--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderduH1O5x/inputs/python-gsd-doc_4.0.0-1_all.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderduH1O5x/out/python-gsd-doc_4.0.0-1_all.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-08-11 08:32:38.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 2712 2025-08-11 08:32:38.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 128256 2025-08-11 08:32:38.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 128272 2025-08-11 08:32:38.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -71,15 +71,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 23394 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-api.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 88676 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.fl.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 95445 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 49306 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.pygsd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 18756 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/python-module-gsd.version.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 107555 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/schema-hoomd.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 16660 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/search.html │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 82345 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 82344 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 32666 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/shapes.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 20931 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/specification.html │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 24985 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/style.html │ │ │ drwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc-base/ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 331 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc-base/python-gsd-doc.python-gsd │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/doctools.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/doctools.js │ │ │ lrwxrwxrwx 0 root (0) root (0) 0 2025-08-11 08:32:38.000000 ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/_static/language_data.js -> ../../../../javascript/sphinxdoc/1.0/language_data.js │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/hoomd-examples.html │ │ │ @@ -355,23 +355,23 @@ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ Out[18]: │ │ │ -array([[0.9995006 , 0.27116033, 0.301457 ], │ │ │ - [0.074872 , 0.7017817 , 0.8633302 ], │ │ │ - [0.7015803 , 0.62021476, 0.36559087], │ │ │ - [0.05498488, 0.05410331, 0.00705095], │ │ │ - [0.6872499 , 0.42837462, 0.05755149], │ │ │ - [0.78806573, 0.10622922, 0.10205624], │ │ │ - [0.9162145 , 0.8896622 , 0.65884435], │ │ │ - [0.7538396 , 0.86917377, 0.67911917], │ │ │ - [0.06721185, 0.17374785, 0.72831434]], dtype=float32) │ │ │ +array([[0.11121707, 0.9008999 , 0.5074313 ], │ │ │ + [0.9595017 , 0.6485644 , 0.6323093 ], │ │ │ + [0.12928249, 0.683087 , 0.8109205 ], │ │ │ + [0.5079868 , 0.81266207, 0.3166714 ], │ │ │ + [0.06774403, 0.630519 , 0.04861654], │ │ │ + [0.58120537, 0.8847667 , 0.11295056], │ │ │ + [0.01713895, 0.34446532, 0.20559067], │ │ │ + [0.08453087, 0.75169206, 0.21050009], │ │ │ + [0.64003927, 0.75169265, 0.25727564]], dtype=float32) │ │ │ │ │ │ │ │ │

gsd.hoomd.HOOMDTrajectory supports random indexing of frames in the file. │ │ │ Indexing into a trajectory returns a gsd.hoomd.Frame.

│ │ │ │ │ │
│ │ │

Slicing and selection

│ │ │ @@ -398,21 +398,21 @@ │ │ │

Pure python reader

│ │ │ 
In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb'))
│ │ │  
│ │ │  In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f);
│ │ │  
│ │ │  In [25]: trajectory[3].particles.position
│ │ │  Out[25]: 
│ │ │ -array([[0.371474  , 0.84828615, 0.67842996],
│ │ │ -       [0.9887797 , 0.14134465, 0.8812869 ],
│ │ │ -       [0.25278306, 0.3059127 , 0.9323229 ],
│ │ │ -       [0.5601301 , 0.35387778, 0.01471177],
│ │ │ -       [0.20059368, 0.60116   , 0.61874515],
│ │ │ -       [0.1835654 , 0.7602302 , 0.5941693 ],
│ │ │ -       [0.12762524, 0.05923605, 0.66984576]], dtype=float32)
│ │ │ +array([[0.9618962 , 0.5474025 , 0.86379725],
│ │ │ +       [0.03381604, 0.04616743, 0.32241625],
│ │ │ +       [0.5146739 , 0.62461305, 0.70183   ],
│ │ │ +       [0.41681585, 0.9785089 , 0.0370217 ],
│ │ │ +       [0.5746587 , 0.35433555, 0.2325616 ],
│ │ │ +       [0.67503583, 0.2550967 , 0.8125986 ],
│ │ │ +       [0.25926912, 0.95463854, 0.1081092 ]], dtype=float32)
│ │ │
│ │ │
│ │ │

You can use GSD without needing to compile C code to read GSD files │ │ │ using gsd.pygsd.GSDFile in combination with gsd.hoomd.HOOMDTrajectory. It │ │ │ only supports the rb mode and does not read files as fast as the C │ │ │ implementation. It takes in a python file-like object, so it can be used with │ │ │ in-memory IO classes, and grid file classes that access data over the internet.

