--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAFEDEJ/inputs/r-bioc-genomicfiles_1.48.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAFEDEJ/out/r-bioc-genomicfiles_1.48.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-12 00:04:25.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 2144 2026-08-12 00:04:25.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 540580 2026-08-12 00:04:25.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 2080 2026-08-12 00:04:25.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 540680 2026-08-12 00:04:25.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1074 2026-08-12 00:04:25.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4393 2026-08-12 00:04:25.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 992 2026-08-12 00:04:25.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4305 2026-08-12 00:04:25.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@ │ │ │ Package: r-bioc-genomicfiles │ │ │ Version: 1.48.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 789 │ │ │ +Installed-Size: 788 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-biocgenerics, r-bioc-biocparallel, r-bioc-genomicranges, r-bioc-matrixgenerics, r-bioc-rsamtools (>= 2.25.1), r-bioc-rtracklayer (>= 1.69.1), r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.39.1), r-bioc-biocbaseutils, r-bioc-genomeinfodb (>= 1.45.7), r-bioc-genomicalignments (>= 1.45.1), r-bioc-iranges, r-bioc-s4vectors, r-bioc-seqinfo, r-bioc-variantannotation (>= 1.55.1), r-pkg-team-core-architecture │ │ │ -Suggests: r-bioc-biocstyle, r-bioc-biostrings, r-bioc-genefilter, r-cran-knitr, r-cran-runit, r-bioc-snpstats │ │ │ +Suggests: r-bioc-biostrings │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/GenomicFiles/ │ │ │ Description: Distributed computing by file or by range │ │ │ This package provides infrastructure for parallel │ │ │ computations distributed 'by file' or 'by range'. User │ │ │ defined MAPPER and REDUCER functions provide added │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -2,15 +2,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/NEWS │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/README.md │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/GenomicFiles.R ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -9,26 +9,25 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1133 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/Rd.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 123 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/features.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1178 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/hsearch.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 771 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/links.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 639 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/nsInfo.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1824 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/package.rds │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 256 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/Meta/vignette.rds │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1804 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/NAMESPACE │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1849 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/NEWS │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1058 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 525368 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2113 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 525384 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2110 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 67 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/README.md │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9412 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/GenomicFiles.R │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 25423 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/GenomicFiles.Rmd │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1618 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/index.html │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1223 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/index.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1945 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_11.vcf.bgz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 149 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_11.vcf.bgz.tbi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 17634 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_20.vcf.bgz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3647 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_20.vcf.bgz.tbi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11309 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_21.vcf.bgz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2011 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_21.vcf.bgz.tbi │ │ │ @@ -39,18 +38,18 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 12994 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_X.vcf.bgz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3279 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_X.vcf.bgz.tbi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2526 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_Y.vcf.bgz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 258 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/CEUtrio_Y.vcf.bgz.tbi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 332 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/extdata/seqinfo.rds │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/AnIndex │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 62037 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdb │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 393 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdx │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 62296 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdb │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 387 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 759 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/aliases.rds │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 227 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/paths.rds │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 245 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/paths.rds │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/html/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8671 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/html/00Index.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2133 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/html/R.css │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/scripts/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5184 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/scripts/methods-FileManager.R │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/unitTests/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 335 2026-08-12 00:04:25.000000 ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/unitTests/test_GenomicFiles-class.R │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -1648,15 +1648,15 @@ │ │ │ │ "imports" = " bperrorTypes = "bperrorTypes", ".__T__bpprogressbar:BiocParallel" = ".__T__bpprogressbar:BiocParallel", " │ │ │ │ "imports" = " .__C__BPValidate = ".__C__BPValidate", bpoptions = "bpoptions", " │ │ │ │ "imports" = " ".__T__bpthreshold<-:BiocParallel" = ".__T__bpthreshold<-:BiocParallel", " │ │ │ │ "imports" = " bpfallback = "bpfallback", "bpexportvariables<-" = "bpexportvariables<-", " │ │ │ │ "imports" = " .registerOption = ".registerOption"), GenomicAlignments = c(".__T__summarizeOverlaps:GenomicAlignments" = ".__T__summarizeOverlaps:GenomicAlignments", " │ │ │ │ "imports" = " summarizeOverlaps = "summarizeOverlaps"))" │ │ │ │ "lazydata" = "" │ │ │ │ - "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/debian/r-bioc-genomicfiles/usr/lib/R/site-library/GenomicFiles"" │ │ │ │ + "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/debian/r-bioc-genomicfiles/usr/lib/R/site-library/GenomicFiles"" │ │ │ │ "spec" = "c(name = "GenomicFiles", version = "1.48.0")" │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ .__S3MethodsTable__. (environment) = │ │ │ │ { │ │ │ │ } │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/R/GenomicFiles.rdx │ │ │ ├── GenomicFiles.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -5,564 +5,564 @@ │ │ │ │ │ $variables$.__C__RangedVcfStack │ │ │ │ │ [1] 4461 2147 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__C__VcfStack │ │ │ │ │ [1] 6608 1666 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__NAMESPACE__. │ │ │ │ │ -[1] 26795 52 │ │ │ │ │ +[1] 26811 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.__S3MethodsTable__. │ │ │ │ │ -[1] 26978 52 │ │ │ │ │ +[1] 26994 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__.validity:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 27692 52 │ │ │ │ │ +[1] 27708 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__GenomicFiles:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 31692 52 │ │ │ │ │ +[1] 31708 52 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__[:base` │ │ │ │ │ -[1] 111077 53 │ │ │ │ │ +[1] 111093 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__assay:SummarizedExperiment` │ │ │ │ │ -[1] 118178 53 │ │ │ │ │ +[1] 118194 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__colData:SummarizedExperiment` │ │ │ │ │ -[1] 120318 53 │ │ │ │ │ +[1] 120334 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__colData<-:SummarizedExperiment` │ │ │ │ │ -[1] 124981 53 │ │ │ │ │ +[1] 124997 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__dim:base` │ │ │ │ │ -[1] 134159 53 │ │ │ │ │ +[1] 134175 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__dimnames:base` │ │ │ │ │ -[1] 141836 53 │ │ │ │ │ +[1] 141852 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__dimnames<-:base` │ │ │ │ │ -[1] 153961 53 │ │ │ │ │ +[1] 153977 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__files:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 155780 53 │ │ │ │ │ +[1] 155796 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__files<-:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 160506 53 │ │ │ │ │ +[1] 160522 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__pack:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 162460 53 │ │ │ │ │ +[1] 162476 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__reduceByFile:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 166516 53 │ │ │ │ │ +[1] 166532 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__reduceByRange:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 170862 53 │ │ │ │ │ +[1] 170878 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__rowRanges:MatrixGenerics` │ │ │ │ │ -[1] 177285 53 │ │ │ │ │ +[1] 177301 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__rowRanges<-:SummarizedExperiment` │ │ │ │ │ -[1] 183116 53 │ │ │ │ │ +[1] 183132 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__seqinfo:Seqinfo` │ │ │ │ │ -[1] 196000 53 │ │ │ │ │ +[1] 196016 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__seqinfo<-:Seqinfo` │ │ │ │ │ -[1] 217743 53 │ │ │ │ │ +[1] 217759 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__seqlevelsStyle<-:GenomeInfoDb` │ │ │ │ │ -[1] 224183 53 │ │ │ │ │ +[1] 224199 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__show:methods` │ │ │ │ │ -[1] 490687 53 │ │ │ │ │ +[1] 490703 53 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__unpack:GenomicFiles` │ │ │ │ │ -[1] 494746 54 │ │ │ │ │ +[1] 494762 54 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`.