--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5AJUMN/inputs/r-bioc-biomart_2.68.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd5AJUMN/out/r-bioc-biomart_2.68.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-10 20:00:36.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2112 2026-08-10 20:00:36.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 485748 2026-08-10 20:00:36.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2048 2026-08-10 20:00:36.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 486012 2026-08-10 20:00:36.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-10 20:00:36.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1485 2026-08-10 20:00:36.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3077 2026-08-10 20:00:36.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1373 2026-08-10 20:00:36.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2994 2026-08-10 20:00:36.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-biomart │ │ │ Version: 2.68.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 729 │ │ │ +Installed-Size: 728 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-annotationdbi, r-bioc-biocfilecache, r-cran-curl, r-cran-httr2, r-cran-progress, r-cran-stringr, r-cran-xml2, r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-bioc-biocstyle, r-cran-httptest2, r-cran-knitr, r-cran-mockery, r-cran-rmarkdown, r-cran-testthat (>= 3.0.0), r-cran-withr │ │ │ +Suggests: r-cran-withr │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/biomaRt/ │ │ │ Description: GNU R Interface to BioMart databases (Ensembl, COSMIC, Wormbase and Gramene) │ │ │ In recent years a wealth of biological data has become available in │ │ │ public data repositories. Easy access to these valuable data resources │ │ │ and firm integration with data analysis is needed for comprehensive │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -3,15 +3,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/biomaRt/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/NEWS │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/R/biomaRt │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/R/biomaRt.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/R/biomaRt.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/biomaRt/README.md │ │ │ │ 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utils = c(tail = "tail"), " │ │ │ │ "imports" = " AnnotationDbi = c(".__T__columns:AnnotationDbi" = ".__T__columns:AnnotationDbi", " │ │ │ │ "imports" = " columns = "columns"), AnnotationDbi = c(".__T__keys:AnnotationDbi" = ".__T__keys:AnnotationDbi", " │ │ │ │ "imports" = " keys = "keys"), AnnotationDbi = c(".__T__keytypes:AnnotationDbi" = ".__T__keytypes:AnnotationDbi", " │ │ │ │ "imports" = " keytypes = "keytypes"), AnnotationDbi = c(".__T__select:AnnotationDbi" = ".__T__select:AnnotationDbi", " │ │ │ │ "imports" = " select = "select"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/debian/r-bioc-biomart/usr/lib/R/site-library/biomaRt"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/debian/r-bioc-biomart/usr/lib/R/site-library/biomaRt"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "biomaRt", version = "2.68.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/biomaRt/R/biomaRt.rdx │ │ │ ├── biomaRt.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,634 +1,634 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$.__C__Mart │ │ │ │ │ [1] 0 430 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 4271 52 │ │ │ │ │ +[1] 4285 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 4454 52 │ │ │ │ │ +[1] 4468 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__columns:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 7743 52 │ │ │ │ │ +[1] 7757 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__keys:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 11742 52 │ │ │ │ │ +[1] 11756 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__keytypes:AnnotationDbi` │ │ │ │ │ -[1] 14803 53 │ │ │ │ │ +[1] 14817 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__martAttributes:biomaRt` │ │ │ │ │ -[1] 16610 53 │ │ │ │ │ +[1] 16624 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__martAttributes<-:biomaRt` │ │ │ 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Vignettes from package 'biomaRt'

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biomaRt::Accessing Ensembl annotation with biomaRtsource
biomaRt::Using a BioMart other than Ensemblsource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

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", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure(list(structure("biomartCacheInfo()", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("=biomartCacheInfo", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" prints the location of the cache, along\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("with the number of files and their total size on disk.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("biomartCacheClear()", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link", Rd_option = structure("=biomartCacheClear", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" will delete the current contents of the cache.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Mike Smith\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/man/biomartCache.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Mike Smith\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/man/biomartCache.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ exportFASTA (list) = structure(list(structure(list(structure("Exports getSequence results to FASTA format", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("exportFASTA", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("exportFASTA", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Exports getSequence results to FASTA format\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -202,15 +202,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mart <- useMart(\"ENSEMBL_MART_ENSEMBL\", dataset = \"hsapiens_gene_ensembl\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("seq <- getSequence(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" id = \"BRCA1\",\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" type = \"hgnc_symbol\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" seqType = \"cdna\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" mart = mart\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("exportFASTA(seq, file = \"test.fasta\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("}) # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ - 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Given a set of filters\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -329,15 +329,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mart <- useEnsembl(biomart = \"ENSEMBL_MART_ENSEMBL\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" dataset = \"hsapiens_gene_ensembl\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("getBM(attributes = c(\"affy_hg_u95av2\", \"hgnc_symbol\", \"chromosome_name\", \"band\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" filters = \"affy_hg_u95av2\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" values = c(\"1939_at\",\"1503_at\",\"1454_at\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" mart = mart)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("}) # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/man/getBM.