--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAyRBOA/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_amd64.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAyRBOA/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_amd64.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-12-05 16:25:45.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 9644 2025-12-05 16:25:45.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 4445700 2025-12-05 16:25:45.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 9640 2025-12-05 16:25:45.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4446032 2025-12-05 16:25:45.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -290,21 +290,21 @@ │ │ │ -rwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 1537 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/include/samtools/version.sh │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3567329 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 725624 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 725624 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3246 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8205 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 121060 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815052 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815049 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 626888 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 630984 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3558 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7840 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 104799 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322853 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322856 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1104696 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1108792 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4116 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11827 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 146248 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270971 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1261448 2025-12-05 16:25:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ @@ -65736,15 +65736,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "EnumBase":10 │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_EnumBase │ │ │ * from enum import IntEnum as __Pyx_EnumBase # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_FlagBase │ │ │ @@ -67659,15 +67659,15 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_19 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_19)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_19) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ @@ -67683,15 +67683,15 @@ │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignedsegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: c2a81aeaf142d57c92179a66ac4d8c1054b9b05c │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: b8e4cb1042372241940e1fb6dc07b021b500cf07 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -8492,15 +8492,15 @@ │ │ │ │ lea 0x70dda(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x71638(%rip),%rdi │ │ │ │ call 20db0 │ │ │ │ mov %rax,0x48(%rsp) │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 1fa44 <__cxa_finalize@plt+0x11c94> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %rbx,%rdi │ │ │ │ call 22120 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1af49 <__cxa_finalize@plt+0xd199> │ │ │ │ mov 0x98f51(%rip),%rsi │ │ │ │ mov $0x1,%edi │ │ │ │ @@ -8574,15 +8574,15 @@ │ │ │ │ call 22d80 │ │ │ │ mov 0x10(%rsp),%ecx │ │ │ │ mov (%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0xa6(%rsp) │ │ │ │ je 18ada <__cxa_finalize@plt+0xad2a> │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rsi │ │ │ │ lea 0xa6(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %eax,0x10(%rsp) │ │ │ │ mov %ecx,(%rsp) │ │ │ │ call 22d60 │ │ │ │ mov 0x10(%rsp),%eax │ │ │ │ mov (%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpq $0x0,0x99fd6(%rip) │ │ │ │ je 18b2f <__cxa_finalize@plt+0xad7f> │ │ │ │ @@ -13664,15 +13664,15 @@ │ │ │ │ jne 1dd98 <__cxa_finalize@plt+0xffe8> │ │ │ │ call d490 │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rdi │ │ │ │ call 21e90 │ │ │ │ jmp 18b4f <__cxa_finalize@plt+0xad9f> │ │ │ │ mov 0x8f1a9(%rip),%rcx │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rsi │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ lea 0xa4(%rsp),%rdi │ │ │ │ call da20 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 1dd84 <__cxa_finalize@plt+0xffd4> │ │ │ │ xor %r10d,%r10d │ │ │ │ xor %r15d,%r15d │ │ │ │ xor %r13d,%r13d │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 61383161 65616631 34326435 37633932 a81aeaf142d57c92 │ │ │ │ - 0x00000010 31373961 36366163 34643863 31303534 179a66ac4d8c1054 │ │ │ │ - 0x00000020 62396230 35632e64 65627567 00000000 b9b05c.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 5cf5bf6b \..k │ │ │ │ + 0x00000000 65346362 31303432 33373232 34313934 e4cb104237224194 │ │ │ │ + 0x00000010 30653166 62366463 30376230 32316235 0e1fb6dc07b021b5 │ │ │ │ + 0x00000020 30306366 30372e64 65627567 00000000 00cf07.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 0accf748 ...H │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 68d715e9f5f96063f1ecdc074a71fe9e23e624b5 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 8ecde536f9e61bd5816b3e32398d2a10c7e00320 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -8500,15 +8500,15 @@ │ │ │ │ lea 0x70e0e(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x7166c(%rip),%rdi │ │ │ │ call 20d20 │ │ │ │ mov %rax,0x48(%rsp) │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 1f982 <__cxa_finalize@plt+0x11bd2> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %rbx,%rdi │ │ │ │ call 22040 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1ae80 <__cxa_finalize@plt+0xd0d0> │ │ │ │ mov 0x98f79(%rip),%rsi │ │ │ │ mov $0x1,%edi │ │ │ │ @@ -8583,15 +8583,15 @@ │ │ │ │ call 22cb0 │ │ │ │ mov 0x10(%rsp),%ecx │ │ │ │ mov (%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0xa6(%rsp) │ │ │ │ je 18ab5 <__cxa_finalize@plt+0xad05> │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rsi │ │ │ │ lea 0xa6(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %eax,0x10(%rsp) │ │ │ │ mov %ecx,(%rsp) │ │ │ │ call 22c90 │ │ │ │ mov 0x10(%rsp),%eax │ │ │ │ mov (%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpq $0x0,0x99ffb(%rip) │ │ │ │ je 18b07 <__cxa_finalize@plt+0xad57> │ │ │ │ @@ -13701,15 +13701,15 @@ │ │ │ │ jne 1dc59 <__cxa_finalize@plt+0xfea9> │ │ │ │ call d490 │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rdi │ │ │ │ call 21990 │ │ │ │ jmp 18b27 <__cxa_finalize@plt+0xad77> │ │ │ │ mov 0x8f2e8(%rip),%rcx │ │ │ │ mov 0x48(%rsp),%rsi │ │ │ │ - mov $0x1,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ lea 0xa4(%rsp),%rdi │ │ │ │ call da20 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 1dc45 <__cxa_finalize@plt+0xfe95> │ │ │ │ xor %ebp,%ebp │ │ │ │ xor %r14d,%r14d │ │ │ │ xor %r15d,%r15d │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 64373135 65396635 66393630 36336631 d715e9f5f96063f1 │ │ │ │ - 0x00000010 65636463 30373461 37316665 39653233 ecdc074a71fe9e23 │ │ │ │ - 0x00000020 65363234 62352e64 65627567 00000000 e624b5.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 9b94f383 .... │ │ │ │ + 0x00000000 63646535 33366639 65363162 64353831 cde536f9e61bd581 │ │ │ │ + 0x00000010 36623365 33323339 38643261 31306337 6b3e32398d2a10c7 │ │ │ │ + 0x00000020 65303033 32302e64 65627567 00000000 e00320.