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Module dependency graph
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The graph below shows the dependencies between the source code modules, computed from include statements in the code. For documented modules (those that do not have a gray background), clicking on the module takes you to the module documentation. Legend for the graph can be found below the graph.

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│ │ │ Legend

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The graph below annotates the colors and line styles used in the module dependency graph above. More detailed textual annotation is below the graph.

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Node colors:

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gray background
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['match_152', ['match', ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a6f1a3d7a7873a1846048563c1faac40d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::match()'], │ │ │ │ - ['../structBondedInteraction.xhtml#a7c2a0f65b8629737b28b2ec2891f0d00', 1, 'BondedInteraction::match'] │ │ │ │ + ['match_152', ['match', ['../structBondedInteraction.xhtml#a7c2a0f65b8629737b28b2ec2891f0d00', 1, 'BondedInteraction::match'], │ │ │ │ + ['../classanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1StringKeywordMatchItem.xhtml#a6f1a3d7a7873a1846048563c1faac40d', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::StringKeywordMatchItem::match()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['matchandexplain_153', ['matchandexplain', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#a2ae2928ffa1a58e85a278ed34b7c906c', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::MatchAndExplain()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a10d67b5a0da6c21ae1e1df339000be52', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::MatchAndExplain()'] │ │ │ │ + ['matchandexplain_153', ['matchandexplain', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a10d67b5a0da6c21ae1e1df339000be52', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::MatchAndExplain()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#a2ae2928ffa1a58e85a278ed34b7c906c', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::MatchAndExplain()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['matcher_154', ['matcher', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02extract__cluster_8cpp_03_1_1ManualOutputFile.xhtml#a149880d95897d2e01cc9ed66688a67c7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{extract_cluster.cpp}::ManualOutputFile']]], │ │ │ │ ['matches_155', ['matches', ['../structanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1t__methoddata__kwstr.xhtml#a48e93adae942c05a1cb87c10c8477345', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::t_methoddata_kwstr']]], │ │ │ │ ['matchfullconfiguration_156', ['matchFullConfiguration', ['../classgmx_1_1test_1_1ConfMatch.xhtml#a539cc5f873f38eab1e92c7254eb4fe93', 1, 'gmx::test::ConfMatch']]], │ │ │ │ ['matchtype_157', ['matchType', ['../structanonymous__namespace_02sm__keywords_8cpp_03_1_1t__methoddata__kwstr.xhtml#ae70c598952362cd86ea5a0ec0cfe9cf2', 1, 'anonymous_namespace{sm_keywords.cpp}::t_methoddata_kwstr']]], │ │ │ │ ['math_20library_158', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ ['matio_2ecpp_159', ['matio.cpp', ['../tests_2matio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['matlam_160', ['matlam', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3da2ad9c2aa9800de6a5a83868e90d92', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['matrix_161', ['matrix', ['../structt__matrix.xhtml#a1a09d637a51e9e5b526ae840a182d9ee', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ - ['matrix_2ecpp_162', ['matrix.cpp', ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['matrix_2ecpp_162', ['matrix.cpp', ['../math_2tests_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../math_2matrix_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['matrix_2eh_163', ['matrix.h', ['../math_2include_2gromacs_2math_2matrix_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3'] │ │ │ │ + ['matrix3x3_164', ['matrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a8065c9cfb460c40c3c2699c728ecd3f4', 1, 'gmx::Matrix3x3'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abe16d8d44b085b584568a1f5b2e57f2f', 1, 'gmx::test::Matrix3x3'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['matrix3x3constspan_165', ['Matrix3x3ConstSpan', ['../namespacegmx.xhtml#a589179a4042893247bfe78e630ee381f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['matrix3x3span_166', ['Matrix3x3Span', ['../namespacegmx.xhtml#a42b7945e249b8dd5a00cd733e679c2a9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['matrix3x3tostring_167', ['Matrix3x3ToString', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03_1_1Matrix3x3ToString.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ ['matrix_5f_168', ['matrix_', ['../structgmx_1_1MrcDensitySkewData.xhtml#a8341d52116450b5e201979b68356df03', 1, 'gmx::MrcDensitySkewData']]], │ │ │ │ ['matrix_5fconvert_169', ['matrix_convert', ['../pbc_8cpp.xhtml#aec6c71950b4b9e1c90429eff68ea4168', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['matrixvectormultiply_170', ['matrixVectorMultiply', ['../namespacegmx.xhtml#a2f6cbfad1dad185c82ec9bee081833c5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['max_171', ['max', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'], │ │ │ │ + ['max_171', ['max', ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a747866a072cff89a20b8f58621ae4bc5', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::max()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#a445e2fab20c2f008fd972f5e96cd8b68', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::max()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aba294339d0eec4d12a1019d24848f0b9', 1, 'gmx::NormalDistribution::max()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#af043df37641bf3c31adc4b46164ef94c', 1, 'gmx::GammaDistribution::max()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a5db77b73c9d84977cd6a1e93427abb6b', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::max()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a41d9f565256e2af79951232a328ce054', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::max()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#af3bf0caf1c448e8f298a0d2b60b34733', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::max()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#abf888030231e57e8c412cecd63f70f78', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::max()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaceb279f0a831efc0d8e6be7d96c9e6d2', 1, 'gmx::max(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa8475501c67be44a07c58f4aa43eed23', 1, 'gmx::max(const gmx::BasicVector< float > &v1, const gmx::BasicVector< float > &v2)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga3c66081dde9666200461f364725a4085', 1, 'gmx::max(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga68bbfb58d0ab7d2362d0efde15c14ca3', 1, 'gmx::max(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a16f6bf4a20b14262f28168596d5bb8b9', 1, 'gmx::max(double a, double b)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a35c7b010fbd32f5424afa0de0c70db6f', 1, 'gmx::max(float a, float b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga4edeef3c458f5c77cf3ceb80532a57ff', 1, 'gmx::max(SimdFloat a, SimdFloat b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['max_5f_172', ['max_', ['../structgmx_1_1MrcDataStatistics.xhtml#a3d4ebb4aee6f51e4383349225d3dee83', 1, 'gmx::MrcDataStatistics']]], │ │ │ │ ['max_5fbeta_173', ['max_beta', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#ac3907c78cd20eccc0e427c288bec058d', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ ['max_5fconnect_174', ['max_connect', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a7c26cd85abd23d06de22e27ee68af042', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['max_5fcutoff2_175', ['max_cutoff2', ['../pbc_8cpp.xhtml#aa14c05a2e7b891ca9ce15895e75ff6db', 1, 'max_cutoff2(): pbc.cpp'], │ │ │ │ ['../structt__pbc.xhtml#a0648f104170187ab2a5656e7c16323d6', 1, 't_pbc::max_cutoff2'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -763,23 +763,23 @@ │ │ │ │ ['mpicommall_475', ['mpicommall', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#acca96094d4f43e2ae83ec208f1b99e88', 1, 'gmx::DomainCommForward::mpiCommAll()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#ac550edb7920c56ccd8caf801c68cb054', 1, 'gmx::DomainCommBackward::mpiCommAll()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['mpicommx_476', ['mpiCommX', ['../structPmeShared.xhtml#a4a18c130ef148fbaca140a4a47411227', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['mpicommy_477', ['mpiCommY', ['../structPmeShared.xhtml#ad622e2d0e19fc94d173231cd03e72afe', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['mpilibraryversionstring_478', ['mpiLibraryVersionString', ['../namespacegmx.xhtml#a49c75db6d97651626c88f9f23f4bffaa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['mpisetupvalid_479', ['mpiSetupValid', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aed91522d2a8bd6ddc44d716a07ed6a07', 1, 'gmx::test::MultiSimTest']]], │ │ │ │ - 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['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_297', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_298', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessortest_299', ['NNPotTopologyPreprocessorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1NNPotTopologyPreprocessorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['nnstl_300', ['NNSTL', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml#aa7bb25f96f0e989b4b7c45d407a1b63c', 1, 'pairlist_tuning.cpp']]], │ │ │ │ - ['no_301', ['no', ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['no_301', ['no', ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a4434e158af47f6a5cbc228465ade1511abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a07be3f2d86a9b6337ff8c4853a0fb8b8abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a7f23540ff5222f8735be151f3cbd1b2fabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abb4f062823c006fc233c4b4bcb0119ecabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ab1684f724061fbe3bfdd1efde3e715e7abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::No'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::no'], │ │ │ │ ['../dlbtiming_8h.xhtml#a187697058dfa34f355e4ee2e8fcf1dc1a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ - ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'gmx::BiasParams::no'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aa82610508a501aa57b8b5be5054920f2abafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'gmx::Bias::No'], │ │ │ │ - ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cabafd7322c6e97d25b6299b5d6fe8920b', 1, 'No: md_enums.h'] │ │ │ │ + ['../dlbtiming_8h.xhtml#a4c394e83d3a1d89ac14e90553e54dff4a7fa3b767c460b54a2be4d49030b349c7', 1, 'no: dlbtiming.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['no_5fdelete_302', ['no_delete', ['../structgmx_1_1no__delete.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['no_5fvalue_303', ['NO_VALUE', ['../selvalue_8h.xhtml#a70b42b87d434580bf1493591857b8beca4d694119ce83b62d74ff06b5e017dca8', 1, 'selvalue.h']]], │ │ │ │ ['noappending_304', ['NoAppending', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a95924eff082d0bc6529c77794edce7c8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['nocallparameter_305', ['NoCallParameter', ['../classgmx_1_1BuildMDModulesNotifier_3_4_1_1NoCallParameter.xhtml', 1, 'gmx::BuildMDModulesNotifier<>']]], │ │ │ │ ['nocontentsmatch_306', ['NoContentsMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1NoContentsMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['nodeid_307', ['nodeid', ['../structPmeShared.xhtml#a3cb7f7f195edc383281687d9eb107973', 1, 'PmeShared']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_12.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -413,62 +413,62 @@ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__cj__packed__t.xhtml#a9befbd81dc0c6814336361777c4a484b', 1, 'gmx::nbnxn_cj_packed_t::operator==()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#acedfd5c8e267cbe17c0f44a0c09b7f33', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aa8c58085db22f33906ea7610d629bc1e', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#a861d380456f3de070590091bcfa9c450', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classAtomIterator.xhtml#a131019b7785b19c5441332d1db5b53c1', 1, 'AtomIterator::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a8c16fff1f566e551eed4c120796d1b4d', 1, 'gmx::GammaDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#adce250aa91a8e661eeb251cd870bc721', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8e84daaa940cc3848999e435e69a5c25', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#aaa3b31154447ead4f82a4f703cbbb72e', 1, 'gmx::NormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ab4eceef543b7c7870a20aa540c4ee14f', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#abdd84b4ad2be63bab6281d334a52b8f4', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a9326cd205dd093e9d6fc22aa590348d3', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#ad4fcfc7ee9414785a066f05c6592d20e', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a51e148261d27165d5999d24b1efa7d29', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::operator==()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a8e84daaa940cc3848999e435e69a5c25', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::operator==()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolIterator.xhtml#a59e459feab609adf418f245fe3306fe3', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolIterator::operator==()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['operator_5b_5d_133', ['operator[]', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#ac8c1e5cf4bc31bc59fbe02e1e3e0020f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData::operator[]()'], │ │ │ │ + ['operator_5b_5d_133', ['operator[]', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ac695b3695422899aa106a748f2242166', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[]()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#acd74b039aaea684b78fc368d2b0bb289', 1, 'gmx::ListOfLists::operator[]()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a19f0ee284d558c5158a392189af41237', 1, 'gmx::EnumerationArray::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#ae5992e7e6c407d5f8fb0c08dd314b303', 1, 'gmx::ArrayRef::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classStringTable.xhtml#ad323be1b121601515ed9af457ec5ddcc', 1, 'StringTable::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1f32a1ba41548841b6696001d14ff278', 1, 'gmx::BasicVector::operator[](int i) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1c8a8588a9e93f68dba743c0cb9e18af', 1, 'gmx::BasicVector::operator[](int i)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreeObjectBuilder.xhtml#afcfc3b3506eb1e6d13bfb6e689c27ea0', 1, 'gmx::KeyValueTreeObjectBuilder::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a62cf97a0ac5b6cbc7af9888ed59e0f85', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::operator[]()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a25ced2077a500cd5614846ad603a52a9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[](size_type n) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#ac695b3695422899aa106a748f2242166', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[](size_type n) const noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a25ced2077a500cd5614846ad603a52a9', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::operator[]()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdData.xhtml#ac8c1e5cf4bc31bc59fbe02e1e3e0020f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdData::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a9d827cc183213269fd50ded567b814c9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::operator[]()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#abfb92b8c8080a27aa05100195f8cad65', 1, 'gmx::basic_mdspan::operator[](const IndexType index) const noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#adba2c0279184c7c51724dce1b5ba53f8', 1, 'gmx::basic_mdspan::operator[](const IndexType &i) const noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#aa4af8a957abb5d0c28a321c3b712a2c7', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#afdbd0a9199b2b06faf9039a172b7a76e', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#acd74b039aaea684b78fc368d2b0bb289', 1, 'gmx::ListOfLists::operator[]()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#afdbd0a9199b2b06faf9039a172b7a76e', 1, 'gmx::PaddedVector::operator[](int i)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_5e_134', ['operator^', ['../group__module__simd.xhtml#ga8385ef4b8312eff3f715d2f817604e51', 1, 'gmx::operator^(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga37544015fbce9d2b11dce07e159e878b', 1, 'gmx::operator^(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad65f7d7aa6d2a6c4b697ac0be0f3a616', 1, 'gmx::operator^(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gabb7e81f2ef83cfb9aaae088c8762c2b0', 1, 'gmx::operator^(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaba7ccd2477ecf6b07f5b7696d9490038', 1, 'gmx::operator^(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabb7e81f2ef83cfb9aaae088c8762c2b0', 1, 'gmx::operator^(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga37544015fbce9d2b11dce07e159e878b', 1, 'gmx::operator^(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaad7bb7baf5edd91a8707584c9cdc086e', 1, 'gmx::operator^(Simd4Double a, Simd4Double b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['operator_7c_135', ['operator|', ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad759e852213903c61d6d4b9053e794fc', 1, 'gmx::operator|(Simd4Float a, Simd4Float b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga72cbfbcd5395b355e242f2ef4284f5c5', 1, 'gmx::operator|(SimdDouble a, SimdDouble b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga65d3eb9cd43b33b4665dfe676c0e79d2', 1, 'gmx::operator|(SimdDInt32 a, SimdDInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gabcaa9a287c021ad7e3507311ffe23497', 1, 'gmx::operator|(Simd4Double a, Simd4Double b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|(const FlagsTemplate< FlagType > &other) const'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a3320b083043b67b957a2a0f0d7afc331', 1, 'gmx::FlagsTemplate::operator|()'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga69973d1808eb0e8e60715d3abf01cd22', 1, 'gmx::operator|(SimdFloat a, SimdFloat b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaf6f2042babc63e1b20b08ed61d859f74', 1, 'gmx::operator|(SimdFInt32 a, SimdFInt32 b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_7c_3d_136', ['operator|=', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#ae042cf7992ac906cf26a15a08708b779', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ - ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ + ['operator_7c_7c_137', ['operator||', ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5d5483d15fe15e3c3eaf1e4e90e53f90', 1, 'gmx::operator||(Simd4DBool a, Simd4DBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ab4b4f3d3e7f6e9a012df64c1d9f3c', 1, 'gmx::operator||(Simd4FBool a, Simd4FBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gad1da27c5bc4fd40afe78810c7b6e0730', 1, 'gmx::operator||(SimdDBool a, SimdDBool b)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga2382ca9a262a0503bb5dcfcec09df671', 1, 'gmx::operator||(SimdDIBool a, SimdDIBool b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gab7b197309edc60323a129fa9620a7400', 1, 'gmx::operator||(SimdFIBool a, SimdFIBool b)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga5595db8a2c813f0ae078285a1b6b8bd3', 1, 'gmx::operator||(SimdFBool a, SimdFBool b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['operator_7e_138', ['operator~', ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a38267207d85020c70e257cd26f526077', 1, 'gmx::FlagsTemplate']]], │ │ │ │ ['opt_139', ['opt', ['../structt__filenm.xhtml#ae5882b5fc5beeb495f11a2e9307c64aa', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ ['opt2bset_140', ['opt2bset', ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'], │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaeeff60cfe846f34b5f2c29d786bf125c', 1, 'opt2bSet(const char *opt, int nfile, const t_filenm fnm[]): filenm.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['opt2file_141', ['opt2FILE', ['../group__module__commandline.xhtml#gab26cf759c91577b19db7e87b2922d1b9', 1, 'filenm.h']]], │ │ │ │ @@ -510,74 +510,74 @@ │ │ │ │ ['../tests_2optimization_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optimization_2eh_155', ['optimization.h', ['../optimization_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optimize_5farithmetic_5fexpressions_156', ['optimize_arithmetic_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aa22e901f96e3edaa72c2e222ed75bd01', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['optimize_5fboolean_5fexpressions_157', ['optimize_boolean_expressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#aaf983339164e05e4e7319e88683ca6d6', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['optimize_5fsurface_5fpoints_158', ['optimize_surface_points', ['../sm__insolidangle_8cpp.xhtml#aadef1b206fd479d83a526a388faa275e', 1, 'sm_insolidangle.cpp']]], │ │ │ │ ['optimizeddcells_159', ['optimizeDDCells', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a0116fb195a0ff21854f683c3d8676b5a', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ - ['option_160', ['option', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'], │ │ │ │ + ['option_160', ['option', ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a1ec4a05fce3bfa125c320dd8e0cfc604', 1, 'gmx::OptionInfo::option()'], │ │ │ │ - ['../structt__pargs.xhtml#a11d53770ae18dbb0a0320c925b4ebc35', 1, 't_pargs::option'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#adc99ae3c6896ed469ae9a4aff7423cd9', 1, 'gmx::OptionInfo::option() const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['option_20module_20parameters_161', ['Storing non-mdp option module parameters', ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, '']]], │ │ │ │ ['option_2ecpp_162', ['option.cpp', ['../option_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionfiletype_163', ['OptionFileType', ['../group__module__options.xhtml#ga322a6d38e527f46b273c08583a31665d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionfiletype_2eh_164', ['optionfiletype.h', ['../optionfiletype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionflag_165', ['OptionFlag', ['../namespacegmx.xhtml#ad86fc7354045be1e1456c019b8f97c25', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionflags_166', ['OptionFlags', ['../namespacegmx.xhtml#a0b60cc84dcdf372e00a5084712630993', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionflags_2eh_167', ['optionflags.h', ['../optionflags_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'], │ │ │ │ + ['optioninfo_168', ['optioninfo', ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml#a28702d9e5916402f81fe48c541a260bc', 1, 'gmx::OptionInfo::OptionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionOptionStorage.xhtml#a92005e65992f933cee89ac8e73364c26', 1, 'gmx::SelectionOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionFileOptionStorage.xhtml#ae7e23ab9895809f8529112419a0d6868', 1, 'gmx::SelectionFileOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02abstractoptionstorage_8cpp_03_1_1MockOptionStorage.xhtml#a7d87e123198297afec33a2f9e047afea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{abstractoptionstorage.cpp}::MockOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FileNameOptionStorage.xhtml#ac565fab34f14163b1e8591c73b13179b', 1, 'gmx::FileNameOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumOptionStorage.xhtml#adbdf1a9b814e0e4ce1d33726c51c3527', 1, 'gmx::EnumOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StringOptionStorage.xhtml#adfec3df516810853d338d2a19f3082cb', 1, 'gmx::StringOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FloatOptionStorage.xhtml#a22c2a72cd49b6566794868f635f363fb', 1, 'gmx::FloatOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DoubleOptionStorage.xhtml#a6a468029afea3a69795399893e9c9e61', 1, 'gmx::DoubleOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Int64OptionStorage.xhtml#a3b575c5b59217bd0f94ff8a44aa1c9b5', 1, 'gmx::Int64OptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerOptionStorage.xhtml#a51929f25babbe05a1b8829acd081702a', 1, 'gmx::IntegerOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOptionStorage.xhtml#a6dcd9cecae230e1d8f9551d329fb6fbc', 1, 'gmx::BooleanOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a14a9360077f79b7c0f768260fa807796', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::optionInfo()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::OptionInfo'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'] │ │ │ │ + ['optionlist_169', ['optionlist', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a9bcab8534a29f710047bfcccba220da1', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::OptionList'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#abd2f04d3b754c9be06639ee28a16e0e7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::OptionList'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_170', ['OptionManagerContainer', ['../classgmx_1_1OptionManagerContainer.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionmanagercontainer_2eh_171', ['optionmanagercontainer.h', ['../optionmanagercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionmap_172', ['OptionMap', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aa8de9d9b14647ede508a45dfb7ebbd22', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['optionmap_5f_173', ['optionMap_', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#aec29c46247eccc69f7ffa3f5c9cebed4', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['options_174', ['options', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#section_trajectoryanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#section_energyanalysisframework_options', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md83', 1, 'Input options'], │ │ │ │ ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a1784e4b777f6805ec9e792f04fa2b78a', 1, 'gmx_reverse_top_t::options()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a488515445eb8fd101a43b1903e64bdbf', 1, 'gmx::Options::Options()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml', 1, 'gmx::Options'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#af6fe6e0a4bd11c13b7f64e60dfe59c2b', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder::options()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['options_20options_175', ['Extensible Handling of Options (options)', ['../group__module__options.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['options_2ecpp_176', ['options.cpp', ['../options_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['options_2eh_177', ['options.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['options_2eh_177', ['options.h', ['../src_2gromacs_2domdec_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2options_2options_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ + ['options_5f_178', ['options_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a461bcb33bd4d0aed73b9a02f46963ba4', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a292a0c6cfed7148f01a99b95d8f8d7f4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl::options_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#a82e46f05bb9b7b80b013b6c614089228', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::options_'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl_1_1Group.xhtml#aa0b581c60a66865d20e59c0b7734729c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::Group::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1FlagTest.xhtml#af80844cb3a58c500effbefef505aab8b', 1, 'gmx::test::FlagTest::options_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter_1_1Impl.xhtml#a9baa833f1ccfd071e838765eb5de135e', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::Impl::options_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['options_5fimpl_2eh_179', ['options_impl.h', ['../options__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'] │ │ │ │ + ['optionsadapter_180', ['optionsadapter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a1f9a304d7b9fb1e0ecf1e1241be78a04', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter::OptionsAdapter()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'] │ │ │ │ + ['optionsassigner_181', ['optionsassigner', ['../classgmx_1_1Options.xhtml#a597cdff9412b378552b0419beb08fb2f', 1, 'gmx::Options::OptionsAssigner'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a1ec73dc8457bd1a10e4542b0617aac2c', 1, 'gmx::OptionsAssigner::OptionsAssigner()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml', 1, 'gmx::OptionsAssigner'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsassigner_2ecpp_182', ['optionsassigner.cpp', ['../tests_2optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../optionsassigner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsassigner_2eh_183', ['optionsassigner.h', ['../optionsassigner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionsbehaviorcollection_184', ['optionsbehaviorcollection', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a74526a586cd629ef3cf99fea463e57f1', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::OptionsBehaviorCollection()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection'] │ │ │ │ @@ -592,48 +592,48 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsectionimpl_189', ['optionsectionimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad732e164448081e172643b2e192e1d68', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl::OptionSectionImpl()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsfilter_190', ['optionsfilter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsFilter.xhtml#aacaefce8572e2ffc40493686194daf32', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsFilter::OptionsFilter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['optionsfinished_191', ['optionsfinished', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml#ace80320e3379cc01c79e52c2a51e4e56', 1, 'gmx::ICommandLineOptionsModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a96e859a1f8ceb6bd4c430944a4f3faaa', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1Msd.xhtml#a0b40f3faf4d88711bbabac660aa3f597', 1, 'gmx::analysismodules::Msd::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#gad6e3bdf7096e4c88b9ff8cf4e1ad9739', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{rdf.cpp}::Rdf::optionsFinished()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisRunnerCommon.xhtml#a03b3e6895e314ca7ea90359ed0a3fedd', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisRunnerCommon::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a39dbf3ae0c6cd27e41260525cdc81934', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ac18e2436bac7d70a0a973166150b3683', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a0e51c68861417e488fcb2a61b425887a', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinished()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModule.xhtml#afa3457cc922f1d16c4c19cec740e0442', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModule::optionsFinished()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ + ['optionsfinishing_192', ['optionsfinishing', ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IOptionsBehavior.xhtml#a2d687df65d56514816478fcda042c3b1', 1, 'gmx::IOptionsBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsBehaviorCollection.xhtml#a677d18d5dc8e7656783ca21b486055d2', 1, 'gmx::OptionsBehaviorCollection::optionsFinishing()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionOptionBehavior.xhtml#ab968390f8410e64d43021d5d7455154b', 1, 'gmx::SelectionOptionBehavior::optionsFinishing()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TimeUnitBehavior.xhtml#a40693bc93fd435e9fb88c14f68dc709f', 1, 'gmx::TimeUnitBehavior::optionsFinishing()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsimpl_193', ['OptionsImpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionsImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['optionsiterator_194', ['optionsiterator', ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsIterator'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a04e208ff7282fa44bcf65172bf5ec6bc', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const OptionSectionInfo &section)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionsIterator.xhtml#a85a4bbdac8294e17f46c19b869ec18ad', 1, 'gmx::OptionsIterator::OptionsIterator(const Options &options)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'] │ │ │ │ + ['optionslistformatter_195', ['optionslistformatter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03_1_1OptionsListFormatter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter'], │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#gae57df389ee654625f4f37889feb0d1af', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::OptionsListFormatter::OptionsListFormatter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingiterator_196', ['optionsmodifyingiterator', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#aaa68f5b4806f54f03162b53b4b0a6965', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(OptionSectionInfo *section)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionsModifyingIterator.xhtml#af187e7362d387745eb6f6484f6468305', 1, 'gmx::OptionsModifyingIterator::OptionsModifyingIterator(Options *options)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_197', ['OptionsModifyingTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingtypevisitor_3c_20floatingpointoptioninfo_20_3e_198', ['OptionsModifyingTypeVisitor< FloatingPointOptionInfo >', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodifyingvisitor_199', ['OptionsModifyingVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsModifyingVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsmodulesettings_5f_200', ['optionsModuleSettings_', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisSettings_1_1Impl.xhtml#aa30802598cfbc0bfa82a65579e47651a', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisSettings::Impl']]], │ │ │ │ - ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'] │ │ │ │ + ['optionstoragetemplate_201', ['optionstoragetemplate', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a141155fc18064e65d14e23f2c26f8b6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const AbstractOption &settings, StorePointer store)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml#a979a7a8f2176df65f7ba26e52e67da6e', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate::OptionStorageTemplate(const OptionTemplate< T, U > &settings, OptionFlags staticFlags=OptionFlags())'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionStorageTemplate< T >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_2eh_202', ['optionstoragetemplate.h', ['../optionstoragetemplate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20bool_20_3e_203', ['OptionStorageTemplate< bool >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20double_20_3e_204', ['OptionStorageTemplate< double >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20float_20_3e_205', ['OptionStorageTemplate< float >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int_20_3e_206', ['OptionStorageTemplate< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplate_3c_20int64_5ft_20_3e_207', ['OptionStorageTemplate< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -650,16 +650,16 @@ │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int_20_3e_215', ['OptionStorageTemplateSimple< int >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20int64_5ft_20_3e_216', ['OptionStorageTemplateSimple< int64_t >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstoragetemplatesimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_217', ['OptionStorageTemplateSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionStorageTemplateSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionstypevisitor_218', ['OptionsTypeVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsTypeVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_219', ['OptionsVisitor', ['../classgmx_1_1OptionsVisitor.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_2ecpp_220', ['optionsvisitor.cpp', ['../optionsvisitor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['optionsvisitor_2eh_221', ['optionsvisitor.h', ['../optionsvisitor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'] │ │ │ │ + ['optiontemplate_222', ['optiontemplate', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a6549910fea5db3f97397efa24de4148a', 1, 'gmx::OptionTemplate::OptionTemplate()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx::OptionTemplate< T, U >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20bool_2c_20booleanoption_20_3e_223', ['OptionTemplate< bool, BooleanOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20double_2c_20doubleoption_20_3e_224', ['OptionTemplate< double, DoubleOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20enumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_225', ['OptionTemplate< EnumType, EnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20enumtype_2c_20legacyenumoption_3c_20enumtype_20_3e_20_3e_226', ['OptionTemplate< EnumType, LegacyEnumOption< EnumType > >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20float_2c_20floatoption_20_3e_227', ['OptionTemplate< float, FloatOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optiontemplate_3c_20int_2c_20integeroption_20_3e_228', ['OptionTemplate< int, IntegerOption >', ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -677,23 +677,23 @@ │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20std_3a_3astring_20_3e_240', ['OptionValueConverterSimple< std::string >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionvalueconvertersimple_3c_20t_20_3e_241', ['OptionValueConverterSimple< T >', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['optionvaluestorenull_242', ['OptionValueStoreNull', ['../classgmx_1_1OptionValueStoreNull.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['oracle_243', ['Oracle', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a30162ed78b6c10f731411f2fc440c24f', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ ['order_244', ['Order', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0aa240fa27925a635b08dc28c9e4f9216d', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['ordersquared_245', ['OrderSquared', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0a3d710f4169b9fe35b6d53ef728db2bf6', 1, 'pme_gpu_constants.h']]], │ │ │ │ ['ordertensors_246', ['orderTensors', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7bcf5d4b19c3f7dff0f62066056a76e0', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ - ['ordervector_247', ['ordervector', ['../partition_8cpp.xhtml#af81b8dd487eb827d0d44a3c08a6bd581', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > vectorToSort, const T &fillerValue, gmx::FastVector< T > *workVector): partition.cpp'], │ │ │ │ + ['ordervector_247', ['ordervector', ['../partition_8cpp.xhtml#a62dabb329c6aed5f62c3293a4482de77', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, const T fillerValue, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'], │ │ │ │ ['../partition_8cpp.xhtml#abbd68a7388ff560860dec6df7b128bb4', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'], │ │ │ │ - ['../partition_8cpp.xhtml#a62dabb329c6aed5f62c3293a4482de77', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > dataToSort, const T fillerValue, gmx::ArrayRef< T > sortBuffer): partition.cpp'] │ │ │ │ + ['../partition_8cpp.xhtml#af81b8dd487eb827d0d44a3c08a6bd581', 1, 'orderVector(gmx::ArrayRef< const gmx_cgsort_t > sort, gmx::ArrayRef< T > vectorToSort, const T &fillerValue, gmx::FastVector< T > *workVector): partition.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['organization_248', ['organization', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md58', 1, 'File organization'], │ │ │ │ ['../page_refdata.xhtml#autotoc_md52', 1, 'Reference data organization'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ + ['organizemdpfile_249', ['organizemdpfile', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a95d29a9c1a3348aea0efde31261482f4', 1, 'gmx::test::organizeMdpFile()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1MultiSimTest.xhtml#aa343a83ca442cb66ced3c1daa04f1ee1', 1, 'gmx::test::MultiSimTest::organizeMdpFile()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['orgid_250', ['orgid', ['../structgmx__ana__indexmap__t.xhtml#a480c734c65ad2a432690b7d27663fb40', 1, 'gmx_ana_indexmap_t']]], │ │ │ │ ['orientations_251', ['orientations', ['../structt__oriresdata.xhtml#a12816bf0b47ebfe75ee47d8cc403e5f3', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationsensembleav_252', ['orientationsEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#affb07a897c704f0b9c82c0c4013827aa', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationsensembleavbuffer_253', ['orientationsEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#aca3212ff4bdbddeae3982399f4e29c7d', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleav_254', ['orientationsTimeAndEnsembleAv', ['../structt__oriresdata.xhtml#a128bef8adaf9af44543495daf25e12cf', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ ['orientationstimeandensembleavbuffer_255', ['orientationsTimeAndEnsembleAvBuffer', ['../structt__oriresdata.xhtml#a9ca5caaf9f175ebf180358fffc6972db', 1, 't_oriresdata']]], │ │ │ │ @@ -702,107 +702,107 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GridAxis.xhtml#ac2cc23846a7de6ebea1e0fbce98b3833', 1, 'gmx::GridAxis::origin()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['orire_5fdtav_258', ['orire_Dtav', ['../classhistory__t.xhtml#a92a289ae075daedd89d6971c6ed38c1a', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['orire_5finitf_259', ['orire_initf', ['../classhistory__t.xhtml#a6047d3a9ba6318f77225bb5da2c92b40', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['orires_260', ['orires', ['../orires_8h.xhtml#ae3c8481da82a990b246b4ad54441b52f', 1, 'orires.h']]], │ │ │ │ ['orires_2ecpp_261', ['orires.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2orires_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['orires_2eh_262', ['orires.h', ['../orires_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ + ['osid_263', ['osid', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#a839e7cf8430f20220c1bb0a04e29d4a6', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::osId'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a683fb54496f56a5dfe28b9691fa1010a', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor::osId'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#a9917bc1fbe9a4b4faff98af24515b0ff', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor::osId'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03_1_1ApicInfo.xhtml#ab8c6e6ec23a07ff79d628f8826c6d54f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}::ApicInfo::osId'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['osidtopuid_264', ['osIdToPuId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e9f194ebef1a97eb7fa9f533b192449', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ ['other_265', ['Other', ['../namespacegmx.xhtml#a73202d646d57bcc963d8afd5a16015f0a6311ae17c1ee52b36e68aaf4ad066387', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['other_20formats_266', ['Help in other formats', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md74', 1, '']]], │ │ │ │ ['other_20older_20approaches_267', ['Other (older) approaches', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md44', 1, '']]], │ │ │ │ ['out_5fangles_268', ['out_angles', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a592a9fb71898d053bc1126cede0ecd17', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5frot_269', ['out_rot', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a2714985fe3702a12979dbc6a4143d895', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5fslabs_270', ['out_slabs', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a6d0ff8951b1f6e3e13cc92a2afe264cd', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['out_5ftorque_271', ['out_torque', ['../structgmx__enfrot.xhtml#a1b9f6d19f38a3ef925d4f7cc344a46d0', 1, 'gmx_enfrot']]], │ │ │ │ ['outerproductevaluator_272', ['OuterProductEvaluator', ['../classgmx_1_1OuterProductEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ + ['outerproductzy_5f_273', ['outerproductzy_', ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#a2fe305552e1af0f9f15def4587506c3d', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::outerProductZY_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a76744dcca53d7159aaf07d2b78052dbc', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::outerProductZY_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outf_274', ['outf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a418bdf83009d84dc28c7ccc0b9591bb1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['outinit_275', ['outinit', ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#ab6f368546e7a0605669f6ffa9a4e1184', 1, 'gmx_ana_selmethod_t']]], │ │ │ │ ['output_276', ['output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, 'Coordinate data output'], │ │ │ │ ['../page_analysistemplate.xhtml#autotoc_md86', 1, 'Output'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['output_20data_20analysisdata_277', ['Parallelizable Handling of Output Data (analysisdata)', ['../group__module__analysisdata.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['output_20data_20handling_278', ['output data handling', ['../page_analysisdata.xhtml', 1, 'Analysis output data handling'], │ │ │ │ ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md100', 1, 'Output data handling'], │ │ │ │ ['../page_energyanalysisframework.xhtml#autotoc_md90', 1, 'Output data handling'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['output_2eh_279', ['output.h', ['../output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_280', ['outputadaptercontainer', ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#aaf6aa8b1a9e26274a1184a78b28daf68', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(CoordinateFileFlags abilities)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml#a24e4389e62ce62e3e170fd0293112ddf', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer::OutputAdapterContainer(unsigned long abilities)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OutputAdapterContainer.xhtml', 1, 'gmx::OutputAdapterContainer'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['outputadaptercontainer_2ecpp_281', ['outputadaptercontainer.cpp', ['../tests_2outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../outputadaptercontainer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputadaptercontainer_2eh_282', ['outputadaptercontainer.h', ['../outputadaptercontainer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputadapterpointer_283', ['OutputAdapterPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a931d7c3f10f668b68f3307c9a23aac82', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['outputadapters_2ecpp_284', ['outputadapters.cpp', ['../outputadapters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputadapters_2eh_285', ['outputadapters.h', ['../outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2outputadapters_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputbuffer_286', ['outputbuffer', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a844a4b89e2ec0a9150dd46960e998744', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread) const'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a6bde4c4dc88ba22650ae13cb977bfffd', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::outputBuffer(int thread)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputbuffers_287', ['outputBuffers', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#a13e67345005e7b132821c867340d881d', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['outputenv_5f_288', ['outputEnv_', ['../classgmx_1_1SimulatorEnv.xhtml#aa1aa20355975f59f3a92ff3e3b6926e3', 1, 'gmx::SimulatorEnv']]], │ │ │ │ - ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ + ['outputfile_289', ['outputfile', ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a655c0f595a738d56078de302e756840d', 1, 'gmx::HelpWriterContext::outputFile()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ ['../classOutputFile.xhtml#ac7a960d433c068b45d1a4d69db2afab4', 1, 'OutputFile::OutputFile()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TrajectoryFileOpener.xhtml#a95a59e0ec86cab7744c655097d17b211', 1, 'gmx::TrajectoryFileOpener::outputFile()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileNameOption.xhtml#a80e635f1f2b0eac13821b49a09a16936', 1, 'gmx::FileNameOption::outputFile()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#ac25520de7a467ddeec04197c1b5396c9', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::outputFile'], │ │ │ │ + ['../classOutputFile.xhtml', 1, 'OutputFile'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputfiles_290', ['outputFiles', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03_1_1StartingBehaviorHandler.xhtml#a9e9db68654dfa6a3ab2e55fc02a5457f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}::StartingBehaviorHandler']]], │ │ │ │ ['outputfiles_2ecpp_291', ['outputfiles.cpp', ['../outputfiles_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputfilestestparams_292', ['OutputFilesTestParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02outputfiles_8cpp_03.xhtml#a8a8f20526e2ec669992bc40c061b1045', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{outputfiles.cpp}']]], │ │ │ │ ['outputfiletype_293', ['OutputFileType', ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a0d9fdb0da3e9c99ad58a3e02bcd01fbc', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}']]], │ │ │ │ ['outputforces_294', ['outputForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a52c053d2f484872840df51fd76eb07d1', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['outputformat_295', ['outputFormat', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext.xhtml#a6a6f292ac89470c9070141d96ce46213', 1, 'gmx::HelpWriterContext']]], │ │ │ │ ['outputparametergeneratorfunction_296', ['OutputParameterGeneratorFunction', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a4d3f74cfb6fe86190ac6944586d98cc2', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['outputparameters_297', ['outputParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#af69e1aa96a402756bc085f8c0e4a6e3e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['outputprovider_298', ['outputprovider', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02qmmm_8cpp_03_1_1QMMM.xhtml#afbe4b4f15f2fb51dec87524400c3679b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{qmmm.cpp}::QMMM::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule__stub_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#a6b9f0c069a221b101096f9f68f29c803', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule_stub.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02plumedMDModule_8cpp_03_1_1PlumedMDModule.xhtml#ad55fe10b4200308446752ca7e9ff43c9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{plumedMDModule.cpp}::PlumedMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02nnpot_8cpp_03_1_1NNPotMDModule.xhtml#a60708733d18b2a18c189f54be32b3d1f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{nnpot.cpp}::NNPotMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml#a8626e0c00a59d28fb747cd2fee362be1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricField::outputProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFitting.xhtml#ac11d6a709c42d71c5d21c183274c2305', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFitting::outputProvider()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a7dfc4b65e317135bf9116ae6a82e1417', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a62758ceddf7643d6d4ff2f29a53daae4', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a72cb582ed6d59671da41c5f022338668', 1, 'gmx::MDModules::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IMDModule.xhtml#a489c0cac9c871a0f1cc0a95f7a52bc0b', 1, 'gmx::IMDModule::outputProvider()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RestraintMDModule.xhtml#afe126d08665a6d3ccd32c3f569476d52', 1, 'gmx::RestraintMDModule::outputProvider()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputprovider_5f_299', ['outputProvider_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a189bb18d1e119b20ee50a8573240c1a6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml#adfdcfbbeb5cbf85a8ec3cd2c0c92ab69', 1, 'gmx::OutputSelector::OutputSelector(const Selection &sel)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1OutputSelector.xhtml', 1, 'gmx::OutputSelector'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputselector_2ecpp_305', ['outputselector.cpp', ['../outputselector_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputselector_2eh_306', ['outputselector.h', ['../outputselector_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['outputselectordeathtest_307', ['OutputSelectorDeathTest', ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['outputselectorpointer_308', ['OutputSelectorPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a139b5367368caa9a3189d367ecb2ba36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'] │ │ │ │ + ['outputsforces_309', ['outputsforces', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#a3932241bd98dba18e262ac05c53d69ba', 1, 'gmx::INNPotModel::outputsForces()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a4586a9e3c5c8b909d66de4fb6ec7a9cd', 1, 'gmx::TorchModel::outputsForces()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['outputstartstructureifwanted_310', ['outputStartStructureIfWanted', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ae93792afe330e7d0b2d1114e97457986', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['outputstream_311', ['outputStream', ['../classgmx_1_1test_1_1InteractiveTestHelper.xhtml#a7082d6e0d7115bc79c50b156e4c6b228', 1, 'gmx::test::InteractiveTestHelper']]], │ │ │ │ ['outputtempdirectory_5f_312', ['outputTempDirectory_', ['../classgmx_1_1test_1_1TestFileManager_1_1Impl.xhtml#af15703efc579053739917cea5a5c6f9d', 1, 'gmx::test::TestFileManager::Impl']]], │ │ │ │ ['outputtypetonormalization_313', ['outputTypeToNormalization', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02biaswriter_8cpp_03.xhtml#adf61ddefabe6083b47fb8a6bae0a631a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{biaswriter.cpp}']]], │ │ │ │ ['over_20mpi_314', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['over_5falloc_5fdd_315', ['over_alloc_dd', ['../smalloc_8h.xhtml#af1533c63c1d40c5bb9bfaaa6d898369a', 1, 'smalloc.cpp']]], │ │ │ │ @@ -812,11 +812,11 @@ │ │ │ │ ['overlaprecvcapacity_319', ['overlapRecvCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a4a086875e11a80eaf7cd650f4acbaf9d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlaprecvsize_320', ['overlapRecvSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a3c27ce0b2de4f256cce97fb59b8d3ec2', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlapsendcapacity_321', ['overlapSendCapacity', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#ae0505c080b50b552f979d6836715ee2d', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['overlapsendsize_322', ['overlapSendSize', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml#a1a82f88b29e81fe40ad01e020bd77206', 1, 'PmeGpuHaloExchange']]], │ │ │ │ ['override_5fnsteps_5fcmdline_323', ['override_nsteps_cmdline', ['../runner_8cpp.xhtml#ae0621a7f7cf0f5acb28130cd789fa94d', 1, 'runner.cpp']]], │ │ │ │ ['overridesourceroot_324', ['overrideSourceRoot', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a8cefeebc77a92fe411e0d4beb9cbf053', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext']]], │ │ │ │ ['overview_325', ['Structural overview', ['../page_selections.xhtml#autotoc_md95', 1, '']]], │ │ │ │ - ['ow1_326', ['ow1', ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'] │ │ │ │ + ['ow1_326', ['ow1', ['../classgmx_1_1SettleData.xhtml#ab01280569ca1a57ff7a38e8f3ed4c183', 1, 'gmx::SettleData::ow1()'], │ │ │ │ + ['../structWaterMolecule.xhtml#ac8c8d40e6687fb0e519d2971310bb03b', 1, 'WaterMolecule::ow1'] │ │ │ │ ]] │ │ │ │ ]; │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_13.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -45,22 +45,22 @@ │ │ │ │ ['paddedvector_3c_20rvec_20_3e_25', ['PaddedVector< RVec >', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['paddedvectortest_26', ['PaddedVectorTest', ['../classgmx_1_1test_1_1PaddedVectorTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['padding_27', ['padding', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#a74a1c9cb3020fc75e8a7afe9c7047d7b', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner']]], │ │ │ │ ['paddingtraits_28', ['PaddingTraits', ['../structgmx_1_1detail_1_1PaddingTraits.xhtml', 1, 'gmx::detail']]], │ │ │ │ ['pagealignedallocationpolicy_29', ['PageAlignedAllocationPolicy', ['../classgmx_1_1PageAlignedAllocationPolicy.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pagealignedallocator_30', ['PageAlignedAllocator', ['../namespacegmx.xhtml#af01c69345463ebb433d1fedfd356b74a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pagesize_31', ['pageSize', ['../namespacegmx.xhtml#a41f63c30185ee31c10a30e46b7d53f9d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pair_32', ['pair', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'], │ │ │ │ + ['pair_32', ['pair', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nbnxn__excl__t.xhtml#a6a392653c71a1a8e133e2855d5cab556', 1, 'gmx::nbnxn_excl_t::pair'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ad0bd662806a73209a1c6fbe55591fbff', 1, 'gmx::Pair'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistancesSquared.xhtml#af1e781c15cbc8b00f520c621ef583b1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistancesSquared::pair'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pair_20interactions_33', ['Non-bonded pair interactions', ['../group__module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['paircountwithincutoff_34', ['pairCountWithinCutoff', ['../namespacegmx.xhtml#a246c6fa4555b021df975ad1b7f7697c2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pairdist_2ecpp_35', ['pairdist.cpp', ['../tests_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2pairdist_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairdist_2eh_36', ['pairdist.h', ['../pairdist_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairdistance_37', ['PairDistance', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistance.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ ['pairdistancemoduledata_38', ['pairdistancemoduledata', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#aee31955e41d398a1738d90c17b9448d7', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData::PairDistanceModuleData()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairdistancemoduletest_39', ['PairDistanceModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03.xhtml#a3af93fde09ff573ac749dad72cae4b39', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -68,33 +68,33 @@ │ │ │ │ ['pairhash_41', ['pairHash', ['../structgmx_1_1pairHash.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pairlist_2ecpp_42', ['pairlist.cpp', ['../tests_2pairlist_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlist_5fimask_2eh_43', ['pairlist_imask.h', ['../pairlist__imask_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2ecpp_44', ['pairlist_simd_kernel.cpp', ['../pairlist__simd__kernel_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlist_5fsimd_5fkernel_2eh_45', ['pairlist_simd_kernel.h', ['../pairlist__simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2ecpp_46', ['pairlist_tuning.cpp', ['../pairlist__tuning_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlist_5ftuning_2eh_47', ['pairlist_tuning.h', ['../pairlist__tuning_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ + ['pairlistcutoff_48', ['pairlistcutoff', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a2023ee62d6b1a45f5cc8bce187330699', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::pairlistCutoff'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a99a1005d4246403b05b8dee487944485', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::pairlistCutoff'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistinnerradius_49', ['pairlistInnerRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a51c4a118964f4b5213facfd765f76243', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ ['pairlistissimple_50', ['pairlistIsSimple', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a26c1965627a134ffaf8dc77448ae7f43', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ ['pairlistouterradius_51', ['pairlistOuterRadius', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6d5f189da301555a408b19e4b782eb15', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ - ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'] │ │ │ │ + ['pairlistparams_52', ['pairlistparams', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml', 1, 'gmx::PairlistParams'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a5e50f9cb2a367fff511bb6fceb102545', 1, 'gmx::PairlistParams::PairlistParams()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistparams_2ecpp_53', ['pairlistparams.cpp', ['../pairlistparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistparams_2eh_54', ['pairlistparams.h', ['../pairlistparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ + ['pairlistset_55', ['pairlistset', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a0f73ad8dba4b6b59d20f9488611e1efc', 1, 'gmx::PairlistSets::pairlistSet()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSet'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#ae43d2e1d2818c66c47426aa57f40c09b', 1, 'gmx::PairlistSet::PairlistSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistset_2ecpp_56', ['pairlistset.cpp', ['../pairlistset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlistset_2eh_57', ['pairlistset.h', ['../pairlistset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ + ['pairlistsets_58', ['pairlistsets', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a9375364a83138eae955b23cd199fd891', 1, 'gmx::PairlistSets::PairlistSets()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aeb0b1a81cdebaac68841abd89635e084', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::pairlistSets()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml', 1, 'gmx::PairlistSets'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlistsets_2eh_59', ['pairlistsets.h', ['../pairlistsets_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pairlisttype_60', ['pairlisttype', ['../structgmx_1_1PairlistParams.xhtml#a2c83e42e8b3694d16f22bf12c5d9f7e2', 1, 'gmx::PairlistParams::pairlistType'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a988b986d35cacb4d435767ea6c57a0b5', 1, 'gmx::PairlistType'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pairlisttype_5f_61', ['pairlistType_', ['../structgmx_1_1Grid_1_1Geometry.xhtml#a8ded14d0f33cf006304ac9a707cbef4a', 1, 'gmx::Grid::Geometry']]], │ │ │ │ @@ -127,34 +127,34 @@ │ │ │ │ ['parallelization_77', ['Parallelization', ['../page_analysisdata.xhtml#section_analysisdata_parallelization', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelization_20over_20mpi_78', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelizationfactor_79', ['parallelizationFactor', ['../classgmx_1_1AnalysisDataParallelOptions.xhtml#ad581353e29513839c7ab04f429f50b61', 1, 'gmx::AnalysisDataParallelOptions']]], │ │ │ │ ['paralleloptions_2eh_80', ['paralleloptions.h', ['../paralleloptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parallelselection_81', ['parallelSelection', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4e23dbf4cfd2554ac011664b49c1c7e0', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ ['parallelselections_82', ['parallelSelections', ['../classgmx_1_1TrajectoryAnalysisModuleData.xhtml#a4ffe3dec6ef34ae7e6af7a46b9fc7d0b', 1, 'gmx::TrajectoryAnalysisModuleData']]], │ │ │ │ ['param_83', ['param', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution.xhtml#ace6c727298fe514a14a114f41d00e206', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution.xhtml#a843c35d5997b5075c35125a57cd6b937', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution.xhtml#adaa8c7d5f4803f33e80d1811aa0af1f8', 1, 'gmx::NormalDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a0b4956164b6ed61094a550099fa90d3b', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::param'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution.xhtml#a35f0e16a9da71056786953c5095ae334', 1, 'gmx::GammaDistribution::param()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml#a267faab6d4cd2e017603fe0f73500c38', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution.xhtml#ac5071065401d78716721b2d8512b9f75', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param()'], │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selmethod__t.xhtml#afd48ccc940b2c37d46c65bbeb5fb7ff3', 1, 'gmx_ana_selmethod_t::param'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['param_5ftype_84', ['param_type', ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformRealDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::UniformIntDistribution< IntType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::ExponentialDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::GammaDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::NormalDistribution< RealType >::param_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution< RealType, tableBits >::param_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a075c414de6d852b230fcf3090828c0ae', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#a3c7af41da301591eda86b7f17f68d5e2', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a6aa16740324937c7444c04eb52ed1a2a', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a479bbfe6aea453e1b93fb6c46b2a586a', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#a945429fd633cd59c2850bf7cd70d88d5', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::param_type()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#a9da3288cf64135c00f1d8b4f9886e6bc', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::param_type()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['parameterizedmdruntestfixture_85', ['ParameterizedMdrunTestFixture', ['../classgmx_1_1test_1_1ParameterizedMdrunTestFixture.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['parameters_86', ['parameters', ['../page_module_selection_custom.xhtml#selmethods_params', 1, 'Defining parameters'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pull__rotation_8cpp_03.xhtml#af94b35600673f3744fbf6caec27ac27c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pull_rotation.cpp}::Parameters'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a087e8b86cad35f25abf237869a360434', 1, 'gmx::QMMMOptions::parameters()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02virtualsites_8cpp_03_1_1VirtualSiteTest_1_1VirtualSite.xhtml#adf8f8c60fbcbe9df7463a22e5180056e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{virtualsites.cpp}::VirtualSiteTest::VirtualSite::parameters'], │ │ │ │ ['../page_mdmodules.xhtml#autotoc_md7', 1, 'Storing non-mdp option module parameters'] │ │ │ │ @@ -433,27 +433,27 @@ │ │ │ │ ['plumedmoduleinfo_265', ['PlumedModuleInfo', ['../structgmx_1_1PlumedModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['plumedoptions_2ecpp_266', ['plumedoptions.cpp', ['../plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2plumedOptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_267', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_268', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_269', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'], │ │ │ │ - ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'], │ │ │ │ - ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'] │ │ │ │ + ['pmalloc_270', ['pmalloc', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml#a3600a3a1589d7849f5b2f5ee1b54a017', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *deviceContext): pmalloc_sycl.cpp'], │ │ │ │ + ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc_hip.cpp'], │ │ │ │ + ['../pmalloc_8cpp.xhtml#ae10570df1df68fca44040ee4a3d1a95a', 1, 'pmalloc(void **h_ptr, size_t nbytes, const DeviceContext *): pmalloc.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_271', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_272', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_273', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_274', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_275', ['pme', ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedba4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a4792b2e853b980eb284e82db5ad5f4d5', 1, 'gmx::Pme'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_276', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_2eh_277', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_278', ['pme_calc_pidx', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a7ecc9aef79380a045871dc5e00190695', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fcalc_5fpidx_5fwrapper_279', ['pme_calc_pidx_wrapper', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#a91aacccf9c8906e7a5d4e26131820302', 1, 'pme_redistribute.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_280', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_281', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_282', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -466,56 +466,56 @@ │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_5fimpl_5fgpu_5fsycl_2ecpp_289', ['pme_force_sender_gpu_impl_gpu_sycl.cpp', ['../pme__force__sender__gpu__impl__gpu__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2ecpp_290', ['pme_gather_sycl.cpp', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgather_5fsycl_2eh_291', ['pme_gather_sycl.h', ['../pme__gather__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fget_5fpinning_5fpolicy_292', ['pme_get_pinning_policy', ['../pme_8cpp.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#ace2ad200713ffbae9c71d92d92a83d6f', 1, 'pme_get_pinning_policy(): pme.