--- /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdktcaf5/inputs/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b2_riscv64.deb
+++ /srv/rebuilderd/tmp/rebuilderdktcaf5/out/python3-pysam_0.23.3+ds-2+b2_riscv64.deb
├── file list
│ @@ -1,3 +1,3 @@
│  -rw-r--r--   0        0        0        4 2025-11-14 13:10:47.000000 debian-binary
│  -rw-r--r--   0        0        0     9344 2025-11-14 13:10:47.000000 control.tar.xz
│ --rw-r--r--   0        0        0  3616908 2025-11-14 13:10:47.000000 data.tar.xz
│ +-rw-r--r--   0        0        0  3617116 2025-11-14 13:10:47.000000 data.tar.xz
├── control.tar.xz
│ ├── control.tar
│ │ ├── ./md5sums
│ │ │ ├── ./md5sums
│ │ │ │┄ Files differ
├── data.tar.xz
│ ├── data.tar
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.c
│ │ │ @@ -48619,15 +48619,15 @@
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    /*--- Execution code ---*/
│ │ │ -  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcalignmentfile", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │  
│ │ │    /* "pysam/libcalignmentfile.pyx":58
│ │ │   * #
│ │ │   * ########################################################
│ │ │   * import os             # <<<<<<<<<<<<<<
│ │ │   * import collections
│ │ │   * try:
│ │ │ @@ -50071,28 +50071,28 @@
│ │ │   * # cython: profile=True
│ │ │   * ########################################################
│ │ │  */
│ │ │    __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
│ │ │    if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
│ │ │ -  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │    __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0);
│ │ │  
│ │ │    /*--- Wrapped vars code ---*/
│ │ │  
│ │ │    goto __pyx_L0;
│ │ │    __pyx_L1_error:;
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_7);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_8);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_9);
│ │ │    __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0);
│ │ │ -  __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0);
│ │ │ +  __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0);
│ │ │    if (__pyx_m) {
│ │ │      if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) {
│ │ │        __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcalignmentfile", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
│ │ │      }
│ │ │      #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE
│ │ │      Py_CLEAR(__pyx_m);
│ │ │      #else
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcalignmentfile.cpython-314-riscv64-linux-gnu.so
│ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied.
│ │ │ ├── readelf --wide --notes {}
│ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Displaying notes found in: .note.gnu.build-id
│ │ │ │    Owner                Data size 	Description
│ │ │ │ -  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: a30f74668c6e602a3c52081991dc103e39338f39
│ │ │ │ +  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 049eb155c018555a2040295ca77b3c41878b6f05
│ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {}
│ │ │ │ @@ -7265,15 +7265,15 @@
│ │ │ │  	auipc	a0,0x46
│ │ │ │  	addi	a0,a0,228 
│ │ │ │  	jal	e53a <bam_mplp_init@plt+0x122a>
│ │ │ │  	mv	s2,a0
│ │ │ │  	bnez	a0,12c70 <bam_mplp_init@plt+0x5960>
│ │ │ │  	j	153d2 <bam_mplp_init@plt+0x80c2>
│ │ │ │  	addi	a0,sp,64
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	jal	eac4 <bam_mplp_init@plt+0x17b4>
│ │ │ │  	bne	a0,s0,12c82 <bam_mplp_init@plt+0x5972>
│ │ │ │  	j	153e6 <bam_mplp_init@plt+0x80d6>
│ │ │ │  	j	12c86 <bam_mplp_init@plt+0x5976>
│ │ │ │  	li	s2,0
│ │ │ │  	auipc	s1,0x66
│ │ │ │ @@ -10372,15 +10372,15 @@
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ │  	jal	c870 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,66(sp)
