--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdNTZFkc/inputs/r-bioc-gviz_1.56.0+dfsg-1_all.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdNTZFkc/out/r-bioc-gviz_1.56.0+dfsg-1_all.deb
├── file list
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│ +-rw-r--r--   0        0        0     3124 2026-08-12 18:22:31.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0  5164960 2026-08-12 18:22:31.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -1,3 +1,3 @@
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│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     1502 2026-08-12 18:22:31.000000 ./control
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     6553 2026-08-12 18:22:31.000000 ./md5sums
│ │ ├── ./control
│ │ │ @@ -1,14 +1,14 @@
│ │ │  Package: r-bioc-gviz
│ │ │  Version: 1.56.0+dfsg-1
│ │ │  Architecture: all
│ │ │  Maintainer: Debian R Packages Maintainers <r-pkg-team@alioth-lists.debian.net>
│ │ │ -Installed-Size: 7007
│ │ │ +Installed-Size: 7008
│ │ │  Depends: r-api-4.0, r-api-bioc-3.23, r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25), r-bioc-iranges (>= 1.99.18), r-bioc-genomicranges (>= 1.61.1), r-bioc-xvector (>= 0.5.7), r-bioc-rtracklayer (>= 1.69.1), r-cran-lattice, r-cran-rcolorbrewer, r-bioc-biomart (>= 2.11.0), r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.5), r-bioc-biobase (>= 2.15.3), r-bioc-genomicfeatures (>= 1.61.4), r-bioc-ensembldb (>= 2.11.3), r-bioc-bsgenome (>= 1.77.1), r-bioc-biostrings (>= 2.77.2), r-bioc-biovizbase (>= 1.13.8), r-bioc-rsamtools (>= 2.25.1), r-cran-latticeextra (>= 0.6-26), r-cran-matrixstats (>= 0.8.14), r-bioc-genomicalignments (>= 1.45.1), r-bioc-seqinfo, r-bioc-genomeinfodb, r-bioc-biocgenerics (>= 0.11.3), r-cran-digest (>= 0.6.8), r-pkg-team-core-architecture
│ │ │ -Suggests: r-cran-xml2, r-bioc-biocstyle, r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown, r-cran-testthat
│ │ │ +Suggests: r-cran-xml2, r-cran-knitr, r-cran-rmarkdown
│ │ │  Section: gnu-r
│ │ │  Priority: optional
│ │ │  Homepage: https://bioconductor.org/packages/Gviz/
│ │ │  Description: Plotting data and annotation information along genomic coordinates
│ │ │   Genomic data analyses requires integrated visualization of known
│ │ │   genomic information and new experimental data. Gviz uses the biomaRt and
│ │ │   the rtracklayer packages to perform live annotation queries to Ensembl
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── file list
│ │ │ @@ -16,15 +16,15 @@
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│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     8080 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/NAMESPACE
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│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)  1741863 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/R/Gviz.rdb
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     7385 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/R/Gviz.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     5542 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/README.md
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/data/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     3175 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/data/alTrackGenes.rda
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    96804 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/data/biomTrack.rda
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    96752 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/data/biomTrack2.rda
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│ │ │ @@ -69,31 +69,31 @@
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     4427 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/extdata/test.gff1
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│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)       92 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/extdata/test.wig
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    14409 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/AnIndex
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│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      819 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/Gviz.rdx
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   333142 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/Gviz.rdb
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)      818 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/Gviz.rdx
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)     2536 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/aliases.rds
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│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/html/
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│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/scripts/
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    66299 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/lib/R/site-library/Gviz/scripts/documentation.R
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│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/
│ │ │  drwxr-xr-x   0 root         (0) root         (0)        0 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    70617 2026-08-12 18:19:33.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz-example.png
│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    48567 2026-08-12 18:19:33.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz-logo.png
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│ │ │ --rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   138364 2026-08-12 18:19:33.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz.Rmd
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    70617 2026-04-28 16:09:26.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz-example.png
│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)    48567 2026-04-28 16:09:26.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz-logo.png
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│ │ │ +-rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   138364 2026-04-28 16:09:26.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/Gviz.Rmd
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   966891 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/ucsc1.png
│ │ │  -rw-r--r--   0 root         (0) root         (0)   466578 2026-08-12 18:22:31.000000 ./usr/share/doc/r-bioc-gviz/examples/vignettes/ucsc2.png
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/Gviz/R/Gviz.rdb
│ │ │ ├── Rscript --vanilla - {}
│ │ │ │ @@ -5677,15 +5677,15 @@
│ │ │ │      "imports" = "    import.wig = "import.wig"), rtracklayer = c(seqinfo = "seqinfo"), "
│ │ │ │      "imports" = "    rtracklayer = c(".__T__tableNames:rtracklayer" = ".__T__tableNames:rtracklayer", "
│ │ │ │      "imports" = "    tableNames = "tableNames"), rtracklayer = c(".__T__track:rtracklayer" = ".__T__track:rtracklayer", "
│ │ │ │      "imports" = "    track = "track"), rtracklayer = c(".__T__trackNames:rtracklayer" = ".__T__trackNames:rtracklayer", "
│ │ │ │      "imports" = "    trackNames = "trackNames"), rtracklayer = c(".__T__ucscTableQuery:rtracklayer" = ".__T__ucscTableQuery:rtracklayer", "
│ │ │ │      "imports" = "    ucscTableQuery = "ucscTableQuery"))"
│ │ │ │      "lazydata" = "<environment>"
│ │ │ │ -    "path" = ""/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/debian/r-bioc-gviz/usr/lib/R/site-library/Gviz""
│ │ │ │ +    "path" = ""/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/debian/r-bioc-gviz/usr/lib/R/site-library/Gviz""
│ │ │ │      "spec" = "c(name = "Gviz", version = "1.56.0")"
│ │ │ │  }
│ │ │ │  
│ │ │ │  .__S3MethodsTable__. (environment) = 
│ │ │ │  {
│ │ │ │  }
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/Gviz/R/Gviz.rdx
│ │ │ ├── Gviz.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -152,1908 +152,1908 @@
│ │ │ │ │  $variables$.__C__SequenceTrackOrNULL
│ │ │ │ │  [1] 282853   2624
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__C__StackedTrack
│ │ │ │ │  [1] 285477   3768
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__NAMESPACE__.
│ │ │ │ │ -[1] 305384     53
│ │ │ │ │ +[1] 305395     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.__S3MethodsTable__.