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_2ecpp_293', ['pme_gpu.cpp', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5f3dfft_294', ['pme_gpu_3dfft', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a63b83c7907c118ec820a554d4d1e9968', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, enum gmx_fft_direction direction, int gridIndex=0): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a1f64e263e5d5cfb108695dce2049acf6', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *, enum gmx_fft_direction, int): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a903364732f9d5fe033039714e4aef8dc', 1, 'pme_gpu_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_fft_direction dir, const int grid_index): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5factive_295', ['pme_gpu_active', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a06b866a69f90c5f4b92716d25944e480', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5falloc_5fenergy_5fvirial_296', ['pme_gpu_alloc_energy_virial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6857d534c4c31a5f768838378c691464', 1, 'pme_gpu_alloc_energy_virial(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_2eh_297', ['pme_gpu_calculate_splines.h', ['../pme__gpu__calculate__splines_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcalculate_5fsplines_5fsycl_2eh_298', ['pme_gpu_calculate_splines_sycl.h', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcheck_5frestrictions_299', ['pme_gpu_check_restrictions', ['../pme_8cpp.xhtml#a30f29ab01f4617cea28a55ee8552ee6a', 1, 'pme.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fclear_5fenergy_5fvirial_300', ['pme_gpu_clear_energy_virial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a92eb8641bfe3f99dd4bd3e7061022817', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0ba3a7ad94f1ef0b322c0f86c5022e67', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a409d3aa62caba5140ad6fed223eb2707', 1, 'pme_gpu_clear_energy_virial(const PmeGpu *pmeGpu, bool gpuGraphWithSeparatePmeRank): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fclear_5fgrids_301', ['pme_gpu_clear_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adad2de39f6b338c2b757f7ead3e06c19', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a3ae2f70dd55ebfd5c00d0e13706d9730', 1, 'pme_gpu_clear_grids(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fconstants_2eh_302', ['pme_gpu_constants.h', ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5fcommon_5fdata_5ffrom_303', ['pme_gpu_copy_common_data_from', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a96a23ba273d3788baab82d8c71854663', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fforces_304', ['pme_gpu_copy_input_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5db280d2fe0d5ea1ab7784b55d7b5326', 1, 'pme_gpu_copy_input_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fatom_5fdata_305', ['pme_gpu_copy_input_gather_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a0f637186d789670a691718b6e2093dcb', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_atom_data(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5finput_5fgather_5fgrid_306', ['pme_gpu_copy_input_gather_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a81cfe2ee3d481faa62f8bb0c19e7d576', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aee24c48e3382216a39464d7737472dba', 1, 'pme_gpu_copy_input_gather_grid(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fforces_307', ['pme_gpu_copy_output_forces', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6aa284d4700ed885ff6fbcf30028edec', 1, 'pme_gpu_copy_output_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fatom_5fdata_308', ['pme_gpu_copy_output_spread_atom_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5eda5784aafed0ed566c599d35eb5ad9', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_atom_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fcopy_5foutput_5fspread_5fgrid_309', ['pme_gpu_copy_output_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a04419748e0f03bdc420c0a03df335ea6', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3a2ac9f347d7bdd0bb806cdc26a570f0', 1, 'pme_gpu_copy_output_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu, float *h_grid, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5ffract_5fshifts_317', ['pme_gpu_free_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4b9dbf91825ee5a1dcd10832622bc6cf', 1, 'pme_gpu_free_fract_shifts(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrid_5findices_318', ['pme_gpu_free_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a2686c0593219709805c75318dc6d8f0b', 1, 'pme_gpu_free_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ffree_5fgrids_319', ['pme_gpu_free_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a28da8afcd93cb6b68e56927b91f58971', 1, 'pme_gpu_free_grids(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fhaloexchange_320', ['pme_gpu_free_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a6d8e7601f048985c0b4d843a8ed2f3f3', 1, 'pme_gpu_free_haloexchange(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5ffree_5fspline_5fdata_321', ['pme_gpu_free_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a382a09cb9614bd93731406bc0dd8ed25', 1, 'pme_gpu_free_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - 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['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatom_5fdata_5fblock_5fsize_323', ['pme_gpu_get_atom_data_block_size', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aaf41967804c0c6e096a170bd42737781', 1, 'pme_gpu_get_atom_data_block_size(): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fatoms_5fper_5fwarp_324', ['pme_gpu_get_atoms_per_warp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a2e649b5d018f122d49bdfcb6cc6fdad7', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aad1216680366effd5fd9a016f8abd21b', 1, 'pme_gpu_get_atoms_per_warp(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fblock_5fsize_325', ['pme_gpu_get_block_size', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a4e0485171c81aa90225754c5ae3b736f', 1, 'pme_gpu_get_block_size(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fdevice_5ff_326', ['pme_gpu_get_device_f', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#ae379b0dc31767216f880caf4f62862e8', 1, 'pme_gpu_get_device_f(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5ff_5fready_5fsynchronizer_327', ['pme_gpu_get_f_ready_synchronizer', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a7ea4d088e10f0f5a5e78999c39342a1c', 1, 'pme_gpu_get_f_ready_synchronizer(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fget_5fforces_5fready_5fsynchronizer_328', ['pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ef8d526f95f670f71964754f4284b63', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a05aba625a13a6a56b6500455c5c694d0', 1, 'pme_gpu_get_forces_ready_synchronizer(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernel_5fparams_5fbase_5fptr_329', ['pme_gpu_get_kernel_params_base_ptr', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa2ad1e440d1af983cbfd439174464b49', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5fkernelparam_5fforces_330', ['pme_gpu_get_kernelparam_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a55d139b61b461eb90585ffea67a5e9fe', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5d2d5b755227bfbf5462f6689ca810bf', 1, 'pme_gpu_get_kernelparam_forces(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5freal_5fgrid_5fsizes_331', ['pme_gpu_get_real_grid_sizes', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a83c4008ef73685e647a9339e7041f897', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *, gmx::IVec *, gmx::IVec *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a7ba882d2de50fa957af00828162dd06e', 1, 'pme_gpu_get_real_grid_sizes(const PmeGpu *pmeGpu, gmx::IVec *gridSize, gmx::IVec *paddedGridSize): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fget_5ftimings_332', ['pme_gpu_get_timings', ['../pme_8h.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aadcdbd368ce25a9899c3cab4ec895cba', 1, 'pme_gpu_get_timings(const gmx_pme_t *pme, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a85f2f2d0483eaf2d505ea368d4a46b2f', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *, gmx_wallclock_gpu_pme_t *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac600d44fbeb29e467155b1b193410908', 1, 'pme_gpu_get_timings(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallclock_gpu_pme_t *timings): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetenergyandvirial_333', ['pme_gpu_getenergyandvirial', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad805493968044b8ea20ca896df57cee6', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, const float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a824970c42d175c13b7da6b79724e52f1', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &, float, PmeOutput *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a24c100588326826423d72c10d7d6a51a', 1, 'pme_gpu_getEnergyAndVirial(const gmx_pme_t &pme, float lambda, PmeOutput *output): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgetforceoutput_334', ['pme_gpu_getForceOutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a05a1d81709288e6ef5b2e6ad93fdd117', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fgetoutput_335', ['pme_gpu_getoutput', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aca95df16ac604534d23d6ce81dac2f14', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#acc224f03ba4e2b17d466220bf452c39c', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a403d14364f55515b0b066319e3fb9081', 1, 'pme_gpu_getOutput(gmx_pme_t *, bool, real): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_2eh_336', ['pme_gpu_grid.h', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fgrid_5fsycl_2ecpp_337', ['pme_gpu_grid_sycl.cpp', ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fhip_5fstubs_2ecpp_338', ['pme_gpu_hip_stubs.cpp', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_339', ['pme_gpu_init', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aef5228578c02553a77c64e4c9158dd32', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finit_5finternal_340', ['pme_gpu_init_internal', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aed9a58810b26887c1710ecc3787b3e14', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2ecpp_341', ['pme_gpu_internal.cpp', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5finternal_2eh_342', ['pme_gpu_internal.h', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5flaunch_5fcomplex_5ftransforms_343', ['pme_gpu_launch_complex_transforms', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a18436cffafce5c90be682428f197d3ef', 1, 'pme_gpu_launch_complex_transforms(gmx_pme_t *pme, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fgather_344', ['pme_gpu_launch_gather', ['../pme_8h.xhtml#a2a0db53484996329dcaf9b11adee65be', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5flaunch_5fspread_345', ['pme_gpu_launch_spread', ['../pme_8h.xhtml#a01b11dfe5686b424b0593a42c5b89c57', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, real lambdaQ, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a946b49715f34db33df029618ccc0c158', 1, 'pme_gpu_launch_spread(gmx_pme_t *pme, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx_wallcycle *wcycle, const real lambdaQ, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fmixed_5fmode_5fsupports_5finput_346', ['pme_gpu_mixed_mode_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a00b99237202396dd10f249a354b85b71', 1, 'pme_gpu_mixed_mode_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5focl_5fstubs_2ecpp_347', ['pme_gpu_ocl_stubs.cpp', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprepare_5fcomputation_348', ['pme_gpu_prepare_computation', ['../pme_8h.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a7a08872ce2f6e3488eb69ba87e23653c', 1, 'pme_gpu_prepare_computation(gmx_pme_t *pme, const matrix box, gmx_wallcycle *wcycle, const gmx::StepWorkload &stepWork): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2ecpp_349', ['pme_gpu_program.cpp', ['../pme__gpu__program_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_2eh_350', ['pme_gpu_program.h', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2ecpp_351', ['pme_gpu_program_impl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_2eh_352', ['pme_gpu_program_impl.h', ['../pme__gpu__program__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fhip_2ecpp_353', ['pme_gpu_program_impl_hip.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5focl_2ecpp_354', ['pme_gpu_program_impl_ocl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fprogram_5fimpl_5fsycl_2ecpp_355', ['pme_gpu_program_impl_sycl.cpp', ['../pme__gpu__program__impl__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5fbspline_5fvalues_356', ['pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aca7595bc703f478dcd681ffd7bc1429a', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a2c7a5b7bfca0d09110c6956bf28cd819', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_bspline_values(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5ffract_5fshifts_357', ['pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#abd6254378ab90de1dff115c61d0c9931', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_fract_shifts(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fand_5fcopy_5finput_5fcoefficients_358', ['pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aa8dd08c09a068f579a0b7fc93d4d50e6', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, const int gridIndex): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a67eb2fb88a118b6e01b2cbf034066b13', 1, 'pme_gpu_realloc_and_copy_input_coefficients(const PmeGpu *pmeGpu, const float *h_coefficients, int gridIndex=0): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fforces_359', ['pme_gpu_realloc_forces', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5272eaf88e7b1110676df6cf6acc95e3', 1, 'pme_gpu_realloc_forces(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrid_5findices_360', ['pme_gpu_realloc_grid_indices', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae1c53fe5b22597189036c1bdf4c4aafc', 1, 'pme_gpu_realloc_grid_indices(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5frealloc_5fgrids_361', ['pme_gpu_realloc_grids', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a39b72f968b9907393e23b9d9ce37fd6d', 1, 'pme_gpu_realloc_grids(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5frealloc_5fspline_5fdata_362', ['pme_gpu_realloc_spline_data', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a5c6eec5ec3757ff12c04310e2043bd11', 1, 'pme_gpu_realloc_spline_data(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freduce_5foutputs_363', ['pme_gpu_reduce_outputs', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#aaf47ad78db265afaa89c4d7da47c193d', 1, 'pme_gpu.cpp']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_364', ['pme_gpu_reinit', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a82a91a7b7a83fb239a435e436e6f0b45', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *, const DeviceContext *, const DeviceStream *, const PmeGpuProgram *, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a77a7dd7ff510e6ad00a349b5db7919ad', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const bool useMdGpuGraph): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aa4521c86701bbc46046ef691c5c90a05', 1, 'pme_gpu_reinit(gmx_pme_t *pme, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, bool useMdGpuGraph): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5f3dfft_365', ['pme_gpu_reinit_3dfft', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ad9aa90037c75c67926f87351dd081d5a', 1, 'pme_gpu_reinit_3dfft(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fatoms_366', ['pme_gpu_reinit_atoms', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae0628fe742af1d2bf49863997641b78c', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *, int, const real *, const real *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4df33a26719ac64f61e94b5ce01160a9', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, const int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a201b9116043f3496c6068c8f375c890b', 1, 'pme_gpu_reinit_atoms(PmeGpu *pmeGpu, int nAtoms, const real *chargesA, const real *chargesB=nullptr): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ @@ -658,116 +658,116 @@ │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a481cc886c2112861c0e1c0c89571ec78', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const gmx_pme_t *pme, const bool gpuGraphWithSeparatePmeRank, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a69066d5a6d2bd3cfd48c22a7da4fd88b', 1, 'pme_gpu_reinit_computation(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fgrids_368', ['pme_gpu_reinit_grids', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a0f87f8ca2058ea113ad2bc7287682576', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5freinit_5fhaloexchange_369', ['pme_gpu_reinit_haloexchange', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a07838cae9a4635ee6df663e4bee521c8', 1, 'pme_gpu_reinit_haloexchange(PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freinit_5ftimings_370', ['pme_gpu_reinit_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a9c284dcfaf880ba6a57b6e687e891514', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#aa77fc00ad1c62f0e0acb03b644e2bc1a', 1, 'pme_gpu_reinit_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5freset_5ftimings_371', ['pme_gpu_reset_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a5db4fbfad6df6fbe13005f4edfa15203', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac9c5c53ccebc4b241b0de1b0d3ca5fc0', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#a9e82dc29271032072ff9ffb1418a1954', 1, 'pme_gpu_reset_timings(const gmx_pme_t *pme): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fselect_5fbest_5fperforming_5fpme_5fspreadgather_5fkernels_372', ['pme_gpu_select_best_performing_pme_spreadgather_kernels', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9d51e813ca855b79f0c51e2afb0210f7', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fset_5fdevice_5fx_373', ['pme_gpu_set_device_x', ['../pme_8h.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a03f72aad18bc83b6ebba0599b8729808', 1, 'pme_gpu_set_device_x(const gmx_pme_t *pme, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5fkernelparam_5fcoordinates_374', ['pme_gpu_set_kernelparam_coordinates', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#aeff8c61bc59d380068266566e3299383', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *, DeviceBuffer< gmx::RVec >): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a87c93dac2b9eaf3cd5b42b4ada227dad', 1, 'pme_gpu_set_kernelparam_coordinates(const PmeGpu *pmeGpu, DeviceBuffer< gmx::RVec > d_x): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fset_5ftesting_375', ['pme_gpu_set_testing', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a09e861258a4869a92963dd6c30147491', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_376', ['pme_gpu_settings', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#adf2d698f4198c98ac05fe914a77bc044', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsettings_2eh_377', ['pme_gpu_settings.h', ['../pme__gpu__settings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsolve_378', ['pme_gpu_solve', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a70b4c1a84efc404cce76070f3f3ce890', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, const int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#af3bfad0b60a9efe624ab936507274ecc', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *, int, t_complex *, GridOrdering, bool): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af8d0dec13ce7987b901a14535dc3e8ba', 1, 'pme_gpu_solve(PmeGpu *pmeGpu, int gridIndex, t_complex *h_grid, GridOrdering gridOrdering, bool computeEnergyAndVirial): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fspread_379', ['pme_gpu_spread', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#adf90da8a052dd8963dcfab33a1527832', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *, GpuEventSynchronizer *, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids >, bool, bool, real, bool, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *, bool, gmx_wallcycle *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a4c90fbabf607be9d8770ec79dc1a8e15', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, const real lambda, const bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, const bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ae62786a4a17a28d9eda73c27ca41da59', 1, 'pme_gpu_spread(PmeGpu *pmeGpu, GpuEventSynchronizer *xReadyOnDevice, gmx::ArrayRef< PmeAndFftGrids > h_grids, bool computeSplines, bool spreadCharges, real lambda, bool useGpuDirectComm, gmx::PmeCoordinateReceiverGpu *pmeCoordinateReceiverGpu, bool useMdGpuGraph, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_380', ['pme_gpu_staging', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a3b8551b9b2de203257c86d48d9d7fb62', 1, 'pme_gpu_internal.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstaging_2eh_381', ['pme_gpu_staging.h', ['../pme__gpu__staging_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_382', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fstart_5ftiming_382', ['pme_gpu_start_timing', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a8308340f6593537a2bf44a914057e48e', 1, 'pme_gpu_start_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstop_5ftiming_383', ['pme_gpu_stop_timing', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a3051e4da1cc1d9645997959b60fd30b0', 1, 'pme_gpu_stop_timing(const PmeGpu *pmeGpu, PmeStage pmeStageId): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fstream_5fquery_384', ['pme_gpu_stream_query', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a6bbdd7032824c5a58c607403a4a1bda7', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#aded614c4f44ad3c29689336a46f06c00', 1, 'pme_gpu_stream_query(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fsupports_5fbuild_385', ['pme_gpu_supports_build', ['../pme_8cpp.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#a8c1a3fa279f72a26deffce255bb374d9', 1, 'pme_gpu_supports_build(std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsupports_5finput_386', ['pme_gpu_supports_input', ['../pme_8cpp.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme_8h.xhtml#aece8df7226a093dc75cf627631c52304', 1, 'pme_gpu_supports_input(const t_inputrec &ir, std::string *error): pme.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsync_5fspread_5fgrid_387', ['pme_gpu_sync_spread_grid', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a0de296950eadc8a0f95eddbb866c480c', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a9f7ceb99dc4b03f7af55cb2d244629cf', 1, 'pme_gpu_sync_spread_grid(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fsynchronize_388', ['pme_gpu_synchronize', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_internal.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ac642782421fd2e7b2eda79f236975cd8', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#af988b8256d624cfccf2fa2e4d0f7718f', 1, 'pme_gpu_synchronize(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftask_5fenabled_389', ['pme_gpu_task_enabled', ['../pme_8h.xhtml#a9faddde52f5a636410141f52cc95d3e1', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2ecpp_390', ['pme_gpu_timings.cpp', ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_2eh_391', ['pme_gpu_timings.h', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftimings_5fenabled_392', ['pme_gpu_timings_enabled', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#ac5abc85de943c25b69dc29df0f88c0d4', 1, 'pme_gpu_timings_enabled(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftransform_5fspline_5fatom_5fdata_393', ['pme_gpu_transform_spline_atom_data', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a2d532705f5ffbc2f6fd4617d1111cc81', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftry_5ffinish_5ftask_394', ['pme_gpu_try_finish_task', ['../pme_8h.xhtml#aecf67d9094f45a741a7f1c74f27a49e7', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a121a7f787647a8313878cf785fe15d76', 1, 'pme_gpu_try_finish_task(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ, GpuTaskCompletion completionKind): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_2eh_395', ['pme_gpu_types.h', ['../pme__gpu__types_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_2eh_396', ['pme_gpu_types_host.h', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5ftypes_5fhost_5fimpl_2eh_397', ['pme_gpu_types_host_impl.h', ['../pme__gpu__types__host__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fupdate_5finput_5fbox_398', ['pme_gpu_update_input_box', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a598d9d8d1bcb1e0a3e40c8e09d154dd5', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *, const matrix): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a79575e51e673f2d13315370dba0e7191', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *pmeGpu, const matrix box): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fupdate_5finput_5fbox_398', ['pme_gpu_update_input_box', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#a79575e51e673f2d13315370dba0e7191', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *pmeGpu, const matrix box): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#a598d9d8d1bcb1e0a3e40c8e09d154dd5', 1, 'pme_gpu_update_input_box(PmeGpu *, const matrix): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fupdate_5ftimings_399', ['pme_gpu_update_timings', ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fupdate_5ftimings_399', ['pme_gpu_update_timings', ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__timings_8cpp.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_timings.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__timings_8h.xhtml#a0588378ce36eda8bc7a685875ba4b3ae', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *pmeGpu): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__hip__stubs_8cpp.xhtml#ae1ffe34b05c602e60d0087b8d38346b5', 1, 'pme_gpu_update_timings(const PmeGpu *): pme_gpu_hip_stubs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fuse_5fnvshmem_400', ['pme_gpu_use_nvshmem', ['../pme_8h.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#ae16d2dd2e147f746806b1cedb0e90049', 1, 'pme_gpu_use_nvshmem(PmeGpu *pmeGpu, bool useNvshmem): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgpu_5fwait_5fand_5freduce_401', ['pme_gpu_wait_and_reduce', ['../pme_8h.xhtml#adcf095134b3b28e36e32dc65fbb74990', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, real lambdaQ): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a10a5a598f5d8e27ab6e4b3096919637d', 1, 'pme_gpu_wait_and_reduce(gmx_pme_t *pme, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_wallcycle *wcycle, gmx::ForceWithVirial *forceWithVirial, gmx_enerdata_t *enerd, const real lambdaQ): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5fgpu_5fwait_5ffinish_5ftask_402', ['pme_gpu_wait_finish_task', ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a29d284ae8c627b3048447f47e61cf151', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ab6a56b7f42494a3ea76bd33cdaddeaba', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5fgpu_5fwait_5ffinish_5ftask_402', ['pme_gpu_wait_finish_task', ['../pme__gpu__internal_8h.xhtml#ab6a56b7f42494a3ea76bd33cdaddeaba', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, bool computeEnergyAndVirial, real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu_8cpp.xhtml#a29d284ae8c627b3048447f47e61cf151', 1, 'pme_gpu_wait_finish_task(gmx_pme_t *pme, const bool computeEnergyAndVirial, const real lambdaQ, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fgrid_5fpoints_403', ['pme_grid_points', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#aa096c117d68e13e5d18eeff3e39cf156', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5finternal_2eh_404', ['pme_internal.h', ['../pme__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalance_405', ['pme_load_balance', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#ab969f20a626f1c0a31f3d33cdbf8a8e1', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalancing_2ecpp_406', ['pme_load_balancing.cpp', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fload_5fbalancing_2eh_407', ['pme_load_balancing.h', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5fdo_408', ['pme_loadbal_do', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a355929fd232d21971e0f98ff31c7d474', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#aedeb04303d1bffa9e4dc1d3b843f5f9d', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, struct t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fdo_408', ['pme_loadbal_do', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#aedeb04303d1bffa9e4dc1d3b843f5f9d', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, struct t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a355929fd232d21971e0f98ff31c7d474', 1, 'pme_loadbal_do(pme_load_balancing_t *pme_lb, t_commrec *cr, FILE *fp_err, FILE *fp_log, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, t_forcerec *fr, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_wallcycle *wcycle, int64_t step, int64_t step_rel, gmx_bool *bPrinting, bool useGpuPmePpCommunication): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fdone_409', ['pme_loadbal_done', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#acb67e42228333b60cd1e7353b5da382e', 1, 'pme_loadbal_done(pme_load_balancing_t *pme_lb, FILE *fplog, const gmx::MDLogger &mdlog, gmx_bool bNonBondedOnGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fend_410', ['pme_loadbal_end', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a08ba9fd9752caab7ff2c6518736c8684', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['pme_5floadbal_5fincrease_5fcutoff_411', ['pme_loadbal_increase_cutoff', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a8eed547e08152be03e8ea355219fd699', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5finit_412', ['pme_loadbal_init', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5finit_412', ['pme_loadbal_init', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#abcc387a129e73462ca867938847da414', 1, 'pme_loadbal_init(pme_load_balancing_t **pme_lb_p, t_commrec *cr, const gmx::MDLogger &mdlog, const t_inputrec &ir, const matrix box, const interaction_const_t &ic, const gmx::nonbonded_verlet_t &nbv, gmx_pme_t *pmedata, gmx_bool bUseGPU): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ + ['pme_5floadbal_5fis_5factive_413', ['pme_loadbal_is_active', ['../pme__load__balancing_8h.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'], │ │ │ │ + ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#afd02504f87f1d1089c1da16b5bbc5bbf', 1, 'pme_loadbal_is_active(const pme_load_balancing_t *pme_lb): pme_load_balancing.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_5fonly_2eh_414', ['pme_only.h', ['../pme__only_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5forder_415', ['pme_order', ['../structPmeShared.xhtml#a2c1fecac21d22a25c4db7ea4ed217d5e', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['pme_5forder_5fmax_416', ['PME_ORDER_MAX', ['../pme__internal_8h.xhtml#a0b5842a3b64b78d81e64d305d93fb444', 1, 'pme_internal.h']]], │ │ │ │ ['pme_5foutput_2eh_417', ['pme_output.h', ['../pme__output_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fpp_2ecpp_418', ['pme_pp.cpp', ['../pme__pp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fpp_2eh_419', ['pme_pp.h', ['../pme__pp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -798,17 +798,17 @@ │ │ │ │ ['pmecorrfunction_442', ['pmeCorrFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a114b7bdef1d5775f3aee743a549c9d08', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ ['pmedata_443', ['pmedata', ['../structpme__setup__t.xhtml#a24d77a179605be8e30e0042930172072', 1, 'pme_setup_t']]], │ │ │ │ ['pmefinalizetest_444', ['pmeFinalizeTest', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1edd6d8cc0e4fa820be454dbf3877f4f', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmeforcecorrection_445', ['pmeforcecorrection', ['../namespacegmx.xhtml#a5275f264f1c6da2502ec03e8fbf855a4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(double z2)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a1e5b1230d0301fa6760e34d7641ca7e4', 1, 'gmx::pmeForceCorrection(float z2)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmeforcecorrectionsingleaccuracy_446', ['pmeForceCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#abd18f07b8fd19f03f12442211982db53', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ - ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ + ['pmeforcesendergpu_447', ['pmeforcesendergpu', ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml#adebce74b420495046e8211be15c53bae', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu::PmeForceSenderGpu()'], │ │ │ │ + ['../structgmx__pme__pp.xhtml#a23d50db5d4950d91a794b4ffb101b531', 1, 'gmx_pme_pp::pmeForceSenderGpu'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmeForceSenderGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmeForceSenderGpu'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmeforcesready_448', ['pmeForcesReady', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#ab767da2851abd9a401e9a83101176230', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ ['pmegatherkernel_449', ['pmeGatherKernel', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#aa72cdc234e8e46990c97e36ded8fa09b', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ ['pmegathertest_2ecpp_450', ['pmegathertest.cpp', ['../pmegathertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegetcomplexgrid_451', ['pmeGetComplexGrid', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a15dd98cb3ef7e76e595ee9643e99a301', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridinternal_452', ['pmeGetComplexGridInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6e3a33b07d7a07d364adb41606108d51', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmegetcomplexgridsizesinternal_453', ['pmeGetComplexGridSizesInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a611b81b5fa91c5af3a1d55f0dcccd403', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ @@ -826,17 +826,17 @@ │ │ │ │ ['pmegetsplinedatainternal_465', ['pmeGetSplineDataInternal', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a89ce822256e5c1307a850837c8ab23a0', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmegpu_466', ['PmeGpu', ['../structPmeGpu.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegpuatomparams_467', ['PmeGpuAtomParams', ['../structPmeGpuAtomParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegpucheckatomcharge_468', ['pmeGpuCheckAtomCharge', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#a2bcd422ff33a51339b82bf55019590e2', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ ['pmegpuconstparams_469', ['PmeGpuConstParams', ['../structPmeGpuConstParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegpucreategrid_470', ['pmeGpuCreateGrid', ['../pme__gpu__internal_8cpp.xhtml#ae10d979ffdf2422ac3e11f5dc6fa7d3c', 1, 'pme_gpu_internal.cpp']]], │ │ │ │ ['pmegpudynamicparams_471', ['PmeGpuDynamicParams', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ + ['pmegpugridhaloexchange_472', ['pmegpugridhaloexchange', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a27a826956f0aa8c1927c8fe235f017a3', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'] │ │ │ │ + ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#a05b62ebd1ff27542d4e71e53753ecf20', 1, 'pmeGpuGridHaloExchange(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmegpugridhaloexchangereverse_473', ['pmegpugridhaloexchangereverse', ['../pme__gpu__ocl__stubs_8cpp.xhtml#a6b2310ae91449944562c827d41a60841', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *, gmx_wallcycle *): pme_gpu_ocl_stubs.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid__sycl_8cpp.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__gpu__grid_8h.xhtml#ada9b801da508de001dfc4d1a72c9526c', 1, 'pmeGpuGridHaloExchangeReverse(const PmeGpu *pmeGpu, gmx_wallcycle *wcycle): pme_gpu_grid_sycl.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmegpugridparams_474', ['PmeGpuGridParams', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegpuhaloexchange_475', ['PmeGpuHaloExchange', ['../structPmeGpuHaloExchange.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -846,16 +846,16 @@ │ │ │ │ ['../classPmeGpuProgram.xhtml#aa7e861bd577b2173e248c5bf9fb5ef0e', 1, 'PmeGpuProgram::PmeGpuProgram()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmegpuprogramimpl_479', ['pmegpuprogramimpl', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml', 1, 'PmeGpuProgramImpl'], │ │ │ │ ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#aaa32b034422bc8368663a7399f35780e', 1, 'PmeGpuProgramImpl::PmeGpuProgramImpl()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmegpuprogramstorage_480', ['PmeGpuProgramStorage', ['../pme__gpu__program_8h.xhtml#a97971c4f6d1aaf179563e021309fe680', 1, 'pme_gpu_program.h']]], │ │ │ │ ['pmegpusettings_481', ['PmeGpuSettings', ['../structPmeGpuSettings.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ + ['pmegpuspecific_482', ['pmegpuspecific', ['../pme__gpu__types__host_8h.xhtml#a13767aeede40e21d6edf8d835df9705f', 1, 'PmeGpuSpecific: pme_gpu_types_host.h'], │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml', 1, 'PmeGpuSpecific'], │ │ │ │ ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1bee1e0810c2c0eb7b06c953416e193f', 1, 'PmeGpuSpecific::PmeGpuSpecific()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmegpustageatomdata_483', ['pmeGpuStageAtomData', ['../pme__gpu__calculate__splines__sycl_8h.xhtml#af5c60e250e572e1bab33ccf09a24f01e', 1, 'pme_gpu_calculate_splines_sycl.h']]], │ │ │ │ ['pmegpustaging_484', ['PmeGpuStaging', ['../structPmeGpuStaging.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmegpuwaitandreduce_485', ['pmeGpuWaitAndReduce', ['../namespacegmx.xhtml#a3db2e0fcedab51584c0e640bbb5e9d46', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pmegridnk_486', ['pmegridNk', ['../structPmeShared.xhtml#aef67175d75c261387ce7806141fdd796', 1, 'PmeShared']]], │ │ │ │ ['pmegridsreadyforspread_487', ['pmeGridsReadyForSpread', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a16feeb45c5bbaccf371d415251bb08b2', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ @@ -874,16 +874,16 @@ │ │ │ │ ['pmeperformgather_498', ['pmePerformGather', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b568c9ce545ed5b81aab09b839307ad', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmeperformsolve_499', ['pmePerformSolve', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a56aae96ca19e204f55fa12d7048c09ea', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmeperformsplineandspread_500', ['pmePerformSplineAndSpread', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a1ca32a3032115f7d3287676d2c0e6f17', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['pmepotentialcorrection_501', ['pmepotentialcorrection', ['../namespacegmx.xhtml#ac54e81f11cb53c7d68ff7dab05bd6afd', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(float z2)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acba0166c05fec69dd4a2624ed8dcff95', 1, 'gmx::pmePotentialCorrection(double z2)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmepotentialcorrectionsingleaccuracy_502', ['pmePotentialCorrectionSingleAccuracy', ['../namespacegmx.xhtml#ab8004b2507f7192ead653fcdcb6735fe', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'] │ │ │ │ + ['pmeppcommgpu_503', ['pmeppcommgpu', ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml', 1, 'gmx::PmePpCommGpu'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PmePpCommGpu.xhtml#ad6faf3fc85e8c1881e3f16d5e6a7ed34', 1, 'gmx::PmePpCommGpu::PmePpCommGpu()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pmepptransfer_504', ['PmePpTransfer', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5a13b8e77399a0dac4074b4f84806d814d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pmeprinting_505', ['pmePrinting', ['../classgmx_1_1PmeLoadBalanceHelper.xhtml#a8436afe7313d62bd16fa218ba9d23f06', 1, 'gmx::PmeLoadBalanceHelper']]], │ │ │ │ ['pmeranks_5f_506', ['pmeRanks_', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0c90cc0bff9a1ecf03219470420d6605', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl']]], │ │ │ │ ['pmeremotecpuforceptr_507', ['pmeRemoteCpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ac494c801f14e07badc7b3cb1723a9e5e', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ ['pmeremotegpuforceptr_508', ['pmeRemoteGpuForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#ae85beb1a3a77948cb972ef832cecdbcc', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ ['pmerunmode_509', ['PmeRunMode', ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791', 1, 'pme.h']]], │ │ │ │ @@ -914,70 +914,70 @@ │ │ │ │ ['pmf_532', ['pmf', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'gmx::Pmf'], │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02gmx__awh_8cpp_03.xhtml#a600536d6baf212ecc56d278f2a0e3e59a84c75a906e1e7548f6df1e4e3aa3af52', 1, 'anonymous_namespace{gmx_awh.cpp}::Pmf'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['point_533', ['point', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#a9580f519d30dc81342ad890187d13edc', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ ['point_20data_534', ['Floating-point data', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md60', 1, '']]], │ │ │ │ ['point_20values_535', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointdistancealongaxis_536', ['pointDistanceAlongAxis', ['../namespacegmx.xhtml#a9980e0f1eac7ff209652d8cecb1eca36', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ + ['pointer_537', ['pointer', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ae5525f7b3c732a93f675b4280cc10e7d', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::pointer'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a7d3b7bcef0b244efc5d3da2fe2278390', 1, 'gmx::ArrayRef::pointer'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a49a356bfb08d78cfe5e4a9e31b96367e', 1, 'gmx::EnumerationArray::pointer'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a06373345a99c67a2e0d12372a13f2a91', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pointer'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#a3e88ccc15552d68e12105aebcbf1b7f9', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::pointer'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#afcdc192280a9292909fdc9517e323090', 1, 'gmx::basic_mdspan::pointer'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1accessor__basic.xhtml#af82d407a1ceb60e6c53ba95587199719', 1, 'gmx::accessor_basic::pointer'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_538', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointers_2eh_539', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['points_540', ['points', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a3ac116746718cc0af400eb6c49e23e8b', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ - ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['pointsadded_541', ['pointsadded', ['../classgmx_1_1AnalysisDataVectorPlotModule.xhtml#a1f5b2dbab42eb4ca8ce85d8324432824', 1, 'gmx::AnalysisDataVectorPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotModule.xhtml#a32ac3ced4c11a10e20775a32ee5d349b', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleSerial.xhtml#a26723206e33708251bbba70eed673f44', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleSerial::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02select_8cpp_03_1_1IndexFileWriterModule.xhtml#abd4b1bd4f780c858218c2ed853002b20', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{select.cpp}::IndexFileWriterModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a76d3359cbb6ec62060a543b03ef18509', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleParallel.xhtml#a5b851f02915d11a13791ce5e7d49ab9d', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleParallel::pointsAdded()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataProxy.xhtml#a59635a206ddc8987538955f3a36c5cd9', 1, 'gmx::AnalysisDataProxy::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#aa73d00aa098a1f4dff8d9ab52c1b7400', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml#ace93b671432df57c1f885d82c2fa2818', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml#ad17650bcebc55264c9fc8dcfc4e35e3d', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#ad0b6d871e1cae3cb49af5b5c3329e3eb', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#a86f6a46cf64108dbab34f4faff53d011', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ada35de8665d5e2514f9b742fa668e3a2', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataLifetimeModule.xhtml#aa5bc505d9b2c6f4e28b2ae8279dc9635', 1, 'gmx::AnalysisDataLifetimeModule::pointsAdded()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#adcf1de40fc5879c1a12532635e81d479', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IAnalysisDataModule.xhtml#af7097e86905c7133ccfd2242fbca9ad0', 1, 'gmx::IAnalysisDataModule::pointsAdded()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pointsalonglambdaaxis_542', ['pointsAlongLambdaAxis', ['../namespacegmx.xhtml#aff07c7a9ebdd29aa1584af5d8820afcc', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['pointset_543', ['pointset', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a780adb8176b23a810eb167b70723a8d9', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSet()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a98d9a081734b5a125b0f8d72013e5de6', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSet()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ad2e8bad8fb18c4e8a73342323bae7278', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'], │ │ │ │ + ['pointsetcount_544', ['pointsetcount', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputFrame.xhtml#ac9c5ce5f1cf9f40a432a04e95c41b373', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputFrame::pointSetCount()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageFrameData.xhtml#a6e0a2eb1e875073499c25f0d692e728c', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageFrameData::pointSetCount()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a61c2ee6ccfc1bc2d0d53023676a18fba', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::pointSetCount()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pointshavedifferentlambda_545', ['pointsHaveDifferentLambda', ['../namespacegmx.xhtml#aae9bf2b5e56f777f3c61fddadcbb78cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'] │ │ │ │ + ['pointstate_546', ['pointstate', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml', 1, 'gmx::PointState'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a2141bf32d5fe8de87bd0769221d9d831', 1, 'gmx::PointState::PointState()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_547', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointstate_2eh_548', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_549', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['polynomials_2eh_550', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pop_5fback_551', ['pop_back', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aeb1301327a77c58c2f2a0e3f524cf529', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::pop_back()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a6a499eede7dbd2c0df803d06f7a2fb1d', 1, 'gmx::KeyValueTreePath::pop_back()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pop_5flast_552', ['pop_last', ['../classgmx_1_1KeyValueTreePath.xhtml#a3d56878a0b33dd289ae7046d0ef86bd6', 1, 'gmx::KeyValueTreePath']]], │ │ │ │ ['popientrywhenempty_553', ['popIEntryWhenEmpty', ['../classt__nblist.xhtml#ab26cfa59d201918a936f9c3a716c7a51', 1, 't_nblist']]], │ │ │ │ ['populatemoleculetype_554', ['populateMoleculeType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#aa7970a5640bd23bc600abb150f6e9691', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ - 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['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['position_5frestraints_2ecpp_578', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['position_5frestraints_2eh_579', ['position_restraints.h', ['../position__restraints_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['positionandamplitude_580', ['PositionAndAmplitude', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ - ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'] │ │ │ │ + ['positioncalculationcollection_581', ['positioncalculationcollection', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml#aef3a4272761b50e6f351a53360d89a3d', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::PositionCalculationCollection()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection.xhtml', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['positionoffset_582', ['positionOffset', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#aea7d4003b9200b259afe520937dbfe3c', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ ['positions_583', ['positions', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroupscog_8cpp_03.xhtml#a1d7b92752da9be32558c2d13eddd84a7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroupscog.cpp}::positions'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796ca3160eb21973806e4291c3979d4aa242e', 1, 'gmx::Positions'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['positionsandvelocities_584', ['PositionsAndVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cad3b078b311589ad4f94c755832ef725e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['positionscalingcallback_585', ['positionScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ac9a40ecf45c6079ba2b3468daefb435f', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ @@ -1020,28 +1020,28 @@ │ │ │ │ ['positionsview_589', ['positionsView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#af6c40b68aabb89ee5233dbabebf98864', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ ['positionsymbol_590', ['PositionSymbol', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbol.xhtml#ae1aa823f90fa95c285240878c93d295fad0f3a23ad1e73286b34f61ee68672b3e', 1, 'gmx::SelectionParserSymbol']]], │ │ │ │ ['posres_591', ['posres', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#ae8723186b9bb707506acc0a326ca214f', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ ['posres_5fdx_592', ['posres_dx', ['../namespaceanonymous__namespace_02position__restraints_8cpp_03.xhtml#a3c4d10324cfff742c83657792cd70ce1', 1, 'anonymous_namespace{position_restraints.cpp}']]], │ │ │ │ ['posres_5fwrapper_593', ['posres_wrapper', ['../position__restraints_8h.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a1c4990a93b04b1744b635492a3be9c22', 1, 'posres_wrapper(gmx::ArrayRef< const int > iatoms, gmx::ArrayRef< const t_iparams > iparamsPosres, const t_pbc &pbc, const rvec *x, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer, gmx::ArrayRef< rvec4 > forces, gmx::RVec *virial, real *dvdl): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ - ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ + ['posres_5fwrapper_5flambda_594', ['posres_wrapper_lambda', ['../position__restraints_8cpp.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'], │ │ │ │ + ['../position__restraints_8h.xhtml#a4e01c646def2d038cc374a83bf721751', 1, 'posres_wrapper_lambda(struct gmx_wallcycle *wcycle, const InteractionDefinitions &idef, const t_pbc &pbc, const rvec x[], gmx_enerdata_t *enerd, gmx::ArrayRef< const real > lambda, const t_forcerec *fr, const gmx::ArrayRef< const unsigned short > refScaleComIndices, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassScaledBuffer, gmx::ArrayRef< gmx::RVec > centersOfMassBScaledBuffer): position_restraints.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['posres_5fxa_595', ['posres_xA', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a91f1775f42ddf8a37ad39b0b7459d267', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ ['posres_5fxb_596', ['posres_xB', ['../structgmx__molblock__t.xhtml#a5b3613d862d2a95219d7777ee428a636', 1, 'gmx_molblock_t']]], │ │ │ │ ['postprocess_5fitem_5fsubexpressions_597', ['postprocess_item_subexpressions', ['../compiler_8cpp.xhtml#a794bd695ad208084dc7018e4c90735c1', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['postprocessforces_598', ['postProcessForces', ['../namespacegmx.xhtml#a6df04b142f03474fd77dd1b6f370553f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['postprocessforcewithshiftforces_599', ['postProcessForceWithShiftForces', ['../namespacegmx.xhtml#a66e4fbbc6684439ec7c3246d6be3bc31', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['potanglefit_600', ['PotAngleFit', ['../structgmx__enfrotgrp.xhtml#a4cc2873968b4ca417ed95b384e0071f6', 1, 'gmx_enfrotgrp']]], │ │ │ │ ['potential_601', ['potential', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#acb463578c26791ab925cbccf9b80a54c', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ ['potentialenergytoleranceforsystem_5fg_602', ['potentialEnergyToleranceForSystem_g', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02minimize_8cpp_03.xhtml#ad5974d97a10a30cde5ab5fd313209934', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ ['potentialpointdata_603', ['potentialpointdata', ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml', 1, 'gmx::PotentialPointData'], │ │ │ │ - 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['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ + ['prepareatompositions_652', ['prepareatompositions', ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#aef08bbdf7582e2c9ccb0025f14e77f8c', 1, 'gmx::INNPotModel::prepareAtomPositions()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#acf5b8cb47569b80d17746b025e8beb66', 1, 'gmx::TorchModel::prepareAtomPositions()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['prepareawhmodule_653', ['prepareAwhModule', ['../namespacegmx.xhtml#a0f0dc8801f18ac6085f049b6053eaee5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['preparedefaultmdpfieldvalues_654', ['prepareDefaultMdpFieldValues', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02simulationdatabase_8cpp_03.xhtml#ae1d7e98e184a23dde3294e0a9ee38ed9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{simulationdatabase.cpp}']]], │ │ │ │ ['prepareforappending_655', ['prepareForAppending', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02handlerestart_8cpp_03.xhtml#ad50fb84ccce6088fa1650a09a3ea513c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{handlerestart.cpp}']]], │ │ │ │ ['prepareforpositionassembly_656', ['prepareForPositionAssembly', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a3bb55b11c345deed80ca37875c54e260', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['preparegpukernelargument_657', ['preparegpukernelargument', ['../oclutils_8h.xhtml#a2880665aed29367c17b0b3b71dcd9049', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex, const CurrentArg *argPtr, const RemainingArgs *... otherArgsPtrs): oclutils.h'], │ │ │ │ ['../oclutils_8h.xhtml#ae38b731b0072ddca1ef4f6bf43fc0dcb', 1, 'prepareGpuKernelArgument(cl_kernel kernel, const KernelLaunchConfig &config, size_t argIndex): oclutils.h'] │ │ │ │ @@ -1115,49 +1115,49 @@ │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcom_667', ['preparePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#ace0e8cabf9ba2e4c466681267fe30616', 1, 'pull.cpp']]], │ │ │ │ ['prepareprevsteppullcomnewsimulation_668', ['preparePrevStepPullComNewSimulation', ['../pull_8h.xhtml#aaf91fb3c6408dd4d40dcbc60b8f3346e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['preparereferencedata_669', ['prepareReferenceData', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#aaf17a8df8c6213ad4bd4632c538e0d9d', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ ['preparererunstate_670', ['prepareRerunState', ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml#a3a61805a1314c7094d6985f312b796d3', 1, 'rerun.cpp']]], │ │ │ │ ['preparetest_671', ['preparetest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml#a55a125582f82a0bef2e0be090626569e', 1, 'gmx::test::SetAtomsSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsUnSupportedFiles.xhtml#a1472dda69601bf20c6af26c8970863d7', 1, 'gmx::test::SetAtomsUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1AnyOutputSupportedFiles.xhtml#abd33db6ae6c7bb966a3cf70d93eed90e', 1, 'gmx::test::AnyOutputSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1OutputSelectorDeathTest.xhtml#ab2c7e9ee595f837c1677769522c9707f', 1, 'gmx::test::OutputSelectorDeathTest::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocitySupportedFiles.xhtml#a5c721c58a519211d2984f31306d591bd', 1, 'gmx::test::SetVelocitySupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetVelocityUnSupportedFiles.xhtml#a8fefeae96caffc87c2c27abf1dd7751e', 1, 'gmx::test::SetVelocityUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceSupportedFiles.xhtml#ad959f70a7f9a9268ddcb28b607d27888', 1, 'gmx::test::SetForceSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetForceUnSupportedFiles.xhtml#ad6fca57625ab6f39c8854f457c40858e', 1, 'gmx::test::SetForceUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionSupportedFiles.xhtml#ae99227b78afd7add07d701841a056e35', 1, 'gmx::test::SetPrecisionSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1NoOptionalOutput.xhtml#a75b0b89f9b03980e5efa151f10747fb0', 1, 'gmx::test::NoOptionalOutput::prepareTest()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1SetPrecisionUnSupportedFiles.xhtml#a8d07c06ca5994941a6b0d53eaf71afb6', 1, 'gmx::test::SetPrecisionUnSupportedFiles::prepareTest()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['preparevmdforces_672', ['prepareVmdForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a17780bb21381fe37591b6c612b30fe76', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ - ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'] │ │ │ │ + ['prependcontext_673', ['prependcontext', ['../classgmx_1_1GromacsException.xhtml#a1bd116912e67c096ae949ddae85afe06', 1, 'gmx::GromacsException::prependContext()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02exceptions_8cpp_03_1_1ErrorMessage.xhtml#a35872d2133a1587fde1aac5580bddbab', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}::ErrorMessage::prependContext()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['preprocess_674', ['preprocess', ['../classgmx_1_1NNPotTopologyPreprocessor.xhtml#ad1686d5726f7554a4043e1d29fc8fc51', 1, 'gmx::NNPotTopologyPreprocessor::preprocess()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMTopologyPreprocessor.xhtml#a62a8eb1d8ab64aca76d9c1c6fbf53530', 1, 'gmx::QMMMTopologyPreprocessor::preprocess()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'], │ │ │ │ - ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'] │ │ │ │ + ['preprocessingatomtypes_675', ['preprocessingatomtypes', ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml#ab564e1e5edd0850f93716d5d8b56e7b9', 1, 'PreprocessingAtomTypes::PreprocessingAtomTypes()'], │ │ │ │ + ['../classPreprocessingAtomTypes.xhtml', 1, 'PreprocessingAtomTypes'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['preprocessingbondatomtype_676', ['PreprocessingBondAtomType', ['../classPreprocessingBondAtomType.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['preprocessingnotifier_5f_677', ['preProcessingNotifier_', ['../structgmx_1_1MDModulesNotifiers.xhtml#a491f3247b6bc681d6b97dc9db91028a1', 1, 'gmx::MDModulesNotifiers']]], │ │ │ │ ['preprocessor_20macros_678', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ ['preprocessresidue_679', ['PreprocessResidue', ['../structPreprocessResidue.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pres_680', ['pres', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a4727f9623b6a6995110132c968cb2165', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ ['pres_5fprev_681', ['pres_prev', ['../classt__state.xhtml#affdc7fa00e6e77e6f80cb7e8457e777d', 1, 't_state']]], │ │ │ │ - ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'] │ │ │ │ + ['present_682', ['present', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInputPointSet.xhtml#ace934e632ac88246da704f878ee85b5c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInputPointSet::present()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameRef.xhtml#a4e9e2e103711b6302c6e82121ec8eef3', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameRef::present()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a69f1255e4e4115a9b183f7be0be7760c', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::present()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['presentalldata_683', ['presentAllData', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#ab07eb7b9cb4b5e0fb8fc85c196223f06', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ ['presentdata_684', ['presentData', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a58d11e5cb995d8ee2a8b150b80e96015', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['presentdataframe_685', ['presentDataFrame', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestFixture.xhtml#a89e3f46a66165f59608fb91cdec5257c', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestFixture']]], │ │ │ │ ['preserveboxshape_686', ['preserveBoxShape', ['../state_8h.xhtml#a0f2e4adc7362d30d4ecfab4f23f25de5', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ - ['pressure_687', ['pressure', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'], │ │ │ │ - ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'] │ │ │ │ + ['pressure_687', ['pressure', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a92a3c13d5a3f1ca5d2b3598b5409def7', 1, 'DispersionCorrection::Correction::pressure'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a0bb52df1038789c62a164a849698f2b5', 1, 'gmx::EnergyData::pressure()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pressure_5f_688', ['pressure_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a3e21f62fdd4229953fe526ba7c74a9f1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ ['pressurecoupling_689', ['PressureCoupling', ['../md__enums_8h.xhtml#a75403865033b1e929fe40f0119cabfb3', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['pressurecouplingoptionstostring_690', ['pressureCouplingOptionsToString', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#aa448f87e5bc69a5a5ee4cb09b855dec6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ ['pressurecouplingscheme_691', ['pressureCouplingScheme', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTestParameters.xhtml#a5461cc0b111fbe5cf8fe059573a0601c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTestParameters']]], │ │ │ │ ['pressurecouplingtype_692', ['PressureCouplingType', ['../md__enums_8h.xhtml#ab9101457c43f890d83e2f61b04c80b88', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['pressurematrixtype_693', ['PressureMatrixType', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbea', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -1195,45 +1195,45 @@ │ │ │ │ ['print_5forires_5flog_721', ['print_orires_log', ['../orires_8h.xhtml#a558c2a0b81d1976025f8f0efd51af375', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsetting_722', ['print_pme_loadbal_setting', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a34ad2116d0baa736e0d155ba956bf062', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['print_5fpme_5floadbal_5fsettings_723', ['print_pme_loadbal_settings', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a738403c89c46ba35701c160e156915fa', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['print_5freplica_5fexchange_5fstatistics_724', ['print_replica_exchange_statistics', ['../replicaexchange_8h.xhtml#ac242f2189cc51aa6ffb4a1b5768eab7d', 1, 'replicaexchange.h']]], │ │ │ │ ['print_5fresall_725', ['print_resall', ['../resall_8h.xhtml#afbd28b7c0e308005c53b31f428715e5e', 1, 'resall.cpp']]], │ │ │ │ ['print_5fstart_726', ['print_start', ['../printtime_8h.xhtml#a6cf8ede86906fc405824ad5ba33578ff', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ ['print_5ftime_727', ['print_time', ['../printtime_8h.xhtml#a2b2cf213aae64f2f3992ac2fee167bb7', 1, 'printtime.h']]], │ │ │ │ - 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['../namespacegmx.xhtml#a0ea11527285a0547aafa0ee27c4f4817', 1, 'gmx::printBinaryInformation(TextWriter *writer, const IProgramContext &programContext, const BinaryInformationSettings &settings)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#ae1ca1f3759dfd30915c86eb6461c35f8', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings::printBinaryInformation'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['printcurrentstatus_729', ['printCurrentStatus', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#ab287e09e32b67a7d8eb6c426cbea825e', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ ['printcycles_730', ['printCycles', ['../structgmx_1_1SearchCycleCounting.xhtml#a4d10d3b49fe8ab3b697ca98128aadc76', 1, 'gmx::SearchCycleCounting']]], │ │ │ │ ['printdebuginfo_731', ['printDebugInfo', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a83cdc66c0202739e8e7dd1c1add3492b', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ ['printfatalerrorfooter_732', ['printFatalErrorFooter', ['../group__module__utility.xhtml#gadcb892c734184fade6b913a4d3a66aa7', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['printfatalerrorheader_733', ['printFatalErrorHeader', ['../group__module__utility.xhtml#ga34257490d770efb0f6a87adeef2629c6', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['printfatalerrormessage_734', ['printFatalErrorMessage', ['../group__module__utility.xhtml#gac6287dc8a550a2d54429e44994e00e58', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['printfatalerrormessageline_735', ['printFatalErrorMessageLine', ['../group__module__utility.xhtml#ga0a42e4f258d42ec3a31c6a633de8d5da', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['printhdf5errorsdebug_736', ['printHdf5ErrorsDebug', ['../namespacegmx.xhtml#ab817247c14460e07ba037d9bf1ee026f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - 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['programname_790', ['programname', ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'], │ │ │ │ - ['../group__module__commandline.xhtml#ga549c09e2b1c2d40c2b1645654ac6d98e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::programName()'], │ │ │ │ + ['programname_790', ['programname', ['../group__module__commandline.xhtml#ga549c09e2b1c2d40c2b1645654ac6d98e', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::programName()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#abef54ace7516fc4bf108cd185be5f13d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::programName()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a7d7ab243fabe9ee53b7a261b6508c0c6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::programName()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#af7114ce30502138b830c6ab1ebe7218a', 1, 'gmx::IProgramContext::programName()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['project_5fto_5feigvectors_791', ['project_to_eigvectors', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#afe413df193477fd5579ba5dc476af94a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['projectx_792', ['projectx', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a51dbf031e475b6a7db752e30fd49d772', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['promptline_793', ['promptLine', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02selectioncollection_8cpp_03.xhtml#a4725dbb58fb88906d3e3f60fabad6903', 1, 'gmx::anonymous_namespace{selectioncollection.cpp}']]], │ │ │ │ - ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'], │ │ │ │ - ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'] │ │ │ │ + ['prop_794', ['prop', ['../classAtomProperties.xhtml#a989a1bbdaf2caddb0696947bfa9419a7', 1, 'AtomProperties::prop()'], │ │ │ │ + ['../classAtomProperties_1_1Impl.xhtml#ae053674382c8aba1e9672a462aa46a34', 1, 'AtomProperties::Impl::prop'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fassignment_795', ['propagate_on_container_copy_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#af118f1bf88de184a1b6a3655df879591', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fmove_5fassignment_796', ['propagate_on_container_move_assignment', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#ad784820686c118595c511a1c323ada53', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ ['propagate_5fon_5fcontainer_5fswap_797', ['propagate_on_container_swap', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#afd1941ab26a2198c5395d662cbe56e9e', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ ['propagationparameters_798', ['PropagationParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a774ca3fa5df95b1187890bf92a0e0cd8', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['propagationparameterswithconstraints_799', ['propagationParametersWithConstraints', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a6193e70ad283d80177391e3d3bf79522', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['propagationparameterswithcoupling_800', ['propagationParametersWithCoupling', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ae287683c1974989b18151e1147f2b39d', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'] │ │ │ │ + ['propagator_801', ['propagator', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml', 1, 'gmx::Propagator< integrationStage >'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a0be3f787956d64b6f1db5686085d3791', 1, 'gmx::Propagator::Propagator()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['propagator_20tt_802', ['<tt>Propagator</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md27', 1, '']]], │ │ │ │ ['propagator_2ecpp_803', ['propagator.cpp', ['../propagator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['propagator_2eh_804', ['propagator.h', ['../propagator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ + ['propagatorcallback_805', ['propagatorcallback', ['../classgmx_1_1MttkPropagatorConnection.xhtml#a667942f1bbef424b2716da739030ad2e', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnection::propagatorCallback()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#abe7883668ad32a364fb2289b060a1468', 1, 'gmx::MttkData::propagatorCallback()'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga3396e7f07a04e8c8d3ce40cbfa022c4c', 1, 'gmx::PropagatorCallback'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['propagatorconnection_806', ['PropagatorConnection', ['../structgmx_1_1PropagatorConnection.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['propagatortag_807', ['propagatortag', ['../structgmx_1_1PropagatorTag.xhtml', 1, 'gmx::PropagatorTag'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gae5429b9c01d5a4d3e399efca641aa2c9', 1, 'gmx::PropagatorTag::PropagatorTag()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['propagatortagpostposition_808', ['propagatorTagPostPosition', ['../structgmx_1_1MttkPropagatorConnectionDetails.xhtml#a30ea53994cc965ef3a04dffab77a99b5', 1, 'gmx::MttkPropagatorConnectionDetails']]], │ │ │ │ @@ -1338,18 +1338,18 @@ │ │ │ │ ['prscalingcallback_817', ['prScalingCallback', ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#a8290753edff543fc7792f05aa682fef2', 1, 'gmx::Propagator']]], │ │ │ │ ['prune_5fk_818', ['prune_k', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#ad9729d2b798b91ed18b8502a8fba119b', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction']]], │ │ │ │ ['prunetime_819', ['pruneTime', ['../structgmx__wallclock__gpu__nbnxn__t.xhtml#af892e5f3a38c3ea077d7c2fc9f3875aa', 1, 'gmx_wallclock_gpu_nbnxn_t']]], │ │ │ │ ['pselstr_820', ['pselstr', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a9903897e32d34014698a94545ccb7c6b', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ ['psi_821', ['psi', ['../structt__bb.xhtml#a147862a6ed22146e070c8237288331e2', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ ['pswitch_822', ['PSwitch', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6ad4d20db2a8cc5234ee00e37cdf487c5b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ptcouplingarrays_823', ['PTCouplingArrays', ['../structgmx_1_1PTCouplingArrays.