--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdr8vZR1/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_arm64.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdr8vZR1/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_arm64.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-12-05 14:34:25.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 9640 2025-12-05 14:34:25.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 4023180 2025-12-05 14:34:25.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4021488 2025-12-05 14:34:25.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -296,15 +296,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 121060 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815052 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 607072 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 607072 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-314-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3558 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7840 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 104799 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322856 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322859 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1096336 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1096336 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-314-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4116 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 11827 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 146248 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270973 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1199784 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ @@ -338,15 +338,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 822 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270654 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 797808 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 797808 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-314-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636490 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636487 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 341152 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 341152 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2679 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 42550 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1460462 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 275232 2025-12-05 14:34:25.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ @@ -65736,15 +65736,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "EnumBase":10 │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_EnumBase │ │ │ * from enum import IntEnum as __Pyx_EnumBase # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_FlagBase │ │ │ @@ -67659,15 +67659,15 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_19 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_19)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_19) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ @@ -67683,15 +67683,15 @@ │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignedsegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: d12ae8b81be5b10206b93901cc30aff4b777f6c6 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: c74526f5267b332cbf2f724fe33cd38b36f63b6e │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -8640,15 +8640,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x180 │ │ │ │ bl 1e2c0 │ │ │ │ str x0, [sp, #192] │ │ │ │ cbz x0, 1cc94 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ mov x0, x19 │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 1f884 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 187e8 // b.none │ │ │ │ adrp x19, b3000 │ │ │ │ add x22, x19, #0xd60 │ │ │ │ mov x0, #0x1 // #1 │ │ │ │ ldr x1, [x22, #3232] │ │ │ │ @@ -8716,15 +8716,15 @@ │ │ │ │ str w3, [sp, #184] │ │ │ │ bl f548 │ │ │ │ ldr w3, [sp, #184] │ │ │ │ ldrb w0, [sp, 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│ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -8679,15 +8679,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0xa88 │ │ │ │ bl 1e560 │ │ │ │ str x0, [sp, #192] │ │ │ │ cbz x0, 1ce00 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ mov x0, x19 │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ bl 1fba0 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 18904 // b.none │ │ │ │ adrp x19, c3000 │ │ │ │ add x22, x19, #0xd50 │ │ │ │ mov x0, #0x1 // #1 │ │ │ │ ldr x1, [x22, #3232] │ │ │ │ @@ -8755,15 +8755,15 @@ │ │ │ │ str w3, [sp, #184] │ │ │ │ bl f5c0 │ │ │ │ ldr w3, [sp, #184] │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #292] │ │ │ │ cbz w0, 1671c │ │ │ │ ldr x1, [sp, #192] │ │ │ │ add x0, sp, #0x124 │ │ │ │ - mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ + mov w2, #0x2 // #2 │ │ │ │ str w3, [sp, 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4dc966bb M.f. │ │ │ │ + 0x00000000 66356237 61366266 39313337 33656135 f5b7a6bf91373ea5 │ │ │ │ + 0x00000010 61333066 62323762 65333433 33336537 a30fb27be34333e7 │ │ │ │ + 0x00000020 35346230 35652e64 65627567 00000000 54b05e.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 8640e027 .@.' │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 8, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 8, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(8, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 6042c8dd78d6b8fae6ed7299d80a013bf9b68f73 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 4a53e55622274d3c830ca1f1e53df70525060c5b │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -7255,15 +7255,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x530 │ │ │ │ bl d750 │ │ │ │ mov x25, x0 │ │ │ │ cbz x0, 145e8 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x0, sp, #0x40 │ │ │ │ - mov w2, #0x8 // #8 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl e1b4 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 1774c // b.none │ │ │ │ mov x23, x25 │ │ │ │ b 14798 │ │ │ │ mov x23, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x20, x24, #0xdc8 │ │ │ │ @@ -10302,15 +10302,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x23 │ │ │ │ bl 19d80 │ │ │ │ b 18c00 │ │ │ │ adrp x3, 9f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3936] │ │ 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.note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -7288,15 +7288,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x498 │ │ │ │ bl d750 │ │ │ │ mov x25, x0 │ │ │ │ cbz x0, 1466c │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x0, sp, #0x40 │ │ │ │ - mov w2, #0x8 // #8 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl e1ec │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 17808 // b.none │ │ │ │ mov x23, x25 │ │ │ │ b 1481c │ │ │ │ mov x23, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x20, x24, #0xdc8 │ │ │ │ @@ -10349,15 +10349,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x23 │ │ │ │ bl 19f50 │ │ │ │ b 18cbc │ │ │ │ adrp x3, 9f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3936] │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x42 │ │ │ │ - mov w2, #0x8 // #8 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl d260 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 17758 // b.none 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__pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcbcf.pyx":85 │ │ │ * from __future__ import division, print_function │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 13, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(13, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: a72a075d089944ef7850287606806c7fd6a6fe08 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 73a6c6a25d7616238a07cad674065465981a4b65 │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -12876,15 +12876,15 @@ │ │ │ │ add x0, x0, #0x670 │ │ │ │ bl 29c00 │ │ │ │ mov x26, x0 │ │ │ │ cbz x0, 20df8 │ │ │ │ mov x1, x0 │ │ │ │ mov w3, #0x0 // #0 │ │ │ │ add x0, sp, #0x80 │ │ │ │ - mov w2, #0x4 // #4 │ │ │ │ + mov w2, #0xd // #13 │ │ │ │ bl 2d7a8 │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.eq 25548 // b.none │ │ │ │ mov x23, x26 │ │ │ │ b 2104c │ │ │ │ mov x23, #0x0 // #0 │ │ │ │ adrp x20, 11b000 │ │ │ │ @@ -17279,15 +17279,15 @@ │ │ │ │ mov x0, x23 │ │ │ │ bl 2d690 │ │ │ │ b 27aac │ │ │ │ adrp x3, 10f000 │ │ │ │ ldr x3, [x3, #3928] │ │ │ │ mov x1, x23 │ │ │ │ add x0, sp, #0x82 │ │ │ │ - mov w2, #0x4 // #4 │ │ │ │ + mov w2, #0xd // #13 │ │ │ │ bl 14320 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt> │ │ │ │ cmn w0, #0x1 │ │ │ │ b.ne 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./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@ │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcbcftools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcbcftools.pyx", │ │ │ - "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ 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- "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcmp.c.pysam.c", 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__PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 5, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,8 +1,8 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: ebc310920385b95c484d5211ef5fc57f3a2caad2 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 441eb35c650d1cfbd8b7722abe1481053da5befc │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.property │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ GNU 0x00000010 NT_GNU_PROPERTY_TYPE_0 Properties: AArch64 feature: BTI, PAC, GCS │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3404,15 +3404,15 @@ │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ add x0, sp, #0x28 │ │ │ │ bl 7420 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt> │ │ │ │ ldrb w0, [sp, #36] │ │ │ │ cbz w0, b018 │ │ │ │ mov x1, x21 │ │ │ │ add x0, sp, #0x24 │ │ │ │ - mov w2, #0x5 // #5 │ │ │ │ + mov w2, #0x1 // #1 │ │ │ │ bl 7840 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt> │ │ │ │ add x0, x22, #0xc90 │ │ │ │ ldr x0, [x0, #2624] │ │ │ │ cbz x0, b070 │ │ │ │ ldr x0, [x22, #3216] │ │ │ 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(void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 15, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 3, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 15, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 3, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(15, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(3, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-aarch64-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf 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