│ │ │ │  	sd	zero,24(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,15266 <bam_mplp_init@plt+0x7f56>
│ │ │ │  	auipc	a3,0x5f
│ │ │ │  	ld	a3,-752(a3) 
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	addi	a0,sp,66
│ │ │ │  	jal	cf70 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt>
│ │ │ │  	li	a5,-1
│ │ │ │  	bne	a0,a5,15266 <bam_mplp_init@plt+0x7f56>
│ │ │ │  	j	165bc <bam_mplp_init@plt+0x92ac>
│ │ │ │  	jal	ca00 <PyMonitoring_ExitScope@plt>
│ │ │ │ @@ -12111,15 +12111,15 @@
│ │ │ │  	mv	a2,s1
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	addi	a0,sp,72
│ │ │ │  	jal	17518 <PyInit_libcalignmentfile@@Base+0xe6a>
│ │ │ │  	lbu	a5,68(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,16616 <bam_mplp_init@plt+0x9306>
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	addi	a0,sp,68
│ │ │ │  	jal	cfa0 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt>
│ │ │ │  	ld	a5,32(s4)
│ │ │ │  	beqz	a5,16656 <bam_mplp_init@plt+0x9346>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s3)
│ │ │ │  	beqz	a5,16636 <bam_mplp_init@plt+0x9326>
│ │ │ │  	beqz	s9,16636 <bam_mplp_init@plt+0x9326>
│ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {}
│ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Hex dump of section '.gnu_debuglink':
│ │ │ │ -  0x00000000 30663734 36363863 36653630 32613363 0f74668c6e602a3c
│ │ │ │ -  0x00000010 35323038 31393931 64633130 33653339 52081991dc103e39
│ │ │ │ -  0x00000020 33333866 33392e64 65627567 00000000 338f39.debug....
│ │ │ │ -  0x00000030 dea84b6f                            ..Ko
│ │ │ │ +  0x00000000 39656231 35356330 31383535 35613230 9eb155c018555a20
│ │ │ │ +  0x00000010 34303239 35636137 37623363 34313837 40295ca77b3c4187
│ │ │ │ +  0x00000020 38623666 30352e64 65627567 00000000 8b6f05.debug....
│ │ │ │ +  0x00000030 c5885a47                            ..ZG
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.c
│ │ │ @@ -106378,15 +106378,15 @@
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    /*--- Execution code ---*/
│ │ │ -  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 9, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcbcf", __pyx_f[0], 1, 2, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │  
│ │ │    /* "pysam/libcbcf.pyx":85
│ │ │   * from __future__ import division, print_function
│ │ │   * 
│ │ │   * import os             # <<<<<<<<<<<<<<
│ │ │   * import sys
│ │ │   * 
│ │ │ @@ -108584,26 +108584,26 @@
│ │ │   * # cython: embedsignature=True
│ │ │   * # cython: profile=True
│ │ │  */
│ │ │    __pyx_t_4 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_4)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_GOTREF(__pyx_t_4);
│ │ │    if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_4) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_DECREF(__pyx_t_4); __pyx_t_4 = 0;
│ │ │ -  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 9, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 2, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │    __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0);
│ │ │  
│ │ │    /*--- Wrapped vars code ---*/
│ │ │  
│ │ │    goto __pyx_L0;
│ │ │    __pyx_L1_error:;
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
│ │ │    __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0);
│ │ │ -  __Pyx_TraceExceptionUnwind(9, 0);
│ │ │ +  __Pyx_TraceExceptionUnwind(2, 0);
│ │ │    if (__pyx_m) {
│ │ │      if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) {
│ │ │        __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcbcf", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
│ │ │      }
│ │ │      #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE
│ │ │      Py_CLEAR(__pyx_m);
│ │ │      #else
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcf.cpython-314-riscv64-linux-gnu.so
│ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied.