│ │ │ │ │ -[1] 305568     53
│ │ │ │ │ +[1] 305579     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__.buildRange:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 328742     53
│ │ │ │ │ +[1] 328753     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__[:base`
│ │ │ │ │ -[1] 406030     53
│ │ │ │ │ +[1] 406041     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__as.list:base`
│ │ │ │ │ -[1] 422547     53
│ │ │ │ │ +[1] 422558     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__chromosome:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 424943     53
│ │ │ │ │ +[1] 424954     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__chromosome<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 435737     53
│ │ │ │ │ +[1] 435748     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__coerce:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 833298     53
│ │ │ │ │ +[1] 833309     53
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__coerce<-:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 843285     54
│ │ │ │ │ +[1] 843296     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__collapseTrack:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 859335     54
│ │ │ │ │ +[1] 859346     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__consolidateTrack:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 865216     54
│ │ │ │ │ +[1] 865227     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__coords:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 867365     54
│ │ │ │ │ +[1] 867376     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__displayPars:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 869902     54
│ │ │ │ │ +[1] 869913     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__displayPars<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 873674     54
│ │ │ │ │ +[1] 873685     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__drawAxis:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 907685     54
│ │ │ │ │ +[1] 907696     54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__drawGD:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1026114      54
│ │ │ │ │ +[1] 1026125      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__drawGrid:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1031001      54
│ │ │ │ │ +[1] 1031012      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__end:stats`
│ │ │ │ │ -[1] 1037053      54
│ │ │ │ │ +[1] 1037064      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__end<-:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1042382      54
│ │ │ │ │ +[1] 1042393      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__exon:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1044226      54
│ │ │ │ │ +[1] 1044237      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__exon<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1045990      54
│ │ │ │ │ +[1] 1046001      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__feature:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1047992      54
│ │ │ │ │ +[1] 1048003      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__feature<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1049909      54
│ │ │ │ │ +[1] 1049920      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__gene:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1051740      54
│ │ │ │ │ +[1] 1051751      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__gene<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1053501      54
│ │ │ │ │ +[1] 1053512      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__genome:Seqinfo`
│ │ │ │ │ -[1] 1057359      54
│ │ │ │ │ +[1] 1057370      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__genome<-:Seqinfo`
│ │ │ │ │ -[1] 1063836      54
│ │ │ │ │ +[1] 1063847      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__getPar:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1067882      54
│ │ │ │ │ +[1] 1067893      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__group:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1070067      54
│ │ │ │ │ +[1] 1070078      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__group<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1072045      54
│ │ │ │ │ +[1] 1072056      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__identifier:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1075299      54
│ │ │ │ │ +[1] 1075310      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__identifier<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1079732      54
│ │ │ │ │ +[1] 1079743      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__imageMap:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1081521      54
│ │ │ │ │ +[1] 1081532      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__imageMap<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1083466      54
│ │ │ │ │ +[1] 1083477      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__initialize:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 1090730      54
│ │ │ │ │ +[1] 1090741      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__length:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1102885      54
│ │ │ │ │ +[1] 1102896      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__max:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1107905      54
│ │ │ │ │ +[1] 1107916      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__min:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1112418      54
│ │ │ │ │ +[1] 1112429      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__names:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1121587      54
│ │ │ │ │ +[1] 1121598      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__names<-:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1133503      54
│ │ │ │ │ +[1] 1133514      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__position:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1136138      54
│ │ │ │ │ +[1] 1136149      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__range:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1150955      54
│ │ │ │ │ +[1] 1150966      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__ranges:IRanges`
│ │ │ │ │ -[1] 1166888      54
│ │ │ │ │ +[1] 1166899      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__ranges<-:IRanges`
│ │ │ │ │ -[1] 1172846      54
│ │ │ │ │ +[1] 1172857      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__score:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1177336      54
│ │ │ │ │ +[1] 1177347      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__seqinfo:Seqinfo`
│ │ │ │ │ -[1] 1191610      54
│ │ │ │ │ +[1] 1191621      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__seqlevels:Seqinfo`
│ │ │ │ │ -[1] 1195919      54
│ │ │ │ │ +[1] 1195930      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__seqnames:Seqinfo`
│ │ │ │ │ -[1] 1201833      54
│ │ │ │ │ +[1] 1201844      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__setCoverage:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1202582      54
│ │ │ │ │ +[1] 1202593      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__setPar:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1206486      54
│ │ │ │ │ +[1] 1206497      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__setStacks:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1214075      54
│ │ │ │ │ +[1] 1214086      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__show:methods`
│ │ │ │ │ -[1] 1364003      54
│ │ │ │ │ +[1] 1364014      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__split:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1372138      54
│ │ │ │ │ +[1] 1372149      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__stacking:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1373967      54
│ │ │ │ │ +[1] 1373978      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__stacking<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1377480      54
│ │ │ │ │ +[1] 1377491      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__stacks:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1379717      54
│ │ │ │ │ +[1] 1379728      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__start:stats`
│ │ │ │ │ -[1] 1386925      54
│ │ │ │ │ +[1] 1386936      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__start<-:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1392263      54
│ │ │ │ │ +[1] 1392274      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__strand:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1405168      54
│ │ │ │ │ +[1] 1405179      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__strand<-:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1414964      54
│ │ │ │ │ +[1] 1414975      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__subseq:XVector`
│ │ │ │ │ -[1] 1432153      54
│ │ │ │ │ +[1] 1432164      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__subset:base`
│ │ │ │ │ -[1] 1450760      54
│ │ │ │ │ +[1] 1450771      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__symbol:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1452616      54
│ │ │ │ │ +[1] 1452627      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__symbol<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1454403      54
│ │ │ │ │ +[1] 1454414      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__tags:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1456549      54
│ │ │ │ │ +[1] 1456560      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__transcript:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1458418      54
│ │ │ │ │ +[1] 1458429      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__transcript<-:Gviz`
│ │ │ │ │ -[1] 1460205      54
│ │ │ │ │ +[1] 1460216      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__values:S4Vectors`
│ │ │ │ │ -[1] 1463425      54
│ │ │ │ │ +[1] 1463436      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__values<-:S4Vectors`
│ │ │ │ │ -[1] 1466563      54
│ │ │ │ │ +[1] 1466574      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__width:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1473618      54
│ │ │ │ │ +[1] 1473629      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`.__T__width<-:BiocGenerics`
│ │ │ │ │ -[1] 1478820      54
│ │ │ │ │ +[1] 1478831      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.addFeatInfo
│ │ │ │ │ -[1] 1478874    1591
│ │ │ │ │ +[1] 1478885    1591
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.aggregator
│ │ │ │ │ -[1] 1480465    1131
│ │ │ │ │ +[1] 1480476    1131
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.alpha
│ │ │ │ │ -[1] 1481596     746
│ │ │ │ │ +[1] 1481607     746
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.annotationTrackInfo
│ │ │ │ │ -[1] 1482342     879
│ │ │ │ │ +[1] 1482353     879
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.arrowBar
│ │ │ │ │ -[1] 1483221    4259
│ │ │ │ │ +[1] 1483232    4259
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.barsAndLabels
│ │ │ │ │ -[1] 1487480    5492
│ │ │ │ │ +[1] 1487491    5492
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.biomartCurrentVersionTable
│ │ │ │ │ -[1] 1492972    3272
│ │ │ │ │ +[1] 1492983    3272
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.biomartVersionTable
│ │ │ │ │ -[1] 1496244    3870
│ │ │ │ │ +[1] 1496255    3870
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.bmGuid
│ │ │ │ │ -[1] 1500114     474
│ │ │ │ │ +[1] 1500125     474
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.box2Ellipse
│ │ │ │ │ -[1] 1500588    1280
│ │ │ │ │ +[1] 1500599    1280