__T__vcfFields:VariantAnnotation` │ │ │ │ │ -[1] 498250 54 │ │ │ │ │ +[1] 498266 54 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.fileTypeRegistry │ │ │ │ │ -[1] 498435 54 │ │ │ │ │ +[1] 498451 54 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.onLoad │ │ │ │ │ -[1] 498489 388 │ │ │ │ │ +[1] 498505 388 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.pack │ │ │ │ │ -[1] 498877 2108 │ │ │ │ │ +[1] 498893 2108 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.packageName │ │ │ │ │ -[1] 500985 57 │ │ │ │ │ +[1] 501001 57 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.path1kg │ │ │ │ │ -[1] 501042 1351 │ │ │ │ │ +[1] 501058 1351 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.reduceByFile │ │ │ │ │ -[1] 502393 1646 │ │ │ │ │ +[1] 502409 1646 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.reduceByRange │ │ │ │ │ -[1] 504039 1705 │ │ │ │ │ +[1] 504055 1705 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.reduceByYield_all │ │ │ │ │ -[1] 505744 728 │ │ │ │ │ +[1] 505760 728 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.reduceByYield_iterate │ │ │ │ │ -[1] 506472 1089 │ │ │ │ │ +[1] 506488 1089 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.validRangedVcfStack │ │ │ │ │ -[1] 507561 793 │ │ │ │ │ +[1] 507577 793 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.validSamples │ │ │ │ │ -[1] 508354 1103 │ │ │ │ │ +[1] 508370 1103 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.validVcfStack │ │ │ │ │ -[1] 509457 546 │ │ │ │ │ +[1] 509473 546 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$.validity │ │ │ │ │ -[1] 510003 402 │ │ │ │ │ +[1] 510019 402 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$GenomicFiles │ │ │ │ │ -[1] 510405 431 │ │ │ │ │ +[1] 510421 431 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$REDUCEsampler │ │ │ │ │ -[1] 510836 1416 │ │ │ │ │ +[1] 510852 1416 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$RangedVcfStack │ │ │ │ │ -[1] 512252 1084 │ │ │ │ │ +[1] 512268 1084 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$VcfStack │ │ │ │ │ -[1] 513336 1711 │ │ │ │ │ +[1] 513352 1711 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$files │ │ │ │ │ -[1] 515047 411 │ │ │ │ │ +[1] 515063 411 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`files<-` │ │ │ │ │ -[1] 515458 434 │ │ │ │ │ +[1] 515474 434 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$findTypeRegistry │ │ │ │ │ -[1] 515892 597 │ │ │ │ │ +[1] 515908 597 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$getVCFPath │ │ │ │ │ -[1] 516489 328 │ │ │ │ │ +[1] 516505 328 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$isPacked │ │ │ │ │ -[1] 516817 455 │ │ │ │ │ +[1] 516833 455 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$makeFileType │ │ │ │ │ -[1] 517272 622 │ │ │ │ │ +[1] 517288 622 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$pack │ │ │ │ │ -[1] 517894 410 │ │ │ │ │ +[1] 517910 410 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$paths1kg │ │ │ │ │ -[1] 518304 270 │ │ │ │ │ +[1] 518320 270 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$readVcfStack │ │ │ │ │ -[1] 518574 2520 │ │ │ │ │ +[1] 518590 2520 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceByFile │ │ │ │ │ -[1] 521094 502 │ │ │ │ │ +[1] 521110 502 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceByRange │ │ │ │ │ -[1] 521596 504 │ │ │ │ │ +[1] 521612 504 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceByYield │ │ │ │ │ -[1] 522100 868 │ │ │ │ │ +[1] 522116 868 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceFiles │ │ │ │ │ -[1] 522968 790 │ │ │ │ │ +[1] 522984 790 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceRanges │ │ │ │ │ -[1] 523758 748 │ │ │ │ │ +[1] 523774 748 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$registerFileType │ │ │ │ │ -[1] 524506 427 │ │ │ │ │ +[1] 524522 427 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$unpack │ │ │ │ │ -[1] 524933 435 │ │ │ │ │ +[1] 524949 435 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references │ │ │ │ │ $references$`env::1` │ │ │ │ │ [1] 820 263 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::10` │ │ │ │ │ -[1] 30202 261 │ │ │ │ │ +[1] 30218 261 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::100` │ │ │ │ │ -[1] 347810 725 │ │ │ │ │ +[1] 347826 725 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::101` │ │ │ │ │ -[1] 234659 143 │ │ │ │ │ +[1] 234675 143 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::102` │ │ │ │ │ -[1] 225922 8737 │ │ │ │ │ +[1] 225938 8737 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::103` │ │ │ │ │ -[1] 343045 4765 │ │ │ │ │ +[1] 343061 4765 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::104` │ │ │ │ │ -[1] 250669 59162 │ │ │ │ │ +[1] 250685 59162 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::105` │ │ │ │ │ -[1] 242904 336 │ │ │ │ │ +[1] 242920 336 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::106` │ │ │ │ │ -[1] 235895 7009 │ │ │ │ │ +[1] 235911 7009 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::107` │ │ │ │ │ -[1] 234802 1093 │ │ │ │ │ +[1] 234818 1093 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::108` │ │ │ │ │ -[1] 243240 2276 │ │ │ │ │ +[1] 243256 2276 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::109` │ │ │ │ │ -[1] 245516 4845 │ │ │ │ │ +[1] 245532 4845 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::11` │ │ │ │ │ -[1] 27744 1229 │ │ │ │ │ +[1] 