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ + ['ptr_824', ['ptr', ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'], │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selvalue__t.xhtml#a12b279f9954e6c83e9e9957fcde06e81', 1, 'gmx_ana_selvalue_t::ptr'], │ │ │ │ - ['../structgmx__sel__mempool__block__t.xhtml#add25c5d49d8ff2d9655b80cdbb9ffb84', 1, 'gmx_sel_mempool_block_t::ptr'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af542b6ae650440a71020651e1c7ac4ef', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr() const'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BoundingBox_1_1Corner.xhtml#af2cf7f1354c9bc399677ea2e609d4f7f', 1, 'gmx::BoundingBox::Corner::ptr()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ptype_825', ['ptype', ['../classSimulationParticle.xhtml#adfbadc49e08a3567f287bf57779863c0', 1, 'SimulationParticle']]], │ │ │ │ ['public_20api_826', ['Public API', ['../group__group__publicapi.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['puid_827', ['puId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1LogicalProcessor.xhtml#a61aefff6555da4373cb8b84122e196d4', 1, 'gmx::HardwareTopology::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ ['puidincore_828', ['puIdInCore', ['../structgmx_1_1CpuInfo_1_1LogicalProcessor.xhtml#ac3478cc96129471d97e408f93aad07d9', 1, 'gmx::CpuInfo::LogicalProcessor']]], │ │ │ │ ['pull_829', ['pull', ['../structgmx_1_1ImdOptions.xhtml#a23ce7753d3bfbdc5d7570f09e45371fd', 1, 'gmx::ImdOptions::pull'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a718f59718640c6506b3721fbc8bf3a4d', 1, 'gmx::Pull'] │ │ │ │ @@ -1386,20 +1386,20 @@ │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroup_851', ['pullCheckPbcWithinGroup', ['../pull_8h.xhtml#ab09591734914d2d04d712aebfbf23972', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['pullcheckpbcwithingroups_852', ['pullCheckPbcWithinGroups', ['../pull_8h.xhtml#a22765fba515ab711be631bbbe08310e7', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_853', ['pullcoordexpressionparser', ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#a69a4582d47f4dbbfdee1fff7be371bb0', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::PullCoordExpressionParser()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pullcoordexpressionparser_2eh_854', ['pullcoordexpressionparser.h', ['../pullcoordexpressionparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pullcoordindex_5f_855', ['pullCoordIndex_', ['../structgmx_1_1BiasCoupledToSystem.xhtml#a2af1237e8b1f71f4130b923bd2ed1c7d', 1, 'gmx::BiasCoupledToSystem']]], │ │ │ │ - ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'], │ │ │ │ + ['pulldimparams_856', ['pulldimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#ae85515d4f2dbadb5f05849791cf7aa2c', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams() const'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a2bca3ab6e4db03bd35113c1f95f5df80', 1, 'gmx::DimParams::pullDimParams(double conversionFactor, double forceConstant, double beta)'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'] │ │ │ │ + ['pullelement_857', ['pullelement', ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml', 1, 'gmx::PullElement'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#ad0a8fb319d8d31c9233ed736f4f5675e', 1, 'gmx::PullElement::PullElement()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pullelement_2ecpp_858', ['pullelement.cpp', ['../pullelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pullelement_2eh_859', ['pullelement.h', ['../pullelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pullgroupgeometry_860', ['PullGroupGeometry', ['../md__enums_8h.xhtml#a3c39678b5ca68fa66b7f12615f9c2d22', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['pullhistory_861', ['pullHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#a97a66d7379fb71dfb6799ee15528f2a4', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ ['pullhistory_2eh_862', ['pullhistory.h', ['../pullhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pullingalgorithm_863', ['PullingAlgorithm', ['../md__enums_8h.xhtml#a07879277b22cbe7bbee52b15e64f79c8', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ @@ -1414,20 +1414,20 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pushback_868', ['pushBack', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#ae18ce1449394739fcece544b581cb276', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ ['pushbacklistofsize_869', ['pushBackListOfSize', ['../classgmx_1_1ListOfLists.xhtml#a5cc2f517914ce460fbbc72fe7abd4c72', 1, 'gmx::ListOfLists']]], │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_870', ['put_atoms_in_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a610564f01ba42ba37b644eec1bb8d3df', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fbox_5fomp_871', ['put_atoms_in_box_omp', ['../pbc_8cpp.xhtml#a40a33ad9c319d581155eba31d9d26b17', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5fcompact_5funitcell_872', ['put_atoms_in_compact_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a428ad6fc47d5d0b15c96ca4c1b6cb903', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['put_5fatoms_5fin_5ftriclinic_5funitcell_873', ['put_atoms_in_triclinic_unitcell', ['../pbc_8cpp.xhtml#a55aaad77afec7b9eaebb70b687754d03', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ - ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ + ['put_5fsymtab_874', ['put_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'], │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#a377a8638008626830ced16bb07f9c3ba', 1, 'put_symtab(t_symtab *symtab, const char *name): symtab.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['putatomoffsetinreceiverrankxbuf_5f_875', ['putAtomOffsetInReceiverRankXBuf_', ['../structgmx_1_1nvshmemHaloExchangeOps.xhtml#ab55f1a71499c31b9b38d26d1554d3af8', 1, 'gmx::nvshmemHaloExchangeOps']]], │ │ │ │ ['putatomsinbox_876', ['putAtomsInBox', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a16e9acd28f4b4c994840404345c7e850', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['putatomsongrid_877', ['putAtomsOnGrid', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a39bd7ce6853702e6175a08b428ce7b09', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ - 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['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ + ['readcheckpointtotrxframe_73', ['readcheckpointtotrxframe', ['../classgmx_1_1ModularSimulator.xhtml#a14f99d57fa6ff26d83990460b8e0e097', 1, 'gmx::ModularSimulator::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#a333328298283d95aa84be76408da4a7f', 1, 'gmx::StatePropagatorData::readCheckpointToTrxFrame()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData.xhtml#a7dd83b0ad9158a757e111837bc404731', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::readCheckpointToTrxFrame()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['readchildentries_74', ['readChildEntries', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#a69a563fe5bf6aca78b09435324e5fa06', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ ['readcommand_75', ['readCommand', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a05320ddc33e42dbdd61c7b87eeca7f4b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['readdouble_76', ['readDouble', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a18e0f91a26a44eba0461f0b29db52b3a', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['readedvecwithreferenceprojection_77', ['readEdVecWithReferenceProjection', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#ac6f9e82412778fba12ba7c87e6be5636', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['readentry_78', ['readEntry', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02refdata__xml_8cpp_03.xhtml#aff99e1e654b284a758c0a54737bb2171', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{refdata_xml.cpp}']]], │ │ │ │ - ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)'] │ │ │ │ + ['readfiletostring_79', ['readfiletostring', ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#ab60a4095bedb4918dda1e2071bf36454', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::filesystem::path &filename)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextReader.xhtml#a335a497245704967c1431f364ea0ca00', 1, 'gmx::TextReader::readFileToString(const std::string &filename)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['readfloat_80', ['readFloat', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0d317c9ca0387d6e6a7bbab7eab5533f', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['readgridsize_81', ['readGridSize', ['../pme__gather__sycl_8cpp.xhtml#afe2d46ad54be09003ac706146d2c82c1', 1, 'pme_gather_sycl.cpp']]], │ │ │ │ ['readindexfromserializer_82', ['readIndexFromSerializer', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aea28757b483109810d993d9d1684ad10', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ - ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'] │ │ │ │ + ['reading_83', ['reading', ['../classgmx_1_1ISerializer.xhtml#aa5f04de61828ef7af2c1585e3e91a277', 1, 'gmx::ISerializer::reading()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7eca6d67ea8bea5006e111762492ca16', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer::reading()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['readinp_2ecpp_84', ['readinp.cpp', ['../tests_2readinp_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['readint32_85', ['readInt32', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#afee39969b1f4ed1ce509bbd6bd8e9bd9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['readint64_86', ['readInt64', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a596176a0591133ef4331185c29cdf9c9', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['readinteger_87', ['readInteger', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#a0202a4ac0d2c52d64122f2f9165341fe', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['readintegratedautocorrelationtimes_88', ['readIntegratedAutocorrelationTimes', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a8ddf5450efbad4686970059912aa32d7', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ - ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#aa1077af7e6cbeba8e1c052f653c45bac', 1, 'gmx::DensityFittingOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ + ['readinternalparametersfromkvt_89', ['readinternalparametersfromkvt', ['../classgmx_1_1DensityFittingOptions.xhtml#aa1077af7e6cbeba8e1c052f653c45bac', 1, 'gmx::DensityFittingOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a70d2e05f69165b9126d74813f98f23fd', 1, 'gmx::ColvarsOptions::readInternalParametersFromKvt()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QMMMOptions.xhtml#a7001a33f3f283c4912a3ab3cfdd5b0f9', 1, 'gmx::QMMMOptions::readInternalParametersFromKvt()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['readir_2ecpp_90', ['readir.cpp', ['../tests_2readir_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['readkvtcheckpointvalue_91', ['readkvtcheckpointvalue', ['../namespacegmx.xhtml#a05084482777d678a18da8a32b7410fba', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< real * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acf49b322c7346edb9b5d2e5cbbff100c', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< std::int64_t * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a868475d2fdb19a816c1170bd8a7e923f', 1, 'gmx::readKvtCheckpointValue(compat::not_null< ValueType * > value, const std::string &name, const std::string &identifier, const KeyValueTreeObject &kvt)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - 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['scale_113', ['scale', ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ - ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ + ['scale_113', ['scale', ['../structPmeGpuDynamicParams.xhtml#a5c019da79bddcfb0ac07f2a757a269bc', 1, 'PmeGpuDynamicParams::scale'], │ │ │ │ + ['../structt__forcetable.xhtml#a74042b613c0660e9d1a66b49147d0159', 1, 't_forcetable::scale'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkData.xhtml#aa587cc1c76049dce893923692e23d769', 1, 'gmx::MttkData::scale()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['scaleall_114', ['scaleAll', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a749915682fa7728ee088dfd6726b1736', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ ['scaleallbyvector_115', ['scaleAllByVector', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#aabe3becd12550d662e727afbd168f433', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ ['scalebox_116', ['scaleBox', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#a67431757f83b309cf81b3cf96eabe7bf', 1, 'EwaldBoxZScaler']]], │ │ │ │ ['scalebyvector_117', ['scaleByVector', ['../namespacegmx.xhtml#a0f5022a3da3a90ab52ba2cec11c936d5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['scalecoordinates_118', ['scaleCoordinates', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a9376d1cbbecb20c18661950973814d0d', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl']]], │ │ │ │ ['scaled_5flagrange_5fmultiplier_119', ['scaled_lagrange_multiplier', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#adde8f58fcb5ada8d634039c00ca42a58', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ ['scaledsampleweight_120', ['ScaledSampleWeight', ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581a7cffc85b2f1c2177a818913479ea4f18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['scaleinternaltouserinput_121', ['scaleInternalToUserInput', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a8b7199033caa1dbea6f4fbc8457c3103', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ ['scalekernel_122', ['scaleKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a3478a6cdaf4905d5f1939a1cc0f7672c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['scaleoperationonly_123', ['scaleOperationOnly', ['../classgmx_1_1TranslateAndScale.xhtml#acc95c4510196adaa2be2e247eaa400a6', 1, 'gmx::TranslateAndScale']]], │ │ │ │ - ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'] │ │ │ │ + ['scalepositions_124', ['scalepositions', ['../namespacegmx.xhtml#aa40466eed05791a3c070a9620d0118a5', 1, 'gmx::scalePositions(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict x)'], │ │ │ │ + ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a0ad0cca109a60ba3ddbe1df8f32d19ba', 1, 'gmx::ScalePositions'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['scalesingle_125', ['scaleSingle', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#abb37138b6fef236b38b46177ab3a7f16', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ ['scaletarget_126', ['scaleTarget', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a93751c7f51be9d69545a30ce189bffc2', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ ['scaletargetbymetric_127', ['scaleTargetByMetric', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ad9bd18c9c3bb06a0a31ae993dc420eba', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['scaleuserinputtointernal_128', ['scaleUserInputToInternal', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a004d2c59395c40d1600fcfecde06de49', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ - ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'], │ │ │ │ + ['scalevelocities_129', ['scalevelocities', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga5ff057aa36da97961cf549a2d15d0a1d', 1, 'gmx::ScaleVelocities'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290a2108282211446e168416bdfc55bbbda1', 1, 'gmx::ScaleVelocities'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a92ef8227ecb881d5a8f7fd2b3882afe3', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::scaleVelocities()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a4e4da4f100aca65e4733c6fe8e881a45', 1, 'gmx::scaleVelocities(int a, real lambda, rvec *gmx_restrict v)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['scalingmatrix_130', ['ScalingMatrix', ['../structgmx_1_1ScalingMatrix.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['scan_5fedvec_131', ['scan_edvec', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa33eff7a8d809b89f9cf9041736b276e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['scanner_2eh_132', ['scanner.h', ['../scanner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2ecpp_133', ['scanner_internal.cpp', ['../scanner__internal_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['scanner_5finternal_2eh_134', ['scanner_internal.h', ['../scanner__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['scantemporary_135', ['scanTemporary', ['../classgmx_1_1GpuPairlistSorting.xhtml#af57aed49734b372a758187b23a0a347c', 1, 'gmx::GpuPairlistSorting']]], │ │ │ │ @@ -202,34 +202,34 @@ │ │ │ │ ['scatteringfactors_2ecpp_145', ['scatteringfactors.cpp', ['../scatteringfactors_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['scatteringfactors_2eh_146', ['scatteringfactors.h', ['../scatteringfactors_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['scatteringmodule_147', ['ScatteringModule', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03_1_1ScatteringModule.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ ['scattertype_148', ['ScatterType', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#af68bed217f507f95a84693dad6919bcb', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ ['scattertypenames_149', ['ScatterTypeNames', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02scattering_8cpp_03.xhtml#a060d9ca319f3fcc1995bb836c0dc58ab', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{scattering.cpp}']]], │ │ │ │ ['schedulecheckoflocaltopology_150', ['scheduleCheckOfLocalTopology', ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker.xhtml#a0d84c8f23ed94741752cf48063dee793', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker']]], │ │ │ │ ['scheduleoninitstep_151', ['ScheduleOnInitStep', ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['scheduletask_152', ['scheduletask', ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VelocityScalingTemperatureCoupling.xhtml#a8978e8d9ea8378ce811b481ba300ceb2', 1, 'gmx::VelocityScalingTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectoryElement.xhtml#af5d77577c343b5a6213b0183599f0dd3', 1, 'gmx::TrajectoryElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1Element.xhtml#a78ea1b79b3207c007545ee32f75a5c18', 1, 'gmx::StatePropagatorData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PullElement.xhtml#a5de27b8c103d61af4fc0d4485f0696d8', 1, 'gmx::PullElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Propagator.xhtml#ab0f183bf218447632393e134cd168926', 1, 'gmx::Propagator::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ParrinelloRahmanBarostat.xhtml#aedfd16655cf7fecee54f630ce17f59f7', 1, 'gmx::ParrinelloRahmanBarostat::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverChainsElement.xhtml#ae18d9a9b5dd62c70e247de9cacb7e49b', 1, 'gmx::NoseHooverChainsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1MttkBoxScaling.xhtml#a843d396f3a4b61ba30f61e75621125bf', 1, 'gmx::MttkBoxScaling::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1MttkElement.xhtml#aadb56e05e1e98a746c3d7efe690b36f9', 1, 'gmx::MttkElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga885f0c13ca151b4f3faff2b6693be4d5', 1, 'gmx::ISimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FreeEnergyPerturbationData_1_1Element.xhtml#a481f40331c19d897e8f19f6e6df28c35', 1, 'gmx::FreeEnergyPerturbationData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5ee9dc6b064ef1302b6c1f87584a59fc', 1, 'gmx::ForceElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FirstOrderPressureCoupling.xhtml#aae8bd9e527ae47ec32a1bbdf7280d3d7', 1, 'gmx::FirstOrderPressureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExpandedEnsembleElement.xhtml#a10f8d4fb2cf188bdfa934a3d41f504a7', 1, 'gmx::ExpandedEnsembleElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData_1_1Element.xhtml#a087252166c905077ef90d523b181b975', 1, 'gmx::EnergyData::Element::scheduleTask()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ConstraintsElement.xhtml#a94d2b1115cc744e608601b6ae0755566', 1, 'gmx::ConstraintsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ComputeGlobalsElement.xhtml#a6ad79f672990c0e51239a15dc170d442', 1, 'gmx::ComputeGlobalsElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CompositeSimulatorElement.xhtml#a63bab13598122656712cebb8ba83997c', 1, 'gmx::CompositeSimulatorElement::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CheckpointHelper.xhtml#a816df5001cbd0c60982950c1bb4e949e', 1, 'gmx::CheckpointHelper::scheduleTask()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AndersenTemperatureCoupling.xhtml#ac08b0da8d9082185faf25841681a52f6', 1, 'gmx::AndersenTemperatureCoupling::scheduleTask()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['scheduling_153', ['Task scheduling', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md18', 1, '']]], │ │ │ │ ['schedulingfunction_154', ['SchedulingFunction', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#ga2e5213722419e15e533f31b31705c19c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sci_155', ['sci', ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a141062a74177d642598eeb71c284be7f', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::sci'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#acc6ae1d537c8f146c856d2c987108990', 1, 'gmx::GpuPairlist::sci'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['sciallocationsize_156', ['sciAllocationSize', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#a257db9e44327b49b3d967c26256f82be', 1, 'gmx::GpuPairlist']]], │ │ │ │ @@ -256,24 +256,24 @@ │ │ │ │ ['secondarystructuretypes_177', ['SecondaryStructureTypes', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0c', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ ['secondworstvalue_178', ['secondWorstValue', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a8a13144969fb9e78af070d23bdd8773e', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ ['section_179', ['Section', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#aa42ee379f117739637fea3d9ec66e6ac', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ ['sectiondepth_5f_180', ['sectionDepth_', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a47265320e684274c6eb2db8f34e6d4c8', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ ['sectionlist_181', ['SectionList', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#a0b5d7191a67300492668b579b3d8c7d7', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['sectionpointer_182', ['SectionPointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1OptionSectionImpl.xhtml#ad7c03ec290814714430d5da793da8b1c', 1, 'gmx::internal::OptionSectionImpl']]], │ │ │ │ ['sectionstack_5f_183', ['sectionStack_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a12895288cec1aa199d4139c526299ec4', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ - ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ + ['seed_184', ['seed', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a314085e7fd7c311d6df66b13553bab45', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0, uint64_t key1)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#a1a1d881fcb5a3da2c4a94d990d85c482', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General::seed(uint64_t key0=0, RandomDomain domain=RandomDomain::Other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a6c1008edd52ae4e2e1ea5263448fac7b', 1, 'gmx::AwhParams::seed()'], │ │ │ │ ['../structgmx__repl__ex.xhtml#a361aebb35292ccabe9cc53e6fee091f4', 1, 'gmx_repl_ex::seed'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ae687ff9b9091d65451e124e906ef5c7c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters::seed'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['seed_2ecpp_185', ['seed.cpp', ['../tests_2seed_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['seed_2eh_186', ['seed.h', ['../seed_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'] │ │ │ │ + ['seed_5f_187', ['seed_', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a43cc4a05fb282e096cf2bb1e792e7917', 1, 'gmx::test::BiasTest::seed_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1BiasFepLambdaStateTest.xhtml#a3c0987ff66d3da9b720ed7543bc84411', 1, 'gmx::test::BiasFepLambdaStateTest::seed_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['sel_188', ['sel', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#ad61f4043df826e04bd19ede14da87576', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::sel'], │ │ │ │ ['../structgmx__ana__selcollection__t.xhtml#a5e28e2020cfd3bcd4018cb981db4eee3', 1, 'gmx_ana_selcollection_t::sel'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['sel_5fallocdata_189', ['SEL_ALLOCDATA', ['../selelem_8h.xhtml#a9014d6430c86dbc2ed5a067436bcf6f4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fallocval_190', ['SEL_ALLOCVAL', ['../selelem_8h.xhtml#a6fee1910b915d2f6e873f134e297ab47', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5farithmetic_191', ['SEL_ARITHMETIC', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46a8b75dccbec633c2002ea8c8fd3639b0e', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ @@ -311,19 +311,19 @@ │ │ │ │ ['sel_5fsubexprref_223', ['SEL_SUBEXPRREF', ['../selelem_8h.xhtml#a1f104d5c71b1198ef51acc4ef016ae46af3e44c019a776df8511a73457f9b32b4', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5funsorted_224', ['SEL_UNSORTED', ['../selelem_8h.xhtml#a993cd91de7b993da0e8efdbf8cc5386f', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fupdatefunc_225', ['sel_updatefunc', ['../selmethod_8h.xhtml#aa73fc6b6edda191f639f8a928d2ba3ab', 1, 'selmethod.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fupdatefunc_5fpos_226', ['sel_updatefunc_pos', ['../selmethod_8h.xhtml#a5d3ca539422830ca820770e9a481ce68', 1, 'selmethod.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fvalflagmask_227', ['SEL_VALFLAGMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a655f74bf854b705aee5a7c89bc94f597', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fvaltypemask_228', ['SEL_VALTYPEMASK', ['../selelem_8h.xhtml#a8e88981dc413e3eb7356fd2a64bcf481', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ ['sel_5fvarnumval_229', ['SEL_VARNUMVAL', ['../selelem_8h.xhtml#aa6b7039bec845775c664246914b30d50', 1, 'selelem.h']]], │ │ │ │ - ['select_230', ['select', ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471a99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'] │ │ │ │ + ['select_230', ['select', ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471a99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60ca99938282f04071859941e18f16efcf42', 1, 'gmx::select'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['select_2ecpp_231', ['select.cpp', ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['select_2ecpp_231', ['select.cpp', ['../tests_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2select_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['select_2eh_232', ['select.h', ['../select_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['select_5fnbnxn_5fkernel_233', ['select_nbnxn_kernel', ['../namespacegmx.xhtml#afbeeff7e89d450a37a860d9f81b982e6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['select_5fon_5fcontainer_5fcopy_5fconstruction_234', ['select_on_container_copy_construction', ['../classgmx_1_1HostAllocationPolicy.xhtml#a8ffcc79b54332af1e9f17b673c907bfb', 1, 'gmx::HostAllocationPolicy']]], │ │ │ │ ['selectbondedkernelflavor_235', ['selectBondedKernelFlavor', ['../namespaceanonymous__namespace_02listed__forces_8cpp_03.xhtml#a8144ca2c7cf4a6a35269e93d8eb52e4f', 1, 'anonymous_namespace{listed_forces.cpp}']]], │ │ │ │ ['selectbymask_236', ['selectbymask', ['../group__module__simd.xhtml#ga223de776671702527c62b4da8f6e570a', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Double a, Simd4DBool mask)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga76ed0866ac21967e0a9641acca32ab50', 1, 'gmx::selectByMask(Simd4Float a, Simd4FBool mask)'], │ │ │ │ @@ -369,50 +369,50 @@ │ │ │ │ ['selection_20parsing_250', ['Selection parsing', ['../page_module_selection_parser.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ ['selection_2ecpp_251', ['selection.cpp', ['../selection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['selection_2eh_252', ['selection.h', ['../selection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['selectioncollection_253', ['selectioncollection', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml', 1, 'gmx::SelectionCollection'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPlotSettings.xhtml#aee72b1af0481b99ca67e0ca0beefaa28', 1, 'gmx::AnalysisDataPlotSettings::selectionCollection()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#af4c4da031a86714c51d96f203ecc80b8', 1, 'gmx::SelectionCollection::SelectionCollection()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['selectioncollection_2ecpp_254', ['selectioncollection.cpp', ['../tests_2selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../selectioncollection_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['selectioncollection_2eh_255', ['selectioncollection.h', ['../selectioncollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['selectioncollection_5fimpl_2eh_256', ['selectioncollection_impl.h', ['../selectioncollection__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['selectiondata_257', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()'] │ │ │ │ + ['selectiondata_257', ['selectiondata', ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml#a1424b17d6e37e120fe5f8f0eb74a99e7', 1, 'gmx::internal::SelectionData::SelectionData()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1SelectionData.xhtml', 1, 'gmx::internal::SelectionData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['selectiondatalist_258', ['SelectionDataList', ['../namespacegmx.xhtml#ab5559201ddf8596d12d99a3c3e45e989', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['selectiondatapointer_259', ['SelectionDataPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a0e73e50cc7002a24229fa6650b8ccfc8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['selectionenums_2eh_260', ['selectionenums.h', ['../selectionenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['selectionevaluator_261', ['SelectionEvaluator', ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - 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['serialize_338', ['serialize', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a50048c80aa705da4cef888a46a967798', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#acf297bf2a7ec62dea44eb8b365d03ab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af13d6b0b5b25414cbe239ee68ee7d77b', 1, 'gmx::AwhParams::serialize()'], │ │ │ │ + ['serialize_338', ['serialize', ['../classStringTableEntry.xhtml#a247dac31349e22ce9fbd2d3bffc55391', 1, 'StringTableEntry::serialize()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#acf297bf2a7ec62dea44eb8b365d03ab0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1WriteCheckpointDataHolder.xhtml#a7280a156bf095d56ba0dd6603f66695c', 1, 'gmx::WriteCheckpointDataHolder::serialize()'], │ │ │ │ - ['../classStringTableEntry.xhtml#a247dac31349e22ce9fbd2d3bffc55391', 1, 'StringTableEntry::serialize()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#af13d6b0b5b25414cbe239ee68ee7d77b', 1, 'gmx::AwhParams::serialize()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a50048c80aa705da4cef888a46a967798', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}::serialize(ISerializer *serializer, ContainerType *valueContainer)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['serializeasint32_339', ['serializeAsInt32', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a21f390715ba1be46887d59e4d0857c5d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['serializecrystallographicskewdata_340', ['serializeCrystallographicSkewData', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a03ec44827db007bff7a4b464e6f60946', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ - ['serializedeviceinformations_341', ['serializedeviceinformations', ['../device__management_8h.xhtml#a0474af76f1cd285db14571db25ab25cb', 1, 'serializeDeviceInformations(const std::vector< std::unique_ptr< DeviceInformation > > &deviceInfoList, gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ - 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['serializevalue_350', ['serializevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a217ed846a46d7f46b27ddd8e2cb523ff', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, real *value)'], │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#afe178996894904b7dfd46f4ca3c0a6b8', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value, const StringTable &table)'], │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a3157b99b1bedcfe7b4265f83cb6bc3f4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value)'], │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)'] │ │ │ │ + ['serializevalue_350', ['serializevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#afe178996894904b7dfd46f4ca3c0a6b8', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value, const StringTable &table)'], │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a745fdcc1e0a8b9364ff6df20862a33ce', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, unsigned short *value)'], │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a217ed846a46d7f46b27ddd8e2cb523ff', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, real *value)'], │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a3157b99b1bedcfe7b4265f83cb6bc3f4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::serializeValue(gmx::ISerializer *serializer, NameHolder *value)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['serializevaluetype_351', ['serializeValueType', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02keyvaluetreeserializer_8cpp_03.xhtml#ae6763d0fe0a3afb9c9d057f76a41e2d5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{keyvaluetreeserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['series_5fsinhx_352', ['series_sinhx', ['../namespacegmx.xhtml#a92d3eb4aaecff5c613995ed4bce22a0a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sessionpossible_353', ['sessionPossible', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a2a520cd67703dbad9a08fa372e88cdf3', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ - ['set_354', ['set', ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a2f60c4f184cf42ebd97c52c91d287f63', 1, 'gmx::SimulationSignal::set'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LincsGpu.xhtml#a7c7ef58ff02dd4b25f4c3b3618694ba4', 1, 'gmx::LincsGpu::set()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SettleGpu.xhtml#a5368b3f8d0668cf397c08f196f10a638', 1, 'gmx::SettleGpu::set()'], │ │ │ │ - ['../parser__internal_8h.xhtml#a8553aeb4ef79ad62e90241cf54e221d5', 1, 'set(): parser_internal.h'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a684c2f7bcbac6dfbb29b1223cb083af0', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::set()'], │ │ │ │ + ['set_354', ['set', ['../classgmx_1_1SettleGpu.xhtml#a5368b3f8d0668cf397c08f196f10a638', 1, 'gmx::SettleGpu::set()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a6964255db6b459fddd71b8a87c0c8211', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag, bool bSet)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a0a4b09657a2bf81b9a7765d7560da202', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1FlagsTemplate.xhtml#a6964255db6b459fddd71b8a87c0c8211', 1, 'gmx::FlagsTemplate::set(FlagType flag, bool bSet)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UpdateConstrainGpu_1_1Impl.xhtml#a684c2f7bcbac6dfbb29b1223cb083af0', 1, 'gmx::UpdateConstrainGpu::Impl::set()'], │ │ │ │ + ['../parser__internal_8h.xhtml#a8553aeb4ef79ad62e90241cf54e221d5', 1, 'set(): parser_internal.h'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimulationSignal.xhtml#a2f60c4f184cf42ebd97c52c91d287f63', 1, 'gmx::SimulationSignal::set'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LincsGpu.xhtml#a7c7ef58ff02dd4b25f4c3b3618694ba4', 1, 'gmx::LincsGpu::set()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['set_5fatoms_355', ['set_atoms', ['../indexutil_8cpp.xhtml#a70ece65ec7e83272fca80a96ef3d2847', 1, 'indexutil.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fbox_5frel_356', ['set_box_rel', ['../state_8h.xhtml#a6f96a8a73bc80a569e68d84bdea39eeb', 1, 'state.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcell_5fsizes_357', ['set_dd_cell_sizes', ['../cellsizes_8h.xhtml#a13a488d22b535ac37feeeea1976d02a2', 1, 'cellsizes.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcell_5fsizes_5fslb_358', ['set_dd_cell_sizes_slb', ['../cellsizes_8h.xhtml#a636bac8dbffda8e0f69cee7b6f2fbfdc', 1, 'cellsizes.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fdd_5fcorners_359', ['set_dd_corners', ['../partition_8cpp.xhtml#ae66c14d715a0611d7a8224fe94c4bf22', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fdd_5fdim_360', ['set_dd_dim', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a48adf64b6000c286d6bcc18476b350ed', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ - 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['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ - ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ + ['set_5fddbox_5fcr_363', ['set_ddbox_cr', ['../box_8cpp.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'], │ │ │ │ + ['../box_8h.xhtml#a52357ea3f4fc5083f33b68b2dba2eb34', 1, 'set_ddbox_cr(DDRole ddRole, MPI_Comm communicator, const gmx::IVec *numDomains, const t_inputrec &ir, const matrix box, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx_ddbox_t *ddbox): box.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['set_5fdlb_5flimits_364', ['set_dlb_limits', ['../dlb_8h.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ ['../dlb_8cpp.xhtml#afaf4f569d865a98d3fa62b86aecc8e77', 1, 'set_dlb_limits(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['set_5fempty_365', ['set_empty', ['../parser__internal_8h.xhtml#a0340e95b333de1fa7bf551b2a87448e7', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ ['set_5fevaluation_5ffunction_366', ['set_evaluation_function', ['../compiler_8cpp.xhtml#a35320786c5039f3728adb84d85bd4c2b', 1, 'compiler.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5fexpr_5fvalue_5fstore_367', ['set_expr_value_store', ['../params_8cpp.xhtml#a5da3b2e33fb571c3956ee81d257a8fc1', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ @@ -584,17 +584,17 @@ │ │ │ │ ['set_5fposcoll_5fpos_379', ['set_poscoll_pos', ['../sm__position_8cpp.xhtml#a91b6fe60490830e01753fc702a4f0da6', 1, 'sm_position.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5frefpos_5ftype_380', ['set_refpos_type', ['../parsetree_8cpp.xhtml#a57baca0c38204cd51a3d1a433936599e', 1, 'parsetree.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5ftric_5fdir_381', ['set_tric_dir', ['../box_8cpp.xhtml#ad1b515f02b66cf33e6aa1cc9ec687875', 1, 'box.cpp']]], │ │ │ │ ['set_5funit_5fsystem_382', ['set_unit_system', ['../classgmx_1_1ColvarProxyGromacs.xhtml#affa600110ea56d0c552bfd70b97ed047', 1, 'gmx::ColvarProxyGromacs']]], │ │ │ │ ['set_5fzones_5fnumhomeatoms_383', ['set_zones_numHomeAtoms', ['../partition_8cpp.xhtml#ac86fe3a1da28baad5fe956c844894701', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ ['setabstol_384', ['setAbsTol', ['../classgmx_1_1test_1_1SimdBaseTest.xhtml#aba2dcd7ec0563e05aafd6c176fb286c4', 1, 'gmx::test::SimdBaseTest']]], │ │ │ │ ['setacceptbooleannoprefix_385', ['setAcceptBooleanNoPrefix', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner.xhtml#a56938380411404494b76c1170f7ceb7f', 1, 'gmx::OptionsAssigner']]], │ │ │ │ - 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['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['setatoms_2ecpp_397', ['setatoms.cpp', ['../outputadapters_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2setatoms_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['setatoms_2eh_398', ['setatoms.h', ['../setatoms_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['setatomspointer_399', ['SetAtomsPointer', ['../namespacegmx.xhtml#a88c729a1b6597fd1b7d0ed0e62d4971b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['setatomssupported_400', ['setAtomsSupported', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ace67bfa1326428a4e92b52de892d709e', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['setatomssupportedfiles_401', ['SetAtomsSupportedFiles', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsSupportedFiles.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['setatomstest_402', ['setatomstest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml#a551e80ccc16781970f15eba160df0ada', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest::SetAtomsTest()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1SetAtomsTest.xhtml', 1, 'gmx::test::SetAtomsTest'] │ │ │ │ @@ -623,17 +623,17 @@ │ │ │ │ ['setattribute_405', ['setAttribute', ['../namespacegmx.xhtml#a87c9d4293fe70eb69a90396d4b5379dd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['setauthor_406', ['setAuthor', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a5eca049688ba0cc7e2bc4897f0e399bd', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ ['setaveragedatasets_407', ['setAverageDataSets', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#adc61ba269b01d93120060e48fc023ff1', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule']]], │ │ │ │ ['setbinwidth_408', ['setBinWidth', ['../classgmx_1_1ComputeDebyeScattering.xhtml#aa568dd95930b2b962e024245211dcb2d', 1, 'gmx::ComputeDebyeScattering']]], │ │ │ │ ['setbothtime_2ecpp_409', ['setbothtime.cpp', ['../setbothtime_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['setbothtimetest_410', ['SetBothTimeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1SetBothTimeTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['setbound_411', ['setBound', ['../classWorkDivision.xhtml#a12b91800bf19728fc05be324c7ffea0e', 1, 'WorkDivision']]], │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a92a80c952a145d56d9c7510769545b9d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a22a6d252253872975ab3ff9880707829', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aeb49b8f5f5882936cdd6dfb32380a198', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::settings()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataSimpleHistogramModule.xhtml#a41f97b18a372d23968d487d60fd02fcf', 1, 'gmx::AnalysisDataSimpleHistogramModule::settings()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataWeightedHistogramModule.xhtml#aeb49b8f5f5882936cdd6dfb32380a198', 1, 'gmx::AnalysisDataWeightedHistogramModule::settings()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a22a6d252253872975ab3ff9880707829', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToVector.xhtml#a92a80c952a145d56d9c7510769545b9d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToVector::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1WrapperToString.xhtml#aff21af728c34749d579041620e0243bd', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::WrapperToString::settings()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02helpwritercontext_8cpp_03_1_1IWrapper.xhtml#a02aabaabc57e1ddeb2ade908afd27a56', 1, 'gmx::anonymous_namespace{helpwritercontext.cpp}::IWrapper::settings()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settings_5f_637', ['settings_', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a54026d5b9aeaa1cd702a34756a4c1ce9', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ ['settitle_638', ['settitle', ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#a942f8789698391ed24e252a950a1fa13', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const char *title)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractPlotModule.xhtml#ad8e6594e8a2a8864595cd2eacfd8840b', 1, 'gmx::AbstractPlotModule::setTitle(const std::string &title)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_639', ['settle', ['../uniont__iparams.xhtml#a86fbf82763d3920959319b5ad05e1043', 1, 't_iparams']]], │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_640', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_640', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_2eh_641', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_642', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_643', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_644', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_645', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fproj_646', ['settle_proj', ['../namespacegmx.xhtml#a09c8c8b32e854edef0cc12bb5c87b9f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -1180,38 +1180,38 @@ │ │ │ │ ['sfree_742', ['sfree', ['../smalloc_8h.xhtml#acd9f9223d6d8cad01c8f42a416d3292d', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ │ ['sfree_5faligned_743', ['sfree_aligned', ['../smalloc_8h.xhtml#a746540f663a9e22da12123b3edaaefef', 1, 'smalloc.h']]], │ │ │ │ ['sfree_5fguard_744', ['sfree_guard', ['../namespacegmx.xhtml#a48049c20e985f7cfbe33e8a8467cd3db', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sfree_5fwrapper_745', ['sfree_wrapper', ['../namespacegmx.xhtml#aa097a11e79b9b187cadef998470f4e54', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sh_5fewald_746', ['sh_ewald', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a218b712c9ec9bd7df7976435d39748c1', 1, 'gmx::NBParamGpu::sh_ewald'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a0b2323c28143841b07ae64d0189d7896', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::sh_ewald'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['sh_5flj_5fewald_747', ['sh_lj_ewald', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a698e15f32a7186c0e3c7ddf23fee458b', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::sh_lj_ewald'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a38cc3ba15cfb624442ec638af3c89327', 1, 'gmx::NBParamGpu::sh_lj_ewald'] │ │ │ │ + ['sh_5flj_5fewald_747', ['sh_lj_ewald', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a38cc3ba15cfb624442ec638af3c89327', 1, 'gmx::NBParamGpu::sh_lj_ewald'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a698e15f32a7186c0e3c7ddf23fee458b', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::sh_lj_ewald'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['shake_2ecpp_748', ['shake.cpp', ['../shake_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shake_2eh_749', ['shake.h', ['../shake_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shakedata_750', ['shakedata', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['shaketest_751', ['ShakeTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02shake_8cpp_03_1_1ShakeTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{shake.cpp}']]], │ │ │ │ ['shape_752', ['Shape', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters']]], │ │ │ │ ['sharebiasmultisim_753', ['shareBiasMultisim', ['../classgmx_1_1AwhParams.xhtml#a18c750c872c4d9069375087ba17f8bb8', 1, 'gmx::AwhParams']]], │ │ │ │ ['shared_754', ['shared', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Cache.xhtml#af519d2a6bffdde12ae4d5e7ad68ba71f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Cache']]], │ │ │ │ ['sharedforcecorrelationvolume_755', ['SharedForceCorrelationVolume', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a1aa22d4aea40a240a4304e54e9e41dfd', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sharedfrictiontensor_756', ['SharedFrictionTensor', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344abcbaff6f5edc084c6eff33d2885cef07', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['sharedmemorysize_757', ['sharedMemorySize', ['../structKernelLaunchConfig.xhtml#afc3e1f5b5ffdf15c03ec0c394578f56d', 1, 'KernelLaunchConfig']]], │ │ │ │ - ['sharedstate_758', ['sharedstate', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#a25bf5916579787955c79c8cd3122cfb1', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState::SharedState()'] │ │ │ │ + ['sharedstate_758', ['sharedstate', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml#a25bf5916579787955c79c8cd3122cfb1', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState::SharedState()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl_1_1SharedState.xhtml', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl::SharedState'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['shellcompletionformat_759', ['ShellCompletionFormat', ['../group__module__commandline.xhtml#ga996baa646a1074569194ee226c23efae', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['shellcompletions_2ecpp_760', ['shellcompletions.cpp', ['../shellcompletions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shellcompletions_2eh_761', ['shellcompletions.h', ['../shellcompletions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shellcompletionwriter_762', ['shellCompletionWriter', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#af7df115f5f2486d4b70ae5501b3d99e2', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]], │ │ │ │ ['shellfcelement_20tt_763', ['<tt>ForceElement</tt> and <tt>ShellFCElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md25', 1, '']]], │ │ │ │ - ['shift_764', ['shift', ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#ab624493532261c9a82b2a61f07dfb006', 1, 'gmx::DomdecZones::shift()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a29f62d86141a587e30bc746105366d0e', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::shift'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nbnxn__ci__t.xhtml#a13d2d9c337b18c0e5a19e4bc91b7580c', 1, 'gmx::nbnxn_ci_t::shift'] │ │ │ │ + ['shift_764', ['shift', ['../structgmx_1_1nbnxn__ci__t.xhtml#a13d2d9c337b18c0e5a19e4bc91b7580c', 1, 'gmx::nbnxn_ci_t::shift'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomdecZones.xhtml#ab624493532261c9a82b2a61f07dfb006', 1, 'gmx::DomdecZones::shift()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__sci__t.xhtml#a29f62d86141a587e30bc746105366d0e', 1, 'gmx::nbnxn_sci_t::shift'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['shift_5fpositions_765', ['shift_positions', ['../namespacegmx.xhtml#a0a47f39d8f7170e0b554c5c04f22c1d7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['shift_5fvec_766', ['shift_vec', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#ad4c756e192846b7670a2df943ce4f16c', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['shiftatoms_767', ['shiftAtoms', ['../namespacegmx.xhtml#a465856d3920a2e0c4f8b8f64c71d0fbb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['shiftforces_768', ['shiftforces', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7903fcc781e4cc1a727b92178a700f30', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer::shiftForces()'], │ │ │ │ ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a43726d5d39d7e679d5116d5f4f33539f', 1, 'ForceHelperBuffers::shiftForces()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#ac7b3d4c9595d204f1c92dab8091ddd6b', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::shiftForces() const'], │ │ │ │ @@ -1221,27 +1221,27 @@ │ │ │ │ ['shiftindextoxdim_770', ['shiftIndexToXDim', ['../namespacegmx.xhtml#a0040ac9986fb3284dbc61fdb52125c00', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['shiftmultipledomains_771', ['shiftMultipleDomains', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#abba53d12214732e0ef7ec63ec99bf5d5', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ ['shiftvec_772', ['shiftVec', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a184771b52c1f72259348b14fce157998', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]], │ │ │ │ ['shiftvecuploaded_773', ['shiftVecUploaded', ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#aadde322dc817f4bf5a1ce040b0dffb87', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu']]], │ │ │ │ ['short_20range_20non_20bonded_20interaction_20module_774', ['Short-range non-bonded interaction module', ['../group______module__nbnxm.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['shortdescription_775', ['shortdescription', ['../classanonymous__namespace_02legacymodules_8cpp_03_1_1ObsoleteToolModule.xhtml#a607d95852f28491e0f1bf24d333d33ac', 1, 'anonymous_namespace{legacymodules.cpp}::ObsoleteToolModule::shortDescription()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ConvertTprInfo.xhtml#af6535e3438bad3f7568a930e1688b273', 1, 'gmx::ConvertTprInfo::shortDescription'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1MockModule.xhtml#a524bc12130c3d4556c40bbdd959e19cc', 1, 'gmx::test::MockModule::shortDescription()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ICommandLineModule.xhtml#aae4edf891d789a6d24701207074d2bc2', 1, 'gmx::ICommandLineModule::shortDescription()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#a9febf5b09cc0e747ca7a7eaa43a0ce5c', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::shortDescription()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a0364e8b334f08f70c60012830c866d2b', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::shortDescription()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NonbondedBenchmarkInfo.xhtml#af53c9db85517ae7897a49e34f32bb23b', 1, 'gmx::NonbondedBenchmarkInfo::shortDescription'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['should_20use_20in_20practice_776', ['The subset you should use in practice', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md63', 1, '']]], │ │ │ │ ['should_5fmerge_777', ['should_merge', ['../poscalc_8cpp.xhtml#adb897f64df8059b6217d230c89a0cdf8', 1, 'poscalc.cpp']]], │ │ │ │ ['shouldbackup_778', ['shouldBackup', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#aae46d784b9e9facdb58bd44aec2500b8', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['shouldbequiet_779', ['shouldBeQuiet', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#acaf8fd70a59ed9e827620495f95beb40', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['shouldcontinuecomparing_780', ['shouldContinueComparing', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a7b8a5e92dfcdfe55a058ffcbf4383141', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager']]], │ │ │ │ - ['shoulddocomparison_781', ['shoulddocomparison', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abbe81cf14419c2622df281dedc47abc0', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(const ComparisonConditions comparisonConditions, const bool referenceIsEmpty, const bool testIsEmpty)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac47363bde475bc2e6afdf565c72ff1af', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(ArrayRef< const RVec > values, ComparisonConditions comparisonConditions)'] │ │ │ │ + ['shoulddocomparison_781', ['shoulddocomparison', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac47363bde475bc2e6afdf565c72ff1af', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(ArrayRef< const RVec > values, ComparisonConditions comparisonConditions)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#abbe81cf14419c2622df281dedc47abc0', 1, 'gmx::test::shouldDoComparison(const ComparisonConditions comparisonConditions, const bool referenceIsEmpty, const bool testIsEmpty)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['shouldignore_782', ['shouldIgnore', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a0e3f3bb1ee39c2e4a40fe46fa9d2a652', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ ['shouldignoreactualmodule_783', ['shouldIgnoreActualModule', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#accab4527c9c43bed058c69f6aa39515e', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['shouldnotifyimmediately_784', ['shouldNotifyImmediately', ['../classgmx_1_1internal_1_1AnalysisDataStorageImpl.xhtml#a460c8523ba9d64a48fd9fc18d1f61a49', 1, 'gmx::internal::AnalysisDataStorageImpl']]], │ │ │ │ ['shouldshowhelp_785', ['shouldShowHelp', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a85a35f6c87b8f55301c1e93da0b3463f', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['shouldshowhidden_786', ['shouldShowHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#ac2f63b398be8cd30de8504c87d4f6683', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['showhidden_787', ['showHidden', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a1b5296d1e85db490f341448c0aab2c45', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext']]], │ │ │ │ @@ -1253,19 +1253,19 @@ │ │ │ │ ['sigma_5f_791', ['sigma_', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02neldermead_8cpp_03_1_1NelderMeadParameters.xhtml#ae7d41103125700257eaae651d2da9e78', 1, 'gmx::anonymous_namespace{neldermead.cpp}::NelderMeadParameters::sigma_'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1Shape.xhtml#ae1344660b67767f2645178a84fe29ac7', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::Shape::sigma_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GaussTransform3D_1_1Impl.xhtml#ab0d50c6fdbdcb94b9c0a7bfa3c0f7666', 1, 'gmx::GaussTransform3D::Impl::sigma_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#abc31d2b29be8bfc147542841e17fefbb', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::sigma_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['sigmah_792', ['sigmaH', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a13d87d7231f700993326f136199610e0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ ['sigmao_793', ['sigmaO', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#ac8bae4d3c92d139e5bb15b70002d7cc9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ - ['signal_794', ['signal', ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'], │ │ │ │ + ['signal_794', ['signal', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#a22d8678a2fbb90b777955452562ce57e', 1, 'gmx::EnergySignaller::signal()'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gad7b381eec03a5ce4c110475c4d722fa1', 1, 'gmx::ISignaller::signal()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NeighborSearchSignaller.xhtml#a7edfb87a360726e4bfbcc5faf0125c16', 1, 'gmx::NeighborSearchSignaller::signal()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LastStepSignaller.xhtml#ad6d2d54ef1fbb9439afb3f540b528a90', 1, 'gmx::LastStepSignaller::signal()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LoggingSignaller.xhtml#af84dd04e1f70040fb35e7924ff38683e', 1, 'gmx::LoggingSignaller::signal()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TrajectorySignaller.xhtml#a0f409da6d78ba6e84603ea3461972fdd', 1, 'gmx::TrajectorySignaller::signal()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['signalintersim_795', ['signalInterSim', ['../classgmx_1_1SimulationSignaller.xhtml#a8072d5a64fa7fc9547b110bc3c1ebd0f', 1, 'gmx::SimulationSignaller']]], │ │ │ │ ['signaller_20and_20element_20details_796', ['Signaller and element details', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, '']]], │ │ │ │ ['signallerbuilder_797', ['SignallerBuilder', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20energysignaller_20_3e_798', ['SignallerBuilder< EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1EnergySignaller.xhtml#afb979459db2487c5003e22e8354735d7', 1, 'gmx::EnergySignaller']]], │ │ │ │ ['signallerbuilder_3c_20gmx_3a_3aenergysignaller_20_3e_799', ['SignallerBuilder< gmx::EnergySignaller >', ['../classgmx_1_1SignallerBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -1301,25 +1301,25 @@ │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_827', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_2eh_828', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2simd_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4_20implementation_829', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4_2eh_830', ['simd4.h', ['../simd4_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4bool_831', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['simd4dbool_832', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ + ['simd4dbool_832', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4double_833', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ + ['simd4double_833', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4fbool_834', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ + ['simd4fbool_834', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4float_835', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ + ['simd4float_835', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_836', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4real_837', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd4setzerod_838', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd4setzerof_839', ['simd4SetZeroF', ['../group__module__simd.xhtml#gafa583e5ea332a308e773ad9422e0d080', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd_5fenergy_5faccumulator_2ecpp_840', ['simd_energy_accumulator.cpp', ['../tests_2simd__energy__accumulator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fkernel_2eh_841', ['simd_kernel.h', ['../simd__kernel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -1904,27 +1904,27 @@ │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2ecpp_1207', ['state_propagator_data_gpu_impl.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_2eh_1208', ['state_propagator_data_gpu_impl.h', ['../state__propagator__data__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['state_5fpropagator_5fdata_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_1209', ['state_propagator_data_gpu_impl_gpu.cpp', ['../state__propagator__data__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['statechanged_1210', ['stateChanged', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#a31ebf74bd43279d454fb29a1fe7e2a5f', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ ['stateentry_1211', ['StateEntry', ['../state_8h.xhtml#a86497aee22e74e3dec677d0d49213656', 1, 'state.h']]], │ │ │ │ ['stateglobal_5f_1212', ['stateGlobal_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ad474b5174e3f72368698f2b0afff1b8b', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ ['statepointer_1213', ['StatePointer', ['../classgmx_1_1HelpWriterContext_1_1Impl.xhtml#a1f191dc5d90a8004267a18cd00cf8c12', 1, 'gmx::HelpWriterContext::Impl']]], │ │ │ │ - ['statepropagatordata_1214', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'] │ │ │ │ + ['statepropagatordata_1214', ['statepropagatordata', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aeaba083022e06d68abaca844ae1ec8eb', 1, 'gmx::StatePropagatorData::StatePropagatorData()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml', 1, 'gmx::StatePropagatorData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['statepropagatordata_20tt_1215', ['<tt>StatePropagatorData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md35', 1, '']]], │ │ │ │ ['statepropagatordata_2ecpp_1216', ['statepropagatordata.cpp', ['../statepropagatordata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['statepropagatordata_2eh_1217', ['statepropagatordata.h', ['../statepropagatordata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['statepropagatordata_3a_3aelement_20tt_1218', ['<tt>StatePropagatorData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md31', 1, '']]], │ │ │ │ ['stateread_5f_1219', ['stateRead_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#a1ec8a57f49d9817eb5b634b72609aef7', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ ['static_1220', ['Static', ['../md__enums_8h.xhtml#ab1fce6aba35ca024e1ac818bdf1d5d15a84a8921b25f505d0d2077aeb5db4bc16', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ - ['static_5fextent_1221', ['static_extent', ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaf7f060e31aa227c06a0bc509420be66', 1, 'gmx::basic_mdspan::static_extent()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_010_01_4.xhtml#a4f2603dc7c635806f93485cbc441dcd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< 0 >::static_extent()'], │ │ │ │ + ['static_5fextent_1221', ['static_extent', ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_010_01_4.xhtml#a4f2603dc7c635806f93485cbc441dcd5', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< 0 >::static_extent()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01dynamic__extent_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#a55cdb81e2125645a0aeb35fb0c5387fc', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, dynamic_extent, StaticExtents... >::static_extent()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1extents.xhtml#a50111b7e65a0dd5cff8bb326e6b084e0', 1, 'gmx::extents::static_extent()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaf7f060e31aa227c06a0bc509420be66', 1, 'gmx::basic_mdspan::static_extent()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1detail_1_1extents__analyse_3_01R_00_01E0_00_01StaticExtents_8_8_8_01_4.xhtml#aea69002007675bb3b64984fad3d6748b', 1, 'gmx::detail::extents_analyse< R, E0, StaticExtents... >::static_extent()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['staticaveragehistogram_1222', ['staticaveragehistogram', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml#a15f37a8c0d228aadff66df4b4de2207a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram::StaticAverageHistogram()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03_1_1StaticAverageHistogram.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{histogram.cpp}::StaticAverageHistogram'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['staticdataframeheaderchecker_1223', ['staticdataframeheaderchecker', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mock__datamodule_8cpp_03_1_1StaticDataFrameHeaderChecker.xhtml#a63907b6f8f88fba789d0a57a5e5ebd41', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mock_datamodule.cpp}::StaticDataFrameHeaderChecker::StaticDataFrameHeaderChecker()'] │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_17.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -108,20 +108,20 @@ │ │ │ │ ['tau_79', ['tau', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ae44c5c0ce2cb51e35e160b41feae02d0', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood::tau'], │ │ │ │ ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a4a7d5d96a6026b0db6cc024d590e4ba6', 1, 't_UmbrellaWindow::tau'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['tausmooth_80', ['tausmooth', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#adca5c639bf77415ff74cdd36259747ac', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ ['taut_81', ['tauT', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02langevin_8cpp_03_1_1LangevinTestParameters.xhtml#ad2429598fcf2120680f2c9cbb242a227', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{langevin.cpp}::LangevinTestParameters']]], │ │ │ │ ['tbin_82', ['tbin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a8e051ab9e3b8939ceaf35aea4b20c980', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ ['tbinsize_83', ['tbinsize', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a37c045688253e214ec4f38582c565d5a', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ - 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['testbits_126', ['testbits', ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af6a3628d9b9ddc7900590f963be7bbf0', 1, 'gmx::testBits(float a)'], │ │ │ │ + ['testbits_126', ['testbits', ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga47337ed69b038e337974eb220e9455bd', 1, 'gmx::testBits(SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ae2a03b61db6a3ed3e8c2d5e1b3acc9a8', 1, 'gmx::testBits(std::int32_t a)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af6a3628d9b9ddc7900590f963be7bbf0', 1, 'gmx::testBits(float a)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ae58ba299df96ee6c45043e646a1d01dc', 1, 'gmx::testBits(double a)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf2ea05053a363baccc4a01d7d0bc137d', 1, 'gmx::testBits(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga5c87788b1cb09e4e6bfdf94f83f1ec76', 1, 'gmx::testBits(SimdDouble a)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ae2a03b61db6a3ed3e8c2d5e1b3acc9a8', 1, 'gmx::testBits(std::int32_t a)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga10dfe150e697592814f1d3edd5c3c87e', 1, 'gmx::testBits(SimdFloat a)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['testbody_127', ['testbody', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1GatherTestBody.xhtml#a8d2770417e5c57257e5f998e68306c3f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::GatherTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesolvetest_8cpp_03_1_1SolveTestBody.xhtml#a73732f663d465e8c6235e8d52fc0d321', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesolvetest.cpp}::SolveTestBody::TestBody()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmesplinespreadtest_8cpp_03_1_1SplineAndSpreadTestBody.xhtml#a9b56a90ddb0e79ad3a306a61fc56700b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmesplinespreadtest.cpp}::SplineAndSpreadTestBody::TestBody()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['testcallbackfunc_128', ['TestCallbackFunc', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02textreader_8cpp_03.xhtml#a3d2c1cd223dc48fe16d95d95fba57e33', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{textreader.cpp}']]], │ │ │ │ ['testdata_129', ['testData', ['../classgmx_1_1test_1_1XvgMatch.xhtml#adac4856fbdb4583cbe532297c59e5368', 1, 'gmx::test::XvgMatch']]], │ │ │ │ ['testdevice_130', ['testdevice', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml', 1, 'gmx::test::TestDevice'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a32825b77885bb4482851ecfa1a8f5c25', 1, 'gmx::test::TestDevice::TestDevice()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum'] │ │ │ │ + ['testenum_131', ['testenum', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02treesupport_8cpp_03.xhtml#a1a5203293db72857fea5d4d07096a1ab', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{treesupport.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpwriter_8cpp_03.xhtml#a8cb42376f7b6bb894e8da947f7c4a8d6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}::TestEnum'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02optionsassigner_8cpp_03.xhtml#ade5b1d6d438c6354dc5a3034be602cef', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{optionsassigner.cpp}::TestEnum'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['testenums_132', ['TestEnums', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a7c58468ea2cf02368441be884454b7b4', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['testexception_133', ['testexception', ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml', 1, 'gmx::test::TestException'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#aa3c79e2b74a27e68018a7e990d7bc7fc', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const std::string &reason)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestException.xhtml#a3616ce31284d79ab68e8faa65330d5ec', 1, 'gmx::test::TestException::TestException(const GromacsException &base)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['testexceptions_2eh_134', ['testexceptions.h', ['../testexceptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_18.