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 46be4870 F.Hp │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 10, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 5, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 10, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(10, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 840e0e4214c0f71e3eaea597bb0f88656b2a3f55 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 9bfd0f468b626beb2eae02556a38fd01a44d905d │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -7755,15 +7755,15 @@ │ │ │ │ lea 0x5fe0a(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x603b9(%rip),%rdi │ │ │ │ call de21 <__cxa_finalize@plt+0xf1> │ │ │ │ mov %rax,%r12 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 175ac <__cxa_finalize@plt+0x987c> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %r12,%r15 │ │ │ │ lea 0x42(%rsp),%rdi │ │ │ │ call e60b <__cxa_finalize@plt+0x8db> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1add4 <__cxa_finalize@plt+0xd0a4> │ │ │ │ jmp 17765 <__cxa_finalize@plt+0x9a35> │ │ │ │ @@ -10945,15 +10945,15 @@ │ │ │ │ jne 1ad96 <__cxa_finalize@plt+0xd066> │ │ │ │ call d420 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 1d140 │ │ │ │ jmp 1c236 <__cxa_finalize@plt+0xe506> │ │ │ │ mov 0x7a1bb(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x44(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call d9a0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1ad26 <__cxa_finalize@plt+0xcff6> │ │ │ │ jmp 1ad84 <__cxa_finalize@plt+0xd054> │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ xor %r14d,%r14d │ │ │ │ @@ -12073,15 +12073,15 @@ │ │ │ │ mov %r12d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 1d3e0 │ │ │ │ mov 0x8(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0x46(%rsp) │ │ │ │ je 1c1c1 <__cxa_finalize@plt+0xe491> │ │ │ │ lea 0x46(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %eax,0x8(%rsp) │ │ │ │ call f59e <__cxa_finalize@plt+0x186e> │ │ │ │ mov 0x8(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpq $0x0,0x7e2ef(%rip) │ │ │ │ je 1c216 <__cxa_finalize@plt+0xe4e6> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x7c88d(%rip) │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30653065 34323134 63306637 31653365 0e0e4214c0f71e3e │ │ │ │ - 0x00000010 61656135 39376262 30663838 36353662 aea597bb0f88656b │ │ │ │ - 0x00000020 32613366 35352e64 65627567 00000000 2a3f55.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 62a84c19 b.L. │ │ │ │ + 0x00000000 66643066 34363862 36323662 65623265 fd0f468b626beb2e │ │ │ │ + 0x00000010 61653032 35353661 33386664 30316134 ae02556a38fd01a4 │ │ │ │ + 0x00000020 34643930 35642e64 65627567 00000000 4d905d.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 887ee44b .~.K │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 4b540c11861dc54d1251199146c7bd4836c37334 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 8363c54af28dcf9bfc19cd432339e558d8026f21 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -7781,15 +7781,15 @@ │ │ │ │ lea 0x60df0(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x6139f(%rip),%rdi │ │ │ │ call de21 <__cxa_finalize@plt+0xf1> │ │ │ │ mov %rax,%r12 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 175d5 <__cxa_finalize@plt+0x98a5> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %r12,%r15 │ │ │ │ lea 0x42(%rsp),%rdi │ │ │ │ call e622 <__cxa_finalize@plt+0x8f2> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1acc3 <__cxa_finalize@plt+0xcf93> │ │ │ │ jmp 1778b <__cxa_finalize@plt+0x9a5b> │ │ │ │ @@ -10978,15 +10978,15 @@ │ │ │ │ jne 1ac85 <__cxa_finalize@plt+0xcf55> │ │ │ │ call d420 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 1d070 │ │ │ │ jmp 1c122 <__cxa_finalize@plt+0xe3f2> │ │ │ │ mov 0x7b2cc(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x44(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call d9a0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 1ac18 <__cxa_finalize@plt+0xcee8> │ │ │ │ jmp 1ac73 <__cxa_finalize@plt+0xcf43> │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ xor %r14d,%r14d │ │ │ │ @@ -12106,15 +12106,15 @@ │ │ │ │ mov %r12d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 1d300 │ │ │ │ mov 0x8(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0x46(%rsp) │ │ │ │ je 1c0b0 <__cxa_finalize@plt+0xe380> │ │ │ │ lea 