--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAG021Y/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_ppc64el.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdAG021Y/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b1_ppc64el.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-12-05 16:01:24.000000 debian-binary │ --rw-r--r-- 0 0 0 9644 2025-12-05 16:01:24.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 4397344 2025-12-05 16:01:24.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 9648 2025-12-05 16:01:24.000000 control.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 4396620 2025-12-05 16:01:24.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -338,15 +338,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 822 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270662 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1059976 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1059976 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-314-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636502 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636499 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 472248 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 472248 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2679 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 42550 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1460474 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 406328 2025-12-05 16:01:24.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 14, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 15, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 14, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 15, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(14, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(15, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: dc46e1406c7e99b7592eb4670e8110ce672a703c │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: fe016573bbcf82cfc3fb1060ee6c82f9ae651e02 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -9817,15 +9817,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r28 │ │ │ │ addi r3,r3,-19584 │ │ │ │ bl 1d338 │ │ │ │ mr. r31,r3 │ │ │ │ beq 16628 │ │ │ │ mr r3,r27 │ │ │ │ li r6,0 │ │ │ │ - li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ mr r4,r31 │ │ │ │ bl f194 │ │ │ │ mr r24,r31 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 16834 │ │ │ │ b 1a958 │ │ │ │ li r24,0 │ │ │ │ @@ -13978,15 +13978,15 @@ │ │ │ │ bl d960 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ mr r3,r24 │ │ │ │ bl 1d9c8 │ │ │ │ b 1be44 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,164 │ │ │ │ bl d540 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 1a880 │ │ │ │ b 1a8fc │ │ │ │ @@ -15288,15 +15288,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,170 │ │ │ │ bl 1de78 │ │ │ │ lbz r9,166(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 1bd9c │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ - li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ addi r3,r1,166 │ │ │ │ bl 10654 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-10616(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 1be18 │ │ │ │ nop │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 34366531 34303663 37653939 62373539 46e1406c7e99b759 │ │ │ │ - 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li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ mr r4,r31 │ │ │ │ bl f1dc │ │ │ │ mr r24,r31 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 168b0 │ │ │ │ b 1a9f0 │ │ │ │ li r24,0 │ │ │ │ @@ -14016,15 +14016,15 @@ │ │ │ │ bl d960 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ mr r3,r24 │ │ │ │ bl 1dad8 │ │ │ │ b 1bedc │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,164 │ │ │ │ bl d540 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 1a918 │ │ │ │ b 1a994 │ │ │ │ @@ -15326,15 +15326,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,170 │ │ │ │ bl 1df88 │ │ │ │ lbz r9,166(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 1be34 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ - li r5,14 │ │ │ │ + li r5,15 │ │ │ │ addi r3,r1,166 │ │ │ │ bl 106bc │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-10616(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 1beb0 │ │ │ │ nop │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30333830 65633561 37333735 38613238 0380ec5a73758a28 │ │ │ │ - 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"bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/mcall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ccall.c.pysam.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcbcftools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ │ │ │ │ #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c │ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 8cc92d26936a19e533781da3a17d34cf8c400ffe │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 514ec4a9c0a6d6d7d07cd45c9e679bcdc3ca8026 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6637,15 +6637,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,138 │ │ │ │ bl 81e0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,134(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq dcc4 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ addi r3,r1,134 │ │ │ │ bl 77a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22320(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq dd40 │ │ │ │ @@ -6773,15 +6773,15 @@ │ │ │ │ std r9,0(r30) │ │ │ │ bne cce8 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b cce8 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ bl 80a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne cd80 │ │ │ │ b e8bc │ │ │ │ addi r9,r9,-1 │ │ │ │ @@ -7078,15 +7078,15 @@ │ │ │ │ bne dc18 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b dc18 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ addi r3,r1,132 │ │ │ │ bl 79a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e8b4 │ │ │ │ b dc24 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 63393264 32363933 36613139 65353333 c92d26936a19e533 │ │ │ │ - 0x00000010 37383164 61336131 37643334 63663863 781da3a17d34cf8c │ │ │ │ - 0x00000020 34303066 66652e64 65627567 00000000 400ffe.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 b9a73a36 ..:6 │ │ │ │ + 0x00000000 34656334 61396330 61366436 64376430 4ec4a9c0a6d6d7d0 │ │ │ │ + 0x00000010 37636434 35633965 36373962 63646333 7cd45c9e679bcdc3 │ │ │ │ + 0x00000020 63613830 32362e64 65627567 00000000 ca8026.