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -29,19 +29,19 @@ │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_2eh_15', ['uniformrealdistribution.h', ['../uniformrealdistribution_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['uniformrealdistribution_3c_20real_20_3e_16', ['UniformRealDistribution< real >', ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unionfind_2ecpp_17', ['unionfind.cpp', ['../unionfind_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['unionfind_2eh_18', ['unionfind.h', ['../unionfind_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['unionfinder_19', ['UnionFinder', ['../classgmx_1_1UnionFinder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_20', ['unique_cptr', ['../namespacegmx.xhtml#a89d1da25b1e1f9331f1fe99b15072eac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unique_5fcptr_2eh_21', ['unique_cptr.h', ['../unique__cptr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ - ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ + ['uniquedeviceid_22', ['uniquedeviceid', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ + ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'uniqueDeviceId(const DeviceInformation &deviceInfo): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['unit_23', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'], │ │ │ │ - ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'] │ │ │ │ + ['unit_23', ['unit', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ae5d2dca38270c084eb3386aa26b9b959', 1, 'UmbrellaOptions::unit'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm::unit()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unitcellinfo_24', ['unitcellinfo', ['../structUnitCellInfo.xhtml', 1, 'UnitCellInfo'], │ │ │ │ ['../structUnitCellInfo.xhtml#a9d3636ef8212130c876d2cbd16dcc69a', 1, 'UnitCellInfo::UnitCellInfo()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unitcelliscompact_25', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_26', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_27', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -127,18 +127,18 @@ │ │ │ │ ['updatepositions_87', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_88', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['updateprobabilityweightsandconvolvedbias_89', ['updateProbabilityWeightsAndConvolvedBias', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9f7401159d5f59b63c09e34829643156', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ ['updatereferencetemperature_90', ['updatereferencetemperature', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData_1_1ReferenceTemperatureHelper.xhtml#af1c1de5aaf87c8f24affe49bde37603b', 1, 'gmx::StatePropagatorData::ReferenceTemperatureHelper::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1NoseHooverGroup.xhtml#aa3d71e0bea4cfdf3b6120a0cb1993acc', 1, 'gmx::NoseHooverGroup::updateReferenceTemperature()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#aee30a9b7c159fb0a9bf500e79c5b36ad', 1, 'gmx::StatePropagatorData::updateReferenceTemperature()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['updatereferencetemperatureandintegral_91', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ + ['updatereferencetemperatureandintegral_91', ['updatereferencetemperatureandintegral', ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ITemperatureCouplingImpl.xhtml#a67d316d4990f6b3e3b91d4293102da71', 1, 'gmx::ITemperatureCouplingImpl::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1VRescaleTemperatureCoupling.xhtml#ab4efc16ccfe24d5c4a080b6ef9027250', 1, 'gmx::VRescaleTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#ad79e818a438bda7940ddf37e004c8a82', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NoseHooverTemperatureCoupling.xhtml#a19f20b178c4f10eb2de9ec991438d9f5', 1, 'gmx::NoseHooverTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml#ad79e818a438bda7940ddf37e004c8a82', 1, 'gmx::BerendsenTemperatureCoupling::updateReferenceTemperatureAndIntegral()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updatesharedcorrelationtensortimeintegral_92', ['updateSharedCorrelationTensorTimeIntegral', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#ab7dfefc2c90ee279effebe810c485dbc', 1, 'gmx::BiasState']]], │ │ │ │ ['updatetargetweight_93', ['updateTargetWeight', ['../classgmx_1_1PointState.xhtml#a1d57397ae942af129a982a9f333fef51', 1, 'gmx::PointState']]], │ │ │ │ ['updatevelocities_94', ['updatevelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx::updateVelocities()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02settle_8cpp_03_1_1SettleTestParameters.xhtml#aaaeba6d14001c6c245e8af771389df3c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{settle.cpp}::SettleTestParameters::updateVelocities'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updateweight_95', ['updateWeight', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a0592d5d3d02e79af3d0cd4ee7346a981', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_4.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -342,26 +342,26 @@ │ │ │ │ ['addwithcoupled_212', ['addWithCoupled', ['../namespacegmx.xhtml#a71dab7360755dfa64ab2b9ecae2b50a7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['adjustatominformation_213', ['adjustAtomInformation', ['../namespacegmx.xhtml#a275fd149ededf268fc7ffaf9c7fd9a8b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['adjustfromsettings_214', ['adjustFromSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#a5471ae98e9950ceb6cf2ece11ba5c130', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['adjustinputrecbasedonmodules_215', ['adjustInputrecBasedOnModules', ['../classgmx_1_1MDModules.xhtml#a17a16c8f62f862f88627b20f280f740d', 1, 'gmx::MDModules']]], │ │ │ │ ['adjustkeyvaluetreefromoptions_216', ['adjustKeyValueTreeFromOptions', ['../group__module__options.xhtml#ga4ff33b942520181157f23d0204fde157', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['adl_5fp_217', ['ADL_P', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml#a2cbf4ef8d324a75842da95cf157ad662a60e8f3442024c1d700d929d41071f9fa', 1, 'device_management_sycl_intel_device_ids.cpp']]], │ │ │ │ ['advancepointinsubgrid_218', ['advancePointInSubgrid', ['../namespacegmx.xhtml#a796a4671abfe96e1c695934237ba1af1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['affinetransformation_219', ['affinetransformation', ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml', 1, 'gmx::AffineTransformation'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml#a9e6d3f723c477ac3d32c10fda33d0b47', 1, 'gmx::AffineTransformation::AffineTransformation()'] │ │ │ │ + ['affinetransformation_219', ['affinetransformation', ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml#a9e6d3f723c477ac3d32c10fda33d0b47', 1, 'gmx::AffineTransformation::AffineTransformation()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AffineTransformation.xhtml', 1, 'gmx::AffineTransformation'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['after_20compilation_220', ['Element tree after compilation', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree', 1, '']]], │ │ │ │ - ['afterfrom_221', ['afterfrom', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom< FromType >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#a2ab97b38dd624b519ab260f18c65f6e6', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::AfterFrom()'] │ │ │ │ + ['afterfrom_221', ['afterfrom', ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml#a2ab97b38dd624b519ab260f18c65f6e6', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom::AfterFrom()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1KeyValueTreeTransformRuleBuilder_1_1AfterFrom.xhtml', 1, 'gmx::KeyValueTreeTransformRuleBuilder::AfterFrom< FromType >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['against_20tt_20libgromacs_20tt_222', ['Linking against <tt>libgromacs</tt>', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md103', 1, '']]], │ │ │ │ - ['ai_223', ['ai', ['../structMoleculePatch.xhtml#a961bb46d8143f2398991f6575fd74cca', 1, 'MoleculePatch::ai()'], │ │ │ │ - ['../classVsiteBondedInteraction.xhtml#a757d62f6874409547ef7004bb96e0504', 1, 'VsiteBondedInteraction::ai()'], │ │ │ │ - ['../classInteractionOfType.xhtml#aea9e0f61528c3026b34a0c304d4a2422', 1, 'InteractionOfType::ai()'], │ │ │ │ - ['../structBondedInteraction.xhtml#a39089dc69980e84281a0dc1069a4cd12', 1, 'BondedInteraction::ai() const'] │ │ │ │ + ['ai_223', ['ai', ['../classInteractionOfType.xhtml#aea9e0f61528c3026b34a0c304d4a2422', 1, 'InteractionOfType::ai()'], │ │ │ │ + ['../structBondedInteraction.xhtml#a39089dc69980e84281a0dc1069a4cd12', 1, 'BondedInteraction::ai()'], │ │ │ │ + ['../structMoleculePatch.xhtml#a961bb46d8143f2398991f6575fd74cca', 1, 'MoleculePatch::ai()'], │ │ │ │ + ['../classVsiteBondedInteraction.xhtml#a757d62f6874409547ef7004bb96e0504', 1, 'VsiteBondedInteraction::ai()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['aj_224', ['aj', ['../structBondedInteraction.xhtml#a4bfdecec47ae9a83646e84c7dc80d23b', 1, 'BondedInteraction::aj()'], │ │ │ │ ['../structMoleculePatch.xhtml#a58d5316b7fb00498ea1e51256b043b1e', 1, 'MoleculePatch::aj()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ak_225', ['ak', ['../structBondedInteraction.xhtml#a4ec2b156b8544115dfe2848a5dc16b1e', 1, 'BondedInteraction::ak()'], │ │ │ │ ['../structMoleculePatch.xhtml#aca196338c459bf579c7b9f77c567f17a', 1, 'MoleculePatch::ak()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -482,16 +482,16 @@ │ │ │ │ ['analysisdata_2ecpp_292', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_293', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['analysisdataaveragemodule_294', ['AnalysisDataAverageModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdataaveragemodulepointer_295', ['AnalysisDataAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a87e4f5152c736da50dd59275f423a7a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdatabinaveragemodule_296', ['analysisdatabinaveragemodule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#a6912a0b42cf2d67d73659b8f2d4a5997', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::AnalysisDataBinAverageModule()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ae68db8d9759911b2a903e2918c471771', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::AnalysisDataBinAverageModule(const AnalysisHistogramSettings &settings)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisDataBinAverageModule.xhtml#ae68db8d9759911b2a903e2918c471771', 1, 'gmx::AnalysisDataBinAverageModule::AnalysisDataBinAverageModule()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['analysisdatabinaveragemodulepointer_297', ['AnalysisDataBinAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a2832966f8a1d1e01888448ce10faa595', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdatadisplacementmodule_298', ['AnalysisDataDisplacementModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdatadisplacementmodulepointer_299', ['AnalysisDataDisplacementModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#aa5dd79fb2cd906b55b386b64084543b9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdataframeaveragemodule_300', ['AnalysisDataFrameAverageModule', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverageModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdataframeaveragemodulepointer_301', ['AnalysisDataFrameAverageModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#ad580f7f69fb3536c9cba722587e77e49', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['analysisdataframeaverager_302', ['AnalysisDataFrameAverager', ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -1126,16 +1126,16 @@ │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBAtomDataGpu.xhtml#a576a787d23e52da39489927a9f69523a', 1, 'gmx::NBAtomDataGpu::atomTypes'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a41fe865d22956545b9d2b3ba73c18e66', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::atomTypes'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['author_657', ['author', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#a442132f595286cb8095261dace23a32c', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ ['auto_658', ['auto', ['../namespacegmx.xhtml#afd6f3326407d61e4364f4bfeeebe5f03a06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'gmx::Auto'], │ │ │ │ ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677da06b9281e396db002010bde1de57262eb', 1, 'Auto: md_enums.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['autocorr_2ecpp_659', ['autocorr.cpp', ['../tests_2autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../autocorr_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['autocorr_2eh_660', ['autocorr.h', ['../autocorr_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['automated_20checking_661', ['Automated checking', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md69', 1, '']]], │ │ │ │ ['available_662', ['available', ['../txtdump_8h.xhtml#ae238112c35f9365dea81fcc6a93d85ad', 1, 'txtdump.cpp']]], │ │ │ │ ['aver_663', ['aver', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a761fb336b9511567f04023c5dd340219', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ ['average_664', ['average', ['../classgmx_1_1AnalysisDataAverageModule.xhtml#a12396e50589a3601c7ebcf0a44ab303c', 1, 'gmx::AnalysisDataAverageModule::average()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a731796b828190c1936023f4fd9012f97', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::average()'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_5.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -65,50 +65,50 @@ │ │ │ │ ['baselatency_27', ['baseLatency', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Numa.xhtml#ae5953a3434aa195be6ec0af0c98461d0', 1, 'gmx::HardwareTopology::Numa']]], │ │ │ │ ['basenetwork_2eh_28', ['basenetwork.h', ['../basenetwork_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['baseversion_2eh_29', ['baseversion.h', ['../baseversion_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['baseversion_5fgen_2eh_30', ['baseversion_gen.h', ['../baseversion__gen_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basic_31', ['basic', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#aa94ffc2c936d76ba16f1938f449cfaa8a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::HardwareTopology::Basic'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7a972e73b7a882d0802a4e3a16946a2f94', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Basic'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a1af35e8aadb8ddbe4a239879e3db6238', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const basic_mdspan< OtherElementType, OtherExtents, OtherLayoutPolicy, OtherAccessor > &rhs) noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#af91e1c5db6aa3eb085defcaf777c6fd3', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, IndexType... DynamicExtents) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a7c22975cf4760a9f66be3e20d83e1e39', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const std::array< ptrdiff_t, extents_type::rank_dynamic()> &dynamic_extents)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#ad98e5109d35223338f274e3bdd850622', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a869a9eefe1ee5fdbe009f0970533b6c4', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(pointer ptr, const mapping_type &m, const accessor_type &a) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#aaff0fad86e9316fd92ad9ed713522e62', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(U &&other)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a96da2575cb94ba65feb904f78a2bb5eb', 1, 'gmx::basic_mdspan::basic_mdspan(const U &other)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20dynamic_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_33', ['basic_mdspan< value_type, dynamic_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20extents_2c_20layout_5fright_20_3e_34', ['basic_mdspan< value_type, Extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_2c_20layout_5fright_20_3e_35', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_204_2c_203_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_36', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< 4, 3 >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20gmx_3a_3aextents_3c_20dynamic_5fextent_2c_20dynamic_5fextent_20_3e_2c_20layout_5fright_20_3e_37', ['basic_mdspan< value_type, gmx::extents< dynamic_extent, dynamic_extent >, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basic_5fmdspan_3c_20value_5ftype_2c_20static_5fextents_5ftype_2c_20layout_5fright_20_3e_38', ['basic_mdspan< value_type, static_extents_type, layout_right >', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['basicaveragehistogrammodule_39', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a54f473e0e65a37bafd96e64187ff3737', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::BasicAverageHistogramModule()'] │ │ │ │ + ['basicaveragehistogrammodule_39', ['basicaveragehistogrammodule', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml#a54f473e0e65a37bafd96e64187ff3737', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule::BasicAverageHistogramModule()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicAverageHistogramModule.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicAverageHistogramModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicaveragehistogrammodulepointer_40', ['BasicAverageHistogramModulePointer', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#a5339c7bb7559827e38bb63f8d824a276', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl']]], │ │ │ │ ['basichistogramimpl_41', ['basichistogramimpl', ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1BasicHistogramImpl.xhtml#acd3fd16453a6ce448dc27f6be4d29c69', 1, 'gmx::internal::BasicHistogramImpl::BasicHistogramImpl()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicmatrix3x3_42', ['BasicMatrix3x3', ['../namespacegmx.xhtml#a6ec53a17a29b3d233fdfbdc4e273d08d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicoptions_2ecpp_43', ['basicoptions.cpp', ['../basicoptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basicoptions_2eh_44', ['basicoptions.h', ['../basicoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basicoptionstorage_2eh_45', ['basicoptionstorage.h', ['../basicoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['basictest_46', ['basicTest', ['../classgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameWriterTest.xhtml#af60c02f3ca19494613898ebe603da1b0', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameWriterTest']]], │ │ │ │ - ['basicvector_47', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a69359bc6b4f977a9e8f4dc671850fa36', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ + ['basicvector_47', ['basicvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a35f9473fbd9dbc5122c077913b768309', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a0770c51feab30c509deb6d9596222fb5', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a35f9473fbd9dbc5122c077913b768309', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(ValueType x, ValueType y, ValueType z)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a9fc3a859d4ec7431af1481d2b4f4dfe9', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const BasicVector &src)=default'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1e948305d75e44763895cb2798d8a8c1', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(BasicVector &&src) noexcept=default'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a1e948305d75e44763895cb2798d8a8c1', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(BasicVector &&src) noexcept=default'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a69359bc6b4f977a9e8f4dc671850fa36', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector(const RawArray x)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx::BasicVector< ValueType >'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a9fc3a859d4ec7431af1481d2b4f4dfe9', 1, 'gmx::BasicVector::BasicVector()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20double_20_3e_48', ['BasicVector< double >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20int_20_3e_49', ['BasicVector< int >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['basicvector_3c_20real_20_3e_50', ['BasicVector< real >', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['bauto_51', ['bAuto', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a495f27b8e9cfb0ac6aa0c5a650eb54a6', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['bb_52', ['bb', ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork_1_1IClusterData.xhtml#a35b8fb203eeea712d485996bfd285185', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData']]], │ │ │ │ ['bboolno_53', ['bBoolNo', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#a51c1565a9c7e67f715d28109b6a91489', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ @@ -128,49 +128,49 @@ │ │ │ │ ['bcycl_67', ['bCycl', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a1f8b14c587e7cce219441aac02aa5f66', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['bdataproperty_5f_68', ['bDataProperty_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#a12b9fab82a72fdb6d521944c6fab4eab', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['bdebugmode_69', ['bDebugMode', ['../fatalerror_8h.xhtml#aeceaa87707ac5c2c96e224de90dd481c', 1, 'fatalerror.cpp']]], │ │ │ │ ['bdiscrete_70', ['bDiscrete', ['../structt__matrix.xhtml#a6ca5a8d5f5d4be235502f83ffac2586c', 1, 't_matrix']]], │ │ │ │ ['bdotime_71', ['bDoTime', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a3d617d678246cce64ceda64d6358cc0c', 1, 'gmx::NbnxmGpu']]], │ │ │ │ ['bdynamicbox_72', ['bDynamicBox', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t.xhtml#afaf048710cbf2887f36a734d8707078f', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t']]], │ │ │ │ ['becool_73', ['beCool', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02coolstuff_8cpp_03.xhtml#a67229d8062fb466b5be7cb8bed125f1a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{coolstuff.cpp}']]], │ │ │ │ - ['begin_74', ['begin', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ + ['begin_74', ['begin', ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1EnumerationArray.xhtml#a4a2f5be2695dfa8cbac551742c15d771', 1, 'gmx::EnumerationArray::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Range.xhtml#a242b3517477cdd07a73a702f360f5b46', 1, 'gmx::Range::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#a4b930e14cacc91c16a0c6e59fb48ea58', 1, 'gmx::EnergyTerm::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IntegerBox.xhtml#a4bdda1928d7845c8e5c5c3ef2918a466', 1, 'gmx::IntegerBox::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#ab4801001dba830e69c9984d97e9c4932', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::begin()'], │ │ │ │ ['../classAtomRange.xhtml#afc17642be8cc592f6f47fdd9d86aa408', 1, 'AtomRange::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnumerationWrapper.xhtml#abf496f9dcaab55be1b9cbe93f05312d9', 1, 'gmx::EnumerationWrapper::begin()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin()'], │ │ │ │ - ['../classIListRange.xhtml#a7526befe10a07f17dbc35e704d01aeea', 1, 'IListRange::begin()'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aaf0716c8ca857b1a8877fc94463b5850', 1, 'gmx::begin(const MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a636719700df07fe8736fa19bb12c29dd', 1, 'gmx::begin(MultiDimArray< TContainer, Extents > &multiDimArray)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9fd99e24e163158545296b3f791b0ee8', 1, 'gmx::begin(const BasicMdspan &basicMdspan)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#a8c6171058dd1a26721f4af8df12b7a10', 1, 'gmx::EnergyFrame::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a52348f625a07e17a873cf943882510f9', 1, 'gmx::ArrayRef::begin()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a453e4185086abe32f76359d79e5df439', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() noexcept'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#a93f0ea6236ab2cc8e924025646f8d87b', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::begin() const noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['begin_5faction_75', ['BEGIN_ACTION', ['../parser__internal_8h.xhtml#adc0616ed62829750149da924ee4176a9', 1, 'parser_internal.h']]], │ │ │ │ ['beginiterator_76', ['beginIterator', ['../classgmx_1_1SelectionParserSymbolTable.xhtml#a6301d2be458f368de68f404d9dff17f7', 1, 'gmx::SelectionParserSymbolTable']]], │ │ │ │ ['behaviorcollection_2ecpp_77', ['behaviorcollection.cpp', ['../behaviorcollection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['behaviorcollection_2eh_78', ['behaviorcollection.h', ['../behaviorcollection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bench_79', ['bench', ['../namespacegmx.xhtml#a7b53184fadd094f5c7ac05ba75d70cef', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['bench_5fcoords_2eh_80', ['bench_coords.h', ['../bench__coords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2ecpp_81', ['bench_setup.cpp', ['../bench__setup_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bench_5fsetup_2eh_82', ['bench_setup.h', ['../bench__setup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2ecpp_83', ['bench_system.cpp', ['../bench__system_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bench_5fsystem_2eh_84', ['bench_system.h', ['../bench__system_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'] │ │ │ │ + ['benchmarksystem_85', ['benchmarksystem', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml', 1, 'gmx::BenchmarkSystem'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a75dfe958cd7d70bdb5e90f2ec642a77b', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::BenchmarkSystem()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bend_86', ['Bend', ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cadcef3e264a0eecc2a9eadd4478c67a1f', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}']]], │ │ │ │ ['bequil_87', ['bEquil', ['../structdf__history__t.xhtml#a2800c69caa7fcce2c14cb537c4909bc3', 1, 'df_history_t']]], │ │ │ │ ['berendsentemperaturecoupling_88', ['BerendsenTemperatureCoupling', ['../classgmx_1_1BerendsenTemperatureCoupling.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['bestvertex_89', ['bestVertex', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a766a1b22213cf4e5a7a10ee4130afd6f', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ - ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'] │ │ │ │ + ['beta_90', ['beta', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a3f4c1a9b2610aa00392d66d2c4b183ea', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::beta'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams_1_1FepDimParams.xhtml#ad3aa1edaec7f13643c5038ccc2a01a78', 1, 'gmx::DimParams::FepDimParams::beta'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['betak_91', ['betak', ['../structgmx_1_1DimParams_1_1PullDimParams.xhtml#a33729f86621ae915c1feabad67ee696e', 1, 'gmx::DimParams::PullDimParams']]], │ │ │ │ ['between_20lists_20of_20particles_92', ['Interactions between lists of particles', ['../group__module__listed__forces.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['beval_93', ['bEval', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#a4090eef654fcfde5434311a3521e485b', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ ['bexternalgroupsset_5f_94', ['bExternalGroupsSet_', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a4562f816e1e20718de1447763330eda2', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ ['bexternalpotentialproviderhasbeenregistered_95', ['bExternalPotentialProviderHasBeenRegistered', ['../structpull__coord__work__t.xhtml#a8a4851069e32c36ebd1969fdef7dc14c', 1, 'pull_coord_work_t']]], │ │ │ │ ['bf_96', ['bF', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a4d7ed4d9047abe595d1f0a5d2a9a97bf', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ @@ -210,16 +210,16 @@ │ │ │ │ ['biasgrid_2ecpp_119', ['biasgrid.cpp', ['../biasgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasgrid_2eh_120', ['biasgrid.h', ['../biasgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasindex_121', ['biasIndex', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#aaa9ddb42d042542e30e4374487dd3198', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ ['biasindex_5f_122', ['biasIndex_', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a4713cfcee75b921b834d234b3e775304', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['biasoutputsetup_123', ['biasoutputsetup', ['../structBiasOutputSetup.xhtml#a510f3876df7545def34fa6c6a1fe9856', 1, 'BiasOutputSetup::BiasOutputSetup()'], │ │ │ │ ['../structBiasOutputSetup.xhtml', 1, 'BiasOutputSetup'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'] │ │ │ │ + ['biasparams_124', ['biasparams', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml', 1, 'gmx::BiasParams'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a34258b327dcbfe7690e74b992b938aae', 1, 'gmx::BiasParams::BiasParams()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['biasparams_2ecpp_125', ['biasparams.cpp', ['../biasparams_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasparams_2eh_126', ['biasparams.h', ['../biasparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biassharing_2ecpp_127', ['biassharing.cpp', ['../biassharing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biassharing_2eh_128', ['biassharing.h', ['../biassharing_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biasstate_129', ['biasstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml', 1, 'gmx::BiasState'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a9016d9554dd11c56652b0fcf472a4bdb', 1, 'gmx::BiasState::BiasState()'] │ │ │ │ @@ -231,38 +231,38 @@ │ │ │ │ ['biastest_134', ['BiasTest', ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['biastestparameters_135', ['BiasTestParameters', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ac4fc5532ea0af7793e9f4aae8775d018', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['biaswriter_136', ['biaswriter', ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml', 1, 'gmx::BiasWriter'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BiasWriter.xhtml#a4bb9304155a81113722a4c27e8c9e403', 1, 'gmx::BiasWriter::BiasWriter()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_137', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bigendian_138', ['bigEndian', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#a6888ef2c8d9143b3bd73b4d98b97fb37a166ce9f503b168215d0bd9548513f29a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ - ['bin_139', ['bin', ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'], │ │ │ │ - ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'] │ │ │ │ + ['bin_139', ['bin', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#a5221c5d6aed705d530874412bffe96dc', 1, 'methoddata_insolidangle::bin'], │ │ │ │ + ['../structt__partition__item.xhtml#ab2e078f256401b8d964d49a699bc3135', 1, 't_partition_item::bin'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['binary_20implementation_140', ['Wrapper binary implementation', ['../page_wrapperbinary.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_141', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_142', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformationsettings_143', ['BinaryInformationSettings', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['binaryinfosettings_144', ['binaryInfoSettings', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml#abe5e48659711cf4d2136ad20a06941ea', 1, 'gmx::CommandLineCommonOptionsHolder']]], │ │ │ │ ['binaryname_5f_145', ['binaryName_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a028a2d0df873e04a43d7c8fd2a31f527', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['binaveragemoduletest_146', ['BinAverageModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02histogram_8cpp_03.xhtml#af02c97d917ba01cd3fb4ec8da996bc0b', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{histogram.cpp}']]], │ │ │ │ - ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'] │ │ │ │ + ['bincount_147', ['bincount', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#a063cdb946def66b482701dd91dc7017c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binCount()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#a7beb3355e37a25e2966b146f407d0405', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binCount()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bind_148', ['bind', ['../classgmx_1_1RepeatingOptionSectionHandle.xhtml#a82c29b61d7fa7b9bacb6c644ddd1e439', 1, 'gmx::RepeatingOptionSectionHandle']]], │ │ │ │ ['bindsession_149', ['bindSession', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a259009e3075a7e486e434f799125877e', 1, 'gmx::IRestraintPotential']]], │ │ │ │ ['binit_5f_150', ['bInit_', ['../classgmx_1_1PositionCalculationCollection_1_1Impl.xhtml#a60024cd4d6d109f21d8c30665521fd5a', 1, 'gmx::PositionCalculationCollection::Impl']]], │ │ │ │ ['binitpotbyintegration_151', ['bInitPotByIntegration', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a300317da5dd0f69c7c01e47cc81e00d7', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['binputcheckingdisabled_5f_152', ['bInputCheckingDisabled_', ['../classgmx_1_1FileNameOptionManager_1_1Impl.xhtml#a7cd2a4a1fd3c7e2d716acef2c8e6f871', 1, 'gmx::FileNameOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ ['bins_153', ['bins', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a6e4eac2a452db3b73109094936d921a9', 1, 'UmbrellaOptions::bins'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TestParticleInsertion.xhtml#aea7501db300437f517614fdbac3a381d', 1, 'gmx::TestParticleInsertion::bins()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['binuse_5f_154', ['bInUse_', ['../classgmx_1_1test_1_1internal_1_1TestReferenceDataImpl.xhtml#a4ec16f5bca468bf76020234d9f2db510', 1, 'gmx::test::internal::TestReferenceDataImpl']]], │ │ │ │ - ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'] │ │ │ │ + ['binwidth_155', ['binwidth', ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettingsInitializer.xhtml#add437ddf91989778860826153c6b636c', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettingsInitializer::binWidth()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1AnalysisHistogramSettings.xhtml#af927ef5703f2e7aceac66d8bf912b1e9', 1, 'gmx::AnalysisHistogramSettings::binWidth()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bir_156', ['bIr', ['../structTpxFileHeader.xhtml#a2c041ee5b81c0e8056c7ad6f848c24b8', 1, 'TpxFileHeader']]], │ │ │ │ ['bitmask_2eh_157', ['bitmask.h', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_158', ['BITMASK_CLASSNAME', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#ae98c2c3acbcaf4cebce8326e3ad682cb', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ ['bitmask_5fclassname_5f_159', ['BITMASK_CLASSNAME_', ['../tests_2bitmask_8h.xhtml#aa4a16ee87fdc3d8eec077e2ee58cfd8c', 1, 'bitmask.h']]], │ │ │ │ @@ -296,16 +296,16 @@ │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga9a3c7493047defc21bf934ca9fc39476', 1, 'gmx::blend(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4FBool sel)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bllen_180', ['bllen', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a730d195d0cb333e53d6495f81e515127', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['bllen0_181', ['bllen0', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a3ee9e49ac0a6313229d124226e2a4f94', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blmf_182', ['blmf', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a25ca95bfe854044a505e3311622146b2', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blmf1_183', ['blmf1', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a901a4826f9964e940971a90fe4309251', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ ['blnr_184', ['blnr', ['../classgmx_1_1Lincs.xhtml#a9ed82f15cc64475ffe441bb1012a7cb6', 1, 'gmx::Lincs']]], │ │ │ │ - ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'] │ │ │ │ + ['block_185', ['block', ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a7871c8f88afcd806c7c4e0c7e48395dc', 1, 'gmx::RangePartitioning::Block'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1RangePartitioning.xhtml#a9040a23b8b8ab2a2ed08584694726004', 1, 'gmx::RangePartitioning::block(int blockIndex) const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['block_5fbc_186', ['block_bc', ['../broadcaststructs_8h.xhtml#a36c362559cdcf8bad6858762ff83ad83', 1, 'broadcaststructs.h']]], │ │ │ │ ['blocka_5f_187', ['blocka_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02indexutil_8cpp_03_1_1IndexBlockTest.xhtml#a150f51127f9b87eee651581adf705ade', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{indexutil.cpp}::IndexBlockTest']]], │ │ │ │ ['blockatoexclusionblocks_188', ['blockaToExclusionBlocks', ['../namespacegmx.xhtml#acf80d4b6d1ceda2954d2a866c1c87c4b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['blockconnect_189', ['blockConnect', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a33da580aa665c8be3bbe37a5c450d5fc', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['blockdatalist_190', ['blockDataList', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#ae6dce6182c0c27d2c67ba76983f5906c', 1, 'gmx::CorrelationTensor']]], │ │ │ │ ['blockdatalistsize_191', ['blockDataListSize', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#ac8d1562185b92edad82c3f75958cd19e', 1, 'gmx::CorrelationGrid']]], │ │ │ │ @@ -364,31 +364,31 @@ │ │ │ │ ['boolean_20elements_240', ['boolean elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_bool', 1, 'Boolean elements'], │ │ │ │ ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_bool', 1, 'Boolean elements'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['boolean_20values_241', ['Boolean values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md62', 1, '']]], │ │ │ │ ['booleanoption_242', ['booleanoption', ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml#a580fa621b14b47b0631f613e00f2f3bf', 1, 'gmx::BooleanOption::BooleanOption()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1BooleanOption.xhtml', 1, 'gmx::BooleanOption'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1TextOutputStream.xhtml#a8c624ae9199c3bfd37bc35a1beb7852f', 1, 'gmx::TextOutputStream::close()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextWriter.xhtml#aeb5664c1d354a35f621061f73888fb0d', 1, 'gmx::TextWriter::close()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringInputStream.xhtml#abb10d95192f3e79d19764855bcbd1739', 1, 'gmx::StringInputStream::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextOutputFile.xhtml#a0e112f234e5bc3c42d4d01087412af56', 1, 'gmx::TextOutputFile::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextInputFile.xhtml#a206e851131b014eaef22f56217092e27', 1, 'gmx::TextInputFile::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StandardInputStream.xhtml#ad47b5f004707624d1ba6963f4cf425d2', 1, 'gmx::StandardInputStream::close()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1StringOutputStream.xhtml#a72a9089f662d660616d6ed419d0efe93', 1, 'gmx::StringOutputStream::close()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['close_5fsymtab_599', ['close_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ac1312ed27b85821cdccb3980d81f8026', 1, 'symtab.h']]], │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationcpu_600', ['closeAfterForceComputationCpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#a9bc7829dd33672815fe2aedb19c9e694', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ ['closeafterforcecomputationgpu_601', ['closeAfterForceComputationGpu', ['../classDDBalanceRegionHandler.xhtml#abadc78a643b88af716117f0b46ba5473', 1, 'DDBalanceRegionHandler']]], │ │ │ │ ['closelogfile_602', ['closeLogFile', ['../namespacegmx.xhtml#a3f56998ae7a3341da06ae004304cf59a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['closestintegerpoint_603', ['closestIntegerPoint', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02gausstransform_8cpp_03.xhtml#ac925f65cbdb7cead0786b53978e1b525', 1, 'gmx::anonymous_namespace{gausstransform.cpp}']]], │ │ │ │ ['closetimingregion_604', ['closetimingregion', ['../classGpuRegionTimerWrapper.xhtml#a5ca4467b5e552f30d68ab47a6b232a15', 1, 'GpuRegionTimerWrapper::closeTimingRegion()'], │ │ │ │ @@ -912,52 +912,52 @@ │ │ │ │ ['clusterboundingboxdistance2_606', ['clusterBoundingBoxDistance2', ['../namespacegmx.xhtml#a2ccdf8ae57a26daaf6f5db537d6ea54e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_607', ['ClusterDistanceKernelType', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_608', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clusterflags_609', ['clusterFlags', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#ac63e6850975655ffc43ebd93d50dd318', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ ['clusterisperturbed_610', ['clusterIsPerturbed', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a4b81fbe012e27d59e6403066546e96f1', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ ['clusters_20of_20warps_611', ['of packed j clusters * # of warps', ['../classgmx_1_1GpuPairlist.xhtml#autotoc_md108', 1, '']]], │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_612', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - 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['cmainfunction_614', ['cmainfunction', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a68f43fb951aeecbeb60c81dd8701f921', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#aa280311ece46f8039e8f85c4a4ab069a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainFunction'] │ │ │ │ + ['cmainfunction_614', ['cmainfunction', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlinemodulemanager_8cpp_03_1_1CMainCommandLineModule.xhtml#aa280311ece46f8039e8f85c4a4ab069a', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanager.cpp}::CMainCommandLineModule::CMainFunction'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager.xhtml#a68f43fb951aeecbeb60c81dd8701f921', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::CMainFunction'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmake_20tt_20find_5fpackage_20gromacs_20tt_20details_615', ['CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmap_616', ['cmap', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a5f0efc5bc0b4fc4e1340124ba018be82', 1, 'InteractionsOfType::cmap'], │ │ │ │ ['../structgmx__cmapdata__t.xhtml#a84746eed9cc32f714ec10dbe675847d7', 1, 'gmx_cmapdata_t::cmap'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmap_5fcoeff_5fmatrix_617', ['cmap_coeff_matrix', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#a190c75eabdb2aee14d27ec1e104e40b4', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ ['cmap_5fdihs_618', ['cmap_dihs', ['../bonded_8cpp.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'], │ │ │ │ ['../bonded_8h.xhtml#aa5ccd16bc6fca5281ec8404a2fb64037', 1, 'cmap_dihs(int nbonds, const t_iatom forceatoms[], const t_iparams forceparams[], const gmx_cmap_t *cmap_grid, const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, real gmx_unused lambda, real gmx_unused *dvdlambda, gmx::ArrayRef< const real >, t_fcdata gmx_unused *fcd, t_disresdata gmx_unused *disresdata, t_oriresdata gmx_unused *oriresdata, int gmx_unused *global_atom_index): bonded.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['cmap_5fgrid_619', ['cmap_grid', ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#ac2e74e19f8bfd1f20b5bba03606e8784', 1, 'gmx_ffparams_t::cmap_grid'], │ │ │ │ - ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a7ee9453681c3fe520371511fd663b2cb', 1, 'InteractionDefinitions::cmap_grid'] │ │ │ │ + ['cmap_5fgrid_619', ['cmap_grid', ['../classInteractionDefinitions.xhtml#a7ee9453681c3fe520371511fd663b2cb', 1, 'InteractionDefinitions::cmap_grid'], │ │ │ │ + ['../structgmx__ffparams__t.xhtml#ac2e74e19f8bfd1f20b5bba03606e8784', 1, 'gmx_ffparams_t::cmap_grid'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmap_5fsetup_5fgrid_5findex_620', ['cmap_setup_grid_index', ['../namespaceanonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#ab633656da7c571ef07545dc40d63e57c', 1, 'anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ ['cmapatomtypes_621', ['cmapAtomTypes', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a6bded5f13e80427d245ffd81766e75b6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmapdata_622', ['cmapdata', ['../structgmx__cmap__t.xhtml#aa9e7f26ea95886d0fa833eed83cae1ca', 1, 'gmx_cmap_t']]], │ │ │ │ ['cmapgridspacing_5f_623', ['cmapGridSpacing_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#aa077cc69502b2f3f0faaa718059cc71c', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmaprestypes_5f_624', ['cmapResTypes_', ['../structInteractionsOfType.xhtml#a1d8c4755ad9aa601d01712f8497cffd6', 1, 'InteractionsOfType']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_625', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_626', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_627', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_628', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_629', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_630', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_631', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_632', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_633', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_634', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_635', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2eh_636', ['cmdlinemodulemanager.h', ['../cmdlinemodulemanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_5fimpl_2eh_637', ['cmdlinemodulemanager_impl.h', ['../cmdlinemodulemanager__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2ecpp_638', ['cmdlinemodulemanagertest.cpp', ['../cmdlinemodulemanagertest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanagertest_2eh_639', ['cmdlinemodulemanagertest.h', ['../cmdlinemodulemanagertest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2ecpp_640', ['cmdlineoptionsmodule.cpp', ['../cmdlineoptionsmodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineoptionsmodule_2eh_641', ['cmdlineoptionsmodule.h', ['../cmdlineoptionsmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -965,31 +965,31 @@ │ │ │ │ ['../cmdlineparser_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlineparser_2eh_643', ['cmdlineparser.h', ['../cmdlineparser_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2ecpp_644', ['cmdlineprogramcontext.cpp', ['../tests_2cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../cmdlineprogramcontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlineprogramcontext_2eh_645', ['cmdlineprogramcontext.h', ['../cmdlineprogramcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlinerunner_2ecpp_646', ['cmdlinerunner.cpp', ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlinerunner_2ecpp_646', ['cmdlinerunner.cpp', ['../cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinerunner_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinerunner_2eh_647', ['cmdlinerunner.h', ['../cmdlinerunner_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinetest_2ecpp_648', ['cmdlinetest.cpp', ['../cmdlinetest_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinetest_2eh_649', ['cmdlinetest.h', ['../cmdlinetest_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmp_5fallocint_650', ['CMP_ALLOCINT', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4f4ba35b0b3b93173ad262cd7b6d59cb', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fallocreal_651', ['CMP_ALLOCREAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a5d14f88d7ee31f8fb0451395cd89dd6d', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fbool_652', ['cmp_bool', ['../compare_8h.xhtml#a151a02094025c95b0e5ada42d034a50d', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fdouble_653', ['cmp_double', ['../compare_8h.xhtml#abcdecc58d66dc4f819b609f1cc3cc401', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fdynamicval_654', ['CMP_DYNAMICVAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a8ca48e4b031ed599140d615f85f47506', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fequal_655', ['CMP_EQUAL', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a69017e915c3273f6c77dc13aefd5bd0e', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5ffloat_656', ['cmp_float', ['../compare_8h.xhtml#a171d30057fc5d5f8c8906f4dd6038493', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fgeq_657', ['CMP_GEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5acbf87d65ff27dd11d09c3d4168ec5690', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fgtr_658', ['CMP_GTR', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a952a8220aefbeb820d9f2a57385004e8', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ - ['cmp_5fint_659', ['cmp_int', ['../sm__same_8cpp.xhtml#a82a2e753c2e346d29922e3cdd0c4ca5c', 1, 'cmp_int(const void *a, const void *b): sm_same.cpp'], │ │ │ │ - ['../compare_8h.xhtml#a1e519a5d570e44d59de87a99c1850319', 1, 'cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2): compare.cpp'] │ │ │ │ + ['cmp_5fint_659', ['cmp_int', ['../compare_8h.xhtml#a1e519a5d570e44d59de87a99c1850319', 1, 'cmp_int(FILE *fp, const char *s, int index, int i1, int i2): compare.cpp'], │ │ │ │ + ['../sm__same_8cpp.xhtml#a82a2e753c2e346d29922e3cdd0c4ca5c', 1, 'cmp_int(const void *a, const void *b): sm_same.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmp_5fint64_660', ['cmp_int64', ['../compare_8h.xhtml#a3b847f3e43f4505e069444afc4d9afa0', 1, 'compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5finvalid_661', ['CMP_INVALID', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5ac8fc7c0cd25967ec80612d13f43920c8', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fleq_662', ['CMP_LEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a21a9f335526f7cccf3be617fd69b1997', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fless_663', ['CMP_LESS', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5a2eb13396f22cd506d8a87dd21d92a134', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5fneq_664', ['CMP_NEQ', ['../sm__compare_8cpp.xhtml#a4c494127cd83d1f0dae8853a278569b5acff35e061674951fc02df39f1ecd189f', 1, 'sm_compare.cpp']]], │ │ │ │ ['cmp_5frange_665', ['cmp_range', ['../params_8cpp.xhtml#aa9ad066a4e400922e4e51759d3e239a1', 1, 'params.cpp']]], │ │ │ │ @@ -1018,26 +1018,26 @@ │ │ │ │ ['cogforatom_684', ['cogForAtom', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#aa5f5e75ffb0d70b59d7b76ac6d1bccda', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['cogindex_685', ['cogIndex', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a14b952a48a67984b2d1f9281c5aae11b', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['cogisfillerparticle_686', ['cogIsFillerParticle', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#a2782b7dcc5d546da1fb6732ba0f6307f', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog']]], │ │ │ │ ['coll_687', ['coll', ['../structgmx__ana__poscalc__t.xhtml#ab52044417dbe424a3c5bd2b60b646732', 1, 'gmx_ana_poscalc_t']]], │ │ │ │ ['collect_2eh_688', ['collect.h', ['../collect_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['collection_5f_689', ['collection_', ['../classgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl.xhtml#aa3ec842ccc6713ae73ca450fe8c27216', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl']]], │ │ │ │ ['collectiveindex_690', ['collectiveIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#aeae3c1065fe5a7a7ea923da0c459e762', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ - ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ + ['columncount_691', ['columncount', ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataFrameAverager.xhtml#a5cbf590138d0862b2f9a0cb6032533d5', 1, 'gmx::AnalysisDataFrameAverager::columnCount()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1AnalysisDataStorageFrame.xhtml#a73e7a5e0885ea5926dcae97c90c7e632', 1, 'gmx::AnalysisDataStorageFrame::columnCount()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1AnalysisDataTestInput.xhtml#a0434799b8d00516e2adcc607a0634f56', 1, 'gmx::test::AnalysisDataTestInput::columnCount()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a17311939de0c51ac706045ef66bcf954', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount(int dataSet) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData.xhtml#a8313ad257a8ac9de2f8586ff0a383b73', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::columnCount() const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AnalysisDataPointSetRef.xhtml#a4da78cf2fa943454a153d823615635d4', 1, 'gmx::AnalysisDataPointSetRef::columnCount()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['columncounts_5f_692', ['columnCounts_', ['../classgmx_1_1AbstractAnalysisData_1_1Impl.xhtml#ae6b8d50e6399628ee75add19bb01fe4c', 1, 'gmx::AbstractAnalysisData::Impl']]], │ │ │ │ ['columndata_693', ['columndata', ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a721da3fad4f11f70d82b9662f97ac9bd', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData(int index) const'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a1aadbc00bc88c073c7d4cbef976e7ec6', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::ColumnData()'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl_1_1ColumnData.xhtml#a1aadbc00bc88c073c7d4cbef976e7ec6', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::ColumnData::ColumnData()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#abd5eab1f53918e88eaf6f85967c095c7', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl::columnData()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['columninfo_694', ['ColumnInfo', ['../structgmx_1_1DomainCommBackward_1_1ColumnInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ ['columnlist_695', ['ColumnList', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a0043d139b3d909e5253fb471db83dec2', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ ['columnrowsectionstart_5f_696', ['columnRowSectionStart_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#ac1e9b0d0a9ab44e2d5dbcaa7aff81516', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ ['columnrowsectiontoxyz_5f_697', ['columnRowSectionToXyz_', ['../structgmx_1_1MrcDensityMapHeader.xhtml#a8b4274c85240707c9b56f65a33c2219b', 1, 'gmx::MrcDensityMapHeader']]], │ │ │ │ ['columns_5f_698', ['columns_', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter_1_1Impl.xhtml#a38cb6aa1525b0eb729f1a24c19c63d34', 1, 'gmx::TextTableFormatter::Impl']]], │ │ │ │ ['columnsreceived_699', ['columnsReceived', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a916effaa33e6231586c4b961b0b13dad', 1, 'gmx::DomainCommForward']]], │ │ │ │ @@ -1052,33 +1052,33 @@ │ │ │ │ ['colvarsatomcoords_706', ['colvarsAtomCoords', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a698f69c97138efa82e6dcbe5c46cab83', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsconfigcontent_707', ['colvarsConfigContent', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a2f4da1bfb7f70104ae4e0f04326f4c92', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsenstemp_708', ['colvarsEnsTemp', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acef601dd026f99cc9903101d4a55a063', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsfilename_709', ['colvarsFileName', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a492a802e8110c023183b24816e1e9c63', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_710', ['colvarsforceprovider', ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml#a3ee0e5544bc98bd8b1b8e7cb97462992', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider::ColvarsForceProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::ColvarsForceProvider'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['colvarsforceprovider_2ecpp_711', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['colvarsforceprovider_2ecpp_711', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_712', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsforceproviderstate_713', ['ColvarsForceProviderState', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarsinputfiles_714', ['colvarsInputFiles', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#acfb0cbd2024f2402f55d5b24b4135f68', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_715', ['colvarsmdmodule', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#a0fc853db647af0d2368102ecc62d15b0', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml#abde6a2f4c59d909cf0bfccc9952c914f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule::ColvarsMDModule()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule__stub_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule_stub.cpp}::ColvarsMDModule'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsMDModule_8cpp_03_1_1ColvarsMDModule.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsMDModule.cpp}::ColvarsMDModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_716', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_717', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_718', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdptransformfromstring_719', ['colvarsMdpTransformFromString', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02colvarsoptions_8cpp_03.xhtml#a56fb5108ef86a957d566d6fb2c8a8aa5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{colvarsoptions.cpp}']]], │ │ │ │ ['colvarsmoduleinfo_720', ['ColvarsModuleInfo', ['../structgmx_1_1ColvarsModuleInfo.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarsoptions_721', ['ColvarsOptions', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_722', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_723', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsoutputprefix_724', ['colvarsOutputPrefix', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#ac6d002e2e7edd7ba5e1f4759a2d1a475', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_725', ['colvarspreprocessor', ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml#a3e7c8574d9391b004c07b4603dce6382', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor::ColvarsPreProcessor()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsPreProcessor.xhtml', 1, 'gmx::ColvarsPreProcessor'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2ecpp_726', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ @@ -1087,65 +1087,65 @@ │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_727', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsseed_728', ['colvarsSeed', ['../classgmx_1_1ColvarsOptions.xhtml#a99f2e73ec955d68ec64e441312641f2b', 1, 'gmx::ColvarsOptions']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_729', ['ColvarsSimulationsParameters', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_730', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_731', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarstatefile_5f_732', ['colvarStateFile_', ['../structgmx_1_1ColvarsForceProviderState.xhtml#ace27491b09373178d30d80551a550520', 1, 'gmx::ColvarsForceProviderState']]], │ │ │ │ ['com_733', ['com', ['../structComSumContents.xhtml#a0064f23738b1bc9dccf726141f7cec49', 1, 'ComSumContents']]], │ │ │ │ - ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['com_2ecpp_734', ['com.cpp', ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['com_2eh_735', ['com.h', ['../com_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['combinationrule_736', ['CombinationRule', ['../md__enums_8h.xhtml#a192a1e86909f2db31167de5dbc7df14b', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['combine_5fbounding_5fbox_5fpairs_737', ['combine_bounding_box_pairs', ['../namespacegmx.xhtml#a17ca08d83afe14a14dace318495a9702', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['combine_5fidef_738', ['combine_idef', ['../localtopology_8cpp.xhtml#a8dd56c7215fef9dc267d50db942d81f6', 1, 'localtopology.cpp']]], │ │ │ │ ['combineljparams_739', ['combineLJParams', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testsystem_8cpp_03.xhtml#a78b6c94d2cfb87ebc471c374d6984bb0', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testsystem.cpp}']]], │ │ │ │ ['combinemtsforces_740', ['combineMtsForces', ['../namespacegmx.xhtml#afcfd8574060f00e6f0c1478a909344f1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['combinemtsforcesbeforehaloexchange_741', ['combineMtsForcesBeforeHaloExchange', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#aca5466bb9091d7aeb943d22f6aecb041', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ ['cominplacetest_742', ['COMInPlaceTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03_1_1COMInPlaceTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ ['comm_743', ['comm', ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a1d3d022d33edbc2380cc837aaeb8ca33', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters']]], │ │ │ │ ['comm_5f_744', ['comm_', ['../classgmx_1_1PhysicalNodeCommunicator.xhtml#a90b1846bc1595985aaca7ab49096395a', 1, 'gmx::PhysicalNodeCommunicator']]], │ │ │ │ - ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ - ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ + ['comm_5fbox_5ffrac_745', ['comm_box_frac', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'], │ │ │ │ + ['../domdec__setup_8h.xhtml#a7405fb13df3d4fd4fc95eeb703890eed', 1, 'comm_box_frac(const gmx::IVec &dd_nc, real cutoff, const gmx_ddbox_t &ddbox): domdec_setup.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['comm_5fcost_5fest_746', ['comm_cost_est', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#ae96afaac6a68e3a9bb9532b58ca5ebbc', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ ['comm_5fdd_5fns_5fcell_5fsizes_747', ['comm_dd_ns_cell_sizes', ['../partition_8cpp.xhtml#a208779ee480ab7e34e0fb18f7a7aa8e3', 1, 'partition.cpp']]], │ │ │ │ ['comm_5fpme_5fcost_5fvol_748', ['comm_pme_cost_vol', ['../domdec__setup_8cpp.xhtml#a20163d5f7438af0d9178e5a056ad928d', 1, 'domdec_setup.cpp']]], │ │ │ │ ['command_20line_20help_749', ['Command line help', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md73', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20manager_750', ['Command line manager', ['../page_wrapperbinary.xhtml#section_wrapperbinary_manager', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20modules_751', ['Command line modules', ['../page_wrapperbinary.xhtml#autotoc_md72', 1, '']]], │ │ │ │ ['command_20line_20program_20management_20commandline_752', ['Command Line Program Management (commandline)', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['commandevent_753', ['commandevent', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ - ['../gputraits_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits.h'], │ │ │ │ + ['commandevent_753', ['commandevent', ['../gputraits_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits.h'], │ │ │ │ ['../gputraits__hip_8h.xhtml#a558a6909581dbcf209aecbd3dc370060', 1, 'CommandEvent: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ - ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#ace79591edaabf76b14c7669b00b27c8c', 1, 'CommandEvent: gputraits_ocl.h'] │ │ │ │ + ['../gputraits__ocl_8h.xhtml#ace79591edaabf76b14c7669b00b27c8c', 1, 'CommandEvent: gputraits_ocl.h'], │ │ │ │ + ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a663e5ce3820135c3de8f10e305c57c47', 1, 'CommandEvent: gputraits_sycl.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandline_754', ['commandline', ['../group__module__commandline.xhtml', 1, 'Command Line Program Management (commandline)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#aa2a3f00e52e7ef163a122b71051c853d', 1, 'gmx::IProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#a383399fda9d8cc26e9152abd935d94ee', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad84efc35ba3d2ec63a83cb8e59e353c4', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const char *const > &cmdline)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a22a93cd63c334aa73c33bc04dc553111', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine()'], │ │ │ │ ['../group__module__commandline.xhtml#gaa102b867171888b43acb07b91c84ecb2', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a6a4690a0f5f9bca11ea361b1e536387a', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const CommandLine &other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#ad6b75c47633726d843527314031c3627', 1, 'gmx::test::CommandLine::CommandLine(const ArrayRef< const std::string > &cmdline)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLineTestBase.xhtml#aba2831a576c464327206ea473da28142', 1, 'gmx::test::CommandLineTestBase::commandLine()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a394e045e3ea7eddeffb6c8ff17de390c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::commandLine()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml', 1, 'gmx::test::CommandLine'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinecommonoptionsholder_755', ['CommandLineCommonOptionsHolder', ['../classgmx_1_1CommandLineCommonOptionsHolder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['commandlineformdrun_5f_756', ['commandLineForMdrun_', ['../classgmx_1_1test_1_1DensityFittingTest.xhtml#abe7c342f1f88e7d465277c6f6507bbf0', 1, 'gmx::test::DensityFittingTest']]], │ │ │ │ ['commandlinehelpcontext_757', ['commandlinehelpcontext', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a11a70b944da6e9349d44672830782d0d', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(TextWriter *writer, HelpOutputFormat format, const HelpLinks *links, const std::string &programName)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(ShellCompletionWriter *writer)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#a727823bb084a68767593e9640fd6f564', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const CommandLineHelpContext &other)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#aed5e0742de34e9852b1756419533a084', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(CommandLineHelpContext &&other) noexcept'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ad7f9fbd02b30848a7a1e01594e42b02a', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(ShellCompletionWriter *writer)'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml#ab8207805a678bb8af28415fb50d1dea0', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext::CommandLineHelpContext(const HelpWriterContext &writerContext)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpContext.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpContext'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['commandlinehelpmodule_758', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'] │ │ │ │ + ['commandlinehelpmodule_758', ['commandlinehelpmodule', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml#a5a9d0730865fd24ceeac309fe74ec279', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule::CommandLineHelpModule()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CommandLineHelpModule.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpModule'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinehelpmoduletest_759', ['CommandLineHelpModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02cmdlinehelpmodule_8cpp_03.xhtml#a46b4e259ee92129c78447f5b751b2230', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinehelpmodule.cpp}']]], │ │ │ │ ['commandlinehelpwriter_760', ['commandlinehelpwriter', ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml#ac17d0cb5bda85d09dec3a4878e1780fe', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter::CommandLineHelpWriter()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineHelpWriter.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineHelpWriter'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['commandlinemodulegroup_761', ['commandlinemodulegroup', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml#ae2a8a32699c5b6ae6ab3f3316cdc1117', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup::CommandLineModuleGroup()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CommandLineModuleGroup.xhtml', 1, 'gmx::CommandLineModuleGroup'] │ │ │ │ @@ -1391,16 +1391,16 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#aa523e3e573d94dfb5f1c72b884c4174b', 1, 'gmx::ArrayRef::const_reference'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['const_5freverse_5fiterator_924', ['const_reverse_iterator', ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#addb3cc36d7352308eb456100b2c906cb', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::const_reverse_iterator'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#af942afb4b73e5d3071f8d55e0a820595', 1, 'gmx::ArrayRef::const_reverse_iterator'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['const_5fview_5ftype_925', ['const_view_type', ['../classgmx_1_1MultiDimArray.xhtml#aae6201883b6ab123ff724ae37414fafe', 1, 'gmx::MultiDimArray']]], │ │ │ │ ['constant_926', ['Constant', ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677dacb17869fe51048b5a5c4c6106551a255', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ - ['constant_20elements_927', ['constant elements', ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ - ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_const', 1, 'Constant elements'] │ │ │ │ + ['constant_20elements_927', ['constant elements', ['../page_module_selection_parser.xhtml#selparser_tree_const', 1, 'Constant elements'], │ │ │ │ + ['../page_module_selection_compiler.xhtml#selcompiler_tree_const', 1, 'Constant elements'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['constantacceleration_2ecpp_928', ['constantacceleration.cpp', ['../constantacceleration_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['constantensembletemperature_5f_929', ['constantEnsembleTemperature_', ['../structgmx_1_1EnsembleTemperature.xhtml#a0914fc5a9e08d5f0ed3d25a9c89524c6', 1, 'gmx::EnsembleTemperature']]], │ │ │ │ ['constants_930', ['constants', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ad55c3a5b42f236c8f8a5da38da2b23bf', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ ['constarrayreffromarray_931', ['constArrayRefFromArray', ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a3ad7566d3e99e1e1b3f6360d3ae89314', 1, 'gmx::ArrayRef']]], │ │ │ │ ['constarrayrefwithpadding_932', ['constarrayrefwithpadding', ['../classgmx_1_1PaddedVector.xhtml#ae34a3b3aea722ed626b5a0d4445fc6df', 1, 'gmx::PaddedVector::constArrayRefWithPadding()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a058381c9ca672c46aef5137127be1eec', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding::constArrayRefWithPadding()'] │ │ │ │ @@ -1480,16 +1480,16 @@ │ │ │ │ ['contains_990', ['contains', ['../group__module__utility.xhtml#gac0bef974d105fbfcc7e5362111eafed5', 1, 'gmx::contains(const std::string &str, const std::string &substr)'], │ │ │ │ ['../group__module__utility.xhtml#ga5d6c1daa93bf46a2c397d179e007e3e8', 1, 'gmx::contains(const std::string &str, const char *substr)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1CommandLine.xhtml#a003456934d4b8e1e53637f996233df8c', 1, 'gmx::test::CommandLine::contains()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['containsgroupname_991', ['containsGroupName', ['../classgmx_1_1IndexGroupsAndNames.xhtml#a96ab37e104761778680c5704edc7596a', 1, 'gmx::IndexGroupsAndNames']]], │ │ │ │ ['context_992', ['context', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#afc0091deb9ff3e30ff90c56562f1e542', 1, 'gmx::DeviceStreamManager']]], │ │ │ │ ['context_5f_993', ['context_', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager_1_1Impl.xhtml#a3e4dfb6fc307ceb9f08de7cf557f4d15', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::Impl']]], │ │ │ │ - ['continuationframepairmanager_994', ['continuationframepairmanager', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager< FrameReader >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a464d51dc03809043f57a02af67741a0f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager::ContinuationFramePairManager()'] │ │ │ │ + ['continuationframepairmanager_994', ['continuationframepairmanager', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml#a464d51dc03809043f57a02af67741a0f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager::ContinuationFramePairManager()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exactcontinuation_8cpp_03_1_1ContinuationFramePairManager.