--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdkvH87J/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2_arm64.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdkvH87J/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2_arm64.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-11-14 13:10:45.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 9288 2025-11-14 13:10:45.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 3370444 2025-11-14 13:10:45.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 9292 2025-11-14 13:10:45.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 3369544 2025-11-14 13:10:45.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -289,20 +289,20 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3643 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/include/samtools/tmp_file.h │ │ │ -rwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 1537 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/include/samtools/version.sh │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3567332 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 737744 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3246 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8205 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 121060 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815052 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815055 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 607072 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3558 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7840 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 104799 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322859 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322856 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1096176 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4116 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11827 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 146248 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270973 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1199784 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.pxd │ │ │ @@ -329,15 +329,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 176 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 822 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270654 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 797808 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636487 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636490 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 341152 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2679 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 42550 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1460462 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 275232 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1322 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.pxd │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ @@ -65736,15 +65736,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "EnumBase":10 │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_EnumBase │ │ │ * from enum import IntEnum as __Pyx_EnumBase # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_FlagBase │ │ │ @@ -67659,15 +67659,15 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_19 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_19)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_19) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ @@ -67683,15 +67683,15 @@ │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignedsegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 972341c91bce2358a04413ce4537077d59b79e5a │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 5ebbfe0c1ae7add5894fe37ed793b2eab9cb1a3a │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -8640,15 +8640,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x1a0 │ │ │ │ bl 1f2e0 │ │ │ │ str x0, [sp, #192] │ │ │ │ cbz x0, 1ccb4 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ mov x0, x19 │ │ │ │ - mov w2, #0x4 // #4 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl 208a4 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 18808 // b.none │ │ │ │ adrp x19, c3000 │ │ │ │ add x22, x19, #0xd60 │ │ │ │ mov x0, #0x1 // #1 │ │ │ │ ldr x1, [x22, #3232] │ │ │ │ @@ -8716,15 +8716,15 @@ │ │ │ │ str w3, [sp, #184] │ │ │ │ bl f568 │ │ │ │ ldr w3, [sp, #184] │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #292] │ │ │ │ cbz w0, 166a0 │ │ │ │ ldr x1, [sp, #192] │ │ │ │ add x0, sp, #0x124 │ │ │ │ - mov w2, #0x4 // #4 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ str w3, [sp, #184] │ │ │ │ bl f558 │ │ │ │ ldr w3, [sp, #184] │ │ │ │ adrp x0, c3000 │ │ │ │ add x0, x0, #0xa40 │ │ │ │ ldr x0, [x0, #96] │ │ │ │ cbz x0, 16704 │ │ │ │ @@ -13499,15 +13499,15 @@ │ │ │ │ ldr x0, [sp, #192] │ │ │ │ bl 205a0 │ │ │ │ b 16724 │ │ │ │ ldr x1, [sp, #192] │ │ │ │ add x0, sp, #0x122 │ │ │ │ adrp x3, bf000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3920] │ │ │ │ - mov w2, #0x4 // #4 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl daa0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.ne 1b12c // b.any │ │ │ │ adrp x27, 82000 │ │ │ │ mov w28, #0x1 // #1 │ │ │ │ add x27, x27, #0xe40 │ │ │ │ mov w3, w28 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 32333431 63393162 63653233 35386130 2341c91bce2358a0 │ │ │ │ - 0x00000010 34343133 63653435 33373037 37643539 4413ce4537077d59 │ │ │ │ - 0x00000020 62373965 35612e64 65627567 00000000 b79e5a.