--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdxHrPLZ/inputs/r-bioc-genomicfeatures_1.64.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdxHrPLZ/out/r-bioc-genomicfeatures_1.64.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-11 14:15:02.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2456 2026-08-11 14:15:02.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 931172 2026-08-11 14:15:02.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2424 2026-08-11 14:15:02.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 931908 2026-08-11 14:15:02.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 14:15:02.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1490 2026-08-11 14:15:02.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1377 2026-08-11 14:15:02.000000 ./control │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4687 2026-08-11 14:15:02.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-genomicfeatures │ │ │ Version: 1.64.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ Installed-Size: 1597 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics (>= 0.51.2), r-bioc-s4vectors (>= 0.47.6), r-bioc-iranges (>= 2.37.1), r-bioc-seqinfo (>= 0.99.2), r-bioc-genomicranges (>= 1.61.1), r-bioc-annotationdbi (>= 1.41.4), r-cran-dbi, r-bioc-xvector, r-bioc-biostrings (>= 2.77.2), r-bioc-rtracklayer (>= 1.69.1), r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-bioc-genomeinfodb, r-bioc-txdbmaker, r-bioc-org.hs.eg.db, r-bioc-bsgenome, r-bioc-rsamtools, r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.7), r-bioc-ensembldb, r-bioc-annotationfilter, r-cran-runit, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-markdown │ │ │ +Suggests: r-bioc-genomeinfodb, r-bioc-rsamtools, r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.7), r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-markdown │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/GenomicFeatures/ │ │ │ Description: GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations │ │ │ A set of tools and methods for making and manipulating transcript │ │ │ centric annotations. With these tools the user can easily download the │ │ │ genomic locations of the transcripts, exons and cds of a given organism, │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -15,40 +15,40 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 824 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2578 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/Meta/package.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 306 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2178 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/NAMESPACE │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 33702 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/NEWS │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 14:15:02.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/R/ │ │ │ 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".__T__dbGetQuery:DBI", " │ │ │ │ "imports" = " dbGetQuery = "dbGetQuery", ".__T__dbListFields:DBI" = ".__T__dbListFields:DBI", " │ │ │ │ "imports" = " dbListFields = "dbListFields", ".__T__dbListTables:DBI" = ".__T__dbListTables:DBI", " │ │ │ │ "imports" = " dbListTables = "dbListTables"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/debian/r-bioc-genomicfeatures/usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/debian/r-bioc-genomicfeatures/usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "GenomicFeatures", version = "1.64.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/R/GenomicFeatures.rdx │ │ │ ├── GenomicFeatures.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -23,1370 +23,1370 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__FeatureDb │ │ │ │ │ [1] 341153 3449 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__TxDb │ │ │ │ │ [1] 344853 3972 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 362515 53 │ │ │ │ │ +[1] 362530 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 362699 53 │ │ │ │ │ +[1] 362714 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__as.list:base` │ │ │ │ │ -[1] 377253 53 │ │ │ │ │ +[1] 377268 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__asBED:rtracklayer` │ │ │ │ │ -[1] 382822 53 │ │ │ │ │ +[1] 382837 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__asGFF:rtracklayer` │ │ │ │ │ -[1] 391255 53 │ │ │ │ │ +[1] 391270 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__bestFileFormat:rtracklayer` │ │ │ │ │ -[1] 394616 53 │ 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502284 1321 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::22` │ │ │ │ │ [1] 26139 5634 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::220` │ │ │ │ │ -[1] 510233 677 │ │ │ │ │ +[1] 510248 677 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::221` │ │ │ │ │ -[1] 508341 1892 │ │ │ │ │ +[1] 508356 1892 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::222` │ │ │ │ │ -[1] 505231 1555 │ │ │ │ │ +[1] 505246 1555 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::223` │ │ │ │ │ -[1] 506786 1555 │ │ │ │ │ +[1] 506801 1555 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::224` │ │ │ │ │ -[1] 514935 500 │ │ │ │ │ +[1] 514950 500 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::225` │ │ │ │ │ -[1] 514676 259 │ │ │ │ │ +[1] 514691 259 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::226` │ │ │ │ │ -[1] 510964 1856 │ │ │ │ │ +[1] 510979 1856 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::227` │ │ │ │ │ -[1] 512820 1856 │ │ │ │ │ +[1] 512835 1856 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::228` │ │ │ │ │ -[1] 524907 808 │ │ │ │ │ +[1] 524922 808 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::229` │ │ │ │ │ -[1] 524655 252 │ │ │ │ │ +[1] 524670 252 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::23` │ │ │ │ │ [1] 35656 1773 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::230` │ │ │ │ │ -[1] 515489 4583 │ │ │ │ │ +[1] 515504 4583 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::231` │ │ │ │ │ -[1] 520072 4583 │ │ │ │ │ +[1] 520087 4583 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::232` │ │ │ │ │ -[1] 544189 1461 │ │ │ │ │ +[1] 544204 1461 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::233` │ │ │ │ │ -[1] 543931 258 │ │ │ │ │ +[1] 543946 258 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::234` │ │ │ │ │ -[1] 525769 9081 │ │ │ │ │ +[1] 525784 9081 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::235` │ │ │ │ │ -[1] 534850 9081 │ │ │ │ │ +[1] 534865 9081 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::236` │ │ │ │ │ -[1] 547388 713 │ │ │ │ │ +[1] 547403 713 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::237` │ │ │ │ │ -[1] 547130 258 │ │ │ │ │ +[1] 547145 258 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::238` │ │ │ │ │ -[1] 545704 713 │ │ │ │ │ +[1] 545719 713 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::239` │ │ │ │ │ -[1] 546417 713 │ │ │ │ │ +[1] 546432 713 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::24` │ │ │ │ │ [1] 37429 308 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::240` │ │ │ │ │ -[1] 557717 2978 │ │ │ │ │ +[1] 557732 2978 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::241` │ │ │ │ │ -[1] 557455 262 │ │ │ │ │ +[1] 557470 262 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::242` │ │ │ │ │ -[1] 548155 4650 │ │ │ │ │ +[1] 548170 4650 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::243` │ │ │ │ │ -[1] 552805 4650 │ │ │ │ │ +[1] 552820 4650 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::244` │ │ │ │ │ -[1] 668845 805 │ │ │ │ │ +[1] 668860 805 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::245` │ │ │ │ │ -[1] 668385 460 │ │ │ │ │ +[1] 668400 460 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::246` │ │ │ │ │ -[1] 560919 53733 │ │ │ │ │ +[1] 560934 53733 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::247` │ │ │ │ │ -[1] 560749 170 │ │ │ │ │ +[1] 560764 170 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::248` │ │ │ │ │ -[1] 614652 53733 │ │ │ │ │ +[1] 614667 53733 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::249` │ │ │ │ │ -[1] 672980 1506 │ │ │ │ │ +[1] 672995 1506 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::25` │ │ │ │ │ [1] 85794 21172 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::250` │ │ │ │ │ -[1] 672716 264 │ │ │ │ │ +[1] 672731 264 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::251` │ │ │ │ │ -[1] 669704 1506 │ │ │ │ │ +[1] 669719 1506 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::252` │ │ │ │ │ -[1] 671210 1506 │ │ │ │ │ +[1] 671225 1506 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::253` │ │ │ │ │ -[1] 677851 613 │ │ │ │ │ +[1] 677866 613 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::254` │ │ │ │ │ -[1] 677586 265 │ │ │ │ │ +[1] 677601 265 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::255` │ │ │ │ │ -[1] 674540 1523 │ │ │ │ │ +[1] 674555 1523 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::256` │ │ │ │ │ -[1] 676063 1523 │ │ │ │ │ +[1] 676078 1523 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::257` │ │ │ │ │ -[1] 679977 591 │ │ │ │ │ +[1] 679992 591 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::258` │ │ │ │ │ -[1] 679700 277 │ │ │ │ │ +[1] 679715 277 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::259` │ │ │ │ │ -[1] 678518 591 │ │ │ │ │ +[1] 678533 591 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::26` │ │ │ │ │ [1] 224956 544 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::260` │ │ │ │ │ -[1] 679109 591 │ │ │ │ │ +[1] 679124 591 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::261` │ │ │ │ │ -[1] 682084 597 │ │ │ │ │ +[1] 682099 597 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::262` │ │ │ │ │ -[1] 681816 268 │ │ │ │ │ +[1] 681831 268 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::263` │ │ │ │ │ -[1] 680622 597 │ │ │ │ │ +[1] 680637 597 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::264` │ │ │ │ │ -[1] 681219 597 │ │ │ │ │ +[1] 681234 597 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::265` │ │ │ │ │ -[1] 684237 616 │ │ │ │ │ +[1] 684252 616 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::266` │ │ │ │ │ -[1] 683967 270 │ │ │ │ │ +[1] 683982 270 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::267` │ │ │ │ │ -[1] 682735 616 │ │ │ │ │ +[1] 682750 616 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::268` │ │ │ │ │ -[1] 683351 616 │ │ │ │ │ +[1] 683366 616 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::269` │ │ │ │ │ -[1] 686621 718 │ │ │ │ │ +[1] 686636 718 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::27` │ │ │ │ │ [1] 224813 143 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::270` │ │ │ │ │ -[1] 686343 278 │ │ │ │ │ +[1] 686358 278 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::271` │ │ │ │ │ -[1] 684907 718 │ │ │ │ │ +[1] 684922 718 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::272` │ │ │ │ │ -[1] 685625 718 │ │ │ │ │ +[1] 685640 718 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::273` │ │ │ │ │ -[1] 807989 140 │ │ │ │ │ +[1] 808004 140 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::28` │ │ │ │ │ [1] 219663 5150 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::29` │ │ │ │ │ [1] 117720 1516 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -1555,73 +1555,73 @@ │ │ │ │ │ $references$`env::79` │ │ │ │ │ [1] 344602 251 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ [1] 13211 773 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::80` │ │ │ │ │ -[1] 349121 13394 │ │ │ │ │ +[1] 349121 13409 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::81` │ │ │ │ │ [1] 348825 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::82` │ │ │ │ │ [1] 348956 165 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::83` │ │ │ │ │ -[1] 362568 131 │ │ │ │ │ +[1] 362583 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::84` │ │ │ │ │ -[1] 376545 708 │ │ │ │ │ +[1] 376560 708 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::85` │ │ │ │ │ -[1] 376134 411 │ │ │ │ │ +[1] 376149 411 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::86` │ │ │ │ │ -[1] 362752 6691 │ │ │ │ │ +[1] 362767 6691 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::87` │ │ │ │ │ -[1] 369443 6691 │ │ │ │ │ +[1] 369458 6691 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::88` │ │ │ │ │ -[1] 382137 685 │ │ │ │ │ +[1] 382152 685 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::89` │ │ │ │ │ -[1] 381876 261 │ │ │ │ │ +[1] 381891 261 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ [1] 117577 143 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::90` │ │ │ │ │ -[1] 377306 2285 │ │ │ │ │ +[1] 377321 2285 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::91` │ │ │ │ │ -[1] 379591 2285 │ │ │ │ │ +[1] 379606 2285 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::92` │ │ │ │ │ -[1] 390013 1242 │ │ │ │ │ +[1] 390028 1242 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::93` │ │ │ │ │ -[1] 389753 260 │ │ │ │ │ +[1] 389768 260 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::94` │ │ │ │ │ -[1] 382875 3439 │ │ │ │ │ +[1] 382890 3439 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::95` │ │ │ │ │ -[1] 386314 3439 │ │ │ │ │ +[1] 386329 3439 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::96` │ │ │ │ │ -[1] 394109 507 │ │ │ │ │ +[1] 394124 507 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::97` │ │ │ │ │ -[1] 393842 267 │ │ │ │ │ +[1] 393857 267 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::98` │ │ │ │ │ -[1] 391308 1267 │ │ │ │ │ +[1] 391323 1267 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::99` │ │ │ │ │ -[1] 392575 1267 │ │ │ │ │ +[1] 392590 1267 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/doc/GenomicFeatures.html │ │ │ @@ -103,20 +103,20 @@ │ │ │ body { max-width: 100%; } │ │ │ tr, img { break-inside: avoid; } │ │ │ } │ │ │ @media only screen and (min-width: 992px) { │ │ │ body:not(.pagesjs) pre:has(.line-numbers):not(:hover) { white-space: pre; } │ │ │ } │ │ │ │ │ │ - │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │
│ │ │

Obtaining and Utilizing TxDb Objects

│ │ │ -

Dienstag, August 11, 2026

│ │ │ +

Tuesday, August 11, 2026

│ │ │
│ │ │
│ │ │

Introduction

│ │ │

The GenomicFeatures package implements the TxDb container for │ │ │ storing transcript metadata for a given organism. A TxDb object │ │ │ stores the genomic positions of the 5’ and 3’ untranslated regions │ │ │ (UTRs), protein coding sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA │ │ │ @@ -135,15 +135,15 @@ │ │ │ │ │ │ BiocManager::install("GenomicFeatures") │ │ │ │ │ │

Then load it with:

│ │ │ 
suppressPackageStartupMessages(library(GenomicFeatures))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `library()`:
│ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'GenomicFeatures'
│ │ │ +## ! there is no package called 'GenomicFeatures'
│ │ │
│ │ │

Obtaining a TxDb object

│ │ │

There are three ways that users can obtain a TxDb object.

