--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd6yRUDF/inputs/r-bioc-multiassayexperiment_1.38.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd6yRUDF/out/r-bioc-multiassayexperiment_1.38.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-10 20:52:39.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2064 2026-08-10 20:52:39.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 1039720 2026-08-10 20:52:39.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1968 2026-08-10 20:52:39.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1040104 2026-08-10 20:52:39.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-10 20:52:39.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1136 2026-08-10 20:52:39.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4114 2026-08-10 20:52:39.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 975 2026-08-10 20:52:39.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4018 2026-08-10 20:52:39.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@ │ │ │ Package: r-bioc-multiassayexperiment │ │ │ Version: 1.38.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 1691 │ │ │ +Installed-Size: 1689 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-summarizedexperiment, r-bioc-biobase, r-bioc-biocbaseutils, r-bioc-biocgenerics, r-bioc-delayedarray, r-bioc-genomicranges, r-bioc-iranges, r-bioc-matrixgenerics, r-bioc-s4vectors, r-cran-tidyr, r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-bioc-biocstyle, r-bioc-hdf5array, r-cran-knitr, r-cran-reshape2, r-cran-rmarkdown, r-cran-survival, r-cran-survminer, r-cran-testthat, r-cran-upsetr │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/MultiAssayExperiment/ │ │ │ Description: Software for integrating multi-omics experiments in BioConductor │ │ │ MultiAssayExperiment harmonizes data management of │ │ │ multiple assays performed on an overlapping set of specimens. It provides a │ │ │ familiar Bioconductor user experience by extending concepts from │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -4,15 +4,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/data.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/NEWS.md │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/R/MultiAssayExperiment │ │ │ │ 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(environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/R/MultiAssayExperiment.rdx │ │ │ ├── MultiAssayExperiment.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -17,1320 +17,1320 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__MatchedAssayExperiment │ │ │ │ │ [1] 3880 2468 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__MultiAssayExperiment │ │ │ │ │ [1] 6603 2382 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 21207 52 │ │ │ │ │ +[1] 21218 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 21390 52 │ │ │ │ │ +[1] 21401 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__$:base` │ │ │ │ │ -[1] 124462 52 │ │ │ │ │ +[1] 124473 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__$<-:base` │ │ │ │ │ -[1] 130187 53 │ │ │ │ │ +[1] 130198 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[:base` │ │ │ │ │ -[1] 183840 53 │ │ │ │ │ +[1] 183851 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[<-:base` │ │ │ │ │ -[1] 466802 53 │ │ │ │ │ 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Vignettes from package 'MultiAssayExperiment'

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MultiAssayExperiment::Coordinating Analysis of Multi-Assay Experimentssource
MultiAssayExperiment::MultiAssayExperiment Cheatsheetsource
MultiAssayExperiment::Quick-start Guidesource
MultiAssayExperiment::HDF5Array and MultiAssayExperimentsource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

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MultiAssayExperiment.R
MultiAssayExperiment.Rmd
MultiAssayExperiment.png
MultiAssayExperiment_cheatsheet.Rmd
QuickStartMultiAssay.R
QuickStartMultiAssay.Rmd
UsingHDF5Array.R
UsingHDF5Array.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''MMuullttiiAAssssaayyEExxppeerriimmeenntt'' ********** │ │ │ │ -_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: Coordinating Analysis of Multi-Assay _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ - Experiments │ │ │ │ -_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: MultiAssayExperiment Cheatsheet _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: Quick-start Guide _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_:_: HDF5Array and MultiAssayExperiment _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_._R │ │ │ │ + _M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_._R_m_d │ │ │ │ _M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_._p_n_g │ │ │ │ + _M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t___c_h_e_a_t_s_h_e_e_t_._R_m_d │ │ │ │ _Q_u_i_c_k_S_t_a_r_t_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_._R │ │ │ │ + _Q_u_i_c_k_S_t_a_r_t_M_u_l_t_i_A_s_s_a_y_._R_m_d │ │ │ │ _U_s_i_n_g_H_D_F_5_A_r_r_a_y_._R │ │ │ │ + _U_s_i_n_g_H_D_F_5_A_r_r_a_y_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/MultiAssayExperiment/help/MultiAssayExperiment.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -57,15 +57,15 @@ │ │ │ │ structure(" samp0 = c(0,0,1,1,1), samp1 = c(1,0,1,0,1), samp2 = c(0,1,0,1,0),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" row.names = c(paste0(\"ENST\", \"00000\", 135411:135414), \"ENST00000383323\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("rangeSE <- SummarizedExperiment::makeSummarizedExperimentFromDataFrame(rangedat)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Combine to a named list and call the ExperimentList constructor function\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("assayList <- list(Affy = exprdat, Methyl450k = methyldat, RNASeqGene = rnadat,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" GISTIC = rangeSE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Use the ExperimentList constructor\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("ExpList <- ExperimentList(assayList)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-multiassayexperiment/man/ExperimentList.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("ExpList <- ExperimentList(assayList)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-multiassayexperiment-1.38.0+dfsg/man/ExperimentList.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ ExperimentList-class (list) = structure(list(structure(list(structure("ExperimentList - 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