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 e3b1a0ef .... │ │ │ │ + 0x00000000 62626665 30633161 65376164 64353839 bbfe0c1ae7add589 │ │ │ │ + 0x00000010 34666533 37656437 39336232 65616239 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/* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 15, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(15, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 0fd27874deb4bcbc78b534a1d2b44683d3a87e48 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: de65117af8c7acfee8a539d29d08284f1fb7f0bb │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -7255,15 +7255,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x550 │ │ │ │ bl d770 │ │ │ │ mov x25, x0 │ │ │ │ cbz x0, 14608 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x0, sp, #0x40 │ │ │ │ - mov w2, #0x5 // #5 │ │ │ │ + mov w2, #0xf // #15 │ │ │ │ bl e1d4 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 1776c // b.none │ │ │ │ mov x23, x25 │ │ │ │ b 147b8 │ │ │ │ mov x23, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x20, x24, #0xdc8 │ │ │ │ @@ -10302,15 +10302,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x23 │ │ │ │ bl 19da0 │ │ │ │ b 18c20 │ │ │ │ adrp x3, 9f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3936] │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x42 │ │ │ │ - mov w2, #0x5 // #5 │ │ │ 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0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcbcf.pyx":85 │ │ │ * from __future__ import division, print_function │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 27, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(27, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: dafa9c9a7b926c623b1d02afe1cb4df0679cbf3f │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 818f7261e30dc11a154ef7aec29081d326c3772b │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -12876,15 +12876,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x690 │ │ │ │ bl 29c20 │ │ │ │ mov x26, x0 │ │ │ │ cbz x0, 20e18 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x0, sp, #0x80 │ │ │ │ - mov w2, #0x1b // #27 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 2d7c8 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 25568 // b.none │ │ │ │ mov x23, x26 │ │ │ │ b 2106c │ │ │ │ mov x23, #0x0 // #0 │ │ │ │ adrp x20, 11b000 │ │ │ │ @@ -17279,15 +17279,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x23 │ │ │ │ bl 2d6b0 │ │ │ │ b 27acc │ │ │ │ adrp x3, 10f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3928] │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x82 │ │ │ │ - mov w2, #0x1b // #27 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 14340 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.ne 254fc // b.any │ │ │ │ adrp x20, ca000 │ │ │ │ mov w26, #0x1 // #1 │ │ │ │ add x20, x20, #0xc58 │ │ │ │ mov w27, w26 │ │ │ │ @@ -19661,15 +19661,15 @@ │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x88 │ │ │ │ bl 2de30 │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #132] │ │ │ │ cbz w0, 27a5c │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x84 │ │ │ │ - mov w2, #0x1b // #27 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 2de20 │ │ │ │ ldr x0, [x22, #592] │ │ │ │ cbz x0, 27aac │ │ │ │ ldr x0, [x24, #944] │ │ │ │ cbz x0, 27a84 │ │ │ │ cbz w27, 27a84 │ │ │ │ adrp x0, d0000 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 66613963 39613762 39323663 36323362 fa9c9a7b926c623b │ │ │ │ - 0x00000010 31643032 61666531 63623464 66303637 1d02afe1cb4df067 │ │ │ │ - 0x00000020 39636266 33662e64 65627567 00000000 9cbf3f.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 4760fcc9 G`.. │ │ │ │ + 0x00000000 38663732 36316533 30646331 31613135 8f7261e30dc11a15 │ │ │ │ + 0x00000010 34656637 61656332 39303831 64333236 4ef7aec29081d326 │ │ │ │ + 0x00000020 63333737 32622e64 65627567 00000000 c3772b.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 d8709b04 .p.. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@ │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcbcftools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcbcftools.pyx", │ │ │ - "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/mcall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/mcall.c.pysam.