│ │ │ ├── html2text {} │ │ │ │ @@ -95,23 +95,23 @@ │ │ │ │ Out[16]: np.uint64(5) │ │ │ │ │ │ │ │ In [17]: frame.particles.N │ │ │ │ Out[17]: np.uint32(9) │ │ │ │ │ │ │ │ In [18]: frame.particles.position │ │ │ │ Out[18]: │ │ │ │ -array([[0.9995006 , 0.27116033, 0.301457 ], │ │ │ │ - [0.074872 , 0.7017817 , 0.8633302 ], │ │ │ │ - [0.7015803 , 0.62021476, 0.36559087], │ │ │ │ - [0.05498488, 0.05410331, 0.00705095], │ │ │ │ - [0.6872499 , 0.42837462, 0.05755149], │ │ │ │ - [0.78806573, 0.10622922, 0.10205624], │ │ │ │ - [0.9162145 , 0.8896622 , 0.65884435], │ │ │ │ - [0.7538396 , 0.86917377, 0.67911917], │ │ │ │ - [0.06721185, 0.17374785, 0.72831434]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.11121707, 0.9008999 , 0.5074313 ], │ │ │ │ + [0.9595017 , 0.6485644 , 0.6323093 ], │ │ │ │ + [0.12928249, 0.683087 , 0.8109205 ], │ │ │ │ + [0.5079868 , 0.81266207, 0.3166714 ], │ │ │ │ + [0.06774403, 0.630519 , 0.04861654], │ │ │ │ + [0.58120537, 0.8847667 , 0.11295056], │ │ │ │ + [0.01713895, 0.34446532, 0.20559067], │ │ │ │ + [0.08453087, 0.75169206, 0.21050009], │ │ │ │ + [0.64003927, 0.75169265, 0.25727564]], dtype=float32) │ │ │ │ _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y supports random indexing of frames in the file. │ │ │ │ Indexing into a trajectory returns a _g_s_d_._h_o_o_m_d_._F_r_a_m_e. │ │ │ │ ********** SSlliicciinngg aanndd sseelleeccttiioonn_?¶ ********** │ │ │ │ Use the slicing operator to select individual frames or a subset of a │ │ │ │ trajectory. │ │ │ │ In [19]: f = gsd.hoomd.open(name='example.gsd', mode='r') │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -130,21 +130,21 @@ │ │ │ │ ********** PPuurree ppyytthhoonn rreeaaddeerr_?¶ ********** │ │ │ │ In [23]: f = gsd.pygsd.GSDFile(open('example.gsd', 'rb')) │ │ │ │ │ │ │ │ In [24]: trajectory = gsd.hoomd.HOOMDTrajectory(f); │ │ │ │ │ │ │ │ In [25]: trajectory[3].particles.position │ │ │ │ Out[25]: │ │ │ │ -array([[0.371474 , 0.84828615, 0.67842996], │ │ │ │ - [0.9887797 , 0.14134465, 0.8812869 ], │ │ │ │ - [0.25278306, 0.3059127 , 0.9323229 ], │ │ │ │ - [0.5601301 , 0.35387778, 0.01471177], │ │ │ │ - [0.20059368, 0.60116 , 0.61874515], │ │ │ │ - [0.1835654 , 0.7602302 , 0.5941693 ], │ │ │ │ - [0.12762524, 0.05923605, 0.66984576]], dtype=float32) │ │ │ │ +array([[0.9618962 , 0.5474025 , 0.86379725], │ │ │ │ + [0.03381604, 0.04616743, 0.32241625], │ │ │ │ + [0.5146739 , 0.62461305, 0.70183 ], │ │ │ │ + [0.41681585, 0.9785089 , 0.0370217 ], │ │ │ │ + [0.5746587 , 0.35433555, 0.2325616 ], │ │ │ │ + [0.67503583, 0.2550967 , 0.8125986 ], │ │ │ │ + [0.25926912, 0.95463854, 0.1081092 ]], dtype=float32) │ │ │ │ You can use GGSSDD without needing to compile C code to read GGSSDD files using │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d_._G_S_D_F_i_l_e in combination with _g_s_d_._h_o_o_m_d_._H_O_O_M_D_T_r_a_j_e_c_t_o_r_y. It only │ │ │ │ supports the rb mode and does not read files as fast as the C implementation. │ │ │ │ It takes in a python file-like object, so it can be used with in-memory IO │ │ │ │ classes, and grid file classes that access data over the internet. │ │ │ │ Warning │ │ │ │ _g_s_d_._p_y_g_s_d is ssllooww. Use _g_s_d_._h_o_o_m_d_._o_p_e_n whenever possible. │ │ ├── ./usr/share/doc/python-gsd-doc/html/searchindex.