--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd8EUqDb/inputs/r-bioc-keggrest_1.52.2+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd8EUqDb/out/r-bioc-keggrest_1.52.2+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-04 10:59:24.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1488 2026-08-04 10:59:24.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 187212 2026-08-04 10:59:24.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1464 2026-08-04 10:59:24.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 187700 2026-08-04 10:59:24.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 658 2026-08-04 10:59:24.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 595 2026-08-04 10:59:24.000000 ./control │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2272 2026-08-04 10:59:24.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-keggrest │ │ │ Version: 1.52.2+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ Installed-Size: 247 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-cran-httr, r-cran-png, r-bioc-biostrings │ │ │ -Suggests: r-cran-runit, r-bioc-biocgenerics, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-markdown │ │ │ +Suggests: r-bioc-biocgenerics │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/KEGGREST/ │ │ │ Description: GNU R client-side REST access to KEGG │ │ │ A package that provides a client interface to the KEGG │ │ │ REST server. Based on KEGGSOAP by J. Zhang, R. Gentleman, and │ │ │ Marc Carlson, and KEGG (Python package) by Aurelien Mazurie. │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -14,27 +14,27 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 409 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1431 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/Meta/package.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 227 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 409 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/NAMESPACE │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1480 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/NEWS │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1058 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 148291 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1093 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 148308 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1096 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 464 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/README.md │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/doc/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3526 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/doc/KEGGREST-vignette.R │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6516 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/doc/KEGGREST-vignette.Rmd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1428 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/doc/index.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 268 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/AnIndex │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 21670 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/KEGGREST.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 362 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/KEGGREST.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 21916 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/KEGGREST.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 367 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/KEGGREST.rdx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 193 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/aliases.rds │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 211 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/paths.rds │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 224 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/help/paths.rds │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/html/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3147 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/html/00Index.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2133 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/html/R.css │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/unitTests/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8287 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/unitTests/test_KEGGREST.R │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/share/ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-04 10:59:24.000000 ./usr/share/doc/ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -284,15 +284,15 @@ │ │ │ │ "imports" = ".__C__refMethodDefWithTrace = ".__C__refMethodDefWithTrace", " │ │ │ │ "imports" = ""functionBody<-" = "functionBody<-", setLoadAction = "setLoadAction", " │ │ │ │ "imports" = ".__C__VIRTUAL = ".__C__VIRTUAL", superClassDepth = "superClassDepth", " │ │ │ │ "imports" = "".__T__[:base" = ".__T__[:base", .__C__SClassExtension = ".__C__SClassExtension", " │ │ │ │ "imports" = "existsMethod = "existsMethod", getFunction = "getFunction", getMethodsMetaData = "getMethodsMetaData"" │ │ │ │ "imports" = "))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/debian/r-bioc-keggrest/usr/lib/R/site-library/KEGGREST"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/debian/r-bioc-keggrest/usr/lib/R/site-library/KEGGREST"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "KEGGREST", version = "1.52.2")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/KEGGREST/R/KEGGREST.rdx │ │ │ ├── KEGGREST.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,223 +1,223 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$.__C__KEGGFlatFileRecord │ │ │ │ │ -[1] 110566 2188 │ │ │ │ │ +[1] 110572 2188 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 116241 53 │ │ │ │ │ +[1] 116258 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 116425 53 │ │ │ │ │ +[1] 116442 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__global__ │ │ │ │ │ -[1] 116478 248 │ │ │ │ │ +[1] 116495 248 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.cleanUrl │ │ │ │ │ -[1] 116726 480 │ │ │ │ │ +[1] 116743 480 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.compoundParser │ │ │ │ │ -[1] 117206 458 │ │ │ │ │ +[1] 117223 458 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.flatFileParser │ │ │ │ │ -[1] 117664 3599 │ │ │ │ │ +[1] 117681 3599 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.genomeListParser │ │ │ │ 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the KEGG databases which may be searched.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("listDatabases", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("listDatabases", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure(" database ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -412,15 +412,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("listDatabases()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("res <- keggList(\"genome\") ## list all organisms\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("nrow(res)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("head(res)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("res <- keggList(\"hsa\") ## list all human genes\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("length(res)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("head(res)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## keggList(\"T01001\") ## list all human genes\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("res <- 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-[5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/man/keggInfo.Rd" │ │ │ │ │ -[6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/man/keggLink.Rd" │ │ │ │ │ -[7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/man/keggList.Rd" │ │ │ │ │ -[8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/man/listDatabases.Rd" │ │ │ │ │ -[9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-keggrest/man/mark.pathway.by.objects.Rd" │ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggCompounds.Rd" │ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggConv.Rd" │ │ │ │ │ +[3] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggFind.Rd" │ │ │ │ │ +[4] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggGet.Rd" │ │ │ │ │ +[5] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggInfo.Rd" │ │ │ │ │ +[6] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggLink.Rd" │ │ │ │ │ +[7] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/keggList.Rd" │ │ │ │ │ +[8] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/listDatabases.Rd" │ │ │ │ │ +[9] "/build/reproducible-path/r-bioc-keggrest-1.52.2+dfsg/man/mark.pathway.by.objects.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 41 │ │ │ │ │ +[1] 58