0x46(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0xa,%edx │ │ │ │ + mov $0x5,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %eax,0x8(%rsp) │ │ │ │ call f5c6 <__cxa_finalize@plt+0x1896> │ │ │ │ mov 0x8(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpq $0x0,0x7f400(%rip) │ │ │ │ je 1c102 <__cxa_finalize@plt+0xe3d2> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x7d99e(%rip) │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 35343063 31313836 31646335 34643132 540c11861dc54d12 │ │ │ │ - 0x00000010 35313139 39313436 63376264 34383336 51199146c7bd4836 │ │ │ │ - 0x00000020 63333733 33342e64 65627567 00000000 c37334.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 26a2d7a1 &... │ │ │ │ + 0x00000000 36336335 34616632 38646366 39626663 63c54af28dcf9bfc │ │ │ │ + 0x00000010 31396364 34333233 33396535 35386438 19cd432339e558d8 │ │ │ │ + 0x00000020 30323666 32312e64 65627567 00000000 026f21.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 9c74e4d9 .t.. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ @@ -106378,15 +106378,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 22, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcbcf.pyx":85 │ │ │ * from __future__ import division, print_function │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 22, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(22, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 8d1cd684fa1426364c29083f27244cd12e721d8e │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: f7d9c8117237a708875996ead12ea3ed1fe47568 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -12751,15 +12751,15 @@ │ │ │ │ lea 0xb7aa8(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0xb8306(%rip),%rdi │ │ │ │ call 2efd0 │ │ │ │ mov %rax,%r12 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 25c0f <__cxa_finalize@plt+0x10d1f> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %r12,%r15 │ │ │ │ lea 0x12(%rsp),%rdi │ │ │ │ call 32270 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 2ae5e <__cxa_finalize@plt+0x15f6e> │ │ │ │ jmp 25e52 <__cxa_finalize@plt+0x10f62> │ │ │ │ @@ -17280,15 +17280,15 @@ │ │ │ │ jne 2ae0b <__cxa_finalize@plt+0x15f1b> │ │ │ │ call 144d0 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 32200 │ │ │ │ jmp 2d472 <__cxa_finalize@plt+0x18582> │ │ │ │ mov 0xd8136(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 14b00 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 2adf9 <__cxa_finalize@plt+0x15f09> │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ xor %ebp,%ebp │ │ │ │ lea 0xb2a8b(%rip),%r12 │ │ │ │ @@ -19304,15 +19304,15 @@ │ │ │ │ mov %r13d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 327f0 │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je 2d3fd <__cxa_finalize@plt+0x1850d> │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %eax,0xc(%rsp) │ │ │ │ call 327d0 │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpq $0x0,0xe44cb(%rip) │ │ │ │ je 2d452 <__cxa_finalize@plt+0x18562> │ │ │ │ cmpq $0x0,0xe0fb1(%rip) │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 31636436 38346661 31343236 33363463 1cd684fa1426364c │ │ │ │ - 0x00000010 32393038 33663237 32343463 64313265 29083f27244cd12e │ │ │ │ - 0x00000020 37323164 38652e64 65627567 00000000 721d8e.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 6001f936 `..6 │ │ │ │ + 0x00000000 64396338 31313732 33376137 30383837 d9c8117237a70887 │ │ │ │ + 0x00000010 35393936 65616431 32656133 65643166 5996ead12ea3ed1f │ │ │ │ + 0x00000020 65343735 36382e64 65627567 00000000 e47568.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 9e03c980 .... │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 5f03baa70d7a92ff644f9606d77d80f6f57dec52 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 526ea0f9a3cab2f94ed23bce057cf23f43d864d4 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -12761,15 +12761,15 @@ │ │ │ │ lea 0xb8abe(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0xb931c(%rip),%rdi │ │ │ │ call 2eee0 │ │ │ │ mov %rax,%r12 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je 25c3b <__cxa_finalize@plt+0x10d3b> │ │ │ │ xor %ecx,%ecx │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %r12,%r15 │ │ │ │ lea 0x12(%rsp),%rdi │ │ │ │ call 32070 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 2acf4 <__cxa_finalize@plt+0x15df4> │ │ │ │ jmp 25e78 <__cxa_finalize@plt+0x10f78> │ │ │ │ @@ -17318,15 +17318,15 @@ │ │ │ │ jne 2aca1 <__cxa_finalize@plt+0x15da1> │ │ │ │ call 144d0 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 32010 │ │ │ │ jmp 2d305 <__cxa_finalize@plt+0x18405> │ │ │ │ mov 0xd92a8(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 14b10 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 2ac8f <__cxa_finalize@plt+0x15d8f> │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ xor %ebp,%ebp │ │ │ │ lea 0xb3c31(%rip),%r12 │ │ │ │ @@ -19342,15 +19342,15 @@ │ │ │ │ mov %r13d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 325f0 │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je 2d293 <__cxa_finalize@plt+0x18393> │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x2,%edx │ │ │ │ + mov $0x16,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %eax,0xc(%rsp) │ │ │ │ call 325d0 │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%eax │ │ │ │ cmpq $0x0,0xe5635(%rip) │ │ │ │ je 2d2e5 <__cxa_finalize@plt+0x183e5> │ │ │ │ cmpq $0x0,0xe211b(%rip) │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30336261 61373064 37613932 66663634 03baa70d7a92ff64 │ │ │ │ - 0x00000010 34663936 30366437 37643830 66366635 4f9606d77d80f6f5 │ │ │ │ - 0x00000020 37646563 35322e64 65627567 00000000 7dec52.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 eb9c1256 ...V │ │ │ │ + 0x00000000 36656130 66396133 63616232 66393465 6ea0f9a3cab2f94e │ │ │ │ + 0x00000010 64323362 63653035 37636632 33663433 d23bce057cf23f43 │ │ │ │ + 0x00000020 64383634 64342e64 65627567 00000000 d864d4.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 9f59cd88 .Y.. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@ │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcbcftools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcbcftools.pyx", │ │ │ - "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/mcall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcbcftools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ │ │ │ │ #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c │ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 5, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 57ea3e2046075d045be1ff66d358ee317adb83c4 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: ad4e65e70f02e40a3c053ebf74a593652516b62b │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3406,15 +3406,15 @@ │ │ │ │ lea 0x1a(%rsp),%rdi │ │ │ │ mov %ebp,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7380 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je b891 <__cxa_finalize@plt+0x3e81> │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7780 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x2dfc7(%rip) │ │ │ │ je b8e6 <__cxa_finalize@plt+0x3ed6> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x2d4fd(%rip) │ │ │ │ je b8bb <__cxa_finalize@plt+0x3eab> │ │ │ │ test %r12d,%r12d │ │ │ │ @@ -4029,15 +4029,15 @@ │ │ │ │ lea 0x24c1e(%rip),%rdx │ │ │ │ mov %r8,0x8(%rsp) │ │ │ │ call 75c0 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9f3 <__cxa_finalize@plt+0x5fe3> │ │ │ │ cmpb $0x0,0x12(%rsp) │ │ │ │ je c46b <__cxa_finalize@plt+0x4a5b> │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ mov %rbx,%rdi │ │ │ │ call 72e0 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9f3 <__cxa_finalize@plt+0x5fe3> │ │ │ │ mov 0x2d2c6(%rip),%rdi │ │ │ │ call a5d6 <__cxa_finalize@plt+0x2bc6> │ │ │ │ @@ -4951,15 +4951,15 @@ │ │ │ │ jne d46b <__cxa_finalize@plt+0x5a5b> │ │ │ │ call 7310 │ │ │ │ mov %r14,%rdi │ │ │ │ call e6e0 │ │ │ │ jmp b906 <__cxa_finalize@plt+0x3ef6> │ │ │ │ mov 0x29afe(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7760 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9f3 <__cxa_finalize@plt+0x5fe3> │ │ │ │ jmp d459 <__cxa_finalize@plt+0x5a49> │ │ │ │ xor %r13d,%r13d │ │ │ │ lea 0x207e8(%rip),%rbx │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 65613365 32303436 30373564 30343562 ea3e2046075d045b │ │ │ │ - 0x00000010 65316666 36366433 35386565 33313761 e1ff66d358ee317a │ │ │ │ - 0x00000020 64623833 63342e64 65627567 00000000 db83c4.