--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd7Lrhpk/inputs/r-bioc-all_1.54.0-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd7Lrhpk/out/r-bioc-all_1.54.0-1_all.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│  -rw-r--r--   0        0        0        4 2026-08-04 09:06:22.000000 debian-binary
│ --rw-r--r--   0        0        0     1420 2026-08-04 09:06:22.000000 control.tar.xz
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│ +-rw-r--r--   0        0        0     1408 2026-08-04 09:06:22.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0 11472352 2026-08-04 09:06:22.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      506 2026-08-04 09:06:22.000000 ./control
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      483 2026-08-04 09:06:22.000000 ./control
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2167 2026-08-04 09:06:22.000000 ./md5sums
│ │ ├── ./control
│ │ │ @@ -1,13 +1,12 @@
│ │ │  Package: r-bioc-all
│ │ │  Version: 1.54.0-1
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net>
│ │ │  Installed-Size: 11256
│ │ │  Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biobase (>= 2.5.5), r-pkg-team-core-architecture
│ │ │ -Suggests: r-cran-rpart
│ │ │  Section: gnu-r
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Homepage: https://bioconductor.org/packages/ALL/
│ │ │  Description: data package
│ │ │   Data of T- and B-cell Acute Lymphocytic Leukemia (ALL) from the Ritz Laboratory
│ │ │   at the DFCI (includes Apr 2004 versions).
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -14,30 +14,30 @@
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      115 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/Meta/links.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      194 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/Meta/nsInfo.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      873 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/Meta/package.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      214 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/Meta/vignette.rds
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)       19 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/NAMESPACE
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1058 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1283 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1290 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL.rdb
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      252 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL.rdx
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/data/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0) 11324776 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/data/ALL.rda
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)        4 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/data/datalist
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/doc/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1089 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/doc/ALLintro.R
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1546 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/doc/ALLintro.Rnw
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   132496 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/doc/ALLintro.pdf
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1357 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/doc/index.html
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     6314 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/ALL.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     6365 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/ALL.rdb
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      185 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/ALL.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)       26 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/AnIndex
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)       89 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/aliases.rds
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      135 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/paths.rds
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      148 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/paths.rds
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/html/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1252 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/html/00Index.html
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2133 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ALL/html/R.css
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/share/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/share/doc/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-all/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      957 2026-08-04 09:06:22.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-all/changelog.Debian.gz
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -1,15 +1,15 @@
│ │ │ │  .__NAMESPACE__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      "S3methods" = "structure(character(0), dim = c(0L, 4L))"
│ │ │ │      "dynlibs" = "NULL"
│ │ │ │      "exports" = "<environment>"
│ │ │ │      "imports" = "list(base = TRUE)"
│ │ │ │      "lazydata" = "<environment>"
│ │ │ │ -    "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-all/debian/r-bioc-all/usr/lib/R/site-library/ALL""
│ │ │ │ +    "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-all-1.54.0/debian/r-bioc-all/usr/lib/R/site-library/ALL""
│ │ │ │      "spec" = "c(name = "ALL", version = "1.54.0")"
│ │ │ │  }
│ │ │ │  
│ │ │ │  .__S3MethodsTable__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │  }
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ALL/R/ALL.rdx
│ │ │ ├── ALL.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,31 +1,31 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$.__NAMESPACE__.
│ │ │ │ │ -[1] 595  52
│ │ │ │ │ +[1] 602  52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__S3MethodsTable__.
│ │ │ │ │ -[1] 778  52
│ │ │ │ │ +[1] 785  52
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.packageName
│ │ │ │ │ -[1] 830  47
│ │ │ │ │ +[1] 837  47
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$tojulian
│ │ │ │ │ -[1] 877 406
│ │ │ │ │ +[1] 884 406
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1] 288 307
│ │ │ │ │ +[1] 288 314
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │  [1]   0 131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │  [1] 131 157
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │ -[1] 647 131
│ │ │ │ │ +[1] 654 131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/ALL.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -140,15 +140,15 @@
│ │ │ │                  structure("REL \\/ SNC", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\dQuote"), 
│ │ │ │              structure(": relapse occurred at central nervous system.   \n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │              structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │              structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure(" date last seen", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "LIST"), 
│ │ │ │              structure(" Date the patient was last seen.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\itemize"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Sabina Chiaretti, Xiaochun Li, Robert Gentleman, Antonella Vitale, Marco Vignetti, Franco Mandelli, Jerome Ritz, and Robin Foa Gene expression profile of adult T-cell acute lymphocytic leukemia identifies distinct subsets of patients with different response to therapy and survival. Blood, 1 April 2004, Vol. 103, No. 7.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\source"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(ALL)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-all/man/ALL.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(ALL)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-all-1.54.0/man/ALL.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "data", generator = ""), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  hideOutput (NULL) = NULL
│ │ │ │  
│ │ │ │  safeDeparse (closure) = function (obj) 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      tryCatch({
│ │ │ │ @@ -166,10 +166,10 @@
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tojulian(x)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\t", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(list(structure("x", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("Date to convert", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Robert Gentleman", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("ds <- tojulian(c(\"4/8/2000\", \"4/30/2000\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("ds[2]-ds[1]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-all/man/tojulian.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("ds[2]-ds[1]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-all-1.54.0/man/tojulian.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L)
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/ALL.rdx
│ │ │ ├── ALL.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,19 +1,19 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$ALL
│ │ │ │ │ -[1]  267 4888
│ │ │ │ │ +[1]  281 4898
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$tojulian
│ │ │ │ │ -[1] 5423  891
│ │ │ │ │ +[1] 5463  902
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]   0 267
│ │ │ │ │ +[1]   0 281
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │ -[1] 5155  268
│ │ │ │ │ +[1] 5179  284
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ALL/help/paths.rds
│ │ │ ├── paths.rds-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │ │ -[1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-all/man/ALL.Rd"     
│ │ │ │ │ -[2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-all/man/tojulian.Rd"
│ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-all-1.54.0/man/ALL.Rd"     
│ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-all-1.54.0/man/tojulian.Rd"
│ │ │ │ │  attr(,"first")
│ │ │ │ │ -[1] 36
│ │ │ │ │ +[1] 48