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./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2559 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dmotioncompica-nonrigid.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9539 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg-alt.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9401 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dnonrigidreg.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 10017 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dprealign-nonrigid.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5803 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dpropose-boundingbox.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5107 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3drigidreg.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1930 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2574 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9442 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1586 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1935 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2569 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dsegment-local-cmeans.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 9436 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dserial-nonrigid.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1589 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dseries-track-intensity.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1369 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtrackpixelmovement.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1710 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1314 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform2vf.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1268 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvectorfieldcreate.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1660 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1268 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvfcompare.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1120 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-cmeans.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 882 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-filenumberpattern.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1313 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dtransform2vf.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvectorfieldcreate.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1657 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvf2transform.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1267 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-3dvfcompare.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1124 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-cmeans.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 883 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-filenumberpattern.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 987 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-labelsort.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6456 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2143 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-to-maskimage.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 6462 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-deformable-model.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2139 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-mesh-to-maskimage.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1954 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshdistance-to-stackmask.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2437 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshfilter.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1660 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-multihist.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2436 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-meshfilter.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1656 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-multihist.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 900 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-myowavelettest.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 850 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-plugin-help.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1737 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2image.1.gz │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1806 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2volume.1.gz │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1802 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-raw2volume.1.gz │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1086 2025-10-24 23:01:09.000000 ./usr/share/man/man1/mia-wavelettrans.1.gz │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2davgmasked.1.gz │ │ │ ├── mia-2davgmasked.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2davgmasked \-i \-m [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2davgmasked │ │ │ │ Evaluate average intensities of an image seriesThis program is used to evaluate the average intensity and its variation of a series of images in a given masked region. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-files=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-files=(required, input); io" │ │ │ │ input image(s) │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-m \-\-mask-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-m \-\-mask-file=(required, input); io" │ │ │ │ mask image, must be of type byte │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dbinarycombine.1.gz │ │ │ ├── mia-2dbinarycombine.1 │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine \-1 \-2 \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dbinarycombine │ │ │ │ This program is used to combine two binary images by some kind of operation. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-file1=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-file1=(required, input); io" │ │ │ │ input mask image 1 │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-file2=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-file2=(required, input); io" │ │ │ │ input mask image 2 │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output mask image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-p \-\-operation=nor" │ │ │ │ Operation to be applied │ │ │ │ │ │ │ │ .RS 10 │ │ │ │ .I │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2ddeform.1.gz │ │ │ ├── mia-2ddeform.1 │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2ddeform \-i \-o \-t [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2ddeform │ │ │ │ This program is used to deform a 2D image using a deformation vector field. Input image and deformation field must be of the same size. The transformation formula is 'x -> x - v(x)' │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ input image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ transformed image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-t \-\-transformation=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-t \-\-transformation=(required, input); io" │ │ │ │ transformation vector field │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dvf/io │ │ │ │ .IP "\-p \-\-interpolator=bspline:d=3" │ │ │ │ image interpolator kernel │ │ │ │ For supported plugins see PLUGINS:1d/splinekernel │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2ddistance.1.gz │ │ │ ├── mia-2ddistance.1 │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2ddistance \-i \-d \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2ddistance │ │ │ │ This program evaluate the average or maximum distance of a mask given by a binary image to an image representing a distance map and prints the result to stdout. The distance map can be obtained by running the filter 'diatance' on a binary image. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ input image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-d \-\-distance-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-d \-\-distance-file=(input, required); io" │ │ │ │ distance field image (floating point) │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output file, '\-': write to stdout │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-s \-\-scale=1" │ │ │ │ distance scaling factor │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-m \-\-method=avg" │ │ │ │ distance measuring method │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2deval-transformquantity.1.gz │ │ │ ├── mia-2deval-transformquantity.1 │ │ │ │ @@ -24,21 +24,21 @@ │ │ │ │ } │ │ │ │ │ │ │ │ This example header has to be interpreted like follows: two-dimensional data, each entry consists of 7 values the values etry consists of a 2D vector, a scalar, and a 2x2 matrix (saved in row-major format).The data records represent strain tensors, and only a sparse set of points is given. The values are given as single floating point (32 bit). The original transformation field corresponds to images of 1000x1000 pixels and the binary data is stored in low endian format. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input point set, if this parameter is given a sparse evaluation of the quantity will be done, otherwise the quantity is evaluated for each grid point of the transformation range. │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output strains file, for a format description see above. │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-t \-\-transformation=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-t \-\-transformation=(required, input); io" │ │ │ │ transformation of which the quantity will be evaluated. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS │ │ │ │ Parameters │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-q \-\-quantity=strain" │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dfluid-syn-registration.1.gz │ │ │ ├── mia-2dfluid-syn-registration.1 │ │ │ │ @@ -64,24 +64,24 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-version" │ │ │ │ print the version number and exit │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ test image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ reference image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-transform=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-transform=(output, required); io" │ │ │ │ output transformation │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ -.IP "\-O \-\-inverse-transform=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-O \-\-inverse-transform=(output, required); io" │ │ │ │ inverse output transformation │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Processing │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP " \-\-threads=\-1" │ │ │ │ Maxiumum number of threads to use for processing,This number should be lower or equal to the number of logical processor cores in the machine. (\-1: automatic estimation). │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dfluid.1.gz │ │ │ ├── mia-2dfluid.1 │ │ │ │ @@ -14,18 +14,18 @@ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ It uses SSD as the sole registration criterion. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ input (test) image to be registered │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ reference image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-transformation=(output); io" │ │ │ │ output transformation comprising the registration │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dvf/io │ │ │ │ .IP "\-d \-\-out-image=(output); io" │ │ │ │ output image deformed according to the transformation │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dforce.1.gz │ │ │ ├── mia-2dforce.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dforce \-i \-r \-o \-c [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dforce │ │ │ │ This image evaluate the force field between two images based on a given cost function. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-src-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-src-file=(required, input); io" │ │ │ │ input image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-file=(required, input); io" │ │ │ │ reference image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output force norm image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-c \-\-cost=(required); string" │ │ │ │ cost function to use │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dgroundtruthreg.1.gz │ │ │ ├── mia-2dgroundtruthreg.1 │ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ Note that for this nonlinear motion correction a preceding linear registration step is usually required. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ file name base for registered files │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagecombine-dice.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimagecombine-dice.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice \-1 \-2 [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimagecombine\-dice │ │ │ │ This program evaluate the dice index of two binary masks given as binary images. The result is written to stdout. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-in-file-1=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-in-file-1=(input, required); io" │ │ │ │ input image 1 │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-in-file-2=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-in-file-2=(input, required); io" │ │ │ │ input image 2 │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilter.