--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdDwsFgM/inputs/r-bioc-experimenthub_3.2.0+ds-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdDwsFgM/out/r-bioc-experimenthub_3.2.0+ds-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-11 17:53:22.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1664 2026-08-11 17:53:22.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 204932 2026-08-11 17:53:22.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1600 2026-08-11 17:53:22.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 204740 2026-08-11 17:53:22.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1024 2026-08-11 17:53:22.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2464 2026-08-11 17:53:22.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 939 2026-08-11 17:53:22.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2375 2026-08-11 17:53:22.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@ │ │ │ Package: r-bioc-experimenthub │ │ │ Version: 3.2.0+ds-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 293 │ │ │ +Installed-Size: 292 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10), r-bioc-annotationhub (>= 3.99.3), r-bioc-biocfilecache (>= 2.99.3), r-bioc-s4vectors, r-cran-biocmanager, r-cran-rappdirs, r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-cran-knitr, r-bioc-biocstyle, r-cran-rmarkdown, r-bioc-genomicalignments │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/ExperimentHub/ │ │ │ Description: BioConductor client to access ExperimentHub resources │ │ │ This package provides a client for the Bioconductor ExperimentHub web │ │ │ resource. ExperimentHub provides a central location where curated data │ │ │ from experiments, publications or training courses can be accessed. Each │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -2,15 +2,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/NEWS │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/ExperimentHub.R │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/ExperimentHub.Rmd ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -9,33 +9,32 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 542 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/Rd.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 123 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/features.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 593 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/hsearch.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 319 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/links.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 375 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1502 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/package.rds │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 231 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 950 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/NAMESPACE │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5501 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/NEWS │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1058 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 50231 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 754 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 50241 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 752 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdx │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4037 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/ExperimentHub.R │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 12967 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/ExperimentHub.Rmd │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1647 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/index.html │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1228 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/index.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/help/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 815 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/help/AnIndex │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 22190 2026-08-11 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+-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 182 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/help/paths.rds │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/html/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4054 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/html/00Index.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2133 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/html/R.css │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/scripts/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 14850 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/scripts/testEndpoints_01_25_2024.R │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/share/ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 17:53:22.000000 ./usr/share/doc/ │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -603,15 +603,15 @@ │ │ │ │ "imports" = "".__T__makeBiocFileCacheFromDataFrame:BiocFileCache" = ".__T__makeBiocFileCacheFromDataFrame:BiocFileCache", " │ │ │ │ "imports" = "BiocFileCache = "BiocFileCache", ".__T__bfcrpath:BiocFileCache" = ".__T__bfcrpath:BiocFileCache", " │ │ │ │ "imports" = "bfcmetalist = "bfcmetalist", ".__T__cleanbfc:BiocFileCache" = ".__T__cleanbfc:BiocFileCache", " │ │ │ │ "imports" = "bfcnew = "bfcnew", show = "show", ".__T__bfcsync:BiocFileCache" = ".__T__bfcsync:BiocFileCache", " │ │ │ │ "imports" = "makeCachedActiveBinding = "makeCachedActiveBinding"), tools = c(R_user_dir = "R_user_dir"), " │ │ │ │ "imports" = " rappdirs = c(user_cache_dir = "user_cache_dir"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-experimenthub/debian/r-bioc-experimenthub/usr/lib/R/site-library/ExperimentHub"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-experimenthub-3.2.0+ds/debian/r-bioc-experimenthub/usr/lib/R/site-library/ExperimentHub"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "ExperimentHub", version = "3.2.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/R/ExperimentHub.rdx │ │ │ ├── ExperimentHub.