--- /tmp/rebuilderdFDwHj2/inputs/python3-pysam_0.23.0+ds-1+b1_riscv64.deb
+++ /tmp/rebuilderdFDwHj2/out/python3-pysam_0.23.0+ds-1+b1_riscv64.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│  -rw-r--r--   0        0        0        4 2025-02-27 21:23:36.000000 debian-binary
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│ +-rw-r--r--   0        0        0     9292 2025-02-27 21:23:36.000000 control.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0  3659248 2025-02-27 21:23:36.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c
│ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.0+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.0+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.0+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam"
│ │ │          ],
│ │ │          "name": "pysam.libcbcftools",
│ │ │          "sources": [
│ │ │              "pysam/libcbcftools.pyx",
│ │ │ -            "bcftools/version.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcmp.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfview.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfstats.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfsort.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfsom.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfroh.c.pysam.c",
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│ │ │ -            "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/edlib.c.pysam.c",
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│ │ │ +            "bcftools/mcall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/str_finder.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/read_consensus.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcfhead.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcffilter.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfcall.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/tabix.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/str_finder.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/csq.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfindex.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/ccall.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/reheader.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/regidx.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/read_consensus.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/prob1.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/ploidy.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/mpileup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/mcall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/gff.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bcftools.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/tabix.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/main.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/kmin.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/hclust.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/gvcf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/gff.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/filter.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/extsort.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/em.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/edlib.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/dist.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/csq.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/convert.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/ploidy.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/regidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfstats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/prob1.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/filter.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/consensus.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/convert.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfcall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/HMM.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfsom.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcmp.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/reheader.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/hclust.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/cols.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/ccall.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bin.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bcftools.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam_sample.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/gvcf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfview.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfroh.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/version.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfsort.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam_sample.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/abuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/HMM.c.pysam.c"
│ │ │ +            "bcftools/bin.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/dist.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfquery.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c"
│ │ │          ]
│ │ │      },
│ │ │      "module_name": "pysam.libcbcftools"
│ │ │  }
│ │ │  END: Cython Metadata */
│ │ │  
│ │ │  #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c
│ │ │┄ Ordering differences only
│ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@
│ │ │              "/usr/lib/riscv64-linux-gnu",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.0+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.0+ds/.pybuild/cpython3_3.13_pysam/build/pysam"
│ │ │          ],
│ │ │          "name": "pysam.libcsamtools",
│ │ │          "sources": [
│ │ │              "pysam/libcsamtools.pyx",
│ │ │ -            "samtools/tmp_file.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_stat.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/coverage.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/stats_isize.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/stats.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/samtools.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sample.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bamtk.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_index.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/sam_view.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_split.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/sam_utils.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sam_opts.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/reset.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_sort.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bamshuf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_samples.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_aux.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_cat.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_markdup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/tmp_file.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/reference.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/phase.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/samtools.pysam.c",
│ │ │              "samtools/padding.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/faidx.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/dict.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_flags.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_import.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/reset.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/cut_target.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/cram_size.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/coverage.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bedidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sample.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/stats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/cram_size.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sam_opts.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_fastq.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/phase.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_color.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam2depth.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bedcov.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bamtk.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bamshuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_stat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_split.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_sort.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_samples.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_consensus.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_reheader.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_md.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_mate.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_markdup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_index.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_import.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_flags.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_fastq.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_consensus.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_color.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_cat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_aux.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_reheader.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam2depth.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_mate.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/dict.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/lz4/lz4.c"
│ │ │          ]
│ │ │      },
│ │ │      "module_name": "pysam.libcsamtools"
│ │ │  }
│ │ │  END: Cython Metadata */