--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdkmmbMR/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b2_armhf.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdkmmbMR/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b2_armhf.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-11-14 13:10:47.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 9348 2025-11-14 13:10:47.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 3416696 2025-11-14 13:10:47.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 9344 2025-11-14 13:10:47.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 3416744 2025-11-14 13:10:47.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -329,15 +329,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 176 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 822 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270658 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 599652 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636493 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636496 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 269308 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2679 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 42550 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1460468 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 203584 2025-11-14 13:10:47.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1322 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.pxd │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ @@ -65736,15 +65736,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "EnumBase":10 │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_EnumBase │ │ │ * from enum import IntEnum as __Pyx_EnumBase # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_FlagBase │ │ │ @@ -67659,15 +67659,15 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_19 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_19)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_19) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ @@ -67683,15 +67683,15 @@ │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignedsegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: e731383e15c3b6c1624032bf594078d08a210e0a │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 0b0a978a41381df23e770375ac74d0ac6a81ca5b │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6553,15 +6553,15 @@ │ │ │ │ bvs ff187b18 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignedsegment@@Base+0xff0f4dd4> │ │ │ │ @ instruction: 0xf8dfb995 │ │ │ │ tstcs r1, r8, lsr r8 │ │ │ │ @ instruction: 0xf0074478 │ │ │ │ eorls pc, r0, r3, lsl #19 │ │ │ │ @ instruction: 0xf0032800 │ │ │ │ strmi r8, [r1], -pc, lsl #3 │ │ │ │ - stmdage fp!, {r0, r9, sp} │ │ │ │ + stmdage fp!, {r2, r9, sp} │ │ │ │ cdp2 0, 8, cr15, cr4, cr7, {0} │ │ │ │ @ instruction: 0xf0033001 │ │ │ │ mul r1, ip, r1 │ │ │ │ nopls {0} @ │ │ │ │ ldmdami r0, {r0, r1, r2, r3, r4, r6, r7, fp, ip, sp, lr, pc} │ │ │ │ andcs sl, r1, r6, lsr #30 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d4447c │ │ │ │ @@ -9641,15 +9641,15 @@ │ │ │ │ svcmi 0x0080f1b3 │ │ │ │ blcc 86720 │ │ │ │ ldmdblt r3, {r0, r1, r5, sp, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f64620 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89de856 │ │ │ │ cmnlt fp, lr, lsr #1 │ │ │ │ strbcc pc, [r0, #2271] @ 0x8df @ │ │ │ │ - stmdbls r2!, {r0, r9, sp} │ │ │ │ + stmdbls r2!, {r2, r9, sp} │ │ │ │ adceq pc, lr, sp, lsl #2 │ │ │ │ stmdbls r0!, {r0, r1, r3, r6, r7, fp, ip, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f6931a │ │ │ │ andcc lr, r1, r8, lsr #22 │ │ │ │ bichi pc, r6, r2 │ │ │ │ ldm lr!, {r1, r2, r4, r5, r6, r7, r8, r9, sl, ip, sp, lr, pc}^ │ │ │ │ @ instruction: 0xf0039820 │ │ │ │ @@ -11963,15 +11963,15 @@ │ │ │ │ blls 8da620 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignedsegment@@Base+0x8478dc> │ │ │ │ stmdbls r0!, {r1, r4, r5, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ stmdage sp!, {r1, r4, r6, r9, sl, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f5931b │ │ │ │ blls 7119f4 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignedsegment@@Base+0x67ecb0> │ │ │ │ umlalscs pc, r0, sp, r8 @ │ │ │ │ stmdbls r0!, {r1, r4, r5, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ - stmdage ip!, {r0, r9, sp} │ │ │ │ + stmdage ip!, {r2, r9, sp} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f4931b │ │ │ │ blls 70c7dc <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignedsegment@@Base+0x679a98> │ │ │ │ ldrbtmi r4, [sl], #-2594 @ 0xfffff5de │ │ │ │ mcrne 8, 5, pc, cr0, cr2, {6} @ │ │ │ │ ldmdavs r2, {r0, r4, r6, r7, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ @ instruction: 0xb12bb132 │ │ │ │ @ instruction: 0x4651481f │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 33313338 33653135 63336236 63313632 31383e15c3b6c162 │ │ │ │ - 0x00000010 34303332 62663539 34303738 64303861 4032bf594078d08a │ │ │ │ - 0x00000020 32313065 30612e64 65627567 00000000 210e0a.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 c87e7229 .~r) │ │ │ │ + 0x00000000 30613937 38613431 33383164 66323365 0a978a41381df23e │ │ │ │ + 0x00000010 37373033 37356163 37346430 61633661 770375ac74d0ac6a │ │ │ │ + 0x00000020 38316361 35622e64 65627567 00000000 81ca5b.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 77844bff w.K. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 5, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 3, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 3, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(3, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 31dd6c172e82ddf068b89c647556dce5b04043e5 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 5a865f18a5cad3544fed932fe1db8dc71110be08 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -5600,15 +5600,15 @@ │ │ │ │ b fe149c24 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignmentfile@@Base+0xfe0c7088> │ │ │ │ ldmiblt r7, {r0, r1, r2, r6, r7, r9, fp, sp, lr} │ │ │ │ ldmdaeq ip, {r0, r1, r2, r3, r4, r6, r7, fp, ip, sp, lr, pc}^ │ │ │ │ ldrbtmi r2, [r8], #-257 @ 0xfffffeff │ │ │ │ mcr2 7, 2, pc, cr14, cr11, {7} @ │ │ │ │ stmdacs r0, {r1, r7, r9, sl, lr} │ │ │ │ ldrhi pc, [r8], r2 │ │ │ │ - andcs sl, r5, #983040 @ 0xf0000 │ │ │ │ + andcs sl, r3, #983040 @ 0xf0000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fc4651 │ │ │ │ andcc pc, r1, r1, lsl r9 @ │ │ │ │ ldrhi pc, [r9], r2 │ │ │ │ @ instruction: 0xf04fe001 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8df0a00 │ │ │ │ ldrbtmi r5, [sp], #-2104 @ 0xfffff7c8 │ │ │ │ beq f49fc8 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignmentfile@@Base+0xec742c> │ │ │ │ @@ -8403,15 +8403,15 @@ │ │ │ │ blcc 8501c <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignmentfile@@Base+0x2480> │ │ │ │ ldmdblt r3, {r0, r1, r5, sp, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f74620 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dea28 │ │ │ │ strcs r3, [r0], #-62 @ 0xffffffc2 │ │ │ │ cmnlt fp, sl, lsl #8 │ │ │ │ ldmcc r0, {r0, r1, r2, r3, r4, r6, r7, fp, ip, sp, lr, pc} │ │ │ │ - ldrbmi r2, [r1], -r5, lsl #4 │ │ │ │ + ldrbmi r2, [r1], -r3, lsl #4 │ │ │ │ eorseq pc, lr, sp, lsl #2 │ │ │ │ andcc pc, r3, fp, asr r8 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f79307 │ │ │ │ ldrdcc lr, [r1], -sl │ │ │ │ eorshi pc, r2, #1 │ │ │ │ b fefcc818 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignmentfile@@Base+0xfef49c7c> │ │ │ │ @ instruction: 0xf0024650 │ │ │ │ @@ -9731,15 +9731,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dffa7 │ │ │ │ teqlt r3, r4, asr #32 │ │ │ │ strle r0, [r4], #-2043 @ 0xfffff805 │ │ │ │ ldrbmi r4, [r1], -sl, lsr #12 │ │ │ │ @ instruction: 0xf001a811 