--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdq6J5A7/inputs/r-bioc-ensembldb_2.36.1+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdq6J5A7/out/r-bioc-ensembldb_2.36.1+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-11 14:20:47.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2744 2026-08-11 14:20:47.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 1496700 2026-08-11 14:20:47.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2664 2026-08-11 14:20:47.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1497020 2026-08-11 14:20:47.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 14:20:47.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1596 2026-08-11 14:20:47.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5162 2026-08-11 14:20:47.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1447 2026-08-11 14:20:47.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5077 2026-08-11 14:20:47.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@ │ │ │ Package: r-bioc-ensembldb │ │ │ Version: 2.36.1+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 2339 │ │ │ +Installed-Size: 2338 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10), r-bioc-genomicranges (>= 1.61.1), r-bioc-genomicfeatures (>= 1.61.4), r-bioc-annotationfilter (>= 1.5.2), r-cran-rsqlite (>= 1.1), r-cran-dbi, r-bioc-biobase, r-bioc-seqinfo, r-bioc-genomeinfodb (>= 1.45.5), r-bioc-annotationdbi (>= 1.31.19), r-bioc-rtracklayer (>= 1.69.1), r-bioc-s4vectors (>= 0.23.10), r-bioc-rsamtools, r-bioc-iranges (>= 2.13.24), r-bioc-protgenerics, r-bioc-biostrings (>= 2.77.2), r-cran-curl, r-pkg-team-core-architecture, perl:any │ │ │ -Suggests: r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-testthat, r-bioc-ggbio (>= 1.24.0), r-bioc-gviz (>= 1.20.0), r-cran-rmarkdown, r-bioc-annotationhub │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/ensembldb/ │ │ │ Description: GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database │ │ │ The package provides functions to create and use transcript centric │ │ │ annotation databases/packages. The annotation for the databases are │ │ │ directly fetched from Ensembl using their Perl API. The functionality │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -3,15 +3,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/NEWS │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/YGRanges.RData │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_chromosome.txt ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -10,21 +10,20 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2115 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/Rd.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 123 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/features.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2132 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/hsearch.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1423 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/links.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1444 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2331 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/package.rds │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 478 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 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./usr/lib/R/site-library/ensembldb/YGRanges.RData │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 45 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_chromosome.txt │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 90410 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_exon.txt │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 35534 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_gene.txt │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 308 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_metadata.txt │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 58085 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/chrY/ens_tx.txt │ │ │ @@ -34,30 +33,30 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2506 2026-08-11 14:20:47.000000 ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/MySQL-backend.Rmd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7080 2026-08-11 14:20:47.000000 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./usr/lib/R/site-library/ensembldb/pkg-template/ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -1191,15 +1191,15 @@ │ │ │ │ "imports" = " indexFa = "indexFa"), AnnotationFilter = c(".__T__condition:AnnotationFilter" = ".__T__condition:AnnotationFilter", " │ │ │ │ "imports" = " condition = "condition", ".__T__convertFilter:AnnotationFilter" = ".__T__convertFilter:AnnotationFilter", " │ │ │ │ "imports" = " convertFilter = "convertFilter", ".__T__field:AnnotationFilter" = ".__T__field:AnnotationFilter", " │ │ │ │ "imports" = " field = "field", ".__T__supportedFilters:AnnotationFilter" = ".__T__supportedFilters:AnnotationFilter", " │ │ │ │ "imports" = " supportedFilters = "supportedFilters", ".__T__value:AnnotationFilter" = ".__T__value:AnnotationFilter", " │ │ │ │ "imports" = " value = "value"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/debian/r-bioc-ensembldb/usr/lib/R/site-library/ensembldb"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/debian/r-bioc-ensembldb/usr/lib/R/site-library/ensembldb"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "ensembldb", version = "2.36.1")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/R/ensembldb.rdx │ │ │ ├── ensembldb.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -47,1794 +47,1794 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__UniprotDbFilter │ │ │ │ │ [1] 15894 1397 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__UniprotMappingTypeFilter │ │ │ │ │ [1] 17291 1414 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 30377 52 │ │ │ │ │ +[1] 30386 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 30560 52 │ │ │ │ │ +[1] 30569 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__.cds_for_id2:ensembldb` │ │ │ │ │ -[1] 45184 52 │ │ │ │ │ +[1] 45193 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__.cds_matching_protein:ensembldb` │ │ │ │ │ -[1] 50108 52 │ │ │ │ │ +[1] 50117 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__activeFilter:ensembldb` │ │ │ │ │ -[1] 51917 53 │ │ │ │ │ +[1] 51926 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__addFilter:ensembldb` │ │ │ │ │ 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│ │ │ │ │ -[1] 133024 5367 │ │ │ │ │ +[1] 133033 5367 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::96` │ │ │ │ │ -[1] 138391 5367 │ │ │ │ │ +[1] 138400 5367 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::97` │ │ │ │ │ -[1] 150753 2323 │ │ │ │ │ +[1] 150762 2323 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::98` │ │ │ │ │ -[1] 150478 275 │ │ │ │ │ +[1] 150487 275 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::99` │ │ │ │ │ -[1] 145832 2323 │ │ │ │ │ +[1] 145841 2323 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/doc/index.html │ │ │ @@ -10,52 +10,25 @@ │ │ │ │ │ │