│ │ │

One way is to use the loadDb method to load the object directly │ │ │ from an appropriate .sqlite database file.

│ │ │

Here we are loading a previously created TxDb object │ │ │ based on UCSC known gene data. This database only contains a small │ │ │ @@ -151,39 +151,39 @@ │ │ │ demonstrate and test the functionality of the │ │ │ GenomicFeatures package as a demonstration.

│ │ │ 
samplefile <- system.file("extdata", "hg19_knownGene_sample.sqlite",
│ │ │                            package="GenomicFeatures")
│ │ │  txdb <- loadDb(samplefile)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `loadDb()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "loadDb" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "loadDb"
│ │ │
│ │ │ 
txdb
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'txdb' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'txdb' not found
│ │ │
│ │ │

In this case, the TxDb object has been returned by │ │ │ the loadDb method.

│ │ │

More commonly however, we expect that users will just load a │ │ │ TxDb annotation package like this:

│ │ │ 
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `library()`:
│ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene'
│ │ │ +## ! there is no package called 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene'
│ │ │
│ │ │ 
hg19_txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene  # shorthand (for convenience)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' not found
│ │ │
│ │ │ 
hg19_txdb
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found
│ │ │
│ │ │

Loading the package like this will also create a TxDb │ │ │ object, and by default that object will have the same name as the │ │ │ package itself.

│ │ │

Finally, the third way to obtain a TxDb object is to use one of │ │ │ the numerous tools defined in the txdbmaker package. txdbmaker │ │ │ provides a set of tools for making TxDb objects from genomic │ │ │ @@ -196,49 +196,49 @@ │ │ │ useful way to limit the things that are returned if you are only │ │ │ interested in studying a handful of chromosomes.

│ │ │

To determine which chromosomes are currently active, use the │ │ │ seqlevels method. For example:

│ │ │ 
head(seqlevels(hg19_txdb))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `seqlevels()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "seqlevels"
│ │ │
│ │ │

Will tell you all the chromosomes that are active for the │ │ │ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene TxDb object (by │ │ │ default it will be all of them).

│ │ │

If you then wanted to only set Chromosome 1 to be active you could do │ │ │ it like this:

│ │ │ 
seqlevels(hg19_txdb) <- "chr1"
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found
│ │ │
│ │ │

So if you ran this, then from this point on in your R session only │ │ │ chromosome 1 would be consulted when you call the various retrieval │ │ │ methods… If you need to reset back to the original seqlevels (i.e. │ │ │ to the seqlevels stored in the db), then set the seqlevels to │ │ │ seqlevels0(hg19_txdb).

│ │ │ 
seqlevels(hg19_txdb) <- seqlevels0(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `seqlevels0()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels0" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "seqlevels0"
│ │ │
│ │ │

Exercise: │ │ │ Use seqlevels to set only chromsome 15 to be active. BTW, │ │ │ the rest of this vignette will assume you have succeeded at this.

│ │ │

Solution:

│ │ │ 
seqlevels(hg19_txdb) <- "chr15"
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found
│ │ │
│ │ │ 
seqlevels(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `seqlevels()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "seqlevels"
│ │ │
│ │ │

Retrieving data using the select() method

│ │ │

The TxDb objects inherit from AnnotationDb │ │ │ objects (just as the ChipDb and OrgDb objects do). │ │ │ One of the implications of this relationship is that these object │ │ │ ought to be used in similar ways to each other. Therefore we have │ │ │ written supporting columns, keytypes, keys │ │ │ @@ -248,40 +248,40 @@ │ │ │ they would be used to extract information about a ChipDb or │ │ │ an OrgDb object. Here is a simple example of how to find the │ │ │ UCSC transcript names that match with a set of gene IDs.

│ │ │ 
keys <- c("100033416", "100033417", "100033420")
│ │ │  columns(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `columns()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "columns"
│ │ │
│ │ │ 
keytypes(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `keytypes()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "keytypes" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "keytypes"
│ │ │
│ │ │ 
select(hg19_txdb, keys = keys, columns="TXNAME", keytype="GENEID")
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `select()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "select"
│ │ │
│ │ │

Exercise: │ │ │ For the genes in the example above, find the chromosome and strand │ │ │ information that will go with each of the transcript names.

│ │ │

Solution:

│ │ │ 
columns(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `columns()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "columns"
│ │ │
│ │ │ 
cols <- c("TXNAME", "TXSTRAND", "TXCHROM")
│ │ │  select(hg19_txdb, keys=keys, columns=cols, keytype="GENEID")
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `select()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "select"
│ │ │
│ │ │

Methods for returning GRanges objects

│ │ │

Retrieving data with select is useful, but sometimes it is more │ │ │ convenient to extract the result as a GRanges object. This is │ │ │ often the case when you are doing counting or specialized overlap │ │ │ operations downstream. For these use cases there is another family of │ │ │ methods available.

│ │ │ @@ -291,20 +291,20 @@ │ │ │ transcripts, exons, and cds return │ │ │ the coordinate information as a GRanges object.

│ │ │

As an example, all transcripts present in a TxDb object │ │ │ can be obtained as follows:

│ │ │ 
GR <- transcripts(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `transcripts()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "transcripts"
│ │ │
│ │ │ 
GR[1:3]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GR' not found
│ │ │
│ │ │

The transcripts function returns a GRanges class │ │ │ object. You can learn a lot more about the manipulation of these │ │ │ objects by reading the GenomicRanges introductory │ │ │ vignette. The show method for a GRanges object │ │ │ will display the ranges, seqnames (a chromosome or a contig), and │ │ │ strand on the left side and then present related metadata on the right │ │ │ @@ -312,122 +312,122 @@ │ │ │

The strand function is used to obtain the strand │ │ │ information from the transcripts. The sum of the Lengths of the │ │ │ Rle object that strand returns is equal to the │ │ │ length of the GRanges object.

│ │ │ 
tx_strand <- strand(GR)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `strand()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "strand"
│ │ │
│ │ │ 
tx_strand
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'tx_strand' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'tx_strand' not found
│ │ │
│ │ │ 
sum(runLength(tx_strand))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `runLength()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "runLength" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "runLength"
│ │ │
│ │ │ 
length(GR)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GR' not found
│ │ │
│ │ │

In addition, the transcripts function can also be used to │ │ │ retrieve a subset of the transcripts available such as those on the │ │ │ +-strand of chromosome 1.

│ │ │ 
GR <- transcripts(hg19_txdb, filter=list(tx_chrom = "chr15", tx_strand = "+"))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `transcripts()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "transcripts"
│ │ │
│ │ │ 
length(GR)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GR' not found
│ │ │
│ │ │ 
unique(strand(GR))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `strand()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "strand"
│ │ │
│ │ │

The exons and cds functions can also be used │ │ │ in a similar fashion to retrive genomic coordinates for exons and │ │ │ coding sequences.

│ │ │

The promoters function computes a GRanges object │ │ │ that spans the promoter region around the transcription start site │ │ │ for the transcripts in a TxDb object. The upstream │ │ │ and downstream arguments define the number of bases upstream │ │ │ and downstream from the transcription start site that make up the │ │ │ promoter region.

│ │ │ 
PR <- promoters(hg19_txdb, upstream=2000, downstream=400)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `promoters()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "promoters" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "promoters"
│ │ │
│ │ │ 
PR
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'PR' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'PR' not found
│ │ │
│ │ │

A similar function (terminators) is provided to compute the │ │ │ terminator region around the transcription end site for the │ │ │ transcripts in a TxDb object.

│ │ │

Exercise: │ │ │ Use exons to retrieve all the exons from chromosome 15. │ │ │ How does the length of this compare to the value returned by │ │ │ transcripts?

│ │ │

Solution:

│ │ │ 
EX <- exons(hg19_txdb)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `exons()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "exons" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "exons"
│ │ │
│ │ │ 
EX[1:4]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'EX' not found
│ │ │
│ │ │ 
length(EX)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'EX' not found
│ │ │
│ │ │ 
length(GR)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GR' not found
│ │ │
│ │ │

Working with Grouped Features

│ │ │

Often one is interested in how particular genomic features relate to │ │ │ each other, and not just their genomic positions. For example, it might │ │ │ be of interest to group transcripts by gene or to group exons by transcript. │ │ │ Such groupings are supported by the transcriptsBy, │ │ │ exonsBy, and cdsBy functions.

│ │ │

The following call can be used to group transcripts by genes:

│ │ │ 
GRList <- transcriptsBy(hg19_txdb, by = "gene")
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `transcriptsBy()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "transcriptsBy" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "transcriptsBy"
│ │ │
│ │ │ 
length(GRList)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │ 
names(GRList)[10:13]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │ 
GRList[11:12]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │

The transcriptsBy function returns a GRangesList │ │ │ class object. As with GRanges objects, you can learn more │ │ │ about these objects by reading the GenomicRanges │ │ │ introductory vignette. The show method for a │ │ │ GRangesList object will display as a list of GRanges │ │ │ objects. And, at the bottom the seqinfo will be displayed once for │ │ │ @@ -438,30 +438,30 @@ │ │ │ exon or cds, whereas for the exonsBy and cdsBy │ │ │ functions can only be grouped by transcript (tx) or gene.

│ │ │

So as a further example, to extract all the exons for each transcript │ │ │ you can call:

│ │ │ 
GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx")
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `exonsBy()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "exonsBy"
│ │ │
│ │ │ 
length(GRList)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │ 
names(GRList)[10:13]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │ 
GRList[[12]]
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │

As you can see, the GRangesList objects returned from each │ │ │ function contain genomic positions and identifiers grouped into a │ │ │ list-like object according to the type of feature specified in the by │ │ │ argument. The object returned can then be used by functions like │ │ │ findOverlaps to contextualize alignments from │ │ │ high-throughput sequencing.

│ │ │ @@ -480,25 +480,25 @@ │ │ │ just made, use select to retrieve that matching transcript │ │ │ names. Remember that the list used a by argument = “tx”, so │ │ │ the list is grouped by transcript IDs.