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89df923 │ │ │ │ @ instruction: 0xb1233040 │ │ │ │ - andcs r4, r5, #84934656 @ 0x5100000 │ │ │ │ + andcs r4, r3, #84934656 @ 0x5100000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f6a810 │ │ │ │ blmi fec0a744 <__pyx_module_is_main_pysam__libcalignmentfile@@Base+0xfeb87ba8> │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d3447b │ │ │ │ strhlt r2, [r2, #200]! @ 0xc8 │ │ │ │ cmplt r3, fp, lsl r8 │ │ │ │ svceq 0x0000f1b9 │ │ │ │ stmiami fp!, {r0, r2, ip, lr, pc} │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 64643663 31373265 38326464 66303638 dd6c172e82ddf068 │ │ │ │ - 0x00000010 62383963 36343735 35366463 65356230 b89c647556dce5b0 │ │ │ │ - 0x00000020 34303433 65352e64 65627567 00000000 4043e5.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 596b7fb8 Yk.. │ │ │ │ + 0x00000000 38363566 31386135 63616433 35343466 865f18a5cad3544f │ │ │ │ + 0x00000010 65643933 32666531 64623864 63373131 ed932fe1db8dc711 │ │ │ │ + 0x00000020 31306265 30382e64 65627567 00000000 10be08.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 010ab522 ..." │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ @@ -106378,15 +106378,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 5, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 7, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcbcf.pyx":85 │ │ │ * from __future__ import division, print_function │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 5, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 7, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(5, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(7, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: b7f15a84a51007ce2a28501e215c2f985d0ee66e │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 32f37e2625b5dc357d4b3ca38d6b37a9afa7e3ff │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -9614,15 +9614,15 @@ │ │ │ │ bl 6d038c <__pyx_module_is_main_pysam__libcbcf@@Base+0x608f84> │ │ │ │ ldmiblt r4, {r2, r6, r7, r9, fp, sp, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0x0724f8df │ │ │ │ ldrbtmi r2, [r8], #-257 @ 0xfffffeff │ │ │ │ blx fe0ce3ec <__pyx_module_is_main_pysam__libcbcf@@Base+0xfe006fe4> │ │ │ │ stmdacs r0, {r1, r7, r9, sl, lr} │ │ │ │ strbthi pc, [r0], #4 @ │ │ │ │ - andcs sl, r5, #1638400 @ 0x190000 │ │ │ │ + andcs sl, r7, #1638400 @ 0x190000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf00a4651 │ │ │ │ andcc pc, r1, r3, asr ip @ │ │ │ │ strbthi pc, [r2], #4 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf04fe001 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8df0a00 │ │ │ │ ldrbtmi r4, [ip], #-1792 @ 0xfffff900 │ │ │ │ strpl pc, [r0], r4, lsl #10 │ │ │ │ @@ -14240,15 +14240,15 @@ │ │ │ │ svcmi 0x0080f1b3 │ │ │ │ blcc 8d414 │ │ │ │ ldmdblt r3, {r0, r1, r5, sp, lr} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f14620 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dec24 │ │ │ │ cmnlt fp, r6, rrx │ │ │ │ ldccc 8, cr15, [ip], #892 @ 0x37c │ │ │ │ - ldrbmi r2, [r1], -r5, lsl #4 │ │ │ │ + ldrbmi r2, [r1], -r7, lsl #4 │ │ │ │ rsbeq pc, r6, sp, lsl #2 │ │ │ │ andcc pc, r3, fp, asr r8 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f19315 │ │ │ │ andcc lr, r1, sl, lsr #30 │ │ │ │ teqphi r3, r2 @ p-variant is OBSOLETE │ │ │ │ stcl 7, cr15, [ip], {241} @ 0xf1 │ │ │ │ @ instruction: 0xf0054650 │ │ │ │ @@ -16461,15 +16461,15 @@ │ │ │ │ blx fe7d4ebe <__pyx_module_is_main_pysam__libcbcf@@Base+0xfe70dab6> │ │ │ │ mlscc ip, sp, r8, pc @ │ │ │ │ ldrtmi fp, [r2], -r3, lsr #2 │ │ │ │ ldmdage fp, {r0, r4, r6, r9, sl, lr} │ │ │ │ cdp2 0, 13, cr15, cr8, cr3, {0} │ │ │ │ mlscc r8, sp, r8, pc @ │ │ │ │ ldrbmi fp, [r1], -r3, lsr #2 │ │ │ │ - ldmdage sl, {r0, r2, r9, sp} │ │ │ │ + ldmdage sl, {r0, r1, r2, r9, sp} │ │ │ │ ldcl 7, cr15, [r8, #956]! @ 0x3bc │ │ │ │ ldrbtmi r4, [fp], #-2865 @ 0xfffff4cf │ │ │ │ mvnlt r6, fp, lsl r8 │ │ │ │ ldrbtmi r4, [fp], #-2864 @ 0xfffff4d0 │ │ │ │ cmplt r3, fp, lsl r8 │ │ │ │ svceq 0x0000f1b8 │ │ │ │ stmdami lr!, {r0, r2, ip, lr, pc} │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 66313561 38346135 31303037 63653261 f15a84a51007ce2a │ │ │ │ - 0x00000010 32383530 31653231 35633266 39383564 28501e215c2f985d │ │ │ │ - 0x00000020 30656536 36652e64 65627567 00000000 0ee66e.