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exactcontinuation.cpp}::ContinuationFramePairManager< FrameReader >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['continue_995', ['CONTINUE', ['../cstringutil_8h.xhtml#ab711666ad09d7f6c0b91576525ea158e', 1, 'cstringutil.h']]], │ │ │ │ ['continue_5fpme_5floadbal_996', ['continue_pme_loadbal', ['../pme__load__balancing_8cpp.xhtml#a198ba46aed56a558409b009aea2c3a89', 1, 'pme_load_balancing.cpp']]], │ │ │ │ ['continuing_997', ['continuing', ['../cstringutil_8h.xhtml#ac103ab2c7ce56d62340d2f351142ccab', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ │ │ ['convert_998', ['convert', ['../classgmx_1_1OptionValueConverterSimple.xhtml#a1f846962d0816e28d3b6dba839c99b06', 1, 'gmx::OptionValueConverterSimple']]], │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dfixture_2eh_999', ['convert-tpr-fixture.h', ['../convert-tpr-fixture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dwith_2dleaks_2ecpp_1000', ['convert-tpr-with-leaks.cpp', ['../convert-tpr-with-leaks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -1544,85 +1544,85 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['convolveforce_1035', ['convolveForce', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a45598bd3d7d1fdb654b70ea0b731fd94', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['convparm_2ecpp_1036', ['convparm.cpp', ['../tests_2convparm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_1037', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_1038', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coord_5funit_1039', ['coord_unit', ['../structt__pullcoord.xhtml#a7231cfd9b9e497ee43dab28ee4521798', 1, 't_pullcoord']]], │ │ │ │ ['coorddata_1040', ['coorddata', ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml#a808c9b7d3d8968f51788ecbd1dbd58cc', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData::CoordData()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ad40bec22c752f8a1252d03edce5c8835', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::coordData()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#ad40bec22c752f8a1252d03edce5c8835', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::coordData() const'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1CorrelationBlockData_1_1CoordData.xhtml#a808c9b7d3d8968f51788ecbd1dbd58cc', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CoordData::CoordData()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordinate_1041', ['Coordinate', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440bac7c60dd55c0cd4692587f5e9dc114ae9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coordinate_20data_20output_1042', ['Coordinate data output', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml#autotoc_md101', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinate_20files_1043', ['Handling of writing new coordinate files', ['../group__module__coordinateio.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['coordinate_5f_1044', ['coordinate_', ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml#a5d31e8646d2e8b56c5bab5f7aeecf0fd', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude::coordinate_'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1RealFunctionvalueAtCoordinate.xhtml#a67cba0e4a8bfdd250f51a24bae2eb652', 1, 'gmx::RealFunctionvalueAtCoordinate::coordinate_'] │ │ │ │ + ['coordinate_5f_1044', ['coordinate_', ['../structgmx_1_1RealFunctionvalueAtCoordinate.xhtml#a67cba0e4a8bfdd250f51a24bae2eb652', 1, 'gmx::RealFunctionvalueAtCoordinate::coordinate_'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1GaussianSpreadKernelParameters_1_1PositionAndAmplitude.xhtml#a5d31e8646d2e8b56c5bab5f7aeecf0fd', 1, 'gmx::GaussianSpreadKernelParameters::PositionAndAmplitude::coordinate_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_1045', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_1046', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinatefile_2eh_1047', ['coordinatefile.h', ['../coordinatefile_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinatefileenums_2eh_1048', ['coordinatefileenums.h', ['../coordinatefileenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinatefileflags_1049', ['CoordinateFileFlags', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ga3b3ecc36ead08ea2c31b70f0b85b30d6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coordinatemanager_5f_1050', ['coordinateManager_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#a50743fb63ea314dad3aea8abfe28fc7b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData']]], │ │ │ │ - ['coordinates_1051', ['coordinates', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae7430e2e7553c14375dc86f4509025c7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::coordinates()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#a9a7b7e9fa2e3bd956e47b339c58bade4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem::coordinates'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac3e4001179cd58cb190528e3c0ebe9e7', 1, 'gmx::Selection::coordinates()'], │ │ │ │ + ['coordinates_1051', ['coordinates', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#ac3e4001179cd58cb190528e3c0ebe9e7', 1, 'gmx::Selection::coordinates()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1TestSystem.xhtml#a0db81e80df95a9f08aa331d06b421c5a', 1, 'gmx::test::TestSystem::coordinates'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a1b85395927aa10a901f2f43a28b1949d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::coordinates'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a1b85395927aa10a901f2f43a28b1949d', 1, 'gmx::BenchmarkSystem::coordinates'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pmegathertest_8cpp_03_1_1TestSystem.xhtml#a9a7b7e9fa2e3bd956e47b339c58bade4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pmegathertest.cpp}::TestSystem::coordinates'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#ae7430e2e7553c14375dc86f4509025c7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}::coordinates()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordinates1000_1052', ['coordinates1000', ['../bench__coords_8h.xhtml#ae305dffdf971f24b9f44642fd64e3564', 1, 'bench_coords.h']]], │ │ │ │ ['coordinates_5f_1053', ['coordinates_', ['../structgmx_1_1OptimisationResult.xhtml#ac876a8e4238f62617f321305d85fed81', 1, 'gmx::OptimisationResult::coordinates_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a076afd97656572f8dd065b5c1c283a3b', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest::coordinates_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1BiasTest.xhtml#a522eab0e8e6d369f8960261870cc5511', 1, 'gmx::test::BiasTest::coordinates_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordinatesandboxpreprocessed_1054', ['CoordinatesAndBoxPreprocessed', ['../structgmx_1_1CoordinatesAndBoxPreprocessed.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coordinatescomparison_1055', ['coordinatesComparison', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#a9f5d81c89deebd8c041c0ced6cd57350', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]], │ │ │ │ ['coordinatesvector_1056', ['CoordinatesVector', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a92d5f4a0dfe0e7321256dfe596b6f7bc', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['coordinateswhole_1057', ['coordinatesWhole', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02mshift_8cpp_03.xhtml#a4e36af5bb18cd8ae95414fb93deb5696', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{mshift.cpp}']]], │ │ │ │ - ['coordinatetransformation_2ecpp_1058', ['coordinatetransformation.cpp', ['../coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['coordinatetransformation_2ecpp_1058', ['coordinatetransformation.cpp', ['../tests_2coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../coordinatetransformation_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordinatetransformation_2eh_1059', ['coordinatetransformation.h', ['../coordinatetransformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordsel_1060', ['coordsel', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#a198e29bd4616b0ba01608dc2cd50092d', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ ['coordsendbuf_1061', ['coordsendbuf', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#a4a168def8ea8fe0a311cf790fbd01332', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['coordstate_1062', ['coordstate', ['../classgmx_1_1BiasState.xhtml#a7bcfdaa34543b06cde4c9a5027d980ab', 1, 'gmx::BiasState::coordState()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml', 1, 'gmx::CoordState'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a7718d205b5fc1756af8980a7a5e17433', 1, 'gmx::CoordState::CoordState()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a7718d205b5fc1756af8980a7a5e17433', 1, 'gmx::CoordState::CoordState()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml', 1, 'gmx::CoordState'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coordstate_2ecpp_1063', ['coordstate.cpp', ['../coordstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordstate_2eh_1064', ['coordstate.h', ['../coordstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordvalue_1065', ['coordvalue', ['../namespacegmx.xhtml#aed0429233bc357e419dafee7b8bd1344a720c5bc3c2ea29a296e3461990c4899b', 1, 'gmx::CoordValue'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoordState.xhtml#a3ef9d2d1caeddb0b1d9a27cbf894391c', 1, 'gmx::CoordState::coordValue()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1GridPoint.xhtml#aa45a9b758e75aa992b6dd8da15e30507', 1, 'gmx::GridPoint::coordValue'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['copy_5fpullgrp_5fto_5fsynthwindow_1066', ['copy_pullgrp_to_synthwindow', ['../gmx__wham_8cpp.xhtml#a5e10c5f5fe4283e35146096e4fd4516d', 1, 'gmx_wham.cpp']]], │ │ │ │ ['copy_5frvec_5fto_5fnbat_5freal_1067', ['copy_rvec_to_nbat_real', ['../namespacegmx.xhtml#a4e53e70e5d547b194959ed5a214b3f03', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['copyalloutputs_1068', ['copyAllOutputs', ['../structPmeGpuSettings.xhtml#ae7801c4bcdb0f159490372ff07ef38c0', 1, 'PmeGpuSettings']]], │ │ │ │ ['copyatoms_1069', ['copyAtoms', ['../classgmx_1_1TopologyInformation.xhtml#a556f8e1b047acb7951e305c2daced10d', 1, 'gmx::TopologyInformation']]], │ │ │ │ - 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['copyfromdevicebuffer_1072', ['copyfromdevicebuffer', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a9d6790b4185bd2d82e5d84359017921e', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *): devicebuffer_hip.h'], │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#ab28f18684ad06206ed22e2be2254ce16', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ - ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a0e14446686c28153b3b762682ad8b148', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ + ['copyfromdevicebuffer_1072', ['copyfromdevicebuffer', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#ab28f18684ad06206ed22e2be2254ce16', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a0e14446686c28153b3b762682ad8b148', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ + ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a9d6790b4185bd2d82e5d84359017921e', 1, 'copyFromDeviceBuffer(ValueType *hostBuffer, DeviceBuffer< ValueType > *buffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *): devicebuffer_hip.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['copyindicestogroup_1073', ['copyIndicesToGroup', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#adcd57560b49e78e2dc2f401c4e6d84df', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['copymodificationblocks_1074', ['copyModificationBlocks', ['../hackblock_8h.xhtml#aea975516b97e6f3ca2dcad36ded7b0e2', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ ['copyof_1075', ['copyOf', ['../group__module__utility.xhtml#ga66208a660cf34ab29f1cd7a2c8a8c37d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['copypreprocessresidues_1076', ['copyPreprocessResidues', ['../hackblock_8h.xhtml#aecbab27ca8905331266d9ea02f925137', 1, 'hackblock.cpp']]], │ │ │ │ ['copyright_1077', ['copyright', ['../classgmx_1_1BinaryInformationSettings.xhtml#a9d4b0b49a9e8bba30ea9159d4fd21f70', 1, 'gmx::BinaryInformationSettings']]], │ │ │ │ ['copyrvectonbatpackedreal_1078', ['copyRVecToNbatPackedReal', ['../namespacegmx.xhtml#a5e398ccc393678b4d15d77f2da339a56', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['copysign_1079', ['copysign', ['../namespacegmx.xhtml#af6cfb56189c360e005911247ebf5fd42', 1, 'gmx::copysign(double x, double y)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8ef5f6af06e493a4ae2d47109ee0e723', 1, 'gmx::copysign(float x, float y)'] │ │ │ │ + ['copysign_1079', ['copysign', ['../namespacegmx.xhtml#a8ef5f6af06e493a4ae2d47109ee0e723', 1, 'gmx::copysign(float x, float y)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#af6cfb56189c360e005911247ebf5fd42', 1, 'gmx::copysign(double x, double y)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['copytodevicebuffer_1080', ['copytodevicebuffer', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a1c947e06f20e561e27d882313a982b5e', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *): devicebuffer_hip.h'], │ │ │ │ - ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a11c7bd38cb50be2bc496e731abc86fbc', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ - ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a37a3d8b239914d7eecce45bfe469c163', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ + ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a37a3d8b239914d7eecce45bfe469c163', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *gmx_unused timingEvent): devicebuffer_sycl.h'], │ │ │ │ + ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a11c7bd38cb50be2bc496e731abc86fbc', 1, 'copyToDeviceBuffer(DeviceBuffer< ValueType > *buffer, const ValueType *hostBuffer, size_t startingOffset, size_t numValues, const DeviceStream &deviceStream, GpuApiCallBehavior transferKind, CommandEvent *timingEvent): devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['copytolegacysymtab_1081', ['copyToLegacySymtab', ['../classStringTable.xhtml#ad2bb2f66d00f6b366601f1c0d8c0f432', 1, 'StringTable']]], │ │ │ │ ['copytomdforces_1082', ['copyToMDForces', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#ac339b65f52f604713934782e5b741a10', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ ['copyvalues_1083', ['copyValues', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02pargs_8cpp_03_1_1OptionsAdapter.xhtml#a9a6884ab8bfbf25b711ba2db31e781ad', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pargs.cpp}::OptionsAdapter']]], │ │ │ │ ['core_1084', ['Core', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml', 1, 'gmx::HardwareTopology']]], │ │ │ │ ['core_20selection_20engine_1085', ['Core selection engine', ['../page_selections.xhtml#autotoc_md96', 1, '']]], │ │ │ │ ['core_5fpinning_5foffset_1086', ['core_pinning_offset', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#a9890b8d5e4db45f609f61a17f2823939', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ @@ -1637,31 +1637,31 @@ │ │ │ │ ['cornertoboundingboxdistancerectangular_1095', ['cornerToBoundingBoxDistanceRectangular', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03.xhtml#a67625d248d45346b320a6fee436cbe72', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}']]], │ │ │ │ ['cornertoboundingboxdistancetrilinic_1096', ['cornerToBoundingBoxDistanceTrilinic', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03.xhtml#ae2cb4d8f2845fc053b0f9b2e4253b799', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}']]], │ │ │ │ ['correct_5fbox_1097', ['correct_box', ['../pbc_8cpp.xhtml#a075ad9a1145c4e095c64829bd7ba928e', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['correct_5fbox_5felem_1098', ['correct_box_elem', ['../pbc_8cpp.xhtml#afd11f3652e316778cedc23da8f0edf9b', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['correction_1099', ['Correction', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml', 1, 'DispersionCorrection']]], │ │ │ │ ['correctvirial_1100', ['correctVirial', ['../structDispersionCorrection_1_1Correction.xhtml#a102bd0cea8b762b3f3f8446f5a7f08e5', 1, 'DispersionCorrection::Correction']]], │ │ │ │ ['correlation_20functions_1101', ['Correlation functions', ['../group__module__correlationfunctions.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['correlationblockdata_1102', ['correlationblockdata', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a6fd73f0881d6375f4828a80ce9c25f11', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CorrelationBlockData()'] │ │ │ │ + ['correlationblockdata_1102', ['correlationblockdata', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a6fd73f0881d6375f4828a80ce9c25f11', 1, 'gmx::CorrelationBlockData::CorrelationBlockData()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationBlockData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['correlationdataset_2ecpp_1103', ['correlationdataset.cpp', ['../correlationdataset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationdataset_2eh_1104', ['correlationdataset.h', ['../correlationdataset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationdatasetpointer_1105', ['CorrelationDataSetPointer', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02autocorr_8cpp_03.xhtml#a05d1286197468bd70db9464b9cd5ebba', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{autocorr.cpp}']]], │ │ │ │ - ['correlationgrid_1106', ['correlationgrid', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationGrid'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#acec7eb249437a93357b94078a7fe6bda', 1, 'gmx::CorrelationGrid::CorrelationGrid()'] │ │ │ │ + ['correlationgrid_1106', ['correlationgrid', ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml#acec7eb249437a93357b94078a7fe6bda', 1, 'gmx::CorrelationGrid::CorrelationGrid()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationGrid.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationGrid'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['correlationgrid_2ecpp_1107', ['correlationgrid.cpp', ['../correlationgrid_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationgrid_2eh_1108', ['correlationgrid.h', ['../correlationgrid_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationgrid_5f_1109', ['correlationGrid_', ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a5d355eecf2cacf559b581b37a6a1a564', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest']]], │ │ │ │ ['correlationhistory_2ecpp_1110', ['correlationhistory.cpp', ['../correlationhistory_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationhistory_2eh_1111', ['correlationhistory.h', ['../correlationhistory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationintegral_1112', ['correlationIntegral', ['../classgmx_1_1CorrelationBlockData.xhtml#a3da6120dd0f65ad3d05807c8e73c0764', 1, 'gmx::CorrelationBlockData']]], │ │ │ │ - ['correlationtensor_1113', ['correlationtensor', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#abf8b7538b0d569bf4485ab91287b314a', 1, 'gmx::CorrelationTensor::CorrelationTensor()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationTensor'] │ │ │ │ + ['correlationtensor_1113', ['correlationtensor', ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml', 1, 'gmx::CorrelationTensor'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CorrelationTensor.xhtml#abf8b7538b0d569bf4485ab91287b314a', 1, 'gmx::CorrelationTensor::CorrelationTensor()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['correlationtensor_2ecpp_1114', ['correlationtensor.cpp', ['../correlationtensor_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['correlationtensor_2eh_1115', ['correlationtensor.h', ['../correlationtensor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['corresponding_20to_20floating_20point_20values_1116', ['Integers corresponding to floating-point values', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md61', 1, '']]], │ │ │ │ ['cos_1117', ['cos', ['../namespacegmx.xhtml#aeda573e9aa3efa5d223c9fe39f682cfd', 1, 'gmx::cos(double x)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a16c6356a58f3d2c2fe6d2f50afc0c686', 1, 'gmx::cos(float x)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -1675,42 +1675,41 @@ │ │ │ │ ['coulomb_5ftab_5ftexobj_1123', ['coulomb_tab_texobj', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a72b7a0b622d527074748a44994cc15f1', 1, 'gmx::NBParamGpu']]], │ │ │ │ ['coulombcalculator_1124', ['CoulombCalculator', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3aewaldanalytical_20_3e_1125', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3aewaldtabulated_20_3e_1126', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coulombcalculator_3c_20kernelcoulombtype_3a_3arf_20_3e_1127', ['CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['coulombderivative_1128', ['coulombDerivative', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#a6cd903de80ff5c65ccbf7e3d02bc8e5a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ ['coulombfunction_1129', ['coulombFunction', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02splinetable_8cpp_03.xhtml#ab03fb36779831ce4ba78f5f39f35085e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{splinetable.cpp}']]], │ │ │ │ - ['coulombinteractiontype_1130', ['coulombinteractiontype', ['../md__enums_8h.xhtml#a6e2d2e953e06bede2b56753b29318cc4', 1, 'CoulombInteractionType: md_enums.h'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#afead5bf08b60e8fc1d0f584b61ed811f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::coulombInteractionType()'] │ │ │ │ + ['coulombinteractiontype_1130', ['coulombinteractiontype', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#afead5bf08b60e8fc1d0f584b61ed811f', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::coulombInteractionType()'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a6e2d2e953e06bede2b56753b29318cc4', 1, 'CoulombInteractionType: md_enums.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['coulombkerneltype_1131', ['coulombkerneltype', ['../namespacegmx.xhtml#aeb6e92ebca3ef187374f2c6d59da6d57', 1, 'gmx::CoulombKernelType'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a9462aff92eb467285bee6bc330d3b9b5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::coulombKernelType'] │ │ │ │ + ['coulombkerneltype_1131', ['coulombkerneltype', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a9462aff92eb467285bee6bc330d3b9b5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::coulombKernelType'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aeb6e92ebca3ef187374f2c6d59da6d57', 1, 'gmx::CoulombKernelType'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['coulombtype_1132', ['coulombtype', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#aa329ce8d41f49da716c854314db56457', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::coulombType'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a4aaa3edc258ee75667427704e5c5acc6', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::coulombType'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['count_1133', ['count', ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: md_enums.h'], │ │ │ │ + ['count_1133', ['count', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ + ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: pme_gpu_constants.h'], │ │ │ │ + ['../md__enums_8h.xhtml#a97f75ea42eaef8b5f42e1ebc8143677dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: md_enums.h'], │ │ │ │ ['../group__module__testutils.xhtml#gga973016f1f714be0d0eb5599877dcfee8ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a5b76a571a22b4c47f7dab283e6674154ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03.xhtml#a8ec2371446161e824ba0e6fb1edbba0cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::Count'], │ │ │ │ - ['../pme__gpu__constants_8h.xhtml#a3906f1a6891bba7e415ad2b7d3c4cef0ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: pme_gpu_constants.h'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a6efc2e8f104eb3699bc82c2b8984cedbae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af1f7daca823e181e6a313739b0860e71ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#adadf1e691df16814192e634d58c70b5eae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02pullelement_8cpp_03.xhtml#a49706a1e5adbedcb9c3a48f24357b5a4ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{pullelement.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga7c3572ad84e8f86df4c131e95518c058ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga93e79323b6317b2185ad6613a20fa290ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahmanbarostat_8cpp_03.xhtml#a70b3272f1486e960005379ee968ea92dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{parrinellorahmanbarostat.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ac8f59b82a88d690750974cad2ecb2d4dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a65a4da1c9de2e9bed752f8b8a3f9f536ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mttk_8cpp_03.xhtml#a92e9ed6b9d7f661f9fec27c29e4c499bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mttk.cpp}::Count'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02freeenergyperturbationdata_8cpp_03.xhtml#a16223b1e031e2a5f6f4a59e19c47464bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{freeenergyperturbationdata.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: bonded.h'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#abab20f57d9df210c6b3f6384c54f7212ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a936952a1a6d4f2d24c06259e1b03647bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acfece32c8b80f289300eab6a3d38796cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#acae779a4433c059b8816709407cd27b3ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ @@ -1719,26 +1718,27 @@ │ │ │ │ ['../structpme__setup__t.xhtml#a3b42714e7433639d924b45d6ee89dffa', 1, 'pme_setup_t::count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#aca9f63e010462c6b148d5775119e17c5ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespaceanonymous__namespace_02state_8cpp_03.xhtml#ad907cd999a1c8a40aae08a0ed7bd6e6dae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'anonymous_namespace{state.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02energydata_8cpp_03.xhtml#a0272f05820504778ca78330db0139135ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{energydata.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02expandedensembleelement_8cpp_03.xhtml#a2886ad1c7dc0da75477a9289a94f4b0bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{expandedensembleelement.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02firstorderpressurecoupling_8cpp_03.xhtml#a659bffbc7e788e762e9a82dd82259734ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{firstorderpressurecoupling.cpp}::Count'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02freeenergyperturbationdata_8cpp_03.xhtml#a16223b1e031e2a5f6f4a59e19c47464bae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::anonymous_namespace{freeenergyperturbationdata.cpp}::Count'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#aacfbff5ae2bd67c07947f8dd03cb8995', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::count()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1nbnxn__cycle__t.xhtml#add1bad91e778a988894aba520187fdca', 1, 'gmx::nbnxn_cycle_t::count()'], │ │ │ │ ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa78c6481d10a93316c155ffdf021e581ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../group__module__coordinateio.xhtml#gga3b3ecc36ead08ea2c31b70f0b85b30d6ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9b2fd966c924499613d71524e3d69471ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#af2ca01657023e02580baaaf0c011a60cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1cae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aae704855e34974fe284f44e80a0cfaddae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::test::Count'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl::Count'], │ │ │ │ ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_stream.h'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1nbnxn__cycle__t.xhtml#add1bad91e778a988894aba520187fdca', 1, 'gmx::nbnxn_cycle_t::count()'], │ │ │ │ ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'ListedForces::Count'], │ │ │ │ ['../structgmx__ana__pos__t.xhtml#ae76df0e39b7a568adc2692836d5c76e6', 1, 'gmx_ana_pos_t::count()'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'], │ │ │ │ ['../gpu__utils_8h.xhtml#aed6d99acc2a7b8495f08fa2d9d2277ebae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: gpu_utils.h'], │ │ │ │ ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'Count: device_information.h'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901ae93f994f01c537c4e2f7d8528c3eb5e9', 1, 'gmx::Count'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -1766,16 +1766,16 @@ │ │ │ │ ['coveredfraction_1153', ['coveredFraction', ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a297fbbbac271b815ed1daf842635f9ce', 1, 'gmx::Selection']]], │ │ │ │ ['coverradius_1154', ['coverRadius', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#ab81e2e899777e1868c2d476eed73b948', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['covers_1155', ['covers', ['../classgmx_1_1BiasGrid.xhtml#afc27a087ab0c9eb6e0756607bb9098b9', 1, 'gmx::BiasGrid']]], │ │ │ │ ['cp0_1156', ['cp0', ['../structgmx_1_1NbnxnPairlistCpu.xhtml#aed0a34b8f6fad2cebf31142f2055325f', 1, 'gmx::NbnxnPairlistCpu::cp0'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork.xhtml#a900ce6e9939dee52a12a7f9f0fffbafd', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::cp0'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PairsearchWork.xhtml#acb7064778f491a0f5686990c56e543d4', 1, 'gmx::PairsearchWork::cp0'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['cp1_1157', ['cp1', ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork.xhtml#a506aa0b6641f6dc66170a0ad8dfdae48', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::cp1'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxnPairlistCpu.xhtml#a0b31451a93c8e6b3d46ef7716cc40f4c', 1, 'gmx::NbnxnPairlistCpu::cp1'], │ │ │ │ + ['cp1_1157', ['cp1', ['../structgmx_1_1NbnxnPairlistCpu.xhtml#a0b31451a93c8e6b3d46ef7716cc40f4c', 1, 'gmx::NbnxnPairlistCpu::cp1'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork.xhtml#a506aa0b6641f6dc66170a0ad8dfdae48', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::cp1'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1PairsearchWork.xhtml#ac6802b27ab4ffed9ed20f0969265d62a', 1, 'gmx::PairsearchWork::cp1'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cpathseparator_1158', ['cPathSeparator', ['../namespaceanonymous__namespace_02path_8cpp_03.xhtml#aed15e473d695a5ef57fb6a8bfffc6f6e', 1, 'anonymous_namespace{path.cpp}']]], │ │ │ │ ['cprev_1159', ['Cprev', ['../structt__bb.xhtml#a749999610903f9c2549749129930b9bf', 1, 't_bb']]], │ │ │ │ ['cpu_1160', ['cpu', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a12502ff6638f23aeff85ad081f6a0a1ca2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'gmx::test::CPU'], │ │ │ │ ['../pme_8h.xhtml#adc082ed1af9a4868af13352373ed3791a2b55387dd066c5bac646ac61543d152d', 1, 'CPU: pme.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -1793,19 +1793,19 @@ │ │ │ │ ['cpuplainc_5f4x4_1170', ['CpuPlainC_4x4', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddbabb5670db3e75a5595733c39d6b0d52de', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cpusimd_5f2xmm_1171', ['CpuSimd_2xMM', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddbafb4378deef24d81abb6ab8e4c70fdb60', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cpusimd_5f4xm_1172', ['CpuSimd_4xM', ['../namespacegmx.xhtml#a3f42ed0b9f4da1face257003c06bfddbac759a87db02a9404d3df285f5de3637b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cquarticangles_1173', ['cQuarticAngles', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02bonded_8cpp_03.xhtml#aa70716c144ad046c54f5500457e87949', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{bonded.cpp}']]], │ │ │ │ ['cr_1174', ['cr', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml#a8e3a1feb4a75a02ceb9765542d392fa8', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}::EnergyEvaluator']]], │ │ │ │ ['cr0_1175', ['cr0', ['../structdd__corners__t.xhtml#aba389aeb3fabf156a3b8e02bd1be0159', 1, 'dd_corners_t']]], │ │ │ │ ['cr1_1176', ['cr1', ['../structdd__corners__t.xhtml#a5f5f84610ade2c8926f615e0a679fc49', 1, 'dd_corners_t']]], │ │ │ │ - ['cr_5f_1177', ['cr_', ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#ae21b80e7efd4ed62acce2bd796048f25', 1, 'gmx::ForceProviderInput::cr_'], │ │ │ │ + ['cr_5f_1177', ['cr_', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aeb6b28d3d0777ed092eafcd8cf2248da', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::cr_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#ab203c2f46cc0a85325801a4f523d8cc6', 1, 'gmx::LegacySimulatorData::cr_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a649232cf591255789adafd9eebccd0f2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::cr_'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aeb6b28d3d0777ed092eafcd8cf2248da', 1, 'gmx::ImdSession::Impl::cr_'], │ │ │ │ ['../classExclusionChecker_1_1Impl.xhtml#a11d635ee2472d8465e08b35174b19d11', 1, 'ExclusionChecker::Impl::cr_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a649232cf591255789adafd9eebccd0f2', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest::cr_'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviderInput.xhtml#ae21b80e7efd4ed62acce2bd796048f25', 1, 'gmx::ForceProviderInput::cr_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LocalTopologyChecker_1_1Impl.xhtml#a76b8a1b130b9f8de9c13996ec63d30f6', 1, 'gmx::LocalTopologyChecker::Impl::cr_'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder_1_1Impl.xhtml#a0299e3882fb30e945a9c9ee94acdd296', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::Impl::cr_'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NNPotParameters.xhtml#a0543e170f7462e01ef1d64643011c47b', 1, 'gmx::NNPotParameters::cr_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['crattle_1178', ['crattle', ['../namespacegmx.xhtml#a4512a1c816dfe074e4a8748e6f5b5e21', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['crealnodename_1179', ['cRealNodeName', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#a02ceb833b0070968c2a2fbcba782b951', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ ['create_1180', ['create', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02cmdlineprogramcontext_8cpp_03_1_1DefaultExecutableEnvironment.xhtml#a1b96a3cfe10f5e5952b2ed951ec32747', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlineprogramcontext.cpp}::DefaultExecutableEnvironment::create()'], │ │ │ │ @@ -1950,34 +1950,34 @@ │ │ │ │ ['currenttopicasstring_1267', ['currentTopicAsString', ['../classgmx_1_1HelpManager_1_1Impl.xhtml#a776b7d9248d6a66ea4d3deaecb621466', 1, 'gmx::HelpManager::Impl']]], │ │ │ │ ['currentvaluecount_5f_1268', ['currentValueCount_', ['../classgmx_1_1OptionsAssigner_1_1Impl.xhtml#a8b4be9bf955c2bda232f5cf6153430cf', 1, 'gmx::OptionsAssigner::Impl']]], │ │ │ │ ['currentvaluesselected_1269', ['currentValuesSelected', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02angle_8cpp_03_1_1AnglePositionIterator.xhtml#add21bbb0b6ea708aeeda4230b2347350', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{angle.cpp}::AnglePositionIterator']]], │ │ │ │ ['currindex_5f_1270', ['currIndex_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataModuleManager_1_1Impl.xhtml#aadbb6ba0a0c6221fe687bd4020dd61d2', 1, 'gmx::AnalysisDataModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['currsize_1271', ['currsize', ['../structgmx__sel__mempool__t.xhtml#aa4ec11d1773fc6a2e1ed058acda53d2b', 1, 'gmx_sel_mempool_t']]], │ │ │ │ ['currvalues_5f_1272', ['currValues_', ['../classgmx_1_1AnalysisDataDisplacementModule_1_1Impl.xhtml#a56b11e8beb61025b6f43733903cd79c8', 1, 'gmx::AnalysisDataDisplacementModule::Impl']]], │ │ │ │ ['custom_20selection_20methods_1273', ['Custom selection methods', ['../page_module_selection_custom.xhtml', 1, 'page_selections']]], │ │ │ │ - ['cut_1274', ['cut', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75aeb334dca00e390e0d3ebf52d205807d7', 1, 'gmx::Cut'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6aeb334dca00e390e0d3ebf52d205807d7', 1, 'gmx::Cut'] │ │ │ │ + ['cut_1274', ['cut', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6aeb334dca00e390e0d3ebf52d205807d7', 1, 'gmx::Cut'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75aeb334dca00e390e0d3ebf52d205807d7', 1, 'gmx::Cut'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cutcombgeom_1275', ['CutCombGeom', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6a5422e8dc1c4855c353e126e74d048a20', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cutcomblb_1276', ['CutCombLB', ['../namespacegmx.xhtml#af59447472dd31d8f7c7c14843837b6d6af9c8cb7512dc613aed564cf79840910e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cutoff_1277', ['cutoff', ['../structt__methoddata__distance.xhtml#aab6198756baae9955564ed6c1bef8f35', 1, 't_methoddata_distance']]], │ │ │ │ ['cutoffscheme_1278', ['CutoffScheme', ['../md__enums_8h.xhtml#a16f8d1006d5ef773558aba0571ab7621', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['cutoffsquaredbonded_1279', ['cutoffSquaredBonded', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#a764d3d42b2a2303ddd084ee48301a4b6', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]], │ │ │ │ ['cutoffsquarednonbonded_1280', ['cutoffSquaredNonbonded', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml#a9527659fe3a4e2ff18e0962272416e6b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}::DistanceCalculationInfo']]], │ │ │ │ ['cvectortype_1281', ['cVectorType', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker_1_1Impl.xhtml#af34e0ec8239d7e2c2302576f81acd819', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker::Impl']]], │ │ │ │ - ['cvtb2ib_1282', ['cvtb2ib', ['../group__module__simd.xhtml#ga15023cda21995e0a86c76416fff7575e', 1, 'gmx::cvtB2IB(SimdDBool a)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a27254f29caa9fd12a6e774bf7a13502c', 1, 'gmx::cvtB2IB(bool a)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gae297fc04e625ca46ca931b39c0c01603', 1, 'gmx::cvtB2IB(SimdFBool a)'] │ │ │ │ + ['cvtb2ib_1282', ['cvtb2ib', ['../namespacegmx.xhtml#a27254f29caa9fd12a6e774bf7a13502c', 1, 'gmx::cvtB2IB(bool a)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gae297fc04e625ca46ca931b39c0c01603', 1, 'gmx::cvtB2IB(SimdFBool a)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga15023cda21995e0a86c76416fff7575e', 1, 'gmx::cvtB2IB(SimdDBool a)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cvtd2f_1283', ['cvtd2f', ['../namespacegmx.xhtml#a22401779c65549d3061b4fdd5290ef19', 1, 'gmx::cvtD2F(double a)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gabc551c94297e5410f6a93f0860c064cb', 1, 'gmx::cvtD2F(SimdDouble gmx_unused d)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cvtdd2f_1284', ['cvtDD2F', ['../group__module__simd.xhtml#ga26ad60b531369b10e0a61c005ed849ee', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['cvtf2d_1285', ['cvtf2d', ['../group__module__simd.xhtml#ga9f0549c02d81b6c30165f7cdc7221baf', 1, 'gmx::cvtF2D(SimdFloat gmx_unused f)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#ac575d3b81809b71e414755dc8acf3317', 1, 'gmx::cvtF2D(float a)'] │ │ │ │ + ['cvtf2d_1285', ['cvtf2d', ['../namespacegmx.xhtml#ac575d3b81809b71e414755dc8acf3317', 1, 'gmx::cvtF2D(float a)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga9f0549c02d81b6c30165f7cdc7221baf', 1, 'gmx::cvtF2D(SimdFloat gmx_unused f)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cvtf2dd_1286', ['cvtF2DD', ['../group__module__simd.xhtml#ga462b6430ce624b27a110f0e39e9d4150', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['cvti2r_1287', ['cvti2r', ['../group__module__simd.xhtml#ga4dcd41f15fc944cfda5f034cd3c4ecfb', 1, 'gmx::cvtI2R(SimdFInt32 a)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga97d21ad971c1efb6685f073f344590cc', 1, 'gmx::cvtI2R(SimdDInt32 a)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a69388fb35cb4b891c7517554e4500615', 1, 'gmx::cvtI2R(std::int32_t a)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cvtib2b_1288', ['cvtib2b', ['../group__module__simd.xhtml#gabb2ccc1aebc69073299a26c404fcf5ba', 1, 'gmx::cvtIB2B(SimdDIBool a)'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_7.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -179,16 +179,16 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dd_5fdlb_5fis_5flocked_98', ['dd_dlb_is_locked', ['../dlb_8h.xhtml#a7dbea4dd0a5cf6f4c2aa1319a0af8aeb', 1, 'dd_dlb_is_locked(const gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ ['../dlb_8cpp.xhtml#a899f4a25dfaf308a33ecffdb67806db3', 1, 'dd_dlb_is_locked(const gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dd_5fdlb_5fis_5fon_99', ['dd_dlb_is_on', ['../dlb_8h.xhtml#a5cb0b1121277d4a045bcfe8393dec49f', 1, 'dd_dlb_is_on(const gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ ['../dlb_8cpp.xhtml#a29fb885d2d539a7c4ea3a35e54e18e1a', 1, 'dd_dlb_is_on(const gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['dd_5fdlb_5flock_100', ['dd_dlb_lock', ['../dlb_8cpp.xhtml#a63f21edf06d87dc8d027fae518471ff3', 1, 'dd_dlb_lock(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ - ['../dlb_8h.xhtml#ace557070a75d6e41050d67978e8d34e6', 1, 'dd_dlb_lock(struct gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ + ['dd_5fdlb_5flock_100', ['dd_dlb_lock', ['../dlb_8h.xhtml#ace557070a75d6e41050d67978e8d34e6', 1, 'dd_dlb_lock(struct gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ + ['../dlb_8cpp.xhtml#a63f21edf06d87dc8d027fae518471ff3', 1, 'dd_dlb_lock(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dd_5fdlb_5fset_5fshould_5fcheck_5fwhether_5fto_5fturn_5fdlb_5fon_101', ['dd_dlb_set_should_check_whether_to_turn_dlb_on', ['../dlb_8cpp.xhtml#ad52ec18962905f9fe87ab958e6a41516', 1, 'dd_dlb_set_should_check_whether_to_turn_dlb_on(gmx_domdec_t *dd, gmx_bool bValue): dlb.cpp'], │ │ │ │ ['../dlb_8h.xhtml#aa992d66dad111b73b1ad20e096aefe9e', 1, 'dd_dlb_set_should_check_whether_to_turn_dlb_on(gmx_domdec_t *dd, bool bValue): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dd_5fdlb_5funlock_102', ['dd_dlb_unlock', ['../dlb_8cpp.xhtml#a332af6ebbafa9cfb146142c48d17292f', 1, 'dd_dlb_unlock(gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'], │ │ │ │ ['../dlb_8h.xhtml#ab40142ccd9301de26265db1f0d3c2f63', 1, 'dd_dlb_unlock(struct gmx_domdec_t *dd): dlb.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -453,18 +453,18 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingAmplitudeLookup.xhtml#ab390de4a90d3b122cc6d54862bfc158f', 1, 'gmx::DensityFittingAmplitudeLookup::DensityFittingAmplitudeLookup(DensityFittingAmplitudeLookup &&other) noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_279', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_280', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudemethod_281', ['DensityFittingAmplitudeMethod', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['densityfittingforce_282', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ + ['densityfittingforce_282', ['densityfittingforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#acf7150b3a47e6878c27e70500c221d4a', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const GaussianSpreadKernelParameters::Shape &kernelShapeParameters)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a4515397cbc5ab594e8e9066302e02eca', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(const DensityFittingForce &other)'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForce'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a3eab6d07afa82b211179207e74072ff0', 1, 'gmx::DensityFittingForce::DensityFittingForce(DensityFittingForce &&other) noexcept'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2ecpp_283', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_284', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_285', ['densityfittingforceprovider', ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml#a99f34ce28c7c4b269fe7b9cc0c61c255', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider::DensityFittingForceProvider()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForceProvider.xhtml', 1, 'gmx::DensityFittingForceProvider'] │ │ │ │ @@ -505,16 +505,16 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03_1_1DensitySimilarityRelativeEntropy.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}::DensitySimilarityRelativeEntropy'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dependency_20graph_307', ['Module dependency graph', ['../page_modulegraph.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['derivative_308', ['derivative', ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#a5a62dd0e8d27284c17e59cd4a6e2f1b5', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::derivative'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#a5163c472ec0200cd6c48dbe7075fb5f7', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::derivative'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['desc_309', ['desc', ['../structt__pargs.xhtml#a6ad8807f446b68a6c8d764ecb394feaa', 1, 't_pargs::desc'], │ │ │ │ - ['../structt__mapping.xhtml#a278fea1aa037831886bdbe5edbb46a21', 1, 't_mapping::desc'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NumericalSplineTableInput.xhtml#aba3ffc19198b0d92459e38438108c8a7', 1, 'gmx::NumericalSplineTableInput::desc'], │ │ │ │ + ['../structt__mapping.xhtml#a278fea1aa037831886bdbe5edbb46a21', 1, 't_mapping::desc'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1AnalyticalSplineTableInput.xhtml#ad7e66e1eeabef358ddca2a3a2e61a014', 1, 'gmx::AnalyticalSplineTableInput::desc'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['describenegationto_310', ['describenegationto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ab02df23c3cd9e32c6254e8ad62748005', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeNegationTo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a8cbd9361625afc3b74009bbcb416fbb4', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeNegationTo()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['describeto_311', ['describeto', ['../classgmx_1_1test_1_1RVecMatcher.xhtml#ac3354c999725b25550a018becd653f1b', 1, 'gmx::test::RVecMatcher::DescribeTo()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#aa882969bb93bebe25b7c701c0a947e26', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::DescribeTo()'] │ │ │ │ @@ -522,42 +522,42 @@ │ │ │ │ ['description_312', ['description', ['../structgmx_1_1SelectionOptionManager_1_1Impl_1_1SelectionRequest.xhtml#a6777db2e9afb678f3ff6ac689de39250', 1, 'gmx::SelectionOptionManager::Impl::SelectionRequest::description()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1OptionTemplate.xhtml#a93759b48e9bcea7a890ae6f2bf850ff5', 1, 'gmx::OptionTemplate::description()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#af1fb2dc1689e264a1f3966d30d62e8a9', 1, 'gmx::test::TestDevice::description()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractOptionStorage.xhtml#a08320dd95f482581101dcf84bcef3ebe', 1, 'gmx::AbstractOptionStorage::description()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['descriptionwithoptiondetails_313', ['descriptionWithOptionDetails', ['../group__module__commandline.xhtml#gafaaf978f9092c4e61c8413eb51388ced', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cmdlinehelpwriter.cpp}']]], │ │ │ │ ['deserialize_314', ['deserialize', ['../classgmx_1_1ReadCheckpointDataHolder.xhtml#a573409925bc2f6892828dc2d554f880f', 1, 'gmx::ReadCheckpointDataHolder']]], │ │ │ │ - ['deserializedeviceinformations_315', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ - ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ + ['deserializedeviceinformations_315', ['deserializedeviceinformations', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ + ['../device__management_8h.xhtml#ac3e3321880ed36de04c55efebb5fcbef', 1, 'deserializeDeviceInformations(gmx::ISerializer *serializer): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['deserializefepstatevalue_316', ['deserializefepstatevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a59732844e878078ee4146a748ab22ce4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< T > *value)'], │ │ │ │ - ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a6bab98176abca317035cb40cf361903e', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< NameHolder > *value, const StringTable &table)'] │ │ │ │ + ['deserializefepstatevalue_316', ['deserializefepstatevalue', ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a6bab98176abca317035cb40cf361903e', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< NameHolder > *value, const StringTable &table)'], │ │ │ │ + ['../namespaceanonymous__namespace_02atoms_8cpp_03.xhtml#a59732844e878078ee4146a748ab22ce4', 1, 'anonymous_namespace{atoms.cpp}::deserializeFEPStateValue(gmx::ISerializer *serializer, FEPStateValue< T > *value)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['deserializekeyvaluetree_317', ['deserializeKeyValueTree', ['../group__module__utility.xhtml#ga2fb8e5a4a76a06a352f73bf5b3dc4613', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['deserializemrcdensitymapheader_318', ['deserializeMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx.xhtml#af217931e090e4e83f4b82e75d6c1a6e9', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['design_319', ['design', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md45', 1, 'Modular simulator design'], │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md46', 1, 'Notes about the modular simulator checkpointing design'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['design_20of_20the_20awh_20module_320', ['Design of the AWH module', ['../page_awh.xhtml#autotoc_md1', 1, '']]], │ │ │ │ ['design_20of_20the_20gromacs_20simd_20module_321', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ ['destinations_322', ['destinations', ['../structgmx__repl__ex.xhtml#aefaa81351b3b7c2c0f4bde100077b8bc', 1, 'gmx_repl_ex']]], │ │ │ │ ['destroygpuhaloexchangenvshmembuf_323', ['destroygpuhaloexchangenvshmembuf', ['../classgmx_1_1GpuHaloExchange.xhtml#aa5a6bc1a552405811b57a1393cc71f77', 1, 'gmx::GpuHaloExchange::destroyGpuHaloExchangeNvshmemBuf()'], │ │ │ │ - ['../domdec_8h.xhtml#af6156126a1b674970995bdad2560b07a', 1, 'destroyGpuHaloExchangeNvshmemBuf(): domdec.cpp'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1GpuHaloExchange_1_1Impl.xhtml#a109490dad80cc195fad2e5ca82053b01', 1, 'gmx::GpuHaloExchange::Impl::destroyGpuHaloExchangeNvshmemBuf()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1GpuHaloExchange_1_1Impl.xhtml#a109490dad80cc195fad2e5ca82053b01', 1, 'gmx::GpuHaloExchange::Impl::destroyGpuHaloExchangeNvshmemBuf()'], │ │ │ │ + ['../domdec_8h.xhtml#af6156126a1b674970995bdad2560b07a', 1, 'destroyGpuHaloExchangeNvshmemBuf(const t_commrec &cr): domdec.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['destroyparamlookuptable_324', ['destroyparamlookuptable', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#abd742276694c5675ade1493d16e92a3d', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture *): devicebuffer_hip.h'], │ │ │ │ ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a008d8a7fc47c0b7d231d7b7ca91e928f', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, const DeviceTexture &): devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml#a6845da322375b65f6c5402b4cccf17dd', 1, 'destroyParamLookupTable(DeviceBuffer< ValueType > *deviceBuffer, DeviceTexture *): devicebuffer_sycl.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['details_325', ['details', ['../page_usinglibrary.xhtml#autotoc_md104', 1, 'CMake <tt>find_package(GROMACS)</tt> details'], │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md43', 1, 'Implementation details'], │ │ │ │ ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md20', 1, 'Signaller and element details'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['detect_326', ['detect', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ab39e3eb5227a07cf048b337c47f77c97', 1, 'gmx::CpuInfo::detect()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a8da17cbedfcbc71ca857ff58cdafd4df', 1, 'gmx::HardwareTopology::detect()'] │ │ │ │ + ['detect_326', ['detect', ['../classgmx_1_1HardwareTopology.xhtml#a8da17cbedfcbc71ca857ff58cdafd4df', 1, 'gmx::HardwareTopology::detect()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ab39e3eb5227a07cf048b337c47f77c97', 1, 'gmx::CpuInfo::detect()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['detect_5fflux_5fper_5fchannel_327', ['detect_flux_per_channel', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a48abd5d72f9b32a001091674c191cd21', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['detect_5fflux_5fper_5fchannel_5finit_328', ['detect_flux_per_channel_init', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a9e04e622bec9416e9b5b6cd593401ec8', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['detectalldeviceinformation_329', ['detectAllDeviceInformation', ['../namespacegmx.xhtml#a5e9915c072ef3d19a4cccfdcd14b31f2', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['detectamdapicidlayout_330', ['detectAmdApicIdLayout', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02cpuinfo_8cpp_03.xhtml#aba97bd2744c1dae8d09128ba04728b59', 1, 'gmx::anonymous_namespace{cpuinfo.cpp}']]], │ │ │ │ ['detectgroup_331', ['detectGroup', ['../namespacegmx.xhtml#aa10b9e2cfb6848642822710aa572c068', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['detectlogicalprocessorcount_332', ['detectLogicalProcessorCount', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02hardwaretopology_8cpp_03.xhtml#af1aa0e7fca2b547c7830b8a8af6a0fe7', 1, 'gmx::anonymous_namespace{hardwaretopology.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -599,31 +599,31 @@ │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fshared_5famd_2eh_366', ['device_management_shared_amd.h', ['../device__management__shared__amd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_367', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_368', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_369', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_2ecpp_370', ['device_stream.cpp', ['../device__stream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_2eh_371', ['device_stream.h', ['../device__stream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fhip_2ecpp_372', ['device_stream_hip.cpp', ['../device__stream__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_373', ['device_stream_manager.cpp', ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_373', ['device_stream_manager.cpp', ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fmanager_2eh_374', ['device_stream_manager.h', ['../device__stream__manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5focl_2ecpp_375', ['device_stream_ocl.cpp', ['../device__stream__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fsycl_2ecpp_376', ['device_stream_sycl.cpp', ['../device__stream__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_377', ['DeviceBuffer', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml#a650389f353ffbcf47d81d8eb59c093a6', 1, 'devicebuffer_datatype.h']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_2eh_378', ['devicebuffer.h', ['../devicebuffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fdatatype_2eh_379', ['devicebuffer_datatype.h', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fhip_2eh_380', ['devicebuffer_hip.h', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5focl_2eh_381', ['devicebuffer_ocl.h', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fsycl_2ecpp_382', ['devicebuffer_sycl.cpp', ['../devicebuffer__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fsycl_2eh_383', ['devicebuffer_sycl.h', ['../devicebuffer__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicecontext_384', ['deviceContext', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a5504f4f98233c6c79ca89260e6bd8b52', 1, 'gmx::test::TestDevice']]], │ │ │ │ - ['devicecontext_5f_385', ['devicecontext_', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a354d2abc5057b9ae41acedbea709b546', 1, 'gmx::NbnxmGpu::deviceContext_'], │ │ │ │ - ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a2cfc9ed1971e758d743666d0927298a4', 1, 'PmeGpuSpecific::deviceContext_'], │ │ │ │ - ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a66a06da4b90e1190c0655dcca3a17601', 1, 'PmeGpuProgramImpl::deviceContext_'] │ │ │ │ + ['devicecontext_5f_385', ['devicecontext_', ['../structPmeGpuProgramImpl.xhtml#a66a06da4b90e1190c0655dcca3a17601', 1, 'PmeGpuProgramImpl::deviceContext_'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a354d2abc5057b9ae41acedbea709b546', 1, 'gmx::NbnxmGpu::deviceContext_'], │ │ │ │ + ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a2cfc9ed1971e758d743666d0927298a4', 1, 'PmeGpuSpecific::deviceContext_'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['devicedetectionresult_386', ['DeviceDetectionResult', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['devicedetectionwarnings_5f_387', ['deviceDetectionWarnings_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a3fd6f9092f6ee7dc883486122ec291ff', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ ['deviceid_388', ['deviceId', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#ae55290832a54a102c9817da6d278c499', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device']]], │ │ │ │ ['deviceid_5f_389', ['deviceId_', ['../structgmx_1_1GpuTaskMapping.xhtml#a6698a58bd0f0fab98684b98650fd250d', 1, 'gmx::GpuTaskMapping']]], │ │ │ │ ['deviceidiscompatible_390', ['deviceidiscompatible', ['../device__management__common_8cpp.xhtml#a1f2e8f81e5eede997aecb392dfbfbe94', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, const int deviceId): device_management_common.cpp'], │ │ │ │ ['../device__management_8h.xhtml#a18842fc46a07885afa6447974760fb74', 1, 'deviceIdIsCompatible(gmx::ArrayRef< const std::unique_ptr< DeviceInformation > > deviceInfoList, int deviceId): device_management_common.cpp'] │ │ │ │ @@ -634,31 +634,31 @@ │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['deviceinfolist_5f_393', ['deviceInfoList_', ['../structgmx_1_1DeviceDetectionResult.xhtml#a70ea01a606765254475f43b92a678218', 1, 'gmx::DeviceDetectionResult']]], │ │ │ │ ['deviceinformation_394', ['DeviceInformation', ['../structDeviceInformation.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicenottargeted_395', ['DeviceNotTargeted', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888ae0a8f15beccf0777dc0db7d1596b1e02', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ ['devices_396', ['devices', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Machine.xhtml#a2e5f16d9ac9b2a7e020450a8bbde0c67', 1, 'gmx::HardwareTopology::Machine']]], │ │ │ │ ['devicesselectedbyuser_397', ['devicesSelectedByUser', ['../structgmx__hw__opt__t.xhtml#afcd054472cdb483614394e44d8526ac2', 1, 'gmx_hw_opt_t']]], │ │ │ │ ['devicestatus_398', ['DeviceStatus', ['../device__information_8h.xhtml#a0b85af2bfbb9599409b639e98717c888', 1, 'device_information.h']]], │ │ │ │ - ['devicestream_399', ['devicestream', ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#afa7d5d2194cded2f8d2717fe85eb47de', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceStream()'], │ │ │ │ - ['../classDeviceStream.xhtml#acec1cd32716673fce69738e57e3b4ccb', 1, 'DeviceStream::DeviceStream()'], │ │ │ │ - ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'] │ │ │ │ + ['devicestream_399', ['devicestream', ['../classDeviceStream.xhtml', 1, 'DeviceStream'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#afa7d5d2194cded2f8d2717fe85eb47de', 1, 'gmx::test::TestDevice::deviceStream()'], │ │ │ │ + ['../classDeviceStream.xhtml#acec1cd32716673fce69738e57e3b4ccb', 1, 'DeviceStream::DeviceStream()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['devicestreammanager_400', ['devicestreammanager', ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml#af4af89575a6d318fe0d107f74df07122', 1, 'gmx::DeviceStreamManager::DeviceStreamManager()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DeviceStreamManager.xhtml', 1, 'gmx::DeviceStreamManager'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['devicestreammanagertest_401', ['DeviceStreamManagerTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02device__stream__manager_8cpp_03_1_1DeviceStreamManagerTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{device_stream_manager.cpp}']]], │ │ │ │ ['devicestreampriority_402', ['DeviceStreamPriority', ['../device__stream_8h.xhtml#a745c3a25d092600ae45b68d7e73d8319', 1, 'device_stream.h']]], │ │ │ │ ['devicestreams_403', ['devicestreams', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a9f4f1a3ba3ed65bf0bd2220431f776c9', 1, 'gmx::NbnxmGpu::deviceStreams'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ad392a543c220ddaccb267db56f97ca3a', 1, 'gmx::NbnxmGpu::deviceStreams'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['devicestreamtype_404', ['DeviceStreamType', ['../namespacegmx.xhtml#a90e1f148d98685136b343e0a20d3c2e5', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['devicetexture_405', ['devicetexture', ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'], │ │ │ │ + ['devicetexture_405', ['devicetexture', ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ + ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a8cf197c849959bae8e5efa2216f7808d', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_hip.h'], │ │ │ │ ['../gputraits__hip_8h.xhtml#a8cf197c849959bae8e5efa2216f7808d', 1, 'DeviceTexture: gputraits_hip.h'], │ │ │ │ - ['../gputraits__sycl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: gputraits_sycl.h'], │ │ │ │ - ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml#a8cf197c849959bae8e5efa2216f7808d', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_hip.h'] │ │ │ │ + ['../devicebuffer__ocl_8h.xhtml#a960fcf6fb2fa8586385940071cfaa2fa', 1, 'DeviceTexture: devicebuffer_ocl.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['devicetransfers_2ecpp_406', ['devicetransfers.cpp', ['../devicetransfers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicetransfers_2eh_407', ['devicetransfers.h', ['../devicetransfers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicetransfers_5fhip_2ecpp_408', ['devicetransfers_hip.cpp', ['../devicetransfers__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicetransfers_5focl_2ecpp_409', ['devicetransfers_ocl.cpp', ['../devicetransfers__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicetransfers_5fsycl_2ecpp_410', ['devicetransfers_sycl.cpp', ['../devicetransfers__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicevendor_411', ['devicevendor', ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508c', 1, 'DeviceVendor: device_information.h'], │ │ │ │ @@ -675,17 +675,17 @@ │ │ │ │ ['dhbten_420', ['dhbtEN', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fa28cb7eec2509e9cc44115ff9ffc53dba', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ ['dhbtexpanded_421', ['dhbtEXPANDED', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faa51b9318bdfc6027223e5cb77711824c', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ ['dhbtnr_422', ['dhbtNR', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5fab0f151c2996a68b552ac15bdaa8a8058', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ ['dhbtpv_423', ['dhbtPV', ['../energyoutput_8h.xhtml#a394b3903fbf00ba2b6243f60689a5a5faf5b4abfa0e08cd2f65d3b62b46137e57', 1, 'energyoutput.h']]], │ │ │ │ ['dhdlambda_424', ['dhdlambda', ['../structanonymous__namespace_02lincs_8cpp_03_1_1Task.xhtml#a848a88c89203306196dc760f55273a4a', 1, 'anonymous_namespace{lincs.cpp}::Task']]], │ │ │ │ ['dhdlderivativecalculation_425', ['DhDlDerivativeCalculation', ['../md__enums_8h.xhtml#ac22e7b086f4d255a1887ff2c3bfe0239', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['dhh_426', ['dHH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a29b9c0744ef6727ab5cc9ca38fb33f81', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ - ['diagonal_427', ['diagonal', ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal(const BasicMatrix3x3< ElementType > &m)'], │ │ │ │ - ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'] │ │ │ │ + ['diagonal_427', ['diagonal', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gga5c5a9708579f420d64688aaea88c2885a9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::Diagonal'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02parrinellorahman_8cpp_03.xhtml#a776ec8348aff2ffd8b62d32d6c54bbeaa9ac677ee4eec25d9e59707a661d2c5e1', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{parrinellorahman.cpp}::Diagonal'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#aa9e3f7f78027230bbd448acd70c6efcd', 1, 'gmx::diagonal()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['diagonal_5f2xnn_5fj_5fminus_5fi_428', ['diagonal_2xnn_j_minus_i', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#a674ee11c1aec7f8598fdd80e2ce0a517', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ ['diagonal_5f4xn_5fj_5fminus_5fi_429', ['diagonal_4xn_j_minus_i', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1SimdMasks.xhtml#ae03b2466c9a9a58652bc514a3012d44c', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::SimdMasks']]], │ │ │ │ ['diagonalize_5forires_5ftensors_430', ['diagonalize_orires_tensors', ['../orires_8h.xhtml#abc65ee6ebe3564f33fe99c2fdad0e2e8', 1, 'orires.cpp']]], │ │ │ │ ['diagonalmasker_431', ['DiagonalMasker', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeequalsisize_20_3e_432', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeEqualsISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeEqualsISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['diagonalmasker_3c_20nr_2c_20kernellayout_2c_20kernellayoutclusterratio_3a_3ajsizeisdoubleisize_20_3e_433', ['DiagonalMasker< nR, kernelLayout, KernelLayoutClusterRatio::JSizeIsDoubleISize >', ['../classgmx_1_1DiagonalMasker_3_01nR_00_01kernelLayout_00_01KernelLayoutClusterRatio_1_1JSizeIsDoubleISize_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -693,46 +693,46 @@ │ │ │ │ ['diagonalmaskjlargeri_435', ['diagonalMaskJLargerI', ['../namespacegmx.xhtml#a1273798a6b5ad5d7dd7fc5620d210ff4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['diagonalmaskjsmalleri_436', ['diagonalMaskJSmallerI', ['../namespacegmx.xhtml#a2fbe471f79a4da1d4bfb49c51b853ea1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['diagonalmatrix_437', ['diagonalMatrix', ['../namespacegmx.xhtml#a3f41d15665fe05ad3742c644d6fa5374', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['diagonalpairlist_438', ['diagonalPairlist', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02exclusions_8cpp_03.xhtml#af2d055adaafa0b9f2ba62594e7411a80', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{exclusions.cpp}']]], │ │ │ │ ['diagonalvirial_439', ['diagonalVirial', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a648afe8b8429c3d46a5dfe234f72feaa', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ ['diagrams_440', ['Sequence diagrams', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md15', 1, '']]], │ │ │ │ ['didoutput_441', ['didOutput', ['../classgmx_1_1TextTableFormatter.xhtml#a59ca86a65680755b9a222df87f8d7ce4', 1, 'gmx::TextTableFormatter']]], │ │ │ │ - ['didpairlisth2d_442', ['didpairlisth2d', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a7f8bd28da6ff9a97d7d609488222b57d', 1, 'gmx::NbnxmGpu::didPairlistH2D'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a4c483b26ee5797591a40c52dae026908', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'] │ │ │ │ + ['didpairlisth2d_442', ['didpairlisth2d', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a4c483b26ee5797591a40c52dae026908', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction::didPairlistH2D'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a7f8bd28da6ff9a97d7d609488222b57d', 1, 'gmx::NbnxmGpu::didPairlistH2D'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['didprune_443', ['didprune', ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ad613ef252909b905dcaa5bcde86207f3', 1, 'gmx::NbnxmGpu::didPrune'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a0edb113033dc36f84c4e0cba212c914a', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction::didPrune'] │ │ │ │ + ['didprune_443', ['didprune', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a0edb113033dc36f84c4e0cba212c914a', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction::didPrune'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#ad613ef252909b905dcaa5bcde86207f3', 1, 'gmx::NbnxmGpu::didPrune'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['didrollingprune_444', ['didrollingprune', ['../structgmx_1_1GpuTimers_1_1Interaction.xhtml#a0126f50e882f114f89aecfb33caa9948', 1, 'gmx::GpuTimers::Interaction::didRollingPrune'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NbnxmGpu.xhtml#a95c59a287485f2d0eeb1c5a54d704d23', 1, 'gmx::NbnxmGpu::didRollingPrune'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['difference_5ftype_445', ['difference_type', ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a64142278cc045a381bb1b1dfedfa73d5', 1, 'gmx::basic_mdspan::difference_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa63e91ba0deaea694f85e59d12b1468e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ + ['difference_5ftype_445', ['difference_type', ['../classgmx_1_1internal_1_1SimdArrayRef.xhtml#aa63e91ba0deaea694f85e59d12b1468e', 1, 'gmx::internal::SimdArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1basic__mdspan.xhtml#a64142278cc045a381bb1b1dfedfa73d5', 1, 'gmx::basic_mdspan::difference_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ArrayRef.xhtml#a8895b8b6139fe648d37ea4e7e6bab050', 1, 'gmx::ArrayRef::difference_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1FixedCapacityVector.xhtml#aa3f867aedb5b7ca9e328d2d67dcc1572', 1, 'gmx::FixedCapacityVector::difference_type'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['diffusioncoefficient_446', ['diffusioncoefficient', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MoleculeData.xhtml#a204cee06965a9ed5eaf5d2922fcdc52b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MoleculeData::diffusionCoefficient'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02msd_8cpp_03_1_1MsdGroupData.xhtml#a72f0f42049502d679ad97a92a637df63', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{msd.cpp}::MsdGroupData::diffusionCoefficient'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dih_5fangle_447', ['dih_angle', ['../bonded_8h.xhtml#aab74ce65ccbdc827d1b64f420382ce4d', 1, 'bonded.h']]], │ │ │ │ ['dihedral_448', ['Dihedral', ['../namespacegmx.xhtml#ad4174b02d2bfb10e8538d4844ecc6f81a15aa29eb5f33d765183c9512f11f6643', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['dihedrals_449', ['dihedrals', ['../structAllVsiteBondedInteractions.xhtml#ad6f9dcc485af3d44fcfd148b689455b8', 1, 'AllVsiteBondedInteractions::dihedrals'], │ │ │ │ - ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47abf75dca3e2117ac08c26671295c8f745', 1, 'ListedForces::Dihedrals'] │ │ │ │ + ['dihedrals_449', ['dihedrals', ['../classListedForces.xhtml#a73e4fa54dfd332da42036d5ae893da47abf75dca3e2117ac08c26671295c8f745', 1, 'ListedForces::Dihedrals'], │ │ │ │ + ['../structAllVsiteBondedInteractions.xhtml#ad6f9dcc485af3d44fcfd148b689455b8', 1, 'AllVsiteBondedInteractions::dihedrals'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['dim_450', ['dim', ['../structt__pullcoord.xhtml#ab3071c513778bf1e6cc5533f8a6fde0c', 1, 't_pullcoord::dim'], │ │ │ │ - ['../structt__pbc.xhtml#ad54855fa0733f3c75444af6dc1528636', 1, 't_pbc::dim'] │ │ │ │ + ['dim_450', ['dim', ['../structt__pbc.xhtml#ad54855fa0733f3c75444af6dc1528636', 1, 't_pbc::dim'], │ │ │ │ + ['../structt__pullcoord.xhtml#ab3071c513778bf1e6cc5533f8a6fde0c', 1, 't_pullcoord::dim'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['dim2char_451', ['dim2char', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7', 1, 'dim2char(int dim): utility.cpp'], │ │ │ │ - ['../utility_8cpp.xhtml#a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7', 1, 'dim2char(int dim): utility.cpp'] │ │ │ │ + ['dim2char_451', ['dim2char', ['../utility_8cpp.xhtml#a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7', 1, 'dim2char(int dim): utility.cpp'], │ │ │ │ + ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a0e6754210d3da6c83df0026fac81c8d7', 1, 'dim2char(int dim): utility.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dimensions_452', ['dimensions', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#aceb932a5d167bfb8542783a0411d8326', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ - ['dimparams_453', ['dimparams', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams'], │ │ │ │ + ['dimparams_453', ['dimparams', ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a5f6ef7f7f697baeb4b741c14655bc084', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::dimParams'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#a885bd2d822a44ef8e0f978ce66cbc3fa', 1, 'gmx::Bias::dimParams()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1AwhTestParameters.xhtml#a5f6ef7f7f697baeb4b741c14655bc084', 1, 'gmx::test::AwhTestParameters::dimParams'] │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml', 1, 'gmx::DimParams'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dimparams_2eh_454', ['dimparams.h', ['../dimparams_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['dimparams_5f_455', ['dimParams_', ['../structgmx_1_1DimParams.xhtml#a64392d017e9e6cbe2b7c533241a2082e', 1, 'gmx::DimParams']]], │ │ │ │ ['dimstr_456', ['DimStr', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#aafea7936c30547955248db4f2323602c', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['dipoledata_457', ['DipoleData', ['../structgmx_1_1DipoleData.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['dir_5f_458', ['dir_', ['../structgmx_1_1DataFileInfo.xhtml#a82c67526ce985554aa817acc361b1612', 1, 'gmx::DataFileInfo']]], │ │ │ │ ['directionx_459', ['DirectionX', ['../namespacegmx.xhtml#a5e6db55daf6ae5fca05fc34a2c4a55cb', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -751,16 +751,16 @@ │ │ │ │ ['disablenice_470', ['disableNice', ['../group__module__commandline.xhtml#ga09d8666830e9f82670d216855020161c', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{cmdlinemodulemanagertest.cpp}']]], │ │ │ │ ['disablepmeranks_471', ['disablePmeRanks', ['../classgmx_1_1SeparatePmeRanksPermitted.xhtml#aaccf49af1f2f8110a2f15c66e0b47d6c', 1, 'gmx::SeparatePmeRanksPermitted']]], │ │ │ │ ['disableunusedentriescheck_472', ['disableUnusedEntriesCheck', ['../classgmx_1_1test_1_1TestReferenceChecker.xhtml#af5eff52e6fdfe292b3e1534e4dbd7fcb', 1, 'gmx::test::TestReferenceChecker']]], │ │ │ │ ['disableupdateskips_473', ['DisableUpdateSkips', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#a6e4efe51c269090a20241639f64bcb03', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ ['discard_474', ['discard', ['../classgmx_1_1ThreeFry2x64General.xhtml#aab9990f892841c781d19c39e973d6cea', 1, 'gmx::ThreeFry2x64General']]], │ │ │ │ ['disconnect_475', ['Disconnect', ['../namespacegmx.xhtml#aa72f45c17038ea5aae00ba6b17cab901a42ae25231906c83927831e0ef7c317ac', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['disconnectclient_476', ['disconnectClient', ['../classgmx_1_1ImdSession_1_1Impl.xhtml#aa50116cb8e9b54472e517cdf05bbb12b', 1, 'gmx::ImdSession::Impl']]], │ │ │ │ - ['dispatchfreeenergykernels_477', ['dispatchfreeenergykernels', ['../classgmx_1_1FreeEnergyDispatch.xhtml#af5b024697d9abe43b0b39d7017d9011e', 1, 'gmx::FreeEnergyDispatch::dispatchFreeEnergyKernels()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#adcaddf2345994f412469751cffc1be0d', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::dispatchFreeEnergyKernels(const ArrayRefWithPadding< const RVec > &coords, ForceWithShiftForces *forceWithShiftForces, bool useSimd, int ntype, const interaction_const_t &ic, ArrayRef< const RVec > shiftvec, ArrayRef< const real > nbfp, ArrayRef< const real > nbfp_grid, ArrayRef< const real > chargeA, ArrayRef< const real > chargeB, ArrayRef< const int > typeA, ArrayRef< const int > typeB, ArrayRef< const real > lambda, gmx_enerdata_t *enerd, const StepWorkload &stepWork, t_nrnb *nrnb)'] │ │ │ │ + ['dispatchfreeenergykernels_477', ['dispatchfreeenergykernels', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#adcaddf2345994f412469751cffc1be0d', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::dispatchFreeEnergyKernels()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1FreeEnergyDispatch.xhtml#af5b024697d9abe43b0b39d7017d9011e', 1, 'gmx::FreeEnergyDispatch::dispatchFreeEnergyKernels()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dispatchnonbondedkernel_478', ['dispatchNonbondedKernel', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a6c0f918c534693865f091b76f419c75a', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ ['dispatchprunekernel_479', ['dispatchprunekernel', ['../classgmx_1_1PairlistSets.xhtml#a21c8ec25f1a46306e00c6d34e2697ed0', 1, 'gmx::PairlistSets::dispatchPruneKernel()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1PairlistSet.xhtml#aaec3edb77c719f0312f6d276172a0889', 1, 'gmx::PairlistSet::dispatchPruneKernel()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dispatchprunekernelcpu_480', ['dispatchPruneKernelCpu', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#ab4139fa7568494a4d6296385b8a98bd4', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ ['dispatchprunekernelgpu_481', ['dispatchPruneKernelGpu', ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#aebe958c7462c1531be695a7f5fab969f', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t']]], │ │ │ │ @@ -768,26 +768,26 @@ │ │ │ │ ['dispersion_5fcorrection_2ecpp_483', ['dispersion_correction.cpp', ['../dispersion__correction_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['dispersion_5fshift_484', ['dispersion_shift', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#abf4bd7b5bc0a1a3a918ba51ad4df9aa6', 1, 'gmx::NBParamGpu::dispersion_shift'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a03af9013c0f77e1cf8c359a3ad051701', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::dispersion_shift'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dispersioncorrectiontype_485', ['DispersionCorrectionType', ['../md__enums_8h.xhtml#aef03686404e3fd8d4cd8579f6df48177', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['displacement_2ecpp_486', ['displacement.cpp', ['../displacement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['displacement_2eh_487', ['displacement.h', ['../displacement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['displayname_488', ['displayname', ['../group__module__commandline.xhtml#ga3b3c118f99ea0aaae964dc2f40bcc474', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::displayName()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a48191e34bd0e91e7be07ac4527d8a27a', 1, 'gmx::IProgramContext::displayName()'], │ │ │ │ + ['displayname_488', ['displayname', ['../classgmx_1_1IProgramContext.xhtml#a48191e34bd0e91e7be07ac4527d8a27a', 1, 'gmx::IProgramContext::displayName()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02testinit_8cpp_03_1_1TestProgramContext.xhtml#a2281310624f9306371249a8593dff16e', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{testinit.cpp}::TestProgramContext::displayName()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#adbde93113be0156668287cc960e118d2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::displayName()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02programcontext_8cpp_03_1_1DefaultProgramContext.xhtml#adbde93113be0156668287cc960e118d2', 1, 'gmx::anonymous_namespace{programcontext.cpp}::DefaultProgramContext::displayName()'], │ │ │ │ + ['../group__module__commandline.xhtml#ga3b3c118f99ea0aaae964dc2f40bcc474', 1, 'gmx::CommandLineProgramContext::displayName()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['disre_2eh_489', ['disre.h', ['../disre_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['disre_5finitf_490', ['disre_initf', ['../classhistory__t.xhtml#a9a140a386e26d62b1d6fb96127791140', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['disre_5frm3tav_491', ['disre_rm3tav', ['../classhistory__t.xhtml#a72a1ebb16762528948d65786f8db5084', 1, 'history_t']]], │ │ │ │ ['disresrunmode_492', ['DisResRunMode', ['../disre_8h.xhtml#a411e6886c00118c146449026cfa67f95', 1, 'disre.h']]], │ │ │ │ ['dist_493', ['dist', ['../structswap__compartment.xhtml#ad85d97f976546d81877472e5bc273d68', 1, 'swap_compartment']]], │ │ │ │ - ['distance_2ecpp_494', ['distance.cpp', ['../modules_2distance_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2distance_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['distance_2ecpp_494', ['distance.cpp', ['../tests_2distance_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2distance_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['distance_2eh_495', ['distance.h', ['../distance_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['distance2_496', ['distance2', ['../classgmx_1_1AnalysisNeighborhoodPair.xhtml#aed6932d290c91872cbd0560eca5459dd', 1, 'gmx::AnalysisNeighborhoodPair']]], │ │ │ │ ['distance_5fsquared_5ftolerance_497', ['distance_squared_tolerance', ['../structgmx_1_1shakedata.xhtml#ac53c1bdc701102d1c3cdac602f4f6a03', 1, 'gmx::shakedata']]], │ │ │ │ ['distancecalculationinfo_498', ['DistanceCalculationInfo', ['../structgmx_1_1anonymous__namespace_02domainpaircomm_8cpp_03_1_1DistanceCalculationInfo.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{domainpaircomm.cpp}']]], │ │ │ │ ['distanceij_499', ['distanceIJ', ['../structgmx_1_1PairDistValue.xhtml#a555540a8ed118ddcd6649d6bf50e18d7', 1, 'gmx::PairDistValue']]], │ │ │ │ ['distancemoduletest_500', ['DistanceModuleTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02distance_8cpp_03.xhtml#a127326bb86c988d727edb63fc4887d6a', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{distance.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -798,20 +798,20 @@ │ │ │ │ ['distancetype_505', ['DistanceType', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml#ga77ce81c4fed1390b735d4b95330dedfa', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}']]], │ │ │ │ ['distarray_5f_506', ['distArray_', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02pairdist_8cpp_03_1_1PairDistanceModuleData.xhtml#a3d03773fa56451e10594429d38f38420', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{pairdist.cpp}::PairDistanceModuleData']]], │ │ │ │ ['distccut_507', ['distccut', ['../structmethoddata__insolidangle.xhtml#afc5ac466d72534a26ed0612e499d8289', 1, 'methoddata_insolidangle']]], │ │ │ │ ['distribute_2eh_508', ['distribute.h', ['../distribute_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['distributestate_509', ['distributeState', ['../distribute_8h.xhtml#a25b0c9b444ade4a22f4e2fdbba713151', 1, 'distribute.cpp']]], │ │ │ │ ['distributetransformationpullcoordforce_510', ['distributeTransformationPullCoordForce', ['../namespacegmx.xhtml#af55526e2d56c7517beae6247230f7bc7', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['distribution_511', ['Distribution', ['../namespacegmx.xhtml#a35a656f58d79c7258c8b6e0141bd440baf0bac093bb884df2891d32385d053788', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['distribution_5ftype_512', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#ae29e38c48c9840a6cc7391ec87f68ae9', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aa32aadb37efbdbf47f3281594659dd96', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ + ['distribution_5ftype_512', ['distribution_type', ['../classgmx_1_1ExponentialDistribution_1_1param__type.xhtml#aef25eb026f40f91dcb75009fef98e9c6', 1, 'gmx::ExponentialDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1GammaDistribution_1_1param__type.xhtml#abb6d0eac9d0e5934ab0445f277370e87', 1, 'gmx::GammaDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a065166a4865578f9e5d45eef4b51ecdf', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1NormalDistribution_1_1param__type.xhtml#a065166a4865578f9e5d45eef4b51ecdf', 1, 'gmx::NormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TabulatedNormalDistribution_1_1param__type.xhtml#aa32aadb37efbdbf47f3281594659dd96', 1, 'gmx::TabulatedNormalDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformIntDistribution_1_1param__type.xhtml#ae29e38c48c9840a6cc7391ec87f68ae9', 1, 'gmx::UniformIntDistribution::param_type::distribution_type'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1UniformRealDistribution_1_1param__type.xhtml#a360aa68a34a8d5d8245f9b8cc1df8ae0', 1, 'gmx::UniformRealDistribution::param_type::distribution_type'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['distributions_20random_513', ['Random engines and distributions (random)', ['../group__module__random.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fby_5flocality_514', ['divide_bondeds_by_locality', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#aae75035e941faeb2f96b2ea60f90fb42', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ ['divide_5fbondeds_5fover_5fthreads_515', ['divide_bondeds_over_threads', ['../manage__threading_8cpp.xhtml#ab839024db9b2da71606e37f3c0b9c449', 1, 'manage_threading.cpp']]], │ │ │ │ ['divideelementwise_516', ['divideElementwise', ['../namespacegmx.xhtml#ac1e88a871e2b0ffdf68519ab1d2bb206', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['divideroundup_517', ['divideRoundUp', ['../namespacegmx.xhtml#a3afd3a8627b2e39fd597eb3c4745f102', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['dlb_2ecpp_518', ['dlb.cpp', ['../dlb_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -841,16 +841,16 @@ │ │ │ │ ['do_5flinacc_536', ['do_linacc', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a90ba951bd868342fb5e12fe71f45f48a', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['do_5flincs_537', ['do_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#a48b618e1d06c08dff33f6f789a5ade1b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['do_5flincsp_538', ['do_lincsp', ['../namespacegmx.xhtml#a0233d831a9a4457fb58fc1395c8c7d03', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['do_5flinfix_539', ['do_linfix', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#a8fde1728c12f11061c33fc0b3372833c', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['do_5flmfit_540', ['do_lmfit', ['../expfit_8h.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'], │ │ │ │ ['../expfit_8cpp.xhtml#a2d6fa41a60d6682a8ae04e199d862613', 1, 'do_lmfit(int ndata, const real c1[], real sig[], real dt, const real *x0, real begintimefit, real endtimefit, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, int eFitFn, double fitparms[], int fix, const char *fn_fitted): expfit.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['do_5fpairs_541', ['do_pairs', ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ - ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ + ['do_5fpairs_541', ['do_pairs', ['../pairs_8cpp.xhtml#a22308eced2305dcd0b36750636c6e8f6', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, const int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, const bool havePerturbedInteractions, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'], │ │ │ │ + ['../pairs_8h.xhtml#ace5a086b59154b99c7d2f5c4c91a4117', 1, 'do_pairs(int ftype, int nbonds, const t_iatom iatoms[], const t_iparams iparams[], const rvec x[], rvec4 f[], rvec fshift[], const struct t_pbc *pbc, const real *lambda, real *dvdl, gmx::ArrayRef< const real > chargeA, gmx::ArrayRef< const real > chargeB, gmx::ArrayRef< const bool > atomIsPerturbed, gmx::ArrayRef< const unsigned short > cENER, int numEnergyGroups, const t_forcerec *fr, bool havePerturbedPairs, const gmx::StepWorkload &stepWork, gmx_grppairener_t *grppener, int *global_atom_index): pairs.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fgeneral_542', ['do_pairs_general', ['../pairs_8cpp.xhtml#a593986c41a792f43a51528646a52f7af', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ ['do_5fpairs_5fsimple_543', ['do_pairs_simple', ['../pairs_8cpp.xhtml#addf0ef957e30aea59c4c50608f224e00', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ ['do_5fpbc_5ffirst_5fmtop_544', ['do_pbc_first_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ab2d73c141bca2f34ce5a2299d94896ee', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['do_5fpbc_5fmtop_545', ['do_pbc_mtop', ['../pbc_8cpp.xhtml#ae3e3fc740d5c1bbc408f93cfb70585f3', 1, 'pbc.cpp']]], │ │ │ │ ['do_5fredist_5fpos_5fcoeffs_546', ['do_redist_pos_coeffs', ['../pme__redistribute_8cpp.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'], │ │ │ │ ['../pme__redistribute_8h.xhtml#ae582259603d2904ca3f96e425bfd7c52', 1, 'do_redist_pos_coeffs(struct gmx_pme_t *pme, const t_commrec *cr, gmx_bool bFirst, gmx::ArrayRef< const gmx::RVec > x, gmx::ArrayRef< const real > data): pme_redistribute.cpp'] │ │ │ │ @@ -880,43 +880,43 @@ │ │ │ │ ['dofloat_562', ['doFloat', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a3fd26e31b108bb5c4e9ff3cf46e60245', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ ['doh_563', ['dOH', ['../structSettleWaterTopology.xhtml#a4fe21cf6227b589e3619da4f211eb1ff', 1, 'SettleWaterTopology']]], │ │ │ │ ['doint_564', ['doInt', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad18b93507130111911db7048d8278598', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ ['doint32_565', ['doInt32', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a1f3fcee617241ce334d2938b431590e1', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ ['doint64_566', ['doInt64', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a16b376e5b3c425be7be83c107c8e4fbb', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ ['doivec_567', ['doIvec', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#ad1fe1310f00745d2d0df9d672f19810e', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ │ │ ['dolistedforcessorting_568', ['doListedForcesSorting', ['../classgmx__reverse__top__t.xhtml#a631f038e6db9ee54df86e4e0f6d3904e', 1, 'gmx_reverse_top_t']]], │ │ │ │ - ['domain_569', ['domain', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'] │ │ │ │ + ['domain_569', ['domain', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Device.xhtml#a45a9ca5ad620d5c2bbb2e022c6c5d69f', 1, 'gmx::HardwareTopology::Device::domain'], │ │ │ │ + ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#ab5bbfba4c5cbac801412d67d38f15fe6', 1, 'Domain: swapcoords.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domain_20decomposition_20for_20parallelization_20over_20mpi_570', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domain_5fdecomposition_2ecpp_571', ['domain_decomposition.cpp', ['../domain__decomposition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domainatomgroups_572', ['DomainAtomGroups', ['../structAtomDistribution_1_1DomainAtomGroups.xhtml', 1, 'AtomDistribution']]], │ │ │ │ - ['domaincommbackward_573', ['domaincommbackward', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a757db601a2b4eaab3e74feb0e8238713', 1, 'gmx::DomainCommBackward::DomainCommBackward()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommBackward'] │ │ │ │ + ['domaincommbackward_573', ['domaincommbackward', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommBackward'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#a757db601a2b4eaab3e74feb0e8238713', 1, 'gmx::DomainCommBackward::DomainCommBackward()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['domaincommforward_574', ['domaincommforward', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a1b81d0f81748941c9983378a78376807', 1, 'gmx::DomainCommForward::DomainCommForward()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommForward'] │ │ │ │ + ['domaincommforward_574', ['domaincommforward', ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml', 1, 'gmx::DomainCommForward'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainCommForward.xhtml#a1b81d0f81748941c9983378a78376807', 1, 'gmx::DomainCommForward::DomainCommForward()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domaindecompositionbuilder_575', ['domaindecompositionbuilder', ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml#a128bbb8c8823d7ba12461b63d17b4130', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder::DomainDecompositionBuilder()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DomainDecompositionBuilder.xhtml', 1, 'gmx::DomainDecompositionBuilder'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domaingroups_576', ['domainGroups', ['../structAtomDistribution.xhtml#a54310497f4a786bc93a33846a3f16c01', 1, 'AtomDistribution']]], │ │ │ │ - ['domaininfo_577', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo(PbcType pbcType, bool haveInterUpdateGroupVirtualSites, gmx_domdec_t *domdec)'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()=default'] │ │ │ │ + ['domaininfo_577', ['domaininfo', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a295aad169ffe38dcd5e240ef0546a747', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml', 1, 'gmx::DomainInfo'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#a98019766fd4e7f6913173f9c56f1e557', 1, 'gmx::DomainInfo::DomainInfo()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domainlifetimeworkload_578', ['DomainLifetimeWorkload', ['../classgmx_1_1DomainLifetimeWorkload.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['domainpaircomm_579', ['domainpaircomm', ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml', 1, 'gmx::DomainPairComm'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a3109b5b92582910015b02f35548c00df', 1, 'gmx::DomainPairComm::DomainPairComm()'] │ │ │ │ + ['domainpaircomm_579', ['domainpaircomm', ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml#a3109b5b92582910015b02f35548c00df', 1, 'gmx::DomainPairComm::DomainPairComm()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomainPairComm.xhtml', 1, 'gmx::DomainPairComm'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domainpaircomm_2ecpp_580', ['domainpaircomm.cpp', ['../domainpaircomm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domainpaircomm_2eh_581', ['domainpaircomm.h', ['../domainpaircomm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['domainsetup_582', ['domainsetup', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a37864efbe5cd0fe002762af91f8e2427', 1, 'gmx::GridSet::domainSetup() const'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml', 1, 'gmx::GridSet::DomainSetup'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a554938cdbb339001b0e76b95cbcf4034', 1, 'gmx::GridSet::DomainSetup::DomainSetup()'] │ │ │ │ + ['domainsetup_582', ['domainsetup', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a37864efbe5cd0fe002762af91f8e2427', 1, 'gmx::GridSet::domainSetup()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml#a554938cdbb339001b0e76b95cbcf4034', 1, 'gmx::GridSet::DomainSetup::DomainSetup()'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1GridSet_1_1DomainSetup.xhtml', 1, 'gmx::GridSet::DomainSetup'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domainshift_583', ['domainShift', ['../classgmx_1_1DomainCommBackward.xhtml#af13d265697ececfd85a6fc9578ae8fea', 1, 'gmx::DomainCommBackward']]], │ │ │ │ ['domainstring_584', ['DomainString', ['../gromacs_2swap_2swapcoords_8cpp.xhtml#a8d3219f51d6dd4f57663baf7139a72a0', 1, 'swapcoords.cpp']]], │ │ │ │ ['domaintodomainintoatomtodomaincutoff_585', ['domainToDomainIntoAtomToDomainCutoff', ['../domdec_2utility_8h.xhtml#a5d94f58e6d190b2f9e30012f41cb65c2', 1, 'utility.h']]], │ │ │ │ ['domdec_2eh_586', ['domdec.h', ['../domdec_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5f_587', ['domdec_', ['../structgmx_1_1DomainInfo.xhtml#aa24854cd2ffdd6e798bf36ba570eecfb', 1, 'gmx::DomainInfo']]], │ │ │ │ ['domdec_5fconstraints_2ecpp_588', ['domdec_constraints.cpp', ['../domdec__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -930,17 +930,17 @@ │ │ │ │ ['domdec_5fspecatomcomm_2eh_596', ['domdec_specatomcomm.h', ['../domdec__specatomcomm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fstruct_2eh_597', ['domdec_struct.h', ['../domdec__struct_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2ecpp_598', ['domdec_vsite.cpp', ['../domdec__vsite_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2eh_599', ['domdec_vsite.h', ['../domdec__vsite_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fzones_2ecpp_600', ['domdec_zones.cpp', ['../domdec__zones_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fzones_2eh_601', ['domdec_zones.h', ['../domdec__zones_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdeccallback_602', ['DomDecCallback', ['../group__module__modularsimulator.xhtml#gab3c9f5075b81d222d08ca09e794aed0f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['domdechelper_603', ['domdechelper', ['../classgmx_1_1DomDecHelper.xhtml', 1, 'gmx::DomDecHelper'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1DomDecHelper.xhtml#a13b61891b91d842eaebca4d83d063c2f', 1, 'gmx::DomDecHelper::DomDecHelper()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#aa07b085cd2adc1012132c94075c0969f', 1, 'gmx::TopologyHolder::DomDecHelper'] │ │ │ │ + ['domdechelper_603', ['domdechelper', ['../classgmx_1_1DomDecHelper.xhtml#a13b61891b91d842eaebca4d83d063c2f', 1, 'gmx::DomDecHelper::DomDecHelper()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1TopologyHolder.xhtml#aa07b085cd2adc1012132c94075c0969f', 1, 'gmx::TopologyHolder::DomDecHelper'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1DomDecHelper.xhtml', 1, 'gmx::DomDecHelper'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['domdechelper_20tt_20and_20tt_20pmeloadbalancehelper_20tt_604', ['<tt>DomDecHelper</tt> and <tt>PmeLoadBalanceHelper</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md41', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdechelper_2ecpp_605', ['domdechelper.cpp', ['../domdechelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdechelper_2eh_606', ['domdechelper.h', ['../domdechelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdechelperbuilder_607', ['DomDecHelperBuilder', ['../classgmx_1_1DomDecHelperBuilder.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['domdecoptions_608', ['domdecoptions', ['../structgmx_1_1DomdecOptions.xhtml', 1, 'gmx::DomdecOptions'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LegacyMdrunOptions.xhtml#aefd72e6143a6ff935e3581149467c125', 1, 'gmx::LegacyMdrunOptions::domdecOptions'] │ │ │ │ @@ -951,16 +951,16 @@ │ │ │ │ ['domdrun_612', ['doMdrun', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#ab7ba9cd40beb21d4ce4243e2622a4ac0', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ ['domembed_613', ['doMembed', ['../classgmx_1_1MembedHolder.xhtml#a1c064399ab9168ab98adbaf2611f0259', 1, 'gmx::MembedHolder']]], │ │ │ │ ['domrcdensitymapheader_614', ['doMrcDensityMapHeader', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02mrcserializer_8cpp_03.xhtml#afb90995b12dd1ec23633fb751a0b4fff', 1, 'gmx::anonymous_namespace{mrcserializer.cpp}']]], │ │ │ │ ['done_615', ['done', ['../classgmx_1_1AbstractAverageHistogram.xhtml#a5f0af02380a46894e20e09682ee63443', 1, 'gmx::AbstractAverageHistogram']]], │ │ │ │ ['done_5fenxframe_616', ['done_enxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#aba30b242a0aed11e08b4c7f57dbac8e9', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['done_5fidef_617', ['done_idef', ['../idef_8h.xhtml#a5532c9f574c29d1951513bd8ec557ecc', 1, 'idef.cpp']]], │ │ │ │ ['done_5flincs_618', ['done_lincs', ['../namespacegmx.xhtml#ae909fe116240bc4a5ed3cea1229d79f6', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['done_5fsymtab_619', ['done_symtab', ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ - ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ + ['done_5fsymtab_619', ['done_symtab', ['../symtab_8h.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'], │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml#ab909195909d6dcccfdd0c94964751286', 1, 'done_symtab(t_symtab *symtab): symtab.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['done_5ftrxframe_620', ['done_trxframe', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#a38e926a71822704ecee2753eec73d8e5', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['doneighborsearch_621', ['doNeighborSearch', ['../classgmx_1_1StepWorkload.xhtml#afccd5279abfd7745e61c1a446f7a26b8', 1, 'gmx::StepWorkload']]], │ │ │ │ ['donor_5f_622', ['donor_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#aa74b74465cdab77070e3ba2b5d72ac24', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ ['donorenergy_5f_623', ['donorEnergy_', ['../structgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1ResInfo.xhtml#a95d9f7a7790a17a468d5cbc9ac0682ed', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::ResInfo']]], │ │ │ │ ['donotswap_624', ['DoNotSwap', ['../namespacegmx.xhtml#a9dcfc375435eb5edc0e45544fd43e655a3448d668bf42d8cc9f35c9fe803c3633', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['doopaque_625', ['doOpaque', ['../classgmx_1_1FileIOXdrSerializer.xhtml#a7829dc6ba05456a40792ade1b6be89bf', 1, 'gmx::FileIOXdrSerializer']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_8.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -132,16 +132,16 @@ │ │ │ │ ['eleccutoff_120', ['elecCutoff', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#a446abb59b3e43869387b198af126946c', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['elecewald_121', ['elecEwald', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#a3bb682c07204faab64701f7a264bcf50', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['elecewaldana_122', ['elecEwaldAna', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#a7cd59edb314261f159984304364b8b83', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['elecewaldtab_123', ['elecEwaldTab', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#a3dcceed8fc37c68d8a2e13538fc78f1f', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['elecewaldtwin_124', ['elecEwaldTwin', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#a8924d386afd3ee5ad5a49c3799ea5efe', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['elecrf_125', ['elecRF', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml#ab4d5fb5fe3bc3305d139e637060457a7', 1, 'gmx::EnergyFunctionProperties']]], │ │ │ │ ['electricfield_126', ['ElectricField', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricField.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}']]], │ │ │ │ - ['electricfield_2ecpp_127', ['electricfield.cpp', ['../electricfield_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2electricfield_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['electricfield_2ecpp_127', ['electricfield.cpp', ['../tests_2electricfield_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../electricfield_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['electricfield_2eh_128', ['electricfield.h', ['../electricfield_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['electricfielddimension_129', ['ElectricFieldDimension', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricFieldDimension.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}']]], │ │ │ │ ['electrophysiology_20position_20swapping_20swap_130', ['"Computational Electrophysiology" position swapping (swap)', ['../group__module__swap.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['electype_131', ['electype', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aec4b14c76e37abcd993ec9bb6223e3e8', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::elecType'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75', 1, 'gmx::ElecType'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a6d3f74d9410ed41c4c8284dbf44c374d', 1, 'gmx::NBParamGpu::elecType'] │ │ │ │ @@ -330,61 +330,61 @@ │ │ │ │ ['energyaccumulator_3c_20true_2c_20true_20_3e_191', ['EnergyAccumulator< true, true >', ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01true_00_01true_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energyaccumulator_3c_20useenergygroups_2c_20false_20_3e_192', ['EnergyAccumulator< useEnergyGroups, false >', ['../classgmx_1_1EnergyAccumulator_3_01useEnergyGroups_00_01false_01_4.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energyaccumulatorgetter_193', ['EnergyAccumulatorGetter', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02simd__kernel_8h_03_1_1EnergyAccumulatorGetter.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{simd_kernel.h}']]], │ │ │ │ ['energyaccumulatorgetter_3c_20false_2c_20false_20_3e_194', ['EnergyAccumulatorGetter< false, false >', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02simd__kernel_8h_03_1_1EnergyAccumulatorGetter_3_01false_00_01false_01_4.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{simd_kernel.h}']]], │ │ │ │ ['energyaccumulatorgetter_3c_20false_2c_20true_20_3e_195', ['EnergyAccumulatorGetter< false, true >', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02simd__kernel_8h_03_1_1EnergyAccumulatorGetter_3_01false_00_01true_01_4.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{simd_kernel.h}']]], │ │ │ │ ['energyaccumulatorgetter_3c_20true_2c_20true_20_3e_196', ['EnergyAccumulatorGetter< true, true >', ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02simd__kernel_8h_03_1_1EnergyAccumulatorGetter_3_01true_00_01true_01_4.xhtml', 1, 'gmx::anonymous_namespace{simd_kernel.h}']]], │ │ │ │ ['energyanalysis_197', ['Framework for Energy Analysis (energyanalysis)', ['../group__module__energyanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['energyanalysisframe_198', ['energyanalysisframe', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a81020ccdbb438991874599c3d918ce6d', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::EnergyAnalysisFrame()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame'] │ │ │ │ + ['energyanalysisframe_198', ['energyanalysisframe', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a81020ccdbb438991874599c3d918ce6d', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame::EnergyAnalysisFrame()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_199', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyanalysisframeiterator_200', ['EnergyAnalysisFrameIterator', ['../namespacegmx.xhtml#a8b00d593af8bea5c006bcefb9f4c1bad', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energyattime_201', ['energyAtTime', ['../classgmx_1_1EnergyAnalysisFrame.xhtml#a59d6f3fbf68ecbecc0f4f9dd461be282', 1, 'gmx::EnergyAnalysisFrame']]], │ │ │ │ - ['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'] │ │ │ │ + ['energycalculationfrequencyerrors_202', ['energycalculationfrequencyerrors', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#adce9d3a3f423d7614edd41d3b5995a9d', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors::EnergyCalculationFrequencyErrors(int64_t energyCalculationIntervalInSteps)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energycalculationintervalinsteps_203', ['energyCalculationIntervalInSteps', ['../classgmx_1_1EnergyCalculationFrequencyErrors.xhtml#aef314fecdfd6fecc617d309358b9fb30', 1, 'gmx::EnergyCalculationFrequencyErrors']]], │ │ │ │ - ['energycomparison_204', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'] │ │ │ │ + ['energycomparison_204', ['energycomparison', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyComparison'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyComparison.xhtml#aafb2df8ef9a36c6a3cffc8ac57cf2645', 1, 'gmx::test::EnergyComparison::EnergyComparison()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_205', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_206', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_5f_207', ['energyComparison_', ['../classgmx_1_1test_1_1PeriodicActionsTest.xhtml#accffb92e7241f0a2b319173bcc6e239a', 1, 'gmx::test::PeriodicActionsTest']]], │ │ │ │ ['energycontribution_208', ['EnergyContribution', ['../namespacegmx.xhtml#a41036212ab3b994374d2c2f02772427c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energydata_209', ['energydata', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#a15119585f028d3e0501e51fd4ab690b2', 1, 'gmx::EnergyData::EnergyData()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml', 1, 'gmx::EnergyData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydata_20tt_210', ['<tt>EnergyData</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md36', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_211', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2eh_212', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_3a_3aelement_20tt_213', ['<tt>EnergyData::Element</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md32', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydrift_214', ['energyDrift', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#af7dcf448940396b29c3ffb9e935fee66', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ ['energydriftstring_215', ['energyDriftString', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ae353361ca2765e1c7655c1862fb49723', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker']]], │ │ │ │ - ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'] │ │ │ │ + ['energydrifttracker_216', ['energydrifttracker', ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyDriftTracker.xhtml#ad3c5c99fef9e4a965773bf78c78a124e', 1, 'gmx::EnergyDriftTracker::EnergyDriftTracker()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['energydrifttracker_2ecpp_217', ['energydrifttracker.cpp', ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['energydrifttracker_2ecpp_217', ['energydrifttracker.cpp', ['../tests_2energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../energydrifttracker_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energydrifttracker_2eh_218', ['energydrifttracker.h', ['../energydrifttracker_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyevaluator_219', ['EnergyEvaluator', ['../classanonymous__namespace_02minimize_8cpp_03_1_1EnergyEvaluator.xhtml', 1, 'anonymous_namespace{minimize.cpp}']]], │ │ │ │ ['energyfile_5f_220', ['energyFile_', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02energyoutput_8cpp_03_1_1EnergyOutputTest.xhtml#a977820643cf6286318747b49f78917c4', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{energyoutput.cpp}::EnergyOutputTest']]], │ │ │ │ - ['energyframe_221', ['energyframe', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ad71eb828339b1360bc8460a038c27a9a', 1, 'gmx::EnergyFrame::EnergyFrame()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyFrame'] │ │ │ │ + ['energyframe_221', ['energyframe', ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml', 1, 'gmx::EnergyFrame'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1EnergyFrame.xhtml#ad71eb828339b1360bc8460a038c27a9a', 1, 'gmx::EnergyFrame::EnergyFrame()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyframe_2ecpp_222', ['energyframe.cpp', ['../energyframe_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyframereader_223', ['energyframereader', ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml#ac1150a09a747c3c269b037ccb4ffa6f7', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader::EnergyFrameReader()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1EnergyFrameReader.xhtml', 1, 'gmx::test::EnergyFrameReader'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyframereaderptr_224', ['EnergyFrameReaderPtr', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#adaf53810da1094987057767b0714fb27', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['energyfunctionproperties_225', ['EnergyFunctionProperties', ['../structgmx_1_1EnergyFunctionProperties.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['energygrouppair_226', ['energyGroupPair', ['../structt__nblist_1_1IEntry.xhtml#a66115d383c9d9aeb4934800045821f03', 1, 't_nblist::IEntry']]], │ │ │ │ - ['energygroupspercluster_227', ['energygroupspercluster', ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#a8efa8e61f98994bc8d1c6fd25c0477e1', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::energyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ + ['energygroupspercluster_227', ['energygroupspercluster', ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1nbnxn__atomdata__t_1_1Params.xhtml#a8efa8e61f98994bc8d1c6fd25c0477e1', 1, 'gmx::nbnxn_atomdata_t::Params::energyGroupsPerCluster'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1EnergyGroupsPerCluster.xhtml#a8e8dfa2d7a46ad55fecf134b0cb1443c', 1, 'gmx::EnergyGroupsPerCluster::EnergyGroupsPerCluster()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyhandling_228', ['energyhandling', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelOptions.xhtml#a1140c917ee190783251e592c69de1169', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelOptions::energyHandling'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03_1_1KernelInputParameters.xhtml#a43ee3d83daa25e8b9df5fe800ab5da95', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::KernelInputParameters::energyHandling'], │ │ │ │ ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02kernel__test_8cpp_03.xhtml#ac10927d3b7039c99adda45a70deb5114', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{kernel_test.cpp}::EnergyHandling'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['energyhistory_229', ['energyHistory', ['../structObservablesHistory.xhtml#ae615567a51c963f9afdf413f60f65b21', 1, 'ObservablesHistory']]], │ │ │ │ @@ -685,21 +685,21 @@ │ │ │ │ ['etc_5fandersen_392', ['ETC_ANDERSEN', ['../md__enums_8h.xhtml#a42b141c40b00fbf6aaa7d42f79b004bf', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['ethane_393', ['ethane', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03.xhtml#a90722e7d44d5d0a063d714057d5c9ee5', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]], │ │ │ │ ['ethaneua_394', ['ethaneUA', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02updategroups_8cpp_03.xhtml#a27779df09c39110bb540b42893717ef7', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{updategroups.cpp}']]], │ │ │ │ ['eticoul_395', ['etiCOUL', ['../forcetable_8h.xhtml#a9334a5b9057f32da96db9b5c6a045d67a22814a4fa63720f5c6b6008dbceb4781', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ ['etilj12_396', ['etiLJ12', ['../forcetable_8h.xhtml#a9334a5b9057f32da96db9b5c6a045d67abd1f60de18c1a08fbbf8f701f18bc5dc', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ ['etilj6_397', ['etiLJ6', ['../forcetable_8h.xhtml#a9334a5b9057f32da96db9b5c6a045d67a14de69e4e7dd8738916c6965be9a3b90', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ ['etinr_398', ['etiNR', ['../forcetable_8h.xhtml#a9334a5b9057f32da96db9b5c6a045d67aefe23a4b7521eb5cf444aa993db19829', 1, 'forcetable.h']]], │ │ │ │ - ['evaluate_399', ['evaluate', ['../structt__compiler__data.xhtml#a5128b3f090d5c7fb2eb867570e89fe3b', 1, 't_compiler_data::evaluate'], │ │ │ │ + ['evaluate_399', ['evaluate', ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#a3d981d35e2fbd35f64092063871fdef3', 1, 'gmx::SelectionCollection::evaluate()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#abd785aca4a7790377720f445e8263ffb', 1, 'gmx::IRestraintPotential::evaluate()'], │ │ │ │ + ['../structt__compiler__data.xhtml#a5128b3f090d5c7fb2eb867570e89fe3b', 1, 't_compiler_data::evaluate'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml#ad86f6b06a9c14294732430b01329e0af', 1, 'gmx::SelectionEvaluator::evaluate()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#aa2729334e9625ab9446f87dee5e2acf4', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::evaluate'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02electricfield_8cpp_03_1_1ElectricFieldDimension.xhtml#a0601d30a0ad2f0ca3cbdd80929d66ad1', 1, 'gmx::anonymous_namespace{electricfield.cpp}::ElectricFieldDimension::evaluate()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#aedf144756d7dd044b691f937f05ed07a', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::evaluate()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml#ad86f6b06a9c14294732430b01329e0af', 1, 'gmx::SelectionEvaluator::evaluate()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#abd785aca4a7790377720f445e8263ffb', 1, 'gmx::IRestraintPotential::evaluate()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#a3d981d35e2fbd35f64092063871fdef3', 1, 'gmx::SelectionCollection::evaluate()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PullCoordExpressionParser.xhtml#aedf144756d7dd044b691f937f05ed07a', 1, 'gmx::PullCoordExpressionParser::evaluate()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluate_2ecpp_400', ['evaluate.cpp', ['../evaluate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['evaluate_2eh_401', ['evaluate.h', ['../evaluate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fall_402', ['evaluate_all', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ab5d9aaa1591fbf99ef54f35c930d876f', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5faltloc_403', ['evaluate_altloc', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ac95693c16cf861f2aba6655c0ff6f0d2', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fatomname_404', ['evaluate_atomname', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ad8d60c137d3bdb4cc2ef7458abdadfa5', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fatomnr_405', ['evaluate_atomnr', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ac012c9061ab901e7085b9e6be0b0dfb1', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ @@ -739,42 +739,42 @@ │ │ │ │ ['evaluate_5fsingle_439', ['evaluate_single', ['../pairs_8cpp.xhtml#a53338e7f9d3499aabdf8f25c6af5f238', 1, 'pairs.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fwithin_440', ['evaluate_within', ['../sm__distance_8cpp.xhtml#a085423b7b3380c50dc2c2aa0042070fe', 1, 'sm_distance.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fx_441', ['evaluate_x', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ab0e74f5a11a8275423b617bbc8d247dc', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fy_442', ['evaluate_y', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ac7586817f1b4032087aa7b625224757c', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluate_5fz_443', ['evaluate_z', ['../sm__simple_8cpp.xhtml#ac69865bb371f6f50ed83c06fb0cf5531', 1, 'sm_simple.cpp']]], │ │ │ │ ['evaluatecontractionpoint_444', ['evaluateContractionPoint', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a46d235715a1174267e45aebae8beb0c7', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ ['evaluated_445', ['Evaluated', ['../classgmx_1_1SelectionCollection_1_1Impl.xhtml#a2b56c1edc3a7dd352db9cf7bc94673d7ad603de8be2ed385509ef70a6c0099623', 1, 'gmx::SelectionCollection::Impl']]], │ │ │ │ - ['evaluatederivative_446', ['evaluatederivative', ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#aa9e7cfaa0780aa00db5a67b62ea03a38', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#afb93e2ab60eb02c1b9ea5b93eb6c43b8', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2, T *derivativeValue3) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a293c4b989907dd4bd628b72a46735e81', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a6fe320240e2c63165d04f1118235840e', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue0, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2) const'], │ │ │ │ + ['evaluatederivative_446', ['evaluatederivative', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#af581c2c1b906e3c0f6575712d6baef44', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a0422a9e17f991f1c4508e1dbae62d400', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue0, T *derivativeValue1) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#af581c2c1b906e3c0f6575712d6baef44', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue) const'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a6fe320240e2c63165d04f1118235840e', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue0, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#aa9e7cfaa0780aa00db5a67b62ea03a38', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a293c4b989907dd4bd628b72a46735e81', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#afb93e2ab60eb02c1b9ea5b93eb6c43b8', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateDerivative(T r, T *derivativeValue1, T *derivativeValue2, T *derivativeValue3) const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluateexpansionpoint_447', ['evaluateExpansionPoint', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a5d83a966145a4b49ccabcbc47b9c4df1', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ ['evaluatefinal_448', ['evaluatefinal', ['../classgmx_1_1SelectionEvaluator.xhtml#a6d5202a595b0183631ba627d726f85c1', 1, 'gmx::SelectionEvaluator::evaluateFinal()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionCollection.xhtml#aeb8069b1be3abd49bad0a1431f91ad7c', 1, 'gmx::SelectionCollection::evaluateFinal()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluateforce_449', ['evaluateforce', ['../classgmx_1_1DensityFittingForce_1_1Impl.xhtml#a94d7bc3daea70ddad195019ed87e5956', 1, 'gmx::DensityFittingForce::Impl::evaluateForce()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1DensityFittingForce.xhtml#a48de58358220847863465808b507fd2e', 1, 'gmx::DensityFittingForce::evaluateForce()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluateforces_450', ['evaluateForces', ['../classgmx_1_1SelectionOption.xhtml#ab1969e91ec57a1282b5e796800389933', 1, 'gmx::SelectionOption']]], │ │ │ │ - ['evaluatefunction_451', ['evaluatefunction', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a624d2f3c7e52adcf7408d4da520b7859', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue) const'], │ │ │ │ + ['evaluatefunction_451', ['evaluatefunction', ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a55a6e8f12773a991d4fbe47ef10a8b7a', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue1, T *functionValue2, T *functionValue3) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#abef6fe237259c1d7e518f29a03c191eb', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue1, T *functionValue2) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a624d2f3c7e52adcf7408d4da520b7859', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a44e659de3e6604fa3ee01cb1422a504f', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue0, T *functionValue1) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a2b6951128e8311ceb8afff6ce7fead36', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue0, T *functionValue1, T *functionValue2) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#af9aca690a0ee92af501c865d7a8e5044', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#abef6fe237259c1d7e518f29a03c191eb', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue1, T *functionValue2) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a55a6e8f12773a991d4fbe47ef10a8b7a', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction(T r, T *functionValue1, T *functionValue2, T *functionValue3) const'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#af9aca690a0ee92af501c865d7a8e5044', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunction()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['evaluatefunctionandderivative_452', ['evaluatefunctionandderivative', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#ac93d0b5e34f7942ca98b2d44d40b3ea1', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a155411b2d94d1728b95d4dba7755e3d7', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue1, T *derivativeValue1, T *functionValue2, T *derivativeValue2, T *functionValue3, T *derivativeValue3) const'], │ │ │ │ + ['evaluatefunctionandderivative_452', ['evaluatefunctionandderivative', ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a7313f61a65dfedf8359dbb362c111a5f', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a1829af258b70b6ed03822f07aff0190f', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue, T *derivativeValue) const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a6b70a811af8bd4f953ec5f668412bbaf', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue1, T *derivativeValue1, T *functionValue2, T *derivativeValue2) const'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a863c0191a73cfea35178858ff3584bcf', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a1829af258b70b6ed03822f07aff0190f', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a7313f61a65dfedf8359dbb362c111a5f', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1QuadraticSplineTable.xhtml#a155411b2d94d1728b95d4dba7755e3d7', 1, 'gmx::QuadraticSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue1, T *derivativeValue1, T *functionValue2, T *derivativeValue2, T *functionValue3, T *derivativeValue3) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#a863c0191a73cfea35178858ff3584bcf', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue0, T *derivativeValue0, T *functionValue1, T *derivativeValue1) const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CubicSplineTable.xhtml#ac93d0b5e34f7942ca98b2d44d40b3ea1', 1, 'gmx::CubicSplineTable::evaluateFunctionAndDerivative(T r, T *functionValue, T *derivativeValue) const'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluatehelpervalues_453', ['evaluateHelperValues', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02densityfit_8cpp_03.xhtml#a6d5392693f1b404bb92e47d63f77d090', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfit.cpp}']]], │ │ │ │ ['evaluatemodel_454', ['evaluatemodel', ['../classgmx_1_1TorchModel.xhtml#a5044f053732fd2c28df26c1626f07bff', 1, 'gmx::TorchModel::evaluateModel()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1INNPotModel.xhtml#ac41875649affd1941e519b7a671d3703', 1, 'gmx::INNPotModel::evaluateModel()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['evaluatereflectionpoint_455', ['evaluateReflectionPoint', ['../classgmx_1_1NelderMeadSimplex.xhtml#a55452c154211b3eb0dc5c101e35033aa', 1, 'gmx::NelderMeadSimplex']]], │ │ │ │ ['evaluateshifttobox_456', ['evaluateShiftToBox', ['../namespacegmx_1_1anonymous__namespace_02com_8cpp_03.xhtml#a68f25f4d5b5426c3ebaf29d7c16dc72f', 1, 'gmx::anonymous_namespace{com.cpp}']]], │ │ │ │ @@ -788,28 +788,28 @@ │ │ │ │ ['eventually_462', ['Eventually', ['../namespacegmx.xhtml#a25c6f46e04e2414063d903e5d3133186a42547597779fff433bc3e3670495515d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewald_20family_20treatments_20of_20long_20ranged_20forces_463', ['Ewald-family treatments of long-ranged forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['ewald_2ecpp_464', ['ewald.cpp', ['../ewald_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['ewald_2eh_465', ['ewald.h', ['../ewald_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['ewald_5fbeta_466', ['ewald_beta', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#aebff8671e8ef1048a76afe31b6d66dfd', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::ewald_beta'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#aeb27c822a1aaa547944f31428b547b58', 1, 'gmx::NBParamGpu::ewald_beta'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['ewald_5fcharge_5fcorrection_467', ['ewald_charge_correction', ['../ewald_8h.xhtml#a61e28743ca4bd7bfe9808b5636635d18', 1, 'ewald_charge_correction(const t_commrec *commrec, real epsilonR, real ewaldcoeffQ, gmx::ArrayRef< const double > qsum, real lambda, const matrix box, real *dvdlambda, tensor vir): ewald.cpp'], │ │ │ │ - ['../ewald_8cpp.xhtml#a8a0a55529dc157a801f85016893beda7', 1, 'ewald_charge_correction(const t_commrec *commrec, const real epsilonR, const real ewaldcoeffQ, gmx::ArrayRef< const double > qsum, const real lambda, const matrix box, real *dvdlambda, tensor vir): ewald.cpp'] │ │ │ │ + ['ewald_5fcharge_5fcorrection_467', ['ewald_charge_correction', ['../ewald_8cpp.xhtml#a8a0a55529dc157a801f85016893beda7', 1, 'ewald_charge_correction(const t_commrec *commrec, const real epsilonR, const real ewaldcoeffQ, gmx::ArrayRef< const double > qsum, const real lambda, const matrix box, real *dvdlambda, tensor vir): ewald.cpp'], │ │ │ │ + ['../ewald_8h.xhtml#a61e28743ca4bd7bfe9808b5636635d18', 1, 'ewald_charge_correction(const t_commrec *commrec, real epsilonR, real ewaldcoeffQ, gmx::ArrayRef< const double > qsum, real lambda, const matrix box, real *dvdlambda, tensor vir): ewald.cpp'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ewald_5flrcorrection_468', ['ewald_LRcorrection', ['../long__range__correction_8h.xhtml#ac557b763e9b0bbcf0ec9663891a46409', 1, 'long_range_correction.cpp']]], │ │ │ │ ['ewald_5fspline3_5ftable_5fscale_469', ['ewald_spline3_table_scale', ['../forcetable_8h.xhtml#afd280d8c41f84d292398f659e619fe35', 1, 'forcetable.cpp']]], │ │ │ │ ['ewald_5futils_2eh_470', ['ewald_utils.h', ['../ewald__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['ewaldana_471', ['EwaldAna', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75abfbab2d060f2dcec3bc55d6f4108fee4', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewaldanalytical_472', ['EwaldAnalytical', ['../namespacegmx.xhtml#a0f93957d57799d2e5cac00fceb180a99ad0bc9bd64029e8e62669439f419cf30d', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewaldanatwin_473', ['EwaldAnaTwin', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75adb491b14119a8f2be885518e75837800', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewaldboxzscaler_474', ['ewaldboxzscaler', ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml#aa37ac4e4f34d91a704bf3ab2090b1a97', 1, 'EwaldBoxZScaler::EwaldBoxZScaler()'], │ │ │ │ ['../classEwaldBoxZScaler.xhtml', 1, 'EwaldBoxZScaler'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['ewaldcoeff_5flj_475', ['ewaldcoeff_lj', ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a2be9024c8c586d7b06e7372fc7f3f6f7', 1, 'gmx::NBParamGpu::ewaldcoeff_lj'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a8c2bbe45163e3b06e5b710eb94f37438', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::ewaldcoeff_lj'], │ │ │ │ + ['ewaldcoeff_5flj_475', ['ewaldcoeff_lj', ['../structgmx_1_1cl__nbparam__params.xhtml#a8c2bbe45163e3b06e5b710eb94f37438', 1, 'gmx::cl_nbparam_params::ewaldcoeff_lj'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NBParamGpu.xhtml#a2be9024c8c586d7b06e7372fc7f3f6f7', 1, 'gmx::NBParamGpu::ewaldcoeff_lj'], │ │ │ │ ['../structpme__setup__t.xhtml#af8efa0b7574e63793d1ce70962682563', 1, 'pme_setup_t::ewaldcoeff_lj'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ewaldcoeff_5fq_476', ['ewaldcoeff_q', ['../structgmx_1_1NbnxmKernelBenchOptions.xhtml#a630e89cdcf9dfd86244819a080bf53fc', 1, 'gmx::NbnxmKernelBenchOptions::ewaldcoeff_q'], │ │ │ │ ['../structpme__setup__t.xhtml#a89ff53d70c48ad2e8d4c9ba734caa5b0', 1, 'pme_setup_t::ewaldcoeff_q'], │ │ │ │ ['../structPmeShared.xhtml#a6fd10f91754a5e6528ea46bbe93e8730', 1, 'PmeShared::ewaldcoeff_q'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['ewaldexclusiontype_477', ['EwaldExclusionType', ['../namespacegmx.xhtml#a7c2094c65d96a1bcee4b0cd839a3903f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -825,49 +825,49 @@ │ │ │ │ ['ewaldsurfacetermtest_485', ['EwaldSurfaceTermTest', ['../classgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02ewaldsurfaceterm_8cpp_03_1_1EwaldSurfaceTermTest.xhtml', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{ewaldsurfaceterm.cpp}']]], │ │ │ │ ['ewaldtab_486', ['EwaldTab', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75a24ecf05cb87b8ab24dee90e038f527b3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewaldtabtwin_487', ['EwaldTabTwin', ['../namespacegmx.xhtml#a9b1e5351eeecaeb1a7f02e83888b3e75afe9511684e9298877f34ebc517ac7e95', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewaldtabulated_488', ['EwaldTabulated', ['../namespacegmx.xhtml#a0f93957d57799d2e5cac00fceb180a99a3a36906dfb1f9720dfa743e6d4bf711e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['ewl_489', ['EWL', ['../md__enums_8h.xhtml#a8dc64174c798612f2065ff35dc879fb4', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['exact_490', ['Exact', ['../group__module__utility.xhtml#gga3ae8c56ad1f6d3f087e5dd1eb69662d9a1649aed298f99d587e2eb30c1db5946b', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['exactcontinuation_2ecpp_491', ['exactcontinuation.cpp', ['../exactcontinuation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['exactdiv_492', ['exactdiv', ['../namespacegmx.xhtml#adab8b84ada5d6c3ce549671f1802cddb', 1, 'gmx::exactDiv(int64_t a, int64_t b)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a1b89d1f932712fc893e8f2429cad1813', 1, 'gmx::exactDiv(int32_t a, int32_t b)'] │ │ │ │ + ['exactdiv_492', ['exactdiv', ['../namespacegmx.xhtml#a1b89d1f932712fc893e8f2429cad1813', 1, 'gmx::exactDiv(int32_t a, int32_t b)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adab8b84ada5d6c3ce549671f1802cddb', 1, 'gmx::exactDiv(int64_t a, int64_t b)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['exacttextmatch_493', ['ExactTextMatch', ['../classgmx_1_1test_1_1ExactTextMatch.xhtml', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['example_20code_20for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_494', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]], │ │ │ │ ['exception_495', ['exception', ['../structgmx__sel__lexer__t.xhtml#aea118239a16a6e34e2e1343f92f9801d', 1, 'gmx_sel_lexer_t']]], │ │ │ │ - ['exceptioninfo_496', ['exceptioninfo', ['../classgmx_1_1ExceptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::ExceptionInfo< Tag, T >'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ExceptionInfo.xhtml#a652323df41a5349fcb46decb23e0bba7', 1, 'gmx::ExceptionInfo::ExceptionInfo()'] │ │ │ │ + ['exceptioninfo_496', ['exceptioninfo', ['../classgmx_1_1ExceptionInfo.xhtml#a652323df41a5349fcb46decb23e0bba7', 1, 'gmx::ExceptionInfo::ExceptionInfo()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ExceptionInfo.xhtml', 1, 'gmx::ExceptionInfo< Tag, T >'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['exceptioninfoapifunction_497', ['ExceptionInfoApiFunction', ['../group__module__utility.xhtml#ga5893fea343e40ecb3dbd042155fae388', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['exceptioninfoerrno_498', ['ExceptionInfoErrno', ['../group__module__utility.xhtml#ga590b36651977793730ea2413906302cf', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['exceptioninfolocation_499', ['ExceptionInfoLocation', ['../group__module__utility.xhtml#gab5d3ee620090581599c5762270314897', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['exceptioninfomessage_500', ['ExceptionInfoMessage', ['../group__module__utility.xhtml#ga4ff0009992ade97951620b375e1a7af5', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}']]], │ │ │ │ ['exceptioninfonestedexceptions_501', ['ExceptionInfoNestedExceptions', ['../group__module__utility.xhtml#ga8182ab028054f3b799af9dcc6ce9846b', 1, 'gmx::anonymous_namespace{exceptions.cpp}']]], │ │ │ │ ['exceptioninfopointer_502', ['ExceptionInfoPointer', ['../namespacegmx_1_1internal.xhtml#a8255fddd22431a907c2932b034f75023', 1, 'gmx::internal']]], │ │ │ │ ['exceptioninitializer_503', ['exceptioninitializer', ['../classgmx_1_1ExceptionInitializer.xhtml', 1, 'gmx::ExceptionInitializer'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExceptionInitializer.xhtml#ad1645743f96bbd521a597fafa4f2cd40', 1, 'gmx::ExceptionInitializer::ExceptionInitializer(const std::string &reason)'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ExceptionInitializer.xhtml#aca7e4593be9acc279e638d5e7cf4c736', 1, 'gmx::ExceptionInitializer::ExceptionInitializer(const char *reason)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['exceptions_2ecpp_504', ['exceptions.cpp', ['../exceptions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['exceptions_2eh_505', ['exceptions.h', ['../exceptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['exchangeinterval_506', ['exchangeInterval', ['../structReplicaExchangeParameters.xhtml#a07cd879748bf9d6d692677b73da60823', 1, 'ReplicaExchangeParameters']]], │ │ │ │ - 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['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ + ['floattoler_270', ['floattoler', ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02pairs_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#a004e5e8bdf0447d1694d70558d49fa32', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{pairs.cpp}::ListInput::floatToler'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02nb__free__energy_8cpp_03_1_1ListInput.xhtml#ad83dd3751d1e1866fe0f858204d6fc2d', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{nb_free_energy.cpp}::ListInput::floatToler'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['floattypematcher_271', ['floattypematcher', ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher< FloatType >'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1test_1_1FloatTypeMatcher.xhtml#a349d8c2cfc013ef8e63a9eab29df4c44', 1, 'gmx::test::FloatTypeMatcher::FloatTypeMatcher()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['flood_5fblowup_272', ['flood_blowup', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa027c1bd075c6b731318b7e4787b7cb9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['flooding_273', ['Flooding', ['../namespaceanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03.xhtml#aa2d5ea43ccd104c8b0f1f2e7b8cad0c4ac244d080617e096f13d28a4fdf82b8d9', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}']]], │ │ │ │ ['flush_274', ['flush', ['../classgmx_1_1H5md.xhtml#abd7f76a350d35c40723a6eca5c1b7757', 1, 'gmx::H5md']]], │ │ │ │ ['fluxfromatob_275', ['fluxfromAtoB', ['../structswap__group.xhtml#a7a42dc9ddd2ea5f6b175b13f6f66e366', 1, 'swap_group']]], │ │ │ │ ['fluxleak_276', ['fluxleak', ['../structt__swap.xhtml#a32bdda08730e7830c060235c17dd72e2', 1, 't_swap']]], │ │ │ │ - ['fma_277', ['fma', ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ + ['fma_277', ['fma', ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaa2db026253ce788e7f136326089e8a77', 1, 'gmx::fma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga3b86949473ebaef8ccbd4d2852947839', 1, 'gmx::fma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga68d608d0650ac219cb4c0d3034ee855f', 1, 'gmx::fma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a79e2ba07938cafa28c0988ba52874f46', 1, 'gmx::fma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6969c0baf1592d7a5fec29636a85628f', 1, 'gmx::fma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a183d89182d418bb66a668104978af5bf', 1, 'gmx::fma(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['fmax_278', ['fmax', ['../structem__state.xhtml#aab39c5b16c1d58a45a5c973133e5ffc5', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ - ['fms_279', ['fms', ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ + ['fms_279', ['fms', ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga86c14cb73d3484b0a5e01e74640a4ee3', 1, 'gmx::fms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga78a3204bd78e9122ba1998e985d1a5bd', 1, 'gmx::fms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#afad947f51589a3a9eef2f8364ab62c19', 1, 'gmx::fms(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#abcb2c8942d173c6a9964940f90c55b2a', 1, 'gmx::fms(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gafb3861a4cc7cae530fcf5bf83955da1b', 1, 'gmx::fms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga075eeabb5171e4f74cdd74e2f97bab5c', 1, 'gmx::fms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['fn_280', ['fn', ['../structt__filenm.xhtml#a72019255079f0fc2a11bd80f4341ab60', 1, 't_filenm']]], │ │ │ │ ['fnm_5f_281', ['fnm_', ['../classgmx_1_1LegacySimulatorData.xhtml#a4647ed87898459d84908b057760d5c00', 1, 'gmx::LegacySimulatorData']]], │ │ │ │ - ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ + ['fnma_282', ['fnma', ['../group__module__simd.xhtml#gaaf4df87eca51bb2f57ffe0bcb1c9de02', 1, 'gmx::fnma(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#a55183d689ab9328c18c3b3f819bd7266', 1, 'gmx::fnma(float a, float b, float c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'] │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga6be2e3e5adbdf49e6468c8a2d638658d', 1, 'gmx::fnma(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gaaeca5c242a059145a90dc091db78ad57', 1, 'gmx::fnma(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#gae9ec59669729860c9efd1b9c70f3911b', 1, 'gmx::fnma(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#adcf7849c8ce1bbbe3e2fecffedfc05e8', 1, 'gmx::fnma(double a, double b, double c)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['fnms_283', ['fnms', ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ + ['fnms_283', ['fnms', ['../group__module__simd.xhtml#gac7afe2f2f840c1de18cb7c61917ba11c', 1, 'gmx::fnms(Simd4Double a, Simd4Double b, Simd4Double c)'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#ad9bd8328d5cbdb7f6a054b877183f277', 1, 'gmx::fnms(double a, double b, double c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gace0a9be42a2c83de88e9de207cd82e80', 1, 'gmx::fnms(Simd4Float a, Simd4Float b, Simd4Float c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga44d26f7a7b8d6088d41be0b646f71543', 1, 'gmx::fnms(SimdDouble a, SimdDouble b, SimdDouble c)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gaf8fe2e25414c377f8ed03d5c23f84963', 1, 'gmx::fnms(SimdFloat a, SimdFloat b, SimdFloat c)'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa6e6950597f4833fa93b09a94e7b0e16', 1, 'gmx::fnms(float a, float b, float c)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['fnorm_284', ['fnorm', ['../structem__state.xhtml#a43339ea26f0470b9588c0b8cc1dc105f', 1, 'em_state']]], │ │ │ │ ['fnpullx_285', ['fnPullx', ['../structUmbrellaOptions.xhtml#ad5da6a328592ff1ada6dee0fb0f6e65a', 1, 'UmbrellaOptions']]], │ │ │ │ @@ -538,132 +538,132 @@ │ │ │ │ ['for_20online_20help_20onlinehelp_291', ['Help Formatting for Online Help (onlinehelp)', ['../group__module__onlinehelp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['for_20parallelization_20over_20mpi_292', ['Spatial domain decomposition (for parallelization over MPI)', ['../group__module__domdec.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['for_20simulation_20functionality_293', ['Modules for simulation functionality', ['../group__group__mdrun.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['for_20table_20interpolation_294', ['Classes for table interpolation', ['../group__module__tables.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_295', ['Framework for trajectory analysis', ['../page_trajectoryanalysisframework.xhtml', 1, 'index']]], │ │ │ │ ['for_20trajectory_20analysis_20trajectoryanalysis_296', ['Framework for Trajectory Analysis (trajectoryanalysis)', ['../group__module__trajectoryanalysis.