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcbcftools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ │ │ │ │ #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c │ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 5041e025b3a2b0ff97de6ae6482b56a8a9c02c18 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 0332852c5d4bdc1637a7056d2173470af034d632 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3404,15 +3404,15 @@ │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ add x0, sp, #0x28 │ │ │ │ bl 7440 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #36] │ │ │ │ cbz w0, b038 │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ add x0, sp, #0x24 │ │ │ │ - mov w2, #0x0 // #0 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 7860 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ add x0, x22, #0xc90 │ │ │ │ ldr x0, [x0, #2624] │ │ │ │ cbz x0, b090 │ │ │ │ ldr x0, [x22, #3216] │ │ │ │ cbz x0, b064 │ │ │ │ cbz w24, b064 │ │ │ │ @@ -4030,15 +4030,15 @@ │ │ │ │ bl 76a0 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq cd28 // b.none │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #32] │ │ │ │ cbz w0, ba08 │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ mov x0, x24 │ │ │ │ - mov w2, #0x0 // #0 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 73a0 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq cd28 // b.none │ │ │ │ add x24, x23, #0xc90 │ │ │ │ ldr x0, [x24, #2456] │ │ │ │ bl a8a4 │ │ │ │ mov x19, x0 │ │ │ │ @@ -4920,15 +4920,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x21 │ │ │ │ bl dc20 │ │ │ │ b b0b0 │ │ │ │ adrp x3, 4f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3968] │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ add x0, sp, #0x22 │ │ │ │ - mov w2, #0x0 // #0 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 7840 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq cd20 // b.none │ │ │ │ b c7c0 │ │ │ │ adrp x19, 2a000 │ │ │ │ mov x20, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x19, x19, #0x8e8 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 34316530 32356233 61326230 66663937 41e025b3a2b0ff97 │ │ │ │ - 0x00000010 64653661 65363438 32623536 61386139 de6ae6482b56a8a9 │ │ │ │ - 0x00000020 63303263 31382e64 65627567 00000000 c02c18.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 66ef2fdd f./. │ │ │ │ + 0x00000000 33323835 32633564 34626463 31363337 32852c5d4bdc1637 │ │ │ │ + 0x00000010 61373035 36643231 37333437 30616630 a7056d2173470af0 │ │ │ │ + 0x00000020 33346436 33322e64 65627567 00000000 34d632.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 88d7000c .... │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.c │ │ │ @@ -20348,15 +20348,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libchtslib.pyx":25 │ │ │ * ######################################################################## │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import io │ │ │ * import re │ │ │ @@ -21130,27 +21130,27 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_3 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_3) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: c08e2c0def3b5f58dc3e0c16bef135717baeef09 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: a48c26cb798ec1e9162bab62fc0adf1e1963c6be │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3472,15 +3472,15 @@ │ │ │ │ mov w2, w25 │ │ │ │ add x0, sp, #0x78 │ │ │ │ bl 82c0 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #116] │ │ │ │ cbz w0, c008 │ │ │ │ ldr x1, [sp, #64] │ │ │ │ add x0, sp, #0x74 │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 8730 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ add x0, x23, #0x900 │ │ │ │ ldr x0, [x0, #3104] │ │ │ │ cbz x0, c060 │ │ │ │ ldr x0, [x23, #2304] │ │ │ │ cbz x0, c034 │ │ │ │ cbz w26, c034 │ │ │ │ @@ -4004,15 +4004,15 @@ │ │ │ │ bl 8570 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq e2c4 // b.none │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #112] │ │ │ │ cbz w0, c860 │ │ │ │ ldr x1, [sp, #64] │ │ │ │ mov x0, x25 │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 8230 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq ca68 // b.none │ │ │ │ add x20, x21, #0x900 │ │ │ │ ldr x0, [x20, #2456] │ │ │ │ bl 9940 │ │ │ │ mov x24, x0 │ │ │ │ @@ -6592,15 +6592,15 @@ │ │ │ │ ldr x0, [sp, #64] │ │ │ │ bl 10590 │ │ │ │ b c080 │ │ │ │ ldr x1, [sp, #64] │ │ │ │ add x0, sp, #0x72 │ │ │ │ adrp x3, 4f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3960] │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 8710 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.ne f0a0 // b.any │ │ │ │ adrp x20, 2d000 │ │ │ │ mov w25, #0x1 // #1 │ │ │ │ add x20, x20, #0x7d0 │ │ │ │ mov w26, w25 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 38653263 30646566 33623566 35386463 8e2c0def3b5f58dc │ │ │ │ - 0x00000010 33653063 31366265 66313335 37313762 3e0c16bef135717b │ │ │ │ - 0x00000020 61656566 30392e64 65627567 00000000 aeef09.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 5efd9c2b ^..+ │ │ │ │ + 0x00000000 38633236 63623739 38656331 65393136 8c26cb798ec1e916 │ │ │ │ + 0x00000010 32626162 36326663 30616466 31653139 2bab62fc0adf1e19 │ │ │ │ + 0x00000020 36336336 62652e64 65627567 00000000 63c6be.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 9cd0fa1a .... │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@ │ │ │ "/usr/lib/aarch64-linux-gnu", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcsamtools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcsamtools.pyx", │ │ │ - "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/lz4/lz4.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcsamtools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 16, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 16, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(16, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: 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