--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdCGmezw/inputs/r-bioc-saturn_1.20.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdCGmezw/out/r-bioc-saturn_1.20.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-07 11:01:57.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1932 2026-08-07 11:01:57.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 3019652 2026-08-07 11:01:57.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1852 2026-08-07 11:01:57.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 3019528 2026-08-07 11:01:57.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-07 11:01:57.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1359 2026-08-07 11:01:57.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2708 2026-08-07 11:01:57.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1210 2026-08-07 11:01:57.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2626 2026-08-07 11:01:57.000000 ./md5sums │ │ ├── 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│ │ │
│ │ │ [Up] │ │ │ [Top] │ │ │
│ │ │

Vignettes from package 'satuRn'

│ │ │ - │ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ -
satuRn::satuRn - vignettesource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │
Vignette.R
Vignette.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,8 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''ssaattuuRRnn'' ********** │ │ │ │ -_s_a_t_u_R_n_:_: satuRn - vignette _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _V_i_g_n_e_t_t_e_._R │ │ │ │ + _V_i_g_n_e_t_t_e_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/satuRn/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,11 +1,11 @@ │ │ │ │ │ -[1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/StatModel.Rd" │ │ │ │ │ -[2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/Tasic_counts_vignette.Rd" │ │ │ │ │ -[3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/Tasic_metadata_vignette.Rd" │ │ │ │ │ -[4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/fitDTU.Rd" │ │ │ │ │ -[5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/plotDTU.Rd" │ │ │ │ │ -[6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/satuRn-framework.Rd" │ │ │ │ │ -[7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/statModelAccessors.Rd" │ │ │ │ │ -[8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/sumExp_example.Rd" │ │ │ │ │ -[9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/testDTU.Rd" │ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/StatModel.Rd" │ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/Tasic_counts_vignette.Rd" │ │ │ │ │ +[3] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/Tasic_metadata_vignette.Rd" │ │ │ │ │ +[4] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/fitDTU.Rd" │ │ │ │ │ +[5] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/plotDTU.Rd" │ │ │ │ │ +[6] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/satuRn-framework.Rd" │ │ │ │ │ +[7] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/statModelAccessors.Rd" │ │ │ │ │ +[8] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/sumExp_example.Rd" │ │ │ │ │ +[9] "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/testDTU.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 39 │ │ │ │ │ +[1] 56 │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/satuRn/help/satuRn.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -24,15 +24,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("A StatModel object\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## A fully specified dummy model\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("myModel <- StatModel(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" type = \"glm\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" params = list(x = 3, y = 7, b = 4),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" varPosterior = c(0.1, 0.2, 0.3),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" dfPosterior = c(6, 7, 8)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("myModel\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/StatModel.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("myModel\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/StatModel.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Tasic_counts_vignette (list) = structure(list(structure(list(structure("A `Matrix` with transcript-level counts \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("derived from our case study which builds on the dataset of Tasic et al. \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("We used Salmon (V1.1.0) to quantify all L5IT cells \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("(both for ALM and VISp tissue) from mice with a normal eye condition. \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("From these cells, we randomly sampled 20 cells of each of the following \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -53,28 +53,28 @@ │ │ │ │ structure("The data has already been leniently filtered with \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("the `filterByExpr` function of edgeR.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(Tasic_counts_vignette)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("An object of class ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("matrix", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" (inherits from ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("array", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ - 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It contains the same cells as the data object \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("used in the vignette (see `?Tasic_counts_vignette` for more information). \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("In this SummarizedExperiment, we performed a filtering with `filterByExpr` \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("of edgeR with more stringent than default parameter settings \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -363,15 +363,15 @@ │ │ │ │ structure("of edgeR with more stringent than default parameter settings \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("(min.count = 100,min.total.count = 200, large.n = 50, min.prop = 0.9) to \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("reduced the number of retained transcripts. We used this object to create \n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("an executable example in the help files of satuRn.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(sumExp_example)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("An object of class ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("SummarizedExperiment", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ - structure(" with 1286 rows and 60 columns.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/sumExp_example.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" with 1286 rows and 60 columns.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/sumExp_example.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "data", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ testDTU (list) = structure(list(structure(list(structure("Test function to obtain a top list of transcripts that are\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("differentially used in the contrast of interest", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("testDTU", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("testDTU", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Function to test for differential transcript usage (DTU)\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -435,10 +435,10 @@ │ │ │ │ structure(" \"ALM.L5_IT_ALM_Tnc\"), 1] <- c(1, -1)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("L[c(\"VISp.L5_IT_VISp_Hsd11b1_Endou\", \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"ALM.L5_IT_ALM_Tmem163_Dmrtb1\"), 2] <- c(1, -1)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("sumExp <- testDTU(object = sumExp, \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" contrasts = L, \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" diagplot1 = FALSE,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" diagplot2 = FALSE,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" sort = FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-saturn/man/testDTU.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" sort = FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-saturn-1.20.0+dfsg/man/testDTU.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/satuRn/help/satuRn.rdx │ │ │ ├── satuRn.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,61 +1,61 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$StatModel │ │ │ │ │ -[1] 281 1352 │ │ │ │ │ +[1] 291 1368 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$Tasic_counts_vignette │ │ │ │ │ -[1] 1923 1302 │ │ │ │ │ +[1] 1960 1315 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$Tasic_metadata_vignette │ │ │ │ │ -[1] 3516 818 │ │ │ │ │ +[1] 3578 833 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$fitDTU │ │ │ │ │ -[1] 4612 2519 │ │ │ │ │ +[1] 4700 2533 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$plotDTU │ │ │ │ │ -[1] 7411 3300 │ │ │ │ │ +[1] 7523 3315 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`satuRn-framework` │ │ │ │ │ -[1] 10996 1791 │ │ │ │ │ +[1] 11133 1807 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$statModelAccessors │ │ │ │ │ -[1] 13073 2177 │ │ │ │ │ +[1] 13238 2194 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$sumExp_example │ │ │ │ │ -[1] 15536 1213 │ │ │ │ │ +[1] 15728 1226 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$testDTU │ │ │ │ │ -[1] 17028 2945 │ │ │ │ │ +[1] 17244 2959 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references │ │ │ │ │ $references$`env::1` │ │ │ │ │ -[1] 0 281 │ │ │ │ │ +[1] 0 291 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::2` │ │ │ │ │ -[1] 1633 290 │ │ │ │ │ +[1] 1659 301 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::3` │ │ │ │ │ -[1] 3225 291 │ │ │ │ │ +[1] 3275 303 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::4` │ │ │ │ │ -[1] 4334 278 │ │ │ │ │ +[1] 4411 289 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::5` │ │ │ │ │ -[1] 7131 280 │ │ │ │ │ +[1] 7233 290 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::6` │ │ │ │ │ -[1] 10711 285 │ │ │ │ │ +[1] 10838 295 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::7` │ │ │ │ │ -[1] 12787 286 │ │ │ │ │ +[1] 12940 298 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ -[1] 15250 286 │ │ │ │ │ +[1] 15432 296 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 16749 279 │ │ │ │ │ +[1] 16954 290 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE