--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd0uGrEd/inputs/r-bioc-edaseq_2.46.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderd0uGrEd/out/r-bioc-edaseq_2.46.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-11 23:44:23.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1776 2026-08-11 23:44:23.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 381164 2026-08-11 23:44:23.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1700 2026-08-11 23:44:23.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 381852 2026-08-11 23:44:23.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-11 23:44:23.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1265 2026-08-11 23:44:23.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2337 2026-08-11 23:44:23.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1141 2026-08-11 23:44:23.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2255 2026-08-11 23:44:23.000000 ./md5sums │ │ ├── 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adjust for GC-content │ │ │ effect (or other gene-level effects) on read counts: loess │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -4,15 +4,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/data.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/EDASeq/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/NEWS │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/R/EDASeq │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/R/EDASeq.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/R/EDASeq.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/data/yeastGC.rda │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/EDASeq/data/yeastLength.rda ├── data.tar.xz │ 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Vignettes from package 'EDASeq'

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EDASeq::EDASeq Vignettesource
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EDASeq.R
EDASeq.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,8 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''EEDDAASSeeqq'' ********** │ │ │ │ -_E_D_A_S_e_q_:_: EDASeq Vignette _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _E_D_A_S_e_q_._R │ │ │ │ + _E_D_A_S_e_q_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/EDASeq/help/EDASeq.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -23,15 +23,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("SeqExpressionSet", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" objects are: 'biasPlot', 'meanVarPlot', 'MDPlot'.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("To perform gene-level normalization use the functions 'withinLaneNormalization' and 'betweenLaneNormalization'.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("See the package vignette for a typical Exploratory Data Analysis example.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Davide Risso and Sandrine Dudoit.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("Maintainer: Davide Risso \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("J. H. Bullard, E. A. Purdom, K. D. Hansen and S. Dudoit (2010). Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in mRNA-Seq experiments. BMC Bioinformatics Vol. 11, Article 94.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("D. Risso, K. Schwartz, G. Sherlock and S. Dudoit (2011). GC-Content Normalization for RNA-Seq Data. Technical Report No. 291, Division of Biostatistics, University of California, Berkeley, Berkeley, CA.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/EDASeq-package.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("D. Risso, K. Schwartz, G. Sherlock and S. Dudoit (2011). GC-Content Normalization for RNA-Seq Data. Technical Report No. 291, Division of Biostatistics, University of California, Berkeley, Berkeley, CA.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\references")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/EDASeq-package.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "package", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ MDPlot-methods (list) = structure(list(structure(list(structure(" Methods for Function ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("MDPlot", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" in Package ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("EDASeq", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\pkg"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), structure(list( │ │ │ │ @@ -74,15 +74,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mat <- as.matrix(geneLevelData[sub,])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data <- newSeqExpressionSet(mat,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" phenoData=AnnotatedDataFrame(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data.frame(conditions=factor(c(\"mut\", \"mut\", \"wt\", \"wt\")),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" row.names=colnames(geneLevelData))),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" featureData=AnnotatedDataFrame(data.frame(gc=yeastGC[sub])))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("MDPlot(data,c(1,3))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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structure(".\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/plotNtFrequency-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(".\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/plotNtFrequency-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "methods", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ plotPCA-methods (list) = structure(list(structure(list(structure(" Methods for Function ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("plotPCA", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" in Package ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("EDASeq", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\pkg"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), structure(list( │ │ │ │ @@ -803,15 +803,15 @@ │ │ │ │ structure("data(geneLevelData)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mat <- as.matrix(geneLevelData)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data <- newSeqExpressionSet(mat,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" phenoData=AnnotatedDataFrame(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data.frame(conditions=factor(c(\"mut\", \"mut\", \"wt\", \"wt\")),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" row.names=colnames(geneLevelData))))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotPCA(data, col=rep(1:2, each=2))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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One way to avoid this, is to consider a subset of the file and then plot the quality of the subset. As long as one assumes that the subset is random, this is a good approximation. The function ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure(list(structure("FastqSampler", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" of ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("ShortRead", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ - structure(" can be used for this. See its help page for an example.\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/plotQuality-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" can be used for this. See its help page for an example.\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\section")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/plotQuality-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "methods", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ plotRLE-methods (list) = structure(list(structure(list(structure(" Methods for Function ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("plotRLE", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" in Package ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ structure("EDASeq", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\pkg"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), structure(list( │ │ │ │ @@ -893,15 +893,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mat <- as.matrix(geneLevelData)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data <- newSeqExpressionSet(mat,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" phenoData=AnnotatedDataFrame(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data.frame(conditions=factor(c(\"mut\", \"mut\", \"wt\", \"wt\")),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" row.names=colnames(geneLevelData))))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("plotRLE(data, col=rep(2:3, each=2))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/plotRLE-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/plotRLE-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "methods", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ safeDeparse (closure) = function (obj) │ │ │ │ { │ │ │ │ tryCatch({ │ │ │ │ deparse(obj) │ │ │ │ }, error = function(e) { │ │ │ │ @@ -1009,38 +1009,38 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("mat <- as.matrix(geneLevelData[sub, ])\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data <- newSeqExpressionSet(mat,\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" phenoData=AnnotatedDataFrame(\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" data.frame(conditions=factor(c(\"mut\", \"mut\", \"wt\", \"wt\")),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" row.names=colnames(geneLevelData))),\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" featureData=AnnotatedDataFrame(data.frame(gc=yeastGC[sub])))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("norm <- withinLaneNormalization(data, \"gc\", which=\"full\", offset=FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/withinLaneNormalization-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/withinLaneNormalization-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "methods", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ yeastGC (list) = structure(list(structure(list(structure("GC-content of ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("S. Cerevisiae", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\emph"), │ │ │ │ structure(" genes", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("yeastGC", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("yeastGC", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" This data set gives the GC-content (proportion of G and C) of the genes of ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("S. Cerevisiae", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\emph"), │ │ │ │ structure(",\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\t from SGD release 64 annotation. \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("A vector containing 6717 observations.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\format"), │ │ │ │ structure(list(structure("SGD release 64: ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ - structure(list(structure("http://www.yeastgenome.org", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url")), Rd_tag = "\\source")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-edaseq/man/yeastGC.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("http://www.yeastgenome.org", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\url")), Rd_tag = "\\source")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-edaseq-2.46.0+dfsg/man/yeastGC.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "data", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ yeastLength (list) = structure(list(structure(list(structure("Length of ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("S. 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