│ │ │ ├── readelf --wide --notes {}
│ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Displaying notes found in: .note.gnu.build-id
│ │ │ │    Owner                Data size 	Description
│ │ │ │ -  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 7d815b5f07b5dfb703f320f6ae85a60e18d1dc7a
│ │ │ │ +  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: de02e7d90de9534d5b7f54c2f4b82509436ea50c
│ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {}
│ │ │ │ @@ -12687,15 +12687,15 @@
│ │ │ │  	auipc	a0,0x83
│ │ │ │  	addi	a0,a0,-332 
│ │ │ │  	jal	2745a <PyInit_libcbcf@@Base+0x3854>
│ │ │ │  	mv	s2,a0
│ │ │ │  	bnez	a0,1e140 <free@plt+0x9c40>
│ │ │ │  	j	21df2 <free@plt+0xd8f2>
│ │ │ │  	addi	a0,sp,128
│ │ │ │ -	li	a2,9
│ │ │ │ +	li	a2,2
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	jal	27826 <PyInit_libcbcf@@Base+0x3c20>
│ │ │ │  	bne	a0,s0,1e152 <free@plt+0x9c52>
│ │ │ │  	j	21e08 <free@plt+0xd908>
│ │ │ │  	j	1e156 <free@plt+0x9c56>
│ │ │ │  	li	s2,0
│ │ │ │  	auipc	s1,0xb9
│ │ │ │ @@ -17355,15 +17355,15 @@
│ │ │ │  	bnez	a5,21c4c <free@plt+0xd74c>
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ │  	jal	13930 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,130(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,21c70 <free@plt+0xd770>
│ │ │ │  	auipc	a3,0xa8
│ │ │ │  	ld	a3,766(a3) 
│ │ │ │ -	li	a2,9
│ │ │ │ +	li	a2,2
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	addi	a0,sp,130
│ │ │ │  	jal	14110 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt>
│ │ │ │  	li	a5,-1
│ │ │ │  	bne	a0,a5,21c70 <free@plt+0xd770>
│ │ │ │  	j	23b30 <free@plt+0xf630>
│ │ │ │  	jal	13ae0 <PyMonitoring_ExitScope@plt>
│ │ │ │ @@ -20041,15 +20041,15 @@
│ │ │ │  	mv	a2,s1
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │  	addi	a0,sp,136
│ │ │ │  	jal	2781a <PyInit_libcbcf@@Base+0x3c14>
│ │ │ │  	lbu	a5,132(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,23b72 <free@plt+0xf672>
│ │ │ │  	mv	a1,s2
│ │ │ │ -	li	a2,9
│ │ │ │ +	li	a2,2
│ │ │ │  	addi	a0,sp,132
│ │ │ │  	jal	14160 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s3)
│ │ │ │  	beqz	a5,23bb2 <free@plt+0xf6b2>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s4)
│ │ │ │  	beqz	a5,23b92 <free@plt+0xf692>
│ │ │ │  	beqz	s9,23b92 <free@plt+0xf692>
│ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {}
│ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Hex dump of section '.gnu_debuglink':
│ │ │ │ -  0x00000000 38313562 35663037 62356466 62373033 815b5f07b5dfb703
│ │ │ │ -  0x00000010 66333230 66366165 38356136 30653138 f320f6ae85a60e18
│ │ │ │ -  0x00000020 64316463 37612e64 65627567 00000000 d1dc7a.debug....
│ │ │ │ -  0x00000030 17aca027                            ...'
│ │ │ │ +  0x00000000 30326537 64393064 65393533 34643562 02e7d90de9534d5b
│ │ │ │ +  0x00000010 37663534 63326634 62383235 30393433 7f54c2f4b8250943
│ │ │ │ +  0x00000020 36656135 30632e64 65627567 00000000 6ea50c.debug....
│ │ │ │ +  0x00000030 c5177e00                            ..~.
