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That is, the\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## BSgenomeViews class derives from List and typical list/List\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## operations (e.g. [[, elementNROWS(), unlist(), elementType(),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## etc...) work on these objects:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("is(v12, \"List\") # TRUE\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("v12[[2]]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("head(elementNROWS(v12)) # elementNROWS(v) is the same as width(v)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("unlist(v12) \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("elementType(v12)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/BSgenomeViews-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("unlist(v12) \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("elementType(v12)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/BSgenomeViews-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ SNPlocs-class (list) = structure(list(structure(list(structure("SNPlocs objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("SNPlocs-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:SNPlocs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("SNPlocs-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("SNPlocs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1687,15 +1687,15 @@ │ │ │ │ structure("## are inconsistent with the reference genome (don't ask me why):\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("table(mcols(my_snps)$genome_compat)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## For the inconsistent SNPs, all the alleles reported by dbSNP\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## are considered alternate alleles i.e. for each inconsistent SNP\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## metadata columns \"alleles_as_ambig\" and \"alt_alleles\" represent\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## the same set of nucleotides (the latter being just an expanded\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## representation of the IUPAC ambiguity letter in the former):\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("my_snps[!mcols(my_snps)$genome_compat]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/SNPlocs-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("my_snps[!mcols(my_snps)$genome_compat]\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/SNPlocs-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ XtraSNPlocs-class (list) = structure(list(structure(list(structure("XtraSNPlocs objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("XtraSNPlocs-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:XtraSNPlocs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("XtraSNPlocs-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("XtraSNPlocs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -2093,15 +2093,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## snpsById()\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Get the location and alleles for some RefSNP ids:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("my_rsids <- c(\"rs367617508\", \"rs398104919\", \"rs3831697\", \"rs372470289\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \"rs141568169\", \"rs34628976\", \"rs67551854\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("snpsById(snps, my_rsids, c(\"RefSNP_id\", \"alleles\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## See ?XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38 for more examples of using\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("## snpsBySeqname() and snpsById().\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/XtraSNPlocs-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("## snpsBySeqname() and snpsById().\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/XtraSNPlocs-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ available.genomes (list) = structure(list(structure(list(structure("Find available/installed genomes", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("available.genomes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("available.genomes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("installed.genomes", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getBSgenome", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -2325,15 +2325,15 @@ │ │ │ │ structure("genome\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## Specify a UCSC genome:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("genome <- getBSgenome(\"hg38\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("class(genome) # BSgenome object\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("seqinfo(genome)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome$chrM\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome <- getBSgenome(\"hg38\", masked=TRUE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("class(genome) # MaskedBSgenome object\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("seqinfo(genome)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome$chr22\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/available.genomes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("seqinfo(genome)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome$chr22\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/available.genomes.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ bsapply (list) = structure(list(structure(list(structure("bsapply", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("bsapply", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("bsapply", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("manip", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" Apply a function to each chromosome in a genome.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ @@ -2414,15 +2414,15 @@ │ │ │ │ structure(" }\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ##Enable all standard masks\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" params@maskList <- c(RM=TRUE,TRF=TRUE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bsapply(params)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ##Disable all standard masks\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" params@maskList <- c(AGAPS=FALSE,AMB=FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bsapply(params)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" options(verbose=FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/bsapply.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" options(verbose=FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/bsapply.