--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdLXApdr/inputs/r-bioc-singlecellexperiment_1.34.0+ds-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdLXApdr/out/r-bioc-singlecellexperiment_1.34.0+ds-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-10 16:32:06.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1692 2026-08-10 16:32:06.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 835008 2026-08-10 16:32:06.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1616 2026-08-10 16:32:06.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 835944 2026-08-10 16:32:06.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-10 16:32:06.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 904 2026-08-10 16:32:06.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2994 2026-08-10 16:32:06.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 795 2026-08-10 16:32:06.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2898 2026-08-10 16:32:06.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-singlecellexperiment │ │ │ Version: 1.34.0+ds-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 1445 │ │ │ +Installed-Size: 1444 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-summarizedexperiment, r-bioc-s4vectors, r-bioc-biocgenerics, r-bioc-genomicranges, r-bioc-delayedarray, r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-cran-testthat, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown, r-cran-matrix, r-bioc-scrnaseq (>= 2.9.1), r-cran-rtsne │ │ │ +Suggests: r-cran-matrix │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/SingleCellExperiment/ │ │ │ Description: S4 Classes for Single Cell Data │ │ │ Defines a S4 class for storing data from single-cell │ │ │ experiments. This includes specialized methods to store and │ │ │ retrieve spike-in information, dimensionality reduction │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -3,15 +3,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/NEWS.Rd │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/R/SingleCellExperiment │ │ │ │ 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""/build/reproducible-path/r-bioc-singlecellexperiment-1.34.0+ds/debian/r-bioc-singlecellexperiment/usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "SingleCellExperiment", version = "1.34.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/R/SingleCellExperiment.rdx │ │ │ ├── SingleCellExperiment.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -14,1824 +14,1824 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__SummarizedExperimentByColumn │ │ │ │ │ [1] 11968 438 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__reduced.dim.matrix │ │ │ │ │ [1] 12406 2440 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 20440 52 │ │ │ │ │ +[1] 20453 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 20623 52 │ │ │ │ │ +[1] 20636 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__$:base` │ │ │ │ │ -[1] 119720 52 │ │ │ │ │ +[1] 119733 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__$<-:base` │ │ │ │ │ -[1] 125546 53 │ │ │ │ │ +[1] 125559 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[:base` │ │ │ │ │ -[1] 188233 53 │ │ │ │ │ +[1] 188246 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[<-:base` │ │ │ │ │ -[1] 481583 53 │ │ │ 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Vignettes from package 'SingleCellExperiment'

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SingleCellExperiment::2. Applying over a SingleCellExperiment objectsource
SingleCellExperiment::3. Developing around the SingleCellExperiment classsource
SingleCellExperiment::1. An introduction to the SingleCellExperiment classsource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │
apply.R
apply.Rmd
devel.R
devel.Rmd
intro.R
intro.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,13 +1,12 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''SSiinngglleeCCeellllEExxppeerriimmeenntt'' ********** │ │ │ │ -_S_i_n_g_l_e_C_e_l_l_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: 2. Applying over a SingleCellExperiment object _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_S_i_n_g_l_e_C_e_l_l_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: 3. Developing around the SingleCellExperiment _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ - class │ │ │ │ -_S_i_n_g_l_e_C_e_l_l_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: 1. An introduction to the SingleCellExperiment _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ - class │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _a_p_p_l_y_._R │ │ │ │ + _a_p_p_l_y_._R_m_d │ │ │ │ _d_e_v_e_l_._R │ │ │ │ + _d_e_v_e_l_._R_m_d │ │ │ │ _i_n_t_r_o_._R │ │ │ │ + _i_n_t_r_o_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/SingleCellExperiment/help/SingleCellExperiment.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -37,15 +37,15 @@ │ │ │ │ structure("factorData", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" will be combined row-wise across objects.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Combining objects with and without row names will result in the removal of all row names; similarly for column names.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("Duplicate row names are currently supported by duplicate column names are not, and will be de-duplicated appropriately.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("A LinearEmbeddingMatrix object containing all rows/columns of the supplied objects.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Aaron Lun\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("example(LinearEmbeddingMatrix, echo=FALSE) # using the class example\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("rbind(lem, lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("cbind(lem, lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-singlecellexperiment/man/LEM-combine.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("rbind(lem, lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("cbind(lem, lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-singlecellexperiment-1.34.0+ds/man/LEM-combine.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ LEM-getset (list) = structure(list(structure(list(structure("LinearEmbeddingMatrix getters/setters", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Getter/setter methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("sampleFactors", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("featureLoadings", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("factorData", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -175,15 +175,15 @@ │ │ │ │ structure("sampleFactors(lem) <- sampleFactors(lem) * -1\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("featureLoadings(lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("featureLoadings(lem) <- featureLoadings(lem) * -1\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("factorData(lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("factorData(lem)$whee <- 1\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("nrow(lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("ncol(lem)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("colnames(lem) <- LETTERS[seq_len(ncol(lem))]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("as.matrix(lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-singlecellexperiment/man/LEM-getset.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("as.matrix(lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-singlecellexperiment-1.34.0+ds/man/LEM-getset.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ LEM-misc (list) = structure(list(structure(list(structure("Miscellaneous LEM methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Miscellaneous LEM", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("show,LinearEmbeddingMatrix-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("Various methods for the LinearEmbeddingMatrix class.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list( │ │ │ │ @@ -203,15 +203,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("object", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(".\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Davide Risso\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure(list(structure("LinearEmbeddingMatrix", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("example(LinearEmbeddingMatrix, echo=FALSE) # Using the class example\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("show(lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-singlecellexperiment/man/LEM-misc.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("show(lem)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-singlecellexperiment-1.34.0+ds/man/LEM-misc.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ LEM-subset (list) = structure(list(structure(list(structure("LEM subsetting methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Subsetting LEMs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("[,LinearEmbeddingMatrix,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ 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