1914
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw.default
│ │ │ │ │ -[1] 186115   7057
│ │ │ │ │ +[1] 186127   7057
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw.formula
│ │ │ │ │ -[1] 193172    733
│ │ │ │ │ +[1] 193184    733
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 193905    259
│ │ │ │ │ +[1] 193917    259
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw_convex
│ │ │ │ │ -[1] 194164   7415
│ │ │ │ │ +[1] 194176   7415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw_internal
│ │ │ │ │ -[1] 201579   5257
│ │ │ │ │ +[1] 201591   5257
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw_milp
│ │ │ │ │ -[1] 206836  11400
│ │ │ │ │ +[1] 206848  11400
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$lsl_pi0_est
│ │ │ │ │ -[1] 218236    934
│ │ │ │ │ +[1] 218248    934
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$m_groups
│ │ │ │ │ -[1] 219170    398
│ │ │ │ │ +[1] 219182    398
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$m_groups_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 219568    174
│ │ │ │ │ +[1] 219580    174
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$mydiv
│ │ │ │ │ -[1] 219742    355
│ │ │ │ │ +[1] 219754    355
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$nbins
│ │ │ │ │ -[1] 220097    395
│ │ │ │ │ +[1] 220109    395
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$nbins_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 220492    169
│ │ │ │ │ +[1] 220504    169
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$nfolds
│ │ │ │ │ -[1] 220661    396
│ │ │ │ │ +[1] 220673    396
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$nfolds_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 221057    171
│ │ │ │ │ +[1] 221069    171
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$normalize_weights
│ │ │ │ │ -[1] 221228    284
│ │ │ │ │ +[1] 221240    284
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$nrow
│ │ │ │ │ -[1] 221512    492
│ │ │ │ │ +[1] 221524    492
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$padj_to_threshold
│ │ │ │ │ -[1] 222004    439
│ │ │ │ │ +[1] 222016    439
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$per_bin_fdrs
│ │ │ │ │ -[1] 222443    868
│ │ │ │ │ +[1] 222455    868
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plot
│ │ │ │ │ -[1] 223311    446
│ │ │ │ │ +[1] 223323    446
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plot_decisionboundary
│ │ │ │ │ -[1] 223757   3147
│ │ │ │ │ +[1] 223769   3147
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plot_weights
│ │ │ │ │ -[1] 226904   1441
│ │ │ │ │ +[1] 226916   1441
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plugin_fdr
│ │ │ │ │ -[1] 228345    415
│ │ │ │ │ +[1] 228357    415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plugin_fdr.ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 228760    495
│ │ │ │ │ +[1] 228772    495
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$presorted_grenander
│ │ │ │ │ -[1] 229255   1859
│ │ │ │ │ +[1] 229267   1859
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$pvalues
│ │ │ │ │ -[1] 231114    394
│ │ │ │ │ +[1] 231126    394
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$pvalues_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 231508    217
│ │ │ │ │ +[1] 231520    217
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$regularization_term
│ │ │ │ │ -[1] 231725    408
│ │ │ │ │ +[1] 231737    408
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$regularization_term_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 232133    183
│ │ │ │ │ +[1] 232145    183
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$regularize_weights
│ │ │ │ │ -[1] 232316    614
│ │ │ │ │ +[1] 232328    614
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$rejected_hypotheses
│ │ │ │ │ -[1] 232930    426
│ │ │ │ │ +[1] 232942    426
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$rejected_hypotheses_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 233356    280
│ │ │ │ │ +[1] 233368    280
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$rejections
│ │ │ │ │ -[1] 233636    412
│ │ │ │ │ +[1] 233648    412
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$rejections_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 234048    285
│ │ │ │ │ +[1] 234060    285
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$stratification_breaks
│ │ │ │ │ -[1] 234333    425
│ │ │ │ │ +[1] 234345    425
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$stratification_breaks.ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 234758    512
│ │ │ │ │ +[1] 234770    512
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$stratum_sizes
│ │ │ │ │ -[1] 235270    237
│ │ │ │ │ +[1] 235282    237
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$thresholds
│ │ │ │ │ -[1] 235507    417
│ │ │ │ │ +[1] 235519    417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$thresholds_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 235924    564