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.boxes
│ │ │ │ │ -[1] 1501868    3457
│ │ │ │ │ +[1] 1501879    3457
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.buildArgsDf
│ │ │ │ │ -[1] 1505325    1016
│ │ │ │ │ +[1] 1505336    1016
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.buildRange
│ │ │ │ │ -[1] 1506341     468
│ │ │ │ │ +[1] 1506352     468
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.cacheGenomes
│ │ │ │ │ -[1] 1506809    1459
│ │ │ │ │ +[1] 1506820    1459
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.cacheMartData
│ │ │ │ │ -[1] 1508268    3164
│ │ │ │ │ +[1] 1508279    3164
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.cacheTracks
│ │ │ │ │ -[1] 1511432    1783
│ │ │ │ │ +[1] 1511443    1783
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.checkClass
│ │ │ │ │ -[1] 1513215    1386
│ │ │ │ │ +[1] 1513226    1386
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.chooseFace
│ │ │ │ │ -[1] 1514601     245
│ │ │ │ │ +[1] 1514612     245
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.chrName
│ │ │ │ │ -[1] 1514846    2187
│ │ │ │ │ +[1] 1514857    2187
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.collapseAnnotation
│ │ │ │ │ -[1] 1517033    6816
│ │ │ │ │ +[1] 1517044    6816
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.collectSchemes
│ │ │ │ │ -[1] 1523849     857
│ │ │ │ │ +[1] 1523860     857
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.computeAlignments
│ │ │ │ │ -[1] 1524706    2078
│ │ │ │ │ +[1] 1524717    2078
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.computeGroupRange
│ │ │ │ │ -[1] 1526784    5535
│ │ │ │ │ +[1] 1526795    5535
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.convert.summarizedJunctions.to.sashimi.junctions
│ │ │ │ │ -[1] 1532319    4583
│ │ │ │ │ +[1] 1532330    4583
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.covDefault
│ │ │ │ │ -[1] 1536902     351
│ │ │ │ │ +[1] 1536913     351
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.create.summarizedJunctions.for.sashimi.junctions
│ │ │ │ │ -[1] 1537253     326
│ │ │ │ │ +[1] 1537264     326
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.deepCopyPars
│ │ │ │ │ -[1] 1537579     495
│ │ │ │ │ +[1] 1537590     495
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.defaultRange
│ │ │ │ │ -[1] 1538074    5357
│ │ │ │ │ +[1] 1538085    5357
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.defaultVarMap
│ │ │ │ │ -[1] 1543431    2413
│ │ │ │ │ +[1] 1543442    2413
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.doCache
│ │ │ │ │ -[1] 1545844     611
│ │ │ │ │ +[1] 1545855     611
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.dpAliasReverseTable
│ │ │ │ │ -[1] 1546455     451
│ │ │ │ │ +[1] 1546466     451
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.dpAliasTable
│ │ │ │ │ -[1] 1546906     409
│ │ │ │ │ +[1] 1546917     409
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.dpOrDefault
│ │ │ │ │ -[1] 1547315     926
│ │ │ │ │ +[1] 1547326     926
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.dpOrDefaultFont
│ │ │ │ │ -[1] 1548241     843
│ │ │ │ │ +[1] 1548252     843
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.ensemblCache
│ │ │ │ │ -[1] 1549234      54
│ │ │ │ │ +[1] 1549245      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.expBed
│ │ │ │ │ -[1] 1549288    4742
│ │ │ │ │ +[1] 1549299    4742
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.expLabel
│ │ │ │ │ -[1] 1554030    1853
│ │ │ │ │ +[1] 1554041    1853
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.extreme
│ │ │ │ │ -[1] 1555883     345
│ │ │ │ │ +[1] 1555894     345
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.fetchBMData
│ │ │ │ │ -[1] 1556228    7677
│ │ │ │ │ +[1] 1556239    7677
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.fileExtension
│ │ │ │ │ -[1] 1563905     670
│ │ │ │ │ +[1] 1563916     670
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.fillWithDefaults
│ │ │ │ │ -[1] 1564575    1509
│ │ │ │ │ +[1] 1564586    1509
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.filledArrow
│ │ │ │ │ -[1] 1566084    4444
│ │ │ │ │ +[1] 1566095    4444
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.filledBoxes
│ │ │ │ │ -[1] 1570528    1765
│ │ │ │ │ +[1] 1570539    1765
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.findMismatches
│ │ │ │ │ -[1] 1572293    3643
│ │ │ │ │ +[1] 1572304    3643
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.fontGp
│ │ │ │ │ -[1] 1575936    1528
│ │ │ │ │ +[1] 1575947    1528
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.genome2Dataset
│ │ │ │ │ -[1] 1577464     845
│ │ │ │ │ +[1] 1577475     845
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getAnn
│ │ │ │ │ -[1] 1578309     318
│ │ │ │ │ +[1] 1578320     318
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getBMFeatureMap
│ │ │ │ │ -[1] 1578627     657
│ │ │ │ │ +[1] 1578638     657
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getBioColorIdeo
│ │ │ │ │ -[1] 1579284    1104
│ │ │ │ │ +[1] 1579295    1104
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getBiomart
│ │ │ │ │ -[1] 1580388    1767
│ │ │ │ │ +[1] 1580399    1767
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getBiotypeColor
│ │ │ │ │ -[1] 1582155     993
│ │ │ │ │ +[1] 1582166     993
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getCovars
│ │ │ │ │ -[1] 1583148     539
│ │ │ │ │ +[1] 1583159     539
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getGenomeFromGRange
│ │ │ │ │ -[1] 1583687     851
│ │ │ │ │ +[1] 1583698     851
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getImageMap
│ │ │ │ │ -[1] 1584538    1686
│ │ │ │ │ +[1] 1584549    1686
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getPlottingFeatures
│ │ │ │ │ -[1] 1586224    3025
│ │ │ │ │ +[1] 1586235    3025
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.getStringDims
│ │ │ │ │ -[1] 1589249     861
│ │ │ │ │ +[1] 1589260     861
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.handleComposite
│ │ │ │ │ -[1] 1590110    6930
│ │ │ │ │ +[1] 1590121    6930
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.2bit
│ │ │ │ │ -[1] 1597040     837
│ │ │ │ │ +[1] 1597051     837
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.bam
│ │ │ │ │ -[1] 1597877    2888
│ │ │ │ │ +[1] 1597888    2888
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.bam.alignments
│ │ │ │ │ -[1] 1600765    3774
│ │ │ │ │ +[1] 1600776    3774
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.bw
│ │ │ │ │ -[1] 1604539    1014
│ │ │ │ │ +[1] 1604550    1014
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.fasta
│ │ │ │ │ -[1] 1605553    1094
│ │ │ │ │ +[1] 1605564    1094
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.import.gff3
│ │ │ │ │ -[1] 1606647    3981
│ │ │ │ │ +[1] 1606658    3981
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.legendInfo
│ │ │ │ │ -[1] 1610628    1025
│ │ │ │ │ +[1] 1610639    1025
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.makeParMapping
│ │ │ │ │ -[1] 1611653    1073
│ │ │ │ │ +[1] 1611664    1073
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.martCache
│ │ │ │ │ -[1] 1612876      54
│ │ │ │ │ +[1] 1612887      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.missingToNull
│ │ │ │ │ -[1] 1612930     645
│ │ │ │ │ +[1] 1612941     645
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.moreInd
│ │ │ │ │ -[1] 1613575     808
│ │ │ │ │ +[1] 1613586     808
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.myFindOverlaps
│ │ │ │ │ -[1] 1614383     557
│ │ │ │ │ +[1] 1614394     557
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.needsAxis
│ │ │ │ │ -[1] 1614940    1660
│ │ │ │ │ +[1] 1614951    1660
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.needsStacking
│ │ │ │ │ -[1] 1616600     317
│ │ │ │ │ +[1] 1616611     317
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.needsTitle
│ │ │ │ │ -[1] 1616917     889
│ │ │ │ │ +[1] 1616928     889
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.onLoad
│ │ │ │ │ -[1] 1617806     302
│ │ │ │ │ +[1] 1617817     302
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.packageName
│ │ │ │ │ -[1] 1618108      49
│ │ │ │ │ +[1] 1618119      49
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.panel.bwplot
│ │ │ │ │ -[1] 1618157    4359
│ │ │ │ │ +[1] 1618168    4359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.panel.mountain
│ │ │ │ │ -[1] 1622516    3518
│ │ │ │ │ +[1] 1622527    3518
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.panel.polygon
│ │ │ │ │ -[1] 1626034    3061
│ │ │ │ │ +[1] 1626045    3061
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.parMappings
│ │ │ │ │ -[1] 1629095      42
│ │ │ │ │ +[1] 1629106      42
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.prepareDtData
│ │ │ │ │ -[1] 1629137    1774
│ │ │ │ │ +[1] 1629148    1774
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.providerVersion
│ │ │ │ │ -[1] 1630911     389
│ │ │ │ │ +[1] 1630922     389
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.pxResolution
│ │ │ │ │ -[1] 1631300     885
│ │ │ │ │ +[1] 1631311     885
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.ranges2ga
│ │ │ │ │ -[1] 1632185     749
│ │ │ │ │ +[1] 1632196     749
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.recChromosome
│ │ │ │ │ -[1] 1632934     585
│ │ │ │ │ +[1] 1632945     585
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.referenceTrackInfo
│ │ │ │ │ -[1] 1633519     858
│ │ │ │ │ +[1] 1633530     858
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.refseqFilter
│ │ │ │ │ -[1] 1634377      84
│ │ │ │ │ +[1] 1634388      84
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.registerImportFun
│ │ │ │ │ -[1] 1634461     912
│ │ │ │ │ +[1] 1634472     912
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.requireCachedGenerics
│ │ │ │ │ -[1] 1635373      75
│ │ │ │ │ +[1] 1635384      75
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.resize
│ │ │ │ │ -[1] 1635448    1450
│ │ │ │ │ +[1] 1635459    1450
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.resolveColMapping
│ │ │ │ │ -[1] 1636898    1688
│ │ │ │ │ +[1] 1636909    1688
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.roundedCap
│ │ │ │ │ -[1] 1638586    3712
│ │ │ │ │ +[1] 1638597    3712
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.runaggregator
│ │ │ │ │ -[1] 1642298    2613
│ │ │ │ │ +[1] 1642309    2613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.schemes
│ │ │ │ │ -[1] 1649106      54
│ │ │ │ │ +[1] 1649117      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.sequenceTrackInfo
│ │ │ │ │ -[1] 1649160     883
│ │ │ │ │ +[1] 1649171     883
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.setAnn
│ │ │ │ │ -[1] 1650043     905
│ │ │ │ │ +[1] 1650054     905
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.setupTextSize
│ │ │ │ │ -[1] 1650948    8638
│ │ │ │ │ +[1] 1650959    8638
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.strandName
│ │ │ │ │ -[1] 1659586    1464
│ │ │ │ │ +[1] 1659597    1464
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.supportsAlpha
│ │ │ │ │ -[1] 1661050     788
│ │ │ │ │ +[1] 1661061     788
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.ticks
│ │ │ │ │ -[1] 1661838     874
│ │ │ │ │ +[1] 1661849     874
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.transcriptsAreCollapsed
│ │ │ │ │ -[1] 1662712     673
│ │ │ │ │ +[1] 1662723     673
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.ucsc2Ensembl
│ │ │ │ │ -[1] 1663385     775
│ │ │ │ │ +[1] 1663396     775
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.ucscCache
│ │ │ │ │ -[1] 1664310      54
│ │ │ │ │ +[1] 1664321      54
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.updateDp
│ │ │ │ │ -[1] 1664364     763
│ │ │ │ │ +[1] 1664375     763
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.updateObj
│ │ │ │ │ -[1] 1665127    1038
│ │ │ │ │ +[1] 1665138    1038
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.updatePars
│ │ │ │ │ -[1] 1666165    1713
│ │ │ │ │ +[1] 1666176    1713
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.verticalSpace
│ │ │ │ │ -[1] 1667878    1869
│ │ │ │ │ +[1] 1667889    1869
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.whichStrand
│ │ │ │ │ -[1] 1669747     968
│ │ │ │ │ +[1] 1669758     968
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$.z2icol
│ │ │ │ │ -[1] 1670715     527
│ │ │ │ │ +[1] 1670726     527
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$AlignmentsTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1671242    5381
│ │ │ │ │ +[1] 1671253    5381
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$AnnotationTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1676623    4198
│ │ │ │ │ +[1] 1676634    4198
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$BiomartGeneRegionTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1680821    1491
│ │ │ │ │ +[1] 1680832    1491
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$CustomTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1682312     392
│ │ │ │ │ +[1] 1682323     392
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$DataTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1682704    4172
│ │ │ │ │ +[1] 1682715    4172
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$DetailsAnnotationTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1686876     184
│ │ │ │ │ +[1] 1686887     184
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$DisplayPars
│ │ │ │ │ -[1] 1687060     709
│ │ │ │ │ +[1] 1687071     709
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$GeneRegionTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1687769    4040
│ │ │ │ │ +[1] 1687780    4040
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$GenomeAxisTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1691809     423
│ │ │ │ │ +[1] 1691820     423
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$HighlightTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1692232    2149
│ │ │ │ │ +[1] 1692243    2149
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$IdeogramTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1694381     456
│ │ │ │ │ +[1] 1694392     456
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$ImageMap
│ │ │ │ │ -[1] 1694837    1812
│ │ │ │ │ +[1] 1694848    1812
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$OverlayTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1696649     742
│ │ │ │ │ +[1] 1696660     742
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$RNASequenceTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1697391     359
│ │ │ │ │ +[1] 1697402     359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$SequenceTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1697750     359
│ │ │ │ │ +[1] 1697761     359
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$UcscTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1698109    3641
│ │ │ │ │ +[1] 1698120    3641
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$addScheme
│ │ │ │ │ -[1] 1701750     279
│ │ │ │ │ +[1] 1701761     279
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$availableDefaultMapping
│ │ │ │ │ -[1] 1702029     713
│ │ │ │ │ +[1] 1702040     713
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$availableDisplayPars
│ │ │ │ │ -[1] 1702742    1577
│ │ │ │ │ +[1] 1702753    1577
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$chromosome
│ │ │ │ │ -[1] 1704319     419
│ │ │ │ │ +[1] 1704330     419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`chromosome<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1704738     429
│ │ │ │ │ +[1] 1704749     429
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$clearSessionCache
│ │ │ │ │ -[1] 1705167     353
│ │ │ │ │ +[1] 1705178     353
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$collapseTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1705520     426
│ │ │ │ │ +[1] 1705531     426
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$consolidateTrack
│ │ │ │ │ -[1] 1705946     430
│ │ │ │ │ +[1] 1705957     430
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$coords
│ │ │ │ │ -[1] 1706376     415
│ │ │ │ │ +[1] 1706387     415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$devDims
│ │ │ │ │ -[1] 1706791     992
│ │ │ │ │ +[1] 1706802     992
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$devRes
│ │ │ │ │ -[1] 1707783     966
│ │ │ │ │ +[1] 1707794     966
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$displayPars
│ │ │ │ │ -[1] 1708749     434
│ │ │ │ │ +[1] 1708760     434
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`displayPars<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1709183     439
│ │ │ │ │ +[1] 1709194     439
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$drawAxis
│ │ │ │ │ -[1] 1709622     420
│ │ │ │ │ +[1] 1709633     420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$drawGD
│ │ │ │ │ -[1] 1710042     417
│ │ │ │ │ +[1] 1710053     417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$drawGrid
│ │ │ │ │ -[1] 1710459     419
│ │ │ │ │ +[1] 1710470     419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$exon
│ │ │ │ │ -[1] 1710878     415
│ │ │ │ │ +[1] 1710889     415
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`exon<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1711293     422
│ │ │ │ │ +[1] 1711304     422
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$exportTracks
│ │ │ │ │ -[1] 1711715    1309
│ │ │ │ │ +[1] 1711726    1309
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$feature
│ │ │ │ │ -[1] 1713024     418
│ │ │ │ │ +[1] 1713035     418
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`feature<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1713442     429
│ │ │ │ │ +[1] 1713453     429
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$gene
│ │ │ │ │ -[1] 1713871     412
│ │ │ │ │ +[1] 1713882     412
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`gene<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1714283     422
│ │ │ │ │ +[1] 1714294     422
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$getPar
│ │ │ │ │ -[1] 1714705     430
│ │ │ │ │ +[1] 1714716     430
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$getScheme
│ │ │ │ │ -[1] 1715135     440
│ │ │ │ │ +[1] 1715146     440
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$group
│ │ │ │ │ -[1] 1715575     413
│ │ │ │ │ +[1] 1715586     413
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`group<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1715988     420
│ │ │ │ │ +[1] 1715999     420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$identifier
│ │ │ │ │ -[1] 1716408     419
│ │ │ │ │ +[1] 1716419     419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`identifier<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1716827     432
│ │ │ │ │ +[1] 1716838     432
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$imageMap
│ │ │ │ │ -[1] 1717259     420
│ │ │ │ │ +[1] 1717270     420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`imageMap<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1717679     426
│ │ │ │ │ +[1] 1717690     426
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plotTracks
│ │ │ │ │ -[1] 1718105   16870
│ │ │ │ │ +[1] 1718116   16870
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$position
│ │ │ │ │ -[1] 1734975     418
│ │ │ │ │ +[1] 1734986     418
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$setCoverage
│ │ │ │ │ -[1] 1735393     423
│ │ │ │ │ +[1] 1735404     423
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$setPar
│ │ │ │ │ -[1] 1735816     428
│ │ │ │ │ +[1] 1735827     428
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$setStacks
│ │ │ │ │ -[1] 1736244     420
│ │ │ │ │ +[1] 1736255     420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$stacking
│ │ │ │ │ -[1] 1736664     419
│ │ │ │ │ +[1] 1736675     419
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`stacking<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1737083     426
│ │ │ │ │ +[1] 1737094     426
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$stacks
│ │ │ │ │ -[1] 1737509     417
│ │ │ │ │ +[1] 1737520     417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$symbol
│ │ │ │ │ -[1] 1737926     417
│ │ │ │ │ +[1] 1737937     417
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`symbol<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1738343     428
│ │ │ │ │ +[1] 1738354     428
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$tags
│ │ │ │ │ -[1] 1738771     414
│ │ │ │ │ +[1] 1738782     414
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$transcript
│ │ │ │ │ -[1] 1739185     420
│ │ │ │ │ +[1] 1739196     420
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`transcript<-`
│ │ │ │ │ -[1] 1739605     428
│ │ │ │ │ +[1] 1739616     428
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$vpLocation
│ │ │ │ │ -[1] 1740033    1819
│ │ │ │ │ +[1] 1740044    1819
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │  [1] 28668   335
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │  [1] 41271   773
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::100`
│ │ │ │ │ -[1] 465202   1613
│ │ │ │ │ +[1] 465213   1613
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::101`
│ │ │ │ │ -[1] 466815   1316
│ │ │ │ │ +[1] 466826   1316
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::102`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  [1] 101362    143
│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::138`
│ │ │ │ │ -[1] 842635    650
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::14`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │  $references$`env::152`
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│ │ │ │ │  $references$`env::153`
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│ │ │ │ │  
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│ │ │ │ │ -[1] 872523   1151
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::159`
│ │ │ │ │ -[1] 872258    265
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::16`
│ │ │ │ │  [1] 274262    143
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::160`
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::161`
│ │ │ │ │ -[1] 871107   1151
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::162`
│ │ │ │ │ -[1] 896454  11231
│ │ │ │ │ +[1] 896465  11231
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::163`
│ │ │ │ │ -[1] 896190    264
│ │ │ │ │ +[1] 896201    264
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::164`
│ │ │ │ │ -[1] 873728  11231
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::165`
│ │ │ │ │ -[1] 884959  11231
│ │ │ │ │ +[1] 884970  11231
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::166`
│ │ │ │ │ -[1] 986743  39371
│ │ │ │ │ +[1] 986754  39371
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::167`
│ │ │ │ │ -[1] 986481    262
│ │ │ │ │ +[1] 986492    262
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::168`
│ │ │ │ │ -[1] 907739  39371
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│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::169`
│ │ │ │ │ -[1] 947110  39371
│ │ │ │ │ +[1] 947121  39371
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::17`
│ │ │ │ │  [1] 269110   5152
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::170`
│ │ │ │ │ -[1] 1029478    1523
│ │ │ │ │ +[1] 1029489    1523
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::171`