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1876,183 +1876,183 @@ │ │ │ │ "12": "py:property", │ │ │ │ "13": "std:chunk", │ │ │ │ "14": "std:cmdoption" │ │ │ │ }, │ │ │ │ "terms": { │ │ │ │ "": [1, 2, 3, 8, 11, 13, 14, 18, 21], │ │ │ │ "0": [0, 6, 7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ - "00705095": 8, │ │ │ │ - "01471177": 8, │ │ │ │ - "05410331": 8, │ │ │ │ - "05498488": 8, │ │ │ │ - "05755149": 8, │ │ │ │ - "05923605": 8, │ │ │ │ - "06721185": 8, │ │ │ │ - "074872": 8, │ │ │ │ + "01713895": 8, │ │ │ │ + "03381604": 8, │ │ │ │ + "0370217": 8, │ │ │ │ + "04616743": 8, │ │ │ │ + "04861654": 8, │ │ │ │ + "06774403": 8, │ │ │ │ + "08453087": 8, │ │ │ │ "0x65df65df65df65df": 6, │ │ │ │ "0xaaaabbbb": 6, │ │ │ │ "1": [0, 7, 8, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "10": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "100": [8, 15, 21], │ │ │ │ - "10205624": 8, │ │ │ │ - "10622922": 8, │ │ │ │ + "1081092": 8, │ │ │ │ "11": [7, 8, 14], │ │ │ │ + "11121707": 8, │ │ │ │ + "11295056": 8, │ │ │ │ "12": [7, 8, 14], │ │ │ │ "127": 1, │ │ │ │ - "12762524": 8, │ │ │ │ + "12928249": 8, │ │ │ │ "13": [7, 8, 14], │ │ │ │ "13_gsd": [7, 8, 14], │ │ │ │ "14": [7, 8, 11, 14], │ │ │ │ - "14134465": 8, │ │ │ │ "15": [7, 8, 14], │ │ │ │ "16": [0, 6, 7, 8, 14], │ │ │ │ "17": [7, 8, 14], │ │ │ │ - "17374785": 8, │ │ │ │ "18": [7, 8, 11], │ │ │ │ - "1835654": 8, │ │ │ │ "19": [7, 8, 14], │ │ │ │ "1d": [14, 16], │ │ │ │ "1x1": [18, 19], │ │ │ │ "2": [0, 7, 8, 11, 12, 14, 15, 16, 18, 19, 20], │ │ │ │ "20": [7, 8], │ │ │ │ "200": [8, 15], │ │ │ │ - "20059368": 8, │ │ │ │ "2016": 12, │ │ │ │ "2019": 11, │ │ │ │ "2022": 11, │ │ │ │ "2025": 12, │ │ │ │ + "20559067": 8, │ │ │ │ "21": [7, 8], │ │ │ │ + "21050009": 8, │ │ │ │ "22": [7, 8, 11], │ │ │ │ "23": [7, 8], │ │ │ │ + "2325616": 8, │ │ │ │ "235": 1, │ │ │ │ "237": 1, │ │ │ │ "238": 1, │ │ │ │ "24": [7, 8], │ │ │ │ "249": 1, │ │ │ │ "25": [7, 8], │ │ │ │ - "25278306": 8, │ │ │ │ "255": 1, │ │ │ │ + "2550967": 8, │ │ │ │ "256": [0, 6], │ │ │ │ "257": 1, │ │ │ │ + "25727564": 8, │ │ │ │ + "25926912": 8, │ │ │ │ "26": [7, 8], │ │ │ │ "266": 1, │ │ │ │ "267": 1, │ │ │ │ "27": [7, 8], │ │ │ │ "270": 1, │ │ │ │ - "27116033": 8, │ │ │ │ "28": [7, 8], │ │ │ │ "283": 1, │ │ │ │ "29": [7, 8], │ │ │ │ "2d": [14, 16, 18, 19], │ │ │ │ "2gib": 1, │ │ │ │ "3": [7, 8, 11, 14, 15, 16, 18, 19], │ │ │ │ "30": [7, 8], │ │ │ │ "300": [8, 15], │ │ │ │ - "301457": 8, │ │ │ │ - "3059127": 8, │ │ │ │ "308": 1, │ │ │ │ "31": [7, 8], │ │ │ │ + "3166714": 8, │ │ │ │ "317": 1, │ │ │ │ "319": 1, │ │ │ │ "32": [0, 6, 7, 18], │ │ │ │ "322": 1, │ │ │ │ + "32241625": 8, │ │ │ │ "323": 1, │ │ │ │ "324": 1, │ │ │ │ "325": 1, │ │ │ │ "33": 7, │ │ │ │ "34": 7, │ │ │ │ + "34446532": 8, │ │ │ │ "35": 7, │ │ │ │ - "35387778": 8, │ │ │ │ + "35433555": 8, │ │ │ │ "36": 7, │ │ │ │ "365": 1, │ │ │ │ - "36559087": 8, │ │ │ │ "367": 1, │ │ │ │ "37": 7, │ │ │ │ - "371474": 8, │ │ │ │ "376": 1, │ │ │ │ "38": 7, │ │ │ │ "388": 1, │ │ │ │ "39": 7, │ │ │ │ "391": 1, │ │ │ │ "3d": 20, │ │ │ │ "4": [0, 7, 8, 14, 15, 18, 21], │ │ │ │ "40": 7, │ │ │ │ "400": [8, 15], │ │ │ │ "405": 1, │ │ │ │ "41": 7, │ │ │ │ + "41681585": 8, │ │ │ │ "417": 1, │ │ │ │ "422": 1, │ │ │ │ - "42837462": 8, │ │ │ │ "429": 1, │ │ │ │ "43": 7, │ │ │ │ "44": 7, │ │ │ │ "45": 7, │ │ │ │ "46": 7, │ │ │ │ "47": 7, │ │ │ │ "48": 7, │ │ │ │ "49": 7, │ │ │ │ "5": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "50": 7, │ │ │ │ "500": [8, 15], │ │ │ │ + "5074313": 8, │ │ │ │ + "5079868": 8, │ │ │ │ "51": 7, │ │ │ │ + "5146739": 8, │ │ │ │ "52": 7, │ │ │ │ "53": [0, 7], │ │ │ │ "54": 7, │ │ │ │ + "5474025": 8, │ │ │ │ "55": 7, │ │ │ │ "56": 7, │ │ │ │ - "5601301": 8, │ │ │ │ - "5941693": 8, │ │ │ │ + "5746587": 8, │ │ │ │ + "58120537": 8, │ │ │ │ "6": [7, 8, 14, 15], │ │ │ │ "600": [8, 15], │ │ │ │ - "60116": 8, │ │ │ │ - "61874515": 8, │ │ │ │ - "62021476": 8, │ │ │ │ + "62461305": 8, │ │ │ │ "63": [0, 6], │ │ │ │ "630": 8, │ │ │ │ + "630519": 8, │ │ │ │ + "6323093": 8, │ │ │ │ "64": [0, 6, 11], │ │ │ │ + "64003927": 8, │ │ │ │ "648": 7, │ │ │ │ + "6485644": 8, │ │ │ │ "65535": 6, │ │ │ │ - "65884435": 8, │ │ │ │ - "66984576": 8, │ │ │ │ - "67842996": 8, │ │ │ │ - "67911917": 8, │ │ │ │ - "6872499": 8, │ │ │ │ + "67503583": 8, │ │ │ │ + "683087": 8, │ │ │ │ "6x1": 18, │ │ │ │ "7": [7, 8, 14, 15, 19], │ │ │ │ "70": 14, │ │ │ │ "700": [8, 15], │ │ │ │ - "7015803": 8, │ │ │ │ - "7017817": 8, │ │ │ │ - "72831434": 8, │ │ │ │ - "7538396": 8, │ │ │ │ - "7602302": 8, │ │ │ │ + "70183": 8, │ │ │ │ + "75169206": 8, │ │ │ │ + "75169265": 8, │ │ │ │ "761": 14, │ │ │ │ "774": 14, │ │ │ │ "785": 8, │ │ │ │ "786": 8, │ │ │ │ "787": 8, │ │ │ │ - "78806573": 8, │ │ │ │ "789": 8, │ │ │ │ "791": 8, │ │ │ │ "792": 8, │ │ │ │ "8": [0, 6, 7, 8, 14, 15, 18, 19], │ │ │ │ "80": [6, 14, 21], │ │ │ │ "800": [8, 15], │ │ │ │ - "84828615": 8, │ │ │ │ - "8633302": 8, │ │ │ │ - "86917377": 8, │ │ │ │ - "8812869": 8, │ │ │ │ - "8896622": 8, │ │ │ │ + "8109205": 8, │ │ │ │ + "8125986": 8, │ │ │ │ + "81266207": 8, │ │ │ │ + "86379725": 8, │ │ │ │ + "8847667": 8, │ │ │ │ "9": [7, 8, 11, 14, 15], │ │ │ │ "90": 14, │ │ │ │ "900": [8, 15], │ │ │ │ - "9162145": 8, │ │ │ │ - "9323229": 8, │ │ │ │ - "9887797": 8, │ │ │ │ - "9995006": 8, │ │ │ │ + "9008999": 8, │ │ │ │ + "95463854": 8, │ │ │ │ + "9595017": 8, │ │ │ │ + "9618962": 8, │ │ │ │ + "9785089": 8, │ │ │ │ "A": [0, 5, 6, 8, 9, 12, 18, 19], │ │ │ │ "AND": 12, │ │ │ │ "AS": 12, │ │ │ │ "As": 15, │ │ │ │ "BE": 12, │ │ │ │ "BUT": 12, │ │ │ │ "BY": 12,