│ │ │

Solution:

│ │ │ 
GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx")
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `exonsBy()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "exonsBy"
│ │ │
│ │ │ 
tx_ids <- names(GRList)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'GRList' not found
│ │ │
│ │ │ 
head(select(hg19_txdb, keys=tx_ids, columns="TXNAME", keytype="TXID"))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `select()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "select"
│ │ │
│ │ │

Finally, the order of the results in a GRangesList object can │ │ │ vary with the way in which things were grouped. In most cases the │ │ │ grouped elements of the GRangesList object will be listed in │ │ │ the order that they occurred along the chromosome. However, when │ │ │ exons or CDS parts are grouped by transcript, they will instead be │ │ │ grouped according to their position along the transcript itself. │ │ │ @@ -511,100 +511,97 @@ │ │ │ provide behavior equivalent to the grouping functions, but in │ │ │ prespecified form. These functions return a GRangesList │ │ │ object grouped by transcript for introns, 5’ UTR’s, and 3’ UTR’s, │ │ │ respectively. Below are examples of how you can call these methods.

│ │ │ 
length(intronsByTranscript(hg19_txdb))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `intronsByTranscript()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "intronsByTranscript" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "intronsByTranscript"
│ │ │
│ │ │ 
length(fiveUTRsByTranscript(hg19_txdb))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `fiveUTRsByTranscript()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "fiveUTRsByTranscript" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "fiveUTRsByTranscript"
│ │ │
│ │ │ 
length(threeUTRsByTranscript(hg19_txdb))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `threeUTRsByTranscript()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "threeUTRsByTranscript" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "threeUTRsByTranscript"
│ │ │
│ │ │

Getting the actual sequence data

│ │ │

The GenomicFeatures package also provides functions for │ │ │ converting from ranges to actual sequence (when paired │ │ │ with an appropriate BSgenome package).

│ │ │ 
suppressPackageStartupMessages(library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `library()`:
│ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19'
│ │ │ +## ! there is no package called 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19'
│ │ │
│ │ │ 
genome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19  # shorthand (for convenience)
│ │ │
│ │ │ 
## Error:
│ │ │ -## ! Objekt 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' nicht gefunden
│ │ │ +## ! object 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' not found
│ │ │
│ │ │ 
tx_seqs1 <- extractTranscriptSeqs(genome, hg19_txdb, use.names=TRUE)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `extractTranscriptSeqs()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs"
│ │ │
│ │ │

And, once these sequences have been extracted, you can translate them │ │ │ into proteins with translate:

│ │ │ 
suppressWarnings(translate(tx_seqs1))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `translate()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "translate"
│ │ │
│ │ │

Exercise: │ │ │ But of course this is not a meaningful translation, because the call │ │ │ to extractTranscriptSeqs will have extracted all │ │ │ the transcribed regions of the genome regardless of whether or not │ │ │ they are translated. Look at the manual page for │ │ │ extractTranscriptSeqs and see how you can use cdsBy │ │ │ to only translate only the coding regions.

│ │ │

Solution:

│ │ │ 
cds_seqs <- extractTranscriptSeqs(Hsapiens,
│ │ │                                    cdsBy(hg19_txdb, by="tx", use.names=TRUE))
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `extractTranscriptSeqs()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs"
│ │ │
│ │ │ 
translate(cds_seqs)
│ │ │
│ │ │ 
## Error in `translate()`:
│ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden
│ │ │ +## ! could not find function "translate"
│ │ │
│ │ │