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/man/getBM.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getGene (list) = structure(list(structure(list(structure("Retrieves gene annotation information given a vector of identifiers", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGene", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGene", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("This function retrieves gene annotations from Ensembl given a vector of\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -367,15 +367,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("# example using affy id\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("g <- getGene(id = \"1939_at\", type = \"affy_hg_u95av2\", mart = mart)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("show(g)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("# example using Entrez Gene id\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("g <- getGene(id = \"100\", type = \"entrezgene_id\", mart = mart)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("show(g)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list( │ │ │ │ structure("}) # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/man/getGene.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/man/getGene.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getHomologs (list) = structure(list(structure(list(structure("List homologous genes between two species.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getHomologs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getHomologs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("non-biomart", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\concept"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("This function simplifies the querying of the Ensembl BioMart if you're\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -393,15 +393,15 @@ │ │ │ │ structure(")\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("and the species you want to find the homologs in (", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("species_to", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure("). These\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("can be Ensembl genomes names e.g. \"homo_sapiens\" or \"canis_lupus_familiaris\"\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("or common names e.g. \"human\" or \"dog\". The function will do it's best to\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("parse common names, and will report and error if no match to an Ensembl\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("genome can be made.", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Mike Smith\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/man/getHomologs.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Mike Smith\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/man/getHomologs.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getLDS (list) = structure(list(structure(list(structure("Retrieves information from two linked datasets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getLDS", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getLDS", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("This function is the main biomaRt query function that links 2 datasets and\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -486,15 +486,15 @@ │ │ │ │ structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("getLDS(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" attributes = c(\"hgnc_symbol\",\"chromosome_name\", \"start_position\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" filters = \"hgnc_symbol\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" values = \"TP53\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" mart = human,\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" attributesL = c(\"chromosome_name\",\"start_position\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" martL = mouse\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("}) # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ - 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This function allows these to be saved\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -1145,15 +1145,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Mike Smith\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list( │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure("ssl_settings <- list(\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" \"ssl_cipher_list\" = \"DEFAULT@SECLEVEL=1\",\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" \"ssl_verifypeer\" = FALSE\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(")\n", Rd_tag = "VERB"), structure("setEnsemblSSL(ssl_settings)\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-biomart/man/setEnsemblSSL.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-biomart-2.68.0+dfsg/man/setEnsemblSSL.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ useDataset (list) = structure(list(structure(list(structure("Select a dataset to use and updates Mart object", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("useDataset", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("useDataset", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("This function selects a dataset and updates the Mart object\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -1174,15 +1174,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Steffen Durinck\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list( │ │ │ │ structure("if (interactive()) withAutoprint({ # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mart <- useMart(\"ENSEMBL_MART_ENSEMBL\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("mart <- useDataset(\"hsapiens_gene_ensembl\", mart = mart)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("}) # examplesIf", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), │ │ │ │ - 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