27760 1229 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::110` │ │ │ │ │ -[1] 250361 308 │ │ │ │ │ +[1] 250377 308 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::111` │ │ │ │ │ -[1] 309831 33214 │ │ │ │ │ +[1] 309847 33214 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::112` │ │ │ │ │ -[1] 359603 2513 │ │ │ │ │ +[1] 359619 2513 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::113` │ │ │ │ │ -[1] 359444 159 │ │ │ │ │ +[1] 359460 159 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::114` │ │ │ │ │ -[1] 353810 5634 │ │ │ │ │ +[1] 353826 5634 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::115` │ │ │ │ │ -[1] 367976 143 │ │ │ │ │ +[1] 367992 143 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::116` │ │ │ │ │ -[1] 362842 5134 │ │ │ │ │ +[1] 362858 5134 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::117` │ │ │ │ │ -[1] 362116 726 │ │ │ │ │ +[1] 362132 726 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::118` │ │ │ │ │ -[1] 429724 59128 │ │ │ │ │ +[1] 429740 59128 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::119` │ │ │ │ │ -[1] 493499 1247 │ │ │ │ │ +[1] 493515 1247 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::12` │ │ │ │ │ -[1] 28973 1229 │ │ │ │ │ +[1] 28989 1229 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::120` │ │ │ │ │ -[1] 493234 265 │ │ │ │ │ +[1] 493250 265 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::121` │ │ │ │ │ -[1] 490740 1247 │ │ │ │ │ +[1] 490756 1247 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::122` │ │ │ │ │ -[1] 491987 1247 │ │ │ │ │ +[1] 492003 1247 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::123` │ │ │ │ │ -[1] 497780 470 │ │ │ │ │ +[1] 497796 470 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::124` │ │ │ │ │ -[1] 497514 266 │ │ │ │ │ +[1] 497530 266 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::125` │ │ │ │ │ -[1] 494800 1357 │ │ │ │ │ +[1] 494816 1357 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::126` │ │ │ │ │ -[1] 496157 1357 │ │ │ │ │ +[1] 496173 1357 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::127` │ │ │ │ │ -[1] 498304 131 │ │ │ │ │ +[1] 498320 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::13` │ │ │ │ │ -[1] 107669 3408 │ │ │ │ │ +[1] 107685 3408 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::14` │ │ │ │ │ -[1] 107411 258 │ │ │ │ │ +[1] 107427 258 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::15` │ │ │ │ │ -[1] 39903 33754 │ │ │ │ │ +[1] 39919 33754 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::16` │ │ │ │ │ -[1] 31744 213 │ │ │ │ │ +[1] 31760 213 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::17` │ │ │ │ │ -[1] 31957 210 │ │ │ │ │ +[1] 31973 210 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::18` │ │ │ │ │ -[1] 37326 1463 │ │ │ │ │ +[1] 37342 1463 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::19` │ │ │ │ │ -[1] 36165 1161 │ │ │ │ │ +[1] 36181 1161 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::2` │ │ │ │ │ [1] 0 410 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::20` │ │ │ │ │ -[1] 32167 1999 │ │ │ │ │ +[1] 32183 1999 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::21` │ │ │ │ │ -[1] 34166 1999 │ │ │ │ │ +[1] 34182 1999 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::22` │ │ │ │ │ -[1] 38789 210 │ │ │ │ │ +[1] 38805 210 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::23` │ │ │ │ │ -[1] 38999 210 │ │ │ │ │ +[1] 39015 210 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::24` │ │ │ │ │ -[1] 39209 276 │ │ │ │ │ +[1] 39225 276 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::25` │ │ │ │ │ -[1] 39485 211 │ │ │ │ │ +[1] 39501 211 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::26` │ │ │ │ │ -[1] 39696 207 │ │ │ │ │ +[1] 39712 207 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::27` │ │ │ │ │ -[1] 73657 33754 │ │ │ │ │ +[1] 73673 33754 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::28` │ │ │ │ │ -[1] 116731 1447 │ │ │ │ │ +[1] 116747 1447 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::29` │ │ │ │ │ -[1] 116466 265 │ │ │ │ │ +[1] 116482 265 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::3` │ │ │ │ │ [1] 410 410 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::30` │ │ │ │ │ -[1] 111130 2668 │ │ │ │ │ +[1] 111146 2668 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::31` │ │ │ │ │ -[1] 113798 2668 │ │ │ │ │ +[1] 113814 2668 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::32` │ │ │ │ │ -[1] 119801 517 │ │ │ │ │ +[1] 119817 517 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::33` │ │ │ │ │ -[1] 119533 268 │ │ │ │ │ +[1] 119549 268 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::34` │ │ │ │ │ -[1] 118231 651 │ │ │ │ │ +[1] 118247 651 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::35` │ │ │ │ │ -[1] 118882 651 │ │ │ │ │ +[1] 118898 651 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::36` │ │ │ │ │ -[1] 123994 987 │ │ │ │ │ +[1] 124010 987 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::37` │ │ │ │ │ -[1] 123721 273 │ │ │ │ │ +[1] 123737 273 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::38` │ │ │ │ │ -[1] 120371 1675 │ │ │ │ │ +[1] 120387 1675 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::39` │ │ │ │ │ -[1] 122046 1675 │ │ │ │ │ +[1] 122062 1675 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::4` │ │ │ │ │ -[1] 8567 18228 │ │ │ │ │ +[1] 8567 18244 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::40` │ │ │ │ │ -[1] 133609 550 │ │ │ │ │ +[1] 133625 550 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::41` │ │ │ │ │ -[1] 133354 255 │ │ │ │ │ +[1] 133370 255 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::42` │ │ │ │ │ -[1] 125034 4160 │ │ │ │ │ +[1] 125050 4160 