--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdQ4sSYp/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2_ppc64el.deb +++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdQ4sSYp/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2_ppc64el.deb ├── file list │ @@ -1,3 +1,3 @@ │ -rw-r--r-- 0 0 0 4 2025-11-14 13:10:45.000000 debian-binary │ -rw-r--r-- 0 0 0 9300 2025-11-14 13:10:45.000000 control.tar.xz │ --rw-r--r-- 0 0 0 3665372 2025-11-14 13:10:45.000000 data.tar.xz │ +-rw-r--r-- 0 0 0 3665284 2025-11-14 13:10:45.000000 data.tar.xz ├── control.tar.xz │ ├── control.tar │ │ ├── ./md5sums │ │ │ ├── ./md5sums │ │ │ │┄ Files differ ├── data.tar.xz │ ├── data.tar │ │ ├── file list │ │ │ @@ -289,15 +289,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3643 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/include/samtools/tmp_file.h │ │ │ -rwxr-xr-x 0 root (0) root (0) 1537 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/include/samtools/version.sh │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3567344 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 934368 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3246 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 8205 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 121060 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815064 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2815067 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 803704 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3558 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 7840 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 104799 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 5322871 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1423872 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 4116 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.pxd │ │ │ @@ -329,15 +329,15 @@ │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 176 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 822 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamfile.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 270662 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1059976 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 301 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 31 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 28 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.pyx │ │ │ --rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636499 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ +-rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1636502 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 472248 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 2679 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pxd │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 3153 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyi │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 42550 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.pyx │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1460474 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.c │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 406328 2025-11-14 13:10:45.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │ -rw-r--r-- 0 root (0) root (0) 1322 2025-06-10 10:37:29.000000 ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabixproxies.pxd │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.c │ │ │ @@ -65736,15 +65736,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 3, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignedsegment", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "EnumBase":10 │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_EnumBase │ │ │ * from enum import IntEnum as __Pyx_EnumBase # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * │ │ │ * cdef object __Pyx_FlagBase │ │ │ @@ -67659,15 +67659,15 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_19 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_19)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_19); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_19) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_19); __pyx_t_19 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 3, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ @@ -67683,15 +67683,15 @@ │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_17); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_18); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_19); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_20); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_21); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_22); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(3, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignedsegment", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignedsegment.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: de3cea9fae7a280328d1fe8270b0fc8691a1af9f │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: dcfbbca726cf476326a96e8d6b173c1bbfe68975 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -10970,15 +10970,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ addi r3,r3,-30496 │ │ │ │ bl 21db8 │ │ │ │ mr. r15,r3 │ │ │ │ beq 1f838 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ li r6,0 │ │ │ │ - li r5,3 │ │ │ │ + li r5,4 │ │ │ │ mr r4,r15 │ │ │ │ bl 23cf8 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 1aab0 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r4,-14112(r2) │ │ │ │ li r3,1 │ │ │ │ @@ -11042,15 +11042,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r15 │ │ │ │ addi r3,r1,330 │ │ │ │ bl 10970 │ │ │ │ lbz r9,326(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 182dc │ │ │ │ mr r4,r15 │ │ │ │ - li r5,3 │ │ │ │ + li r5,4 │ │ │ │ addi r3,r1,326 │ │ │ │ bl 1092c │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-9792(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 18358 │ │ │ │ nop │ │ │ │ @@ -16804,15 +16804,15 @@ │ │ │ │ bl e160 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ mr r3,r15 │ │ │ │ bl 23858 │ │ │ │ b 18384 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,3 │ │ │ │ + li r5,4 │ │ │ │ mr r4,r15 │ │ │ │ addi r3,r1,324 │ │ │ │ bl dd40 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 1dcbc │ │ │ │ addis r25,r2,-4 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 33636561 39666165 37613238 30333238 3cea9fae7a280328 │ │ │ │ - 0x00000010 64316665 38323730 62306663 38363931 d1fe8270b0fc8691 │ │ │ │ - 0x00000020 61316166 39662e64 65627567 00000000 a1af9f.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 d91c5208 ..R. │ │ │ │ + 0x00000000 66626263 61373236 63663437 36333236 fbbca726cf476326 │ │ │ │ + 0x00000010 61393665 38643662 31373363 31626266 a96e8d6b173c1bbf │ │ │ │ + 0x00000020 65363839 37352e64 65627567 00000000 e68975.