│ │ │ │ │ -[1] 1029214     264
│ │ │ │ │ +[1] 1029225     264
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::172`
│ │ │ │ │ -[1] 1026168    1523
│ │ │ │ │ +[1] 1026179    1523
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::173`
│ │ │ │ │ -[1] 1027691    1523
│ │ │ │ │ +[1] 1027702    1523
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│ │ │ │ │  $compressed
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│ │ │ │          structure("        to = 44946660\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("    )\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/AlignmentsTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("    )\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/AlignmentsTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  AnnotationTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("AnnotationTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("AnnotationTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("AnnotationTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,AnnotationTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ReferenceAnnotationTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -1416,15 +1416,15 @@
│ │ │ │          structure("deTrack <- AnnotationTrack(\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    range = gr, genome = \"hg19\", chromosome = 7,\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    name = \"generic annotation with details per entry\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    stacking = \"squish\", fun = details,\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    details.ratio = 1, selectFun = function(...) {\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("        sample(c(FALSE, TRUE), 1)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    }\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(deTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/AnnotationTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(deTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/AnnotationTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  BiomartGeneRegionTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("BiomartGeneRegionTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("BiomartGeneRegionTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("BiomartGeneRegionTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,BiomartGeneRegionTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("BiomartGeneRegionTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -1685,15 +1685,15 @@
│ │ │ │          structure("plotTracks(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("as(bmTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("as(bmTrack, \"UCSCData\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## HTML image map\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("coords(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("bmTrack <- plotTracks(bmTrack)$foo\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("coords(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/BiomartGeneRegionTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("coords(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(bmTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/BiomartGeneRegionTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  CustomTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("CustomTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("CustomTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("CustomTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,CustomTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("CustomTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -1823,15 +1823,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("plotTracks", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("settings", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Object construction:\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## An empty object\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("CustomTrack()\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/CustomTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("CustomTrack()\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/CustomTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  DataTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("DataTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("DataTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("DataTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,DataTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ReferenceDataTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -2551,15 +2551,15 @@
│ │ │ │          structure("chromosome(subTrack) <- \"chrX\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome(dtTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("genome(subTrack) <- \"mm9\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("range(dtTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("ranges(dtTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## Data\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("values(dtTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("score(dtTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("as(dtTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/DataTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("as(dtTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/DataTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  DisplayPars-class (list) = structure(list(structure(list(structure("DisplayPars: A class to control the plotting parameters for GdObjects", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("DisplayPars-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("DisplayPars-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure(".DisplayPars", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("DisplayPars", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -2810,15 +2810,15 @@
│ │ │ │          structure("## Query parameters\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("displayPars(dp)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("displayPars(dp, \"col\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("getPar(dp, c(\"col\", \"transformation\"))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Modify parameters\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("displayPars(dp) <- list(lty = 1, fontsize = 3)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("setPar(dp, \"pch\", 20)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("dp\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Default parameters\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("availableDisplayPars(\"GenomeAxisTrack\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/DisplayPars-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("availableDisplayPars(\"GenomeAxisTrack\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/DisplayPars-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  GdObject-class (list) = structure(list(structure(list(structure("GdObject class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GdObject-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GdObject-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,GdObject-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("setPar,GdObject,character-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -3608,15 +3608,15 @@
│ │ │ │              structure("## For some annoying reason the postscript device does not know about\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("## the sans font\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("if (!interactive()) {\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("    font <- ps.options()$family\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("    displayPars(annTrack) <- list(fontfamily = font, fontfamily.title = font)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("## Plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GdObject-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("## Plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GdObject-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  GeneRegionTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("GeneRegionTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GeneRegionTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GeneRegionTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,GeneRegionTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ReferenceGeneRegionTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -4391,15 +4391,15 @@
│ │ │ │          structure("plotTracks(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("as(grTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("as(grTrack, \"UCSCData\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## HTML image map\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("coords(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("grTrack <- plotTracks(grTrack)$foo\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("coords(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GeneRegionTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("coords(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("tags(grTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GeneRegionTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  GenomeAxisTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("GenomeAxisTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GenomeAxisTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GenomeAxisTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,GenomeAxisTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("GenomeAxisTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -4689,40 +4689,40 @@
│ │ │ │          structure("    rstart = cyp2b10$start, rends = cyp2b10$end, chromosome = 7, genome = \"mm9\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    transcript = cyp2b10$transcript, gene = cyp2b10$gene, symbol = cyp2b10$symbol,\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    name = \"Cyp2b10\", strand = cyp2b10$strand\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure(")\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("plotTracks(list(grTrack, GenomeAxisTrack()))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("plotTracks(list(grTrack, GenomeAxisTrack(scale = 0.1)))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("plotTracks(list(grTrack, GenomeAxisTrack(scale = 5000)))\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("plotTracks(list(grTrack, GenomeAxisTrack(scale = 0.5, labelPos = \"below\")))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GenomeAxisTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("plotTracks(list(grTrack, GenomeAxisTrack(scale = 0.5, labelPos = \"below\")))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GenomeAxisTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  Gviz-defunct (list) = structure(list(structure(list(structure("Defunct functions in package ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz-defunct", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz-defunct", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("These functions are defunct and no longer available.\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(list(structure("Defunct functions are:", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                  structure("(none)\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\subsection"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/Gviz-defunct.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/Gviz-defunct.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  Gviz-deprecated (list) = structure(list(structure(list(structure("Deprecated functions in package ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz-deprecated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("Gviz-deprecated", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("These functions are provided for compatibility with older\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("versions of ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │              structure("Gviz", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure(" only, and will be defunct at the next release.\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(list(structure("The following functions are deprecated and will be made defunct (use the replacement indicated below):", Rd_tag = "TEXT")), 