│ │ │ │ │ +[1] 235936    564
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$thresholds_to_weights
│ │ │ │ │ -[1] 236488    636
│ │ │ │ │ +[1] 236500    636
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$thresholds_to_weights_full
│ │ │ │ │ -[1] 237124    409
│ │ │ │ │ +[1] 237136    409
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$total_variation
│ │ │ │ │ -[1] 237533    268
│ │ │ │ │ +[1] 237545    268
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$uniform_deviation
│ │ │ │ │ -[1] 237801    252
│ │ │ │ │ +[1] 237813    252
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$weighted_pvalues
│ │ │ │ │ -[1] 238053    405
│ │ │ │ │ +[1] 238065    405
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$weighted_pvalues_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 238458    225
│ │ │ │ │ +[1] 238470    225
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$weighted_storey_pi0
│ │ │ │ │ -[1] 238683    489
│ │ │ │ │ +[1] 238695    489
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$weights
│ │ │ │ │ -[1] 239172    459
│ │ │ │ │ +[1] 239184    459
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$weights_ihwResult
│ │ │ │ │ -[1] 239631    294
│ │ │ │ │ +[1] 239643    294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]  930 3147
│ │ │ │ │ +[1]  930 3159
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │ -[1] 6623  266
│ │ │ │ │ +[1] 6635  266
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::100`
│ │ │ │ │ -[1] 168702    642
│ │ │ │ │ +[1] 168714    642
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::101`
│ │ │ │ │ -[1] 168435    267
│ │ │ │ │ +[1] 168447    267
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::102`
│ │ │ │ │ -[1] 167151    642
│ │ │ │ │ +[1] 167163    642
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::103`
│ │ │ │ │ -[1] 167793    642
│ │ │ │ │ +[1] 167805    642
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::104`
│ │ │ │ │ -[1] 170999    670
│ │ │ │ │ +[1] 171011    670
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::105`
│ │ │ │ │ -[1] 170738    261
│ │ │ │ │ +[1] 170750    261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::106`
│ │ │ │ │ -[1] 169398    670
│ │ │ │ │ +[1] 169410    670
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::107`
│ │ │ │ │ -[1] 170068    670
│ │ │ │ │ +[1] 170080    670
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::108`
│ │ │ │ │ -[1] 172835    423
│ │ │ │ │ +[1] 172847    423
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::109`
│ │ │ │ │ -[1] 172569    266
│ │ │ │ │ +[1] 172581    266
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::11`
│ │ │ │ │ -[1] 5877  373
│ │ │ │ │ +[1] 5889  373
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::110`
│ │ │ │ │ -[1] 171723    423
│ │ │ │ │ +[1] 171735    423
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::111`
│ │ │ │ │ -[1] 172146    423
│ │ │ │ │ +[1] 172158    423
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::112`
│ │ │ │ │ -[1] 175106    681
│ │ │ │ │ +[1] 175118    681
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::113`
│ │ │ │ │ -[1] 174674    432
│ │ │ │ │ +[1] 174686    432
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::114`
│ │ │ │ │ -[1] 173312    681
│ │ │ │ │ +[1] 173324    681
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::115`
│ │ │ │ │ -[1] 173993    681
│ │ │ │ │ +[1] 174005    681
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::12`
│ │ │ │ │ -[1] 6250  373
│ │ │ │ │ +[1] 6262  373
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::13`
│ │ │ │ │ -[1] 8299  364
│ │ │ │ │ +[1] 8311  364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::14`
│ │ │ │ │ -[1] 8042  257
│ │ │ │ │ +[1] 8054  257
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::15`
│ │ │ │ │ -[1] 7314  364
│ │ │ │ │ +[1] 7326  364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::16`
│ │ │ │ │ -[1] 7678  364
│ │ │ │ │ +[1] 7690  364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::17`
│ │ │ │ │ -[1] 10880   522
│ │ │ │ │ +[1] 10892   522
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::18`
│ │ │ │ │ -[1] 10258   622
│ │ │ │ │ +[1] 10270   622
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::19`
│ │ │ │ │ -[1] 8716  771
│ │ │ │ │ +[1] 8728  771
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │  [1] 643 131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::20`
│ │ │ │ │ -[1] 9487  771
│ │ │ │ │ +[1] 9499  771
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::21`
│ │ │ │ │ -[1] 12500   391
│ │ │ │ │ +[1] 12512   391
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::22`
│ │ │ │ │ -[1] 12237   263
│ │ │ │ │ +[1] 12249   263
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::23`
│ │ │ │ │ -[1] 11455   391
│ │ │ │ │ +[1] 11467   391
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::24`
│ │ │ │ │ -[1] 11846   391