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -14,141 +14,141 @@ │ │ │ │ │ $variables$.SET_HUB │ │ │ │ │ [1] 658 262 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__ExperimentHub │ │ │ │ │ [1] 920 1110 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 10921 52 │ │ │ │ │ +[1] 10931 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 11104 52 │ │ │ │ │ +[1] 11114 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[[:base` │ │ │ │ │ -[1] 28855 52 │ │ │ │ │ +[1] 28865 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__cache:AnnotationHub` │ │ │ │ │ -[1] 32424 53 │ │ │ │ │ +[1] 32434 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__listResources:AnnotationHub` │ │ │ │ │ -[1] 34481 53 │ │ │ │ │ +[1] 34491 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__loadResources:AnnotationHub` │ │ │ │ │ -[1] 37009 53 │ │ │ │ │ +[1] 37019 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__package:AnnotationHub` │ │ │ │ │ -[1] 39654 53 │ │ │ │ │ +[1] 39664 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.filterResources_EH │ │ │ │ │ -[1] 39707 864 │ │ │ │ │ +[1] 39717 864 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.get_ExperimentHub │ │ │ │ │ -[1] 40571 512 │ │ │ │ │ +[1] 40581 512 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.hubAccessorFactory │ │ │ │ │ -[1] 41083 987 │ │ │ │ │ +[1] 41093 987 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.onLoad │ │ │ │ │ -[1] 42070 1708 │ │ │ │ │ +[1] 42080 1708 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.packageName │ │ │ │ │ -[1] 43778 58 │ │ │ │ │ +[1] 43788 58 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.tryload │ │ │ │ │ -[1] 43836 1292 │ │ │ │ │ +[1] 43846 1292 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$ExperimentHub │ │ │ │ │ -[1] 45128 2249 │ │ │ │ │ +[1] 45138 2249 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$createHubAccessors │ │ │ │ │ -[1] 47377 513 │ │ │ │ │ +[1] 47387 513 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$getExperimentHubOption │ │ │ │ │ -[1] 47890 757 │ │ │ │ │ +[1] 47900 757 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$setExperimentHubOption │ │ │ │ │ -[1] 48647 1584 │ │ │ │ │ +[1] 48657 1584 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references │ │ │ │ │ $references$`env::1` │ │ │ │ │ [1] 58 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::10` │ │ │ │ │ -[1] 19135 7979 │ │ │ │ │ +[1] 19145 7979 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::11` │ │ │ │ │ -[1] 31716 708 │ │ │ │ │ +[1] 31726 708 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::12` │ │ │ │ │ -[1] 31457 259 │ │ │ │ │ +[1] 31467 259 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::13` │ │ │ │ │ -[1] 28907 1275 │ │ │ │ │ +[1] 28917 1275 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::14` │ │ │ │ │ -[1] 30182 1275 │ │ │ │ │ +[1] 30192 1275 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::15` │ │ │ │ │ -[1] 33900 581 │ │ │ │ │ +[1] 33910 581 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::16` │ │ │ │ │ -[1] 33639 261 │ │ │ │ │ +[1] 33649 261 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::17` │ │ │ │ │ -[1] 32477 581 │ │ │ │ │ +[1] 32487 581 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::18` │ │ │ │ │ -[1] 33058 581 │ │ │ │ │ +[1] 33068 581 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::19` │ │ │ │ │ -[1] 36271 738 │ │ │ │ │ +[1] 36281 738 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::2` │ │ │ │ │ [1] 475 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::20` │ │ │ │ │ -[1] 36010 261 │ │ │ │ │ +[1] 36020 261 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::21` │ │ │ │ │ -[1] 34534 738 │ │ │ │ │ +[1] 34544 738 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::22` │ │ │ │ │ -[1] 35272 738 │ │ │ │ │ +[1] 35282 738 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::23` │ │ │ │ │ -[1] 38957 697 │ │ │ │ │ +[1] 38967 697 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::24` │ │ │ │ │ -[1] 38706 251 │ │ │ │ │ +[1] 38716 251 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::25` │ │ │ │ │ -[1] 37062 822 │ │ │ │ │ +[1] 37072 822 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::26` │ │ │ │ │ -[1] 37884 822 │ │ │ │ │ +[1] 37894 822 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::3` │ │ │ │ │ -[1] 2325 8596 │ │ │ │ │ +[1] 2325 8606 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::4` │ │ │ │ │ [1] 2030 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::5` │ │ │ │ │ [1] 2161 164 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::6` │ │ │ │ │ -[1] 10973 131 │ │ │ │ │ +[1] 10983 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::7` │ │ │ │ │ -[1] 27371 1484 │ │ │ │ │ +[1] 27381 1484 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ -[1] 27114 257 │ │ │ │ │ +[1] 27124 257 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 11156 7979 │ │ │ │ │ +[1] 11166 7979 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/doc/index.html │ │ │ @@ -10,28 +10,17 @@ │ │ │ │ │ │
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Vignettes from package 'ExperimentHub'

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ExperimentHub::ExperimentHub: Access the ExperimentHub Web Servicesource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │
ExperimentHub.R
ExperimentHub.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,8 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''EExxppeerriimmeennttHHuubb'' ********** │ │ │ │ -_E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_H_u_b_:_: ExperimentHub: Access the ExperimentHub Web Service _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_H_u_b_._R │ │ │ │ + _E_x_p_e_r_i_m_e_n_t_H_u_b_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/ExperimentHub/help/ExperimentHub.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -507,15 +507,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Create an ExperimentHub object\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ehub <- ExperimentHub()\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ehub\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Display packages associated with resources\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" unique(package(ehub))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" query(ehub, \"alpineData\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Search metadata by general terms\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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