│ │ │ │              list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                  structure("(none)\n", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\subsection"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/Gviz-deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/Gviz-deprecated.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  HighlightTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("HighlightTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("HighlightTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("HighlightTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,HighlightTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("HighlightTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -4990,15 +4990,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("settings", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Object construction:\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("set.seed(123)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("dat <- runif(100, min = -2, max = 22)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("gt <- GenomeAxisTrack()\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("dt <- DataTrack(data = dat, start = sort(sample(200, 100)), width = 1, genome = \"hg19\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("ht <- HighlightTrack(trackList = list(gt, dt))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/HighlightTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("ht <- HighlightTrack(trackList = list(gt, dt))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/HighlightTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  IdeogramTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("IdeogramTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("IdeogramTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("IdeogramTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("IdeogramTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("drawGD,IdeogramTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -5145,15 +5145,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("genome(idTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure(list(
│ │ │ │              structure("\n", Rd_tag = "VERB"), structure("genome(id) <- \"hg19\"\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("range(idTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("ranges(idTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Annotation\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("values(idTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("as(idTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/IdeogramTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("## coercion\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("as(idTrack, \"data.frame\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/IdeogramTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  ImageMap-class (list) = structure(list(structure(list(structure("ImageMap: HTML image map information", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ImageMap-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ImageMap-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("coords", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("coords,NULL-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -5232,15 +5232,15 @@
│ │ │ │                      structure(", the individual HTML tags for the image map.\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                      structure("The value of each list item has to be a named character vector,\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                      structure("where the names must match back into the row names of the ", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │                      structure(list(structure("coords", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │                      structure(" matrix", Rd_tag = "TEXT"))), Rd_tag = "\\item"), 
│ │ │ │                  structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\describe"))), Rd_tag = "\\section"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Not provided. This is an internal structure.\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/ImageMap-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/ImageMap-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  NumericTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("NumericTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("NumericTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("NumericTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("drawAxis,NumericTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("drawGrid,NumericTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -5354,15 +5354,15 @@
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("grouping", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("panel.grid", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("plotTracks", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("settings", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/NumericTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/NumericTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  OverlayTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("OverlayTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("OverlayTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("OverlayTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,OverlayTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("OverlayTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -5527,15 +5527,15 @@
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("settings", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Object construction:\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("set.seed(123)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("dat <- runif(100, min = -2, max = 22)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("dt1 <- DataTrack(data = dat, start = sort(sample(200, 100)), width = 1, genome = \"hg19\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("dt2 <- DataTrack(data = dat, start = sort(sample(200, 100)), width = 1, genome = \"hg19\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("ot <- OverlayTrack(trackList = list(dt1, dt2))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/OverlayTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("ot <- OverlayTrack(trackList = list(dt1, dt2))\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/OverlayTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  RangeTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("RangeTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("RangeTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("RangeTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,RangeTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ranges,RangeTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -5970,15 +5970,15 @@
│ │ │ │              structure("## For some annoying reason the postscript device does not know about\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("## the sans font\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("if (!interactive()) {\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("    font <- ps.options()$family\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("    displayPars(annTrack) <- list(fontfamily = font, fontfamily.title = font)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("## Plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/RangeTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("## Plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/RangeTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  ReferenceTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("ReferenceTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("availableDefaultMapping", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("availableDefaultMapping", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ReferenceTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,ReferenceTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -6121,15 +6121,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("# This is a reference class, below example from AlignmentsTrack\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("afrom <- 2960000\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("ato <- 3160000\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("alTrack <- AlignmentsTrack(system.file(\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    package = \"Gviz\", \"extdata\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    \"gapped.bam\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("), isPaired = TRUE)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("plotTracks(alTrack, from = afrom, to = ato, chromosome = \"chr12\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/ReferenceTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("plotTracks(alTrack, from = afrom, to = ato, chromosome = \"chr12\")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/ReferenceTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  SequenceTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("SequenceTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("SequenceTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("SequenceTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,SequenceTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("SequenceTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -6614,15 +6614,15 @@
│ │ │ │          structure("names(sTrack) <- \"foo\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Accessors\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("genome(sTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("genome(sTrack) <- \"mm9\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("length(sTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## Sequence extraction\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("subseq(sTrack, start = 100000, width = 20)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## beyond the stored sequence range\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("subseq(sTrack, start = length(sTrack), width = 20)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/SequenceTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("subseq(sTrack, start = length(sTrack), width = 20)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/SequenceTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  StackedTrack-class (list) = structure(list(structure(list(structure("StackedTrack class and methods", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("StackedTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("StackedTrack-class", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("initialize,StackedTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("stacking,StackedTrack-method", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -6888,15 +6888,15 @@