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcbcftools.c
│ │ │ @@ -35,71 +35,71 @@
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam"
│ │ │          ],
│ │ │          "name": "pysam.libcbcftools",
│ │ │          "sources": [
│ │ │              "pysam/libcbcftools.pyx",
│ │ │ +            "bcftools/vcfisec.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/version.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcmp.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfview.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcfstats.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfsort.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcfsom.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfroh.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfquery.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfisec.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfindex.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfhead.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcffilter.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcfconcat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfcall.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/HMM.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/vcfannotate.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/tabix.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/main.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/prob1.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/extsort.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/str_finder.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfsort.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfconvert.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/kmin.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfnorm.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/convert.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/reheader.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/regidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcmp.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/ccall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/tabix.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/edlib.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/em.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/smpl_ilist.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfroh.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/read_consensus.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/prob1.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/ploidy.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/mpileup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/mcall.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/main.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/kmin.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam_sample.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/hclust.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bcftools.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/gvcf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/mcall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfquery.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/cols.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfcnv.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/consensus.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/abuf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfmerge.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/gff.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/filter.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/extsort.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/em.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/edlib.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfview.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/mpileup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfgtcheck.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfbuf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfplugin.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/ploidy.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/dist.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/csq.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/convert.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/consensus.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/cols.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/ccall.c.pysam.c",
│ │ │              "bcftools/bin.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bcftools.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam_sample.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf_indel.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf_iaux.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf_edlib.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/bam2bcf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/abuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "bcftools/HMM.c.pysam.c"
│ │ │ +            "bcftools/regidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfindex.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfcall.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcffilter.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/filter.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/tsv2vcf.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/vcfhead.c.pysam.c",
│ │ │ +            "bcftools/csq.c.pysam.c"
│ │ │          ]
│ │ │      },
│ │ │      "module_name": "pysam.libcbcftools"
│ │ │  }
│ │ │  END: Cython Metadata */
│ │ │  
│ │ │  #ifndef PY_SSIZE_T_CLEAN
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.c
│ │ │ @@ -18627,15 +18627,15 @@
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    /*--- Execution code ---*/
│ │ │ -  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libcfaidx", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │  
│ │ │    /* "pysam/libcfaidx.pyx":48
│ │ │   * #
│ │ │   * ###############################################################################
│ │ │   * import sys             # <<<<<<<<<<<<<<
│ │ │   * import os
│ │ │   * import re
│ │ │ @@ -19056,24 +19056,24 @@
│ │ │   * # cython: profile=True
│ │ │   * ###############################################################################
│ │ │  */
│ │ │    __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
│ │ │    if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
│ │ │ -  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │    __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0);
│ │ │  
│ │ │    /*--- Wrapped vars code ---*/
│ │ │  
│ │ │    goto __pyx_L0;
│ │ │    __pyx_L1_error:;
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
│ │ │    __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0);
│ │ │ -  __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0);
│ │ │ +  __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0);
│ │ │    if (__pyx_m) {
│ │ │      if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) {
│ │ │        __Pyx_AddTraceback("init pysam.libcfaidx", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
│ │ │      }
│ │ │      #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE
│ │ │      Py_CLEAR(__pyx_m);
│ │ │      #else
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcfaidx.cpython-314-riscv64-linux-gnu.so
│ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied.
│ │ │ ├── readelf --wide --notes {}
│ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Displaying notes found in: .note.gnu.build-id
│ │ │ │    Owner                Data size 	Description
│ │ │ │ -  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 557ec9646087eea7952f9dd47fbe135e9ae66af4
│ │ │ │ +  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 5a5967a59afb41557e65bec274c05b7d53bf60e5
│ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {}
│ │ │ │ @@ -3303,15 +3303,15 @@
│ │ │ │  	mv	a2,s1
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	addi	a0,sp,40
│ │ │ │  	jal	7200 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,36(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,a03a <free@plt+0x279a>
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	addi	a0,sp,36
│ │ │ │  	jal	75f0 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt>
│ │ │ │  	ld	a5,16(s6)
│ │ │ │  	beqz	a5,a07a <free@plt+0x27da>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s5)
│ │ │ │  	beqz	a5,a05a <free@plt+0x27ba>
│ │ │ │  	beqz	s4,a05a <free@plt+0x27ba>
│ │ │ │ @@ -3950,15 +3950,15 @@
│ │ │ │  	bnez	a5,a838 <free@plt+0x2f98>
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ │  	jal	7060 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	j	a838 <free@plt+0x2f98>
│ │ │ │  	lbu	a5,32(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,a8ca <free@plt+0x302a>
│ │ │ │  	addi	a0,sp,32
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	jal	7160 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt>
│ │ │ │  	beq	a0,s3,a898 <free@plt+0x2ff8>
│ │ │ │  	auipc	s3,0x24
│ │ │ │  	addi	s3,s3,1206 
│ │ │ │  	ld	a0,-1640(s3)
│ │ │ │  	jal	9a58 <free@plt+0x21b8>
│ │ │ │ @@ -4961,15 +4961,15 @@
│ │ │ │  	bnez	a5,b562 <free@plt+0x3cc2>
│ │ │ │  	mv	a0,s4
│ │ │ │  	jal	7060 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,34(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,b582 <free@plt+0x3ce2>
│ │ │ │  	auipc	a3,0x21
│ │ │ │  	ld	a3,-1520(a3) 
│ │ │ │ -	li	a2,1
│ │ │ │ +	li	a2,4
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	addi	a0,sp,34
│ │ │ │  	jal	75d0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt>
│ │ │ │  	li	a5,-1
│ │ │ │  	beq	a0,a5,a898 <free@plt+0x2ff8>
│ │ │ │  	jal	7190 <PyMonitoring_ExitScope@plt>
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {}
│ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Hex dump of section '.gnu_debuglink':
│ │ │ │ -  0x00000000 37656339 36343630 38376565 61373935 7ec9646087eea795
│ │ │ │ -  0x00000010 32663964 64343766 62653133 35653961 2f9dd47fbe135e9a
│ │ │ │ -  0x00000020 65363661 66342e64 65627567 00000000 e66af4.debug....