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::43` │ │ │ │ │ -[1] 129194 4160 │ │ │ │ │ +[1] 129210 4160 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::44` │ │ │ │ │ -[1] 141281 555 │ │ │ │ │ +[1] 141297 555 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::45` │ │ │ │ │ -[1] 141024 257 │ │ │ │ │ +[1] 141040 257 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::46` │ │ │ │ │ -[1] 134212 3406 │ │ │ │ │ +[1] 134228 3406 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::47` │ │ │ │ │ -[1] 137618 3406 │ │ │ │ │ +[1] 137634 3406 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::48` │ │ │ │ │ -[1] 153256 705 │ │ │ │ │ +[1] 153272 705 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::49` │ │ │ │ │ -[1] 152997 259 │ │ │ │ │ +[1] 153013 259 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::5` │ │ │ │ │ [1] 8274 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::50` │ │ │ │ │ -[1] 141889 5554 │ │ │ │ │ +[1] 141905 5554 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::51` │ │ │ │ │ -[1] 147443 5554 │ │ │ │ │ +[1] 147459 5554 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::52` │ │ │ │ │ -[1] 155278 502 │ │ │ │ │ +[1] 155294 502 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::53` │ │ │ │ │ -[1] 155018 260 │ │ │ │ │ +[1] 155034 260 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::54` │ │ │ │ │ -[1] 154014 502 │ │ │ │ │ +[1] 154030 502 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::55` │ │ │ │ │ -[1] 154516 502 │ │ │ │ │ +[1] 154532 502 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::56` │ │ │ │ │ -[1] 159035 1471 │ │ │ │ │ +[1] 159051 1471 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::57` │ │ │ │ │ -[1] 158775 260 │ │ │ │ │ +[1] 158791 260 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::58` │ │ │ │ │ -[1] 155833 1471 │ │ │ │ │ +[1] 155849 1471 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::59` │ │ │ │ │ -[1] 157304 1471 │ │ │ │ │ +[1] 157320 1471 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::6` │ │ │ │ │ [1] 8405 162 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::60` │ │ │ │ │ -[1] 161913 547 │ │ │ │ │ +[1] 161929 547 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::61` │ │ │ │ │ -[1] 161653 260 │ │ │ │ │ +[1] 161669 260 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::62` │ │ │ │ │ -[1] 160559 547 │ │ │ │ │ +[1] 160575 547 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::63` │ │ │ │ │ -[1] 161106 547 │ │ │ │ │ +[1] 161122 547 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::64` │ │ │ │ │ -[1] 165270 1246 │ │ │ │ │ +[1] 165286 1246 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::65` │ │ │ │ │ -[1] 165005 265 │ │ │ │ │ +[1] 165021 265 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::66` │ │ │ │ │ -[1] 162513 1246 │ │ │ │ │ +[1] 162529 1246 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::67` │ │ │ │ │ -[1] 163759 1246 │ │ │ │ │ +[1] 163775 1246 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::68` │ │ │ │ │ -[1] 169520 1342 │ │ │ │ │ +[1] 169536 1342 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::69` │ │ │ │ │ -[1] 169253 267 │ │ │ │ │ +[1] 169269 267 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::7` │ │ │ │ │ -[1] 26847 131 │ │ │ │ │ +[1] 26863 131 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::70` │ │ │ │ │ -[1] 166569 1342 │ │ │ │ │ +[1] 166585 1342 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::71` │ │ │ │ │ -[1] 167911 1342 │ │ │ │ │ +[1] 167927 1342 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::72` │ │ │ │ │ -[1] 176896 389 │ │ │ │ │ +[1] 176912 389 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::73` │ │ │ │ │ -[1] 176637 259 │ │ │ │ │ +[1] 176653 259 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::74` │ │ │ │ │ -[1] 170915 2861 │ │ │ │ │ +[1] 170931 2861 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::75` │ │ │ │ │ -[1] 173776 2861 │ │ │ │ │ +[1] 173792 2861 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::76` │ │ │ │ │ -[1] 182333 783 │ │ │ │ │ +[1] 182349 783 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::77` │ │ │ │ │ -[1] 182058 275 │ │ │ │ │ +[1] 182074 275 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::78` │ │ │ │ │ -[1] 177338 2360 │ │ │ │ │ +[1] 177354 2360 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::79` │ │ │ │ │ -[1] 179698 2360 │ │ │ │ │ +[1] 179714 2360 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ -[1] 27030 662 │ │ │ │ │ +[1] 27046 662 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::80` │ │ │ │ │ -[1] 195631 369 │ │ │ │ │ +[1] 195647 369 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::81` │ │ │ │ │ -[1] 195381 250 │ │ │ │ │ +[1] 195397 250 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::82` │ │ │ │ │ -[1] 183169 6106 │ │ │ │ │ +[1] 183185 6106 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::83` │ │ │ │ │ -[1] 189275 6106 │ │ │ │ │ +[1] 189291 6106 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::84` │ │ │ │ │ -[1] 216576 1167 │ │ │ │ │ +[1] 216592 1167 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::85` │ │ │ │ │ -[1] 216319 257 │ │ │ │ │ +[1] 216335 257 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::86` │ │ │ │ │ -[1] 196053 10133 │ │ │ │ │ +[1] 196069 10133 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::87` │ │ │ │ │ -[1] 206186 10133 │ │ │ │ │ +[1] 206202 10133 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::88` │ │ │ │ │ -[1] 223056 1127 │ │ │ │ │ +[1] 223072 1127 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::89` │ │ │ │ │ -[1] 222788 268 │ │ │ │ │ +[1] 222804 268 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 30463 1229 │ │ │ │ │ +[1] 30479 1229 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::90` │ │ │ │ │ -[1] 217796 2496 │ │ │ │ │ +[1] 217812 2496 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::91` │ │ │ │ │ -[1] 220292 2496 │ │ │ │ │ +[1] 220308 2496 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::92` │ │ │ │ │ -[1] 489315 1372 │ │ │ │ │ +[1] 489331 1372 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::93` │ │ │ │ │ -[1] 488852 463 │ │ │ │ │ +[1] 488868 463 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::94` │ │ │ │ │ -[1] 370596 59128 │ │ │ │ │ +[1] 370612 59128 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::95` │ │ │ │ │ -[1] 224236 170 │ │ │ │ │ +[1] 224252 170 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::96` │ │ │ │ │ -[1] 224406 1516 │ │ │ │ │ +[1] 224422 1516 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::97` │ │ │ │ │ -[1] 368119 2477 │ │ │ │ │ +[1] 368135 2477 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::98` │ │ │ │ │ -[1] 353667 143 │ │ │ │ │ +[1] 353683 143 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::99` │ │ │ │ │ -[1] 348535 5132 │ │ │ │ │ +[1] 348551 5132 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/doc/index.html │ │ │ @@ -10,28 +10,17 @@ │ │ │ │ │ │
│ │ │
│ │ │ [Up] │ │ │ [Top] │ │ │
│ │ │

Vignettes from package 'GenomicFiles'

│ │ │ - │ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ -
GenomicFiles::Introduction to GenomicFilessource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │
GenomicFiles.R
GenomicFiles.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,8 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''GGeennoommiiccFFiilleess'' ********** │ │ │ │ -_G_e_n_o_m_i_c_F_i_l_e_s_:_: Introduction to GenomicFiles _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _G_e_n_o_m_i_c_F_i_l_e_s_._R │ │ │ │ + _G_e_n_o_m_i_c_F_i_l_e_s_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -217,15 +217,15 @@ │ │ │ │ structure(" requireNamespace(\"rtracklayer\", quietly=TRUE) ## import, BEDFile\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure(" rtracklayer::import(rtracklayer::BEDFile(fl), which=rng)$name\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("}\n", Rd_tag = "VERB"), structure("REDUCE = unlist\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("xx = reduceFiles(gf, MAP=MAP, REDUCE=REDUCE)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("mcols(rngs) = simplify2array(xx)\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure("## Data and ranges can be stored in a SummarizedExperiment.\n", Rd_tag = "VERB"), │ │ │ │ structure("SummarizedExperiment(list(my=simplify2array(xx)), rowRanges=rngs)\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/GenomicFiles-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/GenomicFiles-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ GenomicFiles-deprecated (list) = structure(list(structure(list(structure("Deprecated functions in package ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("GenomicFiles", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\sQuote")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("GenomicFiles-deprecated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("GenomicFiles-deprecated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("getVCFPath", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -238,15 +238,15 @@ │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(), Rd_tag = "\\item"), structure(list( │ │ │ │ structure("getVCFPath(vs, chrtok): ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("files(vs)[chrtok]", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "LIST"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" ", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\itemize"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/GenomicFiles-deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/GenomicFiles-deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ VcfStack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("VcfStack and RangedVcfStack Objects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("VcfStack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("class:VcfStack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("VcfStack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("RangedVcfStack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -657,15 +657,15 @@ │ │ │ │ structure("stack[c(\"7\", \"11\", \"X\"), 2:3]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## subset with GRanges\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("stack[GRanges(\"20:862167-62858306\")]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("rstack2[]\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("rstack2[,1]\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## HELPERS\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## ---------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("paths1kg(1:3)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/VcfStack-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("paths1kg(1:3)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/VcfStack-class.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = "class", generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ hideOutput (NULL) = NULL │ │ │ │ │ │ │ │ pack-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Range transformations of a ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("GenomicRanges", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" object for \n", Rd_tag = "TEXT"), structure(" optimal file queries.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ @@ -766,15 +766,15 @@ │ │ │ │ structure(" ## Ranges separated by > inter_range_len are partitioned\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## into groups defined by the endpoints of the gap.