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│ │ │ [Up] │ │ │ [Top] │ │ │
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Vignettes from package 'ensembldb'

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ensembldb::Using a MariaDB/MySQL server backendsource
ensembldb::Use cases for coordinate mapping with ensembldbsource
ensembldb::Mapping between genome, transcript and protein coordinatessource
ensembldb::Generating an using Ensembl based annotation packagessource
ensembldb::Querying protein featuressource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ + │ │ │
MySQL-backend.R
MySQL-backend.Rmd
coordinate-mapping-use-cases.R
coordinate-mapping-use-cases.Rmd
coordinate-mapping.R
coordinate-mapping.Rmd
ensembldb.R
ensembldb.Rmd
proteins.R
proteins.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,16 +1,16 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''eennsseemmbbllddbb'' ********** │ │ │ │ -_e_n_s_e_m_b_l_d_b_:_: Using a MariaDB/MySQL server backend _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_e_n_s_e_m_b_l_d_b_:_: Use cases for coordinate mapping with ensembldb _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_e_n_s_e_m_b_l_d_b_:_: Mapping between genome, transcript and protein _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ - coordinates │ │ │ │ -_e_n_s_e_m_b_l_d_b_:_: Generating an using Ensembl based annotation packages _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ -_e_n_s_e_m_b_l_d_b_:_: Querying protein features _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _M_y_S_Q_L_-_b_a_c_k_e_n_d_._R │ │ │ │ + _M_y_S_Q_L_-_b_a_c_k_e_n_d_._R_m_d │ │ │ │ _c_o_o_r_d_i_n_a_t_e_-_m_a_p_p_i_n_g_-_u_s_e_-_c_a_s_e_s_._R │ │ │ │ + _c_o_o_r_d_i_n_a_t_e_-_m_a_p_p_i_n_g_-_u_s_e_-_c_a_s_e_s_._R_m_d │ │ │ │ _c_o_o_r_d_i_n_a_t_e_-_m_a_p_p_i_n_g_._R │ │ │ │ + _c_o_o_r_d_i_n_a_t_e_-_m_a_p_p_i_n_g_._R_m_d │ │ │ │ _e_n_s_e_m_b_l_d_b_._R │ │ │ │ + _e_n_s_e_m_b_l_d_b_._R_m_d │ │ │ │ _p_r_o_t_e_i_n_s_._R │ │ │ │ + _p_r_o_t_e_i_n_s_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/ensembldb.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -141,15 +141,15 @@ │ │ │ │ structure("of feature should the filter be applied? Supported are ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("\"gene\"", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(",\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("\"tx\"", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" and ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("\"exon\"", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(".", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/Deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/Deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb (list) = structure(list(structure(list(structure("Connect to an EnsDb object", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("EnsDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("EnsDb", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("The ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("EnsDb", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ @@ -191,15 +191,15 @@ │ │ │ │ structure("edb <- EnsDb(dbfile)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("edb\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## Third way: connect to a MySQL database\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure("library(RMariaDB)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("dbcon <- dbConnect(MySQL(), user = my_user, pass = my_pass,\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" host = my_host, dbname = \"ensdb_hsapiens_v86\")\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("edb <- EnsDb(dbcon)\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-AnnotationDbi (list) = structure(list(structure(list(structure("Integration into the AnnotationDbi framework", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("select", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("select", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("select,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("columns,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -507,15 +507,15 @@ │ │ │ │ structure("Y <- select(edb, keys = \"Y\", keytype = \"SEQNAME\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("head(Y)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("nrow(Y)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Get selected columns for all lincRNAs encoded on chromosome Y. Here we use\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## a filter expression to define what data to retrieve.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("Y <- select(edb, keys = ~ seq_name == \"Y\" & gene_biotype == \"lincRNA\",\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" columns = c(\"GENEID\", \"GENEBIOTYPE\", \"TXID\", \"GENENAME\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("head(Y)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("nrow(Y)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-AnnotationDbi.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb-AnnotationDbi.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-class (list) = structure(list(structure(list(structure("Basic usage of an Ensembl based annotation database", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("EnsDb-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("EnsDb-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("dbconn", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("dbconn,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -919,15 +919,15 @@ │ │ │ │ structure("## By default we get also the gene_biotype column as the data was filtered\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## on this column.