--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdtAE6Cq/inputs/r-bioc-bioccheck_1.48.1+ds-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdtAE6Cq/out/r-bioc-bioccheck_1.48.1+ds-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-10 15:15:29.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2432 2026-08-10 15:15:29.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 438712 2026-08-10 15:15:29.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2408 2026-08-10 15:15:29.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 439044 2026-08-10 15:15:29.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-10 15:15:29.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 775 2026-08-10 15:15:29.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 676 2026-08-10 15:15:29.000000 ./control │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6114 2026-08-10 15:15:29.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,12 +1,12 @@ │ │ │ Package: r-bioc-bioccheck │ │ │ Version: 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(environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocCheck/R/BiocCheck.rdx │ │ │ ├── BiocCheck.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -62,522 +62,522 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__BiocPackage │ │ │ │ │ [1] 176258 2506 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__Message │ │ │ │ │ [1] 178764 2323 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 185498 53 │ │ │ │ │ +[1] 185505 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 185682 53 │ │ │ │ │ +[1] 185689 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__global__ │ │ │ │ │ -[1] 185735 549 │ │ │ │ │ +[1] 185742 549 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.checkORCID │ │ │ │ │ -[1] 186284 300 │ │ │ │ │ +[1] 186291 300 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.checkValidNEEQPattern │ │ │ │ │ -[1] 186584 1586 │ │ │ │ │ +[1] 186591 1586 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.composeReport │ │ │ │ │ -[1] 188170 566 │ │ │ │ │ +[1] 188177 566 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 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It is mainly used to account for the number of lines that the\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("YAML header occupies.", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Context: a data.frame() with columns File, Line, and Context\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bioccheck/man/Context.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Context: a data.frame() with columns File, Line, and Context\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bioccheck-1.48.1+ds/man/Context.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ Message-class (list) = structure(list(structure(list(structure("A lower level Message helper class for BiocCheck", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("Message-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("Message-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure(".MessageCondition", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("setMessage,Message-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -830,15 +830,15 @@ │ │ │ │ structure(": Get the condition from the ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("Message", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" class\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\itemize"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("BiocCheck", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class"), │ │ │ │ structure(", ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure("BiocPackage", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bioccheck/man/Message-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bioccheck-1.48.1+ds/man/Message-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hideOutput (NULL) = NULL │ │ │ │ │ │ │ │ safeDeparse (closure) = function (obj) │ │ │ │ { │ │ │ │ tryCatch({ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BiocCheck/help/BiocCheck.rdx │ │ │ ├── BiocCheck.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); 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