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" gr2 <- GRanges(\"chr2\", IRanges(c(1:3, 30000:30003), width = 1000))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" pack(gr2, inter_range_len = 20000)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" \n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## Ranges exceeding 'range_len' are isolated in a single element\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## of the GRangesList.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" gr3 <- GRanges(\"chr3\", IRanges(c(1:4), width=c(45, 1e8, 45, 45)))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" width(gr3)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" pack(gr3, range_len = 1e7)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/pack-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" width(gr3)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" pack(gr3, range_len = 1e7)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/pack-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ reduceByFile-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Parallel computations by files", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByFile", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByFile", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByFile,GRanges,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByFile,GRangesList,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1095,15 +1095,15 @@ │ │ │ │ structure(" ## SummarizedExperiment object.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" se <- reduceByFile(gf, MAP=MAP, summarize=TRUE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" se\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Data from the rowRanges, colData and metadata slots in the\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## GenomicFiles are transferred to the SummarizedExperiment.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" colData(se)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Results are in the assays slot named 'data'.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" assays(se) \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByFile-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" assays(se) \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByFile-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ reduceByRange-methods (list) = structure(list(structure(list(structure("Parallel computations by ranges", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByRange", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByRange", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByRange,GRanges,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByRange,GRangesList,ANY-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1461,15 +1461,15 @@ │ │ │ │ structure(" elementNROWS(cov4) ## number of files\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## -----------------------------------------------------------------------\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## reduceRanges:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## This function passes the character vector of all file names to MAP.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## MAP must handle each file separately or invoke a method that operates\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## on a list of files.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## TODO: example\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByRange-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByRange-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ reduceByYield (list) = structure(list(structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(" Iterate through a BAM (or other) file, reducing output to a single result.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByYield", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("reduceByYield", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("REDUCEsampler", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1762,15 +1762,15 @@ │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" fl <- system.file(package=\"Rsamtools\", \"extdata\", \"ex1.bam\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" bf <- BamFile(fl, yieldSize=1000)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" yield <- function(x)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" readGAlignments(x, param=ScanBamParam(what=c( \"qwidth\", \"mapq\" )))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" map <- identity\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Samples records from successive chunks of aligned reads.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" reduceByYield(bf, yield, map, REDUCEsampler(1000, TRUE))\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByYield.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByYield.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ registry-utils (list) = structure(list(structure(list(structure("Functions for creating and searching a registry of file types.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("registry-utils", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("registry-utils", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("registerFileType", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("findTypeRegistry", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ @@ -1859,15 +1859,15 @@ │ │ │ │ structure(": A List-type object defined in the registry. \n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## At load time the registry is populated with file types\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("## known to GenomicFiles.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("sapply(as.list(.fileTypeRegistry), \"[\", \"type\")\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Add a new class to the file register.