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 e7063e77 ..>w │ │ │ │ + 0x00000000 66333765 32363235 62356463 33353764 f37e2625b5dc357d │ │ │ │ + 0x00000010 34623363 61333864 36623337 61396166 4b3ca38d6b37a9af │ │ │ │ + 0x00000020 61376533 66662e64 65627567 00000000 a7e3ff.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 0cd8e552 ...R │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@ │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcbcftools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcbcftools.pyx", │ │ │ - "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/mcall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/mcall.c.pysam.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcbcftools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ │ │ │ │ #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c │ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 423c65eb4d32500490c8bedef347453784a0bb52 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 2c0923b7cf194663c774e8dbfc9661816be01f92 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -2857,15 +2857,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fd4628 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89df9fd │ │ │ │ @ instruction: 0xb1233034 │ │ │ │ @ instruction: 0x46214632 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fca80d │ │ │ │ @ instruction: 0xf89def34 │ │ │ │ @ instruction: 0xb1233030 │ │ │ │ - andcs r4, r1, #34603008 @ 0x2100000 │ │ │ │ + andcs r4, r4, #34603008 @ 0x2100000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fda80c │ │ │ │ @ instruction: 0xf8dfe8b2 │ │ │ │ ldrbtmi r3, [fp], #-1840 @ 0xfffff8d0 │ │ │ │ strcs pc, [r4, #-2259]! @ 0xfffff72d │ │ │ │ ldmdavs fp, {r1, r4, r5, r6, r7, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ @ instruction: 0xf1b8b14b │ │ │ │ andle r0, r6, r0, lsl #30 │ │ │ │ @@ -3470,15 +3470,15 @@ │ │ │ │ movwcs r6, #29059 @ 0x7183 │ │ │ │ stmib sp, {r0, r1, r3, fp, sp, pc}^ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fcab08 │ │ │ │ andcc lr, r1, r4, asr #22 │ │ │ │ andhi pc, sl, r1 │ │ │ │ mlacc ip, sp, r8, pc @ │ │ │ │ stmdage fp, {r0, r1, r3, r4, r5, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ - strtmi r2, [r1], -r1, lsl #4 │ │ │ │ + strtmi r2, [r1], -r4, lsl #4 │ │ │ │ b 8c559c <__pyx_module_is_main_pysam__libcfaidx@@Base+0x884168> │ │ │ │ @ instruction: 0xf0003001 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8df87ff │ │ │ │ ldrbtmi r7, [pc], #-2716 @ 75b8 <__assert_fail@plt+0x3660> │ │ │ │ strbeq pc, [ip], #2263 @ 0x8d7 @ │ │ │ │ mcr2 7, 7, pc, cr8, cr14, {7} @ │ │ │ │ stmdblt r0, {r1, r2, r9, sl, lr}^ │ │ │ │ @@ -4474,15 +4474,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf1b33000 │ │ │ │ ble 19c340 <__pyx_module_is_main_pysam__libcfaidx@@Base+0x15af0c> │ │ │ │ @ instruction: 0xf8c83b01 │ │ │ │ ldmdblt r3, {ip, sp} │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fb4640 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89de9e2 │ │ │ │ cmplt fp, lr, lsr #32 │ │ │ │ - andcs r4, r1, #60, 22 @ 0xf000 │ │ │ │ + andcs r4, r4, #60, 22 @ 0xf000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf10d4621 │ │ │ │ @ instruction: 0xf859002e │ │ │ │ movwls r3, #28675 @ 0x7003 │ │ │ │ bl ffe46554 <__pyx_module_is_main_pysam__libcfaidx@@Base+0xffe05120> │ │ │ │ andsle r3, fp, r1 │ │ │ │ b 154655c <__pyx_module_is_main_pysam__libcfaidx@@Base+0x1505128> │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fb4620 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 33633635 65623464 33323530 30343930 3c65eb4d32500490 │ │ │ │ - 0x00000010 63386265 64656633 34373435 33373834 c8bedef347453784 │ │ │ │ - 0x00000020 61306262 35322e64 65627567 00000000 a0bb52.