│ │ │ │ │ +[1] 11858   391
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::25`
│ │ │ │ │ -[1] 14044   419
│ │ │ │ │ +[1] 14056   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::26`
│ │ │ │ │ -[1] 13782   262
│ │ │ │ │ +[1] 13794   262
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::27`
│ │ │ │ │ -[1] 12944   419
│ │ │ │ │ +[1] 12956   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::28`
│ │ │ │ │ -[1] 13363   419
│ │ │ │ │ +[1] 13375   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::29`
│ │ │ │ │ -[1] 15618   419
│ │ │ │ │ +[1] 15630   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │  [1] 774 156
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::30`
│ │ │ │ │ -[1] 15354   264
│ │ │ │ │ +[1] 15366   264
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::31`
│ │ │ │ │ -[1] 14516   419
│ │ │ │ │ +[1] 14528   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::32`
│ │ │ │ │ -[1] 14935   419
│ │ │ │ │ +[1] 14947   419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::33`
│ │ │ │ │ -[1] 17081   366
│ │ │ │ │ +[1] 17093   366
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::34`
│ │ │ │ │ -[1] 16822   259
│ │ │ │ │ +[1] 16834   259
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::35`
│ │ │ │ │ -[1] 16090   366
│ │ │ │ │ +[1] 16102   366
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::36`
│ │ │ │ │ -[1] 16456   366
│ │ │ │ │ +[1] 16468   366
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::37`
│ │ │ │ │ -[1] 18482   362
│ │ │ │ │ +[1] 18494   362
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::38`
│ │ │ │ │ -[1] 18224   258
│ │ │ │ │ +[1] 18236   258
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::39`
│ │ │ │ │ -[1] 17500   362
│ │ │ │ │ +[1] 17512   362
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │ -[1] 4129  131
│ │ │ │ │ +[1] 4141  131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::40`
│ │ │ │ │ -[1] 17862   362
│ │ │ │ │ +[1] 17874   362
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::41`
│ │ │ │ │ -[1] 19881   364
│ │ │ │ │ +[1] 19893   364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::42`
│ │ │ │ │ -[1] 19625   256
│ │ │ │ │ +[1] 19637   256
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::43`
│ │ │ │ │ -[1] 18897   364
│ │ │ │ │ +[1] 18909   364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::44`
│ │ │ │ │ -[1] 19261   364
│ │ │ │ │ +[1] 19273   364
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::45`
│ │ │ │ │ -[1] 21874   558
│ │ │ │ │ +[1] 21886   558
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::46`
│ │ │ │ │ -[1] 21414   460
│ │ │ │ │ +[1] 21426   460
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::47`
│ │ │ │ │ -[1] 20298   558
│ │ │ │ │ +[1] 20310   558
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::48`
│ │ │ │ │ -[1] 20856   558
│ │ │ │ │ +[1] 20868   558
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::49`
│ │ │ │ │ -[1] 25390  1245
│ │ │ │ │ +[1] 25402  1245
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::5`
│ │ │ │ │ -[1] 5408  417
│ │ │ │ │ +[1] 5420  417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::50`
│ │ │ │ │ -[1] 24975   415
│ │ │ │ │ +[1] 24987   415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::51`
│ │ │ │ │ -[1] 22485  1245
│ │ │ │ │ +[1] 22497  1245
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::52`
│ │ │ │ │ -[1] 23730  1245
│ │ │ │ │ +[1] 23742  1245
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::53`
│ │ │ │ │ -[1] 28205   628
│ │ │ │ │ +[1] 28217   628
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::54`
│ │ │ │ │ -[1] 27944   261
│ │ │ │ │ +[1] 27956   261
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::55`
│ │ │ │ │ -[1] 26688   628
│ │ │ │ │ +[1] 26700   628
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::56`
│ │ │ │ │ -[1] 27316   628
│ │ │ │ │ +[1] 27328   628
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::57`
│ │ │ │ │ -[1] 29974   415
│ │ │ │ │ +[1] 29986   415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::58`
│ │ │ │ │ -[1] 29716   258
│ │ │ │ │ +[1] 29728   258
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::59`
│ │ │ │ │ -[1] 28886   415
│ │ │ │ │ +[1] 28898   415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │ -[1] 5146  262
│ │ │ │ │ +[1] 5158  262
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::60`
│ │ │ │ │ -[1] 29301   415
│ │ │ │ │ +[1] 29313   415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::61`
│ │ │ │ │ -[1] 31459   375
│ │ │ │ │ +[1] 31471   375
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::62`
│ │ │ │ │ -[1] 31192   267
│ │ │ │ │ +[1] 31204   267
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::63`
│ │ │ │ │ -[1] 30442   375
│ │ │ │ │ +[1] 30454   375
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::64`
│ │ │ │ │ -[1] 30817   375
│ │ │ │ │ +[1] 30829   375
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::65`
│ │ │ │ │ -[1] 33231   538
│ │ │ │ │ +[1] 33243   538