│ │ │ │ -  0x00000030 ad6abbf1                            .j..
│ │ │ │ +  0x00000000 35393637 61353961 66623431 35353765 5967a59afb41557e
│ │ │ │ +  0x00000010 36356265 63323734 63303562 37643533 65bec274c05b7d53
│ │ │ │ +  0x00000020 62663630 65352e64 65627567 00000000 bf60e5.debug....
│ │ │ │ +  0x00000030 abbbfafd                            ....
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.c
│ │ │ @@ -20348,15 +20348,15 @@
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    /*--- Execution code ---*/
│ │ │ -  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 0, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libchtslib", __pyx_f[0], 1, 1, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │  
│ │ │    /* "pysam/libchtslib.pyx":25
│ │ │   * ########################################################################
│ │ │   * 
│ │ │   * import os             # <<<<<<<<<<<<<<
│ │ │   * import io
│ │ │   * import re
│ │ │ @@ -21130,27 +21130,27 @@
│ │ │   * # cython: embedsignature=True
│ │ │   * # cython: profile=True
│ │ │  */
│ │ │    __pyx_t_3 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_3)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_GOTREF(__pyx_t_3);
│ │ │    if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_3) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_DECREF(__pyx_t_3); __pyx_t_3 = 0;
│ │ │ -  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 1, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │    __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0);
│ │ │  
│ │ │    /*--- Wrapped vars code ---*/
│ │ │  
│ │ │    goto __pyx_L0;
│ │ │    __pyx_L1_error:;
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_5);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_6);
│ │ │    __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0);
│ │ │ -  __Pyx_TraceExceptionUnwind(0, 0);
│ │ │ +  __Pyx_TraceExceptionUnwind(1, 0);
│ │ │    if (__pyx_m) {
│ │ │      if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) {
│ │ │        __Pyx_AddTraceback("init pysam.libchtslib", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
│ │ │      }
│ │ │      #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE
│ │ │      Py_CLEAR(__pyx_m);
│ │ │      #else
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libchtslib.cpython-314-riscv64-linux-gnu.so
│ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied.