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 58a7aed9 X... │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-314-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 4618e4b18bb104e9de33efc9a11a7991993748d3 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 17c30be715c77362a7d4440aeb4d3c4629fb310a │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6669,15 +6669,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,138 │ │ │ │ bl 81e0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,134(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq dd44 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ addi r3,r1,134 │ │ │ │ bl 77a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22320(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq ddc0 │ │ │ │ @@ -6805,15 +6805,15 @@ │ │ │ │ stw r9,0(r30) │ │ │ │ bne cd50 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b cd50 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ bl 80a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne cde8 │ │ │ │ b e93c │ │ │ │ addi r9,r9,-1 │ │ │ │ @@ -7110,15 +7110,15 @@ │ │ │ │ bne dc98 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b dc98 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,0 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ addi r3,r1,132 │ │ │ │ bl 79a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e934 │ │ │ │ b dca4 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 31386534 62313862 62313034 65396465 18e4b18bb104e9de │ │ │ │ - 0x00000010 33336566 63396131 31613739 39313939 33efc9a11a799199 │ │ │ │ - 0x00000020 33373438 64332e64 65627567 00000000 3748d3.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 85131748 ...H │ │ │ │ + 0x00000000 63333062 65373135 63373733 36326137 c30be715c77362a7 │ │ │ │ + 0x00000010 64343434 30616562 34643363 34363239 d4440aeb4d3c4629 │ │ │ │ + 0x00000020 66623331 30612e64 65627567 00000000 fb310a.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 562f0e24 V/.$ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.c │ │ │ @@ -20348,15 +20348,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libchtslib.pyx":25 │ │ │ * ######################################################################## │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import io │ │ │ * import re │ │ │ @@ -21130,27 +21130,27 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_3 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_3) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 103b91e0d8480c3a8818847bf448f2e4b57e96e8 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: c6b8e64c38ead90c84ead1f401baedc162df9e18 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -5574,15 +5574,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,202 │ │ │ │ bl 8840 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,198(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq da88 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ addi r3,r1,198 │ │ │ │ bl 8740 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22752(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq db04 │ │ │ │ @@ -6296,15 +6296,15 @@ │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 105fc │ │ │ │ lbz r9,194(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq e5d8 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ bl 89c0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e868 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r3,-23400(r2) │ │ │ │ @@ -9018,15 +9018,15 @@ │ │ │ │ bne d980 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7ea0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b d980 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32712(r2) │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,196 │ │ │ │ bl 89a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne d98c │ │ │ │ addis r28,r2,-3 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 33623931 65306438 34383063 33613838 3b91e0d8480c3a88 │ │ │ │ - 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li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ addi r3,r1,198 │ │ │ │ bl 87a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22752(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq dbd0 │ │ │ │ @@ -6328,15 +6328,15 @@ │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 106e4 │ │ │ │ lbz r9,194(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq e6a0 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ bl 8a20 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e930 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r3,-23400(r2) │ │ │ │ @@ -9048,15 +9048,15 @@ │ │ │ │ bne da4c │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7ee0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b da4c │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32712(r2) │ │ │ │ - li r5,1 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,196 │ │ │ │ bl 8a00 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne da58 │ │ │ │ addis r28,r2,-3 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 39653734 34383938 33316662 66653639 9e74489831fbfe69 │ │ │ │ - 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"samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/lz4/lz4.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcsamtools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 19, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 3, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 19, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 3, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(19, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(3, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 65cf29f8d60e8bf35acb7794059e29c88cf56231 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: e17e7f3a8c240fb7f72ebd1dbd8ab7d5fb8b0bfd │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6869,15 +6869,15 @@ │ │ │ │ li r5,1 │ │ │ │ mr r4,r29 │ │ │ │ addi r3,r3,-30032 │ │ │ │ bl 140f8 │ │ │ │ mr. r25,r3 │ │ │ │ beq 117ec │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ - 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li r5,19 │ │ │ │ + li r5,3 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ bl 14e28 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 11d94 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r3,-18096(r2) │ │ │ │ bl e044 │ │ │ │ @@ -8469,15 +8469,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,170 │ │ │ │ bl a140 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,166(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 116dc │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ - li r5,19 │ │ │ │ + li r5,3 │ │ │ │ addi r3,r1,166 │ │ │ │ bl 96a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-17160(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 11758 │ │ │ │ @@ -9796,15 +9796,15 @@ │ │ │ │ bne 11618 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 92a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b 11618 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,19 │ │ │ │ + li r5,3 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ addi r3,r1,164 │ │ │ │ bl 98c0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 11624 │ │ │ │ addis r29,r2,-3 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30373962 61386166 63393863 32636234 079ba8afc98c2cb4 │ │ │ │ - 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