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 7abceedd z... │ │ │ │ + 0x00000000 30393233 62376366 31393436 36336337 0923b7cf194663c7 │ │ │ │ + 0x00000010 37346538 64626663 39363631 38313662 74e8dbfc9661816b │ │ │ │ + 0x00000020 65303166 39322e64 65627567 00000000 e01f92.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 da2efe54 ...T │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.c │ │ │ @@ -20348,15 +20348,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libchtslib.pyx":25 │ │ │ * ######################################################################## │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import io │ │ │ * import re │ │ │ @@ -21130,27 +21130,27 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_3 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_3) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 2068356b3bff0e9a69d757a4144c34c5d377d9f4 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: ad18686b0649ced87e631358e8f862663ddb445e │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -2951,15 +2951,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf0034630 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dfec3 │ │ │ │ qsublt r3, ip, r3 │ │ │ │ strbmi r4, [r1], -sl, asr #12 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fca817 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dee4c │ │ │ │ qsublt r3, r8, r3 │ │ │ │ - andcs r4, r0, #68157440 @ 0x4100000 │ │ │ │ + andcs r4, r1, #68157440 @ 0x4100000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fca816 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8dfefec │ │ │ │ ldrbtmi r3, [fp], #-1852 @ 0xfffff8c4 │ │ │ │ @ instruction: 0x2618f8d3 │ │ │ │ ldmdavs fp, {r1, r4, r5, r6, r7, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ @ instruction: 0xf1bbb14b │ │ │ │ andle r0, r6, r0, lsl #30 │ │ │ │ @@ -3523,15 +3523,15 @@ │ │ │ │ orrvs r7, r3, sl, lsl #5 │ │ │ │ ldmdage r5, {r0, r1, r2, r8, r9, sp} │ │ │ │ ldrmi lr, [r2, #-2509] @ 0xfffff633 │ │ │ │ b ff245db4 <__pyx_module_is_main_pysam__libchtslib@@Base+0xff204a98> │ │ │ │ @ instruction: 0xf0013001 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89d83ac │ │ │ │ teqlt fp, r4, asr r0 │ │ │ │ - @ instruction: 0x463aa815 │ │ │ │ + andcs sl, r1, #1376256 @ 0x150000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fc4641 │ │ │ │ andcc lr, r1, r4, lsl #19 │ │ │ │ rschi pc, r1, r0 │ │ │ │ stmibmi ip, {r0, r1, r2, r3, r4, r6, r7, fp, ip, sp, lr, pc}^ │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d4447c │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fd04d0 │ │ │ │ @ instruction: 0x4605fb15 │ │ │ │ @@ -5872,15 +5872,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf1b36823 │ │ │ │ ble 15e070 <__pyx_module_is_main_pysam__libchtslib@@Base+0x11cd54> │ │ │ │ eorvs r3, r3, r1, lsl #22 │ │ │ │ @ instruction: 0x4620b913 │ │ │ │ mrc 7, 5, APSR_nzcv, cr12, cr9, {7} │ │ │ │ @ instruction: 0x3056f89d │ │ │ │ blmi 1a76810 <__pyx_module_is_main_pysam__libchtslib@@Base+0x1a354f4> │ │ │ │ - stmdbls ip, {r9, sp} │ │ │ │ + stmdbls ip, {r0, r9, sp} │ │ │ │ subseq pc, r6, sp, lsl #2 │ │ │ │ strbmi r5, [r1], -fp, asr #17 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fa930d │ │ │ │ andcc lr, r1, r4, lsl #18 │ │ │ │ adchi pc, r3, #0 │ │ │ │ svc 0x003cf7f9 │ │ │ │ @ instruction: 0xf0004640 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 36383335 36623362 66663065 39613639 68356b3bff0e9a69 │ │ │ │ - 0x00000010 64373537 61343134 34633334 63356433 d757a4144c34c5d3 │ │ │ │ - 0x00000020 37376439 66342e64 65627567 00000000 77d9f4.