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimagefilter.1 │ │ │ │ @@ -7,18 +7,18 @@ │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilter │ │ │ │ This program runs a series filters on a given input image. The filters are given as extra parameters on the command line and Ware run in the order in which they are given. To obtain a list of available filters you may run │ │ │ │ 'mia-plugin-help filter/2dimage' │ │ │ │ from the command line │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ output image(s) that have been filtered │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ │ │ @@ -348,15 +348,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ image │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -692,15 +692,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ map │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ @@ -718,15 +718,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B load │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -757,15 +757,15 @@ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ input │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -780,25 +780,25 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -826,15 +826,15 @@ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ varfile │ │ │ │ -=(required, output, io) │ │ │ │ +=(output, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -862,15 +862,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ madfile │ │ │ │ -=(required, output, io) │ │ │ │ +=(output, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -987,15 +987,15 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -1168,28 +1168,28 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed input image containing the labels for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(required, output, io) │ │ │ │ +=(output, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -1253,15 +1253,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagefilterstack.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimagefilterstack.1 │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimagefilterstack │ │ │ │ This program runs a series filters on a series of consecutive numbered input image. The filters are given as extra parameters on the command line and are run in the order in which they are given. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ input image(s) to be filtered │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output file name base, the file type is set accurding to the 'type' option │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-t \-\-type=" │ │ │ │ output file type, if not given the input type is used │ │ │ │ @@ -388,15 +388,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ image │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -732,15 +732,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ map │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ @@ -758,15 +758,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B load │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -797,15 +797,15 @@ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ input │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -820,25 +820,25 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -1027,15 +1027,15 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -1208,15 +1208,15 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(required, input, string) │ │ │ │ +=(input, required, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed input image containing the labels for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ @@ -1293,15 +1293,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(required, input, io) │ │ │ │ +=(input, required, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimageregistration.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimageregistration.1 │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration \-i \-r \-t [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimageregistration │ │ │ │ This program runs registration of two images optimizing a transformation of the given transformation model by optimizing certain cost measures that are given as free parameters. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-image=(input, required); io" │ │ │ │ test image to be registered │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-image=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-image=(input, required); io" │ │ │ │ reference image to be registered to │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-image=(output); io" │ │ │ │ registered output image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-t \-\-transformation=(required, output); io" │ │ │ │ output transformation comprising the registration │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimageselect.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimageselect.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dimageselect \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimageselect │ │ │ │ This program is used to select one 2D images from a multi-image file. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ input images │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-n \-\-number=0" │ │ │ │ image number to be selected │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dimagestats.1.gz │ │ │ ├── mia-2dimagestats.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats \-i [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dimagestats │ │ │ │ This progranm is used to evaluate some statistics of an image. Output is Mean, Variation, Median, and Median Average Distance of the intensity values. The program allows one to set a lower threshold and to cut off a percentage of the high intensity pixels │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ input image to be analyzed │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-t \-\-thresh=10" │ │ │ │ intensity thresh to ignore │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-high-thresh=0.05" │ │ │ │ upper histogram percentage to ignore │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dlerp.1.gz │ │ │ ├── mia-2dlerp.1 │ │ │ │ @@ -5,21 +5,21 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dlerp \-1 \-2 \-o \-p [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dlerp │ │ │ │ Merge two images by pixel-wise linearly combining their intensities. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-first=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-first=(required, input); io" │ │ │ │ first input image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-second=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-second=(required, input); io" │ │ │ │ second input image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output vector field │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-p \-\-positions=(required); vfloat" │ │ │ │ image series positions (first, target, second) │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmultiimageto3d.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmultiimageto3d.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageto3d \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimageto3d │ │ │ │ This program is used to convert a 2D multi-image file to a 3D image. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ input images │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:3dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmultiimagevar.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmultiimagevar.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimagevar \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dmultiimagevar │ │ │ │ This program evaluates the pixel-wise accumulated intensity variation of a set of image given on the command line. If the input image files contain more then one image all images are used. All images must be of the same size. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ output image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-V \-\-verbose=warning" │ │ │ │ verbosity of output, print messages of given level and higher priorities. Supported priorities starting at lowest level are: │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyocard-segment.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyocard-segment.1 │ │ │ │ @@ -6,18 +6,18 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-segment \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dmyocard\-segment │ │ │ │ This program is work in progress │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output myocardial mask │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-f \-\-save-features=(output); string" │ │ │ │ save ICA features to files with this name base │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid-parallel.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid-parallel.1 │ │ │ │ @@ -14,15 +14,15 @@ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ This version of the program runs all registrations in parallel. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid.1 │ │ │ │ @@ -13,18 +13,18 @@ │ │ │ │ Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo M-J, "Automatic Motion Compensation of Free Breathing acquired Myocardial Perfusion Data by using Independent Component Analysis" Medical Image Analysis, 2012. │ │ │ │ .UE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=" │ │ │ │ save cropped set to this file │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoica-nonrigid2.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoica-nonrigid2.1 │ │ │ │ @@ -11,15 +11,15 @@ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=" │ │ │ │ save cropped set to this file │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoicapgt.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoicapgt.1 │ │ │ │ @@ -43,18 +43,18 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-T \-\-rho-thresh=0.85" │ │ │ │ correlation threshold for neighborhood analysis │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ File name base for the registered images. Image type and numbering scheme are taken from the input images as given in the input data set. │ │ │ │ │ │ │ │ .IP " \-\-save-cropped=(output); string" │ │ │ │ save cropped set to this file, the image files will use the stem of the name as file name base │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyomilles.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyomilles.1 │ │ │ │ @@ -15,15 +15,15 @@ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ Changes include the extraction of the quasi-periodic movement in free breathingly acquired data sets and the option to run affine or rigid registration instead of the optimization of translations only. │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=" │ │ │ │ file name base for registered files │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoperiodic-nonrigid.1 │ │ │ │ @@ -14,15 +14,15 @@ │ │ │ │ .UE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-registered=reg" │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoserial-nonrigid.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoserial-nonrigid.1 │ │ │ │ @@ -17,15 +17,15 @@ │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS │ │ │ │ File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ output perfusion data set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-R \-\-registered=reg" │ │ │ │ file name base for registered fiels │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoseries-compdice.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoseries-compdice.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-compdice \-1 \-2 [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-compdice │ │ │ │ This program is used to evaluate the per-frame dice index of segmented regions of two image series │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-1 \-\-first=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-1 \-\-first=(required, input); string" │ │ │ │ first segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-2 \-\-second=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-2 \-\-second=(required, input); string" │ │ │ │ second segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ images to skip atthe begin of the series │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dmyoseries-dice.1.gz │ │ │ ├── mia-2dmyoseries-dice.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-dice \-i [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dmyoseries\-dice │ │ │ │ This program is used to evaluate the per-frame dice index of segmented regions of an image with respect to the segmentation of a reference frame from the same series. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-input=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-input=(input, required); string" │ │ │ │ original segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ images to skip atthe bgin of the series │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=20" │ │ │ │ reference image │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-ahmed.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegment-ahmed.1 │ │ │ │ @@ -16,15 +16,15 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ changes are: p=2, and exp │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ class probability images, the image type must support multiple images and floating point values │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-a \-\-no-of-classes=3" │ │ │ │ number of classes │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-b \-\-bias-correct" │ │ │ │ apply bias field correction │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-fuzzyw.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegment-fuzzyw.1 │ │ │ │ @@ -852,15 +852,15 @@ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ varfile │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -888,15 +888,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ madfile │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -1207,15 +1207,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-local-kmeans.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegment-local-kmeans.1 │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-local\-kmeans \-i [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-local\-kmeans │ │ │ │ This program runs the segmentation of a 2D image by applying a localized k-means approach that helps to overcome intensity inhomogeneities in the image. The approach evaluates a global k-means clustering, and then separates the image into overlapping regions where more k-means iterations are run only including the locally present classes, i.e. the classes that relatively contain more pixels than a given threshold. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(output); io" │ │ │ │ class label image based on merging local labels │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-O \-\-out-file2=(output); io" │ │ │ │ class label image based on classifying by using the interpolated class centers │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegment-per-pixel-kmeans.1 │ │ │ │ @@ -6,15 +6,15 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-per\-pixel\-kmeans \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dsegment\-per\-pixel\-kmeans │ │ │ │ This program runs the segmentation of a 2D image by applying a localized k-means approach that helps to overcome intensity inhomogeneities in the image. The approach evaluates a global k-means clustering, and then separates the image into overlapping regions where more k-means iterations are run only including the locally present classes, i.e. the classes that relatively contain more pixels than a given threshold. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .SS File-IO │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ image to be segmented │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ class label image based on merging local labels │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegmentcropbox.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegmentcropbox.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dsegmentcropbox \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dsegmentcropbox │ │ │ │ This program is used on a segmentation set and evaluates a bounding box that encloses the segmentation in all slices. This bounding box is then used to crop the original images, correct the segmentation and store a new segmentation set with the cropped images. The cropped images will be of the same type as the original images. If no segmentation is given in the set, the result is undefined. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-p \-\-override-imagepath" │ │ │ │ Instead of using the path of the image files as given in the segmentation set, assume the files are located in the current directory │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output segmentation set │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegshift.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegshift.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dsegshift │ │ │ │ This program move the segmentation(s) of an image series by using a shift that is equal for all slices. The program also may remove images from the begin of the series. The program can be used to correct the segmentation of the images if the images where cropped. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); io" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-g \-\-image-file=crop" │ │ │ │ output image filename base │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-S \-\-shift=[0,0]" │ │ │ │ shift of segmentation │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dsegshiftperslice.1.gz │ │ │ ├── mia-2dsegshiftperslice.1 │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dsegshiftperslice │ │ │ │ This program move the segmentation(s) of an image series by using a shift that is given on a per-slice base. The program can be used to correct the segmentation of the images if a linear registration was executed that only applies a translation and does not correct the segmentation automatically. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); string" │ │ │ │ output segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-g \-\-image-file=crop" │ │ │ │ output image filename base │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-S \-\-shift=(required); string" │ │ │ │ shift of segmentation \- base name │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-mincorr.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseries-mincorr.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-mincorr \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-mincorr │ │ │ │ Given a set of images of temporal succession, this program evaluates the minimal correlation of the time-intensity curve between neighboring pixels. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-set=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-set=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-set=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-set=(required, output); io" │ │ │ │ output image of minimal correlation │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=2" │ │ │ │ skip images at beginning of series │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-sectionmask.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseries-sectionmask.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-sectionmask \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-sectionmask │ │ │ │ Evaluate the masks for the sections of a segmented frame. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output image containing the mask │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-f \-\-frame=0" │ │ │ │ Frame number for which to extract the mask │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseries-segdistance.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseries-segdistance.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance \-i [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseries\-segdistance │ │ │ │ Get the mean distance of a segmentation boundary to the reference boundary. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-r \-\-reference=20" │ │ │ │ reference frame │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ skip images at the beginning │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriescorr.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseriescorr.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseriescorr \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseriescorr │ │ │ │ Given a set of images of temporal succession, evaluates images that represent the time-intensity correlation in horizontal and vertical direction as well as average correlation of each pixel with its neighbors. All input images must be of the same pixel type and size. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-base=(required, input); io" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-base=(input, required); io" │ │ │ │ input file name base │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-outname=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-outname=(output, required); io" │ │ │ │ output file name to save the avarage per\-pixel correlation │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-z \-\-horizontal=(output); io" │ │ │ │ horiZontal correlation output file name │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-t \-\-vertical=(output); io" │ │ │ │ verTical correlation output file name │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradMAD.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseriesgradMAD.1 │ │ │ │ @@ -5,15 +5,15 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradMAD \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradMAD │ │ │ │ Given a set of images of temporal succession, evaluates the pixel-wise temporal gradient and then its median average distance (MAD) and stores the result in an image. Spacial pre-filtering may be applied as given additional plugin(s) (filter/2dimage). │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output file name │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ @@ -355,15 +355,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B combiner │ │ │ │ Combine two images with the given combiner operator. if 'reverse' is set to false, the first operator is the image passed through the filter pipeline, and the second image is loaded from the file given with the 'image' parameter the moment the filter is run., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ image │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second image that is needed in the combiner. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -699,15 +699,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelmap │ │ │ │ Image filter to remap label id's. Only applicable to images with integer valued intensities/labels., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ map │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Label mapping file. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B labelscale │ │ │ │ @@ -725,15 +725,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B load │ │ │ │ Load the input image from a file and use it to replace the current image in the pipeline., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the input file to load from.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -764,15 +764,15 @@ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ input │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ second input image file name. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -787,25 +787,25 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B maxflow │ │ │ │ This filter implements the uses the max-flow min-cut algorithmfor image segmentation, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ sink-flow │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the sink. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ source-flow │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Image of float type to define the per\-pixel flow to the source. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -994,15 +994,15 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed image (bit valued). │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ @@ -1175,15 +1175,15 @@ │ │ │ │ For supported plug-ins see PLUGINS:2dimage/shape │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ seed │ │ │ │ -=(input, required, string) │ │ │ │ +=(required, input, string) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ seed input image containing the labels for the initial regions. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ @@ -1260,15 +1260,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B transform │ │ │ │ Transform the input image with the given transformation., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(input, required, io) │ │ │ │ +=(required, input, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ Name of the file containing the transformation.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dtransform/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriesgradvariation.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseriesgradvariation.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradvariation \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseriesgradvariation │ │ │ │ Given a set of images of temporal succession, this program evaluates the gradient variation of the pixel-wise time-intensity curves of this series. If the input image set provides a segmentation, then this segmentation can be used to create a bounding box and restrict evaluation to this box. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ output file name │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dserieshausdorff.1.gz │ │ │ ├── mia-2dserieshausdorff.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dserieshausdorff \-i \-r [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dserieshausdorff │ │ │ │ Get the per-slice Hausdorff distance of a segmentation with respect to a given reference segmentation set. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-r \-\-ref-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-r \-\-ref-file=(input, required); string" │ │ │ │ reference segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ skip images at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriessmoothgradMAD.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseriessmoothgradMAD.1 │ │ │ │ @@ -8,15 +8,15 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dseriessmoothgradMAD │ │ │ │ Given a set of images of temporal succession, evaluate the temporal pixel-wise gaussian and evaluate pixel-wise its MAD.A spacial pre-filtering may be applied by specifying additional plugins (filter/2dimage) │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ .IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ output file name │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ Skip files at the beginning │ │ │ │ │ │ │ │ .IP "\-e \-\-enlarge-boundary=5" │ │ │ │ Enlarge cropbox by number of pixels │ │ │ │ @@ -836,15 +836,15 @@ │ │ │ │ Intensity thresholding parameter: Pixels with intensities below this threshold will be set to zero, and also not used when evaluating mean and variation. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ varfile │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the variation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -872,15 +872,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B medianmad │ │ │ │ Filter that evaluates simultaniously the pixel wise median and the median absolute deviation (MAD) of an image in a given window. Pixel intensities below the given threshold will be ignored and at their loctions the output median and MAD are set to zero. The median intensity image is directly passed to the pipeline, the variation image is saved to a file given with the varfile parameter. Both output images have the same pixel type like the input image., supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ madfile │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the median absolute deviation image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ @@ -1191,15 +1191,15 @@ │ │ │ │ .TP 10 │ │ │ │ .B tee │ │ │ │ Save the input image to a file and also pass it through to the next filter, supported parameters are: │ │ │ │ .P │ │ │ │ .RS 14 │ │ │ │ .I │ │ │ │ file │ │ │ │ -=(output, required, io) │ │ │ │ +=(required, output, io) │ │ │ │ .RS 2 │ │ │ │ name of the output file to save the image too.. │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:2dimage/io │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .TP 10 │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dseriestovolume.1.gz │ │ │ ├── mia-2dseriestovolume.1 │ │ │ │ @@ -5,18 +5,18 @@ │ │ │ │ .SH SYNOPSIS │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume \-i \-o [options] │ │ │ │ .SH DESCRIPTION │ │ │ │ .B mia\-2dseriestovolume │ │ │ │ Obtaines a 3D volume image by combining the images of the segmentation set. │ │ │ │ .SH OPTIONS │ │ │ │ .RS │ │ │ │ -.IP "\-i \-\-in-file=(required, input); string" │ │ │ │ +.IP "\-i \-\-in-file=(input, required); string" │ │ │ │ input segmentation set │ │ │ │ │ │ │ │ -.IP "\-o \-\-out-file=(required, output); io" │ │ │ │ +.IP "\-o \-\-out-file=(output, required); io" │ │ │ │ output 3D image │ │ │ │ For supported file types see PLUGINS:3dimage/io │ │ │ │ .IP "\-k \-\-skip=0" │ │ │ │ number of frames to skip at the beginning of the series. │ │ │ │ │ │ │ │ .RE │ │ │ │ .SS Help & Info │ │ ├── ./usr/share/man/man1/mia-2dstack-cmeans-presegment.1.gz │ │ │ ├── mia-2dstack-cmeans-presegment.1 │ │ │ │ @@ -6,24 +6,24 @@ │ │ │ │ .B mia\-2dstack\-cmeans\-presegment \-i \-o \-L