│ │ │ │              structure("    displayPars(annTrack) <- list(fontfamily = font, fontfamily.title = font)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │              structure("}\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\dontshow"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## Plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## Stacking\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("stacking(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("stacking(annTrack) <- \"dense\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/StackedTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("plotTracks(annTrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/StackedTrack-class.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "class", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  UcscTrack (list) = structure(list(structure(list(structure("Meta-constructor for Gviz tracks fetched directly from the various\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │      structure("UCSC data sources.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("UcscTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("UcscTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("clearSessionCache", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -7026,15 +7026,15 @@
│ │ │ │          structure("    fill = \"#8282d2\", name = \"UCSC Genes\"\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │          structure(")\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## if the UCSC is not accessible load prepared object\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("data(ucscItems)\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("## knownGenes is essentially GeneRegionTrack\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("knownGenes\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("## plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(knownGenes, chromosome = \"chrX\", from = 65920688, to = 65960068)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/UcscTrack.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("## plotting\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("plotTracks(knownGenes, chromosome = \"chrX\", from = 65920688, to = 65960068)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/UcscTrack.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  collapsing (list) = structure(list(structure(list(structure("Dynamic content based on the available resolution", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("collapsing", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("collapsing", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("When plotting features linearly along genomic coordinates one frequently\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("runs into the problem of too little resolution to adequately display all\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │ @@ -7066,15 +7066,15 @@
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("display parameter. See the class' documentation for more details.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\details"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │          structure(list(structure("AnnotationTrack", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("DataTrack", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("settings", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\link")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/collapsing.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/collapsing.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  datasets (list) = structure(list(structure(list(structure("Data sets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("bmTrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("cyp2b10", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -7099,15 +7099,15 @@
│ │ │ │      structure(list(structure("snpLocations", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("to", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("ctrack", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("geneDetails", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("dtHoriz", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("bmt", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("datasets", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\keyword"), 
│ │ │ │ -    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Some sample data sets used for the illustrative examples and the vignette.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/datasets.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +    structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Some sample data sets used for the illustrative examples and the vignette.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\description")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/datasets.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = "data", generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  exportTracks (list) = structure(list(structure(list(structure("Export Gviz tracks into an annotation file representation.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("exportTracks", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("exportTracks", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("This function is still a bit experimental. Write all tracks provided as a\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("list ", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(structure("tracks", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ @@ -7130,15 +7130,15 @@
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("The function is called for its side effect of writing to a file.\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\value"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Florian Hahne\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## export AnnotationTrack to BED file\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("at <- AnnotationTrack(start = seq(1, 10), width = 1, chromosome = \"chr1\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("exportTracks(list(at),\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    range = c(1, 10), chromosome = \"chr1\",\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("    file = paste0(tempfile(), \".bed\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure(")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/exportTracks.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure(")\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/exportTracks.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  grouping (list) = structure(list(structure(list(structure("Grouping of annotation features", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("grouping", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("grouping", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Many annotation tracks are actually composed of a number of grouped\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure("sub-features, for instance exons in a gene model. This man page highlights\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │ @@ -7167,15 +7167,15 @@
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("Florian Hahne\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\author"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure(list(
│ │ │ │          structure(list(structure("AnnotationTrack", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("BiomartGeneRegionTrack", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), structure("\n", Rd_tag = "TEXT"), 
│ │ │ │          structure(list(structure(list(structure("GeneRegionTrack", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\linkS4class")), Rd_tag = "\\code"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/grouping.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\seealso")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/grouping.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  hideOutput (NULL) = NULL
│ │ │ │  
│ │ │ │  plotTracks (list) = structure(list(structure(list(structure("The main plotting function for one or several Gviz tracks.", Rd_tag = "TEXT")), Rd_tag = "\\title"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plotTracks", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\name"), 
│ │ │ │      structure(list(structure("plotTracks", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\alias"), 
│ │ │ │ @@ -7375,15 +7375,15 @@
│ │ │ │              structure("        from = min(x), to = max(x), shape = \"box\"\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure("    )\n", Rd_tag = "VERB"), structure("}\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure("a <- seq(1900000, 2250000, len = 40)\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure("xyplot(b ~ a | c, data.frame(a = a, b = 1, c = cut(a, 4)),\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure("    panel = myPanel,\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure("    scales = list(x = \"free\")\n", Rd_tag = "VERB"), 
│ │ │ │              structure(")\n", Rd_tag = "VERB")), Rd_tag = "\\dontrun"), 
│ │ │ │ -        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/plotTracks.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/plotTracks.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ │ │  
│ │ │ │  safeDeparse (closure) = function (obj) 
│ │ │ │  {
│ │ │ │      tryCatch({
│ │ │ │          deparse(obj)
│ │ │ │      }, error = function(e) {
│ │ │ │ @@ -11328,10 +11328,10 @@
│ │ │ │          structure("scheme$GeneRegionTrack$transcriptAnnotation <- \"transcript\"\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("## replace default scheme with myScheme\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("addScheme(scheme, \"myScheme\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("options(Gviz.scheme = \"myScheme\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("getOption(\"Gviz.scheme\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("\n", Rd_tag = "RCODE"), structure("data(geneModels)\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │          structure("grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = \"hg19\", chromosome = \"chr7\", name = \"Gene Model\")\n", Rd_tag = "RCODE"), 
│ │ │ │ -        structure("plotTracks(grtrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/settings.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │ +        structure("plotTracks(grtrack)\n", Rd_tag = "RCODE")), Rd_tag = "\\examples")), Rdfile = "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/settings.Rd", class = "Rd", meta = list(
│ │ │ │      docType = character(0), generator = "% Generated by roxygen2: do not edit by hand"), prepared = 3L)
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/Gviz.rdx
│ │ │ ├── Gviz.rdx-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,169 +1,169 @@
│ │ │ │ │  $variables
│ │ │ │ │  $variables$`AlignmentsTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1]   288 16818
│ │ │ │ │ +[1]   303 16833
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`AnnotationTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 17393 25730
│ │ │ │ │ +[1] 17439 25744
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`BiomartGeneRegionTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 43414  8353
│ │ │ │ │ +[1] 43491  8368
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`CustomTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 52050  4632
│ │ │ │ │ +[1] 52160  4647
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`DataTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 56964 22330
│ │ │ │ │ +[1] 57106 22345
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`DisplayPars-class`