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 333968c2 39h. │ │ │ │ + 0x00000000 31383638 36623036 34396365 64383765 18686b0649ced87e │ │ │ │ + 0x00000010 36333133 35386538 66383632 36363364 631358e8f862663d │ │ │ │ + 0x00000020 64623434 35652e64 65627567 00000000 db445e.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 fbf069f1 ..i. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.c │ │ │ @@ -6735,15 +6735,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcsamfile", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcsamfile", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcsamfile.pyx":4 │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * # adds doc-strings for sphinx │ │ │ * import tempfile # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import sys │ │ │ @@ -6932,24 +6932,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * # adds doc-strings for sphinx │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcsamfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: adb6e42fcbe99bf9f9b38910bb50877d46b7e894 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: a93fae0e0bb49b247e10c867479e357a95a70b34 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -1379,15 +1379,15 @@ │ │ │ │ stc2 0, cr15, [r6], #-4 │ │ │ │ mlascc r4, sp, r8, pc @ │ │ │ │ ldrtmi fp, [r2], -r3, lsr #2 │ │ │ │ stmdage sp, {r0, r3, r5, r9, sl, lr} │ │ │ │ bl ff3c1640 <__pyx_module_is_main_pysam__libcsamfile@@Base+0xff3a0f10> │ │ │ │ mlascc r0, sp, r8, pc @ │ │ │ │ strtmi fp, [r9], -r3, lsr #2 │ │ │ │ - stmdage ip, {r0, r9, sp} │ │ │ │ + stmdage ip, {r1, r9, sp} │ │ │ │ stc 7, cr15, [r0], #1016 @ 0x3f8 │ │ │ │ ldrtcc pc, [r4], #-2271 @ 0xfffff721 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d3447b │ │ │ │ mvnslt r2, r4, lsr #3 │ │ │ │ cmplt fp, fp, lsl r8 │ │ │ │ svceq 0x0000f1b8 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8dfd006 │ │ │ │ @@ -2041,15 +2041,15 @@ │ │ │ │ orrvs r7, r3, r4, asr #5 │ │ │ │ stmdage fp, {r0, r1, r2, r8, r9, sp} │ │ │ │ blge 23e7cc <__pyx_module_is_main_pysam__libcsamfile@@Base+0x21e09c> │ │ │ │ svc 0x0018f7fd │ │ │ │ @ instruction: 0xf0003001 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89d82ac │ │ │ │ teqlt fp, ip, lsr #32 │ │ │ │ - andcs sl, r1, #720896 @ 0xb0000 │ │ │ │ + andcs sl, r2, #720896 @ 0xb0000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fd4629 │ │ │ │ andcc lr, r1, r2, ror lr │ │ │ │ adchi pc, r1, #0 │ │ │ │ @ instruction: 0x7634f8df │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d7447f │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fe017c │ │ │ │ @ instruction: 0x4606fddf │ │ │ │ @@ -2367,15 +2367,15 @@ │ │ │ │ svcmi 0x0080f1b3 │ │ │ │ blcc 7adc4 <__pyx_module_is_main_pysam__libcsamfile@@Base+0x5a694> │ │ │ │ andcc pc, r0, r8, asr #17 │ │ │ │ @ instruction: 0x4640b913 │ │ │ │ bl fe8c25ac <__pyx_module_is_main_pysam__libcsamfile@@Base+0xfe8a1e7c> │ │ │ │ mlacc lr, sp, r8, pc @ │ │ │ │ blmi 1cb0b2c <__pyx_module_is_main_pysam__libcsamfile@@Base+0x1c903fc> │ │ │ │ - strtmi r2, [r9], -r1, lsl #4 │ │ │ │ + strtmi r2, [r9], -r2, lsl #4 │ │ │ │ eoreq pc, lr, sp, lsl #2 │ │ │ │ andcc pc, r3, r9, asr r8 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fd9307 │ │ │ │ ldrdcc lr, [r1], -r2 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fdd00b │ │ │ │ strtmi lr, [r8], -ip, ror #23 │ │ │ │ mrrc2 0, 0, pc, r2, cr0 @ │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 62366534 32666362 65393962 66396639 b6e42fcbe99bf9f9 │ │ │ │ - 0x00000010 62333839 31306262 35303837 37643436 b38910bb50877d46 │ │ │ │ - 0x00000020 62376538 39342e64 65627567 00000000 b7e894.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 ac13d256 ...V │ │ │ │ + 0x00000000 33666165 30653062 62343962 32343765 3fae0e0bb49b247e │ │ │ │ + 0x00000010 31306338 36373437 39653335 37613935 10c867479e357a95 │ │ │ │ + 0x00000020 61373062 33342e64 65627567 00000000 a70b34.