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 98f422a6 ..". │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c │ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 9, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 14, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58 │ │ │ * # │ │ │ * ######################################################## │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import collections │ │ │ * try: │ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ######################################################## │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 9, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 14, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(9, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(14, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: b88a65a81a26df339e78823a35ddfbc5c9d6f81a │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 8ddeabc63865a7a675d98cec41d1254d521ee50d │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -9817,15 +9817,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r28 │ │ │ │ addi r3,r3,-19584 │ │ │ │ bl 1d338 │ │ │ │ mr. r31,r3 │ │ │ │ beq 16628 │ │ │ │ mr r3,r27 │ │ │ │ li r6,0 │ │ │ │ - li r5,9 │ │ │ │ + li r5,14 │ │ │ │ mr r4,r31 │ │ │ │ bl f194 │ │ │ │ mr r24,r31 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 16834 │ │ │ │ b 1a958 │ │ │ │ li r24,0 │ │ │ │ @@ -13978,15 +13978,15 @@ │ │ │ │ bl d960 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ mr r3,r24 │ │ │ │ bl 1d9c8 │ │ │ │ b 1be44 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,9 │ │ │ │ + li r5,14 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,164 │ │ │ │ bl d540 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 1a880 │ │ │ │ b 1a8fc │ │ │ │ @@ -15288,15 +15288,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,170 │ │ │ │ bl 1de78 │ │ │ │ lbz r9,166(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 1bd9c │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ - li r5,9 │ │ │ │ + li r5,14 │ │ │ │ addi r3,r1,166 │ │ │ │ bl 10654 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-10616(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 1be18 │ │ │ │ nop │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 38613635 61383161 32366466 33333965 8a65a81a26df339e │ │ │ │ - 0x00000010 37383832 33613335 64646662 63356339 78823a35ddfbc5c9 │ │ │ │ - 0x00000020 64366638 31612e64 65627567 00000000 d6f81a.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 a6cb457b ..E{ │ │ │ │ + 0x00000000 64656162 63363338 36356137 61363735 deabc63865a7a675 │ │ │ │ + 0x00000010 64393863 65633431 64313235 34643532 d98cec41d1254d52 │ │ │ │ + 0x00000020 31656535 30642e64 65627567 00000000 1ee50d.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 ed3ddf09 .=.. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c │ │ │ @@ -106378,15 +106378,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 23, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 29, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcbcf.pyx":85 │ │ │ * from __future__ import division, print_function │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 23, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 29, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(23, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(29, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 480073d31cd0f8ad9011301852f7ca48e5276f45 │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 3774babc5dfbc49cd3451e9426896298c763cf76 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -15734,15 +15734,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r29 │ │ │ │ addi r3,r3,-11952 │ │ │ │ bl 2f338 │ │ │ │ mr. r31,r3 │ │ │ │ beq 231d4 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ li r6,0 │ │ │ │ - li r5,23 │ │ │ │ + li r5,29 │ │ │ │ mr r4,r31 │ │ │ │ bl 343f8 │ │ │ │ mr r25,r31 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 234a8 │ │ │ │ b 291cc │ │ │ │ li r25,0 │ │ │ │ @@ -21681,15 +21681,15 @@ │ │ │ │ bl 14b00 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ mr r3,r25 │ │ │ │ bl 34248 │ │ │ │ b 2b76c │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,23 │ │ │ │ + li r5,29 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ addi r3,r1,228 │ │ │ │ bl 14680 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 29158 │ │ │ │ addis r29,r2,-5 │ │ │ │ @@ -24066,15 +24066,15 @@ │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ addi r3,r1,234 │ │ │ │ bl 34de8 │ │ │ │ lbz r9,230(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 2b6c4 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ - li r5,23 │ │ │ │ + li r5,29 │ │ │ │ addi r3,r1,230 │ │ │ │ bl 34d98 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,26760(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 2b740 │ │ │ │ nop │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 30303733 64333163 64306638 61643930 0073d31cd0f8ad90 │ │ │ │ - 0x00000010 31313330 31383532 66376361 34386535 11301852f7ca48e5 │ │ │ │ - 0x00000020 32373666 34352e64 65627567 00000000 276f45.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 9648fe86 .H.. │ │ │ │ + 0x00000000 37346261 62633564 66626334 39636433 74babc5dfbc49cd3 │ │ │ │ + 0x00000010 34353165 39343236 38393632 39386337 451e9426896298c7 │ │ │ │ + 0x00000020 36336366 37362e64 65627567 00000000 63cf76.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 5297c727 R..' │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c │ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@ │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcbcftools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcbcftools.pyx", │ │ │ - "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/vcfsort.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/read_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfview.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfindex.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/mpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/mcall.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/main.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/kmin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/gff.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/version.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/em.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/consensus.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/cols.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/ccall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/HMM.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfroh.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfisec.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/gvcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/csq.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfstats.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/prob1.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfcall.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcffilter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tabix.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bin.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/str_finder.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam_sample.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcmp.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/filter.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfquery.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfsom.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/regidx.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/convert.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c", │ │ │ "bcftools/abuf.c.pysam.c", │ │ │ - "bcftools/HMM.c.pysam.c" │ │ │ + "bcftools/vcfhead.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/extsort.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/hclust.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/bcftools.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ploidy.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/dist.c.pysam.c", │ │ │ + "bcftools/ccall.c.pysam.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcbcftools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ │ │ │ │ #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c │ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 6, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libcfaidx.pyx":48 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import sys # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import os │ │ │ * import re │ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@ │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 6, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(6, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 4ce4eb599ff1820f98b5524aa13f9c604183d03c │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 76afca5df7b32815d2b123038446d6c46bb6b77a │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6637,15 +6637,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,138 │ │ │ │ bl 81e0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,134(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq dcc4 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,6 │ │ │ │ addi r3,r1,134 │ │ │ │ bl 77a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22320(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq dd40 │ │ │ │ @@ -6773,15 +6773,15 @@ │ │ │ │ std r9,0(r30) │ │ │ │ bne cce8 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b cce8 │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,6 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ bl 80a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne cd80 │ │ │ │ b e8bc │ │ │ │ addi r9,r9,-1 │ │ │ │ @@ -7078,15 +7078,15 @@ │ │ │ │ bne dc18 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7440 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b dc18 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,6 │ │ │ │ mr r4,r27 │ │ │ │ addi r3,r1,132 │ │ │ │ bl 79a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e8b4 │ │ │ │ b dc24 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 65346562 35393966 66313832 30663938 e4eb599ff1820f98 │ │ │ │ - 0x00000010 62353532 34616131 33663963 36303431 b5524aa13f9c6041 │ │ │ │ - 0x00000020 38336430 33632e64 65627567 00000000 83d03c.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 cbc263a6 ..c. │ │ │ │ + 0x00000000 61666361 35646637 62333238 31356432 afca5df7b32815d2 │ │ │ │ + 0x00000010 62313233 30333834 34366436 63343662 b123038446d6c46b │ │ │ │ + 0x00000020 62366237 37612e64 65627567 00000000 b6b77a.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 d839193e .9.> │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.c │ │ │ @@ -20348,15 +20348,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libchtslib.pyx":25 │ │ │ * ######################################################################## │ │ │ * │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import io │ │ │ * import re │ │ │ @@ -21130,27 +21130,27 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_3 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_3) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 0c6572e15162b2fbb65e1abb81b4b08f46ce844b │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: d11b7a5a03001e2e80b713abf6694771925a5447 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -5574,15 +5574,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,202 │ │ │ │ bl 8840 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,198(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq da88 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ addi r3,r1,198 │ │ │ │ bl 8740 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-22752(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq db04 │ │ │ │ @@ -6296,15 +6296,15 @@ │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 105fc │ │ │ │ lbz r9,194(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq e5d8 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ bl 89c0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq e868 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r3,-23400(r2) │ │ │ │ @@ -9018,15 +9018,15 @@ │ │ │ │ bne d980 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 7ea0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b d980 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32712(r2) │ │ │ │ - li r5,0 │ │ │ │ + li r5,2 │ │ │ │ mr r4,r24 │ │ │ │ addi r3,r1,196 │ │ │ │ bl 89a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne d98c │ │ │ │ addis r28,r2,-3 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 36353732 65313531 36326232 66626236 6572e15162b2fbb6 │ │ │ │ - 0x00000010 35653161 62623831 62346230 38663436 5e1abb81b4b08f46 │ │ │ │ - 0x00000020 63653834 34622e64 65627567 00000000 ce844b.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 5d536cab ]Sl. │ │ │ │ + 0x00000000 31623761 35613033 30303165 32653830 1b7a5a03001e2e80 │ │ │ │ + 0x00000010 62373133 61626636 36393437 37313932 b713abf669477192 │ │ │ │ + 0x00000020 35613534 34372e64 65627567 00000000 5a5447.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 391b23f2 9.#. │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c │ │ │┄ Ordering differences only │ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@ │ │ │ "/usr/lib/powerpc64le-linux-gnu", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam", │ │ │ "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam" │ │ │ ], │ │ │ "name": "pysam.libcsamtools", │ │ │ "sources": [ │ │ │ "pysam/libcsamtools.pyx", │ │ │ - "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/tmp_file.