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 f6092652 ..&R │ │ │ │ + 0x00000000 34653635 65373066 30326534 30613363 4e65e70f02e40a3c │ │ │ │ + 0x00000010 30353365 62663734 61353933 36353235 053ebf74a5936525 │ │ │ │ + 0x00000020 31366236 32622e64 65627567 00000000 16b62b.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 d96b0f7a .k.z │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 359da1f9e6c9d0b7ca198b2c79865fee60f3312d │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: e9130066ca5b768f9fb279a0d850c7073635a10f │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3425,15 +3425,15 @@ │ │ │ │ lea 0x1a(%rsp),%rdi │ │ │ │ mov %ebp,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7380 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je b8bc <__cxa_finalize@plt+0x3eac> │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7780 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x2df9c(%rip) │ │ │ │ je b90e <__cxa_finalize@plt+0x3efe> │ │ │ │ cmpq $0x0,0x2d4d2(%rip) │ │ │ │ je b8e6 <__cxa_finalize@plt+0x3ed6> │ │ │ │ test %r12d,%r12d │ │ │ │ @@ -4048,15 +4048,15 @@ │ │ │ │ lea 0x24c4b(%rip),%rdx │ │ │ │ mov %r8,0x8(%rsp) │ │ │ │ call 75c0 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9b5 <__cxa_finalize@plt+0x5fa5> │ │ │ │ cmpb $0x0,0x12(%rsp) │ │ │ │ je c47e <__cxa_finalize@plt+0x4a6e> │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ mov %rbx,%rdi │ │ │ │ call 72e0 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9b5 <__cxa_finalize@plt+0x5fa5> │ │ │ │ mov 0x2d2b3(%rip),%rdi │ │ │ │ call a5fc <__cxa_finalize@plt+0x2bec> │ │ │ │ @@ -4976,15 +4976,15 @@ │ │ │ │ jne d42d <__cxa_finalize@plt+0x5a1d> │ │ │ │ call 7310 │ │ │ │ mov %r14,%rdi │ │ │ │ call e6a0 │ │ │ │ jmp b92e <__cxa_finalize@plt+0x3f1e> │ │ │ │ mov 0x29b3c(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x5,%edx │ │ │ │ + mov $0x4,%edx │ │ │ │ mov %r14,%rsi │ │ │ │ call 7760 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je d9b5 <__cxa_finalize@plt+0x5fa5> │ │ │ │ jmp d41b <__cxa_finalize@plt+0x5a0b> │ │ │ │ xor %r13d,%r13d │ │ │ │ lea 0x2085a(%rip),%rbx │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 39646131 66396536 63396430 62376361 9da1f9e6c9d0b7ca │ │ │ │ - 0x00000010 31393862 32633739 38363566 65653630 198b2c79865fee60 │ │ │ │ - 0x00000020 66333331 32642e64 65627567 00000000 f3312d.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 43cc9493 C... │ │ │ │ + 0x00000000 31333030 36366361 35623736 38663966 130066ca5b768f9f │ │ │ │ + 0x00000010 62323739 61306438 35306337 30373336 b279a0d850c70736 │ │ │ │ + 0x00000020 33356131 30662e64 65627567 00000000 35a10f.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 f0877e81 ..~. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@ │ │ │ "/usr/lib/x86_64-linux-gnu", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcsamtools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcsamtools.pyx", │ │ │ - "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ + "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/lz4/lz4.