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(list(structure("registerFileType(NewClassList, NewPackage, \"\\.NewExtension$\")", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/registry-utils.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/registry-utils.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ safeDeparse (closure) = function (obj) │ │ │ │ { │ │ │ │ tryCatch({ │ │ │ │ deparse(obj) │ │ │ │ }, error = function(e) { │ │ │ │ @@ -1940,10 +1940,10 @@ │ │ │ │ structure(" } \n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## Compute coverage on the packed ranges.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" dat <- bplapply(as.list(pk), FUN, fl = fl, param = ScanBamParam())\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## The result list contains RleLists of coverage.\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" lapply(dat, class)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(" ## unpack() transforms the results back to the order of \n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure(" ## the original ranges (i.e., unpacked 'gr').\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure(" unpack(dat, pk)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/unpack-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(" unpack(dat, pk)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/unpack-methods.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = ""), prepared = 3L) │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/GenomicFiles.rdx │ │ │ ├── GenomicFiles.rdx-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,61 +1,61 @@ │ │ │ │ │ $variables │ │ │ │ │ $variables$`GenomicFiles-class` │ │ │ │ │ -[1] 278 7043 │ │ │ │ │ +[1] 290 7058 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`GenomicFiles-deprecated` │ │ │ │ │ -[1] 7604 1020 │ │ │ │ │ +[1] 7643 1040 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`VcfStack-class` │ │ │ │ │ -[1] 8904 12009 │ │ │ │ │ +[1] 8975 12025 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`pack-methods` │ │ │ │ │ -[1] 21194 3594 │ │ │ │ │ +[1] 21293 3607 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`reduceByFile-methods` │ │ │ │ │ -[1] 25073 9814 │ │ │ │ │ +[1] 25199 9831 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`reduceByRange-methods` │ │ │ │ │ -[1] 35174 10718 │ │ │ │ │ +[1] 35329 10732 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$reduceByYield │ │ │ │ │ -[1] 46175 9365 │ │ │ │ │ +[1] 46355 9381 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`registry-utils` │ │ │ │ │ -[1] 55821 3231 │ │ │ │ │ +[1] 56030 3250 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $variables$`unpack-methods` │ │ │ │ │ -[1] 59335 2702 │ │ │ │ │ +[1] 59574 2722 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references │ │ │ │ │ $references$`env::1` │ │ │ │ │ -[1] 0 278 │ │ │ │ │ +[1] 0 290 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::2` │ │ │ │ │ -[1] 7321 283 │ │ │ │ │ +[1] 7348 295 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::3` │ │ │ │ │ -[1] 8624 280 │ │ │ │ │ +[1] 8683 292 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::4` │ │ │ │ │ -[1] 20913 281 │ │ │ │ │ +[1] 21000 293 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::5` │ │ │ │ │ -[1] 24788 285 │ │ │ │ │ +[1] 24900 299 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::6` │ │ │ │ │ -[1] 34887 287 │ │ │ │ │ +[1] 35030 299 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::7` │ │ │ │ │ -[1] 45892 283 │ │ │ │ │ +[1] 46061 294 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::8` │ │ │ │ │ -[1] 55540 281 │ │ │ │ │ +[1] 55736 294 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $references$`env::9` │ │ │ │ │ -[1] 59052 283 │ │ │ │ │ +[1] 59280 294 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ $compressed │ │ │ │ │ [1] TRUE │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/GenomicFiles/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,11 +1,11 @@ │ │ │ │ │ -[1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/GenomicFiles-class.Rd" │ │ │ │ │ -[2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/GenomicFiles-deprecated.Rd" │ │ │ │ │ -[3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/VcfStack-class.Rd" │ │ │ │ │ -[4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/pack-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByFile-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByRange-methods.Rd" │ │ │ │ │ -[7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/reduceByYield.Rd" │ │ │ │ │ -[8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/registry-utils.Rd" │ │ │ │ │ -[9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-genomicfiles/man/unpack-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[1] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/GenomicFiles-class.Rd" │ │ │ │ │ +[2] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/GenomicFiles-deprecated.Rd" │ │ │ │ │ +[3] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/VcfStack-class.Rd" │ │ │ │ │ +[4] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/pack-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[5] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByFile-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[6] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByRange-methods.Rd" │ │ │ │ │ +[7] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/reduceByYield.Rd" │ │ │ │ │ +[8] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/registry-utils.Rd" │ │ │ │ │ +[9] "/build/reproducible-path/r-bioc-genomicfiles-1.48.0+dfsg/man/unpack-methods.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 45 │ │ │ │ │ +[1] 62