│ │ │ ├── readelf --wide --notes {}
│ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Displaying notes found in: .note.gnu.build-id
│ │ │ │    Owner                Data size 	Description
│ │ │ │ -  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 5da6eab11a19a4998cd1edc82c7bbae5ac78ae4c
│ │ │ │ +  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: ef921ebf013f9ea8029f8e9e77f89c3291e81a37
│ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {}
│ │ │ │ @@ -3749,15 +3749,15 @@
│ │ │ │  	mv	a2,s3
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	addi	a0,sp,120
│ │ │ │  	jal	8080 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,116(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,b466 <free@plt+0x2ce6>
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │ -	li	a2,0
│ │ │ │ +	li	a2,1
│ │ │ │  	addi	a0,sp,116
│ │ │ │  	jal	84f0 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt>
│ │ │ │  	ld	a5,8(s5)
│ │ │ │  	beqz	a5,b4a6 <free@plt+0x2d26>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s2)
│ │ │ │  	beqz	a5,b486 <free@plt+0x2d06>
│ │ │ │  	beqz	s7,b486 <free@plt+0x2d06>
│ │ │ │ @@ -4386,15 +4386,15 @@
│ │ │ │  	li	s4,-1
│ │ │ │  	jal	8330 <PyMonitoring_EnterScope@plt>
│ │ │ │  	bne	a0,s4,bba8 <free@plt+0x3428>
│ │ │ │  	j	d134 <free@plt+0x49b4>
│ │ │ │  	lbu	a5,112(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,bbbc <free@plt+0x343c>
│ │ │ │  	addi	a0,sp,112
│ │ │ │ -	li	a2,0
│ │ │ │ +	li	a2,1
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	jal	7fe0 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt>
│ │ │ │  	beq	a0,s4,bd62 <free@plt+0x35e2>
│ │ │ │  	auipc	s4,0x27
│ │ │ │  	addi	s4,s4,-628 
│ │ │ │  	ld	a0,-1640(s4)
│ │ │ │  	jal	931e <free@plt+0xb9e>
│ │ │ │ @@ -6945,15 +6945,15 @@
│ │ │ │  	bnez	a5,dc1a <free@plt+0x549a>
│ │ │ │  	mv	a0,s9
│ │ │ │  	jal	7ed0 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,114(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,dc3a <free@plt+0x54ba>
│ │ │ │  	auipc	a3,0x22
│ │ │ │  	ld	a3,848(a3) 
│ │ │ │ -	li	a2,0
│ │ │ │ +	li	a2,1
│ │ │ │  	mv	a1,s0
│ │ │ │  	addi	a0,sp,114
│ │ │ │  	jal	84d0 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt>
│ │ │ │  	li	a5,-1
│ │ │ │  	beq	a0,a5,e05a <free@plt+0x58da>
│ │ │ │  	jal	8020 <PyMonitoring_ExitScope@plt>
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {}
│ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Hex dump of section '.gnu_debuglink':
│ │ │ │ -  0x00000000 61366561 62313161 31396134 39393863 a6eab11a19a4998c
│ │ │ │ -  0x00000010 64316564 63383263 37626261 65356163 d1edc82c7bbae5ac
│ │ │ │ -  0x00000020 37386165 34632e64 65627567 00000000 78ae4c.debug....
│ │ │ │ -  0x00000030 aea6b543                            ...C
│ │ │ │ +  0x00000000 39323165 62663031 33663965 61383032 921ebf013f9ea802
│ │ │ │ +  0x00000010 39663865 39653737 66383963 33323931 9f8e9e77f89c3291
│ │ │ │ +  0x00000020 65383161 33372e64 65627567 00000000 e81a37.debug....
│ │ │ │ +  0x00000030 acb3c8ad                            ....
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libcsamtools.c
│ │ │┄ Ordering differences only
│ │ │ @@ -34,63 +34,63 @@
│ │ │              "/usr/lib/riscv64-linux-gnu",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam",
│ │ │              "/build/reproducible-path/python-pysam-0.23.3+ds/.pybuild/cpython3_3.14_pysam/build/pysam"
│ │ │          ],
│ │ │          "name": "pysam.libcsamtools",
│ │ │          "sources": [
│ │ │              "pysam/libcsamtools.pyx",
│ │ │ -            "samtools/tmp_file.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/stats_isize.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/stats.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/samtools.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sample.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sam_view.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sam_utils.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/sam_opts.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/reset.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/reference.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/phase.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/padding.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/faidx.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/dict.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_md.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_aux.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/cut_target.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/cram_size.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/coverage.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bedidx.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bedcov.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_consensus.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/faidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_index.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bamtk.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/tmp_file.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/reference.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sam_opts.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bedcov.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bamshuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_stat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_split.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_sort.