Session Information

│ │ │ 
## R version 4.6.1 (2026-06-24)
│ │ │  ## Platform: x86_64-pc-linux-gnu
│ │ │  ## Running under: Debian GNU/Linux forky/sid
│ │ │  ## 
│ │ │  ## Matrix products: default
│ │ │  ## BLAS:   /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3 
│ │ │  ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.33.so;  LAPACK version 3.12.0
│ │ │  ## 
│ │ │  ## locale:
│ │ │ -##  [1] LC_CTYPE=de_DE.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
│ │ │ -##  [3] LC_TIME=de_DE.UTF-8        LC_COLLATE=de_DE.UTF-8    
│ │ │ -##  [5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8    LC_MESSAGES=de_DE.UTF-8   
│ │ │ -##  [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8       LC_NAME=C                 
│ │ │ -##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
│ │ │ -## [11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
│ │ │ +##  [1] LC_CTYPE=C.UTF-8       LC_NUMERIC=C           LC_TIME=C.UTF-8       
│ │ │ +##  [4] LC_COLLATE=C.UTF-8     LC_MONETARY=C.UTF-8    LC_MESSAGES=C.UTF-8   
│ │ │ +##  [7] LC_PAPER=C.UTF-8       LC_NAME=C              LC_ADDRESS=C          
│ │ │ +## [10] LC_TELEPHONE=C         LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C   
│ │ │  ## 
│ │ │ -## time zone: Europe/Berlin
│ │ │ +## time zone: Etc/UTC
│ │ │  ## tzcode source: system (glibc)
│ │ │  ## 
│ │ │  ## attached base packages:
│ │ │  ## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
│ │ │  ## 
│ │ │  ## other attached packages:
│ │ │  ## [1] markdown_2.0 knitr_1.51  
│ │ │  ## 
│ │ │  ## loaded via a namespace (and not attached):
│ │ │ -##  [1] compiler_4.6.1  cli_3.6.6       tools_4.6.1     pillar_1.11.1  
│ │ │ -##  [5] otel_0.2.0      glue_1.8.1      vctrs_0.7.3     xfun_0.60      
│ │ │ -##  [9] lifecycle_1.0.5 rlang_1.3.0     evaluate_1.0.5
│ │ │ +## [1] compiler_4.6.1 cli_3.6.6      tools_4.6.1    otel_0.2.0     xfun_0.60     
│ │ │ +## [6] rlang_1.3.0    evaluate_1.0.5
│ │ │
│ │ │
│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,9 +1,9 @@ │ │ │ │ ************ OObbttaaiinniinngg aanndd UUttiilliizziinngg TTxxDDbb OObbjjeeccttss ************ │ │ │ │ -******** DDiieennssttaagg,, AAuugguusstt 1111,, 22002266 ******** │ │ │ │ +******** TTuueessddaayy,, AAuugguusstt 1111,, 22002266 ******** │ │ │ │ ************ IInnttrroodduuccttiioonn ************ │ │ │ │ The GenomicFeatures package implements the TxDb container for storing │ │ │ │ transcript metadata for a given organism. A TxDb object stores the genomic │ │ │ │ positions of the 5’ and 3’ untranslated regions (UTRs), protein coding │ │ │ │ sequences (CDSs), and exons for a set of mRNA transcripts. The genomic │ │ │ │ positions are stored and reported with respect to a given genome assembly. TxDb │ │ │ │ objects have numerous accessors functions to allow such features to be │ │ │ │ @@ -17,43 +17,43 @@ │ │ │ │ if (!require("BiocManager", quietly=TRUE)) │ │ │ │ install.packages("BiocManager") │ │ │ │ │ │ │ │ BiocManager::install("GenomicFeatures") │ │ │ │ Then load it with: │ │ │ │ suppressPackageStartupMessages(library(GenomicFeatures)) │ │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'GenomicFeatures' │ │ │ │ +## ! there is no package called 'GenomicFeatures' │ │ │ │ ************ OObbttaaiinniinngg aa TTxxDDbb oobbjjeecctt ************ │ │ │ │ There are three ways that users can obtain a TxDb object. │ │ │ │ One way is to use the loadDb method to load the object directly from an │ │ │ │ appropriate .sqlite database file. │ │ │ │ Here we are loading a previously created TxDb object based on UCSC known gene │ │ │ │ data. This database only contains a small subset of the possible annotations │ │ │ │ for human and is only included to demonstrate and test the functionality of the │ │ │ │ GenomicFeatures package as a demonstration. │ │ │ │ samplefile <- system.file("extdata", "hg19_knownGene_sample.sqlite", │ │ │ │ package="GenomicFeatures") │ │ │ │ txdb <- loadDb(samplefile) │ │ │ │ ## Error in `loadDb()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "loadDb" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "loadDb" │ │ │ │ txdb │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'txdb' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'txdb' not found │ │ │ │ In this case, the TxDb object has been returned by the loadDb method. │ │ │ │ More commonly however, we expect that users will just load a TxDb annotation │ │ │ │ package like this: │ │ │ │ library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) │ │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' │ │ │ │ +## ! there is no package called 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' │ │ │ │ hg19_txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene # shorthand (for convenience) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' not found │ │ │ │ hg19_txdb │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ │ Loading the package like this will also create a TxDb object, and by default │ │ │ │ that object will have the same name as the package itself. │ │ │ │ Finally, the third way to obtain a TxDb object is to use one of the numerous │ │ │ │ tools defined in the txdbmaker package. txdbmaker provides a set of tools for │ │ │ │ making TxDb objects from genomic annotations from various sources (e.g. UCSC, │ │ │ │ Ensembl, and GFF files). See the vignette in the txdbmaker package for more │ │ │ │ information. │ │ │ │ @@ -62,186 +62,186 @@ │ │ │ │ It is possible to filter the data that is returned from a TxDb object based on │ │ │ │ it’s chromosome. This can be a useful way to limit the things that are returned │ │ │ │ if you are only interested in studying a handful of chromosomes. │ │ │ │ To determine which chromosomes are currently active, use the seqlevels method. │ │ │ │ For example: │ │ │ │ head(seqlevels(hg19_txdb)) │ │ │ │ ## Error in `seqlevels()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels" │ │ │ │ Will tell you all the chromosomes that are active for the │ │ │ │ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene TxDb object (by default it will be all of │ │ │ │ them). │ │ │ │ If you then wanted to only set Chromosome 1 to be active you could do it like │ │ │ │ this: │ │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- "chr1" │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ │ So if you ran this, then from this point on in your R session only chromosome 1 │ │ │ │ would be consulted when you call the various retrieval methods… If you need to │ │ │ │ reset back to the original seqlevels (i.e. to the seqlevels stored in the db), │ │ │ │ then set the seqlevels to seqlevels0(hg19_txdb). │ │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- seqlevels0(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `seqlevels0()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels0" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels0" │ │ │ │ EExxeerrcciissee:: Use seqlevels to set only chromsome 15 to be active. BTW, the rest of │ │ │ │ this vignette will assume you have succeeded at this. │ │ │ │ SSoolluuttiioonn:: │ │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- "chr15" │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `seqlevels()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels" │ │ │ │ ********** RReettrriieevviinngg ddaattaa uussiinngg tthhee sseelleecctt(()) mmeetthhoodd ********** │ │ │ │ The TxDb objects inherit from AnnotationDb objects (just as the ChipDb and │ │ │ │ OrgDb objects do). One of the implications of this relationship is that these │ │ │ │ object ought to be used in similar ways to each other. Therefore we have │ │ │ │ written supporting columns, keytypes, keys and select methods for TxDb objects. │ │ │ │ These methods can be a useful way of extracting data from a TxDb object. And │ │ │ │ they are used in the same way that they would be used to extract information │ │ │ │ about a ChipDb or an OrgDb object. Here is a simple example of how to find the │ │ │ │ UCSC transcript names that match with a set of gene IDs. │ │ │ │ keys <- c("100033416", "100033417", "100033420") │ │ │ │ columns(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `columns()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "columns" │ │ │ │ keytypes(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `keytypes()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "keytypes" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "keytypes" │ │ │ │ select(hg19_txdb, keys = keys, columns="TXNAME", keytype="GENEID") │ │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ │ EExxeerrcciissee:: For the genes in the example above, find the chromosome and strand │ │ │ │ information that will go with each of the transcript names. │ │ │ │ SSoolluuttiioonn:: │ │ │ │ columns(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `columns()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "columns" │ │ │ │ cols <- c("TXNAME", "TXSTRAND", "TXCHROM") │ │ │ │ select(hg19_txdb, keys=keys, columns=cols, keytype="GENEID") │ │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ │ ********** MMeetthhooddss ffoorr rreettuurrnniinngg GGRRaannggeess oobbjjeeccttss ********** │ │ │ │ Retrieving data with select is useful, but sometimes it is more convenient to │ │ │ │ extract the result as a GRanges object. This is often the case when you are │ │ │ │ doing counting or specialized overlap operations downstream. For these use │ │ │ │ cases there is another family of methods available. │ │ │ │ Perhaps the most common operations for a TxDb object is to retrieve the genomic │ │ │ │ coordinates or rraannggeess for exons, transcripts or coding sequences. The functions │ │ │ │ transcripts, exons, and cds return the coordinate information as a GRanges │ │ │ │ object. │ │ │ │ As an example, all transcripts present in a TxDb object can be obtained as │ │ │ │ follows: │ │ │ │ GR <- transcripts(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `transcripts()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "transcripts" │ │ │ │ GR[1:3] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ │ The transcripts function returns a GRanges class object. You can learn a lot │ │ │ │ more about the manipulation of these objects by reading the GenomicRanges │ │ │ │ introductory vignette. The show method for a GRanges object will display the │ │ │ │ ranges, seqnames (a chromosome or a contig), and strand on the left side and │ │ │ │ then present related metadata on the right side. │ │ │ │ The strand function is used to obtain the strand information from the │ │ │ │ transcripts. The sum of the Lengths of the Rle object that strand returns is │ │ │ │ equal to the length of the GRanges object. │ │ │ │ tx_strand <- strand(GR) │ │ │ │ ## Error in `strand()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "strand" │ │ │ │ tx_strand │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'tx_strand' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'tx_strand' not found │ │ │ │ sum(runLength(tx_strand)) │ │ │ │ ## Error in `runLength()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "runLength" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "runLength" │ │ │ │ length(GR) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ │ In addition, the transcripts function can also be used to retrieve a subset of │ │ │ │ the transcripts available such as those on the +-strand of chromosome 1. │ │ │ │ GR <- transcripts(hg19_txdb, filter=list(tx_chrom = "chr15", tx_strand = "+")) │ │ │ │ ## Error in `transcripts()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "transcripts" │ │ │ │ length(GR) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ │ unique(strand(GR)) │ │ │ │ ## Error in `strand()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "strand" │ │ │ │ The exons and cds functions can also be used in a similar fashion to retrive │ │ │ │ genomic coordinates for exons and coding sequences. │ │ │ │ The promoters function computes a GRanges object that spans the promoter region │ │ │ │ around the transcription start site for the transcripts in a TxDb object. The │ │ │ │ upstream and downstream arguments define the number of bases upstream and │ │ │ │ downstream from the transcription start site that make up the promoter region. │ │ │ │ PR <- promoters(hg19_txdb, upstream=2000, downstream=400) │ │ │ │ ## Error in `promoters()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "promoters" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "promoters" │ │ │ │ PR │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'PR' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'PR' not found │ │ │ │ A similar function (terminators) is provided to compute the terminator region │ │ │ │ around the transcription end site for the transcripts in a TxDb object. │ │ │ │ EExxeerrcciissee:: Use exons to retrieve all the exons from chromosome 15. How does the │ │ │ │ length of this compare to the value returned by transcripts? │ │ │ │ SSoolluuttiioonn:: │ │ │ │ EX <- exons(hg19_txdb) │ │ │ │ ## Error in `exons()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "exons" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "exons" │ │ │ │ EX[1:4] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'EX' not found │ │ │ │ length(EX) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'EX' not found │ │ │ │ length(GR) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ │ ********** WWoorrkkiinngg wwiitthh GGrroouuppeedd FFeeaattuurreess ********** │ │ │ │ Often one is interested in how particular genomic features relate to each │ │ │ │ other, and not just their genomic positions. For example, it might be of │ │ │ │ interest to group transcripts by gene or to group exons by transcript. Such │ │ │ │ groupings are supported by the transcriptsBy, exonsBy, and cdsBy functions. │ │ │ │ The following call can be used to group transcripts by genes: │ │ │ │ GRList <- transcriptsBy(hg19_txdb, by = "gene") │ │ │ │ ## Error in `transcriptsBy()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcriptsBy" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "transcriptsBy" │ │ │ │ length(GRList) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ names(GRList)[10:13] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ GRList[11:12] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ The transcriptsBy function returns a GRangesList class object. As with GRanges │ │ │ │ objects, you can learn more about these objects by reading the GenomicRanges │ │ │ │ introductory vignette. The show method for a GRangesList object will display as │ │ │ │ a list of GRanges objects. And, at the bottom the seqinfo will be displayed │ │ │ │ once for the entire list. │ │ │ │ For each of these three functions, there is a limited set of options that can │ │ │ │ be passed into the by argument to allow grouping. For the transcriptsBy │ │ │ │ function, you can group by gene, exon or cds, whereas for the exonsBy and cdsBy │ │ │ │ functions can only be grouped by transcript (tx) or gene. │ │ │ │ So as a further example, to extract all the exons for each transcript you can │ │ │ │ call: │ │ │ │ GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx") │ │ │ │ ## Error in `exonsBy()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "exonsBy" │ │ │ │ length(GRList) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ names(GRList)[10:13] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ GRList[[12]] │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ As you can see, the GRangesList objects returned from each function contain │ │ │ │ genomic positions and identifiers grouped into a list-like object according to │ │ │ │ the type of feature specified in the by argument. The object returned can then │ │ │ │ be used by functions like findOverlaps to contextualize alignments from high- │ │ │ │ throughput sequencing. │ │ │ │ The identifiers used to label the GRanges objects depend upon the data source │ │ │ │ used to create the TxDb object. So the list identifiers will not always be │ │ │ │ @@ -253,21 +253,21 @@ │ │ │ │ synthetic IDs, you can still always retrieve the original IDs. │ │ │ │ EExxeerrcciissee:: Starting with the tx_ids that are the names of the GRList object we │ │ │ │ just made, use select to retrieve that matching transcript names. Remember that │ │ │ │ the list used a by argument = “tx”, so the list is grouped by transcript IDs. │ │ │ │ SSoolluuttiioonn:: │ │ │ │ GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx") │ │ │ │ ## Error in `exonsBy()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "exonsBy" │ │ │ │ tx_ids <- names(GRList) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ │ head(select(hg19_txdb, keys=tx_ids, columns="TXNAME", keytype="TXID")) │ │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ │ Finally, the order of the results in a GRangesList object can vary with the way │ │ │ │ in which things were grouped. In most cases the grouped elements of the │ │ │ │ GRangesList object will be listed in the order that they occurred along the │ │ │ │ chromosome. However, when exons or CDS parts are grouped by transcript, they │ │ │ │ will instead be grouped according to their position along the transcript │ │ │ │ itself. This is important because alternative splicing can mean that the order │ │ │ │ along the transcript can be different from that along the chromosome. │ │ │ │ @@ -275,75 +275,73 @@ │ │ │ │ The intronsByTranscript, fiveUTRsByTranscript and threeUTRsByTranscript are │ │ │ │ convenience functions that provide behavior equivalent to the grouping │ │ │ │ functions, but in prespecified form. These functions return a GRangesList │ │ │ │ object grouped by transcript for introns, 5’ UTR’s, and 3’ UTR’s, respectively. │ │ │ │ Below are examples of how you can call these methods. │ │ │ │ length(intronsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ │ ## Error in `intronsByTranscript()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "intronsByTranscript" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "intronsByTranscript" │ │ │ │ length(fiveUTRsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ │ ## Error in `fiveUTRsByTranscript()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "fiveUTRsByTranscript" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "fiveUTRsByTranscript" │ │ │ │ length(threeUTRsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ │ ## Error in `threeUTRsByTranscript()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "threeUTRsByTranscript" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "threeUTRsByTranscript" │ │ │ │ ************ GGeettttiinngg tthhee aaccttuuaall sseeqquueennccee ddaattaa ************ │ │ │ │ The GenomicFeatures package also provides functions for converting from ranges │ │ │ │ to actual sequence (when paired with an appropriate BSgenome package). │ │ │ │ suppressPackageStartupMessages(library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)) │ │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' │ │ │ │ +## ! there is no package called 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' │ │ │ │ genome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 # shorthand (for convenience) │ │ │ │ ## Error: │ │ │ │ -## ! Objekt 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' nicht gefunden │ │ │ │ +## ! object 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' not found │ │ │ │ tx_seqs1 <- extractTranscriptSeqs(genome, hg19_txdb, use.names=TRUE) │ │ │ │ ## Error in `extractTranscriptSeqs()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs" │ │ │ │ And, once these sequences have been extracted, you can translate them into │ │ │ │ proteins with translate: │ │ │ │ suppressWarnings(translate(tx_seqs1)) │ │ │ │ ## Error in `translate()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "translate" │ │ │ │ EExxeerrcciissee:: But of course this is not a meaningful translation, because the call │ │ │ │ to extractTranscriptSeqs will have extracted all the transcribed regions of the │ │ │ │ genome regardless of whether or not they are translated. Look at the manual │ │ │ │ page for extractTranscriptSeqs and see how you can use cdsBy to only translate │ │ │ │ only the coding regions. │ │ │ │ SSoolluuttiioonn:: │ │ │ │ cds_seqs <- extractTranscriptSeqs(Hsapiens, │ │ │ │ cdsBy(hg19_txdb, by="tx", use.names=TRUE)) │ │ │ │ ## Error in `extractTranscriptSeqs()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs" │ │ │ │ translate(cds_seqs) │ │ │ │ ## Error in `translate()`: │ │ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden │ │ │ │ +## ! could not find function "translate" │ │ │ │ ************ SSeessssiioonn IInnffoorrmmaattiioonn ************ │ │ │ │ ## R version 4.6.1 (2026-06-24) │ │ │ │ ## Platform: x86_64-pc-linux-gnu │ │ │ │ ## Running under: Debian GNU/Linux forky/sid │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## Matrix products: default │ │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3 │ │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.33.so; │ │ │ │ LAPACK version 3.12.0 │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## locale: │ │ │ │ -## [1] LC_CTYPE=de_DE.UTF-8 LC_NUMERIC=C │ │ │ │ -## [3] LC_TIME=de_DE.UTF-8 LC_COLLATE=de_DE.UTF-8 │ │ │ │ -## [5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8 LC_MESSAGES=de_DE.UTF-8 │ │ │ │ -## [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8 LC_NAME=C │ │ │ │ -## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C │ │ │ │ -## [11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C │ │ │ │ +## [1] LC_CTYPE=C.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8 │ │ │ │ +## [4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8 │ │ │ │ +## [7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C │ │ │ │ +## [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C │ │ │ │ ## │ │ │ │ -## time zone: Europe/Berlin │ │ │ │ +## time zone: Etc/UTC │ │ │ │ ## tzcode source: system (glibc) │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## attached base packages: │ │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## other attached packages: │ │ │ │ ## [1] markdown_2.0 knitr_1.51 │ │ │ │ ## │ │ │ │ ## loaded via a namespace (and not attached): │ │ │ │ -## [1] compiler_4.6.1 cli_3.6.6 tools_4.6.1 pillar_1.11.1 │ │ │ │ -## [5] otel_0.2.0 glue_1.8.1 vctrs_0.7.3 xfun_0.60 │ │ │ │ -## [9] lifecycle_1.0.5 rlang_1.3.0 evaluate_1.0.5 │ │ │ │ +## [1] compiler_4.6.1 cli_3.6.6 tools_4.6.1 otel_0.2.0 xfun_0.60 │ │ │ │ + │ │ │ │ +## [6] rlang_1.3.0 evaluate_1.0.5 │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/doc/GenomicFeatures.md │ │ │ @@ -2,15 +2,15 @@ │ │ │ title: "Obtaining and Utilizing TxDb Objects" │ │ │ author: │ │ │ - name: Marc Carlson │ │ │ - name: Patrick Aboyoun │ │ │ - name: Hervé Pagès │ │ │ - name: Seth Falcon │ │ │ - name: Martin Morgan │ │ │ -date: "Dienstag, August 11, 2026" │ │ │ +date: "Tuesday, August 11, 2026" │ │ │ package: GenomicFeatures │ │ │ vignette: | │ │ │ %\VignetteIndexEntry{Obtaining and Utilizing TxDb Objects} │ │ │ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} │ │ │ %\VignetteEncoding{UTF-8} │ │ │ %\VignetteDepends{GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19} │ │ │ %\VignetteKeywords{annotation, database} │ │ │ @@ -55,15 +55,15 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ suppressPackageStartupMessages(library(GenomicFeatures)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'GenomicFeatures' │ │ │ +## ! there is no package called 'GenomicFeatures' │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ # Obtaining a `TxDb` object │ │ │ │ │ │ There are three ways that users can obtain a `TxDb` object. │ │ │ @@ -82,24 +82,24 @@ │ │ │ samplefile <- system.file("extdata", "hg19_knownGene_sample.sqlite", │ │ │ package="GenomicFeatures") │ │ │ txdb <- loadDb(samplefile) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `loadDb()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "loadDb" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "loadDb" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ txdb │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'txdb' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'txdb' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ In this case, the `TxDb` object has been returned by │ │ │ the `loadDb` method. │ │ │ │ │ │ More commonly however, we expect that users will just load a │ │ │ TxDb annotation package like this: │ │ │ @@ -107,33 +107,33 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' │ │ │ +## ! there is no package called 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ hg19_txdb <- TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene # shorthand (for convenience) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ hg19_txdb │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ Loading the package like this will also create a `TxDb` │ │ │ object, and by default that object will have the same name as the │ │ │ package itself. │ │ │ │ │ │ Finally, the third way to obtain a `TxDb` object is to use one of │ │ │ @@ -161,15 +161,15 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ head(seqlevels(hg19_txdb)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `seqlevels()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ Will tell you all the chromosomes that are active for the │ │ │ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene `TxDb` object (by │ │ │ default it will be all of them). │ │ │ │ │ │ If you then wanted to only set Chromosome 1 to be active you could do │ │ │ @@ -177,54 +177,54 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- "chr1" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ So if you ran this, then from this point on in your R session only │ │ │ chromosome 1 would be consulted when you call the various retrieval │ │ │ methods... If you need to reset back to the original seqlevels (i.e. │ │ │ to the seqlevels stored in the db), then set the seqlevels to │ │ │ `seqlevels0(hg19_txdb)`. │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- seqlevels0(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `seqlevels0()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels0" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels0" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ **Exercise:** │ │ │ Use `seqlevels` to set only chromsome 15 to be active. BTW, │ │ │ the rest of this vignette will assume you have succeeded at this. │ │ │ │ │ │ **Solution:** │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) <- "chr15" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'hg19_txdb' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'hg19_txdb' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ seqlevels(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `seqlevels()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "seqlevels" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "seqlevels" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ ## Retrieving data using the `select()` method │ │ │ │ │ │ The `TxDb` objects inherit from `AnnotationDb` │ │ │ objects (just as the `ChipDb` and `OrgDb` objects do). │ │ │ @@ -243,58 +243,58 @@ │ │ │ ``` r │ │ │ keys <- c("100033416", "100033417", "100033420") │ │ │ columns(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `columns()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "columns" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ keytypes(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `keytypes()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "keytypes" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "keytypes" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ select(hg19_txdb, keys = keys, columns="TXNAME", keytype="GENEID") │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ **Exercise:** │ │ │ For the genes in the example above, find the chromosome and strand │ │ │ information that will go with each of the transcript names. │ │ │ │ │ │ **Solution:** │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ columns(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `columns()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "columns" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "columns" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ cols <- c("TXNAME", "TXSTRAND", "TXCHROM") │ │ │ select(hg19_txdb, keys=keys, columns=cols, keytype="GENEID") │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ ## Methods for returning `GRanges` objects │ │ │ │ │ │ Retrieving data with select is useful, but sometimes it is more │ │ │ convenient to extract the result as a `GRanges` object. This is │ │ │ @@ -314,24 +314,24 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GR <- transcripts(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `transcripts()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "transcripts" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GR[1:3] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ The `transcripts` function returns a `GRanges` class │ │ │ object. You can learn a lot more about the manipulation of these │ │ │ objects by reading the `GenomicRanges` introductory │ │ │ vignette. The `show` method for a `GRanges` object │ │ │ will display the ranges, seqnames (a chromosome or a contig), and │ │ │ @@ -346,74 +346,74 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ tx_strand <- strand(GR) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `strand()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "strand" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ tx_strand │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'tx_strand' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'tx_strand' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ sum(runLength(tx_strand)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `runLength()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "runLength" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "runLength" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(GR) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ In addition, the `transcripts` function can also be used to │ │ │ retrieve a subset of the transcripts available such as those on the │ │ │ `+`-strand of chromosome 1. │ │ │ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GR <- transcripts(hg19_txdb, filter=list(tx_chrom = "chr15", tx_strand = "+")) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `transcripts()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcripts" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "transcripts" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(GR) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ unique(strand(GR)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `strand()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "strand" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "strand" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ The `exons` and `cds` functions can also be used │ │ │ in a similar fashion to retrive genomic coordinates for exons and │ │ │ coding sequences. │ │ │ │ │ │ The `promoters` function computes a `GRanges` object │ │ │ @@ -426,24 +426,24 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ PR <- promoters(hg19_txdb, upstream=2000, downstream=400) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `promoters()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "promoters" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "promoters" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ PR │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'PR' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'PR' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ A similar function (`terminators`) is provided to compute the │ │ │ terminator region around the transcription end site for the │ │ │ transcripts in a `TxDb` object. │ │ │ │ │ │ **Exercise:** │ │ │ @@ -455,42 +455,42 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ EX <- exons(hg19_txdb) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `exons()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "exons" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "exons" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ EX[1:4] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'EX' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(EX) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'EX' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'EX' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(GR) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GR' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GR' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ ## Working with Grouped Features │ │ │ │ │ │ Often one is interested in how particular genomic features relate to │ │ │ each other, and not just their genomic positions. For example, it might │ │ │ @@ -503,42 +503,42 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GRList <- transcriptsBy(hg19_txdb, by = "gene") │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `transcriptsBy()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "transcriptsBy" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "transcriptsBy" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(GRList) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ names(GRList)[10:13] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GRList[11:12] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ The `transcriptsBy` function returns a `GRangesList` │ │ │ class object. As with `GRanges` objects, you can learn more │ │ │ about these objects by reading the `GenomicRanges` │ │ │ introductory vignette. The `show` method for a │ │ │ `GRangesList` object will display as a list of `GRanges` │ │ │ @@ -557,42 +557,42 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx") │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `exonsBy()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "exonsBy" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(GRList) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ names(GRList)[10:13] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GRList[[12]] │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ As you can see, the `GRangesList` objects returned from each │ │ │ function contain genomic positions and identifiers grouped into a │ │ │ list-like object according to the type of feature specified in the `by` │ │ │ argument. The object returned can then be used by functions like │ │ │ `findOverlaps` to contextualize alignments from │ │ │ @@ -619,33 +619,33 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ GRList <- exonsBy(hg19_txdb, by = "tx") │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `exonsBy()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "exonsBy" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "exonsBy" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ tx_ids <- names(GRList) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'GRList' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'GRList' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ head(select(hg19_txdb, keys=tx_ids, columns="TXNAME", keytype="TXID")) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `select()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "select" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "select" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ Finally, the order of the results in a `GRangesList` object can │ │ │ vary with the way in which things were grouped. In most cases the │ │ │ grouped elements of the `GRangesList` object will be listed in │ │ │ the order that they occurred along the chromosome. However, when │ │ │ exons or CDS parts are grouped by transcript, they will instead be │ │ │ @@ -667,33 +667,33 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(intronsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `intronsByTranscript()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "intronsByTranscript" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "intronsByTranscript" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(fiveUTRsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `fiveUTRsByTranscript()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "fiveUTRsByTranscript" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "fiveUTRsByTranscript" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ length(threeUTRsByTranscript(hg19_txdb)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `threeUTRsByTranscript()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "threeUTRsByTranscript" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "threeUTRsByTranscript" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ # Getting the actual sequence data │ │ │ │ │ │ The `GenomicFeatures` package also provides functions for │ │ │ @@ -703,46 +703,46 @@ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ suppressPackageStartupMessages(library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `library()`: │ │ │ -## ! es gibt kein Paket namens 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' │ │ │ +## ! there is no package called 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ genome <- BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 # shorthand (for convenience) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error: │ │ │ -## ! Objekt 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' nicht gefunden │ │ │ +## ! object 'BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19' not found │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ tx_seqs1 <- extractTranscriptSeqs(genome, hg19_txdb, use.names=TRUE) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `extractTranscriptSeqs()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ And, once these sequences have been extracted, you can translate them │ │ │ into proteins with `translate`: │ │ │ │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ suppressWarnings(translate(tx_seqs1)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `translate()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "translate" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ **Exercise:** │ │ │ But of course this is not a meaningful translation, because the call │ │ │ to `extractTranscriptSeqs` will have extracted all │ │ │ the transcribed regions of the genome regardless of whether or not │ │ │ they are translated. Look at the manual page for │ │ │ @@ -754,24 +754,24 @@ │ │ │ ``` r │ │ │ cds_seqs <- extractTranscriptSeqs(Hsapiens, │ │ │ cdsBy(hg19_txdb, by="tx", use.names=TRUE)) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `extractTranscriptSeqs()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "extractTranscriptSeqs" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "extractTranscriptSeqs" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` r │ │ │ translate(cds_seqs) │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ ``` │ │ │ ## Error in `translate()`: │ │ │ -## ! konnte Funktion "translate" nicht finden │ │ │ +## ! could not find function "translate" │ │ │ ``` │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ # Session Information │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -781,29 +781,26 @@ │ │ │ ## Running under: Debian GNU/Linux forky/sid │ │ │ ## │ │ │ ## Matrix products: default │ │ │ ## BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libblas.so.3 │ │ │ ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.33.so; LAPACK version 3.12.0 │ │ │ ## │ │ │ ## locale: │ │ │ -## [1] LC_CTYPE=de_DE.UTF-8 LC_NUMERIC=C │ │ │ -## [3] LC_TIME=de_DE.UTF-8 LC_COLLATE=de_DE.UTF-8 │ │ │ -## [5] LC_MONETARY=de_DE.UTF-8 LC_MESSAGES=de_DE.UTF-8 │ │ │ -## [7] LC_PAPER=de_DE.UTF-8 LC_NAME=C │ │ │ -## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C │ │ │ -## [11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C │ │ │ +## [1] LC_CTYPE=C.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=C.UTF-8 │ │ │ +## [4] LC_COLLATE=C.UTF-8 LC_MONETARY=C.UTF-8 LC_MESSAGES=C.UTF-8 │ │ │ +## [7] LC_PAPER=C.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C │ │ │ +## [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=C.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C │ │ │ ## │ │ │ -## time zone: Europe/Berlin │ │ │ +## time zone: Etc/UTC │ │ │ ## tzcode source: system (glibc) │ │ │ ## │ │ │ ## attached base packages: │ │ │ ## [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base │ │ │ ## │ │ │ ## other attached packages: │ │ │ ## [1] markdown_2.0 knitr_1.51 │ │ │ ## │ │ │ ## loaded via a namespace (and not attached): │ │ │ -## [1] compiler_4.6.1 cli_3.6.6 tools_4.6.1 pillar_1.11.1 │ │ │ -## [5] otel_0.2.0 glue_1.8.1 vctrs_0.7.3 xfun_0.60 │ │ │ -## [9] lifecycle_1.0.5 rlang_1.3.0 evaluate_1.0.5 │ │ │ +## [1] compiler_4.6.1 cli_3.6.6 tools_4.6.1 otel_0.2.0 xfun_0.60 │ │ │ +## [6] rlang_1.3.0 evaluate_1.0.5 │ │ │ ``` │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/help/GenomicFeatures.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -70,15 +70,15 @@ │ │ │ │ structure(" for how to extract genomic features\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" from a FeatureDb object.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\itemize"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("fdb_file <- system.file(\"extdata\", \"FeatureDb.sqlite\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" package=\"GenomicFeatures\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("fdb <- loadDb(fdb_file)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("fdb\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/FeatureDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("fdb\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/FeatureDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ TxDb-class (list) = structure(list(structure(list(structure("TxDb objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("TxDb-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("TxDb-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:TxDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("TxDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -282,15 +282,15 @@ │ │ │ │ structure("## Then you can restore the seqlevels stored in the db:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("seqlevels(txdb) <- seqlevels0(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Use of as.list():\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("txdb_dump <- as.list(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("txdb_dump\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("library(txdbmaker) # for makeTxDb()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("txdb1 <- do.call(makeTxDb, txdb_dump)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("stopifnot(identical(as.list(txdb1), txdb_dump))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/TxDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("stopifnot(identical(as.list(txdb1), txdb_dump))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/TxDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ as-format-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Coerce to file format structures", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("as-format-methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("asBED,TxDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("asGFF,TxDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" These functions coerce a ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -385,15 +385,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("CharacterList", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure("). Each exon\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" belongs to one or more mRNAs, and mRNAs belong to a gene.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Michael Lawrence\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" txdb_file <- system.file(\"extdata\", \"hg19_knownGene_sample.sqlite\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" package=\"GenomicFeatures\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" txdb <- loadDb(txdb_file)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" asBED(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" asGFF(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/as-format-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" asGFF(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/as-format-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ coordinate-mapping-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Map range coordinates between transcripts and genome space", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("mapToTranscripts", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("coordinate-mapping-methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("coordinate-mapping", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("mapToTranscripts", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -970,15 +970,15 @@ │ │ │ │ structure("mapToTranscripts(snps[2], unlist(cds))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## The location is the same because the SNP hit the first CDS part. If\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## the transcript were on the \"-\" strand the difference in concatenated\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## vs non-concatenated position would be more obvious.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Change strand:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("strand(cds) <- strand(snps) <- \"-\"\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("mapToTranscripts(snps[2], unlist(cds))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/coordinate-mapping-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/coordinate-mapping-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ coverageByTranscript (list) = structure(list(structure(list(structure("Compute coverage by transcript (or CDS) of a set of ranges", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("coverageByTranscript", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("coverageByTranscript", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("pcoverageByTranscript", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -1304,15 +1304,15 @@ │ │ │ │ structure("## 'cds_cvg' and put them in the same order as in 'cds_cvg':\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("m <- match(names(cds_cvg), names(tx_cvg))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("tx_lens <- tx_lens[m, ]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("utr5_width <- tx_lens$utr5_len\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("utr3_width <- tx_lens$utr3_len\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("cds_cvg2 <- windows(tx_cvg[m], start=1L+utr5_width, end=-1L-utr3_width)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## A sanity check:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("stopifnot(identical(cds_cvg2, cds_cvg))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/coverageByTranscript.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("stopifnot(identical(cds_cvg2, cds_cvg))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/coverageByTranscript.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ exonicParts (list) = structure(list(structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" Extract non-overlapping exonic or intronic parts from a TxDb-like object\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("exonicParts", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("tidyTranscripts", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("tidyExons", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1624,15 +1624,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tidyExons(txdb) # Ordered first by 'tx_id',\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # then by 'exon_rank'.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("tidyExons(txdb, drop.geneless=TRUE) # Ordered first by 'gene_id',\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # then by 'tx_id',\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # then by 'exon_rank'.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tidyIntrons(txdb) # Ordered by 'tx_id'.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("tidyIntrons(txdb, drop.geneless=TRUE) # Ordered first by 'gene_id',\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" # then by 'tx_id'.\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/exonicParts.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" # then by 'tx_id'.\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/exonicParts.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ extendExonsIntoIntrons (list) = structure(list(structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" Extend exons by a given number of bases into their adjacent introns\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("extendExonsIntoIntrons", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("extendExonsIntoIntrons", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ @@ -1733,15 +1733,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## With real-world transcripts:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("library(TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("txdb <- TxDb.Celegans.UCSC.ce11.ensGene\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("ex_by_tx <- exonsBy(txdb, by=\"tx\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("ex_by_tx\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("extendExonsIntoIntrons(ex_by_tx, extent=2)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Sanity check:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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So this:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("columns <- c(\"tx_name\", \"gene_id\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("promoters(txdb, upstream=100, downstream=50, columns=columns)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## is equivalent to:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("promoters(transcripts(txdb, columns=columns, use.names=TRUE),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" upstream=100, downstream=50)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcripts.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" upstream=100, downstream=50)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcripts.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ transcriptsBy (list) = structure(list(structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" Extract and group genomic features of a given type from a TxDb-like object\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("transcriptsBy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("transcriptsBy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("transcriptsBy,TxDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -4307,15 +4307,15 @@ │ │ │ │ structure("## Note that 'cds_by_tx1' can also be obtained with:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("names(cds_by_tx0) <- id2name(txdb, feature.type=\"tx\")[names(cds_by_tx0)]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("stopifnot(identical(cds_by_tx0, cds_by_tx1))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Extract the introns grouped by transcript:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("intronsByTranscript(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Extract the 5' UTRs grouped by transcript:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("fiveUTRsByTranscript(txdb)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("fiveUTRsByTranscript(txdb, use.names=TRUE) # more informative group names\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptsBy.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("fiveUTRsByTranscript(txdb, use.names=TRUE) # more informative group names\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptsBy.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ transcriptsByOverlaps (list) = structure(list(structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" Extract genomic features from a TxDb-like object based on their\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" genomic location\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ 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"/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptsByOverlaps.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("transcriptsByOverlaps(txdb, gr)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptsByOverlaps.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/help/GenomicFeatures.rdx │ │ │ ├── GenomicFeatures.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,145 +1,145 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$`FeatureDb-class` │ │ │ │ │ -[1] 289 2740 │ │ │ │ │ +[1] 304 2756 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`TxDb-class` │ │ │ │ │ -[1] 3319 6696 │ │ │ │ │ +[1] 3364 6712 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`as-format-methods` │ │ │ │ │ -[1] 10309 3637 │ │ │ │ │ +[1] 10383 3652 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`coordinate-mapping-methods` │ │ │ │ │ -[1] 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│ $references$`env::1` │ │ │ │ │ -[1] 0 289 │ │ │ │ │ +[1] 0 304 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::10` │ │ │ │ │ -[1] 75091 283 │ │ │ │ │ +[1] 75367 297 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::11` │ │ │ │ │ -[1] 76984 296 │ │ │ │ │ +[1] 77289 311 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::12` │ │ │ │ │ -[1] 82109 286 │ │ │ │ │ +[1] 82442 301 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::13` │ │ │ │ │ -[1] 85449 292 │ │ │ │ │ +[1] 85812 306 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::14` │ │ │ │ │ -[1] 87576 292 │ │ │ │ │ +[1] 87972 306 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::15` │ │ │ │ │ -[1] 89750 291 │ │ │ │ │ +[1] 90176 306 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::16` │ │ │ │ │ -[1] 95319 291 │ │ │ │ │ +[1] 95776 305 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::17` │ │ │ │ │ -[1] 104336 291 │ │ │ │ │ +[1] 104821 305 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::18` │ │ │ │ │ -[1] 109314 286 │ │ │ │ │ +[1] 109828 300 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::19` │ │ │ │ │ -[1] 111287 295 │ │ │ │ │ +[1] 111833 308 │ │ │ │ │ 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│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 66438 295 │ │ │ │ │ +[1] 66682 310 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,25 +1,25 @@ │ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/FeatureDb-class.Rd" │ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/TxDb-class.Rd" │ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/as-format-methods.Rd" │ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/coordinate-mapping-methods.Rd" │ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/coverageByTranscript.Rd" │ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/exonicParts.Rd" │ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/extendExonsIntoIntrons.Rd" │ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/extractTranscriptSeqs.Rd" │ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/extractUpstreamSeqs.Rd" │ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/features.Rd" │ │ │ │ │ -[11] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/getPromoterSeq-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[12] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/id2name.Rd" │ │ │ │ │ -[13] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/mapIdsToRanges.Rd" │ │ │ │ │ -[14] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/mapRangesToIds.Rd" │ │ │ │ │ -[15] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/nearest-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[16] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/proteinToGenome.Rd" │ │ │ │ │ -[17] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/select-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[18] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/tRNAs.Rd" │ │ │ │ │ -[19] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptLengths.Rd" │ │ │ │ │ -[20] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptLocs2refLocs.Rd" │ │ │ │ │ -[21] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcripts.Rd" │ │ │ │ │ -[22] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptsBy.Rd" │ │ │ │ │ -[23] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/man/transcriptsByOverlaps.Rd" │ │ │ │ │ + [1] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/FeatureDb-class.Rd" │ │ │ │ │ + [2] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/TxDb-class.Rd" │ │ │ │ │ + [3] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/as-format-methods.Rd" │ │ │ │ │ + [4] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/coordinate-mapping-methods.Rd" │ │ │ │ │ + [5] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/coverageByTranscript.Rd" │ │ │ │ │ + [6] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/exonicParts.Rd" │ │ │ │ │ + [7] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/extendExonsIntoIntrons.Rd" │ │ │ │ │ + [8] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/extractTranscriptSeqs.Rd" │ │ │ │ │ + [9] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/extractUpstreamSeqs.Rd" │ │ │ │ │ +[10] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/features.Rd" │ │ │ │ │ +[11] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/getPromoterSeq-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[12] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/id2name.Rd" │ │ │ │ │ +[13] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/mapIdsToRanges.Rd" │ │ │ │ │ +[14] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/mapRangesToIds.Rd" │ │ │ │ │ +[15] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/nearest-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[16] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/proteinToGenome.Rd" │ │ │ │ │ +[17] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/select-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[18] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/tRNAs.Rd" │ │ │ │ │ +[19] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptLengths.Rd" │ │ │ │ │ +[20] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptLocs2refLocs.Rd" │ │ │ │ │ +[21] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcripts.Rd" │ │ │ │ │ +[22] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptsBy.Rd" │ │ │ │ │ +[23] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/man/transcriptsByOverlaps.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 48 │ │ │ │ │ +[1] 65 │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFeatures/libs/GenomicFeatures.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --file-header {} │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ OS/ABI: UNIX - System V │ │ │ │ ABI Version: 0 │ │ │ │ Type: DYN (Shared object file) │ │ │ │ Machine: Advanced Micro Devices X86-64 │ │ │ │ Version: 0x1 │ │ │ │ Entry point address: 0x0 │ │ │ │ Start of program headers: 64 (bytes into file) │ │ │ │ - Start of section headers: 147256 (bytes into file) │ │ │ │ + Start of section headers: 147272 (bytes into file) │ │ │ │ Flags: 0x0 │ │ │ │ Size of this header: 64 (bytes) │ │ │ │ Size of program headers: 56 (bytes) │ │ │ │ Number of program headers: 9 │ │ │ │ Size of section headers: 64 (bytes) │ │ │ │ Number of section headers: 37 │ │ │ │ Section header string table index: 36 │ │ │ ├── readelf --wide --sections {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ -There are 37 section headers, starting at offset 0x23f38: │ │ │ │ +There are 37 section headers, starting at offset 0x23f48: │ │ │ │ │ │ │ │ Section Headers: │ │ │ │ [Nr] Name Type Address Off Size ES Flg Lk Inf Al │ │ │ │ [ 0] NULL 0000000000000000 000000 000000 00 0 0 0 │ │ │ │ [ 1] .note.gnu.build-id NOTE 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│ │ │ - 5 (line_strp) (offset: 0xb0): /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ + 0 (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ + 1 (line_strp) (offset: 0x40): /usr/lib/R/site-library/IRanges/include │ │ │ │ + 2 (line_strp) (offset: 0x68): /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ + 3 (line_strp) (offset: 0x91): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ + 4 (line_strp) (offset: 0xac): /usr/share/R/include │ │ │ │ + 5 (line_strp) (offset: 0xc1): /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ │ │ │ │ The File Name Table (offset 0x40, lines 7, columns 2): │ │ │ │ Entry Dir Name │ │ │ │ - 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0xdb): IRanges_stubs.c │ │ │ │ - 1 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0xda): _IRanges_stubs.c │ │ │ │ - 2 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xeb): stddef.h │ │ │ │ - 3 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0xf4): Rdynload.h │ │ │ │ - 4 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0xff): Rinternals.h │ │ │ │ - 5 (udata) 5 (line_strp) (offset: 0x10c): S4Vectors_defines.h │ │ │ │ - 6 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x120): IRanges_defines.h │ │ │ │ + 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0xec): IRanges_stubs.c │ │ │ │ + 1 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0xeb): _IRanges_stubs.c │ │ │ │ + 2 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xfc): stddef.h │ │ │ │ + 3 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x105): Rdynload.h │ │ │ │ + 4 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0x110): Rinternals.h │ │ │ │ + 5 (udata) 5 (line_strp) (offset: 0x11d): S4Vectors_defines.h │ │ │ │ + 6 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x131): IRanges_defines.h │ │ │ │ │ │ │ │ Line Number Statements: │ │ │ │ [0x00000063] Set column to 1 │ │ │ │ [0x00000065] Extended opcode 2: set Address to 0x31f0 │ │ │ │ [0x00000070] Advance Line by 33 to 34 │ │ │ │ [0x00000072] Copy │ │ │ │ [0x00000073] Set is_stmt to 0 │ │ │ │ @@ -1122,25 +1122,25 @@ │ │ │ │ Opcode 9 has 1 arg │ │ │ │ Opcode 10 has 0 args │ │ │ │ Opcode 11 has 0 args │ │ │ │ Opcode 12 has 1 arg │ │ │ │ │ │ │ │ The Directory Table (offset 0x7d7, lines 3, columns 1): │ │ │ │ Entry Name │ │ │ │ - 0 (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ - 1 (line_strp) (offset: 0x80): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ - 2 (line_strp) (offset: 0x9b): /usr/share/R/include │ │ │ │ + 0 (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ + 1 (line_strp) (offset: 0x91): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ + 2 (line_strp) (offset: 0xac): /usr/share/R/include │ │ │ │ │ │ │ │ The File Name Table (offset 0x7e9, lines 5, columns 2): │ │ │ │ Entry Dir Name │ │ │ │ - 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x132): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ - 1 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x132): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ - 2 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0xf4): Rdynload.h │ │ │ │ - 3 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xff): Rinternals.h │ │ │ │ - 4 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x14b): GenomicFeatures.h │ │ │ │ + 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x143): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ + 1 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x143): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ + 2 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x105): Rdynload.h │ │ │ │ + 3 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0x110): Rinternals.h │ │ │ │ + 4 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x15c): GenomicFeatures.h │ │ │ │ │ │ │ │ Line Number Statements: │ │ │ │ [0x00000802] Set column to 1 │ │ │ │ [0x00000804] Extended opcode 2: set Address to 0x3f50 │ │ │ │ [0x0000080f] Advance Line by 16 to 17 │ │ │ │ [0x00000811] Copy │ │ │ │ [0x00000812] Set is_stmt to 0 │ │ │ │ @@ -1179,29 +1179,29 @@ │ │ │ │ Opcode 9 has 1 arg │ │ │ │ Opcode 10 has 0 args │ │ │ │ Opcode 11 has 0 args │ │ │ │ Opcode 12 has 1 arg │ │ │ │ │ │ │ │ The Directory Table (offset 0x840, lines 5, columns 1): │ │ │ │ Entry Name │ │ │ │ - 0 (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ - 1 (line_strp) (offset: 0xb0): /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ - 2 (line_strp) (offset: 0x57): /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ - 3 (line_strp) (offset: 0x80): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ - 4 (line_strp) (offset: 0x9b): /usr/share/R/include │ │ │ │ + 0 (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ + 1 (line_strp) (offset: 0xc1): /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ + 2 (line_strp) (offset: 0x68): /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ + 3 (line_strp) (offset: 0x91): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ + 4 (line_strp) (offset: 0xac): /usr/share/R/include │ │ │ │ │ │ │ │ The File Name Table (offset 0x85a, lines 7, columns 2): │ │ │ │ Entry Dir Name │ │ │ │ - 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x15e): S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ - 1 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x15d): _S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ - 2 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xeb): stddef.h │ │ │ │ - 3 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x170): Complex.h │ │ │ │ - 4 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0xf4): Rdynload.h │ │ │ │ - 5 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0xff): Rinternals.h │ │ │ │ - 6 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x10c): S4Vectors_defines.h │ │ │ │ + 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x16f): S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ + 1 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x16e): _S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ + 2 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xfc): stddef.h │ │ │ │ + 3 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x181): Complex.h │ │ │ │ + 4 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x105): Rdynload.h │ │ │ │ + 5 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0x110): Rinternals.h │ │ │ │ + 6 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x11d): S4Vectors_defines.h │ │ │ │ │ │ │ │ Line Number Statements: │ │ │ │ [0x0000087d] Set column to 1 │ │ │ │ [0x0000087f] Extended opcode 2: set Address to 0x3f70 │ │ │ │ [0x0000088a] Advance Line by 33 to 34 │ │ │ │ [0x0000088c] Copy │ │ │ │ [0x0000088d] Special opcode 61: advance Address by 4 to 