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ export-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Export a BSgenome object as a FASTA or twoBit file", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("export-methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("export-methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("writeBSgenomeToFasta", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("export,BSgenome,FastaFile,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -2572,15 +2572,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Sanity checks:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("dna0 <- DNAStringSet(as.list(genome))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("system.time(dna1 <- import(out1_file))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("stopifnot(identical(names(dna0), names(dna1)) && all(dna0 == dna1))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("system.time(dna2 <- import(out2_file)) # importing twoBit is 10-20x\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # faster than importing non\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" # compressed FASTA \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("stopifnot(identical(names(dna0), names(dna2)) && all(dna0 == dna2))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/export-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("stopifnot(identical(names(dna0), names(dna2)) && all(dna0 == dna2))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/export-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getSeq-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("getSeq methods for BSgenome and XStringSet objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSeq-methods", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSeq", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSeq,BSgenome-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getSeq,XStringSet-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -3014,15 +3014,15 @@ │ │ │ │ structure("## used after all the chromosomes have been removed from the cache:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("gc()\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## G. USING '[' FOR CONVENIENT EXTRACTION\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("seqs <- getSeq(Celegans)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("seqs[gr1]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("seqs[grl]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/getSeq-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/getSeq-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hideOutput (NULL) = NULL │ │ │ │ │ │ │ │ injectSNPs (list) = structure(list(structure(list(structure("SNP injection", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("injectSNPs", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:InjectSNPsHandler", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -3208,15 +3208,15 @@ │ │ │ │ structure("if (!is_32bit_windows && !is_macosx) {\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" chr1 <- injectHardMask(genome2$chr1)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ambiguous_letters <- paste(DNA_ALPHABET[5:15], collapse=\"\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" lf <- letterFrequencyInSlidingView(chr1, 25, ambiguous_letters)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" sl <- slice(as.integer(lf), lower=25)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" v1 <- Views(chr1, start(sl), end(sl)+24)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" v1\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" max(width(v1)) # length of longest SNP run\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/injectSNPs.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/injectSNPs.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ safeDeparse (closure) = function (obj) │ │ │ │ { │ │ │ │ tryCatch({ │ │ │ │ deparse(obj) │ │ │ │ }, error = function(e) { │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BSgenome/help/BSgenome.rdx │ │ │ ├── BSgenome.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,79 +1,79 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$AdvancedBSgenomeForge │ │ │ │ │ -[1] 288 1089 │ │ │ │ │ +[1] 301 1104 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`BSParams-class` │ │ │ │ │ -[1] 1660 3073 │ │ │ │ │ +[1] 1703 3088 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`BSgenome-class` │ │ │ │ │ -[1] 5013 11543 │ │ │ │ │ +[1] 5085 11556 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`BSgenome-utils` │ │ │ │ │ -[1] 16837 7061 │ │ │ │ │ +[1] 16934 7075 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`BSgenomeViews-class` │ │ │ │ │ -[1] 24182 12990 │ │ │ │ │ +[1] 24308 13003 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`SNPlocs-class` │ │ │ │ │ -[1] 37454 15008 │ │ │ │ │ +[1] 37607 15020 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`XtraSNPlocs-class` │ │ │ │ │ -[1] 52747 12236 │ │ │ │ │ +[1] 52927 12251 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$available.genomes │ │ │ │ │ -[1] 65267 6998 │ │ │ │ │ +[1] 65475 7010 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$bsapply │ │ │ │ │ -[1] 72545 3265 │ │ │ │ │ +[1] 72778 3279 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`export-methods` │ │ │ │ │ -[1] 76094 5001 │ │ │ │ │ +[1] 76355 5014 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`getSeq-methods` │ │ │ │ │ -[1] 81378 14035 │ │ │ │ │ +[1] 81666 14047 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$injectSNPs │ │ │ │ │ -[1] 95694 6461 │ │ │ │ │ +[1] 96009 6474 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references │ │ │ │ │ $references$`env::1` │ │ │ │ │ -[1] 0 288 │ │ │ │ │ +[1] 0 301 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::10` │ │ │ │ │ -[1] 75810 284 │ │ │ │ │ +[1] 76057 298 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::11` │ │ │ │ │ -[1] 81095 283 │ │ │ │ │ +[1] 81369 297 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::12` │ │ │ │ │ -[1] 95413 281 │ │ │ │ │ +[1] 95713 296 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::2` │ │ │ │ │ -[1] 1377 283 │ │ │ │ │ +[1] 1405 298 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::3` │ │ │ │ │ -[1] 4733 280 │ │ │ │ │ +[1] 4791 294 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::4` │ │ │ │ │ -[1] 16556 281 │ │ │ │ │ +[1] 16641 293 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::5` │ │ │ │ │ -[1] 23898 284 │ │ │ │ │ +[1] 24009 299 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::6` │ │ │ │ │ -[1] 37172 282 │ │ │ │ │ +[1] 37311 296 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::7` │ │ │ │ │ -[1] 52462 285 │ │ │ │ │ +[1] 52627 300 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ -[1] 64983 284 │ │ │ │ │ +[1] 65178 297 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 72265 280 │ │ │ │ │ +[1] 72485 293 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/BSgenome/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/AdvancedBSgenomeForge.Rd" │ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/BSParams-class.Rd" │ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/BSgenome-class.Rd" │ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/BSgenome-utils.Rd" │ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/BSgenomeViews-class.Rd" │ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/SNPlocs-class.Rd" │ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/XtraSNPlocs-class.Rd" │ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/available.genomes.Rd" │ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/bsapply.Rd" │ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/export-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[11] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/getSeq-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[12] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-bsgenome/man/injectSNPs.Rd" │ │ │ │ │ + [1] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/AdvancedBSgenomeForge.Rd" │ │ │ │ │ + [2] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/BSParams-class.Rd" │ │ │ │ │ + [3] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/BSgenome-class.Rd" │ │ │ │ │ + [4] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/BSgenome-utils.Rd" │ │ │ │ │ + [5] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/BSgenomeViews-class.Rd" │ │ │ │ │ + [6] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/SNPlocs-class.Rd" │ │ │ │ │ + [7] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/XtraSNPlocs-class.Rd" │ │ │ │ │ + [8] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/available.genomes.Rd" │ │ │ │ │ + [9] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/bsapply.Rd" │ │ │ │ │ +[10] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/export-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[11] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/getSeq-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[12] "/build/reproducible-path/r-bioc-bsgenome-1.80.0+ds/man/injectSNPs.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 41 │ │ │ │ │ +[1] 56