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_mate.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/stats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_markdup.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_samples.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sam_view.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_split.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_rmdup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/stats_isize.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_color.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sample.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_reheader.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_plcmd.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_sort.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_plbuf.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_md.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_mate.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_markdup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_lpileup.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_index.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_import.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/phase.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/dict.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_stat.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_rmdupse.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_flags.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_fastq.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_consensus.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_color.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_cat.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam_aux.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/consensus_pileup.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_quickcheck.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/sam_utils.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam2depth.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/coverage.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/padding.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_ampliconclip.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/cram_size.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/bam_addrprg.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam2depth.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/bam.c.pysam.c",
│ │ │ -            "samtools/amplicon_stats.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_cat.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bedidx.c.pysam.c",
│ │ │ +            "samtools/bam_fastq.c.pysam.c",
│ │ │              "samtools/lz4/lz4.c"
│ │ │          ]
│ │ │      },
│ │ │      "module_name": "pysam.libcsamtools"
│ │ │  }
│ │ │  END: Cython Metadata */
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.c
│ │ │ @@ -28133,15 +28133,15 @@
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_function_export_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_init_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_type_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    (void)__Pyx_modinit_variable_import_code(__pyx_mstate);
│ │ │    if (unlikely((__Pyx_modinit_function_import_code(__pyx_mstate) < 0))) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    /*--- Execution code ---*/
│ │ │ -  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 4, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceStartFunc("PyInit_libctabix", __pyx_f[0], 1, 7, 0, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │  
│ │ │    /* "pysam/libctabix.pyx":57
│ │ │   * #
│ │ │   * ###############################################################################
│ │ │   * import os             # <<<<<<<<<<<<<<
│ │ │   * import sys
│ │ │   * 
│ │ │ @@ -28800,26 +28800,26 @@
│ │ │   * # cython: embedsignature=True
│ │ │   * # cython: profile=True
│ │ │  */
│ │ │    __pyx_t_2 = __Pyx_PyDict_NewPresized(0); if (unlikely(!__pyx_t_2)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_GOTREF(__pyx_t_2);
│ │ │    if (PyDict_SetItem(__pyx_mstate_global->__pyx_d, __pyx_mstate_global->__pyx_n_u_test, __pyx_t_2) < (0)) __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error)
│ │ │    __Pyx_DECREF(__pyx_t_2); __pyx_t_2 = 0;
│ │ │ -  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 4, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │ +  __Pyx_TraceReturnValue(Py_None, 7, 0, __PYX_ERR(0, 1, __pyx_L1_error));
│ │ │    __Pyx_PyMonitoring_ExitScope(0);
│ │ │  
│ │ │    /*--- Wrapped vars code ---*/
│ │ │  
│ │ │    goto __pyx_L0;
│ │ │    __pyx_L1_error:;
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_2);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_3);
│ │ │    __Pyx_XDECREF(__pyx_t_4);
│ │ │    __Pyx_TraceException(__pyx_lineno, 0, 0);
│ │ │ -  __Pyx_TraceExceptionUnwind(4, 0);
│ │ │ +  __Pyx_TraceExceptionUnwind(7, 0);
│ │ │    if (__pyx_m) {
│ │ │      if (__pyx_mstate->__pyx_d && stringtab_initialized) {
│ │ │        __Pyx_AddTraceback("init pysam.libctabix", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
│ │ │      }
│ │ │      #if !CYTHON_USE_MODULE_STATE
│ │ │      Py_CLEAR(__pyx_m);
│ │ │      #else
│ │ ├── ./usr/lib/python3/dist-packages/pysam/libctabix.cpython-314-riscv64-linux-gnu.so
│ │ │┄ File has been modified after NT_GNU_BUILD_ID has been applied.