0x3f74 and Line by 0 to 34 │ │ │ │ @@ -5246,30 +5246,30 @@ │ │ │ │ Opcode 9 has 1 arg │ │ │ │ Opcode 10 has 0 args │ │ │ │ Opcode 11 has 0 args │ │ │ │ Opcode 12 has 1 arg │ │ │ │ │ │ │ │ The Directory Table (offset 0x255c, lines 5, columns 1): │ │ │ │ Entry Name │ │ │ │ - 0 (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ - 1 (line_strp) (offset: 0x193): /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits │ │ │ │ - 2 (line_strp) (offset: 0x57): /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ - 3 (line_strp) (offset: 0x80): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ - 4 (line_strp) (offset: 0x9b): /usr/share/R/include │ │ │ │ + 0 (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ + 1 (line_strp) (offset: 0x1a4): /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits │ │ │ │ + 2 (line_strp) (offset: 0x68): /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ + 3 (line_strp) (offset: 0x91): /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ + 4 (line_strp) (offset: 0xac): /usr/share/R/include │ │ │ │ │ │ │ │ The File Name Table (offset 0x2576, lines 8, columns 2): │ │ │ │ Entry Dir Name │ │ │ │ - 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x17a): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ - 1 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x17a): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ - 2 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x1b6): stdio2.h │ │ │ │ - 3 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xeb): stddef.h │ │ │ │ - 4 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1bf): Boolean.h │ │ │ │ - 5 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0xff): Rinternals.h │ │ │ │ - 6 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1c9): Arith.h │ │ │ │ - 7 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1d1): Error.h │ │ │ │ + 0 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x18b): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ + 1 (udata) 0 (line_strp) (offset: 0x18b): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ + 2 (udata) 1 (line_strp) (offset: 0x1c7): stdio2.h │ │ │ │ + 3 (udata) 2 (line_strp) (offset: 0xfc): stddef.h │ │ │ │ + 4 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1d0): Boolean.h │ │ │ │ + 5 (udata) 4 (line_strp) (offset: 0x110): Rinternals.h │ │ │ │ + 6 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1da): Arith.h │ │ │ │ + 7 (udata) 3 (line_strp) (offset: 0x1e2): Error.h │ │ │ │ │ │ │ │ Line Number Statements: │ │ │ │ [0x0000259e] Set column to 12 │ │ │ │ [0x000025a0] Extended opcode 2: set Address to 0x7200 │ │ │ │ [0x000025ab] Advance Line by 36 to 37 │ │ │ │ [0x000025ad] Copy │ │ │ │ [0x000025ae] Set column to 2 │ │ │ ├── readelf --wide --debug-dump=info {} │ │ │ │ @@ -7,16 +7,16 @@ │ │ │ │ Abbrev Offset: 0 │ │ │ │ Pointer Size: 8 │ │ │ │ <0>: Abbrev Number: 21 (DW_TAG_compile_unit) │ │ │ │ DW_AT_producer : (strp) (offset: 0x2de): GNU C23 16.2.0 -D _FORTIFY_SOURCE=2 -mtune=generic -march=x86-64 -g -O2 -fpic -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -fcf-protection=full -fasynchronous-unwind-tables │ │ │ │ <11> DW_AT_language : (data1) 29 (C11) │ │ │ │ <12> Unknown AT value: 90: (data1) 3 │ │ │ │ <13> Unknown AT value: 91: (data4) 0x31647 │ │ │ │ - <17> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0xdb): IRanges_stubs.c │ │ │ │ - <1b> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ + <17> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0xec): IRanges_stubs.c │ │ │ │ + <1b> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ <1f> DW_AT_low_pc : (addr) 0x31f0 │ │ │ │ <27> DW_AT_high_pc : (data8) 0xd51 │ │ │ │ <2f> DW_AT_stmt_list : (sec_offset) 0 │ │ │ │ <1><33>: Abbrev Number: 14 (DW_TAG_base_type) │ │ │ │ <34> DW_AT_byte_size : (data1) 8 │ │ │ │ <35> DW_AT_encoding : (data1) 5 (signed) │ │ │ │ <36> DW_AT_name : (strp) (offset: 0x484): long int │ │ │ │ @@ -3196,16 +3196,16 @@ │ │ │ │ Abbrev Offset: 0x193 │ │ │ │ Pointer Size: 8 │ │ │ │ <0><1f21>: Abbrev Number: 12 (DW_TAG_compile_unit) │ │ │ │ <1f22> DW_AT_producer : (strp) (offset: 0x2de): GNU C23 16.2.0 -D _FORTIFY_SOURCE=2 -mtune=generic -march=x86-64 -g -O2 -fpic -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -fcf-protection=full -fasynchronous-unwind-tables │ │ │ │ <1f26> DW_AT_language : (data1) 29 (C11) │ │ │ │ <1f27> Unknown AT value: 90: (data1) 3 │ │ │ │ <1f28> Unknown AT value: 91: (data4) 0x31647 │ │ │ │ - <1f2c> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x132): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ - <1f30> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ + <1f2c> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x143): R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ + <1f30> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ <1f34> DW_AT_low_pc : (addr) 0x3f50 │ │ │ │ <1f3c> DW_AT_high_pc : (data8) 0x17 │ │ │ │ <1f44> DW_AT_stmt_list : (sec_offset) 0x7b5 │ │ │ │ <1><1f48>: Abbrev Number: 1 (DW_TAG_base_type) │ │ │ │ <1f49> DW_AT_byte_size : (data1) 8 │ │ │ │ <1f4a> DW_AT_encoding : (data1) 5 (signed) │ │ │ │ <1f4b> DW_AT_name : (strp) (offset: 0x484): long int │ │ │ │ @@ -3551,16 +3551,16 @@ │ │ │ │ Abbrev Offset: 0x2b6 │ │ │ │ Pointer Size: 8 │ │ │ │ <0><21e1>: Abbrev Number: 31 (DW_TAG_compile_unit) │ │ │ │ <21e2> DW_AT_producer : (strp) (offset: 0x2de): GNU C23 16.2.0 -D _FORTIFY_SOURCE=2 -mtune=generic -march=x86-64 -g -O2 -fpic -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -fcf-protection=full -fasynchronous-unwind-tables │ │ │ │ <21e6> DW_AT_language : (data1) 29 (C11) │ │ │ │ <21e7> Unknown AT value: 90: (data1) 3 │ │ │ │ <21e8> Unknown AT value: 91: (data4) 0x31647 │ │ │ │ - <21ec> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x15e): S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ - <21f0> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ + <21ec> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x16f): S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ + <21f0> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ <21f4> DW_AT_low_pc : (addr) 0x3f70 │ │ │ │ <21fc> DW_AT_high_pc : (data8) 0x3288 │ │ │ │ <2204> DW_AT_stmt_list : (sec_offset) 0x81e │ │ │ │ <1><2208>: Abbrev Number: 23 (DW_TAG_base_type) │ │ │ │ <2209> DW_AT_byte_size : (data1) 8 │ │ │ │ <220a> DW_AT_encoding : (data1) 4 (float) │ │ │ │ <220b> DW_AT_name : (strp) (offset: 0x6ae): double │ │ │ │ @@ -16088,16 +16088,16 @@ │ │ │ │ Abbrev Offset: 0x577 │ │ │ │ Pointer Size: 8 │ │ │ │ <0><9c42>: Abbrev Number: 29 (DW_TAG_compile_unit) │ │ │ │ <9c43> DW_AT_producer : (strp) (offset: 0x2de): GNU C23 16.2.0 -D _FORTIFY_SOURCE=2 -mtune=generic -march=x86-64 -g -O2 -fpic -fstack-protector-strong -fstack-clash-protection -fcf-protection=full -fasynchronous-unwind-tables │ │ │ │ <9c47> DW_AT_language : (data1) 29 (C11) │ │ │ │ <9c48> Unknown AT value: 90: (data1) 3 │ │ │ │ <9c49> Unknown AT value: 91: (data4) 0x31647 │ │ │ │ - <9c4d> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x17a): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ - <9c51> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ + <9c4d> DW_AT_name : (line_strp) (offset: 0x18b): transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ + <9c51> DW_AT_comp_dir : (line_strp) (offset: 0): /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ <9c55> DW_AT_low_pc : (addr) 0x7200 │ │ │ │ <9c5d> DW_AT_high_pc : (data8) 0x766 │ │ │ │ <9c65> DW_AT_stmt_list : (sec_offset) 0x253a │ │ │ │ <1><9c69>: Abbrev Number: 12 (DW_TAG_typedef) │ │ │ │ <9c6a> DW_AT_name : (strp) (offset: 0x187d): ptrdiff_t │ │ │ │ <9c6e> DW_AT_decl_file : (data1) 3 │ │ │ │ <9c6f> DW_AT_decl_line : (data1) 160 │ │ │ ├── strings --all --bytes=8 {} │ │ │ │ @@ -781,15 +781,15 @@ │ │ │ │ R_NaString │ │ │ │ VECTOR_ELT │ │ │ │ ans_length │ │ │ │ decreasing_rank_on_minus_strand0 │ │ │ │ get_nexons │ │ │ │ decreasing_rank_on_minus_strand │ │ │ │ get_transcript_width │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ /usr/lib/R/site-library/IRanges/include │ │ │ │ /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ /usr/share/R/include │ │ │ │ /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ _IRanges_stubs.c │ │ │ │ stddef.h │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -1167,17 +1167,17 @@ │ │ │ │ mov %rdx,%rdi │ │ │ │ jmp *%rax │ │ │ │ cs nopw 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ nopl 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ │ │ │ │ 0000000000003f50 : │ │ │ │ R_init_GenomicFeatures(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/R_init_GenomicFeatures.c:17 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/R_init_GenomicFeatures.c:17 │ │ │ │ endbr64 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/R_init_GenomicFeatures.c:18 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/R_init_GenomicFeatures.c:18 │ │ │ │ xor %r8d,%r8d │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ lea 0x7e20(%rip),%rdx │ │ │ │ xor %esi,%esi │ │ │ │ jmp 3070 │ │ │ │ nopw 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -5295,97 +5295,97 @@ │ │ │ │ add $0x28,%rsp │ │ │ │ /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include/_S4Vectors_stubs.c:719 (discriminator 3) │ │ │ │ jmp *%rax │ │ │ │ nopl 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ │ │ │ │ 0000000000007200 : │ │ │ │ get_transcript_width(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:37 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:37 │ │ │ │ sub $0x38,%rsp │ │ │ │ mov %r13,0x20(%rsp) │ │ │ │ get_nexons(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:11 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:11 │ │ │ │ mov 0x4d88(%rip),%r13 │ │ │ │ get_transcript_width(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:37 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:37 │ │ │ │ mov %rbp,0x10(%rsp) │ │ │ │ mov %rdi,%rbp │ │ │ │ mov %r12,0x18(%rsp) │ │ │ │ mov %rsi,%r12 │ │ │ │ mov %rbx,0x8(%rsp) │ │ │ │ get_nexons(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:11 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:11 │ │ │ │ cmp 0x0(%r13),%rdi │ │ │ │ je 7380 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:13 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:13 │ │ │ │ call 3110 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:13 (discriminator 1) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:13 (discriminator 1) │ │ │ │ test %eax,%eax │ │ │ │ je 73ef │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:14 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:14 │ │ │ │ mov %rbp,%rdi │ │ │ │ call 3030 │ │ │ │ mov %eax,%ebx │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:20 │ │ │ │ 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+/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:29 │ │ │ │ cmp %ebx,%eax │ │ │ │ jne 7344 │ │ │ │ mov %r14,0x28(%rsp) │ │ │ │ mov %r15,0x30(%rsp) │ │ │ │ get_transcript_width(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:41 (discriminator 1) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:41 (discriminator 1) │ │ │ │ cmp $0xffffffff,%ebx │ │ │ │ je 73e0 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ test %ebx,%ebx │ │ │ │ jle 7441 │ │ │ │ lea 0x0(,%rbx,4),%r14 │ │ │ │ xor %r15d,%r15d │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:43 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:43 │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ jmp 72c3 │ │ │ │ nopw 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:46 (discriminator 1) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:46 (discriminator 1) │ │ │ │ mov (%rax,%r15,1),%eax │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:47 (discriminator 1) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:47 (discriminator 1) │ │ │ │ cmp %edx,%eax │ │ │ │ je 72e5 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:66 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:66 │ │ │ │ sub %r13d,%eax │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:67 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:67 │ │ │ │ add $0x1,%eax │ │ │ │ js 7390 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ add $0x4,%r15 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:73 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:73 │ │ │ │ add %eax,%ebx │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:44 (discriminator 2) │ │ │ │ cmp %r14,%r15 │ │ │ │ je 73e0 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:45 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:45 │ │ │ │ mov %rbp,%rdi │ │ │ │ call 30e0 │ │ │ │ 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│ │ │ │ movdqa 0x187c(%rip),%xmm0 │ │ │ │ movaps %xmm0,0x4f25(%rip) │ │ │ │ mov %rax,0x4f2b(%rip) │ │ │ │ C_tlocs2rlocs(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:179 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:179 │ │ │ │ mov $0x1,%edi │ │ │ │ call 30b0 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:180 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:180 │ │ │ │ lea 0x4efd(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x1420(%rip),%rdi │ │ │ │ xor %eax,%eax │ │ │ │ call 3050 │ │ │ │ strand_is_minus(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:106 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:106 │ │ │ │ mov %r12,%rdi │ │ │ │ call 30d0 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:106 (discriminator 1) │ │ │ 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+/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:143 │ │ │ │ test %eax,%eax │ │ │ │ jne 78eb │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:143 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:143 (discriminator 2) │ │ │ │ lea (%rdx,%r14,1),%eax │ │ │ │ C_tlocs2rlocs(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:208 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:208 (discriminator 2) │ │ │ │ mov 0x8(%rsp),%rsi │ │ │ │ mov %eax,(%rsi) │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:191 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:191 (discriminator 2) │ │ │ │ add $0x1,%r12 │ │ │ │ cmp 0x10(%rsp),%r12 │ │ │ │ jne 7730 │ │ │ │ mov 0x38(%rsp),%rbp │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:169 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:169 (discriminator 2) │ │ │ │ add $0x1,%rbp │ │ │ │ cmp 0x48(%rsp),%rbp │ │ │ │ jne 7600 │ │ │ │ mov 0x90(%rsp),%r13 │ │ │ │ mov 0x98(%rsp),%r14 │ │ │ │ mov 0xa0(%rsp),%r15 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:214 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:214 │ │ │ │ mov $0x1,%edi │ │ │ │ call 30b0 │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:216 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:216 │ │ │ │ mov 0x40(%rsp),%rax │ │ │ │ mov 0x78(%rsp),%rbx │ │ │ │ mov 0x80(%rsp),%rbp │ │ │ │ mov 0x88(%rsp),%r12 │ │ │ │ add $0xa8,%rsp │ │ │ │ ret │ │ │ │ nopl 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ tloc2rloc(): │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:124 (discriminator 2) │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:124 (discriminator 2) │ │ │ │ test %eax,%eax │ │ │ │ jle 78e8 │ │ │ │ mov %eax,%esi │ │ │ │ sub $0x1,%eax │ │ │ │ mov %r12,0x28(%rsp) │ │ │ │ mov 0x20(%rsp),%r13 │ │ │ │ lea -0x4(,%rsi,4),%r15 │ │ │ │ @@ -5858,77 +5858,77 @@ │ │ │ │ mov %ebp,%r12d │ │ │ │ mov %r14d,0x30(%rsp) │ │ │ │ mov %r15,%rbp │ │ │ │ lea -0x8(,%rsi,4),%r15 │ │ │ │ jmp 78b4 │ │ │ │ nopl 0x0(%rax,%rax,1) │ │ │ │ sub $0x4,%rbp │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:130 │ │ │ │ +/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src/transcriptLocs2refLocs.c:130 │ │ │ │ sub %eax,%r12d │ │ │ │ -/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfeatures/src/transcriptLocs2refLocs.c:124 (discriminator 2) │ │ │ │ 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Error.h │ │ │ │ + [ 0] /build/reproducible-path/r-bioc-genomicfeatures-1.64.0+dfsg/src │ │ │ │ + [ 40] /usr/lib/R/site-library/IRanges/include │ │ │ │ + [ 68] /usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/16/include │ │ │ │ + [ 91] /usr/share/R/include/R_ext │ │ │ │ + [ ac] /usr/share/R/include │ │ │ │ + [ c1] /usr/lib/R/site-library/S4Vectors/include │ │ │ │ + [ eb] _IRanges_stubs.c │ │ │ │ + [ fc] stddef.h │ │ │ │ + [ 105] Rdynload.h │ │ │ │ + [ 110] Rinternals.h │ │ │ │ + [ 11d] S4Vectors_defines.h │ │ │ │ + [ 131] IRanges_defines.h │ │ │ │ + [ 143] R_init_GenomicFeatures.c │ │ │ │ + [ 15c] GenomicFeatures.h │ │ │ │ + [ 16e] _S4Vectors_stubs.c │ │ │ │ + [ 181] Complex.h │ │ │ │ + [ 18b] transcriptLocs2refLocs.c │ │ │ │ + [ 1a4] /usr/include/x86_64-linux-gnu/bits │ │ │ │ + [ 1c7] stdio2.h │ │ │ │ + [ 1d0] Boolean.h │ │ │ │ + [ 1da] Arith.h │ │ │ │ + [ 1e2] Error.h