│ │ │ │ │ -[1] 79577  7285
│ │ │ │ │ +[1] 79751  7301
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`GdObject-class`
│ │ │ │ │ -[1] 87143 20582
│ │ │ │ │ +[1] 87349 20597
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`GeneRegionTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 108012  22279
│ │ │ │ │ +[1] 108249  22295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`GenomeAxisTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 130578   9151
│ │ │ │ │ +[1] 130848   9167
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`Gviz-defunct`
│ │ │ │ │ -[1] 140011    657
│ │ │ │ │ +[1] 140309    668
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`Gviz-deprecated`
│ │ │ │ │ -[1] 140951    794
│ │ │ │ │ +[1] 141274    808
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`HighlightTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 142032   8678
│ │ │ │ │ +[1] 142385   8696
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`IdeogramTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 150995   5390
│ │ │ │ │ +[1] 151383   5404
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`ImageMap-class`
│ │ │ │ │ -[1] 156666   2805
│ │ │ │ │ +[1] 157085   2821
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`NumericTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 159755   4283
│ │ │ │ │ +[1] 160207   4299
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`OverlayTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 164323   5656
│ │ │ │ │ +[1] 164808   5673
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`RangeTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 170262  12224
│ │ │ │ │ +[1] 170780  12241
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`ReferenceTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 182772   4922
│ │ │ │ │ +[1] 183323   4937
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`SequenceTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 187979  14014
│ │ │ │ │ +[1] 188562  14030
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$`StackedTrack-class`
│ │ │ │ │ -[1] 202277   8709
│ │ │ │ │ +[1] 202892   8724
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$UcscTrack
│ │ │ │ │ -[1] 211264   5136
│ │ │ │ │ +[1] 211911   5151
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$collapsing
│ │ │ │ │ -[1] 216679   1991
│ │ │ │ │ +[1] 217356   2006
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$datasets
│ │ │ │ │ -[1] 218945   1192
│ │ │ │ │ +[1] 219654   1210
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$exportTracks
│ │ │ │ │ -[1] 220418   1540
│ │ │ │ │ +[1] 221161   1554
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$grouping
│ │ │ │ │ -[1] 222234   1662
│ │ │ │ │ +[1] 223008   1677
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$plotTracks
│ │ │ │ │ -[1] 224175   7075
│ │ │ │ │ +[1] 224980   7089
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $variables$settings
│ │ │ │ │ -[1] 231525 100765
│ │ │ │ │ +[1] 232361 100781
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references
│ │ │ │ │  $references$`env::1`
│ │ │ │ │ -[1]   0 288
│ │ │ │ │ +[1]   0 303
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::10`
│ │ │ │ │ -[1] 139729    282
│ │ │ │ │ +[1] 140015    294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::11`
│ │ │ │ │ -[1] 140668    283
│ │ │ │ │ +[1] 140977    297
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::12`
│ │ │ │ │ -[1] 141745    287
│ │ │ │ │ +[1] 142082    303
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::13`
│ │ │ │ │ -[1] 150710    285
│ │ │ │ │ +[1] 151081    302
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::14`
│ │ │ │ │ -[1] 156385    281
│ │ │ │ │ +[1] 156787    298
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::15`
│ │ │ │ │ -[1] 159471    284
│ │ │ │ │ +[1] 159906    301
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::16`
│ │ │ │ │ -[1] 164038    285
│ │ │ │ │ +[1] 164506    302
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::17`
│ │ │ │ │ -[1] 169979    283
│ │ │ │ │ +[1] 170481    299
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::18`
│ │ │ │ │ -[1] 182486    286
│ │ │ │ │ +[1] 183021    302
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::19`
│ │ │ │ │ -[1] 187694    285
│ │ │ │ │ +[1] 188260    302
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::2`
│ │ │ │ │ -[1] 17106   287
│ │ │ │ │ +[1] 17136   303
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::20`
│ │ │ │ │ -[1] 201993    284
│ │ │ │ │ +[1] 202592    300
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::21`
│ │ │ │ │ -[1] 210986    278
│ │ │ │ │ +[1] 211616    295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::22`
│ │ │ │ │ -[1] 216400    279
│ │ │ │ │ +[1] 217062    294
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::23`
│ │ │ │ │ -[1] 218670    275
│ │ │ │ │ +[1] 219362    292
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::24`
│ │ │ │ │ -[1] 220137    281
│ │ │ │ │ +[1] 220864    297
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::25`
│ │ │ │ │ -[1] 221958    276
│ │ │ │ │ +[1] 222715    293
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::26`
│ │ │ │ │ -[1] 223896    279
│ │ │ │ │ +[1] 224685    295
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::27`
│ │ │ │ │ -[1] 231250    275
│ │ │ │ │ +[1] 232069    292
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::3`
│ │ │ │ │ -[1] 43123   291
│ │ │ │ │ +[1] 43183   308
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::4`
│ │ │ │ │ -[1] 51767   283
│ │ │ │ │ +[1] 51859   301
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::5`
│ │ │ │ │ -[1] 56682   282
│ │ │ │ │ +[1] 56807   299
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::6`
│ │ │ │ │ -[1] 79294   283
│ │ │ │ │ +[1] 79451   300
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::7`
│ │ │ │ │ -[1] 86862   281
│ │ │ │ │ +[1] 87052   297
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::8`
│ │ │ │ │ -[1] 107725    287
│ │ │ │ │ +[1] 107946    303
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $references$`env::9`
│ │ │ │ │ -[1] 130291    287
│ │ │ │ │ +[1] 130544    304
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  
│ │ │ │ │  $compressed
│ │ │ │ │  [1] TRUE
│ │ ├── ./usr/lib/R/site-library/Gviz/help/paths.rds
│ │ │ ├── paths.rds-content
│ │ │ │ ├── Rscript --vanilla -e 'args <- commandArgs(TRUE); readRDS(args[1])' {}
│ │ │ │ │ @@ -1,29 +1,29 @@
│ │ │ │ │ - [1] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/AlignmentsTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ - [2] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/AnnotationTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ - [3] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/BiomartGeneRegionTrack-class.Rd"
│ │ │ │ │ - [4] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/CustomTrack-class.Rd"           
│ │ │ │ │ - [5] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/DataTrack-class.Rd"             
│ │ │ │ │ - [6] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/DisplayPars-class.Rd"           
│ │ │ │ │ - [7] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GdObject-class.Rd"              
│ │ │ │ │ - [8] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GeneRegionTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ - [9] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/GenomeAxisTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ -[10] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/Gviz-defunct.Rd"                
│ │ │ │ │ -[11] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/Gviz-deprecated.Rd"             
│ │ │ │ │ -[12] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/HighlightTrack-class.Rd"        
│ │ │ │ │ -[13] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/IdeogramTrack-class.Rd"         
│ │ │ │ │ -[14] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/ImageMap-class.Rd"              
│ │ │ │ │ -[15] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/NumericTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ -[16] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/OverlayTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ -[17] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/RangeTrack-class.Rd"            
│ │ │ │ │ -[18] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/ReferenceTrack-class.Rd"        
│ │ │ │ │ -[19] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/SequenceTrack-class.Rd"         
│ │ │ │ │ -[20] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/StackedTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ -[21] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/UcscTrack.Rd"                   
│ │ │ │ │ -[22] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/collapsing.Rd"                  
│ │ │ │ │ -[23] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/datasets.Rd"                    
│ │ │ │ │ -[24] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/exportTracks.Rd"                
│ │ │ │ │ -[25] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/grouping.Rd"                    
│ │ │ │ │ -[26] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/plotTracks.Rd"                  
│ │ │ │ │ -[27] "/home/moeller/Salsa/r-bioc-gviz/man/settings.Rd"                    
│ │ │ │ │ + [1] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/AlignmentsTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ + [2] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/AnnotationTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ + [3] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/BiomartGeneRegionTrack-class.Rd"
│ │ │ │ │ + [4] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/CustomTrack-class.Rd"           
│ │ │ │ │ + [5] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/DataTrack-class.Rd"             
│ │ │ │ │ + [6] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/DisplayPars-class.Rd"           
│ │ │ │ │ + [7] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GdObject-class.Rd"              
│ │ │ │ │ + [8] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GeneRegionTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ + [9] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/GenomeAxisTrack-class.Rd"       
│ │ │ │ │ +[10] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/Gviz-defunct.Rd"                
│ │ │ │ │ +[11] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/Gviz-deprecated.Rd"             
│ │ │ │ │ +[12] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/HighlightTrack-class.Rd"        
│ │ │ │ │ +[13] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/IdeogramTrack-class.Rd"         
│ │ │ │ │ +[14] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/ImageMap-class.Rd"              
│ │ │ │ │ +[15] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/NumericTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ +[16] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/OverlayTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ +[17] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/RangeTrack-class.Rd"            
│ │ │ │ │ +[18] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/ReferenceTrack-class.Rd"        
│ │ │ │ │ +[19] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/SequenceTrack-class.Rd"         
│ │ │ │ │ +[20] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/StackedTrack-class.Rd"          
│ │ │ │ │ +[21] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/UcscTrack.Rd"                   
│ │ │ │ │ +[22] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/collapsing.Rd"                  
│ │ │ │ │ +[23] "/build/reproducible-path/r-bioc-gviz-1.56.0+dfsg/man/datasets.Rd"                    
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