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/samtools.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/sam_view.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/sam_opts.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/stats_isize.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/reset.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/phase.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/padding.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/faidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/dict.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cut_target.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/coverage.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sam_utils.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/reference.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/sample.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamtk.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_stat.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_split.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_sort.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_samples.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_reheader.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_md.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/bam_mate.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_markdup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_index.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_import.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_flags.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_fastq.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_consensus.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_color.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_cat.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_aux.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam2depth.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/bam.c.pysam.c", │ │ │ - "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedidx.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/cram_size.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bamshuf.c.pysam.c", │ │ │ + "samtools/bedcov.c.pysam.c", │ │ │ "samtools/lz4/lz4.c" │ │ │ ] │ │ │ }, │ │ │ "module_name": "pysam.libcsamtools" │ │ │ } │ │ │ END: Cython Metadata */ │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c │ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@ │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate); │ │ │ if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ /*--- Execution code ---*/ │ │ │ - __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 19, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ │ │ │ /* "pysam/libctabix.pyx":57 │ │ │ * # │ │ │ * ############################################################################### │ │ │ * import os # <<<<<<<<<<<<<< │ │ │ * import sys │ │ │ * │ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@ │ │ │ * # cython: embedsignature=True │ │ │ * # cython: profile=True │ │ │ */ │ │ │ __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2); │ │ │ if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error) │ │ │ __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0; │ │ │ - __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ + __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 19, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)); │ │ │ __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0); │ │ │ │ │ │ /*--- Wrapped vars code ---*/ │ │ │ │ │ │ goto __pyx_L0; │ │ │ __pyx_L1_error:; │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3); │ │ │ __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4); │ │ │ __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0); │ │ │ - __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0); │ │ │ + __Pyx_TraceExceptionUnwind(19, 0); │ │ │ if (__pyx_m) { │ │ │ if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) { │ │ │ __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename); │ │ │ } │ │ │ #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE │ │ │ Py_CLEAR(__pyx_m); │ │ │ #else │ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-313-powerpc64le-linux-gnu.so │ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied. │ │ │ ├── readelf --wide --notes {} │ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Displaying notes found in: .note.gnu.build-id │ │ │ │ Owner Data size Description │ │ │ │ - GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: 04268ba0d31573f4720e29c769d83bbc1adccf4d │ │ │ │ + GNU 0x00000014 NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring) Build ID: f6338e9a44c4e703007bc5e0b2cafd1582d5c151 │ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {} │ │ │ │ @@ -6869,15 +6869,15 @@ │ │ │ │ li r5,1 │ │ │ │ mr r4,r29 │ │ │ │ addi r3,r3,-30032 │ │ │ │ bl 140f8 │ │ │ │ mr. r25,r3 │ │ │ │ beq 117ec │ │ │ │ mr r3,r30 │ │ │ │ - li r5,2 │ │ │ │ + li r5,19 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ bl 14cd8 │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ beq 11d30 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r3,-18096(r2) │ │ │ │ bl dfdc │ │ │ │ @@ -8447,15 +8447,15 @@ │ │ │ │ addi r3,r1,170 │ │ │ │ bl a140 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ lbz r9,166(r1) │ │ │ │ cmpwi r9,0 │ │ │ │ beq 11684 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ - li r5,2 │ │ │ │ + li r5,19 │ │ │ │ addi r3,r1,166 │ │ │ │ bl 96a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r9,-17160(r2) │ │ │ │ cmpdi r9,0 │ │ │ │ beq 11700 │ │ │ │ @@ -9780,15 +9780,15 @@ │ │ │ │ bne 115c0 │ │ │ │ mr r3,r31 │ │ │ │ bl 92a0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ b 115c0 │ │ │ │ nop │ │ │ │ ld r6,-32728(r2) │ │ │ │ - li r5,2 │ │ │ │ + li r5,19 │ │ │ │ mr r4,r25 │ │ │ │ addi r3,r1,164 │ │ │ │ bl 98c0 │ │ │ │ ld r2,24(r1) │ │ │ │ cmpwi r3,-1 │ │ │ │ bne 115cc │ │ │ │ addis r29,r2,-3 │ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {} │ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@ │ │ │ │ │ │ │ │ Hex dump of section '.gnu_debuglink': │ │ │ │ - 0x00000000 32363862 61306433 31353733 66343732 268ba0d31573f472 │ │ │ │ - 0x00000010 30653239 63373639 64383362 62633161 0e29c769d83bbc1a │ │ │ │ - 0x00000020 64636366 34642e64 65627567 00000000 dccf4d.debug.... │ │ │ │ - 0x00000030 2bd45a43 +.ZC │ │ │ │ + 0x00000000 33333865 39613434 63346537 30333030 338e9a44c4e70300 │ │ │ │ + 0x00000010 37626335 65306232 63616664 31353832 7bc5e0b2cafd1582 │ │ │ │ + 0x00000020 64356331 35312e64 65627567 00000000 d5c151.debug.... │ │ │ │ + 0x00000030 2874ee69 (t.i