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::66`
│ │ │ │ │ -[1] 32963   268
│ │ │ │ │ +[1] 32975   268
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::67`
│ │ │ │ │ -[1] 31887   538
│ │ │ │ │ +[1] 31899   538
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::68`
│ │ │ │ │ -[1] 32425   538
│ │ │ │ │ +[1] 32437   538
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::69`
│ │ │ │ │ -[1] 35140   530
│ │ │ │ │ +[1] 35152   530
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::7`
│ │ │ │ │ -[1] 4312  417
│ │ │ │ │ +[1] 4324  417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::70`
│ │ │ │ │ -[1] 34882   258
│ │ │ │ │ +[1] 34894   258
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::71`
│ │ │ │ │ -[1] 33822   530
│ │ │ │ │ +[1] 33834   530
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::72`
│ │ │ │ │ -[1] 34352   530
│ │ │ │ │ +[1] 34364   530
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::73`
│ │ │ │ │ -[1] 166003   1095
│ │ │ │ │ +[1] 166015   1095
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::74`
│ │ │ │ │ -[1] 165544    459
│ │ │ │ │ +[1] 165556    459
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::75`
│ │ │ │ │ -[1] 141530  12007
│ │ │ │ │ +[1] 141542  12007
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::76`
│ │ │ │ │ -[1] 35723   170
│ │ │ │ │ +[1] 35735   170
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::77`
│ │ │ │ │ -[1] 35893  1516
│ │ │ │ │ +[1] 35905  1516
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::78`
│ │ │ │ │ -[1] 139056   2474
│ │ │ │ │ +[1] 139068   2474
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::79`
│ │ │ │ │ -[1] 124611    143
│ │ │ │ │ +[1] 124623    143
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::8`
│ │ │ │ │ -[1] 4729  417
│ │ │ │ │ +[1] 4741  417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::80`
│ │ │ │ │ -[1] 119482   5129
│ │ │ │ │ +[1] 119494   5129
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::81`
│ │ │ │ │ -[1] 118761    721
│ │ │ │ │ +[1] 118773    721
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::82`
│ │ │ │ │ -[1] 46146   143
│ │ │ │ │ +[1] 46158   143
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::83`
│ │ │ │ │ -[1] 37409  8737
│ │ │ │ │ +[1] 37421  8737
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::84`
│ │ │ │ │ -[1] 114003   4758
│ │ │ │ │ +[1] 114015   4758
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::85`
│ │ │ │ │ -[1] 62141 38231
│ │ │ │ │ +[1] 62153 38231
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::86`
│ │ │ │ │ -[1] 54385   336
│ │ │ │ │ +[1] 54397   336
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::87`
│ │ │ │ │ -[1] 47380  7005
│ │ │ │ │ +[1] 47392  7005
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::88`
│ │ │ │ │ -[1] 46289  1091
│ │ │ │ │ +[1] 46301  1091
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::89`
│ │ │ │ │ -[1] 54721  2268
│ │ │ │ │ +[1] 54733  2268
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::9`
│ │ │ │ │ -[1] 6889  373
│ │ │ │ │ +[1] 6901  373
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::90`
│ │ │ │ │ -[1] 56989  4844
│ │ │ │ │ +[1] 57001  4844
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::91`
│ │ │ │ │ -[1] 61833   308
│ │ │ │ │ +[1] 61845   308
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::92`
│ │ │ │ │ -[1] 100372  13631
│ │ │ │ │ +[1] 100384  13631
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::93`
│ │ │ │ │ -[1] 130547   2511
│ │ │ │ │ +[1] 130559   2511
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::94`
│ │ │ │ │ -[1] 130388    159
│ │ │ │ │ +[1] 130400    159
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::95`
│ │ │ │ │ -[1] 124754   5634
│ │ │ │ │ +[1] 124766   5634
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::96`
│ │ │ │ │ -[1] 138913    143
│ │ │ │ │ +[1] 138925    143
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::97`
│ │ │ │ │ -[1] 133782   5131
│ │ │ │ │ +[1] 133794   5131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::98`
│ │ │ │ │ -[1] 133058    724
│ │ │ │ │ +[1] 133070    724
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::99`
│ │ │ │ │ -[1] 153537  12007
│ │ │ │ │ +[1] 153549  12007
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@