│ │ │ ├── readelf --wide --notes {}
│ │ │ │ @@ -1,4 +1,4 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Displaying notes found in: .note.gnu.build-id
│ │ │ │    Owner                Data size 	Description
│ │ │ │ -  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: b578720c86f370127077d9f9699cc8a75f347f48
│ │ │ │ +  GNU                  0x00000014	NT_GNU_BUILD_ID (unique build ID bitstring)	    Build ID: 598d4255b57378e761c9ebaddb92f3c4bce1af59
│ │ │ ├── objdump --line-numbers --disassemble --demangle --reloc --no-show-raw-insn --section=.text {}
│ │ │ │ @@ -4042,15 +4042,15 @@
│ │ │ │  	mv	a2,s2
│ │ │ │  	mv	a1,s5
│ │ │ │  	addi	a0,sp,88
│ │ │ │  	jal	8ef0 <_PyMonitoring_FireRaiseEvent@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,84(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,c716 <free@plt+0x30d6>
│ │ │ │  	mv	a1,s5
│ │ │ │ -	li	a2,4
│ │ │ │ +	li	a2,7
│ │ │ │  	addi	a0,sp,84
│ │ │ │  	jal	9360 <_PyMonitoring_FirePyUnwindEvent@plt>
│ │ │ │  	ld	a5,48(s8)
│ │ │ │  	beqz	a5,c756 <free@plt+0x3116>
│ │ │ │  	ld	a5,0(s7)
│ │ │ │  	beqz	a5,c736 <free@plt+0x30f6>
│ │ │ │  	beqz	s4,c736 <free@plt+0x30f6>
│ │ │ │ @@ -5236,15 +5236,15 @@
│ │ │ │  	sd	zero,72(sp)
│ │ │ │  	li	s0,-1
│ │ │ │  	jal	91c0 <PyMonitoring_EnterScope@plt>
│ │ │ │  	beq	a0,s0,e2ac <free@plt+0x4c6c>
│ │ │ │  	lbu	a5,80(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,d6a8 <free@plt+0x4068>
│ │ │ │  	addi	a0,sp,80
│ │ │ │ -	li	a2,4
│ │ │ │ +	li	a2,7
│ │ │ │  	mv	a1,s5
│ │ │ │  	jal	8e50 <_PyMonitoring_FirePyStartEvent@plt>
│ │ │ │  	beq	a0,s0,de6c <free@plt+0x482c>
│ │ │ │  	auipc	s2,0x36
│ │ │ │  	addi	s2,s2,1968 
│ │ │ │  	ld	a0,-1288(s2)
│ │ │ │  	auipc	s1,0x35
│ │ │ │ @@ -7267,15 +7267,15 @@
│ │ │ │  	bnez	a5,ef74 <free@plt+0x5934>
│ │ │ │  	mv	a0,s0
│ │ │ │  	jal	8d30 <_Py_Dealloc@plt>
│ │ │ │  	lbu	a5,82(sp)
│ │ │ │  	beqz	a5,ef94 <free@plt+0x5954>
│ │ │ │  	auipc	a3,0x31
│ │ │ │  	ld	a3,-42(a3) 
│ │ │ │ -	li	a2,4
│ │ │ │ +	li	a2,7
│ │ │ │  	mv	a1,s5
│ │ │ │  	addi	a0,sp,82
│ │ │ │  	jal	9340 <_PyMonitoring_FirePyReturnEvent@plt>
│ │ │ │  	li	a5,-1
│ │ │ │  	beq	a0,a5,f176 <free@plt+0x5b36>
│ │ │ │  	jal	8e80 <PyMonitoring_ExitScope@plt>
│ │ │ │  	mv	a0,s5
│ │ │ ├── readelf --wide --decompress --hex-dump=.gnu_debuglink {}
│ │ │ │ @@ -1,7 +1,7 @@
│ │ │ │  
│ │ │ │  Hex dump of section '.gnu_debuglink':
│ │ │ │ -  0x00000000 37383732 30633836 66333730 31323730 78720c86f3701270
│ │ │ │ -  0x00000010 37376439 66393639 39636338 61373566 77d9f9699cc8a75f
│ │ │ │ -  0x00000020 33343766 34382e64 65627567 00000000 347f48.debug....
│ │ │ │ -  0x00000030 7f5adfb5                            .Z..
│ │ │ │ +  0x00000000 38643432 35356235 37333738 65373631 8d4255b57378e761
│ │ │ │ +  0x00000010 63396562 61646462 39326633 63346263 c9ebaddb92f3c4bc
│ │ │ │ +  0x00000020 65316166 35392e64 65627567 00000000 e1af59.debug....
│ │ │ │ +  0x00000030 cdecdcd5                            ....