--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdcv2c1F/inputs/r-bioc-tximeta_1.30.0+dfsg-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdcv2c1F/out/r-bioc-tximeta_1.30.0+dfsg-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2026-08-12 00:22:00.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 1828 2026-08-12 00:22:00.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 592648 2026-08-12 00:22:00.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 1732 2026-08-12 00:22:00.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 592796 2026-08-12 00:22:00.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2026-08-12 00:22:00.000000 ./ │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1157 2026-08-12 00:22:00.000000 ./control │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2726 2026-08-12 00:22:00.000000 ./md5sums │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 995 2026-08-12 00:22:00.000000 ./control │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2643 2026-08-12 00:22:00.000000 ./md5sums │ │ ├── ./control │ │ │ @@ -1,14 +1,13 @@ │ │ │ Package: r-bioc-tximeta │ │ │ Version: 1.30.0+dfsg-1 │ │ │ Architecture: all │ │ │ Maintainer: Debian R Packages Maintainers │ │ │ -Installed-Size: 804 │ │ │ +Installed-Size: 803 │ │ │ Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.39.1), r-bioc-tximport, r-cran-jsonlite, r-bioc-s4vectors, r-bioc-iranges, r-bioc-genomicranges (>= 1.61.1), r-bioc-annotationdbi, r-cran-dbi, r-bioc-genomicfeatures, r-bioc-txdbmaker, r-bioc-ensembldb, r-bioc-biocfilecache, r-bioc-annotationhub, r-bioc-biostrings, r-cran-tibble, r-bioc-seqinfo, r-cran-matrix │ │ │ -Suggests: r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown, r-cran-testthat, r-bioc-tximportdata (>= 1.37.5), r-bioc-deseq2, r-bioc-edger (>= 4.9.2), r-bioc-limma, r-cran-devtools │ │ │ Section: gnu-r │ │ │ Priority: optional │ │ │ Homepage: https://bioconductor.org/packages/tximeta/ │ │ │ Description: Transcript Quantification Import with Automatic Metadata │ │ │ Transcript quantification import from Salmon and │ │ │ alevin with automatic attachment of transcript ranges and │ │ │ release information, and other associated metadata. De novo │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ │ │ │ ├── line order │ │ │ │ @@ -3,15 +3,14 @@ │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/INDEX │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/Rd.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/features.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/hsearch.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/links.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/nsInfo.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/package.rds │ │ │ │ -usr/lib/R/site-library/tximeta/Meta/vignette.rds │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/NAMESPACE │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/NEWS.md │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/R/tximeta │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/R/tximeta.rdb │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/R/tximeta.rdx │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/README.md │ │ │ │ usr/lib/R/site-library/tximeta/doc/index.html ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -10,38 +10,37 @@ │ │ │ drwxr-xr-x 0 root 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│ │ │
│ │ │ [Up] │ │ │ [Top] │ │ │
│ │ │

Vignettes from package 'tximeta'

│ │ │ - │ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ -│ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ - │ │ │ -
tximeta::tximeta: transcript quantification import with automatic metadatasource
│ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │

Other files in the doc directory

│ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │
tximeta.R
tximeta.Rmd
│ │ │ │ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ ************ VViiggnneetttteess aanndd ootthheerr ddooccuummeennttaattiioonn[[[[RR llooggoo]]]] ************ │ │ │ │ =============================================================================== │ │ │ │ _[_[_U_p_]_]_[_[_T_o_p_]_] │ │ │ │ ********** VViiggnneetttteess ffrroomm ppaacckkaaggee ''ttxxiimmeettaa'' ********** │ │ │ │ -_t_x_i_m_e_t_a_:_: tximeta: transcript quantification import with automatic _s_o_u_r_c_e │ │ │ │ - metadata │ │ │ │ +The package contains no vignette meta-information. │ │ │ │ ********** OOtthheerr ffiilleess iinn tthhee ddoocc ddiirreeccttoorryy ********** │ │ │ │ _t_x_i_m_e_t_a_._R │ │ │ │ + _t_x_i_m_e_t_a_._R_m_d │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/tximeta/help/paths.rds │ │ │ ├── paths.rds-content │ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {} │ │ │ │ │ @@ -1,18 +1,18 @@ │ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/addCDS.Rd" │ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/addExons.Rd" │ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/addIds.Rd" │ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/getTximetaBFC.Rd" │ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/importData.Rd" │ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/inspectDigests.Rd" │ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/linkedTxome.Rd" │ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/linkedTxpData.Rd" │ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/makeDGEList.Rd" │ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/retrieveCDNA.Rd" │ │ │ │ │ -[11] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/retrieveDb.Rd" │ │ │ │ │ -[12] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/splitSE.Rd" │ │ │ │ │ -[13] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/summarizeToGene.Rd" │ │ │ │ │ -[14] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/tximeta-package.Rd" │ │ │ │ │ -[15] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/tximeta.Rd" │ │ │ │ │ -[16] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/updateMetadata.Rd" │ │ │ │ │ + [1] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/addCDS.Rd" │ │ │ │ │ + [2] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/addExons.Rd" │ │ │ │ │ + [3] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/addIds.Rd" │ │ │ │ │ + [4] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/getTximetaBFC.Rd" │ │ │ │ │ + [5] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/importData.Rd" │ │ │ │ │ + [6] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/inspectDigests.Rd" │ │ │ │ │ + [7] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/linkedTxome.Rd" │ │ │ │ │ + [8] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/linkedTxpData.Rd" │ │ │ │ │ + [9] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/makeDGEList.Rd" │ │ │ │ │ +[10] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/retrieveCDNA.Rd" │ │ │ │ │ +[11] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/retrieveDb.Rd" │ │ │ │ │ +[12] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/splitSE.Rd" │ │ │ │ │ +[13] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/summarizeToGene.Rd" │ │ │ │ │ +[14] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/tximeta-package.Rd" │ │ │ │ │ +[15] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/tximeta.Rd" │ │ │ │ │ +[16] "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/updateMetadata.Rd" │ │ │ │ │ attr(,"first") │ │ │ │ │ -[1] 40 │ │ │ │ │ +[1] 57 │ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/tximeta/help/tximeta.rdb │ │ │ ├── Rscript --vanilla - {} │ │ │ │ @@ -26,15 +26,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("addExons", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", this function is designed only\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("for transcript-level objects.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("addCDS(se)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\usage"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list( │ │ │ │ list(structure("se", Rd_tag = "TEXT")), list(structure("the SummarizedExperiment", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ - structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("a SummarizedExperiment\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/addCDS.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("a SummarizedExperiment\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/addCDS.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ addExons (list) = structure(list(structure(list(structure("Add exons to rowRanges of a transcript-level SummarizedExperiment", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("addExons", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("addExons", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("After running ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("tximeta", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ @@ -72,15 +72,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("GRangesList", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(" for the transcripts of this gene, while the object\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("represents transcript-level data, such that the exons are still\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("associated with transcripts.\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("For an example of ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("addExons", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(", please see the tximeta vignette.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), │ │ │ │ - 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See example\n", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -127,15 +127,15 @@ │ │ │ │ list(structure("arguments passed to ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ structure(list(structure("mapIds", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"))), Rd_tag = "\\item"), │ │ │ │ structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\arguments"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("a SummarizedExperiment\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("example(tximeta)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("library(org.Dm.eg.db)\t\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("se <- addIds(se, \"REFSEQ\", gene=FALSE)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-tximeta/man/addIds.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ + structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-tximeta-1.30.0+dfsg/man/addIds.Rd", class = "Rd", meta = list( │ │ │ │ docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L) │ │ │ │ │ │ │ │ getTximetaBFC (list) = structure(list(structure(list(structure("Get or set the directory of the BiocFileCache used by tximeta", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), │ │ │ │ structure(list(structure("getTximetaBFC", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), │ │ │ │ structure(list(structure("getTximetaBFC", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("setTximetaBFC", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Running ", Rd_tag = "TEXT"), │ │ │ │ @@ -166,15 +166,15 @@ │ │ │ │ structure(list(structure("setTximetaBFC", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), │ │ │ │ structure(")\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), │ │ │ │ structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("# getting the BiocFileCache used by tximeta\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("# (may not be set, which uses BiocFileCache default or temp directory)\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("getTximetaBFC()\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ structure("# don't want to actually change user settings so this is not run:\n", Rd_tag = "RCODE"), │ │ │ │ - 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