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## This can be changed using the returnFilterColumns option\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("returnFilterColumns(EnsDb.Hsapiens.v86) <- FALSE\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("genes(EnsDb.Hsapiens.v86, filter=list(SeqNameFilter(\"X\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" GeneBiotypeFilter(\"protein_coding\")),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" columns=c(\"gene_name\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-exonsBy (list) = structure(list(structure(list(structure("Retrieve annotation data from an Ensembl based package", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("exonsBy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("cdsBy", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("cdsBy,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("fiveUTRsByTranscript,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1778,15 +1778,15 @@ │ │ │ │ structure("cds <- cdsBy(edb, by = \"tx\", filter = SeqNameFilter(\"Y\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" columns = c(\"tx_biotype\", \"gene_name\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("#### the 5' untranslated regions:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("fUTRs <- fiveUTRsByTranscript(edb, filter = SeqNameFilter(\"Y\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("#### the 3' untranslated regions with additional column gene_name.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("tUTRs <- threeUTRsByTranscript(edb, filter = SeqNameFilter(\"Y\"),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" columns = \"gene_name\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-exonsBy.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb-exonsBy.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-lengths (list) = structure(list(structure(list(structure("Calculating lengths of features", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("lengthOf", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("lengthOf", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("lengthOf,GRangesList-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("lengthOf,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1889,15 +1889,15 @@ │ │ │ │ structure(" filter = ~ gene_biotype == \"snoRNA\" &\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" seq_name == \"X\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("##### transcriptLengths\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("##\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Calculate the length of transcripts encoded on chromosome Y, including\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## length of the CDS, 5' and 3' UTR.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("len <- transcriptLengths(edb, with.cds_len = TRUE, with.utr5_len = TRUE,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" with.utr3_len = TRUE, filter = SeqNameFilter(\"Y\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("head(len)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-lengths.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("head(len)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), 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mymap\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("seqlevels(edb)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## This allows us also to rename individual chromosomes but keeping all\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## original names for the others.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("options(ensembldb.seqnameNotFound = \"ORIGINAL\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("seqlevels(edb)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-seqlevels.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("seqlevels(edb)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb-seqlevels.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-sequences (list) = structure(list(structure(list(structure("Functionality related to DNA/RNA sequences", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGenomeFaFile", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGenomeFaFile", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGenomeFaFile,EnsDb-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGenomeTwoBitFile", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -2168,15 +2168,15 @@ │ │ │ │ structure(" ## Retrieve a TwoBitFile with the gneomic DNA sequence matching the organism,\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" ## genome release version and, if possible, the Ensembl version of the\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" ## EnsDb object.\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" Dna <- getGenomeTwoBitFile(edb)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" ## Extract the transcript sequence for all transcripts encoded on chromosome\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" ## Y.\n", Rd_tag = "VERB"), structure(" ##extractTranscriptSeqs(Dna, edb, filter=SeqNameFilter(\"Y\"))\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-sequences.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-ensembldb-2.36.1+dfsg/man/EnsDb-sequences.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ EnsDb-utils (list) = structure(list(structure(list(structure("Utility functions", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getGeneRegionTrackForGviz", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ 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│ │ │ │ │ │ │ │ transcriptToGenome (list) = structure(list(structure(list(structure("Map transcript-relative coordinates to genomic coordinates", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("transcriptToGenome", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("transcriptToGenome", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("coordinate mapping functions", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\concept"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ @@ -4845,15 +4845,15 @@ │ │ │ │ structure("# transcriptToGenome(txpos[ind], exons)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("# }, mc.preschedule = TRUE, mc.cores = detectCores() - 1)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("# res <- do.call(c,res_temp)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("cl <- makeCluster(detectCores() - 1)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ 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./usr/lib/R/site-library/ensembldb/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,28 +1,28 @@ │ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/Deprecated.Rd" │ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-AnnotationDbi.Rd" │ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-class.Rd" │ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-exonsBy.Rd" │ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-lengths.Rd" │ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-seqlevels.Rd" │ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-sequences.Rd" │ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb-utils.Rd" │ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/EnsDb.Rd" │ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-ensembldb/man/Filter-classes.Rd" │ │ │ │ │ -[11] 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