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['for_20writing_20trajectory_20analysis_20tools_297', ['Example code for writing trajectory analysis tools', ['../page_analysistemplate.xhtml', 1, 'page_trajectoryanalysisframework']]], │ │ │ │ - ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#ab2cd1e5146ad30158e6064f65654035f', 1, 'gmx::InterdependentTask::force'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ + ['force_298', ['force', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#add3a9163642b6d9de3fcbde97a915367', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force() const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#ad25910af0c94cb815ea449a8abc98bb6', 1, 'gmx::ForceWithVirial::force()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml#a8f445fcff4ac77e2d1a8f30549d0c9db', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces::force()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a8368ed9391852766220fbcc15f0cfa4b', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::force()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#aa5ee50c3018d666bc34a40aaada3fdda', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::force()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#ad7c5a0f7375ecac77c5a53edbf44c4cc', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a0effcf1ae82ec7bd85d78284a6015212', 1, 'gmx::ForceBuffersView::force() const'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1PotentialPointData.xhtml#a6c7b261cec1253b0b6c948f93e9c9f9e', 1, 'gmx::PotentialPointData::force'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1InterdependentTask.xhtml#ab2cd1e5146ad30158e6064f65654035f', 1, 'gmx::InterdependentTask::force'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1OutputRequirements.xhtml#af7887fe29814bb6c293caab071825e5c', 1, 'gmx::OutputRequirements::force'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['force_5f_299', ['force_', ['../classgmx_1_1ForceWithVirial.xhtml#abfd100d928a758bfa73ab4a4f799bdc0', 1, 'gmx::ForceWithVirial']]], │ │ │ │ ['force_5fenv_5ft_300', ['force_env_t', ['../namespacegmx.xhtml#a9c7c01b19ef2cbfafccf48919ed40c0e', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['forceandcorrectionenergy_301', ['forceandcorrectionenergy', ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldTabulated_01_4.xhtml#a0f088963f891c0aa832937898b85b79c', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldTabulated >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1EwaldAnalytical_01_4.xhtml#aa60db83ade23a3480f4384659c5fe5db', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::EwaldAnalytical >::forceAndCorrectionEnergy()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1CoulombCalculator_3_01KernelCoulombType_1_1RF_01_4.xhtml#a44357acf0cd6a68b00f2e983e562bfa0', 1, 'gmx::CoulombCalculator< KernelCoulombType::RF >::forceAndCorrectionEnergy()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forceav_302', ['forceAv', ['../structt__UmbrellaWindow.xhtml#a7fe31ae860a78930c63fd3f1cc5410bf', 1, 't_UmbrellaWindow']]], │ │ │ │ ['forcebuffer_303', ['forceBuffer', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a77f61130c736184b12a25f5ed580b38e', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ ['forcebufferfordirectvirialcontributions_304', ['forceBufferForDirectVirialContributions', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a083fa66a7eb616ec2f3e01532bcb868a', 1, 'ForceHelperBuffers']]], │ │ │ │ ['forcebuffers_305', ['forcebuffers', ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#ace368bdb63c723367e8de41ff03e6ef2', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(ForceBuffers &&o)=delete'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#af3eccf5e0a3d50fd46117dcf8310d43d', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(const ForceBuffers &o)=delete'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffers.xhtml#a097cb3fed169c66c986820121462b0c1', 1, 'gmx::ForceBuffers::ForceBuffers(bool useForceMtsCombined, PinningPolicy pinningPolicy)'], │ │ │ │ - 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['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a38b40421ab657108d222878f50f54f99', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(ForceBuffersView &&o)=delete'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a75e5dfcac0461da9e1ba0671b99e2e19', 1, 'gmx::ForceBuffersView::ForceBuffersView(const ForceBuffersView &o)=delete'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml', 1, 'gmx::ForceBuffersView'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forcebufferwithpadding_309', ['forceBufferWithPadding', ['../classgmx_1_1ThreadForceBuffer.xhtml#a7f7008c15c676d8f80f80e3e0d8bf170', 1, 'gmx::ThreadForceBuffer']]], │ │ │ │ - ['forcec6c12_310', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ + ['forcec6c12_310', ['forcec6c12', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a369a611a138c28c564072449a87c9f74', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a91dad0c034142604295dc9120c1700b0', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceC6C12()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01true_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#afc8e334301a5dc5758c76ca667eead87', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< true, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01false_00_01InteractionModifiers_1_1PotShift_01_4.xhtml#ad62d1898885d0433bc488d42783e0f9c', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< false, InteractionModifiers::PotShift >::forceC6C12()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forceconstant_5f_311', ['forceConstant_', ['../structgmx_1_1DensityFittingParameters.xhtml#a9b0d093a5950b44c54d24ce7f0518db4', 1, 'gmx::DensityFittingParameters']]], │ │ │ │ ['forcecorrelationgrid_312', ['forceCorrelationGrid', ['../classgmx_1_1Bias.xhtml#ac0027507979084064f22282d59336983', 1, 'gmx::Bias']]], │ │ │ │ ['forced_313', ['Forced', ['../namespacegmx.xhtml#a6b0776e8436cb38e80d66f0de7c870d8adc2eb84d1f952ad0e6b58014aabd616a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['forceelement_314', ['forceelement', ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml', 1, 'gmx::ForceElement'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceElement.xhtml#a5f70589ab35436446dd9bca932b3d7ab', 1, 'gmx::ForceElement::ForceElement()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forceelement_20tt_20and_20tt_20shellfcelement_20tt_315', ['<tt>ForceElement</tt> and <tt>ShellFCElement</tt>', ['../page_modularsimulator.xhtml#autotoc_md25', 1, '']]], │ │ │ │ ['forceelement_2ecpp_316', ['forceelement.cpp', ['../forceelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['forceelement_2eh_317', ['forceelement.h', ['../forceelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['forcegroupmtslevel_318', ['forceGroupMtsLevel', ['../namespacegmx.xhtml#ab8fbde2d7241b5d59575b7e74d55cde8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['forcegroups_319', ['forceGroups', ['../structgmx_1_1MtsLevel.xhtml#ab82f13e89321ad0837c790edab1fac90', 1, 'gmx::MtsLevel']]], │ │ │ │ - ['forcehelperbuffers_320', ['forcehelperbuffers', ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a9e1b51ce0db37268d210cbbc40c2691e', 1, 'ForceHelperBuffers::ForceHelperBuffers()'], │ │ │ │ - ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers'] │ │ │ │ + ['forcehelperbuffers_320', ['forcehelperbuffers', ['../classForceHelperBuffers.xhtml', 1, 'ForceHelperBuffers'], │ │ │ │ + ['../classForceHelperBuffers.xhtml#a9e1b51ce0db37268d210cbbc40c2691e', 1, 'ForceHelperBuffers::ForceHelperBuffers()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forcemtscombined_321', ['forcemtscombined', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a166f7af032d4e40035ffec7b665ed572', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined() const'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a6c291c3c289aecea56104b7e79325558', 1, 'gmx::ForceBuffersView::forceMtsCombined()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forcemtscombinedwithpadding_322', ['forceMtsCombinedWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a297d8a01836b387a5ab1be510aed44fa', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]], │ │ │ │ ['forceoutput_2eh_323', ['forceoutput.h', ['../forceoutput_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - 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['forceprovideroutput_328', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput'] │ │ │ │ + ['forceprovideroutput_328', ['forceprovideroutput', ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviderOutput'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviderOutput.xhtml#a462f088782c665aa46acd9a7492853df', 1, 'gmx::ForceProviderOutput::ForceProviderOutput()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['forceproviders_329', ['forceproviders', ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviders'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml#a4847a5d5f691d861a59cd61e8c3d45d8', 1, 'gmx::ForceProviders::ForceProviders()'] │ │ │ │ + ['forceproviders_329', ['forceproviders', ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml#a4847a5d5f691d861a59cd61e8c3d45d8', 1, 'gmx::ForceProviders::ForceProviders()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1ForceProviders.xhtml', 1, 'gmx::ForceProviders'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forcerec_330', ['forceRec', ['../structgmx_1_1BenchmarkSystem.xhtml#a534bb21016f5b35597ffc2470da7bdf5', 1, 'gmx::BenchmarkSystem']]], │ │ │ │ ['forcerec_5f_331', ['forceRec_', ['../classgmx_1_1LegacyInput.xhtml#ab5f30c00289b7ca566dfbd2bcb114c81', 1, 'gmx::LegacyInput']]], │ │ │ │ ['forces_332', ['forces', ['../group__module__ewald.xhtml', 1, 'Ewald-family treatments of long-ranged forces'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Selection.xhtml#a02f9b69ac0c98fe3a7c857917e220da4', 1, 'gmx::Selection::forces()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forces_5f_333', ['forces_', ['../classgmx_1_1test_1_1FrictionMetricTest.xhtml#a2eaf2cdae0eaba0fbb05e298892c01f2', 1, 'gmx::test::FrictionMetricTest']]], │ │ │ │ ['forces_5fcartesian_334', ['forces_cartesian', ['../structanonymous__namespace_02edsam_8cpp_03_1_1t__edflood.xhtml#ac71ff0ff5077145336f7286aa07f1e5e', 1, 'anonymous_namespace{edsam.cpp}::t_edflood']]], │ │ │ │ ['forcesandenergy_335', ['ForcesAndEnergy', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1aa00644de02a06dd261b599ddc63f3234', 1, 'bonded.h']]], │ │ │ │ ['forcesandvirialandenergy_336', ['ForcesAndVirialAndEnergy', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1ae8e1203cbd97d9a274adbad82b0fb438', 1, 'bonded.h']]], │ │ │ │ ['forcescomparison_337', ['forcesComparison', ['../structgmx_1_1test_1_1TrajectoryFrameMatchSettings.xhtml#ab06919813101eb02e938703e6a016919', 1, 'gmx::test::TrajectoryFrameMatchSettings']]], │ │ │ │ - ['forcesigmaepsilon_338', ['forcesigmaepsilon', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a86272df0ac3631f0b5bb5a83d7be3624', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceSigmaEpsilon()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a69e68d046877a3a0af951b89d5fa2c02', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceSigmaEpsilon()'] │ │ │ │ + ['forcesigmaepsilon_338', ['forcesigmaepsilon', ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1ForceSwitch_01_4.xhtml#a69e68d046877a3a0af951b89d5fa2c02', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::ForceSwitch >::forceSigmaEpsilon()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1LennardJonesCalculator_3_01calculateEnergies_00_01InteractionModifiers_1_1PotSwitch_01_4.xhtml#a86272df0ac3631f0b5bb5a83d7be3624', 1, 'gmx::LennardJonesCalculator< calculateEnergies, InteractionModifiers::PotSwitch >::forceSigmaEpsilon()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['forcesnosimd_339', ['ForcesNoSimd', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1a8917e450c056da6d8461932eb69740ab', 1, 'bonded.h']]], │ │ │ │ ['forcesreadynvshmemflags_340', ['forcesReadyNvshmemFlags', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#a38710950be6d527750e17ac2c4e6f4e6', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ ['forcesreadynvshmemflagscounter_341', ['forcesReadyNvshmemFlagsCounter', ['../structPmeGpuKernelParamsBase.xhtml#ab0effa252977d3ad9184360988f68f00', 1, 'PmeGpuKernelParamsBase']]], │ │ │ │ ['forcessimdwhenavailable_342', ['ForcesSimdWhenAvailable', ['../bonded_8h.xhtml#aacdbef16553b9b562a9a05e7b8c135f1a5fc0f529c3ea0688814b93b143afe101', 1, 'bonded.h']]], │ │ │ │ ['forcessize_343', ['forcesSize', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a4c72957ef5653404a6159d636ba53832', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ ['forcessizealloc_344', ['forcesSizeAlloc', ['../structPmeGpuSpecific.xhtml#a1fbba838609544ad9809fa3268e04a92', 1, 'PmeGpuSpecific']]], │ │ │ │ ['forcesvector_345', ['ForcesVector', ['../namespacegmx_1_1test.xhtml#ad784e0ed3eca143a1a3a36da930300df', 1, 'gmx::test']]], │ │ │ │ ['forcesview_346', ['forcesView', ['../classgmx_1_1StatePropagatorData.xhtml#ac56eadf0e02d86349531cac0557bd2bd', 1, 'gmx::StatePropagatorData']]], │ │ │ │ ['forcetable_2eh_347', ['forcetable.h', ['../forcetable_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['forcevirial_348', ['forceVirial', ['../classgmx_1_1EnergyData.xhtml#ae4351396f764b07956078a34f311da7c', 1, 'gmx::EnergyData']]], │ │ │ │ ['forcewithpadding_349', ['forceWithPadding', ['../classgmx_1_1ForceBuffersView.xhtml#a90ada9d30335398fb2b31e296c92487b', 1, 'gmx::ForceBuffersView']]], │ │ │ │ ['forcewithshiftforces_350', ['forcewithshiftforces', ['../classgmx_1_1ForceWithShiftForces.xhtml', 1, 'gmx::ForceWithShiftForces'], │ │ │ │ - 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['hardwaretopology_2ecpp_47', ['hardwaretopology.cpp', ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['hardwaretopology_2ecpp_47', ['hardwaretopology.cpp', ['../tests_2hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../hardwaretopology_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['hardwaretopology_2eh_48', ['hardwaretopology.h', ['../hardwaretopology_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['hasall_49', ['hasAll', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#af8a7de4259caaa6fae5eb6e4fb12fbeb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ ['hasany_50', ['hasAny', ['../structgmx_1_1SelectionTopologyProperties.xhtml#a8f3322ffdccb62ca531f8e9bf66cb4eb', 1, 'gmx::SelectionTopologyProperties']]], │ │ │ │ ['hasbox_51', ['hasBox', ['../classgmx_1_1TrajectoryFrame.xhtml#a7460a889a7f6f45edb514dca72e984c7', 1, 'gmx::TrajectoryFrame']]], │ │ │ │ ['hasbreaks_52', ['hasBreaks', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a85b888a0425d0e7ea1a678bce38350a4', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ ['hasbridges_53', ['hasBridges', ['../classgmx_1_1analysismodules_1_1anonymous__namespace_02dssp_8cpp_03_1_1SecondaryStructuresData.xhtml#a4bab808db0709f69205b569bcd4f3c6b', 1, 'gmx::analysismodules::anonymous_namespace{dssp.cpp}::SecondaryStructuresData']]], │ │ │ │ @@ -251,16 +251,16 @@ │ │ │ │ ['helpformat_2eh_185', ['helpformat.h', ['../helpformat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helplinks_186', ['helplinks', ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml', 1, 'gmx::HelpLinks'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpLinks.xhtml#a8be2854c046e14440fc5da7ebfb04767', 1, 'gmx::HelpLinks::HelpLinks()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpmanager_187', ['helpmanager', ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml', 1, 'gmx::HelpManager'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1HelpManager.xhtml#a0578951cf2928a59819c0589065c4a5c', 1, 'gmx::HelpManager::HelpManager()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['helpmanager_2ecpp_188', ['helpmanager.cpp', ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['helpmanager_2ecpp_188', ['helpmanager.cpp', ['../tests_2helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../helpmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpmanager_2eh_189', ['helpmanager.h', ['../helpmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helpmanagertest_190', ['HelpManagerTest', ['../namespacegmx_1_1test_1_1anonymous__namespace_02helpmanager_8cpp_03.xhtml#af3f158bf9b2db55ac1e2a2a60f6ee995', 1, 'gmx::test::anonymous_namespace{helpmanager.cpp}']]], │ │ │ │ ['helpmodule_5f_191', ['helpModule_', ['../classgmx_1_1CommandLineModuleManager_1_1Impl.xhtml#a8b5a1258815add1b14dca4d8ff8998c4', 1, 'gmx::CommandLineModuleManager::Impl']]], │ │ │ │ ['helpoutputformat_192', ['HelpOutputFormat', ['../namespacegmx.xhtml#adc6936f6090da8e4cf7801c8e71ee37f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['helptext_193', ['helptext', ['../classgmx_1_1AbstractSimpleHelpTopic.xhtml#ac8df9bdad0655b933a63d4fcb84c3c90', 1, 'gmx::AbstractSimpleHelpTopic::helpText()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1AbstractCompositeHelpTopic.xhtml#ab94bb5f1964de89ddb4da358aae48116', 1, 'gmx::AbstractCompositeHelpTopic::helpText()'], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_c.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -17,33 +17,33 @@ │ │ │ │ ['ibm_5fvmx_7', ['Ibm_Vmx', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac8981fb299411577dccba90b335a9085a3f9726bfb19d56f774360782846dc77f', 1, 'gmx::CpuInfo']]], │ │ │ │ ['ibm_5fvsx_8', ['ibm_vsx', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#ac8981fb299411577dccba90b335a9085ae2817429950760b6f888ba6a8446fbf5', 1, 'gmx::CpuInfo::Ibm_Vsx'], │ │ │ │ ['../namespacegmx.xhtml#aa9e7df55e017bd726d027d65551bbd0cae2817429950760b6f888ba6a8446fbf5', 1, 'gmx::Ibm_Vsx'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['iboundingboxes_9', ['iBoundingBoxes', ['../classgmx_1_1Grid.xhtml#a87f30fcfe19f2ca46dfa1b01022cfa0e', 1, 'gmx::Grid']]], │ │ │ │ ['ibuf_10', ['ibuf', ['../structgmx__domdec__specat__comm__t.xhtml#a36d1c0d8de4316bf2bff59153a1f6fd0', 1, 'gmx_domdec_specat_comm_t']]], │ │ │ │ ['icheckpointhelperclient_11', ['ICheckpointHelperClient', ['../classgmx_1_1ICheckpointHelperClient.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['iclusterdata_12', ['iclusterdata', ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork.xhtml#afea3b79a3fe05a7e5d526bc64c7ff1be', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::iClusterData'], │ │ │ │ - ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork_1_1IClusterData.xhtml', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData'] │ │ │ │ + ['iclusterdata_12', ['iclusterdata', ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork_1_1IClusterData.xhtml', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::IClusterData'], │ │ │ │ + ['../structgmx_1_1NbnxmPairlistCpuWork.xhtml#afea3b79a3fe05a7e5d526bc64c7ff1be', 1, 'gmx::NbnxmPairlistCpuWork::iClusterData'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['iclustersizeperlisttype_13', ['IClusterSizePerListType', ['../namespacegmx.xhtml#a99b3d22e099bc359f1328352a68e7539', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['icommandlinemodule_14', ['ICommandLineModule', ['../classgmx_1_1ICommandLineModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['icommandlineoptionsmodule_15', ['ICommandLineOptionsModule', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModule.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['icommandlineoptionsmodulepointer_16', ['ICommandLineOptionsModulePointer', ['../namespacegmx.xhtml#a682ce4a779fde44ee633b8648eeafe87', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['icommandlineoptionsmodulesettings_17', ['ICommandLineOptionsModuleSettings', ['../classgmx_1_1ICommandLineOptionsModuleSettings.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['id_18', ['id', ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1ProcessingUnit.xhtml#aec42b65b2d21b58f6bd27ff19205a538', 1, 'gmx::HardwareTopology::ProcessingUnit::id'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Core.xhtml#a8e9bad14d30ae3f81b8cc13b750c2176', 1, 'gmx::HardwareTopology::Core::id'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1Package.xhtml#a8a3df986a213d53070f5750b8e1738a1', 1, 'gmx::HardwareTopology::Package::id'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a842bd593d3c47d3522470a3be45a862d', 1, 'gmx::test::TestDevice::id()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1HardwareTopology_1_1NumaNode.xhtml#a1042d00c9db62e9d8f22a63403372acb', 1, 'gmx::HardwareTopology::NumaNode::id'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SelectionTreeElement.xhtml#a46dfcd0739945171790e29857f14ce0a', 1, 'gmx::SelectionTreeElement::id'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1test_1_1TestDevice.xhtml#a842bd593d3c47d3522470a3be45a862d', 1, 'gmx::test::TestDevice::id()'], │ │ │ │ ['../structDeviceInformation.xhtml#aef9ad6fdaf54d7176c07482afc323dbf', 1, 'DeviceInformation::id'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['idealweighthistupdate_19', ['idealWeighthistUpdate', ['../classgmx_1_1BiasParams.xhtml#afb2dc471a03d8f74ec34f583910abd2a', 1, 'gmx::BiasParams']]], │ │ │ │ - ['idef_20', ['idef', ['../structthread__work__t.xhtml#a5d30701a3c72c500069bc8e9e110c076', 1, 'thread_work_t::idef'], │ │ │ │ - ['../structgmx__localtop__t.xhtml#af5ed39749ac3708c36eed4209736cce2', 1, 'gmx_localtop_t::idef'] │ │ │ │ + ['idef_20', ['idef', ['../structgmx__localtop__t.xhtml#af5ed39749ac3708c36eed4209736cce2', 1, 'gmx_localtop_t::idef'], │ │ │ │ + ['../structthread__work__t.xhtml#a5d30701a3c72c500069bc8e9e110c076', 1, 'thread_work_t::idef'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['idef_2ecpp_21', ['idef.cpp', ['../tests_2idef_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['idef_2eh_22', ['idef.h', ['../idef_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['identifyavx512fmaunits_23', ['identifyAvx512FmaUnits', ['../namespacegmx.xhtml#a6edee513f8fdeaffb9094124f58ba270', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['identifyavx512fmaunits_2ecpp_24', ['identifyavx512fmaunits.cpp', ['../identifyavx512fmaunits_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['identifyavx512fmaunits_2eh_25', ['identifyavx512fmaunits.h', ['../identifyavx512fmaunits_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['identityformatter_26', ['IdentityFormatter', ['../classgmx_1_1IdentityFormatter.xhtml', 1, 'gmx']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/all_f.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -323,36 +323,36 @@ │ │ │ │ ['loadu_229', ['loadU', ['../namespacegmx.xhtml#a6109fa6f9e2a3ab52d681c1d65999049', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['loadu1dualhsimd_230', ['loadu1dualhsimd', ['../group__module__simd.xhtml#ga037b15ee8ff585453423ae4c8e061d7c', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const double *m)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#gab2f2cb5527d6f6dcdefbec1592207da5', 1, 'gmx::loadU1DualHsimd(const float *m)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['loadu4noffset_231', ['loadu4noffset', ['../group__module__simd.xhtml#gab1a44fb0caec534f45b42611ca598b3a', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const double *m, int offset)'], │ │ │ │ ['../group__module__simd.xhtml#ga5d2166ee15a19367373fdbe5ca180dc4', 1, 'gmx::loadU4NOffset(const float *m, int offset)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'], │ │ │ │ - ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'] │ │ │ │ + ['loadunduplicate4_232', ['loadunduplicate4', ['../group__module__simd.xhtml#ga48240220eea9e0812731ec802ffec596', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const double *m)'], │ │ │ │ + ['../group__module__simd.xhtml#ga2c940b444e69a8b8ace1f4edb676712b', 1, 'gmx::loadUNDuplicate4(const float *m)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['local_233', ['local', ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'] │ │ │ │ + ['local_233', ['local', ['../namespacegmx.xhtml#a8593d10460a38e0d418692d63f962521a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a84de1dccdfb142b80c42b0b19f8c6548a509820290d57f333403f490dde7316f4', 1, 'gmx::Local'], │ │ │ │ + ['../structAtomIndexSet.xhtml#afff60fdcd71337e0d1741f135dd914d9', 1, 'AtomIndexSet::local'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomordermatchesnbnxmorder_234', ['localatomordermatchesnbnxmorder', ['../classgmx_1_1GridSet.xhtml#a9836c0e4b9182d580e946598f18f3c7f', 1, 'gmx::GridSet::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'], │ │ │ │ ['../structgmx_1_1nonbonded__verlet__t.xhtml#a83d8dac6f717c789f5810ef21cb0c176', 1, 'gmx::nonbonded_verlet_t::localAtomOrderMatchesNbnxmOrder()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomset_235', ['localatomset', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSet'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1anonymous__namespace_02densityfitting_8cpp_03_1_1DensityFittingSimulationParameterSetup.xhtml#a188c5386f2eb694db6cedf88359fa41d', 1, 'gmx::anonymous_namespace{densityfitting.cpp}::DensityFittingSimulationParameterSetup::localAtomSet()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomset_2ecpp_236', ['localatomset.cpp', ['../localatomset_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomset_2eh_237', ['localatomset.h', ['../localatomset_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetdata_2ecpp_238', ['localatomsetdata.cpp', ['../localatomsetdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetdata_2eh_239', ['localatomsetdata.h', ['../localatomsetdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localatomsetmanager_240', ['localatomsetmanager', ['../classgmx_1_1LocalAtomSetManager.xhtml', 1, 'gmx::LocalAtomSetManager'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1ColvarsSimulationsParameters.xhtml#a34afd04735705f6200b8ae831dd1d458', 1, 'gmx::ColvarsSimulationsParameters::localAtomSetManager()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['localatomsetmanager_2ecpp_241', ['localatomsetmanager.cpp', ['../tests_2localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../localatomsetmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['localatomsetmanager_2eh_242', ['localatomsetmanager.h', ['../localatomsetmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['localcomplexgridsize_243', ['localComplexGridSize', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#aa89412c89b24d489e7b1e2a7429372ee', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ ['localcomplexgridsizepadded_244', ['localComplexGridSizePadded', ['../structPmeGpuGridParams.xhtml#a94db264056f3f813dd3c2400f2a01583', 1, 'PmeGpuGridParams']]], │ │ │ │ ['localforceptr_245', ['localForcePtr', ['../structgmx_1_1PpForceCommManager.xhtml#a694fd2c44f7e429a3115a9269a64d5f7', 1, 'gmx::PpForceCommManager']]], │ │ │ │ ['localindex_246', ['localIndex', ['../classgmx_1_1LocalAtomSet.xhtml#a1a9f534d6e92a54e0e818d058d81f68d', 1, 'gmx::LocalAtomSet']]], │ │ │ │ ['locality_2eh_247', ['locality.h', ['../locality_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_0.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -5,35 +5,35 @@ │ │ │ │ ['abstractoption_2eh_3', ['abstractoption.h', ['../abstractoption_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2ecpp_4', ['abstractoptionstorage.cpp', ['../abstractoptionstorage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['abstractoptionstorage_2eh_5', ['abstractoptionstorage.h', ['../abstractoptionstorage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['abstractsection_2ecpp_6', ['abstractsection.cpp', ['../abstractsection_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['abstractsection_2eh_7', ['abstractsection.h', ['../abstractsection_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2ecpp_8', ['accessor_policy.cpp', ['../accessor__policy_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['accessor_5fpolicy_2eh_9', ['accessor_policy.h', ['../accessor__policy_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['alignedallocator_2ecpp_10', ['alignedallocator.cpp', ['../alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2alignedallocator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['alignedallocator_2eh_11', ['alignedallocator.h', ['../alignedallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['alignedallocator_5fimpl_2eh_12', ['alignedallocator_impl.h', ['../alignedallocator__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['allocator_2eh_13', ['allocator.h', ['../allocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['analysisdata_2ecpp_14', ['analysisdata.cpp', ['../tests_2analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../analysisdata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['analysisdata_2eh_15', ['analysisdata.h', ['../analysisdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['analysismodule_2ecpp_16', ['analysismodule.cpp', ['../analysismodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['analysismodule_2eh_17', ['analysismodule.h', ['../api_2legacy_2include_2gromacs_2trajectoryanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../src_2gromacs_2energyanalysis_2analysismodule_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['analysissettings_2ecpp_18', ['analysissettings.cpp', ['../analysissettings_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['analysissettings_2eh_19', ['analysissettings.h', ['../analysissettings_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['analysissettings_5fimpl_2eh_20', ['analysissettings_impl.h', ['../analysissettings__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2ecpp_21', ['andersentemperaturecoupling.cpp', ['../andersentemperaturecoupling_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['andersentemperaturecoupling_2eh_22', ['andersentemperaturecoupling.h', ['../andersentemperaturecoupling_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['angle_2ecpp_23', ['angle.cpp', ['../tests_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2angle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['angle_2eh_24', ['angle.h', ['../angle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['any_2ecpp_25', ['any.cpp', ['../any_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['any_2eh_26', ['any.h', ['../any_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['architecture_2eh_27', ['architecture.h', ['../architecture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['arraydata_2ecpp_28', ['arraydata.cpp', ['../tests_2arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../arraydata_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_1.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -26,20 +26,20 @@ │ │ │ │ ['biasstate_2eh_24', ['biasstate.h', ['../biasstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['biaswriter_2eh_25', ['biaswriter.h', ['../biaswriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2ecpp_26', ['binaryinformation.cpp', ['../binaryinformation_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['binaryinformation_2eh_27', ['binaryinformation.h', ['../binaryinformation_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bitmask_2eh_28', ['bitmask.h', ['../include_2gromacs_2utility_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2bitmask_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['bonded_2ecpp_29', ['bonded.cpp', ['../tests_2bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../bonded_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['bonded_2eh_30', ['bonded.h', ['../bonded_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['booltype_2ecpp_31', ['booltype.cpp', ['../booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2booltype_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['booltype_2eh_32', ['booltype.h', ['../booltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['bootstrap_5floadstore_2ecpp_33', ['bootstrap_loadstore.cpp', ['../bootstrap__loadstore_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['boundingbox_2eh_34', ['boundingbox.h', ['../boundingbox_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['boundingbox_5fsimd_2eh_35', ['boundingbox_simd.h', ['../boundingbox__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['boundingboxdistance_2eh_36', ['boundingboxdistance.h', ['../boundingboxdistance_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['box_2ecpp_37', ['box.cpp', ['../box_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_10.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -29,16 +29,16 @@ │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2replicaexchange_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['replicaexchange_2eh_23', ['replicaexchange.h', ['../replicaexchange_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['replicaexchange_5fequivalence_2ecpp_24', ['replicaexchange_equivalence.cpp', ['../replicaexchange__equivalence_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['report_5fmethods_2ecpp_25', ['report_methods.cpp', ['../tests_2report__methods_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['reportgpuusage_2ecpp_26', ['reportgpuusage.cpp', ['../reportgpuusage_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['reportgpuusage_2eh_27', ['reportgpuusage.h', ['../reportgpuusage_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['requirements_2ecpp_28', ['requirements.cpp', ['../tests_2requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../requirements_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['requirements_2eh_29', ['requirements.h', ['../tests_2requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../requirements_8h.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['rerun_2ecpp_30', ['rerun.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../gromacs_2mdrun_2rerun_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_11.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -71,16 +71,16 @@ │ │ │ │ ['../outputadapters_2setstarttime_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['setstarttime_2eh_57', ['setstarttime.h', ['../setstarttime_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settimestep_2ecpp_58', ['settimestep.cpp', ['../tests_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../outputadapters_2settimestep_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settimestep_2eh_59', ['settimestep.h', ['../settimestep_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['settle_2ecpp_60', ['settle.cpp', ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['settle_2ecpp_60', ['settle.cpp', ['../settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2settle_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['settle_2eh_61', ['settle.h', ['../settle_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2ecpp_62', ['settle_gpu.cpp', ['../settle__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_2eh_63', ['settle_gpu.h', ['../settle__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_2eh_64', ['settle_gpu_internal.h', ['../settle__gpu__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settle_5fgpu_5finternal_5fsycl_2ecpp_65', ['settle_gpu_internal_sycl.cpp', ['../settle__gpu__internal__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['settletestdata_2ecpp_66', ['settletestdata.cpp', ['../settletestdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -175,14 +175,14 @@ │ │ │ │ ['../programs_2mdrun_2tests_2swapcoords_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['swapcoords_2eh_147', ['swapcoords.h', ['../swapcoords_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['sycl_5fkernel_5futils_2eh_148', ['sycl_kernel_utils.h', ['../sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['syclutils_2eh_149', ['syclutils.h', ['../syclutils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['symrec_2ecpp_150', ['symrec.cpp', ['../symrec_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['symrec_2eh_151', ['symrec.h', ['../symrec_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['symtab_2ecpp_152', ['symtab.cpp', ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['symtab_2ecpp_152', ['symtab.cpp', ['../tests_2symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../symtab_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['symtab_2eh_153', ['symtab.h', ['../symtab_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['sysinfo_2ecpp_154', ['sysinfo.cpp', ['../sysinfo_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['sysinfo_2eh_155', ['sysinfo.h', ['../sysinfo_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ ]; │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_12.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -38,27 +38,27 @@ │ │ │ │ ['textblockmatchers_2ecpp_36', ['textblockmatchers.cpp', ['../textblockmatchers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['textblockmatchers_2eh_37', ['textblockmatchers.h', ['../textblockmatchers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['textreader_2ecpp_38', ['textreader.cpp', ['../tests_2textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../textreader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['textreader_2eh_39', ['textreader.h', ['../textreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['textstream_2eh_40', ['textstream.h', ['../textstream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['textwriter_2ecpp_41', ['textwriter.cpp', ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['textwriter_2ecpp_41', ['textwriter.cpp', ['../textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2textwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['textwriter_2eh_42', ['textwriter.h', ['../textwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['thermochemistry_2eh_43', ['thermochemistry.h', ['../thermochemistry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['threadaffinity_2eh_44', ['threadaffinity.h', ['../threadaffinity_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2ecpp_45', ['threaded_force_buffer.cpp', ['../threaded__force__buffer_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['threaded_5fforce_5fbuffer_2eh_46', ['threaded_force_buffer.h', ['../threaded__force__buffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['threefry_2ecpp_47', ['threefry.cpp', ['../threefry_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['threefry_2eh_48', ['threefry.h', ['../threefry_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['timecontrol_2ecpp_49', ['timecontrol.cpp', ['../tests_2timecontrol_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['timeunitmanager_2ecpp_50', ['timeunitmanager.cpp', ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['timeunitmanager_2ecpp_50', ['timeunitmanager.cpp', ['../tests_2timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../timeunitmanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['timeunitmanager_2eh_51', ['timeunitmanager.h', ['../timeunitmanager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['timing_2ecpp_52', ['timing.cpp', ['../timing_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['tngio_2ecpp_53', ['tngio.cpp', ['../tests_2tngio_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['topdirs_2ecpp_54', ['topdirs.cpp', ['../tests_2topdirs_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['topologyhelpers_2ecpp_55', ['topologyhelpers.cpp', ['../topologyhelpers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['topologyhelpers_2eh_56', ['topologyhelpers.h', ['../topologyhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -85,16 +85,16 @@ │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2ecpp_73', ['trajectorycomparison.cpp', ['../trajectorycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trajectorycomparison_2eh_74', ['trajectorycomparison.h', ['../trajectorycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trajectoryelement_2ecpp_75', ['trajectoryelement.cpp', ['../trajectoryelement_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trajectoryelement_2eh_76', ['trajectoryelement.h', ['../trajectoryelement_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trajectoryreader_2ecpp_77', ['trajectoryreader.cpp', ['../trajectoryreader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trajectoryreader_2eh_78', ['trajectoryreader.h', ['../trajectoryreader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['transformationcoordinate_2eh_79', ['transformationcoordinate.h', ['../transformationcoordinate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['treesupport_2ecpp_80', ['treesupport.cpp', ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['treesupport_2ecpp_80', ['treesupport.cpp', ['../tests_2treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../treesupport_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['treesupport_2eh_81', ['treesupport.h', ['../treesupport_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trjconv_2ecpp_82', ['trjconv.cpp', ['../tests_2trjconv_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['trotterhelperfunctions_2eh_83', ['trotterhelperfunctions.h', ['../trotterhelperfunctions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['txtdump_2eh_84', ['txtdump.h', ['../txtdump_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['typecasts_2ecpp_85', ['typecasts.cpp', ['../typecasts_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['typecasts_5fcuda_5fhip_2eh_86', ['typecasts_cuda_hip.h', ['../typecasts__cuda__hip_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_2.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -10,28 +10,28 @@ │ │ │ │ ['checkpointdata_2ecpp_6', ['checkpointdata.cpp', ['../checkpointdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointdata_2eh_7', ['checkpointdata.h', ['../checkpointdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhandler_2ecpp_8', ['checkpointhandler.cpp', ['../checkpointhandler_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhandler_2eh_9', ['checkpointhandler.h', ['../checkpointhandler_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhelper_2ecpp_10', ['checkpointhelper.cpp', ['../checkpointhelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['checkpointhelper_2eh_11', ['checkpointhelper.h', ['../checkpointhelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['classhelpers_2eh_12', ['classhelpers.h', ['../classhelpers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['clfftinitializer_2ecpp_13', ['clfftinitializer.cpp', ['../clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2clfftinitializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['clfftinitializer_2eh_14', ['clfftinitializer.h', ['../clfftinitializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clusterdistancekerneltype_2eh_15', ['clusterdistancekerneltype.h', ['../clusterdistancekerneltype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['clustsize_2ecpp_16', ['clustsize.cpp', ['../clustsize_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2ecpp_17', ['cmdlinehelpcontext.cpp', ['../cmdlinehelpcontext_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpcontext_2eh_18', ['cmdlinehelpcontext.h', ['../cmdlinehelpcontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2ecpp_19', ['cmdlinehelpmodule.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../cmdlinehelpmodule_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpmodule_2eh_20', ['cmdlinehelpmodule.h', ['../cmdlinehelpmodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['cmdlinehelpwriter_2ecpp_21', ['cmdlinehelpwriter.cpp', ['../cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2cmdlinehelpwriter_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['cmdlinehelpwriter_2eh_22', ['cmdlinehelpwriter.h', ['../cmdlinehelpwriter_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2ecpp_23', ['cmdlineinit.cpp', ['../cmdlineinit_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlineinit_2eh_24', ['cmdlineinit.h', ['../cmdlineinit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2ecpp_25', ['cmdlinemodule.cpp', ['../cmdlinemodule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodule_2eh_26', ['cmdlinemodule.h', ['../cmdlinemodule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['cmdlinemodulemanager_2ecpp_27', ['cmdlinemodulemanager.cpp', ['../cmdlinemodulemanager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ @@ -65,20 +65,20 @@ │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2ecpp_47', ['colvarsforceprovider.cpp', ['../tests_2colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../colvarsforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsforceprovider_2eh_48', ['colvarsforceprovider.h', ['../colvarsforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2ecpp_49', ['colvarsMDModule.cpp', ['../colvarsMDModule_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_2eh_50', ['colvarsMDModule.h', ['../colvarsMDModule_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarsmdmodule_5fstub_2ecpp_51', ['colvarsMDModule_stub.cpp', ['../colvarsMDModule__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['colvarsoptions_2ecpp_52', ['colvarsoptions.cpp', ['../colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2colvarsoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarsoptions_2eh_53', ['colvarsoptions.h', ['../colvarsoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['colvarspreprocessor_2ecpp_54', ['colvarspreprocessor.cpp', ['../tests_2colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../colvarspreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['colvarspreprocessor_2eh_55', ['colvarspreprocessor.h', ['../colvarspreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2ecpp_56', ['colvarssimulationsparameters.cpp', ['../colvarssimulationsparameters_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['colvarssimulationsparameters_2eh_57', ['colvarssimulationsparameters.h', ['../colvarssimulationsparameters_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['com_2ecpp_58', ['com.cpp', ['../com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2com_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ @@ -109,16 +109,16 @@ │ │ │ │ ['constrtestdata_2eh_81', ['constrtestdata.h', ['../constrtestdata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['constrtestrunners_2ecpp_82', ['constrtestrunners.cpp', ['../constrtestrunners_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['constrtestrunners_2eh_83', ['constrtestrunners.h', ['../constrtestrunners_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['constrtestrunners_5fgpu_2ecpp_84', ['constrtestrunners_gpu.cpp', ['../constrtestrunners__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dfixture_2eh_85', ['convert-tpr-fixture.h', ['../convert-tpr-fixture_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2dwith_2dleaks_2ecpp_86', ['convert-tpr-with-leaks.cpp', ['../convert-tpr-with-leaks_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['convert_2dtpr_2ecpp_87', ['convert-tpr.cpp', ['../convert-tpr_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['convert_5ftrj_2ecpp_88', ['convert_trj.cpp', ['../tests_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2convert__trj_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['convert_5ftrj_2eh_89', ['convert_trj.h', ['../convert__trj_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['convparm_2ecpp_90', ['convparm.cpp', ['../tests_2convparm_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coolstuff_2ecpp_91', ['coolstuff.cpp', ['../coolstuff_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coolstuff_2eh_92', ['coolstuff.h', ['../coolstuff_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinate_5ftest_2eh_93', ['coordinate_test.h', ['../coordinate__test_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['coordinatefile_2ecpp_94', ['coordinatefile.cpp', ['../coordinatefile_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_3.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -20,19 +20,19 @@ │ │ │ │ ['decidesimulationworkload_2eh_18', ['decidesimulationworkload.h', ['../decidesimulationworkload_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2ecpp_19', ['defaultinitializationallocator.cpp', ['../defaultinitializationallocator_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['defaultinitializationallocator_2eh_20', ['defaultinitializationallocator.h', ['../defaultinitializationallocator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfit_2ecpp_21', ['densityfit.cpp', ['../densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2densityfit_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfit_2eh_22', ['densityfit.h', ['../densityfit_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['densityfitting_2ecpp_23', ['densityfitting.cpp', ['../tests_2densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../densityfitting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['densityfittingamplitudelookup_2ecpp_24', ['densityfittingamplitudelookup.cpp', ['../tests_2densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../densityfittingamplitudelookup_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingamplitudelookup_2eh_25', ['densityfittingamplitudelookup.h', ['../densityfittingamplitudelookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2ecpp_26', ['densityfittingforce.cpp', ['../densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2densityfittingforce_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['densityfittingforce_2eh_27', ['densityfittingforce.h', ['../densityfittingforce_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['densityfittingforceprovider_2ecpp_28', ['densityfittingforceprovider.cpp', ['../tests_2densityfittingforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ @@ -54,31 +54,31 @@ │ │ │ │ ['device_5fcontext_5focl_2ecpp_40', ['device_context_ocl.cpp', ['../device__context__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fcontext_5fsycl_2ecpp_41', ['device_context_sycl.cpp', ['../device__context__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fevent_2eh_42', ['device_event.h', ['../device__event_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fevent_5fhip_2eh_43', ['device_event_hip.h', ['../device__event__hip_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fevent_5focl_2eh_44', ['device_event_ocl.h', ['../device__event__ocl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fevent_5fsycl_2eh_45', ['device_event_sycl.h', ['../device__event__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5finformation_2eh_46', ['device_information.h', ['../device__information_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['device_5fmanagement_2ecpp_47', ['device_management.cpp', ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['device_5fmanagement_2ecpp_47', ['device_management.cpp', ['../device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2device__management_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_2eh_48', ['device_management.h', ['../device__management_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fcommon_2ecpp_49', ['device_management_common.cpp', ['../device__management__common_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fhip_2ecpp_50', ['device_management_hip.cpp', ['../device__management__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5focl_2ecpp_51', ['device_management_ocl.cpp', ['../device__management__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fshared_5famd_2ecpp_52', ['device_management_shared_amd.cpp', ['../device__management__shared__amd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fshared_5famd_2eh_53', ['device_management_shared_amd.h', ['../device__management__shared__amd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_2ecpp_54', ['device_management_sycl.cpp', ['../device__management__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2ecpp_55', ['device_management_sycl_intel_device_ids.cpp', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fmanagement_5fsycl_5fintel_5fdevice_5fids_2eh_56', ['device_management_sycl_intel_device_ids.h', ['../device__management__sycl__intel__device__ids_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_2ecpp_57', ['device_stream.cpp', ['../device__stream_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_2eh_58', ['device_stream.h', ['../device__stream_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fhip_2ecpp_59', ['device_stream_hip.cpp', ['../device__stream__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_60', ['device_stream_manager.cpp', ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['device_5fstream_5fmanager_2ecpp_60', ['device_stream_manager.cpp', ['../tests_2device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../device__stream__manager_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fmanager_2eh_61', ['device_stream_manager.h', ['../device__stream__manager_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5focl_2ecpp_62', ['device_stream_ocl.cpp', ['../device__stream__ocl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['device_5fstream_5fsycl_2ecpp_63', ['device_stream_sycl.cpp', ['../device__stream__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_2eh_64', ['devicebuffer.h', ['../devicebuffer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fdatatype_2eh_65', ['devicebuffer_datatype.h', ['../devicebuffer__datatype_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['devicebuffer_5fhip_2eh_66', ['devicebuffer_hip.h', ['../devicebuffer__hip_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -123,17 +123,17 @@ │ │ │ │ ['domdec_5fstruct_2eh_103', ['domdec_struct.h', ['../domdec__struct_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2ecpp_104', ['domdec_vsite.cpp', ['../domdec__vsite_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fvsite_2eh_105', ['domdec_vsite.h', ['../domdec__vsite_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fzones_2ecpp_106', ['domdec_zones.cpp', ['../domdec__zones_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdec_5fzones_2eh_107', ['domdec_zones.h', ['../domdec__zones_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdechelper_2ecpp_108', ['domdechelper.cpp', ['../domdechelper_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['domdechelper_2eh_109', ['domdechelper.h', ['../domdechelper_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['dssp_2ecpp_110', ['dssp.cpp', ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['dssp_2ecpp_110', ['dssp.cpp', ['../tests_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../modules_2dssp_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dssp_2eh_111', ['dssp.h', ['../dssp_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['dump_2ecpp_112', ['dump.cpp', ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['dump_2ecpp_112', ['dump.cpp', ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tools_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tools_2tests_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['../domdec_2dump_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['dump_2eh_113', ['dump.h', ['../domdec_2dump_8h.xhtml', 1, '']]] │ │ │ │ ]; │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_4.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -7,16 +7,16 @@ │ │ │ │ ['electricfield_2eh_3', ['electricfield.h', ['../electricfield_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['enerdata_2ecpp_4', ['enerdata.cpp', ['../enerdata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energyanalysisframe_2eh_5', ['energyanalysisframe.h', ['../energyanalysisframe_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2ecpp_6', ['energycomparison.cpp', ['../energycomparison_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energycomparison_2eh_7', ['energycomparison.h', ['../energycomparison_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2ecpp_8', ['energydata.cpp', ['../energydata_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['energydata_2eh_9', ['energydata.h', ['../energydata_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - 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['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['helpwritercontext_2ecpp_20', ['helpwritercontext.cpp', ['../tests_2helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../helpwritercontext_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['helpwritercontext_2eh_21', ['helpwritercontext.h', ['../helpwritercontext_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['helpwriting_2ecpp_22', ['helpwriting.cpp', ['../programs_2mdrun_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../gromacs_2tools_2tests_2helpwriting_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['hip_5fkernel_5futils_2eh_23', ['hip_kernel_utils.h', ['../hip__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['hip_5fsycl_5fkernel_5futils_2eh_24', ['hip_sycl_kernel_utils.h', ['../hip__sycl__kernel__utils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_b.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -77,16 +77,16 @@ │ │ │ │ ['../mrcdensitymapheader_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['mrcdensitymapheader_2eh_57', ['mrcdensitymapheader.h', ['../mrcdensitymapheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mrcserializer_2ecpp_58', ['mrcserializer.cpp', ['../mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2mrcserializer_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['mrcserializer_2eh_59', ['mrcserializer.h', ['../mrcserializer_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['msd_2ecpp_60', ['msd.cpp', ['../modules_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2msd_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['msd_2eh_61', ['msd.h', ['../msd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mshift_2ecpp_62', ['mshift.cpp', ['../tests_2mshift_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mtop_2ecpp_63', ['mtop.cpp', ['../mtop_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mtop_5fatomloops_2eh_64', ['mtop_atomloops.h', ['../mtop__atomloops_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mtop_5flookup_2eh_65', ['mtop_lookup.h', ['../mtop__lookup_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['mttk_2ecpp_66', ['mttk.cpp', ['../mttk_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_c.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -59,26 +59,26 @@ │ │ │ │ ['nbsearch_2eh_55', ['nbsearch.h', ['../nbsearch_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['neldermead_2ecpp_56', ['neldermead.cpp', ['../neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2neldermead_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['neldermead_2eh_57', ['neldermead.h', ['../neldermead_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['niceheader_2ecpp_58', ['niceheader.cpp', ['../niceheader_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['niceheader_2eh_59', ['niceheader.h', ['../niceheader_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpot_2ecpp_60', ['nnpot.cpp', ['../nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpot_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpot_2eh_61', ['nnpot.h', ['../nnpot_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpotforceprovider_2ecpp_62', ['nnpotforceprovider.cpp', ['../nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpotforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_2eh_63', ['nnpotforceprovider.h', ['../nnpotforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotforceprovider_5fstub_2ecpp_64', ['nnpotforceprovider_stub.cpp', ['../nnpotforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpotmodel_2eh_65', ['nnpotmodel.h', ['../nnpotmodel_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['nnpotoptions_2ecpp_66', ['nnpotoptions.cpp', ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['nnpotoptions_2ecpp_66', ['nnpotoptions.cpp', ['../nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2nnpotoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpotoptions_2eh_67', ['nnpotoptions.h', ['../nnpotoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2ecpp_68', ['nnpottopologypreprocessor.cpp', ['../tests_2nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../nnpottopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['nnpottopologypreprocessor_2eh_69', ['nnpottopologypreprocessor.h', ['../nnpottopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['nodelete_2eh_70', ['nodelete.h', ['../nodelete_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_e.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -31,27 +31,27 @@ │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2ecpp_25', ['parrinellorahmanbarostat.cpp', ['../parrinellorahmanbarostat_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parrinellorahmanbarostat_2eh_26', ['parrinellorahmanbarostat.h', ['../parrinellorahmanbarostat_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parser_5finternal_2eh_27', ['parser_internal.h', ['../parser__internal_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parsetree_2ecpp_28', ['parsetree.cpp', ['../parsetree_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['parsetree_2eh_29', ['parsetree.h', ['../parsetree_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['partition_2ecpp_30', ['partition.cpp', ['../partition_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['partition_2eh_31', ['partition.h', ['../partition_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['path_2ecpp_32', ['path.cpp', ['../tests_2path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../path_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['path_2eh_33', ['path.h', ['../path_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pbc_2ecpp_34', ['pbc.cpp', ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pbc_2ecpp_34', ['pbc.cpp', ['../tests_2pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../pbc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_2eh_35', ['pbc_aiuc.h', ['../pbc__aiuc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pbc_5faiuc_5fsycl_2eh_36', ['pbc_aiuc_sycl.h', ['../pbc__aiuc__sycl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2ecpp_37', ['pbc_simd.cpp', ['../pbc__simd_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pbc_5fsimd_2eh_38', ['pbc_simd.h', ['../pbc__simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pbcenums_2ecpp_39', ['pbcenums.cpp', ['../pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2pbcenums_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pbcenums_2eh_40', ['pbcenums.h', ['../pbcenums_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pdb2gmx_2ecpp_41', ['pdb2gmx.cpp', ['../tests_2pdb2gmx_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['periodicactions_2ecpp_42', ['periodicactions.cpp', ['../periodicactions_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['periodicactions_2eh_43', ['periodicactions.h', ['../periodicactions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['periodicactions_5fbasic_2ecpp_44', ['periodicactions_basic.cpp', ['../periodicactions__basic_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['periodicactions_5fconstraints_2ecpp_45', ['periodicactions_constraints.cpp', ['../periodicactions__constraints_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -74,16 +74,16 @@ │ │ │ │ ['plumedoptions_2eh_60', ['plumedOptions.h', ['../plumedOptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['plumedtestutils_2ecpp_61', ['plumedTestUtils.cpp', ['../plumedTestUtils_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['plumedtestutils_2eh_62', ['plumedTestUtils.h', ['../plumedTestUtils_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_2ecpp_63', ['pmalloc.cpp', ['../pmalloc_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_2eh_64', ['pmalloc.h', ['../pmalloc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_5fhip_2ecpp_65', ['pmalloc_hip.cpp', ['../pmalloc__hip_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pmalloc_5fsycl_2ecpp_66', ['pmalloc_sycl.cpp', ['../pmalloc__sycl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['pme_2ecpp_67', ['pme.cpp', ['../pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2pme_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['pme_2eh_68', ['pme.h', ['../pme_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_2eh_69', ['pme_coordinate_receiver_gpu.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2ecpp_70', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_2eh_71', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl.h', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fcoordinate_5freceiver_5fgpu_5fimpl_5fgpu_2ecpp_72', ['pme_coordinate_receiver_gpu_impl_gpu.cpp', ['../pme__coordinate__receiver__gpu__impl__gpu_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pme_5fforce_5fsender_5fgpu_2eh_73', ['pme_force_sender_gpu.h', ['../pme__force__sender__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ @@ -147,16 +147,16 @@ │ │ │ │ ['pmetestcommon_2eh_131', ['pmetestcommon.h', ['../pmetestcommon_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointers_2ecpp_132', ['pointers.cpp', ['../pointers_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointers_2eh_133', ['pointers.h', ['../pointers_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointstate_2ecpp_134', ['pointstate.cpp', ['../pointstate_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['pointstate_2eh_135', ['pointstate.h', ['../pointstate_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['polynomials_2ecpp_136', ['polynomials.cpp', ['../polynomials_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['polynomials_2eh_137', ['polynomials.h', ['../polynomials_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['poscalc_2ecpp_138', ['poscalc.cpp', ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['poscalc_2ecpp_138', ['poscalc.cpp', ['../poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2poscalc_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['poscalc_2eh_139', ['poscalc.h', ['../poscalc_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['position_2ecpp_140', ['position.cpp', ['../position_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['position_2eh_141', ['position.h', ['../position_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['position_5frestraints_2ecpp_142', ['position_restraints.cpp', ['../position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2position__restraints_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/search/files_f.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -1,23 +1,23 @@ │ │ │ │ var searchData = [ │ │ │ │ - ['qmmm_2ecpp_0', ['qmmm.cpp', ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['qmmm_2ecpp_0', ['qmmm.cpp', ['../tests_2qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../qmmm_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmm_2eh_1', ['qmmm.h', ['../qmmm_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2ecpp_2', ['qmmmforceprovider.cpp', ['../qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2qmmmforceprovider_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_2eh_3', ['qmmmforceprovider.h', ['../qmmmforceprovider_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmmforceprovider_5fstub_2ecpp_4', ['qmmmforceprovider_stub.cpp', ['../qmmmforceprovider__stub_8cpp.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2ecpp_5', ['qmmminputgenerator.cpp', ['../qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2qmmminputgenerator_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmminputgenerator_2eh_6', ['qmmminputgenerator.h', ['../qmmminputgenerator_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ - ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ + ['qmmmoptions_2ecpp_7', ['qmmmoptions.cpp', ['../qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ + ['../tests_2qmmmoptions_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmmoptions_2eh_8', ['qmmmoptions.h', ['../qmmmoptions_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2ecpp_9', ['qmmmtopologypreprocessor.cpp', ['../qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'], │ │ │ │ ['../tests_2qmmmtopologypreprocessor_8cpp.xhtml', 1, '(Global Namespace)'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['qmmmtopologypreprocessor_2eh_10', ['qmmmtopologypreprocessor.h', ['../qmmmtopologypreprocessor_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['qmmmtypes_2eh_11', ['qmmmtypes.h', ['../qmmmtypes_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-full/todo.xhtml │ │ │ @@ -156,17 +156,17 @@ │ │ │
One of the major bottlenecks for selection performance is that all the evaluation is carried out for atoms. There are several cases when the evaluation could be done for residues or molecules instead, including keywords that select by residue and cases where residue centers are used as reference positions. Implementing this would require a mechanism for recognizing whether something can be evaluated by residue/molecule instead by atom, and converting selections by residue/molecule into selections by atom when necessary.
│ │ │
File exactcontinuation.cpp
│ │ │
Extend the coverage to the appending case.
│ │ │
File expanded.cpp
│ │ │
Add more tests as the expanded ensemble implementation gets more modular (#3848).
│ │ │
File expandedensemble.cpp
│ │ │
Extend the coverage to the appending case.
│ │ │ -
Member findDevices ()
│ │ │ +
Member findDevices ()
│ │ │
: Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them.
│ │ │ -
Member fit_acf (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │ +
Member fit_acf (int ncorr, int fitfn, const gmx_output_env_t *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit)
│ │ │
check parameters
│ │ │
Member ftype_is_bonded_potential (int ftype)
│ │ │
This function could go away when idef is not a big bucket of everything.
│ │ │
Member ftypeIsListedPotential (int ftype)
│ │ │
This function could go away when idef is not a big bucket of everything.
│ │ │
Member getDeviceComputeUnitFactor (const DeviceInformation &deviceInfo)
│ │ │
: Handled AMD RDNA?
│ │ │ @@ -477,15 +477,15 @@ │ │ │

Eventually t_trxframe should be replaced by a class such as this. Currently we need to introduce BoxMatrix so that we can have a normal C++ getter that returns the contents of a box matrix, since you cannot use a real[DIM][DIM] as a function return type.

│ │ │

Consider a std::optional work-alike type for expressing that a field may or may not have content.

│ │ │
│ │ │
Struct gmx_hw_opt_t
│ │ │
During mdrunner(), if the user has left any of these values at their defaults (which tends to mean "choose automatically"), then those values are over-written with the result of such automation. This creates problems for the subsequent code in knowing what was done, why, and reporting correctly to the user. Find a way to improve this.
│ │ │
Struct gmx_multisim_t
│ │ │
Change this to class
│ │ │ -
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │ +
Member gmx_pme_init (const t_commrec *cr, const NumPmeDomains &numPmeDomains, const t_inputrec *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, PmeGpu *pmeGpu, const DeviceContext *deviceContext, const DeviceStream *deviceStream, const PmeGpuProgram *pmeGpuProgram, const gmx::MDLogger &mdlog, std::shared_ptr< PmeGridsStorage > pmeGridsStoragePtr)
│ │ │
We should evolve something like a GpuManager that holds DeviceInformation* and PmeGpuProgram* and perhaps other related things whose lifetime can/should exceed that of a task (or perhaps task manager). See Issue #2522.
│ │ │
Member GMX_UNUSED_VALUE (value)
│ │ │
Deprecated - use gmx_unused
│ │ │
File grompp.cpp
│ │ │
Refactor SimulationRunner to split off SimulationPreparer, so that integration tests of grompp can stand apart from tests of mdrun.
│ │ │
File haloexchange_mpi.cpp
│ │ │
Add 3D case
│ │ │ @@ -565,15 +565,15 @@ │ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks
│ │ │
File pme_gpu_staging.h
│ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │
Member pme_gpu_task_enabled (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │
This is a rather static data that should be managed by the hardware assignment manager. For now, it is synonymous with the active PME codepath (in the absence of dynamic switching).
│ │ │
File pme_gpu_types_host.h
│ │ │
Some renaming/refactoring, which does not impair the performance: – bringing the function names up to guidelines – PmeGpuSettings -> PmeGpuTasks – refining GPU notation application (#2053) – renaming coefficients to charges (?)
│ │ │ -
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │ +
Member pme_run_mode (const gmx_pme_t *pme)
│ │ │
This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler.
│ │ │
Member PmeGpu::kernelParams
│ │ │
Test whether this should be copied to the constant GPU memory once for each computation (or even less often with no box updates) instead of being an argument.
│ │ │
Struct PmeGpuProgramImpl
│ │ │
In future if we would need to react to either user input or auto-tuning to compile different kernels, then we might wish to revisit the number of kernels we pre-compile, and/or the management of their lifetime.