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 61cddaea a... │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@ │ │ │ "/usr/lib/arm-linux-gnueabihf", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcsamtools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcsamtools.pyx", │ │ │ - "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/lz4/lz4.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcsamtools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 3, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 10, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 3, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 10, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(3, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(10, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-arm-linux-gnueabihf.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: a14bcbe68895e477ebfc4da6316c1831fbc6e186 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: ba8df3573e816f0686570de75cb37a7dca0185dd │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -3243,15 +3243,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf0034638 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89dff1f │ │ │ │ @ instruction: 0xb123304c │ │ │ │ @ instruction: 0x46414632 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fca813 │ │ │ │ @ instruction: 0xf89debda │ │ │ │ @ instruction: 0xb1233048 │ │ │ │ - andcs r4, r3, #68157440 @ 0x4100000 │ │ │ │ + andcs r4, sl, #68157440 @ 0x4100000 │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fca812 │ │ │ │ blmi 1b4362c <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0x1af174c> │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d3447b │ │ │ │ mvnlt r2, r4, asr r7 │ │ │ │ cmplt r3, fp, lsl r8 │ │ │ │ svceq 0x0000f1b9 │ │ │ │ stmdami r8!, {r0, r2, ip, lr, pc}^ │ │ │ │ @@ -4421,15 +4421,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf502a811 │ │ │ │ stc 2, cr7, [sp, #28] │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fb7b0e │ │ │ │ andcc lr, r1, r8, lsr #23 │ │ │ │ ldrbhi pc, [r5], r0 @ │ │ │ │ umaalcc pc, r4, sp, r8 @ │ │ │ │ ldmdage r1, {r0, r1, r3, r4, r5, r8, ip, sp, pc} │ │ │ │ - strbmi r2, [r1], -r3, lsl #4 │ │ │ │ + strbmi r2, [r1], -sl, lsl #4 │ │ │ │ b 1647284 <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0x15f53a4> │ │ │ │ @ instruction: 0xf0003001 │ │ │ │ stcmi 4, cr8, [fp, #784]! @ 0x310 │ │ │ │ @ instruction: 0xf8d5447d │ │ │ │ @ instruction: 0xf7fe057c │ │ │ │ @ instruction: 0x4604f9b7 │ │ │ │ @ instruction: 0xf0002800 │ │ │ │ @@ -6363,15 +6363,15 @@ │ │ │ │ @ instruction: 0xf1b36823 │ │ │ │ ble 15eed8 <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0x10cff8> │ │ │ │ eorvs r3, r3, r1, lsl #22 │ │ │ │ @ instruction: 0x4620b913 │ │ │ │ b fedc90c8 <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0xfed771e8> │ │ │ │ umaalcc pc, r6, sp, r8 @ │ │ │ │ blmi febb7678 <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0xfeb65798> │ │ │ │ - strbmi r2, [r1], -r3, lsl #4 │ │ │ │ + strbmi r2, [r1], -sl, lsl #4 │ │ │ │ subeq pc, r6, sp, lsl #2 │ │ │ │ andcc pc, r3, fp, asr r8 @ │ │ │ │ @ instruction: 0xf7f9930d │ │ │ │ andcc lr, r1, r6, lsl #26 │ │ │ │ mrshi pc, (UNDEF: 1) @ │ │ │ │ bl d490ec <__pyx_module_is_main_pysam__libctabix@@Base+0xcf720c> │ │ │ │ @ instruction: 0xf0004640 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 34626362 65363838 39356534 37376562 4bcbe68895e477eb │ │ │ │ - 0x00000010 66633464 61363331 36633138 33316662 fc4da6316c1831fb │ │ │ │ - 0x00000020 63366531 38362e64 65627567 00000000 c6e186.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 4807b8b1 H... │ │ │ │ + 0x00000000 38646633 35373365 38313666 30363836 8df3573e816f0686 │ │ │ │ + 0x00000010 35373064 65373563 62333761 37646361 570de75cb37a7dca │ │ │ │ + 0x00000020 30313835 64642e64 65627567 00000000 0185dd.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 38942464 8.$d