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcsamtools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 6, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 6, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(6, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-x86_64-linux-gnu.so │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 3a0fb54628ff74e15f888bffcda76e270a5893cf │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: f3cd69774054bf6b041c1257b340f375941774a9 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -4177,15 +4177,15 @@ │ │ │ │ mov %r13d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 9430 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je eb15 │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %ecx,0xc(%rsp) │ │ │ │ call 98c0 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpq $0x0,0x4615b(%rip) │ │ │ │ je eb6a │ │ │ │ cmpq $0x0,0x451f9(%rip) │ │ │ │ @@ -5300,15 +5300,15 @@ │ │ │ │ mov $0x1,%edx │ │ │ │ lea 0x30351(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x30777(%rip),%rdi │ │ │ │ call 13180 │ │ │ │ mov %rax,%r15 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je edb4 │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %rbp,%rdi │ │ │ │ call 13840 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 10c49 │ │ │ │ mov 0x44765(%rip),%rdi │ │ │ │ call cef4 │ │ │ │ @@ -7331,15 +7331,15 @@ │ │ │ │ jne 12497 │ │ │ │ call 93c0 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 13530 │ │ │ │ jmp eb8a │ │ │ │ mov 0x3eab2(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 98a0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 12485 │ │ │ │ xor %ebp,%ebp │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ lea 0x2df0e(%rip),%r12 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30666235 34363238 66663734 65313566 0fb54628ff74e15f │ │ │ │ - 0x00000010 38383862 66666364 61373665 32373061 888bffcda76e270a │ │ │ │ - 0x00000020 35383933 63662e64 65627567 00000000 5893cf.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 6afd68f9 j.h. │ │ │ │ + 0x00000000 63643639 37373430 35346266 36623034 cd69774054bf6b04 │ │ │ │ + 0x00000010 31633132 35376233 34306633 37353934 1c1257b340f37594 │ │ │ │ + 0x00000020 31373734 61392e64 65627567 00000000 1774a9.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 fc3d5d87 .=]. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-x86_64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 584d7f7f66c9dc8520d4d851fd6aa58ece26d37a │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 4766a03277e7f3afdcefe73480ece212e92a1aa1 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -4198,15 +4198,15 @@ │ │ │ │ mov %r13d,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 9430 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpb $0x0,0x16(%rsp) │ │ │ │ je eb4e │ │ │ │ lea 0x16(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ mov %ecx,0xc(%rsp) │ │ │ │ call 98c0 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ mov 0xc(%rsp),%ecx │ │ │ │ cmpq $0x0,0x46122(%rip) │ │ │ │ je eba0 │ │ │ │ cmpq $0x0,0x451c0(%rip) │ │ │ │ @@ -5321,15 +5321,15 @@ │ │ │ │ mov $0x1,%edx │ │ │ │ lea 0x30341(%rip),%rsi │ │ │ │ lea 0x3076d(%rip),%rdi │ │ │ │ call 13120 │ │ │ │ mov %rax,%r15 │ │ │ │ test %rax,%rax │ │ │ │ je ede6 │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %rax,%rsi │ │ │ │ mov %rbp,%rdi │ │ │ │ call 137e0 │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ je 10c1e │ │ │ │ mov 0x4474f(%rip),%rdi │ │ │ │ call cf17 │ │ │ │ @@ -7350,15 +7350,15 @@ │ │ │ │ jne 123e3 │ │ │ │ call 93c0 │ │ │ │ mov %r15,%rdi │ │ │ │ call 134c0 │ │ │ │ jmp ebc0 │ │ │ │ mov 0x3eb66(%rip),%rcx │ │ │ │ lea 0x14(%rsp),%rdi │ │ │ │ - mov $0x6,%edx │ │ │ │ + mov $0x1,%edx │ │ │ │ mov %r15,%rsi │ │ │ │ call 98a0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ inc %eax │ │ │ │ jne 123d1 │ │ │ │ xor %ebp,%ebp │ │ │ │ xor %ebx,%ebx │ │ │ │ lea 0x2dfc8(%rip),%r12 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 34643766 37663636 63396463 38353230 4d7f7f66c9dc8520 │ │ │ │ - 0x00000010 64346438 35316664 36616135 38656365 d4d851fd6aa58ece │ │ │ │ - 0x00000020 32366433 37612e64 65627567 00000000 26d37a.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 54439f6f TC.o │ │ │ │ + 0x00000000 36366130 33323737 65376633 61666463 66a03277e7f3afdc │ │ │ │ + 0x00000010 65666537 33343830 65636532 31326539 efe73480ece212e9 │ │ │ │ + 0x00000020 32613161 61312e64 65627567 00000000 2a1aa1.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 f5345ec6 .4^.