│ │ │
Member PmeRunMode
│ │ │
: make this enum class with gmx_pme_t C++ refactoring
│ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_15.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -595,22 +595,22 @@ │ │ │ │ ['simd_20intrinsics_20interface_20simd_392', ['SIMD intrinsics interface (simd)', ['../group__module__simd.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20math_20library_393', ['The SIMD math library', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md70', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20module_394', ['Design of the GROMACS SIMD module', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md57', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_20preprocessor_20macros_395', ['Predefined SIMD preprocessor macros', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md66', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_2eh_396', ['simd.h', ['../include_2gromacs_2simd_2simd_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4_20implementation_397', ['SIMD4 implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md64', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4bool_398', ['Simd4Bool', ['../namespacegmx.xhtml#acb6a84be080be397c2c09cda9f315037', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'] │ │ │ │ + ['simd4dbool_399', ['simd4dbool', ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml#a428de6b27a42a06dd0fd632660b3ae9d', 1, 'gmx::Simd4DBool::Simd4DBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4DBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4DBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'] │ │ │ │ + ['simd4double_400', ['simd4double', ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml#a92931f93554548894cd5daa60af49525', 1, 'gmx::Simd4Double::Simd4Double()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4Double.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Double'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ - ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'] │ │ │ │ + ['simd4fbool_401', ['simd4fbool', ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml#ad64754cbb774d9cab1ed08c49a6e28bc', 1, 'gmx::Simd4FBool::Simd4FBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Simd4FBool.xhtml', 1, 'gmx::Simd4FBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4float_402', ['simd4float', ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml#a4d61d22b9955c0f6fa78804562704cbe', 1, 'gmx::Simd4Float::Simd4Float()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1Simd4Float.xhtml', 1, 'gmx::Simd4Float'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simd4n_20implementation_403', ['SIMD4N implementation', ['../page_simd.xhtml#autotoc_md65', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd4real_404', ['Simd4Real', ['../namespacegmx.xhtml#a37686b0c2ec48a361d6c4473c1fdb70c', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simd4setzerod_405', ['simd4SetZeroD', ['../group__module__simd.xhtml#gac88aa19e4c856c2333bf814c3521c488', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ @@ -618,16 +618,16 @@ │ │ │ │ ['simd_5fmath_2eh_407', ['simd_math.h', ['../simd__math_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fmemory_2eh_408', ['simd_memory.h', ['../simd__memory_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fsupport_2eh_409', ['simd_support.h', ['../simd__support_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['simd_5fwidth_410', ['simd_width', ['../namespacegmx.xhtml#ad2defc5df98b53733b2d299c76788b05', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdbitmask_411', ['SimdBitMask', ['../namespacegmx.xhtml#afb42c13ecb6e9bac5d3b89e89143257f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdbool_412', ['SimdBool', ['../namespacegmx.xhtml#a307172d59a1a7c9ed87bc2cb4df83efa', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['simdcheck_413', ['simdCheck', ['../namespacegmx.xhtml#a3dfaae36144016a6b9ef7524dfbbb815', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'] │ │ │ │ + ['simddbool_414', ['simddbool', ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml#ad4d8f87a8e48ad39d6600c271dc37a02', 1, 'gmx::SimdDBool::SimdDBool()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1SimdDBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDBool'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simddibool_415', ['simddibool', ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml', 1, 'gmx::SimdDIBool'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDIBool.xhtml#a9b76cf7d82509f3f7adeac5d7f1b1477', 1, 'gmx::SimdDIBool::SimdDIBool()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['simddint32_416', ['simddint32', ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml', 1, 'gmx::SimdDInt32'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1SimdDInt32.xhtml#a4107f8bf681a5cfe0abd34bffd5d952b', 1, 'gmx::SimdDInt32::SimdDInt32()'] │ │ │ │ ]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/html-lib/search/all_17.js │ │ │ ├── js-beautify {} │ │ │ │ @@ -22,30 +22,30 @@ │ │ │ │ ['uniquedeviceid_14', ['uniqueDeviceId', ['../device__management_8h.xhtml#ab7595ed839026b4d41d8eb72701a80eb', 1, 'device_management_common.cpp']]], │ │ │ │ ['unit_15', ['unit', ['../classgmx_1_1EnergyTerm.xhtml#aef5ad0000c2fbbc74c57f0b5e0ddb409', 1, 'gmx::EnergyTerm']]], │ │ │ │ ['unitcelliscompact_16', ['UnitCellIsCompact', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9ad4d785ddf0c77e7b697efd2b5ec376e1', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellisrectangular_17', ['UnitCellIsRectangular', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a8e7bda81ce54b8cf90c3b856c83e7d9f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcellistriclinic_18', ['UnitCellIsTriclinic', ['../group__module__coordinateio.xhtml#ggae520b2721d9d5166e7c015b2654bd1d9a99285c8187fb87e756f127435045dc3f', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltype_19', ['UnitCellType', ['../namespacegmx.xhtml#af897bff42be729e6eaf3c4dc6e199722', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unitcelltypenames_20', ['unitCellTypeNames', ['../namespacegmx.xhtml#ae81efb97e81499b750d906d26a29ce18', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ - ['unitvector_21', ['unitvector', ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector(const VectorType &v)'] │ │ │ │ + ['unitvector_21', ['unitvector', ['../namespacegmx.xhtml#a53215047e2f488dfbf48164090c07b40', 1, 'gmx::unitVector()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1BasicVector.xhtml#a2fc805de143df5ecfe38f2cb50d84e6c', 1, 'gmx::BasicVector::unitVector()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unity_22', ['Unity', ['../namespacegmx.xhtml#ab0ad78613a262a1d4fcce5d18525099fa82dd98f1d663acc318e6a8ec4ab69b7a', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unknown_23', ['unknown', ['../classgmx_1_1CpuInfo.xhtml#acd7ff27553f3ff9fd1037c30c21a24f1a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::CpuInfo::Unknown'], │ │ │ │ - ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'], │ │ │ │ - ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'] │ │ │ │ + ['../namespacegmx.xhtml#a20e189e3f31f5f1e8581a5cc84063453a88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'gmx::Unknown'], │ │ │ │ + ['../device__information_8h.xhtml#a5514710e3c78d4816da9e8d2e3cd508ca88183b946cc5f0e8c96b2e66e1c74a7e', 1, 'Unknown: device_information.h'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['unpackrecvbufkernel_24', ['unpackRecvBufKernel', ['../namespacegmx.xhtml#a704128fa72f8ce7dcf08d0063a166036', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['unpaddedarrayref_25', ['unpaddedArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#ad5b878ca7749f5b8f52e006269fbfc2f', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ ['unpaddedconstarrayref_26', ['unpaddedConstArrayRef', ['../classgmx_1_1ArrayRefWithPadding.xhtml#a2c3f73497c6bc71264ae1af84b6522ae', 1, 'gmx::ArrayRefWithPadding']]], │ │ │ │ ['unset_27', ['Unset', ['../md__enums_8h.xhtml#a1df3eedfba9424ae3e518284a453d95cac9f88e098f6fe4e4e112eeb05ccb9671', 1, 'md_enums.h']]], │ │ │ │ ['unsignedchartostring_28', ['unsignedCharToString', ['../group__module__utility.xhtml#ga78b462191d8dbe81225e12d64cdd55a3', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['update_29', ['update', ['../classgmx_1_1IRestraintPotential.xhtml#a6bc44212f005dbc7a03acf9a76b1074d', 1, 'gmx::IRestraintPotential::update()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'] │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afcb4065ad13efba2d3aa9b5225125e6f', 1, 'gmx::Update::Update()'], │ │ │ │ + ['../classgmx_1_1Update.xhtml', 1, 'gmx::Update'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['update_5fconstrain_5fgpu_2eh_30', ['update_constrain_gpu.h', ['../update__constrain__gpu_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['update_5fcoords_31', ['update_coords', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#a07bb5e84363cbcb95a10bc97647526e9', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ ['update_5fdisres_5fhistory_32', ['update_disres_history', ['../disre_8h.xhtml#a80a6326aadca6d0b6f6f4753e63648e7', 1, 'disre.cpp']]], │ │ │ │ ['update_5ffor_5fconstraint_5fvirial_33', ['update_for_constraint_virial', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#acbd679269aa6945d6922c029770e8a84', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ ['update_5fsd_5fsecond_5fhalf_34', ['update_sd_second_half', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#ab0206e61c30553bd8aa268891c466509', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ ['update_5ftemperature_5fconstants_35', ['update_temperature_constants', ['../classgmx_1_1Update.xhtml#afa5d8919006df7093a2224fbc2f9fd4c', 1, 'gmx::Update']]], │ │ │ │ @@ -65,16 +65,16 @@ │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroups.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroups'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updategroups_2eh_48', ['updategroups.h', ['../updategroups_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ ['updategroupscog_49', ['updategroupscog', ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml#af4073554edea0cc98542003e47f7dccd', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog::UpdateGroupsCog()'], │ │ │ │ ['../classgmx_1_1UpdateGroupsCog.xhtml', 1, 'gmx::UpdateGroupsCog'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updategroupscog_2eh_50', ['updategroupscog.h', ['../updategroupscog_8h.xhtml', 1, '']]], │ │ │ │ - ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'], │ │ │ │ - ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'] │ │ │ │ + ['updatehistory_51', ['updatehistory', ['../classgmx_1_1Awh.xhtml#ad138cec7cc1fefd7c1787d5f94279494', 1, 'gmx::Awh::updateHistory()'], │ │ │ │ + ['../structt__oriresdata.xhtml#a7806904b5f7dcb25d5dec4555be7b5ac', 1, 't_oriresdata::updateHistory()'] │ │ │ │ ]], │ │ │ │ ['updatepositions_52', ['updatePositions', ['../namespacegmx.xhtml#a5d079b5d5fedb7c55a119e1342cb7fd8', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['updateprevsteppullcom_53', ['updatePrevStepPullCom', ['../pull_8h.xhtml#a95ef443e2830253d2aef461a2f811c4e', 1, 'pull.h']]], │ │ │ │ ['updatevelocities_54', ['updateVelocities', ['../namespacegmx.xhtml#a2b97181f1d88633664f339242db99d74', 1, 'gmx']]], │ │ │ │ ['updatewithdatapoint_55', ['updateWithDataPoint', ['../classgmx_1_1ExponentialMovingAverage.xhtml#a5293fc09bb63cc379eed9ca1fa20c760', 1, 'gmx::ExponentialMovingAverage']]], │ │ │ │ ['uppercorner_56', ['upperCorner', ['../structgmx_1_1GridDimensions.xhtml#acd92331d1b9d316fe200653256a9c88c', 1, 'gmx::GridDimensions']]], │ │ │ │ ['upstring_57', ['upstring', ['../cstringutil_8h.xhtml#a74173c7afe5600452edf4956ae58bbe8', 1, 'cstringutil.cpp']]], │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/index.xml.gz │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ ├── index.xml │ │ │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ │ │ @@ -76304,14 +76304,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ main │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + analysisdata.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arraydata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76337,59 +76343,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datastorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ framelocaldata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + average.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + average.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ displacement.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameaverager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameaverager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - plot.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - paralleloptions.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - analysisdata.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - analysisdata.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - average.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - datatest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - datatest.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ histogram.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ histogram.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lifetime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + plot.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + paralleloptions.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + datatest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + datatest.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_datamodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76403,14 +76403,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + biasgrid.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + biasgrid.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasparams.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76421,14 +76427,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biassharing.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biassharing.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + biasstate.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + biasstate.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biasstate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ biaswriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76484,26 +76496,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_setup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bias_fep_lambda_state.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - biasgrid.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - biasgrid.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - biasstate.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - biasstate.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ friction_metric.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarproxy_gromacs_version.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ COLVARPROXY_VERSION │ │ │ │ │ @@ -76529,44 +76529,56 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsMDModule_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarsoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarspreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarssimulationsparameters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvarssimulationsparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ colvars.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - colvarsoptions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - colvarspreprocessor.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfitting.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfitting.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingamplitudelookup.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingforceprovider.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76592,71 +76604,65 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ densityfittingparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfitting.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfitting.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfittingamplitudelookup.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + electricfield.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ electricfield.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpot.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpot.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpot.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpotoptions.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpottopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpot.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nnpot.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpotoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpotoptions.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nnpottopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpottopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nnpotforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ torchmodel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76736,17 +76742,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ __PLUMED_HAS_DLOPEN │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ plumedTestUtils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmm.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmforceprovider_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76754,14 +76772,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmminputgenerator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76769,44 +76793,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtopologypreprocessor.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ qmmmtypes.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmm.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmmforceprovider.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qmmmoptions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - electricfield.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinehelpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76829,14 +76835,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanager_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -76850,17 +76862,92 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlineprogramcontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenm.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + IS_SET │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + IS_OPT │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getFileOption │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2fn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2fns │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2fnsIfOptionSet │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2fn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2fns │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2bSet │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2bSet │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2path_optional │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2fn_null │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2path_optional │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2fn_null │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + is_optional │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + is_output │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + is_set │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenm.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenm.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ffSET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ffREAD │ │ │ │ │ @@ -76961,14 +77048,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pargs.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_int │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_bool │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_real │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_str │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_bSet │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + opt2parg_enum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_common_args │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pargs.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pargs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ PCA_CAN_VIEW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ PCA_CAN_BEGIN │ │ │ │ │ @@ -77024,137 +77141,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shellcompletions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlinehelpmodule.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlinemodulemanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmdlinemodulemanagertest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cmdlineprogramcontext.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - EXECUTABLE_EXTENSION │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - TEST_SYMLINKS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenm.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - IS_SET │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - IS_OPT │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getFileOption │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2fn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2fns │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2fnsIfOptionSet │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2fn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2fns │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2bSet │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2bSet │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2path_optional │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2fn_null │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2path_optional │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2fn_null │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - is_optional │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - is_output │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - is_set │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hasSuffixFromNoAppend │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_suffix_to_output_names │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenm.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pargs.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nenum │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_int │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_bool │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_real │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_str │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_bSet │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - opt2parg_enum │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_common_args │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pargs.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ viewit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canViewFileType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ numberOfPossibleFiles │ │ │ │ │ @@ -77240,14 +77240,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputselector.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setatoms.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setatoms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbox.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77258,26 +77264,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setprecision.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setstarttime.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setstarttime.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + settimestep.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settimestep.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setvelocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + requirements.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ requirements.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77288,47 +77312,89 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ frameconverter.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ outputadapters.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - requirements.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setatoms.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setbothtime.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setstarttime.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - settimestep.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + MODE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + enNorm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + enCos │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + enSin │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bACFinit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + acf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Leg │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + low_do_four_core │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_ac_core │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + normalize_acf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + average_acf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump_tmp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_four_core │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + low_do_autocorr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_acf_pargs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_autocorr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_acfnout │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_acffitfn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + autocorr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ autocorr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacNormal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eacCos │ │ │ │ │ @@ -77396,14 +77462,98 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cross_corr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ many_cross_corr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + expfit.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nfp_ffn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + s_ffn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + longs_ffn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmcurves │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + effnNparams │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + effnDescription │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + sffn2effn │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + myexp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_erffit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + safe_exp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + safe_expm1 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_one_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_two_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_exp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_5_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_7_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_exp_9_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_pres_6_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_vac_2_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + lmc_errest_3_parm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fit_function │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + initiate_fit_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + extract_fit_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + print_chi2_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_lmfit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fit_acf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + expfit.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ expfit.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ effnNONE │ │ │ │ │ @@ -77495,14 +77645,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_and_integrate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ evaluate_integral │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + many_auto_correl │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manyautocorrelation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ many_auto_correl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -77513,179 +77672,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ polynomials.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ LegendreP │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - MODE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - enNorm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - enCos │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - enSin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bACFinit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - acf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Leg │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - low_do_four_core │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_ac_core │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - normalize_acf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - average_acf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - norm_and_scale_vectors │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump_tmp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_four_core │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - low_do_autocorr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_acf_pargs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_autocorr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_acfnout │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_acffitfn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - autocorr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ correlationdataset.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ correlationdataset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - expfit.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nfp_ffn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - s_ffn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - longs_ffn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmcurves │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - effnNparams │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - effnDescription │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - sffn2effn │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - myexp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_erffit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - safe_exp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - safe_expm1 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_one_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_two_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_exp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_5_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_7_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_exp_9_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_pres_6_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_vac_2_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - lmc_errest_3_parm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fit_function │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - initiate_fit_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - extract_fit_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - print_chi2_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_lmfit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fit_acf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - expfit.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - many_auto_correl │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - manyautocorrelation.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomdistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ numRanks │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ get_commbuffer_counts │ │ │ │ │ @@ -78659,41 +78659,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ domdec_zones.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ domdec_zones.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_dd_pdb │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ga2la.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ directListIsFaster │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -78740,14 +78713,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localatomsetmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ localtopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ atomInMolblockFromGlobalAtomnr │ │ │ │ │ @@ -79103,20 +79082,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ haloexchange_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hashedmap.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - localatomsetmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ utility.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dim2char │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_tric_corr_matrix │ │ │ │ │ @@ -79169,26 +79142,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analysismodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyanalysisframe.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - energyterm.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ienergyanalysis.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyterm.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + energyterm.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ienergyanalysis.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ legacyenergy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ edsam.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_edpar │ │ │ │ │ @@ -79436,14 +79409,101 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ long_range_correction.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ewald_LRcorrection │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mult_up │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_overlap_comm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + initGrids │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_do │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pme.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SUM_GRID_FORWARD │ │ │ │ │ @@ -81023,101 +81083,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmeSplineAndSpreadKernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_spread_sycl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmxCacheLineSize │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_build │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_gpu_supports_input │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_gpu_mixed_mode_supports_input │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_gpu_check_restrictions │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme_get_pinning_policy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setup_coordinate_communication │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mult_up │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - estimate_pme_load_imbalance │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_overlap_comm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - minimalPmeGridSize │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - numGridLinesForExtendedHaloRegion │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getGridSpacingFromBox │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_check_restrictions │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - initGrids │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_calc_energy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_initial_lb_coeffs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_next_lb_coeffs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_do │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parallel_3dfft_destroy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_destroy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_reinit_atoms │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_pme_grid_matches │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pme.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmebsplinetest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pmegathertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -81152,14 +81125,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcgrid.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcFftGrid │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fft.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fft_direction │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_FFT_FORWARD │ │ │ │ │ @@ -81593,41 +81593,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rocfft_common_utils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_t │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fft_init_many_1d_real │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fft_many_1d_real │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_many_fft_destroy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fft_transpose_2d │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fft.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fft_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpoint.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IGNORE_FSYNC_FAILURE_ENV │ │ │ │ │ @@ -81731,14 +81704,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_part_and_step │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_checkpoint_simulation_part_and_filenames │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_sto_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_stx_coordnum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_stx_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readConfAndAtoms │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readConfAndTopology │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_tps_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + confio.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_version │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enx_block_id_name │ │ │ │ │ @@ -81971,14 +81983,119 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ get_espresso_coordnum │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_espresso_conf_indexed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NTRXS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NTROS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NTRNS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NSTOS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NSTXS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NTPSS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + eftASC │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + eftXDR │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + eftTNG │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + eftGEN │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + eftNR │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trxs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trcompressed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + tros │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trns │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + stos │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + stxs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + tpss │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + deffile │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2ext │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2ext_generic │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2generic_count │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2generic_list │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2desc │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp_is_text │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp_is_xdr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2defnm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftp2defopt │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fn2ftp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filetypes.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ g96io.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ CHAR_SHIFT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_g96_pos │ │ │ │ │ @@ -82580,14 +82697,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_hconf_p │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ write_conf_p │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + h5md.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + h5md.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ h5md.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ h5md_guard.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -82676,14 +82799,122 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xdr_xtc_get_last_frame_number │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NMAP │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mapper │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mk_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + done_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + searchcmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getcmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readcmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printcmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + writecmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fgetline │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + skipstr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + line2string │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + findLabelInLine │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_xpm_entry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_xpm_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix2real │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_header │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_nmid │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_map3 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_simple_cmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_map_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_map │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + writeXpmAxis │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_data │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_data3 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_data_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_m │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm3 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_xpm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matio.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ matio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_X │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ MAT_SPATIAL_Y │ │ │ │ │ @@ -83003,20 +83234,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_append │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_md5_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymap.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcdensitymapheader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mrcserializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtxio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_MTXIO_MAGIC_NUMBER │ │ │ │ │ @@ -83177,14 +83426,89 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_conect_generate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_fprintf_pdb_atomline │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_inpfile │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + sort_inp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_inpfile │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + replace_inp_entry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + search_einp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mark_einp_set │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_einp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eint │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eint64 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_ereal │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_estr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eeenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_eenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printStringNewline │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printStringNoNewline │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setStringEntry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readinp.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readinp.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WriteMdpHeader │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ no │ │ │ │ │ @@ -83261,371 +83585,71 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setStringEntry │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rgb.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_sto_conf_indexed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_sto_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_sto_conf_mtop │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_stx_coordnum │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - makeChainIdentifiersAfterTprReading │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - tpx_make_chain_identifiers │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_stx_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readConfAndAtoms │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readConfAndTopology │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_tps_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - confio.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fileioxdrserializer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filemd5.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NTRXS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NTRCOMPRESSED │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NTROS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NTRNS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NSTOS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NSTXS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NTPSS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - eftASC │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - eftXDR │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - eftTNG │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - eftGEN │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - eftNR │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trxs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trcompressed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - tros │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trns │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - stos │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - stxs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - tpss │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - deffile │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2ext │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2ext_generic │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2ext_with_dot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2generic_count │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2generic_list │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2desc │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp_is_text │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp_is_xdr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2defnm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftp2defopt │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fn2ftp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filetypes.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - h5md.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + xvgio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - h5md.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timecontrol.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NMAP │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mapper │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mk_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - done_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - searchcmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getcmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readcmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printcmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - writecmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fgetline │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - skipstr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - line2string │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - findLabelInLine │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_xpm_entry │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_xpm_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix2real │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_header │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_nmid │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_map3 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_simple_cmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_discrete_cmap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_map_split │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_map │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - writeXpmAxis │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_data │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_data3 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_data_split │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_m │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm3 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timecontrol.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timecontrol │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + g_timeControlMutex │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm_split │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_xpm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matio.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcdensitymap.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcdensitymapheader.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mrcserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_inpfile │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - flatKeyValueTreeFromInpFile │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - sort_inp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_inpfile │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - replace_inp_entry │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - search_einp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mark_einp_set │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_einp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eint │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eint64 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_ereal │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_estr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timecontrol.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + TimeControl │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Begin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eeenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + End │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_eenum │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Delta │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printStringNewline │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printStringNoNewline │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + timeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setStringEntry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + unsetTimeValue │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readinp.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tng_trajectory_t │ │ │ │ │ @@ -83678,65 +83702,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_box_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_get_lambda_output_interval │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - xvgio.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timecontrol.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timecontrol.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timecontrol │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - g_timeControlMutex │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setTimeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - unsetTimeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timecontrol.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - TimeControl │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Begin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - End │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Delta │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - timeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setTimeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - unsetTimeValue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tngio.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_trajectory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tng_open │ │ │ │ │ @@ -86054,14 +86027,80 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dump_axes │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_bundle │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + INDEX │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NKKKPHI │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NKKKPSI │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NKKKCHI │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NJC │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NLEG │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bAllowed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_chi_ind │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_dihcorr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + copy_dih_data │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump_em_all │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + reset_one │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + reset_em_all │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + histogramming │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rama_file │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_rama │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + print_transitions │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + order_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_chi │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ lo_ffprintf │ │ │ │ │ @@ -87116,14 +87155,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tot_nmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mdmat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + periodic_dist │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_dist │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dist_plot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + find_residues │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump_res │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_mindist │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_nmeig.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cv_corr │ │ │ │ │ @@ -87614,14 +87686,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ process_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_tcaf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + low_print_data │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + average_data │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + print_data │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_trx_x │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_legend │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ekrot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ektrans │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + temp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + remove_jump │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_pdb_bfac │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + update_histo │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + print_histo │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_traj │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjorder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ order │ │ │ │ │ @@ -88571,161 +88691,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_scattering_factor_table │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ entropy.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - INDEX │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NKKKPHI │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NKKKPSI │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NKKKCHI │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NJC │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NLEG │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bAllowed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_chi_ind │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_dihcorr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - copy_dih_data │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump_em_all │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - reset_one │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - reset_em_all │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - histogramming │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rama_file │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_rama │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - print_transitions │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - order_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_chi │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_chi.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NSHIFT_MAX │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - periodic_dist │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - periodic_mindist_plot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_dist │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dist_plot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - find_residues │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump_res │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_mindist │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_mindist.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - low_print_data │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - average_data │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - print_data │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_trx_x │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_legend │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ekrot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ektrans │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - temp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - remove_jump │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_pdb_bfac │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - update_histo │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - print_histo │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_traj │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_traj.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ thermochemistry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigenvalueToFrequency │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calcZeroPointEnergy │ │ │ │ │ @@ -89603,14 +89576,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shouldConvertInteractionType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convertInteractionsOfType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + editconf.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NPA │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_mass │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_geom │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + center_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scale_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_bfac │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + set_pdb_conf_bfac │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pdb_legend │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + visualize_images │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + visualize_box │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_rotmatrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + renum_resnr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_editconf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + editconf.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ editconf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_editconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89741,14 +89762,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_ad.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_pad │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + low_mspeed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + maxwell_speed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_cm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + stop_cm │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gen_maxwell_velocities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ maxwell_speed │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stop_cm │ │ │ │ │ @@ -89897,14 +89936,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_vsites │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_h_mass │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rand_rot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_genconf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genconf.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genconf.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genconf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -89984,14 +90038,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genion.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genion │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + npargs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_genrestr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genrestr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ genrestr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_genrestr │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90125,17 +90194,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpp_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkAndWarnForUnusedDefines │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + search_atomtypes │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_bond_atomtype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpp_nextnb.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prints │ │ │ │ │ @@ -90371,14 +90455,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hizzie.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ set_histp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + RotationType │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + XYZ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Z │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + None │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Count │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + center_molecule │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + generate_trial_conf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + isInsertionAllowed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + insert_mols │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ insert_molecules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ @@ -90386,14 +90506,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeexclusiondistances.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ makeExclusionDistances │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ massrepartitioning.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nm2type.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prev │ │ │ │ │ @@ -90446,14 +90572,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ notset.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NOTSET │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2gmx.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pdb2top.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NUM_CMAP_ATOMS │ │ │ │ │ @@ -90623,14 +90755,164 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ search_atom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ search_res_atom │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readir.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NOGID │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + CHECK │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + GroupCoverage │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + All │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + AllGenerateRest │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Partial │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + OneGroup │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + inputrecStrings │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + constraints │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + couple_lam │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_inputrec_strings │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + done_inputrec_strings │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getSimTemps │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + _low_check │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_nst │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + process_interaction_modifier │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_ir │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_n_real │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_fep_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_simtemp_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + convertInts │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + convertReals │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + convertRvecs │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_wall_params │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_wall_energrps │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + read_expandedparams │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + couple_lambda_has_vdw_on │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_ir │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getGroupIndex │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + atomGroupRangeValidation │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_numbering │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_nrdf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_egp_flag │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_swap_groups │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_IMD_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + checkAndUpdateVcmFreezeGroupConsistency │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + processEnsembleTemperature │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + processConstantAcceleration │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_disre │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + haveAbsoluteReference │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + havePositionRestraints │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_combination_rule_differences │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_combination_rules │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + allTrue │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + checksForFepLambaLargerOne │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + triple_check │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + double_check │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + readir.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readir.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eshNONE │ │ │ │ │ @@ -90830,14 +91112,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ readResidueDatabase │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_resall │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + sort_molecule │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rm_res_pbc │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + replicateSolventBox │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_solv │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + update_top │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_solvate │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + solvate.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ solvate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_solvate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -90926,365 +91247,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filter_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ choose_ter │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - editconf.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NPA │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_mass │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_geom │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - center_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scale_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_bfac │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - set_pdb_conf_bfac │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pdb_legend │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - visualize_images │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - visualize_box │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_rotmatrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - renum_resnr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_editconf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - editconf.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - low_mspeed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - maxwell_speed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_cm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - stop_cm │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gen_maxwell_velocities.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rand_rot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_genconf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genconf.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - npargs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_genrestr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genrestr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - search_atomtypes │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gpp_atomtype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gpp_bond_atomtype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ grompp_directives.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - RotationType │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - XYZ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Z │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - None │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Count │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - c_rotationTypeNames │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - center_molecule │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - generate_trial_conf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - isInsertionAllowed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - insert_mols │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - insert_molecules.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - massrepartitioning.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pdb2gmx.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readir.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NOGID │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - CHECK │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - GroupCoverage │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - All │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - AllGenerateRest │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Partial │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - OneGroup │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - inputrecStrings │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - constraints │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - couple_lam │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_inputrec_strings │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - done_inputrec_strings │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getSimTemps │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - _low_check │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_nst │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - process_interaction_modifier │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_ir │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_n_real │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_fep_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_simtemp_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - convertInts │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - convertReals │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - convertRvecs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_wall_params │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_wall_energrps │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - read_expandedparams │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - couple_lambda_has_vdw_on │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_ir │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getGroupIndex │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - atomGroupRangeValidation │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_numbering │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_nrdf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_egp_flag │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_swap_groups │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_IMD_group │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - checkAndUpdateVcmFreezeGroupConsistency │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - processEnsembleTemperature │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - processConstantAcceleration │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_disre │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - haveAbsoluteReference │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - havePositionRestraints │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_combination_rule_differences │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_combination_rules │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - allTrue │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - checksForFepLambaLargerOne │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - triple_check │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - double_check │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - readir.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - sort_molecule │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rm_res_pbc │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - replicateSolventBox │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - removeSolventBoxOverlap │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - removeSolventOutsideShell │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - removeSolventOverlappingWithSolute │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - removeExtraSolventMolecules │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_solv │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - update_top │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_solvate │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - solvate.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tomorse.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ read_dissociation_energies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nequal │ │ │ │ │ @@ -91937,14 +91910,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xlate.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rename_atoms │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ clfftinitializer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_context.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92525,14 +92504,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ prepareGpuKernelArguments │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ launchGpuKernel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hostallocator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hostallocator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hostallocator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nvshmem_utils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92669,20 +92654,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ subGroupBarrier │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ syclutils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - clfftinitializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_availability.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92699,20 +92678,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ devicetransfers_sycl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gpueventsynchronizer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hostallocator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hostallocator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nvshmem_test.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pinnedmemorychecker.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92867,14 +92840,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_32 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_IS_X86_64 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cpuinfo.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ detecthardware.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -92948,14 +92927,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_deviceStateString │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_canSerializeDeviceInformation │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + device_management.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + findDevices │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setActiveDevice │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + releaseDevice │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + getDeviceInformationString │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + doubleCheckGpuAwareMpiWillWork │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + device_management.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ warnWhenDeviceNotTargeted │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ canPerformDeviceDetection │ │ │ │ │ @@ -93347,14 +93350,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ device_management_sycl_intel_device_ids.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ getIntelHardwareVersionFromPciExpressID │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hardwaretopology.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hw_info.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ThreadAffinity │ │ │ │ │ @@ -93407,50 +93416,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_support.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cpuinfo.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - device_management.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - findDevices │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setActiveDevice │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - releaseDevice │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - getDeviceInformationString │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - isDeviceDetectionFunctional │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - doubleCheckGpuAwareMpiWillWork │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - device_management.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mockhardwaretopology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ imd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -93503,35 +93476,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparse_eigensolver │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_entry_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_t │ │ │ │ │ @@ -93554,44 +93506,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_compress │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_vector_multiply │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - alloc_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - free_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix_multiply │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dump_matrix │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix_invert │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - multi_regression │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - matrix.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sparsematrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_init │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sparsematrix_destroy │ │ │ │ │ @@ -93947,14 +93869,59 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_restrdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_factors_cbtdihs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + MathOptimization │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Safe │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + Unsafe │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftypeIsListedPotential │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + utilities.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ N │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mat4_copy │ │ │ │ │ @@ -93983,14 +93950,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coordinatetransformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfit.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_fit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_similar_ind │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rmsdev_ind │ │ │ │ │ @@ -94016,14 +93995,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x_ndim │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ reset_x │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + functions.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gausstransform.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gausstransform.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ 3dtransforms.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ WW │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vec4 │ │ │ │ │ @@ -94109,14 +94106,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ operator!= │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ neldermead.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -94181,14 +94199,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invertmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + DEBUG_MATRIX │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + alloc_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + free_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix_multiply │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump_matrix │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix_invert │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + multi_regression │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + matrix.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + neldermead.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nrjac.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_rotate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ jacobi │ │ │ │ │ @@ -94214,65 +94268,56 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxmatrix.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ complex.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfit.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - densityfittingforce.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dofit.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - exponentialmovingaverage.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - functions.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gausstransform.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gausstransform.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multidimarray.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - neldermead.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ paddedvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testarrayrefs.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ vectypes.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_within_tol │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_numzero │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + utilities.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + genQmmmIndices │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ veccompare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_rvec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_ivec │ │ │ │ │ @@ -94568,14 +94613,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compute_io │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + constr.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + PrintTo │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constraint_gpu_helpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ countCoupled │ │ │ │ │ @@ -94862,14 +94916,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ addCorrectionBeyondCutoff │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dispersioncorrection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mk_ebin │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + done_ebin │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_ebin_space │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_ebin │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + add_ebin_indexed │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ebin_increase_count │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + reset_ebin_sums │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_ebin │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ebin.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ebin.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eprNORMAL │ │ │ │ │ @@ -94946,14 +95030,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulatePotentialEnergies │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ accumulateKineticLambdaComponents │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energydrifttracker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyoutput.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ conrmsd_nm │ │ │ │ │ @@ -95198,14 +95288,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cutoff_inf │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init_forcerec │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + forcerec.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + makeNonBondedParameterLists │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + makeLJPmeC6GridCorrectionParameters │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + forcerec_set_ranges │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_interaction_const_tables │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_forcerec │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + forcerec.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + GMX_CUTOFF_INF │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + C6 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + C12 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BHAMC │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BHAMA │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BHAMB │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cutoff_inf │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + freeenergyparameters.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + freeenergyparameters.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freeenergyparameters.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_omp_nthreads.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modth │ │ │ │ │ @@ -95918,14 +96056,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rf_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ calc_rffac │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + settle.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -95933,14 +96077,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu_internal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settle_gpu_internal_sycl.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + shake.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + shake.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shake.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sighandler.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_signal_name │ │ │ │ │ @@ -96023,14 +96173,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_got_usr_signal │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sim_util.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simulationsignal.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eglsCHKPT │ │ │ │ │ @@ -96110,23 +96266,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ stophandler.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - constr.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - PrintTo │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96137,56 +96284,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_CONSTRAINTS_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ constrtestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mk_ebin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - done_ebin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_ebin_space │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_ebin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - add_ebin_indexed │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ebin_increase_count │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - reset_ebin_sums │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_ebin │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ebin.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - energydrifttracker.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - freeenergyparameters.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - freeenergyparameters.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ langevin.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ langevintestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96221,20 +96326,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdgpugraph.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ parrinellorahman.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - settle.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96245,47 +96344,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GPU_SETTLE_SUPPORTED │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ settletestrunners_gpu.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - shake.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - shake.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simulationsignal.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - updategroups.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ watersystem.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tgroup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sum_ekin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96494,14 +96569,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVFirstStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ integrateVVSecondStep │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + updategroups.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroups.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ updategroupscog.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96575,14 +96656,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_wall_tables │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_walls │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + wholemoleculetransform.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ wholemoleculetransform.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isimulator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -96824,14 +96911,23 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_start │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdmodulesnotifier.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + threadaffinity_mpi.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + threadaffinitytest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + threadaffinitytest.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threadaffinity.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threadaffinity.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invalidWithinSimulation │ │ │ │ │ @@ -96851,23 +96947,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ detectDefaultAffinityMask │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_check_thread_affinity_set │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - threadaffinity_mpi.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - threadaffinitytest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - threadaffinitytest.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threadaffinity.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ analyzeThreadsOnThisNode │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_set_thread_affinity │ │ │ │ │ @@ -96917,14 +97004,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_history.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ awh_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ checkpointdata.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ commrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97046,62 +97139,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rvec5 │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_disresdata │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forcebuffers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ forceoutput.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - forcerec.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - makeNonBondedParameterLists │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - makeLJPmeC6GridCorrectionParameters │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - forcerec_set_ranges │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_interaction_const_tables │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_forcerec │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - forcerec.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - GMX_CUTOFF_INF │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - C6 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - C12 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BHAMC │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BHAMA │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BHAMB │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cutoff_inf │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ group.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ group.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GID │ │ │ │ │ @@ -97523,26 +97580,38 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ t_mdatoms │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mdrunoptions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ multipletimestepping.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nblist.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observableshistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ observablesreducer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull_params.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97724,41 +97793,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swaphistory_t │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - checkpointdata.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enerdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - forcebuffers.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - multipletimestepping.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - observablesreducer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threaded_force_buffer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -97766,86 +97811,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ communicator_stub.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - utilities.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - MathOptimization │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Safe │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - Unsafe │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_within_tol │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_numzero │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_int_multiply_for_overflow │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_feenableexcept │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_fedisableexcept │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmxShouldEnableFPExceptions │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftypeIsListedPotential │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ftype_is_bonded_potential │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - utilities.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - genQmmmIndices │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ andersentemperaturecoupling.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99083,14 +99056,29 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ epruneRolling │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ePruneNR │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pairlist.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + PRUNE_LIST_CPU_ONE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + PRUNE_LIST_CPU_ALL │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NBNXN_REFCODE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pairlist.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairlist.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NBNXN_CI_SHIFT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NBNXN_CI_DO_LJ │ │ │ │ │ @@ -99152,14 +99140,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_coulomb_functions.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_diagonal_masker.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_energy_accumulator.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd_kernel.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99245,35 +99239,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernel_test.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ kernelsetup.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pairlist.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - PRUNE_LIST_CPU_ONE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - PRUNE_LIST_CPU_ALL │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NBNXN_REFCODE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pairlist.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simd_energy_accumulator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81_coords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81Box │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ spc81Coordinates │ │ │ │ │ @@ -99290,47 +99263,47 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpformat.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpformat.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + helpmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + helpmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpmanager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ helpwritercontext.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ihelptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rstparser.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - helpmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - helpmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - helpwritercontext.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mock_helptopic.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99356,14 +99329,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ behaviorcollection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenameoption.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ filenameoptionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ isectionstorage.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99371,14 +99356,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ options_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsassigner.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ optionsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99395,35 +99386,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ abstractoptionstorage.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenameoption.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - filenameoptionmanager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ option.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - optionsassigner.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ repeatingsection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ timeunitmanager.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99446,14 +99419,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxutilities.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_box_rel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + com.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ boxutilities.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ do_box_rel │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -99683,71 +99662,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unshift_self │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mshift.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - set_pbc_simd │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - put_residue_com_in_box │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - center_x │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rmpbc.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_get_graph │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_done │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_ePBC │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_apply │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_copy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rm_gropbc │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - com.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ epbcdxRECTANGULAR │ │ │ │ │ @@ -99875,20 +99797,71 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ setBoxDeformationRate │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pbc_simd.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + set_pbc_simd │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pbcenums.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pbcmethods.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + calc_pbc_cluster │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + put_molecule_com_in_box │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + put_residue_com_in_box │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + center_x │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rmpbc.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_get_graph │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_done │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_ePBC │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_apply │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_copy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_rmpbc_trxfr │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rm_gropbc │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pull.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupPbcMargin │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ c_pullGroupSmallGroupThreshold │ │ │ │ │ @@ -100175,32 +100148,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ seed.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ seed.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ tabulatednormaldistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ exponentialdistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gammadistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ normaldistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - tabulatednormaldistribution.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ threefry.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ uniformintdistribution.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -100211,32 +100184,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ uniformintdistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ uniformrealdistribution.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + manager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + manager.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ manager.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ restraintmdmodule_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - manager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - manager.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ centerofmass.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_calc_cog │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_calc_com │ │ │ │ │ @@ -100595,14 +100568,146 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_and │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_evaluate_or │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + next_group_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + set_atoms │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + indexutil.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keywords.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_compare │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sm_keyword_int │ │ │ │ │ @@ -100691,14 +100796,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_alloc_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_mempool_free_group │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + nbsearch.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ params.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_ana_selparam_find │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_value │ │ │ │ │ @@ -100907,14 +101018,62 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_parser_should_finish │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_parse_params │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + poscalc.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + index_type_for_poscalc │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + set_poscalc_maxindex │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + can_use_base │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + should_merge │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + create_simple_base │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + merge_to_base │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + merge_bases │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + setup_base │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_set_flags │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_set_maxindex │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_init_pos │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_free │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_required_topology_info │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ana_poscalc_update │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + poscalc.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ poscalc.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ POS_MASS │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ POS_COMPLMAX │ │ │ │ │ @@ -101216,14 +101375,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ _gmx_sel_lexer_add_token │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selection.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectioncollection_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ selectionfileoption.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102332,206 +102497,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symrec.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_free │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_extract │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_find │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexgrps_print │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_reserve │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_squeeze │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_clear │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_set │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_init_simple │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_deinit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_copy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_dump │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_get_max_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_sorted │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_check_range │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_sort │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_remove_duplicates │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_equals │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_contains │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_intersection │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_difference_size │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_partition │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_union_unsorted │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_merge │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - next_group_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_make_block │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_blocks │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_full_ablocks │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - is_at_residue_boundary │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_index_has_complete_elems │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_clear │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_reserve │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_init_orgid_group │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_set_static │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_copy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - set_atoms │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_update │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_indexmap_deinit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - indexutil.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - nbsearch.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - poscalc.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - index_type_for_poscalc │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - set_poscalc_maxindex │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - can_use_base │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - should_merge │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - create_simple_base │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - merge_to_base │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - merge_bases │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - setup_base │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_set_flags │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_set_maxindex │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_init_pos │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_free │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_required_topology_info │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ana_poscalc_update │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - poscalc.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - selectioncollection.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ toputils.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -102692,50 +102665,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_math.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scalar_util.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simd_math.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simd_memory.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - vector_operations.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - base.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - base.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - data.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scalar.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scalar_math.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scalar_util.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - simd.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_HAVE_REAL │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ @@ -102776,14 +102713,50 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ GMX_SIMD4N_REAL_WIDTH │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simd_math.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simd_memory.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + vector_operations.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + base.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + base.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + GMX_SIMD_ACCURACY_BITS_REAL │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bootstrap_loadstore.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + data.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scalar.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scalar_math.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scalar_util.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + simd.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ simd4.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -103979,14 +103952,41 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ print_runtime_info │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_tpr.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_dd_grid_pdb │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_dd_pdb │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dump.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eneconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ @@ -104021,14 +104021,119 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ eneconv.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_eneconv │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_ndx.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + MAXNAMES │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NAME_LEN │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NPA │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NOTSET │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bCase │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + or_groups │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + and_groups │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + is_name_char │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_names │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_int_char │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_int │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + isquote │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_string │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_atomnumbers │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_residuenumbers │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_residueindices │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + atoms_from_residuenumbers │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + comp_name │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_chainnames │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_atomnames │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select_residuenames │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_gname │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + copy_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + remove_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + split_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + split_chain │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_have_atoms │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + parse_entry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + list_residues │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + edit_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + impliedNumberOfAtom │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_make_ndx │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + make_ndx.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_ndx.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_make_ndx │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104138,136 +104243,76 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pme_error.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_pme_error │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + report_methods.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ report_methods.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr-fixture.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr-with-leaks.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert-tpr.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_ndx.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - MAXNAMES │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NAME_LEN │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NPA │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NOTSET │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bCase │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - or_groups │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - and_groups │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - is_name_char │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_names │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_int_char │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_int │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - isquote │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_string │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_atomnumbers │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_residuenumbers │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_residueindices │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - atoms_from_residuenumbers │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - comp_name │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_chainnames │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_atomnames │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select_residuenames │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trjcat.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_gname │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - copy_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + TIME_LAST │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - remove_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + FLT_MAX │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - split_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + FLAGS │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - split_chain │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + npargs │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_have_atoms │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + NFILE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - parse_entry │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scan_trj_files │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - list_residues │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + sort_files │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - edit_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + edit_files │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - impliedNumberOfAtom │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + do_demux │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_make_ndx │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_trjcat │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - make_ndx.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - report_methods.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trjcat.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_trjcat │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104294,59 +104339,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ swapFrames │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trjcat.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - TIME_EXPLICIT │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - TIME_CONTINUE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - TIME_LAST │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - FLT_MAX │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - FLAGS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - npargs │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - NFILE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scan_trj_files │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - sort_files │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - edit_files │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - do_demux │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_trjcat │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trjcat.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_trjcat │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trjconv.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_trjconv │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -104708,14 +104708,44 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_cmap │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_ffparams │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + idef.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printHarmonicInteraction │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_iparams │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printInteractionParameters │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printIlist │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_ilist │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pr_idef │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_idef │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + done_idef │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + idef.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ifunc.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ interaction_function │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ def_bonded │ │ │ │ │ @@ -104894,14 +104924,95 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + write_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + grp_cmp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mk_aid │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + analyse_other │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + analyse_prot │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + analyse │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + check_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + init_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + minstring │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + indexGroupName │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + findGroupTemplated │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + find_group │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + qgroup │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rd_groups │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rd_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rd_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + get_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cluster_index │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + index.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ invblock.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ make_invblock │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -105089,146 +105200,17 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pr_symtab │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ symtab.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - idef.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printHarmonicInteraction │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_iparams │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printInteractionParameters │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printIlist │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_ilist │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pr_idef │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_idef │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - done_idef │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - idef.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - t_gmx_help_make_index_group │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_ask_yesno │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - write_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - grp_cmp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - printMoleculeCategoryResidueCounts │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mk_aid │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - analyse_other │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - analyse_prot │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - analyse │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - check_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - init_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - minstring │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - indexGroupName │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - findGroupTemplated │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - find_group │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - qgroup │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rd_groups │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rd_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rd_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - get_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cluster_index │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - index.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mtop.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - topsort.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - topsort.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ip_pert │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hasPerturbedCharge │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topology.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ shortName │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mtop_maxresnr │ │ │ │ │ @@ -105317,14 +105299,32 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ getGroupType │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ copy_moltype │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + topsort.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + topsort.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ip_pert │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hasPerturbedCharge │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_mtop_bondeds_free_energy │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_sort_ilist_fe │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyframe.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ energyframe.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -105353,197 +105353,170 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ modules.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - angle.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - convert_trj.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - distance.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - dssp.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - extract_cluster.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - freevolume.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gyrate.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - hbond.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - isotope.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - isotope.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - msd.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - pairdist.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rdf.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - sasa.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering-debye.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scattering.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - scatteringfactors.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - select.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - surfacearea.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - FLAG_DOTS │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trajectory.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - unionfind.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - runnercommon.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - runnercommon.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ angle.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - clustsize.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + angle.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ convert_trj.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + convert_trj.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ distance.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + distance.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ dssp.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + dssp.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ extract_cluster.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + extract_cluster.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ freevolume.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + freevolume.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gyrate.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gyrate.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ hbond.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + hbond.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + isotope.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + isotope.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ msd.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + msd.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pairdist.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + pairdist.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ rdf.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rdf.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sasa.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + sasa.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye-sans.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye-saxs.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering-debye.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ scattering.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scattering.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scatteringfactors.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + scatteringfactors.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ select.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + select.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_DOD │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ UNSP_ICO_ARC │ │ │ │ │ @@ -105581,35 +105554,68 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ nsc_dclm_pbc │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ surfacearea.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - test_selection.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - main │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + surfacearea.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + FLAG_DOTS │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + FLAG_VOLUME │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + FLAG_ATOM_AREA │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectory.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trajectory.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + unionfind.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + runnercommon.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + runnercommon.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + clustsize.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + test_selection.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + main │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ unionfind.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ topologyinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ any.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ basenetwork.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_mpi_initialized │ │ │ │ │ @@ -105662,14 +105668,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmxSourceDoiString │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + booltype.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_int64 │ │ │ │ │ @@ -105704,14 +105716,83 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cmp_double │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ coolstuff.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cstringutil.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + COMMENTSIGN │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_string_hash_init │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + continuing │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + fgets2 │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + strip_comment │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + upstring │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + ltrim │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + rtrim │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + trim │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strcasecmp_min │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strncasecmp_min │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strcasecmp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strncasecmp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strdup │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_strndup │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_string_fullhash_func │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_string_hash_func │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_wcmatch │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + wrap_lines │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + str_to_int64_t │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_step_str │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + cstringutil.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ cuda_version_information.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ datafilefinder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -105956,14 +106037,74 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_abort │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ binaryinformation.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_clear │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_set_bit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_init_bit │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_is_set │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_is_equal │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_is_zero │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask_union │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + to_hex_string │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + bitmask.h │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ booltype.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ compare.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ equal_real │ │ │ │ │ @@ -106400,32 +106541,53 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ typetraits.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ init.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ int64_to_int │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetree.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreemdpwriter.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + SERIALIZER │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ keyvaluetreetransform.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + logger.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + logger.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggerbuilder.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ message_string_collector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106442,14 +106604,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ path.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ path.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ pleasecite.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ NSTR │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ sc_lineWidth │ │ │ │ │ @@ -106559,86 +106727,20 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_format_current_time │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ gmx_set_nice │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - alignedallocator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ alignedallocator_impl.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ arrayref.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_bitmask_t │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_clear │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_set_bit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_init_bit │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_init_low_bits │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_is_set │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_is_disjoint │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_is_equal │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_is_zero │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask_union │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - to_hex_string │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - bitmask.h │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME_ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BITMASK_CLASSNAME │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P_ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - BITMASK_TEST_P │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask128.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -106649,128 +106751,26 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ bitmask64.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ BITMASK_SIZE │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - booltype.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cstringutil.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - COMMENTSIGN │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_string_hash_init │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - continuing │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - fgets2 │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - strip_comment │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - upstring │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - ltrim │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - rtrim │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - trim │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strcasecmp_min │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strncasecmp_min │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strcasecmp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strncasecmp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strdup │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_strndup │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_string_fullhash_func │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_string_hash_func │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_wcmatch │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - wrap_lines │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - str_to_int64_t │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - gmx_step_str │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - cstringutil.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ defaultinitializationallocator.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ enumerationhelpers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ fixedcapacityvector.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - inmemoryserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - SERIALIZER │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - keyvaluetreeserializer.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ listoflists.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - logger.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - logger.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - physicalnodecommunicator.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ physicalnodecommunicator_mpi.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ range.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108461,23 +108461,35 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ trajectoryreader.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ xvgtest.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + interactivetest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + interactivetest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ loggertest.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpi_printer.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ mpi_printer.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mpitest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ + mpitest.cpp │ │ │ │ │ + │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata_checkers.h │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -108518,26 +108530,14 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testmatchers.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ testoptions.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - interactivetest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - interactivetest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mpitest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ - mpitest.cpp │ │ │ │ │ - │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ naming.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ refdata_tests.cpp │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/doxygen/xml/todo.xml.gz │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ ├── todo.xml │ │ │ │ │ @@ -452,28 +452,28 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Extend the coverage to the appending case. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ - findDevices │ │ │ │ │ + findDevices │ │ │ │ │ () │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ : Check if errors do propagate in OpenCL as they do in CUDA and whether there is a mechanism to "clear" them. │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ - fit_acf │ │ │ │ │ + fit_acf │ │ │ │ │ (int ncorr, int fitfn, const │ │ │ │ │ gmx_output_env_t │ │ │ │ │ *oenv, gmx_bool bVerbose, real tbeginfit, real tendfit, real dt, real c1[], real *fit) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ @@ -2663,15 +2663,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Change this to class │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ - gmx_pme_init │ │ │ │ │ + gmx_pme_init │ │ │ │ │ (const │ │ │ │ │ t_commrec │ │ │ │ │ *cr, const │ │ │ │ │ NumPmeDomains │ │ │ │ │ &numPmeDomains, const │ │ │ │ │ t_inputrec │ │ │ │ │ *ir, const matrix box, real haloExtentForAtomDisplacement, gmx_bool bFreeEnergy_q, gmx_bool bFreeEnergy_lj, gmx_bool bReproducible, real ewaldcoeff_q, real ewaldcoeff_lj, int nthread, PmeRunMode runMode, │ │ │ │ │ @@ -3202,15 +3202,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ renaming coefficients to charges (?) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ Member │ │ │ │ │ - pme_run_mode │ │ │ │ │ + pme_run_mode │ │ │ │ │ (const gmx_pme_t *pme) │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ This is a rather static data that should be managed by the higher level task scheduler. │ │ ├── ./usr/share/doc/gromacs/html/manual-2025.3-Debian_2025.3_1.pdf │ │ │ ├── dumppdf -at {} │ │ │ │ @@ -158777,20 +158777,20 @@ │ │ │ │ Type │ │ │ │ ObjStm │ │ │ │ N │ │ │ │ 100 │ │ │ │ First │ │ │ │ 1052 │ │ │ │ Length │ │ │ │ -2897 │ │ │ │ +2899 │ │ │ │ Filter │ │ │ │ FlateDecode │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ │ -13421 0 13422 42 13423 84 309 126 313 168 317 210 13416 252 13430 354 13425 524 13433 690 13426 855 13427 1012 13428 1169 13432 1343 321 1385 325 1426 329 1466 333 1508 13429 1550 13440 1637 13434 1807 13435 1942 13436 2074 13437 2253 13438 2431 13442 2608 337 2650 341 2691 13189 2732 345 2774 349 2816 13439 2858 13452 2960 13444 3140 13445 3318 13446 3496 13447 3674 13448 3852 13449 3996 13454 4140 353 4182 357 4223 361 4265 365 4307 369 4349 373 4391 13451 4433 13456 4535 13459 4660 13460 4719 13461 4814 13462 5255 13463 5400 13465 5633 13468 5831 13469 5835 13470 6068 13471 6072 13473 6077 13458 6081 13455 6123 13486 6240 13474 6460 13475 6602 13476 6743 13477 6887 13478 7031 13479 7176 13480 7319 13489 7456 13481 7592 13482 7737 13488 7880 377 7922 381 7964 385 8006 389 8048 393 8090 13485 8132 13523 8264 13483 8724 13484 8868 13491 9012 13492 9154 13493 9297 13494 9442 13495 9587 13496 9732 13497 9877 13498 10021 13499 10165 13500 10309 13501 10452 13502 10596 13503 10740 13504 10884 13505 11027 13506 11172 13507 11317 13508 11461 << /D [13417 0 R /XYZ 72 697.539 null] >> << /D [13417 0 R /XYZ 72 644.364 null] >> << /D [13417 0 R /XYZ 72 625.808 null] >> << /D [13417 0 R /XYZ 72 527.113 null] >> << /D [13417 0 R /XYZ 72 472.249 null] >> << /D [13417 0 R /XYZ 72 210.783 null] >> << /Font << /F65 12596 0 R /F81 12649 0 R /F85 13120 0 R /F84 12898 0 R >> /ProcSet [ /PDF /Text ] >> << /Type /Page /Contents 13431 0 R /Resources 13429 0 R /MediaBox [0 0 595.276 841.89] /Parent 13383 0 R /Annots [ 13425 0 R 13433 0 R 13426 0 R 13427 0 R 13428 0 R ] >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [323.517 265.567 524.272 276.471] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 253.612 100.662 264.516] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [145.145 167.787 176.467 178.691] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(http://manual.gromacs.org/)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [106.938 151.912 156.243 160.759] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(http://forums.gromacs.org/)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [131.407 131.922 309.227 142.826] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues)>> >> << /D [13430 0 R /XYZ 71 807.752 null] >> << /D [13430 0 R /XYZ 72 769.89 null] >> << /D [13430 0 R /XYZ 72 624.2 null] >> << /D [13430 0 R /XYZ 72 403.131 null] >> << /D [13430 0 R /XYZ 72 215.688 null] >> << /Font << /F65 12596 0 R /F81 12649 0 R /F85 13120 0 R >> /ProcSet [ /PDF /Text ] >> << /Type /Page /Contents 13441 0 R /Resources 13439 0 R /MediaBox [0 0 595.276 841.89] /Parent 13443 0 R /Annots [ 13434 0 R 13435 0 R 13436 0 R 13437 0 R 13438 0 R ] >> << /Type /Annot /Subtype /Link /Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0] /Rect [292.268 548.555 364.468 559.459] /A << /S /GoTo /D (chapter.2) >> >> << /Type /Annot /Subtype /Link /Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0] /Rect [190.58 536.6 281.777 547.504] /A << /S /GoTo /D (chapter.5) >> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [301.374 524.645 390.7 535.548] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gromacs.bioexcel.eu/c/gromacs-user-forum/5)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 280.911 115.885 289.877] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4679)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 121.064 115.885 130.03] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4629)>> >> << /D [13440 0 R /XYZ 71 807.752 null] >> << /D [13440 0 R /XYZ 72 769.89 null] >> << /D [13440 0 R /XYZ 72 434.98 null] >> << /D [13440 0 R /XYZ 72 401.904 null] >> << /D [13440 0 R /XYZ 72 378.058 null] >> << /D [13440 0 R /XYZ 72 273.947 null] >> << /Font << /F65 12596 0 R /F81 12649 0 R /F84 12898 0 R /F85 13120 0 R >> /ProcSet [ /PDF /Text ] >> << /Type /Page /Contents 13453 0 R /Resources 13451 0 R /MediaBox [0 0 595.276 841.89] /Parent 13443 0 R /Annots [ 13444 0 R 13445 0 R 13446 0 R 13447 0 R 13448 0 R 13449 0 R ] >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 710.556 115.885 719.402] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4823)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 572.507 115.885 581.473] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4965)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 496.466 115.885 505.312] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/5247)>> >> << /Type /Annot /Border[0 0 0]/H/I/C[0 1 1] /Rect [71.004 396.275 115.885 405.241] /Subtype/Link/A<</Type/Action/S/URI/URI(https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/5390)>> >> << /Type /Annot /Subtype /Link /Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0] /Rect [295.758 305.049 347.384 315.953] /A << /S /GoTo /D (subsection.3.11.39) >> >> << /Type /Annot /Subtype /Link /Border[0 0 0]/H/I/C[1 0 0] /Rect [404.679 305.049 451.772 315.953] /A << /S /GoTo /D (subsection.3.11.54) >> >> << /D [13452 0 R /XYZ 71 807.752 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 769.89 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 703.592 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 565.543 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 489.502 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 388.239 null] >> << /D [13452 0 R /XYZ 72 355.282 null] >> << /Font << /F65 12596 0 R /F81 12649 0 R /F85 13120 0 R /F84 12898 0 R >> /ProcSet [ /PDF /Text ] >> << /Type /Page /Contents 13457 0 R /Resources 13455 0 R /MediaBox [0 0 595.276 841.89] /Parent 13443 0 R /Group 13459 0 R >> << /Type /Group /S /Transparency /I true /CS /DeviceRGB >> << /Producer (cairo 1.18.4 \(https://cairographics.org\)) /CreationDate (D:20250830232406Z) >> << /Type /Font /Subtype /Type1 /BaseFont /GGRFLA+NimbusRoman-Regular /FirstChar 32 /LastChar 121 /FontDescriptor 13463 0 R /Encoding /WinAnsiEncoding /Widths [ 250 0 0 0 0 0 0 0 333 333 0 0 0 0 250 278 0 0 500 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 722 0 667 722 611 0 722 0 0 0 0 0 889 0 722 0 0 667 556 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 444 500 444 500 444 333 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