│ │ │ │              list(structure("Integer, total number of hypothesis tests; only set this (to non-default) when you know what you are doing!", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("A numeric in [0,1], threshold of the BH procedure\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("pvalues <- c(runif(1000), rbeta(1000,0.5,7)) # generate some p-values\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("adj_pvalues <- p.adjust(pvalues, method=\"BH\") # calculate adjusted p-values\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("t_BH  <- get_bh_threshold(pvalues, 0.1) #get rejection threshold at alpha=0.1\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("all((pvalues <= t_BH) == (adj_pvalues <= 0.1)) #equivalence of two formulations\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/get_bh_threshold.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/get_bh_threshold.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  groups_by_filter (list) = structure(list(structure(list(structure("Stratify hypotheses based on increasing value of the covariate", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("groups_by_filter", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("groups_by_filter", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Hypotheses are stratified into nbins different strata of (approximately) equal size based on\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("increasing value of the covariate\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │ @@ -42,15 +42,15 @@
│ │ │ │          structure(list(list(structure("seed", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("Integer, specifies random seed to be used when ties.method==\"random\".", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("A factor with nbins different levels, each entry corresponds to the stratum the i-th hypothesis\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(" was assigned to.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" covariates <- runif(100)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure(" groups <- groups_by_filter(covariates,10)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure(" table(groups)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/groups_by_filter.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure(" table(groups)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/groups_by_filter.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  hideOutput (NULL) = NULL
│ │ │ │  
│ │ │ │  ihw.DESeqResults (list) = structure(list(structure(list(structure("ihw.DESeqResults: IHW method dispatching on DESeqResults objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw.DESeqResults", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw.DESeqResults", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -83,15 +83,15 @@
│ │ │ │          structure("   library(\"airway\")\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   data(\"airway\")\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   dds <- DESeqDataSet(se = airway, design = ~ cell + dex)\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   dds <- DESeq(dds)\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   deseq_res <- results(dds)\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   deseq_res <- ihw(deseq_res, alpha=0.1)\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure("   #equivalent: deseq_res2 <- results(dds, filterFun = ihw)\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihw.DESeqResults.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihw.DESeqResults.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  ihw.default (list) = structure(list(structure(list(structure("ihw: Main function for Independent Hypothesis Weighting", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw.default", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw.default", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihw.formula", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -209,15 +209,15 @@
│ │ │ │          structure("Z   <- rnorm(20000, H*X)              # Z-score\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure(".Random.seed <- save.seed\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("pvalue <- 1-pnorm(Z)                  # pvalue\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("ihw_fdr <- ihw(pvalue, X, .1)        # Standard IHW for FDR control\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("ihw_fwer <- ihw(pvalue, X, .1, adjustment_type = \"bonferroni\")    # FWER control\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("table(H[adj_pvalues(ihw_fdr) <= 0.1] == 0) #how many false rejections?\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("table(H[adj_pvalues(ihw_fwer) <= 0.1] == 0)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihw.default.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihw.default.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  ihwResult-class (list) = structure(list(structure(list(structure("An S4 class to represent the ihw output.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihwResult-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihwResult-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ihwResult", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("adj_pvalues", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -456,15 +456,15 @@
│ │ │ │          structure("H   <- rbinom(n = length(X), size = 1, prob = 0.1)  \n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("Z   <- rnorm(n = length(X), mean = H * X)           # Z-score\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure(".Random.seed <- save.seed\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("pvalue <- 1 - pnorm(Z)                              # pvalue\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("ihw_res <- ihw(pvalue, covariates = X, alpha = 0.1)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("rejections(ihw_res)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("colnames(as.data.frame(ihw_res))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihwResult-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihwResult-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  plot-ihwResult-method (list) = structure(list(structure(list(structure("Plot functions for IHW", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plot,ihwResult-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plot,ihwResult-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("See the vignette for usage examples.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list(
│ │ │ │ @@ -497,15 +497,15 @@
│ │ │ │          structure("   save.seed <- .Random.seed; set.seed(1)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   X   <- runif(20000, min = 0.5, max = 4.5) # covariate\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   H   <- rbinom(20000, 1, 0.1)              # hypothesis true or false\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   Z   <- rnorm(20000, H*X)                  # z-score\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   .Random.seed <- save.seed\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   pvalue <- 1-pnorm(Z)                      #pvalue\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("   ihw_res <- ihw(pvalue, X, .1)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("   plot(ihw_res)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/plot-ihwResult-method.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("   plot(ihw_res)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/plot-ihwResult-method.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  safeDeparse (closure) = function (obj) 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      tryCatch({
│ │ │ │          deparse(obj)
│ │ │ │      }, error = function(e) {
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/IHW.rdx
│ │ │ ├── IHW.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,43 +1,43 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$get_bh_threshold
│ │ │ │ │ -[1]  281 1387
│ │ │ │ │ +[1]  294 1402
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$groups_by_filter
│ │ │ │ │ -[1] 1952 1420
│ │ │ │ │ +[1] 1991 1435
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw.DESeqResults
│ │ │ │ │ -[1] 3654 1773
│ │ │ │ │ +[1] 3721 1786
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ihw.default
│ │ │ │ │ -[1] 5705 4916
│ │ │ │ │ +[1] 5797 4926
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`ihwResult-class`
│ │ │ │ │ -[1] 10899  7302
│ │ │ │ │ +[1] 11014  7318
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`plot-ihwResult-method`
│ │ │ │ │ -[1] 18484  1694
│ │ │ │ │ +[1] 18628  1710
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]   0 281
│ │ │ │ │ +[1]   0 294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │ -[1] 1668  284
│ │ │ │ │ +[1] 1696  295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │ -[1] 3372  282
│ │ │ │ │ +[1] 3426  295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │ -[1] 5427  278
│ │ │ │ │ +[1] 5507  290
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::5`
│ │ │ │ │ -[1] 10621   278
│ │ │ │ │ +[1] 10723   291
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │ -[1] 18201   283
│ │ │ │ │ +[1] 18332   296
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/IHW/help/paths.rds
│ │ │ ├── paths.rds-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@
│ │ │ │ │ -[1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/get_bh_threshold.Rd"     
│ │ │ │ │ -[2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/groups_by_filter.Rd"     
│ │ │ │ │ -[3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihw.DESeqResults.Rd"     
│ │ │ │ │ -[4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihw.default.Rd"          
│ │ │ │ │ -[5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/ihwResult-class.Rd"      
│ │ │ │ │ -[6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ihw/man/plot-ihwResult-method.Rd"
│ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/get_bh_threshold.Rd"     
│ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/groups_by_filter.Rd"     
│ │ │ │ │ +[3] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihw.DESeqResults.Rd"     
│ │ │ │ │ +[4] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihw.default.Rd"          
│ │ │ │ │ +[5] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/ihwResult-class.Rd"      
│ │ │ │ │ +[6] "/build/reproducible-path/r-bioc-ihw-1.40.0+dfsg/man/plot-ihwResult-method.Rd"
│ │ │ │ │  attr(,"first")
│ │ │ │ │ -[1] 36
│ │ │ │ │ +[1] 53